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豫杂一号’泡桐叶绿体基因组序列及特征分析 预览
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作者 林丹 李冰冰 翟晓巧 《河南林业科技》 2019年第2期1-6,共6页
泡桐是中国重要的速生树种,对我国经济发展有着重要作用。以‘豫杂一号’泡桐为材料,IlluminaHiseq2000测序,对其全基因组序列基本结构特征、密码子偏好性和重复序列进行统计分析。结果表明,‘豫杂一号’泡桐为典型的四分体结构,全长序... 泡桐是中国重要的速生树种,对我国经济发展有着重要作用。以‘豫杂一号’泡桐为材料,IlluminaHiseq2000测序,对其全基因组序列基本结构特征、密码子偏好性和重复序列进行统计分析。结果表明,‘豫杂一号’泡桐为典型的四分体结构,全长序列为154615bp,编码114个基因,含4个rRNA,30个tRNA和80个蛋白质编码基因。该叶绿体全基因组测序的成功促进了叶绿体分子生物学的研究,也为泡桐以及其他物种的遗传育种和创制种质资源奠定了一定的理论基础。 展开更多
关键词 '豫杂一号’泡桐 叶绿体基因组 密码子偏好性 重复序列
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Synonymous codon usage pattern in model legume Medicago truncatula 预览
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作者 SONG Hui LIU Jing +1 位作者 CHEN Tao NAN Zhi-biao 《农业科学学报:英文版》 SCIE CAS CSCD 2018年第9期2074-2081,共8页
关键词 用法 模型 编码序列 有效数字 自然选择 遗传工程 CDS 有机体
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黄皮转录组密码子使用偏好性分析
3
作者 陆育生 彭程 +4 位作者 陈喆 常晓晓 邱继水 林志雄 潘建平 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2018年第18期5904-5913,共10页
为全面了解黄皮(Clausena lansium)表达基因的密码子使用特点,以转录组测序获得的12 696条编码蛋白基因序列为数据来源,利用CodonW 14.4软件对其密码子碱基组成以及有效密码子数(effective number of codon, ENC)、同义密码子相对... 为全面了解黄皮(Clausena lansium)表达基因的密码子使用特点,以转录组测序获得的12 696条编码蛋白基因序列为数据来源,利用CodonW 14.4软件对其密码子碱基组成以及有效密码子数(effective number of codon, ENC)、同义密码子相对使用频率(relative frequency of synonymous codon, RFSC)等密码子使用参数进行计算和统计,发现黄皮表达基因密码子的平均GC含量为0.448,同义密码子第3位核苷酸的平均GC含量(GC3S)为0.400。表达基因整体的ENC取值为56.5,其中绝大部分的ENC值大于35,说明黄皮表达基因密码子使用偏好性程度整体水平较低。通过高频密码子分析法确定了GCU、AGA、AAU、GAU、AUU、UUU、UCU、CAU、CUU、UUG和GUU 11个高频密码子。将黄皮的密码子使用频率与人、小鼠、果蝇、酵母、大肠杆菌5种模式生物以及拟南芥、水稻、葡萄、草莓4种不同类型植物进行比较,发现其与果蝇和大肠杆菌存在较大差异,而与拟南芥和葡萄基本一致。以上研究结果对黄皮基因合适表达系统的选择以及外源基因在黄皮中的高效表达具有重要指导意义。 展开更多
关键词 黄皮 转录组 密码子用法 高频密码子 密码子偏好性
Analyses on the Overall Codon Usage Pattern in Fish Rhabdovirus 预览
4
作者 Yanping MA Hao KE +3 位作者 Jiangyao MA Zhiling LIANG Le HAO Zhenxing LIU 《农业生物技术:英文版》 CAS 2018年第1期97-103,108共8页
关键词 用法 自然选择 基础部件 染色体 ENC PCA 分析基
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枣类甜蛋白基因家族的鉴定与生物信息学分析 预览
5
作者 刘潮 韩利红 +2 位作者 王海波 高永 唐利洲 《果树学报》 CSCD 北大核心 2018年第4期393-401,共9页
【目的】从枣全基因组中鉴定类甜蛋白(thaumatin like protein,TLP)基因,为枣TLP基因的功能研究与利用提供参考。【方法】通过生物信息学方法从枣基因组数据库中鉴定TLP基因家族成员,并对基因结构、进化、启动子区顺式作用元件和密码... 【目的】从枣全基因组中鉴定类甜蛋白(thaumatin like protein,TLP)基因,为枣TLP基因的功能研究与利用提供参考。【方法】通过生物信息学方法从枣基因组数据库中鉴定TLP基因家族成员,并对基因结构、进化、启动子区顺式作用元件和密码子使用性等进行分析。【结果】共鉴定到34个枣TLP基因,位于9条染色体上,分为4种结构类型,基因结构相对较简单;系统发育进化分析归为9个聚类组,其中聚类组5和聚类组6中的成员最多;基因启动子区发现多个与增强基因表达、激素响应和胁迫响应相关的元件;基因密码子使用偏性弱,基因进化主要受碱基突变的影响。【结论】枣基因组中含有34个TLP基因家族成员,数量相对偏少;在植物生长、果实发育和抵御胁迫过程中发挥作用;进化过程中主要受突变选择压力影响。该研究为TLP基因家族的功能分析和遗传育种应用提供了参考和借鉴。 展开更多
关键词 类甜蛋白 生物信息学 密码子使用性
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Does mRNA structure contain genetic information for regulating co-translational protein folding?
6
作者 Jian-Rong Yang 《动物学研究》 CAS CSCD 2017年第1期36-43,共8页
Currently many facets of genetic information are illdefined. In particular, how protein folding is genetically regulated has been a long-standing issue for genetics and protein biology. And a generic mechanistic model... Currently many facets of genetic information are illdefined. In particular, how protein folding is genetically regulated has been a long-standing issue for genetics and protein biology. And a generic mechanistic model with supports of genomic data is still lacking. Recent technological advances have enabled much needed genome-wide experiments. While putting the effect of codon optimality on debate, these studies have supplied mounting evidence suggesting a role of m RNA structure in the regulation of protein folding by modulating translational elongation rate. In conjunctions with previous theories, this mechanistic model of protein folding guided by m RNA structure shall expand our understandings of genetic information and offer new insights into various biomedical puzzles. 展开更多
家蚕cyp450基因家族密码子的用法分析 被引量:1
7
作者 王晖 高妍夏 +4 位作者 杨帆 苏萌 张东豪 宋永学 李季生 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第4期46-50,291,292共7页
为了研究家蚕cyp450基因家族的密码子用法及影响密码子使用模式的主要因子,试验采用多种软件分析家蚕cyp450基因家族的碱基组成、序列同源性、密码子偏好性,得到统计cyp450基因家族密码子使用偏好性的各项参数,并对各项指数进行相关... 为了研究家蚕cyp450基因家族的密码子用法及影响密码子使用模式的主要因子,试验采用多种软件分析家蚕cyp450基因家族的碱基组成、序列同源性、密码子偏好性,得到统计cyp450基因家族密码子使用偏好性的各项参数,并对各项指数进行相关性分析。结果表明:家蚕cyp450基因家族位于AT丰度高的基因组区域,倾向于使用富含A、T且A、T结尾的密码子,整个基因组的同义密码子使用偏好性较弱;cyp450基因家族的序列同源性很低,大多数值在40%左右。突变压力在密码子的三个位置作用程度相关性不显著。说明自然选择引起的碱基组成变化在家蚕cyp450基因家族密码子使用中起主要作用。 展开更多
关键词 家蚕 cyp450基因 密码子用法 自然选择 突变压力
13种植物actin基因的密码子使用特性分析 预览 被引量:3
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作者 赵洋 杨培迪 +2 位作者 刘振 成杨 杨阳 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期519-523,共5页
【目的】分析13种植物actin基因的密码子组成、密码子偏性及聚类关系,了解其密码子使用模式及影响密码子使用的因素,为深入研究分子进化及物种进化提供参考。【方法】运用Codon W 1.4.4软件分析13种植物的肌动蛋白基因(actin)密码子... 【目的】分析13种植物actin基因的密码子组成、密码子偏性及聚类关系,了解其密码子使用模式及影响密码子使用的因素,为深入研究分子进化及物种进化提供参考。【方法】运用Codon W 1.4.4软件分析13种植物的肌动蛋白基因(actin)密码子组成及使用参数,并对影响密码子偏性的因素进行研究。应用MEGA 4.1对13条基因的CDS序列进行聚类分析,采用SPSS 20.0进行密码子偏性的聚类分析。【结果】双子叶植物中actin基因的GC含量为45.0%~51.2%、GC3s含量为36.3%~53.8%,单子叶植物中GC含量为53.0%~58.3%、GC3s含量为60.9%~75.8%;actin基因在单子叶植物中偏爱G/C结尾的密码子,双子叶植物中偏爱A/T结尾的密码子。GC和GC3s与有效密码子数(ENC)呈极显著负相关(P〈0.01),相关系数均为-0.906。ENC绘图分析结果表明,actin基因密码子偏性同时受突变和选择压力影响,单子叶植物受选择压力影响的程度大于双子叶植物。基于actin基因密码子偏性的聚类将单子叶植物高粱、玉米聚为一类,水稻、大麦、竹聚为一类,8种双子叶植物聚为一类。【结论】actin基因密码子偏性与碱基组成密切相关,其密码子偏性在单、双子叶植物间存在差异,依据密码子偏性的聚类能在一定程度上反映物种间的亲缘关系。 展开更多
关键词 ACTIN基因 密码子用法 密码子偏性
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甜瓜蔗糖转化酶基因的密码子偏好性分析 预览 被引量:1
9
作者 赵莉 李思怡 +1 位作者 张立虎 李冠 《生物信息学》 2016年第2期71-77,共7页
以甜瓜蔗糖转化酶基因序列为材料,研究甜瓜蔗糖转化酶基因密码子偏好性,为改良甜瓜风味与品质提供理论依据。运用在线分析软件CodonW对甜瓜蔗糖转化酶的编码序列(Codingsequence,CDS)进行密码子分析,利用Mobyle在线工具分析同义... 以甜瓜蔗糖转化酶基因序列为材料,研究甜瓜蔗糖转化酶基因密码子偏好性,为改良甜瓜风味与品质提供理论依据。运用在线分析软件CodonW对甜瓜蔗糖转化酶的编码序列(Codingsequence,CDS)进行密码子分析,利用Mobyle在线工具分析同义密码子相对使用度(RSCU)、有效密码子数(ENC)、Gc及GC1s、GC2s、GC3s含量。甜瓜蔗糖转化酶基因偏好于以A或T结尾的密码子。密码子ATT、GTT和AGA的RSCU值都大于1,属于共同偏好使用的密码子,而密码子GCG、CGG的RSCU值小于1,属于使用频率较低的密码子。发现密码子偏好性与亲缘关系的远近有一定的关系。要实现目的基因在外源表达系统中的成功表达和提高其表达量,可通过增加目的基因剂量,目的基因密码子优化,改善培养条件等方法实现,其中目的基因密码子优化起到了关键作用。 展开更多
关键词 甜瓜 蔗糖转化酶 密码子偏好性
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Transcriptome analyses of insect cells to facilitate baculovirus-insect expression
10
作者 Kai Yu Yang Yu +3 位作者 Xiaoyan Tang Huimin Chen Junyu Xiao Xiao-Dong Su 《蛋白质与细胞:英文版》 SCIE CAS CSCD 2016年第5期373-382,共10页
五根房间线(BTI-TN-5B1-4 ) 从卷心菜 looper 孤立的高度, Trichoplusia ni 是广泛地为调停 baculovirus 的 recombinant 使用的一根昆虫房间线蛋白质表示。尽管有它在工业和学术实验室的普遍申请,这根房间线的 genomic 背景仍然保持... 五根房间线(BTI-TN-5B1-4 ) 从卷心菜 looper 孤立的高度, Trichoplusia ni 是广泛地为调停 baculovirus 的 recombinant 使用的一根昆虫房间线蛋白质表示。尽管有它在工业和学术实验室的普遍申请,这根房间线的 genomic 背景仍然保持不清楚。这里,我们定序高度五房间的 transcriptome 并且装配了 25,234 个抄本。Codon 用法分析证明高,五个房间有一个柔韧的 codon 用法能力因此为表示蛋白质适合真核细胞起源、原核生物起源。涉及 glycosylation 的基因在我们的学习被介绍,提供为设计在昆虫房间的 glycosylated 蛋白质的指导。我们也在高度五与高表示丰富为抄本预言了信号肽并且 Sf21 房间线,和这些结果为优化能分泌的一些和膜蛋白质的表示水平有重要含意。 展开更多
关键词 昆虫细胞系 杆状病毒表达 转录组 密码子使用 组分 Sf21细胞 重组蛋白 粉纹夜蛾
口蹄疫病毒密码子使用偏性的位点差异(英文) 预览 被引量:3
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作者 马晓霞 冯玉萍 +8 位作者 赵永清 陈莉 刘俊林 郭鹏辉 陈红 杨具田 卢建雄 陈世恩 马忠仁 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2013年第2期32-37,共6页
分析了FMDV各血清型病毒基因编码起始区与终止区的密码子使用偏性。结果表明,FMDV各血清型中的稀有密码子倾向出现于编码起始区,而终止区附近稀有密码子出现的倾向较弱。这一有趣的现象,可利用"稀有密码子调控假说"来解释为FMDV起始... 分析了FMDV各血清型病毒基因编码起始区与终止区的密码子使用偏性。结果表明,FMDV各血清型中的稀有密码子倾向出现于编码起始区,而终止区附近稀有密码子出现的倾向较弱。这一有趣的现象,可利用"稀有密码子调控假说"来解释为FMDV起始编码区的稀有密码子的使用对其编码区表达具有负调控作用。而终止区附近的这种较弱的倾向性表明,终止区密码子的使用对编码区基因表达的影响可能没有起始区那样强烈。同时说明,"稀有密码子调控假说"不仅适用于细菌,而且也适用于一些病毒基因组。 展开更多
关键词 FMDV 血清型 密码子 调控
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刺五加叶绿体基因组密码子的用法分析 被引量:2
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作者 邢朝斌 曹蕾 +1 位作者 周秘 修乐山 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期661-665,共5页
目的:分析刺五加叶绿体基因组密码子的使用方式及其影响因素。方法:以刺五加叶绿体基因组的52条编码基因为材料,利用CodonW和SPSS软件进行多元统计分析和对应性分析。结果:刺五加叶绿体基因组密码子3个位置Gc的量依次为46.46%,38... 目的:分析刺五加叶绿体基因组密码子的使用方式及其影响因素。方法:以刺五加叶绿体基因组的52条编码基因为材料,利用CodonW和SPSS软件进行多元统计分析和对应性分析。结果:刺五加叶绿体基因组密码子3个位置Gc的量依次为46.46%,38.26%,29.88%,其中GC1与GC2呈极显著相关关系(P〈0.01),GC12与GC3的相关系数为0.205,未达到显著水平。同义密码子的相对使用频率(relativesynonymouscodonusage,RSCU)〉1的密码子共30个,其中29个以A或T碱基结尾。对应性分析的结果表明:第1轴显示了10.35%的差异,与有效密码子数(effectivenumberofeodons,ENC)和GC3显著相关,相关系数分别为一0.288,0.353;确定了刺五加叶绿体基因组的16个最优密码子。结论:刺五加叶绿体密码子第3位偏好以A或T碱基结尾,密码子使用模式受选择和突变及其他因素共同影响,其中选择的作用略大。 展开更多
关键词 刺五加 密码子用法 密码子偏好性 GC量
猪圆环病毒同义密码子的使用模式及其影响因素 预览 被引量:2
13
作者 牟一娇 吴润 王永录 《安徽农业科学》 CAS 2013年第1期149-151,共3页
[目的]揭示猪圆环病毒(PCV)基因组的进化特点和遗传多样性。[方法J通过计算PCV基因组的相对同义密码子使用频率(RSCU)、有效密码子数目(ENC)和核苷酸含量等指标,对PCV基因组的密码予使用模式进行了综合分析。[结果]PCV基因组具... [目的]揭示猪圆环病毒(PCV)基因组的进化特点和遗传多样性。[方法J通过计算PCV基因组的相对同义密码子使用频率(RSCU)、有效密码子数目(ENC)和核苷酸含量等指标,对PCV基因组的密码予使用模式进行了综合分析。[结果]PCV基因组具有较低的GC含量和低的密码子偏好性,不同基因型的PCV在密码子使用上具有显著差异,并且PCV与圆环病毒科中的其他病毒的密码子使用模式也存在差异。PCV与其宿主的密码子使用模式存在一定程度的相似性。此外,地理因素、蛋白质总的平均疏水性和芳香性等可能与PCV的密码子使用模式的形成有关。[结论]PCV基因组的密码子使用模式的形成是突变压力与自然选择相互作用的结果。该研究对阐明PCV的密码子使用规律以及分子进化过程提供了最新的信息。 展开更多
关键词 猪圆环病毒 密码子使用模式 突变压力 自然选择
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结球甘蓝核基因组密码子使用偏爱性分析 被引量:3
14
作者 仪登霞 杨丽梅 +9 位作者 方智远 刘玉梅 庄木 张扬勇 刘基生 刘博 武剑 耿丽丽 张杰 张振贤 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期1927-1934,共8页
根据甘蓝测序结果,利用CodonW软件对结球甘蓝的48000个蛋白质编码基因序列进行了分析,计算出同义密码子相对使用频率,确定了TCT、CCT、AGA、GTT、GCT、GAT等6个高频密码子。将甘蓝与大肠杆菌、拟南芥、棉花、水稻的密码子使用频率进... 根据甘蓝测序结果,利用CodonW软件对结球甘蓝的48000个蛋白质编码基因序列进行了分析,计算出同义密码子相对使用频率,确定了TCT、CCT、AGA、GTT、GCT、GAT等6个高频密码子。将甘蓝与大肠杆菌、拟南芥、棉花、水稻的密码子使用频率进行了比较,发现甘蓝密码子使用偏爱性与同为双子叶植物的拟南芥、棉花基本一致,而与大肠杆菌及单子叶植物水稻均具有较大差异。以甘蓝密码子用法分析结果为依据,对Bt crylC抗虫基因进行了密码子的改造,得到了具有甘蓝密码子使用特点的crylC基因序列,为甘蓝的转基因研究奠定了分子基础。 展开更多
关键词 甘蓝 密码子用法 高频密码子 密码子偏爱性
A New Set of Reversibly Photoswitchable Fluorescent Proteins for Use in Transgenic Plants
15
作者 Martina Lummer Fabian Humpert +3 位作者 Matthias Wiedenubbert Markus Sauer Mark Schuttpelz Dorothee Staiger 《分子植物:英文版》 SCIE CAS CSCD 2013年第5期1518-1530,共13页
荧光灯允许的记者蛋白质重复了切换在之间一荧光灯并且响应光的特定的波长的一个非荧光灯的状态是为在生活有机体蛋白质 trafficking 和超级决定的荧光显微镜学监视的新奇工具。这里,我们描述变体 reversibly photoswitchable 荧光灯... 荧光灯允许的记者蛋白质重复了切换在之间一荧光灯并且响应光的特定的波长的一个非荧光灯的状态是为在生活有机体蛋白质 trafficking 和超级决定的荧光显微镜学监视的新奇工具。这里,我们描述变体 reversibly photoswitchable 荧光灯为在转基因的 Arabidopsis 的使用是优化 codon 的蛋白质 rsFastLime, bsDronpa,和 Padron 种。合成蛋白质,指明的 rsFastLIME-s, bsDRONPA-s,和 PADRON C-s,显示出的 photophysical 性质和比得上那些的切换的行为为原来的蛋白质报导了。由把确实可切换的 PADRON C-s 与否定地可切换的 rsFastLIME-s 或 bsDRONPA-s 相结合,二不同荧光灯记者蛋白质能在 Nicotiana benthamiana 房间在短暂表示之上在一样的波长被想象。因此,合作本地化分析能用一条仅仅单个察觉隧道被执行。而且,蛋白质被用来标注 RNA 有约束力的蛋白质 AtGRP7 (Arabidopsis thaliana glycine 富有的 RNA 有约束力的蛋白质 7 ) 在转基因的 Arabidopsis 植物。因为新 reversibly photoswitchable 荧光灯蛋白质在每个 photoactivation 周期期间在信号力量显示出增加,我们能产生一样的区域的很多扫描并且重建在根尖端的 AtGRP7 表示的 3-D 图象。在在一条转基因的 Arabidopsis 根的一个定义区域的 AtGRP7:rsFastLIME-s 熔化蛋白质的 photoactivation 之上,荧光信号传播进邻近的区域被观察,显示到房间的从房间的那个运动能被监视。我们的结果证明 rsFastLIME-s, bsDRONPA-s,和 PADRON C-s 是万用的荧光灯在植物的标记。而且,蛋白质也包括 COS-7 和 HeLa 房间在哺乳动物的房间显示出强壮的荧光。 展开更多
关键词 转基因植物 荧光蛋白 光开关 可逆 转基因拟南芥 RNA结合蛋白 HELA细胞 蛋白质运输
刺五加功能基因密码子偏好性的分析 被引量:7
16
作者 邢朝斌 吴鹏 +1 位作者 修乐山 周秘 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期598-603,共6页
目的分析刺五加功能基因密码子的使用方式及其影响因素。方法以刺五加的17条功能基因为材料,利用CodonW和SPSS软件进行多元统计分析和对应性分析。结果刺五加功能基因密码子3个位置的GC量依次为51.03%、41.23%利40.04%,三者均... 目的分析刺五加功能基因密码子的使用方式及其影响因素。方法以刺五加的17条功能基因为材料,利用CodonW和SPSS软件进行多元统计分析和对应性分析。结果刺五加功能基因密码子3个位置的GC量依次为51.03%、41.23%利40.04%,三者均与整个编码区的GC量显著相关(P〈0.05),GCl2与GC3的相关系数为0.262,未达到显著水平。同义密码子的相对使用频率大于1的密码子共27个,其中22个以A或T碱基结尾。对应性分析的结果表明,第1轴显示了,22.78%的差异,与GC3、密码子适应指数和密码子偏好指数均极显著相关(P〈0.01),相关系数分别为0.786、0.686和0.617,与有效密码子数的相关性未达显著水平。第2轴显示了19.28%的差异,且仅与有效密码子数极显著相关(r=0.635)。确定’广刺五加功能基因的17个最优密码子。结论刺五加的功能基因偏好使用以A或T碱基结尾的密码子,其使用模式受选择和突变的共同影响。 展开更多
关键词 刺五加 密码子用法 功能基因 最优密码子 GC量 偏好指数
茶树抗寒调控转录因子ICE1密码子偏性分析 被引量:25
17
作者 时慧 王玉 +1 位作者 杨路成 丁兆堂 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期1341-1352,共12页
运用CHIPS、CUSP和CodonW软件程序分析自主克隆的茶树(Camellia sinensis)ICE1(GenBank登录号JX029153)的密码子的偏性,并与茶树基因组及萝卜等7种植物的ICE1密码子偏性进行比较。结果表明,茶树ICE1偏好于以A/T结尾的密码子;与茶树... 运用CHIPS、CUSP和CodonW软件程序分析自主克隆的茶树(Camellia sinensis)ICE1(GenBank登录号JX029153)的密码子的偏性,并与茶树基因组及萝卜等7种植物的ICE1密码子偏性进行比较。结果表明,茶树ICE1偏好于以A/T结尾的密码子;与茶树基因组密码子偏性相比,发现只有6种氨基酸密码子偏性完全一致。进一步研究发现ICE1的碱基组成在单子叶植株大麦与7种双子叶植物分化后发生了较大的变化。在聚类分析中,基于基因CDS序列的聚类不能正确反映物种间的进化关系,而基于密码子偏性参数相对密码子使用度(RSCU)的聚类更适合作为系统发育分析的参考。与3种外源受体密码子使用频率比较发现,与大肠杆菌基因组密码子使用频率差值较大的有25个,与酵母基因组差值较大的有15个,与拟南芥基因组差值较大的有10个,这预示着ICE1在拟南芥中的表达效率最高,若要在其他外源受体中进行高效表达,尚需对其密码子进行优化。 展开更多
关键词 茶树 ICE1 密码子用法 密码子偏性 聚类分析 抗寒
文心兰叶绿体基因组密码子使用的相关分析 预览 被引量:4
18
作者 李冬梅 吕复兵 +4 位作者 朱根发 操君喜 孙映波 刘海林 王真 《广东农业科学》 CSCD 北大核心 2012年第10期 61-65,共5页
通过对文心兰叶绿体基因组全序列密码子的研究,利用Mobyle在线软件分析了文心兰叶绿体42个基因密码子的使用模式。结果表明,文心兰叶绿体基因组密码子GC3含量为28.59%,明显低于GC1和GC2含量,说明密码子第3位富含AT。GC1与GC2极显... 通过对文心兰叶绿体基因组全序列密码子的研究,利用Mobyle在线软件分析了文心兰叶绿体42个基因密码子的使用模式。结果表明,文心兰叶绿体基因组密码子GC3含量为28.59%,明显低于GC1和GC2含量,说明密码子第3位富含AT。GC1与GC2极显著相关(r=0.572^**),GC3与GC1(r=-0.051)和GC2(r=-0.08)均未达到显著水平。对应性分析表明第一向量轴上基因的位置坐标与该基因的表达水平(CAI)极显著负相关(r=-0.556^**),与GC3和ENC的相关系数分别为0.025和0.281,均未达到显著水平;GC含量与ENC、CAI以及第一向量轴上基因位置坐标的相关系数分别为0.228、0.381^*和-0.354^*。将高表达优越密码子分析法和高频密码子分析法相结合,确定了17个为文心兰叶绿体基因组的最优密码子. 展开更多
关键词 文心兰 叶绿体基因组 密码子使用 对应分析 GC含量 最优密码子
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葡萄基因组密码子使用偏好模式研究 预览 被引量:19
19
作者 续晨 蔡小宁 +1 位作者 钱保俐 贲爱玲 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期 409-415,共7页
根据完整基因组序列,运用多元统计分析和对应分析的方法,探讨了葡萄全基因组序列密码子的使用模式和影响密码子使用的各种可能因素。结果显示:葡萄密码子偏好性主要受到碱基差异(r=0.925)和自然选择(r=0.193)共同作用的影响,... 根据完整基因组序列,运用多元统计分析和对应分析的方法,探讨了葡萄全基因组序列密码子的使用模式和影响密码子使用的各种可能因素。结果显示:葡萄密码子偏好性主要受到碱基差异(r=0.925)和自然选择(r=0.193)共同作用的影响,突变压力占了主导因素,自然选择的作用较小。同时基因长度和蛋白质疏水性也对密码子的偏好性有所影响。确定了葡萄的20个最优密码子。 展开更多
关键词 分子进化 密码子用法 密码子偏好性
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Expressed sequence tags analysis revealing the taxonomic position and fatty acid biosynthesis in an oleaginous green microalga, Myrmecia incisa Reisigl (Trebouxiophyceae, Chlorophyta) 被引量:2
20
作者 OUYANG LongLing DU DaoHai +4 位作者 YU ShuiYan LI ChunYang ZHANG ChengWu GAO HongJian ZHOU ZhiGang 《中国科学通报:英文版》 SCIE CAS 2012年第25期3342-3352,共11页
Myrmecia incisa H4301 的 cDNA 图书馆用噬菌体向量被构造。图书馆由 1.5 蹼组成了吗??
关键词 表达序列标签 生物合成途径 脂肪酸合成 栗属 分类地位 微藻 cDNA文库 密码子使用
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