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生物信息学资源及其在医学微生物学教学中应用的体会 认领
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作者 陈艳炯 杨娥 +2 位作者 寻萌 韩蕾 王彪 《医学教育研究与实践》 2020年第3期482-486,共5页
生物信息学是生物医学发展的强劲动力,而生物信息学资源在医学教学和研究过程中具有重要的应用价值。生物信息学资源包括生物信息学数据库和在线的或者商品化的分析工具(软件或者程序)。本文探讨了医学生物信息学的概念及其对提高医学... 生物信息学是生物医学发展的强劲动力,而生物信息学资源在医学教学和研究过程中具有重要的应用价值。生物信息学资源包括生物信息学数据库和在线的或者商品化的分析工具(软件或者程序)。本文探讨了医学生物信息学的概念及其对提高医学生信息素质的意义,以及生物信息学资源在医学微生物学教学中的应用。希望说明借助生物信息学教学可以培养学生不仅对于信息有敏锐的感受力、持久的注意力和对信息价值的判断力、洞察力,而且具备确定信息需求的时机、选择信息源、高效获取信息、处理评估信息和有效利用信息的能力;同时注重知识产权的保护、医学信息使用的伦理和法律规范;最终获得终身学习的能力,在拥有更好的职业生涯的同时为人类健康事业做出更大的贡献。 展开更多
关键词 生物信息学 信息素质 生物信息学 生物
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微量元素硒和铜的生物学效应及生物信息学分析 认领
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作者 倪嘉缵 张焱 +5 位作者 刘琼 都秀波 宋国丽 姜亮 沈立明 张中豪 《中国科技成果》 2020年第6期57-58,共2页
介绍研究团队近些年关于微量元素,特别是硒和铜的生物学效应及生物信息学方面的研究工作.团队工作主要体现在以下几个方面:利用生物信息学先进理论和方法,开展硒和铜的代谢网络、功能与进化规律的系统研究,深入分析硒和铜在生物体中的... 介绍研究团队近些年关于微量元素,特别是硒和铜的生物学效应及生物信息学方面的研究工作.团队工作主要体现在以下几个方面:利用生物信息学先进理论和方法,开展硒和铜的代谢网络、功能与进化规律的系统研究,深入分析硒和铜在生物体中的代谢调控机制及与疾病的关系等重要问题,为在生物医学领域开发新靶点、新理论、新药物提供重要参考. 展开更多
关键词 微量元素 生物信息学 生物
基于生存分析的生物信息学方法筛选乳腺癌枢纽基因和关键通路 认领
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作者 陈思 刘春良 +2 位作者 赵倩 孙海鹏 刘云霞 《上海交通大学学报:医学版》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期294-302,共9页
目的·利用生物信息学分析,将基因表达数据与临床生存分析相结合,以筛选乳腺癌的枢纽基因和关键通路。方法·从GEO数据库(Gene Expression Omnibus)下载了3个乳腺癌基因表达数据集,筛选出乳腺癌中的差异表达基因。Kaplan-Meier ... 目的·利用生物信息学分析,将基因表达数据与临床生存分析相结合,以筛选乳腺癌的枢纽基因和关键通路。方法·从GEO数据库(Gene Expression Omnibus)下载了3个乳腺癌基因表达数据集,筛选出乳腺癌中的差异表达基因。Kaplan-Meier plotter数据库进一步筛选出与总体生存期相关的差异表达基因,并对这些基因进行GO(Gene Ontology)功能分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路分析。通过构建蛋白-蛋白相互作用网络筛选乳腺癌枢纽基因。利用Oncomine数据库和人类蛋白质图谱数据库来验证枢纽基因的表达。实时荧光定量PCR检测人乳腺癌细胞MDA-MB-231和人正常乳腺上皮细胞MCF-10A中枢纽基因的表达情况。结果·筛选到262个差异表达基因与乳腺癌患者的总体生存期显著相关。GO功能分析和KEGG通路分析结果显示,这些基因与细胞核分裂、细胞分裂和染色体分离相关,并且主要富集在细胞周期、FoxO信号通路和卵母细胞减数分裂等通路上。蛋白质相互作用网络构建确定了10个枢纽基因。经数据库验证,它们在乳腺癌中均高表达;实时荧光定量PCR结果显示,10个枢纽基因中有8个在乳腺癌细胞中高表达。结论·通过基于生存分析的生物信息学方法筛选出了参与乳腺癌发生发展的关键基因和通路,这些基因和通路主要与细胞周期调控和细胞分裂相关。 展开更多
关键词 乳腺癌 生物信息学 枢纽基因 生存分析 生物标志物
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小鼠纹状体与视网膜的比较转录组学分析 认领
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作者 须周恒 朱营利 +4 位作者 孙孟菲 魏志远 潘佳琪 潘旭斌 陈建欢 《深圳大学学报:理工版》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第1期17-24,共8页
已发现以纹状体多巴胺减少为主要病变之一的帕金森综合症(Parkinson’s disease,PD),可能伴有视网膜病理改变.通过分析比较小鼠纹状体及视网膜在转录组水平的基因表达谱异同,探讨PD相关视网膜病理改变的潜在分子基础.对正常成年C57BL/6... 已发现以纹状体多巴胺减少为主要病变之一的帕金森综合症(Parkinson’s disease,PD),可能伴有视网膜病理改变.通过分析比较小鼠纹状体及视网膜在转录组水平的基因表达谱异同,探讨PD相关视网膜病理改变的潜在分子基础.对正常成年C57BL/6小鼠的纹状体和视网膜进行核糖体核糖核酸(ribosomal ribonucleic acid,r RNA)减除法建库、转录组测序和生物信息学分析,比较两者基因表达谱的异同,分析差异基因所富集的基因功能和信号通路.重点比较两者PD信号通路基因表达的异同,并构建相关基因互作网络.比较转录组学分析发现两者显著差异表达的基因共2478个.其中,1579个基因在纹状体中呈高表达;899个基因在视网膜中呈高表达.在纹状体中,高表达基因富集的功能和通路主要与信号转导及膜转运相关;而在视网膜中,则表现为与转录和光转导相关.PD信号通路有11个基因在纹状体高表达,而在视网膜呈现显著低表达,该通路中其他大多数基因则在两种组织间有相似的表达模式.研究结果揭示了小鼠纹状体和视网膜在转录组水平上的基因表达谱的异同,并探索了与PD相关视网膜病变的潜在分子基础. 展开更多
关键词 神经生物 帕金森病 二代测序 转录组 纹状体 视网膜 生物信息学 基因互作网络
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日本落叶松LoERF017基因的克隆及生物信息学分析 认领
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作者 马苗苗 李成浩 +2 位作者 刘晓 张馨 杨静莉 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期602-612,共11页
从日本落叶松中克隆得到的LoERF017基因,该基因全长624 bp,共编码206个氨基酸。预测该基因所编码的蛋白只包括一个AP2结构域,其二级结构包括α-螺旋(30.43%),无规卷曲(54.11%),延伸链(12.56%),β-折叠(2.9%)。对该基因进行亚细胞定位,... 从日本落叶松中克隆得到的LoERF017基因,该基因全长624 bp,共编码206个氨基酸。预测该基因所编码的蛋白只包括一个AP2结构域,其二级结构包括α-螺旋(30.43%),无规卷曲(54.11%),延伸链(12.56%),β-折叠(2.9%)。对该基因进行亚细胞定位,结果显示LoERF017基因定位在细胞核中。荧光定量PCR结果表明,LoERF017基因在日本落叶松中的表达有一定的组织特异性,该基因在根中的表达量最高,在茎中的表达量最低,在叶中的表达量居中。干旱胁迫下,LoERF017基因的表达量在根中呈上升趋势,复水后,该基因的表达量有下降趋势。可以初步预测该基因主要在日本落叶松根中表达并行使功能,并推测该基因可能与抗旱相关。 展开更多
关键词 日本落叶松 LoERF017基因 生物信息学 生物胁迫
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生物信息学在动物遗传育种中的应用 认领
6
作者 陈晏 《科学技术创新》 2020年第9期140-141,共2页
随着计算机网络技术的发展,生命科学以及信息科学两个领域之间的关联更加密切,这促进了生物信息学的良好发展,并在一定程度上使得现代医药产业和生物工程都得到了进一步的发展。当前我国在生物信息学中的研究进展较为可观,其中在生命科... 随着计算机网络技术的发展,生命科学以及信息科学两个领域之间的关联更加密切,这促进了生物信息学的良好发展,并在一定程度上使得现代医药产业和生物工程都得到了进一步的发展。当前我国在生物信息学中的研究进展较为可观,其中在生命科学中研究所得的核酸与蛋白质两大分子的结构序列,极大地丰富了生物信息学数据库结构和种类。但是在生物信息学在实际应用中,仍然有很大的发展空间,需要与各类科学技术进行结合,以完善我们当前所获取和存储的生命序列信息,并以此促进我们的农业、生物工程、动物遗传育种等方面的应用发展。本文详细研究了当前生物信息学在动物遗传育种中的应用策略,推进动物遗传育种研究的进一步发展。 展开更多
关键词 生物信息学 动物遗传育种 基因组数据库 生物功能组
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机器学习在生物信息学领域的应用与研究进展 认领
7
作者 汤胜男 辛学刚 《人工智能》 2020年第1期84-93,共10页
人工智能是计算机科学领域的一个重要分支,机器学习是人工智能领域重要的组成成分,机器学习使计算机能够模拟人类的学习行为,自发地通过学习来获得知识和生活技能,也能在学习的过程中不断改善自身性能,从而实现自我改善。生物信息学是... 人工智能是计算机科学领域的一个重要分支,机器学习是人工智能领域重要的组成成分,机器学习使计算机能够模拟人类的学习行为,自发地通过学习来获得知识和生活技能,也能在学习的过程中不断改善自身性能,从而实现自我改善。生物信息学是将数学和计算机科学应用于生物分子信息的索引、分类与分析等方面的一门交叉学科,目的是研究生命科学中各种生物信息所代表的生物学意义。由于生物信息学领域数据的特点和需求,人工智能领域特别是机器学习很多算法已经在该领域应用广泛,有力地推进了生物信息学的发展。本文就机器学习技术在生物信息学中的应用及研究进展作一综述。 展开更多
关键词 计算机科 机器 人工智能 交叉 生物信息学 生活技能 生命科 生物分子
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花烟草NaERF1基因的克隆及在非生物胁迫下的表达模式分析 认领
8
作者 鲁琳 赵希胜 +5 位作者 刘桂雲 刘维东 王艳婷 吴玲莉 任学良 鲁黎明 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期1-8,共8页
AP2/ERF类转录因子,是植物所特有的最大的一类转录因子家族,在植物的生长发育过程中,扮演着重要的角色。探究花烟草ERF转录因子的生理功能,为花烟草抵御逆境的分子机制研究提供借鉴。采用同源克隆的方法进行基因克隆。通过对花烟草进行... AP2/ERF类转录因子,是植物所特有的最大的一类转录因子家族,在植物的生长发育过程中,扮演着重要的角色。探究花烟草ERF转录因子的生理功能,为花烟草抵御逆境的分子机制研究提供借鉴。采用同源克隆的方法进行基因克隆。通过对花烟草进行非生物胁迫,运用qPCR的方法进行基因表达模式分析。从花烟草(Nicotiana alata)中克隆了一个属于ERF家族的基因NaERF1。该基因的开放阅读框全长为819 bp,编码了272个氨基酸。生物信息学分析结果表明,该基因编码的蛋白分子量为30.7 kD,等电点为6.07;具有AP2/ERF类转录因子家族典型的保守结构域;该基因主要定位于细胞质内,并含有多个磷酸化位点。同源性分析的结果显示,NaERF1基因与茄科植物的ERF同源性较高,并且与普通烟草的ERF亲缘关系最近。NaERF1基因的表达具有组织表达特异性,花中表达量最高,茎中次之,根和叶中表达量较低。同时,在高盐、干旱、低温、ABA、低钾及H2O2等非生物胁迫下,NaERF1的表达呈现5种模式。其中,对低钾及ABA胁迫的响应强烈。NaERF1基因属于AP2/ERF类转录因子,可能广泛参与了花烟草包括非生物胁迫响应在内的众多生理过程。 展开更多
关键词 花烟草 转录因子 ERF 生物信息学 基因克隆 生物胁迫
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16种微生物蛋白酶的生物信息学分析 认领
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作者 富玉竹 李欣 +3 位作者 李晔 王斯德 金丽华 于然 《江苏农业科学》 2020年第4期65-65,66-72共8页
蛋白酶(protease)是以降解蛋白质为主的糖苷酶,具有丰富的多样性,在生物有机体中发挥着重要而又广泛的作用,具有广泛的研究和应用价值。本研究采用ProtParam、ProtScale、SignalP 4.1 server和NPSA serve等生物信息学软件,对天蓝色链霉... 蛋白酶(protease)是以降解蛋白质为主的糖苷酶,具有丰富的多样性,在生物有机体中发挥着重要而又广泛的作用,具有广泛的研究和应用价值。本研究采用ProtParam、ProtScale、SignalP 4.1 server和NPSA serve等生物信息学软件,对天蓝色链霉菌、普通拟杆菌、金黄色葡萄球菌、枯草杆菌等16种微生物蛋白酶的理化性质、蛋白结构、系统发生树和功能域等进行了分析。结果表明:通过分析16种微生物蛋白酶的稳定性发现,金黄色葡萄球菌、唾液链球菌、短小芽孢杆菌、绿脓杆菌为不稳定蛋白;二级结构由α螺旋、β转角、无规则卷曲和延伸链等结构元件组成;除了节杆菌属、无乳链霉菌、普通拟杆菌、肠杆菌属具有信号肽,其余蛋白酶氨基酸序列不具有信号肽的特点。可以推测出蛋白酶为非分泌性蛋白;只有绿脓杆菌和猪链球菌有跨膜结构,剩下其余几种微生物均没有跨膜结构。具有2个蛋白功能域,分别为Peptidase S8 familyi、Fn35like domain。 展开更多
关键词 生物 蛋白酶 序列分析 生物信息学 理化性质 蛋白结构 信号肽
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自建和选用微生物信息学平台辅助“生物信息学”课程教学探索 认领
10
作者 李骏 李彤彤 钟卫鸿 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期1155-1162,共8页
“生物信息学”课程主要讲授生物信息分析技术及其在动植物和微生物学研究领域中的应用。随着课程涉及的多种信息学分析软件和算法的不断开发和使用,应用领域也在不断拓展,因而其教学内容也需不断发展和更新。本文主要从不断发展和自建... “生物信息学”课程主要讲授生物信息分析技术及其在动植物和微生物学研究领域中的应用。随着课程涉及的多种信息学分析软件和算法的不断开发和使用,应用领域也在不断拓展,因而其教学内容也需不断发展和更新。本文主要从不断发展和自建的微生物信息学平台如何辅助教学角度,探讨研究生“生物信息学”课程的教学模式及其实践效果。我们基于自建微生物信息学分析平台,以强化研究生解决实际问题和创新能力培养为目标,在教学内容、教学手段、授课方式和考核标准4个方面积极探索,建立了适合我校微生物学相关专业研究生培养目标的课程设置、启发式教学模式和成绩评价方式,促进了研究生培养质量和水平的提升。 展开更多
关键词 生物信息学 生物 研究生 课程辅助平台
肺腺癌关键基因的生物信息学研究 认领
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作者 刘冬琦 窦涪琳 杨晓东 《中国实验诊断学》 2020年第4期580-586,共7页
目的肺癌是世界上发病率和致死率最高的恶性肿瘤,肺腺癌(LUAD)目前已成为肺癌中最主要的病理类型,占所有肺癌患者的80%-85%。本研究应用生物信息学技术,探究肺腺癌潜在的关键基因,最终服务于肺腺癌的诊断、治疗及预后判断。方法从基因... 目的肺癌是世界上发病率和致死率最高的恶性肿瘤,肺腺癌(LUAD)目前已成为肺癌中最主要的病理类型,占所有肺癌患者的80%-85%。本研究应用生物信息学技术,探究肺腺癌潜在的关键基因,最终服务于肺腺癌的诊断、治疗及预后判断。方法从基因表达综合数据库获取到三个包含肺腺癌及正常组织样本的数据集(GSE33532、GSE40791、GSE19188),应用R软件的Limma包筛选出DEGs。使用DAVID数据库对DEGs进行GO及KEGG富集分析,应用STRING及Cytoscape等工具对DEGs构建蛋白相互作用网络,并筛选出hub genes,应用生存曲线及GEPIA对hub genes进行校验及分析。结果共筛选出1354个DEGs,构建出的PPI模型共包含817个节点和5557条连线,并选出三个核心模块,及八个hub genes,包括CDK1、CDC20、CCNA2、CCNB1、BUB1、CCNB2、TOP2A及AURKB,它们都与较差的肺癌预后相关。结论本研究通过生物信息学分析确定了CDK1、CDC20、CCNA2、CCNB1、BUB1、CCNB2、TOP2A及AURKB可能对肺腺癌的发展和预后存在一定影响,可以作为肺腺癌的潜在生物标记物。 展开更多
关键词 肺腺癌 生物信息学 差异表达基因 生存率 生物标志物
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基于转录组测序生物信息学分析的研究进展 认领
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作者 宋尚桥 马围围 +5 位作者 张超龙 曾素先 孙翠翠 李鑫 严瑾 黎宗强 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第2期392-398,共7页
随着DNA双螺旋结构的发现,基因组研究开始进行,中心法则也成为了研究生命科学的核心。这对近年来分子生物学及检测技术的迅猛发展提供了良好的开端,随之而来的是基因测序研究成为了生物学上一个新的热点话题。虽然通过转录组测序可以获... 随着DNA双螺旋结构的发现,基因组研究开始进行,中心法则也成为了研究生命科学的核心。这对近年来分子生物学及检测技术的迅猛发展提供了良好的开端,随之而来的是基因测序研究成为了生物学上一个新的热点话题。虽然通过转录组测序可以获得海量基因数据,但是数据的深入探索还需要进一步研究,而这些深入的挖掘,需要生物信息学分析手段,从而建立了多组学,通过对其进行不断完善,使得现代生物科学形成了一个完整的系统。这使得生物基因学的研究可以成为一个逐层的分析,将通过整合分析出的信息数据来描述生命活动。因此,功能基因组的研究已经成为了动植物基因组研究的重要方向,特别是对转录组的研究尤为重要。作者通过对转录组学的时代背景、转录组研究的复杂性、DNA测序技术的发展史以及转录组学研究方法进行归纳,简述了转录组学的发展历程,并对转录组研究内容做了一个简单系统的介绍,为更加深入地了解转录组测序奠定了基础。 展开更多
关键词 分子生物 转录组测序 基因数据 生物信息学 DNA测序
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变应性鼻炎关键基因的生物信息学分析 认领
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作者 常文川 许昱 《中华耳鼻咽喉头颈外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期458-464,共7页
目的通过对基因表达数据库(GEO)中变应性鼻炎(allergicrhinitis,AR)相关的基因芯片进行生物信息学分析,获得AR的生物标志物。方法2018年6月至2019年12月,从可公开获得的GEO(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)中下载包括3名健康对照者和6... 目的通过对基因表达数据库(GEO)中变应性鼻炎(allergicrhinitis,AR)相关的基因芯片进行生物信息学分析,获得AR的生物标志物。方法2018年6月至2019年12月,从可公开获得的GEO(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)中下载包括3名健康对照者和6例AR患者的数据(GSE46171)。使用GEO2R在线工具在AR和正常组织之间进行筛查。然后使用生物信息学方法,包括基因本体(geneontology,GO)富集分析,京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路分析和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建,以鉴定AR中的关键基因。同期,武汉大学人民医院耳鼻咽喉头颈外科在手术中收集15例AR患者和15名健康对照者的下鼻甲黏膜组织,用于进一步验证重要的基因和途径,进行实时定量聚合酶链反应。采用SPSS 9.0统计学软件对测量结果进行统计学分析。结果共选择217个差异基因(differentially expressed genes,DEG),其中112个是下调基因,105个是上调基因。其中表达差异最大的5个上调基因依次为:KLK7、TMPRSS11A、SPRR2C、TPSAB1及TXLNGY;表达差异最大的5个下调基因依次为:XIST、CTAG1A、PRB1、CXCL11及PRB2。通过在217个DEG之间构建PPI网络,获得的15个hub基因依次为IFIH1、CCR2、CD80、TLR7、EIF1AY、DDX3Y、RSAD2、RPS4Y2、RPS4Y1、XAF1、KDM5D、ZFY、NLGN4Y、IFIT5和DDX60L,这些基因位于基因网络中的枢纽上。以15例AR患者和15名健康对照者的下鼻甲黏膜组织对这15个基因进行验证,结果显示AR患者的IFIH1、CCR2、CD80、TLR7、RSAD2、XAF1、IFIT5和DDX60L表达低于健康对照者,EIF1AY、DDX3Y、RPS4Y2、RPS4Y1、KDM5D、ZFY和NLGN4Y表达高于健康对照者,差异均有统计学意义(P值均<0.05)。结论本研究共发现了217个AR密切相关基因,并通过PPI网络获得15个hub基因,这些基因可能参与了AR的发病过程,有望成为AR新的生物标志物。 展开更多
关键词 鼻炎 变应性 生物信息学 生物标志物
花烟草NaNHX1基因的克隆及其在非生物胁迫下的表达模式 认领
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作者 鲁琳 赵希胜 +3 位作者 刘维东 王艳婷 吴玲莉 鲁黎明 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期70-77,共8页
植物NHX家族基因,在植物的生长发育以及生物与非生物胁迫的应答反应中发挥着十分重要的作用。为了探究花烟草Na+/H+逆向转运蛋白的生理功能,为花烟草耐盐分子机制的研究提供参考。采用同源克隆的方法进行基因克隆,对花烟草进行非生物胁... 植物NHX家族基因,在植物的生长发育以及生物与非生物胁迫的应答反应中发挥着十分重要的作用。为了探究花烟草Na+/H+逆向转运蛋白的生理功能,为花烟草耐盐分子机制的研究提供参考。采用同源克隆的方法进行基因克隆,对花烟草进行非生物胁迫,并运用qPCR的方法进行基因表达模式分析。结果表明,从花烟草(Nicotiana alata)中克隆了一个属于Na+/H+逆向转运蛋白家族的基因NaNHX1。该基因的开放阅读框全长为1 599 bp,编码了532个氨基酸残基。生物信息学分析结果表明,该基因编码的蛋白分子量为58.4 kD,等电点为5.66;具有Na+/H+逆向转运蛋白家族典型的保守结构域NhaP2;该蛋白属于疏水性蛋白,包含10个跨膜区。NaNHX1基因主要定位于细胞质膜,并含有多个磷酸化位点。同源性分析的结果显示,NaNHX1基因与美花烟草(Nicotiana sylvestris)、茸毛烟草(Nicotiana tomentosiformis)以及番茄(Solanum lycoperisicum)NHX基因的亲缘关系最近,而与拟南芥的NHX基因同源性最低。NaNHX1基因的表达具有组织表达特异性,花中表达量最高,茎中次之,根和叶中表达量较低。在高盐、干旱、低温、ABA、低钾及H2O2等非生物胁迫下,NaNHX1的表达呈现3种不同的表达模式。其中,对高盐及低钾胁迫的响应强烈。本研究的结果表明,NaNHX1基因属于Na+/H+逆向转运蛋白家族,可能参与了花烟草高盐和低钾胁迫,以及其它非生物胁迫响应在内的众多生理过程。 展开更多
关键词 花烟草 Na~+/H~+逆向转运蛋白 生物信息学 基因克隆 耐盐性
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磷酸甘油酸激酶1与乳腺浸润癌患者预后的相关性及潜在机制探索 认领
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作者 郭然 侯世科 陈孝储 《解放军医药杂志》 CAS 2020年第5期37-41,共5页
目的探讨磷酸甘油酸激酶1(PGK1)对乳腺浸润癌患者预后影响及潜在相关机制。方法下载TCGA数据库中乳腺浸润癌患者的RNA表达谱及临床数据,按PGK1表达水平分为高表达组(n=526)和低表达组(n=525),比较2组生存时间、肿瘤不同分期患者的PGK1... 目的探讨磷酸甘油酸激酶1(PGK1)对乳腺浸润癌患者预后影响及潜在相关机制。方法下载TCGA数据库中乳腺浸润癌患者的RNA表达谱及临床数据,按PGK1表达水平分为高表达组(n=526)和低表达组(n=525),比较2组生存时间、肿瘤不同分期患者的PGK1表达水平;将患者所测各RNA表达水平逐一与PGK1表达水平进行Pearson相关性检测,选取相关性最高的前50个基因;对筛选出的50个基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果 PGK1高表达组患者的中位生存时间低于PGK1低表达组(P<0.05);临床分期Ⅰ期患者PGK1表达水平低于Ⅱ~Ⅳ期,Ⅳ期患者PGK1表达水平高于Ⅰ~Ⅲ期(P<0.05);T4期患者PGK1表达水平均高于其他3期(P<0.05);M1期患者PGK1表达水平高于M0期(P<0.05)。在检测的20 154个基因中,有11 872个基因与PGK1存在相关性(P<0.05),其中细胞死亡诱导DFFA样效应因子c和水通道蛋白7与PGK1表达水平的相关系数最高(r=0.8220、0.8216,P<0.05)。GO富集分析可见,主要涉及的生物学过程包括代谢过程、对刺激的反应、生物调;主要涉及的细胞组分为膜、细胞外空间、囊泡;主要涉及的分子功能为蛋白质结合、离子结合、转运活动。KEGG通路富集分析可见主要涉及的信号通路为PPAR信号通路、调节脂肪细胞中的脂肪分解、AMPK信号通路。结论 PGK1高表达与乳腺浸润癌患者远期生存率降低及肿瘤分级更高相关,这可能与其通过调控物质代谢水平从而为肿瘤细胞提供更多能量,促进肿瘤细胞生长有关。 展开更多
关键词 乳腺肿瘤 磷酸甘油酸激酶1 预后 生物信息学 水通道蛋白7 生存概率 癌症基因
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人类TMEM121基因的生物信息学分析 认领
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作者 徐伟 周军媚 +5 位作者 叶湘漓 江志钢 李永青 范雄伟 吴秀山 王跃群 《湖南师范大学学报:医学版》 2020年第1期1-4,共4页
目的:以人类心肌特异性表达基因TMEM121为研究部对象,对其编码蛋白的结构和功能进行预测。方法:利用生物信息学方法对TMEM121蛋白的同源度、二级结构、互作蛋白及功能等进行预测分析。结果:TMEM121蛋白在进化上高度保守,与猩猩、绿猴、... 目的:以人类心肌特异性表达基因TMEM121为研究部对象,对其编码蛋白的结构和功能进行预测。方法:利用生物信息学方法对TMEM121蛋白的同源度、二级结构、互作蛋白及功能等进行预测分析。结果:TMEM121蛋白在进化上高度保守,与猩猩、绿猴、家猫、大鼠及小鼠等的同源度高达96%以上,主要二级结构是α螺旋,无信号肽,定位于内质网的可能性比较大,具有转运及信号转导等功能。结论:人类TMEM121基因可能作为转运和信号转导因子与其他蛋白共同作用参与成体心脏功能的调控。 展开更多
关键词 TMEM121基因 生物信息学 理化性质 分子结构 功能
猪NR1H3基因可变剪接体的克隆及表达特性研究 认领
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作者 张雪莲 晋大鹏 +7 位作者 吴怡琦 李文霞 秦本源 蔡春波 高鹏飞 郭晓红 李步高 曹果清 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期43-54,共12页
旨在克隆猪NR1H3基因的可变剪接体,并预测编码蛋白的结构与功能,研究其转录本的表达特性。本试验以马身猪为研究对象,采用RT-PCR及克隆测序技术对猪NR1H3基因CDS区进行扩增和克隆,采用生物信息学方法分析NR1H3蛋白的生物学特性,采用qRT-... 旨在克隆猪NR1H3基因的可变剪接体,并预测编码蛋白的结构与功能,研究其转录本的表达特性。本试验以马身猪为研究对象,采用RT-PCR及克隆测序技术对猪NR1H3基因CDS区进行扩增和克隆,采用生物信息学方法分析NR1H3蛋白的生物学特性,采用qRT-PCR技术检测NR1H3基因在心、肝、脾、肺、肾、胃、小肠、股二头肌、腰大肌和皮下脂肪组织中的表达谱及在脂肪组织中的发育性表达规律。结果表明,本研究成功克隆出猪NR1H3基因的两个转录本NR1H3-1和NR1H3-2,其中NR1H3-2为新发现的转录本(MN082630),其CDS区全长1203 bp,编码的蛋白质含400个氨基酸,属于中性不稳定蛋白;与NR1H3-1相比,NR1H3-2缺失了长度为95 bp的第9外显子,编码的蛋白质NR1H3-2比NR1H3-1少了一个肝X受体的配体结合结构域;氨基酸的相似性分析发现,猪NR1H3蛋白氨基酸序列与北大西洋小须鲸、山羊、绵羊、抹香鲸、长江江豚等物种的相似性较高。NR1H3-1和NR1H3-2在所检测组织中均有表达,且在不同组织间的表达量具有显著差异(P<0.05);NR1H3-1转录本在小肠中表达量最高,其次是脾、肝、股二头肌等,在心脏中表达量最低;NR1H3-2则在肝中表达量最高,其次是脾、小肠、胃和股二头肌等,在心脏中表达量最低。在各组织中(除小肠、心、肺),NR1H3-2的表达量均高于NR1H3-1,其中在肝和皮下脂肪组织中,NR1H3-2的表达量极显著高于NR1H3-1(P<0.01),在胃中差异达显著水平(P<0.05)。随着日龄的增加,皮下脂肪组织中NR1H3-1和NR1H3-2的表达量整体呈上升趋势,推测该基因对猪的脂肪沉积有调控作用。本试验成功克隆了猪NR1H3基因的两个可变剪接体,并推测其对猪脂质代谢及脂肪生成具有重要的生理作用。 展开更多
关键词 NR1H3基因 可变剪接 生物信息学 表达特征
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白菜S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶BrSAMDC基因的克隆、表达及生物信息学分析 认领
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作者 唐文武 吴秀兰 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期3485-3492,共8页
S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶(S-adenosylmethionine decarboxylase,SAMDC)是生物体内亚精胺合成过程中的限速酶,在植物生长发育及抗逆境胁迫方面起到重要的调节作用。本研究通过RT-PCR技术从大白菜栽培种Chiifu-401中克隆得到一个BrSAMDC基因... S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶(S-adenosylmethionine decarboxylase,SAMDC)是生物体内亚精胺合成过程中的限速酶,在植物生长发育及抗逆境胁迫方面起到重要的调节作用。本研究通过RT-PCR技术从大白菜栽培种Chiifu-401中克隆得到一个BrSAMDC基因,并对其进行表达特性及其蛋白的结构与功能进行生物信息学分析。结果表明,BrSAMDC的cDNA扩增序列为1566 bp,CDS区为1107 bp,编码368个氨基酸。定量PCR结果显示,BrSAMDC基因在白菜的各个组织均有较高表达,其中角果中的表达量最高,其次为花、茎和根,而在叶片中的表达量最低。BrSAMDC蛋白分子量为40.52 kD,属于亲水、稳定蛋白;预测其分布于细胞核内,不存在信号肽和跨膜结构域;二级结构中以无规则卷曲和α-螺旋为主,三级结构同源建模成功。14种植物SAMDC蛋白的序列对比分析显示,均含有LSESSLF结构域和PEST结构域,且十分保守;十字花科的SAMDC蛋白同源性较高,且其氨基酸的进化与植物分化具有一致性。本研究为白菜SAMDC基因的功能研究及应用提供数据基础。 展开更多
关键词 白菜(Brassica rapa L.) BrSAMDC 基因克隆 基因表达 生物信息学
萱草乙二醛酶基因的克隆及花粉管通道法遗传转化 认领
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作者 倪迪安 梁锦 +5 位作者 高马也 钟荣 谭雨馨 刘翔 尹冬梅 张志国 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期171-179,共9页
植物在逆境条件下会积累过量有毒醛类化合物(如甲基乙二醛),乙二醛酶可有效清除此类化合物以维持体内平衡。为研究萱草乙二醛酶基因的功能,根据萱草转录组测序结果,采用生物信息学方法筛选乙二醛酶候选基因,并通过反转录聚合酶链式反应(... 植物在逆境条件下会积累过量有毒醛类化合物(如甲基乙二醛),乙二醛酶可有效清除此类化合物以维持体内平衡。为研究萱草乙二醛酶基因的功能,根据萱草转录组测序结果,采用生物信息学方法筛选乙二醛酶候选基因,并通过反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)法首次从萱草中克隆了乙二醛酶的编码序列(coding sequence,CDS)的全长,命名为HfGLXI-1。该CDS全长885 bp,编码295个氨基酸,分子进化树分析显示该基因编码的蛋白质属于乙二醛酶进化枝I(Clade I),即具有乙二醛酶活性。蛋白质高级结构预测显示HfGLXI-1主要由无规则卷曲、α螺旋和延伸链组成,其配体为二价钴离子和谷胱甘肽,与乙二醛酶的性质相符。通过PCR扩增结果显示扩增得到的基因组DNA条带大小与该基因CDS的分子量相近,测序结果表明上述两者序列完全一致,推测HfGLXI-1基因不存在内含子。通过构建含有HfGLXI-1 cDNA的过表达载体及采用花粉管通道方法进行转化,获得表达转基因萱草,为进一步研究萱草HFGLXI-1的功能提供参考。 展开更多
关键词 萱草 乙二醛酶 生物信息学 基因克隆 花粉管通道转基因
油棕植物激素相关基因的生物信息学分析 认领
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作者 刘新星 曾异征 +1 位作者 李东栋 郑育声 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期3493-3501,共9页
油棕(Elaeis guineensis Jacq.)享有"世界油王"的称誉,油棕中果皮的棕榈油(Palm oil)含量非常丰富,占干重的80%。众所周知,赤霉素(gibberellins,GAs)、生长素(Auxin)和乙烯(Ethane)是分布较广的植物激素,参与多种植物的油脂... 油棕(Elaeis guineensis Jacq.)享有"世界油王"的称誉,油棕中果皮的棕榈油(Palm oil)含量非常丰富,占干重的80%。众所周知,赤霉素(gibberellins,GAs)、生长素(Auxin)和乙烯(Ethane)是分布较广的植物激素,参与多种植物的油脂代谢和脂肪酸积累过程,且这3种激合成相关基因素在油棕中的研究鲜有报道。基于前期对非洲油棕果壳转录组基础上,本研究针对油棕赤霉素相关基因EgGA20ox 1-D和EgGA20ox 2,生长素相关基因EgYUC1和乙烯相关基因EgACS,进行生物信息学分析及生物学功能预测。结果发现,EgGA20ox1-D、EgGA20ox 2、Eg YUC1和EgACS蛋白均为疏水性蛋白,且具有多个功能位点(糖基化位点和磷酸化位点)。除了EgYUC1蛋白有2个跨膜结构区外,其余无跨膜结构区。此外,这四类蛋白二级结构的主要元件为无规则卷曲和α螺旋。该研究结果对深入解析油棕这3类植物激素相关基因在油脂代谢中的功能及其调控机理提供科学参考。 展开更多
关键词 油棕(Elaeis guineensis) 赤霉素 生长素 乙烯 生物信息学
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