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饲粮中添加共轭亚油酸对猪肌肉组织miRNA表达谱的影响 预览
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作者 王琪 齐仁立 +2 位作者 刘虹 王敬 黄金秀 《畜牧兽医学报》 CSCD 北大核心 2018年第9期1908-1918,共11页
旨在探讨共轭亚油酸(CLA)通过影响猪肌肉miRNA表达调控肌肉代谢的分子机制。本研究选用体重相近的初产荣昌母猪12头,随机分为对照组和CLA组,CLA组母猪饲粮从妊娠初期开始添加1.5%CLA,持续到仔猪28日龄断奶;断奶后分别从对照组和CLA... 旨在探讨共轭亚油酸(CLA)通过影响猪肌肉miRNA表达调控肌肉代谢的分子机制。本研究选用体重相近的初产荣昌母猪12头,随机分为对照组和CLA组,CLA组母猪饲粮从妊娠初期开始添加1.5%CLA,持续到仔猪28日龄断奶;断奶后分别从对照组和CLA组挑选仔猪各30头,原CLA组仔猪饲粮中继续添加1.5%CLA。待仔猪体重约30kg时,每组各选择6头进行屠宰,采集背最长肌和腿肌样品。提取RNA后将对照组和CLA组的背肌和腿肌进行建库;通过Solexa高通量测序技术检测CLA对猪肌肉组织miRNA表达谱的影响,利用生物信息学进行差异显著表达miRNA的靶基因预测和功能分析。结果显示:1)背肌和腿肌分别获得了44869982条和45105806条cleanreads,大多数序列长度在20~23nt。2)背肌和腿肌分别鉴定到306和304个已知miRNAs,有295个miRNAs共表达。3)添加CLA后能改变猪肌肉中miRNA的表达,分析表明,CLA对腿肌miRNA表达的影响要强于背肌;背肌和腿肌中分别发现5个和12个差异显著表达的miRNAs(P<0.05),其中ssc-miR-224在两种组织中都差异表达,因此共有16个差异表达miRNAs。4)对16个差异表达miRNAs进行靶基因预测和KEGG通路富集分析,发现它们的靶基因主要富集于292个通路,其中24个通路显著富集(P<0.05),包括与肌肉代谢密切相关的MAPK信号通路和Notch信号通路。5)利用荧光定量PCR对随机选择的6个差异表达miRNAs进行验证,证实其表达水平和测序结果基本一致。以上结果说明,CLA可能通过影响肌肉miRNA表达,调控重要肌肉代谢通路。 展开更多
关键词 共轭亚油酸 MIRNA Solexa测序 肌肉组织
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水牛卵母细胞GV/MⅡ期对应卵丘细胞miRNA差异表达分析 预览
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作者 沈朋雷 秦希玲 +7 位作者 尹倩 郭振伟 邓凯 杜姗姗 尹娜 阮子芸 石德顺 陆凤花 《畜牧兽医学报》 CSCD 北大核心 2017年第5期836-845,共10页
本研究旨在建立水牛卵母细胞体外成熟培养前后GV/MⅡ(Germinal vesicle,GV)/(MetaphaseⅡ,MⅡ)期对应的卵丘细胞miRNA数据库,筛选两个时期差异表达的miRNAs,为进一步阐明miRNA通过调控卵丘细胞中基因表达进而在卵母细胞成熟过程中... 本研究旨在建立水牛卵母细胞体外成熟培养前后GV/MⅡ(Germinal vesicle,GV)/(MetaphaseⅡ,MⅡ)期对应的卵丘细胞miRNA数据库,筛选两个时期差异表达的miRNAs,为进一步阐明miRNA通过调控卵丘细胞中基因表达进而在卵母细胞成熟过程中发挥的重要作用提供科学依据。分别收集水牛GV/MⅡ期的卵丘细胞,提取总RNA,利用Solexa测序技术获取小RNA测序数据,并进行生物信息学分析。结果表明:本研究成功构建了GV/MⅡ期卵丘细胞miRNA的表达谱,发现相对于GV期卵丘细胞,miRNA在MⅡ期卵丘细胞中表达差异显著上调的有24个,表达差异显著下调的有45个。采用qRT-PCR技术对随机筛选的8个miRNAs进行验证,证实其表达水平和RNA-seq分析结果相一致。结合靶基因预测和KEGG富集分析,获得了276条显著富集的信号通路;同时对富集前20的信号通路进行归纳总结,推测差异表达的miRNAs主要是通过细胞增殖、凋亡,物质代谢,细胞连接等途径在卵丘细胞中发挥作用。 展开更多
关键词 水牛 卵丘细胞 MIRNAS Solexa测序 生物信息学
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高通量测序技术分析急性髓系白血病血浆外泌体微RNA表达谱差异 被引量:2
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作者 田淼 谭三勤 +3 位作者 刘静茹 王晓华 肖红 葛敏 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期138-149,共12页
急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)是一类造血干细胞的恶性克隆性疾病,目前的诊断方法不利于疾病的早期发现,且诊断结果重复性较差。已有大量研究显示,细胞外microRNA(miRNA或miR)富集在外泌体(exosome)中,且受其表面... 急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)是一类造血干细胞的恶性克隆性疾病,目前的诊断方法不利于疾病的早期发现,且诊断结果重复性较差。已有大量研究显示,细胞外microRNA(miRNA或miR)富集在外泌体(exosome)中,且受其表面膜的保护而具有很好的稳定性,是理想的分子标志物。目前,多种实体肿瘤均已检测到肿瘤特异性外泌体miRNA(exosomal miRNA)。然而,在AML患者中未见此外泌体miRNA报道。本研究探讨急性髓系白血病血浆外泌体miRNA表达谱差异及新miRNA序列。采用solexa高通量测序技术对7例AML患者(AML组)及7例健康对照者(对照组)血浆外泌体miRNAs进行测序,利用Mireap预测软件进行新miRNAs分析,通过edger差异分析软件筛选组间差异miRNA,获得211个已知的差异表达miRNAs以及2个新miRNAs,选择4个差异表达的miRNAs:miR-155-5p、miR-335-5p、miR-451a及xxx-m0038-5p(新miRNA),在两组(各23例)的血浆外泌体样本中,进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证,验证结果与测序结果一致。对差异表达的外泌体miRNA进行靶基因预测及其GO(Gene Ontology)和信号通路富集分析,发现靶基因聚集的生物学功能多数参与生物进展过程的调控。靶基因主要富集在Fox O、MAPK、Hippo信号通路以及HTLV-I感染等。结果显示,AML患者与健康对照者的血浆外泌体miRNA存在着差异性表达。差异性表达的miRNA特异性很高,对进一步阐明AML白血病发生与发展的分子机制、研发新的无创诊断方法、新的诊断标记物和有效治疗AML的方法具有十分重要和深远的意义。 展开更多
关键词 外泌体 外泌体microRNA 急性髓系白血病 Solexa测序
烟草与黑胫病菌亲和互作的数字基因表达谱分析
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作者 黄飞燕 叶贤文 +3 位作者 王戈 何晓健 张柳 杨焕文 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2017年第9期3463-3474,共12页
为探讨烟草与黑胫病菌亲和互作在转录水平的分子机制,本研究利用Solexa高通量测序技术分析感病品种红大接菌前0 h和接菌后12 h、24 h、48 h和72 h茎部组织的基因表达谱。将5个时间点样品的Unigene表达量依次进行两两相比,4个时间点分别... 为探讨烟草与黑胫病菌亲和互作在转录水平的分子机制,本研究利用Solexa高通量测序技术分析感病品种红大接菌前0 h和接菌后12 h、24 h、48 h和72 h茎部组织的基因表达谱。将5个时间点样品的Unigene表达量依次进行两两相比,4个时间点分别鉴定出11 434、12 190、5 128、7 428个差异表达基因。GO功能分析表明,已注释的差异表达基因显著富集到细胞组分中的细胞壁、胞外区域和质膜上,分子功能的催化活性、激酶活性、核酸结合转录因子活性和信号转导活性,并主要参与响应刺激、响应胁迫、次级代谢、信号转导等生物学过程。Pathway分析显示,差异表达基因显著富集到多条次生代谢产物生物合成途径和碳水化合物代谢途径,以及与抗病相关的植物与病原菌互作、植物激素信号转导等途径。14类共计36个已知功能差异基因参与植物与病原菌互作Pathway,多数属于PTI途径调控基因,且基因表达量在黑胫病菌侵染中期(48 h)达到最高;仅有4类ETI途径调控基因差异表达,其中抗病负调控因子RIN4在黑胫病侵染前、中期(24 h,48 h)上调表达,信号组分HSP90接菌后24 h下调表达。由此可以推测,受黑胫病菌侵染后,红大品种中PTI途径调控基因能有效响应黑胫病菌胁迫反应,从而提高对黑胫病菌的抵抗能力,而ETI途径调控基因不能有效响应黑胫病菌胁迫反应。本研究初步揭示了烟草黑胫病感病品种在转录水平上的表达差异,为培育优质抗病新品种提供了理论基础。 展开更多
关键词 烟草 黑胫病 Solexa高通量测序 亲和互作
营养诱导舍饲哈萨克羊非繁殖季节卵巢组织中miRNAs差异表达分析 预览 被引量:2
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作者 雷小萍 林杉 +2 位作者 于要升 梁慧慧 赵宗胜 《畜牧兽医学报》 CSCD 北大核心 2017年第4期627-636,共10页
旨在利用Solexa测序技术分析、挖掘营养诱导非繁殖季节绵羊发情期和乏情期卵巢组织micro RNAs(miRNA),为进一步研究特定miRNA参与非繁殖季节绵羊发情的分子调控机制提供理论基础。以不同营养水平饲喂的哈萨克绵羊作为研究对象,在非繁... 旨在利用Solexa测序技术分析、挖掘营养诱导非繁殖季节绵羊发情期和乏情期卵巢组织micro RNAs(miRNA),为进一步研究特定miRNA参与非繁殖季节绵羊发情的分子调控机制提供理论基础。以不同营养水平饲喂的哈萨克绵羊作为研究对象,在非繁殖季节前后分别屠宰已鉴定的3只发情(EN)和乏情(AN)母羊,分别采集卵巢(O)组织,构建两个小片段RNA文库(OEN和OAN),进行高通量测序和生物信息学分析,实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证差异表达的miRNAs在哈萨克羊卵巢中表达水平。结果显示,两文库分别获得8 665 978(发情期)和9 071 102条(乏情期)clean reads,且绝大多数小RNA序列长度为21-23nt。两文库相比较,发现有9个已知和104个未知miRNAs表达差异显著(P〈0.01)。利用qRT-PCR随机选择的6个显著差异表达的miRNAs进行验证,其表达水平和测序分析结果一致。KEGG通路分析表明,这些差异miRNAs的靶基因主要参与了甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢,氨基糖和核苷酸糖代谢,精氨酸和鸟氨酸代谢及甘油磷脂代谢等营养调控通路。结合靶基因预测及通路富集分析,推测差异表达的miRNAs是通过营养代谢通路对绵羊的非季节性发情起重要作用。 展开更多
关键词 哈萨克羊 发情期 乏情期 卵巢 Solexa测序 microRNA
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北京油鸡和来航鸡脾脏差异表达microRNA的鉴定与分析 预览
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作者 耿立英 潘素敏 +7 位作者 陈娟 朱文进 巩元芳 刘铮铸 彭永东 赵书雨 张传生 李祥龙 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期754-764,共11页
【目的】明确北京油鸡和来航鸡脾脏重量、组织结构及其mi RNA表达谱的差异,筛选与两个鸡种免疫应答能力差异相关的候选基因,为家禽抗病育种研究奠定基础。【方法】选取1日龄同期孵化的北京油鸡和来航鸡母雏各45只作为试验材料,在相同营... 【目的】明确北京油鸡和来航鸡脾脏重量、组织结构及其mi RNA表达谱的差异,筛选与两个鸡种免疫应答能力差异相关的候选基因,为家禽抗病育种研究奠定基础。【方法】选取1日龄同期孵化的北京油鸡和来航鸡母雏各45只作为试验材料,在相同营养水平和环境条件下饲养,42日龄测量体重和脾脏重。每个品种随机选取3只个体(体重接近群体均值),取其一半脾脏组织制作石蜡切片,利用H.E.染色,显微镜下观察脾脏组织结构、脾小体的数量和动脉周围淋巴鞘厚度。提取另一半脾脏组织中的小RNA,等量混合组成2个RNA池,构建c DNA文库,利用Solexa平台进行高通量测序。测序结果与参考基因组数据库比对获得表达基因。利用Mireap软件预测新mi RNAs基因。利用RPKM(reads per kb per million reads)方法计算基因的表达量,根据FDR(false discovery rate)〈0.001和|log2 ratio(T/CK)|≥1的标准筛选差异表达的基因。利用Target Scan和Pictar软件预测差异表达mi RNA的靶基因,并对其进行GO和KEGG数据库功能注释。利用DAVID软件对靶基因蛋白进行富集分析。将预测靶基因与已知脾脏重和脾脏指数相关QTL区域注解的基因取交集。【结果】在42日龄,北京油鸡的体重和脾脏重均显著高于来航鸡(P〈0.01)。组织学观察显示,两个鸡种的脾脏组织结构发育完整,可见清晰的白髓、红髓、脾小结和动脉周围淋巴细胞鞘。与来航鸡相比,北京油鸡脾小体的数量更多、动脉周围淋巴鞘更厚,鞘内淋巴细胞也更为密集。高通量测序在两组样本共鉴定出486种已知mi RNA、130个候选mi RNA和216个共表达mi RNA。两组间显著差异表达的mi RNA共计35种,其中在北京油鸡中有8个表达上调,27个表达下调,它们的变化倍数在1.002—10.41之间。差异基因表达丰度在前5位的mi RNA是mi R-2954、mi R-6606-5p、mi R-146b-5p、mi R-21-3p和mi R-21-5p,对其2 767 展开更多
关键词 脾脏 MICRORNA Solexa测序技术 差异表达基因
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绵羊不同部位脂肪组织microRNA高通量测序及生物信息学分析 预览 被引量:3
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作者 张方 胡子乔 +5 位作者 景炅婕 潘洋洋 乔利英 李宝钧 刘建华 刘文忠 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1093-1101,共9页
本研究旨在挖掘绵羊不同脂肪组织中特异表达的miRNAs。构建肾周(PEF)、皮下(SUF)和尾部(TAF)脂肪组织的3个小RNA文库,利用Solexa测序技术进行测序,用Stem-loop qRT-PCR技术和生物信息学方法对测序结果进行验证和分析。结果表明,8... 本研究旨在挖掘绵羊不同脂肪组织中特异表达的miRNAs。构建肾周(PEF)、皮下(SUF)和尾部(TAF)脂肪组织的3个小RNA文库,利用Solexa测序技术进行测序,用Stem-loop qRT-PCR技术和生物信息学方法对测序结果进行验证和分析。结果表明,8个随机选择的miRNAs中有7个miRNAs的表达与测序结果一致。在肾周和皮下脂肪组织的sRNA文库中分别检测到128和112个保守miRNAs,分别发现198和196个新miRNAs。结合前期在尾脂中检测到miRNAs的分析结果,肾周脂肪中特异表达的有12个保守的和66个新miRNAs;皮下脂肪中特异表达的保守和新miRNAs分别为1个和30个;尾脂中特异表达的保守和新miRNAs分别为1个和34个。上述结果将为进一步研究miRNA调控绵羊的脂肪代谢提供科学依据。 展开更多
关键词 绵羊 脂肪组织 MICRORNA Solexa测序 生物信息学方法
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牦牛卵巢小RNA高通量测序及生物信息学分析 预览 被引量:6
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作者 熊显荣 兰道亮 +3 位作者 李键 字向东 林亚秋 马力 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期55-63,共9页
本研究旨在利用高通量测序技术描绘牦牛卵巢sRNA图谱,为探析牦牛繁殖性能提供基础。以牦牛卵巢组织作为研究对象,构建牦牛sRNA文库,进行高通量测序和生物信息学分析,最后利用RT-qPCR技术验证miRNA在牦牛卵巢组织中的表达。经测序后得到... 本研究旨在利用高通量测序技术描绘牦牛卵巢sRNA图谱,为探析牦牛繁殖性能提供基础。以牦牛卵巢组织作为研究对象,构建牦牛sRNA文库,进行高通量测序和生物信息学分析,最后利用RT-qPCR技术验证miRNA在牦牛卵巢组织中的表达。经测序后得到包含12 126 208条clean reads,其中特异序列为212 757条;比对分析显示,只有7 383 536(60.89%)条总序列及80 981(38.06%)条特异序列能与牦牛基因组匹配。与黄牛相比,牦牛sRNA中有56个表达量上调,其中miR-135a表达上调最显著;有33个表达下调,其中miR-2316表达下调最显著。RT-qPCR验证6个miRNA在牦牛卵巢组织中的表达情况,定量结果和测序结果基本一致。与牦牛EST序列信息比对后共预测出5个新miRNA。本研究成功绘制牦牛卵巢sRNA图谱,同时证实RNA-Seq高通量测序技术在完善sRNA信息及挖掘新miRNA方面的优势,对研究sRNA在牦牛遗传育种以及以牦牛为重要高原动物模型来进行高原适应性和抗逆性等相关领域的研究具有重要意义。 展开更多
关键词 牦牛 卵巢 高通量测序 小RNA 生物信息学
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枯萎病菌诱导感、抗陆地棉品种的转录因子表达变化 预览 被引量:2
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作者 韩泽刚 赵曾强 +3 位作者 何兰兰 柴蒙亮 李会会 张薇 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期228-239,共12页
以陆地棉抗病品种中棉所12和感病品种新陆早7号为材料,利用Solexa高通量测序技术调查枯萎病菌诱导后不同时间感、抗陆地棉品种转录因子家族及转录因子的表达情况。结果表明,枯萎病菌诱导后,抗病品种中棉所12有39个转录因子家族的433个... 以陆地棉抗病品种中棉所12和感病品种新陆早7号为材料,利用Solexa高通量测序技术调查枯萎病菌诱导后不同时间感、抗陆地棉品种转录因子家族及转录因子的表达情况。结果表明,枯萎病菌诱导后,抗病品种中棉所12有39个转录因子家族的433个转录因子在至少一个比对组中表达活性发生变化;感病品种新陆早7号则有52个转录因子家族的588个转录因子在至少一个比对组中表达活性发生变化。新陆早7号对枯萎病菌响应的转录因子及转录因子家族的数目明显多于中棉所12,且2个品种的下调基因数目均多于上调基因。随着枯萎病菌诱导后时间延长,两品种对枯萎病菌诱导响应的转录因子家族及转录因子数量均呈现先增加后降低的变化趋势,中棉所12在枯萎病菌诱导后6 h达最多,而新陆早7号在诱导后3 h达最多。在6个比对组中,表达活性均发生变化的重叠转录因子,中棉所12中有9个,隶属于6个转录因子家族;新陆早7号中有31个,隶属于17个转录因子家族。不同抗病性品种对枯萎病的响应有较强的品种特异性,除37个共有的转录因子家族外,2个转录因子家族是中棉所12所特有,15个转录因子家族是新陆早7号所特有。 展开更多
关键词 陆地棉 枯萎病 Solexa测序 转录因子
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肾脏特异性microRNA的鉴定及功能预测
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作者 孟娇 李丽民 +1 位作者 刘志红 曾科 《肾脏病与透析肾移植杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期107-112,共6页
目的:应用Solexa技术分析和筛选出肾脏特异性表达microRNA (miRNA),同时利用生物信息学技术预测特异表达miRNA的靶基因并对其功能进行初步分析,探讨特异表达miRNA在肾脏中的功能. 方法:选取8周龄C57/B6雄性小鼠,取其全身11个组织器... 目的:应用Solexa技术分析和筛选出肾脏特异性表达microRNA (miRNA),同时利用生物信息学技术预测特异表达miRNA的靶基因并对其功能进行初步分析,探讨特异表达miRNA在肾脏中的功能. 方法:选取8周龄C57/B6雄性小鼠,取其全身11个组织器官,提取总RNA并从中分离小分子量RNA进行Solexa测序,筛选出相较其他组织器官,在肾脏中表达最为特异的miRNA;然后,利用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)技术对筛选出的肾脏特异性表达miRNA进一步验证;最后,通过生物信息学技术对其进行靶基因预测,并对交集的基因集合分别进行GO分析和KEGG通路分析. 结果:Solexa测序结果显示在正常小鼠中miR-196a和miR-196b在肾脏最特异性高表达.qRT-PCR验证了miR-196a和miR-196b在小鼠11个组织器官中的表达分布情况,定量结果与测序结果相一致.TargetScan6.2和PicTar两个软件预测到交集靶基因74个.GO分析显示miR-196a/b的预测靶基因集合显著富集在血小板源生长因子结合活性、转录调控活性、细胞外基质的结构组成等分子功能上并参与调控代谢、发育等生物学过程(P<0.01).信号转导通路显著富集于促性腺激素释放激素信号通路、细胞外基质受体相互作用等多个信号通路和脑胶质瘤、前列腺癌等疾病通路中(P<0.05). 结论:miR-196a/b在肾脏中特异性高表达,靶基因功能广泛,与细胞代谢、生长发育等密切相关. 展开更多
关键词 肾组织Solexa测序 miR-196a miR-196b
大鼠软骨生成过程表达的小分子 RNA 生物信息学分析 预览
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作者 邵世滨 闵自信 +4 位作者 郭源旭 王权成 孙梦瑶 韩燕 孙健 《西安交通大学学报:医学版》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期462-466,共5页
目的:分析大鼠软骨形成过程中小分子 RNA(sRNA)表达谱变化及其基因功能,探讨软骨细胞增殖与分化的机制。方法取新生、断乳、性成熟3个时间节点的雌性 SD 大鼠股骨头软骨构建 sRNA 文库,Solexa 测序平台鉴定软骨组织全部 sRNA 序列表... 目的:分析大鼠软骨形成过程中小分子 RNA(sRNA)表达谱变化及其基因功能,探讨软骨细胞增殖与分化的机制。方法取新生、断乳、性成熟3个时间节点的雌性 SD 大鼠股骨头软骨构建 sRNA 文库,Solexa 测序平台鉴定软骨组织全部 sRNA 序列表达,所得的全部清洁序列与 SD 大鼠基因组信息比对,并做生物信息学分析。结果3个文库筛选出与基因组序列完全匹配序列,分别对应着217921条(41.23%)、196650条(38.74%)、245436条(41.54%)unique sRNA 序列。长度为20~24 nt 的 sRNA 占比:d 0为71.94%、d 21为72.85%、d 42为86.39%;其中,长度为22 nt的 sRNA 约占清洁序列的一半。文库序列分布特征,符合高质量 sRNA 文库的特征。超过总数62%的清洁序列来自于成熟 miRNA 序列,但在3个文库中的占比却仅仅只有0.69%、0.78%和0.63%。约60%的unique sRNA 序列无法与 miRBase 20.0和 Rfam9.1匹配。结论3个 sRNA 文库的 miRNA 这种分布模式,可能暗示着有功能不同或者来源各异的 miRNA,参与了对骨骼发育和骨形成关键阶段软骨细胞增殖与分化的调控。 展开更多
关键词 SRNA 生物信息学 软骨生成 大鼠 Solexa测序
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Identification of novel and differentially expressed micro RNAs in ovine ovary and testis tissues using Solexa sequencing and bioinformatics 预览
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作者 CHANG Wei-hua ZHANG Yong +5 位作者 CHENG Zhang-rui ZHAO Xing-xu WANG Juan-hong MA You-ji HU Jun-jie ZHANG Quan-wei 《农业科学学报:英文版》 SCIE CSCD 2015年第8期1604-1616,共13页
Micro RNAs(mi RNAs) are small, single stranded, non-coding RNA molecules, about 19–25 nucleotides in length, which regulate the development and functions of reproductive system of mammal.To discover novel mi RNAs and... Micro RNAs(mi RNAs) are small, single stranded, non-coding RNA molecules, about 19–25 nucleotides in length, which regulate the development and functions of reproductive system of mammal.To discover novel mi RNAs and identify the differential expression of them in ovine ovary and testis tissues, the study constructed two libraries by using next-generation sequencing technologies(Solexa high-throughput sequencing technique).As a result, 9 321 775 and 9 511 538 clean reads were obtained from the ovary and testis separately, which included 130 562(90 genes of ovary) and 56 272(85 genes of testis) of known mi RNAs and 486 potential novel mi RNAs reads.In this study, a total of 65 conserved mi RNAs were significantly differentially expressed(P<0.01) between the two samples.Among them, 28 mi RNAs were up-regulated and 3 mi RNAs were down-regulated on ovary compared with testis.In addition, the known mi RNAs with the highest expression level(5 mi RNAs) and 30 novel mi RNAs with the functions related to reproduction were validated using the real-time quantitative RT-PCR.Moreover, the gene ontology(GO) annotation and Kyoto encyclopedia of genes and genomes(KEGG) pathway analysis showed that differentially expressed mi RNAs were involved in ovary and testis physiology, including signal transduction, gonad development, sex differentiation, gematogenesis, fertilization and embryo development.The results will be helpful to facilitate studies on the regulation of mi RNAs during ruminant reproduction. 展开更多
关键词 微RNA 睾丸组织 差异表达 测序技术 生物信息学 卵巢 绵羊 RNAS
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运用高通量测序研究Alport综合征多能干细胞的microRNA及其靶基因
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作者 Wen-biao CHEN Jian-rong HUANG +2 位作者 Xiang-qi YU Xiao-cong LIN Yong DAI 《浙江大学学报:B卷英文版》 SCIE CAS CSCD 2015年第3期235-250,共16页
目的:寻找来源于Alport综合征患者与正常对照者的多能干细胞差异性表达的microRNA,并对差异性表达的microRNA靶基因进行预测。创新点:本研究不同于一般的试验标本,试验标本是来源于尿肾脏管细胞诱导而成的多能干细胞。基于AIport综... 目的:寻找来源于Alport综合征患者与正常对照者的多能干细胞差异性表达的microRNA,并对差异性表达的microRNA靶基因进行预测。创新点:本研究不同于一般的试验标本,试验标本是来源于尿肾脏管细胞诱导而成的多能干细胞。基于AIport综合征是遗传疾病,我们对一遗传家系进行了系统的分析。寻找特异性的差异性表达microRNA及其靶基因,从基因水平对Alport综合征进行研究。方法:在前期工作中,成功地从实验者与对照者的尿肾脏管细胞诱导成多能干细胞。运用高通量测序技术分析并发现实验者与对照者之间差异性表达的microRNA。对差异性表达的microRNA靶基因进行预测,并进行靶基因聚集分析,研究靶基因主要参与的生物学过程。同时进行靶基因信号传导通路的分析,研究靶基因主要参与的细胞信号传导通路。结论:在实验组与对照组之间,发现了30个具有显著差异性表达的microRNAs,包括19个上调表达与11个下调表达。差异性表达的microRNA的靶基因主要聚集在细胞膜和细胞代谢过程;靶基因主要参与嘌呤代谢通路与丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)通路。 展开更多
关键词 ALPORT综合征 多能诱导干细胞 高通量测序
兰州熊蜂蜂王头部产卵相关microRNA生物信息学分析
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作者 孙冬婷 董捷 +2 位作者 黄家兴 和绍禹 吴杰 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第12期1291-1299,共9页
【目的】头部是熊蜂感觉和取食中心,也是生理行为的指挥中心。microRNA(miRNA)参与重要生理行为的调控。本研究初步探索了产卵和未产卵兰州熊蜂Bombus lantschouensis蜂王头部差异表达miRNA及其靶基因,以期探明蜂王头部miRNA在产卵过... 【目的】头部是熊蜂感觉和取食中心,也是生理行为的指挥中心。microRNA(miRNA)参与重要生理行为的调控。本研究初步探索了产卵和未产卵兰州熊蜂Bombus lantschouensis蜂王头部差异表达miRNA及其靶基因,以期探明蜂王头部miRNA在产卵过程中作用。【方法】以本土优良蜂种兰州熊蜂B.lantschouensis为材料,利用Solexa高通量测序技术对产卵和未产卵蜂王头部miRNA进行测序,运用生物信息学软件对miRNA及其靶基因进行预测;并应用q PCR技术验证极显著差异表达的miRNA。【结果】共获得兰州熊蜂产卵和未产卵蜂王头部miRNA的clean data数,分别为14 228 864和21 431 031条reads;长度分析表明,在19~24 nt序列中22 nt序列数量最多,分别占产卵和未产卵蜂王序列的45.8%和45.1%。miRNA预测结果显示,共获得297个miRNA,其中270个为已知miRNA,有92个存在于蜜蜂中,其余178个分别存在于蜜蜂以外的其他物种中;另外27个为新的miRNA。在蜜蜂92个已知的miRNA中,在产卵蜂王头部中表达的共有91个,特异表达的有2个;在未产卵蜂王头部中表达的共有90个,特异表达的有1个。27个新的miRNA中,在产卵蜂王头部中表达的共有22个,特异表达的有2个;未产卵蜂王头部中表达的共有25个,特异表达的有5个。miRNA差异表达分析表明,在产卵与未产卵蜂王头部,共有8个已知miRNA表达量达到差异极显著水平(P〈0.01)。q PCR结果表明,这8个表达差异极显著的miRNA均存在于熊蜂体内。在8个差异极显著的miRNA中,取前3个miRNA进行靶基因预测,发现它们共同调控9个靶基因,这些基因主要参与GTP结合和转录调控。【结论】本研究首次利用高通量测序技术鉴定了熊蜂头部组织的miRNA,并发现蜂王产卵与否受到miRNA差异表达的调控。结果为今后深入开展熊蜂miRNA功能验证及产卵调控机制研究奠定了基础。 展开更多
关键词 兰州熊蜂 蜂王 MIRNA 高通量测序 产卵 生物信息学
牛多个组织microRNA Solexa测序与生物信息学分析 预览 被引量:2
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作者 刘飞 杨继业 +10 位作者 孙志颖 胡鑫 李娟 孔令娜 梁瑞圆 宋振宇 张路培 陈燕 高雪 李俊雅 孙少华 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2015年第6期1409-1416,共8页
本研究旨在发掘牛更多的microRNA(miRNA)信息及新的miRNA序列,为进一步研究miRNA的生物学功能奠定理论基础。运用高通量测序技术对来自一头西门塔尔公牛和一头荷斯坦母牛的多个组织的小RNA进行混池测序,对测序结果进行了生物信息学分... 本研究旨在发掘牛更多的microRNA(miRNA)信息及新的miRNA序列,为进一步研究miRNA的生物学功能奠定理论基础。运用高通量测序技术对来自一头西门塔尔公牛和一头荷斯坦母牛的多个组织的小RNA进行混池测序,对测序结果进行了生物信息学分析。随机选取了一条成熟miRNA:bta-miR-2346-5p和两条新预测的miRNAs:novel_miR-48和novel_miR-86,采用茎环RT-PCR进行验证。共鉴定了604条miRNAs,其中429条为牛的已知miRNAs,175条为新预测的miRNAs。通过茎环RT-PCR发现选取的这3条miRNAs在背最长肌、心肌、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、大肠、小肠中均有表达,证明了高通量测序结果的准确性。本试验得到的数据在一定程度上丰富了牛miRNA的数量和种类,为后续牛或其他物种的miRNA相关生物学研究提供了更加详实的信息。 展开更多
关键词 多组织 MICRORNA 高通量测序
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短小芽胞杆菌抑菌相关基因的高效克隆 被引量:2
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作者 刘通 陈云鹏 +1 位作者 李琼洁 顾振芳 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期423-428,共6页
为有效挖掘生防短小芽胞杆菌Bacillus pumilus的抑菌相关基因,对DX01菌株进行了Solexa基因组扫描,并选取其中2个代表性基因TasA和Surf2,以DX01基因组DNA为模板,采用PCR方法对其进行克隆、序列比对及系统进化分析。结果表明,DX01菌株共得... 为有效挖掘生防短小芽胞杆菌Bacillus pumilus的抑菌相关基因,对DX01菌株进行了Solexa基因组扫描,并选取其中2个代表性基因TasA和Surf2,以DX01基因组DNA为模板,采用PCR方法对其进行克隆、序列比对及系统进化分析。结果表明,DX01菌株共得到4267个基因,有3145个具有明确生物学功能的蛋白。其中,与短小芽胞杆菌抑菌活性相关的基因(簇)有84个,包括2个细菌防御酶基因、2个细菌生物膜形成相关基因、1个信号转导基因、27个细胞壁降解或水解酶基因、15个抗生素合成或转运基因、4个抑菌蛋白基因、1个次生代谢物合成基因簇及32个细菌鞭毛生物合成与调控相关基因。TasA基因在芽胞杆菌属细菌中具有高度的保守性,各同源基因的序列相似性在92%以上;而Surf2基因的同源基因在该属细菌中具有一定的变异性,有的序列相似性低至73%。 展开更多
关键词 短小芽胞杆菌 Solexa扫描 抑菌相关基因
Solexa测序技术分析鸡与鹌鹑属间杂交雌性和雄性胚胎的差异microRNAs 被引量:2
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作者 郑炜 赵宗胜 +3 位作者 李青峰 班谦 李洪涛 梁耀伟 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期116-122,共7页
分别从孵化3d的已鉴定性别的鸡与鹌鹑属间杂交早期雌性和雄性胚胎组织中提取小RNA,并构建各自的cDNA文库,通过Illumina/Solexa二代测序平台对两样本SmallRNA进行高通量深度测序,结合生物信息学的方法对其属间杂交早期的雌性和雄性... 分别从孵化3d的已鉴定性别的鸡与鹌鹑属间杂交早期雌性和雄性胚胎组织中提取小RNA,并构建各自的cDNA文库,通过Illumina/Solexa二代测序平台对两样本SmallRNA进行高通量深度测序,结合生物信息学的方法对其属间杂交早期的雌性和雄性胚胎中已知的和预测的miRNAs的类型、长度、丰度以及参与的KEGG通路等进行了初步的统计和分析。结果显示,鸡与鹌鹑属间杂交早期雌性胚胎组织的比对序列有16058009条,雄性组织有17943294条;雌性胚胎预测得到132种miRNA,雄性胚胎预测得到460种miRNA;雌性和雄性样本间差异显著的miRNA有117个(P〈0.01);KEGG通路分析表明,这些差异miRNAs的靶基因主要参与了wnt信号通路、MAPK信号通路、TGF-beta信号通路等与胚胎生长发育相关的途径。结果表明,就已知的miRNAs而言,在鸡与鹌鹑属间杂交雌性和雄性胚胎问存在着一定的差异,这些差异的miRNAs将为后续的功能和调控机理实验研究提供依据。 展开更多
关键词 Solexa测序技术 鸡与鹌鹑属间杂交胚胎 性别分化 MICRORNAS
基于Solexa高通量测序的唐古特红景天(Rhodiola algida)微卫星信息分析 预览 被引量:10
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作者 雷淑芸 高庆波 +3 位作者 付鹏程 杨慧玲 陈世龙 张发起 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期829-834,共6页
利用所获得的Solexa高通量唐古特红景天转录组拼接EST序列进行微卫星位点的挖掘分析,期望为红景天属SSR标记的开发提供生物信息学依据。在得到的6552条EST序列中,三碱基最多,占总EST序列的41.50%;单核苷酸和二核苷酸重复类型的SSR含量相... 利用所获得的Solexa高通量唐古特红景天转录组拼接EST序列进行微卫星位点的挖掘分析,期望为红景天属SSR标记的开发提供生物信息学依据。在得到的6552条EST序列中,三碱基最多,占总EST序列的41.50%;单核苷酸和二核苷酸重复类型的SSR含量相似,分别为27.76%和24.76%;二至六碱基微卫星分布密度与其对应的SSR含量成正比。在单核苷酸重复类型中,T和A重复类型最多,分别为总SSR的14.91%、12.70%,而G和C重复类型则很少;在二核苷酸重复类型中,AG重复类型最多,占总SSR的5.60%,GA和TC重复类型次之,分别为4.75%、4.72%;在三核苷酸重复类型中,GAA重复类型最多,为总SSR的1.85%,GAT次之,为1.79%,TTC、TCT、TCA、GGA、GCT、GAG重复类型间的SSR数相差不大;四、五、六核苷酸重复类型则很少。除五、六核苷酸重复类型外,其长度变化与其对应的重复类型碱基长度成反比;同种重复类型中,微卫星的长度与其对应的SSR数成反比。 展开更多
关键词 唐古特红景天 高通量测序 微卫星
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柞蚕核型多角体病毒基因组编码VmiRNA的预测与功能分析 被引量:2
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作者 李文利 林澜 +1 位作者 王乃红 栾雨时 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期324-332,共9页
柞蚕核型多角体病毒(ApNPV)是危害柞蚕的主要病原物之一。病毒microRNAs(VmiRNA)是由病毒基因组编码的小RNA分子,在病毒繁殖及与宿主的相互作用中发挥作用。采用高通量测序Solexa技术测定ApNPV感染柞蚕后的VmiRNA,并通过vMir软件预... 柞蚕核型多角体病毒(ApNPV)是危害柞蚕的主要病原物之一。病毒microRNAs(VmiRNA)是由病毒基因组编码的小RNA分子,在病毒繁殖及与宿主的相互作用中发挥作用。采用高通量测序Solexa技术测定ApNPV感染柞蚕后的VmiRNA,并通过vMir软件预测ApNPV基因组可能编码的VmiRNA前体序列。在预测得到的16条前体序列中,有13条能够从病毒感染的柞蚕蛹脂肪体中扩增出条带,并有10条能在病毒基因组中找到同源序列。在ApNPV MicroRNA Solexa测序数据库中搜索到与这10条前体VmiRNAs相匹配的序列,用RT-PCR方法证明有9条能扩增出大小相应的片段,确定其为病毒基因组编码的VmiRNA的成熟序列。利用靶基因在线预测程序RNAhybrid预测到这些VmiRNA作用的135个可能的靶基因,其中有与免疫应答过程相关的基因36个,与免疫系统进程相关的基因19个,与免疫调节相关的基因8个,与免疫系统发育相关的基因9个。推测这些ApNPV基因组编码的VmiRNA在病毒与宿主之间的相互作用中扮演重要角色。 展开更多
关键词 柞蚕核型多角体病毒 Solexa测序 VmiRNA 靶基因
男性不育症患者精浆miR-106b水平变化及意义 预览 被引量:3
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作者 吴彩云 王成 +3 位作者 杨琛 陈熹 张辰宇 张春妮 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期859-862,共4页
目的检测男性不育症患者精浆全基因组微小核糖核酸(miRNAs)表达谱,筛选差异表达的miR-106b,探讨其作为男性不育症分子诊断指标的可行性。方法收集163例男性不育症患者及126例正常生育男性精浆,分别混合;用Solexa测序技术分别检测... 目的检测男性不育症患者精浆全基因组微小核糖核酸(miRNAs)表达谱,筛选差异表达的miR-106b,探讨其作为男性不育症分子诊断指标的可行性。方法收集163例男性不育症患者及126例正常生育男性精浆,分别混合;用Solexa测序技术分别检测弱精症、非梗阻性无精症和正常生育男性的混合精浆中592种miRNAs的表达,用实时荧光定量PCR(qRT—PCR)对表达异常的miR.106b在单个样本中逐一进行验证。结果Solexa测序结果显示,19种miRNAs在不育症患者精浆中的表达量与健康男性相比变化〉2倍,miR.106b在弱精症和无精症患者中分别上调了6.89倍和2.6l倍。qRT-PCR结果表明,弱精症组miR.106b含量[中位数(四分位数)]为719.35(518.49,1183.39)fmol/L,与正常生育组的291.35(148.83,421.56)fmol/L比较,明显升高(U=91.00,P〈0.01);无精症患者miR-106b的含量则明显降低,为60.07(18.38,292.52))fmol/L(U=195.00,P〈0.01)。ROC曲线分析显示,miR-106b诊断弱精症和无精症的曲线下面积(AUCROC)分别为0.844(95%CI,0.734~0.954)和0.720(95%CI,0.575~0.864);鉴别弱精症和无精症的AUCROC为0.902(95%CI,0.822~0.982)。结论男性不育症患者精浆miR.106b表达水平与正常生育男性存在明显差异,有望成为男性不育症诊断和鉴别诊断的辅助指标。 展开更多
关键词 精浆 微小核糖核酸 miR-106b 男性不育症 Solexa测序 实时荧光定量聚合酶链反应
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