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苹果NBS-encoding基因对斑点落叶病菌侵染的表达响应 预览
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作者 童月霞 胡晓璇 +1 位作者 程宗明 仲岩 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期253-260,共8页
[目的]本文旨在分析苹果差异表达NBS-encoding基因的特征,挖掘在苹果斑点落叶病菌侵染过程中的潜在响应基因。[方法]通过苹果斑点落叶病菌侵染‘红星’后的RNA-seq数据筛选出差异表达的NBS-encoding基因,并利用ProtParam、Pfam、SMART... [目的]本文旨在分析苹果差异表达NBS-encoding基因的特征,挖掘在苹果斑点落叶病菌侵染过程中的潜在响应基因。[方法]通过苹果斑点落叶病菌侵染‘红星’后的RNA-seq数据筛选出差异表达的NBS-encoding基因,并利用ProtParam、Pfam、SMART等网站分析了其理化性质;利用Rstudio软件构建表达热图并分析其表达模式;利用FastTree2软件构建苹果NBS-encoding基因家族的系统进化树,并利用MEGA6.0软件计算差异表达的NBS-encoding基因所在系统进化支的Ka/Ks值,研究NBS-encoding基因在进化过程中受到的选择压力;利用Cytoscape3.0软件构建共表达网络图,分析NBS-encoding基因之间的关联性。[结果]共筛选得到了19个差异表达NBS-encoding基因。表达模式分析表明,有3个基因(登录号为MDP0000259862、MDP0000304378和MDP0000292810)可能在响应苹果斑点落叶病的过程中起了关键作用。19个差异表达基因分布在系统进化树的15个进化支中,其中进化支10、12、14、15的平均Ka/Ks值均大于1,说明这些进化支中的基因受到正选择压力的作用,尤其是登录号为MDP0000210357、MDP0000751628、MDP0000147704和MDP0000372663的基因;而其余15个NBS-encoding基因的平均Ka/Ks值均小于1,说明它们受到纯化选择的作用。此外,有16个基因处于同一个共表达网络中,登录号为MDP0000210357、MDP0000240537和MDP0000291205的基因扮演着重要的角色。[结论]19个苹果NBS-encoding基因参与苹果斑点落叶病菌侵染后的响应过程,其中登录号为MDP0000259862、MDP0000304378、MDP0000292810、MDP0000210357、MDP0000240537和MDP0000291205的基因可作为候选基因进行苹果抗病品种选育。 展开更多
关键词 苹果斑点落叶病 NBS-encoding基因 表达模式 选择压力 表达网络
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全基因组分析杨树WOX基因家族在茎部发育中的作用 预览
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作者 王爽 张洋 +2 位作者 任梦轩 刘莹莹 魏志刚 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期568-577,共10页
WUSCHEL-related homeobox(WOX)家族是植物特有的转录因子家族,参与分生组织细胞分裂分化、初生和次生物质代谢及植物激素信号转导等多个发育过程,目前尚未有从全基因组分析该基因家族参与杨树茎部发育的相关研究。本项研究旨在对杨树WO... WUSCHEL-related homeobox(WOX)家族是植物特有的转录因子家族,参与分生组织细胞分裂分化、初生和次生物质代谢及植物激素信号转导等多个发育过程,目前尚未有从全基因组分析该基因家族参与杨树茎部发育的相关研究。本项研究旨在对杨树WOX基因家族进行鉴定,在杨树基因中发现18个WOX候选基因,将这些候选基因分为三组,同一分组的大多数WOX家族成员具有相似的基因结构和保守的基序。根据不同发育阶段茎部转录组数据,系统分析了WOX家族成员在茎部不同发育阶段的特异表达情况,并采用qRT-PCR对上述结果进行了验证。结果表明,杨树WOX基因家族在茎部不同发育阶段表现出不同的表达模式,为毛果杨WOX家族的功能研究与利用奠定基础。 展开更多
关键词 毛果杨 WOX基因 转录因子 表达模式
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小麦G6PDH基因的生物信息学分析及其低温胁迫下苗期的表达特征 预览
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作者 田宇 彭瞰看 +6 位作者 宋春华 于萍 刘楠 包雨卓 孟婧 徐庆华 苍晶 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期631-638,共8页
葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PDH)是戊糖磷酸途径(PPP)的关键酶,可为小麦(Triticum aestivum)的生物合成提供NADPH以及一些中间代谢产物,并且在小麦生长发育及响应胁迫方面也发挥重要作用。本研究对基因组数据库中获得的12条小麦G6PDH蛋白序... 葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PDH)是戊糖磷酸途径(PPP)的关键酶,可为小麦(Triticum aestivum)的生物合成提供NADPH以及一些中间代谢产物,并且在小麦生长发育及响应胁迫方面也发挥重要作用。本研究对基因组数据库中获得的12条小麦G6PDH蛋白序列及其基因序列进行一系列生物信息学分析,结果表明,12条小麦G6PDH蛋白分别定位于细胞质及质体中,且均为亲水、不稳定蛋白。从系统发生树的进化和亲缘关系上可以看出,12条小麦G6PDH蛋白分别属于胞质和质体亚型。不同亚型的G6PDH蛋白保守Motif的种类和数量有所不同,不同亚型的基因结构也具有明显差别。qRT-PCR结果表明,低温胁迫下,3种亚型(胞质亚型、质体P1和P2亚型)的小麦TaG6PDH基因均被不同程度地诱导表达,并且均随着温度的降低而升高,预示着G6PDH在小麦抗寒方面发挥正向调节作用。 展开更多
关键词 小麦 TaG6PDH基因 逆境胁迫 表达模式
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七鳃鳗KCTD基因家族成员全基因组鉴定及进化分析
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作者 邢璐璐 祖尧 +1 位作者 李伟明 任建峰 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期2437-2449,共13页
钾离子通道四聚化结构域(KCTD)蛋白基因家族是一个保守的基因家族,该家族成员的共同特征是具有一个含有BTB保守结构域的N-末端和一个可变的C-末端。KCTD基因的突变或不正常调控与人类多种疾病相关。七鳃鳗是现存最原始的脊椎动物,作为... 钾离子通道四聚化结构域(KCTD)蛋白基因家族是一个保守的基因家族,该家族成员的共同特征是具有一个含有BTB保守结构域的N-末端和一个可变的C-末端。KCTD基因的突变或不正常调控与人类多种疾病相关。七鳃鳗是现存最原始的脊椎动物,作为联系无脊椎动物和脊椎动物之间的桥梁,在生物进化研究中占有重要地位。本研究通过对海七鳃鳗(Petromyzon marinus)和日本七鳃鳗(Lethenteron japonicum)基因组和转录组数据分析,全面系统地鉴定了海七鳃鳗和日本七鳃鳗KCTD基因家族成员,并对其基因结构特征、蛋白保守基序和基因表达模式进行了分析。在海七鳃鳗和日本七鳃鳗中分别鉴定出13个和14个KCTD基因,基因长度和外显子数目在不同KCTD基因间变化很大,KCTD蛋白中4个基序保守性显著,大多数KCTD基因呈泛表达模式,并且在胚胎发育时期明显高表达。除七鳃鳗外,对12个无脊椎动物和脊椎动物代表物种KCTD基因家族成员进行了鉴定,并对KCTD基因家族成员的进化关系进行了分析。根据进化树聚类情况,将KCTD基因家族成员分为11个亚家族。进化分析结果显示,KCTD基因家族从低等的无脊椎动物线虫和果蝇到高等的人类都存在;线虫中仅有5个成员,果蝇中有8个成员,随着物种进化程度由低到高,KCTD家族成员数目呈现增加的趋势;从爬行类开始,脊椎动物KCTD基因数目稳定在24个左右。硬骨鱼类特有的全基因组复制事件影响鱼类KCTD基因数目。本研究结果不仅丰富了七鳃鳗KCTD基因家族信息,同时也对KCTD家族基因间的进化关系进行了探究,为深入研究该家族基因功能提供了一定的依据。 展开更多
关键词 七鳃鳗 KCTD基因家族 基因结构 表达模式 进化
烟草甲clip丝氨酸蛋白酶基因的克隆及其对外源激素和免疫胁迫的表达响应 预览
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作者 陈春旭 许抗抗 +4 位作者 杨洪 赵凤 严毅 胡大鸣 杨文佳 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期535-546,共12页
【目的】作为细胞外信号级联通路的重要组成部分,含有clip结构域的丝氨酸蛋白酶(clip-domain serine proteases, CLIPs)在昆虫发育和先天免疫过程中起着重要作用。本研究旨在克隆烟草甲 Lasioderma serricorne CLIP基因,解析其在烟草甲... 【目的】作为细胞外信号级联通路的重要组成部分,含有clip结构域的丝氨酸蛋白酶(clip-domain serine proteases, CLIPs)在昆虫发育和先天免疫过程中起着重要作用。本研究旨在克隆烟草甲 Lasioderma serricorne CLIP基因,解析其在烟草甲不同发育阶段和幼虫不同组织中的表达模式,分析其在外源激素20-羟基蜕皮酮(20E)和免疫胁迫后的表达特征,为进一步研究其生理功能奠定基础。【方法】采用RT-PCR技术克隆获得烟草甲两个 CLIPs 基因( LsCLIP 1和 LsCLIP 2)全长cDNA序列,并利用生物信息学软件预测其编码蛋白的结构和特征,利用MEGA 6.06构建昆虫CLIPs系统发育树;利用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR, qPCR)研究这两个基因在不同发育阶段[低龄幼虫(卵孵化后24 h内)、高龄幼虫(4龄以上)、蛹(化蛹后48 h以上)、早期成虫(化蛹后24 h内)和晚期成虫(化蛹后7 d)]、5龄幼虫不同组织(表皮、脂肪体、肠道和剩余组织)中以及注射20E(120 ng/幼虫)和来源于大肠杆菌 Escherichia coli 和金黄色葡萄球菌 Staphylococcus aureus 的肽聚糖(0.2 μL)后4龄幼虫中的表达模式。【结果】克隆获得烟草甲 LsCLIP 1和 LsCLIP 2基因的cDNA全序列,其开放阅读框长度均为1 194 bp,编码397个氨基酸。序列分析显示,其氨基酸序列各自具有一个clip结构域和胰蛋白酶结构域。系统发育分析表明,CLIP1和CLIP2都属于subfamily C CLIPs。qPCR结果表明, LsCLIP 1和 LsCLIP 2基因在所检测的各发育阶段和幼虫各组织中均有表达,分别尤以蛹期和表皮中表达量最高;经20E和肽聚糖诱导后,烟草甲幼虫体内 LsCLIP 1和 LsCLIP 2基因的表达量明显提高。【结论】推测 LsCLIP 1和 LsCLIP 2可能参与了烟草甲的蜕皮发育和对免疫胁迫的应激响应。本研究将为后续研究昆虫CLIPs的分子调控提供参考。 展开更多
关键词 烟草甲 clip丝氨酸蛋白酶 20-羟基蜕皮甾酮 免疫胁迫 表达模式
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金线莲辣椒红素/玉红素合成酶基因CCS的克隆及表达模式分析 预览
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作者 刘柄良 杨琳 +3 位作者 付凤玲 李晚忱 张君诚 于好强 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期22-27,共6页
【目的】克隆金线莲辣椒红素/玉红素合成酶(capsanthin/capsorubin synthase,CCS)编码基因并分析其功能。【方法】在金线莲转录组测序数据基础上,同源克隆福建金线莲(Anoectochilus roxburghii)和台湾金线莲(Anoectochilus formasanus)... 【目的】克隆金线莲辣椒红素/玉红素合成酶(capsanthin/capsorubin synthase,CCS)编码基因并分析其功能。【方法】在金线莲转录组测序数据基础上,同源克隆福建金线莲(Anoectochilus roxburghii)和台湾金线莲(Anoectochilus formasanus)的CCS基因编码序列,并进行生物信息学分析和表达特性分析。【结果】福建金线莲ArCCS基因的ORF长1 461 bp,编码486个氨基酸。台湾金线莲AfCCS基因的ORF长1 458 bp,编码485个氨基酸。ArCCS与AfCCS蛋白序列相似度为97%,均定位于叶绿体,二者理化性质和三级结构高度相似。ArCCS和AfCCS基因的表达显著受盐胁迫和不同光质的诱导或抑制。AfCCS基因在根中低表达,在茎中高表达,而ArCCS基因的表达无组织特异性。【结论】成功克隆到福建金线莲和台湾金线莲的CCS基因,二者的表达受到环境因素的显著诱导。 展开更多
关键词 金线莲 辣椒合酶素 基因克隆 表达模式 胁迫
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斜纹夜蛾3种 SlitPBPs 的组织表达模式分析 预览
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作者 汪超 杨云惠 申建梅 《环境昆虫学报》 CSCD 北大核心 2019年第2期367-372,共6页
性信息素结合蛋白(pheromone binding proteins,PBPs)能够与性信息素分子结合,从而启动昆虫的寻偶及交配行为。本研究采用半定量RT-PCR技术分别对斜纹夜蛾3种性信息素结合蛋白 SlitPBP1 、 SlitPBP2 和 SlitPBP3 基因在雌、雄虫不同组... 性信息素结合蛋白(pheromone binding proteins,PBPs)能够与性信息素分子结合,从而启动昆虫的寻偶及交配行为。本研究采用半定量RT-PCR技术分别对斜纹夜蛾3种性信息素结合蛋白 SlitPBP1 、 SlitPBP2 和 SlitPBP3 基因在雌、雄虫不同组织的基因表达模式进行了比较分析。组织表达模式结果表明, SlitPBP1 基因只在雌、雄虫触角和雌虫前足中表达而在其他组织中无表达;SlitPBP2 基因在雌虫的触角、喙、前足、中足、后足、翅膀和雄虫的触角、喙、前足、翅膀中均有表达,且在同一部位, SlitPBP2 基因在雌虫的表达量均高于雄虫相应部位的表达量;除雌、雄虫的胸部外, SlitPBP3 在雌、雄虫的触角、喙、前足、中足、后足、腹部和翅膀中均有较高水平的表达。可见, SlitPBP1 、 SlitPBP2 和 SlitPBP3 基因在斜纹夜蛾不同组织的表达模式各不相同。本研究结果可为深入研究不同 SlitPBPs 蛋白在斜纹夜蛾生长发育过程中的不同生理功能提供科学参考。 展开更多
关键词 斜纹夜蛾 性信息素结合蛋白 表达模式
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拉达克轮丝菌TGase在大肠杆菌中的分子改造
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作者 王玉 付丽红 +2 位作者 鞠建松 王丽敏 于波 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1320-1326,共7页
【背景】谷氨酰胺转氨酶是一种能够催化酰基转移反应的酶,催化各种蛋白质分子之间或之内发生交联反应,在食品、化妆品、医药等领域具有重要的潜在价值。【目的】克隆来自拉达克轮丝菌(Streptoverticillium ladakanum) B1的谷氨酰胺转氨... 【背景】谷氨酰胺转氨酶是一种能够催化酰基转移反应的酶,催化各种蛋白质分子之间或之内发生交联反应,在食品、化妆品、医药等领域具有重要的潜在价值。【目的】克隆来自拉达克轮丝菌(Streptoverticillium ladakanum) B1的谷氨酰胺转氨酶(TGase)基因并对其进行分子改造,使其在大肠杆菌中获得高效异源表达。【方法】分别克隆来自拉达克轮丝菌谷氨酰胺转氨酶的自身前导肽(pro)和除前导肽以外的成熟谷氨酰胺转氨酶(TGase)基因,以pET-22b为表达载体构建pro、TGase共表达和融合表达两种表达模式,在这两种表达模式的基础上进一步用定点突变的方法对成熟TGaseN端前4个氨基酸进行改造,检测不同表达模式以及突变对酶活的影响。【结果】当采用前导肽与TGase共表达时,可以直接得到活性形式的TGase,比酶活达到37.71 U/mg。在融合表达的基础上,将TGaseN端前3个氨基酸DSD突变为AAA,比酶活达到14.04U/mg,相较于原始表达模式提高了14.05%。【结论】前导肽与TGase共表达可以直接产生活性TGase,对于融合表达模式,合适位点的突变有利于提高TGase酶活。 展开更多
关键词 谷氨酰胺转氨酶 表达模式 定点突变 酶活
大白菜黄化突变基因Bra024218表达模式分析 预览
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作者 李想 黄胜楠 +1 位作者 刘志勇 冯辉 《沈阳农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期273-279,共7页
叶色突变不仅能为探究植株叶绿体发育及叶绿素生物合成提供材料,而且在苗期还能作为杂种优势利用的显著标记性状。采用60Co-γ射线照射花蕾与游离小孢子培养相结合的方法,获得了一份稳定遗传的大白菜黄化突变体pem。该突变体全生育期整... 叶色突变不仅能为探究植株叶绿体发育及叶绿素生物合成提供材料,而且在苗期还能作为杂种优势利用的显著标记性状。采用60Co-γ射线照射花蕾与游离小孢子培养相结合的方法,获得了一份稳定遗传的大白菜黄化突变体pem。该突变体全生育期整个植株表现黄化,叶球较小。前期研究已对突变基因进行精细定位,并预测候选突变基因为Bra024218,其启动子区域有一段30bp的片段缺失,拟南芥同源基因AT4G28210注释功能为胚胎缺陷。RT-PCR结果表明:Bra024218在不同组织中均有表达,但在突变体中表达强度相对减弱,尤其在根和花蕾中表达量显著下降。Bra024218在不同发育时期的叶片中均有表达,在突变体中表达强度相对减弱,第1片真叶和第3片真叶的表达量显著下降。启动子核心区域预测及作用元件分析结果表明,将野生型及突变体中Bra024218启动子连接载体后转入拟南芥。T2代拟南芥植株筛选后进行GUS染色分析。与野生型相比,突变体启动子的表达活性在根、茎、叶、花器官和种荚中均较弱。对叶片的GUS酶活性进行测定,突变体GUS酶活性显著下降。利用拟南芥原生质体及烟草叶片进行亚细胞定位,结果证明Bra024218只在叶绿体中表达。可见,突变体pem是研究大白菜叶绿体发育的理想材料,可为今后对于叶色突变机制的研究奠定基础。 展开更多
关键词 大白菜 黄化突变 启动子 表达模式
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小粒黑豆GmRHF1基因生物信息学及线虫诱导表达分析 预览
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作者 王芳 吴鹏 +2 位作者 张珍珠 刘林馨 段玉玺 《河南农业科学》 北大核心 2019年第7期74-80,共7页
为研究E3泛素连接酶基因在大豆抗线虫病害中的功能,利用RT-PCR方法从大豆胞囊线虫(Heterodera glycines)侵染的小粒黑豆(Glycine max)根部组织中克隆到1个E3泛素连接酶RING家族基因GmRHF1。序列分析结果显示,该基因位于大豆基因组3号染... 为研究E3泛素连接酶基因在大豆抗线虫病害中的功能,利用RT-PCR方法从大豆胞囊线虫(Heterodera glycines)侵染的小粒黑豆(Glycine max)根部组织中克隆到1个E3泛素连接酶RING家族基因GmRHF1。序列分析结果显示,该基因位于大豆基因组3号染色体上,具有一个完整的外显子,编码区长度783 bp,编码260个氨基酸,含有1个RING-H2模体和1个跨膜结构域。蛋白质分子质量为27 880.43 u,理论等电点为5.59。同源性比对及系统进化分析表明,该蛋白质与ATL3蛋白亲缘关系最近,属于RING-H2 zinc finger ATL3类。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析GmRHF1受大豆胞囊线虫侵染的诱导表达情况,结果表明,接种后48 h内该基因的表达量较未接种的样品显著增加,推测该基因介导小粒黑豆抗大豆胞囊线虫的防御反应。 展开更多
关键词 大豆 RING-H2zincfinger蛋白 生物信息学 表达模式 大豆胞囊线虫
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杨树PeHAM1和PeHAM2基因的克隆、表达及亚细胞定位
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作者 樊航 宣磊 胥猛 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期2476-2485,共10页
GRAS蛋白是一类植物特有的、古老的转录因子家族,在植物整个生长发育过程中都发挥着调控作用。以‘南林895’杨(Populus deltoides×Populus. euramericana cv.‘Nanlin895’)不定根为材料,通过RACE技术克隆鉴定了两个GRAS转录因子,... GRAS蛋白是一类植物特有的、古老的转录因子家族,在植物整个生长发育过程中都发挥着调控作用。以‘南林895’杨(Populus deltoides×Populus. euramericana cv.‘Nanlin895’)不定根为材料,通过RACE技术克隆鉴定了两个GRAS转录因子,Pe HAM1和PeHAM2。Pe HAM1基因cDNA全长为2 032 bp,包含一个1 647 bp的开放阅读框,推测编码548个氨基酸;PeHAM2基因cDNA全长为2 856 bp,包含一个2 106 bp的开放阅读框,推测编码701个氨基酸。Pe HAM1和PeHAM2蛋白C端都具有LHRI、VHIID、LHRII、PFYRE和SAW等几个典型的保守结构域;系统进化分析表明两者均属于GRAS转录因子家族中的HAM亚家族。PeHAM1基因在杨树不定根发育过程中具有动态的表达模式,在茎和叶中几乎不表达;PeHAM2基因在根、茎、叶中均有表达。原生质体瞬时表达分析表明,Pe HAM1和PeHAM2蛋白均定位于细胞核。进一步分析发现,PeHAM1和PeHAM2基因序列均存在ptc-miR171的剪切位点。本研究表明PeHAM1和PeHAM2可能参与了杨树不定根的生长和发育,这为进一步探究HAM亚家族基因在杨树不定根发育过程中的调控机理提供了坚实的基础。 展开更多
关键词 '南林895’杨 PeHAM1 PeHAM2 亚细胞定位 表达模式
盐胁迫下盐穗木miR393b与预测靶基因 HcTIR1的表达及相关性 预览
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作者 王鹏举 黄世平 +1 位作者 杨瑞瑞 曾幼玲 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期707-713,共7页
【目的】研究盐胁迫下盐穗木生长素通路中miR393b和预测的靶基因 TIR1 的表达模式和相关性。【方法】采用生物信息学方法预测盐穗木miR393b的靶基因;通过qRT-PCR方法检测盐胁迫下盐穗木miR393b及预测靶基因 HcTIR1 ( transport inhibito... 【目的】研究盐胁迫下盐穗木生长素通路中miR393b和预测的靶基因 TIR1 的表达模式和相关性。【方法】采用生物信息学方法预测盐穗木miR393b的靶基因;通过qRT-PCR方法检测盐胁迫下盐穗木miR393b及预测靶基因 HcTIR1 ( transport inhibitor response1 )的相对表达模式,并分析其相关性。【结果】 miR393b成熟体在不同植物种中高度保守;盐穗木miR393b预测的靶基因为 TIR1;盐胁迫处理,盐穗木同化枝中两基因响应高盐胁迫,并具有一定的负相关性。【结论】盐穗木miR393b和预测的靶基因响应高盐胁迫,二者具有一定的负相关。该结果为进一步探讨盐穗木miR393b与预测靶基因 TIR1 的生物学功能奠定基础。 展开更多
关键词 盐穗木 盐胁迫 miR393b HcTIR1基因 表达模式 相关性
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长春花法尼基转移酶β-亚基基因的克隆及其在黄龙病菌感染过程中的表达分析 预览
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作者 李亚 王珠娜 《河南农业科学》 北大核心 2019年第5期78-84,共7页
为了探讨长春花法尼基转移酶β-亚基(crFTB)在黄龙病菌侵染过程中的表达模式及作用,采用RACE技术扩增长春花 crFTB 基因的cDNA全长序列,并进行生物信息学分析,采用实时荧光定量PCR技术检测叶片组织中 crFTB 在黄龙病菌(CLas)侵染长春花... 为了探讨长春花法尼基转移酶β-亚基(crFTB)在黄龙病菌侵染过程中的表达模式及作用,采用RACE技术扩增长春花 crFTB 基因的cDNA全长序列,并进行生物信息学分析,采用实时荧光定量PCR技术检测叶片组织中 crFTB 在黄龙病菌(CLas)侵染长春花不同时间点的表达变化。结果显示, crFTB cDNA全长为1 826 bp,包含150 bp 5′UTR、308 bp 3′UTR和1 368 bp开放阅读框,编码455个氨基酸,理论分子质量和等电点分别为50.45 ku和4.67。FTB蛋白在物种间有较好的保守性,系统进化树表明,crFTB与油橄榄樟子松变种FTB蛋白的亲缘关系最近。CLas侵染长春花过程中, crFTB 在叶片组织中的表达量呈现先升后降的模式,从接种后4 d开始 crFTB 基因的表达量升高,到24 d时达到峰值,然后表达量开始下降,直到试验结束时仍显著高于健康植株中 crFTB 基因的表达量。分析认为,crFTB在长春花抵抗CLas侵染过程中起重要作用。 展开更多
关键词 长春花 法尼基转移酶β-亚基 基因克隆 黄龙病菌 表达模式
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小桐子Dof基因家族生物信息学与表达分析 预览
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作者 唐跃辉 包欣欣 +10 位作者 王健 冯荆城 张梦 张慧聪 刘梦兰 王玉瑾 娄慧敏 闫浩 谭结 王清伟 刘坤 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期15-25,共11页
Dof转录因子在植物的生长发育和非生物胁迫响应中起重要的调控作用。在本研究中,总共24个小桐子Dof基因被鉴定。保守域分析结果表明,小桐子Dof蛋白的结构域均含有CX2CX21CX2C基序。染色体定位分析结果表明,23个Dof基因不均匀地分布在9... Dof转录因子在植物的生长发育和非生物胁迫响应中起重要的调控作用。在本研究中,总共24个小桐子Dof基因被鉴定。保守域分析结果表明,小桐子Dof蛋白的结构域均含有CX2CX21CX2C基序。染色体定位分析结果表明,23个Dof基因不均匀地分布在9个连锁群(LGs)上。系统发育树表明,24个小桐子Dof蛋白被分成9个组。在这24个Dof基因中,大多数在被检测的组织中显示出差异表达;14个Dof基因的表达在至少1个胁迫(干旱或盐胁迫)条件下显示出增加或者降低。在这14个差异表达Dof基因中,8个Dof基因(JcDof4、JcDof8、Jcdof9、Jcdof10、Jcdof11、Jcdof21Jcdof22、Jcdof24)在至少1个处理时间点表现出对干旱和盐胁迫响应,2个基因(JcDof2、JcDof23)仅对盐胁迫响应,4个基因(JcDof3、JcDof5、JcDof17、JcDof20)仅对干旱胁迫响应。该结果将为进一步研究Dof基因在调控小桐子生长发育和非生物胁迫响应中的作用提供一些有价值的信息。 展开更多
关键词 小桐子 Dof基因 转录因子 表达模式
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杜兰落花生球蛋白基因家族的生物信息学分析 预览
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作者 陈湘瑜 徐日荣 +1 位作者 陈昊 唐兆秀 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期391-398,共8页
为了解球蛋白基因家族在杜兰落花生(Arachis duranensis)种子中的特征,利用生物信息学方法对杜兰落花生球蛋白基因进行全基因组鉴定及表达模式分析。结果表明,杜兰落花生含有9个球蛋白基因,家族成员间理化特性总体差异不大,亲缘关系相... 为了解球蛋白基因家族在杜兰落花生(Arachis duranensis)种子中的特征,利用生物信息学方法对杜兰落花生球蛋白基因进行全基因组鉴定及表达模式分析。结果表明,杜兰落花生含有9个球蛋白基因,家族成员间理化特性总体差异不大,亲缘关系相近的蛋白具有相似的保守基序组成。根据物种间的球蛋白系统进化树,球蛋白进化关系符合物种之间的亲缘关系。杜兰落花生球蛋白在进化过程中较为保守,受纯化选择主导,但在部分进化枝上存在正选择位点。栽培种花生转录组数据分析表明,15个花生球蛋白基因在花生种子中检测到表达,其中4个表达量远超其它成员,在花生荚果成熟后期表达量仍较高。 展开更多
关键词 杜兰落花生 球蛋白基因家族 生物信息 系统发育 选择压力 表达模式
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基于转录组信息的黑果枸杞WD40蛋白质家族分析 预览
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作者 严莉 陈建伟 +4 位作者 王翠平 仝倩 王晨 乔改霞 李健 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期482-489,共8页
WD40蛋白质为真核生物中一种常见蛋白质,广泛参与植物生长发育的多种生物过程,在蛋白质-蛋白质及蛋白质-DNA的相互作用中发挥重要作用。为系统分析黑果枸杞WD40蛋白质家族成员,本研究以黑果枸杞青色期、转色期和成熟期3个发育时期的果... WD40蛋白质为真核生物中一种常见蛋白质,广泛参与植物生长发育的多种生物过程,在蛋白质-蛋白质及蛋白质-DNA的相互作用中发挥重要作用。为系统分析黑果枸杞WD40蛋白质家族成员,本研究以黑果枸杞青色期、转色期和成熟期3个发育时期的果实转录组测序数据为基础,结合Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-prot、KEGG及GO 7个数据库和NCBI网站,对黑果枸杞WD40蛋白质编码基因进行筛选注释。结果表明,共得到77个黑果枸杞WD40蛋白质家族成员,黑果枸杞WD40蛋白质结构域组成多样,且在不同物种间高度保守;亚细胞定位预测分析表明,黑果枸杞WD40蛋白质家族成员多位于细胞核及细胞质中;黑果枸杞和拟南芥WD40蛋白质共建的系统进化树可分为五个亚家族;WD40蛋白质家族成员编码基因随果实发育的表达模式表明,黑果枸杞WD40蛋白质家族成员可能参与了其果实花青素的变化调控。本研究结果为枸杞WD40蛋白质的分离及功能研究奠定了一定的理论基础。 展开更多
关键词 黑果枸杞 转录组测序 WD40蛋白 分层聚类分析 表达模式
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绵羊GnIH和VIP基因在不同繁殖状态下的表达变化 预览
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作者 李春艳 刘秋月 +6 位作者 胡文萍 王翔宇 马琳 张效生 张金龙 狄冉 储明星 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期930-938,共9页
旨在进一步阐明GnIH和VIP基因在绵羊季节性发情和繁殖调控中的作用。本研究选取短光照(模拟繁殖季节)和长光照(模拟休情期)下成年苏尼特母羊各3只及卵泡期和黄体期的小尾寒羊母羊各3只,同时选取短光照第21天和长光照第3、15、21、42、4... 旨在进一步阐明GnIH和VIP基因在绵羊季节性发情和繁殖调控中的作用。本研究选取短光照(模拟繁殖季节)和长光照(模拟休情期)下成年苏尼特母羊各3只及卵泡期和黄体期的小尾寒羊母羊各3只,同时选取短光照第21天和长光照第3、15、21、42、49天共6个不同光照时间点的成年苏尼特母羊各3只,屠宰后采集其性腺轴组织(下丘脑、垂体、松果体、卵巢、输卵管、子宫体),利用qPCR技术分析GnIH和VIP基因mRNA表达规律。结果表明,GnIH和VIP基因在2个绵羊品种上述各组织中均表达,且在下丘脑中的表达量较高;苏尼特羊下丘脑中2个基因在长光照条件下的表达量均极显著高于短光照条件(P<0.01);在小尾寒羊下丘脑组织中,黄体期VIP基因的表达量显著高于卵泡期(P<0.05),黄体期GnIH基因的表达量稍高于卵泡期,但差异不显著(P>0.05)。由短光照转至长光照时,苏尼特羊下丘脑中GnIH和VIP基因表达上升,至长光照第3天时,2个基因表达均达到峰值,之后呈下降趋势。本研究揭示了GnIH和VIP基因在季节性发情和常年发情成年绵羊性腺轴各组织中的定量表达特征,不同光照条件和不同繁殖时期绵羊下丘脑中这2个基因的表达变化进一步提示了GnIH和VIP基因参与绵羊季节性发情调控和发情时期转换;在短光照转至长光照过程中,GnIH和VIP基因主要在长光照前3d发挥关键作用。 展开更多
关键词 绵羊 GNIH VIP 繁殖时期 表达模式
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枸杞液泡膜H~+-转运焦磷酸酶基因LbVP1克隆及表达分析
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作者 杨亚珺 石晶 +3 位作者 郑国宝 王丽娟 梁文裕 巩檑 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期444-450,共7页
液泡膜H~+-转运焦磷酸酶在调节植物生长发育和逆境胁迫应答中发挥重要作用。本研究在已构建的枸杞本地数据库中先进行VP基因电子克隆,然后结合RT-PCR方法克隆到一个枸杞液泡膜H~+-转运焦磷酸酶编码基因LbVP1,并对其序列结构、时空表达... 液泡膜H~+-转运焦磷酸酶在调节植物生长发育和逆境胁迫应答中发挥重要作用。本研究在已构建的枸杞本地数据库中先进行VP基因电子克隆,然后结合RT-PCR方法克隆到一个枸杞液泡膜H~+-转运焦磷酸酶编码基因LbVP1,并对其序列结构、时空表达模式进行了初步分析。LbVP1开放阅读框全长2301 bp,编码766氨基酸残基。多序列比对显示该基因与拟南芥AVP基因相似性达87.9%,序列结构生物信息学预测和亚细胞定位实验表明,该基因具有液泡膜H~+-转运焦磷酸酶的保守结构域和跨膜区,可能在液泡膜发挥作用。荧光定量PCR结果显示,LbVP1在花、叶和不同发育阶段果实中存在时空表达差异,干旱胁迫处理下叶片和果实中该基因表达量与对照存在(极)显著差异(P<0.01,P <0.05)。研究结果将为阐明该基因在枸杞抗旱分子调控机制中的作用提供基础理论依据。 展开更多
关键词 枸杞 液泡膜H+-转运焦磷酸酶 LbVP1 表达模式
大豆GmRLP19基因克隆及胁迫应答模式分析 预览
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作者 柏锡 魏彬 +3 位作者 赵静 黄荣梅 王若尘 杨文琳 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期11-18,共8页
以大豆品种Williams82为试验材料,克隆GmRLP19基因,通过生物信息学分析qPCR检测探讨该基因不同生育期品种、不同组织、不同非生物胁迫下表达模式。结果表明,该基因编码区全长3138bp,编码1045个氨基酸,编码蛋白具有胞外信号肽,LRRNT域,... 以大豆品种Williams82为试验材料,克隆GmRLP19基因,通过生物信息学分析qPCR检测探讨该基因不同生育期品种、不同组织、不同非生物胁迫下表达模式。结果表明,该基因编码区全长3138bp,编码1045个氨基酸,编码蛋白具有胞外信号肽,LRRNT域,富含亮氨酸重复结构域,跨膜结构域和一段胞内短肽,属于受体类蛋白家族,定位于质膜。该基因在不同生育期品种间差异表达,在豆和豆荚中特异性表达,且在5种非生物胁迫中均有响应。研究为探究WRKY20基因功能及挖掘和完善基因调控通路奠定基础。 展开更多
关键词 大豆 GmRLP19基因 克隆 生物信息学分析 表达模式
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杉木涩籽形成过程的花青素还原酶基因表达 预览
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作者 王培 理挪 +3 位作者 张家君 马志慧 陈宇 林思祖 《森林与环境学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期1-8,共8页
为探究杉木涩籽形成过程中,花青素还原酶(ANR)基因在类黄酮生物合成途径中的分子调控机制,以种子为试验材料,通过RT-PCR结合RACE的方法对杉木ANR基因进行全长克隆,运用qPCR技术分析不同涩籽率的杉木家系中ANR基因在种子不同发育时期的... 为探究杉木涩籽形成过程中,花青素还原酶(ANR)基因在类黄酮生物合成途径中的分子调控机制,以种子为试验材料,通过RT-PCR结合RACE的方法对杉木ANR基因进行全长克隆,运用qPCR技术分析不同涩籽率的杉木家系中ANR基因在种子不同发育时期的表达模式。结果显示,克隆到的ANR基因全长cDNA序列为1357bp,具有一个1056bp的开放阅读框,编码351个氨基酸。保守域预测显示ANR蛋白属于SDR超家族,具有一个FR_SDR_e特异性结构域。qPCR结果发现,在高涩籽率杉木中,90、100d的表达量一直显著高于中、低涩籽率杉木;而在中、低涩籽率杉木中,ANR基因的表达模式仅仅是种子发育80d时较高,之后明显下调。表明杉木涩籽率可能与其ANR基因表达相关。 展开更多
关键词 杉木 ANR基因 基因克隆 序列分析 表达模式
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