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儿童单倍型造血干细胞移植后HHV-6病毒性脑炎二例报告并文献复习
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作者 罗静 程翼飞 +3 位作者 闫晨华 王昱 何春玲 黄晓军 《中华血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期152-155,共4页
人类疱疹病毒6型(HHV-6)属于人疱疹病毒β-疱疹病毒科,大多数3岁以内的儿童会感染HHV-6,且在初次感染后进入潜伏期。HHV-6可在免疫受损的宿主中再活化。一般来说,造血干细胞移植(HSCT)后HHV-6再激活的发生率为30%~70%[1],脐血干细胞移植... 人类疱疹病毒6型(HHV-6)属于人疱疹病毒β-疱疹病毒科,大多数3岁以内的儿童会感染HHV-6,且在初次感染后进入潜伏期。HHV-6可在免疫受损的宿主中再活化。一般来说,造血干细胞移植(HSCT)后HHV-6再激活的发生率为30%~70%[1],脐血干细胞移植(CBT)后的发生率会更高。大部分患者移植后HHV-6再激活表现为HHV-6血症,仅少数患者发生HHV-6相关脑炎。CBT患者HHV-6脑炎的发生率为4.9%~21.4%,在非CBT患者中发生率为0~11.6%[2]。目前国内单倍型HSCT(haplo-HSCT)蓬勃发展,但haplo-HSCT后HHV-6脑炎具体发生率缺乏相关数据。我们报告2例haplo-HSCT后HHV-6脑炎诊治经过,对移植后HHV-6脑炎进行文献复习。 展开更多
关键词 造血干细胞移植 HHV-6 病毒性脑炎 文献复习 移植后 单倍型 儿童 人类疱疹病毒6型
山东汉族人群中13个快速突变(RM)Y-STR基因座的多态性 预览
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作者 陈玉玲 李敏 +6 位作者 赵珍敏 李亚男 包云 盛翔 朱如心 王亚丽 马兴元 《人类学学报》 CSSCI CSCD 北大核心 2019年第2期292-303,共12页
本研究旨在调查13个快速突变Y染色体STR基因座(RMY-STR)在山东汉族人群中的等位基因频率以及遗传多态性。采集154个山东无关男性个体FTA卡血液样本。采用13个RMY-STRPCR复合扩增体系进行扩增以及AB3130XL遗传分析仪进行Y-STR分型,并对... 本研究旨在调查13个快速突变Y染色体STR基因座(RMY-STR)在山东汉族人群中的等位基因频率以及遗传多态性。采集154个山东无关男性个体FTA卡血液样本。采用13个RMY-STRPCR复合扩增体系进行扩增以及AB3130XL遗传分析仪进行Y-STR分型,并对分型结果进行相关统计,检测13个RMY-STR位点遗传多态性分布。本研究在13个基因座上共检测出331个等位基因,基因型多态性(GD)分布在0.7643(DYS576)~0.9946(DYF399S1abc)之间。通过13个RMY-STR基因座在154名山东汉族男性无关个体中共检测出154种单倍型,无共享单倍型现象出现。总的单倍型多样性(HD值)为1,识别能力(DC值)为1。故13个RMY-STR基因座组成的分型系统在山东汉族人群中表现出很强的个体识别能力,具有重要的法医学应用价值。 展开更多
关键词 快速突变 遗传多态性 单倍型 山东 Y染色体
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ATG5基因启动子区域单核苷酸多态性与急性心肌梗死的相关性分析 预览
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作者 张业欣 马如超 +3 位作者 杨文涛 逄淑超 崔英华 闫波 《临床检验杂志》 CAS 2019年第2期87-91,共5页
目的探讨自噬相关蛋白5(autophagy-related protein,ATG5)基因启动子序列单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)与急性心肌梗死(acute myocardial infarction,AMI)的关系。方法采用PCR和Sanger基因测序法检测ATG5基因... 目的探讨自噬相关蛋白5(autophagy-related protein,ATG5)基因启动子序列单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)与急性心肌梗死(acute myocardial infarction,AMI)的关系。方法采用PCR和Sanger基因测序法检测ATG5基因启动子序列SNPs;通过卡方检验、Logistic回归分析及单倍型分析法对378例AMI患者和374例健康对照人群的SNPs进行分型和关联分析。结果发现ATG5基因启动子序列中的2个SNPs:rs506027[OR=1.4,95%CI(0.6~3.0),P=0.411]和rs510432[OR=1.6,95%CI(0.7~3.4),P=0.275]并未增加AMI的易感性,且未发现该2个SNPs与AMI相关的单倍型。结论ATG5基因启动子多态性与AMI易感性无关。 展开更多
关键词 心肌梗死 自噬 自噬相关蛋白5 单核苷酸多态性 单倍型
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基于线粒体COⅠ、Cytb和COⅡ基因的中国草地螟不同地理种群遗传分化分析 预览
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作者 呼晓庆 杨兆富 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期720-733,共14页
【目的】揭示中国草地螟Loxostege sticticalis不同地理种群的遗传分化程度。【方法】采用PCR技术扩增中国西北和华北地区草地螟11个地理种群的线粒体COⅠ,Cytb和COⅡ基因序列,基于其序列变异及单倍型贝叶斯系统发育树和单倍型网络图分... 【目的】揭示中国草地螟Loxostege sticticalis不同地理种群的遗传分化程度。【方法】采用PCR技术扩增中国西北和华北地区草地螟11个地理种群的线粒体COⅠ,Cytb和COⅡ基因序列,基于其序列变异及单倍型贝叶斯系统发育树和单倍型网络图分析,探讨不同地理种群间的遗传距离、分子系统发生关系及遗传分化程度。【结果】草地螟11个地理种群的线粒体COⅠ,Cytb和COⅡ基因序列分别有24, 12和69个变异位点(分别占总序列的3.6%, 2.7%和8.8%),检测到的单倍型分别为22, 14和16个,单倍型多样度(Hd)分别为0.7600, 0.5842和0.7341,核苷酸平均差异度(K)分别为1.704, 0.752和3.997,不同单倍型间的遗传距离平均值分别为0.004, 0.005和0.013。总种群的Tajima’s D和Fu’s Fs值皆不显著,表明草地螟不同地理种群间的遗传分化不明显,群体大小稳定。根据各地理种群的单倍型建立的系统发育树和单倍型网络图表明,各单倍型散布在不同的地理种群中,无明显的地理分布格局。【结论】草地螟各地理种群的遗传距离与地理距离间不具有显著的相关性,其遗传分化不明显。 展开更多
关键词 草地螟 线粒体基因 地理种群 遗传分化 系统发育树 单倍型 中国
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福建省白纹伊蚊mtDNA-CO1基因的系统发育分析
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作者 游丽斌 李玉伟 +2 位作者 王金章 阚乃鹏 张拥军 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2019年第5期521-524,共4页
目的调查福建省不同地域白纹伊蚊线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(mtDNA-CO1)基因的遗传多态性和系统发育关系。方法2015-2017年采集福建省15个媒介监测点的白纹伊蚊成蚊和幼虫样品,提取基因组DNA,扩增全长mtDNA-CO1基因片段并测序,应用Mega... 目的调查福建省不同地域白纹伊蚊线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(mtDNA-CO1)基因的遗传多态性和系统发育关系。方法2015-2017年采集福建省15个媒介监测点的白纹伊蚊成蚊和幼虫样品,提取基因组DNA,扩增全长mtDNA-CO1基因片段并测序,应用Mega6.0和DnaSP5.0软件做基因特征分析和系统发育分析。结果新得到54份白纹伊蚊mtDNA-CO1基因片段序列,用于分析的片段长度为1388 bp。样本间多序列比对显示8个核苷酸差异位点,单倍型多样性为0.746,核苷酸多样性为0.126%。根据单倍型参考序列构建系统发育树,确定福建省白纹伊蚊存在9种单倍型,即:H01、H02、H03、H04、H08、H09、H12、H17、H23,另有6条序列无法确定单倍型。结论根据mtDNA-CO1基因多样性,2015-2017年福建省媒介监测点采集白纹伊蚊分属9种单倍型,这对于当地白纹伊蚊的种群进化研究及相关虫媒病毒病防控具有重要参考价值。 展开更多
关键词 白纹伊蚊 线粒体细胞色素C氧化酶亚基I 单倍型 系统发育分析 遗传多样性
入侵重庆地区的草地贪夜蛾种群生物型鉴定 被引量:1
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作者 唐运林 顾偌铖 +10 位作者 吴燕燕 邹祥明 张祯 牛小慧 王泽乐 陈洁 李田 李春峰 韦俊宏 潘国庆 周泽扬 《西南大学学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1-7,共7页
草地贪夜蛾是一种跨国迁飞性农业重大害虫,目前已在重庆的巫山、巫溪、云阳、北碚、潼南等地区出现并有迁飞的趋势.利用两个分子标记基因COI和Tpi对重庆地区采集的样本进行遗传特征比较,结果表明COI基因的亚型全为“水稻型”,而Tpi基因... 草地贪夜蛾是一种跨国迁飞性农业重大害虫,目前已在重庆的巫山、巫溪、云阳、北碚、潼南等地区出现并有迁飞的趋势.利用两个分子标记基因COI和Tpi对重庆地区采集的样本进行遗传特征比较,结果表明COI基因的亚型全为“水稻型”,而Tpi基因的亚型既有“水稻型”又有“玉米型”,说明入侵到重庆地区的草地贪夜蛾来源可能并不单一,暗示了重庆地区的草地贪夜蛾有可能存在分化为“水稻型”的风险.分析了入侵重庆地区的草地贪夜蛾相关的遗传特征,其结果不仅有助于认识草地贪夜蛾在中国大面积迁飞过程中发生的种群差异变化,也有利于农业部门根据重庆地区的地理环境属性,开展有针对性的监测防控工作. 展开更多
关键词 重庆地区 草地贪夜蛾 单倍型 水稻型 玉米型
反义非编码RNA ANRIL对脑梗死发病的影响 预览
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作者 陈小灵 熊利 +1 位作者 张波 柳华 《海南医学院学报》 CAS 2019年第15期1135-1140,共6页
目的:使用单核苷酸多态性(SNP)分析ANRIL基因与汉族人群动脉粥样硬化性脑梗死(ATS)的相关性。方法:选择2012年1月~2013年12月期间住院的四川地区汉族缺血性脑卒中(IS)人群为研究对象,同期健康体检的年龄、性别匹配人群作为对照组,使用... 目的:使用单核苷酸多态性(SNP)分析ANRIL基因与汉族人群动脉粥样硬化性脑梗死(ATS)的相关性。方法:选择2012年1月~2013年12月期间住院的四川地区汉族缺血性脑卒中(IS)人群为研究对象,同期健康体检的年龄、性别匹配人群作为对照组,使用候选基因关联研究方法,分析ATS发病与ANRIL基因的相关性,也进行了性别和年龄(<45和≥45岁)亚组分析,同时探讨基因-环境交互作用。结果:200例ATS患者和205例健康对照纳入研究。发现血脂异常(总体人群,OR=15.538,P<0.001),rs2184061和rs7044859多态位点的AA基因型增加了总体人群和45岁以上人群ATS发病风险(rs2184061,总体人群:OR=1.635,P=0.034;≥45岁:OR=1.749,P=0.023;rs7044859,总体人群:OR=1.657,P=0.029;≥45岁:OR=1.721,P=0.027),AAAGAT单倍型与男性,女性和45岁以上人群ATS发病显著相关(男:OR=4.697,P=0.0003;女:OR=3.113,P=0.028;≥45岁:OR=3.376,P=0.0002);同时发现,血脂异常、rs7044859和rs10757269之间的交互作用与ATS发病具有相关性(P=0.0101)。结论:血脂异常和ANRIL基因与四川地区汉族人群ATS发病风险相关。 展开更多
关键词 缺血性脑卒中 动脉粥样硬化性脑梗死 ANRIL基因 单核苷酸多态性 单倍型 交互作用
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玉米抗圆斑病基因ZmHM1的序列变异分析 预览
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作者 张萌 吕莹莹 +4 位作者 张晗菡 徐敏 吴雪怡 梁文静 张恩盈 《青岛农业大学学报:自然科学版》 2019年第4期235-240,共6页
玉米ZmHM1基因编码HC毒素还原酶,具有玉米圆斑病抗性,目前对该基因的研究大多停留在功能,该基因的序列变异分析鲜有报道。本研究在62份玉米常用自交系中,对该基因进行定点捕获重测序,获得了全长2 889 bp的基因序列,其中包含1 026 bp的... 玉米ZmHM1基因编码HC毒素还原酶,具有玉米圆斑病抗性,目前对该基因的研究大多停留在功能,该基因的序列变异分析鲜有报道。本研究在62份玉米常用自交系中,对该基因进行定点捕获重测序,获得了全长2 889 bp的基因序列,其中包含1 026 bp的启动子区段,核苷酸多态性结果显示,该基因共有144个变异位点,变异类型均为SNP,无Indel位点。根据该基因全长变异位点,划分为44种单倍型。编码区共检测到37个SNP位点,将其划分为25种编码区单倍型,为非同义突变。中性检测结果表明该基因在供试群体中没有受到明显的人工选择信号。 展开更多
关键词 玉米 ZmHM1基因 序列多态性 单倍型
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玉米花序发育相关基因ZmSPI1的序列变异分析 预览
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作者 吕莹莹 张萌 +5 位作者 吴雪怡 张晗菡 何欢 梁文静 宋希云 张恩盈 《青岛农业大学学报:自然科学版》 2019年第4期241-246,279,共7页
玉米ZmSPI1基因编码的黄素单加氧酶,是单子叶植物特有的,该基因通过参与生长素的合成过程,从而影响花序的发育。本研究在103份玉米自交系中,对该基因进行重测序,获得了全长序列1 849 bp。核苷酸多态性分析发现,该基因共检测到43个变异位... 玉米ZmSPI1基因编码的黄素单加氧酶,是单子叶植物特有的,该基因通过参与生长素的合成过程,从而影响花序的发育。本研究在103份玉米自交系中,对该基因进行重测序,获得了全长序列1 849 bp。核苷酸多态性分析发现,该基因共检测到43个变异位点,变异类型均为SNP。该基因编码区具有6个SNP位点,划分成9种编码区单倍型,均为同义突变。中性检测结果表明该基因在供试群体中没有受到明显的人工选择信号。 展开更多
关键词 玉米 ZmSPI1基因 序列多态性 单倍型
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谷子种子白发病菌带菌检测及种群多态性分析
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作者 宋振君 李志勇 +3 位作者 王永芳 任世龙 白辉 董志平 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期651-657,共7页
为检测不同地区谷子种子携带白发病菌Sclerospora graminicola的情况以及种群多态性,以我国谷子不同主产区收集的95份代表性谷子品种种子为材料,提取种子基因组DNA并作模板,利用白发病菌28S rRNA序列设计特异性引物进行PCR扩增,将所获得... 为检测不同地区谷子种子携带白发病菌Sclerospora graminicola的情况以及种群多态性,以我国谷子不同主产区收集的95份代表性谷子品种种子为材料,提取种子基因组DNA并作模板,利用白发病菌28S rRNA序列设计特异性引物进行PCR扩增,将所获得的PCR产物测序后与白发病菌28S rRNA序列进行比对。结果表明,特异性引物Sg-28S-403-F/Sg-28S-1221-R对白发病菌具有高度的特异性,扩增出819 bp的特异性目标片段,有效检测灵敏度为0.125 ng/μL。在95份谷子种子中,26份种子检测出特异性扩增条带,所有扩增条带对应序列与白发病菌28S rRNA序列的相似性达98%以上,并且带菌种子全部来自春谷区。分析26份阳性样品的28S rRNA序列,得到58个变异位点和34种单倍型,其中单倍型SG2出现频率最高,内蒙古、陕西、山西、河北和辽宁省区的白发病菌都具有该单倍型,表明不同地理来源的白发病菌28S rRNA序列存在差异,SG2为优势单倍型。 展开更多
关键词 谷子 白发病菌 种子带菌 聚合酶链式反应 单倍型
HLA基因与常见自身免疫病相关性研究进展 预览
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作者 杜娟 姚新生 于红松 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期118-122,128共6页
自身免疫病(Autoimmune diseases,AIDs)是一类严重危害人类身体健康的复杂疾病,病因涉及遗传、免疫和环境各个方面。人类白细胞抗原(Human leukocyte antigen,HLA)基因是自身免疫病的主要遗传风险因素,目前已鉴定了多个HLA位点参与自身... 自身免疫病(Autoimmune diseases,AIDs)是一类严重危害人类身体健康的复杂疾病,病因涉及遗传、免疫和环境各个方面。人类白细胞抗原(Human leukocyte antigen,HLA)基因是自身免疫病的主要遗传风险因素,目前已鉴定了多个HLA位点参与自身免疫病的发生发展过程。本文主要综述HLA基因多态性及单倍型与常见自身免疫病发生的相关性研究进展。 展开更多
关键词 HLA 自身免疫病 多态性 单倍型 相关性
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我国花绒寄甲不同寄主种群的遗传分化 预览
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作者 姜嫄 张翌楠 +1 位作者 李志强 杨忠岐 《中国生物防治学报》 CSCD 北大核心 2019年第4期548-556,共9页
寄生不同天牛种的花绒寄甲Dastarcus helophoroides Fairmaire经鉴定虽为同一种,但却表现出对其自身寄主的嗜好性,而对其他寄主趋性很弱。为明确其是否已分化为不同寄主种群,本文利用线粒体COI与ND5基因片段研究我国花绒寄甲6种寄主种... 寄生不同天牛种的花绒寄甲Dastarcus helophoroides Fairmaire经鉴定虽为同一种,但却表现出对其自身寄主的嗜好性,而对其他寄主趋性很弱。为明确其是否已分化为不同寄主种群,本文利用线粒体COI与ND5基因片段研究我国花绒寄甲6种寄主种群间的遗传分化。mt DNA-COI基因片段的分子变异分析结果显示,相同寄主种群内变异占总变异的75.64%,明显高于不同寄主种群间变异,Fst值为0.24358,相同寄主种群内个体间存在明显地遗传分化。最大相似法系统发育分析结果与6种不同寄主种群不符;mt DNA-ND5基因片段的分子变异分析结果显示,相同寄主种群内部变异占总变异的88.14%,明显高于不同寄主种群间变异,Fst值为0.11861,种群内个体间存在明显地遗传分化。ML树聚类结果与6种不同寄主种群不相符。 展开更多
关键词 花绒寄甲 COI ND5 寄主种群 单倍型 遗传分化
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小麦转录因子基因TaNAC67参与调控穗长和每穗小穗数 预览
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作者 张宏娟 李玉莹 +5 位作者 苗丽丽 王景一 李超男 杨德龙 毛新国 景蕊莲 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期1615-1627,共13页
NAC转录因子是植物特有的一类转录因子,在植物生长发育和逆境胁迫应答反应中发挥着重要作用。前期研究表明,TaNAC67参与对多种逆境胁迫的应答,过量表达能增强拟南芥的抗逆性。为进一步揭示其在调控小麦主要农艺性状发育方面的作用,本研... NAC转录因子是植物特有的一类转录因子,在植物生长发育和逆境胁迫应答反应中发挥着重要作用。前期研究表明,TaNAC67参与对多种逆境胁迫的应答,过量表达能增强拟南芥的抗逆性。为进一步揭示其在调控小麦主要农艺性状发育方面的作用,本研究以36份普通小麦组成的高多态性群体为材料,测序分析了TaNAC67-6A、TaNAC67-6B、TaNAC67-6D序列多态性,发现TaNAC67-6A启动子区-1516nt有1个A/G转换SNP,在-873~-748nt处有1个126bp的InDel;TaNAC67-6B启动子区-2014和-1916nt处各有1个C/T转换SNP;TaNAC67-6D启动子区-1795nt有1个T/G颠换SNP,编码区357nt处有1个C/T转换SNP。根据多态性分别开发了功能分子标记,扫描由282份普通小麦构成的自然群体,并将基因型和表型性状检测结果进行关联分析,TaNAC67-6A、TaNAC67-6B的标记与表型性状无显著关联,而TaNAC67-6D的2个标记SNP-D-1和SNP-D-2分别与小麦穗长和每穗小穗数显著相关。单倍型分析发现,自然群体中存在3种主要单倍型,其中Hap-6D-3是增加穗长和每穗小穗数的最优单倍型,在我国小麦育种历史中受到了正向选择。转基因水稻表型分析发现,TaNAC67过表达能显著增加水稻主穗穗长、穗分枝和穗粒数,验证了小麦关联分析结果。因此,TaNAC67-6D可用于改良农作物穗部性状,其分子标记可用于小麦分子标记辅助选择育种。 展开更多
关键词 小麦 转录因子 单核苷酸多态性 功能标记 单倍型 关联分析
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Y-STRs和Y-SNPs综合分析方法在父系家系调查中的应用
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作者 钱恩芳 吴文静 +7 位作者 王磊 王小娟 刘杨 马泉 赵慧 李彩霞 黄江 江丽 《南京医科大学学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1135-1141,共7页
目的:评估Y-STRs和Y-SNPs综合分析及网络图方法在家系调查中的作用。方法:本研究采集了不同姓氏2个家族共180例男性样本,用YfilerTMPlus试剂盒检测其26个Y-STRs基因座分型,采用微测序技术检测其中36例样本的42个Y-SNPs位点分型,通过直... 目的:评估Y-STRs和Y-SNPs综合分析及网络图方法在家系调查中的作用。方法:本研究采集了不同姓氏2个家族共180例男性样本,用YfilerTMPlus试剂盒检测其26个Y-STRs基因座分型,采用微测序技术检测其中36例样本的42个Y-SNPs位点分型,通过直接计数法和网络图进行Y-STRs单倍型分析,探讨单倍型在家族内的变异和Y-SNPs单倍群的分布。结果:P1家族63例样本中检出18种Y-STRs单倍型,网络图中P1家族呈现为单核心星状聚类,抽取的17例样本均属于N-M231单倍群;P2家族117例样本中检出35种单倍型,网络图呈现为双核心星状聚类,抽取的19例样本均属于O1a1a1a1-F78单倍群。结论:通过Y-STRs单倍型和Y-SNPs单倍群遗传标记综合分析的方法,利用网络图对Y-STRs单倍型遗传信息传递过程中的变异情况进行可视化,扩展可认定为同一家系的范围,为防止错误排除DNA来源人生物学父系家系提供参考。 展开更多
关键词 Y-SNPS Y-STRS 单倍群 单倍型 家系
东北三省棕黑锦蛇(Elaphe schrenckii)与赤峰锦蛇(Elaphe anomala)基于Cyt b基因的序列多态性及遗传多样性 预览
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作者 苏思博 黄松 董丙君 《长春师范大学学报》 2019年第4期76-86,共11页
棕黑锦蛇和赤峰锦蛇均为分布于我国东北和华北地区体型较大的蛇类物种,在我国东北地区两栖爬行动物学研究和保护中占有重要地位。通过分析来自黑龙江省、吉林省、辽宁省的棕黑锦蛇和赤峰锦蛇共41个样本(棕黑锦蛇18个样本,赤峰锦蛇23个样... 棕黑锦蛇和赤峰锦蛇均为分布于我国东北和华北地区体型较大的蛇类物种,在我国东北地区两栖爬行动物学研究和保护中占有重要地位。通过分析来自黑龙江省、吉林省、辽宁省的棕黑锦蛇和赤峰锦蛇共41个样本(棕黑锦蛇18个样本,赤峰锦蛇23个样本)的线粒体DNA细胞色素b基因部分序列(均为1086 bp),分别研究二者DNA序列多态性和种群遗传多样性。结果在棕黑锦蛇18条序列中共发现3个变异位点,定义4个单倍型,赤峰锦蛇23条序列中共发现3个变异位点,定义3个单倍型,两种锦蛇在不同群体间均存在共享单倍型。两种锦蛇的种群整体呈现较低的遗传多样性,但棕黑锦蛇略高于赤峰锦蛇;基于Cyt b基因序列的系统发育树将二者分为两大支系。遗传分化指数FST值和基因流Nm值表明个别种群间存在不同程度的遗传分化。遗传距离GD值较小,表明种群间的遗传变异较小。分子方差分析显示,棕黑锦蛇和赤峰锦蛇的种群变异主要来自种群间。中性检验分析和岐点分布分析显示,棕黑锦蛇与赤峰锦蛇种群的大小相对稳定,近期内均未发生过明显的种群扩张。 展开更多
关键词 单倍型 群体遗传学 种群大小 种群历史 中性检验
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泛希姬蝽不同地理种群的遗传多样性和遗传分化 预览
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作者 田小娟 唐艺婷 +3 位作者 刘晨曦 张礼生 陈红印 王孟卿 《环境昆虫学报》 CSCD 北大核心 2019年第2期267-275,共9页
泛希姬蝽 Himacerus apterus (Fabricius)是半翅目姬蝽科中重要的天敌种类,本文旨在分析泛希姬蝽不同地理种群的遗传多样性和遗传分化情况。利用 COI 作为标记基因,使用DnaSP、Arlequin、MEGA等软件分析了中国 4个省12个种群33个体的单... 泛希姬蝽 Himacerus apterus (Fabricius)是半翅目姬蝽科中重要的天敌种类,本文旨在分析泛希姬蝽不同地理种群的遗传多样性和遗传分化情况。利用 COI 作为标记基因,使用DnaSP、Arlequin、MEGA等软件分析了中国 4个省12个种群33个体的单倍型多样性、遗传结构分化、系统发育等。共发现19个单倍型,所有单倍型中仅H1为共享单倍型,为宁夏和陕西共有,且出现频率最高。总体单倍型多样性指数 Hd=0.913,核苷酸多样性指数π=0.006,平均核苷酸差异数k =4.083。Tajima s D =-0.853, P >0.100,表明泛希姬蝽未经过种群扩张。AMOVA分析表明种群内的分子变异大于种群间分子变异,变异比例分别为45.393%和36.594%,遗传分化指数均大于0.250,差异水平极显著。泛希姬蝽不同地理种群遗传多样性较高,宁夏与内蒙古、山西、陕西省分组间存在极度的遗传分化。种群间遗传距离和地理距离无相关性,表明地理距离不是影响种群间遗传距离的重要因素。通过比较4个省采集点的环境特点,认为地区间基因流受限和气温、猎物的差异可能是影响遗传分化的重要因素。 展开更多
关键词 泛希姬蝽 天敌 COI 单倍型 遗传分化
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基于COI基因对两种粉蚧遗传差异的研究
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作者 王琳 刘艳俊 +3 位作者 李惠萍 吴福中 付海滨 李敏 《中国南方果树》 北大核心 2019年第4期37-41,共5页
以柑桔臀纹粉蚧Planococcus citri和大洋臀纹粉蚧Planococcus minor为材料,提取粉蚧基因组DNA,通过COI基因作为分子标记,初步分析了它们的遗传差异和遗传进化关系。结果表明,获得两种粉蚧线粒体COI基因序列各9条,经校对编辑后序列长度为... 以柑桔臀纹粉蚧Planococcus citri和大洋臀纹粉蚧Planococcus minor为材料,提取粉蚧基因组DNA,通过COI基因作为分子标记,初步分析了它们的遗传差异和遗传进化关系。结果表明,获得两种粉蚧线粒体COI基因序列各9条,经校对编辑后序列长度为591 bp。其中T、C、A、G碱基平均含量分别为48.3%、10.3%、36.3%和5.1%。18条COI序列共定义4个单倍型,其中检测到变异位点15个,包含单一突变位点1个、简约信息位点14个。两种粉蚧的单倍型比例均为22.2%;Kimura 2-parameter遗传距离显示,种间遗传距离范围为0.001~0.024,平均遗传距离0.012。NJ进化树及ML进化树分析,两种粉蚧各自聚为1个支系。碱基替换饱和性分析显示,两种粉蚧碱基替换成线性关系,未达到饱和状态;经Tajima’s D检验,大洋臀纹粉蚧种群内存在高频稀有等位基因,而柑桔臀纹粉蚧低频稀有等位基因占主导。说明两种粉蚧的系统发育趋于保守,从长远看两种粉蚧形态特征有较大的的区别需要较长时间的发育进化。 展开更多
关键词 大洋臀纹粉蚧 柑桔臀纹粉蚧 碱基 单倍型 遗传距离
谷子种子线虫检测及分析 预览
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作者 宋振君 李志勇 +4 位作者 王永芳 全建章 马继芳 白辉 董志平 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2019年第4期208-216,共9页
为了快速检测谷子种子携带线虫情况并了解不同地区线虫种群的多态性,利用PCR技术对采集自中国谷子主产区不同区域内的99份谷子种子的带线虫情况进行了检测,并分析其不同地区线虫种群的遗传多样性。结果表明,根据贝西滑刃线虫核糖体28SrR... 为了快速检测谷子种子携带线虫情况并了解不同地区线虫种群的多态性,利用PCR技术对采集自中国谷子主产区不同区域内的99份谷子种子的带线虫情况进行了检测,并分析其不同地区线虫种群的遗传多样性。结果表明,根据贝西滑刃线虫核糖体28SrRNA-D2/D3片段设计的引物对谷子线虫具有高度的特异性和灵敏性,扩增出245bp的特异性目的片段,对谷子线虫的检测浓度最低为0.125ng/μL。在99份谷子种子DNA中,有33份种子检测到特异性扩增条带,测序结果表明,所有扩增条带对应序列与线虫28SrRNA序列的相似性达97%以上,进一步说明33份种子携带线虫。重复试验结果表明,阳性种子的带线虫频率介于33.3%~100%,且带线虫的谷子种子主要来自春谷区。分析33份阳性样品的28SrRNA片段序列,存在29个变异位点和22种单倍型,其中单倍型AB1为优势单倍型,河北张家口市和内蒙古松山区两地线虫的单倍型遗传多样性最丰富。本研究建立了一种特异性好、灵敏度高的检测谷子种子带线虫的一步PCR方法;谷子线虫病是夏谷区的主要病害,随着谷子春夏谷区的交流,线虫病成为春谷区病害,种子带病可能是主要初侵染源;不同地理来源的线虫28SrRNA序列存在差异,AB1为优势单倍型。 展开更多
关键词 谷子 贝西滑刃线虫 种子带菌 聚合酶链式反应 单倍型
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水貂ASIP基因单倍型检测及其皮肤组织mRNA差异表达分析 预览
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作者 宋兴超 刘琳玲 +8 位作者 王淑明 宋姗姗 徐超 杨童奥 刘宗岳 丛波 张志明 杨福合 彭英华 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第10期2998-3006,共9页
试验旨在探究鼠灰色(agouti signaling protein,ASIP)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)形成的单倍型及皮肤组织差异表达mRNA对水貂被毛色素沉积的影响。通过PCR扩增、Sanger测序技术对金州黑水貂、红眼白水貂... 试验旨在探究鼠灰色(agouti signaling protein,ASIP)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)形成的单倍型及皮肤组织差异表达mRNA对水貂被毛色素沉积的影响。通过PCR扩增、Sanger测序技术对金州黑水貂、红眼白水貂和名威银蓝水貂ASIP基因进行SNPs单倍型检测分析,利用实时荧光定量PCR技术检测3种毛色皮肤组织ASIP基因的表达量,分析单倍型及mRNA差异表达与毛色表型的相关性。结果表明,301个样本中共检测到10个SNPs,内含子2中4个SNPs(G18A、A159G、G235T、C1189T)共形成10种单倍型(Hap1~Hap10),其中Hap1(GAGC)和Hap2(GAGT)是3种不同毛色水貂群体的共享单倍型;部分内含子3中6个SNPs(C252T、A290C、G298C、A340G、T343C、T379C)形成4种单倍型(Hap1~Hap4),且Hap2(CCCGCC)是名威银蓝水貂群体的主体单倍型。5个位点(A290C、G298C、A340G、T343C、T379C)均处于完全连锁不平衡状态。实时荧光定量PCR检测显示,金州黑水貂和名威银蓝水貂ASIP基因mRNA表达量分别是红眼白水貂的1.25和0.95倍,三者间差异不显著(P>0.05)。研究结果初步提示,ASIP基因调控水貂不同毛色表型形成的分子机制可能存在差异。 展开更多
关键词 水貂 ASIP基因 单倍型 差异表达 被毛颜色
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海南岛白唇竹叶青蛇扩散的初步研究 预览
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作者 王湘君 陈文 +1 位作者 林炽贤 林杰曼 《野生动物学报》 北大核心 2019年第1期147-153,共7页
据《中国动物志》记载,海南岛的竹叶青蛇为两个物种,即白唇竹叶青蛇和福建竹叶青蛇。为研究白唇竹叶青蛇在海南岛上的扩散路线,作者采集了海南岛不同方位的标本共12号,PCR扩增其12S、16S、Cyt b、ND 4四个线粒体基因序列,共约1 446 bp,... 据《中国动物志》记载,海南岛的竹叶青蛇为两个物种,即白唇竹叶青蛇和福建竹叶青蛇。为研究白唇竹叶青蛇在海南岛上的扩散路线,作者采集了海南岛不同方位的标本共12号,PCR扩增其12S、16S、Cyt b、ND 4四个线粒体基因序列,共约1 446 bp,并从GenBank下载了10个个体的Cyt b和ND 4基因序列;通过绘制单倍型的统计简约网络图,进行原始单倍型分析,再绘制扩散路线图。结果显示,采自海南岛西部的单倍型较多,故初步得出结论,白唇竹叶青蛇在岛上很可能自西向东扩散。 展开更多
关键词 白唇竹叶青蛇 海南岛 扩散 单倍型
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