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荸荠优良品种‘桂蹄3号’球茎发育过程转录组测序分析 预览
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作者 江文 何芳练 +4 位作者 黄诚梅 高美萍 董伟清 蒋慧萍 黄诗宇 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第4期757-762,共6页
【目的】开展荸荠球茎发育过程转录组测序研究,为研究荸荠球茎发育过程相关基因表达信息提供参考。【方法】运用高通量测序技术,对荸荠球茎不同发育时期进行转录组测序研究。【结果】组装共得到223182条转录本和90542条Unigene,平均长度... 【目的】开展荸荠球茎发育过程转录组测序研究,为研究荸荠球茎发育过程相关基因表达信息提供参考。【方法】运用高通量测序技术,对荸荠球茎不同发育时期进行转录组测序研究。【结果】组装共得到223182条转录本和90542条Unigene,平均长度为809bp,N50为1119。组装完整性较高,效果较好。对所得Unigene进行不同数据库注释,共有50583条Unigene成功注释到7个数据库(NR、GO、NT、Pfam、KEGG、KOG及Swiss-prot)。对差异表达基因分析,发现球茎膨大初期的差异表达基因数目最多,为最活跃阶段。GO功能富集分析结果表明,33205个基因获得功能注释,分为分子功能、细胞组分和生物学过程等3大类和54个亚类。COG功能分类结果表明,17743个基因分布于25个功能区域,其中碳水化合物代谢占重要地位。KEGG代谢通路注释结果表明有20667个基因获得功能注释,共有116条代谢途径,其中淀粉-蔗糖代谢占主要作用。【结论】利用高通量转录组测序技术首次建立了荸荠优良品种‘桂蹄3号’球茎的转录组数据库,为进一步研究荸荠球茎淀粉生物合成相关基因的功能及形成的分子机制提供了数据基础。 展开更多
关键词 荸荠 球茎 转录组测序 功能注释
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湖羊卵巢不同发育阶段的miRNA鉴定与分析 预览
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作者 解领丽 李嫒 +2 位作者 黄万龙 张秀秀 苗向阳 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1396-1404,共9页
旨在分析不同发育阶段绵羊卵巢组织中miRNA的表达水平,了解miRNA表达及其调控机理。本研究采用转录组测序技术鉴定1和8月龄湖羊卵巢组织中的miRNA,运用生物信息学方法对差异表达的miRNA进行靶基因预测,并对靶基因进行GO和KEGG功能注释,... 旨在分析不同发育阶段绵羊卵巢组织中miRNA的表达水平,了解miRNA表达及其调控机理。本研究采用转录组测序技术鉴定1和8月龄湖羊卵巢组织中的miRNA,运用生物信息学方法对差异表达的miRNA进行靶基因预测,并对靶基因进行GO和KEGG功能注释,筛选参与卵巢发育的miRNAs。结果显示,6个样品中检测到的已知miRNA个数分别为2 186、2 091、2 217、2 136、2 176、2 088,新miRNA的个数分别为613、567、668、640、662、450。筛选到701个差异表达novel miRNAs,38个差异表达已知miRNAs。对差异表达miRNAs的靶基因进行GO和KEGG分析,发现主要富集在血管内皮生长因子通路和卵巢类固醇生成等过程。对3个差异miRNAs进行qRT-PCR验证,与测序结果一致。oar-let-7b、oar-miR-29a、oar-miR-134-3p、oar-miR-541-3p等的靶基因富集在TGF-beta通路、卵巢卵泡生长等与卵巢发育相关的生物过程。oar-miR-148a、oar-miR-136的靶基因调控颗粒细胞增殖和类固醇生成,可能参与调控绵羊卵巢发育。 展开更多
关键词 MIRNA 卵巢 发育 功能注释 绵羊
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长白山猪苓与陕西猪苓的菌丝体转录组差异比较分析 预览
3
作者 任洁 李太元 +3 位作者 李艳茹 梁运江 赵洪颜 许广波 《延边大学农学学报》 2019年第3期1-8,共8页
长白山猪苓和陕西猪苓因地理隔离存在种间差异,为阐明长白山猪苓与陕西猪苓菌丝体间的基因表达特征,利用Illumina测序技术对长白山猪苓与陕西猪苓菌丝体的6份样品进行转录组测序,并对2种菌丝体的差异表达基因进行了比较分析。通过对转... 长白山猪苓和陕西猪苓因地理隔离存在种间差异,为阐明长白山猪苓与陕西猪苓菌丝体间的基因表达特征,利用Illumina测序技术对长白山猪苓与陕西猪苓菌丝体的6份样品进行转录组测序,并对2种菌丝体的差异表达基因进行了比较分析。通过对转录组原始数据进行数据质控共得到133 662个Transcript和20 999个Unigene。差异表达分析结果表明:与陕西猪苓菌丝体相比,长白山猪苓菌丝体共有5 881个表达差异基因出现,其中,上调基因有2 616个,下调基因有3 265个。差异基因GO注释分类表明,在细胞组分中,差异表达基因主要分布在膜、膜部分、细胞、细胞部分和细胞器;分子功能中,差异表达基因主要与催化活性、结合有关;而在生物学过程中,主要与代谢过程和细胞过程有关。差异表达基因KOG注释分类表明,差异表达基因主要与一般功能基因预测、蛋白质翻译后修饰与转运、伴侣蛋白,次生代谢产物的生物合成、转运和分解代谢,信号转导机制,脂质运输和新陈代谢,氨基酸转运和代谢等有关。差异表达基因KEGG分类表明,差异表达基因主要涉及到碳水化合物代谢,翻译,氨基酸代谢,脂质代谢,运输和分解代谢,信号转导,折叠、分拣和降解等。 展开更多
关键词 猪苓 菌丝体 转录组测序 差异表达基因 功能注释
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利用重测序–BSA分析鉴定金柑油胞发育相关基因
4
作者 刘梦雨 刘小丰 +5 位作者 江东 朱世平 申晚霞 余歆 薛杨 赵晓春 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期841-854,共14页
为了鉴定与金柑油胞发育相关的基因,用多油胞的罗纹金柑[Fortunella japonica(Thunb.)Swingle,母本]和少油胞的滑皮金柑(Fortunella crassifolia Swingle‘Huapi’,父本)进行杂交构建了F1代分离群体,从159个F1代单株中挑选出高油胞密度... 为了鉴定与金柑油胞发育相关的基因,用多油胞的罗纹金柑[Fortunella japonica(Thunb.)Swingle,母本]和少油胞的滑皮金柑(Fortunella crassifolia Swingle‘Huapi’,父本)进行杂交构建了F1代分离群体,从159个F1代单株中挑选出高油胞密度和低油胞密度的单株各30株,分别构建两个极端性状的DNA混池用于基因组重测序。利用重测序数据结合混合分组分析法(Bulked Segregant Analysis,BSA)进行遗传关联性分析,将控制油胞数量性状的位点定位在第9条染色体的25 980 001~29 160 001 bp的区域内。该区域包含511个有效的SNP,分布在301个基因位点上。同源性功能分析后获得11个与细胞程序性死亡、细胞壁功能和结构及细胞伸长和膨大等生理过程相关的候选基因(Ciclev10005243m.g、Ciclev10005288m.g、Ciclev10005338m.g、Ciclev10005441m.g、Ciclev10006448m.g、Ciclev10005804m.g、Ciclev10004719m.g、Ciclev10005888m.g、Ciclev10006502m.g、Ciclev10005197m.g和Ciclev10004431m.g),这些基因可能在柑橘油胞的发育过程中起重要作用。 展开更多
关键词 金柑 油胞发育 重测序–BSA分析 同源分析 功能注释
铁筷子嫩叶转录组信息及SSR标记初步分析
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作者 史小华 马广莹 +1 位作者 邹清成 田丹青 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期3297-3304,共8页
铁筷子是毛茛科植物,既是重要中药材,也是新兴的高档宿根花卉。本研究以中国原产铁筷子幼嫩叶片为试材,采用二代测序技术对材料进行转录组测序,通过对原始数据进行质量控制,并用Trinity软件等对处理后数据进行拼接,获得了高质量转录本和... 铁筷子是毛茛科植物,既是重要中药材,也是新兴的高档宿根花卉。本研究以中国原产铁筷子幼嫩叶片为试材,采用二代测序技术对材料进行转录组测序,通过对原始数据进行质量控制,并用Trinity软件等对处理后数据进行拼接,获得了高质量转录本和Unigenes。对Unigenes进行序列比对、功能注释和分类、基因编码区预测及单核苷酸多肽标记(SSR)分析,结果显示,本次测序共获得转录本94 067条,代表的Unigene共有70 119条;Unigenes在非冗余蛋白数据库(Nr)比对,E值得分最高的物种中,睡莲占比最高;Unigenes在GO分类中注释到46个次级功能条目,在KOG功能分类中"翻译后修饰,蛋白开关和分子伴侣"功能注释到的基因最多;通过Nr数据库和软件分析,共有58 403个基因编码区被预测到;同时软件分析共获得SSR分子标记9 057条。本研究较早地为铁筷子的分子研究提供了转录组数据,相关研究结果对促进今后铁筷子基因发掘、分子标记育种等工作将产生积极意义。 展开更多
关键词 铁筷子 转录组 SSR 功能注释
中国濒危植物金钱松转录组测序及生物信息学分析 预览
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作者 张文秀 张丽 +1 位作者 寇一翾 张志勇 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期761-772,共12页
金钱松是中国特有的孑遗单种属裸子植物,现存的自然种群数量很少,多被引种栽培,也是著名的庭院观赏树种。迄今为止,其遗传背景和基因组信息并不清楚,对于金钱松的保护及其遗传结构研究迫切需要基因组资源。采用Illumina HiSeqTM2500高... 金钱松是中国特有的孑遗单种属裸子植物,现存的自然种群数量很少,多被引种栽培,也是著名的庭院观赏树种。迄今为止,其遗传背景和基因组信息并不清楚,对于金钱松的保护及其遗传结构研究迫切需要基因组资源。采用Illumina HiSeqTM2500高通量测序平台对金钱松叶片进行转录组测序,经de novo组装共获得70 761条Unigene,平均长度为699 bp,N50的长度为1 300 bp,Q20和Q30序列分别占96.59%和91.29%。通过对7个不同的蛋白质和功能域数据库进行比对和功能注释,有43 674条Unigene(61.72%)注释成功。在GO数据库中,有28 355条Unigene按功能被划分成3大类56个小类,以执行生物过程的类区所占比例最多。通过KEGG pathway分析,有14 623条Unigene注释成功,发现了显著性富集的32条代谢通路,以代谢相关的基因最多。在KOG数据库中,有15 931条Unigene被分配到26个基因功能大类中,其中以参与一般功能、转录、翻译、修饰及蛋白运输的基因最为丰富。此外,利用MISA软件对转录组序列进行EST-SSR位点搜索与分析,共检测到2 260条Unigene含有2 462个EST-SSR位点,分布频率为3.48%,其中有180条序列含有一个以上EST-SSR位点,83条序列含有复合EST-SSR位点,以三核苷酸重复基元类型最为丰富,占42.53%(1 047个EST-SSR),重复次数主要以5~8次为主。这些重要的转录组序列为进一步了解金钱松生物学过程的分子机制提供了有价值的信息,并为未来的功能基因组分析、分子标记开发和群体遗传学分析提供了丰富的资源。 展开更多
关键词 金钱松 转录组 功能注释 生物信息学 EST-SSR
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基于转录组测序的云南‘火把梨’花青素相关基因分析
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作者 王大玮 沈兵琪 +1 位作者 周凡 周军 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1788-1795,共8页
本研究以云南‘火把梨’转色前后的梨果皮为试验材料,采用高通量测序技术(Illumina HiSeq TM 2000/MiSeq)对两种梨材料全转录功能基因组测序后组装,再通过GO、Swiss-Prot两大数据库进行花青素相关差异表达基因筛选,以了解可能与花青素... 本研究以云南‘火把梨’转色前后的梨果皮为试验材料,采用高通量测序技术(Illumina HiSeq TM 2000/MiSeq)对两种梨材料全转录功能基因组测序后组装,再通过GO、Swiss-Prot两大数据库进行花青素相关差异表达基因筛选,以了解可能与花青素合成相关的基因及其表达模式,同时将差异基因在NCBI数据库进行Blast序列比对,对其功能进行分析。最终共获得7.52 Gb数据,组装过滤后共获得75 227 538条Clean reads,3 920条差异表达基因,通过通路分析和Pathway功能注释,在花青素合成过程中的两条通路中共注释到30条与花青素合成相关的差异表达基因,初步对这些差异基因的功能进行鉴定和分析,对后期基因克隆及转基因等研究具有重要意义。 展开更多
关键词 花青素 转录组 功能注释
新疆褐牛产奶和繁殖性状候选基因功能注释 预览
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作者 卢鑫 周靖航 +7 位作者 杨朝云 张梦华 叶连萌 李叔臻 黄锡霞 马云 王兴平 史远刚 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第12期1987-1995,共9页
基于新疆褐牛产奶和繁殖性状全基因组关联分析研究结果,对候选基因进行生物信息学功能分析,进一步筛选出与新疆褐牛产奶和繁殖性状显著相关的关键基因。根据关联分析结果中显著单核苷酸多肽位点的物理位置共找到55个候选基因,其中49个... 基于新疆褐牛产奶和繁殖性状全基因组关联分析研究结果,对候选基因进行生物信息学功能分析,进一步筛选出与新疆褐牛产奶和繁殖性状显著相关的关键基因。根据关联分析结果中显著单核苷酸多肽位点的物理位置共找到55个候选基因,其中49个基因可在数据库中检索到相应功能注释信息。GO分类结果显示,这些基因涉及代谢、转录等30个GO条目;KEGG代谢通路富集分析结果显示,候选基因富集于7个通路中,其中基因数最多的是Wnt信号通路和钙黏素信号通路。通过查阅各候选基因相关研究进展和相关基因的生物学功能、生理生化分析,发现对产奶性状候选基因中的CDH 2、GABRG 2和繁殖性状候选基因中的EPRS基因可进行下一步的基因功能研究。 展开更多
关键词 新疆褐牛 全基因组关联分析 功能注释 产奶性状 繁殖性状
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利用基因组数据挖掘对人类长非编码RNA进行功能注释(英文)
9
作者 Brian L.GUDENAS Jun WANG +3 位作者 Shu-zhen KUANG An-qi WEI Steven B.COGILL Liang-jiang WANG 《浙江大学学报:B卷英文版》 SCIE CAS CSCD 2019年第6期476-487,共12页
越来越多证据表明RNA在生物系统中扮演着重要的角色,而这些发现支持了生命起源于RNA的假设。在人类基因组中,大部分的基因并不编码蛋白质,被称为非编码RNA基因。长非编码RNA(lncRNA)是其中最大的一类,其转录本长度大于200个核苷酸。虽... 越来越多证据表明RNA在生物系统中扮演着重要的角色,而这些发现支持了生命起源于RNA的假设。在人类基因组中,大部分的基因并不编码蛋白质,被称为非编码RNA基因。长非编码RNA(lncRNA)是其中最大的一类,其转录本长度大于200个核苷酸。虽然一些lncRNA已被证明是调控基因表达和3D基因组结构的重要元件,但是大部分lncRNA还未被研究和注释。本课题组利用大量基因组数据,提出一些基于数据挖掘和机器学习的方法,对人类lncRNA进行功能注释。我们与其他同领域课题组的近期研究结果表明,基因组数据挖掘可帮助加深对lnc RNA功能的理解,并为与疾病相关lncRNA的实验研究提供重要信息。 展开更多
关键词 长非编码RNA(lncRNA) 功能注释 基因组数据挖掘 机器学习
松萝凤梨转录组测序分析
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作者 金亮 田丹青 +3 位作者 詹书侠 安霞 葛亚英 王炜勇 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期3497-3506,共10页
松萝凤梨(Tillandsia usneoides)是空气凤梨的一种,可以“生长在空气中”,主要通过叶片吸收水分和养分。为探讨松萝凤梨叶片功能的遗传基础,本研究采用高通量测序技术对其叶片进行转录组测序。总计获得了62 779条单基因簇(Unigene)。对... 松萝凤梨(Tillandsia usneoides)是空气凤梨的一种,可以“生长在空气中”,主要通过叶片吸收水分和养分。为探讨松萝凤梨叶片功能的遗传基础,本研究采用高通量测序技术对其叶片进行转录组测序。总计获得了62 779条单基因簇(Unigene)。对所得Unigenes进行不同数据库注释,其中34 419条Unigenes在数据库中有注释,占总Unigenes数目的54.82%。在Nr、Nt和SwissProt数据库中,分别有7条、10条、13条Unigenes与根相关;GO数据库注释显示25 695条Unigenes分为细胞组分、分子功能及生物学过程等3大类55个功能组,其中与根相关Unigenes达到48条;KOG数据库中注释到的13 205条Unigenes功能系统分为26类;KEGG代谢通路分析表明,5 574个Unigenes涉及250条通路,其中34条Unigenes涉及景天酸代谢(CAM)途径。本研究结果为松萝凤梨分子生物学方面研究提供了一定的基础及参考。 展开更多
关键词 松萝凤梨 转录组 测序 基因分析 功能注释
基于转录组测序的铁皮石斛黄酮代谢途径及相关基因解析 预览
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作者 林江波 王伟英 +1 位作者 邹晖 戴艺民 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1019-1025,共7页
【目的】分析铁皮石斛Dendrobium officinale黄酮类化合物的生物合成途径及相关基因,为铁皮石斛黄酮类化合物代谢调控、药用价值的开发研究提供参考。【方法】利用Illumina HiSeq 4000测序平台对铁皮石斛2个生长阶段茎、叶进行高通量转... 【目的】分析铁皮石斛Dendrobium officinale黄酮类化合物的生物合成途径及相关基因,为铁皮石斛黄酮类化合物代谢调控、药用价值的开发研究提供参考。【方法】利用Illumina HiSeq 4000测序平台对铁皮石斛2个生长阶段茎、叶进行高通量转录组测序,对组装获得的unigenes进行功能注释和黄酮类化合物的生物合成相关基因解析。【结果】铁皮石斛黄酮类化合物代谢相关Unigenes 48个,涉及14个酶。5个CHS相关Unigenes具有CHSlike保守结构域,活性位点氨基酸残基(Cys-His-Asn)高度保守,丙二酰辅酶A结合位点和产物结合位点的部分氨基酸残基发生变异。CHI(Unigene0013781)属于类型I查尔酮异构酶,异构化6′-羟基查尔酮为5-羟基黄烷酮。表达分析表明,2个生长时期的茎和叶,CHS(Unigene0008250)、CHI(Unigene0013781)和F3H的表达量都高于CHS(Unigene0012884)和C3′H。【结论】通过对转录组数据分析,共获得铁皮石斛黄酮类化合物代谢相关Unigenes 48个,涉及14个酶;5个CHS相关Unigenes中,2个编码查尔酮合酶,3个编码联苄合酶;CHI(Unigene0013781)属于类型I查尔酮异构酶。 展开更多
关键词 铁皮石斛 转录组 黄酮 功能注释 表达 代谢
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野生矮牡丹高通量转录组测序分析 预览
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作者 黄春国 王炳华 +4 位作者 胡桃花 韩晓丽 李文广 李萍 郝兴宇 《激光生物学报》 CAS 2019年第4期360-367,共8页
为探究野生稷山矮牡丹(Paeonia jishanensis)花青素等抗氧化活性物质生物合成的遗传基础,本文采用高通量测序技术Illumina NextSeqTM500对其幼嫩叶片、嫩茎和花芽混合池样本进行转录组测序分析。共获得39450个unigene,其中3563个unigen... 为探究野生稷山矮牡丹(Paeonia jishanensis)花青素等抗氧化活性物质生物合成的遗传基础,本文采用高通量测序技术Illumina NextSeqTM500对其幼嫩叶片、嫩茎和花芽混合池样本进行转录组测序分析。共获得39450个unigene,其中3563个unigene中有4106个SSR位点。在Swiss Prot数据库中注释到29420个unigene,其中11个与花青素生物合成过程相关,22个与类黄酮生物合成过程相关,15个与异黄酮生物合成过程相关;NR数据库中注释高达100%,有12个与类黄酮生物合成相关,7个与花青素生物合成相关;GO数据库中注释到24291个unigene,分为生物学过程、细胞组分及分子功能等三大类53个功能组,有21个unigene与黄酮、黄酮醇及异黄酮生物合成有关,4个unigene与花青素合成有关;eggNOG数据库中注释到38238个unigene,涉及植物生长发育过程绝大多数生命活动过程;KEGG数据库注释到5709个unigene,分别定位到6大类别42个代谢途径,其中25个unigene与花青素生物合成相关。研究表明,在稷山矮牡丹转录组序列中,共鉴定和发掘出多个涉及类黄酮化合物生物合成、花青素生物合成过程的相关基因序列及SSR位点,为下一步开展相关代谢合成途径研究奠定了基础。 展开更多
关键词 稷山矮牡丹 转录组测序 基因分析 功能注释
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基于转录组测序技术的黄唇鱼SSR分子标记筛选 预览
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作者 赵彦花 区又君 +2 位作者 温久福 李加儿 周慧 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期2078-2087,共10页
【目的】筛选出可用于黄唇鱼(Bahaba flavolabiata)遗传资源评价及亲缘鉴定的SSR分子标记,为开展其保护遗传学研究打下基础。【方法】利用Illumina HiSeq 4000测序平台对野生黄唇鱼样本进行转录组测序,采用TGICL对转录组数据进行聚类去... 【目的】筛选出可用于黄唇鱼(Bahaba flavolabiata)遗传资源评价及亲缘鉴定的SSR分子标记,为开展其保护遗传学研究打下基础。【方法】利用Illumina HiSeq 4000测序平台对野生黄唇鱼样本进行转录组测序,采用TGICL对转录组数据进行聚类去冗余以获得Unigene,并通过生物信息学方法进行功能注释分类、代谢通路和SSR特征分析等。【结果】黄唇鱼混合组织的转录组测序共获得13.43 Gb数据,经组装并去冗余后获得65047条Unigenes。采用BLAST对组装获得的Unigenes进行七大功能数据库(NR、NT、GO、COG、KEGG、Swissprot和Interpro)注释,结果共有55583条Unigenes被注释(占85.45%)。通过MISA对黄唇鱼的Unigene进行SSR搜索,共检测到29797个SSR位点分布于19664条Unigenes中。SSR位点分布类型及其特征分析结果显示,最主要的重复类型为二核苷酸重复基元(11855个,占39.79%),其次是单核苷酸重复基元(9695个,占32.54%)和三核苷酸重复基元(6663个,22.36%),而四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复基元的数量相对较少。二核苷酸重复基元类型中重复最多的基序是AC/GT(8355条),在三核苷酸重复基元类型中重复最多的基序是AGG/CCT(1866条)。从随机选取的186对SSR引物中,最终筛选出47对扩增稳定性好且具有多态性的SSR引物,以二核苷酸和四核苷酸重复基元的扩增结果居多。【结论】通过转录组测序能有效筛选出具有多样性的黄唇鱼SSR分子标记,可为黄唇鱼的遗传多样性分析、亲缘鉴定和遗传图谱构建等后续研究提供基础资料。 展开更多
关键词 黄唇鱼 SSR分子标记 转录组测序 功能注释 多态性
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菊叶香藜转录组单核苷酸多态性(SNP)信息挖掘及功能注释分析 预览
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作者 付苏宏 雷鸣 +2 位作者 张勇群 施静 郝豆豆 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第4期734-740,共7页
【目的】挖掘菊叶香藜转录组数据中的SNP信息,对具有SNP位点的unigene(SNP-unigene)进行功能注释分析,为菊叶香藜SNP分子标记的开发提供理论依据。【方法】利用Samtools和VarScanv.2.2.7软件寻找候选的SNP位点,并对SNP-unigene进行GO注... 【目的】挖掘菊叶香藜转录组数据中的SNP信息,对具有SNP位点的unigene(SNP-unigene)进行功能注释分析,为菊叶香藜SNP分子标记的开发提供理论依据。【方法】利用Samtools和VarScanv.2.2.7软件寻找候选的SNP位点,并对SNP-unigene进行GO注释、COG注释和KEGG注释。【结果】在菊叶香藜花和叶转录组中,分别鉴定出了889个和673个SNP位点,转换分别占63.0%和62.7%,颠换分别占37.0%和37.3%,转换和颠换的比值分别为1.70和1.68,非编码区分别占21.15%和21.10%,编码区分别占67.27%和67.46%。菊叶香藜所有SNP位点分布于643条SNP-unigene上,功能注释结果显示,总共有343条SNP-unigene具有GO注释,370条SNP-unigene具有COG注释,232条SNP-unigene具有KEGG注释,这些SNP-unigene涉及较多的功能主要与代谢、核糖体、次生代谢产物的生物合成相关。【结论】本研究通过大规模地筛选菊叶香藜中的候选SNP位点,可以为研究菊叶香藜基因分型、构建遗传图谱等方面奠定基础,对于开发利用菊叶香藜植物资源具有重要的价值。 展开更多
关键词 菊叶香藜 SNP 转录组 功能注释
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小麦基因组学研究进展 预览 被引量:1
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作者 刘淑娟 朱艳 +4 位作者 张晓军 李欣 郭慧娟 畅志坚 乔麟轶 《山西农业科学》 2018年第3期458-460,482共4页
由于小麦基因组庞大而且高度重复,其基因组学相关研究一度落后于水稻和玉米等二倍体作物。随着近年来测序组装、基因编辑等技术的快速发展,小麦正式步入了以基因组功能表征为中心的新时期,这将有力促进小麦功能基因的克隆,并揭示其在不... 由于小麦基因组庞大而且高度重复,其基因组学相关研究一度落后于水稻和玉米等二倍体作物。随着近年来测序组装、基因编辑等技术的快速发展,小麦正式步入了以基因组功能表征为中心的新时期,这将有力促进小麦功能基因的克隆,并揭示其在不同材料间的变异类型。阐述了小麦基因组测序、功能注释、基于NGS的遗传学和功能基因组学4个方向的研究进展,以期为小麦基础研究和分子育种提供参考信息。 展开更多
关键词 小麦 功能基因组学 功能注释 基因编辑
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脑卒中lncRNA与mRNA表达谱分析
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作者 王玺 王凡 +1 位作者 宁浩宇 白雪峰 《智慧健康》 2018年第7期5-8,共4页
本文研究差异表达的lncRNAs、mRNAs在脑卒中疾病中的调控机理。对脑卒中表达谱进行分析,建立了lncRNA-mRNA疾病网络,利用cytoscape发现了五个与疾病相关的重要模块。对五个模块进行功能注释,发现多个模块中出现重复的功能注释,其中代谢... 本文研究差异表达的lncRNAs、mRNAs在脑卒中疾病中的调控机理。对脑卒中表达谱进行分析,建立了lncRNA-mRNA疾病网络,利用cytoscape发现了五个与疾病相关的重要模块。对五个模块进行功能注释,发现多个模块中出现重复的功能注释,其中代谢相关功能在多个模块重复出现,与脑卒代谢中密切相关;多个模块注释到转录调控功能,表明基因通过协同作用行使功能调控脑卒中,通过本文的研究得到lncRNAs与mRNAs协同作用的一些结果,为临床治疗研究提供科学的理论依据。 展开更多
关键词 脑卒中 lncRNAs MRNAS 功能注释
副溶血弧菌菌株229基因组测序及其致病因子的注释
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作者 林毅英 潘力 +1 位作者 吴清平 王斌 《现代食品科技》 北大核心 2018年第5期76-80,共5页
本文对从冰冻海鱼中分离到的副溶血弧菌菌株229进行基因组测序,并对注释的基因进行功能聚类分析,以分析其致病因子,为研究其致病机制提供基因组全局水平的数据支持。完成了副溶血弧菌菌株229的基因组测序及组装,所得基因组4.97 Mb,GC含... 本文对从冰冻海鱼中分离到的副溶血弧菌菌株229进行基因组测序,并对注释的基因进行功能聚类分析,以分析其致病因子,为研究其致病机制提供基因组全局水平的数据支持。完成了副溶血弧菌菌株229的基因组测序及组装,所得基因组4.97 Mb,GC含量为43.90%。基因注释获得4940个蛋白质编码基因(CDS),其中1304个CDS具有GO功能注释。WEGO注释显示大量CDS对于副溶血弧菌入侵宿主及随后的代谢过程发挥重要作用。获得了与副溶血弧菌致病性相关的致病因子,包括溶血素(hemolysin)、Ⅲ型因子(TypeⅢsecretion system,TTSS),这些因子位于不同的染色体位点,形成独立的致病因子簇。副溶血弧菌菌株229基因组组装和功能注释为研究副溶血弧菌致病性的遗传学基础提供了有价值的数据。 展开更多
关键词 副溶血弧菌 基因组测序 致病因子 功能注释
云南干热河谷地区余甘子转录组分析 预览
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作者 刘雄芳 李太强 +5 位作者 李正红 万友名 刘秀贤 张序 安静 马宏 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2018年第5期1-8,共8页
[目的]对云南干热河谷地区余甘子转录组特征进行描述,旨在为余甘子微卫星标记的开发和功能基因的挖掘提供较全面的背景信息。[方法]采用Illumina Hiseq 4000测序平台对余甘子叶片进行转录组测序,对原始数据进行过滤、de novo组装及聚类... [目的]对云南干热河谷地区余甘子转录组特征进行描述,旨在为余甘子微卫星标记的开发和功能基因的挖掘提供较全面的背景信息。[方法]采用Illumina Hiseq 4000测序平台对余甘子叶片进行转录组测序,对原始数据进行过滤、de novo组装及聚类去冗余等处理后,再与公共数据库进行比对,对Unigenes进行基本功能注释、CDS预测、TF编码能力预测及R-Gene预测等分析。[结果]本研究共获得10. 52 Gb的Clean reads,Q20、Q30分别为98. 47%、95. 28%。组装并去冗余后获得76 881条Unigenes,平均长度、N50分别为713、1 257 nt。通过与NR、COG、KEGG和Swiss Prot数据库进行比对,44 768条Unigenes获得功能注释。余甘子转录组Unigenes根据COG功能注释信息大致分为25类;按GO功能注释信息划分为生物学过程、细胞组分和分子功能3大类47亚类;参考KEGG注释信息,可归为6大代谢通路、21类代谢途径,其中约3/5为代谢相关通路。根据以上注释结果共检测出42 953个CDS,其余未比对上的Unigenes用ESTScan预测后得到2 058个CDS。同时,预测到56个TF家族以及18种RGene。[结论]本研究获得的余甘子转录组Unigenes序列的组装质量较高、完整性较好、基因丰富、功能多样,极大地扩充了余甘子基因信息库,为今后余甘子乃至叶下珠属植物功能基因挖掘、抗性机理分析、分子标记开发、分子辅助育种等研究提供了重要的基础数据。 展开更多
关键词 余甘子 转录组 UNIGENE 功能注释 编码序列 转录因子 抗性基因
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肥胖患者内脏脂肪细胞来源的外泌体miRNAs表达谱分析 预览
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作者 郭磊 吕静 +4 位作者 刘继军 黄云飞 王阳阳 王冀邯 赵和平 《国际检验医学杂志》 CAS 2018年第21期2604-2609,共6页
目的探讨肥胖人群内脏脂肪细胞分泌的外泌体中miRNAs表达谱的改变,寻找与肥胖相关的差异表达miRNAs,为肥胖及其相关疾病发病机制的探讨和有效预防提供理论基础。方法运用R/Bioconductor软件平台对美国国立生物技术信息中心(NCBI)公共数... 目的探讨肥胖人群内脏脂肪细胞分泌的外泌体中miRNAs表达谱的改变,寻找与肥胖相关的差异表达miRNAs,为肥胖及其相关疾病发病机制的探讨和有效预防提供理论基础。方法运用R/Bioconductor软件平台对美国国立生物技术信息中心(NCBI)公共数据平台中的GEO芯片数据集GSE50574进行差异miRNAs表达谱分析,使用3个主要的生物信息学网站(Target Scan、miRDB和miRWalk)对差异表达miRNAs进行靶基因预测,基于Cytoscape软件构建差异表达miRNAs-targetgenes调控网络,通过DAVID注释工具对网络中的基因进行功能注释。结果与健康对照相比,肥胖患者内脏脂肪细胞分泌的外泌体miRNAs表达谱显示19个miRNAs表达水平发生显著变化(倍数改变>2,P<0.05),其中1个miRNA表达水平上调,18个miRNAs表达水平下调。借助于miRNA靶基因预测网站对19个差异表达miRNAs靶基因进行预测,共得到潜在靶基因919个。分别对表达上调和下调的两组差异表达miRNAs及其靶基因进行调控网络图的绘制和DAVID功能注释,结果提示上调组miRNA分别参与了3个KEGG通路和17个基因本体论(GO)_生物学过程(BP)、5个GO_细胞组分(CC)、9个GO_分子功能(MF)注释条目(P<0.05),下调组miRNAs分别参与了13个KEGG通路和73个GO_BP、18个GO_CC、30个GO_MF注释条目(P<0.05)。结论肥胖患者内脏脂肪细胞分泌的外泌体miRNAs表达谱系与健康对照具有显著差异。借助高通量组学和相关数据库的联合运用,对内脏脂肪细胞及其功能作用有了更深入的了解,并为肥胖及肥胖相关疾病的发病机制研究提供了新的视角。 展开更多
关键词 肥胖 内脏脂肪 外泌体 MIRNAS 功能注释
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黄秋葵花和果荚转录组测序及类黄酮代谢差异表达分析 预览
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作者 姚运法 张少平 +3 位作者 练冬梅 赖正锋 黄慧明 洪建基 《西北植物学报》 CSCD 北大核心 2018年第11期2000-2009,共10页
采用IlluminaHi-seq2500转录组高通量测序,构建黄秋葵花和果荚转录组文库,并利用测序评估、差异基因功能注释等生物信息学方法进行分析。研究结果表明:(1)分别获得黄秋葵花和果荚有效数据7.12Gb和8.14Gb,碱基百分比(Q30)均达到91.0%以上... 采用IlluminaHi-seq2500转录组高通量测序,构建黄秋葵花和果荚转录组文库,并利用测序评估、差异基因功能注释等生物信息学方法进行分析。研究结果表明:(1)分别获得黄秋葵花和果荚有效数据7.12Gb和8.14Gb,碱基百分比(Q30)均达到91.0%以上。(2)获得差异表达基因(DEGs)1336个,其中上调基因319个,下调基因1017个。(3)获得功能注释的基因有1131个,GO将455注释基因归成41个功能小类,主要涉及代谢过程、催化活性、单一生物过程和细胞过程等过程;KOG注释了472个DEGs,涉及23个功能分类,其中与次生代谢直接相关过程O和Q类别获得111个注释结果;KEGG将372个DEGs注释到80条代谢通路中,获得F3H、F3′5′H、DFR、ANR、ANS、GT、LAR共10个关键差异基因,其中F3H、DFR在黄秋葵花中表现上调效应,F3′5′H、ANR、LAR在黄秋葵果荚中表现显著上调效应,ANS、GT则分别在花和果荚中均有上调或下调效应。(4)实时定量PCR分析显示,其中7个差异表达基因得到的相对表达量与转录组表达谱分析趋势完全一致。(5)类黄酮代谢途径分析表明,黄秋葵花通过F3H、DFR、ANS、GT途径将NAR催化为生成花青素苷;果荚则将NAR通过F3′5′H将催化为DHM,后在FLS催化下生成黄酮醇类物质等;部分NAR在F3H、DFR催化下,生成无色飞燕草素苷元,再分别在ANS、LAR作用下,进入花青素苷元和原花青素合成途径。该研究结果丰富了黄秋葵转录组信息,为黄秋葵类黄酮物质纯化和功能利用提供参考依据。 展开更多
关键词 黄秋葵 转录组 功能注释 差异表达基因 黄酮代谢
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