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2017年冬季上海地区犬流感病毒的检测与HA、NA序列的遗传进化分析
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作者 范玉凤 高婷婷 +3 位作者 毛曌 李叶 刘广锦 姚火春 《畜牧与兽医》 北大核心 2019年第2期89-96,共8页
为了解2017年冬季上海临床接诊犬的流感病毒感染情况和病毒变异趋势,收集上海某动物医院疑似犬流感样品进行RT-PCR检测,构建HA、NA的重组载体并测序,对获得的序列进行进化分析、氨基酸变异分析,综合我国同亚型犬流感病毒HA序列进行进化... 为了解2017年冬季上海临床接诊犬的流感病毒感染情况和病毒变异趋势,收集上海某动物医院疑似犬流感样品进行RT-PCR检测,构建HA、NA的重组载体并测序,对获得的序列进行进化分析、氨基酸变异分析,综合我国同亚型犬流感病毒HA序列进行进化率分析。结果显示:23份疑似样品中检出5份阳性样品,获得5个H3亚型的HA序列、2个N2亚型的NA序列,上述序列在进化树中已经形成独立的进化分支,与韩国、广东毒株亲缘关系最近;氨基酸比对表明,HA和NA在重要位点发生许多一致的突变,如抗原位点区域、糖基化位点等,NA茎部未见氨基酸插入;对2007年至2017年中国南方地区分离的H3N2犬流感病毒HA片段进行进化率、变异率分析显示,年平均进化率呈逐年增高趋势,变异不断积累。研究表明,开展犬流感病毒变异监测,掌握病毒变异和进化方向,对防控该病、防止病毒向人群传播有重要意义。 展开更多
关键词 犬流感病毒 H3N2 进化 系统进化分析
高粱基因组DCL家族的系统进化与表达分析 预览
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作者 张腾 尹梦娇 +10 位作者 郭红媛 姜晓东 贾举庆 王艳胜 温贺 梁月秀 赵立松 赵威军 吕晋慧 李艳锋 张春来 《山西农业科学》 2019年第6期950-956,共7页
从高粱转录组数据筛选获得SbDCLs基因全长序列,并结合生物信息学方法在高粱的全基因组中鉴定出了6个SbDCLs基因,分布于SBI-01,SBI-03和SBI-06上。其中,SbDCL2a和SbDCL2b在SBI-01上串联重复排列,比较二者基因结构和蛋白质结构域推测SbDC... 从高粱转录组数据筛选获得SbDCLs基因全长序列,并结合生物信息学方法在高粱的全基因组中鉴定出了6个SbDCLs基因,分布于SBI-01,SBI-03和SBI-06上。其中,SbDCL2a和SbDCL2b在SBI-01上串联重复排列,比较二者基因结构和蛋白质结构域推测SbDCL2a很可能是由SbDCL2b小范围复制所致。SbDCLs蛋白质均为两性蛋白且没有信号肽,亚细胞定位均在细胞核上,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。通过对高粱、水稻、玉米、拟南芥、大豆、小麦、藜麦、甜菜、谷子的DCL蛋白质序列进行系统进化分析,结果表明,DCL存在4个分枝:DCL1,DCL2,DCL3和DCL4;DCL在进化上出现了单双子叶的分化;DCL蛋白编码基因进化具有纯化效应。对SbDCLs基因进行表达分析,结果显示,SbDCLs在高粱穗部、茎节中部、花梗和旗叶茎节表达都比较强烈;SbDCL2a,SbDCL1和SbDCL3a是高度表达基因,而且在生殖器官或组织中相对于营养器官具有更高的表达水平,说明SbDCLs基因对高粱营养生长和生殖发育具有调控作用。SbDCL2b在高粱的整个生育期表达水平均较低,但是在胚珠和花粉中拥有较高的表达水平,可能参与生殖发育调控。 展开更多
关键词 高粱 DCL基因 系统进化分析 表达分析
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香蕉苯丙氨酸解氨酶基因家族的全基因组鉴定及表达分析 预览
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作者 杨会晓 孙媛媛 +3 位作者 贾彩红 金志强 徐碧玉 王卓 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2019年第10期1949-1957,共9页
苯丙氨酸解氨酶(Phenylalanine ammonia-lyase,PAL)是催化苯丙烷代谢途径第1步反应的限速酶,广泛地参与植物生长发育过程中的各种生理活动。本研究通过生物信息学分析,从香蕉A基因组数据库中利用BLASTp筛选出53个可能的MaPAL编码蛋白序... 苯丙氨酸解氨酶(Phenylalanine ammonia-lyase,PAL)是催化苯丙烷代谢途径第1步反应的限速酶,广泛地参与植物生长发育过程中的各种生理活动。本研究通过生物信息学分析,从香蕉A基因组数据库中利用BLASTp筛选出53个可能的MaPAL编码蛋白序列。在NCBI分析蛋白保守结构域,发现仅有8个基因具有典型的PAL家族基因的特性。聚类分析结果表明香蕉MaPAL家族的8个基因可以分为Class I和Class II两类。转录组数据表明,所有MaPAL基因在果实发育阶段高表达,MaPAL5参与果实采后成熟过程。在干旱、低温、盐处理的香蕉幼苗叶片中,MaPAL1、MaPAL2、MaPAL3、MaPAL4和MaPAL5成员均显著上调表达,MaPAL6号成员显著下调表达,这些成员参与香蕉响应上述非生物胁迫过程。8个MaPAL成员在枯萎病菌处理下均显著下调表达,表明在感病品种巴西蕉根系中,MaPAL基因的表达全部被Foc TR4抑制。本研究结果为分析MaPAL基因家族在香蕉果实品质形成和响应逆境中的作用提供了理论依据。 展开更多
关键词 香蕉 苯丙氨酸解氨酶 系统进化分析 表达分析 基因家族
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胡麻SUC基因家族的鉴定与生物信息学分析 预览
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作者 齐燕妮 李闻娟 +4 位作者 王利民 赵玮 党照 谢亚萍 张建平 《甘肃农业科技》 2019年第8期35-40,共6页
利用多个物种的SUC基因蛋白序列在胡麻基因组内进行BlastP分析,通过Pfam确认结构域,获得胡麻SUC基因家族成员,并进行基因结构分析;对蛋白分子量、等电点、信号肽、跨膜结构域、糖基化修饰位点、亚细胞定位、Motif及二级结构进行预测。... 利用多个物种的SUC基因蛋白序列在胡麻基因组内进行BlastP分析,通过Pfam确认结构域,获得胡麻SUC基因家族成员,并进行基因结构分析;对蛋白分子量、等电点、信号肽、跨膜结构域、糖基化修饰位点、亚细胞定位、Motif及二级结构进行预测。结果鉴定得到12个胡麻SUC基因家族成员,大部分成员含有4个以上的外显子,10个以上跨膜结构域,并获4个特征性Motif。进化树分析显示,胡麻SUC分别属于SUT1、SUT2和SUT4家族。 展开更多
关键词 胡麻 SUC基因家族 基因结构分析 系统进化分析
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亚麻COBRA基因家族的鉴定与生物信息学分析 预览
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作者 齐燕妮 李闻娟 +4 位作者 王利民 赵玮 党照 谢亚萍 张建平 《甘肃农业科技》 2019年第9期33-38,共6页
COBRA基因编码糖基磷脂酰肌醇锚定蛋白,是次生壁加厚和纤维素含量的调节因子。亚麻纤维为韧皮纤维,纤维产量与次生壁中纤维素含量及次生壁加厚密切相关。通过BLASTP和Pfam分析,鉴定到24个亚麻COBRA家族成员,并对其进行基因结构、蛋白理... COBRA基因编码糖基磷脂酰肌醇锚定蛋白,是次生壁加厚和纤维素含量的调节因子。亚麻纤维为韧皮纤维,纤维产量与次生壁中纤维素含量及次生壁加厚密切相关。通过BLASTP和Pfam分析,鉴定到24个亚麻COBRA家族成员,并对其进行基因结构、蛋白理化性质及系统进化等生物信息学分析。结果表明,有22个成员具有跨膜结构域,21个成员具有N-端信号肽,16个成员具有GPI锚定位点,所有蛋白均具有CCVS保守结构域而且都定位在细胞膜。基因结构和系统进化分析表明,亚麻COBRA基因家族分为2个亚家族:COBRA-I和COBRA-II,2个亚家族的基因结构具有明显的差异。 展开更多
关键词 亚麻 纤维 COBRA基因家族 序列分析 系统进化分析
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河北省奶牛传染性鼻气管炎病毒的分离鉴定与系统进化分析
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作者 陈颖彬 常丽云 +5 位作者 李林 王紫燕 赵越 康茜 赵月兰 秦建华 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第13期84-88,178共6页
为了分离与鉴定河北省牛传染性鼻气管炎病毒(Infectious bovine rhinotracheitis virus, IBRV),试验对河北省某规模化奶牛场IBRV初检阳性病料进行处理,采用病毒分离培养、分离毒毒价测定、中和试验、PCR扩增、目的基因片段测序、同源性... 为了分离与鉴定河北省牛传染性鼻气管炎病毒(Infectious bovine rhinotracheitis virus, IBRV),试验对河北省某规模化奶牛场IBRV初检阳性病料进行处理,采用病毒分离培养、分离毒毒价测定、中和试验、PCR扩增、目的基因片段测序、同源性分析及系统进化树构建的方法对病毒进行鉴定和分析。结果表明:筛选出一株病变毒株,其TCID(50)为1×10^(-4.7)/0.1 mL,分离株抗原能够被IBRV阳性血清中和,PCR扩增出大小为314 bp的特异性片段,扩增的gB基因片段共编码316个核苷酸,与GenBank中部分IBRV毒株的同源性为99.3%~100%,该毒株与BH81株(DQ006854)亲源关系较近,将其命名为HBXT-IBRV。 展开更多
关键词 奶牛 牛传染性鼻气管炎病毒 分离鉴定 序列分析 系统进化分析
泰安市2017-2018年柯萨奇病毒A4型分离株全基因组特征
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作者 韦庆娟 刘建生 +3 位作者 李娟 姚雪 周宏 史卫峰 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2019年第4期347-353,共7页
目的分析2017—2018年泰安市柯萨奇病毒A4型(Coxsackievirus A4,CV-A4)分离株的基因组特征。方法收集2017—2018年到泰安市妇幼保健院就诊且临床表征为手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)特征的患儿咽拭子样本共60份,利用肠道... 目的分析2017—2018年泰安市柯萨奇病毒A4型(Coxsackievirus A4,CV-A4)分离株的基因组特征。方法收集2017—2018年到泰安市妇幼保健院就诊且临床表征为手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)特征的患儿咽拭子样本共60份,利用肠道病毒(enterovirus,EV)通用引物,经荧光定量PCR进行鉴定。核酸阳性样本进行高通量测序。通过Mega5.05、RaxML软件进行全基因组序列及VP1基因系统发育分析,并进行同源性及氨基酸突变位点分析。结果4条CV-A4全基因组序列,标本来自17~19月龄幼儿。系统进化分析表明,除了MG550920/AA/Henan/2016以外,包括4株泰安株以内的中国CV-A4毒株(97.2%)均位于Group 3分支。根据VP1基因可划分为4个基因型,98.5%的国内毒株均位于基因型D分支,4株泰安株位于基因型D2。值得注意的是,分离株A1/Taian同澳大利亚株(C179、C062)的全长序列及VP1基因进化关系均较近,且均与本实验室2016年烟台分离株YT184R高度同源。与CV-A4原型株High Point相比,4个泰安株在结构蛋白编码区即P1区共有18个位点发生氨基酸突变。结论4株泰安CV-A4分离株同国内多数CV-A4株的全基因组及VP1基因均位于同一进化分支,为近期国内流行株,与原型株相比其P1区发生了多个氨基酸变异,值得进一步研究。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒A4型 手足口病 VP1基因 系统进化分析
辽宁省首次分离2B基因型风疹病毒基因特征分析
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作者 王艳 郝爽 +4 位作者 王文思 韩一楠 张智 方兴 姚文清 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2019年第4期354-357,共4页
目的对辽宁省首次分离2B基因型风疹病毒进行基因特征分析。方法采集风疹病例咽拭子标本,使用Vero/Slam细胞对临床标本进行病毒分离,应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)分别扩增风疹病毒基因型分型靶基因(E1基因739个核苷酸片段),对扩增产... 目的对辽宁省首次分离2B基因型风疹病毒进行基因特征分析。方法采集风疹病例咽拭子标本,使用Vero/Slam细胞对临床标本进行病毒分离,应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)分别扩增风疹病毒基因型分型靶基因(E1基因739个核苷酸片段),对扩增产物进行核苷酸序列测定,并与国内外流行2B基因型风疹病毒进行基因亲缘性关系分析。结果2018年共分离到2株2B基因型风疹病毒(RVi/Liaoning.CHN/13.18/1[2B]和RVi/Liaoning.CHN/14.18/1[2B]),其中病毒分离株RVi/Liaoning.CHN/13.18/1[2B]在基因亲缘关系树上与来自英国的病毒RVs/Edinburgh.GBR/6.12[2B]和来自日本的病毒RVs/Kawasaki.JPN/17.11/1[2B]属于同一进化分支,而与我国近年流行株同源性相差甚远;同时该病毒分离自1例近期有国际旅行史的病例,推测为国外输入病毒;病毒分离株RVi/Liaoning.CHN/14.18/1[2B]与我国2014—2015年流行2B基因型风疹病毒属于同一分支,其中与2015年安徽株(RVi/Chouzhou.Anhui.CHN/17.15/2[2B])和2013年浙江株(RVi/Shaoyang.Zhejiang.CHN/13.13[2B])同源性最高。结论辽宁省2018年首次分离到2B基因型风疹病毒,且2株病毒分属于不同的传播链。 展开更多
关键词 风疹病毒 2B基因型 系统进化分析
江苏地区1株锦鲤疱疹病毒的鉴定 预览
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作者 袁锐 方苹 +5 位作者 倪金俤 刘训猛 陈静 吴亚锋 王晶晶 陈辉 《江苏农业科学》 2019年第12期200-203,共4页
对我国江苏地区养殖锦鲤暴发性鲤疱疹病毒病(koiherpes virus disease,简称KHVD)的病原进行鉴定。2018年5月,江苏省一锦鲤养殖场暴发不明原因传染疾病,病鱼肝、脾、肾脏中未分离到细菌。透射电镜观察发现大量球状病毒粒子。提取自然发... 对我国江苏地区养殖锦鲤暴发性鲤疱疹病毒病(koiherpes virus disease,简称KHVD)的病原进行鉴定。2018年5月,江苏省一锦鲤养殖场暴发不明原因传染疾病,病鱼肝、脾、肾脏中未分离到细菌。透射电镜观察发现大量球状病毒粒子。提取自然发病鱼的鳃、肾、脾、肝组织DNA作为模板进行PCR检测,结果显示为阳性。Blast比对结果显示,扩增序列与锦鲤疮疹病毒(koi herpesvirus,简称KHV)胸苷激酶(thymidine kinase,简称TK)基因和KHV DNA聚合酶(SPH)基因核苷酸序列同源性为99%。对病毒株的 TK 基因全长序列进行系统发育分析,证实该毒株属于KHV亚洲型毒株。 展开更多
关键词 锦鲤 锦鲤疱疹病毒 病毒鉴定 系统进化分析
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某综合性医院2014年确诊HIV-1感染者的临床及病毒学特征
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作者 海艳秋 傅莉 +6 位作者 张博雯 王亚男 马强 李丹 田文 赵彬 韩晓旭 《中国艾滋病性病》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期565-568,582共5页
目的分析东北某大型综合性医院诊断的1型艾滋病病毒(HIV-1)感染者的临床特征及病毒学特征,为医院有效筛查HIV-1感染者提供依据。方法收集2014年某综合性医院确诊的HIV-1感染者的人口学资料、就诊科室、临床诊断,扩增血浆病毒核糖核酸(R... 目的分析东北某大型综合性医院诊断的1型艾滋病病毒(HIV-1)感染者的临床特征及病毒学特征,为医院有效筛查HIV-1感染者提供依据。方法收集2014年某综合性医院确诊的HIV-1感染者的人口学资料、就诊科室、临床诊断,扩增血浆病毒核糖核酸(RNA)的pol基因并测序,分析与我国常见HIV-1流行株的遗传学联系。结果2014年临床检测共48 302例病人,其中113例(0.23%)确诊为HIV-1感染者,来自辽宁省14个城市及周边4省,就诊于34个科室,皮肤科38.9%(44例)、急诊科15.9%(18例)、传染科11.5%(13例)及感染科8.0%(9例);88.5%(100例)为男性,57.5%(65例)<40岁;主动检测23.0%(26例)、发热乏力头痛20.4%(23例)及呼吸系统疾病19.5%(22例);73例进行CD4~+T淋巴细胞数检测,<200个/μL者占67.1%(49例);30例测定HIV病毒载量者中,>5 lg拷贝/mL者占40.0%(12例);97例获得HIV基因型者中,CRF01_AE占78.4%(76例),CRF07_BC占11.3%(11例),B亚型占4.1%(4例),88.7%(86例)毒株与我国男男同性性接触人群流行的三个进化簇同源。结论医院确诊的HIV感染者就诊科室分布广、男性为主、年轻化、诊断时间晚,与男同人群密切相关,急需更积极有效的HIV筛查策略促进早期诊断。 展开更多
关键词 艾滋病 临床特征 系统进化分析 综合性医院
小反刍兽疫病毒四川简阳株N基因的系统进化分析 预览
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作者 张毅 张东 +3 位作者 陈斌 蔡冬冬 裴超信 李春 《四川畜牧兽医》 2019年第2期31-33,35共4页
为了调查小反刍兽疫病毒四川简阳株(SCJY株)的分子遗传特征,我们对四川简阳发病羊鼻拭子中的小反刍兽疫病毒N基因进行了遗传进化分析。通过RT-PCR、克隆测序获得SCJY株N基因序列,使用DNASTAR软件将其与GenBank中的15条参考株序列进行同... 为了调查小反刍兽疫病毒四川简阳株(SCJY株)的分子遗传特征,我们对四川简阳发病羊鼻拭子中的小反刍兽疫病毒N基因进行了遗传进化分析。通过RT-PCR、克隆测序获得SCJY株N基因序列,使用DNASTAR软件将其与GenBank中的15条参考株序列进行同源性比对,使用MEGA6软件进行系统进化分析。结果显示:SCJY株N基因序列全长1578nt,与参考株的核苷酸同源性为88.9%~100%,氨基酸同源性为92.8%~100%,与2013~2014年小反刍兽疫中国流行毒株高度同源;系统进化分析将16个毒株N基因划分为4个谱系,SCJY株属于Ⅳ系。 展开更多
关键词 小反刍兽疫病毒 核衣壳蛋白基因 四川简阳株 系统进化分析
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2015—2017年东北地区猪星状病毒ORF1b基因分子流行病学调查
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作者 杨丹 张备 +3 位作者 朱金海 翟军军 孔凡志 孙东波 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第13期70-73,88共5页
为了解2015—2017年东北地区猪星状病毒(Porcine astrovirus,PAstV)流行情况,试验采用半巢式RT-PCR方法对2015—2017年东北地区的122份仔猪小肠及粪便样品(107份来自腹泻仔猪,15份来自健康仔猪)进行PAstV检测,对阳性产物进行测序,并对... 为了解2015—2017年东北地区猪星状病毒(Porcine astrovirus,PAstV)流行情况,试验采用半巢式RT-PCR方法对2015—2017年东北地区的122份仔猪小肠及粪便样品(107份来自腹泻仔猪,15份来自健康仔猪)进行PAstV检测,对阳性产物进行测序,并对测序结果进行同源性分析及构建系统进化树。结果表明:半巢式RT-PCR扩增得到大小约为422 bp的片段,样品总阳性率为9.02%(11/122),其中腹泻仔猪样品的阳性率为10.28%(11/107),健康仔猪样品的阳性率为0(0/15);有4株PAstV ORF1b基因测序成功;毒株间核苷酸同源性为99.1%~100%,氨基酸同源性为97.4%~100%;与PAstV 2型参考毒株核苷酸的同源性最高,为75.9%~92.3%;获得的4株PAstV均属于PAstV 2型。说明东北地区有PAstV的流行,且以PAstV 2型为主。 展开更多
关键词 猪星状病毒 ORF1b基因 腹泻 半巢式RT-PCR 系统进化分析
四川地区养殖锦鲤浮肿病毒检测与系统进化分析 预览
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作者 康慧敏 何嘉乐 +3 位作者 刘晨恺 周瑶佳 耿毅 欧阳萍 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第4期539-544,共6页
2017年10月,四川省某锦鲤养殖场暴发一种以嗜睡、腹部肿大、鳃肿胀和眼睛凹陷为临床特征的传染病,累计死亡率高达50%。为研究锦鲤发病病因和疾病流行规律,对病鱼解剖,进行病理组织观察、电镜观察、PCR检测和系统进化分析。结果显示,患... 2017年10月,四川省某锦鲤养殖场暴发一种以嗜睡、腹部肿大、鳃肿胀和眼睛凹陷为临床特征的传染病,累计死亡率高达50%。为研究锦鲤发病病因和疾病流行规律,对病鱼解剖,进行病理组织观察、电镜观察、PCR检测和系统进化分析。结果显示,患病锦鲤眼球浑浊,腹部肿大,鳃肿胀严重;组织病理学观察发现病鱼的鳃、肝脏、肾脏和脑组织细胞变性、坏死,出现大量炎性细胞浸润;透射电镜观察,在肾脏组织中发现病毒粒子。巢氏PCR方法检测鲤浮肿病毒(carp edema virus,CEV),出现特异性扩增产物;基于CEV P4a基因进行系统发育分析,此病毒与英国株R083同源性为99%。本研究为鲤浮肿病毒的起源进化、分类、疾病诊断和防控提供重要依据。 展开更多
关键词 鲤浮肿病毒病 鲤浮肿病毒 病理损伤 系统进化分析
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重庆辣椒上烟草轻型绿花叶病毒的分子检测及全基因组克隆分析
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作者 吴根土 徐霞 +4 位作者 陈思敏 孙淼 楚成茹 李明骏 青玲 《西南大学学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期1-7,共7页
辣椒是重庆重要的经济作物,烟草轻型绿花叶病毒(Tobacco mild green mosaic virus,TMGMV)引起的病毒病对辣椒生产造成了严重影响.为明确TMGMV在重庆辣椒上的发生、分布情况及其基因组特征,从重庆北碚、石柱、潼南和九龙坡4个区县采集29... 辣椒是重庆重要的经济作物,烟草轻型绿花叶病毒(Tobacco mild green mosaic virus,TMGMV)引起的病毒病对辣椒生产造成了严重影响.为明确TMGMV在重庆辣椒上的发生、分布情况及其基因组特征,从重庆北碚、石柱、潼南和九龙坡4个区县采集29份疑似病毒病样品进行了RT-PCR鉴定,通过分段扩增测序的方法拼接获得病毒基因组全序列并进行了系统进化分析.检测结果表明:29份样品中有9份检测到TMGMV,检出率为31.03%,其中石柱县的检出率最高,为60.00%.序列分析发现,重庆辣椒分离物TMGMV-TN29基因组全序列具有烟草花叶病毒属(Tobamovirus)病毒典型基因组结构特征,由6356nt构成.系统进化分析得出,该分离物与TMGMV厦门分离物Xiamen(JX534224)具有较近的亲缘关系,核苷酸序列相似性达到99.75%. 展开更多
关键词 辣椒 烟草轻型绿花叶病毒 RT-PCR检测 全序列 系统进化分析
火龙果茎腐病致病菌的鉴定
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作者 陈圆 严婉荣 +3 位作者 肖敏 肖彤斌 赵志祥 王海洪 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期904-909,共6页
为弄清火龙果茎腐病的病原和分类地位,并进一步为该病害的有效防治提供理论依据。本研究从琼海、临高、陵水等地广泛采集病样。经田间症状调查、组织纯化培养、病原形态观察、致病力测定、真菌ITS序列和系统进化分析,鉴定了该病害的病... 为弄清火龙果茎腐病的病原和分类地位,并进一步为该病害的有效防治提供理论依据。本研究从琼海、临高、陵水等地广泛采集病样。经田间症状调查、组织纯化培养、病原形态观察、致病力测定、真菌ITS序列和系统进化分析,鉴定了该病害的病原。结果表明:病原分离物具有典型的镰刀菌形态特征,菌丝浓密,产生紫色素,小型分生孢子新月形,大型分生孢子镰刀形,有多个隔;而在ITS序列分析中,代表菌株47A4和47A5与NCBI数据库中尖孢镰刀菌的多条ITS序列(登录号分别为KJ653447.1, DQ535184.1和KM268692.1)相似性达100%;系统进化树上,47A4和47A5与尖孢镰刀菌聚在同一分支上,遗传距离最近,而与非纯培养镰刀菌克隆3.91E在不同分支上,遗传距离远。结合形态特征、序列分析和系统进化分析,将火龙果茎腐病的病原鉴定为尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)。研究结果对火龙果茎腐病流行规律、致灾机理的研究具有重要的指导作用。 展开更多
关键词 火龙果 茎腐病 病原鉴定 系统进化分析
河北省奶牛场犊牛安氏隐孢子虫的分离鉴定
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作者 康茜 陈颖彬 +3 位作者 关一凡 李林 秦建华 赵月兰 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1325-1329,共5页
本研究从河北省奶牛场有腹泻症状2月龄左右的犊牛粪便中分离卵囊,进行病原分离与虫株鉴定。采集腹泻犊牛的新鲜粪便24份,采用饱和蔗糖溶液漂浮法和抗酸染色法检测隐孢子虫卵囊,观察卵囊形态、大小。提取卵囊基因组DNA,进行18SrRNA基因PC... 本研究从河北省奶牛场有腹泻症状2月龄左右的犊牛粪便中分离卵囊,进行病原分离与虫株鉴定。采集腹泻犊牛的新鲜粪便24份,采用饱和蔗糖溶液漂浮法和抗酸染色法检测隐孢子虫卵囊,观察卵囊形态、大小。提取卵囊基因组DNA,进行18SrRNA基因PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳检测。对扩增片段进行序列测定及分析,进一步确定分离虫株隐孢子虫的种类/基因型,根据18SrRNA基因核苷酸序列构建系统发育进化树,确定虫株亲缘关系。结果显示,5份样品检出隐孢子虫卵囊,感染率为20.83%。形态学观察卵囊呈长圆形或椭圆形,大小为(5.0~8.2)μm×(4.2~6.3)μm,平均大小为6.6μm×5.3μm,卵囊指数为1.24,鉴定分离虫株为安氏隐孢子虫。PCR扩增出预期大小为1 188bp的特异性片段,序列分析和同源性分析结果表明,分离株与安氏隐孢子虫AB089285.2株、AB513856.1株、AY954885.1株的同源性为98.7%~98.8%,进一步表明分离的隐孢子虫虫株为安氏隐孢子虫。在种系进化关系上,分离株与安氏隐孢子虫AB513856.1株亲缘关系最近。本研究为揭示河北省奶牛隐孢子虫病的流行特征,实施有效防制措施提供了科学依据。 展开更多
关键词 奶牛 隐孢子虫 分离鉴定 系统进化分析
广西那坡县发现乙肝病毒新基因亚型D11 预览
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作者 任创创 陈钦艳 +6 位作者 王学燕 杨庆利 胡莉萍 刘华兵 何翔 贾蕙华 方钟燎 《应用预防医学》 2019年第2期88-94,98共8页
目的 2011年,在广西那坡县发现一例HBsAg阳性携带者,其所携带的HBV利用S基因序列分型法无法分型,本研究意在用全基因组分型法对其进行分型。方法为便于前后对比,除2011年血清标本外,还收集该携带者2018年的血清标本。检测前后2份标本HB... 目的 2011年,在广西那坡县发现一例HBsAg阳性携带者,其所携带的HBV利用S基因序列分型法无法分型,本研究意在用全基因组分型法对其进行分型。方法为便于前后对比,除2011年血清标本外,还收集该携带者2018年的血清标本。检测前后2份标本HBV血清标志物和病毒载量,使用酚氯仿法提取HBV DNA,巢式PCR扩增HBV全基因组,将扩增产物进行克隆并测序。利用软件Mega 6.0、 Bioedit 7.0对测序结果进行分析。结果 2011年和2018年的2份标本HBsAg均为阳性, 2份标本的PCR产物分别获得15个克隆株。对获得的克隆株进行生物信息学分析发现, 2011年该携带者体内乙肝病毒基因型为B型、 D型以及未知基因型;2018年该携带者体内乙肝病毒基因型仅为D型。30个克隆株中有23个单独聚集成簇, bootstrap值为100%,与D1-D10亚型间核苷酸的差异>4%。结论该携带者体内的HBV基因型为新基因亚型D11。 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒 系统进化分析 亚型D11
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1例临床非典型狂犬病患儿的发现和病原特征分析
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作者 李幸乐 朱春华 +3 位作者 李东晓 刘灵芝 贺志权 黄学勇 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2019年第2期148-151,共4页
目的调查分析1例狂犬病患儿的临床特征、疫情资料和病原学特征,为狂犬病防控提供数据支持。方法收集患儿临床资料,开展流行病学调查;采用逆转录-聚合酶链反应和荧光定量逆转录-聚合酶链反应检测狂犬病病毒核酸。结果患儿发病全程无典型... 目的调查分析1例狂犬病患儿的临床特征、疫情资料和病原学特征,为狂犬病防控提供数据支持。方法收集患儿临床资料,开展流行病学调查;采用逆转录-聚合酶链反应和荧光定量逆转录-聚合酶链反应检测狂犬病病毒核酸。结果患儿发病全程无典型狂犬病临床表现,家属否认患儿近期有动物致伤史。患儿临床以发热、呕吐、腹泻为早期症状,后期陷入昏迷直至死亡。患儿发病前1个月有鼻部外伤史,同期家中有1只犬病死。患儿唾液样本经荧光定量逆转录-聚合酶链反应检测狂犬病病毒核酸结果为阳性,经逆转录-聚合酶链反应检测获得狂犬病病毒糖蛋白、核蛋白基因预期扩增片段,糖蛋白基因序列比对分析显示致病病毒株与河南省狂犬病病毒流行株核苷酸同源性为96.5%~98.8%,氨基酸同源性为96.5%~99.2%。结论患儿经实验室诊断确诊为狂犬病病例,致病狂犬病病毒为河南省固有流行株。鼻部外伤史、病死犬可能与患儿感染存在某种关联。 展开更多
关键词 狂犬病 狂犬病病毒 逆转录-聚合酶链反应 系统进化分析
广东省三株蚊媒黄病毒的鉴定和系统进化分析
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作者 吴德 李柏生 +5 位作者 谈琦琪 张欣 张欢 曹玉玺 王环宇 梁国栋 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期240-246,共7页
为了解广东省蚊媒病毒的种类和分子特征,本研究对从蚊子中分离的三株黄病毒提取病毒核酸并进行二代测序,经序列拼接和比对,基因组序列中缺失的 gap 通过 RT -PCR 进行扩增填补。用 MEGA 软件登录 GenBank 下载黄病毒代表株序列并绘制进... 为了解广东省蚊媒病毒的种类和分子特征,本研究对从蚊子中分离的三株黄病毒提取病毒核酸并进行二代测序,经序列拼接和比对,基因组序列中缺失的 gap 通过 RT -PCR 进行扩增填补。用 MEGA 软件登录 GenBank 下载黄病毒代表株序列并绘制进化树,同时用 Clustal W2 软件与新毒株进行氨基酸同源性比对和编码框序列的分析。结果显示利用二代测序技术获得了三株病毒基因组序列的 96.35%~98.26%,并用 RT-PCR 成功补齐所有 gap,序列比对显示其中一株与黄斑库蚊病毒核苷酸和氨基酸同源性 98.51%,两株病毒与广平病毒的核苷酸同源性分别为97.30%和 89.78%。三株病毒都属于黄病毒家族中的未分类黄病毒或昆虫特异性黄病毒,编码区序列中 C 蛋白的同源性最低,NS5 的同源性最高。本研究发现的三株蚊媒黄病毒中,库蚊黄斑病毒在国内为首次鉴定;两株广平病毒核苷酸同源性存在较大差异,可能存在不同基因亚型。 展开更多
关键词 致倦库蚊 黄斑库蚊病毒(CTFV) 广平病毒(QBV) 系统进化分析
诺如病毒GII.4型济南JN010株基因组特征分析
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作者 赵怀龙 关恒云 +5 位作者 杨国樑 赵红 吕燕 韩莹 王春荣 刘岚铮 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2019年第2期152-157,共6页
目的分析诺如病毒(Novirus, NoV)GII.4型济南JN010株基因组序列及其特征。方法根据文献并结合PrimerSelect软件设计7对引物,利用RT-PCR方法获得NoV济南JN010株全基因组序列,应用Lasergene7.1、MEGA5.2等软件对基因组序列进行遗传进化、... 目的分析诺如病毒(Novirus, NoV)GII.4型济南JN010株基因组序列及其特征。方法根据文献并结合PrimerSelect软件设计7对引物,利用RT-PCR方法获得NoV济南JN010株全基因组序列,应用Lasergene7.1、MEGA5.2等软件对基因组序列进行遗传进化、同源比对分析,建立ORF1及ORF2基因系统进化树。并根据VP1氨基酸序列进行突变分析。结果NoV JN010株基因组序列全长7 516 bp,为GII.Pe/GII.4基因型,属于GII.4 Sydney 2012变异株。突变位点主要发生在VP1的P2区,其中抗原表位A及与组织血型抗原(histo-blood group antigens,HBGAs)结合位点A处发生R297H突变,毗邻抗原表位A位点发生I293N和H373N突变。根据ORF1基因序列,JN010株与日本Osaka源病毒株(GenBank登录号LC066046)亲缘关系较近;根据ORF2基因序列,与广东中山源病毒株(GenBank登录号KY407064)亲缘关系较近。结论NoV JN010株VP1在抗原表位A及与HBGAs结合位点发生突变,可能影响其抗原性及与HBGAs结合的特异性。 展开更多
关键词 诺如病毒 GII.4型 基因组 系统进化分析
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