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不同大小规格墨西哥湾扇贝(Argopecten irradians concentricus)转录组分析及生长相关基因筛选
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作者 谭杰 姚高友 +2 位作者 陶雅 刘志刚 刘付少梅 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期40-50,共11页
墨西哥湾扇贝(Argopecten irradians concentricus)是中国双壳贝类养殖的重要经济品种,具有较高的研究价值,然而,转录组学及基因组学信息的匮乏,严重制约了该贝的遗传改良进程。本研究基于Illumina Hi SeqTM2000平台,对5月龄大规格(平... 墨西哥湾扇贝(Argopecten irradians concentricus)是中国双壳贝类养殖的重要经济品种,具有较高的研究价值,然而,转录组学及基因组学信息的匮乏,严重制约了该贝的遗传改良进程。本研究基于Illumina Hi SeqTM2000平台,对5月龄大规格(平均体质量16.05 g)和小规格(平均体质量5.57 g)墨西哥湾扇贝进行转录组测序,经de nove组装,大、小规格墨西哥湾扇贝分别获得120 563和118 794条高质量unigenes,unigene的平均长度分别为944 bp和969 bp;按照FDR≤0.001且|log2Ratio|≥1的原则,共筛选出9 901个差异表达基因,其中,大规格组相对于小规格组,上调基因4 976个(50.26%),下调基因4 925个(49.74%);六大公共数据库Blast比对结果显示,差异表达基因在Nr数据库的注释率最高,其次是GO数据库;从已获功能注释的差异表达基因中筛选得到47个生长相关候选基因,涉及多个生长因子及其受体;GO功能富集结果显示,膜、L-氨基酸运输和糖基键水解酶活性分别是细胞组分、生物过程和分子功能富集unigene最多的条目;Pathway富集分析发现,3 699条差异表达基因被成功注释到252条代谢通路中,其中33条为显著性富集通路(p<0.05),富集度最高的是焦点粘附;大规格组中共鉴定出10 870个SSRs和242 551个SNPs,小规格组中共鉴定出10 857个SSRs和228 121个SNPs。研究结果为墨西哥湾扇贝分子标记批量开发、功能相关基因挖掘以及分子遗传育种提供了理论数据支撑。 展开更多
关键词 墨西哥湾扇贝 转录组 生长相关基因 分子标记
基于渔港抽样调查不同捕捞方式CPUE单位标准化新方法 预览
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作者 陶雅 冯波 +3 位作者 易木荣 李波 卢伙胜 颜云榕 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2019年第2期15-24,共10页
本研究是在阐明传统CPUE(Catch Per Unit Effort)单位表述多样性的基础上,分析传统CPUE存在的不确定性、单位不统一性以及解析与意义不完整等问题。对24个CPUE单位,首先通过通用性标准,筛选出各种捕捞方式均能适用的8个CPUE单位;再通过... 本研究是在阐明传统CPUE(Catch Per Unit Effort)单位表述多样性的基础上,分析传统CPUE存在的不确定性、单位不统一性以及解析与意义不完整等问题。对24个CPUE单位,首先通过通用性标准,筛选出各种捕捞方式均能适用的8个CPUE单位;再通过相似性标准,对CPUE单位聚类分成2组,并在每组中筛选出最佳单位为kg/(kW·d)和kg/d;最后通过稳定性筛选标准对其标准差与变异系数值计算,最终得到CPUE的标准单位:kg/(kW·d),并确定CPUE的表达形式。本研究还基于CPUE单位标准化进行了实证分析,对2016年4个季度南海三省区的9种主要作业类型渔船的生产调查数据进行了分析比较,捕捞能力大小依次为:围网>双拖>刺网>罩网>张网>单拖>拖虾>笼壶>钓具。CPUE经单位标准化后已具备进行捕捞产量统计、评估渔船捕捞能力、衡量资源相对丰度指数、评估渔业资源利用水平等功能。 展开更多
关键词 CPUE 单位标准化 kg/(kW·d) kg/d 捕捞能力
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南海大眼金枪鱼(Thunnus obesus)摄食生态研究 预览
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作者 李波 阳秀芬 +5 位作者 王锦溪 易木荣 何雄波 陶雅 冯波 颜云榕 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期336-346,共11页
根据2011年12月—2013年2月于我国南海海域采用金枪鱼延绳钓以及灯光罩网调查捕获的大眼金枪鱼(Thunnus obesus)的各项基础生物学以及胃含物的数据,对其摄食生态进行了分析研究。结果表明:(1)南海海域大眼金枪鱼的食物组成包括鸢乌贼、... 根据2011年12月—2013年2月于我国南海海域采用金枪鱼延绳钓以及灯光罩网调查捕获的大眼金枪鱼(Thunnus obesus)的各项基础生物学以及胃含物的数据,对其摄食生态进行了分析研究。结果表明:(1)南海海域大眼金枪鱼的食物组成包括鸢乌贼、帆蜥鱼、金色小沙丁鱼、飞鱼、竹荚鱼、鲐鱼、小公鱼属、圆鲹属以及不可辨别的鱼类与虾类,其主要饵料生物为鸢乌贼(%IRI=45.21),其次为金色小沙丁鱼(%IRI=21.36)和帆蜥鱼(%IRI=13.72);(2)空胃率与平均饱满指数随季节变化明显,空胃率在春季时会达到顶峰(37.9%),秋季时最低(16.7%),呈先下降后上升趋势,同时平均饱满指数也在春季达到最高值(0.33),随季节下降并稳定于0.1,空胃率随性腺成熟度的提高有明显上升趋势,平均饱满度指数在性成熟度Ⅰ期与Ⅵ期均呈现高值(1.18、1.04);(3)Shannon-Weiner多样性指数H′和Pielou均匀度指数J随季节变化呈现出明显的变化,Shannon-Weiner多样性指数H′随叉长组基本在1.52—1.72之间变化,Pielou均匀度指数J随性腺成熟度的提高有逐步下降的趋势;(4)营养长度(NR)较高,说明其摄食的饵料成分多、氮来源较复杂,基础食物来源(CR)和生态位总空间(TA)的冬季指标值近乎夏季指标的两倍;通过δ^15N稳定同位素法计算大眼金枪鱼的平均营养级为4.73。总体上,南海海域大眼金枪鱼主要以头足类和鱼类为食,其摄食习性与季节和个体发育相关,在食物链中处于较高营养位置。 展开更多
关键词 南海海域 大眼金枪鱼 摄食习性 碳氮稳定同位素 营养级
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马氏珠母贝F8代4种壳色选育群体的EST-SSR遗传多样性分析 预览 被引量:1
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作者 谭杰 孙宗红 +4 位作者 陶雅 姚高友 刘付少梅 刘锦上 刘志刚 《水产科学》 CSCD 北大核心 2018年第4期505-511,共7页
利用10对EST-SSR分子标记研究红、白、黑、黄4种壳色马氏珠母贝F8代人工选育群体的遗传多样性。结果显示,10个位点共扩增出46个等位基因,各位点的等位基因数为2~7。红、黑、白、黄4种壳色群体的平均等位基因数分别为4.0、3.7、3.6、3.5... 利用10对EST-SSR分子标记研究红、白、黑、黄4种壳色马氏珠母贝F8代人工选育群体的遗传多样性。结果显示,10个位点共扩增出46个等位基因,各位点的等位基因数为2~7。红、黑、白、黄4种壳色群体的平均等位基因数分别为4.0、3.7、3.6、3.5;平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.445~0.627和0.479~0.580;Shannon多样性指数为0.850~1.042;平均多态信息含量为0.423~0.509。黄壳色群体中各遗传参数值最小,而红壳色群体中除有效等位基因数外,其余参数(等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量、Shannon多样性指数)值均最大。40个群体—位点组合中有31个组合显著偏离平衡(P〈0.05),占总位点的77.5%。群体间的遗传分化指数为0.0101~0.3025,平均值为0.1206(0.05〈遗传分化指数〈0.15),处于中等程度分化,这与课题组8年定向选育有关。群体间的基因流值为0.5764~24.5841,平均值为1.8225。红壳色群体和黑壳色群体的遗传相似系数最大(0.8418),遗传距离最小(0.1722),最先聚为一类;白壳色群体和黄壳色群体的遗传相似系数最小(0.7107),遗传距离最大(0.3415)。经8代群体继代选育,4种壳色马氏珠母贝群体仍保持着较高的遗传多样性,其中红壳色群体的遗传多样性最高,黄壳色群体的遗传多样性最低。 展开更多
关键词 马氏珠母贝 人工选育 EST-SSR 遗传多样性
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New record of Japanese snake blenny Xiphasia matsubarai(Perciformes:Blenniidae) from South China Sea 预览
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作者 易木荣 招春旭 +2 位作者 宿鑫 陶雅 颜云榕 《海洋湖沼学报(英文)》 SCIE CAS CSCD 2018年第4期1401-1407,共7页
关键词 西沙群岛 生物学 生活习性
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扇贝“渤海红”与墨西哥湾扇贝转录组SSR信息分析及unigene功能注释
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作者 谭杰 姚高友 +2 位作者 刘志刚 刘付少梅 陶雅 《基因组学与应用生物学》 CSCD 北大核心 2018年第12期5242-5250,共9页
墨西哥湾扇贝是中国南方海域养殖的重要经济贝类,由于连续累代养殖,种质退化严重,扇贝“渤海红”为山东省近几年培育的国家级新品种,性状优势明显。课题组从北方引进扇贝“渤海红”拟与南方墨西哥湾扇贝进行育成杂交,创新墨西哥湾扇贝... 墨西哥湾扇贝是中国南方海域养殖的重要经济贝类,由于连续累代养殖,种质退化严重,扇贝“渤海红”为山东省近几年培育的国家级新品种,性状优势明显。课题组从北方引进扇贝“渤海红”拟与南方墨西哥湾扇贝进行育成杂交,创新墨西哥湾扇贝种质资源。本研究利用MISA软件对两种扇贝转录组测序获得的unigene序列进行检索,开发SSR标记,同时对SSR位点的生物学信息进行分析,对含SSR的unigene进行功能和KEGG代谢通路注释,并利用primer5软件设计SSR引物。结果显示:扇贝“渤海红”转录组中平均8.27kb出现1个SSR,出现频率为0.11,检索到的11512个SSR分布于9681条unigene上,涉及到137种重复基元,二核苷酸SSR数最多(5469),占比为46.66%,其次是单核苷酸(4039),占比为34.46%。墨西哥湾扇贝转录组中,共发现12241个SSR位点,分布于10362条unigene序列上,平均8.78kb出现1个SSR,出现频率为0.10,共包含140种重复基元,SSR重复类型以二核苷酸为主,占SSR总数的45.61%。两种扇贝转录组SSR的重复次数主要集中在5~10次。A/T、AT和ATC/ATG分别是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸的优势重复基元。两种扇贝转录组中共筛选出33个含SSR的生长相关unigene,且被注释到KEGG代谢通路的含特异SSR的unigene全部富集在新陈代谢和遗传信息处理两大一级通路中。两种扇贝SSR标记的开发,为杂交双亲遗传差异分析、杂交子代鉴定和杂种优势预测等奠定了分子辅助育种基础。 展开更多
关键词 转录组 SSR 墨西哥湾扇贝 扇贝“渤海红” 功能注释
南海黄鳍金枪鱼(Thunnusalbacores)摄食习性及其随生长发育的变化 预览 被引量:1
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作者 陶雅 莫檬 +3 位作者 何雄波 冯波 卢伙胜 颜云榕 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2017年第4期1-10,共10页
基于2012-2013年在我国南海水域调查获得的黄鳍金枪鱼(Thunnusalbacores)生物学基础性数据,利用传统胃含物分析方法并结合碳、氮稳定同位素技术对黄鳍金枪鱼摄食习性进行了研究。结果显示,南海黄鳍金枪鱼食物组成包括鸢乌贼(Stheno... 基于2012-2013年在我国南海水域调查获得的黄鳍金枪鱼(Thunnusalbacores)生物学基础性数据,利用传统胃含物分析方法并结合碳、氮稳定同位素技术对黄鳍金枪鱼摄食习性进行了研究。结果显示,南海黄鳍金枪鱼食物组成包括鸢乌贼(Sthenoteuthisoualaniensis)、枪乌贼属(Uroteuthis)、乌贼属(Sepia)、圆够属(Decapterus)、蛇鲭属(Gempylus)、帆蜥鱼似lepisaurusferox)、日本乌鲂(Bramajaponica)、燕鳐属(Cypselurus)、甲壳类动物及不可辨别鱼类等饵料类群,其中,鸢乌贼(IRI=51.07%)、圆够属(IRI=39.81%)及不可辨别鱼类(IRI=6.62%)为主要饵料食物。黄鳍金枪鱼的空胃率、平均饱满指数和食物组成都有明显的月变化(P〈0.05)。空胃率随叉长组变化呈较明显的上升趋势,各叉长组之间空胃率变化显著(P〈0.05);平均饱满指数随叉长变化较大。当又长组为130-160cm时,Shannon.Weiner多样性指数日在0.50—1.18之间变化,Pielou均匀度指数,在0.10-0.32之间。基于氮稳定同位素计算的黄鳍金枪鱼各叉长组的平均营养级为3.54。 展开更多
关键词 南海 黄鳍金枪鱼 摄食生态 Shannon-Weiner多样性指数H Pielou均匀度指数J
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北部湾斑鳍白姑鱼群体结构特征与时空分布 预览 被引量:2
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作者 何雄波 陶雅 +2 位作者 侯刚 卢伙胜 颜云榕 《广东海洋大学学报》 CAS 2015年第3期35-42,共8页
2010-2011年在北部湾以底拖网方式按季节定点采样,采集到斑鳍白姑鱼(Pennahia pawak)样本共2 425尾,通过生物学测定及耳石年轮鉴定,研究北部湾斑鳍白姑鱼种群结构及时空分布特征。结果显示:样品体长65-203 mm,体质量5.2-224.0 g,优... 2010-2011年在北部湾以底拖网方式按季节定点采样,采集到斑鳍白姑鱼(Pennahia pawak)样本共2 425尾,通过生物学测定及耳石年轮鉴定,研究北部湾斑鳍白姑鱼种群结构及时空分布特征。结果显示:样品体长65-203 mm,体质量5.2-224.0 g,优势体长组为81-130 mm(占84%),优势体质量组为10.1-50.0 g(占83%),平均体长为107 mm,平均体质量为32.5 g;年龄组成主要是0-2龄,大部分1龄以下,未发现3龄及以上样品;1龄样品平均体长153 mm,2龄样品平均体长180 mm。北部湾斑鳍白姑鱼的繁殖期为春季,其渔业资源主要分布在108°-110°E,19°-22°N的湾内海域,资源密度有明显的季节性波动,出现频率、资源密度范围、平均资源密度春季最小,分别为28%、1.59-18.78 kg/km^2、1.6 kg/km^2,夏季、秋季逐渐递增,冬季最大,分别为56%、5.24-74.80 kg/km^2、19.0 kg/km^2。 展开更多
关键词 斑鳍白姑鱼 种群结构 渔业资源 北部湾
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