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应用转录组和外显子组测序分析不同年龄组的胶质母细胞瘤中基因表达与突变的差异
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作者 王志刚 刘伟 《解剖学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期8-12,共5页
目的探讨通过转录组和外显子组测序分析不同年龄组的胶质母细胞瘤的差异。方法多形性胶质母细胞瘤(GBM)数据下载自TCGA项目。将样本分为2组,不高于60岁的样本为中低年龄组,共78例;高于60岁的样本为高年龄组,共76例。使用R语言DESeq2软... 目的探讨通过转录组和外显子组测序分析不同年龄组的胶质母细胞瘤的差异。方法多形性胶质母细胞瘤(GBM)数据下载自TCGA项目。将样本分为2组,不高于60岁的样本为中低年龄组,共78例;高于60岁的样本为高年龄组,共76例。使用R语言DESeq2软件包对RNA-seq原始基因水平的reads数目数据进行差异表达分析。使用Cytoscape插件Clue GO进行不同年龄组别差异表达基因功能富集分析。结果 GBM致病基因在两组之间大部分基因表达趋势一致,但存在差异基因。在中低龄组中差异基因主要和神经前体细胞增殖相关,而高年龄组偏重于代谢方面。在两组中高突变的基因有很多重叠。样本突变率不同的基因主要为中低年龄组特有,且具有高样本突变率的基因。结论中低年龄组和高龄组GBM患者在基因表达和基因突变上存在明显差异。 展开更多
关键词 转录测序 年龄 胶质母细胞瘤 全外显子测序
秀珍菇转录组测序和初步分析 预览
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作者 王伟科 宋吉玲 +2 位作者 闫静 袁卫东 陆娜 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期292-299,共8页
[目的]本文旨在了解秀珍菇子实体形成的分子机制,为培育优质、高产、抗逆的秀珍菇品种提供理论基础。[方法]构建秀珍菇高质量cDNA文库,采用illumina高通量测序技术对秀珍菇菌丝体和子实体进行转录组测序,并利用生物信息学方法开展基因... [目的]本文旨在了解秀珍菇子实体形成的分子机制,为培育优质、高产、抗逆的秀珍菇品种提供理论基础。[方法]构建秀珍菇高质量cDNA文库,采用illumina高通量测序技术对秀珍菇菌丝体和子实体进行转录组测序,并利用生物信息学方法开展基因表达谱的研究以及功能基因的预测。[结果]共获得81693个非重复序列基因(universal gene,UniGene),经BLAST比对NR数据库,可比对上的UniGene数量为61306个。NR数据分析显示,秀珍菇已比对的UniGene与糙皮侧耳相似度最高,占总数目的86.1%。同时,对秀珍菇转录组的UniGene进行了生物学通路的注释和预测,共注释14315个UniGene,且部分与糖类代谢、氨基酸代谢、信号传导、翻译相关通路有关,分别为1683、1241、1243和1372个,表明富集在上述通路中的UniGene在秀珍菇子实体形成过程中可能起到重要作用。通过分析SNP突变,发现秀珍菇中分别有10967和10683个位点发生C/T转换和A/G转换,同时,有2102个位点发生A/C颠换。通过查找分析SSR位点发现,共获得7574个SSR位点,占UniGene总数的比例为9.27%。其中,单核苷酸重复在所有SSR重复类型中所占比例最高,为45.14%,其次为三核苷酸重复类型,为31.94%。[结论]通过高通量测序技术获得秀珍菇菌丝体和子实体的转录组数据,结合生物信息学分析,为了解秀珍菇群体遗传多样性、构建遗传连锁图谱和研究其不同生长阶段差异表达基因及其功能奠定基础。 展开更多
关键词 秀珍菇 菌丝体 子实体 转录测序 高通量测序技术
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单细胞转录组测序技术原理及其应用 预览
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作者 李丽娟 师书玥 +4 位作者 张村宇 贺花 雷初朝 陈宏 黄永震 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2019年第2期15-21,共7页
基因转录调控及其机制分析是后基因组时代生物学研究的重点之一。常规研究往往建立在细胞群体或者组织上,一般表现出的是细胞的综合反应,难以判断单个细胞的情况,而在肿瘤、疾病预防等方面都需要对少量或单个细胞进行研究,因此,单细胞... 基因转录调控及其机制分析是后基因组时代生物学研究的重点之一。常规研究往往建立在细胞群体或者组织上,一般表现出的是细胞的综合反应,难以判断单个细胞的情况,而在肿瘤、疾病预防等方面都需要对少量或单个细胞进行研究,因此,单细胞研究技术必不可少。常规的基因组扩增技术难以消除内含子的影响,并且无法用来阐述某些类型或某些特殊单个细胞之间基因表达的异质性,而转录组测序从RNA入手,将其反转录为cDNA后再进行大量扩增,可以完美地消除内含子的影响。本文主要就单细胞分离技术、单细胞转录组测序技术、高通量测序技术进行综述,并列举了现阶段的研究进展,分析了该项技术在各个领域的应用以及在家畜育种中的应用前景。 展开更多
关键词 单细胞分离 转录测序 高通量测序 应用 家畜育种
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虹鳟肝组织新转录本分析及基因结构优化 预览
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作者 马芳 刘哲 +1 位作者 康玉军 权金强 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期135-142,共8页
目的虹鳟热应激下肝RNA-seq数据中新转录本的分析及已注释基因结构优化。方法以虹鳟肝为材料提取总RNA,构建cDNA文库,并利用Illumina双端测序Hiseq2500平台进行测序。运用Cufflinks软件对测序数据进行组装,将其与虹鳟参考基因组进行序... 目的虹鳟热应激下肝RNA-seq数据中新转录本的分析及已注释基因结构优化。方法以虹鳟肝为材料提取总RNA,构建cDNA文库,并利用Illumina双端测序Hiseq2500平台进行测序。运用Cufflinks软件对测序数据进行组装,将其与虹鳟参考基因组进行序列比对。结果发掘新转录本6555个,其中30个新转录本在热应激前后差异表达(P<0.05)。与GO数据库比对对新转录本进行功能注释,获得3097个新转录本的注释。与KEGG数据库比对,共有3617个新转录本注释到284条代谢通路中。对19424个已注释基因的结构进行优化,延伸了14719个基因的5′端和14796个基因的3′端。结论通过对发掘的6555个新转录本分析,并对19424个已注释基因结构优化,为虹鳟基因组注释信息的完善提供了有力的借鉴,并为进一步了解虹鳟热应激的机制提供更有力的理论基础。 展开更多
关键词 虹鳟 转录测序 转录 基因结构优化
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一款基于转录组差异基因表达分析的软件包--findDEG
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作者 吴吉妍 姚丹 +1 位作者 吴海楠 童春发 《南京林业大学学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期93-99,共7页
【目的】随着二代测序技术的不断发展,转录组测序技术在许多物种里已被广泛地应用于基因差异表达分析和基因注释研究。现有的多种基因差异表达分析软件,分析步骤多而且复杂,不同分析方法其结果差别也较大,这给研究者分析实际数据带来了... 【目的】随着二代测序技术的不断发展,转录组测序技术在许多物种里已被广泛地应用于基因差异表达分析和基因注释研究。现有的多种基因差异表达分析软件,分析步骤多而且复杂,不同分析方法其结果差别也较大,这给研究者分析实际数据带来了不少困难。为了简化基因差异表达分析的过程,利用现有的软件开发一个集成的软件包。【方法】针对Trinity、TopHat+Cufflinks和HISAT2+StringTie 3种比较成熟的基因差异表达分析流程,考虑研究对象有无参考基因组序列、样本数据是否有重复、单端还是双端测序、不同基因表达量的计算方法以及不同的基因差异表达显著性检验方法等因素,将多种转录组测序数据分析软件整合起来形成一个集成的软件包。【结果】使用Perl语言开发了一个名为findDEG软件包用于转录组测序数据的基因差异表达分析。软件包共分为3个模块,即Trinity、TopHat+Cufflinks和HISAT2+StringTie模块。Trinity模块提供3种计算转录本表达量方法和4种差异表达基因显著性检验方法,TopHat+Cufflinks模块可供用户选择新版或旧版的Cufflinks分析方案,HISAT2+StringTie模块则只有一种分析方案。该软件包可以自由下载使用,其网址为http://www.bioseqdata.com/findDEG/findDEG.htm。采用新版和旧版的Cufflinks分析方案以及一种Trinity组合方法,分别对小叶杨在正常和干旱胁迫条件下的转录组数据进行了分析。结果两种Cufflinks方法分别识别出了53和33个差异表达基因,其中25个是相同的;Trinity方法识别了高达1 641个差异表达基因,其中与Cufflinks两种方法相同的分别有14和3个。【结论】新开发的软件包findDEG有十多种基因差异表达分析方案可供选择,采用一键的方式进行数据计算分析,避免了中间环节参数输入和结果利用等操作步骤,使用方便。 展开更多
关键词 基因差异表达分析 PERL语言 杨树 转录 转录测序 findDEG
基于RNA-seq技术的茶树CsbHLH62生物信息学分析 预览
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作者 曹丹 金孝芳 +2 位作者 马林龙 刘艳丽 郭桂义 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期36-41,共6页
【目的】利用生物信息学分析方法推导CsbHLH62基因及其编码产物的理化性质、结构和功能以及同源性等。【方法】通过相关软件及网站分析CsbHLH62基因及其编码蛋白的相关信息。【结果】CsbHLH62基因编码蛋白含有277个氨基酸,是一种可溶性... 【目的】利用生物信息学分析方法推导CsbHLH62基因及其编码产物的理化性质、结构和功能以及同源性等。【方法】通过相关软件及网站分析CsbHLH62基因及其编码蛋白的相关信息。【结果】CsbHLH62基因编码蛋白含有277个氨基酸,是一种可溶性蛋白,定位于细胞核,该蛋白不存在信号肽,无跨膜结构,有35个潜在的磷酸化位点,是一种非分泌蛋白;功能结构分析表明131~181位氨基酸之间有一个典型的MYC的bHLH结构域,系统进化分析表明其编码的氨基酸序列与欧洲越橘亲缘关系较近,二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主,三维结构构建成功。【结论】为研究CsbHLH62基因在茶树硒富集过程中的生物学功能奠定了基础。 展开更多
关键词 茶树 转录测序 转录因子 生物信息学
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中间砧‘南通小方柿’嫁接柿转录组测序及分析
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作者 申妍颖 李雪涵 +1 位作者 李飞鸿 渠慎春 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期1454-1466,共13页
本研究通过Illumina HiseqTM4000高通量测序对嫁接甜柿(‘山东君迁子’/‘南通小方柿’/‘甘秋’,‘山东君迁子’/‘甘秋’)的5个嫁接部位茎中提取的总RNA进行测序,分别分析以‘南通小方柿’作中间砧致矮过程中,接穗(‘甘秋’)和基砧(... 本研究通过Illumina HiseqTM4000高通量测序对嫁接甜柿(‘山东君迁子’/‘南通小方柿’/‘甘秋’,‘山东君迁子’/‘甘秋’)的5个嫁接部位茎中提取的总RNA进行测序,分别分析以‘南通小方柿’作中间砧致矮过程中,接穗(‘甘秋’)和基砧(‘山东君迁子’)中相关基因表达的变化。测序结果按倍性不同组装后分别获得119 573 (六倍体)和63 245(二倍体)个Unigenes的序列及在不同数据库中的注释信息,并在接穗和基砧中筛选到了9 863和7 805个差异表达基因。综合这些差异基因在接穗和基砧中GO和Pathway的分析结果表明,它们主要注释到包括代谢和植物激素信号转导在内的20条通路,其中二萜生物合成、色氨酸代谢和油菜素内酯生物合成途径中多个酶基因,以及GA、IAA和BR等激素信号转导通路中的一系列受体及作用元件基因,可能在矮化中间砧对树体生长的影响中起着关键作用。研究表明,‘南通小方柿’作中间砧的矮化作用是由于茎生长发育相关代谢通路中基因表达量变化引起的。本研究丰富了柿树的转录组信息,为进一步挖掘‘南通小方柿’中间砧矮化过程中的关键基因及其矮化机理提供重要依据,并为今后研究中间砧在植株生长发育过程中的分子作用机制提供科学依据。 展开更多
关键词 甜柿 南通小方柿 转录测序 RNA-SEQ 嫁接
逆转座子LINE1在Hela细胞中的表达及转录组分析 预览
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作者 储旭 周涛 +2 位作者 李文豪 邢虎 陈良标 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期153-159,共7页
为研究逆转座子LINE1(简称为L1)在Hela细胞内的作用机制,对转染L1的Hela细胞和正常细胞进行转录组测序,通过对转录组数据进行拼接组装,对差异表达基因进行了生物信息学分析。结果表明:试验共筛选出391个差异表达基因,其中45.6%的差异表... 为研究逆转座子LINE1(简称为L1)在Hela细胞内的作用机制,对转染L1的Hela细胞和正常细胞进行转录组测序,通过对转录组数据进行拼接组装,对差异表达基因进行了生物信息学分析。结果表明:试验共筛选出391个差异表达基因,其中45.6%的差异表达基因显著性上调,这些基因通过GO分类注释,可分为14类;通过KEGG对差异基因进行通路富集,表明差异基因主要富集在破骨细胞分化、色氨酸代谢、乙型肝炎、病毒致癌作用和可卡因成瘾等信号通路,发现了一些与细胞黏着连接、表皮相关的基因有差异性表达。研究表明,通过转录组测序,获得了丰富的关于L1在Hela细胞中表达的信息,为进一步研究L1在细胞中的作用机制供了思路和理论依据。 展开更多
关键词 LINE1 HELA细胞 转录测序 逆转座子
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长期间歇性冷暴露干预脂肪组织代谢调控机体葡萄糖稳态
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作者 周鑫 王澜 +2 位作者 张晨亮 林树 宋治远 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期1044-1051,共8页
目的通过对小鼠进行长期间歇性冷暴露,探讨冷暴露对机体葡萄糖稳态的改善作用以及对高脂饮食诱导葡萄糖稳态损害的预防作用,并分析脂肪组织在该过程中所起的调控作用。方法取24只8周龄雄性C57BL/6J小鼠均分成4组,分别为对照组(正常普通... 目的通过对小鼠进行长期间歇性冷暴露,探讨冷暴露对机体葡萄糖稳态的改善作用以及对高脂饮食诱导葡萄糖稳态损害的预防作用,并分析脂肪组织在该过程中所起的调控作用。方法取24只8周龄雄性C57BL/6J小鼠均分成4组,分别为对照组(正常普通饲料+常温)、冷暴露组(正常普通饲料+4℃,2h/d)、高脂对照组(高脂饲料+常温)、高脂+冷暴露组(高脂饲料+4℃,2h/d)。在分组后1、8、16、22周时分别进行葡萄糖耐量和胰岛素耐量实验,22周后取小鼠肩胛处棕色脂肪和腹股沟皮下脂肪进行转录组测序。结果22周间歇性冷暴露在不影响小鼠体质量的前提下,可以显著降低体内皮下脂肪的质量[对照组(0.338±0.024)gvs冷暴露组(0.221±0.016)g,P<0.05],显著提升棕色脂肪的质量[对照组(0.079±0.003)gvs冷暴露组(0.095±0.005)g,P<0.05],并使糖耐量水平提高25.9%(P<0.01),胰岛素敏感性提升50.4%(P<0.01),葡萄糖稳态改善的程度和冷暴露的时间呈正相关。在高脂饮食条件下,22周间歇性冷暴露显著抑制了其引发的体质量增加[高脂对照组(43.3±1.8)gvs高脂+冷暴露组(32.9±0.7)g,P<0.01]和皮下脂肪质量增加[高脂对照组(1.186±0.215)gvs高脂+冷暴露组(0.434±0.059)g,P<0.05],并使糖耐量不足改善了25.5%(P<0.01),胰岛素抵抗改善了33.9%(P<0.01)。转录组测序分析表明长期间歇性冷暴露显著激活棕色脂肪和白色脂肪的葡萄糖代谢、PI3K-Akt和胰岛素信号通路(P<0.05),但在高脂饮食条件下冷暴露对白色脂肪组织葡萄糖代谢相关通路的激活作用不明显。结论长期间歇性冷暴露可以显著改善小鼠葡萄糖稳态,并可以预防高脂饮食对葡萄糖稳态的损害,其可能是通过激活脂肪组织葡萄糖代谢、PI3K-Akt和胰岛素信号通路来发挥作用。 展开更多
关键词 糖代谢 冷暴露 棕色脂肪 白色脂肪棕色化 转录测序
利用转录组二代测序探索直肠癌术前放化疗的敏感性分子特征 预览
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作者 张威 叶颖江 +2 位作者 任仙文 黄晶 申占龙 《北京大学学报:医学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期542-547,共6页
目的:探索直肠癌新辅助放化疗的敏感性分子特征。方法:前瞻性收集局部进展期中、低位直肠癌30例患者的临床病理资料,包括一般情况、放化疗前影像学资料、放化疗前活组织病理检查资料、肿瘤分化程度等9项指标,分析其与直肠癌放化疗后肿... 目的:探索直肠癌新辅助放化疗的敏感性分子特征。方法:前瞻性收集局部进展期中、低位直肠癌30例患者的临床病理资料,包括一般情况、放化疗前影像学资料、放化疗前活组织病理检查资料、肿瘤分化程度等9项指标,分析其与直肠癌放化疗后肿瘤消退分级(tumor regression grading,TRG)的相关性。收集这30例患者新辅助治疗前结肠镜活检冰冻标本,进行转录组二代测序和生物信息学分析,筛选可能驱动直肠癌放化疗敏感性的基因。结果: 30例直肠癌患者中,病理完全缓解9例,部分缓解12例,缓解差9例。直肠癌放化疗后病理TRG缓解程度与肿瘤术前MRI的T分期呈负相关( P =0.046),与术前MRI直肠癌壁外血管侵犯(extramural vascular invasion, EMVI )呈正相关( P =0.003)。转录组二代测序对所获取的 P <0.05的217条转录本进行信号通路富集分析,可以发现多条与抗原呈递相关的细胞信号转导通路,其中HSPA1A、HSPA1B和EXOSC2的高表达和术后病理缓解差呈正相关( P <0.05),DNMBP、WASH8P、FAM57A和SGSM2等的高表达和术后病理缓解良好呈正相关( P <0.05)。结论:直肠癌术前MRI检测肿瘤EMVI阳性的患者放化疗后病理完全缓解率明显优于EMVI阴性者。HSPA1A、HSPA1B和EXOSC2高表达的患者术后病理缓解差,而DNMBP、WASH8P、FAM57A和SGSM2高表达的患者术后病理缓解良好。基于直肠癌放化疗敏感性分子特征,尝试阻断或增强与直肠癌放化疗敏感性相关的分子通路,可进一步探索能增加直肠癌放化疗敏感性的候选治疗靶点。 展开更多
关键词 直肠肿瘤 新辅助治疗 转录测序 肿瘤消退分级
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杂交石斑鱼和母本褐点石斑鱼转录组测序及差异表达基因分析 预览
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作者 林明德 陈刚 +10 位作者 马骞 王忠良 张健东 谢瑞涛 汤保贵 黄建盛 周晖 施钢 潘传豪 ERIC Amenyogbe 邓文鑫 《广东海洋大学学报》 CAS 2019年第3期15-23,共9页
【目的】筛选褐点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)及其杂交子一代(E. fuscoguttatus♀×E. polyphekadion♂,F1)的差异表达基因,探讨褐点石斑鱼及F1代之间的生长差异性。【方法】采用Illumina HiSeq 2000测序平台对同龄的褐点石... 【目的】筛选褐点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)及其杂交子一代(E. fuscoguttatus♀×E. polyphekadion♂,F1)的差异表达基因,探讨褐点石斑鱼及F1代之间的生长差异性。【方法】采用Illumina HiSeq 2000测序平台对同龄的褐点石斑鱼及其杂交F1的脑、肝脏和肌肉组织进行转录组测序,通过edgeR软件包筛选差异表达基因,并对差异表达基因进行GO(Gene Ontology)功能注释和KOG注释,最后通过实时荧光定量PCR验证转录组数据。【结果】测序的原始数据经过质量控制和组装共得到54 610条unigenes。组装的unigenes共有28 832条unigenes得到注释,共获得20234条差异表达基因,其中有10218条上调,10016条下调。GO功能注释显示共34061条unigenes聚类到涉及生物过程、分子功能和细胞组分的53个功能类别,其中被较多基因聚类到的功能类别为细胞过程、结合、单一生物过程、代谢过程和催化活性等。KOG注释发现,42 753 unigenes被注释到25个功能类别中,其中较多涉及信号转导机制、基因功能预测、翻译后修饰,蛋白质周转和分子伴侣、转录等。进一步筛选到一批和生长相关的差异表达基因,如GH、GHRH、PRL、SLP、AVTp等,这些差异表达基因在F1中的表达水平均高于其亲本褐点石斑鱼,与杂交F1相较于褐点石斑鱼生长快速的性状相符。【结论】研究完成了对褐点石斑鱼及其杂交F1的转录组测序、组装,获得了测序数据在不同数据库的功能注释信息,同时筛选了一批生长相关差异表达基因,这些基因在F1中的表达水平均高于其亲本褐点石斑鱼,与现实生长性状相符。 展开更多
关键词 褐点石斑鱼 杂交石斑鱼 转录测序 比较分析 生长相关基因
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玉米自交系响应花粒期高温胁迫差异表达基因的分析 预览
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作者 李川 乔江方 +4 位作者 朱卫红 代书桃 黄璐 张美微 刘京宝 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期1-11,共11页
为了探明玉米重要自交系花粒期高温胁迫下转录组基因的表达差异,发掘玉米响应高温胁迫的关键基因和蛋白质,明确高温胁迫引起玉米减产的机理,从而利用分子生物学技术手段提高玉米耐高温胁迫性。首先,利用AmphaTMZ30花粉活性分析仪检测高... 为了探明玉米重要自交系花粒期高温胁迫下转录组基因的表达差异,发掘玉米响应高温胁迫的关键基因和蛋白质,明确高温胁迫引起玉米减产的机理,从而利用分子生物学技术手段提高玉米耐高温胁迫性。首先,利用AmphaTMZ30花粉活性分析仪检测高温胁迫和正常生长条件下玉米自交系昌7-2、郑58的花粉活性。然后收集花粉提取总RNA,利用Illumina Hiseq2000TM高通量测序技术分别对昌7-2、郑58花粒期高温胁迫材料和正常生长条件下的对照材料进行全转录组测序,序列结果分析后获得差异显著表达基因。通过差异基因维恩图(VENN图)重叠区域分析、GO功能分类和富集统计、KEGG pathway通路分类和富集分析以及转录因子分析,获得玉米花粒期高温胁迫相关的重要差异表达基因和蛋白质。花粉活性检测结果显示,高温胁迫后和正常生长条件下,昌7-2花粉活性分别为24. 37%,42. 89%,郑58花粉活性分别为35. 57%,64. 83%。高温胁迫后在昌7-2花粉转录组中共检测到4 176个显著差异表达基因,郑58花粉转录组中共检测到5 487个显著差异表达基因。KEGG pathway通路分类和富集分析结果显示,高温胁迫后郑58的花粉转录组中有2 062个差异表达基因富集到399个相关通路上,昌7-2的花粉转录组中有1 943个差异表达基因富集到352个相关通路上。转录因子分析结果表明,共获得55个转录因子家族,其中,有45个转录因子包含10个以上差异表达基因。研究表明,通过对玉米自交系花粒期高温胁迫后花粉转录组测序获得了大量的差异显著表达基因信息,昌7-2、郑58对高温胁迫响应机制存在明显差异,热激蛋白(Hsps)、热激转录因子(Hsfs)、生长素(IAA)基因和磷脂酰基醇-4,5-二磷酸基因家族(PIP2)在响应玉米花粒期高温胁迫过程中起着重要作用。 展开更多
关键词 玉米自交系 花粒期 高温胁迫 转录测序 差异表达基因
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牡丹(Paeonia suffruticosa Andr.)根组织差异表达基因分析
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作者 李锦馨 毕江涛 马燕 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期3180-3189,共10页
本研究通过冰山雪莲(Paeonia rockii’Bing Shan Xue Lian’)和牡丹主栽品种凤丹(Paeonia ostii’Phoenix White’)根组织转录组测序进行差异表达基因分析,结果显示,冰山雪莲和凤丹基因表达量相近,差异表达基因487条,其中228条上调,259... 本研究通过冰山雪莲(Paeonia rockii’Bing Shan Xue Lian’)和牡丹主栽品种凤丹(Paeonia ostii’Phoenix White’)根组织转录组测序进行差异表达基因分析,结果显示,冰山雪莲和凤丹基因表达量相近,差异表达基因487条,其中228条上调,259条下调;冰山雪莲特有表达基因数113 558,凤丹58 114,共有表达基因数55491;两品种4 228条低表达量基因聚集成2个子集,6 259条高表达量基因聚集成2个子集;GO富集注释差异基因1 487条,其中上调基因数1 137,下调基因数1 200,上调差异基因的主要功能与氧化还原和营养库活性有关;差异基因KEGG显著富集的代谢通路73条,富集前20的代谢通路中参与核糖体通路的基因最多,富集因子最高的代谢通路为硫胺素代谢、其次为C5-分支二元酸代谢和二萜类生物合成,参与植物病原体互作、谷胱甘肽代谢和RNA降解的上调差异基因数目相对较多,其次为异喹啉、托烷、哌啶、吡啶生物碱和萜类骨架合成、苯丙氨酸、酪氨酸、甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸、肌醇磷酸和戊糖磷酸代谢、DNA复制和核苷酸剪切修复。通过转录组测序全面分析了冰山雪莲和凤丹根组织差异基因表达状况,为牡丹功能基因的研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 冰山雪莲 凤丹 转录测序 差异表达基因
基于转录组测序技术挖掘大豆蛋白质合成相关基因 预览 被引量:1
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作者 郭静文 史晓蕾 +8 位作者 刘茜 赵青松 邸锐 刘兵强 闫龙 王凤敏 张孟臣 赵宝华 杨春燕 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期61-73,共13页
通过转录组测序技术挖掘蛋白质合成相关基因,为解析蛋白质合成机制奠定基础。以遗传背景相近但蛋白含量差异较大的大豆高蛋白品系冀HJ117(蛋白质含量52. 99%)及其回交亲本冀豆12(蛋白质含量46. 48%)为研究材料,利用转录组测序技术和生... 通过转录组测序技术挖掘蛋白质合成相关基因,为解析蛋白质合成机制奠定基础。以遗传背景相近但蛋白含量差异较大的大豆高蛋白品系冀HJ117(蛋白质含量52. 99%)及其回交亲本冀豆12(蛋白质含量46. 48%)为研究材料,利用转录组测序技术和生物信息学分析,以期挖掘大豆籽粒蛋白质合成相关基因。通过对转录组数据中冀HJ117和冀豆12差异表达基因的分析筛选,共得到336个差异表达基因,其中冀HJ117较冀豆12有195个上调表达基因,141个下调表达基因。通过GO功能富集分析,发现在分子功能类型中注释的差异基因主要与催化和连接等功能相关;KEGG显著富集分析发现差异表达基因主要富集在蛋白质内质网合成途径中,该途径共筛选到34个差异表达基因,其中33个基因在冀HJ117中表达量较高。从该途径中筛选出9个候选基因,采用荧光定量PCR方法检测其表达量,表达趋势与RNA-Seq检测结果基本一致,证实了RNA-Seq数据的可靠性。RNA-Seq测序结果获得了与蛋白质合成相关基因的基本信息,蛋白质内质网合成途径可能是冀HJ117与冀豆12蛋白质含量产生差异的重要通路。 展开更多
关键词 大豆 蛋白质含量 转录测序 差异表达基因 荧光定量PCR
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过表达PRDM13抑制胶质瘤细胞相关功能基因的测序分析 预览
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作者 张琳娜 何涛 +4 位作者 宫伟 陶虹 曹慧梅 杨吉娟 扈启宽 《临床医学工程》 2019年第2期159-161,共3页
目的比较过表达PRDM13慢病毒与感染阴性对照病毒的胶质瘤细胞mRNA存在的差异,筛选并分析抑制胶质瘤增殖、迁移相关的基因。方法通过胶质瘤细胞感染慢病毒,建立过表达PRDM13细胞模型,使用转录组测序方法检测两组中差异表达基因,并进行GO... 目的比较过表达PRDM13慢病毒与感染阴性对照病毒的胶质瘤细胞mRNA存在的差异,筛选并分析抑制胶质瘤增殖、迁移相关的基因。方法通过胶质瘤细胞感染慢病毒,建立过表达PRDM13细胞模型,使用转录组测序方法检测两组中差异表达基因,并进行GO分析。结果过表达PRDM13慢病毒细胞模型成功建立,过表达PRDM13可以改变U87细胞的形态,转录组测序检测到实验组和对照组显著性差异表达基因。结论找到抑制胶质瘤增殖、迁移的相关基因,为进一步研究PRDM13的作用机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 胶质瘤细胞 PRDM13 转录测序
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邻苯二甲酸二乙酯诱导的大鼠尿道下裂与Mafb的表达相关:基于转录组测序结果 预览
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作者 向涵 王绍 +7 位作者 周玥 刘星 沈炼桔 龙春兰 张德迎 何大维 林涛 魏光辉 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期456-463,共8页
目的通过转录组测序筛选大鼠尿道发育过程中相关差异基因,并进行验证;探究邻苯二甲酸二乙酯(DEHP)诱导SD大鼠尿道下裂的发生机制。方法 40只成年SD孕鼠随机分成4组(n=10),前两组予以空白对照处理,分别于妊娠期16 d(GD16组)和GD19 d(GD19... 目的通过转录组测序筛选大鼠尿道发育过程中相关差异基因,并进行验证;探究邻苯二甲酸二乙酯(DEHP)诱导SD大鼠尿道下裂的发生机制。方法 40只成年SD孕鼠随机分成4组(n=10),前两组予以空白对照处理,分别于妊娠期16 d(GD16组)和GD19 d(GD19组)剖宫产取出雄性胎鼠,将收集好的胎鼠阴茎组织进行转录组测序,lllumina HiSeq 2000筛选出差异表达基因(DEGs),然后对DEGs进行差异基因功能(GO)和pathway显著富集性分析;选取其中的DEG(Mafb)进行免疫荧光验证。后两组分别予以玉米油(对照组)和DEHP [750 mg/(kg·d)](DEHP暴露组)于GD12 d至GD19 d每日灌胃处理,GD19 d剖宫产取出雄性胎鼠,并判断有无尿道下裂的发生。扫描电镜和HE染色观察阴茎组织形态学改变,免疫荧光和Western blot检验阴茎组织中Mafb、β-catenin的表达水平。结果 GD19组胎鼠阴茎组织与GD16组胎鼠阴茎组织转录组测序结果示1360个DEGs(其中上调797个,下调563个),差异基因主要富集于细胞粘着斑信号通路、轴突导向信号通路、细胞外基质受体作用信号通路等,选取DEG(Mafb)进行免疫荧光验证,发现Mafb的表达随发育显著增加,与测序结果相符。而DEHP暴露组胎鼠阴茎组织与对照组胎鼠阴茎组织相比,Mafb、β-catenin表达水平显著下调(P<0.01)。结论随着大鼠阴茎组织的正常发育,Mafb的表达逐渐增加;而DEHP暴露组较对照组Mafb、β-catenin表达显著下调,提示β-catenin信号通路影响Mafb表达可能与DEHP诱导大鼠尿道下裂发生相关。 展开更多
关键词 尿道下裂 邻苯二甲酸二乙酯 转录测序 MAFB
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转录组测序分析Pm^2.5与小鼠肠道疾病发生的关系 预览
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作者 苗成利 孙春艳 +4 位作者 黄梅 郎元君 陈伟达 陈小兵 罗成华 《中国老年学杂志》 CAS 北大核心 2019年第12期2995-2999,共5页
目的通过转录组测序分析颗粒物(PM)2.5是否会在肠道中积累并引起基因表达的异常。方法采用BALB/c品系小鼠,将处理过的Pm^2.5硅胶颗粒采用直接饲喂方式进行培养,分别取喂食10d和30d的小鼠大肠黏膜进行转录组测序并进行基因表达分析。结... 目的通过转录组测序分析颗粒物(PM)2.5是否会在肠道中积累并引起基因表达的异常。方法采用BALB/c品系小鼠,将处理过的Pm^2.5硅胶颗粒采用直接饲喂方式进行培养,分别取喂食10d和30d的小鼠大肠黏膜进行转录组测序并进行基因表达分析。结果对显著性差异基因进行GO富集分析和KEGG富集分析,结果显示Pm^2.5硅胶颗粒喂食10d的小鼠大肠黏膜中基因表达多处于下调状态,喂食30d的小鼠大肠黏膜在免疫相关、代谢等类别中有明显上调,炎症相关的信号通路也处于上调状态。结论Pm^2.5硅胶颗粒能够在肠道中累积并刺激机体的免疫反应,诱发机体的炎症反应并导致疾病发生。 展开更多
关键词 颗粒物(PM)2.5 肠道炎症 转录测序
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植物酸对烟曲霉菌的抑制作用 预览
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作者 张婷 徐岩岩 李洁 《江苏农业科学》 2019年第12期287-292,共6页
为研究植物酸对烟曲霉的抑制作用,以烟曲霉菌为试验材料,通过测定植物酸的最小抑菌浓度(MIC),以MIC和1/2MIC的植物酸液体培养烟曲霉,观察烟曲霉菌丝生长和分生孢子顶囊形态变化;并进行转录组测序,初步探讨其抑菌机制。结果表明,植物酸... 为研究植物酸对烟曲霉的抑制作用,以烟曲霉菌为试验材料,通过测定植物酸的最小抑菌浓度(MIC),以MIC和1/2MIC的植物酸液体培养烟曲霉,观察烟曲霉菌丝生长和分生孢子顶囊形态变化;并进行转录组测序,初步探讨其抑菌机制。结果表明,植物酸具有抑制烟曲霉生长的作用,最小抑菌浓度为20μL/mL。在1/2MIC植物酸培养烟曲霉时,菌丝生长受到抑制,菌丝形态及分生孢子顶囊部分发育不完全。转录组测序结果显示,差异基因代谢通路主要集中在代谢过程,其次是遗传信息处理。涉及上调基因数目较多的代谢通路主要包括氨基酸生物合成、核糖体、氧化磷酸化和氨酰tRNA生物合成。涉及下调基因数目较多的代谢通路主要是代谢通路,其次是次级代谢产物的生物合成、抗生素生物合成以及星形孢菌素生物合成。推测植物酸可能是通过干扰烟曲霉生长过程中的多个信号通路及多个相关基因的表达而实现抑制作用。 展开更多
关键词 植物酸 烟曲霉菌 最小抑菌浓度 转录测序 抑菌机制
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转录组测序研究内毒素诱导的人视网膜色素上皮细胞炎症反应的机制
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作者 余鹏 阳琳 +1 位作者 麦雨欣 雷博 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期192-198,共7页
目的转录组测序探讨内毒素(lipopolysaccharide,LPS)诱导的人视网膜色素上皮细胞(retinal pigment epithelium cells,ARPE-19)炎症反应的机制。方法将ARPE-19细胞分为空白对照组和LPS组,Real-time PCR检测炎症因子IL-6、IL-8和MCP-1的表... 目的转录组测序探讨内毒素(lipopolysaccharide,LPS)诱导的人视网膜色素上皮细胞(retinal pigment epithelium cells,ARPE-19)炎症反应的机制。方法将ARPE-19细胞分为空白对照组和LPS组,Real-time PCR检测炎症因子IL-6、IL-8和MCP-1的表达,Illumina Hiseq 2500用于转录组测序,DESeq2用于差异表达基因分析,采用GOseq R package和Omicsbean软件分别对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析;再将ARPE-19细胞和hRPE细胞分为空白对照组和LPS组,Real-time PCR验证RNA-seq结果中的关键基因。结果 LPS刺激ARPE-19细胞24 h后,炎症因子IL-6、IL-8和MCP-1在mRNA水平的表达显著升高(P <0. 01)。与空白对照组比较,LPS组有2 345个差异表达基因,其中上调的有1 594个,下调的有751个。GO和KEGG富集分析显示LPS激活了免疫相关通路和Toll-样受体、MAPK、HIF-1、TNF、PI3K-Akt、NOD-样受体、mTOR、VEGF信号通路以及转录因子JUN、JUNB、SRF、ATF4和AKT1、SRC基因。结论 LPS诱导的ARPE-19细胞炎症反应可能与PI3K-Akt-mTOR、NOD-样受体、VEGF信号通路及转录因子FOS、JUN、JUNB、SRF和AKT1、SRC基因的激活有关。 展开更多
关键词 内毒素 视网膜色素上皮细胞 转录测序 炎症
基于转录组信息的黑果枸杞WD40蛋白质家族分析 预览
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作者 严莉 陈建伟 +4 位作者 王翠平 仝倩 王晨 乔改霞 李健 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期482-489,共8页
WD40蛋白质为真核生物中一种常见蛋白质,广泛参与植物生长发育的多种生物过程,在蛋白质-蛋白质及蛋白质-DNA的相互作用中发挥重要作用。为系统分析黑果枸杞WD40蛋白质家族成员,本研究以黑果枸杞青色期、转色期和成熟期3个发育时期的果... WD40蛋白质为真核生物中一种常见蛋白质,广泛参与植物生长发育的多种生物过程,在蛋白质-蛋白质及蛋白质-DNA的相互作用中发挥重要作用。为系统分析黑果枸杞WD40蛋白质家族成员,本研究以黑果枸杞青色期、转色期和成熟期3个发育时期的果实转录组测序数据为基础,结合Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-prot、KEGG及GO 7个数据库和NCBI网站,对黑果枸杞WD40蛋白质编码基因进行筛选注释。结果表明,共得到77个黑果枸杞WD40蛋白质家族成员,黑果枸杞WD40蛋白质结构域组成多样,且在不同物种间高度保守;亚细胞定位预测分析表明,黑果枸杞WD40蛋白质家族成员多位于细胞核及细胞质中;黑果枸杞和拟南芥WD40蛋白质共建的系统进化树可分为五个亚家族;WD40蛋白质家族成员编码基因随果实发育的表达模式表明,黑果枸杞WD40蛋白质家族成员可能参与了其果实花青素的变化调控。本研究结果为枸杞WD40蛋白质的分离及功能研究奠定了一定的理论基础。 展开更多
关键词 黑果枸杞 转录测序 WD40蛋白 分层聚类分析 表达模式
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