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德州驴NCAPG-DCAF16基因区域多态性与生长性状的关联分析 预览
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作者 侯浩宾 李海静 +5 位作者 杨莉 张新浩 石田培 王欣悦 赵志达 张莉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期302-313,共12页
旨在探讨NCAPG-DCAF16基因区域在德州驴群体中的遗传多态性以及与生长性状的关联性,进而得到显著相关的遗传标记,为德州驴的分子标记辅助选择提供理论基础。本研究采用DNA混池测序技术对NCAPG-DCAF16基因区域的多态性进行检测;基于DNA... 旨在探讨NCAPG-DCAF16基因区域在德州驴群体中的遗传多态性以及与生长性状的关联性,进而得到显著相关的遗传标记,为德州驴的分子标记辅助选择提供理论基础。本研究采用DNA混池测序技术对NCAPG-DCAF16基因区域的多态性进行检测;基于DNA混池测序结果,运用质谱分型技术对227头德州驴群体中的SNPs位点进行基因型检测,分析基因型与初生、3月龄、6月龄3个时期相关生长性状的关联性。结果表明:1)通过DNA混池测序发现,NCAPG基因上的SNPs位点包括第9内含子上rs1(T﹥C),第11内含子上rs2(A﹥G),第19内含子上rs4(C﹥G),第8内含子上rs5(C﹥G);DCAF16基因第2外显子发现一个同义突变,即位点rs008(A﹥G)。2)初生时期的关联分析显示,rs1位点基因型CC个体的平均尻长显著高于CT型个体(P﹤0.05);3月龄时期各基因型的表型平均值无显著差异(P﹥0.05);在6月龄阶段,基因型为TT个体的平均胸宽与CC个体相比差异极显著(P﹤0.01),TT和CT基因型个体的平均管围均显著高于CC个体(P﹤0.05)。3)rs4位点的关联分析揭示了GG基因型个体在初生时期的平均胸深显著高于GC基因型(P﹤0.05),3月龄时期各基因型之间的平均表型值无显著差异(P﹥0.05);CC基因型个体6月龄时期的平均胸宽和管围显著高于GG基因型(P﹤0.05)。4)rs008位点关联分析结果表明,各基因型之间初生时期的表型值无显著差异(P﹥0.05);AA、GA基因型个体3月龄时期的体重、体高和尻高都显著高于GG基因型(P﹤0.05);AA、GA基因型个体6月龄时期的体高和胸围都极显著高于GG基因型个体(P﹤0.01),GA基因型与GG基因型个体间的胸深、尻高的差异达到极显著水平(P﹤0.01),GA基因型个体的尻宽显著高于GG和AA基因型(P﹤0.05)。5)根据连锁不平衡分析结果,rs1、rs2、rs4和rs5的组合基因型在德州驴群体中有5种。关联分析结果揭示了TTAACCCC组合基因型个体6月龄时期的平均胸宽显著� 展开更多
关键词 德州驴 NCAPG-DCAF16区域 SNPS 生长性状 关联分析
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基于全基因组重测序分析阿拉善双峰驼生物学特性 预览
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作者 王凤红 包花尓 +3 位作者 敖敦格日勒 乌云高娃 额尔敦木图 那仁巴图 《家畜生态学报》 北大核心 2019年第8期20-26,共7页
此试验旨在通过研究阿拉善双峰驼基因组遗传变异信息,找到与其生物学特性相关的候选基因,以期对阿拉善双峰驼分子特征做出评价,并为双峰驼重要经济性状的功能基因定位提供基础数据。提取12头双峰驼基因组总DNA,制备基因组文库,经Illumin... 此试验旨在通过研究阿拉善双峰驼基因组遗传变异信息,找到与其生物学特性相关的候选基因,以期对阿拉善双峰驼分子特征做出评价,并为双峰驼重要经济性状的功能基因定位提供基础数据。提取12头双峰驼基因组总DNA,制备基因组文库,经Illumina HiSeq^TM平台测序,利用生物信息学手段对重测序数据进行分析,对识别的SNPs和InDels进行注释。结果:共计得到367.98Gb序列数据,平均测序深度15×,测序得到2453332756个reads,比对到参考基因组的reads为2003009380,匹配率为81.65%;共确定了6759037SNPs和976715InDels,共计注释15037个基因。其中与耐热性相关的候选基因是HSF1、HSPA9、HSPA4;与胰岛素相关的候选基因是EEF1A1、EEF1A12、GSK3A、GSK3B、PDX1、PAX6、PPARs和IRSs;与高血压相关的候选基因是KLK和PPARs;与耐渴性相关的候选基因是NFAT5、BGT1和AQPs。此研究基本阐明了双峰驼的遗传变异信息,从基因组层面解释了双峰驼的生物学特性,为后续分析与经济性状相关的遗传学机制、功能基因的研究和保护双峰驼品种资源提供了基因组数据,并为与经济性状相关的功能基因定位提供新的思路和线索。 展开更多
关键词 阿拉善双峰驼 全基因组重测序 SNPS INDELS 生物学特性
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团头鲂hepcidin基因单核苷酸多态性及与抗病性状的相关性 预览
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作者 孙千惠 田万平 +2 位作者 罗航 王卫民 刘红 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期38-44,共7页
为了解hepcidin(铁调素)基因的多态性及其与抗病性状的相关性,以团头鲂(Megalobrama amblycephala)为研究对象,从公共数据库中获得hepcidin基因序列,对团头鲂进行嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)人工感染来区分易感和抗病个体,采用... 为了解hepcidin(铁调素)基因的多态性及其与抗病性状的相关性,以团头鲂(Megalobrama amblycephala)为研究对象,从公共数据库中获得hepcidin基因序列,对团头鲂进行嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)人工感染来区分易感和抗病个体,采用PCR扩增及测序技术筛选hepcidin基因序列中的SNP(单核苷酸多态,single nucleotide polymorphisms)位点,对SNP位点运用高分辨率熔解曲线法(high-resolution melting,HRM)进行分型,分析其多态性及与抗病性状之间的关系。结果在hepcidin基因上共筛选出2个SNP位点,其中1个位点位于内含子部分,1个位于3′非编码区。经过统计分析发现,位于3 371 bp(A/G)的这一SNP位点的基因型频率和等位基因频率在易感和抗病组间差异极显著,位于217 bp(A/G)位点的基因型频率和等位基因频率在易感组和抗病组间差异显著。据此推测hepcidin的这2个SNP位点多态性与团头鲂抗病性状相关。 展开更多
关键词 团头鲂 铁调素基因 SNPS 抗病 嗜水气单胞菌
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样本数量和终质量浓度对DNA混合池PCR扩增质量和测序效果的影响 预览
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作者 徐建峰 容维中 +5 位作者 石福岳 王燕燕 董和 高博 张艳丽 李振明 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期681-685,共5页
为筛选适宜的DNA混合池法,采用两因素交叉分组设计,以混合样本数量(20、60和150个)和终质量浓度(50、100和150ng/μL)为组合因子,分析不同混合池对PCR扩增质量及SNPs检出率的影响。结果表明:在同一混合样本数量下,以终质量浓度100ng/μ... 为筛选适宜的DNA混合池法,采用两因素交叉分组设计,以混合样本数量(20、60和150个)和终质量浓度(50、100和150ng/μL)为组合因子,分析不同混合池对PCR扩增质量及SNPs检出率的影响。结果表明:在同一混合样本数量下,以终质量浓度100ng/μL建立的DNA混合池扩增的PCR产物纯度和OD260/OD280均优于50ng/μL,但对测序结果无显著影响;以终质量浓度150ng/μL建立的DNA混合池扩增的PCR产物杂带较多,不符合测序要求。在同一混合样本终质量浓度下,混合样本数越多,SNPs检出率越高。综上,从PCR扩增质量、SNPs检出率和试验成本来分析,以混合样本150个、终质量浓度100ng/μL组合建立的DNA混合池效果最好。 展开更多
关键词 DNA混合池 样本数量 终质量浓度 早胜牛 PCR扩增 SNPS
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基于27-plex SNPs的四川地区四个族群遗传推断研究
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作者 王敬方 江丽 +7 位作者 江继平 李飞 赫金 马泉 王玲 李传伟 柳雅玲 赵蕾 《中国法医学杂志》 CSCD 2019年第2期120-124,共5页
目的基于27-plex SNPs族群推断体系对四川地区汉族、藏族、羌族及彝族四个族群遗传结构及成分进行研究。方法使用27-plex SNPs试剂检验四个族群1054份样本并获取SNPs位点分型,利用主成分分析、聚类分析及系统发育树综合分析族群间遗传关... 目的基于27-plex SNPs族群推断体系对四川地区汉族、藏族、羌族及彝族四个族群遗传结构及成分进行研究。方法使用27-plex SNPs试剂检验四个族群1054份样本并获取SNPs位点分型,利用主成分分析、聚类分析及系统发育树综合分析族群间遗传关系,使用族群推断软件(DNA Ancestry Analyzer,DAA)推断样本的族群来源并统计推断结果的准确性。结果系统发育树显示四川汉族、藏族、羌族、彝族和其他东亚族群共同聚为一支;主成分分析和聚类分析结果显示四川汉族、藏族、羌族及彝族主要祖先成分均为东亚。除1例样本祖先来源不排除东亚或混合族群外,其余1053份样本均来源于东亚。结论四川地区汉族、藏族、羌族和彝族均为典型的东亚族群,藏族、彝族和羌族的遗传关系较近。使用27-plex SNPs族群推断系统对四川汉族、藏族、羌族和彝族进行遗传推断,结果可靠。 展开更多
关键词 四川 SNPS 族群来源推断 DAA族群推断软件
基于黄河鲤新品系IGF2b基因SNPs获取体系的建立及在该品系选育中的应用 预览
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作者 谢元澄 李欣原 +4 位作者 苏胜彦 梁敬东 徐跑 贺鑫晋 Bouzoualegh Raouf 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期686-694,共9页
为了建立鲤 IGF2b (insulin-like growth factor 2)基因全基因组信息 SNPs (single nucleotide polymorphism)的获取体系,并验证该获取体系在黄河鲤新品系选育中运用的适用性,本研究首先对 10个不同鲤品种的 33个鲤个体重测序数据进行分... 为了建立鲤 IGF2b (insulin-like growth factor 2)基因全基因组信息 SNPs (single nucleotide polymorphism)的获取体系,并验证该获取体系在黄河鲤新品系选育中运用的适用性,本研究首先对 10个不同鲤品种的 33个鲤个体重测序数据进行分析,整体上了解 IGF2b 基因的单核苷酸位点及其在基因组上的分布情况。然后在基因组 DNA 水平上分段获取 IGF2b 基因的 SNPs 信息,并以不同的鲤品种验证引物的适用性,最后在黄河鲤新品系中检测其应用。研究结果:获得 8 对聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)引物进行分段克隆的结果,并通过直接测序和限制性片段长度多态性来获取相应的 SNPs。经过直接测序,本文对黄河鲤、建鲤、黄河鲤和建鲤的正反交后代进行 PCR 检测发现条带单一,目地片段正确;结合黄河鲤新品系的体重数据,本文又以 IGF2b3#引物检测到一个与体重明显相关的 SNPs,同时检测到一个与该基因表达量相关的另一个 SNPs。本研究的方法能够在该基因全基因组范围内开展鲤分子育种中 SNPs 的检测,并验证发现黄河鲤新品系 IGF2b3#引物 227 号位点处,出现的突变位点使体重降低,且有一处 SNPs 与其表达量有关。这将为其他物种、其他功能基因的多态性分子标记研究提供思路。 展开更多
关键词 黄河鲤 品系选育 IGF2b 分段克隆 SNPS 分子育种
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HMGB1基因多态性与豫北地区肺结核易感性的相关性 预览
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作者 乔瑞娟 程睿 +3 位作者 李威 彭火英 赵桂增 张晨光 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期289-294,共6页
目的探讨高迁移率族蛋白1(HMGB1)单核苷酸多态性与豫北地区肺结核患者易感性的相关性.方法选取2017年1-12月新乡医学院第一附属医院被确诊为肺结核的320例患者为结核组,该院同时期300名健康体检者为对照组.采用PCR技术和Sanger测序对结... 目的探讨高迁移率族蛋白1(HMGB1)单核苷酸多态性与豫北地区肺结核患者易感性的相关性.方法选取2017年1-12月新乡医学院第一附属医院被确诊为肺结核的320例患者为结核组,该院同时期300名健康体检者为对照组.采用PCR技术和Sanger测序对结核组和对照组的HMGB1rs1412125(-1615A/G)、rs1045411(+1177G/A)、rs2249825(+3814C/G)位点进行基因分型,通过对两组等位基因频率、基因型频率及四种遗传模型(共显性、显性、隐性和超显性)分析,研究HMGB1基因多态性与肺结核的易感性.结果所有位点的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡.两组间+1177G/A位点等位基因频率差异具有统计学意义(OR=1.485,95%CI:1.110~1.986,P=0.007),其基因型分布差异也具有统计学意义(P<0.05);+1177G/A位点的共显性模型中,与GG基因型相比,AG基因型(OR=1.447,95%CI:1.025~2.041,P=0.035)和AA基因型(OR=2.812,95%CI:0.985~8.033,P=0.045)与肺结核的易感性相关;+1177G/A位点的显性模型[(AG+AA)vsGG,OR=1.524,95%CI:1.090~2.131,P=0.014]也与肺结核的易感性相关;在+1177G/A位点的隐性模型和超显性模型中,两组间差异无统计学意义(P>0.05).在-1615A/G和+3814C/G位点两组间等位基因及基因型分布差异均无统计学意(P>0.05).结论HMGB1基因rs1045411(+1177G/A)位点多态性可能与肺结核的易感性相关,其等位基因A可能是肺结核的易感基因,携带rs1045411(+1177G/A)A等位基因可能增加患肺结核的风险. 展开更多
关键词 肺结核 HMGB1 SNPS 易感性 豫北地区
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SFRP5基因遗传变异对长顺绿壳蛋鸡胸肌肌肉品质的影响
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作者 覃媛钰 张依裕 +1 位作者 罗华伦 吴磊 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期703-711,共9页
分泌型卷曲相关蛋白5(secreted frizzled related protein 5, SFRP5)通过Wnt信号通路调节脂质代谢,改善胰岛素抵抗,维持炎症平衡,是白色脂肪组织分泌的抗炎症脂肪因子之一。为了探讨SFRP5基因多态性与长顺绿壳蛋鸡(Gallus gallus domest... 分泌型卷曲相关蛋白5(secreted frizzled related protein 5, SFRP5)通过Wnt信号通路调节脂质代谢,改善胰岛素抵抗,维持炎症平衡,是白色脂肪组织分泌的抗炎症脂肪因子之一。为了探讨SFRP5基因多态性与长顺绿壳蛋鸡(Gallus gallus domesticus)肌肉品质的关系、寻找与蛋鸡肌肉品质的相关分子标记、本研究采用直接测序法检测SFRP5基因外显子的单核苷酸多态,分析其对长顺绿壳蛋鸡胸肌肌肉品质的遗传效应。结果表明:在SFRP5基因外显子3上共检测到2个突变位点,g.23253254 G>A的优势基因型和优势等位基因为GG基因型和G等位基因,频率分别为0.569和0.756;g.23253269 T>G的优势基因型和优势等位基因为TT基因型和T等位基因,频率分别为0.681和0.812,且2个位点的突变并未引起氨基酸的变化,为同义突变。2个多态位点的多态信息含量(PIC)均处于0.25~0.5之间,属于中度多态位点,卡方(χ2)检测显示:2个突变位点的基因型分布均未偏离Hardy-Weinberg平衡。连锁不平衡分析发现,SFRP5基因的2个突变位点间均不存在强连锁不平衡。2个SNPs位点在长顺绿壳蛋鸡群体中发现了3种单倍型H1、H2和H3,其频率分别为0.569、0.187和0.244;6种双倍型H1H1、H1H2、H1H3、H2H2、H2H3和H3H3,频率分别为0.313、0.200、0.313、0.056、0.063和0.056。关联分析表明,SFRP5基因的g.23253254 G>A位点对胸肌粗脂肪含量有显著影响(P<0.05);2个SNPs位点组成的双倍型中,双倍型H3H3(AATT)对胸肌粗脂肪含量的影响达到显著水平(P<0.05),显著高于其他5种双倍型(P<0.05),揭示SFRP5基因的遗传变异能影响长顺绿壳蛋鸡胸肌脂肪沉积,g.23253254 G>A和g.23253269 T>G变异位点可能作为提高长顺绿壳蛋鸡胸肌脂肪的分子标记。本研究为进一步探明SFRP5基因变异调控家禽肌肉品质的分子机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 长顺绿壳蛋鸡 分泌型卷曲相关蛋白5基因(SFRP5) SNPS 肌肉品质 遗传相关
不同品种鸡BTN1基因序列差异分析 预览
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作者 陈颖 郑圣晗 +5 位作者 孔令琳 朱鹏飞 吴允 郭其新 陈国宏 常国斌 《甘肃农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期11-15,共5页
【目的】BTN1基因位于MHC家族的BF/BL核心区域,研究其SNPs和InDels对提高鸡抗病性有重要意义.【方法】以NCBI中Gallus gallus BTN1基因序列为参照,利用MEGA6.06软件对26个品种鸡的BTN1基因序列比较分析,筛选出与抗病性有关的InDels、SNP... 【目的】BTN1基因位于MHC家族的BF/BL核心区域,研究其SNPs和InDels对提高鸡抗病性有重要意义.【方法】以NCBI中Gallus gallus BTN1基因序列为参照,利用MEGA6.06软件对26个品种鸡的BTN1基因序列比较分析,筛选出与抗病性有关的InDels、SNPs和氨基酸变化,并对26个品种鸡的BTN1基因序列进行聚类分析.【结果】在Exon5和Exon17上各有1个SNPs位点,且为错义突变.SNPs位点主要发生在Intron10、Intron13、Intron18、Intron22和Intron23上.‘雪山草鸡’和‘安卡红鸡’等抗病性强、适应性强的品种鸡在Exon17上发生错义突变;与抗病性较强的‘安卡红鸡’相比,‘来航鸡’在Exon5上存在一个错义突变.【结论】BTN1的Exon5和Exon17上SNPs位点对抗病性具有一定的影响,为家禽的抗病育种研究提供参考依据. 展开更多
关键词 BTN1基因 抗病性 SNPS INDELS
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SlGLK2转录因子在番茄品种Heirloom果实中的功能及变异分析
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作者 唐亚萍 杨涛 +3 位作者 帕提古丽 王柏柯 杨生保 余庆辉 《北方园艺》 CAS 北大核心 2019年第11期24-32,共9页
Goldern2-Like(SlGLK2)基因是调控未成熟果实叶绿体发育重要的转录因子。番茄(Solanum lycopersicum)未成熟果实中叶绿体对成熟果实的糖类、风味物质积累和提高番茄品质具有一定的作用。Heirloom品系作为优异的种质资源,在果实颜色、大... Goldern2-Like(SlGLK2)基因是调控未成熟果实叶绿体发育重要的转录因子。番茄(Solanum lycopersicum)未成熟果实中叶绿体对成熟果实的糖类、风味物质积累和提高番茄品质具有一定的作用。Heirloom品系作为优异的种质资源,在果实颜色、大小、形状和风味等方面有很大差异。以32个Heirloom品种为研究材料,通过表型调查研究果实表型性状,检测果实不同部位和不同发育时期叶绿素含量,筛选20个Heirloom品种克隆SlGLK2基因和启动子序列,运用荧光定量PCR分析调控果实叶绿体发育的相关基因,从而分析基因间的调控关系,以期研究SlGLK2转录因子对Heirloom品种叶绿体发育的影响。结果表明:含有SlGLK2基因的品种,未成熟果实拥有深绿色果肩,其不同发育时期绿色果实果肩的叶绿素含量明显高于果实底部。在SlGLK2基因上游非编码区和编码区共发现21个单核苷酸多态性(SNPs),经聚类分析发现,部分SNPs与未成熟果实的表型相关。果实叶绿体发育相关基因的表达分析表明TKN2、TKN4和在番茄果实的果肩部表达量明显高于果实底部,且TKN2、TKN4位于SlGLK2上游并调控SlGLK2基因的表达。 展开更多
关键词 Heirlooms SlGLK2 叶绿素 单核苷酸多态性(SNPs)
CENPA基因在不同鸡种上的序列比较分析 预览
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作者 郑圣晗 陈颖 +1 位作者 陈国宏 常国斌 《上海农业学报》 2019年第4期75-79,共5页
为找出不同鸡种CENPA基因序列上的差异,为鸡抗病育种研究提供基础材料,利用目标区域捕获测序技术对25个鸡种的CENPA基因进行序列测定.以NCBI网站上Gallus_gallus-5.0(GCF_000002 315.4)的CENPA基因序列为参照,利用MEGA 6.06软件对25个... 为找出不同鸡种CENPA基因序列上的差异,为鸡抗病育种研究提供基础材料,利用目标区域捕获测序技术对25个鸡种的CENPA基因进行序列测定.以NCBI网站上Gallus_gallus-5.0(GCF_000002 315.4)的CENPA基因序列为参照,利用MEGA 6.06软件对25个鸡种的基因序列进行比对分析,统计SNPs位点和InDel位点,并构建系统进化树.结果表明:CENPA的外显子没有丰富的多态性,CENPA内含子的丰富多态性主要体现在Intron4上.CENPA基因在Exon3具有保守性,在鸡的进化历史中稳定遗传.25个鸡种大致可被分为4大类,表明我国的地方鸡品种资源丰富,且之间的同源性较低,可为抗病育种的研究提供丰富的样本. 展开更多
关键词 CENPA基因 SNPS INDEL 进化树
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25个鸡品种DMB2基因序列比较分析 预览
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作者 刘本帅 郑圣晗 +8 位作者 原小雅 陈颖 张莘 王统苗 陈博雯 张扬 王志秀 常国斌 陈国宏 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第8期1961-1965,共5页
[目的]DMB2(major histocompatibility complex,class Ⅱ,DM beta 2)基因是鸡MHCⅡ类的典型基因座,通过比较不同鸡品种的DMB2基因序列探究该基因对鸡的免疫反应和抗病性的作用和意义。[方法]本研究对25个不同鸡种的DMB2基因序列进行目... [目的]DMB2(major histocompatibility complex,class Ⅱ,DM beta 2)基因是鸡MHCⅡ类的典型基因座,通过比较不同鸡品种的DMB2基因序列探究该基因对鸡的免疫反应和抗病性的作用和意义。[方法]本研究对25个不同鸡种的DMB2基因序列进行目标捕获测序,以NCBI上Gallusgallus的DMB2基因序列作为参考序列,通过MEGA6软件进行序列比对分析,筛选出不同鸡种DMB2基因序列上的SNPs和Indels位点以及氨基酸的变化,并根据基因序列的差异构建系统进化树,探究不同鸡种的同源性。[结果]结果表明DMB2基因表现其遗传多态性的同时呈现出较高的保守性,外显子上突变和插入缺失较少。进化树分析显示抗病性较强的鸡种广西黄鸡、SPF-来航鸡、藏鸡、雪山草鸡的同源性较高。[结论]不同鸡种中DMB2基因呈现出较高的保守性,在进化过程中不易发生突变,该基因在鸡的免疫反应中具有重要作用。 展开更多
关键词 DMB2基因 SNPS INDELS 进化树
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缢蛏α-淀粉酶基因外显子区域SNPs筛选及其与生长性状关联性 预览
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作者 李浩 孟德龙 +3 位作者 薛宝宝 牛东红 李家乐 沈和定 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2019年第2期214-223,共10页
α-淀粉酶是广泛存在于生物体内的消化酶,主要参与生物体内碳水化合物的代谢,为生物体提供维持生命、生长发育和繁殖所需的能量。为研究α-淀粉酶基因外显子与缢蛏(Sinonovacula constricta)生长性状的相关性,实验采用PCR产物直接测序... α-淀粉酶是广泛存在于生物体内的消化酶,主要参与生物体内碳水化合物的代谢,为生物体提供维持生命、生长发育和繁殖所需的能量。为研究α-淀粉酶基因外显子与缢蛏(Sinonovacula constricta)生长性状的相关性,实验采用PCR产物直接测序法对其进行筛选比对,共获得18个候选SNPs位点,分别为:Rs-1:48G/C、Rs-2:247 C/A、Rs-3:420 A/G、Rs-4:441C/T、Rs-5:537 G/T、Rs-6:837 G/T、Rs-7:936 A/G、Rs-8:952A/C、Rs-9:1047 T/G、Rs-10:1062 C/T、Rs-11:1287C/T、Rs-12:1350 A/C、Rs-13:1362 C/T、Rs-14:1371 C/T、Rs-15:1503T/C、Rs-16:1536 T/C、Rs-17:1737T/C、Rs-18:1788 C/T。随机选取同批繁殖、同塘养殖的缢蛏快长新品种"申浙1号"群体,运用MassARRAY质谱检测方法进行SNPs位点的分型,结果显示:除Rs-13位点外,其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡(P> 0.05),Hardy-Weinberg平均值为0.581;多态信息含量平均值为0.237。基因型与生长性状的关联性分析结果表明:Rs-5:537 G/T与Rs-10:1062 C/T位点基因型个体之间部分性状存在显著性差异(P <0.05)。13个位点组成的双倍型与生长性状的关联性分析显示:双倍型S6的壳高高于S3、S5、S7(P <0.05),S6的总重大于S7(P <0.05);另外,S6各个生长性状值在所有双倍型中最高。获得的缢蛏α-淀粉酶编码区外显子与生长性状相关的SNPs标记,可为缢蛏遗传改良特征标记筛选及定制培育提供有益参考。 展开更多
关键词 缢蛏 Α-淀粉酶基因 SNPS 双倍型 生长
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基于DNA条形码psbA-trnH, matK, trnL对不同地理居群野菊和药用菊的鉴定研究
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作者 陈芙蓉 汪涛 +4 位作者 郭巧生 朱再标 杨锋 邹庆军 张亚静 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期660-665,共6页
利用DNA条形码技术通过psbA-trnH,mat K,trn L序列分析,建立一种快速鉴定野菊和药用菊的方法。提取21份样品的基因组DNA,对psbA-trnH,mat K,trn L片段进行PCR扩增,双向测序,获得其psbA-trnH,mat K,trn L序列信息;运用MEGA 7. 0对所有样... 利用DNA条形码技术通过psbA-trnH,mat K,trn L序列分析,建立一种快速鉴定野菊和药用菊的方法。提取21份样品的基因组DNA,对psbA-trnH,mat K,trn L片段进行PCR扩增,双向测序,获得其psbA-trnH,mat K,trn L序列信息;运用MEGA 7. 0对所有样品的psbA-trnH,mat K,trn L序列共63条进行比对、计算种内种间遗传距离,分析psbA-trnH+mat K+trn L组合序列SNPs分布,构建Neighbor-Joining(NJ)系统进化树。结果显示,野菊,野菊(菊花脑)和药用菊的种内种间遗传距离重合;psbA-trnH+mat K+trn L组合序列的SNPs分析显示其组合序列共有19个核苷酸多态性位点(SNPs),野菊较野菊(菊花脑)、药用菊呈现更为明显的序列多态性,psbA-trnH序列表现出较为明显的长度变异;NJ树显示药用菊与野菊、野菊(菊花脑)区别开来,其中编号为C2~C5的药用菊单独聚为一亚支,置信度为62%,编号为Z9,Z10的野菊均采自甘肃省,单独聚为一支,置信度为77%;同时也发现来自西北地域的野菊样品,其psbA-trnH和trn L序列信息变化与地域和环境之间有明显的相关,野菊与野菊(菊花脑)具有明显的分化,同时还是药用菊的进化来源。因此,将psbA-trnH+mat K+trn L组合序列作为DNA条形码能准确、快速的鉴别野菊和药用菊,为其种质资源鉴定及物种鉴别提供了重要依据。 展开更多
关键词 野菊 药用菊 DNA条形码 SNPs 鉴定
中国荷斯坦牛TLR1基因SNPs快速筛查及蛋白功能预测 预览
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作者 吴恩芸 任稳稳 +3 位作者 李耀东 刘丽霞 曹忻 张丽 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1940-1948,共9页
为探究中国荷斯坦牛Toll样受体1(TLR1)基因与中国荷斯坦牛乳房炎抗性的关联性,以中国荷斯坦牛为试验对象,构建DNA混合池,采用PCR扩增和直接测序法对中国荷斯坦牛TLR1基因进行单核苷酸多态性(SNP)检测,从而筛选出对中国荷斯坦牛免疫方面... 为探究中国荷斯坦牛Toll样受体1(TLR1)基因与中国荷斯坦牛乳房炎抗性的关联性,以中国荷斯坦牛为试验对象,构建DNA混合池,采用PCR扩增和直接测序法对中国荷斯坦牛TLR1基因进行单核苷酸多态性(SNP)检测,从而筛选出对中国荷斯坦牛免疫方面有显著影响的SNPs位点,同时应用在线软件对中国荷斯坦牛TLR1基因编码的蛋白质进行功能预测。结果表明,中国荷斯坦牛TLR1基因编码727个氨基酸,组成了一种不稳定的水溶性蛋白,蛋白质二、三级结构均以α-螺旋为主;PCR扩增后,在扩增片段处共发现8个SNPs位点,分别为A61T-TLR1、C632A-TLR1、C1408T-TLR1、C1451T-TLR1、A1461G-TLR1、A1475C-TLR1、G1550A-TLR1、G1596A-TLR1,其中A61T-TLR1、C632A-TLR1、C1408T-TLR1、A1461G-TLR1、G1596A-TLR1属错义突变,分别由原来的赖氨酸(Lys)、苯丙氨酸(Phe)、丙氨酸(Ala)、异亮氨酸(Ile)、缬氨酸(Val)突变为甲硫氨酸(Met)、亮氨酸(Leu)、缬氨酸(Val)、缬氨酸(Val)、异亮氨酸(Ile),SNPs位点的等位基因频率在突变前后均存在差异。DNA池结合直接测序技术检测到TLR1基因8个SNPs位点,可作为中国荷斯坦牛乳房炎的遗传标记进行深入研究;蛋白质功能预测结果表明,有多种与免疫相关的因子几率较高。本研究结果为中国荷斯坦牛在分子领域的抗病育种提供了理论依据。 展开更多
关键词 中国荷斯坦牛 TLR1基因 单核苷酸多态性 蛋白质功能预测
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基于平均影响值的SVM在遗传数据疾病分类和特征提取中的应用 预览
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作者 张阳阳 曹红艳 武淑琴 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2019年第3期344-347,共4页
目的探讨基于平均影响值(MIV)的支持向量机(SVM)在遗传数据疾病分类预测和变量筛选中的应用,为遗传数据的疾病分类与特征提取方面提供方法学参考。方法以GAW18(genetic analysis workshop 18)数据为例,采用基于MIV的SVM建立预测模型,并... 目的探讨基于平均影响值(MIV)的支持向量机(SVM)在遗传数据疾病分类预测和变量筛选中的应用,为遗传数据的疾病分类与特征提取方面提供方法学参考。方法以GAW18(genetic analysis workshop 18)数据为例,采用基于MIV的SVM建立预测模型,并和logistic回归模型、SVM、多层感知机和决策树分类模型进行比较分析,评价基于MIV的SVM预测分类和变量筛选效果。结果经过平均影响值的支持向量机算法处理后,六个SNPs位点(1328567172、3127394820、11658093、9123969834、1174996637、1717498492)组合的变量子集,获得78.125%的分类准确率,明显优于其他分类模型。结论基于MIV的SVM能比较有效的在实现遗传数据变量筛选的同时提高分类预测能力,避免了变量间的交互作用,为探索各种疾病发病机制和寻找易感SNPs位点提供线索,具有一定的研究和应用价值。 展开更多
关键词 支持向量机 平均影响值 单核苷酸多态性
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不同代谢指标与脂联素基因单核苷酸多态性的相关性
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作者 林星光 李医华 方今女 《延边大学医学学报》 CAS 2019年第2期114-117,共4页
[目的]分析延边地区朝鲜族和汉族小学生不同代谢指标与脂联素(ADIPOQ)基因单核苷酸多态性(SNPs)的相关性.[方法]自2011年8月至2013年8月间随机抽取延边地区3所小学校的1 206名小学生(朝鲜族706名,汉族500名)作为研究对象,测量体质量指数... [目的]分析延边地区朝鲜族和汉族小学生不同代谢指标与脂联素(ADIPOQ)基因单核苷酸多态性(SNPs)的相关性.[方法]自2011年8月至2013年8月间随机抽取延边地区3所小学校的1 206名小学生(朝鲜族706名,汉族500名)作为研究对象,测量体质量指数(BMI)、腰围(WC)、收缩压(SBP)和舒张压(DBP)值;检测空腹12 h血清三酰甘油(TG)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、血糖(FBG)及胰岛素(FIns)水平;提取DNA并检测ADIPOQ基因SNP rs17846872位点的基因型.[结果]朝鲜族小学生ADIPOQ基因SNP rs17846872位点GG,GT,TT型频率分别为90.1%,9.3%,0.6%,汉族小学生分别为86.0%,14.0%,0.0%,朝鲜族和汉族小学生基因型分布频率间差异有统计学意义(P=0.011);朝鲜族小学生G和T等位基因频率分别为94.8%和5.2%,汉族小学生分别为86.0%和14.0%,朝鲜族和汉族小学生等位基因分布频率间差异有统计学意义(P<0.01).ADIPOQ基因SNP rs17846872位点不同基因型朝鲜族小学生WC,DBP和TG分布特征间存在差异(P<0.05),而汉族小学生TG和HOMA-IR分布特征间存在差异(P<0.05);ADIPOQ基因SNP rs17846872位点不同等位基因朝鲜族小学生WC分布特征间存在差异(P<0.05),而汉族小学生BMI,TG和HOMA-IR分布特征间存在差异(P<0.05).[结论]延边地区朝鲜族和汉族小学生ADIPOQ基因rs17846872位点具有SNPs,基因型和等位基因频率分布特征间存在民族差异;不同代谢指标与ADIPOQ基因SNPs的相关性有所不同,亦存在民族差异. 展开更多
关键词 ADIPOQ 单核苷酸多态性 代谢指标 相关性 民族
IP3R1基因表达、变异对蛋鸭蛋壳品质的影响 预览
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作者 覃媛钰 陈滇黔 +2 位作者 罗华伦 吴磊 张依裕 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2019年第7期90-95,共6页
IP3R1是钙释放通道蛋白,通过调控细胞质内Ca^2+浓度进而发挥其生物学功能。为探讨IP3R1基因对三穗鸭蛋壳品质的遗传效应,采用实时荧光量PCR和PCR产物直接测序法检测54只三穗鸭IP3R1基因的组织表达谱和SNP多态位点。结果表明:IP3R1 mRNA... IP3R1是钙释放通道蛋白,通过调控细胞质内Ca^2+浓度进而发挥其生物学功能。为探讨IP3R1基因对三穗鸭蛋壳品质的遗传效应,采用实时荧光量PCR和PCR产物直接测序法检测54只三穗鸭IP3R1基因的组织表达谱和SNP多态位点。结果表明:IP3R1 mRNA在11个组织中均存在不同程度的表达,其表达顺序为肺>心脏>肌胃>胸肌>肝脏>胰腺>肾脏>腺胃>子宫>小肠>脾脏;首次在IP3R1基因内含子14检测到g.253779 T>C和g.253967 C>A 2个SNPs突变位点,内含子18发现g.257089G>A、g.257159C>G和g.257237T>G 3个SNPs突变位点,5个SNPs位点均为中度多态位点;卡方(χ^2)检验结果表明,除g.257089G>A位点外,其余4个SNPs位点的基因型分布均未偏离Hard-Weinberg平衡;关联分析结果表明,g.257159C>G位点对蛋重和蛋壳重分别具有极显著和显著影响,g.257237T>G位点对蛋形指数的影响达显著水平(P<0.05)。结果提示,g.257159C>G和g.257237T>G可作为鸭蛋壳品质选择的遗传标记。 展开更多
关键词 蛋鸭 IP3R1基因 基因表达 SNPS 蛋壳品质
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固原鸡PRL基因部分SNP位点检测及分布规律分析
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作者 额尔和花 岳彩娟 +3 位作者 马小明 安克龙 王秉龙 丁伟 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第8期51-54,共4页
为了研究固原鸡群体中催乳素(PRL)基因的多态性,试验采用PCR-RFLP技术对PRL基因5′调控区插入/缺失变异以及启动子区域2个SNP位点、内含子2区域1个SNP位点、外显子5片段1个SNP位点进行检测,并分析以上位点在固原鸡群体中的基因型频率、... 为了研究固原鸡群体中催乳素(PRL)基因的多态性,试验采用PCR-RFLP技术对PRL基因5′调控区插入/缺失变异以及启动子区域2个SNP位点、内含子2区域1个SNP位点、外显子5片段1个SNP位点进行检测,并分析以上位点在固原鸡群体中的基因型频率、等位基因频率、多态信息含量。结果表明:PRL基因启动子在-2 402 bp处C/T突变检测到3种基因型,其中AA基因型为优势基因型(T/T);在-2 161 bp处C/G突变也检测到3种基因型,固原鸡群体中碱基G占优势;5′调控区24 bp插入/缺失PCR扩增得到了130 bp和154 bp 2个片段、3种基因型;内含子2区域SNP位点酶切检测到3种基因型,该位点处碱基T在固原鸡群体中占优势;外显子5片段SNP位点TagⅠ酶切只检测到一种基因型,碱基为CC;启动子-2 402 bp位点在固原鸡群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态,为中度多态,具有一定的选择潜力;启动子区域C-2 161G SNP位点以及5′调控区24 bp插入/缺失变异在固原鸡群体中偏离Hardy-Weinberg平衡状态,均为中度多态。说明这些位点具有进一步作为分子标记选择利用的价值。 展开更多
关键词 催乳素基因 SNPS 固原鸡 就巢性 产蛋
延边黄牛SCD 1基因多态性及其与经济性状的关联分析 预览
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作者 朴政玉 夏广军 +1 位作者 严昌国 冯健 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第9期2642-2650,共9页
本研究旨在探索延边黄牛硬脂酰辅酶A去饱和酶1(stearoy-CoA desaturase 1,SCD1)基因多态性及其与经济性状的相关性。以157头36月龄健康无病、体重相近的延边黄牛为研究对象,颈静脉采血提取基因组DNA,根据GenBank中牛SCD 1基因序列(登录... 本研究旨在探索延边黄牛硬脂酰辅酶A去饱和酶1(stearoy-CoA desaturase 1,SCD1)基因多态性及其与经济性状的相关性。以157头36月龄健康无病、体重相近的延边黄牛为研究对象,颈静脉采血提取基因组DNA,根据GenBank中牛SCD 1基因序列(登录号:AC_000181.1),利用Oligo 6.0软件设计特异性引物,应用PCR扩增SCD 1全长基因后直接测序,分析其多态位点,并应用生物信息学软件分析其蛋白结构;屠宰前测定活体重、胴体重、屠宰率、背膘厚等胴体性状,屠宰后采集背最长肌,测定眼肌面积、蒸煮损失、滴水损失、嫩度、系水力、pH、脂肪酸含量等肉质性状,并通过一般线性模型分析方法对延边黄牛SCD 1基因SNPs与肉质性状的相关性进行了分析。结果发现,延边黄牛SCD 1基因846 bp处存在A→G突变(g846 A→G)、1 022 bp处存在C→T突变(g1022 C→T),其中g1022 C→T突变导致丙氨酸(A)突变为缬氨酸(V),但未引起三级结构改变。关联分析结果表明,g846 A→G多态位点与延边黄牛宰前活重、胴体重、滴水损失及硬脂酸、亚油酸含量存在显著相关(P<0.05);g1022 C→T多态位点与延边黄牛宰前活重、胴体重及硬脂酸含量存在显著相关(P<0.05),说明上述2个位点与延边黄牛相关肉质性状存在显著相关,该突变位点可作为潜在的分子标记。 展开更多
关键词 延边黄牛 SCD 1基因 单核苷酸多态性(SNP) 胴体性状 肉质性状
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