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大麦AMT1基因家族的全基因组分析
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作者 李赢 王爽 +4 位作者 万华 吕超 王菲菲 郭宝健 许如根 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期3461-3467,共7页
植物铵转运蛋白(ammonium transporter,AMT)基因家族是重要的吸收与同化铵盐的基因家族,对调节植物的生长发育有重要的作用。AMT1基因家族属于高亲和铵态氮转运蛋白。为了解大麦AMT1基因家族成员在染色体上的分布、基因结构及组织表达... 植物铵转运蛋白(ammonium transporter,AMT)基因家族是重要的吸收与同化铵盐的基因家族,对调节植物的生长发育有重要的作用。AMT1基因家族属于高亲和铵态氮转运蛋白。为了解大麦AMT1基因家族成员在染色体上的分布、基因结构及组织表达性差异,本研究以公布的大麦栽培品种Morex的基因组数据为基础,在全基因组水平上采用生物信息学方法,以水稻、玉米、高粱、大豆、二穗短柄草和拟南芥AMT1基因家族为参考序列,利用同源比对的方法鉴定了大麦AMT1基因家族。结果表明,共鉴定出了5个AMT1基因,分别位于2H(HvAMT1.1,HvAMT1.2,HvAMT1.3)、3H(HvAMT1.4)和6H(HvAMT1.5)上,且这5个AMT1基因具有相似的编码区和核苷酸长度,串联重复事件是大麦AMT1基因家族的主要扩张方式;大麦AMT1基因的基因结构相似,不含内含子,只包含一个外显子;不同组织器官中HvAMT1基因的表达存在明显的差异,大麦HvAMT1.1和HvAMT1.3基因主要在幼苗期的根、茎和成熟期的衰老叶片中表达,大麦HvAMT1.5基因主要在大麦根系中表达,HvAMT1.2和HvAMT1.4基因在大麦所有组织器官中表达量都很低。本研究结果为大麦HvAMT1基因功能的解析提供了一定的参考。 展开更多
关键词 大麦 铵盐转运蛋白 进化树 表达谱
山东省一例山羊伪狂犬病的病原分离鉴定 预览
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作者 郑勤琴 吴发兴 +2 位作者 刘爽 段纲 李晓成 《中国动物检疫》 CAS 2019年第4期79-85,共7页
2017年4月,山东省某羊场饲养的山羊发生疑似伪狂犬病疫情。为确诊引发疫情的病原,采集死亡山羊组织样品,匀浆处理后接种家兔,并进行病原分离、PCR鉴定、效价测定、电镜观察及主要毒力基因测序分析。结果显示:家兔接种病料上清液后出现... 2017年4月,山东省某羊场饲养的山羊发生疑似伪狂犬病疫情。为确诊引发疫情的病原,采集死亡山羊组织样品,匀浆处理后接种家兔,并进行病原分离、PCR鉴定、效价测定、电镜观察及主要毒力基因测序分析。结果显示:家兔接种病料上清液后出现奇痒、麻痹,最后死亡;Marc145细胞接种病例样品后,产生变亮、变大、破裂,呈"包涵体"样等PRV特征性细胞病变,细胞分离物伪狂犬病病毒(PRV)g E PCR检测结果为阳性,病毒效价可达10-7.50 TCID50/0.1 m L,电镜观察可见病毒粒子呈圆形,有囊膜,直径约150 nm,将其命名为SDPD-17株。测序发现该毒株g E糖蛋白48、497位各插入了1个天冬氨酸,有12个氨基酸位点发生点突变;g C蛋白氨基酸序列64~70位出现了7个氨基酸(AASTPAA)插入;TK基因无碱基插入或缺失。分离鉴定结果证实,该病例由PRV野毒感染所致。 展开更多
关键词 伪狂犬病病毒 山羊 细胞病变 PCR GC基因 GE基因 进化树
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海南肉芝软珊瑚msh1基因的系统进化 预览
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作者 王沛政 李卫东 《海南热带海洋学院学报》 2019年第2期16-20,共5页
为了在分子水平上对软珊瑚进行分类和鉴定,以海南32份肉芝软珊瑚(Sarcophyton)与目前已知的Sarcophyton种msh 1基因序列进行系统进化树构建.结果在 msh 1碱基比对中发现,海南样本msh-11在序列717位置缺失单碱基;样本msh-50在序列632和65... 为了在分子水平上对软珊瑚进行分类和鉴定,以海南32份肉芝软珊瑚(Sarcophyton)与目前已知的Sarcophyton种msh 1基因序列进行系统进化树构建.结果在 msh 1碱基比对中发现,海南样本msh-11在序列717位置缺失单碱基;样本msh-50在序列632和652位置插入单碱基T;其余样品未见碱基插入和缺失.在所有已知 Sarcophyton种中,Sarcophyton pauciplicatum和Sarcophyton buitendijki 2个种分化时间最早;有6组其每组内Sarcophyton种msh1序列一致;海南样本msh-5与 Sarcophyton cinereum和Sarcophyton crassocaule 序列相同;样本Msh-6与 Sarcophyton cherbonnieri 亲缘关系最近.样本msh-21和msh-17与 Sarcophyton buitendijki 亲缘关系最近.样本msh-44与 Sarcophyton boettgeri 亲缘关系最近;样本msh-30和样本msh-38与Sarcophyton ehrenbergi亲缘关系最近;其中样本msh-8、msh-7、msh-12、msh-5、 msh-9和msh- 40与其他 Sarcophyton 种亲缘关系较远. 展开更多
关键词 肉芝软珊瑚 msh1 进化树
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2009-2015年广东地区少数民族献血者丙型肝炎病毒基因型分布的研究
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作者 许茹 杜荣松 +5 位作者 王敏 黄杰庭 廖峭 单振刚 戎霞 付涌水 《中国病毒病杂志》 CAS 2019年第5期351-356,共6页
目的了解广东地区少数民族献血者的丙型肝炎病毒(HCV)基因型分布以及不同基因型之间的进化距离。方法本研究收集2009-2015年广东地区少数民族献血者的HCV RNA阳性标本共44份,对其进行HCV E1基因的巢式PCR扩增并测序获得序列。通过MEGA ... 目的了解广东地区少数民族献血者的丙型肝炎病毒(HCV)基因型分布以及不同基因型之间的进化距离。方法本研究收集2009-2015年广东地区少数民族献血者的HCV RNA阳性标本共44份,对其进行HCV E1基因的巢式PCR扩增并测序获得序列。通过MEGA 7.0对上述标本进行基因分型,采用p-distance对广东地区汉族和少数民族感染的HCV的进化距离进行计算,并分析广东地区少数民族和汉族的基因分布差异。结果共获得少数民族献血者40条HCV E1基因序列,经分析其基因型主要为1b(13个)和6a(12个),其他依次为3a(5个)、3b(4个)、1a(3个)、2a(2个)和4a(1个)。相对于1b(χ^2=13.2,P<0.01)、3b(χ^2=4.37,P<0.05)、3a(χ^2=6.0,P<0.05)、2a(χ^2=10.98,P<0.01)和6a(χ^2=11.15,P<0.01),亚型4a在少数民族中的分布远远高于其在汉族中的分布。相对于1b(χ^2=19.07,P<0.01)、3b(χ^2=4.51,P<0.05)、3a(χ^2=6.86,P<0.01)、2a(χ^2=11.42,P<0.01)和6a(χ^2=15.69,P<0.01),亚型1a在少数民族中的分布远远高于其在汉族人群中的分布。少数民族感染的HCV进化距离远远大于汉族感染的HCV进化距离(t=-10.01,P<0.01)。结论广东地区少数民族感染的HCV基因型分布和汉族的基因型分布不同,并且,少数民族感染的HCV之间的进化距离大于汉族感染的HCV进化距离。 展开更多
关键词 丙型肝炎病毒 进化树 基因型 进化距离 少数民族
山东省猪瘟E^rns基因系统进化分析与表达模式的研究 预览
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作者 兰邹然 张月 +3 位作者 楚遵锋 徐淑华 田夫林 王金宝 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2019年第4期7-11,共5页
采用RT-PCR方法从山东省采集的怀疑携带猪瘟病毒(CSFV)的病料组织中扩增出全长为696bp囊膜糖蛋白ErnscDNA,其编码232个氨基酸的蛋白质,命名为SDCQ。通过构建E^rns蛋白家族系统进化树分析可知,山东省内流行的CS-FV毒株与传统强毒株和疫... 采用RT-PCR方法从山东省采集的怀疑携带猪瘟病毒(CSFV)的病料组织中扩增出全长为696bp囊膜糖蛋白ErnscDNA,其编码232个氨基酸的蛋白质,命名为SDCQ。通过构建E^rns蛋白家族系统进化树分析可知,山东省内流行的CS-FV毒株与传统强毒株和疫苗用毒株在主要抗原编码基因上存在较大差异。将阳性重组表达质粒pPIC9K/E^rns电转化GS115酵母菌,经筛选、鉴定、甲醇诱导表达,SDS-PAGE电泳分析,在培养液上清中检测到了目的蛋白E^rns,大约50kDa。Western Blot显示,E^rns是以同源二聚体的形式存在,且表达产物可以特异性识别CSFV抗体。 展开更多
关键词 猪瘟 Erns基因 进化树 表达
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北京市东城区2017-2018监测年度H3N2亚型流感病毒HA1基因进化分析
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作者 李艳宇 李姗姗 高鹏 《中国病毒病杂志》 CAS 2019年第2期144-148,共5页
目的了解北京市东城区2017-2018监测年度H3N2亚型流感病毒分离株HA1基因序列变异特征及进化情况。方法对北京市东城区2017年4月1日至2018年3月30日采集的流感样病例咽拭子进行核酸检测及病毒分离,将分离得到的12株H3N2亚型流感病毒进行... 目的了解北京市东城区2017-2018监测年度H3N2亚型流感病毒分离株HA1基因序列变异特征及进化情况。方法对北京市东城区2017年4月1日至2018年3月30日采集的流感样病例咽拭子进行核酸检测及病毒分离,将分离得到的12株H3N2亚型流感病毒进行HA1基因序列测定,通过DNAStar 5.0和MEGA 6.0软件与国际卫生组织(WHO)推荐的北半球2017-2018年流感疫苗株、2018-2019年流感疫苗株进行比对,绘制系统进化树。结果以2017-2018年流感疫苗株[A/HongKong/4801/2014(H3N2)-like virus]为参比序列,12株分离株中共发现HA1基因序列中20个氨基酸位点发生改变;涉及到2个抗原决定簇、受体结合位点(RBS)及附近位置。而2018-2019年推荐的疫苗株[A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016(H3N2)-like]氨基酸一些变异位点与12株分离株的氨基酸变异位点一致,差异较小。12株H3N2亚型流感病毒的HA1基因核苷酸同源性为96.35%~100.00%,氨基酸的同源性为94.97%~100.00%,与WHO推荐的2018-2019年疫苗株同源性更高;系统进化树显示,分离到的流感毒株大部分与2018-2019年推荐的疫苗株在一个大分支上,亲缘关系较近,与2017-2018年疫苗株距离较远,差异较大。结论 2017-2018监测年度北京市东城区H3N2亚型流感病毒的HA1基因特性发生了一定改变,与WHO推荐的2018-2019年新疫苗株匹配性更好,将为北京市流感监控发挥更好的保护作用。 展开更多
关键词 流感病毒 H3N2亚型 HA1基因 进化树 疫苗株
2017—2018年新疆B型Yamagata系流感病毒HA1基因特性分析
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作者 张璇 赵磊 +2 位作者 赵俊 郜振国 马合木提 《职业与健康》 CAS 2019年第9期1184-1188,共5页
目的了解2017—2018年新疆地区B型流感病毒Yamagata系血凝素(HA1)基因突变及其抗原变异情况。方法将2017—2018年新疆地区流感哨点医院采集的流感样咽拭子进行核酸检测和病毒分离,随机抽取分离得到的8株B型流感病毒Yamagata系进行HA1基... 目的了解2017—2018年新疆地区B型流感病毒Yamagata系血凝素(HA1)基因突变及其抗原变异情况。方法将2017—2018年新疆地区流感哨点医院采集的流感样咽拭子进行核酸检测和病毒分离,随机抽取分离得到的8株B型流感病毒Yamagata系进行HA1基因序列测定,对测序产物进行分析,用MEGA 5.0软件进行同源性比对、构建HA1基因进化树。结果抽取的8株B型流感病毒Yamagata系的HA1基因与WHO推荐的2018—2019年度北半球流感疫苗株B/Phuket/3073/2013比对,核苷酸同源性为89.2%~96.2%,氨基酸同源性为80.0%~90.7%,HA1区14个氨基酸位点发生替换。绘制的种系发生树显示,分离到的毒株与B/Phuket/3073/2013亲缘关系较近。结论新疆地区B型流感病毒Yamagata系的HA1基因发生变化,导致B型流感病毒抗原性发生改变,表明抗原变异在B型流感病毒中持续发生,流感病原学监测工作的开展对及时发现新的流感病毒变异株有重要意义。 展开更多
关键词 流感病毒 基因特性 进化树
CENPA基因在不同鸡种上的序列比较分析 预览
8
作者 郑圣晗 陈颖 +1 位作者 陈国宏 常国斌 《上海农业学报》 2019年第4期75-79,共5页
为找出不同鸡种CENPA基因序列上的差异,为鸡抗病育种研究提供基础材料,利用目标区域捕获测序技术对25个鸡种的CENPA基因进行序列测定.以NCBI网站上Gallus_gallus-5.0(GCF_000002 315.4)的CENPA基因序列为参照,利用MEGA 6.06软件对25个... 为找出不同鸡种CENPA基因序列上的差异,为鸡抗病育种研究提供基础材料,利用目标区域捕获测序技术对25个鸡种的CENPA基因进行序列测定.以NCBI网站上Gallus_gallus-5.0(GCF_000002 315.4)的CENPA基因序列为参照,利用MEGA 6.06软件对25个鸡种的基因序列进行比对分析,统计SNPs位点和InDel位点,并构建系统进化树.结果表明:CENPA的外显子没有丰富的多态性,CENPA内含子的丰富多态性主要体现在Intron4上.CENPA基因在Exon3具有保守性,在鸡的进化历史中稳定遗传.25个鸡种大致可被分为4大类,表明我国的地方鸡品种资源丰富,且之间的同源性较低,可为抗病育种的研究提供丰富的样本. 展开更多
关键词 CENPA基因 SNPS INDEL 进化树
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25个鸡品种DMB2基因序列比较分析 预览
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作者 刘本帅 郑圣晗 +8 位作者 原小雅 陈颖 张莘 王统苗 陈博雯 张扬 王志秀 常国斌 陈国宏 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第8期1961-1965,共5页
[目的]DMB2(major histocompatibility complex,class Ⅱ,DM beta 2)基因是鸡MHCⅡ类的典型基因座,通过比较不同鸡品种的DMB2基因序列探究该基因对鸡的免疫反应和抗病性的作用和意义。[方法]本研究对25个不同鸡种的DMB2基因序列进行目... [目的]DMB2(major histocompatibility complex,class Ⅱ,DM beta 2)基因是鸡MHCⅡ类的典型基因座,通过比较不同鸡品种的DMB2基因序列探究该基因对鸡的免疫反应和抗病性的作用和意义。[方法]本研究对25个不同鸡种的DMB2基因序列进行目标捕获测序,以NCBI上Gallusgallus的DMB2基因序列作为参考序列,通过MEGA6软件进行序列比对分析,筛选出不同鸡种DMB2基因序列上的SNPs和Indels位点以及氨基酸的变化,并根据基因序列的差异构建系统进化树,探究不同鸡种的同源性。[结果]结果表明DMB2基因表现其遗传多态性的同时呈现出较高的保守性,外显子上突变和插入缺失较少。进化树分析显示抗病性较强的鸡种广西黄鸡、SPF-来航鸡、藏鸡、雪山草鸡的同源性较高。[结论]不同鸡种中DMB2基因呈现出较高的保守性,在进化过程中不易发生突变,该基因在鸡的免疫反应中具有重要作用。 展开更多
关键词 DMB2基因 SNPS INDELS 进化树
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Alu元件在染色质三维结构层次上的生物信息学分析 预览
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作者 何超 沈文龙 +4 位作者 李平 张彦 曾晶 殷作明 赵志虎 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期254-261,共8页
染色质在细胞核内三维高级结构包括最底层的核小体、核小体组成的“串珠”结构、螺线管纤维结构、染色质/DNA环结构(chromatin/DNA loop)、拓扑结构域(topologically associated domain,TAD)等多层次结构。其中,TAD因在不同的细胞类型... 染色质在细胞核内三维高级结构包括最底层的核小体、核小体组成的“串珠”结构、螺线管纤维结构、染色质/DNA环结构(chromatin/DNA loop)、拓扑结构域(topologically associated domain,TAD)等多层次结构。其中,TAD因在不同的细胞类型中相对稳定且保守,被认为是染色质三维结构的基本单元。Alu元件是一种哺乳动物基因组中占据了较大比例的短散在重复元件,其广泛存在且种类繁多,目前关于Alu元件功能上的研究尚不透彻。本研究对Alu元件与染色质三维结构的关系进行研究,分析了Alu元件在染色质三维结构形成中的作用,并通过染色质三维结构上的距离关系对Alu元件子族的演化流程进行了探索。结果发现,Alu元件参与的染色质间相互作用在高强度的染色质相互作用中的比例随着强度增加而逐渐增高,表明Alu在染色质三维结构构建的过程中发挥了重要的作用。同时,研究还发现Alu元件在染色质上相互作用的强度与进化上的关系存在着一定的正相关性,表现在一维序列进化距离上比较接近的Alu元件在染色质的三维结构上也会彼此相互靠近。 展开更多
关键词 染色质三维结构 Alu元件 生物信息 进化树
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基于Cytb基因序列的双齿围沙蚕分子鉴定 预览
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作者 岑万 江鑫 +3 位作者 周翊韬 杨莹 林岗 黄镇 《福建农业科技》 2019年第5期7-11,共5页
为构建基于Cytb基因的双齿围沙蚕分子鉴定方法,以福建省沿海养殖的双齿围沙蚕(Perinereisaibuhitensis)为供试材料,采用DNA测序方法获得双齿围沙蚕的线粒体Cytb基因序列,并对其进行分子鉴定;进一步采用Mega4软件的邻接法(NJ法)构建沙蚕... 为构建基于Cytb基因的双齿围沙蚕分子鉴定方法,以福建省沿海养殖的双齿围沙蚕(Perinereisaibuhitensis)为供试材料,采用DNA测序方法获得双齿围沙蚕的线粒体Cytb基因序列,并对其进行分子鉴定;进一步采用Mega4软件的邻接法(NJ法)构建沙蚕亚科Cytb基因的进化树。结果表明:双齿围沙蚕的PCR扩增产物经测序和Blast比对后,双齿围沙蚕的Cytb基因序列长度为349bp,与NCBI数据库双齿围沙蚕有97%~99%的相似度,并没有与其他种沙蚕具有相似度;沙蚕亚科进化树中,双齿围沙蚕与多齿围沙蚕相聚,两者相聚后再与阔沙蚕属相聚,沙蚕属与环唇沙蚕属相聚、拟突沙蚕属与刺沙蚕属相聚;研究结果初步证实了线粒体Cytb基因序列可用于双齿围沙蚕的分子鉴定。 展开更多
关键词 双齿围沙蚕 CYTB基因 PCR鉴定 进化树
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贵阳花溪古茶树遗传进化的SNP分析
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作者 陈立杰 张素勤 +6 位作者 尹杰 宋勤飞 牛素贞 赵基英 陈丹萍 王胜威 耿广东 《西南大学学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期33-40,共8页
试验采用SNP(单核苷酸多态性)技术对贵阳花溪古茶树资源的遗传多样性、群体结构和遗传进化进行了分析.结果表明,利用生物信息学分析古茶树样品的重测序数据,获得了1656258个SLAF标签,古茶树样品平均测序深度为24.21x,其中多态性的SLAF... 试验采用SNP(单核苷酸多态性)技术对贵阳花溪古茶树资源的遗传多样性、群体结构和遗传进化进行了分析.结果表明,利用生物信息学分析古茶树样品的重测序数据,获得了1656258个SLAF标签,古茶树样品平均测序深度为24.21x,其中多态性的SLAF标签有462897个,共得到283376个高一致性的群体SNP标记.从基于SNP标记获得的进化树可以看出,来自相近地方的古茶树在进化树上基本上处于相近位置,但是花溪古茶树存在着广泛的遗传变异,主成分分析(PCA)获得了与进化树一致的结果.群体结构分析可清晰地把古茶树资源分为乔木型和灌木型2个类群.乔木型古茶树位于进化树下部,而灌木型古茶树处于进化树上部,表明茶树是由乔木型向灌木型进化的. 展开更多
关键词 古茶 特异位点扩增片段测序(SLAF-seq) SNP 进化树 PCA 遗传结构
微生物进化树构建方法 预览
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作者 李司宇 刘雪 +3 位作者 王文婧 卢松霖 郝雪萌 张杰 《现代农业科技》 2019年第19期249-250,253,共3页
进化树的构建是当代生命科学技术中最为重要的技术之一,可以分析未知微生物和已知微生物的亲疏关系,从而进一步获取微生物进化关系的重要证据。本文对微生物进化树的构建进行了研究,阐述了进化树的原理,梳理了相关的理论,同时全面地介... 进化树的构建是当代生命科学技术中最为重要的技术之一,可以分析未知微生物和已知微生物的亲疏关系,从而进一步获取微生物进化关系的重要证据。本文对微生物进化树的构建进行了研究,阐述了进化树的原理,梳理了相关的理论,同时全面地介绍了最常用的构建进化树的软件及其功能,详细地介绍了微生物进化树的构建方法,以期为更便捷地开展后续研究提供参考。 展开更多
关键词 微生物 进化树 构建
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基于ITS2条形码对龙虎山野生石斛资源的研究 预览
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作者 宋剑波 周松松 +6 位作者 杨坤 曽黎明 王胜难 王国鑫 何彬 王义华 黄长干 《安徽农业科学》 CAS 2019年第6期103-107,共5页
铁皮石斛是我国名贵中草药之一,位列“中华九大仙草”之首。选取江西龙虎山铁皮石斛样品中的31株样本进行品种鉴定,采用DNA条形码对31株样本进行ITS2序列分析,利用软件MEGA6.0对筛选得到的31个ITS2序列进行遗传距离的测定和进化树的构建... 铁皮石斛是我国名贵中草药之一,位列“中华九大仙草”之首。选取江西龙虎山铁皮石斛样品中的31株样本进行品种鉴定,采用DNA条形码对31株样本进行ITS2序列分析,利用软件MEGA6.0对筛选得到的31个ITS2序列进行遗传距离的测定和进化树的构建,确定其之间的亲缘关系,发现其中有6个品种为龙虎山特有品种,就此建立起江西龙虎山铁皮石斛资源库,为保护江西优质的石斛资源奠定理论基础。 展开更多
关键词 铁皮石斛 DNA条形码 进化树 分子鉴定
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ELF3基因与植物分类系统探讨 预览
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作者 冯媛媛 《现代商贸工业》 2019年第8期194-195,共2页
ELF3基因对植物生物钟的调节具有重要作用,而目前对ELF3基因在各种植物之间的序列与表达的差异还不够清楚,为此,用拟南芥等植物对该基因及其序列做出了分析。
关键词 ELF3基因 植物分类 进化树
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屋尘螨变应原第2组分序列多态性分析 预览
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作者 黄思怡 卞勇华 +1 位作者 李启松 马桂芳 《科技资讯》 2018年第29期242-243,共2页
目的运用生物信息学方法分析屋尘螨变应原第2组分进行氨基酸序列构成特点。方法使用NCBI数据库(美国国立生物技术信息中心,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)蛋白质数据库下载屋尘螨变应原第2组分各亚型的氨基酸序列。分别使用CLUSTALX2.1... 目的运用生物信息学方法分析屋尘螨变应原第2组分进行氨基酸序列构成特点。方法使用NCBI数据库(美国国立生物技术信息中心,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)蛋白质数据库下载屋尘螨变应原第2组分各亚型的氨基酸序列。分别使用CLUSTALX2.1、MAGA7进行序列比对和进化树构建。结果获得Derp2氨基酸序列共13个亚型,对Derp2氨基酸序列进行对比,有9处氨基酸序列发生变化,构建系统进化树显示进化树中Derp2亚型聚类成4簇。结论derp2氨基酸序列具有多态性,为进一步研究奠定基础。 展开更多
关键词 屋尘螨 Der P 2 多态性 进化树
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致犊牛肺炎牛支原体新疆北屯株的分离鉴定及oppF基因序列分析
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作者 张锐 柳旭伟 +2 位作者 朱玲 阮东 剡根强 《黑龙江畜牧兽医》 北大核心 2018年第19期115-117,121,241共5页
为确诊新疆北屯市某牛场致犊牛肺炎死亡的病原,试验无菌采集2头病死牛肺脏组织分离培养牛支原体,并进行特异性PCR鉴定及oppF基因的序列比对。结果表明:分离获得2株牛支原体,分别命名为M.bovis BT-1和M.bovis BT-2;2株分离株的菌落形态... 为确诊新疆北屯市某牛场致犊牛肺炎死亡的病原,试验无菌采集2头病死牛肺脏组织分离培养牛支原体,并进行特异性PCR鉴定及oppF基因的序列比对。结果表明:分离获得2株牛支原体,分别命名为M.bovis BT-1和M.bovis BT-2;2株分离株的菌落形态呈典型的"煎蛋样";PCR扩增出牛支原体oppF基因片段,与预期大小一致;2株分离株的oppF基因与国际牛支原体标准株PG45的同源性分别为97.3%和97.8%;与HB0801、CQ-70W在同一进化分支上,亲缘关系较近。 展开更多
关键词 牛支原体 分离 oppF基因 同源性 进化树
山西省獭兔源葡萄球菌16s基因序列及进化树分析
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作者 王国艳 孙乐天 +3 位作者 樊爱芳 曹亮 李燕平 任克良 《中国养兔》 2018年第5期7-9,共3页
为确诊山西省某獭兔养殖场病死獭兔的病原菌,本研究从病死獭兔肺脏中分离得到一株细菌,经16s分子鉴定为葡萄球菌,动物试验证实该菌株具有很强的致病性;为了确定该病原菌的来源,在该兔舍进行气溶胶样品采集,通过对气溶胶中葡萄球菌与脏... 为确诊山西省某獭兔养殖场病死獭兔的病原菌,本研究从病死獭兔肺脏中分离得到一株细菌,经16s分子鉴定为葡萄球菌,动物试验证实该菌株具有很强的致病性;为了确定该病原菌的来源,在该兔舍进行气溶胶样品采集,通过对气溶胶中葡萄球菌与脏器中分离出的葡萄球菌进行16s遗传进化分析,构建进化树。结果显示:病死獭兔体内的葡萄球菌与空气中的葡萄球菌在进化树的同一支上,其中獭兔体内的葡萄球菌与标准金黄色葡萄球菌的同源性达95%以上,空气中的葡萄球菌与标准金黄色葡萄球菌的同源性达94%以上,进一步揭示了环境空气中微生物对疾病的影响。 展开更多
关键词 肺脓肿 气溶胶 16s rDNA鉴定 金黄色葡萄球菌 进化树
不同鸡种TRNAL-AAG基因序列比较分析
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作者 潘睿 郑圣晗 +7 位作者 孔令琳 赵龙 张易 梁文双 杨婷 杨婷铄 陈国宏 常国斌 《中国家禽》 北大核心 2018年第20期14-17,共4页
本研究利用目标区域捕获测序技术对TRNAL-AAG(transfer RNA leucine(anticodon AAG))基因进行序列测定,找出不同鸡种TRNAL-AAG基因序列上的差异,为鸡抗病育种研究提供基础材料。利用MEGAX软件对25个鸡种和6种其他鸟类的基因序列... 本研究利用目标区域捕获测序技术对TRNAL-AAG(transfer RNA leucine(anticodon AAG))基因进行序列测定,找出不同鸡种TRNAL-AAG基因序列上的差异,为鸡抗病育种研究提供基础材料。利用MEGAX软件对25个鸡种和6种其他鸟类的基因序列进行比对分析,统计SNPs位点和Indel位点,并构建系统进化树进行分析。结果发现该基因SNP共19个,有义突变16个,均集中在序列第47位和第50位,可作为该基因有关抗病的候选SNPs位点。另外,该基因在25个鸡品种间高度保守,没有碱基插入或缺失且相似性高达98%,仅有雪山草鸡和北京油鸡存在一个有义突变,体现两品种在该基因上的多态性。进化树将31种鸟类分为两类:雪山草鸡和北京油鸡及所选6种鸟类聚为一类,其余鸡种聚为一类。说明鸟类品种间的同源性较小,不同鸟类品种TRNAL-AAG基因具有较为丰富的遗传多样性。 展开更多
关键词 TRNAL-AAG SNPS TRNA基因 进化树
2013-2015年北京市丰台区腹泻患者肠产毒性大肠埃希菌的MLST分型
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作者 余红 董晓根 +3 位作者 尉秀霞 秦萌 王兆娥 陈倩 《实用预防医学》 CAS 2018年第7期874-877,共4页
目的 了解2013-2015年北京市丰台区腹泻患者肠产毒性大肠埃希菌(ETEC)分布与分子分型特征,为ETEC的分子流行病学研究提供参考依据。方法 对2013-2015年北京市丰台区腹泻病例的粪便标本进行致病菌分离培养,采用MLST法,用e BURST V 3软... 目的 了解2013-2015年北京市丰台区腹泻患者肠产毒性大肠埃希菌(ETEC)分布与分子分型特征,为ETEC的分子流行病学研究提供参考依据。方法 对2013-2015年北京市丰台区腹泻病例的粪便标本进行致病菌分离培养,采用MLST法,用e BURST V 3软件和MEGA 5.0对分离株进行分子分型及进化树分析。结果 从1 599例腹泻病患者粪便标本中检出ETEC 58株,分离率为3.6%(58/1 599)。58株ETEC分离株MLST分型结果为共分成19个型别,部分试验菌株形成2个ST克隆群,分别为STC-6007、STC-3103,分别同属于一个进化分支,多数菌株的遗传关系较远,可能与菌株来源多样有关。结论 ETEC感染2013-2015年在丰台区腹泻疾患中占较高比例,ST-6010与ST-69是最主要的ST型别。 展开更多
关键词 致泻大肠埃希菌 MLST分型 管家基因 进化树
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