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Inhibition of KU70 and KU80 by CRISPR interference,not NgAgo interference,increases the efficiency of homologous recombination in pig fetal fibroblasts 预览
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作者 LI Guo-ling QUAN Rong +10 位作者 WANG Hao-qiang RUAN Xiao-fang MO Jian-xin ZHONG Cui-li YANG Hua-qiang LI Zi-cong GU Ting LIU De-wu WU Zhen-fang CAI Geng-yuan ZHANG Xian-wei 《农业科学学报:英文版》 SCIE CAS CSCD 2019年第2期438-448,共11页
Non-homologous end-joining(NHEJ) is a predominant pathway for the repair of DNA double-strand breaks(DSB). It inhibits the efficiency of homologous recombination(HR) by competing for DSB targets. To improve the effici... Non-homologous end-joining(NHEJ) is a predominant pathway for the repair of DNA double-strand breaks(DSB). It inhibits the efficiency of homologous recombination(HR) by competing for DSB targets. To improve the efficiency of HR, multiple CRISPR interference(CRISPRi) and Natronobacterium gregoryi Argonaute(NgAgo) interference(NgAgoi) systems have been designed for the knockdown of NHEJ key molecules, KU70, KU80, polynucleotide kinase/phosphatase(PNKP), DNA ligase IV(LIG4), and NHEJ1. Suppression of KU70 and KU80 by CRISPRi dramatically promoted(P<0.05) the efficiency of HR to 1.85-and 1.58-fold, respectively, whereas knockdown of PNKP, LIG4, and NHEJ1 repair factors did not significantly increase(P>0.05) HR efficiency. Interestingly, although the NgAgoi system significantly suppressed(P<0.05) KU70, KU80, PNKP, LIG4, and NHEJ1 expression, it did not improve(P>0.05) HR efficiency in primary fetal fibroblasts. Our result showed that both NgAgo and catalytically inactive Cas9(dCas9) could interfere with the expression of target genes, but the downstream factors appear to be more active following CRISPR-mediated interference than that of NgAgo. 展开更多
关键词 HOMOLOGOUS recombination non-homologous end-joining CRISPRi NgAgoi KU70 KU80
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Identification of recombination hotspots and quantitative trait loci for recombination rate in layer chickens 预览
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作者 Ziqing Weng Anna Wolc +7 位作者 Hailin Su Rohan L.FernANDo Jack C.M.Dekkers Jesus Arango Petek Settar Janet E.Fulton Neil P.O’Sullivan Dorian J.Garrick 《畜牧与生物技术杂志:英文版》 SCIE CAS CSCD 2019年第2期314-326,共13页
Background: The frequency of recombination events varies across the genome and between individuals, which may be related to some genomic features. The objective of this study was to assess the frequency of recombinati... Background: The frequency of recombination events varies across the genome and between individuals, which may be related to some genomic features. The objective of this study was to assess the frequency of recombination events and to identify QTL(quantitative trait loci) for recombination rate in two purebred layer chicken lines.Methods: A total of 1200 white-egg layers(WL) were genotyped with 580 K SNPs and 5108 brown-egg layers(BL)were genotyped with 42 K SNPs(single nucleotide polymorphisms). Recombination events were identified within half-sib families and both the number of recombination events and the recombination rate was calculated within each0.5 Mb window of the genome. The 10% of windows with the highest recombination rate on each chromosome were considered to be recombination hotspots. A BayesB model was used separately for each line to identify genomic regions associated with the genome-wide number of recombination event per meiosis. Regions that explained more than 0.8% of genetic variance of recombination rate were considered to harbor QTL.Results: Heritability of recombination rate was estimated at 0.17 in WL and 0.16 in BL. On average, 11.3 and 23.2 recombination events were detected per individual across the genome in 1301 and 9292 meioses in the WL and BL,respectively. The estimated recombination rates differed significantly between the lines, which could be due to differences in inbreeding levels, and haplotype structures. Dams had about 5% to 20% higher recombination rates per meiosis than sires in both lines. Recombination rate per 0.5 Mb window had a strong negative correlation with chromosome size and a strong positive correlation with GC content and with CpG island density across the genome in both lines. Different QTL for recombination rate were identified in the two lines. There were 190 and 199 non-overlapping recombination hotspots detected in WL and BL respectively, 28 of which were common to both lines.Conclusions: Differences in the recombination rates, hotspot locations, and QTL r 展开更多
关键词 LAYER CHICKEN QTL Recombination SNP
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吉林省2014—2016年婴幼儿中诺如病毒基因特征分析
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作者 李响 杨显达 +3 位作者 杨尧 孙利炜 许爽 吴东林 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2019年第3期297-302,共6页
目的 分析2014—2016年吉林省婴幼儿腹泻患者中诺如病毒(Norovirus,NoV)的基因特征.方法 本研究采集2014年1月至2016年12月吉林省小于5岁腹泻住院婴幼儿标本,采用RT-PCR方法将标本进行扩增,对阳性产物进行聚合酶区和衣壳区序列测定,构... 目的 分析2014—2016年吉林省婴幼儿腹泻患者中诺如病毒(Norovirus,NoV)的基因特征.方法 本研究采集2014年1月至2016年12月吉林省小于5岁腹泻住院婴幼儿标本,采用RT-PCR方法将标本进行扩增,对阳性产物进行聚合酶区和衣壳区序列测定,构建系统进化树.结果 收集粪便标本共1335份,阳性总数为177份,阳性率为13.26%(177/1335).其中,2014年阳性率为11.83%(53/448),2015年阳性率为12.53%(61/487),2016年阳性率15.75%(63/400).聚合酶区基因分型结果 :2014年GII.P12型为主要检出型别,2015年和2016年GII.Pe型为主要检出型别.衣壳区基因分型结果 :2014年检出型别以GII.3型为主,2015年和2016年检出型别以GII.4 Sydney2012型为主.双区分型包括:GII.P17/GII.17型、GII.Pe/GII.4 Sydney2012型、GII.P12/GII.3型、GII.Pe/GII.3型、GII.P16/GII.2型、GII.P7/GII.6型.结论 吉林省NoV感染的基因型呈多样性,大部分为重组株,流行优势株有变化:2014年以GII.P12/GII.3型为主,2015年和2016年以GII.Pe/GII.4 Sydney2012型为主. 展开更多
关键词 诺如病毒 基因型 重组 腹泻
TiO2纳米粒子粒径对油纸绝缘流注特性的影响 预览
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作者 王磊 牛铭康 +2 位作者 应宇鹏 吕玉珍 李成榕 《电工技术学报》 EI CSCD 北大核心 2019年第7期1544-1552,共9页
为进一步了解纳米粒子对变压器油纸复合绝缘系统性能改性的影响机理,基于补光曝光法和阴影法,分别拍摄了标准正雷电冲击波下5 nm、10 nm、15 nm的球形TiO2纳米油浸纸板(NPs)和纯油浸纸板(OPs)正、侧面流注发展过程。试验结果表明,与纯... 为进一步了解纳米粒子对变压器油纸复合绝缘系统性能改性的影响机理,基于补光曝光法和阴影法,分别拍摄了标准正雷电冲击波下5 nm、10 nm、15 nm的球形TiO2纳米油浸纸板(NPs)和纯油浸纸板(OPs)正、侧面流注发展过程。试验结果表明,与纯油浸纸板界面流注相比,三种TiO2纳米粒子均抑制了正流注的发展速度,加快了消散速度;同时纳米粒子的添加使得界面流注分支变多呈现簇状,流注头部更倾于向油中发展,且纳米粒子粒径越小对油纸沿面绝缘性能的改性效果越好。其中,5 nm纳米粒子改性油浸纸板流注发展截止长度较Ops减小了32.6%。这是因为TiO2纳米粒子的加入引入大量浅陷阱,一方面浅陷阱将吸附流注等离子区高速运动的电子而形成低速运动的负离子,加大了流注头部正负电荷复合的概率;另一方面浅陷阱间形成浅陷阱带,陷阱间距变小,电荷在浅陷阱带中传输,迁移率提高,抑制了空间电荷的积累,纳米粒子比表面积随粒径的减小而增大,浅陷阱量更多,改性效果更显著。 展开更多
关键词 TIO2纳米粒子 粒径 界面流注 复合 浅陷阱
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Rational molecular passivation for high-performance perovskite light-emitting diodes 预览
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作者 Jingbi You 《半导体学报:英文版》 EI CAS CSCD 2019年第4期I0002-I0003,共2页
Solution-processed metal halide perovskites (MHPs) have received significant interest for cost-effective, high-performance optoelectronic devices. In addition to the great successes in photovoltaics, their excellent l... Solution-processed metal halide perovskites (MHPs) have received significant interest for cost-effective, high-performance optoelectronic devices. In addition to the great successes in photovoltaics, their excellent luminescence and charge transport properties also make them promising for light emitting diodes (LEDs). To achieve high-efficiency perovskite LEDs (PeLEDs), extensive efforts have been carried out to enhance radiative recombination rates by confining the electrons and holes. In addition to enhancing radiative recombination rates, it is equally important to decrease the non-radiative recombination for improving the device performance. Passivation of the defects could be an efficient way for reducing the non-radiative recombination. 展开更多
关键词 Solution-processed metal HALIDE perovskites (MHPs) light EMITTING diodes (LEDs) non-radiative recombination
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Strategy for efficient cloning of biosynthetic gene clusters from fungi
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作者 Ruixin Li ZiXin Li +6 位作者 Ke Ma Gang Wang Wei Li Hong-Wei Liu Wen-Bing Yin Peng Zhang Xing-Zhong Liu 《中国科学:生命科学英文版》 SCIE CAS CSCD 2019年第8期1087-1095,共9页
Filamentous fungi are excellent sources for the production of a group of bioactive small molecules which are often called secondary metabolites(SMs). The advanced genome sequencing technology combined with bioinformat... Filamentous fungi are excellent sources for the production of a group of bioactive small molecules which are often called secondary metabolites(SMs). The advanced genome sequencing technology combined with bioinformatics analysis reveals a large number of unexplored biosynthetic gene clusters(BGCs) in the fungal genomes. To unlock this fungal SM treasure, many approaches including heterologous expression are being developed and efficient cloning of the BGCs is a crucial step to do this.Here, we present an efficient strategy for the direct cloning of fungal BGCs. This strategy consisted of Splicing by Overlapping Extension(SOE)-PCR and yeast assembly in vivo. By testing 14 BGCs DNA fragments ranging from 7 kb to 52 kb, the average positive rate was over 80%. The maximal insertion size for fungal BGC assembly was 52 kb. Those constructs could be used conveniently for the heterologous expression leading to the discovery of novel natural products. Thus, our results provide an efficient and quick method for the low cost direct cloning of fungal BGCs. 展开更多
关键词 biosynthetic gene CLUSTERS SACCHAROMYCES CEREVISIAE HOMOLOGOUS recombination DNA assembly
Preface to the special topic on genome editing research in China
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作者 Jinsong Li Caixia Gao 《国家科学评论:英文版》 CSCD 2019年第3期389-390,共2页
Genome engineering technologies enable the precise modification,regulation and tagging of genomic loci in living cells and organisms;leading to a broad range of applications from basic biology to biotechnology and bio... Genome engineering technologies enable the precise modification,regulation and tagging of genomic loci in living cells and organisms;leading to a broad range of applications from basic biology to biotechnology and biomedicine.For many years,precise genome manipulation has heavily relied on the homologous recombination(HR)-based gene targeting strategy,which has been limited to several organisms(yeast,mouse and human).However,recent revolutionary findings on bacterial RNA-guided clustered regularly interspaced short palindromic repeat(CRISPR)-Cas systems have led to a range of simple,fast and efficient genome engineering technologies,which are applicable to a wide range of organisms,including species that are recalcitrant to genetic manipulation via the traditional HR-based method. 展开更多
关键词 HOMOLOGOUS recombination WIDE range genetic MANIPULATION
宿主细胞基因序列插入亚洲1型口蹄疫病毒导致病毒对牛的致病性减弱的研究
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作者 邹兴启 朱元源 +13 位作者 包慧芳 孙普 郭晓宇 徐璐 万建青 夏应菊 张乾义 徐嫄 李翠 王兆 王琴 刘在新 朱鸿飞 赵启祖 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期152-158,共7页
1株Asia 1型口蹄疫疫苗毒株在BHK21悬浮培养细胞中传代时与宿主BHK21细胞m RNA重组,导致VP1第206位与第207位氨基酸之间插入了VDLV序列,该插入突变使得疫苗免疫效果大幅下降,不能产生有效保护。比较发现,含12 nt插入序列的变异毒株(Vac-... 1株Asia 1型口蹄疫疫苗毒株在BHK21悬浮培养细胞中传代时与宿主BHK21细胞m RNA重组,导致VP1第206位与第207位氨基酸之间插入了VDLV序列,该插入突变使得疫苗免疫效果大幅下降,不能产生有效保护。比较发现,含12 nt插入序列的变异毒株(Vac-Asia1-VDLV)与亲本毒株(Asia 1/HN/06)在BHK21细胞上的生长曲线存在较大差异,变异毒株可感染CHO-K1,pgsA-745,pgsB-618,pgsD-677细胞,毒价可达到1×10^5PFU/mL以上,而亲本毒不能感染CHO类细胞并产生蚀斑。动物试验结果显示,乳鼠半数致死量(LD50)与亲本毒株相比变化不明显。但牛感染试验表明,大剂量(1×10^7LD50)接种牛舌面,Vac-Asia1-VDLV不引起体温反应和其它临床症状,荧光定量PCR检测鼻拭子和血液时未发现病毒,而Asia 1/HN/06引起典型的口蹄疫症状,鼻拭子和血液中检出病毒。上述试验结果表明,与亲本毒相比,变异毒株Vac-Asia 1-VDLV对牛的致病性明显降低。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 ASIA 1型 重组 致病力
Influence of Debye Plasma on the KLL Dielectronic Recombination of H-Like Helium Ions
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作者 张登红 颉录有 +1 位作者 蒋军 董晨钟 《中国物理快报:英文版》 SCIE CAS CSCD 2019年第8期39-42,共4页
Using the Debye shielding model, the effects of plasma shielding on the dielectronic recombination processes of the H-like helium ions are investigated.It is found that plasma shielding causes a remarkable change in t... Using the Debye shielding model, the effects of plasma shielding on the dielectronic recombination processes of the H-like helium ions are investigated.It is found that plasma shielding causes a remarkable change in the Auger decay rate of the doubly excited 2p2 3P2 state.As a result,the dielectronic recombination cross sections from the doubly excited 2p2 3p2 state increases with the decreasing Debye shielding length. 展开更多
关键词 DIRAC INFLUENCE Recombination
2016-2017年宁夏急性胃肠炎患者中诺如病毒感染状况及重组类型分析
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作者 党文 马江涛 +3 位作者 陈慧 袁芳 马学旻 詹军 《中华预防医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期811-816,共6页
目的了解宁夏急性胃肠炎患者中诺如病毒的感染状况及其重组现象。方法研究对象为2016年1月至2017年12月在宁夏5个市10家监测点医疗机构门急诊就诊的急性胃肠炎病例,共2 334例。收集病例临床资料和患者个人信息,采集粪便标本后统一送往... 目的了解宁夏急性胃肠炎患者中诺如病毒的感染状况及其重组现象。方法研究对象为2016年1月至2017年12月在宁夏5个市10家监测点医疗机构门急诊就诊的急性胃肠炎病例,共2 334例。收集病例临床资料和患者个人信息,采集粪便标本后统一送往宁夏疾病预防控制中心,采用实时荧光定量PCR方法进行核酸检测,采用逆转录PCR对诺如病毒GⅡ型阳性标本的聚合酶区和衣壳蛋白区进行扩增、测序及基因分型,用MEGA-X软件进行进化分析,并用Simplot 3.5.1和RDP4软件进行重组分析。结果2 334例病例的年龄M(P25,P75)为1.42(0.68,7.69)岁;2016和2017年分别为1 133和1 201例;男女分别为1 343和991例;诺如病毒GⅠ型阳性率为0.86%(20例),GⅡ型为14.82%(346例)。346株GⅡ型毒株中有78株重组毒株完成测序,共发现12种重组类型,其中GⅡ.Pe/GⅡ.4Sydney_2012和GⅡ.P12/GⅡ.3为主要流行株,分别占35.90%(28株)和32.05%(25株),其次为GⅡ.P16/GⅡ.2,占12.82%(10株);首次在宁夏检出GⅡ.P7/GⅡ.6(2株)、GⅡ.P12/GⅡ.3(6株)、GⅡ.P16/GⅡ.1(2株)、GⅡ.P16/GⅡ.2(5株)、GⅡ.Pe/GⅡ.4(7株)型重组株,均为型间重组,重组位点多位于ORF1区。结论2016-2017年宁夏诺如病毒感染以GⅡ组为主,且均为重组株,GⅡ.Pe/GⅡ.4Sydney_2012和GⅡ.P12/GⅡ.3为主要流行株,其次为GⅡ.P16/GⅡ.2。 展开更多
关键词 诺罗病毒 基因型 监测 基因重组
2016~2017年广西鸡传染性支气管炎病毒S1基因进化分析
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作者 陈彤 刘金 +5 位作者 封柯宇 王占新 鲁俊鹏 覃健萍 蔺文成 谢青梅 《中国家禽》 北大核心 2019年第12期22-25,共4页
为了解2016~2017年广西鸡传染性支气管炎病毒(IBV)S1基因的流行变异情况,研究对广西分离的22株IBV的S1基因进行遗传进化分析。结果表明:除1株变异株外,其他分离毒株分为8个基因型,QX型和TW型为主流基因型,其中QX型分离毒株占36.3%,TW型... 为了解2016~2017年广西鸡传染性支气管炎病毒(IBV)S1基因的流行变异情况,研究对广西分离的22株IBV的S1基因进行遗传进化分析。结果表明:除1株变异株外,其他分离毒株分为8个基因型,QX型和TW型为主流基因型,其中QX型分离毒株占36.3%,TW型分离株全部为TWⅠ型分离株,占22.7%。22株IBV毒株间核苷酸序列和氨基酸序列一致性分别为62.7%~99.7%和57.1%~99.5%,HRRTR与LRFRR为新发现的S蛋白裂解位点。CK/CH/GX/LC17-1为假定亲本Ark型ArkDPI毒株与Mass型Ma5毒株S1基因的重组毒株。通过对广西BV分离株与参考株的遗传进化分析,发现了主流基因型且22个分离株S1基因较大程度的变异以及疫苗株间S1基因重组,为筛选各地区对型疫苗和新疫苗的研发提供方向。 展开更多
关键词 IBV S1基因 进化分析 基因型 重组
全基因组分析揭示A组肠道病毒型间重组的复杂模式
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作者 宋娟 肖金波 +1 位作者 韩俊 张勇 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期454-460,共7页
A组肠道病毒(Enterovirus A,EV-A)是手足口病的主要病原体。基因组流行病学将基因组技术与生物信息学和流行病学有机整合,可快速对致病病原体进行鉴定和溯源。基因重组是肠道病毒进化的驱动力之一。本研究以EV-A的基因组为研究对象,对... A组肠道病毒(Enterovirus A,EV-A)是手足口病的主要病原体。基因组流行病学将基因组技术与生物信息学和流行病学有机整合,可快速对致病病原体进行鉴定和溯源。基因重组是肠道病毒进化的驱动力之一。本研究以EV-A的基因组为研究对象,对其进行重组特点分析,为基于EV-A基因组的手足口病病原体溯源技术体系提供基础资料。本研究以GenBank中全部1 180条EV-A的全长基因组序列为研究对象,为降低序列的冗余性和减少计算强度,对序列进行整理,剔除核苷酸相似性>98%的序列,构建包含346条EV-A代表性全基因组序列的数据库,对EV-A不同血清型全基因组的重组形式和重组热点进行了研究。利用T-RECs软件,对上述346条EV-A全基因组序列进行基因重组分析,并应用Simplot软件进行验证。结果显示,EV-A衣壳编码区未发生基因重组,而在整个P2区和P3区均发生了高频率的重组事件,尤其P2区的2A区是重组热点。尽管EV-A中有21个血清型,但只有少数血清型作为频繁的重组供体发挥着核心作用,其中肠道病毒A组71型和柯萨奇病毒A组6型是EV-A的最主要的重组供体。本研究凸显了全基因组序列分析在EV-A溯源中的重要作用,随着基因组学技术、生物信息学以及大数据管理技术的迅速发展,可对海量全基因组序列数据进行加工整理,准确进行病毒溯源,洞悉病原体进化过程,发现其毒力和致病因子、耐药基因,从而为病毒病"精准防控"提供理论依据。 展开更多
关键词 A组肠道病毒(EV-A) 手足口病(HFMD) 全基因组序列分析 基因重组 重组供体
2017年湖北省襄阳市手足口病患者柯萨奇病毒A2型分离株的突变和重组分析 预览
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作者 罗志宇 王泽鋆 +4 位作者 孟胜利 禹玉婷 麦健仪 李萌 申硕 《微生物学免疫学进展》 2019年第4期14-21,共8页
目的通过对2016-2017年襄阳市手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)样品的分离与鉴定,了解主要病原之一的柯萨奇病毒A2型(Coxsackievirus, CV-A2)的分子生物学特征。方法收集2016年9月-2017年12月襄阳市HFMD患儿肛拭子样品,用... 目的通过对2016-2017年襄阳市手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)样品的分离与鉴定,了解主要病原之一的柯萨奇病毒A2型(Coxsackievirus, CV-A2)的分子生物学特征。方法收集2016年9月-2017年12月襄阳市HFMD患儿肛拭子样品,用人类横纹肌肉瘤细胞(RD细胞)培养,分离病毒。RT-PCR扩增CV-A2 VP1基因,Megalign软件分析VP1基因同源性,MEGA6软件构建系统发育树。比较3种疾病(急性迟缓性麻痹、手足口病和急性呼吸道感染)CV-A2分离株VP1氨基酸序列,分析可能的致病位点。扩增CV-A2代表株基因组全长序列,用SimPlot软件分析可能的重组事件。结果 2016-2017年CV-A2襄阳株之间VP1核苷酸及氨基酸同源性分别为96.4%~99.8%,98.0%~100.0%;襄阳株与CV-A2原型株(Fleetwood株)之间的核苷酸及氨基酸同源性分别为80.8%~81.9%,95.3%~95.9%。与襄阳株同源性最高的为2017年江西株(GenBank:MG926784),核苷酸及氨基酸同源性分别为96.7%~98.8%,98.0%~98.6%。襄阳市HFMD主要病原之一的CV-A2 VP1基因系统发育树显示,襄阳株与国内主要流行株同属于基因型D。3种疾病分离株的VP1氨基酸比对发现,急性迟缓性麻痹分离株和HFMD分离株在第21、60、82和215位存在差异;而HFMD分离株与呼吸道感染分离株之间只在167位存在差异,由谷氨酸变成天冬氨酸。CV-A2重组分析提示,襄阳株在P1区域与Fleetwood株同属一分支,在P2区域与CV-A5 Swartz株亲缘性最高,但在P3区域与CV-A16 G-10株有较高的相似度。结论虽然CV-A2襄阳株与其他流行株在VP1区序列上亲缘性较高,但其VP1氨基酸突变或与其他肠道病毒的型间重组可能导致其致病特性与流行病学特点发生变化。 展开更多
关键词 手足口病 柯萨奇病毒A2型 VP1基因特征 重组分析
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Different production sources of light nuclei in ultra-relativistic heavy-ion collisions
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作者 王瑞芹 宋军 +1 位作者 李刚 邵凤兰 《中国物理C:英文版》 SCIE CAS CSCD 2019年第2期77-86,共10页
We systematically study different production sources of light nuclei in ultra-relativistic heavy-ion collisions with a new method,an exclusive quark combination model+an inclusive hadron recombination model.We take de... We systematically study different production sources of light nuclei in ultra-relativistic heavy-ion collisions with a new method,an exclusive quark combination model+an inclusive hadron recombination model.We take deuterons and 3He produced in Pb-Pb collisions at sNN????√=2.76sNN=2.76 TeV as examples to show the contribution of different production sources by studying their rapidity densities dN/dydN/dy,yield ratios and transverse momentum(pTpT)spectra just after hadronization and at the final kinetic freeze-out.We find that about a half of dd and a fourth of 3He created just after hadronization can survive after the hadronic evolution process.Nucleons fromΔΔresonance decays make a much larger contribution to the regeneration of light nuclei at the hadronic phase stage,and this contribution is about 77%and 90%for dd and 3He,respectively,calculated at the final kinetic freeze-out.In addition,we give an explanation for the constant behaviors of yield ratios d/pd/p and 3He/p/p as a function of the averaged charged multiplicity in Pb-Pb collisions and also provide a possible explanation for the observation that d/pd/p in Pb-Pb collisions is larger by a factor of about two than in pp collisions at LHC energies. 展开更多
关键词 light NUCLEI the QUARK combination the HADRON recombination ultra-relativistic HEAVY-ION COLLISIONS
斑马鱼PKR的dsRBM1和dsRBM3重组及体外功能分析 预览
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作者 柳铭山 周细根 +5 位作者 欧湘滢 高宗泽 李婷婷 冯敏 何康 胡有生 《井冈山大学学报:自然科学版》 2019年第4期23-28,45共7页
为了重组斑马鱼(Daniorerio)双链RNA依赖的蛋白激酶(DrPKR)的双链RNA结合模体1(dsRBM1)和双链RNA结合模体3(dsRBM3)基因,并对重组基因表达的蛋白进行鉴定和功能分析,设计定向删除引物,应用PCR技术扩增DrPKR的ds RBM1和dsRBM3的基因片段... 为了重组斑马鱼(Daniorerio)双链RNA依赖的蛋白激酶(DrPKR)的双链RNA结合模体1(dsRBM1)和双链RNA结合模体3(dsRBM3)基因,并对重组基因表达的蛋白进行鉴定和功能分析,设计定向删除引物,应用PCR技术扩增DrPKR的ds RBM1和dsRBM3的基因片段,通过重叠PCR技术将dsRBM1和dsRBM3基因重组在一起得到dsRBM13基因,再将dsRBM13构建到原核表达质粒pET32a上并表达和纯化蛋白;通过表达蛋白的二聚化实验和pull down实验对重组蛋白dsRBM13进行体外功能分析。结果:DrPKR的ds RBM1和dsRBM3重组的蛋白dsRBM13可以进行二聚化和多聚化,且能结合Poly I:C(人工合成的dsRNA)。因此,重组DrPKR蛋白模体dsRBM13仍然具有二聚化和dsRNA结合活性,提示串联了三个dsRBM的Dr PKR激活过程中,串联两个dsRBM对DrPKR激活是必需的,并且在DrPKR结合dsRNA的激活过程中,因dsRNA的长短和空间结构的多样性,含有三个dsRBM的DrPKR可能存在更强和更多的结合方式,因此具有更强的抗病毒免疫反应功能。 展开更多
关键词 DrPKR dsRBM13 二聚化 POLY I:C pull-down 重组
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植物基因组减数分裂重组热点作图研究进展 预览
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作者 李俊华 袁娇娇 +4 位作者 周慧慧 陈佳敏 姜俊美 李优 李明军 《湖南师范大学自然科学学报》 CAS 北大核心 2019年第1期33-39,共7页
减数分裂过程中同源染色体配对并进行遗传物质的交换与重组,这是形成遗传多样性的来源和进化的原动力,也是育种的遗传基础。重组起始于程序性DNA双链断裂(DSB),其修复过程可导致染色体交换(CO)。DSB和CO在基因组中并非随机分布,存在重... 减数分裂过程中同源染色体配对并进行遗传物质的交换与重组,这是形成遗传多样性的来源和进化的原动力,也是育种的遗传基础。重组起始于程序性DNA双链断裂(DSB),其修复过程可导致染色体交换(CO)。DSB和CO在基因组中并非随机分布,存在重组的热点。植物重组热点分布及其产生机制研究较少,但对育种有很大价值。在植物减数分裂重组途径的不同阶段可对重组热点进行作图,一类方法是通过重组后代分析CO位置,另一类方法是对重组发生时的DNA断点序列进行直接检测。本文结合酵母与动物中的工作对这些技术方法的原理、其对植物重组热点研究的贡献及其局限性进行综述。新的技术路线可提高重组热点的作图效率,对认识和利用植物重组现象具有重要意义。 展开更多
关键词 减数分裂 重组 DNA双链断裂 染色体交换 作图
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Linkage analysis and integrated software GAPL for pure-line populations derived from four-way and eight-way crosses 预览
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作者 Luyan Zhang Lei Meng Jiankang Wang 《作物学报:英文版》 CAS CSCD 2019年第3期283-293,共11页
Pure lines derived from multiple parents provide abundant variation for genetic study.However,efficient genetic analysis methods and user-friendly software are still lacking.In this study, we developed linkage analysi... Pure lines derived from multiple parents provide abundant variation for genetic study.However,efficient genetic analysis methods and user-friendly software are still lacking.In this study, we developed linkage analysis methods and integrated analysis software for pure-line populations derived from four-way and eight-way crosses.First, polymorphic markers are classified into different categories according to the number of identifiable alleles in the inbred parents.Expected genotypic probability is then derived for each pair of complete markers, and based on them a maximum likelihood estimate(MLE) of recombination frequency is calculated.An EM algorithm is proposed for calculating recombination frequencies in scenarios that at least one marker is incomplete.A linkage map can thus be constructed using estimated recombination frequencies.We describe a software package called GAPL for recombination frequency estimation and linkage map construction in multi-parental pure-line populations.Both simulation studies and results from a reported four-way cross recombinant inbred line population demonstrate that the proposed method and software can build more accurate linkage maps in shorter times than other published software packages.The GAPL software is freely available from www.isbreeding.net and can also be used for QTL mapping in multi-parental populations. 展开更多
关键词 Pure lines Four-way CROSS Eight-way CROSS Recombination frequency estimation Integrated software
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长臂缨鲆核糖体RNA基因序列多态性特征分析 预览
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作者 杨敏 孔晓瑜 +1 位作者 时伟 龚理 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期55-66,共12页
为了解鲽形目Pleuronectiformes鲆科Bothidae长臂缨鲆Crossorhombus kobensis(Jordan&Starks,1906)核糖体RNA基因的序列多态性特征,本研究共获得该鱼类包括18S、5.8S、ITS1和ITS2全长及28S部分序列的128条克隆序列。经序列比对、聚... 为了解鲽形目Pleuronectiformes鲆科Bothidae长臂缨鲆Crossorhombus kobensis(Jordan&Starks,1906)核糖体RNA基因的序列多态性特征,本研究共获得该鱼类包括18S、5.8S、ITS1和ITS2全长及28S部分序列的128条克隆序列。经序列比对、聚类分析以及重组检测,结果显示5.8S(158bp)无长度变异,而其他4个基因片段则表现出较高的长度多态性,并可分为不同序列类型:18S(1856~1893 bp)有4种序列类型A、B、C和R;28S(967~974bp)和ITS1(407~505bp)均有3种类型A、B和R;ITS2(423~447 bp)存在2种类型A和B。此外5个基因片段在碱基组成中均表现出GC偏倚,并且ITS2(71.14%)>ITS1(65.37%)>28S(62.22%)>5.8S(57.67%)>18S(54.95%)。对具有不同序列类型的18S、28S和ITS进行真、假基因推断时,通常的判别特征不足以提供有力依据,因此增加了与4种鲆科近缘鱼类长冠羊舌鲆Arnoglossus macrolophus、青缨鲆Crossorhombus azureus、大鳞短额鲆Engyprosopon grandisquama以及冠毛鲆Lophonectes gallus相应基因片段的比对。各基因片段的插入/缺失以及特异性碱基差异位点比对结果显示:18S和28S的短序列类型A与4种鲆科鱼类序列一致,而其他序列类型则不同;ITS1序列类型A与4种鲆科鱼类在类型B的缺失位点均无缺失,因此推测18S、28S和ITS1的A类型为真基因,而其他类型为假基因。ITS2的A和B类型在差异位点上与4个鲆科鱼类不存在一致性,没有足够的依据对两个类型做出真、假基因的推断。长臂缨鲆核糖体RNA基因中,5.8S序列最为保守遵循协同进化的方式,而其他4个基因片段为非协同进化的方式。 展开更多
关键词 核糖体RNA 基因 长臂缨鲆 多态性 假基因 非协同进化 重组
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Biexciton Auger recombination in mono-dispersed, quantum-confined CsPbBr3 perovskite nanocrystals obeys universal volume-scaling
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作者 Yulu Li Tao Ding +4 位作者 Xiao Luo Zongwei Chen Xue Liu Xin Lu Kaifeng Wu 《纳米研究:英文版》 SCIE EI CAS CSCD 2019年第3期619-623,共5页
Auger recombination has been a long?standing obstacle to many prospective applications of colloidal quantum dots (QDs) ranging from lasing, light-emitting diodes to bio-labeling. As such, understanding the physical un... Auger recombination has been a long?standing obstacle to many prospective applications of colloidal quantum dots (QDs) ranging from lasing, light-emitting diodes to bio-labeling. As such, understanding the physical underpinnings and scaling laws for Auger recombination is essential to these applications. Previous studies of biexciton Auger recombination in various QDs established a universal scaling of biexciton lifetime (rxx) with QD volume (V):τxx =γV. However, recent measurements on perovskite nanocrystals (NCs), an emerging class of enablers for light harvest!ng and emitting applications, showed significant deviations from this universal scaling law, likely because the measured NCs are weakly-confined and also have relatively broad size-distributions. Here we study biexciton Auger recombination in mono-dispersed (size distributions within 1.7%—9.0%), quantunvconfined CsPbBr3 NCs (with confinement energy up to 410 meV) synthesized using a latest approach based on thermodynamic equilibrium control. Our measurements clearly reproduce the volume-scaling of τxx in confined CsPbBb QDs. However, the scaling factor γ(0.085 ± 0.001 ps/nm^3) is one order of magnitude lower than that reported for CdSe and PbSe QDs (1.00 ± 0.05 ps/nm^3), suggest!ng unique mechanisms enhancing Auger recombination rate in perovskite NCs. 展开更多
关键词 PEROVSKITE NANOCRYSTALS AUGER recombination BIEXCITON volume-scaling ultrafast spectroscopy
牡蛎主要过敏原原肌球蛋白的重组表达及鉴定 预览
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作者 张江涛 李国明 +3 位作者 方磊 刘艳 崔欣悦 鲁军 《中国食品添加剂》 CAS 2019年第1期47-53,共7页
牡蛎的主要过敏原是Crag 1蛋白(属于一种原肌球蛋白),克隆牡蛎原肌球蛋白Crag 1基因,导入大肠杆菌(BL21)中,然后筛选重组菌株。通过SDS-PAGE探究了重组菌株中Crag 1蛋白的最佳诱导表达条件,15℃下诱导16h。然后通过Western印迹、SDS-PAG... 牡蛎的主要过敏原是Crag 1蛋白(属于一种原肌球蛋白),克隆牡蛎原肌球蛋白Crag 1基因,导入大肠杆菌(BL21)中,然后筛选重组菌株。通过SDS-PAGE探究了重组菌株中Crag 1蛋白的最佳诱导表达条件,15℃下诱导16h。然后通过Western印迹、SDS-PAGE、质谱(MALDI-TOF-MS)、圆二色(CD)光谱等方法从His-tag、相对分子量、肽段比对以及二级结构上综合鉴定了重组Crag 1蛋白的准确性。本实验成功重组表达并鉴定了牡蛎主要过敏原Crag 1蛋白,为接下来的牡蛎脱敏实验以及牡蛎过敏的临床诊断和治疗奠定了良好的生物学基础。 展开更多
关键词 牡蛎 原肌球蛋白(Crag1) 重组 表达条件 鉴定
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