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秀珍菇S-腺苷甲硫氨酸合成酶基因(PpSAMS)的克隆与表达分析 认领
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作者 王伟科 陆娜 +3 位作者 闫静 宋吉玲 袁卫东 周祖法 《浙江农业学报》 北大核心 2021年第1期62-68,共7页
在对不同生长阶段的秀珍菇样品进行高通量转录组测序的基础上,经分析筛选获得S-腺苷甲硫氨酸合成酶全长基因(PpSAMS)。为了探究PpSAMS在低温刺激后秀珍菇原基形成过程中的功能与表达差异,从秀珍菇中克隆得到了PpSAMS基因,对其进行了系... 在对不同生长阶段的秀珍菇样品进行高通量转录组测序的基础上,经分析筛选获得S-腺苷甲硫氨酸合成酶全长基因(PpSAMS)。为了探究PpSAMS在低温刺激后秀珍菇原基形成过程中的功能与表达差异,从秀珍菇中克隆得到了PpSAMS基因,对其进行了系统分析,并利用实时荧光定量PCR的方法,分析该基因在低温刺激后原基形成过程中不同生长发育阶段的表达情况。生物信息学分析表明,PpSAMS基因全长由1152个核苷酸组成,编码384个氨基酸,具有蛋氨酸腺苷转移酶活性,并具有结合ATP、金属离子的功能。氨基酸序列系统进化树分析结果显示,PpSAMS基因编码蛋白与糙皮侧耳亲缘关系最近。经实时荧光定量PCR检测,该基因在菌丝体经低温诱导后恢复至室温时期(原基形成前期)表达量最高,推测其有可能在诱导真菌DNA甲基化并促使原基形成过程中起到重要作用。 展开更多
关键词 秀珍菇 克隆 实时荧光定量PCR S-腺苷甲硫氨酸合成酶基因 表达分析
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血浆游离DNA Septin 9基因甲基化检测方法 认领
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作者 罗智 胡英斌 卜小云 《中南大学学报:医学版》 CAS 北大核心 2021年第2期127-134,共8页
目的:探讨血浆游离DNA Septin 9基因胞嘧啶-磷酸-鸟苷酸(cytosine-phosphoric-guanylic,CpG)位点与结直肠癌的相关性,旨在开发基于血浆的real-time PCR检测体系。方法:采用高通量测序技术对训练样本组织进行甲基化检测,筛选出与结直肠... 目的:探讨血浆游离DNA Septin 9基因胞嘧啶-磷酸-鸟苷酸(cytosine-phosphoric-guanylic,CpG)位点与结直肠癌的相关性,旨在开发基于血浆的real-time PCR检测体系。方法:采用高通量测序技术对训练样本组织进行甲基化检测,筛选出与结直肠癌临床信息高度一致性的位点,设计基于甲基化敏感性酶切法-real-time PCR检测体系,用于分析血浆与组织的一致性,进一步以100例临床测试样本评估甲基化敏感性酶切法-real-time PCR检测体系的性能。结果:71例训练样本高通量测序筛选出与结直肠癌临床信息高度一致性的位点为CpG 38号位点;基于检测区域筛选的甲基化敏感性酶为BstU1、HhaI、HinP1I;开发的甲基化敏感性酶切法-real-time PCR检测下限为0.5%甲基化程度,Ct值为38.5;临床测试体系的灵敏度为87.27%,特异度为91.49%,阳性预测值为92.31%,阴性预测值为86.00%。结论:Septin 9 CpG 38号位点的甲基化敏感性酶切法-real-time PCR检测体系能高度预测结直肠癌的发生,具有重大的临床应用价值。 展开更多
关键词 Septin 9 甲基化 结直肠癌 实时荧光定量PCR 胞嘧啶-磷酸-鸟苷酸位点
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何首乌实时荧光定量PCR内参基因筛选 认领
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作者 王浩 蔡启忠 +2 位作者 刘露 杨全 周良云 《中国中药杂志》 CAS 北大核心 2021年第1期80-85,共6页
为筛选适宜何首乌Polygonum multiflorum不同组织基因表达分析的内参基因,从何首乌转录组数据中选取Actin,GAPDH,SAND,PP2A,TIP41常用的5个候选内参基因,设计特异性引物。通过实时荧光定量PCR,利用geNorm,NormFinder,Best-Keeper,Delta... 为筛选适宜何首乌Polygonum multiflorum不同组织基因表达分析的内参基因,从何首乌转录组数据中选取Actin,GAPDH,SAND,PP2A,TIP41常用的5个候选内参基因,设计特异性引物。通过实时荧光定量PCR,利用geNorm,NormFinder,Best-Keeper,Delta CT以及RefFinder等方法对5个候选内参基因在何首乌不同组织中的表达稳定性进行分析,为何首乌基因差异表达研究提供可靠的内参基因,以确保分析结果的可靠性。结果表明,各候选内参基因在何首乌不同组织中表达水平和稳定性有较大差异,其中对各候选内参基因的表达水平(Ct)的分布分析显示,以Actin和GAPDH基因在各组织中表达水平相对较高,而SAND,PP2A,TIP41表达水平较低;通过不同方法对各候选内参基因稳定性进行分析,geNorm分析结果以PP2A,GAPDH表达最为稳定,SAND表达稳定性最差,NormFinder和Delta CT法均以PP2A稳定性最高,SAND稳定性最低,而BestKeeper分析以Actin最稳定。通过RefFinder对候选基因稳定性进行综合评价分析得出以PP2A基因稳定性最高,其后依次为GAPDH,Actin,TIP41,SAND,以SAND基因稳定性最差。因此,PP2A基因为何首乌不同组织基因表达分析比较理想的内参基因。 展开更多
关键词 何首乌 内参基因 实时荧光定量PCR
猪圆环病毒2型灭活疫苗中病毒抗原含量实时荧光定量PCR检测方法的建立 认领
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作者 李雪峰 康斌 +6 位作者 赵炳武 武玉梅 戴伶俐 董鹏 张建春 张春阳 斯琴高娃 《畜牧与饲料科学》 2021年第1期8-13,共6页
依据GenBank公布的猪圆环病毒2型Cap基因序列,在保守区域设计特异性引物和TaqMan探针,优化反应体系,建立评价猪圆环病毒2型灭活疫苗中病毒含量的实时荧光定量PCR检测方法,对方法的特异性、敏感性和重复性进行试验,并验证灭活剂用量和灭... 依据GenBank公布的猪圆环病毒2型Cap基因序列,在保守区域设计特异性引物和TaqMan探针,优化反应体系,建立评价猪圆环病毒2型灭活疫苗中病毒含量的实时荧光定量PCR检测方法,对方法的特异性、敏感性和重复性进行试验,并验证灭活剂用量和灭活时间对检测结果的影响。结果显示:该方法只对猪圆环病毒2型基因有特异性扩增,其他3种对照病毒基因的扩增结果均为阴性;检测灵敏度达到102.0 TCID50/mL,比普通PCR方法高100倍;方法的重复性好,对同一样品进行10次检测,变异系数为2.28%;不同灭活剂用量和灭活时间对结果的影响较小,不会因各厂家使用的灭活剂用量和灭活时间不同,影响疫苗对比实验的公平性。该研究成功建立了一种评价猪圆环病毒2型灭活疫苗中病毒含量的实时荧光定量PCR检测方法,用于猪圆环病毒2型灭活疫苗样品中病毒抗原含量的定量,其结果可以反映不同猪圆环病毒2型灭活疫苗样品中抗原含量差异,为研究猪圆环病毒2型灭活疫苗病毒抗原含量评估方法提供了新的思路。 展开更多
关键词 实时荧光定量PCR 猪圆环病毒2型 灭活疫苗 Cap基因
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隐丹参酮抗大鼠吗啡条件性位置偏爱形成及其对相关脑区信号分子水平的影响 认领
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作者 陈少雅 杨丽娟 《海峡药学》 2021年第2期20-24,共5页
目的探究隐丹参酮对大鼠吗啡条件性位置偏爱(CPP)效应形成的影响及其抗吗啡CPP的可能作用部位和机制。方法建立吗啡CPP效应模型观察隐丹参酮对其影响;实时荧光定量PCR和Western Blot法检测大鼠成瘾相关脑区信号分子水平变化。结果:中剂... 目的探究隐丹参酮对大鼠吗啡条件性位置偏爱(CPP)效应形成的影响及其抗吗啡CPP的可能作用部位和机制。方法建立吗啡CPP效应模型观察隐丹参酮对其影响;实时荧光定量PCR和Western Blot法检测大鼠成瘾相关脑区信号分子水平变化。结果:中剂量隐丹参酮40 mg·kg^(-1)干预组可拮抗吗啡CPP效应形成;该组内侧前额叶皮层及海马区BDNF的表达水平与吗啡组比较明显降低。结论中剂量隐丹参酮40 mg·kg^(-1)可抑制吗啡CPP效应形成;这种抑制可能与其减少BDNF信号分子表达水平有关。 展开更多
关键词 隐丹参酮 吗啡 条件性位置偏爱 实时荧光定量PCR Western Blot
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玉米大斑病菌SC35同源基因表达规律与互作分析 认领
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作者 李天聪 朱行 +6 位作者 魏宁 龙凤 武建颖 张燕 董金皋 申珅 郝志敏 《中国农业科学》 CAS 北大核心 2021年第4期733-743,共11页
【目的】获得玉米大斑病菌(Setosphaeria turcica)SC35类剪接因子的基因,并分析该基因家族之间的相互作用及在病菌不同生长发育时期与侵染过程中的表达规律,为明确剪接因子SC35家族与真菌生长发育的关系打下基础。【方法】以拟南芥(Arab... 【目的】获得玉米大斑病菌(Setosphaeria turcica)SC35类剪接因子的基因,并分析该基因家族之间的相互作用及在病菌不同生长发育时期与侵染过程中的表达规律,为明确剪接因子SC35家族与真菌生长发育的关系打下基础。【方法】以拟南芥(Arabidopsis thaliana)SC35编码的氨基酸序列为探针序列,在玉米大斑病菌全基因组数据库进行同源比对,获得玉米大斑病菌中潜在的SC35蛋白;利用生物信息学方法对其保守结构域、系统进化关系进行分析;分别收集接种在感病玉米叶片表面不同时间及玉米大斑病菌菌丝、分生孢子、芽管、附着胞及侵入丝等不同发育时期的材料,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析在对玉米叶片侵染不同时间及不同发育时期可变剪接因子的转录水平;利用酵母双杂交技术明确玉米大斑病菌可变剪接因子之间的相互作用。【结果】在玉米大斑病菌中获得了8个潜在的SC35类蛋白基因,其编码的氨基酸具有典型的SR蛋白(Ser-Arg rich protein)结构域,而StSC1 C端具有2个RRM基序。8个基因位于染色体组的不同物理位置,不具有连锁关系。系统进化分析表明8个剪接因子分布于不同进化支,同源性较低。在病菌侵染寄主叶片过程中,StSC1、StSC2、StSC3、StSC4、StSC5、StSC6、StSC8在侵染18 h时表现为表达上调趋势,StSC7呈下调趋势,StSC4在6—18 h表现出较高表达活性;不同生长时期中,StSC1在病菌附着胞及侵染丝形成时期表达水平极显著上调(P<0.001),是分生孢子时期的24.44、8.25倍,其余7个可变剪接因子在病菌的生长过程中表达水平均呈下调趋势。酵母双杂交结果表明StSC4与StSC6、StSC3与StSC8、StSC3与StSC4、StSC8与StSC4有体外互作关系。【结论】在玉米大斑病菌侵染过程中及不同发育时期可变剪接因子的表达模式不同,StSC4在病菌整个侵染过程均活跃表达;StSC1、StSC4和StSC6对病菌附着胞和侵� 展开更多
关键词 玉米大斑病菌 可变剪接因子 实时荧光定量PCR 酵母双杂交
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实时荧光定量PCR法鉴别俄罗斯鲟鱼子酱分子 认领
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作者 万超 代弟 +2 位作者 屈菲 徐君怡 贾赟 《食品安全质量检测学报》 CAS 2021年第2期514-518,共5页
目的建立鉴别荧光定量PCR法鉴别俄罗斯鲟鱼子酱的方法。方法以鲟形目16种鱼类D-LOOP基因序列作为目的基因进行比对,选择差异序列设计俄罗斯鲟特异性引物,构建俄罗斯鲟源性成分实时荧光PCR检测方法。结果通过特异性检测同目7种近源物种... 目的建立鉴别荧光定量PCR法鉴别俄罗斯鲟鱼子酱的方法。方法以鲟形目16种鱼类D-LOOP基因序列作为目的基因进行比对,选择差异序列设计俄罗斯鲟特异性引物,构建俄罗斯鲟源性成分实时荧光PCR检测方法。结果通过特异性检测同目7种近源物种、46种非近源物种,表明该方法对于俄罗斯鲟源性成分具有较好的特异性;进行梯度稀释灵敏度检测,可检出0.1 ng/μL俄罗斯鲟DNA。通过对市售6种鱼子酱共35个样本进行检测,可检测出鱼子酱中的俄罗斯鲟成分。结论该荧光检测方法特异性强、灵敏度较高,适用于鱼子酱中俄罗斯鲟源性成分的鉴定检测。 展开更多
关键词 俄罗斯鲟 鱼子酱 实时荧光定量PCR 源性成分
不同灭活温度对新型冠状病毒核酸检测的影响 认领
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作者 严谨 陈小凤 +3 位作者 熊金萍 蒋佳辰 夏凤霞 何九宏 《检验医学与临床》 CAS 2021年第2期214-216,共3页
目的探讨不同灭活温度处理对新型冠状病毒核酸检测的影响。方法收集该中心2020年1月25至2月25日采集的新型冠状病毒核酸检测阳性标本14份,每份标本分别采取未灭活56℃、35 min和65℃、15 min恒温金属浴灭活处理,比较未灭活标本和灭活标... 目的探讨不同灭活温度处理对新型冠状病毒核酸检测的影响。方法收集该中心2020年1月25至2月25日采集的新型冠状病毒核酸检测阳性标本14份,每份标本分别采取未灭活56℃、35 min和65℃、15 min恒温金属浴灭活处理,比较未灭活标本和灭活标本循环阈值(Ct值),并进行统计学分析。结果未灭活组和56℃、35 min灭活处理组,未灭活组和65℃、15 min灭活处理组,56℃、35 min灭活处理组和65℃、15 min灭活处理组开放读码框1ab(ORF1ab)、核衣壳蛋白(N)基因扩增Ct值差异均无统计学意义(P>0.05)。在Ct值≥34的标本中未灭活组和56℃、35 min灭活处理组,未灭活组和65℃、15 min灭活处理组,56℃、35 min灭活处理组和65℃、15 min灭活处理组ORF1ab、N基因扩增Ct值差异均无统计学意义(P>0.05)。在Ct值<34的标本中未灭活组和56℃、35 min灭活处理组,未灭活组和65℃、15 min灭活处理组,56℃、35 min灭活处理组和65℃、15 min灭活处理组ORF1ab、N基因扩增Ct值差异均无统计学意义(P>0.05)。结论使用56℃、35 min灭活处理和65℃、15 min灭活处理新型冠状病毒标本对核酸检测结果无明显影响,对Ct值较大标本也未发现有明显影响,对于试验条件有限的基层检测机构可以采用上述方式处理标本以保护实验人员安全。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 实时荧光定量PCR 核酸 病毒灭活
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兽用疫苗中BVDV、PCV2和PPV污染三重荧光定量PCR检测方法的建立 认领
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作者 王艳 张秋蕾 +3 位作者 王英华 俞向前 张强 文德亮 《中国动物检疫》 CAS 2021年第3期107-111,共5页
为建立可以快速同时检测兽用疫苗中牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、猪圆环病毒2型(PCV2)和猪细小病毒(PPV)3种病原的方法,通过研究比对BVDV 5'-UTR、PCV2 Rep以及PPV NS1基因序列,分别设计合成了3对引物和3条荧光探针,在优化反应条件和反... 为建立可以快速同时检测兽用疫苗中牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、猪圆环病毒2型(PCV2)和猪细小病毒(PPV)3种病原的方法,通过研究比对BVDV 5'-UTR、PCV2 Rep以及PPV NS1基因序列,分别设计合成了3对引物和3条荧光探针,在优化反应条件和反应程序后,建立了一种可同时检测BVDV、PCV2以及PPV的三重荧光定量PCR方法,并对其敏感性、特异性进行了评估。结果显示,建立的三重荧光定量PCR方法灵敏度高,对3种病原核酸的最低检测限均为10 copies/μL;特异性强,与其他相关病原(猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、伪狂犬病病毒、非洲猪瘟病毒)均无交叉反应。结果表明,本试验建立的三重荧光定量PCR适于疫苗中外源病毒的检测,可用于疫苗等生物制品质量把控。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒 圆环病毒2型 细小病毒 实时荧光定量PCR 兽用疫苗
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羊口疮病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR法的建立 认领
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作者 张敏 杨丹娇 +2 位作者 蓝岚 刘怡雯 叶忠明 《四川畜牧兽医》 2021年第2期25-28,共4页
为建立快速、灵敏、特异的检测羊口疮病毒(ORFV)的方法,基于羊口疮病毒保守序列B2L基因合成一对用于建立SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR的特异性引物,将ORFV B2L全长基因和pMD19-T质粒载体连接,构建重组阳性质粒,以构建的重组质粒DNA作... 为建立快速、灵敏、特异的检测羊口疮病毒(ORFV)的方法,基于羊口疮病毒保守序列B2L基因合成一对用于建立SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR的特异性引物,将ORFV B2L全长基因和pMD19-T质粒载体连接,构建重组阳性质粒,以构建的重组质粒DNA作为模板,建立ORFV SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法。结果显示:所建立的ORFV SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法线性关系良好,重复性好,扩增效率高,无引物二聚体和非特异性扩增,最低检测限为2.13×101copies/μL,比普通PCR高出1 000倍,该方法对绵羊羊痘病毒和山羊痘病毒的核酸cDNA不检出,特异性好;对180份山羊全血样本进行ORFV检测,结果得出常规PCR阳性检出率为2.8%(5/180),荧光定量PCR阳性检出率为4.4%(8/180)。试验表明,本次建立的ORFV SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法特异性强、敏感度高、重复性好,适用于羊口疮病毒临床样本的检测。 展开更多
关键词 羊口疮病毒 SYBR GreenⅠ 实时荧光定量PCR
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伴有t(6;9)(p23;q34)/DEK-NUP214融合基因阳性的急性髓系白血病患者的特征分析 认领
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作者 董莹 李丽宁 +6 位作者 郭华燕 张艳敏 张琴 雷鑫 闫芳 徐莉 舒汨汨 《检验医学与临床》 CAS 2021年第4期433-435,439,共4页
目的探讨伴有t(6;9)(p23;q34)/DEK-NUP214融合基因阳性的急性髓系白血病(AML)患者的特征。方法应用流式细胞术对8例初诊AML患者进行免疫分型;8例初诊AML患者的骨髓细胞培养24 h后按常规制备染色体,利用G显带技术进行染色体核型分析;采... 目的探讨伴有t(6;9)(p23;q34)/DEK-NUP214融合基因阳性的急性髓系白血病(AML)患者的特征。方法应用流式细胞术对8例初诊AML患者进行免疫分型;8例初诊AML患者的骨髓细胞培养24 h后按常规制备染色体,利用G显带技术进行染色体核型分析;采用实时荧光定量PCR的方法扩增DEK-NUP214融合基因。结果8例患者均异常表达AML抗原谱(主要包括HLA-DR、cMPO、CD33、CD13、CD34、CD11b、CD117);8例AML患者均形成DEK-NUP214融合基因,6例伴t(6;9)(p23;q34)易位,4例进行基因突变检测患者中,2例检出FLT3-ITD突变阳性;在中国人民解放军空军军医大学第一附属医院/西京医院住院治疗的5例患者中,1例未化疗即死亡,2例患者第1疗程用IDA标准剂量化疗,1例无效死亡,1例死于感染;2例行地西他滨联合CAG方案化疗,1例缓解后行异基因造血干细胞移植术,术后1.5年死于肺部感染,1例缓解后很快复发死亡。结论伴有t(6;9)(p23;q34)/DEK-NUP214融合基因阳性的AML是一类独特的、预后极差的急性白血病,检测DEK-NUP214融合基因有助于这类疾病的诊断、危险度分层、疗效观察和预后判断。 展开更多
关键词 t(6 9) DEK-NUP214 融合基因 实时荧光定量PCR 急性髓系白血病
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猪伪狂犬病病毒野毒LNA探针real-time PCR检测方法的建立 认领 被引量:1
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作者 李艳 楚品品 +7 位作者 雷雯 勾红潮 蒋智勇 蔡汝健 宋帅 卞志标 杨东霞 李春玲 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2021年第1期36-41,共6页
本研究根据猪伪狂犬病病毒gE基因保守区域设计特异性引物和LNA-TaqMan探针,建立了基于LNA-TaqMan探针的猪伪狂犬病病毒野毒株荧光定量PCR检测方法。结果显示:所建立的方法能够特异性的检测出猪伪狂犬病病毒野毒株;灵敏度更高,最低检测... 本研究根据猪伪狂犬病病毒gE基因保守区域设计特异性引物和LNA-TaqMan探针,建立了基于LNA-TaqMan探针的猪伪狂犬病病毒野毒株荧光定量PCR检测方法。结果显示:所建立的方法能够特异性的检测出猪伪狂犬病病毒野毒株;灵敏度更高,最低检测下限为10个拷贝/μL;批内变异系数和批间变异系数分别为0.43%~0.64%、0.44%~2.34%,重复性良好。对67份临床样品进行检测,病毒分离培养法检测出23份阳性样品,LNA-TaqMan探针荧光定量PCR方法检测出26份阳性样品,常规TaqMan探针法检测出21份阳性样品,与病毒分离法比较,LNA-TaqMan探针法的符合率为96%。本研究建立的基于LNA-TaqMan探针检测猪伪狂犬病病毒野毒株的荧光定量PCR方法,为猪伪狂犬病的诊断和流行病学调查提供了可靠的技术支持。 展开更多
关键词 猪伪狂犬病病毒 GE基因 LNA探针 实时荧光定量PCR
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鸡宿主限制因子SAMHD1实时荧光定量PCR检测方法的建立 认领
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作者 李建梅 周生 +4 位作者 张斌 姜逸 徐步 高明燕 俞燕 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2021年第1期71-79,共9页
为建立一种快速检测chSAMHD1表达量的方法,本研究以SPF鸡外周血单个核细胞总cDNA为模板,构建了包含chSAMHD1全长CDS的重组质粒pMD-chSAMHD1。跨chSAMHD1内含子设计1对荧光定量PCR特异性引物,以构建的重组质粒作为标准品,建立chSAMHD1实... 为建立一种快速检测chSAMHD1表达量的方法,本研究以SPF鸡外周血单个核细胞总cDNA为模板,构建了包含chSAMHD1全长CDS的重组质粒pMD-chSAMHD1。跨chSAMHD1内含子设计1对荧光定量PCR特异性引物,以构建的重组质粒作为标准品,建立chSAMHD1实时荧光定量PCR检测方法,并对其敏感性、特异性及重复性进行验证,将其应用于1日龄SPF鸡组织chSAMHD1表达量的检测。结果显示:用建立的实时荧光定量PCR方法对5×10^8~5×10^4拷贝/μL的标准质粒进行检测,所得标准曲线呈现良好的线性关系;最低检测限为50拷贝/μL,灵敏度是普通PCR的100倍;特异性良好,仅能检测到鸡源细胞中SAMHD1基因;重复性好,组内和组间变异系数均小于2%;应用该方法检测1日龄正常SPF鸡心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、脑、神经、胸腺、法氏囊、十二指肠、腿肌、腺胃等组织的chSAMHD1基因拷贝数,结果显示chSAMHD1具有广泛的组织分布性。本研究为chSAMHD1功能研究提供了一种准确、有效的检测手段。 展开更多
关键词 宿主限制因子 SAMHD1 实时荧光定量PCR
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扇脉杓兰实时荧光定量PCR内参基因的筛选 认领
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作者 段国敏 李田园 +2 位作者 田敏 王彩霞 张莹 《核农学报》 CAS 北大核心 2021年第3期576-585,共10页
为筛选出扇脉杓兰实时荧光定量PCR(RT-qPCR)中最适内参基因,以扇脉杓兰幼根、茎、叶、唇瓣、种子为研究材料,利用RT-qPCR技术检测12个常见看家基因TIF3I1、CYP22、RPS4、UPL1、UBC2、TUBB3、RPL26B、RAN1、SAMDC、ACT3、PP2A3和EF1的表... 为筛选出扇脉杓兰实时荧光定量PCR(RT-qPCR)中最适内参基因,以扇脉杓兰幼根、茎、叶、唇瓣、种子为研究材料,利用RT-qPCR技术检测12个常见看家基因TIF3I1、CYP22、RPS4、UPL1、UBC2、TUBB3、RPL26B、RAN1、SAMDC、ACT3、PP2A3和EF1的表达情况,结合geNorm、NormFinder和BestKeeper软件综合评价候选内参基因的稳定性;根据分析结果筛选出最佳内参基因和其组合,并通过2个目的基因SERK2和ASK1对内参基因的稳定性进行验证。结果表明,在9个样品材料中,稳定性最好的内参基因为CYP22、UBC2、TUBB3、RPS4;在扇脉杓兰幼根、茎、叶和唇瓣中,PP2A3、TIF3I1表达较为稳定,SAMDC和ACT3最不稳定;TUBB3和UBC2在种子中表达稳定性最佳,RAN1和ACT3稳定性最低。相对稳定的内参基因TUBB3、UBC2、TUBB3+UBC2对目的基因SERK2和ASK1显示出一致的相对表达量;而不稳定的内参基因ACT3并没有对数据进行有效的标椎化,结果存在明显偏差。本研究不仅有助于提高扇脉杓兰基因表达分析的准确性,也为其他杓兰属植物内参基因的筛选提供了理论依据。 展开更多
关键词 扇脉杓兰 实时荧光定量PCR 内参基因 稳定性评价
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盐地碱蓬SsDHN基因的功能分析 认领
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作者 马慧 孙华卿 +6 位作者 李会 邓珊 王小安 陈水森 陈丽静 张丽 钟鸣 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2021年第3期827-832,共6页
脱水素(DHN)是一种在逆境下起重要作用的功能性蛋白。为了分析脱水素蛋白在抗盐碱方面的作用机制,本研究以从盐地碱蓬中克隆获得的脱水素(Ss DHN)基因为研究对象,对基因序列进行生物信息学分析,结果表明盐地碱蓬的脱水素蛋白为部分无序... 脱水素(DHN)是一种在逆境下起重要作用的功能性蛋白。为了分析脱水素蛋白在抗盐碱方面的作用机制,本研究以从盐地碱蓬中克隆获得的脱水素(Ss DHN)基因为研究对象,对基因序列进行生物信息学分析,结果表明盐地碱蓬的脱水素蛋白为部分无序的亲水性蛋白,含1个S-片段和3个K-片段,属于SKn型脱水素蛋白。通过实时荧光定量PCR分析,结果表明碱蓬SsDHN基因受盐胁迫诱导表达。实验结果证明了Ss DHN蛋白通过自身的无序性,以及S、K片段等结构特性来抵抗盐胁迫。本研究为进一步深入研究SsDHN基因的抗逆机制提供了基础。 展开更多
关键词 盐地碱蓬(Suaeda salsa) SsDHN 生物信息学分析 实时荧光定量PCR
实时荧光定量PCR法检测猪伪狂犬病毒灭活疫苗抗原含量的研究 认领
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作者 李雪峰 康斌 +3 位作者 戴伶俐 武玉梅 赵炳武 张春阳 《四川畜牧兽医》 2021年第3期29-31,34,共4页
本研究根据GenBank公布的猪伪狂犬病毒gB基因保守序列设计引物和TaqMan探针,采用实时荧光定量PCR方法检测猪伪狂犬病毒灭活疫苗的抗原含量,并对方法的特异性和敏感性进行验证。结果显示:该方法灵敏度可达10~2 TCID_(50)/mL,只对猪伪狂... 本研究根据GenBank公布的猪伪狂犬病毒gB基因保守序列设计引物和TaqMan探针,采用实时荧光定量PCR方法检测猪伪狂犬病毒灭活疫苗的抗原含量,并对方法的特异性和敏感性进行验证。结果显示:该方法灵敏度可达10~2 TCID_(50)/mL,只对猪伪狂犬病毒有特异性扩增曲线,其他4种对照病毒均为阴性;检测猪伪狂犬病毒灭活疫苗样品,结果可以反映出疫苗样品中病毒抗原含量有差异。 展开更多
关键词 实时荧光定量PCR 猪伪狂犬病毒 灭活疫苗 抗原
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蛋白酶K预处理在SARS-CoV-2核酸提取中的应用探讨 认领
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作者 王念 巫丽娟 +10 位作者 周易 宋兴勃 叶远馨 钟慧钰 周汶静 陶昕彤 刘堂喻亨 宋佳佳 斯艳君 陆小军 应斌武 《国际检验医学杂志》 CAS 2021年第1期30-33,共4页
目的探讨蛋白酶K(PK)在新型冠状病毒(SARS-CoV-2)不同类型标本中的应用价值。方法通过对临床上确诊新型冠状病毒肺炎(COVID-19)患者核酸检测阳性的50份鼻咽拭子标本和20份粪便标本分别进行平行实验,向其中一份加入PK进行预处理(PK组),... 目的探讨蛋白酶K(PK)在新型冠状病毒(SARS-CoV-2)不同类型标本中的应用价值。方法通过对临床上确诊新型冠状病毒肺炎(COVID-19)患者核酸检测阳性的50份鼻咽拭子标本和20份粪便标本分别进行平行实验,向其中一份加入PK进行预处理(PK组),而另外一份则不加入PK(未处理组)。使用NucliSENS easyMAG磁珠提取系统对标本进行RNA提取,提取的RNA经实时荧光定量PCR(qPCR)进行SARS-CoV-2核酸检测。结果对50份鼻咽拭子标本和20份粪便标本的qPCR结果中ORF基因和N基因的循环阈值进行分析,未处理组和PK组实验结果比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论在使用NucliSENS easyMAG磁珠提取系统对SARS-CoV-2鼻咽拭子标本和粪便标本进行提取时,PK的预处理对核酸检测结果没有影响。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 蛋白酶K 核酸提取 实时荧光定量PCR
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解淀粉芽孢杆菌实时荧光定量PCR测定方法的建立及其在豆粕发酵中的应用 认领
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作者 杨湘黔 崔京春 +4 位作者 曾诗娴 成丽 张珂彬 胡晓红 鲍雅静 《动物营养学报》 CAS 北大核心 2021年第1期494-505,共12页
本试验旨在通过快速定量不同发酵时期下发酵豆粕中解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)的数量,以解决豆粕发酵过程品质监控的瓶颈难题,建立解淀粉芽孢杆菌的实时荧光定量PCR方法。根据解淀粉芽孢杆菌DNA解旋酶A亚基(gyrA)基因及... 本试验旨在通过快速定量不同发酵时期下发酵豆粕中解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)的数量,以解决豆粕发酵过程品质监控的瓶颈难题,建立解淀粉芽孢杆菌的实时荧光定量PCR方法。根据解淀粉芽孢杆菌DNA解旋酶A亚基(gyrA)基因及16S核糖体RNA(16S rRNA)基因的保守区设计出3对引物,利用常规PCR筛选出1对特异性引物,并以该引物的扩增产物构建的重组质粒作为标准品,建立实时荧光定量PCR方法,并对该方法进行特异性、灵敏性、重复性检验,核酸水平抗干扰验证及豆粕对检测敏感度的干扰验证,最后对发酵的豆粕样品进行定量检测。结果表明:1)以gyrA基因设计的引物构建的质粒标准品建立的实时荧光定量PCR方法具有良好的特异性;2)该方法检测解淀粉芽孢杆菌核酸和菌液的最低检测限分别为102 copies/μL和103 CFU/mL;3)该方法组内变异系数在0.76%~3.27%,组间变异系数在0.34%~1.88%,均低于5%,说明重复性良好;4)含有与不含副干酪乳杆菌核酸的解淀粉芽孢杆菌的Ct值无显著差异(P>0.05),说明该方法不受检样中其他微生物的核酸干扰;5)该方法对豆粕中解淀粉芽孢杆菌的检测限为104 CFU/mL,比纯菌液最低检测敏感度(103 CFU/mL)降低了1个数量级(但不影响该方法的实际检测应用)。解淀粉芽孢杆菌在不同发酵时期发酵豆粕样品中定量检测结果表明,发酵0 d解淀粉芽孢杆菌的数量为9.33×10^5 copies/g,发酵至5 d接种菌数量为4.16×10^8 copies/g。由此可见,本试验建立的解淀粉芽孢杆菌实时荧光定量PCR方法特异性强,灵敏度高,抗干扰能力强,可快速定量发酵豆粕中的解淀粉芽孢杆菌的数量。 展开更多
关键词 发酵豆粕 解淀粉芽孢杆菌 实时荧光定量PCR GYRA基因 定量方法
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诱变酒酒球菌中抗酸候选基因ATPase和FtsH的表达差异分析及功能验证 认领
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作者 文向圆 原雨欣 +1 位作者 余东亮 刘树文 《中国食品学报》 EI CAS 北大核心 2021年第1期215-224,共10页
为研究胁迫条件下具有不同表达趋势的抗酸候选基因ATPase和FtsH是否可以提高菌株的抗酸性,利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)测定诱变酒酒球菌抗酸菌株b1和酸敏菌株b2中ATPase和FtsH在pH 4.8(最适条件)和pH 3.0(胁迫条件)ATB培养基中的相对... 为研究胁迫条件下具有不同表达趋势的抗酸候选基因ATPase和FtsH是否可以提高菌株的抗酸性,利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)测定诱变酒酒球菌抗酸菌株b1和酸敏菌株b2中ATPase和FtsH在pH 4.8(最适条件)和pH 3.0(胁迫条件)ATB培养基中的相对表达量,分析其表达趋势;从b1中克隆ATPase和FtsH,分别命名为ATPase1和FtsH1,从b2中克隆ATPase和FtsH,分别命名为ATPase2和FtsH2,分析序列差异;将ATPase1,ATPase2,FtsH1和FtsH2分别在植物乳杆菌XJ25中做功能验证,构成重组植物乳杆菌a1,a2,f1和f2。以含空载体的植物乳杆菌con为对照,于pH 3.2的MRS培养基中测定重组植物乳杆菌的生长能力。定量结果表明ATPase在菌株b1和b2中表达量均显著上调;FtsH在b1中不变,在b2中显著上调。ATPase1和ATPase2在功能结构域内有3处非同义突变,FtsH1和FtsH2在跨膜结构域内有1处非同义突变。功能验证结果表明:a1和a2的生长能力均强于con,且a1和a2生长能力无差异;f1生长能力强于con,f2生长能力与con无差异。由此可知ATPase1,ATPase2和FtsH1均可以提高菌株抗酸性。 展开更多
关键词 抗酸 生物信息学分析 实时荧光定量PCR
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实时荧光定量PCR检测HBV-DNA与化学发光磁微粒法检测乙肝五项的关系 认领
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作者 马晶晶 孟雨 《基层医学论坛》 2021年第7期970-972,共3页
目的探讨实时荧光定量PCR技术检测HBV-DNA与化学发光微粒子免疫分析技术检测乙肝五项的关系。方法对2020年4月—7月在遵义市第一人民医院检测HBV-DNA结果阳性且同时检测乙肝五项的455例患者进行回顾性研究,观察乙肝五项不同阳性指标组... 目的探讨实时荧光定量PCR技术检测HBV-DNA与化学发光微粒子免疫分析技术检测乙肝五项的关系。方法对2020年4月—7月在遵义市第一人民医院检测HBV-DNA结果阳性且同时检测乙肝五项的455例患者进行回顾性研究,观察乙肝五项不同阳性指标组合所占比例,分析HBeAg^(+)组和HBeAb^(+)组患者的HBV-DNA病毒载量分布情况,并进一步比较HBeAg^(+)组与HBeAg-组HBV-DNA病毒载量。结果HBsAg^(+)HBeAg^(+)HBcAb^(+)和HBsAg^(+)HBeAb^(+)HBcAb^(+)患者所占比例分别为36.92%,55.38%,显著高于其他阳性组患者(P<0.05)。HBeAg^(+)组和HBeAb^(+)组HBV-DNA在不同载量组比较差异有统计学意义(P<0.05),HBeAg^(+)组与HBeAg-组HBV-DNA病毒载量差异有统计学意义(P<0.05)。结论实时荧光定量PCR检测HBV-DNA含量联合化学发光微粒子免疫分析技术检测乙肝五项,对乙肝患者的诊断治疗以及判断传染性有重要的临床意义。 展开更多
关键词 乙肝五项 实时荧光定量PCR 化学发光微粒子免疫分析技术 乙肝病毒载量
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