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CRISPR/Cas植物基因组编辑技术研究进展 预览
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作者 刘耀光 李构思 +1 位作者 张雅玲 陈乐天 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期38-49,共12页
基因编辑技术的发展与应用为植物功能基因研究和作物遗传改良提供了重要的技术支撑。近年诞生的CRISPR/Cas 基因编辑系统(主要包括 CRISPR/Cas9 和 CRISPR/Cas12a)与其他的基因编辑技术相比,具有操作简单、效率高等优势,因此在动植物中... 基因编辑技术的发展与应用为植物功能基因研究和作物遗传改良提供了重要的技术支撑。近年诞生的CRISPR/Cas 基因编辑系统(主要包括 CRISPR/Cas9 和 CRISPR/Cas12a)与其他的基因编辑技术相比,具有操作简单、效率高等优势,因此在动植物中均得到广泛应用。本文结合 CRISPR/Cas 基因编辑技术体系的发展历史及最新研究进展,着重介绍了该技术在植物领域中的应用范围和发展方向,以及基因编辑植物的靶点分析方法;对目前CRISPR/Cas 基因编辑技术体系存在的问题进行了分析并提出了改进策略。 展开更多
关键词 CRISPR 植物 基因组编辑 靶点分析
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增强子预测及靶向测序技术研究进展 预览
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作者 王锦 赵正伟 +1 位作者 马丽娜 马青 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第5期1308-1315,共8页
增强子在传统上被定义为不依赖转录方向及与目标启动子的相对位置来调控一个或多个基因转录的基因组顺式调控序列,其活性对生长发育、基因表达多样性、进化及人类疾病发生起到关键的调控作用,因此,了解增强子的功能特性不仅有利于理解... 增强子在传统上被定义为不依赖转录方向及与目标启动子的相对位置来调控一个或多个基因转录的基因组顺式调控序列,其活性对生长发育、基因表达多样性、进化及人类疾病发生起到关键的调控作用,因此,了解增强子的功能特性不仅有利于理解基因表达的时空特异性,也有助于最终揭示细胞分化、物种进化及非编码区域变异导致疾病等关键的生物学问题。随着高通量测序技术的快速发展,增强子的预测鉴定、识别及功能注释的方法和工具也呈现出多样性,包括序列基序分析、转录因子和辅因子的体内结合位点、特征染色质和组蛋白修饰、大规模并行增强子分析,以及CRISPR(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)相关技术。文章就高通量测序技术在全基因组水平上利用调节因子结合位点、染色质可接近性、组蛋白修饰、增强子与启动子的相互作用、增强子RNAs(eRNAs)和体外荧光素酶等技术对增强子鉴定、识别、预测的6种方法进行了综述,并就如何利用基因编辑技术靶向研究增强子进行了详细阐述,最后展望了全基因组水平上的增强子研究和个体研究增强子的作用,并详细描述了靶向预测增强子的方法,比较了每种方法的优势和局限性,为深入开展该领域的研究工作提供参考。 展开更多
关键词 增强子 高通量测序 靶向测序 CRISPR
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中国科学家发现胞嘧啶单碱基编辑工具存在基因组范围的脱靶
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作者 谢卡斌 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期296-299,共4页
基于CRISPR-Cas的单碱基编辑工具是近2年基因组编辑技术的重大突破之一,已经在人类(Homo sapiens)细胞和动植物中得到了验证与应用。最近,中国科学家分析了胞嘧啶编辑器(CBE) BE3和HF1-BE3,以及腺嘌呤编辑器(ABE)等单碱基编辑工具在水稻... 基于CRISPR-Cas的单碱基编辑工具是近2年基因组编辑技术的重大突破之一,已经在人类(Homo sapiens)细胞和动植物中得到了验证与应用。最近,中国科学家分析了胞嘧啶编辑器(CBE) BE3和HF1-BE3,以及腺嘌呤编辑器(ABE)等单碱基编辑工具在水稻(Oryza sativa)中的脱靶现象,发现BE3和HF1-BE3两个CBE在全基因组范围内存在脱靶编辑,而ABE则没有脱靶现象。这一发现对单碱基编辑工具的应用和进一步改进具有重要意义。 展开更多
关键词 单碱基编辑 CRISPR 脱靶
单核苷酸错配对于Cpf1特异性的影响
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作者 王明瑞 万琪 +4 位作者 王瑶 田思聪 郑婷 侯英子 杜权 《中国药学:英文版》 CAS CSCD 2019年第1期1-9,共9页
CRISPR/Cas系统从发现和应用以来,热度持续上升。在过去几年中,这种技术已经成为了基因编辑的标准方案。该技术用一条指导RNA(guideRNA)来引导Cas9或Cpf1等核酸酶在特定的位点实现双链打断。但是这种系统也有可能在非特异性的位置进行切... CRISPR/Cas系统从发现和应用以来,热度持续上升。在过去几年中,这种技术已经成为了基因编辑的标准方案。该技术用一条指导RNA(guideRNA)来引导Cas9或Cpf1等核酸酶在特定的位点实现双链打断。但是这种系统也有可能在非特异性的位置进行切割,这种现象成为'脱靶效应'。脱靶剪切现象可能会给基因功能研究或者临床治疗带来很多麻烦。为了深入研究Cpf1的特异性,本研究通过一套双荧光报告系统探索了单核苷酸错配的影响。结果表明,间隔区内的poly(T)结构会阻止Cpf1的靶向切割。而且rA的错配似乎是CRISPR/Cpf1容忍度最低的一类,这与CRISPR/Cas9的情况相同。这种相似性可能来源于两种酶在进化上的同源性。上述结果表明,在使用CRISPR/Cp1或者CRISPR/Cas9的时候应当更多注意其脱靶效应,因为这种效应是这套系统的一个内在特性。 展开更多
关键词 CRISPR Cpf1 Cas9 脱靶效应
应用双靶标CRISPR慢病毒载体在间充质干细胞中稳定敲除lncRNA DANCR基因 预览
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作者 彭丹 钟小敏 《中山大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期14-22,共9页
【目的】应用CRISPR/Cas9方法,构建特异性靶向长链非编码RNA DANCR基因两端的双靶标慢病毒载体,稳定敲除间充质干细胞(MSC)中的DANCR基因,为研究DANCR的生物学功能奠定基础。【方法】首先设计靶向DANCR的5’和3’端的sgRNA(single-guide... 【目的】应用CRISPR/Cas9方法,构建特异性靶向长链非编码RNA DANCR基因两端的双靶标慢病毒载体,稳定敲除间充质干细胞(MSC)中的DANCR基因,为研究DANCR的生物学功能奠定基础。【方法】首先设计靶向DANCR的5’和3’端的sgRNA(single-guide RNA),转染293FT细胞,提取293FT细胞基因组DNA,验证靶向序列的有效性。然后通过gateway和酶切连接的方法,将分别靶向5’和3’端的两条有效sgRNA序列连接至同一慢病毒CRISPR载体。最终使用293FT进行慢病毒包装,收获病毒感染MSC,检测MSC中DANCR敲除效率。【结果】在证明靶向DANCR基因两端的sgRNA序列均单独有效的基础上,将靶向5’和3’端的sgRNA进行组合,成功构建靶向DANCR的双靶标慢病毒载体。将载体进行慢病毒包装后感染MSC,成功获得DANCR敲除的MSC。【结论】应用CRISPR方法成功构建敲除DANCR的慢病毒载体,能高效稳定地敲除MSC中的DANCR基因。 展开更多
关键词 CRISPR 慢病毒载体 长链非编码RNA DANCR MSC
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利用CRISPR-dCas9系统促进脂肪干细胞的成骨诱导分化
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作者 杨馥如 王学智 余四九 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期372-377,共6页
为了建立一种快速促进脂肪间充质干细胞成骨诱导分化的方法,本研究利用CRISPR-dCas9系统快速激活成骨前体基因的表达,通过对细胞内前体基因转录的检测和诱导分化后茜素红染色来确定成骨诱导分化的效率。结果可见,通过CRISPR-dCas9系统... 为了建立一种快速促进脂肪间充质干细胞成骨诱导分化的方法,本研究利用CRISPR-dCas9系统快速激活成骨前体基因的表达,通过对细胞内前体基因转录的检测和诱导分化后茜素红染色来确定成骨诱导分化的效率。结果可见,通过CRISPR-dCas9系统可以快速地启动RUNX2和OSX基因的转录;经成骨诱导分化后茜素红染色显示,基因编辑过的细胞成骨诱导更快。本研究结果表明,通过CRISPR-On系统可以有效地促进成骨前体细胞相关基因RUNX2和OSX的表达,从而使得骨前体细胞相关基因可以被快速地内源性激活,使得脂肪间充质干细胞快速进入成骨诱导分化状态,促进成骨分化的潜能。 展开更多
关键词 脂肪干细胞 成骨诱导分化 CRISPR-On
抗体药物表达技术最新进展
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作者 张梦筱 朱建伟 路慧丽 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期171-182,共12页
生物技术药物是21世纪医药工业发展的中坚力量,其中单克隆抗体类药物是生物技术药物的典型代表,是恶性肿瘤、自身免疫病等领域全球销售额最高的药品种类。在抗体药物发展的几十年里,随着基因工程、蛋白质工程等领域的发展,抗体生产的宿... 生物技术药物是21世纪医药工业发展的中坚力量,其中单克隆抗体类药物是生物技术药物的典型代表,是恶性肿瘤、自身免疫病等领域全球销售额最高的药品种类。在抗体药物发展的几十年里,随着基因工程、蛋白质工程等领域的发展,抗体生产的宿主细胞建立、表达、纯化等各阶段的技术均不断取得突破,文中综述和讨论了抗体药物生产所采用的真核哺乳动物细胞表达系统、原核大肠杆菌表达系统、转基因动物反应器、无细胞蛋白质合成系统以及相关的关键技术进展。 展开更多
关键词 抗体药物 表达系统 哺乳动物细胞 生产 CRISPR
CRISPR技术在生物传感中的应用——胞内核酸成像、体外核酸检测与胞内DNA记录 预览
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作者 李诗渊 赵国屏 王金 《生物产业技术》 2019年第1期75-83,共9页
核酸分子是生命的遗传物质和生命信息载体。如何观察细胞内外特定核酸序列,快速检测核酸序列和记录检测的细胞活动过程?这些在分子生物学领域重要的科学问题需要强有力的技术来解决。如今,在基因组编辑领域赫赫有名的CRISPR技术开始涉... 核酸分子是生命的遗传物质和生命信息载体。如何观察细胞内外特定核酸序列,快速检测核酸序列和记录检测的细胞活动过程?这些在分子生物学领域重要的科学问题需要强有力的技术来解决。如今,在基因组编辑领域赫赫有名的CRISPR技术开始涉足上述领域。重点介绍CRISPR相关蛋白在生物传感方面的应用,包括细胞内特定基因组序列和RNA的成像、体外核酸快速检测以及细胞内DNA记录。核酸成像与核酸检测是将特定核酸序列的信息,通过CRISPR蛋白的参与转化为易检测的信号(如荧光);而DNA记录则是将细胞的代际或所接触的信号转化为细胞内DNA序列进行储存。这些新兴研究方向的开发和发展将大大促进CRISPR技术在基础科学、合成生物学、分子诊断等领域的应用。 展开更多
关键词 CRISPR 生物传感 核酸成像 核酸检测 DNA记录
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利用CRISPR技术鉴定拟南芥miR171a的功能
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作者 黄格格 张静文 +5 位作者 张天豹 柯智 翟楠鑫 龙艳 袁潜华 裴新梧 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期26-32,共7页
miRNA是一段长约21 nt的RNA小分子,能够影响多种植物生理生化功能。CRISPR/Cas9是近年发展的可以靶向编辑DNA序列的技术,已广泛应用于多种植物。miR171a是一类保守的miRNA家族,参与对植物生长发育和逆境胁迫的调控。利用CRISPR/Cas9技... miRNA是一段长约21 nt的RNA小分子,能够影响多种植物生理生化功能。CRISPR/Cas9是近年发展的可以靶向编辑DNA序列的技术,已广泛应用于多种植物。miR171a是一类保守的miRNA家族,参与对植物生长发育和逆境胁迫的调控。利用CRISPR/Cas9技术鉴定拟南芥miR171a的功能,结果表明基因编辑拟南芥株系中的miR171a表达量降低,靶基因SCL22表达量上调。干旱处理后基因编辑拟南芥株系中的脯氨酸含量上升幅度小于野生型。基因编辑拟南芥株系的叶绿素含量有不同程度的降低,株高和生长势增强。干旱胁迫结果显示对miR171的抑制使得拟南芥抗旱能力减弱,表明利用CRISPR技术鉴定miRNA的功能是有效的。 展开更多
关键词 CRISPR STTM miR171a 干旱胁迫
人类基因编辑与基因本质主义——以CRISPR技术在人类胚胎中的应用为例
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作者 陆俏颖 《自然辩证法通讯》 CSSCI 北大核心 2019年第7期23-30,共8页
贺建奎事件引发了全球生物学家、伦理学者和社会公众对于人类基因编辑的激烈讨论。贺建奎团队用CRISPR技术打开了基因编辑人类婴儿的禁区大门,该技术被认为是最具前景的基因治疗手段。大众舆论对此的反应透露着一种恐慌,即人们对于该技... 贺建奎事件引发了全球生物学家、伦理学者和社会公众对于人类基因编辑的激烈讨论。贺建奎团队用CRISPR技术打开了基因编辑人类婴儿的禁区大门,该技术被认为是最具前景的基因治疗手段。大众舆论对此的反应透露着一种恐慌,即人们对于该技术可能带来的未知风险的恐慌。这种恐慌部分地受到了基因本质主义这一认知偏向的影响。论文首先概述CRISPR技术的历史,并介绍贺建奎团队对于CRISPR的应用。接着从认知角度探讨基因本质主义在贺建奎事件中的表现,并试图澄清其中被过度诠释的部分,以期部分缓解人们对人类基因编辑技术的恐慌。 展开更多
关键词 人类基因编辑 CRISPR 基因本质主义
CRISPR-Cas9系统的基因编辑工具的应用和改进
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作者 王想想 杨荟 《生命的化学》 CAS CSCD 2019年第3期430-437,共8页
基因编辑技术可以实现对特定目的基因的编辑,加速了基因功能的研究、疾病的研究与治疗、药物的开发等,是生命科学的重要研究手段。基于CRISPR-Cas9系统的基因编辑工具可改变基因特定位点的序列、调控基因表达水平、敲除基因、改变特定... 基因编辑技术可以实现对特定目的基因的编辑,加速了基因功能的研究、疾病的研究与治疗、药物的开发等,是生命科学的重要研究手段。基于CRISPR-Cas9系统的基因编辑工具可改变基因特定位点的序列、调控基因表达水平、敲除基因、改变特定位点表观遗传修饰以及活细胞成像等,成功应用于多种动植细胞系和模式生物。本文就基于Cas9的基因编辑工具的现状和相关改进展开综述。 展开更多
关键词 基因编辑 CRISPR Cas9 核酸内切酶 脱靶
鲍曼不动杆菌CRISPR系统筛查及对靶基因的调控作用 预览
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作者 冯欢欢 李金月 +6 位作者 王宇航 李梦影 郑文浩 李端阳 傅夏燕 何新龙 李国才 《扬州大学学报:农业与生命科学版》 CAS 北大核心 2019年第2期54-57,64共5页
对89株临床分离株采用PCR产物克隆测序和成簇规律间隔短回文重复序列(CRISPR)系统生物信息学分析等方法研究鲍曼不动杆菌CRISPR系统对靶基因的调控作用。结果表明:2株分离株(AB43与ATCC19606)具有CRISPR系统,它们间区靶向的基因有IV型... 对89株临床分离株采用PCR产物克隆测序和成簇规律间隔短回文重复序列(CRISPR)系统生物信息学分析等方法研究鲍曼不动杆菌CRISPR系统对靶基因的调控作用。结果表明:2株分离株(AB43与ATCC19606)具有CRISPR系统,它们间区靶向的基因有IV型分泌蛋白Virb5、带状黏附毒素蛋白、噬菌体蛋白、DNA聚合酶等。CRISPR系统抑制Virb5、带状黏附毒素蛋白基因的编码与表达,可能对鲍曼不动杆菌的生物膜形成具有一定调控作用。 展开更多
关键词 鲍曼不动杆菌 CRISPR 生物膜
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追踪CRISPR基因编辑婴儿事件
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作者 秦雪(编译) 《世界科学》 2019年第2期4-5,共2页
用一种叫作CRISPR的革命性工具首次创造出基因编辑婴儿这一事件令人震惊,但更令人惊讶的似乎是对此事负责的科学家贺建奎。2018年11月,在中国香港举行的人类基因组编辑国际峰会召开前夕.
关键词 基因编辑 基因组编辑 CRISPR
研究者称,经CRISPR技术编辑过的双胞胎已出生。科学将如何回应?
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作者 迪米特里·佩林 加埃唐·布尔焦 卿松竹(译) 《英语文摘》 2019年第2期40-44,共5页
2018年11月26日,贺建奎以南方科技大学副教授身份宣布世界首对经过基因编辑的双胞胎女婴已在当年11月出生。这对双胞胎试管婴儿在受精卵期间,被人为修改了基因,使其能天然免疫艾滋病。贺于2018年11月25、26日两天分别在国内和海外视频... 2018年11月26日,贺建奎以南方科技大学副教授身份宣布世界首对经过基因编辑的双胞胎女婴已在当年11月出生。这对双胞胎试管婴儿在受精卵期间,被人为修改了基因,使其能天然免疫艾滋病。贺于2018年11月25、26日两天分别在国内和海外视频平台——优酷与YouTube上各上传了五段详细讲述该试验的解说视频。中外学界对此哗然。2018年11月27日,第二届国际人类基因组编辑峰会在香港举行,按原计划,贺参与了峰会中'人类胚胎编辑'的相关发言,受到与会专家的质疑和指责;会场外,上百名国内学者则联名发声,坚决反对、强烈谴责人体胚胎基因编辑。2015年12月初,美国国家科学院、美国国家医学院、中国科学院和英国皇家学会在华盛顿召开了首届人类基因编辑峰会。峰会声明:任何把生殖细胞编辑技术投入临床使用的做法都是'不负责任的',除非其安全性和有效性问题已得到解决,并已获得广泛的社会共识。首届峰会反对之事,在第二届峰会召开前一天,不仅已成事实,且被公之于众。不论该实验科研价值如何,贺建奎之举无疑有违学术规范;通过非学术渠道发布信息的方式有失科学的严谨;对于从事生命科学的研究者而言亦缺少对生命应有的敬畏。2018年11月29日,第二届人类基因组编辑国际峰会组委会发布正式声明,对该事件做出最终回应,称'当下任何可遗传‘生殖细胞’编辑的临床应用都是不负责任的'。对于缺乏自律的研究者而言,打开潘多拉的盒子对人类意味着什么? 展开更多
关键词 基因编辑 基因组编辑 技术编辑 人类胚胎 CRISPR 基因编辑技术 双胞胎 研究者
Patent analysis provides insights into the history of cotton molecular breeding worldwide over the last 50 years 预览
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作者 HE Wei ZHAO Hui-min +2 位作者 YANG Xiao-wei ZHANG Rui WANG Jing-jing 《农业科学学报:英文版》 SCIE CAS CSCD 2019年第3期539-552,共14页
Cotton is a globally important natural fiber and oilseed crop of crucial economic significance. Molecular breeding has become a dominant method of cotton cultivation because it allows for a shorter breeding period and... Cotton is a globally important natural fiber and oilseed crop of crucial economic significance. Molecular breeding has become a dominant method of cotton cultivation because it allows for a shorter breeding period and directional selection of high quality genes. Patent data are key resources and are the core competitiveness of agricultural development, as the world’s largest and most reliable source of technical information. However, little attention has been paid to patent analysis of cotton molecular breeding. This study uses bibliometric analysis methodology and technical classification indexing to reveal global development trends of cotton molecular breeding, based on patents by retrieval methods and expert screening. The annual number of patents, the life-cycle of patent-based technology, patent portfolios of primary countries, and main patentees, as well as technical distribution of patents, were analyzed in this study. In addition, this study put emphasis on the comparative analysis of two important patentees through patent roadmaps based on the relationship among patent citations. Finally, in order to understand the trend of new molecular breeding technology, patents related to clustered regularly interspaced short palindromic repeats(CRISPR), RNA interference(RNAi), and gene chip were also analyzed, all of which apply to cotton but also to other crops. Results in this paper can provide references for cotton molecular breeding researchers and relevant management departments. 展开更多
关键词 COTTON molecular BREEDING PATENT analysis PATENT ROADMAP CRISPR RNAi gene chip
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Genome editing opens a new era of genetic improvement in polyploid crops 预览
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作者 Qamar U. Zaman Chao Li +1 位作者 Hongtao Cheng Qiong Hu 《作物学报:英文版》 CAS CSCD 2019年第2期141-150,共10页
Sequence-specific nucleases (SSN) that generate double-stranded DNA breaks (DSBs) in genes of interest are the key to site-specific genome editing in plants.Genome editing has developed into one method of reducing und... Sequence-specific nucleases (SSN) that generate double-stranded DNA breaks (DSBs) in genes of interest are the key to site-specific genome editing in plants.Genome editing has developed into one method of reducing undesirable traits in crops by the induction of knockout mutations.Different SSN-mediated genome-editing systems,including LAGLIDADG homing endonucleases or meganucleases,zinc-finger nucleases,transcription activator-like effector nucleases and clustered regularly interspaced short palindromic repeats,are emerging as robust tools for introducing functional mutations in polyploid crops including citrus,wheat,cotton,soybean,rapeseed,potato,grapes,Camelina sativa,dandelion,and tobacco.The approach utilizes knowledge of biological mechanisms for targeted induction of DSBs and their error-prone repair,allowing highly specific changes at designated genome loci.In this review,we briefly describe genome-editing technologies and their application to genetic improvement of polyploid crops. 展开更多
关键词 GENOME EDITING CRISPR SITE-SPECIFIC MUTAGENESIS POLYPLOID Crop improvement
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Genome editing in Bombyx mori: New opportunities for silkworm functional genomics and the sericulture industry
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作者 San-Yuan Ma Guy Smagghe Qing-You Xia 《昆虫科学:英文版》 SCIE CAS CSCD 2019年第6期964-972,共9页
In recent years, research in life sciences has been remarkably revolutionized owing to the establishment, development and application of genome editing technologies. Genome editing has not only accelerated fundamental... In recent years, research in life sciences has been remarkably revolutionized owing to the establishment, development and application of genome editing technologies. Genome editing has not only accelerated fundamental research but has also shown promising applications in agricultural breeding and therapy. In particular, the clustered, regularly interspaced, short palindromic repeat (CRISPR) technology has become an indispensable tool in molecular biology owing to its high efficacy and simplicity. Genome editing tools have also been established in silkworm (Bombyx mori), a model organism of Lepidoptera insects with high economic importance. This has remarkably improved the level and scope of silkworm research and could reveal new mechanisms or targets in basic entomology and pest management studies. In this review, we summarize the progress and potential of genome editing in silkworm and its applications in functional genomic studies for generating novel genetic materials. 展开更多
关键词 CRISPR GENOME EDITING SILKWORM TALEN ZFN
基于文献的基因组编辑技术发展研究 预览
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作者 刘琦 《科技与创新》 2019年第10期37-39,共3页
基因组编辑技术是一种可特异性改变目标基因序列的新兴生物学技术,目前已得到广泛关注。为了解全球及中国在该领域的发展情况,采用文献计量法,对基因组编辑的文献进行整体分析。主要对时间分布、空间分布、主要机构、关键词等进行系统分... 基因组编辑技术是一种可特异性改变目标基因序列的新兴生物学技术,目前已得到广泛关注。为了解全球及中国在该领域的发展情况,采用文献计量法,对基因组编辑的文献进行整体分析。主要对时间分布、空间分布、主要机构、关键词等进行系统分析,旨在了解当前全球和中国基因组编辑领域的研究态势与研发热点。 展开更多
关键词 基因组编辑 文献计量 研究热点 CRISPR
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大肠埃希菌CRISPRs间隔序列的来源研究
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作者 梁文娟 崔聪聪 +5 位作者 段广才 刘慧莹 徐亚珂 郗园林 杨海燕 陈帅印 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2019年第2期137-140,共4页
目的研究大肠埃希菌全基因组中规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)的间隔序列分布及来源规律。方法通过BLAST、CRISPRs finder、ClustalX和CRISPRTarget分析CRISPR/Cas、间隔序列及其来源。结果 203株大肠埃希菌中74.4%含有I-E CRIS... 目的研究大肠埃希菌全基因组中规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)的间隔序列分布及来源规律。方法通过BLAST、CRISPRs finder、ClustalX和CRISPRTarget分析CRISPR/Cas、间隔序列及其来源。结果 203株大肠埃希菌中74.4%含有I-E CRISPR/Cas,9.4%含有I-F CRISPR/Cas,17.2%存在CRISPR3-4;CRISPR1,CRISPR2,CRISPR3和CRISPR4的间隔序列数目范围分别为1-25、1-27、4-7和2-22;其独特间隔序列数目分别为339、346、57和66。CRISPRTarget分析I-E和I-F CRISPR/Cas的间隔序列分别匹配816条质粒和293条噬菌体,2 428条质粒和139条噬菌体,差异有统计学意义(χ~2=319.30,P<0.01)。结论大肠埃希菌中CRISPR/Cas分布广泛,I-E和I-F CRISPR/Cas可能发挥不同的免疫功能。 展开更多
关键词 规律成簇的间隔短回文重复序列 间隔序列 噬菌体 质粒 大肠埃希菌
Progress and Challenges for Live-cell Imaging of Genomic Loci Using CRISPR-based Platforms
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作者 Xiaotian Wu Shiqi Mao +2 位作者 Yachen Ying Christopher J.Krueger Antony K. Chen 《基因组蛋白质组与生物信息学报:英文版》 CAS CSCD 2019年第2期119-128,共10页
Chromatin conformation,localization,and dynamics are crucial regulators of cellular behaviors. Although fluorescence in situ hybridization-based techniques have been widely utilized for investigating chromatin archite... Chromatin conformation,localization,and dynamics are crucial regulators of cellular behaviors. Although fluorescence in situ hybridization-based techniques have been widely utilized for investigating chromatin architectures in healthy and diseased states,the requirement for cell fix-ation precludes the comprehensive dynamic analysis necessary to fully understand chromatin activ-ities. This has spurred the development and application of a variety of imaging methodologies for visualizing single chromosomal loci in the native cellular context. In this review,we describe currently-available approaches for imaging single genomic loci in cells,with special focus on clus-tered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)-based imaging approaches. In addition,we discuss some of the challenges that limit the application of CRISPR-based genomic imaging approaches,and potential solutions to address these challenges. We anticipate that,with continued refinement of CRISPR-based imaging techniques,significant understanding can be gained to help decipher chromatin activities and their relevance to cellular physiology and pathogenesis. 展开更多
关键词 CRISPR Cas9 dCas9 GENOMIC imaging sgRNA
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