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丹参3个R2R3-MYB转录因子的亚细胞定位和自激活活性分析 预览
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作者 丁恺 麻鹏达 +3 位作者 贾彦彦 裴天林 白朕卿 梁宗锁 《西北农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第4期586-594,共9页
R2R3-MYB转录因子能够有效调控丹参酚酸类物质的积累。将丹参的SmMYB33、SmMYB54和SmMYB93与拟南芥的R2R3-MYB进行比对,找到拟南芥中与丹参3个转录因子亲缘关系最近的功能已知的转录因子,根据这些功能已知的转录因子,对丹参3个转录因子... R2R3-MYB转录因子能够有效调控丹参酚酸类物质的积累。将丹参的SmMYB33、SmMYB54和SmMYB93与拟南芥的R2R3-MYB进行比对,找到拟南芥中与丹参3个转录因子亲缘关系最近的功能已知的转录因子,根据这些功能已知的转录因子,对丹参3个转录因子的功能进行预测。构建含有绿色荧光报告基因的载体pA7-GFP-SmMYB33、pA7-GFP-SmMYB54和pA7-GFP-SmMYB93,使用基因枪方法将载体分别转化洋葱表皮细胞进行亚细胞定位分析,结果表明3个转录因子主要定位在细胞核,绿色荧光也有少部分出现在细胞质中。构建酵母表达载体pDEST-GBKT7-SmMYB33、pDEST-GBKT7-SmMYB54和pDESTGBKT7-SmMYB93用于酵母自激活活性分析,结果表明SmMYB33有自激活活性,SmMYB54和SmMYB93没有自激活活性。 展开更多
关键词 丹参 R2R3-MYB转录因子 二级结构分析 亚细胞定位 自激活活性分析
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猪重要感染病毒蛋白的二级结构、抗原表位分析及三联表位多肽疫苗的重组预测 预览 被引量:3
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作者 刘祥 陈琛 +1 位作者 陈春琳 吴三桥 《生物学杂志》 CAS CSCD 2017年第3期18-23,共6页
为设计猪重要感染病毒的蛋白表位多肽疫苗,选取猪感染病毒的候选疫苗蛋白:猪繁殖与呼吸综合征病毒的GP5蛋白,猪圆环病毒2型的CAP蛋白,猪瘟病毒的E2蛋白。综合ABCpred和Bepi Pred方案,预测候选蛋白的B细胞表位;利用神经网络与量化矩阵... 为设计猪重要感染病毒的蛋白表位多肽疫苗,选取猪感染病毒的候选疫苗蛋白:猪繁殖与呼吸综合征病毒的GP5蛋白,猪圆环病毒2型的CAP蛋白,猪瘟病毒的E2蛋白。综合ABCpred和Bepi Pred方案,预测候选蛋白的B细胞表位;利用神经网络与量化矩阵法预测蛋白的CTL表位;采用MHC-Ⅱ类分子结合肽在线程序预测蛋白的Th表位。使用SOPMA方法与DNASTAR软件分析候选蛋白的二级结构,进一步验证B/T细胞表位预测结果的准确性。然后,通过Protean程序重组拼接获得的B/T细胞抗原表位。结果显示GP5蛋白具有4个优势B细胞表位,CAP、E2蛋白分别具有5个B细胞表位;GP5、CAP与E2蛋白各具有1个CTL表位;GP5、E2蛋白分别具有2个Th表位,CAP蛋白存在1个Th表位。二级结构分析显示预测获得的B/T细胞表位均处于蛋白易于产生表位的暴露表面、无规则卷曲与转角等位置,验证了B/T细胞表位预测结果的准确性。Protean程序重组拼接获得优势的B/T细胞抗原表位。最终设计获得抗原性较好的猪病毒三联表位多肽,为猪易感病毒的多联疫苗开发奠定基础。 展开更多
关键词 猪病毒 表位疫苗 二级结构分析 抗原分析
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Cloning and Sequence Analysis of IGFBP-7 Gene in Sheep 预览
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作者 Mingliang ZHOU Pinggui YANG +1 位作者 Dengjun WU Xiangyu ZHANG 《农业生物技术:英文版》 CAS 2015年第6期38-42,共5页
In this study,full-length CDS sequence of IGFBP-7 gene was cloned from Liangshan semi-fine wool sheep with RT-PCR method and analyzed with bioinformatics methods. The results showed that the full-length CDS sequence o... In this study,full-length CDS sequence of IGFBP-7 gene was cloned from Liangshan semi-fine wool sheep with RT-PCR method and analyzed with bioinformatics methods. The results showed that the full-length CDS sequence of IGFBP-7 gene in Liangshan semi-fine wool sheep was 846 bp in length,encoding282 amino acids. The CDS sequence shared 99%,95% and 90% homology with bovine,human and rat,respectively; the amino acid sequence shared 98%,93%and 89%,respectively. The GenB ank accession number was FJ589640. 1. The amino acid molecular weight of IGFBP-7 was 29. 0 kD,and the theoretical isoelectric point( pI) was 8. 25. The result of phylogenetic analysis showed that IGFBP-7 gene in Liangshan semi-fine wool sheep exhibited close phylogenetic relationships with bovine,goat and other mammals,and distant phylogenetic relationships with Danio rerio and Haliotis diversicolor. IGFBP-7 gene had uniformly distributed hydrophobic and hydrophilic regions,harboring one signal peptide,two transmembrane regions,16 phosphorylation sites,four N-glycosylation sites and one O-glycosylation site. The result of secondary structure analysis showed that the random coil,α-helix and β-sheet regions accounted for 64. 89%,19. 86% and 15. 25%,respectively. The result of tertiary structure analysis showed that IGFBP-7 harbors an IGFBP_N domain and an Ig-like domain. This study provided scientific basis for further investigating the function of IGFBP-7 gene in sheep. 展开更多
关键词 克隆分析 基因 绵羊 RT-PCR方法 GENBANK 半细毛羊 系统发育分析 二级结构分析
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Cloning and Sequence Analysis of IGFBP-1 Gene in Sheep 预览
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作者 Mingliang ZHOU Pinggui YANG +1 位作者 Dengjun WU Xiangyu ZHANG 《农业生物技术:英文版》 2015年第5期49-53,共5页
In this study,using Liangshan semi-fine wool sheep as an experimental material,full-length CDS sequence of IGFBP-1 gene was cloned with RT-PCR method and analyzed with bioinformatics methods. The results showed that t... In this study,using Liangshan semi-fine wool sheep as an experimental material,full-length CDS sequence of IGFBP-1 gene was cloned with RT-PCR method and analyzed with bioinformatics methods. The results showed that the full-length CDS sequence of IGFBP-1 gene in Liangshan semi-fine wool sheep was792 bp in length,encoding 263 amino acids. The CDS sequence shared 97%,76% and 74% homology with bovine,human and rat,respectively; the amino acid sequence shared 97%,69% and 71%,respectively. The Gen Bank accession number was FJ589639. 1. The amino acid molecular weight of IGFBP-1 was 27. 8k D,and the theoretical isoelectric point( p I) was 5. 99. The result of phylogenetic analysis showed that IGFBP-1 gene in Liangshan semi-fine wool sheep exhibited close phylogenetic relationships with bovine,goat and other mammals,and distant phylogenetic relationships with chicken and fish. IGFBP-1 gene had obvious hydrophobic and hydrophilic regions,harboring one signal peptide,one transmembrane region,16 phosphorylation sites,six N-glycosylation sites and eight O-glycosylation sites. The result of secondary structure analysis showed that the random coil,α-helix and β-sheet regions accounted for 61. 98%,24. 33% and 13. 69%,respectively. The result of tertiary structure analysis showed that IGFBP-1 harbors an IGFBP_N domain and a thyroglobulin type-I domain. This study laid a solid foundation for further investigating the function of IGFBP-1 gene in sheep. 展开更多
关键词 克隆分析 基因 绵羊 RT-PCR方法 GENBANK 半细毛羊 系统发育分析 二级结构分析
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鸡mir-1658前体基因多态性分析 预览
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作者 耿立英 张传生 +5 位作者 赵书雨 陈娟 巩元芳 刘铮铸 朱文进 李祥龙 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第19期3919-3930,共12页
【目的】研究鸡gga-mir-1658前体区基因遗传变异/单倍型及其在品种间的分布,分析其对micro RNA二级茎环结构和靶基因选择的影响,旨在筛选其中具有潜在生物学功能的变异位点,为进一步揭示其对gga-mir-1658基因表达调控的影响及表型效应... 【目的】研究鸡gga-mir-1658前体区基因遗传变异/单倍型及其在品种间的分布,分析其对micro RNA二级茎环结构和靶基因选择的影响,旨在筛选其中具有潜在生物学功能的变异位点,为进一步揭示其对gga-mir-1658基因表达调控的影响及表型效应奠定基础。【方法】根据鸡gga-mir-1658基因组序列(Gen Bank登录号:NR_035151.1)设计一对特异性引物,采用PCR产物直接测序的方法,对太行鸡(95只)、北京油鸡(83只)和来航鸡(42只)3个鸡种220只个体的gga-mir-1658基因前体区进行多态性检测。使用DNAman、MEGA和mfold软件进行pre-gga-mir-1658基因组序列的比对分析和二级结构模拟。通过SHEsis软件和Haploview软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型分析。使用mi Randa软件对gga-mir-1658的靶基因及其复合物自由能变化进行预测分析。【结果】在pre-gga-mir-1658基因共发现6个变异位点,其中次要等位基因频率≥5%位点有g.28 C〉G、g.31C〉T、g.70 G〉A和g.71 G〉–,4个变异位点均定位于gga-mir-1658基因成熟体的种子区。遗传变异特征分析显示,g.70 G〉A位点表现为低度多态(PIC〈0.25),其余3个位点均表现为中度多态(0.25T、g.71 G〉–位点、太行鸡的g.71 G〉–位点以及北京油鸡的g.70 G〉A位点之外,其他变异位点在各鸡种均处于哈代-温伯格平衡状态(P〉0.05)。连锁不平衡和单倍型分析表明,各突变位点之间存在弱连锁平衡;从3个品种鸡中共检测到11种单倍型,其中H1(C C G–)和H11(G T G G)是群体的优势单倍型,频率均大于25%。生物信息学分析表明,种子区的突变可影响gga-mir-1658基因前体二级结构的空间构型和自由能,其中H6单倍型突变体的自由能最高(41.00 kcal·mol^-1),H2和H5单倍型突变体的自由能最低(35.70 kcal·mol^-1);群体的优势单倍型H1和H11突变体的自由能分别为-36.10和40.04 kcal·mol^-1。gga-mir-1658基因不同 展开更多
关键词 gga-mir-1658 二级结构分析 遗传变异
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Cloning and sequence analysis of nine novel MYB genes in Taxodiaceae plants 预览
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作者 Yong-quan LU Qing JIA Zai-kang TONG 《林业研究:英文版》 CAS CSCD 2014年第4期795-804,共10页
Myeloblastosis (MYB ) 是在工厂的最大的抄录因素家庭之一。到在寡妇的 MYB 基因的进化的一幅全面图画种的获得,我们在 Taxodiaceae 工厂克隆九新奇 MYB 基因(Taxodium distichum, Taxodium ascendens,杉装饰用的梨树 var。Sinensi... Myeloblastosis (MYB ) 是在工厂的最大的抄录因素家庭之一。到在寡妇的 MYB 基因的进化的一幅全面图画种的获得,我们在 Taxodiaceae 工厂克隆九新奇 MYB 基因(Taxodium distichum, Taxodium ascendens,杉装饰用的梨树 var。Sinensis,杉装饰用的梨树 cv。Araucarioides, Cryptomer 装饰用的梨树,水杉 glyptostroboides, Cunninghamia lanceolata, Taiwania cryptomerioides 和 Glyptostrobus pensilis ) 。为 MYB 的推出的氨基酸序列证明九 MYB 蛋白质包含了二 DNA 有约束力的域。第一个领域从氨基酸位置 29 ~ 78,在 33, 53 和 73 点的三 tryptophanes 在那里被 19 氨基酸分别地分开。第二个领域从氨基酸位置 82 ~ 127,在 86, 105 和 124 点的三 tryptophanes 在那里被 18 氨基酸分开,分别地而在氨基酸位置 86 点的第一 tryptophane 被本氨基丙酸代替。在九 MYB 的这些保存领域的描述显示他们都属于 R2R3-MYB 组。第二等的结构分析证明螺旋和拐弯是 MYB 的预言的第二等的结构的主要主题。每 MYB 蛋白质的三个维的模型证明结构象片断一样,使它更灵活、活动。在 Taxodiaceae 的九 MYB 蛋白质的类似是计算的。99% 的最高相同的价值在 CjsMYB, CjMYB 和 CjaMYB 之间,而 82% 的最低价值在 TaMYB 和 ClMYB 之间。根据种系发生的树,而在类以内的那些是相对小的,在不同的类之间的距离相对大。是期望,一样的类的就职在与另外的类被组织前形成了亚群。 展开更多
关键词 基因植物 克隆植物 序列分析 杉科 DNA结合结构 氨基酸序列 二级结构分析 保守结构
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Secondary Structure Analysis of Native Cellulose by Molecular Dynamics Simulations with Coarse-Grained Model 预览
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作者 Shuai Wu Hai-yi Zhan +1 位作者 Hong-ming Wang Yan Ju 《化学物理学报》 SCIE CAS CSCD 2012年第2期 191-198,I0004,共9页
第二等的结构不同我纤维素被分子的动力学模拟与马丁尼酒纹理粗糙的力量地分析,在纤维素的每链包括 40 个 D 葡萄糖单位的地方。计算关于纤维素的第二等的结构给满足的描述。作为增加的链数字,纤维素成为一个螺旋的表格,与螺丝钉成... 第二等的结构不同我纤维素被分子的动力学模拟与马丁尼酒纹理粗糙的力量地分析,在纤维素的每链包括 40 个 D 葡萄糖单位的地方。计算关于纤维素的第二等的结构给满足的描述。作为增加的链数字,纤维素成为一个螺旋的表格,与螺丝钉成长并且螺线升起的直径。有趣地,有 6, 24 和 36 的链数字 N 4 的纤维素确实显示出右边的扭动。在对比上,有 12 的 N 8 的纤维素, 16 链是左边的扭动。这些模拟显示有比 36 大的链数字的纤维素将垮掉到二部分。而且,结果显示那个 36 链纤维素模型在所有模型之中是最稳定的。而且, Lennard-Jones 潜力决定第二等的结构。另外,一个方程被设置分析扭动的结构。 展开更多
关键词 分子动力学模拟 二级结构分析 天然纤维素 粒度模型 LENNARD-JONES势 SIM卡 对比度 螺旋
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Heterogeneity and Secondary Structure Analysis of 3' Untranslated Region in Classical Swine Fever Viruses 预览
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作者 FAN Yun-feng ZHAO Qi-zu +4 位作者 ZHAO Yun ZOU Xing-qi ZHANG Zhong-qiu WANG Qin NING Yi-bao 《中国农业科学:英文版》 CAS CSCD 2011年第1期 142-148,共7页
The attenuated vaccine strains of CSFV have a 12-nucleotides (nt) insertion in the 3'-UTR of genome as compared to that of CSFV virulent strains. In this study, we found a distinct heterogeneity in the 3'-UTR ... The attenuated vaccine strains of CSFV have a 12-nucleotides (nt) insertion in the 3'-UTR of genome as compared to that of CSFV virulent strains. In this study, we found a distinct heterogeneity in the 3'-UTR of attenuated Thiverval and HCLV strains. The longest 3'-UTR of Thiverval strain was 259 base pairs (bp) with a 32-nt insertion, the shortest 3'-UTR had only 233 bp with a 6-nt insertion. The longest 3'-UTR of HCLV strain was 244 bp with a 17-nt insertion and the shortest 3'-UTR was 235 bp with a 8-nt insertion. Compared with the published sequences of 3'-UTR of vaccine and virulent strains, the 3'-UTR of CSFV vaccine strains have two variable regions where insertion among the different vaccine strains were frequently found. The first is located between the second conservative TAA codon and the start of T-rich region where we found the variable length insertion in the same vaccine strain Thiveral or HCLV and the second is located between the end of T-rich region and the front of GAA codon, however, a 4-nt deletion was found in this region in the virulent Shimen strain. These two regions may represent the 'hot spot' for mutation. Modeling the secondary structures of the 3'-UTR suggests that the T-rich insertion could result in the change of structure and free energy, thus affecting the stability of the 3'-UTR structure. These findings will help to understand the mechanism of attenuated vaccines and improve vaccine safety, stability, and efficacy. 展开更多
关键词 二级结构分析 非编码区 猪瘟病毒 异质性 猪瘟弱毒疫苗 结构稳定性 HCLV 病毒毒株
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Analysis of the Secondary Structure of the Transmembrane Domain of SARS CoV E Protein Using FTIR Spectroscopy 预览
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作者 Qasem Abu-Remeleh Abd-Alkareem Alsharif Mutaz Akkawi 《化学与化工:英文版》 2010年第6期 8-14,共7页
关键词 SARS冠状病毒 二级结构分析 红外光谱 E蛋白 跨膜区 生物学领域 相互作用 螺旋结构
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猪瘟病毒3’非编码区的多态性及其二级结构分析 预览
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作者 范运峰 赵启祖 +4 位作者 赵耘 邹兴启 张仲秋 王琴 宁宜宝 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期828-834,共7页
【目的]分析CSFV3'-UTR一级序列和二级结构,为研究其对病毒复制、增殖和毒力的关系奠定良好的基础。【方法】利用RT-PCR技术扩增CSFVThiverval株、HCLV株和Shimen株的3'-UTR并测序,使用DNAstar、Sequencher和RNAstructurc软件进行CS... 【目的]分析CSFV3'-UTR一级序列和二级结构,为研究其对病毒复制、增殖和毒力的关系奠定良好的基础。【方法】利用RT-PCR技术扩增CSFVThiverval株、HCLV株和Shimen株的3'-UTR并测序,使用DNAstar、Sequencher和RNAstructurc软件进行CSFV3'-UTR基因组序列的比对分析和二级结构模拟。【结果】Thiverval株3'-UTR最长可达259个碱基,与母源株Alfort相比,含有32nt的插入,最短只有233个碱基,含有6nt的插入。HCLV株最长有244个碱基,含有17nt的插入;最短有233个碱基,含有8nt的插入。同时,疫苗株的插入片段导致3'-UTR空间构型和自由能发生改变,自由能随着插入片段的增加而升高。【结论】(1)CSFV3'-UTR存在两个高度变异的区域。(2)CSFV疫苗株Thiverval株和HCLV株3'-UTR同一样品不同克隆株中插入片段呈现明显的不均一。(3)疫苗株的插入片段影响3'-UTR二级结构的稳定性,可能是导致疫苗株毒力减弱的原因之一。 展开更多
关键词 猪瘟病毒 3'-UTR 不均一性 二级结构分析
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猪瘟病毒Thiverval株3′非编码区插入片段对病毒拯救的影响 预览
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作者 范运峰 赵启祖 +4 位作者 赵耘 邹兴启 张仲秋 王琴 宁宜宝 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期 420-423,共4页
猪瘟病毒(CSFV)疫苗株Thiverval株与亲本病毒Alfort株相比,最明显的区别就是其3′-UTR含有一定长度的插入序列。本研究通过反向遗传学操作,构建了3′-UTR含有19nt、32nt以及插入片段完全缺失的CSFVThiverval株全长cDNA感染性克隆,... 猪瘟病毒(CSFV)疫苗株Thiverval株与亲本病毒Alfort株相比,最明显的区别就是其3′-UTR含有一定长度的插入序列。本研究通过反向遗传学操作,构建了3′-UTR含有19nt、32nt以及插入片段完全缺失的CSFVThiverval株全长cDNA感染性克隆,将突变病毒基因组进行体外转录,利用BHK-21细胞转染、PK-15细胞传代增殖的方式成功的从3种重组突变感染性克隆中拯救出活病毒粒子,表明CSFV疫苗株3′-UTR插入片段并不影响病毒的拯救。通过3′-UTR二级结构模拟,发现疫苗株的插入片段导致3′-UTR空间构型发生改变、自由能升高、影响二级结构的稳定性,可能是导致疫苗株毒力减弱的原因之一。 展开更多
关键词 猪瘟病毒 3′非编码区 插入片段 病毒拯救 二级结构分析
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Q96 昆虫学
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《中国生物学文摘》 2008年第5期 82-85,共4页
一种体外分析亚洲玉米螟幼虫血细胞包囊的改进方法;短额负蝗线粒体基因组及其IrRNA和srRNA二级结构分析;七种紫胶虫染色体核型分析与亲缘关系探讨;中国桔小实蝇种群的微卫星多态性分析;家蚕对浓核病毒中国株(BmDNV-3)抗性及感性... 一种体外分析亚洲玉米螟幼虫血细胞包囊的改进方法;短额负蝗线粒体基因组及其IrRNA和srRNA二级结构分析;七种紫胶虫染色体核型分析与亲缘关系探讨;中国桔小实蝇种群的微卫星多态性分析;家蚕对浓核病毒中国株(BmDNV-3)抗性及感性品系中肠的差异蛋白质分析;槲皮素对黄粉虫血淋巴酚氧化酶的生理效应; 展开更多
关键词 昆虫学 染色体核型分析 二级结构分析 线粒体基因组 亚洲玉米螟 多态性分析 蛋白质分析 短额负蝗
生物学 预览
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《中国学术期刊文摘》 2004年第4期 77-98,共22页
生物数学 Logistic脉冲系统的最优脉冲控制;生物物理学 Numerous of Conserved Non-coding Sequences in the Pig (Sus scrofa)Genome 家猪基因组含有大量保守非编码区;极低频磁场致癌效应的细胞学研究进展;激光诱变徽生物技术的研... 生物数学 Logistic脉冲系统的最优脉冲控制;生物物理学 Numerous of Conserved Non-coding Sequences in the Pig (Sus scrofa)Genome 家猪基因组含有大量保守非编码区;极低频磁场致癌效应的细胞学研究进展;激光诱变徽生物技术的研究进展;海南捕鸟蛛毒素-I(HNTX-I)的1H-NMR信号归属和二级结构分析;CFU-E和其分化细胞的生物物理特性;二阶运动条件下闪现滞后现象的研究。 展开更多
关键词 生物学 Logistic 最优脉冲控制 二级结构分析 生物物理特性 研究进展 生物物理学 极低频磁场 NMR信号 海南捕鸟蛛 CFU-E 生物数学 脉冲系统 非编码区 致癌效应 生物技术 激光诱变 分化细胞 滞后现象 二阶运动 the Pig 基因组
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中国猪瘟兔化弱毒(脾淋毒)基因组5′—UTR的克隆和二级结构分析 预览 被引量:1
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作者 胡建和 张彦明 +5 位作者 张显升 刘在新 韩雪清 季建莉 刘湘涛 谢庆阁 《西北农林科技大学学报:自然科学版》 CSCD 北大核心 2003年第1期 105-108,共4页
据已发表的CSFV C-株序列,设计合成了5′-UTR特异性PCR引物对P1-N1及半套式下游引物N1′.从兔脾组织中提取总RNA,应用RT-PCR及Half-nested PCR成功地扩增出了CSFV 5′-UTR,进一步将该片段克隆到pMD-18T载体质粒并进行了序列测定.与Shime... 据已发表的CSFV C-株序列,设计合成了5′-UTR特异性PCR引物对P1-N1及半套式下游引物N1′.从兔脾组织中提取总RNA,应用RT-PCR及Half-nested PCR成功地扩增出了CSFV 5′-UTR,进一步将该片段克隆到pMD-18T载体质粒并进行了序列测定.与Shimen株、ALD株、GPE-株、Holland C-株和Russian C-株相应区段的比较分析表明,其同源性分别为96.2%,95.7%,96.0%,98.7%和95.4%.5′-UTR中发现的隐性AUG起始密码子及茎环二级结构,可能在多聚蛋白前体的翻译以及病毒的复制中起着重要作用. 展开更多
关键词 基因组 猪瘟 兔化弱毒 5′-UTR 二级结构分析 基因克隆 序列分析
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新型抗菌多肽LC1的1H—NMR谱峰归属和二级结构分析 被引量:1
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作者 邵承华 朱家鹏 《生物化学与生物物理学报:英文版》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第4期 457-462,共6页
LC1是从枯草杆菌A014的分泌物中分离出的一种新型抗菌多肽,具有很强的抗水稻白叶枯致病菌的能力,应用2D-NMR技术研究LC1的溶液构象,通过分析其在水和重水中的DQF-COSY,TOCSY和NOESY等1H-NMR谱,识别了LC1全部47个氨基酸残基的自... LC1是从枯草杆菌A014的分泌物中分离出的一种新型抗菌多肽,具有很强的抗水稻白叶枯致病菌的能力,应用2D-NMR技术研究LC1的溶液构象,通过分析其在水和重水中的DQF-COSY,TOCSY和NOESY等1H-NMR谱,识别了LC1全部47个氨基酸残基的自旋体系,并通过分析NOESY谱在daN,dNN,dβN和daδ的联系完成了序列专一谱峰归属,标定了全部主链质子和绝大部分侧链质子的化学位移,谱峰归属结果和NMR数据分析表明LC1的二级结构主要为伸展构象,其中肽段Phe^25-Asp31和Tyr^36-Glu^42构成反平行β折叠,并由Ser32-Gly^35所形成的β转角相连接,LC1不含或仅含少量α螺旋,同时,通过对LC1的大量疏水氨基酸残基之间NOE联系的分析,推测LC1具有一个以Try^23为中心的疏水核心。 展开更多
关键词 抗菌多肽 LC1 1H-NMR谱峰归属 二级结构分析 植物病害 抗菌蛋白
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