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蛤蚧及其混伪品基于12S rRNA序列的Bar-HRM鉴定研究 预览
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作者 苏燕燕 丁丹丹 +1 位作者 马婷玉 向丽 《中国现代中药》 CAS 2019年第9期1197-1205,共9页
目的:为实现蛤蚧与其常见混伪品的高效鉴别和掺伪检测,并建立蛤蚧中药材的DNA条形码-高分辨率熔解曲线(Bar-HRM)鉴别方法。方法:本研究收集了7个物种48份动物样品和10份蛤蚧粉。基于12S核糖体核糖核酸(12S rRNA)序列对蛤蚧及其6种常见... 目的:为实现蛤蚧与其常见混伪品的高效鉴别和掺伪检测,并建立蛤蚧中药材的DNA条形码-高分辨率熔解曲线(Bar-HRM)鉴别方法。方法:本研究收集了7个物种48份动物样品和10份蛤蚧粉。基于12S核糖体核糖核酸(12S rRNA)序列对蛤蚧及其6种常见混伪品进行高分辨率熔解曲线(HRM)鉴定研究并测序验证。采用HRM方法进行灵敏度和掺伪检测分析,并对市场蛤蚧粉进行检测验证。结果:蛤蚧及其6种常见混伪品均可通过12S rRNA-HRM曲线分析进行鉴别;可实现纳克级的准确检测,最低掺伪检测限为1%;10份市售蛤蚧粉中6份质量可疑。结论:基于12S rRNA序列的Bar-HRM技术可实现蛤蚧与其常见混伪品的准确鉴别,在掺伪检测中具有独特优势,对市场药材的快速检测及质量评估有一定应用价值。 展开更多
关键词 蛤蚧 12S核糖体核糖核酸基因 高分辨率熔解曲线 鉴别
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龟甲的特异性PCR及高分辨率熔解曲线技术鉴别方法研究 预览
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作者 张雪艳 袁媛 +2 位作者 胡启跳 蒋超 方成武 《中国现代中药》 CAS 2019年第9期1215-1220,共6页
目的:建立高效、稳定的龟甲Testudinis Carapax et Plastrum DNA鉴别方法。方法:利用龟甲的特异性聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)鉴别方法和高分辨率熔解曲线(HRM)鉴别方法,根据龟甲及其混伪品COI序列差异,寻找特异性... 目的:建立高效、稳定的龟甲Testudinis Carapax et Plastrum DNA鉴别方法。方法:利用龟甲的特异性聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)鉴别方法和高分辨率熔解曲线(HRM)鉴别方法,根据龟甲及其混伪品COI序列差异,寻找特异性单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点设计鉴别引物,并对PCR反应条件进行优化;并使用通用引物扩增COI区域,产物直接进行HRM分析。结果:当退火温度为60 ℃,循环次数为35,使用设计的龟甲特异性鉴别引物GJ-360.F/R进行PCR扩增,经扩增均获得约360 bp特异性鉴别条带,混伪品皆无条带;使用通用引物RonM-tl和Vl-tl进行PCR扩增,产物使用HRM分析,龟甲药材在模板DNA质量浓度为3.5~87.9 ng ·μL^-1 、引物浓度为0.2 μmol · L ^-1 、镁离子浓度为2.0 mmol · L ^-1 的条件下,龟甲药材标准熔解曲线为双峰,其 T m均值分别为(83.15±0.76)、(87.53±0.69 )℃。结论:特异性PCR和HRM均可作为一种快速准确鉴别龟甲正伪品的鉴定方法。 展开更多
关键词 龟甲 特异性聚合酶链式反应 分子鉴定 高分辨率熔解曲线
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HRM技术在梅花鹿茸及其混伪品药材鉴定中的应用
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作者 郭鑫 张旭 +5 位作者 任晓航 周红潮 时坤 李建明 宗颖 杜锐 《时珍国医国药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期1140-1143,共4页
目的采用高分辨率熔解曲线技术(HRM),基于SRY序列对梅花鹿茸及相关混伪品药材进行快速鉴别,为规范市场药材管理提供一个新的分子检测手段。方法购买梅花鹿茸及相关鹿茸药材进行DNA提取,选择SRY序列为鉴别序列,在退火温度为57℃,40个循... 目的采用高分辨率熔解曲线技术(HRM),基于SRY序列对梅花鹿茸及相关混伪品药材进行快速鉴别,为规范市场药材管理提供一个新的分子检测手段。方法购买梅花鹿茸及相关鹿茸药材进行DNA提取,选择SRY序列为鉴别序列,在退火温度为57℃,40个循环数的条件下,建立正品梅花鹿茸的熔解曲线模型,并对其DNA模板浓度、引物浓度进行筛选得到适宜范围。结果在DNA质量浓度为10~100 ng·μL-1、引物浓度为10μmol·L-1的条件下,正品梅花鹿茸药材的熔解曲线Tm值为(82.77±0. 03)℃。应用该方法检测市场随机收集的10份鹿茸产品,通过比较分析7份为正品梅花鹿茸,3份为驯鹿茸。进而将其PCR产物进行测序,加以验证。结论 HRM方法稳定、灵敏、重现性好,可以实现简单、快速、高通量、可视化的鹿茸药材鉴定。 展开更多
关键词 高分辨率熔解曲线 SRY 梅花鹿茸 分子鉴定
基于高分辨率熔解曲线的银杏SNP分型方法构建
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作者 吴雅琼 辛月 +3 位作者 王建文 祁铭 荣浩 徐立安 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第15期5066-5073,共8页
本研究旨在探究利用高分辨率熔解曲线(HRM)进行银杏SNP分型的最优体系。试验结果表明:使用Forget-Me-NotTMqPCR Master Mix Eva Green染料(10μL反应体系),引物浓度为0.1μmol/L,DNA浓度2.5 ng/μL情况下,银杏SNP分型能取得较好的区分... 本研究旨在探究利用高分辨率熔解曲线(HRM)进行银杏SNP分型的最优体系。试验结果表明:使用Forget-Me-NotTMqPCR Master Mix Eva Green染料(10μL反应体系),引物浓度为0.1μmol/L,DNA浓度2.5 ng/μL情况下,银杏SNP分型能取得较好的区分效果。结果显示本体系有高通量、方便快捷和经济实用等优势。本研究建立的银杏SNP基因分型体系适合一次试验对单位点、多个体情况下的SNP鉴定和快速分型。利用优化的HRM体系,从银杏转录组数据中筛选获得了22个阳性SNP位点,并在3个银杏地区(90个个体中)进行了分型验证。该方法将在林木遗传图谱构建、品种鉴别、遗传多样性研究等方面有广泛应用前景。 展开更多
关键词 银杏(Ginkgo biloba L.) 高分辨率熔解曲线 单核苷酸多态性 基因分型
高分辨率熔解曲线对痰液中结核分枝杆菌耐药性分析 预览
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作者 姚欣 黎彧利 朱艮苗 《新疆医科大学学报》 CAS 2019年第5期629-632,637共5页
目的利用高分辨率熔解曲线检测痰液中结核分枝杆菌的耐药性。方法取250例肺结核患者的痰样品进行涂片镜检和琼脂平板耐药性分析,通过实时PCR对耐药基因位点进行扩增。通过熔解曲线,将rpoB基因作为利福平抗性的生物标志物,将katG基因和i... 目的利用高分辨率熔解曲线检测痰液中结核分枝杆菌的耐药性。方法取250例肺结核患者的痰样品进行涂片镜检和琼脂平板耐药性分析,通过实时PCR对耐药基因位点进行扩增。通过熔解曲线,将rpoB基因作为利福平抗性的生物标志物,将katG基因和inhA启动子区域作为异烟肼抗性的生物标志物。比较药敏试验的结果和熔解曲线分析的结果,以评估灵敏度、特异性、阳性预测值和阴性预测值的参数。结果高分辨率熔解曲线对利福平耐药的敏感性为90.3%,特异性为90.4%,阳性预测值为84.8%,阴性预测值为94.0%。对异烟肼的耐药率为90.2%,特异性为93.9%,阳性预测值为91.1%,阴性预测值为93.3%。多药耐药结核病的敏感性、特异性、阳性预测值和阴性预测值分别为89.9%、90.6%、78.5%和95.9%。结论高分辨率熔解曲线分析可用于痰标本中多药耐药结核的快速诊断。 展开更多
关键词 高分辨率熔解曲线 结核病 耐药性
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大白猪MC4R、CDC16基因多态性及其与生长性状的关联分析 预览
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作者 赵聪哲 罗晓彤 +2 位作者 李兆华 张志彬 于永生 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第3期792-799,共8页
本研究旨在利用高分辨率熔解曲线(high resolution melt,HRM)分型方法检测大白猪黑素皮质素受体(melanocortin-4 receptor,MC4R)和细胞分裂周期蛋白16(cell divisioncy cle16,CDC16)基因的多态性,并对其与大白猪的生长性状进行关联性分... 本研究旨在利用高分辨率熔解曲线(high resolution melt,HRM)分型方法检测大白猪黑素皮质素受体(melanocortin-4 receptor,MC4R)和细胞分裂周期蛋白16(cell divisioncy cle16,CDC16)基因的多态性,并对其与大白猪的生长性状进行关联性分析。试验共采集246头大白猪的耳组织样提取基因组DNA,对小群体样本进行PCR扩增后,通过测序方法寻找两个基因在该群体中的多态性位点,针对已发现的多态性位点设计HRM专用引物,利用HRM方法对大群体进行多态性检测,将所得结果与大白猪生长性状进行关联性分析。结果表明,在MC4R基因序列中检测到1个突变位点2207A>G,2个等位基因:A和G,3个基因型:AA、AG和GG;在CDC16基因第18外显子上检测到了1个突变位点837T>C,2个等位基因:T和C,2种基因型:TT和CT。χ^2适合性检验结果显示,2个基因的基因型频率和等位基因频率在2个种群中分布差异不显著,符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05)。多态信息含量(PIC)分析显示,MC4R基因在2个群体中均处于中度多态(0.25<PIC<0.5),而CDC16基因在2个群体中均处于低度多态(PIC<0.25)。关联分析结果发现,MC4R基因对大白猪体重及日增重具有显著影响(P<0.05),CDC16基因对大白猪体高、体长和体重等均具有显著影响(P<0.05)。综上所述,MC4R与CDC16基因对大白猪的生长发育具有一定的影响,为后续大白猪肉质性状与生长性状的现代分子选育提供参考。 展开更多
关键词 大白猪 MC4R基因 CDC16基因 多态性 高分辨率熔解曲线
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刺参(Apostichopus japonicus)重要经济性状相关SNP标记的验证分析 预览
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作者 刘安然 廖梅杰 +5 位作者 李彬 王印庚 荣小军 张正 范瑞用 陈贵平 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2019年第1期101-109,共9页
本研究在前期构建的刺参(Apostichopus japonicus)高密度遗传连锁图谱和QTL分析的基础上,筛选出26个与体长、体重、体宽、棘刺总数、抗病力相关的SNP位点,设计出可用于HRM检测的SNP扩增引物13对。在扩大群体中利用HRM小片段法对这13个... 本研究在前期构建的刺参(Apostichopus japonicus)高密度遗传连锁图谱和QTL分析的基础上,筛选出26个与体长、体重、体宽、棘刺总数、抗病力相关的SNP位点,设计出可用于HRM检测的SNP扩增引物13对。在扩大群体中利用HRM小片段法对这13个刺参重要经济性状相关的候选SNP位点进行分型和多态性检测,并结合扩大群体的相关性状数据进行了QTL位点验证。多态性结果显示,13个位点中有3个单态性位点,其余10个多态性位点中有3个位点为低等位多态性,7个位点为中等位多态性。10个多态性位点的最小等位基因频率(MAF)介于0.016(SNP113)~0.332(SNP160)之间,平均值为0.173;各位点的观测杂合度(Ho)介于0.031(SNP113)~0.818(SNP9)之间,平均值为0.433;期望杂合度(Ho)介于0.031(SNP113)~0.834(SNP9)之间,平均值为0.402;多态信息含量(PIC)介于0.030(SNP113)~0.393(SNP160)之间,平均为0.248,有6个位点偏离HardyWeinberg平衡。QTL验证结果表明,SNP40和SNP160位点为与生长(体长、体重、体宽)相关的位点,各位点的优势基因型分别为SNP40(CC)和SNP160(AA);SNP88、SNP112和SNP126这3个位点为与抗病力相关的位点,各位点的优势基因型为SNP88(CC)、SNP112(AA)和SNP126(TT)。基于这5个位点构建生长和抗病二倍型,发现二倍型K1(CC AA TT)抗病力最强,S1(CC AA)、S3(CC AC)在生长方面优势显著,相关研究结果可为分子标记辅助育种在生产中应用提供基础数据。 展开更多
关键词 刺参 QTL位点 SNP 高分辨率熔解曲线 验证
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MMP-9和TIMP-1基因多态性与糖尿病足的相关性研究 预览
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作者 陈占玲 孙庆凯 +1 位作者 陈松锦 张秀薇 《现代医药卫生》 2019年第11期1627-1629,共3页
目的研究基质金属蛋白酶-9(MMP-9)和组织金属蛋白酶抑制物-1(TIMP-1)基因多态性与糖尿病足的相关性。方法采集健康者(72例)、2型糖尿病无糖尿病足患者(69例)和2型糖尿病糖尿病足患者(65例)外周抗凝血3mL,提取外周血基因组DNA,采用高分... 目的研究基质金属蛋白酶-9(MMP-9)和组织金属蛋白酶抑制物-1(TIMP-1)基因多态性与糖尿病足的相关性。方法采集健康者(72例)、2型糖尿病无糖尿病足患者(69例)和2型糖尿病糖尿病足患者(65例)外周抗凝血3mL,提取外周血基因组DNA,采用高分辨率熔解曲线技术检测MMP-9基因-1562C>T和TIMP-1基因-9830T>G位点基因型和等位基因频率。结果糖尿病足患者MMP-9基因-1562位点T等位基因频率明显高于健康者和无糖尿病足患者(P<0.05),TIMP-1基因-9830T>G基因型和基因频率与健康者、无糖尿病足患者比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论 MMP-9基因-1562T等位基因型可能是糖尿病足的易感因素。 展开更多
关键词 糖尿病足 基质金属蛋白酶-9 组织金属蛋白酶抑制剂-1 高分辨率熔解曲线 基因多态性
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基于高分辨率熔解曲线的常见五种皮肤癣菌分子鉴定
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作者 徐娟 吴伟伟 +4 位作者 郑文爱 赵飞 张玲 龚杰 张建中 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1323-1329,共7页
皮肤癣菌是浅表真菌感染的重要致病菌,常见致病菌种包括红色毛癣菌、趾间毛癣菌、絮状表皮癣菌、犬小孢子菌和内弯小孢子菌。本研究基于实时荧光PCR的高分辨率熔解曲线分析技术,以几丁质合成酶1为目标基因设计扩增引物,对经测序鉴定的上... 皮肤癣菌是浅表真菌感染的重要致病菌,常见致病菌种包括红色毛癣菌、趾间毛癣菌、絮状表皮癣菌、犬小孢子菌和内弯小孢子菌。本研究基于实时荧光PCR的高分辨率熔解曲线分析技术,以几丁质合成酶1为目标基因设计扩增引物,对经测序鉴定的上述5种皮肤癣菌进行熔解曲线分析,并在方法建立后,对已鉴定的临床菌株进行验证。实验结果表明,使用该方法上述5种皮肤癣菌均能扩增,并表现出不同的熔解曲线和熔解温度值,可有效区分;对其余对照菌及人基因均无法扩增,特异性为100%;临床菌株的熔解曲线分析结果与DNA测序结果一致。本研究提供了一种快速、准确鉴别5种常见皮肤癣菌的方法,可为临床应用和分子流行病学研究提供参考。 展开更多
关键词 荧光定量PCR 高分辨率熔解曲线 皮肤癣菌 几丁质合成酶1 分子鉴定
彭波半细毛羊BMP15和BMPR-IB基因突变与其产羔性的相关分析 预览
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作者 穆方方 王鑫 +3 位作者 徐雯洁 刘恩宇 次仁曲珍 张立 《淮北师范大学学报:自然科学版》 CAS 2019年第3期49-54,共6页
BMP15基因(bone morphogenetic protein 15,BMP15)和BMPR-IB基因(bone morphogenetic protein 1beta,BMPR-IB)是影响绵羊排卵率和产羔数的主效基因,对绵羊多羔性状有明显加性效应,可作为检测绵羊繁殖力的主要辅助标记.利用操作简便、灵... BMP15基因(bone morphogenetic protein 15,BMP15)和BMPR-IB基因(bone morphogenetic protein 1beta,BMPR-IB)是影响绵羊排卵率和产羔数的主效基因,对绵羊多羔性状有明显加性效应,可作为检测绵羊繁殖力的主要辅助标记.利用操作简便、灵敏度高等特点的高分辨率熔解曲线分析(High resolution melting curve,HRM),并结合测序技术,对63只彭波半细毛羊(产单羔羊56只、产双羔羊7只)BMP15和BMPR-IB基因的常见突变区域进行突变分析.结果表明:所有样本BMP15基因第718位、第747位、第755位、第871位和第896位,BMPR-IB基因233位和746位均未见DNA突变;仅23个样本的BMPR-IB基因1 078位发现T到C的杂合性突变.但经相关性检验分析,发现该杂合性突变与彭波半细毛羊的双羔性无关. 展开更多
关键词 高分辨率熔解曲线 BMP15基因 BMPR-IB基因 彭波半细毛羊
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大黄鱼FST基因SNP筛选及与生长性状相关性分析 预览
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作者 张玉 韩明星 +3 位作者 曹明月 赵亚运 李娟 薛良义 《核农学报》 CSCD 北大核心 2018年第5期883-891,共9页
为探索FST基因单核苷酸多态性(SNP)与大黄鱼生长性状的相关性,本研究采用直接测序和高分辨率熔解曲线(HRM)法分别进行SNP位点筛查和验证分型。结果共筛查到19个SNP位点,其中2个在外显子1,8个在外显子2,7个在外显子3,外显子4和外显子... 为探索FST基因单核苷酸多态性(SNP)与大黄鱼生长性状的相关性,本研究采用直接测序和高分辨率熔解曲线(HRM)法分别进行SNP位点筛查和验证分型。结果共筛查到19个SNP位点,其中2个在外显子1,8个在外显子2,7个在外显子3,外显子4和外显子5各1个,近端启动子区域未筛查到突变。位于外显子4的g.2169A〉C位点,AA基因型占96.8%,CC基因型占3.2%,多态信息含量为0.0600;位于外显子5的g.2998A〉G位点,AA基因型占63.2%,AG基因型占30%,GG基因型占6.8%,多态信息含量为0.2828,这2个位点均处于哈代-温伯格平衡状态。相关性分析表明,在g.2169A〉C位点,CC型个体各个生长性状(体重、体长、全长、体高)均大于AA型个体,但差异不显著(P〉0.05);g.2998A〉G位点,AG型个体各性状均值最大,GG型个体最小,但只在全长性状上基因型AG与GG存在显著性差异(P〈0.05),表明FST基因编码区的突变对大黄鱼的生长性状有一定的影响。本试验结果为大黄鱼育种中体型的选择提供了一定的理论依据。 展开更多
关键词 大黄鱼 卵泡抑素 高分辨率熔解曲线 单核苷酸多态性 生长性状
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HRM法在意大利蜜蜂抗白垩病相关SNP位点C2587245T检测中的应用 预览
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作者 许叔鹏 聂红毅 +2 位作者 罗婷 张明莲 苏松坤 《中国蜂业》 2018年第5期78-80,共3页
蜜蜂全基因组存在丰富的单核苷酸多态性(single nucleotide polynmrphism,SNP)分子标记,SNP分子标记的基因分型有多种方法,其操作难度、费用及所需时间都有差异,建立合适、易行、廉价的分型方法在分子辅助育种的实际应用中具有重... 蜜蜂全基因组存在丰富的单核苷酸多态性(single nucleotide polynmrphism,SNP)分子标记,SNP分子标记的基因分型有多种方法,其操作难度、费用及所需时间都有差异,建立合适、易行、廉价的分型方法在分子辅助育种的实际应用中具有重要意义。本研究利用高分辨率熔解曲线(High Resolution Melting,HRM)法对意大利蜜蜂幼虫抗白垩病相关单核苷酸多态性位点C2587245T进行检测,结果表明HRM法能够有效的对该位点进行基因分型,为意大利蜜蜂抗白垩病分子辅助选育提供较方便的检测方法,具有重要的理论价值和应用前景。 展开更多
关键词 蜜蜂 白垩病 高分辨率熔解曲线 单核苷酸多态性 基因分型
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高分辨率熔解曲线在CRISPR基因编辑检测和基因型鉴定中的应用 预览
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作者 贺文 吴婉婉 +3 位作者 陆平 薛志刚 盛哲津 祝献民 《同济大学学报:医学版》 CAS 2018年第4期17-21,共5页
目的 建立一种基于 PCR 和在线高分辨率熔解曲线(high.resolution melting curve, HRM)分析工具的检测方法,实现对 DNA 序列微小差异的快速检测. 方法 在 CRISPR 基因编辑检测和基因型鉴定中,采用两步PCR,分别对目的片段进行扩增和富... 目的 建立一种基于 PCR 和在线高分辨率熔解曲线(high.resolution melting curve, HRM)分析工具的检测方法,实现对 DNA 序列微小差异的快速检测. 方法 在 CRISPR 基因编辑检测和基因型鉴定中,采用两步PCR,分别对目的片段进行扩增和富集,并通过免费在线软件对 HRM 进行分析. 结果 HRM 分析结果显示,本实验所设计的 CRISPR 慢病毒系统未能对 COS7 细胞中的 RPE65 基因进行有效的基因编辑;而在瘦素突变大鼠的子代基因型中,HRM 可以明显区分杂合子和纯合子. 结论 HRM 能够快速鉴定 CRISPR 编辑和区分基因型. 展开更多
关键词 高分辨率熔解曲线 CRISPR 聚合酶链式反应 基因型
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基于HRM的常见伞形科香辛料快速鉴定 被引量:1
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作者 张梦婷 孙伟 +4 位作者 师玉华 邬兰 熊超 王彩霞 刘霞 《中国实验方剂学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第6期26-31,共6页
目的:4种香辛料小茴香、孜然、葛缕子、莳萝子与其混伪品蛇床子、防风子因外形特征相似,易混淆使用,带来安全隐患。针对鉴别困难的问题,建立高分辨率熔解曲线(HRM)分析法,以实现简便、快速鉴别的目的。方法:收集这4种香辛料及常见... 目的:4种香辛料小茴香、孜然、葛缕子、莳萝子与其混伪品蛇床子、防风子因外形特征相似,易混淆使用,带来安全隐患。针对鉴别困难的问题,建立高分辨率熔解曲线(HRM)分析法,以实现简便、快速鉴别的目的。方法:收集这4种香辛料及常见混伪品蛇床子、防风子共23份样本,作为参照样本,提取总DNA,基于内转录间隔区2(ITS2)序列通过聚合酶链式反应(PCR)进一步确定物种,并应用HRM技术建立检测方法和熔解曲线模型。香辛料市场收集这4种香辛料共17份样本,作为市场样本,通过HRM技术鉴定物种是否与标签相符。结果:小茴香、孜然、葛缕子、莳萝子、蛇床子、防风子的熔解曲线均表现出良好差异性,能明显区分开;17份市场样本中,编号N1和N3样品熔解曲线与标签显示的莳萝子熔解曲线具有明显差异,进一步测序结果显示二者均为毒芹子。结论:HRM技术能实现小茴香等伞形科香辛料及其混伪品间的可视化鉴别,可作为DNA条形码技术的有力补充,在中药资源鉴定中应用前景广阔。 展开更多
关键词 伞形科 香辛料 高分辨率熔解曲线 内转录间隔区2 DNA条形码 可视化鉴别 小茴香
高分辨率熔解曲线技术检测非小细胞肺癌患者胸水中EGFR基因突变 预览
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作者 谈云 陈姝颖 +3 位作者 汤俊明 乔国洪 何超 毛旭华 《中国肿瘤外科杂志》 CAS 2018年第3期5-8,共4页
目的探讨高分辨率熔解曲线(HRM)技术对非小细胞肺癌(NSCLC)患者胸水标本EGFR基因突变进行检测的可行性及临床意义.方法采用高分辨率熔解曲线技术检测30例非小细胞肺癌患者胸水标本EGFR基因18-21外显子基因突变,并与Sanger测序法检... 目的探讨高分辨率熔解曲线(HRM)技术对非小细胞肺癌(NSCLC)患者胸水标本EGFR基因突变进行检测的可行性及临床意义.方法采用高分辨率熔解曲线技术检测30例非小细胞肺癌患者胸水标本EGFR基因18-21外显子基因突变,并与Sanger测序法检测结果进行对比分析.结果HRM法检测胸水中EGFR基因18-21外显子突变总检出率为26.67%(8/30),Sanger测序法检测突变总检出率为23.33%(7/30).HRM法与Sanger测序法相比,敏感性为100%,特异性为95.83%,阳性预测值为88.89%,阴性预测值为100%.结论运用HRM技术对非小细胞肺癌患者胸水进行EGFR基因突变检测方法可行,适宜推广. 展开更多
关键词 高分辨率熔解曲线 非小细胞肺 胸水 EGFR基因突变
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三疣梭子蟹线粒体基因组单核苷酸多态性 预览
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作者 赵莲 李志辉 +4 位作者 张培 薛蓓 赖晓芳 高焕 阎斌伦 《水产学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期196-203,共8页
为获得三疣梭子蟹线粒体全基因组(mt DNA)SNP突变位点,本研究针对其mt DNA全序列设计了179对引物,采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对SNP进行了筛查。在179对引物中,有89对引物具有特异性扩增结果;进一步研究表明,89对引物中共有2... 为获得三疣梭子蟹线粒体全基因组(mt DNA)SNP突变位点,本研究针对其mt DNA全序列设计了179对引物,采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对SNP进行了筛查。在179对引物中,有89对引物具有特异性扩增结果;进一步研究表明,89对引物中共有22对引物的扩增区域含有SNP突变位点,共包含24个SNPs。统计结果显示,三疣梭子蟹线粒体基因组中的SNP分布频率为0.15/100 bp,其中转换突变比例为79.1%、颠换突变比例为16.6%;C/T(G/A)突变比率为79.1%、G/T(C/A)突变比率为8.3%、A/T突变与G/C突变的比率均各占4.16%。本研究中所获得的SNP位点分布于三疣梭子蟹线粒体基因组的11个区域,且分布不均。其中COX1基因区域的SNP数目最多,其次在D-LOOP、ND1基因区域分别为3和4个SNP位点;而t RNA、12S r RNA等其他区域尚未发现突变位点。本研究所建立的三疣梭子蟹线粒体全基因组SNP的快速筛查方法及发现的SNPs,为进一步开展三疣梭子蟹种质遗传资源多样性、增殖放流标记等方面的研究提供了分析工具。 展开更多
关键词 三疣梭子蟹 线粒体基因组 SNP 高分辨率熔解曲线
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玉米sbe1和bt2基因SNPs位点的筛选 预览
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作者 郭新梅 董冰 +3 位作者 葛兆鹏 裴玉贺 赵美爱 宋希云 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期223-229,共7页
【目的】本研究针对玉米淀粉合成相关基因sbe1和bt2获得SNPs位点并设计引物,进行HRM-PCR分型,根据结果找到相关基因对玉米淀粉合成方面的调控机理,从而为玉米育种的遗传改良和分子设计育种提供理论参考。【方法】本文提取普通玉米H21和... 【目的】本研究针对玉米淀粉合成相关基因sbe1和bt2获得SNPs位点并设计引物,进行HRM-PCR分型,根据结果找到相关基因对玉米淀粉合成方面的调控机理,从而为玉米育种的遗传改良和分子设计育种提供理论参考。【方法】本文提取普通玉米H21和紫糯96-619的基因组DNA后进行PCR扩增,测序并拼接出玉米淀粉合成相关基因bt2,sbe1的全长序列。【结果】进行亲本间序列比对,找到了20个SNPs位点,通过高分辨率熔解曲线(HRM),成功对171个高世代回交群体的SNPs位点分型。【结论】运用试验分析,总结了利用直接测序法和HRM进行SNPs位点的筛选和验证的优缺点,以期为大规模SNPs筛选技术提供参考。 展开更多
关键词 玉米 bt2 sbe1 单核苷酸多态性 高分辨率熔解曲线
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MNS杂交糖蛋白GP. Mur的高分辨率熔解曲线(HRM)基因分型
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作者 魏玲 姬艳丽 +4 位作者 张润青 王贞 温机智 付涌水 罗广平 《中国输血杂志》 2018年第6期596-599,共4页
目的采用高分辨率熔解曲线(HRM)基因分型方法对MNS杂交糖蛋白GP.Mur做基因分型并验证HRM基因分型方法的可靠性。方法收集254例献血者全血标本(广州地区献血者104例,澳大利亚华裔献血者150例),利用DNA提取试剂盒抽提基因组DNA;以HRM... 目的采用高分辨率熔解曲线(HRM)基因分型方法对MNS杂交糖蛋白GP.Mur做基因分型并验证HRM基因分型方法的可靠性。方法收集254例献血者全血标本(广州地区献血者104例,澳大利亚华裔献血者150例),利用DNA提取试剂盒抽提基因组DNA;以HRM基因分型方法对MNS杂交糖蛋白GP.Mur做基因分型;以多重连接依赖的探针扩增技术(MLPA)或血清学方法对GP.Mur阳性标本做确证试验,同时采用直接测序法对HRM检出的变异曲线标本确证。结果 HRM基因分型254例标本中杂合的GP.Mur有14例,其中11例GP.Mur阳性标本均来自广州献血者,经MLPA基因分型方法证实其基因型为GYP*Mur/GYPB,另外3例为澳大利亚华裔献血者标本,血清学试验证实红细胞表型为GP.Mur。此外,HRM方法还检出了4例变异曲线标本,测序结果显示这4例标本均在GYPB基因上携带有点突变。结论 HRM方法能准确地对GP.Mur糖蛋白做基因分型,该方法在突变扫描方面具有极大的优势。 展开更多
关键词 MNS杂交糖蛋白 GP.Mur 高分辨率熔解曲线 基因分型
高分辨率熔解曲线技术在大豆基因分型中的应用
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作者 李玉秋 王超越 +9 位作者 夏正俊 刘月 桑永生 袁翠平 赵洪锟 王玉民 刘晓冬 齐广勋 王英男 董英山 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2018年第18期6046-6054,共9页
高分辨熔解曲线(high resolution melting, HRM)分析技术是一种高效,快速,便捷的核苷酸检测方法。本实验从染料用量、模板浓度、产物片段长度3个方面探索了适宜HRM分析的最佳条件,并利用HRM技术对单核苷酸(single nucleotide polymor... 高分辨熔解曲线(high resolution melting, HRM)分析技术是一种高效,快速,便捷的核苷酸检测方法。本实验从染料用量、模板浓度、产物片段长度3个方面探索了适宜HRM分析的最佳条件,并利用HRM技术对单核苷酸(single nucleotide polymorphism, SNP)及插入/缺失(insertion-deletion, InDel)检测及基因分型等方面进行了分析。结果表明:10μL反应体系中,20×Eva Green饱和染料加入0.1-0.3μL,模板浓度加入10-200 ng不影响HRM分辨率;扩增产物长度在70-190 bp范围内,插入/缺失片段长度3-13 bp范围内,高分辨熔解曲线均有较好的分辨效果。利用HRM分析技术检测分析F4个体基因型,结果与PAGE电泳分析完全一致。本实验结果说明,HRM技术与传统凝胶电泳基因分型方法相比,具有操作简单、分辨率高、准确快速、成本低等优点,是基因型鉴定的最佳选择。 展开更多
关键词 大豆 高分辨率熔解曲线 基因分型
基于微流控高分辨率熔解曲线的基因分型研究
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作者 李志刚 吴晓松 +3 位作者 赵俊 朱灿灿 刘勇 朱灵 《中国激光医学杂志》 CAS 2018年第5期307-312,363,364共8页
目的建立一种用于人类乙醇脱氢酶2(acetaldehyde dehydrogenase 2, ALDH2)基因单核苷酸多态性位点准确快速分型的方法。方法将微流控芯片、实时荧光聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)与高分辨率熔解曲线技术相结合。采用... 目的建立一种用于人类乙醇脱氢酶2(acetaldehyde dehydrogenase 2, ALDH2)基因单核苷酸多态性位点准确快速分型的方法。方法将微流控芯片、实时荧光聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)与高分辨率熔解曲线技术相结合。采用聚合物材料制作微流控芯片,在确保熔解过程中温度变化的均一性和精确性的同时,可显著改善热能传输,提高热循环速度,缩短分析时间,从而实现对单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点的快速检测与分析。结果在自主研制的微流控高分辨率熔解曲线分析系统上,以标准质粒为实验材料,测试了该系统的最低检测限可达10 copies/μL。同时,成功地实现了人类ALDH2基因三种基因分型(AA/GG/AG)的检测。结论微流控高分辨率熔解曲线分析系统为ALDH2基因分型提供了一种准确快速的检测方法,对指导临床硝酸甘油的个性化用药具有重要意义。 展开更多
关键词 光学仪器 微流控芯片 高分辨率熔解曲线 单核苷酸多态性 基因分型 个体化用药
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