期刊文献+
共找到1,937篇文章
< 1 2 97 >
每页显示 20 50 100
高通量测序技术及其应用 被引量:113
1
作者 王兴春 杨致荣 +2 位作者 王敏 李玮 李生才 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期 109-114,共6页
高通量测序技术是DNA测序发展历程的一个里程碑,它为现代生命科学研究提供了前所未有的机遇。详细介绍了以454、Solexa和SOLiD为代表的第二代高通量测序技术,以HeliScopeTIRM和Pacific Biosciences SMRT为代表的单分子测序技术,以及最近... 高通量测序技术是DNA测序发展历程的一个里程碑,它为现代生命科学研究提供了前所未有的机遇。详细介绍了以454、Solexa和SOLiD为代表的第二代高通量测序技术,以HeliScopeTIRM和Pacific Biosciences SMRT为代表的单分子测序技术,以及最近Life Science公司推出的Ion Personal Genome Machine(PGM)测序技术等高通量测序技术的最新进展。在此基础上,阐述了高通量测序技术在基因组测序、转录组测序、基因表达调控、转录因子结合位点的检测以及甲基化等研究领域的应用。最后,讨论了高通量测序技术在成本和后续数据分析等方面存在的问题及其未来的发展前景。 展开更多
关键词 高通量测序 深度测序 下一代测序 基因组测序 转录组测序
高通量测序和DGGE分析土壤微生物群落的技术评价 被引量:85
2
作者 夏围围 贾仲君 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期1489-1499,共11页
【目的】比较新一代高通量测序与传统的变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)指纹图谱技术,评价两种技术研究土壤微生物群落结构的优缺点。【方法】针对新西兰典型草地和森林土壤,以16S rRNA基因为标靶,... 【目的】比较新一代高通量测序与传统的变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)指纹图谱技术,评价两种技术研究土壤微生物群落结构的优缺点。【方法】针对新西兰典型草地和森林土壤,以16S rRNA基因为标靶,通过高通量测序和DGGE技术分析土壤微生物群落的组成、丰度和多样性,比较两种方法在土壤微生物研究中的适用性。【结果】在不同的微生物分类水平,高通量测序草地土壤检测到22门,54纲,60目,131科,350属;而DGGE仅检测到6门,9纲,8目,10科,10属,表明DGGE显著低估了土壤微生物的群落组成。森林土壤也得到了类似规律,高通量测序的检测灵敏度是DGGE的3.8、6.7、6.4、19.2及39.4倍。进一步分析土壤中主要微生物类群的相对丰度,发现分类水平越低,高通量测序与DGGE的结果差异越大,尤其在科和属的水平上差异最大。以高通量测序结果为标准,DGGE明显高估了土壤中大多数微生物类群的相对丰度,最高可达2000倍。两种方法都表明草地土壤的多样性指数高于森林土壤,但DGGE多样性指数的绝对值远低于高通量测序结果。【结论】高通量测序能够较为全面和准确的反映土壤微生物群落结构,而DGGE仅能够反映有限的优势微生物类群,在很大程度上极可能低估土壤微生物的物种组成并高估其丰度。 展开更多
关键词 高通量测序 变性梯度凝胶电泳(Denaturing GRADIENT Gel Electrophoresis DGGE) 土壤微生物群落
16S rRNA基因在微生物生态学中的应用 预览 被引量:39
3
作者 刘驰 李家宝 +2 位作者 芮俊鹏 安家兴 李香真 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期2769-2788,共20页
16S rRNA(Small subunit ribosomal RNA)基因是对原核微生物进行系统进化分类研究时最常用的分子标志物(Biomarker),广泛应用于微生物生态学研究中。近些年来随着高通量测序技术及数据分析方法等的不断进步,大量基于16S rRNA基因的... 16S rRNA(Small subunit ribosomal RNA)基因是对原核微生物进行系统进化分类研究时最常用的分子标志物(Biomarker),广泛应用于微生物生态学研究中。近些年来随着高通量测序技术及数据分析方法等的不断进步,大量基于16S rRNA基因的研究使得微生物生态学得到了快速发展,然而使用16S rRNA基因作为分子标志物时也存在诸多问题,比如水平基因转移、多拷贝的异质性、基因扩增效率的差异、数据分析方法的选择等,这些问题影响了微生物群落组成和多样性分析时的准确性。对当前使用16S rRNA基因分析微生物群落组成和多样性的进展情况做一总结,重点讨论当前存在的主要问题以及各种分析方法的发展,尤其是与高通量测序技术有关的实验和数据处理问题。 展开更多
关键词 16S RRNA基因 微生物群落 多样性 高通量测序 生物信息数据处理
在线阅读 下载PDF
高通量测序技术在土壤微生物多样性研究中的研究进展 预览 被引量:35
4
作者 楼骏 柳勇 李延 《中国农学通报》 CSCD 2014年第15期256-260,共5页
为了阐明高通量测序技术在土壤微生物多样性研究中的应用前景,归纳介绍了Solexa、454和Ion Torrent等常用高通量测序技术的原理和优点,综述了近年高通量测序技术在土壤微生物物种多样性、结构多样性、功能多样性和遗传多样性四个方面应... 为了阐明高通量测序技术在土壤微生物多样性研究中的应用前景,归纳介绍了Solexa、454和Ion Torrent等常用高通量测序技术的原理和优点,综述了近年高通量测序技术在土壤微生物物种多样性、结构多样性、功能多样性和遗传多样性四个方面应用的研究进展,总结了高通量测序技术应用中存在的问题,并分析展望了其在土壤微生物多样性研究中的发展趋势。 展开更多
关键词 高通量测序 土壤微生物 微生物多样性 应用.
在线阅读 下载PDF
环境微生物的宏基因组学研究新进展 被引量:28
5
作者 孙欣 高莹 杨云锋 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期393-400,共8页
宏基因组学以环境中微生物的基因组的总和为研究对象,从而规避了传统方法中绝大部分微生物不能培养的缺陷,因此近年来在环境微生物学研究中得到了广泛应用。本文重点介绍了宏基因组学技术中关键的两类技术:即以罗氏454及Illumina为代... 宏基因组学以环境中微生物的基因组的总和为研究对象,从而规避了传统方法中绝大部分微生物不能培养的缺陷,因此近年来在环境微生物学研究中得到了广泛应用。本文重点介绍了宏基因组学技术中关键的两类技术:即以罗氏454及Illumina为代表的高通量测序技术和以基因芯片(GeoChip)为代表的基因芯片技术在微生物研究中的应用。测序技术可以发现新物种和新基因,但由于测序深度有限,定量性差,不易发现低丰度物种,且易受污染物干扰。芯片技术很好地克服了这些局限,但不易于发现新基因。本文介绍了这些技术近年来在气候变化、水处理工程系统、极端环境、人体肠道、石油污染修复、生物冶金等方面取得的部分代表性成果。在此基础上,对宏基因组技术在环境微生物研究方面的未来发展方向提出了预判和展望。我们认为由于两种技术各自的优缺点,今后将两类技术结合起来的综合研究会越来越多。另外,由于大量数据的处理方法已成为制约宏基因组学发展的瓶颈,相应的生物信息学技术开发将是未来科研的热点和难点。 展开更多
关键词 宏基因组学 生物信息学 高通量测序 基因芯片
454测序技术在微生物生态学研究中的应用 预览 被引量:19
6
作者 段曌 肖炜 +2 位作者 王永霞 赖泳红 崔晓龙 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2011年第5期 76-81,共6页
以Sanger法(双脱氧核苷酸末端终止法)为代表的第1代测序技术由于其成本高、速度慢、通量低等不足。满足不了大规模测序的要求。进入21世纪后,以Roche454为代表的第2代测序技术诞生了,454测序法作为一种高通量的测序方法,近年来已... 以Sanger法(双脱氧核苷酸末端终止法)为代表的第1代测序技术由于其成本高、速度慢、通量低等不足。满足不了大规模测序的要求。进入21世纪后,以Roche454为代表的第2代测序技术诞生了,454测序法作为一种高通量的测序方法,近年来已被广泛应用于微生物生态学研究中。介绍了该测序技术的原理和操作步骤,结合本实验室的研究成果,对近年来运用454测序技术在微生物生态学研究中的进展进行综述,并对其研究前景进行介绍。 展开更多
关键词 454测序 高通量测序 微生物多样性 宏基因组
在线阅读 下载PDF
基于高通量测序的ABR厌氧氨氧化反应器各隔室细菌群落特征分析 被引量:21
7
作者 陈重军 张海芹 +3 位作者 汪瑶琪 喻徐良 王建芳 沈耀良 《环境科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期2652-2658,共7页
为明确厌氧折流板反应器(ABR)稳定运行厌氧氨氧化反应后各隔室微生物群落结构特征,本文采用Miseq高通量测序分析技术,对ABR厌氧氨氧化反应器5个隔室的微生物分布规律进行了研究,结果表明,ABR反应器中脱氮微生物多样性较为丰富,变形菌... 为明确厌氧折流板反应器(ABR)稳定运行厌氧氨氧化反应后各隔室微生物群落结构特征,本文采用Miseq高通量测序分析技术,对ABR厌氧氨氧化反应器5个隔室的微生物分布规律进行了研究,结果表明,ABR反应器中脱氮微生物多样性较为丰富,变形菌门(Proteobacteria)占11.66%~20.28%,浮霉菌门(Planctomycetes)占2.18%~7.94%,硝化螺旋菌门(Nitrospirae)占0.19%~6.30%.其中,在ABR反应器中变形菌门占据主导地位,主要包含Rhodoplanes、Dok59、Rubrivivax和Bdellovibrio等菌属,浮酶菌门次之,主要包含Candidatus brocadia和Candidatus kuenenia菌属.从第1~5隔室,污泥表观红色逐渐减退,趋向于灰黑色,Chao、ACE、Shannon、Simpson指数均表明微生物群落丰富度逐渐增加,且变形菌门微生物逐渐增加,而浮霉菌门微生物逐渐降低,这与基质的降解和功能微生物的富集规律相一致. 展开更多
关键词 厌氧折流板反应器 隔室 厌氧氨氧化菌 群落特征 高通量测序
基于高通量测序的海滨雀稗转录组学研究 预览 被引量:21
8
作者 贾新平 叶晓青 +3 位作者 梁丽建 邓衍明 孙晓波 佘建明 《草业学报》 CSCD 北大核心 2014年第6期242-252,共11页
采用新一代高通量测序技术Illumina HiSeq 2000对海滨雀稗叶片转录组进行测序,结合生物信息学方法开展基因表达谱研究和功能基因预测。通过测序,获得了47520544个序列读取片段(reads),包含了4752054400个碱基序列(bp)信息。对reads... 采用新一代高通量测序技术Illumina HiSeq 2000对海滨雀稗叶片转录组进行测序,结合生物信息学方法开展基因表达谱研究和功能基因预测。通过测序,获得了47520544个序列读取片段(reads),包含了4752054400个碱基序列(bp)信息。对reads进行序列组装,获得81220个单基因簇(unigene),平均长度1077bp,序列信息达到了87542503bp。另外从长度分布、GC含量、表达水平等方面对unigene进行评估,数据显示测序质量好,可信度高。数据库中的序列同源性比较表明,46169个unigene与其他生物的已知基因具有不同程度的同源性。海滨雀稗转录组中的unigene根据GO功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程三大类48个分支,其中有大量unigene与代谢进程、结合活性和细胞进程相关。将unigene与COG数据库进行比对,根据其功能大致可分为25类。KEGG数据库作为参考,依据代谢途径可将unigene定位到112个代谢途径分支,包括苯丙氨酸代谢通路、植物与病原物互作、植物激素生物合成和信号转导、黄酮类化合物合成、萜类骨架生物合成、脂类代谢、RNA降解等。SSR位点查找发现,从81220个unigene中共找到22721个SSR位点。SSR不同重复基序类型中,出现频率最高的为A/T,其次是CCG/CGG和AGC/CTG。本研究首次对海滨雀稗转录组进行了分析,为草坪草的分子生物学研究提供了宝贵的基因组数据来源。 展开更多
关键词 海滨雀稗 转录组 高通量测序 基因注释 SSR
在线阅读 下载PDF
施肥及秸秆还田对砂姜黑土细菌群落的影响 预览 被引量:20
9
作者 王伏伟 王晓波 +4 位作者 李金才 叶爱华 王妍 车威 朱林 《中国生态农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期1302-1311,共10页
利用Illumina平台Miseq高通量测序技术对小麦分蘖期砂姜黑土耕层土壤细菌进行高通量测序,结合相关生物信息学分析,探讨了不施化肥秸秆不还田(CK)、施化肥秸秆不还田(F)以及不施化肥秸秆还田(W)3种处理土壤细菌群落组成、多样性和... 利用Illumina平台Miseq高通量测序技术对小麦分蘖期砂姜黑土耕层土壤细菌进行高通量测序,结合相关生物信息学分析,探讨了不施化肥秸秆不还田(CK)、施化肥秸秆不还田(F)以及不施化肥秸秆还田(W)3种处理土壤细菌群落组成、多样性和结构的变化。结果显示,测序共获得14 873个OTUs,计173 323条读数,平均读长439 bp。砂姜黑土细菌优势门(相对丰度〉10%)为变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes);优势纲(相对丰度〉10%)为α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、β-变形菌纲(Betaproteobacteria)、酸杆菌纲(Acidobacteria)、鞘脂杆菌纲(Sphingobacteriia)和γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria);优势属(相对丰度〉1%)共47个,3个处理中均有分布的优势属21个,F处理的细菌优势属的种类最多,为39个。相对丰度最大的门、纲和属分别是变形菌门(38.7%~43.1%)、α-变形菌纲(14.5%~18.1%)和鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)(4.6%~7.7%)。F处理细菌丰富度指数(Chao1指数和ACE指数)显著低于CK及W处理,W处理和CK处理土壤细菌丰富度指数无显著差异,与CK处理相比,F处理ACE指数降低22.8%。W处理土壤细菌Shannon多样性指数显著大于CK及F处理,W处理Shannon指数较CK处理提高4.1%,而F处理土壤细菌Shannon指数与CK处理无显著差异。F处理Simpson指数显著高于CK及W处理;F处理Simpson指数较CK处理提高38.1%,而W处理细菌Simpson指数最小,显著低于CK处理,较CK降低23.8%。分层聚类图显示在属的水平上,W处理和CK处理土壤细菌群落结构相似性较高,F处理与CK处理及W处理细菌群落结构差异较大。施化肥对土壤细菌优势类群组成、相对丰度及群落结构的影响大于秸秆还田,施化肥显著降低了土壤细菌丰富度,秸秆还田显著提高了土壤细菌的多样性。 展开更多
关键词 施化肥 秸秆还田 高通量测序 砂姜黑土 细菌群落
在线阅读 下载PDF
血浆游离DNA高通量测序用于21-三体综合征无创产前检测 被引量:19
10
作者 林颖 孟露露 +7 位作者 季修庆 张菁菁 马定远 成建 刘安 周静 胡平 许争峰 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期7-8,共2页
目的初步探讨高通量测序技术检测孕母血浆游离DNA用于21-三体综合征(T-21S)胎儿产前诊断的可行性。方法收集10例T-21S胎儿的孕母血浆和100例健康胎儿孕母血浆(均经过羊水细胞G显带核型确认),分别作为T-21S组和健康对照组,用高通量... 目的初步探讨高通量测序技术检测孕母血浆游离DNA用于21-三体综合征(T-21S)胎儿产前诊断的可行性。方法收集10例T-21S胎儿的孕母血浆和100例健康胎儿孕母血浆(均经过羊水细胞G显带核型确认),分别作为T-21S组和健康对照组,用高通量测序技术对两组标本进行检测,数据经生物信息学统计分析,并将两组测序结果与羊水细胞染色体核型结果比较,评价高通量测序技术的检测效果。结果 10例T-21S组和99例健康对照组的测序结果与羊水细胞染色体核型结果符合率为100%,另1例健康孕妇血浆因胎儿DNA浓度较低未达到检测要求。结论孕母血浆游离DNA高通量测序检测技术用于T-21S胎儿产前诊断具有无创伤、高通量、高准确率等优点,有重要的临床应用价值。 展开更多
关键词 高通量测序 无创产前诊断 21-三体综合征 血浆游离DNA
胎儿常见染色体非整倍体无创基因检测结果分析与遗传咨询 被引量:19
11
作者 林颖 胡平 +9 位作者 马定远 蒋馥蔓 季修庆 刘安 成建 张菁菁 周静 蒋涛 王威 许争峰 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期672-673,共2页
目的探讨无创基因检测技术在胎儿常见染色体非整倍体中的临床应用价值。方法应用高通量测序对7050份孕妇外周血浆进行胎儿21三体、18三体和13三体检测分析。结果7050份样本中,发现常染色体非整倍体阳性57例(0.81%),其中3例为假阳... 目的探讨无创基因检测技术在胎儿常见染色体非整倍体中的临床应用价值。方法应用高通量测序对7050份孕妇外周血浆进行胎儿21三体、18三体和13三体检测分析。结果7050份样本中,发现常染色体非整倍体阳性57例(0.81%),其中3例为假阳性,其余6993例阴性结果出生后随访,未发现21三体、18三体和13三体患儿。无创基因检测的敏感性为100%,特异性为99.96%。结论无创基因检测技术用于胎儿常染色体非整倍体的检测有较高的准确性,提高了产前筛查与诊断的效价比,降低了漏筛率。 展开更多
关键词 血浆游离DNA 高通量测序 染色体非整倍体 无创产前检测
鄱阳湖湖泊细菌群落组成及结构——以松门山为例 预览 被引量:18
12
作者 寇文伯 黄正云 +4 位作者 张杰 刘倩纯 刘芳鹏 刘以珍 吴兰 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第23期7608-7614,共7页
于2011年5月在鄱阳湖——松门山湖区采集底泥与表层水样,分别提取了表层水体浮游和底泥微生物基因组DNA,利用454高通量测序技术对细菌的16S rRNA基因进行了序列测定,分析了湖泊底泥细菌、水体浮游细菌群落结构特征。结果显示:底泥细菌O... 于2011年5月在鄱阳湖——松门山湖区采集底泥与表层水样,分别提取了表层水体浮游和底泥微生物基因组DNA,利用454高通量测序技术对细菌的16S rRNA基因进行了序列测定,分析了湖泊底泥细菌、水体浮游细菌群落结构特征。结果显示:底泥细菌OTUs(Operational Taxonomic Units)为1454,表层水体浮游细菌OTUs为269;底泥细菌群落比表层水体更加多样化,底泥细菌的物种数大大多于表层水体。同时,底泥细菌群落与表层浮游细菌群落结构存在显著差异。物种分类显示鄱阳湖底泥细菌种类隶属于20门,228属,其中优势种群为δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)、β-变形菌纲(Betaproteobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia);表层水体浮游细菌隶属于13门116属,优势种群为β-变形菌纲、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)。结果进一步揭示,无论是浮游细菌群落还是沉积物细菌群落,优势细菌种群的基因型多样性更高。 展开更多
关键词 细菌多样性 细菌群落组成 高通量测序 鄱阳湖
在线阅读 下载PDF
基于新一代高通量测序的环境微生物转录组学研究进展 被引量:17
13
作者 蔡元锋 贾仲君 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期401-410,共10页
环境微生物转录组学是一门新兴学科,它以复杂环境样品中的微生物mRNA为研究对象,利用近年兴起的RNA.Seq高通量测序技术,在整体水平上对环境微生物的基因表达水平和调控规律进行研究。本文概述了环境微生物转录组研究从样品的采集保... 环境微生物转录组学是一门新兴学科,它以复杂环境样品中的微生物mRNA为研究对象,利用近年兴起的RNA.Seq高通量测序技术,在整体水平上对环境微生物的基因表达水平和调控规律进行研究。本文概述了环境微生物转录组研究从样品的采集保存、RNA提取、mRNA的富集、cDNA合成直到高通量测序及数据分析的基本流程。总结了该技术面临的主要瓶颈:环境样品mRNA含量低、腐植酸等干扰杂质多、rRNA去除程度有限。针对RNA的提取、纯化以及mRNA的富集这些重点步骤,详细阐述了近年来在提高mRNA的得率与纯度上的方法学进展。重点介绍了高通量测序数据的处理及分析方法,从测序数据的质量控制、序列组装、rRNA的鉴定及去除、功能基因注释及分类到差异表达基因的鉴定。最后总结了近年来环境微生物转录组学在新基因的发现、不同环境条件下微生物的基因表达及调控规律研究、有机物的代谢路径分析等3个主要研究领域的广泛应用。随着测序技术及生物信息学分析工具的发展进步,环境微生物转录组学将具有更广阔的应用前景。 展开更多
关键词 转录组学 RNA—seq 高通量测序 环境微生物学
基于高通量测序技术分析肠道菌群及其影响因素的研究进展 被引量:18
14
作者 郑艺 张家超 +1 位作者 郭壮 张和平 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第11期157-164,共8页
目前大量研究结果表明肠道菌群组成和功能与宿主健康状态密切相关。应用高通量技术能够更详细、更深层地解析肠道菌群的组成与功能。本文概述了基于高通量测序技术对宿主肠道菌群研究的结果,总结出影响肠道菌群多样性的主要因素,为宿主... 目前大量研究结果表明肠道菌群组成和功能与宿主健康状态密切相关。应用高通量技术能够更详细、更深层地解析肠道菌群的组成与功能。本文概述了基于高通量测序技术对宿主肠道菌群研究的结果,总结出影响肠道菌群多样性的主要因素,为宿主肠道菌群的研究提供参考。 展开更多
关键词 高通量测序 肠道菌群 影响因素
高通量测序在食品微生物生态学研究中的应用 预览 被引量:17
15
作者 米其利 李雪梅 +4 位作者 管莹 高茜 桂永发 朱洲海 夭建华 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第23期302-308,共7页
随着分子生物学的发展,越来越多新的研究投入到对食品微生物的研究中。高通量测序作为一种新兴的分子生物学技术,具有数据产出通量高、分析全面、灵敏、快速等特点,被广泛用于食品微生物生态学的研究中。本文对高通量测序的操作流程及... 随着分子生物学的发展,越来越多新的研究投入到对食品微生物的研究中。高通量测序作为一种新兴的分子生物学技术,具有数据产出通量高、分析全面、灵敏、快速等特点,被广泛用于食品微生物生态学的研究中。本文对高通量测序的操作流程及其在食品微生物生态学研究中的应用进行总结,评价该技术的优势和局限性,并对其在食品微生物研究中的应用前景进行展望,以期为食品微生物生态学的研究提供参考。 展开更多
关键词 食品微生物生态学 高通量测序 多样性 微生物区系
在线阅读 下载PDF
长期施肥土壤微生物群落的剖面变化及其与土壤性质的关系 被引量:17
16
作者 李晨华 张彩霞 +4 位作者 唐立松 熊正琴 王保战 贾仲君 李彦 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期319-329,共11页
【目的】认识不同施肥模式对土壤微生物群落的长期影响及其与土壤理化属性的联系。【方法】利用新一代高通量测序技术,研究绿洲农田20年单施化肥(N300kg/hm2、P2O5150kg/hm2与K2O60kg/hm2)与化肥配施秸秆(同量的N与P肥配施5.4t秸秆... 【目的】认识不同施肥模式对土壤微生物群落的长期影响及其与土壤理化属性的联系。【方法】利用新一代高通量测序技术,研究绿洲农田20年单施化肥(N300kg/hm2、P2O5150kg/hm2与K2O60kg/hm2)与化肥配施秸秆(同量的N与P肥配施5.4t秸秆)对土壤剖面(0-300cm)微生物群落结构的影响。【结果】放线菌与α-变形菌为土壤表层(0-20cm)的优势类群。随土壤剖面深度的增加,放线菌相对丰度减少,而变形菌,特别是γ-变形菌与β-变形菌相对丰度增加,逐渐成为深层(20-300cm)土壤中的优势类群。长期施肥对整个土壤剖面的微生物群落结构均有显著影响,并且明显提高了0-40cm土层中氨氧化古菌的相对丰度。此外,农田管理模式如灌溉可能是氨氧化细菌在土壤垂直剖面的重要驱动因素。统计分析表明土壤全氮含量对表层土壤中微生物群落结构的影响最大,而有机碳含量则是影响深层土壤微生物群落的最重要因子。【结论】长期施肥改变了土壤剖面碳源与氮源的可利用量,导致了施肥处理间土壤微生物群落结构的差异,特别在剖面深层更为明显。 展开更多
关键词 土壤剖面 微生物群落 高通量测序 长期施肥 绿洲农田
高通量测序法对清香大曲真菌群落结构的分析 预览 被引量:16
17
作者 乔晓梅 赵景龙 +1 位作者 杜小威 张秀红 《酿酒科技》 2015年第4期28-31,共4页
利用微生物生态学方法客观分析清香大曲真菌群落结构有利于分析大曲功能,同时明确大曲功能菌。利用高通量测序法分析了冷季和热季清香白酒生产用曲真菌群落结构。结果表明,用不同的宏基因组DNA提供试剂盒,以及不同测序区域得到较为一致... 利用微生物生态学方法客观分析清香大曲真菌群落结构有利于分析大曲功能,同时明确大曲功能菌。利用高通量测序法分析了冷季和热季清香白酒生产用曲真菌群落结构。结果表明,用不同的宏基因组DNA提供试剂盒,以及不同测序区域得到较为一致的结果,清香大曲在热季和冷季的主要真菌类群相同,主要的真菌类群有霉菌和酵母,霉菌有Rhizopus oryzae(米根霉)和Lichtheimia corymbifera(伞枝犁头霉),酵母有Pichia kudriavzevii(库德毕赤酵母)和Saccharomycopsis fibuligera(扣囊复膜酵母),2种霉菌含量明显高于酵母,而且冷季酵母比例较热季明显减少。通过本实验可以确认清香大曲主要真菌类群有米根霉、伞枝犁头霉,酵母菌则比较少,主要有扣囊复膜酵母和库氏毕赤酵母。 展开更多
关键词 高通量测序 清香大曲 真菌群落结构 18S V4 ITS
在线阅读 下载PDF
16S rRNA测序技术在肠道微生物中的应用研究进展 被引量:15
18
作者 李东萍 郭明璋 许文涛 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期71-77,共7页
16S rRNA测序是高通量测序依赖的肠道微生物研究方法之一,该方法可以对肠道微生物中的所有菌种进行精确定量,因此正逐渐成为研究肠道微生物菌种丰度变化的主流。肠道微生物16S rRNA测序的应用过程中有两个问题至关重要,一是如何根据... 16S rRNA测序是高通量测序依赖的肠道微生物研究方法之一,该方法可以对肠道微生物中的所有菌种进行精确定量,因此正逐渐成为研究肠道微生物菌种丰度变化的主流。肠道微生物16S rRNA测序的应用过程中有两个问题至关重要,一是如何根据需要选择测序方案;二是面对高通量测序得到的海量数据,如何进行生物信息学分析,以得到具有生物学意义的结果。从测序平台、测序片段、测序数据量的选择3个方面讨论了如何选择测序方案,并从序列聚类与注释、群落结构分析、关键分类单位的筛选与功能分析等方面对目前常用的生物信息学分析手段进行综述。 展开更多
关键词 肠道微生物 16SrRNA 高通量测序
在线阅读 免费下载
高通量测序研究益生菌对小鼠肠道菌群的影响 预览 被引量:14
19
作者 曲巍 张智 +2 位作者 马建章 刘慧 雅男 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第1期214-219,共6页
采用高通量测序技术分析复合益生菌对昆明雄性小鼠肠道菌群的影响。利用0.9mg/(g·d)青霉素钠灌胃建立肠道菌群失调小鼠模型。将50只小鼠随机分为5组:空白对照组、自然恢复组、复合菌液高、中、低3个剂量组(复合益生菌浓度分别... 采用高通量测序技术分析复合益生菌对昆明雄性小鼠肠道菌群的影响。利用0.9mg/(g·d)青霉素钠灌胃建立肠道菌群失调小鼠模型。将50只小鼠随机分为5组:空白对照组、自然恢复组、复合菌液高、中、低3个剂量组(复合益生菌浓度分别为109、108、107CFU/mL)。0.2mL/(d·10g)连续灌胃14d后,收集小鼠粪便,采用高通量测序技术对各组小鼠粪便菌群进行分析。结果表明:复合菌液高剂量组小鼠肠道菌群物种多样性最高(ACE值为22101.63和Chao1值为13791.40),自然恢复组最低;另外,小鼠肠道中有益菌与致病菌比例在各组之间差异显著,复合菌液各剂量组中有益菌群的比例均大于自然恢复组,而致病菌比例最高的为自然恢复组(56.36%),因此复合菌液对小鼠的肠道菌群失调具有调节作用。 展开更多
关键词 益生菌 肠道菌群 高通量测序
在线阅读 下载PDF
基于高通量测序技术的连作杨树人工林土壤细菌多样性研究 被引量:15
20
作者 韩亚飞 伊文慧 +2 位作者 王文波 王延平 王华田 《山东大学学报:理学版》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期1-6,共6页
土壤细菌在土壤微生物中占有重要地位,在土壤环境中具有十分重要的生态功能。为了了解杨树人工林根际和非根际土壤的细菌群落结构,明确连作对杨树土壤细菌多样性的影响,采用454焦磷酸测序技术对连作杨树人工林根际土壤和非根际土壤... 土壤细菌在土壤微生物中占有重要地位,在土壤环境中具有十分重要的生态功能。为了了解杨树人工林根际和非根际土壤的细菌群落结构,明确连作对杨树土壤细菌多样性的影响,采用454焦磷酸测序技术对连作杨树人工林根际土壤和非根际土壤细菌群落多样性进行分析。结果表明,根际土壤共得到了3036个OTU,非根际土壤共得到了3051个OTU,两组样品共同包含的OTU共有1404个。两组土壤的共有细菌群落有12个,其中Pro-teobacteria、Acidobacteria、Actinobacteria为优势菌群。从丰富度指数Chao1和多样性指数Shannon角度分析,发现连作导致根际土壤和非根际土壤细菌的丰富度和多样性都有所下降,且根际土壤细菌群落的改变更为显著。 展开更多
关键词 连作人工林 根际和非根际土壤 细菌群落多样性 高通量测序
上一页 1 2 97 下一页 到第
使用帮助 返回顶部 意见反馈