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一种基于计数型布隆过滤器的分子相似性算法研究 预览 被引量:1
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作者 王山 孙莉 +2 位作者 吴杰 冯锋 王洪伟 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2017年第B11期552-556,共5页
分子相似性是虚拟筛选技术的重要环节,在计算机辅助药物设计中有着关键作用。在2D Fingerprint相似性判别过程中,一些典型的分子相似性评估过程使用了Hash函数进行分子指纹映射,然而Hash函数固有的冲突问题极易降低分子指纹的映射精度... 分子相似性是虚拟筛选技术的重要环节,在计算机辅助药物设计中有着关键作用。在2D Fingerprint相似性判别过程中,一些典型的分子相似性评估过程使用了Hash函数进行分子指纹映射,然而Hash函数固有的冲突问题极易降低分子指纹的映射精度。提出了一种基于计数型布隆过滤器的指纹映射方法,对相似性判别过程进行了有效改进,并采用DUD LIB VS 1.0数据集对改进方法进行了比较验证,将ROCE,AUC,awROCE,awAUC值作为评价标准。与其他原始分子相似性方法相比,所提方法有效地提高了相似性判断的准确性和骨架跃迁能力。 展开更多
关键词 分子相似性 2D FINGERPRINT 计数型布隆过滤器 虚拟筛选 计算机辅助药物设计
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利用网络药理学方法研究芪桂痛风片的药效物质基础与分子作用机制 被引量:10
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作者 柯志鹏 张新庄 +5 位作者 丁玥 曹亮 李娜 丁岗 王振中 萧伟 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第14期2837-2842,共6页
该研究采用网络药理学方法结合分子相似性比较来探索芪桂痛风片治疗痛风的药效物质基础和分子作用机制。分子相似性结果表明芪桂痛风片中木犀草素、异泽兰黄素、金合欢素-7-O-β-D-吡喃半乳糖苷及其光学异构体等黄酮类化合物与金石欢素... 该研究采用网络药理学方法结合分子相似性比较来探索芪桂痛风片治疗痛风的药效物质基础和分子作用机制。分子相似性结果表明芪桂痛风片中木犀草素、异泽兰黄素、金合欢素-7-O-β-D-吡喃半乳糖苷及其光学异构体等黄酮类化合物与金石欢素(acacetin)具有较高的相似性,提示其对痛风有一定的治疗作用,进一步的分子对接和网络分析发现芪桂痛风片中网络度大于8的dongbeinine,去氢浙贝母碱-N-氧化物和浙贝母碱-N-氧化物等9个生物碱类化合物通过作用于黄嘌呤氧化酶,基质金属蛋白酶9,5-脂氧合酶激活蛋白和蛋白酪氨酸激酶等22个靶点来抑制新尿酸形成、缓解已形成尿酸引发的炎症反应、调节机体免疫应答,由此揭示出这些化合物可能为芪桂痛风片的主要药效物质基础,同时也揭示了其治疗痛风的分子作用机制,印证了芪桂痛风片整体的药效作用特征并为其进一步的效应物质基础和作用机制探索提供理论依据。 展开更多
关键词 痛风 芪桂痛风片 网络药理学 分子相似性 分子对接
结合分子相似性、药效团和分子对接筛选新的HIV-1蛋白酶抑制剂 预览 被引量:1
3
作者 汪滢 唐国荣 刘澍楠 《生物信息学》 2015年第4期244-250,共7页
结合分子相似性、药效团和分子对接建立兼顾计算效率和预测准确度的HIV-1蛋白酶抑制剂筛选方法。首先通过对现有HIV-1蛋白酶抑制剂分子进行相似性分析,选取代表性的HIV-1蛋白酶抑制剂作为模板分子,构建和优化药效团模型,并从1万个化合... 结合分子相似性、药效团和分子对接建立兼顾计算效率和预测准确度的HIV-1蛋白酶抑制剂筛选方法。首先通过对现有HIV-1蛋白酶抑制剂分子进行相似性分析,选取代表性的HIV-1蛋白酶抑制剂作为模板分子,构建和优化药效团模型,并从1万个化合物中优先筛选出500个化合物。而后采用分子对接方法进一步考察化合物与HIV-1蛋白酶结合情况,得到4个新的活性候选化合物,并进行其结合自由能计算和抗突变性分析。结果表明新候选化合物ST025723和HIV-1蛋白酶表现出较好的相互作用和抗突变性,具有深入研究的价值,同时也证明分子相似性、药效团和分子对接相结合能够快速有效地发现新颖活性候选化合物。 展开更多
关键词 HIV-1蛋白酶抑制剂 分子相似性 药效团 分子对接
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Molecular Similarity: Methods and Performance
4
作者 Chaoqian Cai Jiayu Gong +2 位作者 Xiaofeng Liu Daqi Gao Honglin Li 《中国化学:英文版》 SCIE CAS CSCD 2013年第9期1123-1132,共10页
分子的类似长是一个热话题,它被各种各样的途径和戏在 protein-ligand 和蛋白质蛋白质相互作用识别评估了并且比较一个重要角色。当前有有他们的自己的优点和劣势的分子的类似评估方法的许多类型。分子的指纹是为仅仅关于快速的 2D 使... 分子的类似长是一个热话题,它被各种各样的途径和戏在 protein-ligand 和蛋白质蛋白质相互作用识别评估了并且比较一个重要角色。当前有有他们的自己的优点和劣势的分子的类似评估方法的许多类型。分子的指纹是为仅仅关于快速的 2D 使普通基础检索担心,但是缺乏能力关于 3D conformers 编码信息的分子的类似评估的最普通的方法。分子的描述符基于的 3D 方法忍受表示 conformer 的结构信息,而是描述符没被保证精确描述分子的优点。基于的方法试着附加二个分子并且用通常比分子的描述符更精确,但是要求费时间的优化进程的最佳的姿势评估类似的分子的排列。基于的方法仅仅在化学药品上集中的 Pharmacophore 关于一个分子展示并且不能够处理分子的形状类似。为了评估分子的类似的表演,基于屏蔽,许多种度量标准是可得到的,例如,跳跃的视觉表示,量的大小和支架能力大小。分子的类似的进一步的应用包括分子相互作用网络的建设或多样的混合物图书馆的产生。 展开更多
关键词 分子相似性 蛋白质相互作用 性能 分子相互作用 评价方法 结构检索 三维构象 定量测量
基于分子指纹的化学结构相似度检索系统的研究 被引量:1
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作者 彭涛 孙连英 +1 位作者 刘海波 周家驹 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期 291-293,共3页
化学结构相似性检索在现代化学研究中具有重要作用。而化学结构的相似性度量是进行相似度检索的基础和前提。目前在化学信息学的研究中,有数量众多的化学结构距离度量和相似度表示方法。本文采用了Daylight的分子指纹方法,并采用了Tan... 化学结构相似性检索在现代化学研究中具有重要作用。而化学结构的相似性度量是进行相似度检索的基础和前提。目前在化学信息学的研究中,有数量众多的化学结构距离度量和相似度表示方法。本文采用了Daylight的分子指纹方法,并采用了Tanimoto系数定义的相似度度量方法。并根据这种度量方法使用CDK来进行计算化学结构的相似度指数。在上述研究工作的基础上,开发了基于浏览器/服务器模式的化学结构相似度检索系统,通过该系统可以在中药活性成分数据库中进行化学结构相似度检索。用户在进行化学结构相似度检索时,可以选择已存在的化学结构,也可以采用JME来绘制新的化学结构。下一步将在该数据库中进行聚类分析和分子多样性的研究。 展开更多
关键词 化学结构相似性 结构检索 分子指纹 中药数据库
Molecular Similarity between Gibberellic Acid and Gliotoxin: Unravelling the Mechanism of Action for Plant Growth Promotion by Trichoderma harzianum 预览
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作者 Jaco Bezuidenhout Leon Van Rensburg Peet Jansen van Rensburg 《农业科学与技术:B》 2012年第6期703-712,共10页
关键词 植物生长激素 分子对接 哈茨木霉 霉毒素 相似度 机制 赤霉素 药效评价
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基于2D分子指纹的分子相似性方法在虚拟筛选中的应用 预览 被引量:3
7
作者 唐玉焕 林克江 尤启冬 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期178-184,共7页
随着计算机技术迅速发展和化合物库分子数量的剧增,分子相似性在药物虚拟筛选中的应用也越来越广泛。描述符是分子相似性方法主要组成部分之一,目前已经有大量的描述符应用于分子相似性,本文总结了2D分子指纹的分类和发展,以及基于2... 随着计算机技术迅速发展和化合物库分子数量的剧增,分子相似性在药物虚拟筛选中的应用也越来越广泛。描述符是分子相似性方法主要组成部分之一,目前已经有大量的描述符应用于分子相似性,本文总结了2D分子指纹的分类和发展,以及基于2D分子指纹的相似性方法在虚拟筛选中的应用。 展开更多
关键词 分子指纹 分子相似性 虚拟筛选
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虚拟筛选辅助新药发现的研究进展 被引量:6
8
作者 刘艾林 杜冠华 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期566-570,共5页
在新药发现过程中,虚拟筛选的应用可以富集活性化合物,降低筛选成本,提高药物筛选的可行性,因此已成为新药发现的重要方法。虚拟筛选与生物活性筛选的结合,可以优势互补,有效地促进新药的发现。本文介绍了非类药化合物排除、假阳性化合... 在新药发现过程中,虚拟筛选的应用可以富集活性化合物,降低筛选成本,提高药物筛选的可行性,因此已成为新药发现的重要方法。虚拟筛选与生物活性筛选的结合,可以优势互补,有效地促进新药的发现。本文介绍了非类药化合物排除、假阳性化合物排除、药效团搜索、分子对接计算以及分子相似性分析等几种方法在药物发现中的应用及其发展趋势,以期更好地应用虚拟筛选方法,促进新药的快速发现。 展开更多
关键词 虚拟筛选 非类药化合物 药效团 分子对接 分子相似性
分子相似性与MOLPRINT2D的本地化 被引量:1
9
作者 吴萍 孔德信 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期505-508,共4页
分子相似性是分子多样性、分子聚类分析的基础,在药物、材料设计等领域应用广泛。分子相似性有相似度和分子间距两种方式表示,它的计算以分子描述符的计算为前提,依据所采用的描述符是定量还是定性表示,其算法有所不同。本文首先简... 分子相似性是分子多样性、分子聚类分析的基础,在药物、材料设计等领域应用广泛。分子相似性有相似度和分子间距两种方式表示,它的计算以分子描述符的计算为前提,依据所采用的描述符是定量还是定性表示,其算法有所不同。本文首先简述了分子相似性的概念、计算方法及其分类,然后,将一款免费的分子相似性计算软件MOLPRINT2D本地化。 展开更多
关键词 分子相似性 分子设计 描述符 MOLPRINT 2D
原子对空间距离法及其应用 预览 被引量:1
10
作者 张庆友 许禄 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第7期 1438-1442,共5页
采用原子对空间距离法表征化合物的三维结构信息。提出了计算端点的频数的方法,与段的频数相比,该方法能更好地描述原子对频数。以不同段的距离,分别采用上述两种频数计算得到化合物的相似度矩阵,然后把相似度衍生为新的变量。运用... 采用原子对空间距离法表征化合物的三维结构信息。提出了计算端点的频数的方法,与段的频数相比,该方法能更好地描述原子对频数。以不同段的距离,分别采用上述两种频数计算得到化合物的相似度矩阵,然后把相似度衍生为新的变量。运用多元回归分析和人工神经网络分别构造了预测数学模型,并对所得到的预测结果进行了比较。这两种频数均较好地预测了HEPT类化合物的活性。 展开更多
关键词 QSAR 原子对空间距离法 分子相似度 多元回归分析 人工神经网络
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服用致畸中药后献血者延期献血的期限设定 预览
11
作者 何毅 田莉 +2 位作者 陈颜 傅雪梅 王乃红 《华西药学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期 509-511,共3页
目的探讨献血者服用有致畸作用的中药后延期献血期限的设定.方法采用药动学方法,推迟时间从最后一次服药算起为tmax+20×t1/2.结果根据药学研究现状,提出了半夏、人参的暂行延期献血期限.结论服用过有致畸作用中药的献血者必须延期... 目的探讨献血者服用有致畸作用的中药后延期献血期限的设定.方法采用药动学方法,推迟时间从最后一次服药算起为tmax+20×t1/2.结果根据药学研究现状,提出了半夏、人参的暂行延期献血期限.结论服用过有致畸作用中药的献血者必须延期献血.在不能准确设定延期期限之前,需要确定暂行安全间隔时间. 展开更多
关键词 延期献血 献血者 中药 分子相似度 致畸作用
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原子三角法在定量结构/活性相关分析中的应用 预览 被引量:1
12
作者 张庆友 许禄 《应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2002年第5期 420-424,共5页
运用原子三角法表征1-[(2-hydroxyethoxy)methyl]-6-(phenylthio)thymine(HEPT)类化合物的三维结构信息. 由原子三角的频数计算得到化合物的相似度矩阵,并在此基础上衍生出新的变量. 运用多元回归分析和人工神经网络分别构造了预测数学... 运用原子三角法表征1-[(2-hydroxyethoxy)methyl]-6-(phenylthio)thymine(HEPT)类化合物的三维结构信息. 由原子三角的频数计算得到化合物的相似度矩阵,并在此基础上衍生出新的变量. 运用多元回归分析和人工神经网络分别构造了预测数学模型,得到了较满意的结果. 展开更多
关键词 定量结构-活性相关性 原子三角法 分子相似度 回归分析 人工神经网络
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广义二面角在定量结构/活性相关分析中的应用 预览 被引量:6
13
作者 张庆友 许禄 章文军 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2002年第6期 1053-1055,共3页
化合物的结构与其活性具有相关性. 建立相关性需要由结构提取特征, 并运用这些特征作为自变量去构造数学模型, 以便预测未知的化合物及其活性. 目前, 在诸多3D-QSAR方法中, 应用最为广泛的是CoMFA(Comparasive Molecular Field Analysis... 化合物的结构与其活性具有相关性. 建立相关性需要由结构提取特征, 并运用这些特征作为自变量去构造数学模型, 以便预测未知的化合物及其活性. 目前, 在诸多3D-QSAR方法中, 应用最为广泛的是CoMFA(Comparasive Molecular Field Analysis)方法[1~3], 但新近的研究发现, CoMFA方法对于某类化合物(如苯胺类化合物)适应性较差, 但分子在三维空间投影面积及量化参数的引入可大大改善所得结果[4]. 本文从另一角度(即广义二面角)研究了分子在三维空间的形状, 得到了满意的结果. 展开更多
关键词 定量结构/活性 相关分析 QSAR 广义二面角 分子相似度 回归分析 人工神经网络 化合物
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分子相似性方法用于药物反相色谱定量结构—色谱保留关系的研究 预览 被引量:1
14
作者 燕立波 相秉仁 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2001年第5期 427-432,共6页
应用分子相似性方法研究药物的反相色谱定量结构-色谱保留关系(QSRR).在全面考察药物的分子结构参数的基础上,采用分子相似性计算方法,将化合物结构信息变量转换为相似系数变量,并结合人工神经网络技术,对162种药物进行反相色谱定量结... 应用分子相似性方法研究药物的反相色谱定量结构-色谱保留关系(QSRR).在全面考察药物的分子结构参数的基础上,采用分子相似性计算方法,将化合物结构信息变量转换为相似系数变量,并结合人工神经网络技术,对162种药物进行反相色谱定量结构与色谱保留关系的研究.成功地应用分子相似性方法实现了对容量因子这一色谱保留参数的预测,建立了物理意义明确、预测能力较强的分子结构参数与反相色谱流动相溶剂强度和容量因子之间的定量关系模型,实验验证的结果也比较理想.检验集样本的文献实验值与预测值的相关系数为0.996,剩余标准差为0.244(n=18);预示集样本的验证实验值与预测值的相关系数为0.992,剩余标准差为0.131(n=7),表明分子相似性方法可较满意地用于药物的反相色谱QSRR的研究. 展开更多
关键词 反相高效液相色谱 分子相似性 定量结构-色谱保留关系 药物 分子设计 分子相似系数 计算
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Molecular Similarity Based on Super-Ball Algorithm 预览
15
作者 GUO Ming 《高等学校化学研究:英文版》 SCIE CAS CSCD 2001年第2期 212-218,共7页
The molecular similarity of 139 organic compounds was calculated by the topologic index method, the flexible super-ball algorithm was used to scan similar molecules and structures. The results show that the properti... The molecular similarity of 139 organic compounds was calculated by the topologic index method, the flexible super-ball algorithm was used to scan similar molecules and structures. The results show that the properties of organic compounds estimated from this method are reliable. 展开更多
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几种参数在相似度计算中的应用
16
作者 杨嘉安 许禄 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 2000年第1期47-49,共3页
把几种量化参数、Am指数、电拓扑指数和分子形状指数等拓扑指数应用于一组农药作分子相似度的计算,由计算结果来看,量化参数所得结果较好。
关键词 拓扑指数 量化参数 分子相似度 农药
一种基于三维结构的分子相似性新定义
17
作者 袁身刚 陈海峰 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 1999年第6期403-410,共8页
相似性模型在化学诸多领域的广泛应用激发了许多研究者努力探讨分子相似性更中肯的计算方法。我们根据语义模型定义了一种新的分子相似性指数。这种方法首先将分子结构安某种方式拆分,得到可以表征分子结构特征的结构碎片(子结构),... 相似性模型在化学诸多领域的广泛应用激发了许多研究者努力探讨分子相似性更中肯的计算方法。我们根据语义模型定义了一种新的分子相似性指数。这种方法首先将分子结构安某种方式拆分,得到可以表征分子结构特征的结构碎片(子结构),它们构成了描述分子结构相似性的度量空间,再根据这些碎片的语义关系定义了分子相似。通过16个含5个碳的醇之间的分子相似性的计算举例说明这个新方法。 展开更多
关键词 分子相似性 语义关系 结构多样性 三维结构
空间距离在三维分子相似度计算中的应用 预览 被引量:1
18
作者 杨嘉安 许禄 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 1999年第11期 1692-1696,共5页
采用Tripos公司的MOPAC模块计算分子的空间距离,所得距离矩阵用带有约束条件的空间距离方法计算了分子的相似度,同时通过4组化合物的计算,与纯空间距离方法进行比较,得到了较为满意的结果。
关键词 药物筛选 空间距离 分子相似度 先导化合物 三维
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金属—氨基多羧酸类配合物分子和晶体结构的研究(Ⅳ):[H6edta]… 预览 被引量:2
19
作者 李凯 宫克 《辽宁大学学报:自然科学版》 CAS 1997年第3期 7-12,共6页
本文报导了「H6edta」「V^Ⅲ(edta)(H2O)」2.4H2O(edta^4-=乙二氨基四乙酸根)配合物的合成及它的分子结构和晶体结构的测定,得出的具体分析结果如下:三斜晶系,P1空间群,a=7.724(5)... 本文报导了「H6edta」「V^Ⅲ(edta)(H2O)」2.4H2O(edta^4-=乙二氨基四乙酸根)配合物的合成及它的分子结构和晶体结构的测定,得出的具体分析结果如下:三斜晶系,P1空间群,a=7.724(5)A,b=12.092(4)A,c=12.622(4)A,a=72.79(3)°,β=81.79(4)°,γ=73.80(4)°,V=1079.1(8)A^3,单位晶胞中的分子数为1,D 展开更多
关键词 乙二胺四乙酸 配合物 晶体结构
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化学环境编码与分子相似度计算 预览 被引量:3
20
作者 杨嘉安 许禄 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 1997年第6期 880-882,共3页
关键词 化学环境编码 药物分子设计 分子相似度
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