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单肿瘤组织微卫星不稳定探测方法 预览
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作者 赵丹 尚秋明 +4 位作者 韩鑫胤 李瑞琳 何小雨 祝海栋 牛北方 《计算机系统应用》 2019年第9期50-57,共8页
目前,随着下一代测序技术(Next-Generation Sequencing technology,NGS)的发展,围绕高通量测序数据的微卫星不稳定(Micro-Satellite Instability,MSI)探测方法与软件工具层出不穷,但存在需要配对正常组织测序数据做参照或大量微卫星稳定... 目前,随着下一代测序技术(Next-Generation Sequencing technology,NGS)的发展,围绕高通量测序数据的微卫星不稳定(Micro-Satellite Instability,MSI)探测方法与软件工具层出不穷,但存在需要配对正常组织测序数据做参照或大量微卫星稳定(Micro-Satellite Stable,MSS)样本的正常组织测序数据构建基准线的问题,这会在一定程度上给使用者造成不便.针对以上问题,本文提出一种基于信息熵理论使用样本肿瘤组织测序数据探测MSI的模型.首先,基于之前开发的探测软件MSlsensor1.1,增加在单肿瘤组织测序数据上探测样本MSI状态的模块,扩增后的软件可实现基于两种数据模式的MSI探测.两种数据模式分别是肿瘤与正常组织成对测序数据和单肿瘤组织测序数据.其次,对扩展模块进行性能评估.依托于该模块,使用样本肿瘤组织的外显子测序数据对衡量软件性能的指标进行评估.结果显示,本研究提出的基于信息熵理论在单肿瘤组织测序数据上的探测模块性能表现较好,这为后续更为复杂的变异信号探测提供了理论依据和技术支撑. 展开更多
关键词 基因组 微卫星 微卫星不稳定 信息熵理论 单肿瘤组织测序数据
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基于Roche 454 GS FLX高通量测序的叶城沙蜥基因组微卫星特征分析 预览
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作者 宋琪 刘金龙 郭宪光 《四川动物》 北大核心 2019年第1期62-67,共6页
叶城沙蜥Phrynocephalus axillaris是我国特有的一种小型爬行动物,广泛分布于新疆塔里木盆地、吐鲁番-哈密盆地和甘肃敦煌盆地。本研究利用Roche 454 GS FLX高通量测序技术进行叶城沙蜥微卫星位点筛选,获得了91 190条高质量序列。用Krai... 叶城沙蜥Phrynocephalus axillaris是我国特有的一种小型爬行动物,广泛分布于新疆塔里木盆地、吐鲁番-哈密盆地和甘肃敦煌盆地。本研究利用Roche 454 GS FLX高通量测序技术进行叶城沙蜥微卫星位点筛选,获得了91 190条高质量序列。用Krait搜索微卫星位点,共得到1~6个碱基重复类型的完美型微卫星序列29 890个。不同类型微卫星中,单碱基重复类型数目最多,有14 630个,占总数的48. 95%,其次是二碱基,约占28. 60%,四碱基、三碱基、五碱基和六碱基分别占10. 73%、10. 48%、0. 92%和0. 32%。二碱基微卫星中AC重复类型数量最多,三碱基、四碱基、五碱基和六碱基中分别是ATC、AAAT、AAAAT和AATCCC。叶城沙蜥完美型微卫星中数量最多的11种重复拷贝类型分别为C、A、AC、AG、AAAT、ATC、AT、AAT、ATAG、AGG和AAC。本研究深化了对叶城沙蜥基因组的了解,并为以后开发和筛选大量高质量微卫星标记提供了数据支持,也为利用微卫星标记研究叶城沙蜥种群遗传结构和谱系地理模式奠定了基础。 展开更多
关键词 叶城沙蜥 基因组序列 微卫星 分布
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改则县2个牦牛遗传资源群体评估 预览
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作者 巴多 扎西多吉 +13 位作者 次旦卓玛 欧珠 平措占堆 尼玛次仁 洛桑顿珠 益西吐登 周全 洛桑达瓦 朱彦宾 孙光明 洛桑 达娃央拉 次旦央吉 巴桑旺堆 《现代农业科技》 2019年第16期173-175,共3页
本研究利用18对微卫星对改则县的16头本地牦牛和18头半野血牦牛进行遗传多样性评估。结果显示,18对微卫星的平均等位基因数为7.44,其中TGLA73、BM2113和BGR3012等3个位点的观测杂合度最高,为1.000 0,AGLA293位点的观测杂合度最小,为0.20... 本研究利用18对微卫星对改则县的16头本地牦牛和18头半野血牦牛进行遗传多样性评估。结果显示,18对微卫星的平均等位基因数为7.44,其中TGLA73、BM2113和BGR3012等3个位点的观测杂合度最高,为1.000 0,AGLA293位点的观测杂合度最小,为0.204 9。改则县本地牦牛的期望杂合度(HE±SD=0.700 0±0.042 2)、观测杂合度(HO±SD=0.724 3±0.027 0)、平均等位基因数(NA=6.22±2.86)以及多态信息含量(PIC=0.636)均要高于改则县半野血牦牛(HE±SD=0.686 4±0.039 4,HO±SD=0.694 0±0.026 5,NA=6.06±2.44,PIC=0.622)。2个群体之间的遗传分化指数FST=-0.005 42,同时结合主成分分析,发现2个群体遗传分化不明显。 展开更多
关键词 微卫星 遗传多样性 半野血牦牛 西藏改则
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微卫星技术在紫貂个体识别中的应用 预览
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作者 吴丹 《生物化工》 2019年第1期60-62,65共4页
利用紫貂的近缘物种中筛选出的12个微卫星位点,分别对20个紫貂样本进行了PCR扩增,并成功获得毛细管电泳分型数据。个体识别结果显示,20个样本来自16个不同的紫貂个体。
关键词 紫貂 微卫星 个体识别
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北方地区黑木耳部分主栽品种与野生菌株遗传多样性SSR分析
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作者 张跃新 胡伟 +3 位作者 郝艺铭 闫宝松 马凤 么宏伟 《中国食用菌》 北大核心 2019年第5期44-48,共5页
收集并采集黑木耳(Auricularia auricula-judae)野生菌株与主栽品种23份,以设计的10对SSR引物对其遗传多样性进行分析。结果表明,10对引物对23个菌株扩增的多态性信息含量在0.050~0.320,均值为0.216,Shannon信息指数0.100~0.690,均值0.4... 收集并采集黑木耳(Auricularia auricula-judae)野生菌株与主栽品种23份,以设计的10对SSR引物对其遗传多样性进行分析。结果表明,10对引物对23个菌株扩增的多态性信息含量在0.050~0.320,均值为0.216,Shannon信息指数0.100~0.690,均值0.455,引物MR005扩增效果最好,多态性最为丰富。对黑木耳23个菌株的聚类分析表明,北方地区黑木耳主栽品种与野生菌株可划分为4类,大部分主栽品种和野生菌株聚到了第三大类群(主栽类群),说明北方地区黑木耳栽培品种与野生菌株间遗传背景差异不大。 展开更多
关键词 北方地区 黑木耳 微卫星 遗传多样性
白鹭基因组微卫星分布规律研究
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作者 黄杰 杨波 +1 位作者 贾银平 杨承忠 《重庆师范大学学报:自然科学版》 CAS 北大核心 2019年第5期66-71,共6页
【目的】研究白鹭(Egretta garzetta)的全基因组微卫星分布规律。【方法】利用生物信息学方法对已报道的白鹭全基因组进行查询和分析。【结果】白鹭全基因组中1~6个碱基重复的微卫星有255 630个,序列总长度为4 282 844bp,占全基因序列... 【目的】研究白鹭(Egretta garzetta)的全基因组微卫星分布规律。【方法】利用生物信息学方法对已报道的白鹭全基因组进行查询和分析。【结果】白鹭全基因组中1~6个碱基重复的微卫星有255 630个,序列总长度为4 282 844bp,占全基因序列长度的0.37%。不同重复类型的微卫星中,单碱基的数量最多,有207 108个,占全部类型的81.0%;然后依次是二碱基、三碱基、四碱基、五碱基、六碱基,分别占全部类型的6.4%,5.3%,4.9%,2.0%和0.4%。A,C,AC,AT和AG是白鹭基因组微卫星序列中重复数量较多的拷贝类型,占全部重复类型的87.4%。在白鹭基因组中,按降序排列,重复类型出现次数超过1 000次的有17个,分别是T,A,AT,G,C,AC,GT,ATT,AAT,ATTT,AGG,AAAC,CCT,AAAT,CT,GTTT和AG,占全部微卫星数量的92.7%。【结论】研究结果对白鹭微卫星的筛选及深入研究提供了数据支持。 展开更多
关键词 白鹭 微卫星 基因组 分布规律
基于微卫星标记的中国南方沿海地区白纹伊蚊种群遗传多样性研究
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作者 郭颂 凌锋 +3 位作者 王金娜 吴瑜燕 侯娟 龚震宇 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期992-996,共5页
目的应用微卫星标记分析中国南方沿海地区白纹伊蚊种群的遗传多样性,为媒介生物控制提供依据。方法利用微卫星位点对浙江省杭州市、义乌市和宁波市、福建省龙岩市、广东省广州市、广西壮族自治区南宁市、海南省海口市7个采样点的白纹伊... 目的应用微卫星标记分析中国南方沿海地区白纹伊蚊种群的遗传多样性,为媒介生物控制提供依据。方法利用微卫星位点对浙江省杭州市、义乌市和宁波市、福建省龙岩市、广东省广州市、广西壮族自治区南宁市、海南省海口市7个采样点的白纹伊蚊种群进行了遗传多样性检测和聚类分析。结果共检测微卫星位点7个,各个群体的等位基因数(NA)为5.429~7.571,有效等位基因数(NE)为2.897~3.632,等位基因丰度(RS)为5.236~7.170,期望杂合度(HE)为0.538~0.637。各个群体近交系数(FIS)为0.008~0.332,表现为群体内杂合子不足,群体间分化系数(FST)为0.058,表明7个白纹伊蚊种群间的遗传变异为5.8%。邻接法聚类分析表明,浙江省杭州市和义乌市的白纹伊蚊种群构建成为1个分支,福建省和广东省的白纹伊蚊种群构成1个分支,广西壮族自治区和海南省的白纹伊蚊种群构成1个分支,且海南种群显示出较大的遗传变异。白纹伊蚊种群贝叶斯分支分析表明,可能的分支数为3个。结论中国南方沿海7个不同地理区域的白纹伊蚊种群在7个微卫星位点呈现较丰富的遗传多样性和中低水平的遗传分化,种群间遗传差异随着地理距离的增加而增大。 展开更多
关键词 白纹伊蚊 微卫星 遗传多样性 遗传分化
广西稻田养殖金边鲤群体遗传多样性分析 预览
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作者 甘宝江 张盛 +5 位作者 韦玲静 黄杰 莫洁琳 甘习军 滕忠作 叶香尘 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期636-646,共11页
为了解广西稻田养殖金边鲤群体的遗传多样性现状,本研究利用10个高度多态微卫星标记,以野生太湖鲤和黑龙江鲤群体,池塘养殖福瑞鲤、兴国红鲤、建鲤群体,广西稻田养殖晒江鲤群体作对照,共7个鲤鱼群体进行群体遗传结构分析。试验结果显示... 为了解广西稻田养殖金边鲤群体的遗传多样性现状,本研究利用10个高度多态微卫星标记,以野生太湖鲤和黑龙江鲤群体,池塘养殖福瑞鲤、兴国红鲤、建鲤群体,广西稻田养殖晒江鲤群体作对照,共7个鲤鱼群体进行群体遗传结构分析。试验结果显示,10个位点共检测到242个等位基因,每个群体的平均等位基因数、期望杂合度、观测杂合度和多态信息含量分别为6~16、0.736~0.900、0.620~0.800和0.689~0.878。9个位点在7个鲤鱼群体中的等位基因频率显著偏离哈迪—温伯格平衡(P<0.05),7个鲤鱼群体遗传多样性丰度由高到低顺序为太湖鲤、黑龙江鲤、建鲤、晒江鲤、福瑞鲤、金边鲤、兴国红鲤。所有群体的遗传分化系数值为0.015~0.141,表明7个鲤鱼群体间存在不同程度的遗传分化,其中金边鲤群体与野生和池塘养殖群体间遗传分化均达中等程度。AMOVA分析显示,群体间的遗传分化占7.15%,而群体内的遗传分化占92.85%,表明鲤鱼群体主要的遗传分化来自于群体内部。7个鲤鱼群体间的遗传距离为0.286~0.977,根据Nei′s遗传距离所绘制的聚类图显示,7个鲤鱼群体被划分为4大支,贝叶斯分析结果与聚类结果相似,其中两个稻田鲤群体遗传结构相似聚为一类。本研究是对金边鲤遗传背景的初探,试验结果表明,金边鲤群体具有较高的遗传多样性和进一步选育的潜力。本研究结果可为稻田养殖鲤品种的选育和遗传改良提供基础遗传学信息。 展开更多
关键词 微卫星 遗传多样性 遗传结构
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岷县黑裘皮羊微卫星遗传多样性分析 预览
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作者 张瑞 郎侠 +5 位作者 吴建平 刘婷 宫旭胤 王彩莲 迟浩斌 梁婷玉 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第8期2360-2370,共11页
试验旨在分析岷县黑裘皮羊群体内遗传多样性,筛选出理想的遗传标记,为岷县黑裘皮羊的选育保种提供理论依据。选取144只岷县黑裘皮羊,颈静脉采血并提取DNA,对24对微卫星引物进行PCR扩增,用毛细管电泳技术进行基因分型,计算其等位基因数... 试验旨在分析岷县黑裘皮羊群体内遗传多样性,筛选出理想的遗传标记,为岷县黑裘皮羊的选育保种提供理论依据。选取144只岷县黑裘皮羊,颈静脉采血并提取DNA,对24对微卫星引物进行PCR扩增,用毛细管电泳技术进行基因分型,计算其等位基因数、等位基因大小及频率、有效等位基因数、杂合度和多态信息含量。结果显示,24个位点共检测到210个等位基因,平均等位基因数为8.75;群体等位基因频率为0.0104~0.7396,等位基因片段大小为97~285 bp;有效等位基因数为1.7581~8.2433个;群体平均观测杂合度为0.4839;平均期望杂合度为0.6959;平均多态信息含量为0.6527。其中MAF70位点等位基因数、有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量最高;OarFCB128位点观测杂合度最高;OarAE129位点等位基因数最少,SRCRSP9位点期望杂合度、多态信息含量最低;OarFCB304位点观测杂合度最低。Hardy-Weinberg平衡分析结果表明,所选位点中有19个处于非平衡状态。结果表明,岷县黑裘皮羊的遗传背景复杂,群体内遗传多样性丰富,可为其遗传资源的评估和选育保种工作提供理论依据。 展开更多
关键词 岷县黑裘皮羊 微卫星 遗传多样性 毛细管电泳
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猪线粒体控制区微卫星(mtMs)变异及其分布特征
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作者 蔡原 姜天团 +2 位作者 杨巧丽 王川 赵生国 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期2935-2942,共8页
猪线粒体DNA长度因D-loop中mtMs序列重复数变异而不同。为阐明猪mtMs变异及其在不同群体中的分布特征,本研究对4个藏猪群体、八眉猪、烟台黑猪及3个引入猪群体共164个个体mtDNA D-loop全序进行测定,并与GenBank中发表的相关序列进行比对... 猪线粒体DNA长度因D-loop中mtMs序列重复数变异而不同。为阐明猪mtMs变异及其在不同群体中的分布特征,本研究对4个藏猪群体、八眉猪、烟台黑猪及3个引入猪群体共164个个体mtDNA D-loop全序进行测定,并与GenBank中发表的相关序列进行比对,分析了其中的重复单元核苷酸变异、重复次数及其在各群体间的分布规律。结果表明,因重复单元“5’-TGCGTACACG-3’”第2~4和10位上碱基变异,猪mtMs形成了以其为核心序列的多种重复单元(R^A~R^G)组成的复合结构,重复数介于3~47之间。单一重复(R^A)组成的mtMs结构在各群体中表现出分布优势,而大多数复合结构(R^AR^B)分布在国外选育群体中。藏猪的mtMs复合结构多达8个,R^AR~CR^E为其特有,另有5个与八眉猪共享。中国野猪和韩国地方猪种也有其特有mtMs结构。丰富的mtMs变异和特有结构与长期适应进化有关,本研究为地方猪种遗传资源及适应性研究提供了标记工具和理论基础。 展开更多
关键词 MTDNA 微卫星 变异 结构特征
鳙基于10个微卫星标记的亲子鉴定分析
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作者 张丹 傅建军 +5 位作者 张利德 方敏 朱文彬 王兰梅 苏胜彦 董在杰 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期2949-2957,共9页
为开展鳙(Hypophthalmichthys nobilis)家系选育工作,本研究进行了基于微卫星标记的亲子鉴定研究。试验中筛选了10个扩增效率较高的微卫星标记,通过引物荧光修饰,引物结合毛细管电泳分型技术,对鳙48尾亲本及384尾子代进行了基因分型,并... 为开展鳙(Hypophthalmichthys nobilis)家系选育工作,本研究进行了基于微卫星标记的亲子鉴定研究。试验中筛选了10个扩增效率较高的微卫星标记,通过引物荧光修饰,引物结合毛细管电泳分型技术,对鳙48尾亲本及384尾子代进行了基因分型,并计算了等位基因频率和模拟分析和亲子鉴定等分析。结果发现,各位点的等位基因数介于4~13之间,其中9个位点均具有较高的多态性和杂合度(PIC>0.5,He>0.5),研究发现位点的多态性信息含量(PIC)与亲本对排除率(E-PP)存在显著正相关(p<0.01)。模拟分析结果显示,该10个标记预计可用于已知性别的50组亲本(100尾)或未知性别的50尾亲本的鉴定分析(鉴别成功率>95%)。亲子鉴定发现,对试验中2个交配组(每组12对亲本)的鉴别成功率分别为98.96%和100%;且父母本对子代的贡献率存在极显著差异(p<0.01)。通过累积位点的鉴定分析发现,当标记数为7个和9个时分别能满足试验中12组和24组亲本对应子代的鉴定分析(鉴别率>95%),模拟分析和亲子鉴定分析成功率趋势基本符合。本研究所开发的亲子鉴定技术可为鳙家系选育提供技术支持。 展开更多
关键词 微卫星 亲子鉴定 家系选育
大鳞副泥鳅5个野生群体的遗传多样性分析
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作者 白晓慧 蔡超 +5 位作者 郝爽 刘克明 刘义 李楠焦 万明 贾文平 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期2958-2965,共8页
利用微卫星分子标记分析了天津地区于桥水库、大黄堡湿地、七里海湿地、团泊水库和潮白新河5个野生大鳞副泥鳅群体的遗传多样性。5个群体在12个微卫星位点共检测到98个等位基因,平均等位基因数为8.500;有效等位基因数为2.713;平均观测... 利用微卫星分子标记分析了天津地区于桥水库、大黄堡湿地、七里海湿地、团泊水库和潮白新河5个野生大鳞副泥鳅群体的遗传多样性。5个群体在12个微卫星位点共检测到98个等位基因,平均等位基因数为8.500;有效等位基因数为2.713;平均观测杂合度为0.526;平均期望杂合度为0.544。5个群体间的遗传分化指数介于0.021~0.106之间,平均遗传分化指数为0.059,属中低水平的遗传分化。AMOVA分析结果显示,在总的变异中,94.1%的遗传变异来自群体内,5.90%的遗传变异来自于群体间。根据Nei’s遗传距离所绘制的系统树显示,于桥水库、团泊水库、七里海湿地和大黄堡湿地4个群体的遗传距离相对较小聚为一支,潮白新河群体单独为一支。遗传瓶颈效应分析表明,该5个群体近期未经受遗传瓶颈效应,处于突变-漂移平衡。总体来看,天津地区5个野生大鳞副泥鳅群体的遗传多样性较高,可作为品种选育的基础群体。 展开更多
关键词 大鳞副泥鳅 微卫星 遗传多样性 遗传分化
黑鹳微卫星位点的筛选及遗传特点分析 预览
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作者 仲光启 由玉岩 +6 位作者 徐艳春 刘学锋 贾婷 金继英 郭爱霞 张丽霞 杨淑慧 《野生动物学报》 北大核心 2019年第3期729-736,共8页
黑鹳是重要的濒危物种,在我国动物园中已经建立了稳定的人工饲养种群,成为这一个物种的活体基因库。当前,该种群需要开展精准的遗传管理,微卫星是达到精准管理的重要遗传标记,但是,黑鹳的微卫星位点尚未有报道。本研究从白鹳、东方白鹳... 黑鹳是重要的濒危物种,在我国动物园中已经建立了稳定的人工饲养种群,成为这一个物种的活体基因库。当前,该种群需要开展精准的遗传管理,微卫星是达到精准管理的重要遗传标记,但是,黑鹳的微卫星位点尚未有报道。本研究从白鹳、东方白鹳、林鹳和大蓝鹭4个物种中,选择29个扩增效果较好、具有多态性的微卫星位点,通过交叉扩增,测试在黑鹳的可用性。结果显示,共有18个位点能够成功扩增,其中1个位点( Cc01 )分型困难,10个位点( Cc05、Cc06、WSμ13、WSμ14、Cbo102、Cbo121、Cbo133、Cbo151、Cbo168和Ah208 )不具多态性,3个位点( Cc03、Cc37和 Cc42 )仅有2个等位基因,4个位点( Cc02、Cc04、Cc07、Cc10 )显示出较高的多态性,等位基因数( NA )为4—10个,多态信息含量( PIC )为0.497—0.784,都符合H-W平衡( P =0.088—0.601 )。可用于黑鹳的群体遗传学分析和遗传管理。上述结果表明,系统关系越近的物种之间,微卫星成功交叉扩增率越高,但位点的多态性取决于种群的进化历史,而与亲缘关系无关。 展开更多
关键词 黑鹳 微卫星 遗传管理
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河流型水牛尼里-拉菲和摩拉水牛群体遗传结构分析
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作者 徐文文 孙甜甜 +5 位作者 覃广胜 贾银海 王国利 刘瑞鑫 杨秀荣 蒋和生 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第17期157-160,共4页
为了对摩拉水牛、尼里-拉菲水牛进行合理有效的保护,研究其遗传多样性,掌握其遗传背景,试验利用15个微卫星位点对96个个体(尼里-拉菲、摩拉水牛各48头)进行遗传多样性检测。结果表明:在尼里-拉菲水牛15个微卫星位点上共检测到92个等位基... 为了对摩拉水牛、尼里-拉菲水牛进行合理有效的保护,研究其遗传多样性,掌握其遗传背景,试验利用15个微卫星位点对96个个体(尼里-拉菲、摩拉水牛各48头)进行遗传多样性检测。结果表明:在尼里-拉菲水牛15个微卫星位点上共检测到92个等位基因,平均等位基因为6. 133 3,平均有效等位基因为2. 942 3,平均多态信息含量(PIC)为0. 565 5,平均期望杂合度值为0. 618 4;在摩拉水牛15个微卫星位点上共检测到76个等位基因,平均等位基因为5. 133 3,平均有效等位基因为2. 545 4,平均PIC为0. 493 7,平均期望杂合度值为0. 541 3。说明摩拉水牛、尼里-拉菲水牛群体的遗传多样性比较丰富,尼里-拉菲水牛群体的遗传多样性高于摩拉水牛群体。 展开更多
关键词 摩拉水牛 尼里-拉菲水牛 遗传多样性 微卫星 育种 遗传结构
江苏省6个翘嘴鳜群体的遗传多样性分析 预览
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作者 颜元杰 曹哲明 +1 位作者 丁炜东 邴旭文 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2019年第1期25-33,共9页
利用20对微卫星引物对江苏省5个内陆湖(太湖、滆湖、洪泽湖、高邮湖和骆马湖)和长江的翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)野生种群进行遗传多样性分析,研究江苏省不同水域翘嘴鳜的遗传多样性差异和亲缘关系。结果表明,6个水域的翘嘴鳜群体遗传... 利用20对微卫星引物对江苏省5个内陆湖(太湖、滆湖、洪泽湖、高邮湖和骆马湖)和长江的翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)野生种群进行遗传多样性分析,研究江苏省不同水域翘嘴鳜的遗传多样性差异和亲缘关系。结果表明,6个水域的翘嘴鳜群体遗传多样性丰富,其中长江翘嘴鳜群体的平均有效等位基因数为6.524 8,平均期望杂合度为0.922,平均多态信息含量为0.827 3,均高于其它5个翘嘴鳜群体,说明长江翘嘴鳜群体的遗传多样性高于其它5湖的翘嘴鳜群体。哈迪温伯格平衡显示,只有2个位点上存在不平衡,其余都满足哈迪温伯格平衡。从6个水域翘嘴鳜群体之间的遗传相似系数和遗传距离来看,太湖翘嘴鳜群体和滆湖翘嘴鳜群体的亲缘关系最近,骆马湖翘嘴鳜群体和太湖翘嘴鳜群体的亲缘关系最远。研究结果可为江苏省翘嘴鳜种质资源的保护、监测和遗传育种提供分子基础资料。 展开更多
关键词 翘嘴鳜 微卫星 遗传多样性
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茶花鸡MHC单倍型及其对HPAI免疫应答水平影响的测定 预览
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作者 郑玉芳 简宗辉 +3 位作者 段锐锐 鲁琼芬 刘建平 陈培富 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期63-68,共6页
为筛选茶花鸡H5N1高致病性禽流感(HPAI)抗性MHC单倍型,本实验对293只脱温茶花鸡先后两次接种同一HPAI灭活疫苗(0.4 m L/只),二次免疫前、后采集抗凝外周血,分别应用病毒血凝抑制(HI)试验和夹心酶联免疫吸附试验(ELISA)测定血浆特异性抗... 为筛选茶花鸡H5N1高致病性禽流感(HPAI)抗性MHC单倍型,本实验对293只脱温茶花鸡先后两次接种同一HPAI灭活疫苗(0.4 m L/只),二次免疫前、后采集抗凝外周血,分别应用病毒血凝抑制(HI)试验和夹心酶联免疫吸附试验(ELISA)测定血浆特异性抗体效价和IFN-γ水平;通过PCR扩增分析微卫星LEI0258和MCW0371,根据扩增产物的长度多态性确定个体MHC单倍型及基因型。选取频数不少于5的MHC单倍型或基因型,对其与抗体效价和IFN-γ水平的关联性分别做单因素方差分析。结果显示,应用PCR扩增LEI0258获得50种长度多态性片段,包括已有命名的20种和新发现的30种;二免后茶花鸡实验群体特异性抗体效价和IFN-γ水平均极显著高于二次免疫前(p<0.01);249 bp、307 bp、319 bp携带组和B17单倍型纯合子组二次免疫后抗体效价和IFN-γ水平均显著高于其它组(p<0.05)。本实验初步判定249 bp、307 bp、319 bp携带者和B17单倍型纯合子具有较高的HPAI免疫应答水平,提示其可以作为进一步鉴定HPAI抗性的候选MHC单倍型,有望为建立HPAI控制新策略提供思路。 展开更多
关键词 茶花鸡 主要组织相容性复合体 微卫星 抗体 Γ干扰素
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青鱼微卫星标记的开发与特性分析
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作者 王丰 张猛 +3 位作者 沈玉帮 徐晓雁 王荣泉 李家乐 《动物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期57-65,共9页
青鱼(Mylopharyngodon piceus)是中国最为重要的淡水养殖鱼类。开发青鱼的微卫星标记能为青鱼的遗传多样性分析提供更多工具。本研究使用磁珠富集法,利用生物素探针(CA)10和(GACA)6,富集得到青鱼基因组微卫星片段,进一步通过设计微卫星... 青鱼(Mylopharyngodon piceus)是中国最为重要的淡水养殖鱼类。开发青鱼的微卫星标记能为青鱼的遗传多样性分析提供更多工具。本研究使用磁珠富集法,利用生物素探针(CA)10和(GACA)6,富集得到青鱼基因组微卫星片段,进一步通过设计微卫星引物检验其在青鱼原种群体中的有效性和多态性水平。结果显示,所构建文库中849个克隆含有微卫星序列,通过利用PCR技术在吴江原种青鱼36个个体中进行多态性筛选,获得了25个多态性微卫星位点。其平均等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ne)分别为7.08和3.526,平均观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.602和0.619,平均多态信息含量(PIC)为0.568。其中,Mp23、Mp27和Mp35这3个位点极显著偏离哈迪-温伯格平衡(P<0.01)。本研究开发的微卫星标记能为青鱼种质资源的评价和保护等研究提供工具。 展开更多
关键词 青鱼 磁珠富集 微卫星 引物开发 多态性
翘嘴鲌生长激素基因侧翼2个微卫星位点与生长性状的关联分析 预览
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作者 刘士力 蒋文枰 +5 位作者 程顺 迟美丽 郑建波 贾永义 赵金良 顾志敏 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期62-68,共7页
通过120尾同塘养殖翘嘴鲌体长和体质量的测定,以及生长激素基因(GH)侧翼的2个微卫星位点Cal-GH01和Cal-GH02基因型检测,分析了翘嘴鲌GH基因侧翼的2个微卫星多态性与生长性能的相关性。结果表明:Cal-GH01共检测到3个等位基因(404、407和4... 通过120尾同塘养殖翘嘴鲌体长和体质量的测定,以及生长激素基因(GH)侧翼的2个微卫星位点Cal-GH01和Cal-GH02基因型检测,分析了翘嘴鲌GH基因侧翼的2个微卫星多态性与生长性能的相关性。结果表明:Cal-GH01共检测到3个等位基因(404、407和410 bp)和6种基因型,等位基因407 bp是优势等位基因,407/407 bp是优势基因型;该微卫星位点多态信息含量为0.420,观测杂合度为0.207 2,属中度多态性位点。Cal-GH02共检测到6个等位基因(366、375、378、381、384和387 bp)和11种基因型,等位基因381 bp是优势等位基因,381/381 bp是优势基因型;该微卫星座位多态信息含量为0.450,观测杂合度为0.466 1,属中度多态座位。微卫星位点Cal-GH01的分析结果表明,404/407型个体占样本数的13.3%,其体长最长。407/410型个体占样本数的5%,其体质量最大。Cal-GH01不同基因型个体体长和体质量均有差异,但差异均不显著(P>0.05)。在微卫星位点Cal-GH02中,366/381型个体占样本数的3.3%,其体长和体质量均最大,其体质量显著大于其他基因型个体(P<0.05)。384/387型个体占样本数的2.5%,其体长和体质量均最小,其体长显著小于其他基因型个体(P<0.05)。翘嘴鲌GH基因多态性与生长性状存在关联,推测相关变异位点可作为翘嘴鲌生长的候选辅助标记。 展开更多
关键词 翘嘴鲌 生长激素基因 微卫星 生长性状 性状关联
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亚洲玉米螟Bt抗性种群的遗传多样性分析 预览
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作者 刘雪微 张天涛 +3 位作者 白树雄 王振营 徐丽娜 何康来 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期103-107,120共6页
近20年来,在北美、西欧、南美、菲律宾等20多个国家大面积商业化应用Bt玉米防治欧洲玉米螟Ostrinia nubilalis(Hübner)等鳞翅目害虫的实践证明,其不可避免地胁迫靶标害虫产生遗传分化,出现新的抗性种群。研究精准有效的抗性检测方... 近20年来,在北美、西欧、南美、菲律宾等20多个国家大面积商业化应用Bt玉米防治欧洲玉米螟Ostrinia nubilalis(Hübner)等鳞翅目害虫的实践证明,其不可避免地胁迫靶标害虫产生遗传分化,出现新的抗性种群。研究精准有效的抗性检测方法,将为抗性监测和抗性治理策略的有效性提供科学依据。本研究基于高通量测序获得的亚洲玉米螟Ostrinia furnacalis(Guenée)转录组数据,应用MISA (MicroSAtellite)软件搜索SSR位点,从61 622条EST(Expressed Sequence Tag)序列中获得了3 467个SSR位点。通过设计、筛选,共获得3 316对特异性引物,从中挑选了150对引物进行PCR扩增,共有51对扩增出目的条带,对亚洲玉米螟敏感种群(ACB-BtS)及5个Bt毒素抗性种群(ACB-AbR、ACB-AcR、ACB-AhR、ACB-FR、ACB-IeR)进行多态性检测,最终得到20条高多态性引物。利用这20对微卫星引物共检测到126个等位基因,平均每个位点6.3个。不同Bt抗性种群间产生了一定程度的遗传分化,种群间的平均遗传分化系数(Fst)为0.195 9,即说明种群间的遗传变异为19.6%。根据遗传距离建立了UPGMA系统发育树,显示6个种群的相似度,即ACB-AbR与ACB-AcR相似度高。种群变异相似度规律与已报道的亚洲玉米螟对各Bt毒素的交互抗性规律相一致。本研究发现的SSR位点可作为亚洲玉米螟不同Bt毒素抗性种群的分子检测方法。 展开更多
关键词 亚洲玉米螟 敏感种群 抗性种群 微卫星 遗传多样性
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驯食配合饲料的大口黑鲈3个选育世代的遗传多样性分析 预览
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作者 樊佳佳 白俊杰 +2 位作者 李胜杰 马冬梅 姜鹏 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2019年第4期57-64,共8页
为了检测驯食配合饲料的大口黑鲈(Micropterus salmoides) 3个选育世代群体遗传多样性水平变化,利用微卫星标记技术对驯食配合饲料大口黑鲈选育基础群体(Sp0)和第二、三和四代选育群体(Sp2、Sp3和Sp4)共240尾样品进行检测。结果显示,18... 为了检测驯食配合饲料的大口黑鲈(Micropterus salmoides) 3个选育世代群体遗传多样性水平变化,利用微卫星标记技术对驯食配合饲料大口黑鲈选育基础群体(Sp0)和第二、三和四代选育群体(Sp2、Sp3和Sp4)共240尾样品进行检测。结果显示,18个微卫星位点共获得44个等位基因。Sp0、Sp2、Sp3和Sp4的平均观测杂合度(Ho)分别为0.4895、0.4802、0.4579和0.4206,平均期望杂合度(He)分别为0.4615、0.4454、0.4621和0.3916,平均多态信息含量(PIC)分别为0.3791、0.3659、0.3764和0.3257。4个群体间的配对比较群体间遗传分化指数(Fst)值在0.01612~0.16162之间、遗传距离(Da)在0.0249~0.1434之间。遗传变异来源(AMOVA)分析显示,只有8.38%的变异来自于群体间,其余遗传变异均来自于个体间。研究表明,经连续多代选育之后,易驯食配合饲料的快长大口黑鲈选育群体具有中度遗传多样性,具备选育潜力,可继续进行选育。 展开更多
关键词 大口黑鲈 配合饲料 选育群体 微卫星 遗传多样性
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