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Dynamic Patterns of Gene Expression Additivity and Regulatory Variation throughout Maize Development
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作者 Peng Zhou Candice N.Hirsch +1 位作者 Steven P.Briggs Nathan M.Springer 《分子植物:英文版》 SCIE CAS CSCD 2019年第3期410-425,共16页
Gene expression variation is a key component underlying phenotypic variation and heterosis. Transcriptome profiling was performed on 23 different tissues or developmental stages of two maize inbreds, B73 and Mo17, as ... Gene expression variation is a key component underlying phenotypic variation and heterosis. Transcriptome profiling was performed on 23 different tissues or developmental stages of two maize inbreds, B73 and Mo17, as well as their hybrid. The obtained large-scale datasets provided opportunities to monitor the developmental dynamics of differential expression, additivity for gene expression, and regulatory variation. The transcriptome can be divided into .30 000 genes that are expressed in at least one tissue of one in bred and an additional ~10 000 “silent” genes that are not expressed in any tissue of any genotype, 90% of which are non-syntenic relative to other grasses. Many (.74%) of the expressed genes exhibit differential expression in at least one tissue. However, the majority of genes with differential expression do not exhibit consistent differential expression in different tissues. These genes often exhibit tissue-specific differential expression with equivalent expression in other tissues, and in many cases they switch the directionality of differential expression in different tissues. This suggests widespread variation for tissue-specific regulation of gene expression between the two maize inbreds B73 and Mo17. Nearly 5000 genes are expressed in only one parent in at least one tissue (single parent expression) and 97% of these genes are expressed at mid-parent levels or higher in the hybrid, providing extensive opportunities for hybrid complementation in heterosis. In general, additive expression patterns are much more common than non-additive patterns, and this trend is more pronounced for genes with strong differential expression or single pare nt expressi on. There is relatively little evidence for non-additive expression patterns that are maintained in multiple tissues. The analysis of allele-specific expression allowed classification of cis. and trans-regulatory variation. Genes with c/s-regulatory variation often exhibit additive expression and tend to have more consistent regulatory variatio 展开更多
关键词 MAIZE gene EXPRESSION HETEROSIS differential EXPRESSION non-additive EXPRESSION allele-specific EXPRESSION
EGR1基因与中国汉族人群阿尔茨海默病发病风险的关联研究 预览
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作者 方新宇 卢卫红 +6 位作者 王慧珍 倪建良 张江涛 蔡军 李涛 张登峰 张晨 《上海交通大学学报:医学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期153-159,共7页
目的·探讨早期生长反应基因1(early growth response gene 1,EGR1)与中国汉族人群阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)发病风险的关联。方法·纳入2 个独立样本共计715 例AD 患者和760 例健康对照(包括来自华东地区的382... 目的·探讨早期生长反应基因1(early growth response gene 1,EGR1)与中国汉族人群阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)发病风险的关联。方法·纳入2 个独立样本共计715 例AD 患者和760 例健康对照(包括来自华东地区的382 例AD 患者和426 例健康对照以及来自西南地区的333 例AD 患者和334 例健康对照)。采取外周静脉血并提取DNA,利用SNaPshot 技术对单核苷酸多态性位点rs11743810 进行分型。结合公共数据库探索EGR1 基因在AD 患者和健康对照的大脑中是否存在差异表达;并通过STRING 数据库构建蛋白质– 蛋白质交互作用(protein-protein interaction,PPI)网络图,以明确EGR1 与AD 高风险基因之间是否存在联系;采用表达数量性状基因座(expression quantitative trait loci,eQTL)关联分析探讨rs11743810 多态性与AD 易感性的关系。结果·差异表达分析发现,AD 患者与健康对照脑内EGR1 基因在颞叶皮层表达存在显著差异(校正前|log2FC|=0.780,P=0.000;FDR 校正后P=0.001)。PPI 结果也表明EGR1 蛋白与AD 高风险基因表达的蛋白如淀粉样蛋白前体(amyloid precursor protein,APP)以及载脂蛋白J(clusterin,CLU)之间存在交互作用。然而,eQTL 分析结果显示,EGR1 基因单核苷酸多态性rs11743810 不同基因型在10个脑区的表达无明显差异(校正后P>0.05)。外周血DNA 样本分析结果也提示AD 组和健康对照组的rs11743810 位点基因型和等位基因分布频率的差异均无统计学意义(P>0.05)。结论· rs11743810 多态性位点可能不是中国汉族人群AD 的主要致病位点。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 基因多态性 早期生长反应基因1 表达数量性状基因座 差异表达
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miR-148a-3p、miR-128、miR-588在乳腺癌中的表达情况及其与耐药性的关系 预览
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作者 陈元元 唐铁雷 +5 位作者 程永刚 李昭琦 王磊 李有怀 金依笑 王健生 《现代肿瘤医学》 CAS 2019年第12期2108-2113,共6页
目的:了解microRNA在乳腺癌中的表达情况,以及其对肿瘤化疗药物耐药性的影响。方法:获取GEOGSE71142的microRNA表达数据,通过edgeR和热图寻找乳腺癌耐药和药物敏感两组中差异性表达的microRNA。收集我院2012年至2015年100例病理诊断为... 目的:了解microRNA在乳腺癌中的表达情况,以及其对肿瘤化疗药物耐药性的影响。方法:获取GEOGSE71142的microRNA表达数据,通过edgeR和热图寻找乳腺癌耐药和药物敏感两组中差异性表达的microRNA。收集我院2012年至2015年100例病理诊断为乳腺癌的患者的癌及癌旁组织。使用qRT-PCR检测microRNA在癌和癌旁中的表达情况以及在MCF-7中的表达情况;应用配对t检验分析microRNA和T、N、M分期之间的关系。使用倾向值匹配模型(PSM),将患者分为耐药组和非耐药组,使用qRT-PCR检测microRNA的表达情况。使用Logistic回归模型进行多因素分析。按照microRNA的表达情况,进行亚组分析。结果:使用edgeR对GSE71142进行差异性表达分析,共筛选出了1 432个差异性表达的microRNA。应用qRT-PCR,配对样本t检验发现miR-148a-3p(P<0.05)、miR-128(P<0.05)、miR-466(P<0.05)、miR-31-5p(P<0.05)、miR-588(P<0.05)在癌和癌旁中差异性表达。卡方检验提示T分期、N分期、Her-2表达以及Cyclin-D1的表达情况与紫杉醇(PTX)耐药性有关(P<0.05)。PSM匹配后,在PTX耐药及PTX敏感中,qRT-PCR发现miR-148a-3p、miR-128、miR-588呈差异性表达(P<0.05)。ROC曲线提示miR-148a-3p(AUC:0.864,95%CI:0.737~0.991,P<0.05)、miR-128(AUC:0.859,95%CI:0.733~0.986,P<0.05)和miR-588(AUC:0.777,95%CI:0.623~0.930,P<0.05)。Logistic回归提示miR-148a-3p(OR=18. 36,P <0. 05)和miR-128是PTX耐药的保护因素(OR=5. 26,P <0. 05);而miR-588是PTX耐药的危险因素(OR=0. 35,P <0. 05)。miR-148a-3p的亚组分析提示其高表达和低表达均与Cyclin-D1的表达有关。结论:miR-148a-3p、miR-128、miR-466、miR-31-5p、miR-588有成为乳腺癌肿瘤标志物的可能;miR-148a-3p、miR-128、miR-588与乳腺癌的PTX耐药性有关;miR-148a-3p、miR-128可以用于判断患者的PTX耐药情况。miR-148a-3p可能通过Cyclin-D1调控PTX耐药性,但需要进一步的分子学机制研究证实。 展开更多
关键词 MICRORNA 耐药 差异性表达 肿瘤标志物 microRNA芯片 生物信息
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不同木质底物诱导下桦剥管菌细胞内差异蛋白质分析
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作者 闫绍鹏 訾晓雪 王秋玉 《南京林业大学学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期181-185,共5页
【目的】研究桦剥管菌在不同木质底物诱导下细胞内蛋白的差异表达情况,探讨桦剥管菌降解木材机理。【方法】以白桦、云杉木屑为诱导底物,利用蛋白质组双向电泳技术(2-DE)结合质谱技术(MALDI-TOF/TOF MS),检测桦剥管菌在不同树种木屑诱... 【目的】研究桦剥管菌在不同木质底物诱导下细胞内蛋白的差异表达情况,探讨桦剥管菌降解木材机理。【方法】以白桦、云杉木屑为诱导底物,利用蛋白质组双向电泳技术(2-DE)结合质谱技术(MALDI-TOF/TOF MS),检测桦剥管菌在不同树种木屑诱导下与对照组(未加木屑)相比菌体胞内蛋白质变化情况,对差异蛋白进行生物信息学分析。【结果】在白桦和云杉木屑诱导下,桦剥管菌细胞内蛋白表达发生了明显变化,处理组(添加木屑)共检测到32个细胞内差异表达蛋白点,经质谱检测及数据库检索,成功鉴定17个差异蛋白点,这些蛋白具有转移酶、水解酶、蛋白结合、细胞信号转导等分子功能,涉及分解代谢、有机物质代谢、氮化合物代谢、初级代谢、细胞生物合成和刺激响应过程。【结论】桦剥管菌降解木材是多种蛋白质共同作用的结果,通过调节多种代谢过程中的相关蛋白表达来发挥作用。 展开更多
关键词 底物诱导 桦剥管菌 胞内蛋白 差异表达
大豆2S清蛋白基因生物信息学分析
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作者 王迪 邱红梅 +5 位作者 王曙明 高淑芹 马晓萍 王洋 郑大浩 王跃强 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期16-24,共9页
2S清蛋白含有动物胰蛋白酶抑制剂及过敏原等多种具有生理活性的多肽,可引起特殊人群尤其是儿童的过敏反应,其编码基因为LTP基因家族。为系统地分析2S清蛋白编码基因,利用生物信息学分析方法获得2S清蛋白基因的全序列、定位以及转录本等... 2S清蛋白含有动物胰蛋白酶抑制剂及过敏原等多种具有生理活性的多肽,可引起特殊人群尤其是儿童的过敏反应,其编码基因为LTP基因家族。为系统地分析2S清蛋白编码基因,利用生物信息学分析方法获得2S清蛋白基因的全序列、定位以及转录本等信息,鉴定了30个大豆LTP家族基因。基因定位结果表明:23. 33%基因在染色体上串联排布,反映了该家族基因的串联重复进化。通过基因功能注释得到22个非特异性脂质转运蛋白,1个类伸展素蛋白,4个脯氨酸蛋白,2个种子储存2S清蛋白和1个雄蕊特殊蛋白。根据系统发育分析将这些蛋白分成3个类群。类群I有类伸展素蛋白、脯氨酸蛋白、雄蕊特殊蛋白和种子储存2S清蛋白,类群II有16个非特异性脂质转运蛋白,类群III有6个非特异性脂肪转移蛋白。种子储存2S清蛋白基因在种子发育中后期特异表达,表达量显著高于其它同源基因。本研究为进一步研究其功能提供指导,为该类基因应用于大豆品质改良提供理论支撑。 展开更多
关键词 大豆 LTP 进化分析 差异表达
1,2-二氯乙烷诱导SD大鼠肝脏Ⅰ相代谢酶基因差异表达研究
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作者 殷霄 程浩 +12 位作者 钟怡洲 郑杰蔚 谢植伟 曾丽海 戎伟丰 陆丰荣 黄曼琪 李国樑 梁博萱 江亮 林莉 黄建勋 黄振烈 《中国职业医学》 CAS 北大核心 2019年第2期163-166,共4页
目的探讨1,2-二氯乙烷(1,2-DCE)急性吸入染毒对大鼠肝脏Ⅰ相代谢酶基因差异表达的影响。方法无特定病原体级SD大鼠随机分为对照组(16只)、低剂量组和高剂量组(各24只),雌雄各半。采用口鼻式动式吸入染毒法,低、高剂量组大鼠每天分别予... 目的探讨1,2-二氯乙烷(1,2-DCE)急性吸入染毒对大鼠肝脏Ⅰ相代谢酶基因差异表达的影响。方法无特定病原体级SD大鼠随机分为对照组(16只)、低剂量组和高剂量组(各24只),雌雄各半。采用口鼻式动式吸入染毒法,低、高剂量组大鼠每天分别予剂量为600、1 800 mg/m~3的1,2-DCE染毒8 h,连续7 d,对照组大鼠予吸入新鲜空气。染毒结束后,采用实时荧光定量聚合高剂量组酶链反应法检测大鼠肝组织中细胞色素P450 2E1氧化酶(CYP2E1)、乙醇脱氢酶1(ADH1)与乙醛脱氢酶3α1(ALDH3α1)基因mRNA的相对表达水平。结果雄性高剂量组大鼠CYP2E1的相对表达水平高于雄性低剂量组和雌性高剂量组(P<0.05)。雄性低、高剂量组大鼠ADH1的相对表达水平均高于雄性对照组(P<0.05),雄性高剂量组大鼠ADH1的相对表达水平高于雄性低剂量组和雌性高剂量组(P<0.05)。高剂量组大鼠ALDH3α1相对表达水平分别高于对照组和低剂量组(P<0.05)。结论高剂量1,2-DCE染毒可导致大鼠肝脏Ⅰ相代谢酶表达增加,对雄性大鼠影响较雌性明显。 展开更多
关键词 1 2-二氯乙烷 吸入 肝脏 代谢酶 差异表达 大鼠
矽肺大鼠肺组织let-7d-3p和miRNA-21-5p差异表达及其初步分析
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作者 王佳宇 韩茹 +5 位作者 贾强 郑熠娇 李超 赛林霖 于功昌 邵华 《中国工业医学杂志》 CAS 2019年第2期94-97,F0003共5页
目的探索let-7d-3p和miRNA-21-5p在二氧化硅(SiO2)诱导的大鼠纤维化肺组织中的差异表达及其意义。方法SPF级Wistar雄性大鼠随机分为对照组和模型组,每组30只,采用一次性气管内灌注1 ml SiO2悬浊液建立大鼠矽肺模型,对照组大鼠相同方法灌... 目的探索let-7d-3p和miRNA-21-5p在二氧化硅(SiO2)诱导的大鼠纤维化肺组织中的差异表达及其意义。方法SPF级Wistar雄性大鼠随机分为对照组和模型组,每组30只,采用一次性气管内灌注1 ml SiO2悬浊液建立大鼠矽肺模型,对照组大鼠相同方法灌注1ml灭菌生理盐水。分别于染尘后1、7、14、21、28 d采集各组大鼠肺组织,每组取6只,对3只大鼠肺组织进行病理学观察,另外3只采用miRNA微阵列芯片技术筛选肺组织中差异表达的miRNA,通过miRNA芯片筛选结合反转录定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)验证let-7d-3p和miRNA-21-5p在两组间的表达水平,对let-7d-3p和miRNA-21-5p进行靶基因预测并进行GO(gene ontology)富集分析和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路分析。结果对照组大鼠1、7、14和21 d Masson染色均可见正常肺组织,未发现胶原纤维,28 d大鼠肺间质和支气管周围仅有少量纤细的胶原分布;模型组大鼠1 d和7 d未发现胶原纤维,14 d染色可见较多以淋巴细胞为主的炎症细胞浸润,未见明显纤维组织,21 d和28 d模型组大鼠肺间质内可见大片状密集的胶原纤维沉积,在肉芽组织、支气管及血管壁周围胶原蛋白增生明显。模型组中let-7d-3p的表达水平均显著下调,miRNA-21-5p表达水平均显著上调,与对照组相比差异均有统计学意义(P<0.05)。结论模型组中let-7d-3p和miRNA-21-5p表达变化明显,可能与早期矽肺的发生发展有关。 展开更多
关键词 矽肺 肺纤维化 miRNA 大鼠 差异表达
二烯丙基二硫诱导人胃癌MGC803细胞的差异microRNA表达 预览
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作者 唐仪 唐云云 +4 位作者 刘芳 苏坚 夏红 曾希 苏琦 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期782-786,共5页
目的 研究二烯丙基二硫(diallyl disulfide, DADS)诱导人胃癌MGC803细胞的差异miRNAs表达。方法 采用miRNAs芯片与qRT-PCR检测DADS诱导人胃癌MGC803细胞的差异miRNAs表达。结果 microRNA芯片检测显示,30 mg·L ^-1 DADS处理24 h后,M... 目的 研究二烯丙基二硫(diallyl disulfide, DADS)诱导人胃癌MGC803细胞的差异miRNAs表达。方法 采用miRNAs芯片与qRT-PCR检测DADS诱导人胃癌MGC803细胞的差异miRNAs表达。结果 microRNA芯片检测显示,30 mg·L ^-1 DADS处理24 h后,MGC803细胞的差异miRNAs表达中,miR-200b、miR-22、miR-7、miR-143、miR-138、miR-34a、miR-150等7个miRNA表达明显上调,miR-222、miR-21、miR-15b、miR-182、miR-18a 等5个miRNA下调。qPCR证实,30 mg·L ^-1 DADS处理MGC803细胞后,miR-200b、miR-22、miR-7、miR-143、miR-138、miR-34a、miR-150等表达较未处理组明显上调( P <0.05)。且qPCR检测显示,miR-200b与miR-22在MGC-803、BGC-823、MKN-28、SGC-7901、HGC-27等各种人胃癌细胞表达较正常人胃癌GES-1细胞明显下调( P <0.05)。miR-200b与miR-22在胃癌组织中表达较正常胃组织明显下调( P <0.05)。结论 DADS诱导人胃癌MGC803细胞的差异miRNAs表达有7个miRNA明显上调,5个miRNA下调。miR-200b与miR-22在胃癌组织与细胞中表达下调。DADS可上调MGC803细胞miR-200b与miR-22表达。 展开更多
关键词 二烯丙基二硫 人胃癌细胞 MGC803细胞 miRNAs芯片 MIRNA 差异表达
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青海高原耐旱蚕豆品种青海13号响应干旱胁迫蛋白质组学分析 预览
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作者 李萍 侯万伟 刘玉皎 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期267-275,共9页
蛋白质组学研究在功能基因组时代发挥着越来越重要的作用,利用双向电泳技术和质谱鉴定技术,可大量研究作物逆境胁迫后蛋白质组的变化,增加作物响应干旱胁迫机制的认识和理解。为探讨一种抗旱性蚕豆青海13号品种的耐旱机制,本研究对其幼... 蛋白质组学研究在功能基因组时代发挥着越来越重要的作用,利用双向电泳技术和质谱鉴定技术,可大量研究作物逆境胁迫后蛋白质组的变化,增加作物响应干旱胁迫机制的认识和理解。为探讨一种抗旱性蚕豆青海13号品种的耐旱机制,本研究对其幼苗期进行干旱胁迫处理,应用上述技术进行差异蛋白质组分析,经t检验发现32个差异表达蛋白点,部分呈现上调表达,部分呈现下调表达,还有7个消失蛋白点和1个新增蛋白点。采用MALDI-TOF/TOF鉴定和生物信息学分析发现,成功鉴定的21个蛋白点按其所参与的代谢途径和生化功能可分为七大类,参与信号转导的2个,参与自由基清除的1个,参与防卫反应的1个,参与代谢的8个,参与蛋白加工的1个,参与光合的5个,未知功能蛋白3个。22kD干旱诱导蛋白、应激诱导蛋白、17.5kD一级热激蛋白、超氧化物歧化酶是与抗旱性有直接关联的蛋白点,其相对表达量的上调可能是青海13号蚕豆具有较强抗旱性的重要原因。 展开更多
关键词 蚕豆 干旱胁迫 蛋白质组 差异表达 功能分类
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miRNA-29b-3p和miRNA-34c-3p在染矽尘大鼠肺组织和A549细胞中表达变化的研究
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作者 王佳宇 耿晓 +4 位作者 贾强 李超 赛林霖 于功昌 邵华 《中华劳动卫生职业病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期110-115,共6页
目的通过检测染矽尘大鼠肺组织和A549细胞中微RNA-29b-3p(miRNA-29b-3p)和微RNA-34c-3p(miRNA-34c-3p)的表达水平,探讨miRNA-29b-3p和miRNA-34c-3p在肺纤维化进程中的作用。方法SPF级雄性Wistar大鼠60只,按体重随机分为对照组和二氧化硅... 目的通过检测染矽尘大鼠肺组织和A549细胞中微RNA-29b-3p(miRNA-29b-3p)和微RNA-34c-3p(miRNA-34c-3p)的表达水平,探讨miRNA-29b-3p和miRNA-34c-3p在肺纤维化进程中的作用。方法SPF级雄性Wistar大鼠60只,按体重随机分为对照组和二氧化硅(SiO2)染尘组,每组30只,用一次性非暴露式气管滴注法灌注SiO2染尘组大鼠1 ml SiO2悬浊液,对照组大鼠相同方法气管内注入1 ml灭菌生理盐水。于染尘后1、7、14、21、28 d两组分别采集6只大鼠肺组织,其中3只大鼠取出肺组织进行病理学观察,另外3只采用miRNA微阵列芯片技术筛选肺组织中差异表达的miRNA。在体外细胞水平中培养A549细胞,分为对照组、SiO2刺激组和TGF-β1刺激组,在处理后的12、24和48 h收取细胞,通过荧光定量PCR(qRT-PCR)方法验证miRNA-29b-3p和miRNA-34c-3p在各组大鼠肺组织和A549细胞中的表达水平,对miRNA-29b-3p和miRNA-34c-3p进行靶基因预测并进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果对照组大鼠体重增长速度较SiO2染尘组大鼠明显;与对照组比较,SiO2染尘组大鼠的肺脏质量和肺系数明显升高,差异有统计学意义(P<0.05)。对照组大鼠肺组织21、28 d炎症反应较1、7、14 d明显减轻,SiO2染尘组大鼠肺组织有持续性炎性细胞浸润;对照组大鼠肺组织21、28 d有少量胶原分布,SiO2染尘组大鼠肺组织21 d后开始出现大量胶原纤维沉积。与对照组比较,SiO2染尘组中miRNA-29b-3p和miRNA-34c-3p表达水平均明显下调,差异均有统计学意义(P<0.05)。A549细胞在SiO2和人重组TGF-β1处理后,与对照组比较,24 h和48 h处理组中miRNA-29b-3p和miRNA-34c-3p表达水平均明显下调,差异有统计学意义(P<0.05)。结论大鼠肺组织和A549细胞中miRNA-29b-3p和miRNA-34c-3p的下调可能与早期矽肺的发生发展有关,有望成为早期矽肺诊断以及预后的指标。 展开更多
关键词 矽肺 肺纤维化 微RNA 大鼠 差异表达
ER,PR,Her-2及Ki-67在乳腺癌原发灶和前哨淋巴结转移灶中的表达对比研究 预览
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作者 王耀辉 高丽丽 +2 位作者 王晨曦 刘春样 章宜芬 《现代肿瘤医学》 CAS 2019年第6期959-963,共5页
目的:探讨ER、PR、Her-2及Ki-67在乳腺癌原发灶和前哨淋巴结转移灶中的表达变化及其临床病理意义。方法:收集50例具有乳腺癌原发灶和前哨淋巴结转移灶的病例,采用免疫组化及原位杂交分析原发灶和前哨淋巴结转移灶中ER、PR、Her-2及Ki-6... 目的:探讨ER、PR、Her-2及Ki-67在乳腺癌原发灶和前哨淋巴结转移灶中的表达变化及其临床病理意义。方法:收集50例具有乳腺癌原发灶和前哨淋巴结转移灶的病例,采用免疫组化及原位杂交分析原发灶和前哨淋巴结转移灶中ER、PR、Her-2及Ki-67的表达有无差异。结果:ER在乳腺癌原发灶和SLN转移灶中表达一致率为100%。PR原发灶和转移灶一致率为92%,变化率为8%,Her-2原发灶和转移灶一致率为96%,变化率为4%,表达变化均无统计学意义(P>0.05)。Ki-67在乳腺癌原发灶表达率为(30.3±20.2)%,SLN转移灶表达率(25.1±17.6)%,差异具有统计学意义(P<0.05);Ki-67原发灶和转移灶表达一致率为70%,变化率为30%,但表达变化无统计学意义(P>0.05)。补充腋窝淋巴结阳性率在原发灶高表达、SLN转移灶中变为低表达组22.2%(2/9)明显低于无变化组62.5%(15/24),差异具有统计学意义(P=0.04)。结论:原发灶基本能反应SLN转移灶ER、PR、Her-2表达状态,但针对个体而言,SLN转移灶分子状态重新评价仍有益。Ki-67在SLN转移灶表达率降低,原发灶高表达而SLN转移灶变为低表达可能预测补充腋窝淋巴结的低转移率。 展开更多
关键词 乳腺癌 前哨淋巴结 雌激素受体 孕激素受体 人表皮生长因子受体2 KI-67 表达差异
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六溴环十二烷胁迫下红树蚬鳃及肝胰腺线粒体基因表达定量研究 预览
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作者 车志群 孙仁杰 +2 位作者 刘文爱 廖思明 阎冰 《应用海洋学学报》 CSCD 北大核心 2019年第2期273-283,共11页
红树蚬( Polymesoda erosa )作为一种主要栖息于潮间带的沼泽地或红树林的双壳贝类,近年来很多研究都证明其具有做为海洋污染监测指示物种的潜力。红树蚬受六溴环十二烷(HBCD)不同浓度(0、0.086、0.860、8.600 μg/dm 3 )及不同天数(1、... 红树蚬( Polymesoda erosa )作为一种主要栖息于潮间带的沼泽地或红树林的双壳贝类,近年来很多研究都证明其具有做为海洋污染监测指示物种的潜力。红树蚬受六溴环十二烷(HBCD)不同浓度(0、0.086、0.860、8.600 μg/dm 3 )及不同天数(1、3、11、15、22 d)胁迫后,从转录组上调文库中挑取6个线粒体编码基因:细胞色素c氧化酶亚基I、III( COX I 、 COX III ),NADH脱氢酶亚基I、III( ND I、ND III ),细胞色素b( Cyt b ),无机焦磷酸酶( PPase ),并用实时荧光定量PCR研究各基因在红树蚬各组织内的表达情况,因为基因不稳定性,利用β-actin 作为内参对各目的基因所得数据进行均一化处理。结果发现:6个基因在HBCD胁迫后都有转录且差异表达。经生物统计学分析,胁迫后鳃及肝胰腺组织中各基因的表达量较对照组中有显著变化,总体上随着胁迫天数及浓度的增加呈增加趋势,但当胁迫浓度过高时,因线粒体产生的应激能力有限,表达量反而降低。最后从酶复合物在呼吸链、ROS生成、ATP合成中的作用等各方面分析了HBCD胁迫导致线粒体基因表达变化的原因,为进一步开展分子毒理研究和开发分子生物标志物在海洋监测中的应用奠定了基础。 展开更多
关键词 海洋生物学 红树蚬 六溴环十二烷 线粒体基因 差异表达
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蒙古马高负荷运动训练前后COX4I2、FABPpm和CAV-1基因表达量的研究 预览
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作者 李超 其日格日 +5 位作者 赵启南 乌英嘎 康德措 赵一萍 格日乐其木格 芒来 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2019年第4期45-48,共4页
为研究蒙古马高负荷运动训练前后COX4I2、FABPpm和CAV-1基因表达量的影响,实验选择3匹5岁雌性蒙古马,采用qRT-PCR方法检测为期4个月的强度递增高负荷运动训练后蒙古马臀中肌3种基因在mRNA水平的表达变化。结果表明:经训练后蒙古马肌肉中... 为研究蒙古马高负荷运动训练前后COX4I2、FABPpm和CAV-1基因表达量的影响,实验选择3匹5岁雌性蒙古马,采用qRT-PCR方法检测为期4个月的强度递增高负荷运动训练后蒙古马臀中肌3种基因在mRNA水平的表达变化。结果表明:经训练后蒙古马肌肉中COX4I2和FABPpm基因表达量均显著升高(P<0.05);CAV-1基因表达量也有升高(P>0.05)。可见,COX4I2、FABPpm和CAV-1基因与蒙古马的运动能力存在密切关系。 展开更多
关键词 蒙古马 训练前后 COX4I2 FABPpm CAV-1 表达量差异
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美洲大蠊microRNA的初步研究 预览
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作者 宝钲 杨茗羽 +2 位作者 张修月 岳碧松 范振鑫 《四川动物》 北大核心 2019年第1期47-55,共9页
美洲大蠊Periplaneta americana是一种世界性的卫生害虫,但其提取物有较高的药用价值。本研究对饲养的雌雄美洲大蠊成虫进行microRNA测序,分别在雄性和雌性中得到12 155 616条和9 847 263条序列。序列长度主要为18~23 nt,且在22 nt和29... 美洲大蠊Periplaneta americana是一种世界性的卫生害虫,但其提取物有较高的药用价值。本研究对饲养的雌雄美洲大蠊成虫进行microRNA测序,分别在雄性和雌性中得到12 155 616条和9 847 263条序列。序列长度主要为18~23 nt,且在22 nt和29 nt处有2个峰值。将所得序列与数据库(NCBI、Rfam)进行比对注释,最终在雄性成虫中鉴定到57种已知的microRNA和152种潜在的新microRNA,在雌性成虫中鉴定到53种已知的microRNA和94种潜在的新microRNA。差异表达分析发现只有一种microRNA:miR-750在雌雄之间差异表达,其在雌虫中表达量显著高于雄虫。本研究首次在基因组水平研究了美洲大蠊microRNA的组成并对其功能进行了预测,为其后续研究奠定了基础。 展开更多
关键词 美洲大蠊 MICRORNA 差异表达
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Comparative transcriptome analysis reveals differential gene expression in resistant and susceptible tobacco cultivars in response to infection by cucumber mosaic virus 预览
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作者 Dan Liu Yazeng Cheng +6 位作者 Min Gong Qiang Zhao Caihong Jiang Lirui Cheng Min Ren Yuanying Wang Aiguo Yang 《作物学报:英文版》 CAS CSCD 2019年第3期307-321,共15页
Cucumber mosaic virus(CMV) is one of the most severe viral diseases transmitted by aphids infecting Solanum crops in China, causing great losses of crop yields and income in rural communities.The tobacco cultivars NC8... Cucumber mosaic virus(CMV) is one of the most severe viral diseases transmitted by aphids infecting Solanum crops in China, causing great losses of crop yields and income in rural communities.The tobacco cultivars NC82 and Taiyan 8 are closely related but differ in resistance to CMV.NC82 is susceptible to infection and Taiyan 8 is resistant, but the mechanisms underlying this difference in resistance are not clear.In this study, we conducted RNA sequencing to analyze changes in gene expression induced in the leaves of Taiyan 8 and NC82 upon systemic infection with CMV, compared with gene expression in the leaves of mock-inoculated plants.Leaves were sampled at one, three, eight, and 15 days after infection.In total, 3443 and 747 differentially expressed genes were identified in Taiyan 8 and NC82, respectively.Gene ontology and pathway enrichment analyses revealed that the different responses to CMV infection between cultivars were based on microtubulebased processes, pentose and glucuronate interconversions, plant–pathogen interaction,and hormone signal transduction pathways.Genes encoding pathogenesis-related proteins, disease-resistance proteins, lipoxygenase, cellulose synthase, an auxin response factor, and an ethylene receptor showed different expression patterns.The differences in gene expression following CMV infection likely contributed to the different resistance levels of these two tobacco cultivars.The comprehensive transcriptome dataset described here,which includes candidate response genes, will serve as a resource for further studies of the molecular mechanisms associated with tobacco defense responses against CMV. 展开更多
关键词 CUCUMBER MOSAIC virus TOBACCO Resistance TRANSCRIPTOME Differential gene expression
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基于转录组数据对七叶树中三萜皂苷合成途径的研究
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作者 魏一丁 熊超 +6 位作者 张天缘 高翰 尹青岗 姚辉 孙伟 胡志刚 陈士林 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1135-1144,共10页
七叶树是七叶树科七叶树属高大乔木,集药用与观赏于一身。七叶树种子是其主要的药用部位,主要有效成分为齐墩果烷型三萜皂苷类化合物七叶皂苷。为了解七叶树三萜化合物生物合成的分子基础,该研究采用Illumina Hi Seq 2000高通量测序获... 七叶树是七叶树科七叶树属高大乔木,集药用与观赏于一身。七叶树种子是其主要的药用部位,主要有效成分为齐墩果烷型三萜皂苷类化合物七叶皂苷。为了解七叶树三萜化合物生物合成的分子基础,该研究采用Illumina Hi Seq 2000高通量测序获得七叶树种子与花的转录组数据,并对其代谢途径相关基因进行挖掘;使用Trinity软件实现unigene的de novo拼接;并将转录组的测序结果运用KEGG数据库进行注释,从而预测七叶树三萜代谢的具体途径。结果显示七叶树转录组共有2个三萜代谢途径相关数据集,分别为萜类物质前体代谢途径(途径编号为ko00900)和倍半萜与三萜代谢途径(途径编号为ko00909),对应的基因分别有47,27条。进一步根据催化酶与活性产物的总结比较分析发现萜类物质前体代谢途径相关酶共有8种,三萜代谢途径相关酶有3种。该研究首次在七叶树中解析出5条与三萜环化酶对应的基因,它们可能参与β-香树精合成进而形成七叶皂苷。通过种子与花的转录组表达差异分析显示,ko00900和ko00909途径相关的差异基因有33个;相对于花器官,种子中有17个unigenes表达量上调,16个unigenes表达量下调。该研究运用qRT-PCR实验对SQE(Unigene25806),HMGS(Unigene36710),β-AS(Unigene33291) 3个差异显著的关键酶基因的表达进行了试验验证,实验结果qRT-PCR结果与转录组数据一致。该研究所发现的七叶树的三萜皂苷合成相关候选基因能对七叶树三萜代谢合成与调控方面提供理论依据。 展开更多
关键词 七叶树 转录组 β-香树精 差异表达 QRT-PCR 三萜代谢
早期矽肺大鼠肺组织中miRNA-423-5p和miRNA-26a-5p的差异表达
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作者 王佳宇 于功昌 +4 位作者 贾强 李超 邵琳琳 赛林霖 邵华 《中华劳动卫生职业病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期7-12,共6页
目的筛选早期矽肺大鼠肺组织中微小RNA(microRNA,miRNA)表达谱的变化,为差异miRNA的功能分析提供信息。方法将SPF级Wistar雄性大鼠随机分为阴性对照组和二氧化硅(SiO2)染尘组,每组30只。染尘组采用一次性非暴露法气管内灌注1mlSiO2悬浊... 目的筛选早期矽肺大鼠肺组织中微小RNA(microRNA,miRNA)表达谱的变化,为差异miRNA的功能分析提供信息。方法将SPF级Wistar雄性大鼠随机分为阴性对照组和二氧化硅(SiO2)染尘组,每组30只。染尘组采用一次性非暴露法气管内灌注1mlSiO2悬浊液建立大鼠矽肺模型,对照组大鼠相同方法气管内注入1ml灭菌生理盐水,分别于不同处理后1、7、14、21、28d采集各组大鼠肺组织。其中3只大鼠取出肺组织进行病理学观察,另3只用miRNA微阵列芯片技术筛选肺组织中差异表达的miRNA,通过miRNA芯片筛选结合反转录定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)方法验证miRNA-423-5p和miRNA-26a-5p在两组间的实际表达水平,对miRNA-423-5p和miRNA-26a-5p进行靶基因预测并进行GO(geneontology)富集分析和KEGG(kyotoencyclopediaofgenesandgenomes)通路分析。结果对照组大鼠肺组织21、28d炎症反应较1、7、14d明显减轻,SiO2染尘组大鼠肺组织有持续性炎性细胞浸润;对照组大鼠21、28d有少量胶原分布,SiO2染尘组大鼠肺组织21d后开始出现大量胶原纤维沉积。与对照组比较,SiO2染尘组各时间点大鼠肺组织中miRNA-423-5p表达明显上调,miRNA-26a-5p表达明显下调,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论早期矽肺大鼠肺组织中miRNA-423-5p的上调和miRNA-26a-5p的下调可能与早期矽肺的发生发展有关。 展开更多
关键词 矽肺 肺纤维化 微RNAS 大鼠 差异表达
骨关节炎关键基因与治疗药物的生物信息学筛选
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作者 丁晓 史晨辉 +5 位作者 孟德峰 王海英 韩飞 蒲沛东 王梦雨 王维山 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期189-196,共8页
目的:利用生物信息学方法探寻骨关节炎(OA)关键基因及潜在治疗药物。方法:利用基因表达大棚车(GEO)下载GSE55235芯片数据,R语言3.5.0筛选差异表达基因,David在线数据库对差异表达基因进行基因本体(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全... 目的:利用生物信息学方法探寻骨关节炎(OA)关键基因及潜在治疗药物。方法:利用基因表达大棚车(GEO)下载GSE55235芯片数据,R语言3.5.0筛选差异表达基因,David在线数据库对差异表达基因进行基因本体(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析,String 10.5在线数据库构建分析蛋白质之间的相互作用,Cytoscape v3.6.1软件进行可视化编辑,MCODE插件进行子网络模块分析,筛选出OA发生过程中的核心基因。最后根据关联性图谱(CMap)分析具有潜在治疗OA的小分子药物。结果:筛选出556个差异基因,其中上调252个,下调304个,这些差异基因主要参与细胞外基质组织、炎症反应、细胞黏附、免疫应答以及胶原结合等方面;KEGG通路分析发现差异基因主要参与细胞外基质受体相互作用,磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路及破骨细胞分化;蛋白质相互作用发现白细胞介素-6(IL-6),JUN,血管内皮生长因子α(VEGFA),FOS,MYC和早期生长反应蛋白-1(EGR-1),转录激活因子-3(ATF-3)等关键基因;筛选出了一些潜在治疗OA的小分子药物,如石蒜碱和茴香霉素等。结论:所筛选的关键基因可能成为诊断OA的标志物或潜在治疗OA的靶点;筛选出来的小分子药物可作为治疗OA的关键药物进行研发。 展开更多
关键词 骨关节炎 生物信息学 基因芯片 关联性图谱 石蒜碱 茴香霉素 差异表达
BCAR3、SCEL及LIFR mRNA在帕金森病患者血清胞外囊泡中异常表达 预览
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作者 刘郁 张静静 +1 位作者 吕荣祥 王文盛 《中风与神经疾病杂志》 CAS 2019年第2期127-131,共5页
目的对比分析帕金森病(Parkinson’s disease,PD)患者和健康个体血清胞外囊泡(extracellular vesicles,EVs)中差异表达的mRNA。方法收集2016年1-2017年12月于我院就诊的PD患者22例,健康对照个体16例,收集所有受试者血清并提取EVs,透射... 目的对比分析帕金森病(Parkinson’s disease,PD)患者和健康个体血清胞外囊泡(extracellular vesicles,EVs)中差异表达的mRNA。方法收集2016年1-2017年12月于我院就诊的PD患者22例,健康对照个体16例,收集所有受试者血清并提取EVs,透射电子显微镜观察其形态。采用表达谱芯片分析PD患者和健康对照个体血清EVs间差异表达的mRNA,qRT-PCR对显著差异表达的mRNA进行验证。结果透射电子显微镜下可见直径约30~100nm的囊泡。囊泡中46个mRNA在健康个体和PD患者血清EVs中存在显著差异(P<0.01),其中26个mRNA在PD患者血清EVs中表达上调,20个mRNA表达水平下调。经qRT-PCR证实,BCAR3、SCEL、KLHK12、GIPR、DZANK1持续上调(P<0.05),LIFR、ANKRD53和TMEM100持续下调(P<0.05),其中BCAR3、SCEL及LIFR在PD患者血清EVs中表达水平和去EVs的血清中表达水平存在显著差异(P<0.01)。结论与健康对照个体相比,BCAR3、SCEL在PD患者血清EVs中表达水平显著上调,LIFR表达水平显著下调,且3个基因特异性地存在于PD患者血清EVs中。 展开更多
关键词 胞外囊泡 MRNA 帕金森病 差异表达
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我国利什曼原虫伽师株有毒力和无毒力前鞭毛体定量蛋白质组学比较分析 预览
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作者 危芙蓉 高春花 +2 位作者 汪俊云 杨玥涛 石锋 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期97-102,共6页
目的应用定量蛋白质组学方法比较我国利什曼原虫伽师株有毒力和无毒力前鞭毛体蛋白表达的差异。方法将分离于我国新疆伽师县黑热病患者婴儿利什曼原虫JS5有毒力株前鞭毛体和无毒力株前鞭毛体经酶解后进行液相色谱串联质谱(Liquid chroma... 目的应用定量蛋白质组学方法比较我国利什曼原虫伽师株有毒力和无毒力前鞭毛体蛋白表达的差异。方法将分离于我国新疆伽师县黑热病患者婴儿利什曼原虫JS5有毒力株前鞭毛体和无毒力株前鞭毛体经酶解后进行液相色谱串联质谱(Liquid chromatography-tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)的非标记(Label-free)定量分析,利用MaxQuant软件查库,进行Label-free非标定量(LFQ)分析;每个样品重复3次质谱分析,只有1次有LFQ值的蛋白舍弃。结果本研究共鉴定蛋白3 994个,有毒力和无毒力株间差异蛋白为298个(差异倍数 >1.2或差异倍数<0.83,P﹤0.05),其中利什曼原虫有毒力株前鞭毛体特有表达蛋白15个,无毒力株前鞭毛体特有表达蛋白23个,二者间表达丰度有显著差异蛋白260个,其中有毒力前鞭毛体表达上调蛋白(高表达)78个,表达下调蛋白(低表达)182个。这些差异表达蛋白中已鉴定功能的蛋白分别涉及糖与脂质代谢、核酸代谢、压力反应、细胞骨架形成、细胞周期与增殖等生物功能。结论利什曼原虫伽师株有毒力株和无毒力株前鞭毛体蛋白质组的表达存在差异,为筛选和鉴定与利什曼原虫感染相关关键分子奠定了基础。 展开更多
关键词 利什曼原虫 有毒力株 无毒力株 比较蛋白质组学 差异蛋白 表达
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