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高通量测序平台发展及在临床分子诊断中的应用与展望
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作者 童永清 李艳 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期73-76,共4页
高通量测序又称下一代测序(NGS),是一种新型的遗传学筛查和诊断技术,它的不断革新加速了人们对遗传学标志物及疾病分子机制的认识,特别是针对复杂遗传性疾病。NGS技术的发展,特别是靶向基因组测序、全基因组外显子组测序以及全基因组测... 高通量测序又称下一代测序(NGS),是一种新型的遗传学筛查和诊断技术,它的不断革新加速了人们对遗传学标志物及疾病分子机制的认识,特别是针对复杂遗传性疾病。NGS技术的发展,特别是靶向基因组测序、全基因组外显子组测序以及全基因组测序项目的出现,NGS在临床已经应用到检测单核苷酸变性以及结构重排和拷贝数变异,监测循环肿瘤DNA,并分析先前对标准生物信息学算法进行管理所挑战的基因组区域等。 展开更多
关键词 高通量核苷酸序列分析 分子诊断技术 DNA拷贝数变异 循环肿瘤DNA 基因组
孕11~13周^+6超声筛查胎儿结构畸形与染色体异常
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作者 郑菊 冯洁玲 +4 位作者 林美芳 雷婷 杜柳 彭软 谢红宁 《中华围产医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期488-494,共7页
目的分析孕11~13周^+6超声筛查发现的胎儿结构畸形,探讨其种类及其与染色体核型及拷贝数变异的关系。方法对2013年1月至2017年12月在中山大学附属第一医院行孕11~13周^+6超声测量颈项透明层的胎儿进行全身结构筛查。发现胎儿结构畸形后... 目的分析孕11~13周^+6超声筛查发现的胎儿结构畸形,探讨其种类及其与染色体核型及拷贝数变异的关系。方法对2013年1月至2017年12月在中山大学附属第一医院行孕11~13周^+6超声测量颈项透明层的胎儿进行全身结构筛查。发现胎儿结构畸形后行染色体核型或微阵列分析,并在孕16~18周超声复查。随访至分娩。采用Fisher确切概率法进行统计学分析。结果共362例胎儿纳入研究。检出致死性畸形101例(27.9%),严重畸形253例(69.9%),轻微畸形8例(0.2%)。发生较多的前三位系统畸形依次为心脏畸形(32.6%,118/362)、中枢神经系统畸形(24.9%,90/362)及前腹壁畸形(20.9%,76/362)。共107例行染色体核型或染色体微阵列分析,其中致死性畸形25例,严重畸形79例,轻微畸形3例。共检出染色体核型异常30例(28.0%,30/107),其中28例为染色体非整倍体,2例为染色体片段异常。99例CMA检查病例中,25例为染色体核型异常,其余74例中检出拷贝数变异8例,3例(4.05%,3/74)为致病性。严重畸形组中染色体核型异常发生率[32.9%(26/79)]高于致死性畸形组[12.0%(3/25)](P=0.045)。117例中孕期超声复查,16例(13.7%,16/117)未发现异常,19例(16.2%,19/117)心脏畸形修正了主要诊断,5例(4.3%,5/117)新检出其他结构畸形,其余77例的诊断与孕11~13周^+6检查一致。复查后49例引产;39例双胎之一及4例三胎之一畸形减胎;25例继续妊娠,新生儿均存活。孕11~13周^+6超声检查未发现异常的23 699例中,随访到20 182例(85.2%),其中中晚孕超声检查发现胎儿结构异常178例,出生后发现新生儿结构异常31例。结论孕1l~13周^+6超声检查对发现胎儿结构畸形具有重要价值,但尚不能代替中孕期超声检查。早孕期检出的胎儿结构畸形中染色体核型异常的风险高。染色体微阵列分析可进一步检出致病性拷贝数变异,但阳性检出率相对较低。 展开更多
关键词 先天畸形 染色体畸变 DNA拷贝数变异 微阵列分析
全外显子组测序技术用于妊娠早中期严重肢体短小胎儿的病因分析
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作者 张鑫悦 游艳琴 +5 位作者 周红辉 汪淑娟 谢潇潇 张蔓丽 汪龙霞 卢彦平 《中华妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期221-225,共5页
目的使用全外显子组测序(WES)为妊娠早、中期严重肢体短小胎儿查找致病原因。方法收集2016年9月至2018年6月解放军总医院收治的妊娠早、中期严重肢体短小胎儿共13例。13例孕妇知情同意后均引产,其中6例同时取羊水行染色体核型分析;引产... 目的使用全外显子组测序(WES)为妊娠早、中期严重肢体短小胎儿查找致病原因。方法收集2016年9月至2018年6月解放军总医院收治的妊娠早、中期严重肢体短小胎儿共13例。13例孕妇知情同意后均引产,其中6例同时取羊水行染色体核型分析;引产后取胎儿组织提取基因组DNA,行全基因组拷贝数变异(CNV)检测和WES,并对WES检测到的可疑致病位点行Sanger测序验证。结果行染色体核型分析的6例胎儿染色体核型均未见异常;13例胎儿CNV检测均未见变异。13例胎儿的WES结果示,10例胎儿发现致病或可能致病的调控骨骼系统发育的关键基因突变,包括COL2A1、FGFR3、COL1A1、COL1A2、DYNC2LI1、TRIP11基因等;余3例未发现疾病相关性较高的基因变异。WES对妊娠早、中期严重肢体短小胎儿的诊断率为10/13。结论妊娠早、中期胎儿严重肢体短小多为单基因遗传病,使用WES的诊断率高,可为大部分患儿查明致病原因。 展开更多
关键词 骨疾病 发育性 妊娠初期 妊娠中期 全外显子组测序 DNA拷贝数变异
面-肩-肱型肌营养不良症1型患者基因型与临床表型的相关分析 预览
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作者 李欢 陈秋 +5 位作者 林金福 廖子钰 王倞 利婧 朱瑜龄 张成 《中国现代神经疾病杂志》 CAS 北大核心 2019年第5期336-342,共7页
目的探讨面-肩-肱型肌营养不良症1型(FSHD1型)患者临床表型、基因型及二者之间的关联性。方法2017年1月至2018年9月经单分子荧光原位杂交技术共确诊25例FSHD1型患者,对其临床资料、基因型及实验室检查结果进行回顾分析;按肌肉受累部位... 目的探讨面-肩-肱型肌营养不良症1型(FSHD1型)患者临床表型、基因型及二者之间的关联性。方法2017年1月至2018年9月经单分子荧光原位杂交技术共确诊25例FSHD1型患者,对其临床资料、基因型及实验室检查结果进行回顾分析;按肌肉受累部位进行年龄校正临床严重程度评分(CSS),采用两独立样本的t检验比较不同D4Z4拷贝数患者年龄校正CSS评分差异,Spearman秩相关分析FSHD1型患者4qA的D4Z4拷贝数与年龄校正CSS评分及发病年龄之间的关联性。结果D4Z4拷贝数为2~3个患者年龄校正CSS评分高于D4Z4拷贝数为4~6个者;D4Z4拷贝数目与年龄校正CSS评分呈负相关(r=-0.619,P=0.001),而与发病年龄呈正相关(r=0.516,P=0.012)。结论FSHD1型患者4qA的D4Z4拷贝数与临床严重程度呈负相关,基因型对疾病严重程度具有提示意义,同时存在除基因型外可影响其临床严重程度的因素。 展开更多
关键词 肌营养不良 面肩肱型 基因型 表型 DNA拷贝数变异
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APOBEC3B基因拷贝数变异与HBV感染后不同转归的关系 预览
5
作者 谢朋飞 郜玉峰 李旭 《临床肝胆病杂志》 CAS 北大核心 2019年第3期518-521,共4页
目的 阐明APOBEC3B基因拷贝数在HBV感染后不同转归患者中的分布频率差异及其在临床转归中的作用。方法 收集2016年1月-2017年12月于安徽医科大学第一附属医院就诊的296例HBV感染后急性自限性恢复患者和819例不同疾病阶段的慢性HBV感染... 目的 阐明APOBEC3B基因拷贝数在HBV感染后不同转归患者中的分布频率差异及其在临床转归中的作用。方法 收集2016年1月-2017年12月于安徽医科大学第一附属医院就诊的296例HBV感染后急性自限性恢复患者和819例不同疾病阶段的慢性HBV感染者外周血标本,慢性HBV感染组中包含慢性乙型肝炎(CHB)患者444例、肝硬化(LC)患者252例和肝细胞癌(HCC)患者123例。采用AccuCopy方法检测两组患者外周血APOBEC3B基因拷贝数,同时收集上述患者的相关临床资料。各组间APOBEC3B拷贝数分布频率比较采用χ2检验。结果 在HBV感染后急慢性转归方面,急性自限性恢复组APOBEC3B拷贝数减少和缺失的比例显著低于慢性HBV感染组(46.96%vs58.00%,P=0.0011)。在慢性HBV感染后疾病进展方面,随疾病进展,APOBEC3B基因拷贝数缺失的比例在CHB、LC和HCC患者3组间逐渐增加(分别为11.04%、14.29%和22.76%),差异具有统计学意义(χ2=11.85,P=0.019)。在慢性HBV感染组中,APOBEC3B拷贝数分布频率在HBeAg阳性组和HBeAg阴性组间差异无统计学意义(χ2=0.639,P=0.727)。结论 APOBEC3B基因拷贝数变异与HBV感染后的不同转归密切相关,APOBEC3B基因拷贝数减少和缺失可能是HBV感染慢性化和疾病进展的遗传易感因素。 展开更多
关键词 肝炎病毒 乙型 肝硬化 肝肿瘤 APOBEC3B DNA拷贝数异常
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产前诊断Wolf-Hirschhorn综合征胎儿一例
6
作者 张大焕 罗建亭 《中华围产医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期134-136,共3页
本文对1例孕17周^+3至孕34周^+5超声提示为生长发育落后。应用单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array, SNP array)技术对胎儿及其父母进行全基因组染色体拷贝数变异筛查,检测结果提示胎儿携带4p16.3杂合缺失,大小... 本文对1例孕17周^+3至孕34周^+5超声提示为生长发育落后。应用单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array, SNP array)技术对胎儿及其父母进行全基因组染色体拷贝数变异筛查,检测结果提示胎儿携带4p16.3杂合缺失,大小为2.42Mb,父母未见异常,提示为新发突变。明确诊断Wolf-Hirschhorn综合征。引产后胎儿外观无明显的"希腊武士头盔样"面容或其他畸形。 展开更多
关键词 Wolf-Hirschhorn综合征 超声检查 产前 胎儿上氏迟缓 杂合子丢失 DNA拷贝数变异
基于防御素家族DEFA1/DEFA3基因拷贝数多态性构建重症患者HAP风险预警模型的可行性
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作者 赵佳莲 王亚 +7 位作者 李会 严曹冲 吴水晶 王飞飞 王威 王海宏 方向明 程宝莉 《中华麻醉学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第4期489-492,共4页
目的 评价基于防御素家族DEFA 1/DEFA3基因拷贝数多态性构建重症患者医院获得性肺炎(HAP)风险预警模型的可行性.方法 选择本院ICU内HAP患者(HAP组)77例,并以性别、年龄匹配的非HAP的ICU患者(NHAP组)109例.采集外周血标本提取DNA,... 目的 评价基于防御素家族DEFA 1/DEFA3基因拷贝数多态性构建重症患者医院获得性肺炎(HAP)风险预警模型的可行性.方法 选择本院ICU内HAP患者(HAP组)77例,并以性别、年龄匹配的非HAP的ICU患者(NHAP组)109例.采集外周血标本提取DNA,采用实时定量PCR法检测DEFA 1/DEFA3基因拷贝数多态性.记录患者来源、人ICU 24 h内气管插管情况、入ICU24 h内最高急性生理情况评分、急性生理及慢性健康状况评分、序贯脏器衰竭评分,记录机械通气时间、住院时间、ICU停留时间以及转归.结合DEFA1/DEFA3基因拷贝数与入ICU 24 h内的临床因素(急性生理情况评分与急诊来源),应用logistic回归建立预测模型.应用受试者工作特征曲线评价模型预测效能.结果 HAP组DEFA 1/DEFA3基因拷贝数明显低于NHAP组(P<0.05).结合DE-FA1/DEFA3基因拷贝数与入ICU 24 h内的临床因素建立的HAP预测模型,其预测HAP的受试者工作特征曲线下面积为0.789(95%可信区间0.724~0.854).结论 防御素家族DEFA1/DEFA3基因拷贝数多态性可用于构建重症患者HAP的风险预警模型. 展开更多
关键词 α防御素 交叉感染 肺炎 住院 危重病 DNA拷贝数多态性
染色体8q拷贝数变异与肝细胞癌患者术后总生存期的相关性及其靶基因筛选 预览
8
作者 赵昆 徐菊英 +1 位作者 许青 朱忠政 《中国全科医学》 北大核心 2018年第18期2190-2195,共6页
目的探讨染色体8q拷贝数变异(CNA)与肝细胞癌(HCC)患者术后总生存期(OS)的关系,并筛选生存相关CNA内的潜在靶基因。方法收集2007—2008年于第二军医大学附属东方肝胆外科医院手术住院的HCC患者187例为研究对象。收集患者一般资料... 目的探讨染色体8q拷贝数变异(CNA)与肝细胞癌(HCC)患者术后总生存期(OS)的关系,并筛选生存相关CNA内的潜在靶基因。方法收集2007—2008年于第二军医大学附属东方肝胆外科医院手术住院的HCC患者187例为研究对象。收集患者一般资料,检测其染色体8q CNA、染色体8q24.13-24.3片段内50个已知基因mRNA表达水平;术后对患者进行随访,最终共66例患者完成随访。一般资料、染色体8q内各高频CNA(增益发生率〉20%)片段与OS的相关性分析采用Log-rank检验;采用Cox比例风险回归模型分析OS的影响因素;生存曲线比较采用Log-rank检验;染色体8q24.13-24.3增益HCC患者和8q24.13-24.3无增益HCC患者基因mRNA表达水平比较采用Mann-Whitney U检验。结果 HCC患者糖尿病史、有无完整肿瘤包膜、TNM分期与OS有相关性(P〈0.05)。单因素Cox比例风险回归模型分析结果显示,染色体8q24.13-24.3增益与OS有相关性(P〈0.05);多因素Cox比例风险回归模型分析结果显示,染色体8q24.13-24.3增益、有无糖尿病史、有无完整肿瘤包膜、TNM分期是OS的影响因素(P〈0.05)。生存分析结果显示,染色体8q24.13-24.3增益HCC患者生存率低于染色体8q24.13-24.3无增益HCC患者(P〈0.05)。染色体8q24.13-24.3增益HCC患者C8orf76、ATAD2、WDYHV1、FBXO32、TMEM65、TATDN1、ZNF572、SQLE、KIAA0196、NSMCE2、PVT1、FAM49B、ASAP1、NDRG1、ZFAT、KHDRBS3、EIF2C2 mRNA表达水平高于染色体8q24.13-24.3无增益HCC患者(P〈0.000 1)。结论染色体8q24.13-24.3增益与HCC患者OS有关,可作为HCC的一个预后预测因子。ATAD2、PVT1、NDRG1拷贝数依赖性表达上调可能参与了HCC不良预后的演进过程。 展开更多
关键词 肝细胞 预后 DNA拷贝数变异 基因表达
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胎儿临界性侧脑室增宽与染色体异常的相关性
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作者 何敏 胡莎 +2 位作者 胡婷 张竹 罗红 《中华妇产科杂志》 CSCD 北大核心 2018年第10期660-664,共5页
目的探讨产前超声检查发现的胎儿临界性侧脑室增宽(VM)与胎儿染色体异常的关系。方法收集2014年9月至2017年5月于四JII大学华西第二医院行产前超声检查发现临界性VM并进行了染色体微阵列分析(CMA)的胎儿共129例,对其超声图像及染... 目的探讨产前超声检查发现的胎儿临界性侧脑室增宽(VM)与胎儿染色体异常的关系。方法收集2014年9月至2017年5月于四JII大学华西第二医院行产前超声检查发现临界性VM并进行了染色体微阵列分析(CMA)的胎儿共129例,对其超声图像及染色体检测的结果进行回顾性分析。纳入的129例胎儿分为3组:孤立性临界性vM(IvM)组80例(62.0%,80/129)、临界性VM未合并其他结构畸形(包括超声软指标异常、羊水量异常及胎儿生长受限)组27例(20.9%,27/129)、临界性VM合并结构畸形组22例(17.1%,22/129)。其中IVM组胎儿又按照胎儿性别、VM的发生部位及扩张程度进行亚组分析,比较不同亚组胎儿的染色体检测结果。结果(1)总体情况:129例临界性VM胎儿中,CMA检出染色体异常者8例,总体检出率为6.2%(8/129);其中核型异常者2例、致病性拷贝数变异者6例。(2)3组胎儿染色体异常的检出结果:IVM组胎儿中无染色体核型异常者,检出致病性拷贝数变异者4例(5.0%,4/80);VM未合并其他结构畸形组胎儿中染色体异常的发生率为11.1%(3/27),其中染色体核型异常1例、致病性拷贝数变异2例;VM合并结构畸形组胎儿染色体异常的发生率为4.5%(1/22),其中染色体核型异常1例,无致病性拷贝数变异者;3组间两两比较,差异均无统计学意义(P均〉0.05)。结论临界性VM胎儿发生染色体异常的风险增高;产前超声发现胎儿临界性VM时,需注意对胎儿各系统的结构及附属物进行全面扫查和定期随访,并建议行胎儿染色体检查。 展开更多
关键词 脑积水 染色体畸变 超声检查 产前 微阵列分析 DNA拷贝数变异
颈部透明层增厚胎儿中CMA技术检测拷贝数变异的分析
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作者 杜柳 谢红宁 +1 位作者 郑菊 何苗 《中华妇产科杂志》 CSCD 北大核心 2018年第10期671-676,共6页
目的探讨染色体微阵列分析(CMA)技术检测颈部透明层(NT)增厚胎儿拷贝数变异(CNV)的临床价值。方法2015年1月至2017年6月在中山大学附属第一医院行妊娠早期(11周~13周+6)超声筛查的胎儿共19261例,其中超声提示NT≥2.5mm且接... 目的探讨染色体微阵列分析(CMA)技术检测颈部透明层(NT)增厚胎儿拷贝数变异(CNV)的临床价值。方法2015年1月至2017年6月在中山大学附属第一医院行妊娠早期(11周~13周+6)超声筛查的胎儿共19261例,其中超声提示NT≥2.5mm且接受染色体核型分析及CMA检测的单胎胎儿101例(0.5%,101/19261)。最终纳入研究的101例胎儿,(1)根据是否合并其他超声异常,分为单纯组68例(67.3%)和合并其他异常组33例(32.7%);(2)根据NT值分为5组,2.5~2.9mm组(即临界性增厚)17例(16.8%),3.0~3.4mm组34例(33.7%),3.5-4.4mm组17例(16.8%),4.5~5.4mm组16例(15.8%),I〉5.5mm组17例(16.8%)。不同NT值组胎儿间合并其他超声异常及染色体异常的发生率比较采用x2检验。结果(1)101例胎儿的中位NT值为3.4mm(范围:2.5。8.5mm)。(2)产前诊断结果:共32例(31.7%,32/101)胎儿的染色体核型异常,单纯组与合并异常组胎儿的染色体核型异常的发生率[分别为20.6%(14/68)、54.5%(18/33)1比较,差异有统计学意义(P〈0.01)。69例(68.3%,69/101)染色体核型正常的胎儿中,CMA再检出3例(4.3%,3/69)含有致病性CNV,其NT值均〉3.0mm。染色体异常的35例胎儿中(包含核型异常及致病陛CNV),16例(23.5%,16/68)为单纯组,19例(57.6%,19/33)为合并异常组,两组胎儿染色体异常的检出率比较,差异有统计学意义(P=0.001)。(3)不同NT值组胎儿:胎儿NT值为2.5~2.9mm组、3.0~3.4mm组、3.5~4.4mm组、4.5.5.4mm组、〉15.5mm组孕妇的中位年龄分别为35岁(24~39岁)、33岁(23—46岁)、31岁(21。46岁)、33岁(21~41岁)、35岁(21~43岁)。随NT值的增加,胎儿合并染色体异常的发生率逐渐升高,5� 展开更多
关键词 颈部透明带检查 超声检查 产前 微阵列分析 DNA拷贝数变异
靶向基因测序技术在产前诊断先天性心脏病的应用价值
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作者 王晨虹 《中国医师杂志》 CAS 2018年第7期961-963,共3页
胎儿先天性心脏病(简称先心病)是严重影响围生儿结局的重要原因之一。近年来,随着分子遗传学技术的开展,胎儿先心病的产前诊断已取得了突破性进展,对先心病胎儿进行靶向基因测序能显著提高染色体拷贝数变异的检出率,有利于产前临... 胎儿先天性心脏病(简称先心病)是严重影响围生儿结局的重要原因之一。近年来,随着分子遗传学技术的开展,胎儿先心病的产前诊断已取得了突破性进展,对先心病胎儿进行靶向基因测序能显著提高染色体拷贝数变异的检出率,有利于产前临床咨询中正确评估胎儿的预后,为孕妇是否继续妊娠提供更客观的依据。 展开更多
关键词 心脏缺损 先天性 DNA拷贝数异常 高通量核苷酸测序 产前诊断
低深度全基因组测序技术分析107例胎儿圆锥动脉干畸形病例的染色体异常
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作者 郝晓艳 张烨 +5 位作者 孙海瑞 樊春娜 李烨 谷孝艳 边旭明 何怡华 《中华围产医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期157-162,共6页
目的探讨圆锥动脉干畸形胎儿的染色体异常。方法2013年1月至2017年2月,107例孕妇(均为单胎妊娠)在首都医科大学附属北京安贞医院诊断为胎儿圆锥动脉干畸形,终止妊娠后获得胎儿脐带组织标本,应用低深度全基因组测序方法检测染色体... 目的探讨圆锥动脉干畸形胎儿的染色体异常。方法2013年1月至2017年2月,107例孕妇(均为单胎妊娠)在首都医科大学附属北京安贞医院诊断为胎儿圆锥动脉干畸形,终止妊娠后获得胎儿脐带组织标本,应用低深度全基因组测序方法检测染色体非整倍体及拷贝数变异。分析染色体异常种类,统计学分析采用x^2检验。结果共检出染色体异常22例(21%,22/107),主动脉弓离断胎儿染色体异常检出率最高(2/2),其次为法洛四联症、肺动脉闭锁/狭窄伴室间隔缺损胎儿[28%(12/43)];主-肺动脉间隔缺损胎儿染色体异常检出率最低(0/2);各类型CTD胎儿染色体异常检出率差异有统计学意义(x^2=12.744,P=0.026)。22例染色体异常胎儿中染色体非整倍体异常7例(13-三体综合征3例,18-三体综合征2例,21-三体综合征1例,45,X1例),致病性拷贝数变异15例[22q11.2微缺失综合征11例,17p12p11.2微缺失(Smith—Magenis综合征)2例,8p23.3p21.3微重复1例,2p23.1p25.2微重复1例],其中12例为新生性变异,1例为父源传递,另外2例由于父母拒绝染色体检查不能明确拷贝数变异来源。结论胎儿圆锥动脉干畸形易合并非整倍体异常及染色体微缺失/重复异常,不同类型CTD胎儿合并染色体异常概率不同,染色体异常种类以染色体微缺失/重复多见,且多为新生性变异。故产前超声诊断CTD的胎儿建议完善染色体检查。 展开更多
关键词 心血管畸形 染色体畸变 染色体缺失 非整倍性 DNA拷贝数变异
细胞周期蛋白依赖性激酶抑制蛋白2A基因拷贝数变异及其与胰腺癌患者预后的关系
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作者 陈思澈 党胜春 《中国普通外科杂志》 CSCD 北大核心 2018年第9期1135-1141,共7页
目的:探讨细胞周期蛋白依赖性激酶抑制蛋白2A(CDKN2A)基因在胰腺癌中的拷贝数变异(CNV)情况及其与胰腺癌患者预后的关系。方法:利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库CNV与RNASeqV2数据分析CDKN2A基因CNV与其mRNA表达水平的相关性,以... 目的:探讨细胞周期蛋白依赖性激酶抑制蛋白2A(CDKN2A)基因在胰腺癌中的拷贝数变异(CNV)情况及其与胰腺癌患者预后的关系。方法:利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库CNV与RNASeqV2数据分析CDKN2A基因CNV与其mRNA表达水平的相关性,以及CDKN2A基因CNV对其他基因表达的影响。通过比对TCGA数据库及GTEx数据库比较CDKN2A基因在正常人与胰腺癌患者的表达差异,并分析CDKN2A基因CNV与胰腺癌患者预后的关系。应用DIVAD中基因本体分析(GO分析)联合KEGG对CDKN2A和其相关共表达基因进行功能基因富集分析。结果:通过对TCGA数据库挖掘发现,CDKN2A基因CNV与其mRNA表达呈正相关(Pearson:r=0.102,Spearman:r=0.257)。CDKN2A基因CNV胰腺癌中HOXC6、SLC2A1mRNA表达水平明显升高,GGA2、MTAPmRNA表达水平明显降低(均P〈0.05)。相关性研究发现,CDKN2A基因与MTAPmRNA呈明显正相关(Pearson:r=0.42,Spearman:r=0.55)。通过对GTEx数据库分析,发现CDKN2A基因在胰腺癌组织中表达明显高于正常胰腺组织(P〈0.05)。携带CDKN2A基因CNV的胰腺癌患者总生存率与无瘤生存率均明显低于不携带该基因CNV的胰腺癌患者(均P〈0.05)。通过对包括CDKN2A相关共表达基因功能富集分析发现,这些共表达基因的功能主要集中于细胞周期的信号通路。结论:CDKN2A基因CNV在胰腺癌中是一种不良预后因素,可作为预测胰腺癌预后的指标。 展开更多
关键词 胰腺肿瘤 细胞周期蛋白依赖激酶2 DNA拷贝数变异 预后
探索全外显子测序在儿童神经发育障碍中的诊断价值 被引量:4
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作者 谢华 吕凌云 +11 位作者 高志杰 彭继苹 刘芳 姬辛娜 陈晓波 李辉 冯硕 张建昭 张裕 吴南 陈倩 陈晓丽 《中华检验医学杂志》 CSCD 北大核心 2017年第8期623-629,共7页
目的 评估全外显子测序在儿童神经发育障碍中的诊断价值.方法 方法学评价.对2015年12月至2016年12月间首都儿科研究所附属儿童医院门诊和病房收治的35例不明原因神经发育障碍患儿,收集患儿临床资料,运用全外显子测序技术进行检测,完成... 目的 评估全外显子测序在儿童神经发育障碍中的诊断价值.方法 方法学评价.对2015年12月至2016年12月间首都儿科研究所附属儿童医院门诊和病房收治的35例不明原因神经发育障碍患儿,收集患儿临床资料,运用全外显子测序技术进行检测,完成遗传病因诊断.利用多种生物信息学软件分析测序数据,结合患儿的表型寻找潜在致病基因/基因组变异,根据美国医学遗传学与基因组学学会的基因变异解读指南完成变异致病性评估,同时利用Sanger测序、Real-time PCR、MLPA方法完成患者验证及家系成员的分离分析.结果 35例不明原因的神经发育障碍患儿中,检测出致病性单核苷酸变异(SNVs)14个、致病性基因组拷贝数变异(CNVs)3个,检出率为48.6%.14例致病性SNVs中,11例是OMIM中有明确致病基因的综合征(如CHARGE 综合征、Wiedemann-Steiner综合征、Cockayne综合征等),其中新生变异共6个,占54.6%(6/11).利用全外显子测序数据筛选出了3个致病性CNVs,包括2个微重复和1个微缺失.同时,还发现一例携带MECP2移码变异的女性患儿,其父亲精子DNA携带该位点的低频细胞嵌合体变异,变异频率为8.4%.结论 全外显子测序对儿童神经发育障碍的病因诊断率可达48.6%,全外显子测序数据除了检测出致病性/可能致病性的SNVs,还可以筛选出致病性CNVs,从而有效提高疾病诊断率. 展开更多
关键词 发育障碍 外显子组 多态性 单核苷酸 DNA拷贝数变异
全基因芯片扫描分析技术在基因组疾病诊断中的应用 被引量:2
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作者 吴燕明 傅启华 余永国 《中华检验医学杂志》 CSCD 北大核心 2017年第5期341-344,共4页
基因组拷贝数变异可导致基因组病,是复杂性疾病和遗传病的原因之一.因其临床诊断相对困难,故开展此类疾病的遗传学研究和分子诊断显得尤为重要.全基因芯片扫描分析技术(CMA)可以在全基因组范围内同时检测染色体拷贝数变异,因其通量大... 基因组拷贝数变异可导致基因组病,是复杂性疾病和遗传病的原因之一.因其临床诊断相对困难,故开展此类疾病的遗传学研究和分子诊断显得尤为重要.全基因芯片扫描分析技术(CMA)可以在全基因组范围内同时检测染色体拷贝数变异,因其通量大、分辨率高,被认为是诊断基因组疾病的重要手段之一.随着CMA技术水平的日益提高和临床经验积累,CMA已在多发畸形、智力落后、自闭症等病因诊断中提供了重要的价值. 展开更多
关键词 微阵列分析 DNA拷贝数变异 遗传性疾病 先天性
单核苷酸多态性微阵列分析在产前基因诊断中的应用价值
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作者 钟进 吴莉 +7 位作者 索冬梅 郭晓玲 罗润环 陈志华 李红霞 邓璐莎 史淑琼 周登诗 《中国优生与遗传杂志》 2017年第8期10-12,共3页
目的评价单核苷酸多态性微阵列分析技术(single nucleotide polymorphism array,SNP array)在产前基因诊断中的临床应用价值。方法选择2016年1月至2017年2月在佛山市妇幼保健院产前诊断中心就诊的单胎孕妇进行遗传咨询,238例自愿进行... 目的评价单核苷酸多态性微阵列分析技术(single nucleotide polymorphism array,SNP array)在产前基因诊断中的临床应用价值。方法选择2016年1月至2017年2月在佛山市妇幼保健院产前诊断中心就诊的单胎孕妇进行遗传咨询,238例自愿进行产前诊断的孕妇抽取羊水或脐血进行常规G显带染色体核型分析,对其中染色体核型分析正常的143例病例进一步行SNP array,对SNP array确认拷贝数变异(copy number variant CNV)的病例,同时检测双亲样本,以明确变异的遗传性质及相关临床意义。结果染色体核型分析正常的143例病例行SNP array,检出7例致病性CNVS(4.9%),其中有1例单亲二倍体,2例临床意义不明确的CNVS(1.4%)。对这9例胎儿的双亲进行SNP array均未发现异常。结论 SNP array技术较传统的染色体核型分析方法能显著提高染色体拷贝数异常的检出率。SNP array技术是重要的产前基因诊断方法,可以尽可能的查找胎儿的遗传学病因,有利于产前临床咨询中正确评估胎儿的预后,为孕妇是否继续妊娠提供更客观的理论依据。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性微阵列分析 染色体核型分析 产前基因诊断 DNA拷贝数变异
克罗恩病CNTNAP3基因拷贝数变异及其意义 预览
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作者 黄美兰 乔宇琪 +4 位作者 沈骏 蔡晨雯 徐锡涛 陈胜良 冉志华 《胃肠病学》 2017年第6期325-330,共6页
背景:DNA拷贝数变异是人类疾病的重要致病因素,可能参与了炎症性肠病(IBD)的发病机制和病理过程。目的:探讨CNTNAP3基因在克罗恩病(CD)中的拷贝数变异情况及其意义。方法:纳入2009年7月—2010年12月上海交通大学医学院附属仁济... 背景:DNA拷贝数变异是人类疾病的重要致病因素,可能参与了炎症性肠病(IBD)的发病机制和病理过程。目的:探讨CNTNAP3基因在克罗恩病(CD)中的拷贝数变异情况及其意义。方法:纳入2009年7月—2010年12月上海交通大学医学院附属仁济医院收治的活动期CD患者101例,同期80例健康体检者作为正常对照。采集CD患者外周血或肠黏膜标本,以比较基因组杂交芯片(aCGH,n=8)和荧光定量PCR(n=93)筛选、验证CNTNAP3基因拷贝数变异,ELISA法(n=55)检测CNTNAP3编码蛋白表达。结果:aCGH检测显示初发CD患者染色体9p13区域(含CNTNAP3基因)存在大片段拷贝数扩增;荧光定量PCR验证并确认CD组外周血CNTNAP3基因拷贝数显著高于正常对照组,非激素治疗组差异更为明显(208 616.4±126 984.7和233 453.3±113 520.8对161 750.2±53 940.3,P〈0.05和P〈0.01)。在各项CD临床参数中,仅吸烟史与CNTNAP3基因拷贝数扩增显著相关(P〈0.05),但拷贝数明显扩增者的血浆CNTNAP3水平与正常对照组无明显差异(P〉0.05),与简化CD内镜评分无相关性(P〉0.05)。结论:CNTNAP3基因拷贝数扩增可能参与了中国CD人群的发病,激素治疗和吸烟可能是影响该基因拷贝数变异的因素;血浆CNTNAP3水平不能用于区分CD患者与健康人。本研究结论有待进一步验证。 展开更多
关键词 炎症性肠病 CROHN病 DNA拷贝数变异 CNTNAP3基因 比较基因组学
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高分辨熔解曲线分析在肿瘤分子检测中的应用 被引量:1
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作者 张心菊 关明 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期80-83,共4页
高分辨熔解曲线分析具有检测成本低、操作简便的特点,且闭管操作无交叉污染的风险,已经成为临床诊断的一大有力工具,尤其在肿瘤的分子检测中已经得到了广泛使用,检测手段包括突变检测、测序前筛查、甲基化程度分析、拷贝数变异分析... 高分辨熔解曲线分析具有检测成本低、操作简便的特点,且闭管操作无交叉污染的风险,已经成为临床诊断的一大有力工具,尤其在肿瘤的分子检测中已经得到了广泛使用,检测手段包括突变检测、测序前筛查、甲基化程度分析、拷贝数变异分析等,涵盖了肿瘤筛查、诊断、个体化治疗、预后判断等各个阶段。利用高分辨熔解曲线分析具有较高检测灵敏度的特点,与测序技术相结合可以显著提高分子检测的准确性,同时大大降低检测成本,为分子检测技术的发展开拓了新的空间。(中华检验医学杂志,2017,40:80-83) 展开更多
关键词 肿瘤 突变 甲基化 DNA拷贝数变异 高分辨率熔解曲线
先天性椎体畸形与基因组拷贝数变异的研究进展 被引量:1
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作者 刘振磊 吴南 +2 位作者 吴志宏 左宇志 邱贵兴 《中华外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期313-316,共4页
先天性椎体畸形(CVM)指胚胎发育过程中体节发育异常导致的脊柱椎体结构异常,由胚胎发育时期体节形成相关基因的变异或调控异常导致.2010年,ICVAS提出新的CVM分型流程,利于其遗传学病因的探究.基因组拷贝数变异(CNV)是一种重要DNA变... 先天性椎体畸形(CVM)指胚胎发育过程中体节发育异常导致的脊柱椎体结构异常,由胚胎发育时期体节形成相关基因的变异或调控异常导致.2010年,ICVAS提出新的CVM分型流程,利于其遗传学病因的探究.基因组拷贝数变异(CNV)是一种重要DNA变异类型,对于人类的进化、表型多样性及疾病均具有重要意义.近年来,CNV在椎体畸形的遗传学病因研究中取得一系列重要成果,16p11.2、10q24.31、17p11.2、20p11、22q11.2等区域的CNV可能与CVM密切相关,提示基因剂量对于椎体发育的重要性. 展开更多
关键词 先天畸形 DNA拷贝数异常 椎体畸形 病因 遗传
儿童ETV6/RUNX1阳性急性淋巴细胞性白血病基因拷贝数变异的临床研究
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作者 邹尧 张丽 +12 位作者 刘晓明 郭晔 杨文钰 张家源 刘芳 刘天峰 王书春 陈晓娟 阮敏 戚本泉 常丽贤 陈玉梅 竺晓凡 《中华儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期209-213,共5页
目的探讨ETV6/RUNXl阳性急性淋巴细胞性白血病(ALL)患儿基因拷贝数变异与临床特征及预后的相关性。方法回顾性分析2006年1月至2012年11月于中国医学科学院血液病医院就诊的141例ETV6/RUNXl阳性ALL患儿临床资料,并进行随访。应用多... 目的探讨ETV6/RUNXl阳性急性淋巴细胞性白血病(ALL)患儿基因拷贝数变异与临床特征及预后的相关性。方法回顾性分析2006年1月至2012年11月于中国医学科学院血液病医院就诊的141例ETV6/RUNXl阳性ALL患儿临床资料,并进行随访。应用多重连接探针扩增(MLPA)技术检测多个基因拷贝数变异的情况,探讨不同基因拷贝数变异的患儿的生存率。结果141例ETV6/RUNXl阳性的ALL患儿,其中男78例(55.3%)、女63例(44.7%),中位年龄4(1—13)岁,5年无复发生存率(RFS)为(85±4)%,无病生存率(DFS)为(844-4)%,5年总生存率(0s)为(85±4)%。95例患儿进行了MLPA检测,73例(76.8%)患儿检测到基因拷贝数的改变。拷贝数变异率超过10%的基因为EBF1(15.8%)、CDKN2A/2B(18.9%)、PAX5(21.1%)、ETV6(54.8%)、BTGl(10.5%)。95例患儿中,9例出现EBF1基因的缺失,80例EBF1基因正常,6例EBF1基因扩增,各组患儿5年无复发生存率(RFS)差异有统计学意义(χ2=9.809,P=0.007);13例出现PAX5基因的缺失,75例PAX5基因正常,7例PAX5基因扩增,各组患儿5年无复发生存率(RFS)差异有统计学意义(χ2=7.622,P=0.022);39例出现ETV6基因的缺失,43例E'IW6基因正常,13例ETV6基因扩增,各组患儿5年无复发生存率(RFS)差异有统计学意义(χ2=11.045,P=0.004)。结论基因拷贝数改变与ETV6/RUNXl阳性Au.的临床特征和预后有一定的相关性。EBF1扩增、PAX5扩增、ETV6扩增的患儿易发生复发。 展开更多
关键词 儿童 白血病 淋巴细胞 急性 DNA拷贝数异常
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