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玉米CCCH基因家族鉴定及分析
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作者 郭栋 宋雅菲 +4 位作者 袁慧敏 杜媚 刘颖慧 袁卉馥 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期19-27,共9页
CCCH锌指蛋白与植物生物和非生物胁迫、生长发育及抗病性密切相关。以玉米为材料,应用在线工具与公共数据库,共鉴定出63个CCCH基因,命名为Zm CCCHs,进一步对玉米与水稻、拟南芥、小立碗藓的CCCH基因进行生物信息学分析。结果表明:玉米的... CCCH锌指蛋白与植物生物和非生物胁迫、生长发育及抗病性密切相关。以玉米为材料,应用在线工具与公共数据库,共鉴定出63个CCCH基因,命名为Zm CCCHs,进一步对玉米与水稻、拟南芥、小立碗藓的CCCH基因进行生物信息学分析。结果表明:玉米的CCCH家族基因在染色体上呈不均匀分布,蛋白质氨基酸序列长度在110~962 aa之间。ZmCCCHs基因具有相对保守的结构,即包含CCCH结构域、WD40结构域、C2H2结构域、C3HC4结构域,CCCH蛋白结构中含有2个α螺旋和4个β折叠结构域。进化树分析表明玉米CCCH蛋白与水稻CCCH蛋白序列具有较高的同源性。上述结果为深入研究该基因家族的功能与表达调控提供了参考信息。 展开更多
关键词 玉米 CCCH基因 蛋白结构
谷子超氧化物歧化酶基因家族生物信息学分析
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作者 赵艳 生云龙 +5 位作者 宋亚菲 瓮巧云 袁进成 赵治海 刘颖慧 《中国农业科技导报》 CSCD 北大核心 2018年第8期1-6,共6页
超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)是重要的抗氧化酶,在生物体内广泛存在。以谷子基因数据库为搜索平台,利用生物信息学方法对谷子超氧化物歧化酶基因家族进行全基因组扫描和生物信息学分析。结果表明:谷子SOD基因家族包含8... 超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)是重要的抗氧化酶,在生物体内广泛存在。以谷子基因数据库为搜索平台,利用生物信息学方法对谷子超氧化物歧化酶基因家族进行全基因组扫描和生物信息学分析。结果表明:谷子SOD基因家族包含8个基因,不均匀的分布在6条染色体上,8个基因的外显子数量为1-9个,蛋白质的氨基酸序列长度在56~334 aa之间。谷子中的8个SOD蛋白,有5个具有Cu-SOD基序,3个具有Mn-SOD基序。进化树分析表明,谷子SOD蛋白与水稻、高粱SOD蛋白序列具有较高的同源性。该研究结果可以为进一步了解谷子SOD基因家族和谷子抗氧化机制提供一定参考。 展开更多
关键词 谷子 超氧化物歧化酶 生物信息分析
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