期刊文献+
共找到150篇文章
< 1 2 8 >
每页显示 20 50 100
基于比较转录组学分析揭示中华蜜蜂及意大利蜜蜂幼虫的球囊菌抗性差异机制
1
作者 熊翠玲 杜宇 +6 位作者 王鸿权 郑燕珍 付中民 王海朋 张璐 陈大福 郭睿 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期106-114,共9页
为探究中华蜜蜂(Apis cerana cerana,以下简称中蜂)与意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,以下简称意蜂)幼虫的球囊菌(Ascospahaera apis)抗性差异产生的原因,利用Venn分析、GO分类分析、KEGG代谢通路分析以及Ka/Ks分析对二者的转录... 为探究中华蜜蜂(Apis cerana cerana,以下简称中蜂)与意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,以下简称意蜂)幼虫的球囊菌(Ascospahaera apis)抗性差异产生的原因,利用Venn分析、GO分类分析、KEGG代谢通路分析以及Ka/Ks分析对二者的转录组进行比较研究。Venn分析结果显示,中蜂与意蜂的同源基因有17 656个,归属于8 111个基因家族,二者的特有基因分别有1 158和241个,分别归属于468和86个基因家族。GO分类结果显示,中蜂和意蜂的特有基因分别富集在38和28个GO条目。KEGG代谢通路富集分析结果显示,中蜂和意蜂的特有基因分别富集于96和21个代谢通路;进一步分析发现中蜂的特有基因富集在内吞作用、溶酶体、泛素介导的蛋白水解和黑化作用等4个细胞免疫通路,以及MAPK信号通路和Toll-like受体信号通路等2个体液免疫通路,而意蜂仅有1个特有基因富集在MAPK信号通路。Ka/Ks分析结果显示受到强烈正向选择、弱正向选择、中性选择和负向选择的单拷贝同源基因分别有37、281、2 630和3 269个。对受到强烈正向选择的基因进行GO分类和KEGG代谢通路富集分析,GO结果显示中蜂和意蜂的单拷贝同源基因富集的GO条目类型相同;KEGG结果显示中蜂的单拷贝基因仅富集在氧化磷酸化。上述结果表明免疫相关基因数量的差异是二者的球囊菌抗性差异产生的重要原因之一,中蜂在与球囊菌的协同进化过程中可能通过提高能量利用从而限制球囊菌的增殖。本研究结果可为阐明中蜂及意蜂幼虫的球囊菌抗性差异产生的分子机制提供参考。 展开更多
关键词 中华蜜蜂 意大利蜜蜂 幼虫 比较转录组学 球囊菌
意大利蜜蜂幼虫肠道在球囊菌胁迫后期的差异表达微小RNA及其靶基因分析 预览
2
作者 郭睿 杜宇 +9 位作者 周倪红 刘思亚 熊翠玲 郑燕珍 付中民 徐国钧 王海朋 耿四海 周丁丁 陈大福 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期49-60,共12页
【目的】蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis(简称球囊菌)是一种特异性侵染蜜蜂幼虫肠道的致死性真菌病原。微小RNA(microRNA,miRNA)是一种在转录后水平对mRNA进行负调控的关键调控因子。本研究旨在对意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica(简称... 【目的】蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis(简称球囊菌)是一种特异性侵染蜜蜂幼虫肠道的致死性真菌病原。微小RNA(microRNA,miRNA)是一种在转录后水平对mRNA进行负调控的关键调控因子。本研究旨在对意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica(简称意蜂)幼虫肠道在球囊菌胁迫后期的差异表达miRNAs(DEmiRNAs)及其靶基因进行深入分析,为揭示DEmiRNAs在胁迫应答中的作用提供重要信息。【方法】利用small RNA-seq(sRNA-seq)技术对正常及球囊菌侵染的意蜂6日龄幼虫肠道(分别表示为AmCK和AmT)进行测序,通过相关生物信息学软件对DEmiRNAs进行预测和分析。利用TargetFinder软件预测DEmiRNAs的靶基因,然后利用Blast软件对靶基因进行GO和KEGG数据库的功能注释。通过Cytoscape软件构建DEmiRNAs与其靶mRNAs的调控网络。通过茎环实时荧光定量PCR(stem-loop RT-qPCR)验证测序数据的可靠性。【结果】AmCK和AmT的测序分别得到9 230 496和10 823 667条有效序列标签;AmCK vs AmT比较组中包含15个上调和6个下调miRNAs,分别结合3 503和3 252个靶基因,它们可分别注释到40和39个GO terms以及104和99条代谢通路;进一步分析发现调控网络中的17个DEmiRNAs靶向结合116个与丝氨酸蛋白酶相关的mRNAs,14个DEmiRNAs靶向结合54个与泛素介导的蛋白水解相关的mRNAs。Stem-loop RT-qPCR验证结果显示随机选择的4个DEmiRNAs(miR-251-x,miR-9277-y,miR-1672-x和miR-4968-y)的表达量变化趋势与测序结果一致,表明测序数据真实可信。【结论】本研究率先对意蜂幼虫肠道在球囊菌胁迫后期的DEmiRNAs及其靶基因进行预测与分析,提供了miRNAs的表达谱和差异表达信息。ame-miR-927b,miR-429-y和miR-8440-y等DEmiRNAs可能参与对丝氨酸蛋白酶的调控和对泛素介导的蛋白水解的调控,DEmiRNAs与靶基因之间存在复杂的调控网络关系。DEmiRNAs可参与到意蜂幼虫肠道与球囊菌间的互作。 展开更多
关键词 意大利蜜蜂 蜜蜂球囊菌 胁迫应答 微小RNA 免疫防御 靶基因
在线阅读 下载PDF
意大利蜜蜂幼虫肠道在球囊菌侵染前期的差异表达microRNA及其调控网络 预览
3
作者 郭睿 杜宇 +9 位作者 童新宇 熊翠玲 郑燕珍 徐国钧 王海朋 耿四海 周丁丁 郭意龙 吴素珍 陈大福 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期166-180,共15页
【目的】微小RNA(microRNA,miRNA)是一类重要的基因表达调控因子,可影响宿主与病原间的互作过程。蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis)是一种特异性侵染蜜蜂幼虫的致死性真菌病原。本研究旨在对意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂... 【目的】微小RNA(microRNA,miRNA)是一类重要的基因表达调控因子,可影响宿主与病原间的互作过程。蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis)是一种特异性侵染蜜蜂幼虫的致死性真菌病原。本研究旨在对意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)幼虫肠道在球囊菌胁迫前期的差异表达miRNA(differentially expressed miRNA,DEmiRNA)及其靶基因进行深入分析,在miRNA组学水平探究意蜂幼虫在球囊菌侵染前期的胁迫应答,并通过构建显著DEmiRNA的调控网络筛选出与宿主应答相关的关键miRNA。【方法】利用small RNA-seq(sRNA-seq)技术对正常及球囊菌侵染的意蜂4日龄幼虫肠道(AmCK和AmT)进行高通量测序,首先对原始数据进行质控和评估,随后将过滤后的数据与西方蜜蜂(Apis mellifera)参考基因组进行比对;将比对上的序列标签(tags)注释到miRBase数据库,得出已知miRNA的表达量;通过TPM(tags per million)算法对各样本中miRNA的表达量进行归一化处理,以|log2 fold change|≥1且P≤0.05作为标准筛选得到显著DEmiRNA;利用TargetFinder软件预测显著DEmiRNA的靶基因,并对其进行GO和KEGG代谢通路(pathway)富集分析。利用Cytoscape软件对miRNA-mRNA调控网络进行可视化。最后,利用茎环反转录PCR(Stem-loop RT-PCR)和荧光定量PCR(qPCR)验证测序数据的可靠性。【结果】AmCK和AmT样品的测序分别得到13 553 302和10 777 534条原始读段(raw reads),经严格过滤后得到的有效读段(clean reads)数分别为13 186 921和10 480 913条。各样品的生物学重复间的Pearson相关性系数分别在0.9822和0.9508以上。共有10个显著DEmiRNA,包括4个上调miRNA和6个下调miRNA。显著DEmiRNA在AmT的整体表达水平低于AmCK。10个显著DEmiRNA可靶向结合3 788个靶基因,其中上调miRNA的1 240个靶基因可注释到GO数据库中的39个GO条目,主要富集在结合、细胞进程、代谢进程和应激反应等;下调miRNA的749个靶基因可注释到34个GO条目, 展开更多
关键词 意大利蜜蜂 幼虫肠道 发育 差异表达微小RNA 调控网络
在线阅读 下载PDF
西方蜜蜂的基因注释信息优化及新基因鉴定 预览
4
作者 郭睿 张璐 +3 位作者 熊翠玲 郑燕珍 付中民 陈大福 《上海交通大学学报:农业科学版》 2018年第3期39-44,共6页
西方蜜蜂(Apis mellifera)全基因组序列早在2006年就已公布,但其基因注释信息并不完善。本研究利用前期获得的意蜂幼虫肠道RNA-seq数据对西方蜜蜂基因组的已知基因进行结构优化,对新基因进行预测、鉴定和分析。利用Cufflink软件进行... 西方蜜蜂(Apis mellifera)全基因组序列早在2006年就已公布,但其基因注释信息并不完善。本研究利用前期获得的意蜂幼虫肠道RNA-seq数据对西方蜜蜂基因组的已知基因进行结构优化,对新基因进行预测、鉴定和分析。利用Cufflink软件进行转录本重构,进而与参考转录本序列进行比较,共对4 177个已公布西方蜜蜂基因的测序结果进行了优化,其中5′端延长、3′端延长、5′和3′端都延长的基因分别有2 383、2 392和2 384个。利用Cuffcompare软件将重构转录本与参考基因组进行比对,共预测出197个西方蜜蜂新基因,随机挑选20个新基因进行RT-PCR验证,有18对引物成功扩增出符合预期的目的片段。GO分类结果显示这些新基因涉及运输和代谢、能量代谢和信号分子和交互等21个GO terms。KEGG代谢通路(pathway)富集分析结果显示这些新基因富集于13个pathways,其中基因富集数最多的是细胞进程、单一有机体和结合。本研究为西方蜜蜂基因组信息提供了有益的补充和完善,也为新基因的功能研究打下了基础。 展开更多
关键词 西方蜜蜂 意大利蜜蜂 幼虫肠道 基因结构优化 新基因鉴定
在线阅读 免费下载
意蜂和中蜂工蜂翅的形态比较研究 预览
5
作者 崔建新 李卫海 +1 位作者 张中印 程千千 《河南科技学院学报:自然科学版》 2018年第1期15-19,共5页
对我国最为常见的两个人工饲养蜂种意蜂和中蜂前翅的肘脉指数和后翅翅钩数量进行比较研究.结果表明:两种蜜蜂之间存在极其显著的差异.意蜂工蜂的肘脉指数为2.43±0.39,中蜂工蜂的肘脉指数为3.63±0.11;意蜂后翅翅钩数量为20.70&... 对我国最为常见的两个人工饲养蜂种意蜂和中蜂前翅的肘脉指数和后翅翅钩数量进行比较研究.结果表明:两种蜜蜂之间存在极其显著的差异.意蜂工蜂的肘脉指数为2.43±0.39,中蜂工蜂的肘脉指数为3.63±0.11;意蜂后翅翅钩数量为20.70±2.08,中蜂后翅翅钩数量为18.55±1.15.提出东方蜜蜂黑蜜蜂亚种Apis cerana heimifeng为新异名,对蜜蜂属重要的亚种的中文命名错误进行了修订,最后对中蜂的形态学研究在蜜蜂育种工作中的意义进行了深入讨论. 展开更多
关键词 中蜂 意蜂 肘脉指数 翅钩 蜜蜂属
在线阅读 免费下载
中华蜜蜂和意大利蜜蜂为设施百香果授粉效果观察 预览
6
作者 黄仁才 高景林 +2 位作者 吴朝波 韩文素 赵冬香 《热带农业工程》 2018年第3期7-10,共4页
应用中华蜜蜂和意大利蜜蜂为百香果授粉,对其授粉行为和不同气候环境条件下的授粉效果进行对比观察。结果表明:中华蜜蜂和意大利蜜蜂在不同气候环境条件下的授粉效果有差异。相同温度、降雨气候因子下,中华蜜蜂授粉百香果坐果率比意大... 应用中华蜜蜂和意大利蜜蜂为百香果授粉,对其授粉行为和不同气候环境条件下的授粉效果进行对比观察。结果表明:中华蜜蜂和意大利蜜蜂在不同气候环境条件下的授粉效果有差异。相同温度、降雨气候因子下,中华蜜蜂授粉百香果坐果率比意大利蜜蜂更高。适宜气候条件下,中华蜜蜂授粉百香果坐果率达93%;不良气候影响下,中华蜜蜂授粉百香果坐果率大大高于意大利蜜蜂。中华蜜蜂能高效地完成百香果的授粉任务,且比意大利蜜蜂在百香果授粉上更具优势。 展开更多
关键词 中华蜜蜂 意大利蜜蜂 百香果 授粉
在线阅读 下载PDF
意大利蜜蜂幼虫肠道响应球囊菌胁迫的可变剪接基因分析 预览
7
作者 郭睿 陈恒 +6 位作者 张璐 赵浩宇 熊翠玲 郑燕珍 付中民 梁勤 陈大福 《上海交通大学学报:农业科学版》 2018年第3期1-6,共6页
为探讨可变剪接基因在宿主响应球囊菌(Ascosphaera apis)胁迫过程中的作用,基于前期已获得的意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica)幼虫肠道转录组数据进行可变剪接基因分析。在正常的意蜂4日龄幼虫肠道(AmCK),球囊菌胁迫的意蜂4... 为探讨可变剪接基因在宿主响应球囊菌(Ascosphaera apis)胁迫过程中的作用,基于前期已获得的意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica)幼虫肠道转录组数据进行可变剪接基因分析。在正常的意蜂4日龄幼虫肠道(AmCK),球囊菌胁迫的意蜂4、5和6日龄幼虫肠道(AmT1、AmT2、AmT3)中共鉴定出55 895个可变剪接事件,以外显子跨越和可变3′端剪接为主。各样品的共有可变剪接基因数为8 157个,AmT1、AmT2、AmT3的特有可变剪接基因数分别为207、334和542个。GO分类结果显示共有可变剪接基因分布在50个GO条目。KEGG代谢通路富集分析结果显示,共有可变剪接基因富集在290个pathway,基因富集数最多的是内质网蛋白加工、RNA运输和碳代谢。上述分析结果揭示了可变剪接基因在意蜂幼虫肠道响应球囊菌胁迫过程中的重要作用,为深入研究可变剪接基因的功能打下了基础。 展开更多
关键词 意大利蜜蜂 球囊菌 胁迫 可变剪接
在线阅读 免费下载
温度对中华蜜蜂和意大利蜜蜂个体主要抗寒生理指标的影响
8
作者 徐凯 牛庆生 +5 位作者 刘玉玲 陈东海 杜亚丽 郭丽娜 赵慧婷 姜玉锁 《应用昆虫学报》 CSCD 北大核心 2018年第5期889-895,共7页
【目的】为了探究中华蜜蜂Apis cerana cerana和意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica个体耐寒性差异的生理机制。【方法】本试验分别对20日龄的中华蜜蜂和意大利蜜蜂工蜂进行0、10、25℃持续4 h的温度处理,随后测定不同温度处理后两蜂... 【目的】为了探究中华蜜蜂Apis cerana cerana和意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica个体耐寒性差异的生理机制。【方法】本试验分别对20日龄的中华蜜蜂和意大利蜜蜂工蜂进行0、10、25℃持续4 h的温度处理,随后测定不同温度处理后两蜂种体内葡萄糖、甘油和氨基酸的含量。【结果】低温状态下中华蜜蜂体内葡萄糖含量显著降低,意大利蜜蜂在0℃组显著下降却在10℃组显著上升;中华蜜蜂体内甘油在低温环境下显著积累,意大利蜜蜂体内甘油水平在10℃时显著的上调却在0℃组无显著变化;中华蜜蜂体内17种氨基酸在各温度处理间显著变化,且多数的氨基酸含量表现出10℃组降低而0℃组积累的趋势,意大利蜜蜂体内只有15种氨基酸参与机体的抗寒机制,其中多数的氨基酸表现为低温环境下大量积累,仅有亮氨酸和精氨酸表现为低温时被转化消耗的现象。【结论】低温条件下可引起两蜂种体内葡萄糖、甘油和氨基酸含量的显著变化,初步推测蜜蜂体内可能存在"葡萄糖-甘油-氨基酸"的抗寒物质系统,但两蜂种在不同程度的低温处理后各生理指标的变化存在较大的差异,从一定程度上阐释两蜂种抗寒性的差异。本研究为蜜蜂个体抗寒生理机制的进一步研究提供基础数据,同时为蜜蜂抗寒新品系的选育提供理论依据。 展开更多
关键词 中华蜜蜂 意大利蜜蜂 生理指标 低温胁迫 抗寒物质系统
意大利蜜蜂幼虫肠道内球囊菌及其纯培养的高表达基因差异分析
9
作者 郭睿 李汶东 +6 位作者 陈大福 熊翠玲 郑燕珍 付中民 徐细建 黄枳腱 骆群 《微生物学通报》 CSCD 北大核心 2018年第2期368-375,共8页
【背景】球囊菌是一种典型的蜜蜂真菌性病原,特异性地侵染蜜蜂幼虫。目前,有关球囊菌在侵染过程中的基因表达规律的信息极为有限。【目的】通过深入分析胁迫意大利蜜蜂(意蜂)幼虫肠道的球囊菌及其纯培养的高表达基因(HEGs)差异,探... 【背景】球囊菌是一种典型的蜜蜂真菌性病原,特异性地侵染蜜蜂幼虫。目前,有关球囊菌在侵染过程中的基因表达规律的信息极为有限。【目的】通过深入分析胁迫意大利蜜蜂(意蜂)幼虫肠道的球囊菌及其纯培养的高表达基因(HEGs)差异,探索球囊菌在胁迫意蜂幼虫肠道后期与胁迫前的基因表达规律。【方法】利用RNA-Seq技术对球囊菌胁迫的意蜂6日龄幼虫肠道(Aam T)及球囊菌纯培养(AaCK)进行深度测序,根据FPKM值筛选得到球囊菌的HEGs,进而通过GO(Gene ontology)及KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析、Venn分析对上述HEGs进行功能预测和生物学意义挖掘。【结果】AaCK与Aam T的转录组测序共得到105 447 578条原始读段(Raw reads),经过滤得到88 466 344条有效读段(Clean reads),两端平均Q20为97.50%,平均Q30为93.81%。GO富集分析结果显示,AaCK的HEGs富集于26个GO terms,基因富集数最多的是细胞(22 Unigenes),其次是细胞组件(22 Unigenes)和代谢过程(21 Unigenes);Aam T的HEGs富集于22个GO terms,基因富集数最多的是催化活性(23 Unigenes),其次是细胞进程(18 Unigenes)和代谢过程(18 Unigenes)。KEGG代谢通路(Pathway)富集分析显示,AaCK的HEGs富集在109个Pathways上,基因富集数最多的是核糖体(179 Unigenes),其次是氨基酸生物合成(70Unigenes)和碳代谢(62 Unigenes);Aam T的HEGs富集在114个Pathways上,基因富集数量最多的是核糖体(178 Unigenes),其次是碳代谢(116 Unigenes)和氧化磷酸化(112 Unigenes)。Venn分析结果显示,AaCK与Aam T共有的HEGs有260个,二者特有的HEGs分别为2 161个和4 445个。【结论】提供了胁迫意蜂6日龄幼虫肠道的球囊菌及其纯培养的HEGs表达谱,揭示了球囊菌在胁迫前和胁迫后期的基因表达规律,也为阐明球囊菌致病的分子机理提供了有益的信息和线索。 展开更多
关键词 RNA-Seq 意大利蜜蜂 幼虫肠道 球囊菌 高表达基因
意大利蜜蜂幼虫肠道的miRNAs的生物信息学预测及分析
10
作者 熊翠玲 杜宇 +9 位作者 陈大福 郑燕珍 付中民 王海朋 耿四海 陈华枝 周丁丁 吴素珍 石彩云 郭睿 《应用昆虫学报》 CSCD 北大核心 2018年第6期1023-1033,共11页
【目的】蜜蜂肠道是食物消化和营养吸收的主要部位,同时也是抵御病原侵染的重要场所。本研究旨在对意大利蜜蜂Apismelliferaligustica(简称意蜂)幼虫肠道的microRNAs(miRNAs)及其靶基因进行深入分析,进而解析miRNAs在幼虫肠道发育和生... 【目的】蜜蜂肠道是食物消化和营养吸收的主要部位,同时也是抵御病原侵染的重要场所。本研究旨在对意大利蜜蜂Apismelliferaligustica(简称意蜂)幼虫肠道的microRNAs(miRNAs)及其靶基因进行深入分析,进而解析miRNAs在幼虫肠道发育和生长过程中的作用。【方法】利用small RNA-seq(sRNA-seq)技术对意蜂4、5和6日龄幼虫肠道进行测序,通过相关生物信息学软件对意蜂幼虫肠道的miRNAs进行预测及分析。利用TargetFinder软件预测miRNAs的靶基因,然后将靶基因通过BLAST软件进行GO和KEGG数据库的功能注释。利用Cytoscape软件构建miRNAs与其靶向结合的mRNAs的调控网络。【结果】意蜂幼虫肠道样品的测序共获得96 329 456条有效标签序列(Clean tags),预测出560个miRNAs,包括45个novelmiRNAs。上述miRNAs的长度主要分布在17-27nt之间,且不同长度的miRNAs的首位碱基偏向性具有明显差异。表达量聚类分析结果显示,331个miRNAs为4、5和6日龄幼虫肠道所共有且表达量较为稳定,随着发育时间延长,特有miRNAs的表达水平呈总体增加的趋势。利用TargetFinder软件共预测出16479个意蜂幼虫肠道的靶基因,其中有8132和3361个可分别注释到GO和KEGG数据库,进一步分析发现有224个靶基因注释在Wnt信号通路,分别有2个和27个靶基因与保幼激素和蜕皮激素的调控密切相关。【结论】本研究在全基因组水平对意蜂幼虫肠道的miRNAs进行预测和分析,研究结果不仅丰富了意蜂的miRNAs信息,也为深入研究意蜂幼虫肠道的生长发育机理打下了初步基础。 展开更多
关键词 意大利蜜蜂 幼虫肠道 生长发育 微小RNA 靶基因
意大利蜜蜂工蜂中肠的长链非编码RNA的预测、分析及鉴定
11
作者 熊翠玲 耿四海 +9 位作者 王心蕊 刘思亚 陈大福 郑燕珍 付中民 杜宇 王海朋 陈华枝 周丁丁 郭睿 《应用昆虫学报》 CSCD 北大核心 2018年第6期1034-1044,共11页
【目的】预测、分析和鉴定意大利蜜蜂Apismelliferaligustica工蜂中肠的长链非编码RNA(lncRNA),探究lncRNA的作用。【方法】结合lncRNA-seq技术和链特异性cDNA建库方法对意大利蜜蜂工蜂中肠进行深度测序;利用Perl脚本对原始数据进行过滤... 【目的】预测、分析和鉴定意大利蜜蜂Apismelliferaligustica工蜂中肠的长链非编码RNA(lncRNA),探究lncRNA的作用。【方法】结合lncRNA-seq技术和链特异性cDNA建库方法对意大利蜜蜂工蜂中肠进行深度测序;利用Perl脚本对原始数据进行过滤;联用CPC和CNCI软件对测序数据进行lncRNA预测,并比较lncRNA基因与其邻近的蛋白编码基因的结构特征;通过RT-PCR对随机选取的lncRNA进行鉴定;利用相关生物信息学软件对lncRNA、的上下游基因进行GO分类和KEGG代谢通路富集分析。【结果】意大利蜜蜂工蜂中肠样品的lncRNA-seq共得到1 956 118 858原始读段,经过滤得到1 946 489 304有效读段,共预测出6 353个lncRNA,它们较蛋白编码基因含有较少的外显子数、较短的转录本长度。通过RT-PCR验证了9个lncRNA的表达。lncRNA的上下游基因富集在42个GO条目和256条代谢通路,进一步分析结果表明这些lncRNA参与调控意大利蜜蜂工蜂中肠的新陈代谢和细胞生命活动等生物学过程。【结论】研究结果丰富了蜜蜂的lncRNA信息,也为阐明lncRNA在意大利蜜蜂工蜂中肠发育及胁迫响应过程中的作用打下了基础。 展开更多
关键词 意大利蜜蜂 中肠 lncRNA—seq技术 长链非编码RNA 上下游基因
三种化学感受蛋白在意大利蜜蜂成年工蜂中的时空表达水平研究
12
作者 王宇飞 施腾飞 +4 位作者 齐磊 刘芳 朱玉洁 侯超 余林生 《应用昆虫学报》 CSCD 北大核心 2018年第1期71-78,共8页
【目的】化学感受蛋白(Chemonsensory proteins,CSPs)是一类可溶性小分子蛋白质,广泛存在于昆虫的触角及其他感受器中,参与昆虫的化学感受行为,在昆虫化学感受系统中发挥重要的作用,本文旨在探究Amel-CSP1、Amel-CSP2和Amel-CSP... 【目的】化学感受蛋白(Chemonsensory proteins,CSPs)是一类可溶性小分子蛋白质,广泛存在于昆虫的触角及其他感受器中,参与昆虫的化学感受行为,在昆虫化学感受系统中发挥重要的作用,本文旨在探究Amel-CSP1、Amel-CSP2和Amel-CSP6在意大利蜜蜂成年工蜂中的时空表达水平及生理功能。【方法】首先通过荧光定量PCR技术检测了Amel-CSPl、Amel-CSP2和Amel-CSP6在哺育蜂和采集蜂的触角、头部、胸部、腹部和腿的表达水平;然后又对不同日龄工蜂(1,6,12,18,28日龄)触角中Amel—CSPI、Amel-CSP2和Amel-CSP6的表达情况进行检测。【结果】(1)Amel-CSP1在工蜂的触角和头部都有较高的表达水平,其在工蜂触角中的表达水平显著高于其他部位(P〈0.05);Amel.CSP2在哺育蜂触角中表达水平最高,显著高于其他部位(P〈0.05),而其在采集蜂头部的表达水平最高,显著高于其他部位(P〈0.05);Amel-CSP6在哺育蜂和采集蜂的头部表达量最高,其在触角、胸部也有较高表达水平。(2均mel.CSPl在工蜂触角中的表达水平随日龄的增长而增加,其在28日龄的表达水平显著高于其他日龄(P〈0.05);Amel.CSP2在1日龄和12日龄工蜂触角的表达量最高,显著高于其他日龄(P〈0.05);Amel-CSP6在28日龄工蜂触角中的表达水平最低,显著低于其他日龄(P〈0.05o【结论】Amel—CSP1、Amel—CSP2、Amel-CSP6在意大利蜜蜂成年工蜂中的表达具有明显的时空特异性,这对进一步探测意大利蜜蜂CSPs家族的生理功能提供了研究方向和理论基础,具有一定的生物学意义。 展开更多
关键词 意大利蜜蜂 工蜂 化学感受蛋白 时空表达 荧光定量PCR
利用转录组数据开发意大利蜜蜂的SSR分子标记
13
作者 郭睿 陈华枝 +5 位作者 庄天艺 熊翠玲 郑燕珍 付中民 陈恒 陈大福 《安徽农业大学学报》 CSCD 2018年第3期404-408,共5页
意大利蜜蜂(简称意蜂)是自然界重要的授粉昆虫,广泛用于世界各国的养蜂生产,具有很高的生态和经济价值。为了开发意蜂的SSR分子标记,利用MISA软件对基于前期获得的意蜂幼虫肠道转录组数据组装得到的12 115条unigenes进行搜索,共预测... 意大利蜜蜂(简称意蜂)是自然界重要的授粉昆虫,广泛用于世界各国的养蜂生产,具有很高的生态和经济价值。为了开发意蜂的SSR分子标记,利用MISA软件对基于前期获得的意蜂幼虫肠道转录组数据组装得到的12 115条unigenes进行搜索,共预测出分布于2 149条unigenes的6 312个SSR位点,其中主要的重复类型为二核苷酸重复(54.42%)和三核苷酸重复(32.49%),主要基元为AT/AT(31.2%)和AG/CT(18.6%)。进一步利用软件设计出18 444对特异性引物,随机选取24对引物对国内3个不同来源的意蜂幼虫样品进行SSR位点扩增,有22对成功扩增出目的片段。研究开发出的SSR分子标记可用于意蜂的种群遗传和分子进化等研究,结果表明利用转录组数据鉴定非模式生物SSR位点的方法可行且高效。 展开更多
关键词 转录组 意大利蜜蜂 SSR 特异性引物
意大利蜜蜂幼虫肠道发育过程中的差异表达microRNA及其调控网络 预览 被引量:1
14
作者 郭睿 杜宇 +10 位作者 熊翠玲 郑燕珍 付中民 徐国钧 王海朋 陈华枝 耿四海 周丁丁 石彩云 赵红霞 陈大福 《中国农业科学》 CSCD 北大核心 2018年第21期4197-4209,共13页
【目的】微小RNA(microRNA,miRNA)是一类在转录后水平对mRNA进行负调控的关键调控因子。本研究旨在通过分析意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)幼虫肠道发育过程中差异表达miRNA(differentially expressed miRNA,DEmi... 【目的】微小RNA(microRNA,miRNA)是一类在转录后水平对mRNA进行负调控的关键调控因子。本研究旨在通过分析意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)幼虫肠道发育过程中差异表达miRNA(differentially expressed miRNA,DEmiRNA)及其调控网络,提供miRNA的表达谱和差异表达信息,揭示DEmiRNA在幼虫肠道发育中的作用。【方法】利用small RNA-seq(sRNA-seq)技术对意蜂4、5和6日龄幼虫肠道样品(Am4、Am5和Am6)进行测序,将质控后的数据与西方蜜蜂(Apis mellifera)参考基因组进行比对,然后将比对上的序列标签(tags)注释到miRBase数据库,并利用TPM(tags per million)算法归一化处理所得miRNA的表达量,再通过相关生物信息学软件对miRNA进行表达量聚类、前体二级结构预测及差异表达分析。利用TargetFinder软件预测DEmiRNA的靶基因,使用Blast软件对靶基因进行GO和KEGG数据库注释,进而通过Cytoscape软件构建mi RNA-m RNA的调控网络。采用茎环实时荧光定量PCR(Stem-loop RT-qPCR)验证测序数据的可靠性。【结果】意蜂幼虫肠道样品的测序分别得到10 841 644、12 037 678和9 230 496条有效序列标签;Am4 vs Am5比较组包含16个上调和10个下调mi RNA,Am5 vs Am6比较组包含5个上调和7个下调mi RNA。其中,novel-m0031-3p为两个比较组所共有,并结合5个与蜕皮激素诱导蛋白相关的靶基因;二者的特有DEmi RNA数分别为25和11个。Am4 vs Am5的26个DEmi RNA结合5 742个靶基因,其中2 725个靶基因可注释到GO数据库中的46个GO term,并主要富集在结合、细胞进程、代谢进程和单组织进程等;Am5 vs Am6的12个DEmi RNA结合3 733个靶基因,且其中2 725个靶基因富集在结合、细胞进程、单组织进程和代谢进程等41个GO term;此外,两个比较组中的DEmi RNA分别有1 046和676个靶基因可注释到116和92条KEGG代谢通路,且Am4 vs Am5比较组的DEmi RNA的靶基因富集在Wnt信号通路、H 展开更多
关键词 意大利蜜蜂 幼虫肠道 发育 微小RNA 靶基因 调控网络
在线阅读 下载PDF
意大利蜜蜂工蜂中肠发育过程中长链非编码RNA的差异表达分析 预览 被引量:2
15
作者 郭睿 耿四海 +7 位作者 熊翠玲 郑燕珍 付中民 王海朋 杜宇 童新宇 赵红霞 陈大福 《中国农业科学》 CSCD 北大核心 2018年第18期3600-3613,共14页
【目的】长链非编码RNA(lncRNA)在真核生物的基因表达、表观遗传和细胞周期调控等方面发挥重要功能。本研究旨在探究意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)工蜂中肠发育过程中lncRNA的表达谱及其作用。【方法】利用RNA-se... 【目的】长链非编码RNA(lncRNA)在真核生物的基因表达、表观遗传和细胞周期调控等方面发挥重要功能。本研究旨在探究意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)工蜂中肠发育过程中lncRNA的表达谱及其作用。【方法】利用RNA-seq技术和链特异性建库方法对意蜂7和10日龄工蜂中肠(Am7、Am10)进行深度测序,下机的原始数据经过Perl脚本过滤得到高质量有效读段。利用bowtie工具将有效读段比对核糖体数据库,进一步利用TopHat2软件将未比对到核糖体数据库上的数据比对到参考基因组。利用CPC和CNCI软件对转录本的编码能力进行预测。通过RT-PCR对部分lncRNA进行鉴定。利用edgeR软件进行差异表达lncRNA(DElncRNA)分析,进而预测lncRNA的上下游基因,并对上下游基因进行GO及KEGG代谢通路富集分析。联用RNAhybrid、Miranda和TargetScan软件预测DElncRNA靶向结合的miRNA及miRNA靶向结合的靶基因,并通过Cytoscape软件构建DElncRNAs-miRNAs-mRNAs的调控网络。最后,通过RT-qPCR验证测序数据的可靠性。【结果】Am7和Am10的深度测序分别获得134 802 058和147 051 470条原始读段,经严格过滤分别得到134 166 157和146 293 288条有效读段;共得到3 890个DElncRNA,包括2 005个上调lncRNA与1 885个下调lncRNA。RT-PCR验证结果显示共有8个lncRNA能扩增出符合预期的目的片段,表明预测出的lncRNA真实存在。DElncRNA的上下游基因数为1 793个,它们涉及42个GO条目,包括代谢进程、发育进程、细胞进程、应激反应和免疫系统进程等;这些上下游基因还涉及251条代谢通路,包括碳代谢、嘌呤代谢和脂肪酸的生物合成等物质代谢通路,硫代谢、甲烷代谢和氧化磷酸化等能量代谢通路,Hippo信号通路、Wnt信号通路和Notch信号通路等信号通路,溶酶体、内吞作用和泛素介导的蛋白水解等细胞免疫通路,以及MAPK信号通路、Ja 展开更多
关键词 意大利蜜蜂 中肠 发育 长链非编码RNA 上下游基因
在线阅读 下载PDF
意大利蜜蜂4、5和6日龄幼虫肠道发育过程中差异表达基因的趋势分析 预览 被引量:4
16
作者 郭睿 解彦玲 +4 位作者 熊翠玲 尹伟轩 郑燕珍 付中民 陈大福 《上海交通大学学报:农业科学版》 2018年第4期14-21,29共9页
为探讨意大利蜜蜂(简称意蜂)幼虫肠道发育过程中的基因表达谱和基因差异表达信息,研究基于前期已获得的高质量的意蜂幼虫肠道转录组数据,利用STEM软件对意蜂4、5和6日龄幼虫肠道的差异表达基因(DEGs)进行趋势分析,进一步通过相关生... 为探讨意大利蜜蜂(简称意蜂)幼虫肠道发育过程中的基因表达谱和基因差异表达信息,研究基于前期已获得的高质量的意蜂幼虫肠道转录组数据,利用STEM软件对意蜂4、5和6日龄幼虫肠道的差异表达基因(DEGs)进行趋势分析,进一步通过相关生物学软件对显著上调趋势包含的DEGs进行GO与KEGG代谢通路富集分析及表达量聚类分析。趋势分析结果显示,5 920个DEGs共聚类在8个基因表达模式,其中935个DEGs聚类在1个显著上调趋势。GO富集分析结果显示,显著上调趋势包含DEGs富集于39个GO条目,富集基因数最多的为结合,其次是细胞进程和单组织进程。KEGG代谢通路富集分析结果显示,显著上调趋势包含DEGs富集于94个代谢通路,富集基因数最多的是嘌呤代谢、内质网蛋白质加工和内吞作用。表达量聚类分析结果显示,随着意蜂幼虫肠道发育时间的延长,代谢和免疫相关通路富集基因的表达水平逐渐增强。研究提供了意蜂幼虫肠道发育过程的基因表达谱和基因差异表达信息,揭示了基因表达规律,为深入研究意蜂幼虫肠道发育的分子机制打下了一定基础。 展开更多
关键词 意大利蜜蜂 幼虫 肠道发育 差异表达基因 趋势分析
在线阅读 免费下载
意大利蜜蜂工蜂中肠响应Nosema ceranae胁迫的高表达基因分析 预览
17
作者 郭睿 刀晨 +4 位作者 熊翠玲 郑燕珍 付中民 耿四海 陈大福 《环境昆虫学报》 CSCD 北大核心 2018年第5期1106-1112,共7页
东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae是专性寄生蜜蜂中肠上皮细胞的单细胞真菌,对意大利蜜蜂(意蜂)具有较强的侵染性。本研究利用RNA-seq技术对正常10d(Apis mellifera ligustica control group,AmCK)和N.ceranae胁迫10d的意蜂工蜂中肠(Apis... 东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae是专性寄生蜜蜂中肠上皮细胞的单细胞真菌,对意大利蜜蜂(意蜂)具有较强的侵染性。本研究利用RNA-seq技术对正常10d(Apis mellifera ligustica control group,AmCK)和N.ceranae胁迫10d的意蜂工蜂中肠(Apis mellifera ligustica treatment group,AmT)进行测序,共得到160847237100条原始读段,过滤后得到1066955298条有效读段。主成分分析结果显示AmCK与AmT测序样品的组内重复性较好,组间的基因表达模式差异明显。GO分类结果显示,AmCK与AmT的前100位高表达基因(HEGs)分别分布于32和33个GOterms,基因富集数最多的均为代谢进程。KEGG代谢通路(pathway)富集分析结果显示,AmCK的前100位HEGs富集在21个pathways,基因富集数最多的是内吞作用、信号通路和嘌呤代谢;AmT的前100位HEGs富集在26个pathways,基因富集数最多的是内吞作用、RNA转运和蛋白质的内质网加工。前100位HEGs的Venn分析结果显示AmCK与AmT的共有HEGs为87个,特有HEGs分别均为13个。研究结果揭示了N.ceranae胁迫意蜂工蜂中肠过程中的基因表达谱信息,也为解析N.ceranae致病的分子机理提供了有益信息和线索。 展开更多
关键词 RNA-SEQ 意大利蜜蜂 中肠 Nosemaceranae 高表达基因
在线阅读 下载PDF
影响越冬期意大利蜜蜂健康的病毒种类研究 预览 被引量:1
18
作者 陈功文 温政胜 +3 位作者 秦瑶 许瑛瑛 胡福良 郑火青 《浙江大学学报:农业与生命科学版》 CSCD 北大核心 2018年第2期223-229,共7页
通过比较分析3个蜂场共48群意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)越冬前与越冬后的病毒感染情况,及其中1个蜂场8群蜜蜂越冬期间病毒感染情况的变化,探究与越冬期蜜蜂健康紧密相关的病毒种类。结果表明,残翅病毒(Deformed w... 通过比较分析3个蜂场共48群意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)越冬前与越冬后的病毒感染情况,及其中1个蜂场8群蜜蜂越冬期间病毒感染情况的变化,探究与越冬期蜜蜂健康紧密相关的病毒种类。结果表明,残翅病毒(Deformed wing virus,DWV)、黑蜂王台病毒(Black queen cell virus,BQCV)和以色列蜜蜂麻痹病毒(Israeli acute paralysis virus,IAPV)在越冬意蜂群中感染率很高。与越冬后正常蜂群相比,濒临死亡蜂群的IAPV基因组拷贝数极显著提高,达到了1×10~9左右;出现蜂群死亡的蜂场在越冬期间,蜂群DWV基因组拷贝数呈下降趋势,IAPV基因组拷贝数呈上升趋势。以上结果表明,IAPV是影响越冬期意蜂健康的最主要病毒。 展开更多
关键词 意大利蜜蜂 越冬期 残翅病毒 黑蜂王台病毒 以色列蜜蜂麻痹病毒
在线阅读 下载PDF
意大利蜜蜂铁蛋白基因AmFer3HCH的克隆及其在温度胁迫下的应答 预览
19
作者 马荣琴 王林玲 +2 位作者 衡惠 周泽扬 李治 《昆虫学报》 CSCD 北大核心 2018年第9期1029-1039,共11页
【目的】本研究旨在克隆鉴定意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica铁蛋白基因AmFer3HCH,分析其在意大利蜜蜂应对温度胁迫时的组织表达变化,探讨铁蛋白AmFer3HCH在蜜蜂应对环境温度胁迫中的作用。【方法】PCR扩增意大利蜜蜂铁蛋白基因Am... 【目的】本研究旨在克隆鉴定意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica铁蛋白基因AmFer3HCH,分析其在意大利蜜蜂应对温度胁迫时的组织表达变化,探讨铁蛋白AmFer3HCH在蜜蜂应对环境温度胁迫中的作用。【方法】PCR扩增意大利蜜蜂铁蛋白基因AmFer3HCH的cDNA序列,并对其编码氨基酸序列进行生物信息学鉴定;实时定量PCR分析该基因在不同温度(40℃和5℃)胁迫下的意大利蜜蜂工蜂成虫胸、中肠和脂肪体中的表达变化。【结果】PCR扩增获得意大利蜜蜂铁蛋白基因AmFer3HCH,cDNA片段大小为507 bp,其核苷酸序列与GenBank意大利蜜蜂基因组数据库中的铁蛋白基因Fer3HCH(GenBank登录号:GB55416)的完全一致,确认为AmFer3HCH基因序列。AmFer3HCH鉴定为重链型铁蛋白,在系统进化上聚类于重链型铁蛋白分支,其氨基酸序列具有重链型铁蛋白特有的Fe 2+氧化酶活性中心,含有铁蛋白家族成员所共有的水合氧化铁成核中心和铁离子通道。实时定量PCR分析显示,与对照组相比在短时高温(40℃,0~48 h)胁迫过程中,AmFer3HCH在意大利蜜蜂工蜂成虫胸、中肠和脂肪体中的表达水平整体呈先上升、后下降再上升的趋势;在低温(5℃,0~6 h)胁迫处理过程中,中肠和脂肪体中AmFer3HCH基因的表达量呈先上升后下降趋势,而在胸中表达量逐渐下降。【结论】意大利蜜蜂铁蛋白AmFer3HCH为重链型铁蛋白,在意大利蜜蜂对极端温度胁迫的应答中扮演了重要的角色。 展开更多
关键词 意大利蜜蜂 铁蛋白 基因克隆 温度胁迫 表达分析
在线阅读 下载PDF
意大利蜜蜂工蜂中肠的环状RNA及其调控网络分析 预览
20
作者 熊翠玲 陈华枝 +9 位作者 陈大福 郑燕珍 付中民 徐国钧 杜宇 王海朋 耿四海 周丁丁 刘思亚 郭睿 《昆虫学报》 CSCD 北大核心 2018年第12期1363-1375,共13页
【目的】环状RNA(circRNA)在可变剪接、转录调控和来源基因的表达调控等方面具有重要功能。本研究旨在分析意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica工蜂中肠circRNA的数量、种类、结构特征和作用,并通过构建和分析circRNA的调控网络探索circ... 【目的】环状RNA(circRNA)在可变剪接、转录调控和来源基因的表达调控等方面具有重要功能。本研究旨在分析意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica工蜂中肠circRNA的数量、种类、结构特征和作用,并通过构建和分析circRNA的调控网络探索circRNA的调控功能。【方法】在实验室条件下人工饲养意大利蜜蜂工蜂,利用circRNA-seq技术对意大利蜜蜂7和10日龄成年工蜂中肠样品进行深度测序。利用find_circ软件从质控后的数据中预测circRNA。通过BLAST比对GO和KEGG数据库,对circRNA的来源基因进行功能和代谢通路注释。利用TargetFinder软件预测circRNA靶向结合的miRNA及miRNA靶向结合的mRNA,通过Cytoscape v.3.2.1软件对circRNA-miRNA和circRNA-miRNA-mRNA调控网络进行构建及可视化。通过设计背靠背引物和线性扩增引物RT-PCR对预测出的circRNA进行验证。【结果】意大利蜜蜂工蜂中肠样品的测序平均得到136 463 071条clean reads,去除rRNA后各样品的anchor reads均在136 779 122条及以上。共预测出10 833个circRNA,长度主要介于15~1 000 nt;上述circRNA的类型丰富,其中已注释的外显子circRNA数量最多,分布在西方蜜蜂1号染色体的circRNA数量最多,其次为8号染色体。CircRNA的来源基因可注释到包括结合、细胞进程和细胞在内的45个GO条目,以及包括内吞作用、内质网蛋白加工及核糖体在内的121条KEGG代谢通路,表明circRNA在意大利蜜蜂工蜂中肠的生长、发育、新陈代谢和细胞生命活动等生物学过程中发挥重要作用。进一步构建circRNA-miRNA和circRNA-miRNA-mRNA调控网络,分析结果显示部分circRNA可能作为竞争性内源RNA吸附结合microRNA,从而调控基因的表达水平。最后,对随机选择的3个circRNA的RT-PCR结果验证了其真实存在。【结论】本研究对意大利蜜蜂工蜂中肠中的circRNA进行预测、分析及鉴定。研究结果提供了中肠circRNA的数量、种类、结构特征� 展开更多
关键词 意大利蜜蜂 中肠 生物信息学 环状RNA 调控网络
在线阅读 下载PDF
上一页 1 2 8 下一页 到第
使用帮助 返回顶部 意见反馈