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生物信息分析细粒棘球绦虫EgA31蛋白T细胞及B细胞的优势抗原表位 预览
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作者 赵骁 张峰波 +5 位作者 王红英 闫芳 安梦婷 李玉娇 庞楠楠 丁剑冰 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2019年第7期1078-1083,共6页
背景:EgA31蛋白是参与成虫吸盘肌收缩的一类蛋白,是细粒棘球蚴绦虫保护性免疫中重要的候选疫苗分子。目的:应用生物信息学方法对细粒棘球绦虫EgA31蛋白进行分析,预测其可能的T细胞及B细胞优势抗原表位。方法:从GenBank中获取EgA31蛋白... 背景:EgA31蛋白是参与成虫吸盘肌收缩的一类蛋白,是细粒棘球蚴绦虫保护性免疫中重要的候选疫苗分子。目的:应用生物信息学方法对细粒棘球绦虫EgA31蛋白进行分析,预测其可能的T细胞及B细胞优势抗原表位。方法:从GenBank中获取EgA31蛋白的氨基酸序列(GenBank登记号为AAC21558.1),利用ProtParam在线程序分析EgA31蛋白的分子质量、理论等电点、氨基酸组成、原子组成、消光系数、不稳定系数和总平均疏水性,DNAstarProtein模块、SOPMA在线服务器分析蛋白二级结构,Phyre的同源建模服务器预测其蛋白质三级结构,最后通过ABCpred、BepiPred、SYFPEITHI、IDBE等软件联合预测细粒棘球绦虫EGA31蛋白的T细胞及B细胞的优势抗原表位。结果与结论:①EgA31蛋白由601个氨基酸组成,其中含有112个强碱性氨基酸,121个强酸性氨基酸,归类为不稳定且亲水性蛋白;②在线分析发现,EgA31蛋白的二级结构中α-螺旋约占82.36%,延长链约占4.16%,β-转角约占3.16%,无规则卷曲约占10.32%;③通过ABCpred、BepiPred、SYFPEITHI、IDBE等软件联合分析后预测了4段优势T细胞抗原、6段优势B细胞抗原以及1段T-B细胞联合表位;④生物学信息方法能较为全面地预测细粒棘球绦虫EgA31蛋白的优势T细胞及B细胞抗原表位,为进一步研制疫苗和检测试剂奠定了基础。 展开更多
关键词 细粒棘球蚴 包虫病 EGA31 生物信息技术 T细胞表位 B细胞表位 蛋白质二级结构 蛋白质三级结构 疫苗 优势抗原表位 组织构建 棘球蚴病 T淋巴细胞 B淋巴细胞 表位 蛋白质结构 二级 蛋白质结构 三级 组织工程
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B细胞表位预测研究进展 预览
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作者 羊红光 张立佳 成彬 《河北省科学院学报》 CAS 2019年第3期21-27,共7页
B细胞表位的鉴定是研制疫苗、疾病诊断的关键步骤,表位预测是研究蛋白质表位一种筛选技术,能降低传统方法的大量投入,大幅降低研制时间、研发经费投入、研究人员精力花费等。表位预测的计算工具和方法不断推出,但预测性能却难言理想。回... B细胞表位的鉴定是研制疫苗、疾病诊断的关键步骤,表位预测是研究蛋白质表位一种筛选技术,能降低传统方法的大量投入,大幅降低研制时间、研发经费投入、研究人员精力花费等。表位预测的计算工具和方法不断推出,但预测性能却难言理想。回顾B细胞表位预测的最新进展,梳理B细胞的研究趋势及有希望的方向。 展开更多
关键词 B细胞表位 表位鉴定 表位预测 计算方法
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羊种布鲁氏菌OMP16蛋白结构的生物信息学分析 预览
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作者 李智伟 张峰波 +5 位作者 卢佩佩 贾斌 周延 刘小双 岳晓媚 丁剑冰 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期21-27,33共8页
目的 使用生物信息学方法预测羊布鲁氏菌OMP16蛋白的结构特点,并预测可能的B细胞和T细胞优势表位。方法 从NCBI数据库中获取羊布鲁氏菌的OMP16蛋白的氨基酸序列。通过ProtParam分析OMP16蛋白的理化性质;利用DNAstar和SOMPA分析OMP16蛋... 目的 使用生物信息学方法预测羊布鲁氏菌OMP16蛋白的结构特点,并预测可能的B细胞和T细胞优势表位。方法 从NCBI数据库中获取羊布鲁氏菌的OMP16蛋白的氨基酸序列。通过ProtParam分析OMP16蛋白的理化性质;利用DNAstar和SOMPA分析OMP16蛋白二级结构;利用Phyre2和Rasmol构建并分析OMP16蛋白三级结构;利用IEDB、DNAStar、ABCpred和BepiPred预测OMP16蛋白的B细胞抗原表位;利用SYFPEITHI和IEDB预测OMP16蛋白的T细胞抗原表位。结果 OMP16蛋白有426个氨基酸序列,理论等电点为9.72,原子组成为C2026H3209 N499O536S17,为稳定性疏水性蛋白。二级结构显示α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲分别是40.61%,19.01%,8.45%和31.92%。预测出4个B细胞优势表位,分别是93-102,183-187,273-289,294-301;5个CTL细胞优势表位,分别是69-77,175-183,267-275,373-381,408-416;5个Th细胞优势表位,分别是4-20,32-46,63-77,316-330,352-366。结论 羊布鲁氏菌OMP16蛋白结构中有4个B细胞优势表位,5个CTL细胞优势表位和5个Th细胞优势表位,为进一步为布鲁氏菌诊断和疫苗研究的奠定基础。 展开更多
关键词 布鲁氏菌 OMP16蛋白 生物信息学 B细胞表位 T细胞表位
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肿瘤抗原SCCAg B细胞抗原表位及HLA I类限制性CTL表位的生物信息学分析 预览
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作者 梁雪 胡腊 +3 位作者 曾子成 林海 易高 刘兆宇 《现代医院》 2019年第2期240-244,共5页
目的预测鳞状细胞癌抗原(squamous cell carcinoma antigen,SCCAg)的B细胞抗原表位及HLA I类限制性细胞毒性T细胞表位。方法获得SCCAg的三维结构后,采用生物信息学方法预测SCCAg蛋白存在的B细胞表位;而后,采用Net CTL、Prot Param等软... 目的预测鳞状细胞癌抗原(squamous cell carcinoma antigen,SCCAg)的B细胞抗原表位及HLA I类限制性细胞毒性T细胞表位。方法获得SCCAg的三维结构后,采用生物信息学方法预测SCCAg蛋白存在的B细胞表位;而后,采用Net CTL、Prot Param等软件方法预测SCCAg中可能存在的HLA I类限制性CTL表位。结果SCCAg蛋白中包含10个线性B细胞表位和5个构象B细胞表位;结合与HLA I类分子结合力、蛋白酶体切割效率和TAP转运效率,经Net CTL预测发现,针对不同的HLA I类分子,肿瘤抗原SCCAg蛋白中存在多个HLA I类分子的限制性CTL表位。结论综合运用多种方法预测了肿瘤抗原SCCAg蛋白中存在的B细胞抗原表位和HLA I限制性的CTL表位,为下一步针对SCCAg蛋白开展靶向免疫治疗提供了基础。 展开更多
关键词 SCCAG B细胞表位 CTL表位
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重组优势T、B细胞表位的猪圆环病毒2型Cap蛋白的原核表达及免疫原性研究 预览
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作者 聂恺阳 吴云燕 +3 位作者 易琳 吴祖雄 陈金顶 赵明秋 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期945-950,共6页
为探究猪圆环病毒2型(PCV2)优势T、B细胞表位对Cap蛋白免疫原性的影响,本研究将前期研究筛选到的PCV2 Rep和Cap蛋白中的T、B细胞表位,分别构建pET-rB-Cap、pET-rT-Cap和pET-rT-B-Cap重组质粒,并转化到大肠杆菌BL21中,经IPTG诱导表达后,... 为探究猪圆环病毒2型(PCV2)优势T、B细胞表位对Cap蛋白免疫原性的影响,本研究将前期研究筛选到的PCV2 Rep和Cap蛋白中的T、B细胞表位,分别构建pET-rB-Cap、pET-rT-Cap和pET-rT-B-Cap重组质粒,并转化到大肠杆菌BL21中,经IPTG诱导表达后,采用SDS-PAGE和western blot检测3种重组蛋白:rB-Cap、rT-Cap和rT-B-Cap。结果显示,上述3种重组蛋白均高效表达且具有良好的反应原性。将70只4周龄~6周龄的BALB/c雌鼠随机分为7组,分别免疫不同的重组蛋白或者全病毒灭活疫苗,并对其产生的免疫原性进行检测。结果显示,各实验组小鼠的血清抗体水平均显著高于PBS组(p<0.01),其中rT-B-Cap组小鼠抗体水平显著高于PCV2全病毒灭活疫苗组和rCap组(p<0.01)。综上所述,PCV2 Cap蛋白同时串联T、B优势抗原表位时的免疫原性显著提高。本研究为PCV2多表位疫苗及基于Cap蛋白的亚单位疫苗的研究提供了新的途径。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 CAP蛋白 T细胞表位 B细胞表位 免疫原性
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中国寨卡病毒分离株E基因B细胞抗原表位多态性分析
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作者 刘荣飞 郭中敏 +3 位作者 吴建勇 林震宇 原丽红 陆家海 《热带医学杂志》 CAS 2019年第2期133-137,共5页
目的研究中国寨卡病毒分离株的E基因多态性及其B细胞抗原表位的分布及变异情况。方法从NCBI中下载所有中国分离的寨卡病毒株、主要输入地委内瑞拉和萨摩亚的病毒株,从免疫表位数据库中检索获得寨卡病毒的B细胞抗原表位。使用MEGA7.0软... 目的研究中国寨卡病毒分离株的E基因多态性及其B细胞抗原表位的分布及变异情况。方法从NCBI中下载所有中国分离的寨卡病毒株、主要输入地委内瑞拉和萨摩亚的病毒株,从免疫表位数据库中检索获得寨卡病毒的B细胞抗原表位。使用MEGA7.0软件进行序列比对,分析中国寨卡分离株的基因变异情况及抗原表位的多态性。结果中国所有寨卡分离株均为亚洲型,E基因上有19个单核苷酸突变,其中3个异义突变,只有5个突变位点与来自委内瑞拉和萨摩亚的病毒株的突变位点相同。已验证的寨卡病毒B细胞抗原表位均存在于E蛋白上,尤其是DⅢ结构域。中国分离株和MR766株相比有3个B细胞表位发生改变,中国分离株自身产生的变异导致1个表位改变,B细胞表位的变异位点主要存在于DⅢ结构域。结论中国寨卡分离株总体变异率不高,与输入地病毒株相比也产生变异。有3个B细胞表位发生变异,DⅢ结构域是E蛋白上重要的抗原位点所在域且突变率高。 展开更多
关键词 寨卡病毒 E基因 B细胞表位 基因多态性
豫北新发猪圆环病毒3型的鉴定及全基因序列分析
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作者 连凯琪 周玲玲 +4 位作者 张明亮 张慢 王英杰 宋玉伟 关现军 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第5期5-9,共5页
为了对疑似新发猪圆环病毒3型(PCV-3)感染病例进行确诊,试验采用PCR技术鉴定1例疑似感染PCV-3的猪,并将鉴定得到的PCV-3毒株的全基因组分成2个片段进行PCR扩增,分别构建到pMD18-T载体上测序,通过MegAlign软件对全基因序列进行同源性和... 为了对疑似新发猪圆环病毒3型(PCV-3)感染病例进行确诊,试验采用PCR技术鉴定1例疑似感染PCV-3的猪,并将鉴定得到的PCV-3毒株的全基因组分成2个片段进行PCR扩增,分别构建到pMD18-T载体上测序,通过MegAlign软件对全基因序列进行同源性和遗传进化分析,利用在线生物信息学软件预测Cap和Rep蛋白的信号肽、核定位信号和B细胞表位。结果表明:成功鉴定出1株豫北新发PCV-3毒株,将此毒株命名为PCV-3/CN/HNAY-201806;对2个基因片段测序后拼接发现其基因组长度为2 000 bp(登录号为MH683051);同源性和遗传进化分析显示,PCV-3/CN/HNAY-201806与吉林长春毒株PCV-3/CHN/JLCC2016 (登录号为KY421348. 1)核苷酸同源性(99. 6%)较高,与广西毒株PCV-3/GXFC2017-7(登录号为MG250186. 1)同源性(98. 8%)较低,不同地区间PCV-3基因组有差异但较小;对该毒株Cap和Rep蛋白序列分析显示,2个蛋白都没有信号肽序列,但都有核定位信号,Cap蛋白有9个B细胞表位,Rep蛋白有14个B细胞表位。 展开更多
关键词 猪圆环病毒3型 基因组 序列分析 Cap基因 Rep基因 B细胞表位
中国莱姆病螺旋体菌株OppA2基因中人B细胞表位多态性分析
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作者 侯学霞 刘慧鑫 +3 位作者 张琳 苗广青 万康林 郝琴 《疾病监测》 CAS 2019年第1期37-42,共6页
目的研究中国莱姆病螺旋体菌株中OppA2基因及其人B细胞抗原表位区的序列多态性,了解不同地域OppA2的变化特征,为中国莱姆病的早期诊断提供线索和依据。方法选取59株莱姆病螺旋体分离株,PCR扩增其OppA2基因并测序后,结合3种基因型参考菌... 目的研究中国莱姆病螺旋体菌株中OppA2基因及其人B细胞抗原表位区的序列多态性,了解不同地域OppA2的变化特征,为中国莱姆病的早期诊断提供线索和依据。方法选取59株莱姆病螺旋体分离株,PCR扩增其OppA2基因并测序后,结合3种基因型参考菌株序列,与免疫表位数据库(IEDB)中查询到的B细胞表位序列进行比对分析。结果中国莱姆病螺旋体中OppA2基因序列在Borrelia burgdorferi sensu strict(B.b.s.s), Borrelia garinii(B.g)和Borrelia afzelii(B.a)3个基因型间存在明显的多态性。但OppA2基因序列在B.b.s.s和B.a型内保守;在B.g型内存在异义突变。B细胞表位改变主要发生在B.g基因型的亚簇2、亚簇3以及JC2-2分离株。B.g基因型的亚簇2、亚簇3以及JC2-2菌株的296aa变异和亚簇3的295aa变异使3个B细胞抗原表位受影响;JC2-2菌株的372aa变异使1个B细胞抗原表位受影响;这些表位区的变异使部分B细胞表位序列(4/7,57.1%)呈现多态性。结论中国莱姆病螺旋体OppA2基因及其人B细胞抗原表位区在3个基因型间和B.g型内存在多态性;其中有3个B细胞抗原表位区(191~225aa、276~290aa和381~400aa)在B.b.s.s,B.g和B.a三种基因型内高度保守,可作为中国莱姆病早期诊断的候选抗原。 展开更多
关键词 莱姆病螺旋体 OppA2基因 B细胞表位 多态性
猪繁殖与呼吸综合征病毒GP4蛋白B细胞表位的初步筛选 预览
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作者 王爱萍 陈冰 +5 位作者 刘红亮 周景明 陈玉梅 刘燕凯 祁艳华 张改平 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1561-1566,共6页
GP4蛋白是猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的次要结构蛋白,在病毒的复制与侵染中起重要作用。通过合成GP4蛋白的重叠多肽,采用间接ELISA、dot-ELISA的方法对GP4蛋白的B细胞表位进... GP4蛋白是猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的次要结构蛋白,在病毒的复制与侵染中起重要作用。通过合成GP4蛋白的重叠多肽,采用间接ELISA、dot-ELISA的方法对GP4蛋白的B细胞表位进行初步筛选,得到1个免疫显性肽段Ⅰ(50)SCLRHGDSSSPTIRKSS(67),并对其抗体水平进行测定,为PRRSV的抗体检测及其新型表位疫苗的研究奠定基础。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 GP4蛋白 重叠多肽 B细胞表位
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精子相关抗原9 B细胞及T细胞表位富集区预测 预览 被引量:1
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作者 毛晨晨 叶思思 +3 位作者 张特明 韩政 薛向阳 沈贤 《温州医科大学学报》 CAS 2018年第1期1-6,共6页
目的:预测人精子相关抗原9(SPAG-9)的表位富集区。方法:以SPAG-9的全长序列为基础,利用生物信息学软件,采用Hopp&Woods的亲水性方案、Zimmerman极性参数和Jameson-Wolf抗原指数方案和Emini表面可及性方案,并结合SPAG-9的二级结... 目的:预测人精子相关抗原9(SPAG-9)的表位富集区。方法:以SPAG-9的全长序列为基础,利用生物信息学软件,采用Hopp&Woods的亲水性方案、Zimmerman极性参数和Jameson-Wolf抗原指数方案和Emini表面可及性方案,并结合SPAG-9的二级结构与其柔性区域及跨膜区域对SPAG-9的优势B表位进行综合分析,进一步运用抗原指数分析预测SPAG-9的B细胞表位。同时,分别应用SYFPEITHI、NetCTL以及IEDB预测HLA-A2、HLA-A24限制的CTL表位。最后,综合B细胞表位和CTL表位,预测SPAG-9的表位富集区。结果:经综合分析,SPAG-9的B细胞优势表位可能存在于N端的197-201,236-243,249-253,291-299,306-312,324-327,332-337,348-352,488-494,539-542,546-550,565-573,699-702,802-807,869-873,875-880,882-887,1173-1178,1195-1200区段。其HLA-A2限制的CTL表位肽为19-27,49-57,50-58,56-64,343-351,381-389,413-421,447-455,521-529,551-559,665-673,733-741,837-845,926-934,950-958,964-972,998-1006,1016-1024,1094-1102,1140-1148,1150-1158区段,HLA-A24限制的CTL表位肽为31-39,137-145,517-525,943-951。综合B表位与CTL表位,SPAG-9的332-352与551-573区段,即SAENEEKSEVQAIIESTPELD、SIWQFFSRLFSSSSNTTKKPEPP肽段是SPAG-9的表位富集区。结论:利用生物信息学预测发现SPAG-9抗原的332-352与551-573为SPAG-9的表位富集区。 展开更多
关键词 人精子相关抗原9 B细胞表位 T细胞表位 表位富集区
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原癌基因Bmi-1 B细胞抗原表位及HLAⅠ类限制性CTL表位的生物信息学分析 预览 被引量:1
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作者 刘兆宇 冯笑 +4 位作者 胡腊 刘季芳 周新科 梁敏 赖宇雄 《现代肿瘤医学》 CAS 2018年第9期1332-1336,共5页
目的:预测原癌基因Bmi-1(B-cell-specific Moloney murine leukemia virus insertion site 1)的B细胞抗原表位及HLAⅠ类限制性细胞毒性T细胞(cytotoxic T cell)表位。方法:采用Ellipro(http://tools.immuneepitope.org/ellipro... 目的:预测原癌基因Bmi-1(B-cell-specific Moloney murine leukemia virus insertion site 1)的B细胞抗原表位及HLAⅠ类限制性细胞毒性T细胞(cytotoxic T cell)表位。方法:采用Ellipro(http://tools.immuneepitope.org/ellipro/)预测Bmi-1蛋白中可能存在的线性B细胞表位和构象B细胞表位;采用Prot Param、Net CTL等软件和方法预测Bmi-1中可能存在的HLAⅠ类限制性CTL表位。结果:Bmi-1蛋白中含有6个线性B细胞表位和8个构象B细胞表位;结合HLA结合力、蛋白酶体切割效率和TAP转运效率,经过Net CTL程序预测表明:针对不同的HLAⅠ类分子,原癌基因Bmi-1中都存在多个HLAⅠ类分子的限制性CTL表位。结论:综合运用多个程序预测了原癌基因Bmi-1中的B细胞抗原表位及HLAⅠ类分子的限制性CTL表位,为下一步开展针对Bmi-1的免疫靶向治疗等研究打下了基础。 展开更多
关键词 HLAⅠ类分子 B细胞表位 CTL表位 BMI-1
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PD-L2蛋白B细胞表位预测及其与PD-1结合的三维结构分析 预览
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作者 程开 陈旭东 +4 位作者 吕开绩 金劲激 叶晓鲜 张丽芳 朱冠保 《温州医科大学学报》 CAS 2018年第5期319-324,329共7页
目的:对人源程序性死亡因子1配体2(PD-L2)的B细胞表位进行预测及其与PD-1结合的三维结构分析。方法:采用生物信息学分析软件及服务器上的在线分析系统预测人类PD-L2蛋白的二级结构,柔性区域,Hopp&Woods亲水性、Zimmerman极性参数和... 目的:对人源程序性死亡因子1配体2(PD-L2)的B细胞表位进行预测及其与PD-1结合的三维结构分析。方法:采用生物信息学分析软件及服务器上的在线分析系统预测人类PD-L2蛋白的二级结构,柔性区域,Hopp&Woods亲水性、Zimmerman极性参数和Jameson-Wolf抗原指数以及Emini表面可及性方案等,预测结果被用以对PD-L2的优势B细胞表位区段进行多方面分析。运用抗原指数分析,预测PD-L2的B细胞表位。使用BLAST分析人源PD-L2与小鼠PD-L2的同源性,将人源PD-L2的B表位与小鼠PD-L2的序列进行匹配。将与人源PD-L2表位匹配的序列在小鼠PD-1与小鼠PD-L2的结合模型上定位,对其立体结构进行模拟,进一步直观地分析B细胞表位与蛋白结合位点的关系。结果:PD-L2的全长氨基酸序列共含有273个氨基酸,相对分子质量为31 k Da的可溶性蛋白;经综合分析,其B细胞优势表位可能为氨基酸序列N端的60~72、93~97、133~139、164~171区段。模拟立体结构分析显示表位60~72区段"QKVENDTSPHRER"位于PD-1与PDL2的结合区域内。结论:利用生物信息学预测发现PD-L2的优势B细胞表位中,60~72、93~97、133~139、164~171区段为PD-L2的B细胞表位,其中表位60~72区段"QKVENDTSPHRER"位于PD-1与PD-L2的结合区域内。可为PD-L2抗体设计和研究提供理论基础。 展开更多
关键词 程序性死亡因子1 程序性死亡因子配体2 B细胞表位 立体结构
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大豆过敏原11S球蛋白G2中A2链结合表位的预测 预览
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作者 刘阳星月 张迪 +3 位作者 姚亚亚 苗字叶 刘壮 李慧静 《食品科学》 CSCD 北大核心 2018年第18期152-158,共7页
采用生物信息学软件NCBI GenBank数据库、PDB数据库、SWISS-MODEL、Deep View 4.1等预测11S球蛋白G2中A2链的二级结构和三级结构模型,使用DiscoTope 2.0 Server软件预测B细胞构象表位,发现构象表位多位于无规则卷曲处。定位B细胞线性结... 采用生物信息学软件NCBI GenBank数据库、PDB数据库、SWISS-MODEL、Deep View 4.1等预测11S球蛋白G2中A2链的二级结构和三级结构模型,使用DiscoTope 2.0 Server软件预测B细胞构象表位,发现构象表位多位于无规则卷曲处。定位B细胞线性结合表位,结果表明11S球蛋白G2中A2链的可能线性表位有:37KPDNRIE^43、79PSYTNGP^85、114SQQRGRSQRP^123、52WNPNNK^57、196QQGGSQSQKGKQQE^209、241QGENEEED^248、267RKPQQEEDDDDEEEQ^281、287TDKGC^291。此表位预测为后续制肽、免疫等操作找出更准确的肽序,以便建立适合我国大豆过敏人群的食品大豆过敏原的检测技术。 展开更多
关键词 大豆过敏原 11S球蛋白G2中A2链 生物信息学软件 蛋白质二级结构 三级结构模型 B细胞表位
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程序性死亡受体配体-1 B细胞表位预测与分析 预览 被引量:2
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作者 陈旭东 程开 +2 位作者 吕开绩 张丽芳 朱冠保 《温州医科大学学报》 CAS 2018年第1期7-12,19共7页
目的:预测和筛选程序性死亡受体配体-1(PD-L1)的B细胞表位,以期用于能够阻断程序性死亡受体(PD-1)和其配体结合的拮抗剂的研究。方法:以人和小鼠的PD-L1的全长氨基酸序列为基础,利用生物信息学方法,采用Hopp&Woods的亲水性方... 目的:预测和筛选程序性死亡受体配体-1(PD-L1)的B细胞表位,以期用于能够阻断程序性死亡受体(PD-1)和其配体结合的拮抗剂的研究。方法:以人和小鼠的PD-L1的全长氨基酸序列为基础,利用生物信息学方法,采用Hopp&Woods的亲水性方案、Zimmerman极性参数、Jameson-Wolf抗原指数方案和Emini表面可及性方案等,结合PD-L1的二级结构与其柔性区域对PD-L1的优势B细胞表位区段进行综合分析,建立3D模型,结合功能定位,进一步运用抗原指数分析预测,将人与小鼠的B细胞表位进行对比分析,并与多种实验动物进行同源性分析。结果:人和小鼠的PD-L1均为一型跨膜蛋白,均由290个氨基酸残基组成,相对分子质量均为33 kDa。人和小鼠PD-L1的胞外段分别位于N端的19~238和19~239。经综合分析,与PD-1、PD-L1结合相关的人和小鼠的B细胞优势表位可能分别位于其氨基酸序列N端的41~46、60~63、71~75和40~48、58~63、72~88区段,即KFPVEK、EDKN、EEDLK和RFPVERELDL、EKEDE、EDLKPQH肽段;同源性分析显示包含本研究所预测的表位的氨基酸序列在多种动物之间高度保守。结论:将生物信息学预测B细胞表位的方法与3D模型建立及功能定位的方法相结合,筛选出人和鼠各3条与PD-L1功能区相近的优势B表位,为阻断PD-1和PD-L1结合的拮抗剂的研究提供了理论基础。 展开更多
关键词 程序性死亡受体配体-1 B细胞表位 肿瘤 免疫疗法
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结核分枝杆菌Rv3607c B细胞表位预测及分析 预览
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作者 张露 郑辉 +4 位作者 吴启航 占卫红 赵隆麒 李海波 余晓丽 《武汉轻工大学学报》 2018年第2期20-24,共5页
预测和筛选结核分枝杆菌Rv3607c的B细胞表位,预测和分析得出其优势B细胞线性表位和构象性表位。在NCBI数据库中获得结核分枝杆菌的Rv3607c蛋白序列,使用生物信息学在线软件辅助分析。采用SSPro方案预测Rv3607c蛋白二级结构,Bcepred软件... 预测和筛选结核分枝杆菌Rv3607c的B细胞表位,预测和分析得出其优势B细胞线性表位和构象性表位。在NCBI数据库中获得结核分枝杆菌的Rv3607c蛋白序列,使用生物信息学在线软件辅助分析。采用SSPro方案预测Rv3607c蛋白二级结构,Bcepred软件分析Rv3607c各个氨基酸的亲水性、柔韧性、可及性、转角、极性、抗原性等物理化学性质预测蛋白B细胞线性表位,ABCpred服务器利用人工神经网络预测抗原序列中的线性B细胞抗原决定区域,综合SSPro、Bcepred和ABCpred的分析情况进行预测,确定了3个优势B细胞线性表位,分别为:GAEIADHVMDDQRVHA77-92、AAEIVAGPPRKLIETV61-76、GRHGVYDHERVAGQRF14-29。另使用EpiSearch方案利用噬菌体展示肽序列自动检测得到优势构象性表位1个,即G9,T11,G14,G26,R28,V30,D32,A62,I64,A66,I73,E74,T75,A96,D110,V111,A112,V113。笔者对Rv3607c蛋白的B细胞线性表位及构象性表位进行分析并获得多个可能的优势B细胞表位,以期为结核病预防性疫苗的制备及诊断靶标筛选提供参考。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 Rv3607c B细胞表位
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犬链球菌M蛋白基因的克隆及生物信息学分析 预览 被引量:1
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作者 梁昱 刘燕霏 +1 位作者 孙晓莉 杨建德 《天津农学院学报》 CAS 2018年第1期44-48,共5页
本研究对犬链球菌M蛋白(SCM)基因克隆,并对其进行生物信息学分析,预测其蛋白质结构及功能,为链球菌表位疫苗的研究及链球菌病的诊断提供参考。利用ExPASy ProtParam在线分析软件,预测犬链球菌M蛋白为亲水性蛋白质且属于稳定蛋白。使用Si... 本研究对犬链球菌M蛋白(SCM)基因克隆,并对其进行生物信息学分析,预测其蛋白质结构及功能,为链球菌表位疫苗的研究及链球菌病的诊断提供参考。利用ExPASy ProtParam在线分析软件,预测犬链球菌M蛋白为亲水性蛋白质且属于稳定蛋白。使用SignalP 4.1软件推测该蛋白有信号肽。利用SOPMA中5种相互独立的方法预测其二级结构,其中α螺旋占83.53%,可知α螺旋为二级结构的主要元件。应用SWISS-MODEL在线分析软件,进行三级构造同源建模,发现其结果与二级结构预测结论大致相同。使用DNAStar预测软件中的Protean部分对SCM亲水性、蛋白质的二级结构、抗原性指数、表面可能性、柔韧性进行归纳比较分析,在第55~59和第377~379氨基酸区段存在B细胞表位。 展开更多
关键词 犬链球菌M蛋白 生物信息学分析 蛋白质结构 B细胞表位
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柑橘PGIP的B细胞抗原表位分析和原核表达 被引量:1
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作者 陈波 罗庆华 +1 位作者 谭雅芹 闫慧清 《现代食品科技》 北大核心 2018年第4期18-22,29共6页
柑橘是重要的经济园艺植物,但是部分人群在食用柑橘后会造成过敏现象,其中多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白(PGIP)是柑橘中重要的过敏原。本文利用Jameson-Wolf法、Kyte-Doolittle法、Emini法和Karplus-Schulz法对柑橘过敏原蛋白PGIP的抗原... 柑橘是重要的经济园艺植物,但是部分人群在食用柑橘后会造成过敏现象,其中多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白(PGIP)是柑橘中重要的过敏原。本文利用Jameson-Wolf法、Kyte-Doolittle法、Emini法和Karplus-Schulz法对柑橘过敏原蛋白PGIP的抗原指数、亲水性、蛋白表面可及性及柔韧性进行分析,通过构建PET-28 a-PGIP载体转移到大肠杆菌(Escherichia coli)中进行原核表达。结果表明:当PGIP二级结构是β-转角和无规则卷曲,同时氨基酸序列的抗原指数〉0、柔韧性〉0、亲水性〉0和蛋白表面可及性〉1时的氨基酸时,过敏原蛋白PGIP的B细胞表位结合氨基酸的序列区域是在19-22、37-41、49-52、68-69、117-120、163-164、173-177、221-226、236-240。通过分析氨基酸的区域及原核表达,为寻找柑橘过敏原蛋白PGIP的B细胞抗原表位的最佳优势区域提供支持,同时也为消除柑橘过敏原蛋白PGIP对人体的影响的进一步研究提供理论基础。 展开更多
关键词 柑橘 多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白 B细胞表位
副溶血性弧菌外膜蛋白K的B细胞线性表位预测
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作者 张峥嵘 张玉晴 +1 位作者 许如苏 许晓升 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2018年第7期785-790,共6页
目的预测副溶血性弧菌外膜蛋白K(OmpK)的B细胞线性表位。方法 NCBI下载已登录的OmpK的基因序列,对其进行生物信息学分析,应用DNAStar protean软件综合分析OmpK蛋白的二级结构、柔性、表面可能性、亲水性和抗原指数等多种参数,预测其B... 目的预测副溶血性弧菌外膜蛋白K(OmpK)的B细胞线性表位。方法 NCBI下载已登录的OmpK的基因序列,对其进行生物信息学分析,应用DNAStar protean软件综合分析OmpK蛋白的二级结构、柔性、表面可能性、亲水性和抗原指数等多种参数,预测其B细胞线性表位。结果 OmpK蛋白的优势B细胞线性表位位于肽链的第7-13、25-36、63-69、140-147、182-188、234-239区段。结论预测得到OmpK蛋白的6个优势B细胞线性表位,为进而克隆表达串联表位蛋白,研制副溶血性弧菌多表位疫苗奠定基础。 展开更多
关键词 副溶血性弧菌 OmpK蛋白 B细胞表位
猪流行性腹泻病毒S1蛋白B细胞表位原核表达及间接ELISA方法的建立 被引量:2
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作者 陈金龙 许可军 +8 位作者 李芬 刘通 于智慧 刘晓萌 董林 魏凤 沈志强 许崇友 王金良 《中国兽医学报》 CSCD 北大核心 2018年第12期2247-2251,2257共6页
应用DNAStar软件在猪流行性腹泻病毒S1蛋白70~280位氨基酸序列间预测出1个优势B细胞抗原表位,氨基酸序列为IARLRICQFP,命名为PEP3。借助基因工程技术成功对PEP3进行融合表达,经动物试验、Western blot和间接免疫荧光试验均表明,PEP3蛋... 应用DNAStar软件在猪流行性腹泻病毒S1蛋白70~280位氨基酸序列间预测出1个优势B细胞抗原表位,氨基酸序列为IARLRICQFP,命名为PEP3。借助基因工程技术成功对PEP3进行融合表达,经动物试验、Western blot和间接免疫荧光试验均表明,PEP3蛋白具有良好的抗原性。基于PEP3蛋白建立的ELISA检测方法,与用N蛋白建立的检测方法的符合率为95.94%;该方法具有较高的敏感性和良好的特异性,批内和批间变异系数分别为1.68%~4.65%和4.21%~9.32%。研究表明,本试验建立的基于PEP3蛋白的ELISA检测方法特异性强、敏感性好、重复性高,可以用于临床样本的检测,丰富了现有的猪流行性腹泻病的诊断防控技术。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 S1蛋白 B细胞表位 原核表达 间接ELISA
利用酵母随机展示技术对猪肺炎支原体P97上B细胞表位的筛选和鉴定 预览
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作者 刘璐 郭杰 +4 位作者 朱可蒙 王宁 辛九庆 刘玉芬 刘恒贵 《畜牧兽医学报》 CSCD 北大核心 2018年第7期1492-1499,共8页
构建猪肺炎支原体P97蛋白的酵母随机展示文库,并利用该文库筛选和鉴定P97蛋白上的特异性B细胞表位。设计特异性引物从Mhp基因组中扩增p97基因,通过PCR方法将基因内部的TGA密码子突变为TGG,用DNaseⅠ将p97突变基因随机消化成长度100~250b... 构建猪肺炎支原体P97蛋白的酵母随机展示文库,并利用该文库筛选和鉴定P97蛋白上的特异性B细胞表位。设计特异性引物从Mhp基因组中扩增p97基因,通过PCR方法将基因内部的TGA密码子突变为TGG,用DNaseⅠ将p97突变基因随机消化成长度100~250bp的片段,回收产物经3′端加A处理后与用XcmⅠ酶切的酵母表达载体pCT-XcmⅠ连接,将连接产物转化酿酒酵母EBY100获得P97蛋白酵母随机展示文库。利用流式细胞分选技术筛选出文库中能与Mhp天然感染的猪阳性血清结合的阳性酵母克隆,并进一步鉴定其最小抗原表位。结果:1)克隆计数显示构建的随机文库库容量为2.86×10^6克隆,所有插入的片段随机分布,覆盖了全长的p97突变基因,文库经诱导后可以利用流式细胞仪检测到与Mhp天然感染的猪阳性血清反应的阳性克隆;2)随后对文库进行流式细胞分选,经鉴定选出184号一个抗原多肽。从短肽C端氨基酸逐个缺失后发现长度为15个氨基酸的184D(DEKTSSQKDPSTLRA)多肽为一个B细胞表位,该表位能与多份Mhp阳性猪血清反应。P97蛋白酵母随机展示文库可以用于抗原表位的筛选鉴定,184D多肽是P97上一个在宿主体内能普遍诱导抗体免疫应答的B细胞表位,本研究对于研发Mhp的表位疫苗和建立特异性诊断方法具有重要意义。 展开更多
关键词 猪肺炎支原体 P97黏附蛋白 酵母展示文库 B细胞表位
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