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EGR1基因与中国汉族人群阿尔茨海默病发病风险的关联研究 预览
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作者 方新宇 卢卫红 +6 位作者 王慧珍 倪建良 张江涛 蔡军 李涛 张登峰 张晨 《上海交通大学学报:医学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期153-159,共7页
目的·探讨早期生长反应基因1(early growth response gene 1,EGR1)与中国汉族人群阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)发病风险的关联。方法·纳入2 个独立样本共计715 例AD 患者和760 例健康对照(包括来自华东地区的382... 目的·探讨早期生长反应基因1(early growth response gene 1,EGR1)与中国汉族人群阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)发病风险的关联。方法·纳入2 个独立样本共计715 例AD 患者和760 例健康对照(包括来自华东地区的382 例AD 患者和426 例健康对照以及来自西南地区的333 例AD 患者和334 例健康对照)。采取外周静脉血并提取DNA,利用SNaPshot 技术对单核苷酸多态性位点rs11743810 进行分型。结合公共数据库探索EGR1 基因在AD 患者和健康对照的大脑中是否存在差异表达;并通过STRING 数据库构建蛋白质– 蛋白质交互作用(protein-protein interaction,PPI)网络图,以明确EGR1 与AD 高风险基因之间是否存在联系;采用表达数量性状基因座(expression quantitative trait loci,eQTL)关联分析探讨rs11743810 多态性与AD 易感性的关系。结果·差异表达分析发现,AD 患者与健康对照脑内EGR1 基因在颞叶皮层表达存在显著差异(校正前|log2FC|=0.780,P=0.000;FDR 校正后P=0.001)。PPI 结果也表明EGR1 蛋白与AD 高风险基因表达的蛋白如淀粉样蛋白前体(amyloid precursor protein,APP)以及载脂蛋白J(clusterin,CLU)之间存在交互作用。然而,eQTL 分析结果显示,EGR1 基因单核苷酸多态性rs11743810 不同基因型在10个脑区的表达无明显差异(校正后P>0.05)。外周血DNA 样本分析结果也提示AD 组和健康对照组的rs11743810 位点基因型和等位基因分布频率的差异均无统计学意义(P>0.05)。结论· rs11743810 多态性位点可能不是中国汉族人群AD 的主要致病位点。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 基因多态性 早期生长反应基因1 表达数量性状基因座 差异表达
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青海高原耐旱蚕豆品种青海13号响应干旱胁迫蛋白质组学分析
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作者 李萍 侯万伟 刘玉皎 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期267-275,共9页
蛋白质组学研究在功能基因组时代发挥着越来越重要的作用,利用双向电泳技术和质谱鉴定技术,可大量研究作物逆境胁迫后蛋白质组的变化,增加作物响应干旱胁迫机制的认识和理解。为探讨一种抗旱性蚕豆青海13号品种的耐旱机制,本研究对其幼... 蛋白质组学研究在功能基因组时代发挥着越来越重要的作用,利用双向电泳技术和质谱鉴定技术,可大量研究作物逆境胁迫后蛋白质组的变化,增加作物响应干旱胁迫机制的认识和理解。为探讨一种抗旱性蚕豆青海13号品种的耐旱机制,本研究对其幼苗期进行干旱胁迫处理,应用上述技术进行差异蛋白质组分析,经t检验发现32个差异表达蛋白点,部分呈现上调表达,部分呈现下调表达,还有7个消失蛋白点和1个新增蛋白点。采用MALDI-TOF/TOF鉴定和生物信息学分析发现,成功鉴定的21个蛋白点按其所参与的代谢途径和生化功能可分为七大类,参与信号转导的2个,参与自由基清除的1个,参与防卫反应的1个,参与代谢的8个,参与蛋白加工的1个,参与光合的5个,未知功能蛋白3个。22kD干旱诱导蛋白、应激诱导蛋白、17.5kD一级热激蛋白、超氧化物歧化酶是与抗旱性有直接关联的蛋白点,其相对表达量的上调可能是青海13号蚕豆具有较强抗旱性的重要原因。 展开更多
关键词 蚕豆 干旱胁迫 蛋白质组 差异表达 功能分类
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前列腺癌差异性下调lncRNA的数据挖掘及表达分析 预览
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作者 万佳慧 王孝锦 +2 位作者 王秀丽 姜世君 崔荣军 《牡丹江医学院学报》 2019年第2期33-36,共4页
目的筛选前列腺癌中差异性下调的lncRNA。方法从TCGA数据库获取前列腺癌和癌旁组织的基因表达数据;利用R语言中EdgeR程序包筛选前列腺癌中表达下调的lncRNA;分析排名最靠前的lncRNA在前列腺癌不同种族、年龄、Gleason评分的临床样本中... 目的筛选前列腺癌中差异性下调的lncRNA。方法从TCGA数据库获取前列腺癌和癌旁组织的基因表达数据;利用R语言中EdgeR程序包筛选前列腺癌中表达下调的lncRNA;分析排名最靠前的lncRNA在前列腺癌不同种族、年龄、Gleason评分的临床样本中的差异表达;GraphPad Prism绘制ROC曲线;KEGG分析获取相关信号转导通路。结果筛选出前列腺癌组织中显著下调的lncRNA166种,其中EMX2OS排名最靠前;EMX2OS能够区分前列腺癌组织与癌旁组织;不同种族、不同Gleason评分、不同年龄前列腺癌组织EMX2OS的表达与癌旁组织相比显著降低(P<0.01);Gleason评分为7与Gleason评分为9的前列腺癌组织相比,EMX2OS的表达显著降低(P<0.05);EMX2OS的相关基因主要富集于cGMP-PKG、血管平滑肌收缩、钙离子等与肿瘤的发生发展密切相关的信号转导途径。结论筛选出前列腺癌组织显著低表达的lncRNAEMX2OS,有望成为前列腺癌的诊断标志。 展开更多
关键词 下调LncRNA EMX2OS 差异表达 前列腺癌
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不同木质底物诱导下桦剥管菌细胞内差异蛋白质分析
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作者 闫绍鹏 訾晓雪 王秋玉 《南京林业大学学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期181-185,共5页
【目的】研究桦剥管菌在不同木质底物诱导下细胞内蛋白的差异表达情况,探讨桦剥管菌降解木材机理。【方法】以白桦、云杉木屑为诱导底物,利用蛋白质组双向电泳技术(2-DE)结合质谱技术(MALDI-TOF/TOF MS),检测桦剥管菌在不同树种木屑诱... 【目的】研究桦剥管菌在不同木质底物诱导下细胞内蛋白的差异表达情况,探讨桦剥管菌降解木材机理。【方法】以白桦、云杉木屑为诱导底物,利用蛋白质组双向电泳技术(2-DE)结合质谱技术(MALDI-TOF/TOF MS),检测桦剥管菌在不同树种木屑诱导下与对照组(未加木屑)相比菌体胞内蛋白质变化情况,对差异蛋白进行生物信息学分析。【结果】在白桦和云杉木屑诱导下,桦剥管菌细胞内蛋白表达发生了明显变化,处理组(添加木屑)共检测到32个细胞内差异表达蛋白点,经质谱检测及数据库检索,成功鉴定17个差异蛋白点,这些蛋白具有转移酶、水解酶、蛋白结合、细胞信号转导等分子功能,涉及分解代谢、有机物质代谢、氮化合物代谢、初级代谢、细胞生物合成和刺激响应过程。【结论】桦剥管菌降解木材是多种蛋白质共同作用的结果,通过调节多种代谢过程中的相关蛋白表达来发挥作用。 展开更多
关键词 底物诱导 桦剥管菌 胞内蛋白 差异表达
miRNA-29b-3p和miRNA-34c-3p在染矽尘大鼠肺组织和A549细胞中表达变化的研究
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作者 王佳宇 耿晓 +4 位作者 贾强 李超 赛林霖 于功昌 邵华 《中华劳动卫生职业病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期110-115,共6页
目的通过检测染矽尘大鼠肺组织和A549细胞中微RNA-29b-3p(miRNA-29b-3p)和微RNA-34c-3p(miRNA-34c-3p)的表达水平,探讨miRNA-29b-3p和miRNA-34c-3p在肺纤维化进程中的作用。方法SPF级雄性Wistar大鼠60只,按体重随机分为对照组和二氧化硅... 目的通过检测染矽尘大鼠肺组织和A549细胞中微RNA-29b-3p(miRNA-29b-3p)和微RNA-34c-3p(miRNA-34c-3p)的表达水平,探讨miRNA-29b-3p和miRNA-34c-3p在肺纤维化进程中的作用。方法SPF级雄性Wistar大鼠60只,按体重随机分为对照组和二氧化硅(SiO2)染尘组,每组30只,用一次性非暴露式气管滴注法灌注SiO2染尘组大鼠1 ml SiO2悬浊液,对照组大鼠相同方法气管内注入1 ml灭菌生理盐水。于染尘后1、7、14、21、28 d两组分别采集6只大鼠肺组织,其中3只大鼠取出肺组织进行病理学观察,另外3只采用miRNA微阵列芯片技术筛选肺组织中差异表达的miRNA。在体外细胞水平中培养A549细胞,分为对照组、SiO2刺激组和TGF-β1刺激组,在处理后的12、24和48 h收取细胞,通过荧光定量PCR(qRT-PCR)方法验证miRNA-29b-3p和miRNA-34c-3p在各组大鼠肺组织和A549细胞中的表达水平,对miRNA-29b-3p和miRNA-34c-3p进行靶基因预测并进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果对照组大鼠体重增长速度较SiO2染尘组大鼠明显;与对照组比较,SiO2染尘组大鼠的肺脏质量和肺系数明显升高,差异有统计学意义(P<0.05)。对照组大鼠肺组织21、28 d炎症反应较1、7、14 d明显减轻,SiO2染尘组大鼠肺组织有持续性炎性细胞浸润;对照组大鼠肺组织21、28 d有少量胶原分布,SiO2染尘组大鼠肺组织21 d后开始出现大量胶原纤维沉积。与对照组比较,SiO2染尘组中miRNA-29b-3p和miRNA-34c-3p表达水平均明显下调,差异均有统计学意义(P<0.05)。A549细胞在SiO2和人重组TGF-β1处理后,与对照组比较,24 h和48 h处理组中miRNA-29b-3p和miRNA-34c-3p表达水平均明显下调,差异有统计学意义(P<0.05)。结论大鼠肺组织和A549细胞中miRNA-29b-3p和miRNA-34c-3p的下调可能与早期矽肺的发生发展有关,有望成为早期矽肺诊断以及预后的指标。 展开更多
关键词 矽肺 肺纤维化 微RNA 大鼠 差异表达
大豆2S清蛋白基因生物信息学分析
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作者 王迪 邱红梅 +5 位作者 王曙明 高淑芹 马晓萍 王洋 郑大浩 王跃强 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期16-24,共9页
2S清蛋白含有动物胰蛋白酶抑制剂及过敏原等多种具有生理活性的多肽,可引起特殊人群尤其是儿童的过敏反应,其编码基因为LTP基因家族。为系统地分析2S清蛋白编码基因,利用生物信息学分析方法获得2S清蛋白基因的全序列、定位以及转录本等... 2S清蛋白含有动物胰蛋白酶抑制剂及过敏原等多种具有生理活性的多肽,可引起特殊人群尤其是儿童的过敏反应,其编码基因为LTP基因家族。为系统地分析2S清蛋白编码基因,利用生物信息学分析方法获得2S清蛋白基因的全序列、定位以及转录本等信息,鉴定了30个大豆LTP家族基因。基因定位结果表明:23. 33%基因在染色体上串联排布,反映了该家族基因的串联重复进化。通过基因功能注释得到22个非特异性脂质转运蛋白,1个类伸展素蛋白,4个脯氨酸蛋白,2个种子储存2S清蛋白和1个雄蕊特殊蛋白。根据系统发育分析将这些蛋白分成3个类群。类群I有类伸展素蛋白、脯氨酸蛋白、雄蕊特殊蛋白和种子储存2S清蛋白,类群II有16个非特异性脂质转运蛋白,类群III有6个非特异性脂肪转移蛋白。种子储存2S清蛋白基因在种子发育中后期特异表达,表达量显著高于其它同源基因。本研究为进一步研究其功能提供指导,为该类基因应用于大豆品质改良提供理论支撑。 展开更多
关键词 大豆 LTP 进化分析 差异表达
小鼠正常黑色素细胞与黑色素瘤细胞(B16)mRNA表达差异分析
7
作者 姬凯元 范瑞文 +3 位作者 张俊珍 刘博 李秀青 齐淑慧 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期92-100,共9页
黑色素瘤是一种高侵袭性的恶性皮肤肿瘤,转移率高、预后差。研究黑素瘤细胞生物学特性对黑素瘤的治疗和控制具有重要的意义。本研究以C57BL/6J小鼠的正常黑色素细胞及B16黑色素瘤细胞为研究对象,采用二代测序技术分析两种细胞间的转录... 黑色素瘤是一种高侵袭性的恶性皮肤肿瘤,转移率高、预后差。研究黑素瘤细胞生物学特性对黑素瘤的治疗和控制具有重要的意义。本研究以C57BL/6J小鼠的正常黑色素细胞及B16黑色素瘤细胞为研究对象,采用二代测序技术分析两种细胞间的转录组表达差异,筛选差异基因,为后续黑色素瘤的形成机制研究提供理论依据。采用差异倍数及错误率分析测序数据,鉴定出1 436个新的mRNA和4 086个差异表达的已知mRNA。GO数据库和KEGG数据库分析显示,差异表达的mRNAs参与了149个调控途径,主要集中在疾病调控、细胞周期调节和环境信息调控方面。qRT-PCR及Western印迹检测发现,调节细胞增殖、迁移的Pdgf-B、Integrinβ1和Integrinβ5以及调节黑色素颗粒增加的Mitf、Tyr、Tyrp1和Tyrp2在B16细胞中的表达量显著高于在正常黑色素细胞中的表达。本研究获得的差异基因为后续黑色素瘤的研究提供了新的候选基因。 展开更多
关键词 黑色素瘤 黑色素细胞 差异表达 MRNA
基于转录组数据对七叶树中三萜皂苷合成途径的研究
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作者 魏一丁 熊超 +6 位作者 张天缘 高翰 尹青岗 姚辉 孙伟 胡志刚 陈士林 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1135-1144,共10页
七叶树是七叶树科七叶树属高大乔木,集药用与观赏于一身。七叶树种子是其主要的药用部位,主要有效成分为齐墩果烷型三萜皂苷类化合物七叶皂苷。为了解七叶树三萜化合物生物合成的分子基础,该研究采用Illumina Hi Seq 2000高通量测序获... 七叶树是七叶树科七叶树属高大乔木,集药用与观赏于一身。七叶树种子是其主要的药用部位,主要有效成分为齐墩果烷型三萜皂苷类化合物七叶皂苷。为了解七叶树三萜化合物生物合成的分子基础,该研究采用Illumina Hi Seq 2000高通量测序获得七叶树种子与花的转录组数据,并对其代谢途径相关基因进行挖掘;使用Trinity软件实现unigene的de novo拼接;并将转录组的测序结果运用KEGG数据库进行注释,从而预测七叶树三萜代谢的具体途径。结果显示七叶树转录组共有2个三萜代谢途径相关数据集,分别为萜类物质前体代谢途径(途径编号为ko00900)和倍半萜与三萜代谢途径(途径编号为ko00909),对应的基因分别有47,27条。进一步根据催化酶与活性产物的总结比较分析发现萜类物质前体代谢途径相关酶共有8种,三萜代谢途径相关酶有3种。该研究首次在七叶树中解析出5条与三萜环化酶对应的基因,它们可能参与β-香树精合成进而形成七叶皂苷。通过种子与花的转录组表达差异分析显示,ko00900和ko00909途径相关的差异基因有33个;相对于花器官,种子中有17个unigenes表达量上调,16个unigenes表达量下调。该研究运用qRT-PCR实验对SQE(Unigene25806),HMGS(Unigene36710),β-AS(Unigene33291) 3个差异显著的关键酶基因的表达进行了试验验证,实验结果qRT-PCR结果与转录组数据一致。该研究所发现的七叶树的三萜皂苷合成相关候选基因能对七叶树三萜代谢合成与调控方面提供理论依据。 展开更多
关键词 七叶树 转录组 β-香树精 差异表达 QRT-PCR 三砧代谢
早期矽肺大鼠肺组织中miRNA-423-5p和miRNA-26a-5p的差异表达
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作者 王佳宇 于功昌 +4 位作者 贾强 李超 邵琳琳 赛林霖 邵华 《中华劳动卫生职业病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期7-12,共6页
目的筛选早期矽肺大鼠肺组织中微小RNA(microRNA,miRNA)表达谱的变化,为差异miRNA的功能分析提供信息。方法将SPF级Wistar雄性大鼠随机分为阴性对照组和二氧化硅(SiO2)染尘组,每组30只。染尘组采用一次性非暴露法气管内灌注1mlSiO2悬浊... 目的筛选早期矽肺大鼠肺组织中微小RNA(microRNA,miRNA)表达谱的变化,为差异miRNA的功能分析提供信息。方法将SPF级Wistar雄性大鼠随机分为阴性对照组和二氧化硅(SiO2)染尘组,每组30只。染尘组采用一次性非暴露法气管内灌注1mlSiO2悬浊液建立大鼠矽肺模型,对照组大鼠相同方法气管内注入1ml灭菌生理盐水,分别于不同处理后1、7、14、21、28d采集各组大鼠肺组织。其中3只大鼠取出肺组织进行病理学观察,另3只用miRNA微阵列芯片技术筛选肺组织中差异表达的miRNA,通过miRNA芯片筛选结合反转录定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)方法验证miRNA-423-5p和miRNA-26a-5p在两组间的实际表达水平,对miRNA-423-5p和miRNA-26a-5p进行靶基因预测并进行GO(geneontology)富集分析和KEGG(kyotoencyclopediaofgenesandgenomes)通路分析。结果对照组大鼠肺组织21、28d炎症反应较1、7、14d明显减轻,SiO2染尘组大鼠肺组织有持续性炎性细胞浸润;对照组大鼠21、28d有少量胶原分布,SiO2染尘组大鼠肺组织21d后开始出现大量胶原纤维沉积。与对照组比较,SiO2染尘组各时间点大鼠肺组织中miRNA-423-5p表达明显上调,miRNA-26a-5p表达明显下调,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论早期矽肺大鼠肺组织中miRNA-423-5p的上调和miRNA-26a-5p的下调可能与早期矽肺的发生发展有关。 展开更多
关键词 矽肺 肺纤维化 微RNAS 大鼠 差异表达
BCAR3、SCEL及LIFR mRNA在帕金森病患者血清胞外囊泡中异常表达
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作者 刘郁 张静静 +1 位作者 吕荣祥 王文盛 《中风与神经疾病杂志》 CAS 2019年第2期127-131,共5页
目的对比分析帕金森病(Parkinson’s disease,PD)患者和健康个体血清胞外囊泡(extracellular vesicles,EVs)中差异表达的mRNA。方法收集2016年1-2017年12月于我院就诊的PD患者22例,健康对照个体16例,收集所有受试者血清并提取EVs,透射... 目的对比分析帕金森病(Parkinson’s disease,PD)患者和健康个体血清胞外囊泡(extracellular vesicles,EVs)中差异表达的mRNA。方法收集2016年1-2017年12月于我院就诊的PD患者22例,健康对照个体16例,收集所有受试者血清并提取EVs,透射电子显微镜观察其形态。采用表达谱芯片分析PD患者和健康对照个体血清EVs间差异表达的mRNA,qRT-PCR对显著差异表达的mRNA进行验证。结果透射电子显微镜下可见直径约30~100nm的囊泡。囊泡中46个mRNA在健康个体和PD患者血清EVs中存在显著差异(P<0.01),其中26个mRNA在PD患者血清EVs中表达上调,20个mRNA表达水平下调。经qRT-PCR证实,BCAR3、SCEL、KLHK12、GIPR、DZANK1持续上调(P<0.05),LIFR、ANKRD53和TMEM100持续下调(P<0.05),其中BCAR3、SCEL及LIFR在PD患者血清EVs中表达水平和去EVs的血清中表达水平存在显著差异(P<0.01)。结论与健康对照个体相比,BCAR3、SCEL在PD患者血清EVs中表达水平显著上调,LIFR表达水平显著下调,且3个基因特异性地存在于PD患者血清EVs中。 展开更多
关键词 胞外囊泡 MRNA 帕金森病 差异表达
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红鳍东方鲀感染哈氏弧菌前后组织中socs3基因的表达差异分析 预览
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作者 华昕彤 刘鹰 +3 位作者 陈冰 徐岩 傅松哲 姜晨 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期33-40,共8页
为研究红鳍东方鲀 Takifugur ubripes 免疫系统相关细胞因子信号传导抑制因子-3(Suppressor of cytokine signaling,SOCS3)的表达情况,采用相对实时荧光定量PCR方法比较了体质量为(290.34±5.13)g的健康红鳍东方鲀脑、脾脏、肠、鳃... 为研究红鳍东方鲀 Takifugur ubripes 免疫系统相关细胞因子信号传导抑制因子-3(Suppressor of cytokine signaling,SOCS3)的表达情况,采用相对实时荧光定量PCR方法比较了体质量为(290.34±5.13)g的健康红鳍东方鲀脑、脾脏、肠、鳃、肌肉和肝脏6个不同组织中 socs3 基因表达量,以及感染哈氏弧菌 Vibrio harveyi 后肝脏、脾脏和肠组织 socs3 基因表达量的变化。结果表明: socs3 基因在健康红鳍东方鲀肝脏组织、肌肉组织中均有显著表达( P <0.05),在鳃、脑、脾脏、肠组织中表达不显著( P >0.05);感染哈氏弧菌的红鳍东方鲀,在感染后的24、48 h时,肝脏组织 socs3 的表达量显著高于0 h( P <0.05),分别约为初始时的10倍和8倍,其他组织变化不明显( P >0.05);利用NCBI的ORF Finder程序鉴定所得红鳍东方鲀SOCS3(NP_001072096.1)序列的潜在开放阅读框(ORF),通过模块化结构研究工具来鉴定保守结构域和信号肽,表明 socs3 的 cDNA序列全长1533 bp,其中5′端非编码区为215 bp,开放阅读框(ORF)长度为606 bp,3′端非编码区为713 bp,共编码201个氨基酸;利用MEGA 6.0软件进行氨基酸序列比对并构建系统发育树,结果显示,硬骨鱼类单独聚为一支,与哺乳动物、两栖动物及鸟类分开,硬骨鱼类中的SOC3b单独聚为一支,红鳍东方鲀与其同科的黑青斑河豚 Tetraodon nigroviridis 的SOC3聚在一起,并与三刺鱼 Gasterosteus aculeatus 属于同一分支。本研究结果可为红鳍东方鲀免疫应答的研究提供数据支持。 展开更多
关键词 红鳍东方鲀 哈氏弧菌感染 组织socs3基因 差异表达 细胞因子免疫调节
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美洲大蠊microRNA的初步研究
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作者 宝钲 杨茗羽 +2 位作者 张修月 岳碧松 范振鑫 《四川动物》 北大核心 2019年第1期47-55,共9页
美洲大蠊Periplaneta americana是一种世界性的卫生害虫,但其提取物有较高的药用价值。本研究对饲养的雌雄美洲大蠊成虫进行microRNA测序,分别在雄性和雌性中得到12 155 616条和9 847 263条序列。序列长度主要为18~23 nt,且在22 nt和29... 美洲大蠊Periplaneta americana是一种世界性的卫生害虫,但其提取物有较高的药用价值。本研究对饲养的雌雄美洲大蠊成虫进行microRNA测序,分别在雄性和雌性中得到12 155 616条和9 847 263条序列。序列长度主要为18~23 nt,且在22 nt和29 nt处有2个峰值。将所得序列与数据库(NCBI、Rfam)进行比对注释,最终在雄性成虫中鉴定到57种已知的microRNA和152种潜在的新microRNA,在雌性成虫中鉴定到53种已知的microRNA和94种潜在的新microRNA。差异表达分析发现只有一种microRNA:miR-750在雌雄之间差异表达,其在雌虫中表达量显著高于雄虫。本研究首次在基因组水平研究了美洲大蠊microRNA的组成并对其功能进行了预测,为其后续研究奠定了基础。 展开更多
关键词 美洲大蠊 MICRORNA 差异表达
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水稻杂种优势遗传基础研究进展
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作者 王晓玲 朱海涛 +3 位作者 王智权 唐书升 张桂权 余传源 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1879-1887,共9页
杂种优势是一种普遍而广泛存在的生物学现象,作物杂种优势的遗传基础研究虽经历了百余年,但对其遗传机理的认识仍不甚深入。然而,在作物杂种优势的应用技术研究和杂交种的培育方面,成效斐然。本研究从杂种优势的经典遗传假说、水稻QTL... 杂种优势是一种普遍而广泛存在的生物学现象,作物杂种优势的遗传基础研究虽经历了百余年,但对其遗传机理的认识仍不甚深入。然而,在作物杂种优势的应用技术研究和杂交种的培育方面,成效斐然。本研究从杂种优势的经典遗传假说、水稻QTL单位点与杂种优势、QTL互作与杂种优势及基因差异表达与杂种优势等方面,综述了水稻杂种优势的遗传研究进展,提出在不同的杂交水稻组合中,显性作用、超显性作用和上位性互作效应均有体现,有利显性位点的积累可能是水稻亚种内杂种高产的基础,而少数超显性位点及基因间的互作可能在亚种间杂种优势中发挥着更重要的作用。随着籼粳亚种间杂种不育的遗传机制的破解,采用在籼稻或粳稻遗传背景下,通过籼渗粳或粳渗籼利用籼粳亚种间杂种优势的技术策略,已实现了杂交水稻高产育种的新跨跃。 展开更多
关键词 水稻 杂种优势 互作 差异表达
杨树10种miRNA的低氮胁迫差异表达及靶基因的鉴定与分析
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作者 包海 孙丰硕 +1 位作者 徐千惠 王延伟 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期771-779,共9页
microRNA (miRNA)是一类重要的非编码小分子RNA,在植物应对逆境胁迫的响应中起着重要调控作用。为了探讨miRNA在杨树受低氮营养胁迫不同时间段的差异表达模式以初步鉴定参与低氮胁迫响应的miRNA,本研究以重要乡土树种毛白杨为材料,进行... microRNA (miRNA)是一类重要的非编码小分子RNA,在植物应对逆境胁迫的响应中起着重要调控作用。为了探讨miRNA在杨树受低氮营养胁迫不同时间段的差异表达模式以初步鉴定参与低氮胁迫响应的miRNA,本研究以重要乡土树种毛白杨为材料,进行不同时间段的低氮胁迫处理,分别提取长度在200 nt以下的小片段RNA,利用实时定量PCR技术研究毛白杨在低氮胁迫后10种miRNA的差异表达模式。结果显示,miRNA的表达在低氮胁迫下有显著变化,部分miRNA的表达呈现动态反应。在低氮胁迫下,miRNA的表达呈现四种模式,大部分miRNA的表达在处理1 d后受到显著抑制。借助生物信息学手段,进一步鉴定到10个miRNA的靶基因,功能注释表明靶基因共分为6大类,降解组实验进一步验证了miR159a对靶基因的切割。该研究初步表明,miRNA在杨树对低氮营养的胁迫响应中可能发挥着重要调控作用。 展开更多
关键词 毛白杨 低氮营养胁迫 MICRORNA 靶基因 差异表达
miRNA基因在骨肉瘤患者外周血中的差异表达
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作者 马草源 镐英杰 +2 位作者 刘亚伟 王正义 于磊 《河南医学研究》 CAS 2018年第8期1366-1370,共5页
目的研究微小核糖核酸(microRNA,miRNA)基因在骨肉瘤患者外周血中的差异表达。方法收集郑州大学第一附属医院2013年3月至2015年4月收治的40例股骨远端和胫骨近端骨肉瘤患者,同期选择40例健康体检者。分别收集两组患者空腹静脉血,肿瘤... 目的研究微小核糖核酸(microRNA,miRNA)基因在骨肉瘤患者外周血中的差异表达。方法收集郑州大学第一附属医院2013年3月至2015年4月收治的40例股骨远端和胫骨近端骨肉瘤患者,同期选择40例健康体检者。分别收集两组患者空腹静脉血,肿瘤组织及对照组相应部位组织,利用miRNA基因芯片对其进行分析,观察miRNA在外周血及骨肉瘤组织中的差异表达。结果筛查出骨肉瘤肿瘤组织中相关异常表达基因270个,上调miRNA基因15个,下调miRNA基因255个。上调及下调倍数大于2.5的miRNA 19个,上调大于2.5倍的miRNA基因8个:miR-21、miR-451、miR-218、miR-18a、miR-148a、miR-198、miR-195、miR-497。下调大于2.5倍11个:miR-29、miR-223、miR-183、miR-31、miR-654、miR-495、miR-493、miR-410、miR-409-5p、miR-409-3p、miR-382。外周血中异常表达基因178个,上调19个,下调159个。上调及下调倍数大于2.5的miRNA 21个,上调大于2.5倍的miRNA基因12个:miR-21、miR-451、miR-199a、miR-18a、miR-18b、miR-148a、miR-195、miR-497、miR-130b、miR-182、miR-374a、miR-301b。下调大于2.5倍的有9个:miR-29、miR-223、miR-410、miR-133b、miR-31、miR-206、miR-144、miR-493、miR-142-3p。两组结果有较高的重合性。其中表达特异性最明显的是miR-21(上调),miR-29(下调)。结论骨肉瘤肿瘤组织与外周血在miRNA表达上存在一定程度相关性和一致性,其中miR-21和miR-29特异性最明显,并预测其作为生物学标志物的可能性。 展开更多
关键词 骨肉瘤 miRNA基因 基因表达 差异表达
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日本血吸虫ELAV-like 2基因的克隆、表达及功能分析
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作者 张媛媛 许蓉 +7 位作者 何川川 李肖纯 程贵凤 郭露 刘金明 李浩 古少鹏 金亚美 《畜牧兽医学报》 CSCD 北大核心 2018年第9期1987-1997,共11页
日本血吸虫成熟雌虫所产虫卵是造成宿主病理损害及疾病再传播的根源,因此从控制雌虫生殖发育入手对控制血吸虫病的发生具有重要意义。本研究通过5′-RACE和3′-RACE获得了在发育阻遏雌虫中高表达的SjELAV-like 2基因的全长序列,并对... 日本血吸虫成熟雌虫所产虫卵是造成宿主病理损害及疾病再传播的根源,因此从控制雌虫生殖发育入手对控制血吸虫病的发生具有重要意义。本研究通过5′-RACE和3′-RACE获得了在发育阻遏雌虫中高表达的SjELAV-like 2基因的全长序列,并对其进行克隆和表达,制备了相应的多克隆抗体,Western blotting分析结果表明该蛋白质具有良好的反应原性;实时定量分析发现该基因在血吸虫童虫时期高表达,成熟后趋于稳定,且在雌虫体内的表达量显著高于同时期合抱雄虫;该基因在雄虫体内的表达量基本恒定;免疫组化研究发现,在血吸虫成虫雌虫该蛋白主要定位于虫体体被。利用RNA干扰技术对该基因的生物学功能进行了初步研究,RT-qPCR结果显示,RNAi可明显抑制SjELAV-like 2基因的表达;对该基因表达的长期干扰导致受干扰虫体产卵能力及卵胚孵化能力的下降,统计分析发现,干扰组宿主每克肝荷卵减少达39.67%(P<0.01),虫卵的卵胚孵化减少达75.56%(P<0.01)。扫描电镜观察发现,与NC组相比,siRNA干扰组虫体体被上泡状突出物明显增多,这些结果表明SjELAV-like 2基因对日本血吸虫生长发育具有重要影响。 展开更多
关键词 日本血吸虫 SjELAV-like 2 原核表达 差异表达 RNA干扰
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miRNAs在活动性肺结核患者和健康人血浆中的差异表达 预览
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作者 滕新栋 陈晓光 +2 位作者 姜华 顾长美 朱可 《基础医学与临床》 CSCD 2018年第11期1590-1592,共3页
microRNAs(miRNAs)是一类微小、非编码和高度保守的单链RNA,可通过靶向信使RNA(mRNA)特异地调节基因表达。它具有多种生物学功能,在肿瘤、糖尿病和感染性疾病等多种疾病中发挥着重要调节作用。研究表明,血清或血浆中的循环miRNAs可作为... microRNAs(miRNAs)是一类微小、非编码和高度保守的单链RNA,可通过靶向信使RNA(mRNA)特异地调节基因表达。它具有多种生物学功能,在肿瘤、糖尿病和感染性疾病等多种疾病中发挥着重要调节作用。研究表明,血清或血浆中的循环miRNAs可作为筛选结核病(tuberculosis,TB)的重要靶标。肺TB是由结核分枝杆菌引起的慢性传染性疾病,严重威胁着人类健康。据世界卫生组织(WHO)报道,2015年有1 040万新发TB病例,全球人口1/3感染M.tb(M.tuberculosis)[1]。鉴于TB的严重程度和TB诊断方法的发展情况,早期诊断对控制肺TB至关重要,但是目前没有有效的诊断肺TB的靶标。因而,需要发展全新、快速、敏感和有效的标志物来诊断肺TB。 展开更多
关键词 MIRNAS 健康人血浆 肺结核患者 差异表达 TUBERCULOSIS 活动性 microRNAs 调节基因表达
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1,2-二氯乙烷通过线粒体通路诱导人星形胶质细胞凋亡研究
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作者 陈铿铿 赖关朝 +11 位作者 曾丽海 梁博萱 钟怡洲 陈念光 黄曼琪 郑杰蔚 江亮 林莉 刘俊 江俊莹 郑倩玲 黄振烈 《中国职业医学》 北大核心 2018年第4期417-423,共7页
目的通过筛选细胞凋亡差异表达蛋白,探讨1,2-二氯乙烷(1,2-DCE)诱导人星形胶质细胞(HAs)凋亡的相关分子机制。方法以终浓度分别为0-80 mmol/L或0-40 mmol/L的1,2-DCE染毒HAs,培养24 h后,采用磷脂结合蛋白Ⅴ-异硫氰酸荧光素/碘化丙... 目的通过筛选细胞凋亡差异表达蛋白,探讨1,2-二氯乙烷(1,2-DCE)诱导人星形胶质细胞(HAs)凋亡的相关分子机制。方法以终浓度分别为0-80 mmol/L或0-40 mmol/L的1,2-DCE染毒HAs,培养24 h后,采用磷脂结合蛋白Ⅴ-异硫氰酸荧光素/碘化丙啶流式细胞技术检测细胞凋亡,采用AAH-APO-1-2蛋白芯片筛选差异表达蛋白,采用实时荧光定量-聚合酶链式反应(qRT-PCR)验证相关蛋白的差异表达基因。结果在1,2-DCE浓度为0-80 mmol/L时,随着染毒剂量增加,HAs细胞总凋亡率升高,呈剂量-效应关系(P〈0.01)。凋亡蛋白芯片筛选出7个差异表达蛋白,其中,与对照组比较,胰岛素样生长因子结合蛋白(IGFBP)-1、IGFBP-4和细胞色素C(Cyto C)表达均上调,P27、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(Caspase-3)、B淋巴细胞瘤-2相互作用的细胞死亡中介物(BIM)和BH3交叉域死亡受体激动剂(BID)表达均下调。差异表达基因的qRT-PCR验证结果显示,40 mmol/L剂量组HAs中IGFBP-1、IGFBP-4和Cyto C的mRNA表达上调,与蛋白芯片的表达趋势一致;该组HAs中Caspase-3、BIM、BID的mRNA表达也上调。结论 1,2-DCE可能通过线粒体通路诱导HAs凋亡。 展开更多
关键词 1 2-二氯乙烷 人星形胶质细胞 细胞凋亡 线粒体通路 差异表达 蛋白芯片
华根霉液态培养生产脂肪酶不同形态菌体的转录组差异分析 被引量:1
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作者 范凯 王栋 徐岩 《微生物学通报》 CSCD 北大核心 2018年第1期29-41,共13页
【背景】作为发酵工业中一类重要的生产菌株,丝状真菌目的产物的形成与菌体形态有着紧密的联系。华根霉(Rhizopus chinensis)CCTCC M201021是从我国传统酿造浓香型白酒大曲中筛选到的一株丝状真菌,其生成的包括脂肪酶在内的酶蛋白具... 【背景】作为发酵工业中一类重要的生产菌株,丝状真菌目的产物的形成与菌体形态有着紧密的联系。华根霉(Rhizopus chinensis)CCTCC M201021是从我国传统酿造浓香型白酒大曲中筛选到的一株丝状真菌,其生成的包括脂肪酶在内的酶蛋白具有较高的工业应用价值。【目的】华根霉(Rhizopus chinensis)CCTCC M201021在脂肪酶液态发酵中形成两种不同形态菌体,发酵表现差异明显。本研究考察华根霉不同菌体形态及其细胞代谢在转录组水平的内在差异。【方法】基于RNA-Seq高通量转录组测序,分别对液态培养获得的不同形态华根霉菌体高表达和显著差异表达的转录基因进行功能分析。【结果】两种形态菌体转录组存在明显的差异。利用RPKM值对表达量最高的前20个基因进行分析,聚集态菌体高表达基因主要为不同类别的核糖体蛋白,而分散态菌体中与细胞形态相关的几丁质酶及与信号传导相关的基因也是高表达基因。在两种形态菌体显著差异表达的20个基因中,除了涉及代谢的基因有明显不同外,分散态菌体中也有一些涉及"细胞过程与信号"的基因上调表达显著。两种形态菌体中独有表达基因总体表达量均较低,但聚集态菌体独有表达基因在基因种类和表达量上都要明显高于分散态菌体。同时,转录分析表明,华根霉脂肪酶在聚集菌体中较高的生产水平与脂肪酶基因的高水平转录有关。【结论】菌体形态的差异显著影响了华根霉的转录组,不仅不同形态菌体高表达基因和显著差异表达基因有明显不同,而且功能相同的蛋白在不同菌体形态下也多是由不同基因表达,它们可能承担着不同的作用。总体而言,华根霉聚集态菌体中存在更为复杂的生理过程,而分散菌体中受到信号的传导和调控似乎更多。菌体形态的改变可能是细胞分化的结果,伴随着菌体对细胞微环境改� 展开更多
关键词 华根霉 菌体形态 转录组 差异表达 脂肪酶
山羊PPARα基因克隆、分子特性及组织差异表达分析 预览 被引量:1
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作者 饶辽源 周靖宣 +3 位作者 王林杰 李利 张红平 仲涛 《中国畜牧兽医》 北大核心 2018年第3期559-570,共12页
试验旨在克隆山羊过氧化物酶体增殖物激活受体α(peroxisome proliferators-activated receptors-alpha,PPARα)基因的CDS区序列,分析其编码蛋白的结构与功能,并探讨其在山羊不同组织中的表达模式。采用RTPCR方法扩增并克隆PPARα基因... 试验旨在克隆山羊过氧化物酶体增殖物激活受体α(peroxisome proliferators-activated receptors-alpha,PPARα)基因的CDS区序列,分析其编码蛋白的结构与功能,并探讨其在山羊不同组织中的表达模式。采用RTPCR方法扩增并克隆PPARα基因CDS编码区;通过在线软件对其一级结构、二级结构和三级结构进行生物信息学分析;利用基因序列和编码蛋白构建系统发育树,进行系统发育进化分析;采用实时荧光定量PCR方法检测PPARα基因在简州大耳羊心脏、肺脏、肝脏、肾脏、脾脏和网膜6个组织中的相对表达情况。结果表明,山羊PPARα基因CDS区全长1 413bp,结构稳定,共编码470个氨基酸。生物信息学分析发现,PPARα蛋白是一种结构较为稳定的带负电的亲水性蛋白,以α-螺旋和无规则卷曲为主,无信号肽和跨膜蛋白,属于膜内蛋白。蛋白序列中总共有49个磷酸化位点,9个糖基化位点。保守结构域中含有明显的DBD区域和LBD区域,蛋白结构高度保守。三级结构预测发现其蛋白结构主要为通过长链卷曲连接的2个明显不同的结构区域,结构均以helix螺旋为主。序列比对结果表明,山羊PPARα氨基酸序列与绵羊和牛的同源性最高。实时荧光定量检测结果表明,PPARα基因在肾脏和肝脏中表达量较高,显著高于其他组织(P〈0.05);在网膜组织和心脏中中度表达,显著高于肺脏和脾脏(P〈0.05);在肺脏和脾脏中相对低表达;说明山羊PPARα基因可能与体内脂肪氧化、脂质代谢和抗氧化应激等调控功能有关。试验结果为深入研究PPARα基因在山羊中的生理功能和调控机制奠定了理论基础。 展开更多
关键词 山羊 PPARα基因 克隆 生物信息学 差异表达
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