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杭州城北地区肺炎支原体抗体阳性患者中人细小病毒B19感染的流行病学研究 认领
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作者 黄玲玲 蔡成松 陈兆军 《浙江医学》 CAS 2020年第4期371-373,378共4页
目的了解杭州城北地区肺炎支原体抗体阳性患者中人细小病毒B19(HPVB19)的流行状况。方法将922例肺炎支原体抗体阳性患者设为实验组,匹配887例健康志愿者作为对照组,使用酶联免疫吸附剂测定法(ELISA)和定量即时聚合酶链反应(q-PCR)方法... 目的了解杭州城北地区肺炎支原体抗体阳性患者中人细小病毒B19(HPVB19)的流行状况。方法将922例肺炎支原体抗体阳性患者设为实验组,匹配887例健康志愿者作为对照组,使用酶联免疫吸附剂测定法(ELISA)和定量即时聚合酶链反应(q-PCR)方法对入组的血浆标本进行HPVB19-免疫球蛋白(Ig)G、IgM和DNA的检测。结果按年龄段和性别区分,两组之间的HPVB19-IgG阳性检出率均无统计学差异(均P>0.05)。实验组的HPVB19-IgM阳性检出率均高于对照组(均P<0.05或0.01)。12例HPVB19-DNA阳性者全部为实验组,对>103拷贝/ml的5例样本进行测序分析,4例为1a基因型,1例为1b基因型。结论杭州城北地区肺炎支原体抗体阳性患者的HPVB19的现症感染率明显高于对照组,而既往感染率与对照组相比无统计学差异。4例为1a基因型,1例为1b基因型。 展开更多
关键词 人细小毒B19 肺炎支原体抗体 分子流行病学 基因型
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2018年四川地区猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的分子流行病学调查研究 认领
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作者 刘瀚扬 张毅 +7 位作者 肖冉 陈斌 吴永胜 苏志鹏 李峪鹏 裴超信 许祯莹 朱佳文 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第4期1172-1182,共11页
为研究四川地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行及进化趋势,本研究以GP5蛋白为研究对象,对2018年间收集的378份四川省不同区市县PRRSV疑似病料进行了实时荧光定量PCR检测,并对部分毒株ORF 5基因的核苷酸序列和推导的氨基酸序列进... 为研究四川地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行及进化趋势,本研究以GP5蛋白为研究对象,对2018年间收集的378份四川省不同区市县PRRSV疑似病料进行了实时荧光定量PCR检测,并对部分毒株ORF 5基因的核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行进化分析和N-糖基化位点预测。通过疑似病料实时荧光定量PCR检测,共检出阳性样品69份,阳性率为18.25%。对其中23株PRRSV的ORF 5基因序列分析结果显示,ORF 5基因之间核苷酸同源性为81.6%~100%,推导的氨基酸同源性为81.4%~100%,均属于美洲型毒株。其中,1株属于以经典毒株VR2332为代表的亚型Ⅰ,17株属于以高致病毒株JXA1为代表的亚型Ⅱ,5株属于重组毒株NADC30为代表的亚型Ⅲ,说明2018年间四川省PRRSV流行毒株存在基因多样性,HP-PRRSV依然是主要流行毒株,但仍存在不断进化的经典毒株,同时,类似NADC30和QYYZ的重组毒株也开始出现。通过氨基酸突变位点和N-糖基化位点分析发现,23株PRRSV在GP5两个重要抗原表位相关区域和毒力相关位点均发生了一定程度的突变,推测这些突变可能影响了病毒逃避机体免疫和病毒毒力,提示在PRRSV防控中,应该加强遗传进化分析,根据不同类型的毒株选择有针对性的疫苗和防控策略。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征毒(PRRSV) 分子流行病学 ORF 5基因 变异分析
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猪流行性腹泻病毒河南分离株全基因扩增及序列分析 认领
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作者 李岚 李晓成 +2 位作者 段纲 谢琳娟 杨春艳 《畜牧与兽医》 北大核心 2020年第2期91-96,共6页
为进一步了解我国猪流行性腹泻病毒(PEDV)的分子流行病学特征,从阳性病料中分离得到1株河南毒株(命名为HeN17-2011),设计13对引物,对分离株HeN17-2011的基因序列进行RT-PCR扩增和全基因组3′Race、5′Race扩增,通过产物回收、转化和测序... 为进一步了解我国猪流行性腹泻病毒(PEDV)的分子流行病学特征,从阳性病料中分离得到1株河南毒株(命名为HeN17-2011),设计13对引物,对分离株HeN17-2011的基因序列进行RT-PCR扩增和全基因组3′Race、5′Race扩增,通过产物回收、转化和测序,经生物软件拼接,成功获得其全基因序列,并与近十几年的流行毒株进行了序列比对分析。结果显示:分离株HeN17-2011基因组全长为28038 bp(不含polyA尾),基因组结构为5′UTR-ORF1-S-ORF3-E-M-N-3′UTR,与PEDV基因组的结构特征相符;通过与GenBank中已发表的国内外毒株ZJCZ4、CV777、DR13等26株PEDV序列进行比对发现,HeN17-2011与NW8的同源性最高为99.4%,与标准株CV777、韩国毒株DR13(JQ023161.1)和DR13(JQ023162.1)、美国毒株Illinois261、意大利毒株PEDV-1842-2016-ITA的同源性分别为96.9%,97.7%和97.3%,99.2%,98.7%,与SD-M的同源性最低为96.4%;PEDV分离株HeN17-2011与标准株CV777、韩国毒株DR13处于不同的分支上,遗传关系较远,属变异毒株,但与我国的流行毒株CH-SCZY103-2017、NW8等遗传关系较近;通过对全基因组序列分析发现,我国PEDV流行株在ORF1b、ORF3、E基因、M基因和N基因上的长度是保守的,它们虽然均存在点突变,但没有碱基的插入和缺失,我国流行株基因组长度变化主要与5′UTR、ORF1a、S基因、ORF3和3′UTR的碱基插入、缺失密切相关。 展开更多
关键词 流行性腹泻 基因 序列 RT-PCR 分子流行病学
猪轮状病毒的分子流行病学研究进展 认领
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作者 苗艳 朱庆贺 +5 位作者 陈亮 李丹 李阳 兰世捷 徐馨 史同瑞 《动物医学进展》 北大核心 2020年第1期93-97,共5页
轮状病毒是引起儿童和幼龄动物急性胃肠炎的主要病因之一,在世界范围内广泛存在,是一种重要的人兽共患病病原。猪轮状病毒是引起哺乳仔猪和断奶仔猪急性胃肠炎的主要病原之一,有复杂的病原流行病学特征和遗传多样性。目前尚无针对该病... 轮状病毒是引起儿童和幼龄动物急性胃肠炎的主要病因之一,在世界范围内广泛存在,是一种重要的人兽共患病病原。猪轮状病毒是引起哺乳仔猪和断奶仔猪急性胃肠炎的主要病原之一,有复杂的病原流行病学特征和遗传多样性。目前尚无针对该病的有效治疗药物,疫苗接种仍是防控该病的主要措施。掌握猪轮状病毒的分子流行动态,可对诊断猪轮状病毒病和新型疫苗的研究提供科学依据。论文对猪轮状病毒的病原和分子流行病学调查结果进行了综述,旨在阐述不同地理区域中猪轮状病毒的流行特点,为进一步开展猪轮状病毒病原研究及后期疫苗和药物的研制提供参考。 展开更多
关键词 猪轮状 基因型 分子流行病学
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直接PCR法在口腔牙龈卟啉单胞菌检测中的应用 认领
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作者 谷变利 王娟萍 +4 位作者 孔金玉 刘雅莉 张灏 詹启敏 高社干 《食管疾病》 2020年第1期38-42,共5页
目的为了便于食管癌大规模流行病学筛查工作的开展,探讨一种能快速敏感地检测口腔牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas gingivalis,P.gingivalis)DNA的免核酸抽提直接PCR方法。方法收集我院门诊100例体检人员的200份口腔拭子(每人双份),以TE b... 目的为了便于食管癌大规模流行病学筛查工作的开展,探讨一种能快速敏感地检测口腔牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas gingivalis,P.gingivalis)DNA的免核酸抽提直接PCR方法。方法收集我院门诊100例体检人员的200份口腔拭子(每人双份),以TE buffer(10 mM Tris,0.1 mM EDTA,pH 8.0)、商品化裂解液以及核酸抽提试剂盒等作为基因组提取试剂,使用P.gingivalis特异引物探针进行直接定量PCR检测。结果与裂解液-直接qPCR法相比,TE-直接qPCR法的灵敏度为94.12%,特异性为100%;与试剂盒-qPCR法相比,TE-直接qPCR法的灵敏度与特异性均为100%;TE-直接qPCR法与裂解液-直接qPCR法以及与试剂盒-qPCR法检测P.gingivalis均具有高度一致性(分别为Kappa=0.954,Kappa=1);TE-直接qPCR法与试剂盒-qPCR法检测阳性P.gingivalis的Ct均值无显著差异(P=0.907)。结论TE-直接qPCR法检测口腔P.gingivalis灵敏度高、特异性强,是快速高效检测口腔P.gingivalis的理想方法,可用于食管癌大规模分子流行病学研究。 展开更多
关键词 食管癌 牙龈卟啉单胞菌 直接PCR 分子流行病学
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2013~2018年江西省猪伪狂犬病病毒流行株gE和gB基因遗传变异分析 认领
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作者 高映雪 蒋新华 +4 位作者 周荷田 罗锋 杨丹凤 万文忠 邓舜洲 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第1期164-173,共10页
为掌握江西省猪伪狂犬病病毒(PRV)的分子流行病学及遗传变异情况,本研究运用实验室已建立的PCR方法对2013~2018年采集自江西南昌、宜春、赣州、吉安、九江、上饶、抚州、新余8个地区的PRV阳性猪病料进行gE和gB基因扩增,并对PCR产物进行... 为掌握江西省猪伪狂犬病病毒(PRV)的分子流行病学及遗传变异情况,本研究运用实验室已建立的PCR方法对2013~2018年采集自江西南昌、宜春、赣州、吉安、九江、上饶、抚州、新余8个地区的PRV阳性猪病料进行gE和gB基因扩增,并对PCR产物进行测序和序列分析。结果显示,共获得64株PRV的gE基因序列和12株PRV的gB基因序列;gE基因遗传进化树表明,64株PRV同属一个大分支,与亚洲毒株及近年来国内分离株亲缘关系较近,全部为GⅠ型,而与GⅡ型的欧美经典毒株亲缘关系较远;江西毒株gE基因与19株参考毒株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.2%~100%和94.6%~100%;gB基因与11株参考毒株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.2%~100%和96.5%~100%;相较于Bartha-K61疫苗株,江西流行毒株的gB基因存在碱基缺失、插入和位点突变现象。本研究从分子流行病学角度证实了江西省PRV的流行与变异情况,为江西省科学防控PRV提供理论依据。 展开更多
关键词 猪伪狂犬毒(PRV) 分子流行病学 GE基因 GB基因 遗传变异
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云南省腾冲市牛羊感染梨形虫的分子流行病学调查 认领
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作者 沈雪鹰 何志海 +7 位作者 傅国璋 姚明国 张云 江佳富 孙毅 蒋宝贵 刘洪波 杜春红 《畜牧与兽医》 北大核心 2020年第3期61-68,共8页
为了解腾冲市牛、羊感染梨形虫的流行情况,本研究选择腾冲市11个乡镇为采样点,采集牛、羊血液样本,采用分子生物学方法,扩增包括泰勒虫属和巴贝斯虫属在内的梨形虫科18S rRNA基因约1600 bp片段,阳性产物进行测序,根据序列同源性比对和... 为了解腾冲市牛、羊感染梨形虫的流行情况,本研究选择腾冲市11个乡镇为采样点,采集牛、羊血液样本,采用分子生物学方法,扩增包括泰勒虫属和巴贝斯虫属在内的梨形虫科18S rRNA基因约1600 bp片段,阳性产物进行测序,根据序列同源性比对和遗传进化分析,进行虫种鉴定。共采集758头牛、羊的血样,检出阳性207头,总阳性率27.31%。其中牛、羊阳性率分别为45.02%(149/331)、13.58%(58/427)。11个乡镇的牛均有检出,6个乡镇的羊有阳性。检出虫种包括巴贝斯虫(Babesia)和泰勒虫(Theileria)两属共13种,均为蜱传血液原虫,泰勒虫占82.13%(170/207),巴贝斯虫占17.87%(37/207)。巴贝斯虫种类包括:狍巴贝斯虫(B.capreoli)、猎户巴贝斯虫(B.venatorum)、双芽巴贝斯虫(B.bigemina)、牛巴贝斯虫(B.bovis)、微小巴贝斯虫(B.microti)等5种;泰勒虫种类包括:吕氏泰勒虫(T.luwenshuni)、环形泰勒虫(T.annulata)、水牛泰勒虫(T.buffeli)、东方泰勒虫(T.orientalis)、瑟氏泰勒虫(T.sergenti)、绵羊泰勒虫(T.ovis)、附膜泰勒虫(T.velifera)和一种新的未命名泰勒虫共8种。牛感染6种泰勒虫和4种巴贝斯虫,羊感染3种泰勒虫和2种巴贝斯虫。该结果表明腾冲市养殖的牛羊存在梨形虫病的广泛流行,且虫种丰富,具有较高的多样性特征,需加强防范。 展开更多
关键词 家畜 梨形虫 分子流行病学 云南 腾冲
四川石渠县牦牛源蜱感染斑点热群立克次体分子流行病学调查 认领
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作者 刘城成 唐天才 +8 位作者 塔英 林宝山 袁东波 郭莉 侯巍 莫茜 阳爱国 郝力力 李锐 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期50-55,共6页
目的了解四川省石渠县牦牛体表寄生蜱的种类及其斑点热群立克次体的感染情况。方法采集牦牛体表的蜱,经形态学初步鉴定后,提取蜱总DNA,PCR扩增蜱16S rRNA基因及斑点热群立克次体ompA、ompB基因,并对扩得阳性产物进行测序和构建进化树分... 目的了解四川省石渠县牦牛体表寄生蜱的种类及其斑点热群立克次体的感染情况。方法采集牦牛体表的蜱,经形态学初步鉴定后,提取蜱总DNA,PCR扩增蜱16S rRNA基因及斑点热群立克次体ompA、ompB基因,并对扩得阳性产物进行测序和构建进化树分析,从而确定蜱及其携带斑点热群立克次体的种类。结果在石渠县4个乡共采集到蜱818只,其中西藏革蜱占78.97%(646/818)、青海血蜱占21.03%(172/818)。在818只蜱中有408只扩得斑点热群立克次体ompA、ompB基因,总阳性率为49.8%。经比对分析,ompA基因总共得到4条序列(uncultured Rickettsia sp.shiqu1、R.raoultii.shiqu2、R.raoultii.shiqu3和R.raoultii.shiqu4),ompB基因也得到4条序列(uncultured Rickettsia sp.shiqu1、R.raoultii.shiqu2、R.raoultii.shiqu3和R.raoultii.shiqu4)。经遗传进化分析显示ompA基因的uncultured Rickettsia sp.shiqu1与我国青海未定种的Uncultured Rickettsia sp.(MG228270)亲缘关系最近;ompB基因的uncultured Rickettsia sp.shiqu1与韩国未定种的Rickettsia sp.(KC888953)和Candidatus Rickettsia longicornii(MG906675)亲缘关系最近;ompA和ompB基因的R.raoultii.shiqu2-4与对人有致病性的劳氏立克次体(R.raoultii)的亲缘关系最近。结论首次在牦牛体表寄生的西藏革蜱中检出劳氏立克次体。石渠县存在西藏革蜱和青海血蜱,蜱传劳氏立克次体感染率较高并且具有感染人的风险。 展开更多
关键词 斑点热群立克次体 牦牛 分子流行病学 石渠县
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2010-2015年山东省狂犬病病毒分子流行病学特征 认领
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作者 刘佳佳 张晓梅 +8 位作者 李木丽 王茜 于鹏程 朵林 李浩 王显军 陶晓燕 丁淑军 朱武洋 《疾病监测》 CAS 2020年第2期118-122,共5页
目的了解山东省境内流行的狂犬病病毒(RABV)的遗传进化特征和流行特点。方法对山东省2010-2015年收集的犬脑组织标本和病例唾液、血液等标本用RABV直接免疫荧光法或反转录-聚合酶链式反应法进行检测,检测阳性标本进行N基因序列测定和种... 目的了解山东省境内流行的狂犬病病毒(RABV)的遗传进化特征和流行特点。方法对山东省2010-2015年收集的犬脑组织标本和病例唾液、血液等标本用RABV直接免疫荧光法或反转录-聚合酶链式反应法进行检测,检测阳性标本进行N基因序列测定和种系发生分析。结果 70份犬脑组织标本有11份为阳性,31份病例液体标本有2份为阳性,13份阳性标本都测序得到N基因全序(1 353 bp)。汇总已发表所有山东标本N基因序列(共26个)以及我国7个RABV种群的代表株共同构建的种系发生树显示,近90%的山东株(2006-2015年)属于ChinaⅠ进化群,其余3株(2006-2008年)属于ChinaⅡ进化群;山东省东部和西部地区的流行株相对聚集又明显交叉,泰安流行株最具多样性。结论山东省RABV分属ChinaⅠ和Ⅱ两个种群,近年山东省狂犬病的流行基本是ChinaⅠ传播扩散的结果。 展开更多
关键词 狂犬 狂犬 山东 分子流行病学
2011-2018年上海市金山区手足口病病原学监测结果及柯萨奇病毒A6型分离株VP1基因特征分析 认领
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作者 孙箐爽 董兆鹏 +3 位作者 臧昊 杜荐如 宋灿磊 李淑华 《实用预防医学》 CAS 2020年第1期33-37,共5页
目的了解2011-2018年上海市金山区手足口病病原学特征,分析柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6,CoxA6)VP1基因特征,为手足口病防控提供理论依据。方法对2011-2018年金山区手足口病监测病原学检测情况进行统计分析。CoxA6病毒分离株进行VP... 目的了解2011-2018年上海市金山区手足口病病原学特征,分析柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6,CoxA6)VP1基因特征,为手足口病防控提供理论依据。方法对2011-2018年金山区手足口病监测病原学检测情况进行统计分析。CoxA6病毒分离株进行VP1基因核苷酸序列测序,分析其同源性并构建系统进化树。结果2011-2018年金山区共采集手足口病例标本1207例,病原学检测阳性703例,阳性率为58.24%(703/1207);病原学构成为CoxA6254例(36.13%)、CoxA16217例(30.87%)、EV71162例(23.04%)、CoxA1018例(2.56%)和其他肠道病毒52例(7.40%)。2011-2013年,EV71、CoxA16、其他肠道病毒为优势病原;2014年起,CoxA6逐渐成为优势病原,2018年占病原学构成达85.43%。EV71发病呈单峰分布,高峰出现在5月;CoxA16呈双峰分布,主高峰出现在6月,次高峰出现在11月;CoxA6呈双峰分布,主高峰出现在11月,次高峰出现在7月。监测点监测2013年出现CoxA6型,疫情监测2014年出现CoxA6型。监测点监测,EV71,CoxA16和CoxA6病原年龄分布主要集中在1~5岁,其中CoxA6还主要集中在7~12岁。疫情监测,EV71、CoxA16、CoxA6病原分布主要集中在小班和中班,其中CoxA6病原分布还集中在小学。基因分析表明,2017-2018年金山区流行的CoxA6型病原基因特征为E2亚型。结论2011-2018年金山区手足口病的优势病原已由EV71、CoxA16转变为CoxA6 E2亚型为主。应进一步加强病原监测,尤其加强对7~12岁组病原的监测,及时发现新病原,为落实综合性防控手足口病预防措施提供依据。 展开更多
关键词 手足口 原谱 柯萨奇毒A组6型 分子流行病学
鼻病毒A21基因型的划分及全基因组特征分析 认领
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作者 张强 张燕 +4 位作者 胡满丽 谢智博 王慧玲 宋金华 许文波 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期1-13,共13页
人鼻病毒(Human rhinovirus,HRV)是导致儿童急性呼吸道感染的主要病毒之一。最近的研究报道发现HRV-A21可导致危重症急性呼吸道感染。本研究将2013~2015年河北省发热呼吸道症候群哨点监测病例中获得的一株HRV-A21病毒标本(本课题组之前... 人鼻病毒(Human rhinovirus,HRV)是导致儿童急性呼吸道感染的主要病毒之一。最近的研究报道发现HRV-A21可导致危重症急性呼吸道感染。本研究将2013~2015年河北省发热呼吸道症候群哨点监测病例中获得的一株HRV-A21病毒标本(本课题组之前的研究已获得VP4/2区序列),结合从GenBank数据库下载的全球98株HRV-A21代表株,基于VP4/2区构建亲缘性关系树。本研究首次将HRV-A21划分为A、B、C、D、E五个基因型,其中E基因型进一步划分为E1、E2和E3亚型,并发现E1、E2和E3亚型在年代分布上呈现出一定的时间进化趋势。我国流行的HRV-A21以C和E基因型为主。基于VP1区划分基因型的结果与VP4/2区相似。本研究进而对这一株HRV-A21进行了全基因组序列测定,并结合GenBank数据库下载的HRV-A21全基因组序列,对HRV-A21进行基因亲缘性关系分析、氨基酸变异和糖基化位点分析。结果显示VP2区、VP3区、VP1区和3D区都属于高变区,但变异程度VP1区>VP2区>VP3区>3D区,同时发现了保守的14个N-糖基化位点和26个O-糖基化位点,和新增的5个N-糖基化位点和5个O-糖基化位点。本研究在GenBank数据库的基础上结合本课题组获得的一株HRV-A21序列,对HRV-A21进行基因型和基因亚型的划分,对HRV-A21在全球和我国部分地区的分布情况和流行特点进行了初步的分析,并对HRV-A21全基因组序列特征进行了分析,丰富了HRV-A21基因数据库,为HRV-A21诊断、分子流行病学等的研究以及疾病的防控和治疗提供了基础数据。 展开更多
关键词 人鼻毒A21型(HRV-A21) 基因型 基因特征 全基因组 分子流行病学 糖基化
神经外科重症监护室患者感染碳青霉烯酶类耐药黏质沙雷菌的分子流行病学研究 认领
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作者 马金龙 刘真真 +3 位作者 李笃军 贾楠 王云 朱元祺 《中华医院感染学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期393-397,共5页
目的研究神经外科重症监护室患者感染碳青霉烯类抗菌药物耐药黏质沙雷菌的耐药机制和流行病学。方法选择2014年10月-2015年3月青岛大学附属医院分离自神经外科重症监护室患者的6株黏质沙雷菌进行鉴定和药敏试验;采用聚合酶链反应(PCR)... 目的研究神经外科重症监护室患者感染碳青霉烯类抗菌药物耐药黏质沙雷菌的耐药机制和流行病学。方法选择2014年10月-2015年3月青岛大学附属医院分离自神经外科重症监护室患者的6株黏质沙雷菌进行鉴定和药敏试验;采用聚合酶链反应(PCR)扩增和产物测序确认菌株携带的耐药基因;脉冲场凝胶电泳和质粒接合试验分析菌株的同源性和质粒转移特性。结果6株黏质沙雷菌药敏表型和基因型一致,对头孢曲松、氨曲南、厄他培南、亚胺培南和美罗培南耐药;每一株菌都携带blaKPC-2、blaSRT-1、aac(6’)-Ic和fosA7耐药基因;6株菌的脉冲场凝胶电泳带型完全相同,并可将携带blaKPC-2基因的质粒成功转移到大肠埃希菌J53AziR。结论携带blaKPC-2、blaSRT-1、aac(6’)-Ic和fosA7耐药基因黏质沙雷菌的克隆播散是神经外科重症监护室患者医院感染的原因。 展开更多
关键词 黏质沙雷菌 blaKPC-2 神经外科重症监护室 分子流行病学 碳青霉烯类耐药性
海南省类鼻疽伯克霍尔德菌的分子流行病学特征分析 认领
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作者 朱雄 陈海 +6 位作者 李沙 王立程 吴多荣 王旭明 陈如寿 郑霄 刘志国 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期110-117,共8页
目的调查海南地区类鼻疽伯克霍尔德菌的分子流行病学特征,为该地区类鼻疽监测防控提供参考。方法采集可疑患者的临床样本进行类鼻疽的分离培养,采用形态特征观察和染色镜检对临床分离的类鼻疽进行鉴定。采用HGDI分析菌株的遗传多态性特... 目的调查海南地区类鼻疽伯克霍尔德菌的分子流行病学特征,为该地区类鼻疽监测防控提供参考。方法采集可疑患者的临床样本进行类鼻疽的分离培养,采用形态特征观察和染色镜检对临床分离的类鼻疽进行鉴定。采用HGDI分析菌株的遗传多态性特征,用MLVA_4方法调查类鼻疽伯克霍尔德菌的分子流行病学关联,并构建MST(最小生成树)揭示菌株的起源进化特征。同时,对患者的年龄、性别、职业分布、临床特征及治疗结果进行分析。结果在164株类鼻疽伯克霍尔德菌中,有66%(109/164)的菌株分布于海南省的三亚、东方和乐东等西南沿海地区。MLVA_4方法对菌株具有极高的分辨力,HGDI为0.9887。4个分型位点的多态性指数由高到低依次为0.9130(L933),0.8322(L2341),0.8237(L1788)和0.8096(L389)。164株类鼻疽聚为97个MLVA_4基因型(GT1~97),其中33个为共享基因型表明该类基因型的菌株间可能有潜在的流行病学关联。另外64个为单一基因型且每株菌代表一个独特的基因型,表明该地区多于39%的类鼻疽具有零星或散发的流行特征。在33个共享基因型中,14个共享基因型(GT6、16、18、22、33、39、41、49、50、51、58、61、85和92)由来自相同地区分离的菌株构成,证实了该地区类鼻疽呈现由多个共同传染源引发的多点流行的特征;另外,有28个共享基因型(除GT6、41、58、61和92外其他所有共享基因型)分别由2-5个不同地区分离的菌株构成,揭示了该地区类鼻疽可能存在由多个共同传染源引发的多地交叉感染,33个共享基因型包括100株类鼻疽伯克霍尔德菌,菌株聚类率为61.0%(100/164),所有共享基因型的菌株都来自2-5个不同地区,提示类鼻疽在海南省多个地区均有流行。基于MLVA_4数据的最小生成树(Minimum spanning tree MST)分析结果表明164株类鼻疽伯克霍尔德菌可分为2个地理集群,定安县的菌株是海南省类鼻疽的潜在祖先� 展开更多
关键词 类鼻疽 分子流行病学 临床特征
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呼吸道合胞病毒致儿童呼吸系统感染流行病学研究及免疫功能初步分析 认领
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作者 郭巍巍 严小桐 +4 位作者 冯志山 黄慧 王乐 李贵霞 吴勇 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期140-145,共6页
目的分析河北地区呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)引起儿童呼吸系统疾病的流行特征及外周血淋巴细胞亚群和炎性指标的变化。方法收集河北省儿童医院2018年全年因呼吸系统感染入院治疗的患儿痰液标本9491份及配对外周... 目的分析河北地区呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)引起儿童呼吸系统疾病的流行特征及外周血淋巴细胞亚群和炎性指标的变化。方法收集河北省儿童医院2018年全年因呼吸系统感染入院治疗的患儿痰液标本9491份及配对外周静脉血标本9491份。采用13种呼吸道病原体多重检测试剂筛选出RSV阳性痰液标本,流式细胞术检测随机筛选出的RSV阳性患儿外周血标本中T、B淋巴细胞、NK细胞,Roche E411发光分析仪测定降钙素原(PCT),Roche Cobas 8000 C701生化分析仪测定超敏C反应蛋白(hs-CRP),Sysmex XN-BN3血球仪检测白细胞(WBC)。结果2018年河北地区患呼吸系统疾病儿童中RSV阳性检出率为13.08%,不同年龄段患儿检出率差异有统计学意义(χ^2=479.2976,P<0.0001),RSV感染检出率随年龄增加逐渐降低(χ^2=-20.2827,P<0.0001),男性患儿检出率高于女性患儿(χ^2=34.5527,P<0.0001)。RSV与其他呼吸道病原体的混合感染发生率为29.49%(366/1241),其中与RSV发生混合感染的主要为人鼻病毒(human rhinovirus,HRV),占12.09%(150/1241),其次是腺病毒(adenovirus,ADV),占3.22%(40/1241)。RSV感染的主要流行季节为冬季和春季,单纯感染和混合感染的流行趋势一致。RSV单纯感染和混合感染组间炎性指标、WBC(P<0.01)、CD4+细胞(P=0.015)、CD4+/CD8+细胞(P=0.016)差异有统计学意义。结论RSV是河北地区儿童呼吸系统疾病的常见病原,患者年龄越小越容易被感染。RSV易与HRV、ADV发生混合感染,且河北地区RSV的流行季节为冬季和春季。RSV单纯感染与混合感染可能同时存在免疫功能紊乱情况。 展开更多
关键词 呼吸道合胞 淋巴细胞亚群 分子流行病学 免疫
2017年中国即食食品中单核细胞增生李斯特菌的分子流行病学特征 认领
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作者 李薇薇 郭云昌 +14 位作者 占利 马国柱 杨祖顺 刘成伟 申志新 王迪 张晓嫒 宋晓红 余波 贾华云 李秀桂 张秀丽 杨小蓉 杨大进 裴晓燕 《中华预防医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期175-180,共6页
目的分析我国即食食品中单核细胞增生李斯特菌的分子流行病学特征。方法将2017年食品安全风险监测即食食品中分离的单核细胞增生李斯特菌作为研究菌株,共239株,分离自27个省份。对菌株进行全基因组测序,分析其谱系、克隆群(CC)、序列分... 目的分析我国即食食品中单核细胞增生李斯特菌的分子流行病学特征。方法将2017年食品安全风险监测即食食品中分离的单核细胞增生李斯特菌作为研究菌株,共239株,分离自27个省份。对菌株进行全基因组测序,分析其谱系、克隆群(CC)、序列分型(ST)和血清群;通过VFDB和BIGSdb‐Lm数据库获得其毒力基因分布;采用微量肉汤稀释法检测菌株对8种抗生素的敏感性;采用核心基因组多位点序列分型方法(cgMLST)进行分子分型。结果实验菌株分属在3个谱系,以谱系Ⅱ为主,共155株(64.9%);血清群以Ⅱa为主,共133株(55.6%);分为23个CC型,以及1个未分CC型的ST619,其中CC8、CC101和CC87为优势CC型,共占49.4%(118株);仅4.6%(11株)的菌株携带耐药基因,主要为甲氧苄啶耐药基因(7株,2.9%)。所有菌株均携带单核细胞增生李斯特菌毒力岛(LIPI)1,携带LIPI‐3和LIPI‐4的菌株分别占13.8%(33株)和14.2%(34株),ST619同时携带LIPI‐3和LIPI‐4。51.5%(123株)的菌株携带应激生存岛(SSI)1,10株CC121菌株均携带SSI‐2。核心基因组多位点序列分型方法能将不同谱系、血清群和CC型的菌株明显分开,共分为24个亚群,与CC型基本保持一致。结论我国即食食品中菌株以Ⅱa型血清群为主,CC8、CC101和CC87为优势CC型,其中,CC87为流行性高毒菌株。基于全基因组测序的分型方法cgMLST分辨力高,可用于我国食源性疾病的监测和暴发识别。 展开更多
关键词 利斯特菌 单核细胞增生 分子流行病学 全基因组测序 核心基因组多位点序列分型 即食食品
乙型肝炎病毒的分子流行病学研究进展 认领
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作者 易永祥 《新发传染病电子杂志》 2020年第1期1-7,F0002共8页
乙型肝炎病毒(HBV)的分子流行病学近年来一直是HBV基础和临床研究方面的热点问题。本文总结了近20年来国内外HBV的感染流行特点,分析了HBV基因型/亚型的地域性分布特征,阐述了HBV基因型的临床意义,解析了HBV基因型对抗病毒应答效应的影... 乙型肝炎病毒(HBV)的分子流行病学近年来一直是HBV基础和临床研究方面的热点问题。本文总结了近20年来国内外HBV的感染流行特点,分析了HBV基因型/亚型的地域性分布特征,阐述了HBV基因型的临床意义,解析了HBV基因型对抗病毒应答效应的影响。这些HBV分子流行病学方面的研究将有助于高耐药屏障的抗乙肝病毒药物的研发,有助于HBV感染诱发的各种肝脏相关疾病的精准治疗。 展开更多
关键词 乙型肝炎 基因型 分子流行病学
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2010-2015年华东地区猪圆环病毒2型的分子流行病学分析 认领
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作者 王小敏 曹东阳 +1 位作者 徐祥兰 何孔旺 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期703-714,共12页
【目的】猪圆环病毒2型(PCV2)是严重危害世界养猪业的重要传染病,即猪圆环病毒相关疾病(PCVAD)的重要病原,其致病机制及流行规律尚未阐明。本研究对2010–2015年间采集自中国华东地区的病料进行PCV2检测,以探讨中国华东地区PCV2的分子... 【目的】猪圆环病毒2型(PCV2)是严重危害世界养猪业的重要传染病,即猪圆环病毒相关疾病(PCVAD)的重要病原,其致病机制及流行规律尚未阐明。本研究对2010–2015年间采集自中国华东地区的病料进行PCV2检测,以探讨中国华东地区PCV2的分子流行病学特征,分析PCV2的遗传演化规律。【方法】本研究利用PCR方法对384份断奶仔猪多系统衰竭综合征疑似发病猪样本进行检测,并对随机选取的42份阳性样品进行PCV2全基因组的测定和分析。【结果】华东地区普遍存在PCV2的感染,阳性率为41.15%。序列扩增获得42株PCV2全长基因组,同源性和系统进化树分析表明,基于PCV2 ORF2和全长核苷酸序列构建的系统进化树结构是基本一致的。从病料中测得的42株PCV2与11株参考毒株序列的ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为87.0%–100.0%和82.5%–100.0%。遗传进化分析显示,53株PCV2毒株可分为4个基因型,即PCV2a、PCV2b、PCV2c和PCV2d。本文获得的42株序列ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89.6%–100.0%和86.8%–100%,可分为3个基因型,即PCV2a、PCV2b和PCV2d,其中69.05%(29/42)属于PCV2d基因型,为优势基因型;PCV2b未在安徽和浙江出现。Cap蛋白的氨基酸序列分析表明,42株PCV2毒株总体多样性较低,存在4个主要的高变区,且不同基因型具有代表性突变位点。本研究获得的42株Cap序列在抗体识别的关键位点存在一定程度变异,这是否导致PCV2抗原结构、致病性以及疫苗效果的改变,还有待深入分析。【结论】2010–2015年间,PCV2在华东地区猪群中存在较高的感染率,遗传演化相对稳定,基因型无明显地域差异,且PCV2d为优势基因型。42株PCV2 Cap序列有明显差异,但同一基因型具有代表性突变位点。本研究为探讨华东地区PCV2的遗传进化和致病机理提供了参考依据。 展开更多
关键词 猪圆环毒2型 ORF2基因 分子流行病学 遗传变异
应用分子传播网络分析浙江省湖州市2017年新报告HIV感染者和艾滋病患者的传播特征 认领
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作者 陈婉君 潘晓红 +5 位作者 范钦 罗明宇 李婧 蒋均 杨中荣 张佳峰 《中华预防医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期1278-1283,共6页
目的应用分子传播网络分析浙江省湖州市新发现HIV感染者和艾滋病患者(HIV/AIDS)的传播特征。方法从"艾滋病综合防治数据信息管理系统"获取2017年新报告现住址在湖州市的HIV/AIDS为研究对象,并从系统中获得其人口学特征、感染... 目的应用分子传播网络分析浙江省湖州市新发现HIV感染者和艾滋病患者(HIV/AIDS)的传播特征。方法从"艾滋病综合防治数据信息管理系统"获取2017年新报告现住址在湖州市的HIV/AIDS为研究对象,并从系统中获得其人口学特征、感染相关危险因素等基本信息,采集研究对象全血6~8 ml,完成测序者共138例。使用MEGA 6.0软件构建邻接系统进化树进行亚型分析,使用TN93模型计算所有序列两两之间的基因距离,使用Cytoscape软件绘制筛选样本的分子传播网络图,对入网的主要传播簇病例开展专题流行病学调查,收集病例的基本特征,以及与HIV传播相关的信息。结果男性为123例(89.1%);19~24、25~39、40~59、≥60岁者分别为28(20.3%)、45(32.6%)、48(34.8%)和17例(12.3%)。亚型分析结果显示,CRF07_BC亚型所占比例最高,为43.5%(60例),其次为CRF01_AE亚型,为33.3%(46例),此外还发现4例CRF01_AE和CRF07_BC亚型的重组型,1例B和C亚型的重组型。以1.0%作为基因阈值构建分子传播网络,共形成18个分子簇,入网病例56例(40.6%),其中CRF07_BC亚型在网络中的构成比最高,为66.1%(37例);该亚型共形成了9个传播簇,占CRF07_BC亚型所有病例数的61.7%(37/60),其中最主要传播簇包含了11例病例,且有9例是经男男同性性行为感染的,发生首次男男性性行为的时间为2010—2016年,同性性伴网络数的M(P25,P75)为6(3.5,8.5)名,以安徽户籍且从事服装行业者(5例)居多;9例男男性行为对象中,8例通过手机软件寻找非商业临时性伴,1例通过公园寻找非商业临时性伴。结论湖州HIV亚型构成复杂多样,以CRF07_BC和CRF01_AE为主,主要传播簇本地新发感染构成比例高,且存在小范围特定人群的聚集现象。 展开更多
关键词 HIV 分子流行病学 分子分型 分子传播网络 传播特征
诺如病毒重组株GⅡ.P16-GⅡ.2在广州地区引起暴发的分子流行病学调查 认领
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作者 苏文哲 耿进妹 +7 位作者 赖赛麟 刘静雯 汪慧 陈纯 王大虎 狄飚 张周斌 谢华萍 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2019年第4期362-368,共7页
目的揭示2016年7月至2017年6月广州市诺如病毒暴发流行的源头及其规律。方法通过哨点医院和各级疾控中心收集病例信息和粪便标本,用荧光定量PCR方法对标本中的诺如病毒核酸进行检测,并对阳性标本核酸进行扩增和测序,通过BLAST比对寻找... 目的揭示2016年7月至2017年6月广州市诺如病毒暴发流行的源头及其规律。方法通过哨点医院和各级疾控中心收集病例信息和粪便标本,用荧光定量PCR方法对标本中的诺如病毒核酸进行检测,并对阳性标本核酸进行扩增和测序,通过BLAST比对寻找同源性最接近的参考序列并构建系统发生树。结果通过广州市感染性腹泻监测网络共收集标本854人份,患者男女性别比为1∶0.67,78.33%的病例为7岁以下学龄前儿童,共检出诺如病毒GII组核酸阳性220份(25.76%,合并GI组核酸阳性5份);2016年下半年流行的主要型别是GII.Pe-GII.4.Sydney_2012型(94.64%),2017年上半年流行的主要型别是GII.P16-GII.2型(67.65%)。2016年9月份开始广州市诺如病毒感染性腹泻疫情的报告数逐渐增多,至2017年2~3月份迎来发病高峰,4月份疫情报告数开始下降,5~6月份之后腹泻疫情报告数下降至2~3起/月。2016年9~11月份的暴发疫情均由GII.Pe-GII.4.Sydney_2012型引起;2016年12月至2017年4月的暴发疫情由GII.P16-GII.2型引起;部分疫点的厨工和保育员标本中有检出诺如病毒GII组阳性,且与病例标本的型别一致。结论2016至2017年冬春季节在广州地区暴发的诺如病毒疫情是诺如病毒重组株GII.P16-GII.2型在本地的首次暴发,各疫点间病毒基因序列同源性较高,提示可能是同一来源;部分疫点的厨工和保育员可能在部分疫情的扩散中扮演了重要的角色。 展开更多
关键词 诺如 感染性腹泻 分子分型 分子流行病学
SAT2型口蹄疫分子病原学与分子流行病学研究进展 认领
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作者 李国秀 丁耀忠 +4 位作者 李茜 马炳 代军飞 刘磊 张杰 《安徽农业科学》 CAS 2019年第19期4-6,共3页
口蹄疫是由口蹄疫病毒引起的一种人畜共患的高度接触性传染病。现已确定有7种病毒血清型,即O、A、C型,SAT1,SAT2,SAT3和Asia1型,SAT2至少由14个遗传拓扑型和3个血清亚型组成,SAT2主要流行于撒哈拉沙漠以南的非洲地区,主要感染野生动物... 口蹄疫是由口蹄疫病毒引起的一种人畜共患的高度接触性传染病。现已确定有7种病毒血清型,即O、A、C型,SAT1,SAT2,SAT3和Asia1型,SAT2至少由14个遗传拓扑型和3个血清亚型组成,SAT2主要流行于撒哈拉沙漠以南的非洲地区,主要感染野生动物尤其是非洲水牛,给发病地区的畜牧业带来了巨大的经济损失。主要从分子病原学和分子流行病学对SAT2口蹄疫研究情况进行综述,为SAT2型口蹄疫的防控提供了理论依据。 展开更多
关键词 SAT2型口蹄疫 分子 分子流行病学
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