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2016年云南边境地区缅甸难民儿童肠道病毒带毒情况调查
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作者 熊庆 丁峥嵘 +3 位作者 张杰 胡筱莛 文卫华 《中国病毒病杂志》 CAS 2018年第3期204-208,共5页
目的调查涌入云南省的缅甸难民儿童的肠道病毒(enterovirus,EV)带毒情况,为云南省边境地区维持无脊髓灰质炎(简称脊灰,poliomyelitis,PV)工作、非脊灰肠道病毒(non-polio enterovirus,NPEV)监测提供资料,并对埃可病毒E24(echovir... 目的调查涌入云南省的缅甸难民儿童的肠道病毒(enterovirus,EV)带毒情况,为云南省边境地区维持无脊髓灰质炎(简称脊灰,poliomyelitis,PV)工作、非脊灰肠道病毒(non-polio enterovirus,NPEV)监测提供资料,并对埃可病毒E24(echovirus 24,E24)的基因特征进行分析。方法采集涌入云南省芒海镇、畹町镇的〈15岁的缅甸儿童粪便标本600份(均为单份便标本),进行病毒分离和基因测序定型。结果 600份便标本中共检测到EV 14株(带毒率为2.33%,14/600),其中,埃可病毒E6、E7、E19、E20、柯萨奇B组病毒CV-B3和脊灰病毒PV1(为疫苗株病毒)各1株,分别占7.14%(1/14)。E24 8株,占57.14%(8/14)。结论本次分离到的病毒除脊灰病毒为C组病毒(EV-C)外,其余病毒均为B组病毒(EV-B),未分离到A组和D组病毒。分离到的1株脊灰病毒为疫苗株病毒,未分离到脊灰野病毒。分离到E24病毒共8株,占分离数的57.14%。基因进化分析表明,缅甸8株E24与以往云南急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例分离株和健康儿童分离株属不同的进化分支,E24病毒具有基因多样性特点。 展开更多
关键词 肠道病毒 缅甸难民儿童 基因测序 脊髓灰质炎
2016年云南省边境地区健康儿童肠道病毒带毒调查研究
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作者 熊庆 胡筱莛 +4 位作者 樊帆 张杰 丁峥嵘 文卫华 《中国病毒病杂志》 CAS 2018年第4期268-274,共7页
目的了解2016年云南省边境地区健康儿童肠道病毒(enterovirus,EV)带毒情况及病毒型别,为今后预防和控制EV提供实验室基础。方法于2016年采集云南省10个边境县(市)〈15岁健康儿童粪便标本500份(均为单份便),进行病毒分离和基因测... 目的了解2016年云南省边境地区健康儿童肠道病毒(enterovirus,EV)带毒情况及病毒型别,为今后预防和控制EV提供实验室基础。方法于2016年采集云南省10个边境县(市)〈15岁健康儿童粪便标本500份(均为单份便),进行病毒分离和基因测序定型。结果 500份便标本中共检测到EV 41株(带毒率为8.20%,41/500)。41株EV中,EV-A病毒3株(阳性率0.60%,3/500);EV-B病毒35株(阳性率7.00%,35/500),其中新型病毒EV-B73 1株(阳性率0.20%),EV-B80 1株(阳性率0.20%);EV-C病毒3株(阳性率0.60%),EV-C病毒中脊髓灰质炎(简称脊灰)病毒(poliovirus,PV)1株(阳性率0.20%),为疫苗株,未发现脊灰野病毒,EV-C99病毒1株(阳性率0.20%)。结论 2016年云南省边境地区健康儿童粪便标本EV病毒检测结果以EV-B组病毒为主,并分离到新型病毒EV-B73、EV-B80和EV-C99各1株。云南省维持无脊髓灰质炎状态良好。对E-30和E-3病毒的基因进化特征分析表明这两种病毒具有基因多样性特点。 展开更多
关键词 肠道病毒 健康儿童 边境地区 测序定型 EV-B73 EV-B80 EV-C99 基因特征分析
2016年1月-2017年6月全球疫苗衍生脊髓灰质炎病毒发病更新
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作者 Jaume Jorba 熊庆(编译) (审校) 《中国疫苗和免疫》 北大核心 2018年第3期375-376,共2页
1988年世界卫生组织(WHO)发起了全球消灭脊髓灰质炎(脊灰)的倡议(Global Polio Eradication Initiative,GPEI)。自2012年以来,脊灰野病毒(Wild poliovirus,WPV)三个血清型中只有1型(WPV1)被检测到。自2014年以来检测到WPV1的... 1988年世界卫生组织(WHO)发起了全球消灭脊髓灰质炎(脊灰)的倡议(Global Polio Eradication Initiative,GPEI)。自2012年以来,脊灰野病毒(Wild poliovirus,WPV)三个血清型中只有1型(WPV1)被检测到。自2014年以来检测到WPV1的国家仅限于三个国家,2016年37例,2017年1-9月11例。 展开更多
关键词 疫苗衍生脊髓灰质炎病毒 脊灰野病毒 发病 世界卫生组织 血清型 检测
云南省健康儿童中1株肠道病毒新毒株EV—C99的分离及其基因特征分析
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作者 张杰 胡筱莛 +2 位作者 樊帆 丁峥嵘 《中华微生物学和免疫学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第6期451-455,共5页
目的对云南省2016年健康儿童中1株肠道病毒(enterovirus,EV)新毒株EV-C99进行分离并对其基因特征进行分析。方法按世界卫生组织(World Health Organization,WHO)推荐的方法对该名儿童的大便标本进行病毒分离,提取该病毒RNA并对其... 目的对云南省2016年健康儿童中1株肠道病毒(enterovirus,EV)新毒株EV-C99进行分离并对其基因特征进行分析。方法按世界卫生组织(World Health Organization,WHO)推荐的方法对该名儿童的大便标本进行病毒分离,提取该病毒RNA并对其VP1区基因进行RT-PCR和基因测序,用Sequencher 5.0软件对序列进行编辑和拼接。所得序列在GenBank进行"BLAST"搜索,得到初步结果,再用MEGA5.2软件计算与原型株的核苷酸和氨基酸同源性,按目前肠道病毒测序定型标准确定病毒最终型别并进行基因特征分析。结果该病毒能被494/496和495/497引物扩增,经Sequencher 5.0软件拼接和编辑后得到约1 200 bp的序列,该序列在GenBank进行"BLAST"搜索,初步结果为新型肠道病毒EV-C99。与EV-C99病毒的原型株BAN00-10461(基因库编号:EF015008)对比分析后得到该病毒VP1区完整序列为909 bp,与原型株的核苷酸(nucleotide,nt)同源性(identity)为77.05%,氨基酸(amino acid,aa)同源性为90.04%,按肠道病毒测序定型标准,确定该病毒为EV-C99,是人类肠道病毒C组中的一种新型病毒。结论2016年云南省健康儿童肠道病毒带毒调查中分离到一株肠道病毒新毒株EV-C99,是国内第3次报道该病毒。基因进化分析表明,云南分离株与新疆分离株、山东分离株都为B基因型,但3个省的分离株位于不同的进化分支,该病毒具有基因多样性特点。 展开更多
关键词 健康儿童 EV-C99 测序定型 基因特征
引起手足口病的柯萨奇病毒A10型云南分离株的VP1基因遗传特征分析 被引量:2
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作者 子颖 寸建萍 +3 位作者 姜黎黎 周晓芳 徐闻 《中国病毒病杂志》 CAS 2017年第2期96-99,共4页
目的分析云南省手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患儿标本中柯萨奇病毒A10型(coxsackievirus A10,CV-A10)病毒VP1区基因特征。方法采集2012-2014年云南省HFMD患者粪便和咽拭子标本,用细胞培养法分离病毒,提取病毒RNA,用R... 目的分析云南省手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患儿标本中柯萨奇病毒A10型(coxsackievirus A10,CV-A10)病毒VP1区基因特征。方法采集2012-2014年云南省HFMD患者粪便和咽拭子标本,用细胞培养法分离病毒,提取病毒RNA,用RT-PCR法进行病毒VP1区基因序列测定,用基因分型方法鉴定病毒的血清型和基因型别。按文献选择CV-A10各基因型的代表株,用MEGA 5.0软件构建CV-A10基因进化树并分析核苷酸和氨基酸的同源性。结果 2012-2014年云南省共采集到21 761份HFMD病例的临床标本,对其中的2 578份标本进行病毒分离,共分离到608株病毒,其中17株为CV-A10。它们之间的核苷酸(nucleotide,nt)和氨基酸(amino acid,aa)同源性分别为94.30%~100.00%和98.04%~100.00%,与原型株(Kowalik,AF081300)的nt和aa同源性为76.23%~76.71%和91.18%~92.65%。基因进化分析表明CV-A10云南分离株为C基因型,它们又分为两个进化分支。结论CV-A10是除EV-A71和CV-A16外引起手足口病的重要病原之一,和国内报道一样,云南省流行的CV-A10为C基因型,2012-2014年有两个进化分支在云南共同流行。 展开更多
关键词 手足口病 柯萨奇病毒A10型 基因型 亲缘进化分析
云南省急性弛缓性麻痹病例中柯萨奇病毒B5VP1区基因特征分析
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作者 陈苏 张杰 +5 位作者 汤晶晶 李凯 李琼芬 丁峥嵘 陆林 《中国公共卫生》 CSCD 北大核心 2017年第12期1745-1748,共4页
目的 分析云南省2015年从急性弛缓性麻痹(AFP)病例中分离到的3株柯萨奇病毒B5(CVB5)VP1区核苷酸基因特征。方法 采集RD细胞和L20B细胞对AFP标本进行病毒分离,应用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒VP1基因,目的 基因送至基因... 目的 分析云南省2015年从急性弛缓性麻痹(AFP)病例中分离到的3株柯萨奇病毒B5(CVB5)VP1区核苷酸基因特征。方法 采集RD细胞和L20B细胞对AFP标本进行病毒分离,应用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒VP1基因,目的 基因送至基因公司进行序列测定;应用MEGA 6软件对分离到的病毒与基因库代表株进行进化树分析。结果 213例AFP标本中分离到23株非脊髓灰质炎肠道病毒(NPEV),包括3株CVB5;3株CVB5与原型株VP1区之间核苷酸(nt)相似性为80.7%~81.9%,氨基酸(aa)相似性为95.1%~96.5%;系统进化树结果显示,本研究分离的CVB5与山东分离株(JN712675)的nt相似性为91.7%~92%,与安徽分离株(KF751191)的nt相似性为92%~93%。结论 云南省2015年从AFP病例中分离到的3株CVB5与山东代表株(JN712675)和安徽代表株(KF751191)相似性较高。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒B5(CVB5) VP1区基因 特征 急性弛缓性麻痹(AFP)
昆明市病毒性脑炎病例中埃可病毒6型分离株的VP1编码序列基因特征分析
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作者 何丽芳 李徽 +2 位作者 李凯 赵智娴 《中国病毒病杂志》 CAS 2017年第6期420-424,共5页
目的对2010-2014年昆明市病毒性脑炎病例中分离的4株埃可病毒6型(echovirus 6,E6)VP1编码序列特征进行分子流行病学分析。方法对昆明市2010-2014年传染病重大专项脑炎综合征实验室监测系统分离到的4株E6病毒的VP1区基因进行基因扩增... 目的对2010-2014年昆明市病毒性脑炎病例中分离的4株埃可病毒6型(echovirus 6,E6)VP1编码序列特征进行分子流行病学分析。方法对昆明市2010-2014年传染病重大专项脑炎综合征实验室监测系统分离到的4株E6病毒的VP1区基因进行基因扩增和测序;按参考文献下载基因库中E6病毒VP1编码序列参考序列,用MEGA5.1软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统进化树,进行VP1编码序列特征和分子流行病学分析。结果 2010-2014年云南省病毒性脑炎病例中分离到的103份肠道病毒中共检出E6病毒4株,占3.88%(4/103),E6病毒的阳性总检出率为0.29%(4/1 376)。VP1编码序列特征分析表明,云南4株E6毒株均为C2基因亚型(genotype C2)。结论除原型株为A基因型外,其他E6毒株可分为3个基因型(基因型B、C和D),C基因型又分为4个亚型,云南分离株分布在C2基因亚型,且2010年和2011年的云南分离株与部分山东地区的分离株较为接近,而2013年和2014年的云南分离株自成一簇,为云南省特有的亚型,该病毒可能在昆明地区存在小范围流行。 展开更多
关键词 埃可病毒6型 VP1编码序列 基因特征分析
柯萨奇病毒A组4型云南分离株的基因特征分析 被引量:2
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作者 子颖 寸建萍 +4 位作者 李琼芬 丁峥嵘 赵智娴 张杰 《中国病毒病杂志》 CAS 2016年第1期12-16,共5页
目的对中国云南省6株和其他10个省(含中国台湾省)不同时间、不同来源分离的柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)VP1区基因特征进行分析。方法对云南省2014年手足口病实验室监测系统、2012年健康人群和2004年急性迟缓性麻痹(... 目的对中国云南省6株和其他10个省(含中国台湾省)不同时间、不同来源分离的柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)VP1区基因特征进行分析。方法对云南省2014年手足口病实验室监测系统、2012年健康人群和2004年急性迟缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)监测系统中分离到的6株CV-A4病毒VP1区基因进行基因扩增和测序;按参考文献下载基因库中CV-A4病毒VP1区基因参考序列和其他省CV-A4基因序列,用MEGA 5.0软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果云南6株CV-A4均为基因1型的B亚型(genotype1,subtype B)。与国内其他省毒株比较,除1998年2株山东省和2006年1株吉林省AFP分离株为基因1型的A亚型(genotype 1,subtype A),台湾省4株(AB571583、AB571584、AB571586、AB571587)为基因2型的B亚型(genotype 2,subtype B)外,其他中国分离株均为基因1型的B亚型。结论除CVA4病毒的原型株High Point(AY421762)外,国内外CV-A4病毒存在两个基因型,两个基因型又分为两个亚型,即A和B亚型;中国分离株大都为基因1型,其中又以B亚型为主。不同于EV-A71和CV-A16,CV-A4的基因型分布不是很广。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒A组4型 VP1基因 基因特征分析
2014-2015年云南省健康儿童肠道病毒带毒状况调查 被引量:2
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作者 子颖 唐婷婷 +3 位作者 李凯 丁峥嵘 张杰 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期427-434,共8页
目的:了解2014—2015年云南省健康儿童中肠道病毒( enterovirus, EV)带毒情况和病毒型别,并对埃可病毒6型(echovirus type 6, ECHO6)、ECHO25和ECHO11的基因特征进行分析。方法采集3个内地州(市)6-7个县及5个边境州8-9个县〈15... 目的:了解2014—2015年云南省健康儿童中肠道病毒( enterovirus, EV)带毒情况和病毒型别,并对埃可病毒6型(echovirus type 6, ECHO6)、ECHO25和ECHO11的基因特征进行分析。方法采集3个内地州(市)6-7个县及5个边境州8-9个县〈15岁健康儿童粪便标本共921份进行病毒分离和基因测序定型,其中2014年共采集453份(均为单份便,其中内地儿童213份,边境儿童240份),2015年共采集468份(内地儿童195份,边境儿童273份)。结果2014年,从内地儿童粪便标本中分离到EV 20株,分离率为9.39%(20/213),从边境儿童中分离到EV 16株,分离率为6.67%(16/240)。2014年病毒总体分离率为7.95%(36/453)。从病毒型别来看,B种病毒分离率最高(88.89%,32/36),其次为A种病毒(11.11%,4/36),未分离到C种(包括脊髓灰质炎病毒)和D种病毒。2015年,从内地儿童粪便标本中分离到EV 13株,分离率为6.67%(13/195),从边境儿童中分离到EV 33株,分离率为12.09%(33/273)。2015年病毒总体分离率为9.83%(46/468)。从病毒型别来看,B 种病毒分离率最高(78.26%,36/46),其次为 C 种病毒(19.57%,9/46)和 A 种病毒(2.17%,1/46),未分离到 D 种病毒。两年共从921份粪便标本中检测到 EV 82株(分离率为8.90%,82/921),其中,从内地儿童分离到33株,分离率为8.09%(33/408),从边境儿童中分离到EV 49株,分离率为9.55%(49/513)。82株EV中,脊髓灰质炎病毒(poliovirus, PV)9株(阳性率为0.98%,9/921),均为疫苗株,未发现脊灰野病毒;检测到非脊灰肠道病毒(non-poliovirus, NPEV)73株(阳性率为7.93%,73/921)。结论2014年,内地儿童病毒分离率(9.39%)高于边境儿童(6.67%),而2015年边境儿童分离率(12.09%)高于内地儿童(6.67%),两年的病毒型别均以B种病毒为主。未分离到脊灰野病毒和肠道病毒D种,云南省维持无脊灰状态良好。 展开更多
关键词 肠道病毒 健康儿童 边境地区 测序定型
云南省2013年柯萨奇病毒A6型基因特征分析 被引量:4
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作者 寸建萍 子颖 +4 位作者 徐闻 尹洁 姜黎黎 周晓芳 《中国病毒病杂志》 CAS 2016年第4期265-269,共5页
目的对2013年云南省22株柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6,CV-A6)VP1区基因特征进行分析。方法对云南省2013年手足口病实验室监测系统分离到的22株CV-A6病毒VP1区基因进行基因扩增和测序;按参考文献下载基因库中CV-A6病毒VP1区基因... 目的对2013年云南省22株柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6,CV-A6)VP1区基因特征进行分析。方法对云南省2013年手足口病实验室监测系统分离到的22株CV-A6病毒VP1区基因进行基因扩增和测序;按参考文献下载基因库中CV-A6病毒VP1区基因参考序列,用MEGA 5.0软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果 2013年云南省在711份非肠道病毒71型(EV-A71)、非柯萨奇病毒A16型(CV-A16)肠道病毒中共检出CV-A6病毒22份,占3.09%(22/711),CV-A6的阳性总检出率为0.32%(22/6 912)。基因特征分析表明,云南22株CV-A6均为基因1型(Genotype 1)。它们分为3个不同的进化分支,1株为China cluster,6株为Yunnan cluster 1,15株为Yunnan cluster 2。结论除原型株Gdula(AF081297)外,国内外CV-A6病毒存在两个基因型,基因型2又分为8个进化分支,云南分离株分布在3个不同的进化分支,2013年云南省CV-A6的流行存在3个传播链。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒A6型 VP1基因 基因特征分析
云南省疫苗衍生脊髓灰质炎病毒全基因组序列遗传特征分析
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作者 汤晶晶 张杰 +3 位作者 李凯 赵智娴 丁峥嵘 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期459-464,共6页
为了解云南省疫苗衍生脊髓灰质炎病毒(Vaccine-derived Poliovirus,VDPV)的基因组特征,对2010年及2012年监测到的4株VDPV进行全基因组序列测定。结果显示,2株Ⅱ型VDPV的基因组全长均为7439nt,与Sabin Ⅱ疫苗株全基因组核苷酸和氨基酸... 为了解云南省疫苗衍生脊髓灰质炎病毒(Vaccine-derived Poliovirus,VDPV)的基因组特征,对2010年及2012年监测到的4株VDPV进行全基因组序列测定。结果显示,2株Ⅱ型VDPV的基因组全长均为7439nt,与Sabin Ⅱ疫苗株全基因组核苷酸和氨基酸的序列同源性分别为95.4%和97.7%;2株I型VDPV基因组全长均为7441nt,与Sabin I疫苗株全基因组核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为93.9%和97.9%。减毒位点分析发现II型和I型VDPV毒株分别有两个(nt 481和nt 2909)和三个减毒位点(nt 480、nt 2795和nt 6203)发生了回复突变。VP1序列分析显示II型和I型VDPV毒株与相应Sabin株的变异分别为1%和2.3%,重组分析显示II型和I型VDPV的基因组结构分别为S2/S3和S1/S2/S1/S3,后者的重组次数高达3次,显示了重组的普遍性和复杂性,也表明了病毒在人体内复制和传播的持久性与重组的多样性成正相关。因此,从分子水平分析VDPV的特性,可掌握病毒的变异动态,为制定科学可行的VDPV控制策略提供理论依据。 展开更多
关键词 疫苗衍生脊髓灰质炎病毒 基因特征 序列测定和分析
云南省2012年柯萨奇病毒A组16型基因特征分析
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作者 寸建萍 尹洁 +5 位作者 姜黎黎 周晓芳 徐闻 伏晓庆 张勇 《中国病毒病杂志》 CAS 2016年第3期202-205,共4页
目的分析云南省2012年引起手足口病(hand-foot—and—mouth disease,HFMD)流行的柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CV-A16)的基因特征,为今后开展CV-A16的分子流行病学研究和疾病防控提供数据。方法对从云南省2012年HFMD患... 目的分析云南省2012年引起手足口病(hand-foot—and—mouth disease,HFMD)流行的柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CV-A16)的基因特征,为今后开展CV-A16的分子流行病学研究和疾病防控提供数据。方法对从云南省2012年HFMD患者样本中分离到的CV—A16,采用逆转录-聚合酶链反应扩增VP1基因片段全长,并对扩增产物进行测序。根据VP1基因核苷酸序列结果,从中选取20株与其他CV-A16毒株序列(来源于基因库)构建亲缘性关系树,并且进行核苷酸和氨基酸同源性分析。结果从云南省2012年HFMD患者样本中共分离到112株CV—A16,均为B1基因型,其中102株为Blb亚型,10株为Bla亚型,选取所有的Bla和10株Bib进行分析,核苷酸和氨基酸的同源性分别为89.10%~97.87%和98.91%~100.00%。结论引起2012年云南省HFMD流行的CV-A16毒株属于B1基因型的两大进化分支Bla和Blb,两个进化分支在云南共同进化和流行。 展开更多
关键词 手足口病 柯萨奇病毒A组16型 基因型 分子流行病学
2015年云南省急性弛缓性麻痹病例中非脊髓灰质炎肠道病毒的鉴定分析 被引量:2
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作者 陈苏 +4 位作者 汤晶晶 丁峥嵘 李凯 张杰 陆林 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期676-680,共5页
目的:了解2015年云南省急性弛缓性麻痹( acute flaccid paralysis, AFP)病例中非脊髓灰质炎肠道病毒( non-polio enterovirus, NPEV)的携带情况,并对分离的肠道病毒71型( enterovirus 71, EV71)作基因特征分析。方法2015年云南... 目的:了解2015年云南省急性弛缓性麻痹( acute flaccid paralysis, AFP)病例中非脊髓灰质炎肠道病毒( non-polio enterovirus, NPEV)的携带情况,并对分离的肠道病毒71型( enterovirus 71, EV71)作基因特征分析。方法2015年云南省疾病预防控制中心共报告213例15岁以下AFP病例,对213例AFP标本进行病毒分离,分离到的NPEV进行VP1区基因分型。用SPSS22.0软件对云南省近5年AFP病例的NPEV分离率进行比较,并应用MEGA6.06软件对分离到的EV71与其基因库代表株进行进化树分析和作图。进化树用临位相接法( neighbor joining method)做成,所用模式为Kimura二参数置换法( Kimura 2-parameter substitution model)。用1000个pseudo replicate datasets进行进化树bootstrap统计学分析。结果213例AFP病例中共检测到23株NPEV,其中7株为人肠道病毒A组(2个血清型,其中6株为EV71,均属于C4亚型),14株为人肠道病毒B组(8个血清型),2株为人肠道病毒C组,未分离到人肠道病毒D组病毒。云南省近5年AFP病例中NPEV分离率比较的统计检验结果为P=0.101,差异无统计学意义。结论2015年云南省AFP病例中NPEV携带率与往年持平,EV71基因特征分析表明云南省流行的EV71仍然是C4亚型。 展开更多
关键词 急性弛缓性麻痹 非脊髓灰质炎病毒 肠道病毒71型 病毒分型
埃可病毒7型云南分离株VP1编码序列基因特征分析
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作者 何丽芳 李徽 +3 位作者 丁峥嵘 张杰 赵智娴 《中国病毒病杂志》 CAS 2016年第4期261-264,共4页
目的对从云南省病毒性脑炎监测平台中分离到的3株埃可病毒7型(echovirus 7,E7)VP1编码序列进行扩增和测序,并与E7病毒原型株(Wallace)及以前云南省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例、健康人群和环境污水中分离的E... 目的对从云南省病毒性脑炎监测平台中分离到的3株埃可病毒7型(echovirus 7,E7)VP1编码序列进行扩增和测序,并与E7病毒原型株(Wallace)及以前云南省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例、健康人群和环境污水中分离的E7病毒一起进行VP1编码序列基因特征分析。方法用RT-PCR方法扩增3株病毒VP1编码序列并进行序列测定。用MEGA 5.0软件构建3株病毒、E7病毒原型株及云南省以前分离的E7病毒的VP1编码序列进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果 E7病毒原型株(Wallace)为基因型A,云南分离株为基因型B,基因型B又可分为两个亚型,即亚型1(subtype 1)和亚型2(subtype 2),每个亚型又可分为两个不同的进化分支(lineage)。3株病毒性脑炎分离株属于亚型1的进化分支2(lineage 2)。结论 E7是一个重要的病毒,在基因进化树中云南省脑炎监测平台分离的E7自成一簇,单独构成一个进化分支,加强E7病毒的研究具有重要意义。 展开更多
关键词 埃可病毒7型 病毒性脑炎 VP1编码序列 基因特征分析
云南省2007-2010年急性迟缓性麻痹病例和健康儿童中非脊灰肠道病毒的比较研究 被引量:1
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作者 张杰 丁峥嵘 +2 位作者 赵智娴 汤晶晶 《中国病毒病杂志》 CAS 2015年第4期287-292,共6页
目的对2007-2010年云南省急性迟缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例和健康儿童中非脊灰肠道病毒(non-polio enterovirus,NPEV)的分离情况进行比较,分析引起AFP的主要病原并对分离到的病毒基因特征进行分析。方法对云南省2007-2... 目的对2007-2010年云南省急性迟缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例和健康儿童中非脊灰肠道病毒(non-polio enterovirus,NPEV)的分离情况进行比较,分析引起AFP的主要病原并对分离到的病毒基因特征进行分析。方法对云南省2007-2010年AFP病例粪便样本和<15岁健康儿童粪便样本进行病毒分离和基因测序定型,对两类人群中的病毒分离状况进行比较。结果 2007-2010年共从931例AFP病例粪便样本中检测到NPEV 63株,分离率为6.8%(63/931),其中肠道病毒A组(enterovirus A,EV-A)12株,占19.1%(12/63),肠道病毒B组(EV-B)46株,占73.0%(46/63),肠道病毒C组(EV-C)5株,占7.9%(5/63);从1 256份健康人群粪便样本中分离到NPEV 115株,分离率为9.2%(115/1256),其中EV-A 5株,占4.4%(5/115),EV-B 101株,占87.8%(101/115),EV-C 9株,占7.8%(9/115);在两组人群中均未分离到肠道病毒D组(EV-D)病毒。对两组人群中常见病毒的基因进化分析表明,这些病毒具有基因多样性特点。结论云南省2007-2010年连续4年的监测表明,AFP病例中EV-A组病毒和EV-C的分离率(19.1%和7.9%)均高于健康人群(4.3%和7.8%),而健康人群中EV-B组病毒阳性率(87.8%)高于AFP病人(73.0%),EV-A组病毒和EV-C组病毒可能是引起AFP的主要病原。基因进化分析表明,云南省EV-B组病毒中的某些病毒可分为2~5个不同的进化分支(Cluster),具有基因多样性特点。 展开更多
关键词 非脊灰肠道病毒 急性迟缓性麻痹 健康儿童 基因特征分析
云南省2005年急性弛缓性麻痹病例中非脊髓灰质炎肠道病毒的分子分型 被引量:1
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作者 赵智娴 丁峥嵘 +2 位作者 张杰 汤晶晶 《中国病毒病杂志》 2015年第1期33-39,共7页
目的描述云南省2005年急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例中非脊髓灰质炎肠道病毒(non-polio enterovirus,NPEV)的带毒情况和新发现的新型肠道病毒90型(newer enterovirus 90,EV90)的基因特征。方法 2005年云南省... 目的描述云南省2005年急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例中非脊髓灰质炎肠道病毒(non-polio enterovirus,NPEV)的带毒情况和新发现的新型肠道病毒90型(newer enterovirus 90,EV90)的基因特征。方法 2005年云南省共报告232例AFP病例,共采集到〈15岁AFP病例222例的双份便标本。对222例AFP标本进行病毒分离,对分离到的NPEV进行VP1基因序列测定。用MEGA5.0软件进行进化树分析和作图。进化树用临位相接法(neighbor joining method)作成,所用模式为Kimura二参数置换法(Kimura 2-parameter substitution model)。用1 000个pseudoreplicate datasets进行进化树bootstrap统计学分析。结果 222例患者中共检测脊髓灰质炎病毒(poliovirus,PV)10株(10/222,4.5%),均为疫苗株,未发现脊髓灰质炎病毒野病毒(wild poliovirus,WPV);检测到NPEV17株(17/222,7.7%),其中4株为人类肠道病毒A组(4个血清型,其中1株为新型病毒EV90),云南株EV90与山东3株之间的核苷酸(nt)同源性为95.7%~96.5%(差异率为3.5%~4.3%),氨基酸(aa)同源性为98.5%~99.5%(差异率为0.5%~1.5%),说明云南株更接近山东株03446-SD-CHN-2003(GQ253428),两地毒株差异不大。12株为人类肠道病毒B组(9个血清型),1株为人类肠道病毒C组(1个血清型,为新型病毒EV96),未分离到人类肠道病毒D组病毒。结论 2005年云南省AFP病例中NPEV携带率与往年持平。新型病毒EV90基因进化分析结果表明EV90病毒存在基因多样性特点。 展开更多
关键词 急性弛缓性麻痹 非脊髓灰质炎肠道病毒 新型肠道病毒90型 基因特征分析
云南省人类埃可病毒19型的分子流行病学分析
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作者 张杰 丁峥嵘 +2 位作者 赵智娴 汤晶晶 《中国病毒病杂志》 2014年第2期122-127,共6页
目的分析云南省1997—2013年急性迟缓型麻痹(AFP)病例和健康儿童中分离到的人类埃可病毒19型(echovirus19,E19)VP1区基因特征及其分子流行病学特点。方法对分离到的非脊灰肠道病毒(non-polioenterovirus,NPEV)VP1区基因进行逆... 目的分析云南省1997—2013年急性迟缓型麻痹(AFP)病例和健康儿童中分离到的人类埃可病毒19型(echovirus19,E19)VP1区基因特征及其分子流行病学特点。方法对分离到的非脊灰肠道病毒(non-polioenterovirus,NPEV)VP1区基因进行逆转录聚合酶链反应(RT—PCR),将PCR产物送生物工程(上海)有限公司用双脱氧链终止法进行双向测序,采用Sequencher4.0软件对序列进行编辑,按Obester的方法对病毒进行定型,对E19病毒与基因库(GenBank)和文献中检索到的国内外不同时期的E19VP1区进行比较。用Neighbor—joiningmethod构建病毒基因进化树,用1000个Psudoreplicatedatasets进行Bootstrap统计学分析。结果云南省1997—2013年从急性迟缓型麻痹(AFP)病例和健康儿童共3750例中分离到26株E19病毒,与GenBank和文献中检索到的28株进行基因进化分析,54株病毒可分为6个基因型。云南省不同来源(AFP或健康人群)、不同时间分离到的E19主要分布在2、4、5型的基因进化分支,E19具有基因、地理和时间分布多样性特点。结论利用基因测序的方法持续对云南省AFP病例和健康儿童进行肠道病毒监测,增加和更新病毒基因序列,对今后开展肠道病毒的分子流行病学研究,确认病毒传播来源具有重要意义。 展开更多
关键词 急性迟缓型麻痹 埃可病毒19型 分子流行病学
2013年云南省内地及边境地区健康儿童肠道病毒带毒调查研究 被引量:1
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作者 赵智娴 丁峥嵘 +2 位作者 张杰 汤晶晶 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第8期583-588,共6页
目的:了解2013年云南省内地及边境地区健康儿童肠道病毒(enterovirus, EV)带毒情况及病毒型别,并对埃可病毒19型(echovirus 19, E19)和柯萨奇病毒B组3型(coxsackievirus B3, CB3)的基因特征进行分析。方法采集6个内地州(市... 目的:了解2013年云南省内地及边境地区健康儿童肠道病毒(enterovirus, EV)带毒情况及病毒型别,并对埃可病毒19型(echovirus 19, E19)和柯萨奇病毒B组3型(coxsackievirus B3, CB3)的基因特征进行分析。方法采集6个内地州(市)10个县(市)及6个边境州(市)10个县(市)<15岁健康儿童粪便标本606份(均为单份便样,其中内地儿童300份,边境儿童306份),进行病毒分离和基因测序定型。结果606份粪便标本中共检测到EV 38株(带毒率为6.27%),其中,从内地儿童分离到14株,分离率4.66%(14/300),从边境儿童中分离到肠道病毒24株,分离率7.84%(24/306)。38株EV中,脊髓灰质炎病毒(poliovirus, PV)7株(阳性率1.16%,其中1株为PV1+2混合型),均为疫苗株,未发现脊灰野病毒;检测到非脊灰肠道病毒(non-poliovirus, NPEV)31株(阳性率5.12%),均为人类肠道病毒B组(human enterovirus B, HEV-B)病毒,未分离到人类肠道病毒A组( HEV-A)和D组( HEV-D)病毒。结论2013年云南省健康儿童中,边境地区儿童肠道病毒携带率高于内地儿童,并以HEV-B组病毒为主。未分离到脊灰野病毒,云南省维持无脊灰状态良好。对云南省E19和CB3病毒的基因进化特征分析表明这两种病毒具有基因多样性特点。 展开更多
关键词 肠道病毒 健康儿童 边境地区 测序定型
云南省外环境中人类埃柯病毒7型分子流行病学分析 被引量:1
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作者 赵智娴 丁峥嵘 +2 位作者 张杰 汤晶晶 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期66-72,共7页
为掌握云南省外环境中肠道病毒流行和进化趋势,对从云南省外环境标本中分离到的4株病毒进行VP1基因序列测定。用肠道病毒通用引物187、188、189/011扩增病毒VPI区,直接对聚合酶链反应产物进行测序。所得序列在基因库进行广泛搜索,... 为掌握云南省外环境中肠道病毒流行和进化趋势,对从云南省外环境标本中分离到的4株病毒进行VP1基因序列测定。用肠道病毒通用引物187、188、189/011扩增病毒VPI区,直接对聚合酶链反应产物进行测序。所得序列在基因库进行广泛搜索,并与所有EV基因的相同区域进行比较。结果4株病毒为ECH07。运用Mega软件与从GenBank中搜索到的68个ECH07VP1区基因序列进行同源性分析,发现云南省外环境和人际间EcH07病毒位于不同的分支。说明不同ECH07病毒流行有地域特点和时间流行特点,同一时间同一个地区内存在不同的传播链,中国云南省同一时间内外环境和人际间ECH07病毒有不同的传播链且进化速度不同,值得关注。利用分子生物学方法持续对云南省外环境中肠道病毒进行监测,可为肠道病毒病的预警提供有力支持。 展开更多
关键词 外环境 ECHO7 分子流行病学
云南省新型肠道病毒EV80的基因特征分析
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作者 丁峥嵘 +2 位作者 张杰 赵智娴 汤晶晶 《中国病毒病杂志》 2014年第1期29-33,共5页
目的对云南省3株新型肠道病毒EV80的基因特征进行分析。方法对3株EV80病毒VP1区基因进行RT—PCR和基因测序,并在NCBI、EBI和DDBJ三大基因库搜索EV80VP1区基因序列,用MEGA5.0软件计算所得序列的核苷酸和氨基酸相似性,并做基因树进行... 目的对云南省3株新型肠道病毒EV80的基因特征进行分析。方法对3株EV80病毒VP1区基因进行RT—PCR和基因测序,并在NCBI、EBI和DDBJ三大基因库搜索EV80VP1区基因序列,用MEGA5.0软件计算所得序列的核苷酸和氨基酸相似性,并做基因树进行基因特征分析。结果共检索到35株EV80的VP1区基因序列,去除序列太短不能分析的2株,对云南株和基因库中共33株进行了分析。33株病毒可分为4个基因型,原型株USA—CA67—10387单独聚成一组,为基因型A,云南株和山东株同属基因型D,为中国特有的基因型。结论虽然目前全世界新型肠道病毒EV80的分离数不多,但其地理分布较为广泛,不同国家、地区的毒株大都为不同的基因型,具有基因多样性特点。本研究对今后中国开展新型肠道病毒EV80的分子流行病学研究和传播链的发现和疫情处置提供了实验室基础。 展开更多
关键词 新型肠道病毒 EV80 VP1区基因
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