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植原体感染前后毛泡桐叶绿体全基因组测序分析 预览
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作者 林丹 李冰冰 +3 位作者 曹喜兵 赵振利 邓敏捷 范国强 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期537-543,573,共8页
以毛泡桐(Paulownia tomentosa)病苗(Pto)和健康苗(PtoI)为试验材料,利用高通量测序技术对染病前后毛泡桐的叶绿体全基因组进行测序,分析比较基因组结构。研究结果表明,毛泡桐病苗和健康苗的叶绿体基因组由反向重复区(IRs)、长单拷贝序... 以毛泡桐(Paulownia tomentosa)病苗(Pto)和健康苗(PtoI)为试验材料,利用高通量测序技术对染病前后毛泡桐的叶绿体全基因组进行测序,分析比较基因组结构。研究结果表明,毛泡桐病苗和健康苗的叶绿体基因组由反向重复区(IRs)、长单拷贝序列区(LSC)和短单拷贝序列区(SSC)等部分组成。其中,叶绿体基因组全长分别为154 700 bp(Pto)和154 646 bp(PtoI),IRs的长度为25 779 bp,LSC和SSC长度分别为85 356、17 786 bp(Pto)和85 356、17 732 bp(PtoI)。生物信息学分析表明,在Pto中共搜索到简单重复位点(SSR)64个,单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸和五核苷酸的数量分别为49、5、2、7、1个;PtoI中共有64个SSR位点,单核苷酸个数为49个,并未发现六核苷酸。大多数位点都富含A-T,具有碱基偏好性。 展开更多
关键词 毛泡桐 高通量测序 叶绿体基因组 简单重复序列
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铁皮石斛种质资源DNA身份证的构建及遗传相似性分析
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作者 余文霞 雷胄熙 +6 位作者 袁媛 吴玉林 顺庆生 魏刚 胡柳萍 胡菊婷 黄璐琦 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期16-21,共6页
该研究利用中国中医科学院中药资源中心筛选出的4对简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)引物对铁皮石斛主产区9个产地29个居群的铁皮石斛样品进行检测,4对SSR引物分别扩增出5,7,4,3条多态性带,根据不同居群的SSR指纹图谱构建DNA... 该研究利用中国中医科学院中药资源中心筛选出的4对简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)引物对铁皮石斛主产区9个产地29个居群的铁皮石斛样品进行检测,4对SSR引物分别扩增出5,7,4,3条多态性带,根据不同居群的SSR指纹图谱构建DNA身份证。聚类分析可将来自29个居群样本分成四大类,且表现出较好的地域相关性,其中来自云南、贵州、四川的铁皮石斛样品聚为一类,来自安徽和广西的铁皮石斛单独聚为一类,来自广东丹霞、浙江永康、浙江乐清及泰宁的样品聚为一类。采用PopGene(version 1.32)软件包对29个铁皮石斛居群进行遗传相似性分析,相似系数变异在0.4034~1.0。基于遗传相似系数可将不同居群铁皮石斛的遗传一致性分成A,B,C共3个等级,地理位置相近或生长地貌相似的居群遗传相似性系数较高,表明其遗传背景较为一致。本研究为铁皮石斛的品种鉴别及优良品种选育提供参考信息。 展开更多
关键词 铁皮石斛 DNA身份证 简单重复序列 遗传相似系数
简单重复序列标记和序列相关扩增多态性标记在草莓遗传多样性分析中的比较 预览
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作者 忻雅 方献平 +4 位作者 王淑珍 童建新 来文国 汪建荣 余红 《浙江大学学报:农业与生命科学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期278-287,共10页
利用简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)和序列相关扩增多态性(sequence related amplifiedpolymorphism,SRAP)标记分析了来自国内外43个草莓品种的遗传多样性,并比较了这2种分子标记的效果差异。结果表明:30对SSR引物平均多态... 利用简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)和序列相关扩增多态性(sequence related amplifiedpolymorphism,SRAP)标记分析了来自国内外43个草莓品种的遗传多样性,并比较了这2种分子标记的效果差异。结果表明:30对SSR引物平均多态性位点数为6.43个,每个位点的平均多态性信息含量(polymorphisminformationcontent,PIC)值为0.6284;20个SRAP引物组合平均多态性位点数为14.30个,PIC值高达0.9114。基于SSR标记的聚类结果与基于SRAP标记的聚类结果的相关系数为0.817,呈显著水平。而SSR标记、SRAP标记分别与SSR+SRAP联合标记的相关系数为0.938和0.966,都达到极显著水平。SSR和SRAP标记都能较好地分析草莓遗传多样性,其中SRAP标记的效果略优于SSR标记,而SSR+SRAP联合标记分析则能更好地评估种质的遗传多样性和亲缘关系。 展开更多
关键词 草莓 简单重复序列 序列相关扩增多态性 遗传多样性
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优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中SSR位点鉴定、特征及分布规律 预览
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作者 周志军 韩媛吕 +1 位作者 甄云霞 柴金艳 《环境昆虫学报》 CSCD 北大核心 2019年第4期799-807,共9页
优雅蝈螽Gampsocleis gratiosa是一种在我国具有悠久人工饲养历史的鸣虫。简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR)非常适用于种群遗传研究。本文运用MISA软件分别在优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中发现15 042和40 611个SSR位... 优雅蝈螽Gampsocleis gratiosa是一种在我国具有悠久人工饲养历史的鸣虫。简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR)非常适用于种群遗传研究。本文运用MISA软件分别在优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中发现15 042和40 611个SSR位点。转录组中,双碱基型最为丰富5 444个(36.19%),其次为单碱基型4 785个(31.81%)和三碱基型4 273个(28.41%),而四碱基型514(5.83%)和五碱基型26(0.33%)极少,没有发现六碱基型。基因组浅层测序结果中,以三碱基型(38.89%)和四碱基型(38.43%)最为丰富,单碱基型(10.34%)和双碱基型(11.72%)次之,五碱基型(0.54%)和六碱基型(0.08%)最少。基因组浅层测序结果中SSR位点的密度为876.20个/Mb,约为转录组143.06个/Mb的6倍。利用primer 32.2.3搜索发现优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中侧翼序列满足设计引物条件的完整型SSR位点数分别为9 969个(70.18%)和21 437个(67.75%)。本研究加深了对优雅蝈螽基因组的认识和了解,并为下一步大量开发和筛选高质量微卫星标记提供数据支持。 展开更多
关键词 优雅蝈螽 高通量测序 简单重复序列 转录组 基因组浅层测序
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SSR分子标记的研究进展 预览
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作者 杨梦婷 黄洲 +2 位作者 干建平 徐君驰 庞基良 《杭州师范大学学报:自然科学版》 CAS 2019年第4期429-436,共8页
介绍SSR分子标记的开发方法,综述了SSR标记在通用性、遗传多样性与种质鉴定、遗传连锁图谱构建、基因定位与克隆、数量性状基因位点(QTLs)分析、DNA指纹图谱构建等研究中的应用及最新进展,对提高SSR分子标记电泳检测效率提出一些建议.... 介绍SSR分子标记的开发方法,综述了SSR标记在通用性、遗传多样性与种质鉴定、遗传连锁图谱构建、基因定位与克隆、数量性状基因位点(QTLs)分析、DNA指纹图谱构建等研究中的应用及最新进展,对提高SSR分子标记电泳检测效率提出一些建议.同时展望了SSR分子标记的应用前景. 展开更多
关键词 SSR PCR 简单重复序列
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闽楠优良基因型遗传差异的SSR分析 预览
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作者 刘丹 刘斌 +3 位作者 曾钦朦 陈世品 刘宝 李煜 《森林与环境学报》 CSCD 北大核心 2019年第5期449-453,共5页
闽楠是我国特有的珍贵用材树种,具有重要的生态和经济价值。课题组在闽楠天然群体中进行了优树选择,并开展了优树半同胞子代的遗传测定,选出了一批优良家系和优良单株。利用开发的SSR分子标记检测了39个闽楠优良基因型的遗传差异,10对SS... 闽楠是我国特有的珍贵用材树种,具有重要的生态和经济价值。课题组在闽楠天然群体中进行了优树选择,并开展了优树半同胞子代的遗传测定,选出了一批优良家系和优良单株。利用开发的SSR分子标记检测了39个闽楠优良基因型的遗传差异,10对SSR引物共扩增出了65个条带,多态性条带有50个,多态性条带占76.9%,说明这39个优良基因型具有一定的遗传差异。UPGMA聚类可以将39个基因型分为3类:第1类包括7个基因型,分别为Jo26、Jo25、Jo21、Jo20、Jo27、Jo23、NP602;第2类包括31个基因型,可分为3个亚类:第1亚类包括Np604、Np603、Np606、Np601、Np605、Np616,第2亚类包括Np622、Np621、Np619、Np620、Np618、Np615、Np607、Np617、Yp602、Jo28,第3亚类包括Mx605、Mx603、Mx602、Mx606、Mx601、Mx604、Sm1、Yx604、Sx05、Sx04、Sx02、Yp603、Yp604、Yx603、Yx602;第3类仅有1个基因型,为Yp601。研究结果为进一步的优良无性系选育及杂交育种的亲本选配提供参考。 展开更多
关键词 闽楠 基因型 遗传差异 简单重复序列
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花椰菜转录组SSR位点分析及其分子标记开发 预览
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作者 林珲 李永平 +3 位作者 薛珠政 陈敏氡 朱海生 温庆放 《西北农林科技大学学报:自然科学版》 CSCD 北大核心 2019年第3期85-93,共9页
【目的】开发适合花椰菜的SSR分子标记,为花椰菜品种遗传关系鉴定、遗传图谱绘制等提供候选标记。【方法】以24份花椰菜材料为研究对象,通过MISA软件对其转录组SSR位点信息进行分析,设计SSR引物,对这些引物进行PCR扩增,开发高多态性花... 【目的】开发适合花椰菜的SSR分子标记,为花椰菜品种遗传关系鉴定、遗传图谱绘制等提供候选标记。【方法】以24份花椰菜材料为研究对象,通过MISA软件对其转录组SSR位点信息进行分析,设计SSR引物,对这些引物进行PCR扩增,开发高多态性花椰菜的SSR分子标记;利用差异条带对不同花椰菜材料的亲缘关系进行分析。【结果】从转录组数据中得到66450条Unigene基因,包含10715个SSR位点,发生频率为12.09%,平均分布距离为5.9kb。SSR位点中优势类型为二核苷酸重复基序,出现频率占总SSR的51.16%;其次是三核苷酸,占总SSR的47.37%。重复序列基序共49种,其中出现频率较高的重复基序主要为AG/CT、GA/TC和AAG/CTT。有1164个长度≥20bp的SSR位点,获得具有潜在高多态性的SSR引物6119对。随机设计的40对引物中有31对引物能进行有效扩增,其中有17对引物在24份花椰菜品种中表现出多态性。UPGMA分析显示,在遗传距离为0.625时,17对多态性引物可将24份花椰菜分为3类。【结论】开发的花椰菜SSR标记类型丰富,出现频率高,具有较高的可用性。 展开更多
关键词 花椰菜 简单重复序列 转录组 多态性 分子标记 基因位点分析
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雪茄烟品种Beinhart1000-1赤星病抗性基因的QTL定位 预览
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作者 童治军 张谊寒 +3 位作者 陈学军 曾建敏 方敦煌 肖炳光 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期477-482,共6页
由链格孢菌(Alternaria alternata)引起的赤星病是最具破坏性的烟草叶斑病害之一,在中国严重地影响烟草(Nicotiana tabacum L.)的产量和质量。选育抗烟草赤星病的优良品种虽是预防该病最经济、有效的途径,但因其抗性受数量性状基因控制... 由链格孢菌(Alternaria alternata)引起的赤星病是最具破坏性的烟草叶斑病害之一,在中国严重地影响烟草(Nicotiana tabacum L.)的产量和质量。选育抗烟草赤星病的优良品种虽是预防该病最经济、有效的途径,但因其抗性受数量性状基因控制而很难通过常规育种手段实现。为了便于开展烟草抗赤星病分子标记辅助选择育种,本研究利用抗赤星病雪茄烟品种Beinhart1000-1 和感病烤烟品种红花大金元经杂交、自交产生的362 个F2 单株构建了一张包含670 个SSR标记的烟草遗传连锁图谱,并结合组培快繁形成的F2株系的田间赤星病病情指数(DI),在全基因组范围内检测获得2 个与烟草赤星病抗性相关的QTL,分别位于第20 和23 连锁群上的SSR 标记TMs05179 和TMs04022,以及TM61049和TM62212 之间。这2 个QTL 等位基因均来自抗病亲本Beinhart1000-1,它们一起解释了两亲本间81%的病情指数(DI)差异及64%的加性效应。为下一步开展烟草抗赤星病的分子标记辅助育种奠定了基础。 展开更多
关键词 烟草赤星病 简单重复序列 遗传连锁图谱 数量性状基因座
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麦芽品种多重荧光SSR标记指纹数据库的构建 预览
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作者 张志军 岳杰 尹花 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2019年第18期50-57,共8页
为提高麦芽品种及纯度的鉴定效率,降低检测成本,利用SSR(simple sequence repeats,简单重复序列)荧光标记对24个麦芽品种进行核心引物筛选、多重PCR和指纹数据分析,构建适合麦芽品种鉴定的多重荧光检测体系。首先从前期筛选的多态性引... 为提高麦芽品种及纯度的鉴定效率,降低检测成本,利用SSR(simple sequence repeats,简单重复序列)荧光标记对24个麦芽品种进行核心引物筛选、多重PCR和指纹数据分析,构建适合麦芽品种鉴定的多重荧光检测体系。首先从前期筛选的多态性引物中选择12对引物进行组合设计,通过优化引物浓度、退火温度进行多重PCR体系构建,3个引物组合扩增成功。按照最少引物鉴定最多品种的指纹图谱构建原则,将引物HVM68、EBmag0007和Bmac755确定为品种区分的核心引物,每对引物平均产生8.3个等位基因。利用3对核心引物构建麦芽品种指纹数据库,通过指纹编码可实现全部24个麦芽品种的快速区分。该研究建立了一种准确、快速、高通量的麦芽品种鉴定检测方法,为啤酒企业在麦芽采购和酿造配方研究上提供技术支持和质量保障。 展开更多
关键词 麦芽 简单重复序列 指纹图谱 品种鉴定
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不同品种群牡丹表型SSR标记的遗传多样性及聚类分析 预览 被引量:3
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作者 郭丽丽 李明月 +3 位作者 郭大龙 马慧丽 张丽霞 侯小改 《上海农业学报》 CSCD 2018年第2期43-49,共7页
为了解牡丹种质资源的多样性,利用22个自主开发的SSR标记对来自5个品种群的30个牡丹种质多态性及其亲缘关系进行了分析。结果表明:22个SSR位点具有多态性,共检测到90个等位基因,各位点等位基因数介于2—6个,平均等位基因数为4.09个,Nei... 为了解牡丹种质资源的多样性,利用22个自主开发的SSR标记对来自5个品种群的30个牡丹种质多态性及其亲缘关系进行了分析。结果表明:22个SSR位点具有多态性,共检测到90个等位基因,各位点等位基因数介于2—6个,平均等位基因数为4.09个,Nei’s基因多样性指数为0.0713—0.7469,Shannon’s多样性指数(I)为0.1584—1.4000,观望杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)范围分别为0.1481—1.000、0.0727—0.7908、0.0713—0.7469。22个多态位点中有16个高度多态、2个中度多态、4个低度多态。UPGMA聚类分析结果表明:江南品种与西南品种聚为一支,中原品种、西北品种和国际品种聚为一支。有效SSR标记的开发及牡丹品种资源间亲缘关系的揭示,可为牡丹种质资源保存及分子标记辅助育种奠定科学基础。 展开更多
关键词 牡丹 简单重复序列 聚丙烯酰胺凝胶电泳 遗传多样性 聚类分析
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番茄枯萎病菌基因组微卫星位点分析与引物设计 预览
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作者 罗梅 李书锋 +2 位作者 罗媛子 王嘉熠 董章勇 《仲恺农业工程学院学报》 CAS 2018年第3期15-19,共5页
通过对前期测定的番茄枯萎病菌 Fusarium oxysporum f. sp. lycopersic 基因组14 501条gene序列进行搜索,发现466个简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)分布在425条unigenes中,发生频率为2.93%.在番茄枯萎病基因组的SSR中,... 通过对前期测定的番茄枯萎病菌 Fusarium oxysporum f. sp. lycopersic 基因组14 501条gene序列进行搜索,发现466个简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)分布在425条unigenes中,发生频率为2.93%.在番茄枯萎病基因组的SSR中,三核苷酸重复占主导地位,占SSR总数的65.88%.优势重复单元为AGC/CTG和AAG/CTT,分别占16.52%和12.66%.基于筛选的SSRs,运用Primer3软件进行引物的批量设计,共设计出451对引物.结果说明番茄枯萎病菌基因组中含有丰富的SSR位点. 展开更多
关键词 番茄枯萎病 基因组 简单重复序列 微卫星DNA 引物
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基于基因组特异性SSR序列的实蝇PCR鉴定方法
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作者 丁思敏 王书平 +2 位作者 贺康 李飞 蒋明星 《应用昆虫学报》 CSCD 北大核心 2018年第4期759-765,共7页
【目的】实蝇科昆虫是全球范围内重要的检疫性害虫,其幼虫取食寄主果实,引起果实腐烂、变质,造成巨大经济损失。由于口岸截获多为实蝇卵、幼虫、蛹等非成虫虫态,需饲养至成虫才能根据形态准确鉴定,因此快速可靠的分子鉴定技术体系亟需... 【目的】实蝇科昆虫是全球范围内重要的检疫性害虫,其幼虫取食寄主果实,引起果实腐烂、变质,造成巨大经济损失。由于口岸截获多为实蝇卵、幼虫、蛹等非成虫虫态,需饲养至成虫才能根据形态准确鉴定,因此快速可靠的分子鉴定技术体系亟需完善。【方法】利用公开发表的实蝇基因组序列,通过生物信息学方法从4种检疫性实蝇即地中海实蝇Ceratitis capitata、瓜实蝇Bactrocera cucurbitae、橘小实蝇Bactrocera dorsalis、昆士兰实蝇Bactrocera tryoni中挖掘物种特异性的简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR),针对各物种设计含有其特异性简单重复序列的引物,提取实蝇样品基因组DNA,采用常规PCR方法优化并筛选各物种特异性引物。【结果】在4种实蝇基因组中共发现20条物种特异性的SSR,基于这些序列设计的3对特异性引物能有效区分地中海实蝇、瓜实蝇和橘小实蝇,扩增片段大小分别为1 251、1 307、823 bp,而在其他物种中检测不到条带。【结论】基因组水平的序列分析发现了物种特异性的SSR,通过筛选获得物种特异性的PCR引物,可应用于3种实蝇的分子鉴定,为口岸检疫人员快速鉴定区分非成虫状态的实蝇提供了实用性技术。 展开更多
关键词 实蝇 简单重复序列 物种特异性引物 PCR 检疫
基于蛇足石杉转录组的SNP和SSR多态性分析 预览
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作者 张林甦 刘承贵 +1 位作者 蒙慧彤 夏亚兰 《黔南民族医专学报》 2018年第4期235-238,242共5页
目的:对蛇足石杉的单核苷酸多态性(SNP)及微卫星短序列重复多态性(SSR)进行分析。方法:用HISAT、GATK、MISA等软件对蛇足石杉转录组筛选得到SNP和SSR并设计了SSR引物。结果:共发现50388个SNP位点,转换占64.2%,颠换占35.8%。共筛选出1193... 目的:对蛇足石杉的单核苷酸多态性(SNP)及微卫星短序列重复多态性(SSR)进行分析。方法:用HISAT、GATK、MISA等软件对蛇足石杉转录组筛选得到SNP和SSR并设计了SSR引物。结果:共发现50388个SNP位点,转换占64.2%,颠换占35.8%。共筛选出11934条SSR,分布在9358个unigene中,其中含有两条以上SSR的unigene有1786个。二核苷酸重复出现频率最多,占总SSR47.6%,三核苷酸重复占31.2%,六核苷酸重复占10%、单核苷酸重复占4.2%、四核苷酸重复占3.9%,最少的是五核苷酸重复占3.1%。结论:蛇足石杉具有较丰富的SNP和SSR标记,为其品种鉴定、种质培育等研究奠定了基础。 展开更多
关键词 蛇足石杉 转录组 单核苷酸多态性 简单重复序列 分子标记
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基于RNA-seq的银线草转录组分析
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作者 李依民 胡本祥 +5 位作者 彭亮 沈霞 高静 王昌利 颜永刚 张岗 《中草药》 CSCD 北大核心 2018年第21期4967-4974,共8页
目的 获得银线草Chloranthus japonicus根茎转录组信息特征。方法用高通量测序平台Illumina HiSeq^TM 2000 150PE进行银线草根茎转录组测序分析。结果 转录组测序共获得68458750条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得56096... 目的 获得银线草Chloranthus japonicus根茎转录组信息特征。方法用高通量测序平台Illumina HiSeq^TM 2000 150PE进行银线草根茎转录组测序分析。结果 转录组测序共获得68458750条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得56096个unigenes,平均长度801nt。BLAST分析显示分别有25773(45.94%)、17801(31.73%)、16082(28.67%)、9649(17.20%)个unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG数据库得到注释信息,可归为GO分类的生物过程、细胞组分和分子功能3大类40分支,涉及131个KEGG标准代谢通路,其中包括16个次生代谢标准通路。进一步分析获得170个基因参与单萜、二萜、倍半萜、三萜等萜类化合物生物合成通路。同时,转录组预测编码蛋白框序列1887个;高等植物转录因子54个家族。借助MISA软件发现8987个简单重复序列(SSRs),二碱基重复SSRs数量最丰富,有5948个,出现频率为66.2‰五碱基重复SSRs相对较少,占1.3%。结论 基于RNA-seq分析获得银线草根茎转录组信息特征及萜类合成代谢通路关键基因,为后期银线草活性成分次生代谢途径解析及调控研究奠定基础。 展开更多
关键词 银线草 转录组 功能基因 代谢通路 简单重复序列 RNA-SEQ
白鲜根转录组高通量测序与数据分析 被引量:1
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作者 李依民 张化为 +5 位作者 陈莹 张明英 刘阿萍 宋小妹 杨新杰 张岗 《中草药》 CSCD 北大核心 2018年第21期4975-4982,共8页
目的 获得白鲜Dictamnus dasycarpus根转录组信息特征。方法 以白鲜根为研究对象,采用Illumina HiSeq^TM 2000 150PE进行高通量转录组测序并进行数据分析。结果 转录组测序共获得69643286条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组... 目的 获得白鲜Dictamnus dasycarpus根转录组信息特征。方法 以白鲜根为研究对象,采用Illumina HiSeq^TM 2000 150PE进行高通量转录组测序并进行数据分析。结果 转录组测序共获得69643286条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得49050条unigenes,平均长度841nt。BLAST分析显示分别有31636(64.49%)、22367(45.60%)、19246(39.23%)、12595(25.68%)条unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG数据库得到注释信息,可归为GO分类的生物过程、细胞组分和分子功能3大类42分支,涉及132个KEGG标准代谢通路,其中包括18个次生代谢标准通路。进一步分析获得90个基因参与多种生物碱生物合成通路。蛋白编码框序列1908个,高等植物转录因子55个家族;借助MISA软件发现4579个SSRs,三碱基重复最丰富,有2021个,出现频率为44.1‰‘五碱基重复SSRs仅占3.5%。结论 利用高通量测序技术获得白鲜根转录组信息特征,为后期白鲜基因功能鉴定、次生代谢途径解析及其调控机制研究奠定基础。 展开更多
关键词 白鲜 转录组 功能基因 代谢通路 简单重复序列
基于高通量测序技术的黄三七根茎转录组数据分析
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作者 李依民 彭亮 +5 位作者 杨冰月 张明英 任瀛 程虎印 吴海峰 张岗 《中草药》 CSCD 北大核心 2018年第21期4983-4990,共8页
目的 获得黄三七Souliea vaginata根茎转录组信息特征。方法 以黄三七根茎为对象,采用二代高通量测序平台Illumina HiSeq^TM 2000 150PE进行转录组测序并进行系统的生物信息学分析。结果 转录组测序分析共获得63322086条高质量序列(clea... 目的 获得黄三七Souliea vaginata根茎转录组信息特征。方法 以黄三七根茎为对象,采用二代高通量测序平台Illumina HiSeq^TM 2000 150PE进行转录组测序并进行系统的生物信息学分析。结果 转录组测序分析共获得63322086条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得52575个unigenes,平均长度909nt。BLAST分析显示分别有28842(54.86%)、10712(20.37%)、9245(17.58%)、11559(21.99%)条unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG数据库得到注释信息,可归为GO分类的生物过程、细胞组分和分子功能3大类45分支,涉及126个KEGG标准代谢通路,其中包括17个次生代谢标准通路。蛋白编码框序列2215个,包含高等植物转录因子55个家族;借助MISA软件发现4609个SSRs,三碱基重复SSRs数量最丰富,有2106个;出现频率为45.7%,五碱基重复SSRs相对较少,占2.9%。结论 利用高通量测序技术和生物信息分析获得黄三七根茎转录组信息特征,为后期黄三七功能基因鉴定、次生代谢途径解析及其调控机制研究奠定基础。 展开更多
关键词 黄三七 转录组 功能基因 代谢通路 简单重复序列
SSR分型技术研究进展 预览
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作者 方治伟 李论 《生物化工》 2018年第1期118-121,共4页
SSR又被称为微卫星序列,是一类在基因组广泛存在的串联重复序列,一般由1~6个核苷酸组成。SSR因具有多态性高、可重复性好的特点,且在基因组上广泛存在,因而成为应用最为广泛的分子标记之一。随着应用范围不断扩展,SSR分型方法的也有了... SSR又被称为微卫星序列,是一类在基因组广泛存在的串联重复序列,一般由1~6个核苷酸组成。SSR因具有多态性高、可重复性好的特点,且在基因组上广泛存在,因而成为应用最为广泛的分子标记之一。随着应用范围不断扩展,SSR分型方法的也有了长足的发展,准确性不断提高。本文回顾了SSR分型的难点以及目前常用的分型方法,并介绍了最新的SSR分型方法以及新的发展动态。 展开更多
关键词 简单重复序列 SSR分型 扩增子测序
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基于SSR标记的党参属部分药用植物的遗传多样性和遗传结构评价 被引量:4
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作者 曹玲亚 谷聪 +2 位作者 孙海峰 吉姣姣 高建平 《中国实验方剂学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第24期45-52,共8页
目的:采用简单重复序列(SSR)标记技术对来自中国6个省市的党参属4种药用植物进行分析,为党参核心种质资源构建和分子标记辅助育种积累资料。方法:利用10对SSR分子标记引物对党参的遗传多样性和分化程度进行分析,并对党参属的3种药用植物... 目的:采用简单重复序列(SSR)标记技术对来自中国6个省市的党参属4种药用植物进行分析,为党参核心种质资源构建和分子标记辅助育种积累资料。方法:利用10对SSR分子标记引物对党参的遗传多样性和分化程度进行分析,并对党参属的3种药用植物(党参、素花党参、川党参)居群进行聚类分析和遗传结构评价。结果:党参10对SSR引物各位点平均等位基因数(Na)和多态性位点百分率(PPL)分别为4. 1和100%;观察杂合度(Ho),期望杂合度(He),平均杂合度(Ha),Shannon’s信息指数(I)的平均值分别为0. 431 9,0. 486 2,0. 410 3,0. 853 7。党参居群水平上的Na,I,He和Ho分别为1. 9~3. 2,0. 44~0. 90,0. 28~0. 57和0. 27~0. 61;其中甘肃陇西德兴家种居群遗传多样性最丰富。遗传相似度的聚类分析将供试党参、素花党参、川党参和秦岭党参共38个居群划分为3类,秦岭党参居群单独为一类(类群Ⅰ),川党参居群和素花党参居群为第二类(类群Ⅱ),党参居群为第三类(类群Ⅲ)。党参、素花党参、川党参的遗传结构分析分为2个基因池,过渡类型少。结论:党参具有丰富的遗传多样性,这一特性与其迁地引种的历史以及自身生物学特性相关;党参居群间存在较高程度的遗传分化,这可能源于自然地理隔离以及近期人类活动引起的生态环境片段化。本文为党参遗传多样性、遗传结构和资源保护等方面的研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 党参 简单重复序列 遗传多样性 遗传结构 平均等位基因数 多态性位点百分率 杂合度
采用基于高分辨率熔解曲线技术的SNP标记定位徐州142无絮的短绒控制基因 预览
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作者 吴春珲 马启峰 +7 位作者 李海晶 王文魁 裴文锋 李兴丽 吴嫚 张金发 于霁雯 喻树迅 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2017年第1期1-8,共8页
【目的】定位徐州142无絮(XZ142w)突变体的短绒控制基因n2。【方法 】以陆地棉(Gossypium hirsutum L.)徐州142(XZ142)×XZ142w的F2群体为研究对象,利用108个简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)标记对n2进行初步定位... 【目的】定位徐州142无絮(XZ142w)突变体的短绒控制基因n2。【方法 】以陆地棉(Gossypium hirsutum L.)徐州142(XZ142)×XZ142w的F2群体为研究对象,利用108个简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)标记对n2进行初步定位,再根据2个亲本材料中有单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphic,SNP)的差异基因设计50对SNP引物,用高分辨率熔解曲线(High resolution melting,HRM)技术从中筛选在亲本间有多态性的SNP引物,并用于后代的基因分型。【结果】利用108个SSR标记将n2初步定位在26号染色体的20.2c M的遗传区间内;用HRM技术筛选到9对亲本间有多态性的SNP引物,成功实现基因分型;并结合以SSR构建的连锁图谱,将n2的遗传区间缩小为19.5 c M,n2与最近的SNP标记Cricaas20158遗传距离为5.5 c M,且遗传图谱上的标记与四倍体陆地棉测序物理图谱基本一致。【结论】HRM技术可用于棉花中的SNP检测和n2基因的定位。 展开更多
关键词 陆地棉 高分辨率熔解曲线 单核苷酸多态性 简单重复序列 棉纤维 基因定位
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菠萝EST资源的SSR信息分析与开发 预览
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作者 陈俊浩 陆洋 +4 位作者 倪燕婕 张智俊 钟雅萍 鲍晶晶 罗淑萍 《浙江农林大学学报》 CSCD 北大核心 2017年第2期332-339,共8页
表达序列标签-简单重复序列(EST-SSRs)存在于表达序列标签中,是一种最常用的新型微卫星标记。它可以被嵌入到功能基因序列中,有效并高效地提供更多的相关信息。通过对已公开的5 659条菠萝Ananas comosus的表达序列标签(ESTs)进行电... 表达序列标签-简单重复序列(EST-SSRs)存在于表达序列标签中,是一种最常用的新型微卫星标记。它可以被嵌入到功能基因序列中,有效并高效地提供更多的相关信息。通过对已公开的5 659条菠萝Ananas comosus的表达序列标签(ESTs)进行电子筛选,获得了617条含有简单重复序列(SSR)的菠萝EST。平均7.39 kb EST序列中含有1个SSR,其中二核苷酸,三核苷酸和六核苷酸是SSR的主要重复类型,分别占SSR总数的42.61%,29.25%和20.13%。所有重复类型中重复次数最少的是四核苷酸序列(3.46%)。AG/TC是二核苷酸中的优势单元。根据搜索出的EST序列,共设计出30对物,其中27对引物扩增产物具有多态性。本次实验中开发的EST-SSR标记是迄今为止有关于菠萝的第1次大规模SSR标记开发。研究结果为利用EST-SSR分子标记进行菠萝连锁图谱构建,数量基因定位,种质资源遗传多样性,亲缘关系研究和指纹图谱构建奠定了基础。 展开更多
关键词 分子生物学 菠萝 表达序列标签 简单重复序列
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