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华北地区中华蒙潮虫(甲壳动物亚门:等足目)种群遗传多样性研究 预览
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作者 张瑞 王明晓 安建梅 《四川动物》 北大核心 2019年第2期139-148,共10页
中华蒙潮虫Mongoloniscus sinensis(Dollfus,1901)隶属于甲壳动物亚门Crustacea等足目Isopoda潮虫亚目Oniscidea,中国特有种。为了探究中华蒙潮虫的种群遗传分化和系统进化关系,采用PCR对采自华北地区10个地理种群89只个体线粒体2个基... 中华蒙潮虫Mongoloniscus sinensis(Dollfus,1901)隶属于甲壳动物亚门Crustacea等足目Isopoda潮虫亚目Oniscidea,中国特有种。为了探究中华蒙潮虫的种群遗传分化和系统进化关系,采用PCR对采自华北地区10个地理种群89只个体线粒体2个基因COⅠ和ND5进行联合分析。结果表明:1)中华蒙潮虫COⅠ部分基因长604 bp,ND5部分基因长615 bp,拼接序列长1 219 bp,T、C、A和G含量分别为41.0%、11.2%、30.8%和17.0%,具有显著的A+T偏倚;变异位点503个(占总核苷酸序列的41.3%),序列间的转换/颠换比值为2.8。2)89只个体共45种单倍型,单倍型多样性0.964,核苷酸多样性0.005 6,整体遗传多样性水平中等;单倍型H1、H15、H16、H21、H41为2~3个种群共享单倍型。3)联合基因(COⅠ+ND5)系统发育树表明,最早出现的是华北以北地区(山西大同、河北石家庄),最晚分化出的是华北以南地区(山西临汾、陕西西安未央区、河南新乡),演化路线为从北向南,个别种群单倍型未按地理来源形成明显的簇群。4)平均遗传分化指数为0.513,基因流为0.24;分子变异分析结果表明,种群的变异与分化主要来自种群内部,错配分布呈多峰,结合中性检验(Tajima's D=-1.429;Fu's Fs=6.499),发现中华蒙潮虫近期未经历扩张,但种群内部分化显著,增长平稳。本研究首次基于线粒体多基因联合分析了中华蒙潮虫种群遗传多样性。 展开更多
关键词 中华蒙潮虫 遗传多样性 CO基因 ND5基因 华北地区
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输入性黑家鼠斯氏亚种Rattus rattus sladeni的分子鉴定
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作者 王颖 王婕敏 +3 位作者 齐润姿 李成 曹振宁 张晓龙 《中国国境卫生检疫杂志》 CAS 2019年第1期40-42,共3页
目的获取口岸截获黑家鼠斯氏亚种(Rattus rattus sladeni)样本Cytb基因和COⅠ基因,分析基因序列特征,为今后该亚种的分子鉴定提供依据。方法 1只经形态学鉴定为黑家鼠斯氏亚种的入境截获鼠,分别提取肺脏、肝脏基因组DNA,使用细胞色素氧... 目的获取口岸截获黑家鼠斯氏亚种(Rattus rattus sladeni)样本Cytb基因和COⅠ基因,分析基因序列特征,为今后该亚种的分子鉴定提供依据。方法 1只经形态学鉴定为黑家鼠斯氏亚种的入境截获鼠,分别提取肺脏、肝脏基因组DNA,使用细胞色素氧化酶b基因(Cytochrome b,Cytb)、细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因(Cytochrome oxidase subunitⅠ,COⅠ)引物进行PCR扩增、测序、比对和分析。结果测序结果显示,Cytb、COⅠ基因扩增产物序列信息均在NCBI数据库获得与黑家鼠(Rattus rattus)99%相似性的比对结果。COⅠ基因扩增产物序列在BOLD数据库中获得与黑家鼠(Rattus rattus)100%的相似性的比对结果。结论分子鉴定方法可准确地进行黑家鼠鼠种鉴定,本研究提供了黑家鼠斯氏亚种Cytb、COⅠ基因序列,为今后该亚种的鉴定提供分子依据。 展开更多
关键词 分子鉴定 CYTB基因 CO基因 黑家鼠斯氏亚种
基于细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因的小蜡螟系统进化分析
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作者 张永红 朱峰 +3 位作者 唐芬芬 邵榆岚 杨爽 白兴荣 《应用昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期107-113,共7页
【目的】小蜡螟Achroia Grisella Fabricius作为蜂业生产中的主要虫害,为确认它在鳞翅目昆虫中的遗传地位,本研究克隆了小蜡螟细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因COⅠ,并对其序列进行相关生物信息学分析。【方法】根据NCBI已登录鳞翅目昆虫线粒... 【目的】小蜡螟Achroia Grisella Fabricius作为蜂业生产中的主要虫害,为确认它在鳞翅目昆虫中的遗传地位,本研究克隆了小蜡螟细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因COⅠ,并对其序列进行相关生物信息学分析。【方法】根据NCBI已登录鳞翅目昆虫线粒体基因组mtDNA中COⅠ基因保守序列设计简并引物,以小蜡螟基因组为模板进行PCR,克隆并测序得到小蜡螟mtDNA CO Ⅰ基因序列(GenBank登录号:MF509586)。【结果】对CO Ⅰ基因编码区进行序列分析发现,其翻译的起始码子为TTG,以碱基T作为不完全终止;通过CO Ⅰ基因同源性和遗传距离分析发现,小蜡螟与大蜡螟Galleria mellonella同源性最高且遗传距离最近,分别为88.3%、0.117。系统进化分析发现,小蜡螟与其它鳞翅目昆虫聚为一支,其中螟蛾科昆虫大蜡螟、小蜡螟、米蛾Corcyra cephalonica和梢斑螟Corcyra cephalonica聚在一个小的分支。【结论】小蜡螟与大蜡螟的进化地位最为相近,也说明了利用CO Ⅰ基因可以区分同属不同种的蜡螟,研究结果为了解小蜡螟的遗传背景提供理论基础。 展开更多
关键词 小蜡螟 CO基因 同源性 进化分析
上海口岸截获的粉蝇属DNA条形码鉴定及系统发育研究 预览
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作者 杜鹃 邓耀华 +3 位作者 张子龙 赵彤言 李深伟 田桢干 《寄生虫与医学昆虫学报》 CAS 2019年第1期41-46,共6页
使用传统形态学分类方法进行干制标本的物种鉴定通常比较困难。本文按照《国境口岸医学媒介昆虫DNA条形码鉴定操作规程》对上海口岸截获的粉蝇属干制标本进行DNA条形码研究。经BOLD System v4比对,结果显示所得序列分别属于5个种:粗野粉... 使用传统形态学分类方法进行干制标本的物种鉴定通常比较困难。本文按照《国境口岸医学媒介昆虫DNA条形码鉴定操作规程》对上海口岸截获的粉蝇属干制标本进行DNA条形码研究。经BOLD System v4比对,结果显示所得序列分别属于5个种:粗野粉蝇Pollenia rudis、伪粗野粉蝇P.pediculata、游荡粉蝇P.vagabunda、匈牙利粉蝇P.hungarica和Pollenia sp.。引入1条COⅠ序列作为外群对全部序列构建系统发育树(NJ树),结果显示不同物种各自聚为一支。因此,COⅠ条形码技术可以弥补传统形态学分类方法的不足,提高蝇类干制标本鉴定的成功率。 展开更多
关键词 CO基因 DNA条形码 粉蝇属 国境口岸
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基于COⅠ基因的中国及邻近海域部分笛鲷属鱼类DNA条形码研究 预览
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作者 唐楚林 肖林 +3 位作者 章群 周琪 徐示 王业磷 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2019年第2期129-137,共9页
笛鲷属(Lutjanus)鱼类经济价值高,物种数量多,但外部形态保守,传统分类鉴定困难。为了解中国笛鲷属鱼类的物种多样性状况,测定了中国沿海19个地点11种笛鲷73个样本线粒体COⅠ基因5’端序列,并与从GenBank下载中国及邻近海域69条同源序... 笛鲷属(Lutjanus)鱼类经济价值高,物种数量多,但外部形态保守,传统分类鉴定困难。为了解中国笛鲷属鱼类的物种多样性状况,测定了中国沿海19个地点11种笛鲷73个样本线粒体COⅠ基因5’端序列,并与从GenBank下载中国及邻近海域69条同源序列进行DNA条形码分析。研究表明,勒氏笛鲷(L. russelli)、金焰笛鲷(L. fulviflamma)、奥氏笛鲷(L. ophuysenii)、约氏笛鲷(L. johni)、蓝点笛鲷(L. rivulatus)、五线笛鲷(L. quinquelineatus)、千年笛鲷(L. sebae)、紫红笛鲷(L. argentimaculatus)、白斑笛鲷(L. bohar)、马拉巴笛鲷(L. malabaricus)、黄笛鲷(L. lutjanus)、印度笛鲷(L. indicus)、画眉笛鲷(L. vitta)、星点笛鲷(L. stellatus)、四带笛鲷(L. kasmira)、驼背笛鲷(L. gibbus)、焦黄笛鲷(L. fulvus)、红鳍笛鲷(L. erythopterus)等18种笛鲷142条COⅠ序列组成18个自展数据支持率(bootstrap)为99%~100%的单系分支,分支间平均遗传距离14.4%(2.9%~21.8%)约为分支内平均遗传距离0.17%(0~0.6%)的85倍,其中10种笛鲷独立成支,支持其物种有效性。勒氏笛鲷分成2小支,小支间平均遗传距离(2.9%)是小支内平均遗传距离(0.5%)的5.8倍,未满足"10×法则",其准确的物种分类地位尚待明确。印度笛鲷与勒氏笛鲷、画眉笛鲷与奥氏笛鲷出现混杂,推测从GenBank下载的印度笛鲷序列KF830898和KF830905可能来自勒氏笛鲷;画眉笛鲷序列KU943888可能来自奥氏笛鲷。中国近海星点笛鲷和蓝点笛鲷混杂且种间遗传距离仅为2.1%,接近一般种内遗传距离2%;红鳍笛鲷和马拉巴笛鲷遗传距离种间(0.3%)与种内(0.2%~0.3%)相当,且形态相似,推测是同一物种,也不排除它们存在种间杂交和为近期分化物种的可能。 展开更多
关键词 CO基因 笛鲷属 DNA条形码
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基于线粒体COⅠ序列的中国前鳞鮻遗传多样性分析 预览
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作者 黄镇宇 章群 +2 位作者 卢丽锋 周琪 唐楚林 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2019年第1期46-52,共7页
前鳞鮻(Liza affinis)是分布于西北太平洋的日本南部及中国台湾海域等的经济鱼类。为了解中国前鳞鮻的遗传背景,该研究分析了采自中国4省82尾样本COⅠ基因5’端712 bp序列,共发现21个单倍型,遗传多样性(H_d=0.4840±0.0700,π=0.001... 前鳞鮻(Liza affinis)是分布于西北太平洋的日本南部及中国台湾海域等的经济鱼类。为了解中国前鳞鮻的遗传背景,该研究分析了采自中国4省82尾样本COⅠ基因5’端712 bp序列,共发现21个单倍型,遗传多样性(H_d=0.4840±0.0700,π=0.0010±0.0002)较低。根据群体所属的地区、海域、海峡进行分组,通过AMOVA分析,得出组间的Fst值皆小于0.05,P值皆大于0.05,组间变异的比例极低(–0.6%~0.46%),表明中国前鳞鮻群体间无明显分化,其原因可能是:1)频繁的基因交流。前鳞鮻的洄游范围较大,且受海流影响,导致不同地区的群体间有着密切的基因交流;2)近期种群扩张事件。中国前鳞鮻整体的Fu’s F_s值为显著性负值(F_S=–20.3900,P=0),核苷酸错配峰图为明显单峰,单倍型网络图呈星状结构,均表明中国前鳞鮻群体经历过种群扩张,估算扩张大约发生在13.4199~1.4911万年前,可能是冰期和间冰期的交替中海平面的变化所致。此外,洞头群体的遗传多样性(H_d=0.8080±0.1130,π=0.0021±0.0006)明显高于其他地理群体,建议将其作为优先保护的对象。 展开更多
关键词 前鳞鮻 遗传多样性 CO基因 中国沿海
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基于线粒体COⅠ基因序列分析5个巨[鱼丕]群体的遗传多样性 预览
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作者 牛宝珍 李娜 +5 位作者 刘艳红 王兴龙 陈春丽 文天仙 周亚 杜民 《江苏农业科学》 2019年第10期56-59,共4页
采集云南省5个不同地域的巨[鱼丕]:红河曼耗(M)、怒江下游(N)、怒江坝(B)、澜沧江上游(L)、景洪(J)各12尾巨[鱼丕]共计60个样本进行COⅠ基因克隆测序。结果表明,5个巨[鱼丕]群体的T、C、A、G 4种碱基平均含量如下:怒江坝(B)群体T、C、A... 采集云南省5个不同地域的巨[鱼丕]:红河曼耗(M)、怒江下游(N)、怒江坝(B)、澜沧江上游(L)、景洪(J)各12尾巨[鱼丕]共计60个样本进行COⅠ基因克隆测序。结果表明,5个巨[鱼丕]群体的T、C、A、G 4种碱基平均含量如下:怒江坝(B)群体T、C、A、G碱基含量分别为27.4%、27.6%、28.0%、17.0%,景洪(J)群体T、C、A、G碱基含量分别为27.4%、27.6%、28.0%、17.0%,澜沧江上游(L)群体T、C、A、G碱基含量分别为27.4%、27.6%、28.0%、17.0%,红河曼耗(M)群体T、C、A、G碱基含量分别为27.3%、27.6%、28.1%、17.0%,怒江下游(N)群体T、C、A、G碱基含量分别为27.3%、27.6%、28.2%、16.9%;5个巨[鱼丕]群体的A+T含量均大于C+G含量。用MEGA 5.0软件构建5个群体系统进化树显示景洪和红河曼耗聚为一支,澜沧江上游大多数个体单独聚为一支,怒江坝和怒江下游群体混合聚为一支;曼耗和景洪的群体间遗传距离(9.096)最大,本研究结果可为巨[鱼丕]的资源保护提供依据。 展开更多
关键词 云南省 巨[鱼丕] CO基因 遗传多样性
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基于16S和COⅠ基因探讨岩扇贝在扇贝科中的分类地位 预览
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作者 曹善茂 朱丽洁 +4 位作者 聂鸿涛 印明昊 刘钢 邹建威 王尧 《江苏农业科学》 2019年第7期28-31,共4页
采用PCR扩增和序列测定等技术,对岩扇贝( Crassadoma gigantea )线粒体DNA 16S rRNA和 CO Ⅰ基因片段进行初步研究,得到16S rRNA基因片段的大小在613.0~634.0 bp之间,A、T(U)、G、C的平均含量分别为26.5%、 29.7%、24.5%、19.3%;CO Ⅰ... 采用PCR扩增和序列测定等技术,对岩扇贝( Crassadoma gigantea )线粒体DNA 16S rRNA和 CO Ⅰ基因片段进行初步研究,得到16S rRNA基因片段的大小在613.0~634.0 bp之间,A、T(U)、G、C的平均含量分别为26.5%、 29.7%、24.5%、19.3%;CO Ⅰ基因片段的大小为660 bp,碱基A、T、G、C的平均含量分别为17.2%、40.3%、27.2%、15.3%。16S基因在岩扇贝中偏好使用GUU、UUG、AUU、ACG、UAU、CAA、GAG、UUU、UCU、GAU、GGU、GAG、AGG和GGA等25个密码子。 CO Ⅰ系统进化树表明,与岩扇贝亲缘关系最近的是柿孔扇贝( Azumapecten farreri ),其次是冰岛扇贝( Chlamys islandica )。16S系统进化树亲缘关系由近到远依次是北美扇贝( Patinopecten caurinus)、虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)、Chlamys islandica 。 展开更多
关键词 岩扇贝 CO基因 16SrRNA 密码子偏好性 系统进化树分析
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达氏鲌不同地理种群线粒体COⅠ基因遗传多态性的研究 预览
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作者 谢佳燕 颜渊 杨钰慧 《江苏农业科学》 2019年第3期37-40,共4页
采用线粒体COⅠ基因序列对我国长江中下游达氏鲌天然种群的遗传变异进行研究。结果表明,达氏鲌不同自然种群的遗传变异程度较低,基因多态性为0.412 3,核苷酸多态性为0.001 1。各群体间特有单倍型较少,多数个体分布于共享单倍型中。分子... 采用线粒体COⅠ基因序列对我国长江中下游达氏鲌天然种群的遗传变异进行研究。结果表明,达氏鲌不同自然种群的遗传变异程度较低,基因多态性为0.412 3,核苷酸多态性为0.001 1。各群体间特有单倍型较少,多数个体分布于共享单倍型中。分子变异分析(AMOVA)表明,达氏鲌野生群体间具有明显的遗传分化,群体间的变异为33.09%,丹江口种群解释了群体间该遗传变异组成的71.47%,其余的达氏鲌群体间无明显分化,种群间存在一定的基因流动。达氏鲌自然种群的遗传组成可能与不同群体所处的地理位置有关,水系间的相互连通,不同地理种群间存在基因交流,可能减弱了由地理距离产生的种群间的遗传差异。 展开更多
关键词 达氏鲌(Chanodichthys dabryi) CO基因 自然种群 遗传差异
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基于DNA条形码技术的轮叶黑藻害虫--小筒水螟鉴定研究 预览
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作者 张立强 李媛 +7 位作者 张琴 魏朝辉 丁桂珍 罗杨志 邓平 周伟东 喻运珍 艾桃山 《水产科技情报》 2019年第3期147-149,共3页
根据DNA条形码序列信息和形态特征,对某严重危害虾、蟹塘轮叶黑藻的“卷叶虫”种类进行了种属鉴定分析。COⅠ基因序列信息显示,该“卷叶虫”幼虫和飞蛾的序列一致性为100%,为同一物种,飞蛾为“卷叶虫”幼虫的成虫。经GenBank数据库BLAS... 根据DNA条形码序列信息和形态特征,对某严重危害虾、蟹塘轮叶黑藻的“卷叶虫”种类进行了种属鉴定分析。COⅠ基因序列信息显示,该“卷叶虫”幼虫和飞蛾的序列一致性为100%,为同一物种,飞蛾为“卷叶虫”幼虫的成虫。经GenBank数据库BLAST鉴定,为 Parapoynx diminutalis ,中文名为小筒水螟。幼虫全身长满刚毛、具卷叶行为,飞蛾呈浅白色、长有棕色斑块,上述特征与小筒水螟一致。综合上述依据,最终鉴定该“卷叶虫”为小筒水螟。 展开更多
关键词 轮叶黑藻 CO基因 小筒水螟 DNA条形码
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多基因DNA条形码鉴定6个鳗鱼物种 预览 被引量:2
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作者 陈文炳 邵碧英 +4 位作者 缪婷玉 彭娟 陈彬 张志灯 江树勋 《食品科学》 CSCD 北大核心 2018年第2期163-169,共7页
建立6种鳗鱼的物种多基因DNA条形码精准鉴定方法。以鳗鱼DNA为模板,采用3对通用引物对6种鳗鱼的3个基因(16S rRNA、Cyt b、COⅠ)部分DNA片段进行聚合酶链式反应扩增、测序,结果6种鳗鱼各获得3条16S r DNA(638~643 bp)、Cyt b(464~4... 建立6种鳗鱼的物种多基因DNA条形码精准鉴定方法。以鳗鱼DNA为模板,采用3对通用引物对6种鳗鱼的3个基因(16S rRNA、Cyt b、COⅠ)部分DNA片段进行聚合酶链式反应扩增、测序,结果6种鳗鱼各获得3条16S r DNA(638~643 bp)、Cyt b(464~466 bp)、COⅠ(705~707 bp)基因部分DNA序列,从中选取各物种序列同源的片段设计3对新引物对6种鳗鱼的16S rRNA、Cyt b、COⅠ基因部分DNA片段进行PCR扩增,其产物大小分别为504~507、400、609 bp,再从各片段中筛选出具有6种鳗鱼物种特异性强的、碱基数分别为262、280、300 bp的3条DNA片段序列,作为6种鳗鱼物种的3个基因的标准DNA条形码,应用DNAMAN V6软件进行同源性分析,并通过Gen Bank数据库的比对验证,制定了供检测实践用的同源率判别指标,建立鳗鱼物种的多基因条形码检测方法。应用该方法对30个待检鳗鱼样品进行检测,结果表明,各样品基于3个基因DNA条形码的比对,符合同源率指标,物种判别结果互相吻合,从而精准判别样品的所属物种。该方法稳定、精准、易于操作,可应用于6种鳗鱼的物种鉴定,值得推广。 展开更多
关键词 16S RRNA基因 CYT B基因 CO基因 基因DNA条形码 鳗鱼物种鉴定
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云南省临沧市小管福寿螺COⅠ基因多态性分析 被引量:1
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作者 张苍林 彭佳 +2 位作者 冉甄 字金荣 杨亚明 《中国血吸虫病防治杂志》 CSCD 北大核心 2018年第2期179-183,共5页
目的通过对云南省临沧市小管福寿螺(Pomacea canaliculata)COⅠ基因的遗传标记分析,了解当地小管福寿螺基因多态性,为云南省后续开展广州管圆线虫病监测提供科学依据。方法对采自云南省临沧市孟定镇38份小管福寿螺样本进行COⅠ基因扩... 目的通过对云南省临沧市小管福寿螺(Pomacea canaliculata)COⅠ基因的遗传标记分析,了解当地小管福寿螺基因多态性,为云南省后续开展广州管圆线虫病监测提供科学依据。方法对采自云南省临沧市孟定镇38份小管福寿螺样本进行COⅠ基因扩增,并将PCR产物测序。运用MEGA 6.06软件Kimura-2参数模型,对来自于Gen Bank的福寿螺单倍型与本研究获得单倍型一起进行系统进化树构建和个体间遗传距离计算,分析其遗传多样性。结果共获得31条序列,分属3种单倍型(Haplotype1~Haplotype3),其中Haplotype1的频率较高,占整个样本的83.9%(26/31)。3种单倍型与小管福寿螺的遗传距离最小,为0~0.052;而与Pila conica的遗传距离最大,为0.021~0.239。进一步进化分析表明,3种单倍型均为小管福寿螺,与来自日本熊本(Gen Bank登录号:AB 433769)、中国香港(Gen Bank登录号:KT 313034)和美国夏威夷(Gen Bank登录号:EU 523129)的小管福寿螺序列聚成一大支,具有较近的亲缘关系;而与P.insularum(Gen Bank登录号:EF 514942)、P.camena(Gen Bank登录号:EF 515059)等序列的亲缘关系较远。结论云南省临沧市存在小管福寿螺,本研究获得的3种单倍型之间存在较大的遗传分化。 展开更多
关键词 小管福寿螺 CO基因 序列分析 遗传多样性 临沧市
狂蝇科昆虫线粒体COⅠ基因组研究进展 预览
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作者 脑民塔拉 纳日嘎 +3 位作者 王希生 满都胡 芒来 董俊斌 《家畜生态学报》 北大核心 2018年第4期82-86,共5页
狂蝇科昆虫种类多、分布广,在畜牧业上具有重要的经济意义。近年来,线粒体基因组已成为双翅目昆虫分析系统发育研究中很重要的遗传标记,并普遍应用于双翅目昆虫各个阶段的研究中。文章就狂蝇科线粒体COⅠ基因的结构、排列、碱基组成及... 狂蝇科昆虫种类多、分布广,在畜牧业上具有重要的经济意义。近年来,线粒体基因组已成为双翅目昆虫分析系统发育研究中很重要的遗传标记,并普遍应用于双翅目昆虫各个阶段的研究中。文章就狂蝇科线粒体COⅠ基因的结构、排列、碱基组成及进化速率等进行介绍,探讨其在分子系统学研究中的应用,为狂蝇科昆虫分子信息学研究提供参考。 展开更多
关键词 狂蝇科 CO基因 线粒体基因 系统发育研究 变异区域
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角倍蚜细胞色素氧化酶(CO Ⅰ)基因的多样性分析 预览 被引量:1
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作者 刘平 任维宾 +2 位作者 杨瑛 陈晓鸣 杨子祥 《生物资源》 CAS 2018年第1期36-40,共5页
角倍蚜是五倍子蚜的重要种类之一,其干雌寄生于盐肤木上,在完全封闭的虫瘿内生活,瘿内为高单宁、高湿度和高CO2的特殊小生境,而越冬若蚜寄生于提灯藓类上。本文对角倍蚜2个虫态的线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ(COⅠ)基因序列进行分析,发现... 角倍蚜是五倍子蚜的重要种类之一,其干雌寄生于盐肤木上,在完全封闭的虫瘿内生活,瘿内为高单宁、高湿度和高CO2的特殊小生境,而越冬若蚜寄生于提灯藓类上。本文对角倍蚜2个虫态的线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ(COⅠ)基因序列进行分析,发现这两个虫态具有不同程度的遗传分化,其中干雌的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.308和0.101,而越冬若蚜为0.176和0.047。角倍蚜COⅠ基因序列共有5个单突变变异位点,包含6种单倍型,其中Hap_1、Hap_4为广布单倍型,Hap_2、Hap_3和Hap_5为干雌的私有单倍型,Hap_6为越冬若蚜的私有单倍型。Network分析单倍型间的遗传距离得知单倍型Hap_1与Hap_2、Hap_3、Hap_4、Hap_5、Hap_6的距离分别为472、495、286、520和194。Hap_5距Hap_1最远,是最晚分化出的单倍型,其次为Hap_3和Hap_2;Hap_6离Hap_1最近,是最早从Hap_1分化出来的单倍型。故推测越冬若蚜分化时间早于干雌。 展开更多
关键词 角倍蚜 CO基因 单倍型 遗传多样性
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基于COⅠ基因的美国白蛾与近似种类分子检测技术研究 预览
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作者 钱路 马丽娜 +3 位作者 吴晶 李健 安榆林 郝德君 《中南林业科技大学学报》 CSCD 北大核心 2018年第4期101-107,共7页
美国白蛾是一种危害性极大的世界性检疫害虫。为研发美国白蛾的准确、快速的分子鉴定技术,克服单纯依赖形态学方法为主的局限性,本研究以美国白蛾及其形态近似的8种蛾类的线粒体COⅠ基因为模板,筛选得到美国白蛾的特异性DNA序列,并以此... 美国白蛾是一种危害性极大的世界性检疫害虫。为研发美国白蛾的准确、快速的分子鉴定技术,克服单纯依赖形态学方法为主的局限性,本研究以美国白蛾及其形态近似的8种蛾类的线粒体COⅠ基因为模板,筛选得到美国白蛾的特异性DNA序列,并以此设计出针对美国白蛾快速鉴定的MGB探针,应用荧光PCR方法对美国白蛾进行特异性的扩增,并进行DNA条形码比较分析。结果显示,美国白蛾及其近似种的DNA条码都为各物种所独有,不存在物种之间的共享。该结果表明该条码在美国白蛾及其近似种中有很好的识别能力,可以用于美国白蛾的物种鉴定。本项目的研究结果为美国白蛾的口岸检疫鉴定、森防部门的监测和除治提供了新型技术手段。 展开更多
关键词 美国白蛾 CO基因 DNA条形码 快速分子鉴定
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基于COⅠ基因的中国广头叶蝉亚科系统发育初探 预览
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作者 李虎 戴仁怀 《四川动物》 北大核心 2018年第5期569-574,共6页
广头叶蝉亚科Macropsinae广泛分布于世界各地,其内部分类系统较混乱,部分族属级分类地位一直存在争议。本文选取23种叶蝉样本(内群22种+外群1种),分析其线粒体COⅠ基因部分片段的序列组成和遗传距离,基于最大似然法和贝叶斯法构建广头... 广头叶蝉亚科Macropsinae广泛分布于世界各地,其内部分类系统较混乱,部分族属级分类地位一直存在争议。本文选取23种叶蝉样本(内群22种+外群1种),分析其线粒体COⅠ基因部分片段的序列组成和遗传距离,基于最大似然法和贝叶斯法构建广头叶蝉亚科系统发育树。结果发现,COⅠ基因片段序列A+T含量(68.3%)明显较G+C含量(31.7%)高;遗传距离在种间、属间和亚科间的差异有统计学意义;系统发育树较好地支持了横皱叶蝉属Oncopsis和尖尾叶蝉属Pedionis的单系性,但广头叶蝉属Macropsis和暗纹叶蝉属Pediopsoides较为混乱。 展开更多
关键词 CO基因 广头叶蝉亚科 半翅目 系统发育 中国
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基于线粒体COⅠ基因序列的吸血蠓近似种鉴定 预览
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作者 岑常活 徐宗意 +3 位作者 韩晓静 常琼琼 段琛 侯晓晖 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第11期1825-1831,共7页
为了快速、准确地鉴别吸血蠓近似种,弥补传统形态学鉴定方法在种类鉴定中存在的操作繁琐、难度大等不足,提出了基于线粒体COⅠ基因序列的吸血蠓近似种鉴定方法。以二囊亚属中的黑色库蠓(Culicoides pelius)、无害库蠓(Culicoides innoxi... 为了快速、准确地鉴别吸血蠓近似种,弥补传统形态学鉴定方法在种类鉴定中存在的操作繁琐、难度大等不足,提出了基于线粒体COⅠ基因序列的吸血蠓近似种鉴定方法。以二囊亚属中的黑色库蠓(Culicoides pelius)、无害库蠓(Culicoides innoxius)、白带库蠓(Culicoides albifascia)、不显库蠓(Culicoides obsoletus)、东方库蠓(Culicoides orientalis)、苏格兰库蠓(Culicoides scoticus)和琉球库蠓(Culicoides actoni)等7种库蠓近似种的部分线粒体COⅠ基因序列作为分析对象,基于Kimura 2-parameter模型分析遗传距离,同时应用MEGA 6.0软件以荒川库蠓(Culicoides arakawai)为外群构建系统发育树(邻接法和最大似然法)。经过Clustal X序列比对及人工校对、编辑后,7种吸血蠓COⅠ基因长度为494 bp,遗传距离在种内和种间具显著差异(P<0.05),系统发育树中不同库蠓种类各自构成单系(群),同种类不同地理种群聚为一支。本研究初步证实了线粒体COⅠ基因序列可用于吸血蠓近似种的分子鉴定。 展开更多
关键词 蠓科 吸血蠓 二囊亚属 近似种 CO基因
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基于DNA条形码对浙南岛屿日本花棘石鳖的遗传特征分析 预览 被引量:2
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作者 吴晓雯 张华伟 +2 位作者 余海 彭欣 张永普 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2018年第3期265-278,共14页
采用COⅠ、16S rRNA两种分子标记对中国浙江南部沿海岛屿岩相潮间带日本花棘石鳖(Liolophura japonica)13个群体遗传特征和亲缘关系进行了探讨。结果显示:COⅠ基因片段长度为675 bp,16S rRNA基因长度为517 bp,A+T比例分别为62.5%和6... 采用COⅠ、16S rRNA两种分子标记对中国浙江南部沿海岛屿岩相潮间带日本花棘石鳖(Liolophura japonica)13个群体遗传特征和亲缘关系进行了探讨。结果显示:COⅠ基因片段长度为675 bp,16S rRNA基因长度为517 bp,A+T比例分别为62.5%和64.9%。COⅠ基因总多态位点数为41个,单倍型多样性指数0.847,核苷酸多态性指数为0.006 01,平均核苷酸差异数为4.057 8;16S rRNA基因的总多态位点数为9个,单倍型多样性指数0.665,核苷酸多态性指数为0.001 69,平均核苷酸差异数为0.871 2。以Acanthopleura brevispinosa和A.granulata为外群构建了ML和BI系统发育树,其拓扑结构显示,基于COⅠ基因的日本花棘石鳖形成2个分支;基于16S rRNA基因的日本花棘石鳖群体仅聚合为一支。不同地理群体单倍型散乱分布,没有出现明显的地理结构和遗传谱系结构,表明各岛屿的日本花棘石鳖为近期分化并存在基因交流。 展开更多
关键词 日本花棘石鳖 CO基因 16S RRNA基因 遗传特征
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基于COⅠ基因的主要经济头足类及其制品DNA条形码鉴定 预览
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作者 周光东 邓尚贵 霍健聪 《安徽农业科学》 CAS 2018年第28期92-95,共4页
[目的]建立快速高效的头足类物种鉴定方法。[方法]以细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因作为该试验的DNA条形码,分别对冷冻头足类和头足类制品的成分来源进行鉴定。[结果]20份样品中18份能够扩增出特异性条带。通过NCBI数据库Blas... [目的]建立快速高效的头足类物种鉴定方法。[方法]以细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因作为该试验的DNA条形码,分别对冷冻头足类和头足类制品的成分来源进行鉴定。[结果]20份样品中18份能够扩增出特异性条带。通过NCBI数据库Blast工具比对和进化树分析发现,10份冷冻头足类样品的鉴定结果与形态学鉴定结果一致,初步鉴定10份头足类制品样品中以柔鱼为主,有2个与商品标签不符,2份样品未能验证。[结论]DNA条形码是一项高效便捷的分子鉴定技术,可有效应用于头足类冻品及其成分相对单一制品的物种鉴定,为市售相关产品的监管提供较好的技术支持。 展开更多
关键词 DNA条形码 物种鉴别 头足类 CO基因
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西江鲫的遗传多样性与群体结构 预览 被引量:1
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作者 匡天旭 帅方敏 +1 位作者 陈蔚涛 李新辉 《南方水产科学》 CSCD 北大核心 2018年第5期29-35,共7页
为了解珠江鲫(Carassius auratus)遗传种质资源现状,文章以西江为例,利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因研究了西江8个地理群体的遗传多样性和群体结构。结果表明,西江鲫群体的遗传多样性处于较高水平。鲫群体存在显著遗传分... 为了解珠江鲫(Carassius auratus)遗传种质资源现状,文章以西江为例,利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因研究了西江8个地理群体的遗传多样性和群体结构。结果表明,西江鲫群体的遗传多样性处于较高水平。鲫群体存在显著遗传分化(FST=0.164,P<0.001),地理距离和自身生活习性可能是导致鲫群体产生遗传分化的重要因素。此外,中性检验和错配分布分析表明西江鲫没有经历近期的群体扩张。 展开更多
关键词 遗传多样性 遗传分化 CO基因 西江
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