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生物信息学的现状与展望 被引量:63
1
作者 张春霆 《世界科技研究与发展》 CSCD 2000年第6期 17-20,共4页
本文阐述了生物信息学产生的背景,生物学数据库,生物信息学的主要研究内容,与生物信息学关系密切的数学和计算机科学技术领域,生物信息学产业等内容,展望了其未来并提出了若干在我国发展生物信息学的建议。着重指出,理解大量生物... 本文阐述了生物信息学产生的背景,生物学数据库,生物信息学的主要研究内容,与生物信息学关系密切的数学和计算机科学技术领域,生物信息学产业等内容,展望了其未来并提出了若干在我国发展生物信息学的建议。着重指出,理解大量生物学数据所包括的生物学意义已成为后基因组时代极其重要的课题。生物信息学的作用将日益重要。有理由认为,今日生物学数据的巨大积累将导致重大生物学规律的发现。生物信息学的发展在国内、外基本上都处在起步阶段。因此,这是我国生物学赶超世界先进水平的一个百年一遇的极好机会。 展开更多
关键词 人类基因组计划 生物信息学 中国 计算机科
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植物基因组表达序列标签(EST)计划研究进展 预览 被引量:66
2
作者 骆蒙 贾继增 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第4期 494-497,共4页
植物表达序列标签(EST)计划是随机挑选cDNA克隆,并对其3′或5′端进行大规模一次性测序,将得到的150~500 bp长度的DNA片段与数据库中的序列进行比较,获得对基因组结构、组织、表达等认识的基因组研究策略.就近年来国际植物EST计划... 植物表达序列标签(EST)计划是随机挑选cDNA克隆,并对其3′或5′端进行大规模一次性测序,将得到的150~500 bp长度的DNA片段与数据库中的序列进行比较,获得对基因组结构、组织、表达等认识的基因组研究策略.就近年来国际植物EST计划的实施情况、植物EST计划的研究范围、生物信息学在EST研究中的应用、EST数据库及查询、植物EST研究中遇到的问题等方面内容进行了综述. 展开更多
关键词 植物基因组 表达序列标签 生物信息学
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生物信息学 预览 被引量:58
3
作者 陈润生 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第1期 5-12,共8页
近年来,随着人类基因组计划(HGP)在世界范围内的开展,破译人类及多种模式生物的遗传密码已成为生物学领域的重要学科。同时产生了巨量的基因组信息。分析这些信息是人类基因组研究必不可少的重要内容,从而也促成了生物信息学的... 近年来,随着人类基因组计划(HGP)在世界范围内的开展,破译人类及多种模式生物的遗传密码已成为生物学领域的重要学科。同时产生了巨量的基因组信息。分析这些信息是人类基因组研究必不可少的重要内容,从而也促成了生物信息学的产生与发展。生物信息学作为一门新的...更多还原 展开更多
关键词 生物信息学 基因组信息学 后基因组时代
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人脑内一含有ACP样结构域新基因的发现 预览 被引量:71
4
作者 邓艳春 药立波 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第1期 72-76,共5页
为寻找脑内新基因,以正常成人全脑cDNA为膜板,采用锚定PCR方法进行扩增,将经琼脂糖DNA电泳鉴定获得的一约1200bp大小的特异性条带回收,并克隆入Teasy载体,用310GeneticAnalyzer进行自动测序。所得序列进行生物住处... 为寻找脑内新基因,以正常成人全脑cDNA为膜板,采用锚定PCR方法进行扩增,将经琼脂糖DNA电泳鉴定获得的一约1200bp大小的特异性条带回收,并克隆入Teasy载体,用310GeneticAnalyzer进行自动测序。所得序列进行生物住处学分析:BLAST相似性分析结果证明所得序列为新序列。读框分析表明,该序列中存在一完整编码区,编码含357个氨基酸的蛋白质,ProDom软件分析发现其含有酰基携带(ACP)样结构域,随后,经3′RACEI法克隆到该基因的全长cDNA,其全长为2024bp,染色体定位在14q11.2含有16个外显子,15个内含子,该基因已登录到GenBank。经设计编码区引物,从Teasy载体扩增出编码区后再克隆入PGEX-4T1表达载体,经异丙基硫代-D-乳糖苷(IPTG)化学诱导表达,其编码区克隆入pGEX-4T1表达载体后,转入JM109宿主菌,经IPTG诱导已得到表达,点杂交及RNA印迹表明,该基因在正常成人脑内广泛高表达。 展开更多
关键词 基因 乙酰基载体蛋白结构域 生物信息学
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生物信息学:生物实验数据和计算技术结合的新领域 被引量:35
5
作者 欧阳曙光 贺福初 《科学通报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第14期1457-1468,共12页
大量的蛋白质和核酸数据的积累与理性地分析这些数据中所蕴涵的生物学意义的以重需要,产生了综合生物学研究与计算技术研究等领域最新的交叉性学科“生物信息学”、分别从基因序列或蛋白质结构等生物信息数据库、基因组分析或蛋白质结... 大量的蛋白质和核酸数据的积累与理性地分析这些数据中所蕴涵的生物学意义的以重需要,产生了综合生物学研究与计算技术研究等领域最新的交叉性学科“生物信息学”、分别从基因序列或蛋白质结构等生物信息数据库、基因组分析或蛋白质结构分析等常规生物学计算软件、基因组数据库检索或蛋白质空间结构识别与预测等在线生物学计算服务器、人工生命等几个方面,概述了发展中的生物信息学的最近动态和有关信息,并同时提供了相关的热门生 展开更多
关键词 生物信息学 计算机科 生物实验数据 计算技术
SSRHunter,一个本地化的SSR位点搜索软件的开发 预览 被引量:51
6
作者 李强 万建民 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期 808-810,共3页
基因组研究的发展,使得利用生物信息学方法在一个相对狭小的基因组区段内开发新的SSR标记成为可能.要实现这一点,首先面临的任务就是潜在的SSR位点的搜索.已有的方法或多或少存在这样或那样的缺陷.文章介绍了利用visual Basic语言开发... 基因组研究的发展,使得利用生物信息学方法在一个相对狭小的基因组区段内开发新的SSR标记成为可能.要实现这一点,首先面临的任务就是潜在的SSR位点的搜索.已有的方法或多或少存在这样或那样的缺陷.文章介绍了利用visual Basic语言开发本地化的SSR位点搜索软件的尝试.所编制的SSRHunter软件能够较出色地完成这一任务.此外,SSRHunter还提供了自动序列预处理,常规的序列整理和序列变换功能以及方便的结果输出方式. 展开更多
关键词 SSR VB 生物信息学 SSRHunter
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功能基因组学的研究内容与方法 预览 被引量:32
7
作者 赵剑华 王秀琴 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2000年第1期 6-8,共3页
基因组学的研究已从结构基因组学转向功能基因组涫,综述了功能基因组学研究的内容和方法。主要包括应用微点阵、基因表达系统分析(SAGE)、蛋白质组、生物信息学等来研究基因组表达概况,基因多组样性,模式生物体等。
关键词 人类基因组计划 功能基因组 生物信息学
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电子克隆技术及其在植物基因工程中的应用 预览 被引量:53
8
作者 王冬冬 朱延明 +2 位作者 李勇 李杰 柏锡 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 2006年第3期 403-408,共6页
电子克隆是随着基因组计划和EST计划的实施而发展起来的,是利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。它具有投入低、速度快、技术要求低和针对性强等优点。因此,电子克隆技术必将成为植物基因工程中获得新基因的重要手段。阐述了电... 电子克隆是随着基因组计划和EST计划的实施而发展起来的,是利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。它具有投入低、速度快、技术要求低和针对性强等优点。因此,电子克隆技术必将成为植物基因工程中获得新基因的重要手段。阐述了电子克隆应用所依据的数据库与生物信息资源,介绍了利用电子克隆获得功能基因的方法,及其在植物基因工程中的应用现状与前景。 展开更多
关键词 电子克隆 植物基因工程 表达序列标签EST 生物信息学
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生物信息学的共词分析研究 预览 被引量:64
9
作者 张晗 崔雷 《情报学报》 CSSCI 北大核心 2003年第5期 613-617,共5页
本文应用共词分析的方法对生物信息学的主题词进行聚类,得到其研究的热点内容,然后利用战略坐标进一步定量地分析了各热点的发展阶段.
关键词 生物信息学 共词分析 聚类分析 情报分析 文献计量
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从中国对虾ESTs中筛选微卫星标记的研究 预览 被引量:36
10
作者 徐鹏 周令华 +1 位作者 田丽萍 相建海 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第3期 213-218,共6页
利用生物信息学方法在含有10446个中国对虾ESTs的数据库中进行微卫星序列的筛选,共发现微卫星序列229个,占整个ESTs数据库的2.19%,其中含双碱基重复序列146个和3碱基重复序列58个,分别占在ESTs数据库中发现微卫星序列总数的63.76%和25.3... 利用生物信息学方法在含有10446个中国对虾ESTs的数据库中进行微卫星序列的筛选,共发现微卫星序列229个,占整个ESTs数据库的2.19%,其中含双碱基重复序列146个和3碱基重复序列58个,分别占在ESTs数据库中发现微卫星序列总数的63.76%和25.33%,大部分发现的微卫星序列均为Perfect形式的重复序列.根据筛选得到的微卫星序列设计并合成引物19对进行多态性检测,在有扩增产物的16对引物中,首次筛选得到8个中国对虾微卫星标记,并对这些微卫星标记进行了等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度、PIC值等统计学指标的评价.结果表明,在8个微卫星位点上,等位基因的数目从5到15不等,等位基因长度从165~305bp,期望杂合度和多态性信息含量分别为0.59到0.89和0.56到0.88,表明这8个中国对虾微卫星标记完全适合于遗传分析. 展开更多
关键词 中国对虾 ESTS 微卫星标记 生物信息学 微卫星序列 等位基因频率 观测杂合度 期望杂合度
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当前生物信息学的重要研究任务 预览 被引量:23
11
作者 陈润生 《生物工程进展》 CSCD 1999年第4期 11-14,共4页
近年来,随着人类基因组计划(HGP)在世界范围内的开展,破译人类及多种模式生物的遗传密码已成为生物学领域的重要学科。同时产生了巨量的基因组信息。分析这些信息是人类基因组研究必不可少的重要内容,从而也促成了生物信息学的... 近年来,随着人类基因组计划(HGP)在世界范围内的开展,破译人类及多种模式生物的遗传密码已成为生物学领域的重要学科。同时产生了巨量的基因组信息。分析这些信息是人类基因组研究必不可少的重要内容,从而也促成了生物信息学的产生与发展。生物信息学作为一门新的... 展开更多
关键词 生物信息学 研究方向 基因组信息 新基因 网络
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后基因组时代的生物信息学 被引量:34
12
作者 陈铭 《生物信息学》 2004年第2期 29-34,共6页
随着人类基因组计划的完成,不断积累的巨量的生物学数据和快速发展的信息学技术,给后基因组时代的生物信息学研究带来了新的挑战.该文对后基因组时代的生物信息学研究内容进行了比较全面的描述,分别就其研究对象和研究方向作了区别讨论... 随着人类基因组计划的完成,不断积累的巨量的生物学数据和快速发展的信息学技术,给后基因组时代的生物信息学研究带来了新的挑战.该文对后基因组时代的生物信息学研究内容进行了比较全面的描述,分别就其研究对象和研究方向作了区别讨论,分析了生物信息学研究的现状和趋势,比较了国内外的研究发展情况和差距.针对我国在研究中所存在的主要问题,提出了建议并做了展望. 展开更多
关键词 后基因组 生物信息学
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水稻功能基因的电子克隆策略 预览 被引量:29
13
作者 张红生 钱晓茵 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期 295-298,共4页
电子克隆是随着基因组计划和EST计划实施发展起来的,利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。已经公布的水稻基因组序列框架图,使得水稻的电子克隆路线得以实施。介绍了水稻电子克隆的基本原理、应用实例、相关的生物信息资源、存... 电子克隆是随着基因组计划和EST计划实施发展起来的,利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。已经公布的水稻基因组序列框架图,使得水稻的电子克隆路线得以实施。介绍了水稻电子克隆的基本原理、应用实例、相关的生物信息资源、存在问题和展望。 展开更多
关键词 水稻 电子克隆 生物信息学 功能基因
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表达序列标签(EST)在基因组学研究中的应用 被引量:19
14
作者 万海伟 杜立新 《生物技术通报》 CAS CSCD 2004年第1期 35-38,34,共5页
表达序列标签(expressed sequence tags)是一种快捷、高效的揭示基因组信息的方法。本文对EST的产生、概念、技术原理及其在基因组研究中的广泛应用作一详细的介绍。
关键词 表达序列标签 基因组 生物信息学 技术原理
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人类基因组计划与后基因组时代 预览 被引量:33
15
作者 骆建新 郑崛村 +1 位作者 马用信 张思仲 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 2003年第11期 87-94,共8页
2003年4月14日生命科学诞生了一个新的重要里程碑,人类基因组计划完成,后基因组时代正式来临.着重介绍了人类基因组计划的提出、目标与任务、实施与进展等方面的基本情况,讨论了后基因组时代的时间界定,分析展望了后基因组时代与人类基... 2003年4月14日生命科学诞生了一个新的重要里程碑,人类基因组计划完成,后基因组时代正式来临.着重介绍了人类基因组计划的提出、目标与任务、实施与进展等方面的基本情况,讨论了后基因组时代的时间界定,分析展望了后基因组时代与人类基因组计划密切相关的生物信息学、功能基因组学、蛋白质组学、药物基因组学等几个重要研究领域. 展开更多
关键词 人类基因组计划 后基因组时代 生物信息学 功能基因组 蛋白质组 药物基因组
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新一代高通量RNA测序数据的处理与分析 被引量:51
16
作者 王曦 汪小我 +2 位作者 王立坤 冯智星 张学工 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第8期834-846,共13页
随着新一代高通量DNA测序技术的快速发展,RNA测序(RNA-seq)已成为基因表达和转录组分析新的重要手段.RNA-seq技术产生的海量数据为生物信息学带来了新的机遇和挑战.有效地对测序数据进行针对性的生物信息学处理和分析,成为RNA-seq技... 随着新一代高通量DNA测序技术的快速发展,RNA测序(RNA-seq)已成为基因表达和转录组分析新的重要手段.RNA-seq技术产生的海量数据为生物信息学带来了新的机遇和挑战.有效地对测序数据进行针对性的生物信息学处理和分析,成为RNA-seq技术能否在科学探索中发挥重大作用的关键.以新一代Illumina/Solexa测序平台所产生的数据为例,在扼要介绍高通量RNA-seq测序流程的基础上,对RNA-seq数据处理和分析的方法和现有软件做一个较为全面的综述,并对其中有待进一步研究的问题进行展望。 展开更多
关键词 高通量RNA测序 转录组 基因表达 数据处理与分析 生物信息学
鸡催乳素基因序列多态及生物信息学分析 预览 被引量:38
17
作者 崔建勋 杜红丽 张细权 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期 208-214,共7页
选择繁殖性能具有明显差异的4个鸡品种(莱航鸡、阳山鸡、丝羽乌骨鸡和隐性白洛克鸡)构建品种DNA池,采用测序的方法快速筛查鸡催乳素基因(chicken prolactin,cPRL)5'侧翼调控区、外显子区和部分内含子区约4500bp范围内可能与产蛋性... 选择繁殖性能具有明显差异的4个鸡品种(莱航鸡、阳山鸡、丝羽乌骨鸡和隐性白洛克鸡)构建品种DNA池,采用测序的方法快速筛查鸡催乳素基因(chicken prolactin,cPRL)5'侧翼调控区、外显子区和部分内含子区约4500bp范围内可能与产蛋性能相关的序列多态,共检测到13个SNPs和两个短片段(24pbp和15bp)插入/缺失多态,其中在5'侧翼序列筛查到9个SNPs及两个短片段插入/缺失多态,在第2外显子筛查到1个SNP,在第5外显子筛查到两个SNPs,在第2内含子筛查到1个SNP;进一步利用生物信息学分析cPRL基因的5'侧翼调控序列,发现24bp短片段的插入使莱航鸡比阳山鸡多出了1个Evi-1可能的结合位点(93分),C-2402T的变异则使阳山鸡比莱航鸡多出了1个C/EBPbeta可能的结合位点(94分),这两个结合位点是否影响cPRL基因的表达,影响鸡的就巢性和产蛋性能,还需要进一步研究. 展开更多
关键词 鸡催乳素(cPRL)基因 单核苷酸多态性(sNPs) 片段插入/缺失多态 生物信息学
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复杂系统意义下的中医药学及其案例研究 预览 被引量:41
18
作者 李梢 王永炎 +1 位作者 季梁 李衍达 《系统仿真学报》 CAS CSCD 2002年第11期 1429-1431,1442,共4页
中医整体观、辨证论治体系所具有的系统大规模、开放于环境以及重视相互作用等特点,以及整体、活体、动态的观察方式是其复杂性的来源;通过对寒、热方剂作用的有关时间序列数据,1607例风湿病疼痛的节律性变化调查,中药方剂的最优配比等... 中医整体观、辨证论治体系所具有的系统大规模、开放于环境以及重视相互作用等特点,以及整体、活体、动态的观察方式是其复杂性的来源;通过对寒、热方剂作用的有关时间序列数据,1607例风湿病疼痛的节律性变化调查,中药方剂的最优配比等案例研究及分析,综合发现多种非特异性指标的特定组合、节律变动形式是寒热方剂、证候的系统特性之一.同时发现中药的总体效应不能用每一成分单独作用的线性叠加来表示,中药对复杂性疾病可发挥"多因微效"的综合调节作用. 展开更多
关键词 复杂系统 中医药 案例 复杂性 生物信息学 系统理论
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国际上LIMS的最新进展与发展趋势 被引量:36
19
作者 傅学胜 《现代科学仪器》 2002年第2期 17-20,共4页
本文介绍了在经济全球化和IT热潮下国际上实验室信息管理系统(LIMS)的最新进展和发展趋势,在仪器联结、仪器控制、光谱采集、光谱处理和化学结构方面的突破,以及生物科学与IT结合诞生出来的新学科--生物信息学(Bioinformatics).
关键词 LIMS 仪器联结 仪器控制 光谱采集 光谱处理 生物信息学 实验室管理
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四物汤对放射线致血虚证小鼠骨髓蛋白质表达的影响 预览 被引量:34
20
作者 郭平 马增春 +3 位作者 李鹰飞 梁乾德 王继峰 王升启 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第9期 893-896,共4页
目的:观察四物汤对血虚证小鼠骨髓蛋白质表达的影响,为阐明四物汤补血作用的分子机理提供理论和实验依据.方法:采用3.5Gy 60Co γ射线全身1次性照射,制备小鼠血虚证模型.利用双向电泳、图像分析、胶内酶切、质谱鉴定等蛋白质组学技术,... 目的:观察四物汤对血虚证小鼠骨髓蛋白质表达的影响,为阐明四物汤补血作用的分子机理提供理论和实验依据.方法:采用3.5Gy 60Co γ射线全身1次性照射,制备小鼠血虚证模型.利用双向电泳、图像分析、胶内酶切、质谱鉴定等蛋白质组学技术,结合生物信息学,分离、分析、鉴定蛋白质.结果:四物汤可以逆转放射线致血虚证小鼠骨髓10个上调和5个下调的蛋白质.其中8个蛋白质可能分别是淋巴细胞特异性蛋白质-1、蛋白酶体26S ATP酶亚组分4、造血细胞蛋白质酪氨酸磷酸酶、H-ras 、3-磷酸甘油醛脱氢酶、生长因子受体结合蛋白-14及Lgals12.结论:四物汤能调节骨髓蛋白质表达,并可能由此促进造血细胞的生长和分化,发挥补血作用. 展开更多
关键词 四物汤 血虚证 骨髓 小鼠 蛋白质表达 补血 造血细胞 3-磷酸甘油醛脱氢酶 生物信息学 放射线
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