期刊文献+
共找到26,521篇文章
< 1 2 250 >
每页显示 20 50 100
基于毛竹重测序的基因可变剪接研究 预览
1
作者 王炯亮 赵韩生 高志民 《世界竹藤通讯》 2019年第1期55-62,共8页
虽然测序技术得到显著提高,组学数据大量出现,但是竹子仍然缺少染色体水平的基因组,并且竹子中基因的可变剪接(AS)进化情况仍不清楚。本研究通过使用大量的组学数据和基于染色体构象捕获技术的基因组辅助(Hi-C)组装策略,组装得到了染色... 虽然测序技术得到显著提高,组学数据大量出现,但是竹子仍然缺少染色体水平的基因组,并且竹子中基因的可变剪接(AS)进化情况仍不清楚。本研究通过使用大量的组学数据和基于染色体构象捕获技术的基因组辅助(Hi-C)组装策略,组装得到了染色体水平的毛竹(Phyllostachys edulis)基因组,基因组质量显著提升,Scaffold N50达到79. 90 Mb,是上一版本的243倍。通过单分子实时测序和人工验证在毛竹中鉴定出51 074个结构完整的高质蛋白质编码基因模型。此外,利用Illumina和Pacific Bioscience (PacBio)测序平台对毛竹26个不同代表性组织样本进行了大规模转录组测序,从中鉴定出25 225个可变剪接基因和 266 711个特异的可变剪接事件,得到一个完整的可变剪接图谱。通过与近缘物种进行同源基因比较,发现可变剪接基因集中在表达水平高且组织特异性低的保守基因中,并发现在毛竹木质素生物合成途径关键基因中存在基因家族扩展、大量可变剪接事件和正向选择。本研究成果将为比较基因组学研究和深入分析基因可变剪接提供数据支持,也为研究可变剪接在竹子进化和多样化中的作用提供了一个全局视角。 展开更多
关键词 毛竹 基因组 基因组注释 可变剪接 转录 进化
在线阅读 下载PDF
真菌群体基因组学研究进展
2
作者 张荆城 边银丙 肖扬 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期345-353,共9页
近年来,随着第二代高通量测序技术的出现和发展,测序成本不断降低,完成全基因组测序的真菌物种迅速增加。以大规模测序为基础的群体基因组学,也逐渐应用于解析真菌的群体结构、物种形成、种群分化和位点特异性效应。本文综述了群体基因... 近年来,随着第二代高通量测序技术的出现和发展,测序成本不断降低,完成全基因组测序的真菌物种迅速增加。以大规模测序为基础的群体基因组学,也逐渐应用于解析真菌的群体结构、物种形成、种群分化和位点特异性效应。本文综述了群体基因组学在工业真菌、病原真菌、食用真菌、共生真菌及其在表型性状遗传基础解析中的研究进展,并对其今后的发展方向进行了展望。 展开更多
关键词 重测序 群体遗传学 基因组 进化 适应
CRISPR-Cas9系统在农作物中的研究进展 预览
3
作者 张青霞 吴龙芬 苗贵东 《山西农经》 2019年第1期111-112,共2页
从技术发展、原理及应用等方面进行阐述,并对CRISPR-Cas9应用前景进行展望,旨在为农作物的基因功能研究提供一定的参考价值.
关键词 农作物 Cas9系统 RNA干扰 人工核酸酶技术 基因组
在线阅读 下载PDF
山白树微卫星特征分析及分子标记开发
4
作者 王家 周天华 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期143-150,共8页
目的:山白树是中国特有珍稀濒危植物。分析微卫星特征,开发其微卫星分子标记。方法:采用Illumina二代测序技术建立山白树基因组文库和微卫星文库,分析微卫星组成类型,设计山白树引物,用5个山白树种群进行扩增和检测以分析其多态性。结果... 目的:山白树是中国特有珍稀濒危植物。分析微卫星特征,开发其微卫星分子标记。方法:采用Illumina二代测序技术建立山白树基因组文库和微卫星文库,分析微卫星组成类型,设计山白树引物,用5个山白树种群进行扩增和检测以分析其多态性。结果:二代测序共返回38,942,660条100 bp配对序列,通过质量修剪及拼接得到200,386条拼接序列,其中长度 > 335 bp的为7 614条;在7 614条序列中检测出微卫星位点694个,其中单核苷酸重复最多,单核苷酸重复中A/T重复数量最多;二核苷酸长度变异最大,其中AG/CT重复数量最多,重复长度变异情况与微卫星丰度呈正相关。为36条山白树微卫星重复次数高的序列设计引物,经聚合酶链式反应(PCR)扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,20对引物多态性丰富且条带清晰,等位基因数(NA)在3~6之间,平均为4,多态性信息含量(PIC) 0. 535 5~0. 754 0,平均值0. 615 5。对5个山白树种群的群体遗传分析发现,该物种遗传多样性较高(h=0. 697 5,I=1. 436 8,HE=0. 702 2),种群遗传分化显著(Fst=0. 374)。结论:通过部分山白树的群体遗传也可以说明本次开发的引物可用性较好。该研究开发了山白树微卫星分子标记引物,为山白树分子遗传学奠定了基础。 展开更多
关键词 山白树 微卫星 特征分析 分子标记 基因组 多态性
瑞士乳杆菌特性及应用研究进展
5
作者 岳莹雪 李柏良 +3 位作者 宋月 闫芬芬 王玉琦 霍贵成 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期253-258,共6页
瑞士乳杆菌是乳酸菌的一种,是对人体健康有益的菌种。具有较强的蛋白水解能力,调节肠道菌群能力,增强免疫力及抗高血压的功效,还具有产生细菌素或生物活性肽的潜能,并且可与发酵乳制品中的益生元结合产生合生素,因此被广泛用于食品发酵... 瑞士乳杆菌是乳酸菌的一种,是对人体健康有益的菌种。具有较强的蛋白水解能力,调节肠道菌群能力,增强免疫力及抗高血压的功效,还具有产生细菌素或生物活性肽的潜能,并且可与发酵乳制品中的益生元结合产生合生素,因此被广泛用于食品发酵中。该文综述了瑞士乳杆菌基因组特征,蛋白水解系统,抗高血压,产生的胞外多糖所具有的免疫调节的益生特性,以及其在食品和菌体生物表面活性剂中的应用。 展开更多
关键词 瑞士乳杆菌 基因组 水解肽 胞外多糖 免疫 应用
在线阅读 免费下载
黄路生:解析家猪遗传的“中国基因” 预览
6
作者 高芸 寇勇 《村委主任》 2019年第4期46-47,共2页
他带队走南闯北,深入全国24个省市70多个地方种猪场,在母猪产房旁安营扎寨、轮班蹲守……他率队建立起全球最完备的地方猪种基因组DNA样品库、先后培育出64个优质种猪核心群……“高科技猪馆儿”——老乡们都愿意这么叫黄路生。
关键词 基因组 家猪 中国 遗传 解析 DNA样品 地方猪种 种猪场
在线阅读 下载PDF
江苏省2013-2014年3株柯萨奇病毒B组5型流行株全基因组序列分析 预览
7
作者 卞莲莲 姚昕 +4 位作者 高帆 孙世洋 毛群颖 杨晓明 梁争论 《微生物学免疫学进展》 2019年第2期9-16,共8页
目的分析引起江苏省疱疹性咽峡炎的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5,CV-B5)毒株基因组特征。方法对江苏省2013-2014年3例疱疹性咽峡炎患儿临床标本进行病原分离,获得3株CV-B5毒株,进行全基因组序列测定,与GenBank中世界各地不同年份... 目的分析引起江苏省疱疹性咽峡炎的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5,CV-B5)毒株基因组特征。方法对江苏省2013-2014年3例疱疹性咽峡炎患儿临床标本进行病原分离,获得3株CV-B5毒株,进行全基因组序列测定,与GenBank中世界各地不同年份CV-B5流行株序列进行比对分析,使用Mega 5.2软件构建系统进化树,并应用Simplot软件进行重组分析。结果获得3株CV-B5毒株,分别命名为417/JS/CHN/2013、492/JS/CHN/2013和759/JS/CHN/2014,均属于GI.D3亚型,且在位点5 224~5 696 bp(以Faulkner为参考株)与2008年北京市的CV-B3流行株(GQ141875)发生重组,在位点5 696 bp之后与2009年昆明市的CV-B3流行株(JX843810)发生重组。结论 CV-B5在婴幼儿人群中的感染可能存在严重危害,应加强对CV-B5的分子流行病学研究,监测可能发生的重组。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒B5型 基因组 分析
在线阅读 下载PDF
高通量测序平台发展及在临床分子诊断中的应用与展望
8
作者 童永清 李艳 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期73-76,共4页
高通量测序又称下一代测序(NGS),是一种新型的遗传学筛查和诊断技术,它的不断革新加速了人们对遗传学标志物及疾病分子机制的认识,特别是针对复杂遗传性疾病。NGS技术的发展,特别是靶向基因组测序、全基因组外显子组测序以及全基因组测... 高通量测序又称下一代测序(NGS),是一种新型的遗传学筛查和诊断技术,它的不断革新加速了人们对遗传学标志物及疾病分子机制的认识,特别是针对复杂遗传性疾病。NGS技术的发展,特别是靶向基因组测序、全基因组外显子组测序以及全基因组测序项目的出现,NGS在临床已经应用到检测单核苷酸变性以及结构重排和拷贝数变异,监测循环肿瘤DNA,并分析先前对标准生物信息学算法进行管理所挑战的基因组区域等。 展开更多
关键词 高通量核苷酸序列分析 分子诊断技术 DNA拷贝数变异 循环肿瘤DNA 基因组
黄海聚球藻噬藻体S-H35基因组测序及分析 预览
9
作者 徐霞霞 《科教导刊(电子版)》 2019年第6期286-288,共3页
用液体侵染法从黄海分离出一株能够侵染聚球藻WH8102 的噬藻体S-H35。电镜检测结果显示,S-H35 属于短尾科噬藻体。噬藻体S-H35的一步生长曲线显示其潜伏期约为4h,爆发期约为8h,裂解量为125。S-H35的基因组分析结果显示,其基因组长度为17... 用液体侵染法从黄海分离出一株能够侵染聚球藻WH8102 的噬藻体S-H35。电镜检测结果显示,S-H35 属于短尾科噬藻体。噬藻体S-H35的一步生长曲线显示其潜伏期约为4h,爆发期约为8h,裂解量为125。S-H35的基因组分析结果显示,其基因组长度为175,321bp,共含有228个ORF,GC含量为41.51%。基因功能分为噬藻体的结构、吸附相关、组装、DNA复制及修复、末端酶、与宿主生理活动相关的基因等。噬藻体S-H35与已知的噬藻体进一步的基因比对结果并未显示出明显同源性。 展开更多
关键词 聚球藻 噬藻体 基因组
在线阅读 下载PDF
甘蓝型油菜基因组与花色遗传研究进展 预览
10
作者 朱吉风 张俊英 +5 位作者 杨立勇 蒋美艳 江建霞 李延莉 王伟荣 周熙荣 《作物研究》 2019年第1期77-81,85共6页
加强甘蓝型油菜花色研究对指导油菜花色育种利用具有重要意义。从甘蓝型油菜遗传图谱构建、花色种类与来源、花色遗传研究以及基因定位等方面进行了综述,指出了油菜花色研究中存在的几点障碍及甘蓝型油菜基因组与花色遗传的研究方向。
关键词 甘蓝型油菜 基因组 花色 遗传
在线阅读 下载PDF
系统评估X射线损伤修复交叉互补基因1多态性位点与冠心病相关性的Meta分析 预览
11
作者 吴旭庭 王阳 +1 位作者 王镇波 陈刚 《安徽医药》 CAS 2019年第4期637-641,共5页
目的系统地评估X射线损伤修复交叉互补基因1(XRCC 1)Arg399Gln和Arg194Trp多态性位点与冠状动脉粥样硬化性心脏病(coronary artery disease,CAD)易感性关联。方法检索PubMed、Google学术、万方和CNKI数据库,筛得XRCC 1基因Arg399Gln和Ar... 目的系统地评估X射线损伤修复交叉互补基因1(XRCC 1)Arg399Gln和Arg194Trp多态性位点与冠状动脉粥样硬化性心脏病(coronary artery disease,CAD)易感性关联。方法检索PubMed、Google学术、万方和CNKI数据库,筛得XRCC 1基因Arg399Gln和Arg194Trp多态性与CAD易感性关联的病例对照研究。采用Stata 12.0数据计算软件对获得的各项研究数据进行分析统计,并对数据可靠性、发表偏倚等进行评估。结果纳入8项病例对照研究,包含病例组3 093例,对照组2 799例。Meta分析结果提示,XRCC 1基因Arg399Gln多态性位点与CAD易感性呈显著正相关(M比W:OR=1.153,95%CI:1.025~1.296,P=0.017;MM比WW:OR=1.514,95%CI:1.129~2.031,P=0.006;MM比MW+WW:OR=1.472,95%CI:1.110~1.953,P=0.007)。在以种族为依据的亚组分析中发现,XRCC 1基因Arg399Gln多态性位点增加了亚洲人群CAD的发病风险。此外,研究还发现XRCC 1基因Arg194Trp多态性位点在MM比WW和MM比MW+WW模型下与CAD发病风险呈显著正相关(MM比WW:OR=1.393,95%CI:1.048~1.850,P=0.022;MM比MW+WW:OR=1.499,95%CI:1.143~1.966,P=0.003)。在以种族为依据的亚组分析中,研究发现携带有XRCC 1基因Arg194Trp多态性的亚洲人群易患CAD。结论XRCC 1基因Arg399Gln和Arg194Trp多态性位点与CAD易感性显著相关,可作为该疾病诊断和筛查的潜在靶点。 展开更多
关键词 冠状动脉疾病 动脉粥样硬化 基因组 染色体结构变异 META分析 X射线损伤修复交叉互补基因1
在线阅读 下载PDF
基于MLM混合线性模型的大豆全基因组关联分析可行性研究
12
作者 唐友 王永江 +1 位作者 张继成 许薇 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期212-216,235共6页
为研究MLM混合线性模型在大豆全基因组关联分析中应用的可行性,以便精确寻找影响表型性状差异的主要基因标记位点范围,帮助检测分析个体在全基因组水平范围内遗传变异的多态性,采用混合线性模型,引入固定效应和随机效应来分解和计算基... 为研究MLM混合线性模型在大豆全基因组关联分析中应用的可行性,以便精确寻找影响表型性状差异的主要基因标记位点范围,帮助检测分析个体在全基因组水平范围内遗传变异的多态性,采用混合线性模型,引入固定效应和随机效应来分解和计算基因组与多性状之间的相关性,对大豆全基因组数据与对应的表型性状进行关联分析。根据模型计算结果得出P值并展示有效基因位点图,不同性状与对应有效基因标记关联性显著突出。通过设定的模拟有效基因位点检验混合线性模型关联分析的遗传评估力,结果高出一般线形模型的效率,验证该方法在大豆全基因组关联分析上具有可行性,可为其它物种进行关联分析研究提供借鉴。 展开更多
关键词 混合线性模型 大豆 基因组 关联分析 遗传评估力
基于高通量技术的SFTS病毒基因组测序方法的建立
13
作者 俞维维 孙逸 +4 位作者 颜浩 姚文武 楼秀玉 茅海燕 张严峻 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2019年第1期89-94,共6页
目的建立一种基于高通量测序技术的发热伴血小板减少综合征病毒(severe fever with thrombocytopenia syndrome virus,SFTS)基因组的测序方法。方法提取SFTS病毒核酸,分别采用随机引物和oligo(dT)磁珠特异性抓取核酸的方法,优化扩增和... 目的建立一种基于高通量测序技术的发热伴血小板减少综合征病毒(severe fever with thrombocytopenia syndrome virus,SFTS)基因组的测序方法。方法提取SFTS病毒核酸,分别采用随机引物和oligo(dT)磁珠特异性抓取核酸的方法,优化扩增和纯化条件并建库,利用二代测序仪检测病毒核酸序列。结果3株病毒采用两种方法测序结果差距较大,利用随机引物建库法获得的数据测序深度和覆盖度明显低于oligo(dT)磁珠抓取建库法。采用oligo(dT)磁珠抓取建库的方法,可对提取的核酸大于300ng的毒株进行测序,3株病毒测序深度都在900以上,覆盖度均超过99%,与NCBI上数据匹配度在90%以上。结论利用oligo(dT)磁珠抓取SFTS病毒核酸的方法进行建库,建立了基于二代测序平台的SFTS病毒基因组检测方法。 展开更多
关键词 发热伴血小板减少综合征病毒 文库构建 高通量测序 基因组
中国的非洲猪瘟感染来自哪里 预览
14
作者 张配配(译) 《国外畜牧学:猪与禽》 2019年第1期7-8,共2页
中国非洲猪瘟的源头到底来自何方,俄罗斯、其他欧洲国家还是中东,这有待研究人员进一步证实。
关键词 非洲猪瘟 非洲猪瘟病毒 基因组
在线阅读 下载PDF
急性髓系白血病的表观遗传调控异常和表观基因组景观改变及靶向治疗研究进展
15
作者 陈子兴 《中华血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期78-82,共5页
人类急性髓系白血病(AML)细胞具有独特的基因表达谱。将AML细胞基因组的基因突变和拷贝数变异、RNA聚合酶Ⅱ或转录因子结合位点占据率、基因转录谱(mRNAs)、DNA甲基化态势、组蛋白修饰条码和非编码RNAs表达谱整合起来,构成AML的表观基... 人类急性髓系白血病(AML)细胞具有独特的基因表达谱。将AML细胞基因组的基因突变和拷贝数变异、RNA聚合酶Ⅱ或转录因子结合位点占据率、基因转录谱(mRNAs)、DNA甲基化态势、组蛋白修饰条码和非编码RNAs表达谱整合起来,构成AML的表观基因组景观(epigenomic landscape),可以作为对AML亚型分类、风险度分层和预后预测分析的综合基础[1]。 展开更多
关键词 急性髓系白血病 基因组 靶向治疗 调控异常 表观遗传 转录因子结合位点 RNA聚合酶Ⅱ 基因表达谱
长链非编码RNA在动脉粥样硬化及斑块稳定性中的研究进展 预览
16
作者 韩同磊 孙羽东 +3 位作者 魏小龙 周建 赵志青 景在平 《中国血管外科杂志(电子版)》 2019年第1期66-69,共4页
在人类的基因组中,仅有1.5%~2%的基因可以被特异性地翻译为相应功能的蛋白质,而剩余的这些大部分不能编码蛋白质的基因统称为非编码RNA(noncodingRNA,ncRNA)[1-3],根据RNA的长度将其分为长链非编码RNA(lncRNA,>200nt)和小型非编码RNA... 在人类的基因组中,仅有1.5%~2%的基因可以被特异性地翻译为相应功能的蛋白质,而剩余的这些大部分不能编码蛋白质的基因统称为非编码RNA(noncodingRNA,ncRNA)[1-3],根据RNA的长度将其分为长链非编码RNA(lncRNA,>200nt)和小型非编码RNA(<200nt)[4]。lncRNA最早于1992年被发现,经过近20年的探索研究,已有大量关于lncRNA参与染色体重塑、RNA剪接、转录及细胞凋亡等功能的相关报道[5-9]。虽然已证实lncRNA可以通过影响代谢调控、血管功能、免疫和炎症反应等过程导致动脉粥样硬化的发生和进展,但lncRNA与动脉粥样硬化斑块稳定性之间相互关系的研究却不多。本文就目前国内外对lncRNA如何影响动脉粥样硬化斑块稳定性的研究进展作一综述。 展开更多
关键词 非编码RNA 动脉粥样硬化 斑块稳定性 长链 编码蛋白质 染色体重塑 RNA剪接 基因组
在线阅读 下载PDF
不朽的海拉
17
作者 徐飞 《世界科学》 2019年第2期57-60,共4页
生命,是宇宙中最激动人心的奇迹之一。几乎所有生命体都由细胞组成,即便是病毒,其生命活动也必须通过细胞来体现。作为独立的生命单元,细胞既有生长繁殖,也有衰老死亡。在多细胞生物的个体发育过程中,细胞常常分化成各种构造和功能不同... 生命,是宇宙中最激动人心的奇迹之一。几乎所有生命体都由细胞组成,即便是病毒,其生命活动也必须通过细胞来体现。作为独立的生命单元,细胞既有生长繁殖,也有衰老死亡。在多细胞生物的个体发育过程中,细胞常常分化成各种构造和功能不同的细胞,形成组织和器官。在人体中,当癌变出现时,细胞便丧 展开更多
关键词 海拉细胞 基因组 病毒学 小儿麻痹症疫苗 人类细胞
福建省2015年本地登革热病例的病原学特征 预览
18
作者 张拥军 吴生根 +3 位作者 王金章 游丽斌 阚乃鹏 翁育伟 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期28-33,共6页
目的 分析2015年福建省本地登革热病例部分登革病毒流行株的基因组序列,调查相关病毒株之间的遗传联系,为福建省登革热防控提供病原学证据。方法 采集急性期患者血清,实时荧光RT-PCR检测登革病毒RNA,阳性者分离病毒,扩增病毒基因组并测... 目的 分析2015年福建省本地登革热病例部分登革病毒流行株的基因组序列,调查相关病毒株之间的遗传联系,为福建省登革热防控提供病原学证据。方法 采集急性期患者血清,实时荧光RT-PCR检测登革病毒RNA,阳性者分离病毒,扩增病毒基因组并测序,以病毒全长编码区序列进行种系发生分析。结果 2015年福建省先后出现登革1型(DENV1)和登革2型病毒(DENV2)引起的本地暴发疫情,共发生4起聚集性病例,报告41例。分离到DENV1毒株9株,DENV2毒株8株。种系发生分析显示,9株DENV1高度相似,同属于基因1型(G1),提示其共同的输入来源可能为斯里兰卡;而8株DENV2病毒虽然同属于大都市基因型,却分为差异较大的两簇,表明莆田与福州两地疫情相关毒株的遗传关联度较低,可能分别来自马来西亚和印度。结论 2015年共出现4起聚集性本地登革热疫情,部分患者病毒分离株的病原学特征表明,福建省2015年本地登革热暴发疫情存在多个输入来源。 展开更多
关键词 登革热 病原学 基因组 序列分析
在线阅读 下载PDF
小黑杨基因组的初步组装及SSR信息分析 预览
19
作者 周玉敏 王遂 +2 位作者 刘轶 李开隆 由香玲 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期156-160,共5页
小黑杨是人们以小叶杨和欧洲黑杨为亲本培育出的杂交种,兼具双亲生长速度快、抗性强的优点。本研究通过二代测序技术,对小黑杨进行全基因组测序,初步组装出小黑杨基因组,并以此为基础,识别分析其SSR序列,为小黑杨品种划分、表型性状关... 小黑杨是人们以小叶杨和欧洲黑杨为亲本培育出的杂交种,兼具双亲生长速度快、抗性强的优点。本研究通过二代测序技术,对小黑杨进行全基因组测序,初步组装出小黑杨基因组,并以此为基础,识别分析其SSR序列,为小黑杨品种划分、表型性状关联等提供参考。结果表明,共组装得到了366876条总计368.96Mbp的contig序列;对其中不小于2000bp的21788条的非冗余contig进行SSR分析,共识别出18111条SSR序列,其中一、二、三核苷酸重复基序较多。对得到的SSR序列设计引物,共得到12838对引物,供今后实验使用。 展开更多
关键词 小黑杨 基因组 SSR
在线阅读 下载PDF
基于de Bruijn图的基因组索引结构设计
20
作者 国宏哲 王亚东 《智能计算机与应用》 2019年第1期1-5,13共6页
随着高通量测序技术的快速发展和测序成本的逐渐降低,个体基因组测序已成为研究不同物种的基因型、变异情况和相关疾病的重要手段。然而,由于基因组上的大量重复序列和高变异区域,日益增大的测序数据量以及测序技术的局限等因素,如何准... 随着高通量测序技术的快速发展和测序成本的逐渐降低,个体基因组测序已成为研究不同物种的基因型、变异情况和相关疾病的重要手段。然而,由于基因组上的大量重复序列和高变异区域,日益增大的测序数据量以及测序技术的局限等因素,如何准确且快速地将大量测序数据比对到参考基因组面临巨大挑战。阐述基于哈希思想的基因组数据的存储和索引方法。本文说明基于seed-and-extension思想的基本比对思路。本文提出一个基于de Bruijn图模型的索引结构DBG-index以及该索引的3层结构数据存储方式。分析该索引结构的特性并提出种子的基本操作方法。该索引结构利用图模型特性可以有效组织基因组上的重复序列,从而在整体上减少了候选种子数量并极大提高了比对速度。 展开更多
关键词 基因组 索引 序列映射 DE BRUIJN图
在线阅读 免费下载
上一页 1 2 250 下一页 到第
使用帮助 返回顶部 意见反馈