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猪非典型瘟病毒GX01-2018株全基因组分子特征的分析
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作者 尹彦文 施开创 +3 位作者 孙文超 莫胜兰 陆文俊 屈素洁 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期484-492,共9页
猪非典型瘟病毒(APPV)被证实是新生仔猪先天性震颤的致病因子。为了解广西APPV流行毒株的分子遗传特征,采用RT-PCR分段扩增APPV阳性病料,经克隆、测序、拼接,获得1株APPV的全基因序列,遂被命名为GX01-2018株。结果显示,GX01-2018株基因... 猪非典型瘟病毒(APPV)被证实是新生仔猪先天性震颤的致病因子。为了解广西APPV流行毒株的分子遗传特征,采用RT-PCR分段扩增APPV阳性病料,经克隆、测序、拼接,获得1株APPV的全基因序列,遂被命名为GX01-2018株。结果显示,GX01-2018株基因组全长11 565 bp,包括一个编码3 635个氨基酸的阅读框(ORF)。同源性分析显示,GX01-2018株与国内代表毒株广西GX-CH_2016株、江西JX-JM01-2018A01株、广东China/GD-SD/2016株、广东GD株核苷酸序列的同源性分别为98.2%、92.9%、83.4%、90.8%。GX01-2018株与国外代表毒株美国000515株、德国Bavaria_S5/9株、奥地利AUT-2016_C株、荷兰NL1株核苷酸序列的同源性分别为87.8%、90.7%、90.5%、90.7%。上述国内外代表毒株间Npro、Erns、E2基因核苷酸序列的同源性分别为79.1%~97.2%、83.0%~98.4%、83.1%~96.8%。基于APPV全基因组以及E2、Npro、Erns基因核苷酸序列绘制遗传进化树,获得相似的进化树图。来自广西的GX01-2018株与欧洲型毒株位于一个分支,而同样来自广西的GX04/2017株与美洲型毒株位于另一个分支。表明APPV流行毒株具有遗传多样性,来自同一地区的流行毒株出现较大的遗传变异。 展开更多
关键词 猪非典型瘟病毒 基因组序列 遗传变异 遗传多样性 分子特征
Clinical characteristics of human adenovirus type 7 pneumonia and genetic characteristics of human adenovirus type 7
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作者 李小芳 《中国医学文摘:内科学分册(英文版)》 2019年第2期97-98,共2页
Objective To better understand the clinical featuresof human adenovirus type 7 (hAdV7) pneumonia and toidentify whether there is a variation in the genome of thestrain ( CHN/BeiJing /2018 ) isolated during the smallsc... Objective To better understand the clinical featuresof human adenovirus type 7 (hAdV7) pneumonia and toidentify whether there is a variation in the genome of thestrain ( CHN/BeiJing /2018 ) isolated during the smallscaleepidemic. Methods Forty-two patients were diagnosedwith hAdV7 pneumonia between October 27th,2017 and February 28th,2018. They were all males withan average age of (21 ± 2) years. Demographic and clinicaldata were reviewed and analyzed in detail. The nucleicacid of the epidemic strain was extracted from abronchoalveolar lavage fluid sample. Whole genome sequencing(WGS ) was then performed and sequenceswere compared with other hAdV7 strains distributed globally.Phylogenetic tree analysis was conducted based onwhole genome sequences of the epidemic strain. 展开更多
关键词 Clinical CHARACTERISTICS of HUMAN ADENOVIRUS TYPE 7 PNEUMONIA and GENETIC CHARACTERISTICS of HUMAN ADENOVIRUS TYPE 7
2017~2018监测年度中国大陆A(H1N1)pdm09亚型流感病毒抗原性和基因特性分析
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作者 成艳辉 刘佳 +7 位作者 谭敏菊 隗合江 肖宁 李希妍 赵翔 杨磊 黄维娟 王大燕 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期431-439,共9页
甲型流感病毒易发生基因的突变或重配,曾多次引起世界性大流行,导致严重的疾病负担。为分析2017~2018监测年度我国大陆流行的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原性和基因特性变异情况以及与疫苗株的匹配性,用免疫雪貂后的抗血清进行红细胞... 甲型流感病毒易发生基因的突变或重配,曾多次引起世界性大流行,导致严重的疾病负担。为分析2017~2018监测年度我国大陆流行的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原性和基因特性变异情况以及与疫苗株的匹配性,用免疫雪貂后的抗血清进行红细胞凝集抑制试验,对1 079株A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行抗原分析,用深度测序法对其中121株流感病毒进行序列测定。抗原分析结果显示,2017~2018年检测的95%以上的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与疫苗株A/Michigan/45/2015抗原性类似。序列分析结果显示,2017~2018年流行的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的血凝素(Hemagglutinin,HA)基因分为6B.1和6B.2两个分支,绝大部分毒株属于6B.1分支,少数毒株属于6B.2分支,两个分支间毒株的抗原性无明显差异。因此,上述监测结果表明,2017~2018年我国大陆流行的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与WHO推荐的北半球的疫苗组分匹配。 展开更多
关键词 A(H1N1)pdm09亚型流感病毒 抗原性 基因特性
2014年陕西省柯萨奇病毒A10型相关手足口病的流行特征和其VP1区基因特征研究
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作者 徐艺 郑媛 +5 位作者 关路媛 余鹏博 马萍 张蕾 许晶 徐纪茹 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期90-95,共6页
了解陕西省手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)的致病病原体柯萨奇病毒A10型(CV-A10)的流行特征及VP1区基因特征。对2014年收集的HFMD病例标本,通过荧光定量PCR检测确定肠道病毒型别,对CV-A10引起的HFMD流行特征进行描述性分... 了解陕西省手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)的致病病原体柯萨奇病毒A10型(CV-A10)的流行特征及VP1区基因特征。对2014年收集的HFMD病例标本,通过荧光定量PCR检测确定肠道病毒型别,对CV-A10引起的HFMD流行特征进行描述性分析。使用RD细胞进行病毒分离,RT-PCR扩增CV-A10的VP1区基因片段并进行序列测定,使用Meg Align软件进行核苷酸及氨基酸的同源性分析,并使用MEGA5.0软件构建系统进化树。2014年CV-A10是陕西HFMD病原谱中的第三大病原,占其他肠道病毒的57.71%,13例重症HFMD病例的致病病原体鉴定为CV-A10,占重症病例的9.03%。CV-A10感染HFMD病例以≤3岁年龄组儿童为主(83.07%),男女性别比为1.15∶1。发病时间主要集中在4~7月。实验室分离出101株CV-A10,覆盖全省10市(区)。完成测序的18株CV-A10核苷酸和氨基酸同源性分别为94.0%~100.0%和97.3%~100.0%,与A型原型株的核苷酸和氨基酸同源性分别为76.2%~77.5%和91.9%~93.0%,与近年来河北、湖南和河南地区流行株具有较高的同源性。系统进化显示陕西CV-A10分离株属于C基因型。CV-A10是2014年陕西HFMD的优势病原,能引起重症HFMD,本次分离到的CV-A10毒株均属于C基因型。 展开更多
关键词 手足口病(HFMD) 柯萨奇病毒A10型(CV-A10) 流行特征 基因特征
2016年河南省一次流行性腮腺炎暴发的病毒基因特征分析
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作者 丰达星 张璐 +3 位作者 吕宛玉 李光伟 徐瑾 张延炀 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期221-227,共7页
目的分析2016年引起河南省一次流行性腮腺炎暴发的病毒基因特征,为我省流行性腮腺炎防控提供实验室数据。方法在2016年河南省的一次流行性腮腺炎暴发中采集患者咽拭子标本,经病毒分离和基因定型后,选取1株进行全基因序列的测定,使用MEGA... 目的分析2016年引起河南省一次流行性腮腺炎暴发的病毒基因特征,为我省流行性腮腺炎防控提供实验室数据。方法在2016年河南省的一次流行性腮腺炎暴发中采集患者咽拭子标本,经病毒分离和基因定型后,选取1株进行全基因序列的测定,使用MEGA7.0软件构建系统进化树并计算遗传距离(P-distance),同时对腮腺炎病毒(mumps virus,MuV)小疏水蛋白(SH)、融合蛋白(F)和血凝素神经氨酸酶(HN)编码基因进行基因特征分析。结果在河南省的一次流行性腮腺炎暴发中共采集了5份咽拭子标本,通过病毒分离共获得5株MuV分离株,进化树分析显示均为F基因型,与F基因参考株P-distance为0.047(0.046~0.049),5株分离株核苷酸P-distance为0.001(0~0.003)。选择其中1株进行全基因组序列测定和分析,与参考基因组序列相比,P-distance为0.053(0.018~0.072),其中与F基因型最小为0.018,与疫苗株(HQ416907)相比,SH基因的第28~30位氨基酸三联体为IML,F基因影响病毒致病特征的第91、195和383位等氨基酸位点未发生突变,HN基因影响病毒免疫特征的区域发生P354Q、E356D和K464N的突变。结论2016年引起河南省一次流行性腮腺炎暴发的MuV为F基因型,其基因特征与国内流行株较为相似。 展开更多
关键词 腮腺炎病毒 基因特征 分析
考虑材料参数的二维固/固声子晶体拓扑优化设计 预览
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作者 许卫锴 宁金英 +2 位作者 韩世超 余欣宇 祁武超 《沈阳航空航天大学学报》 2019年第5期10-15,共6页
基于混合变量的两阶段遗传算法,对声子晶体拓扑构型及影响二维固/固声子晶体的材料参数进行优化,得到了较宽的低频带隙。结果表明,散射体的材料密度和弹性模量对声子晶体的带隙特性均具有重要影响,但较高的弹性模量更易于产生较宽的低... 基于混合变量的两阶段遗传算法,对声子晶体拓扑构型及影响二维固/固声子晶体的材料参数进行优化,得到了较宽的低频带隙。结果表明,散射体的材料密度和弹性模量对声子晶体的带隙特性均具有重要影响,但较高的弹性模量更易于产生较宽的低频带隙;在散射体具有较高的弹性模量时,能够大幅增加声子晶体的相对带宽,在此基础上,密度的改变能够进一步发挥调制作用;散射体和基体的密度差值及弹性模量差值越大越易产生较宽的带隙,这为声子晶体的带隙调制和设计提供了一定的理论依据。 展开更多
关键词 声子晶体 拓扑优化 遗传算法 带隙特性 材料参数
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2009—2018年江苏省EV71分子流行病学及其基因特征分析
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作者 樊欢 嵇红 +3 位作者 霍翔 胡建利 祁贤 鲍倡俊 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期686-692,共7页
目的阐明2009—2018年江苏省肠道病毒71型(EV71)的流行病学、基因变异及遗传进化特征。方法对2009—2018年江苏省EV71发病资料和病原学检测情况进行统计分析。选取80株EV71病毒分离株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸及氨基酸序列... 目的阐明2009—2018年江苏省肠道病毒71型(EV71)的流行病学、基因变异及遗传进化特征。方法对2009—2018年江苏省EV71发病资料和病原学检测情况进行统计分析。选取80株EV71病毒分离株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸及氨基酸序列与疫苗株进行差异性比较并构建系统进化树。结果2009—2018年江苏省共报告手足口肠道病毒阳性病例41 858例,EV71为主要病原,占36.52%,重症病例中,以EV71为主,但EV71所占病原构成比逐渐下降。EV71在每年的4—6月出现流行高峰,主要感染6个月~5岁年龄段儿童,男性比例高于女性,地区分布上,江苏省EV71流行呈现一定的地区聚集性,高发地区主要集中在南京、苏州、无锡、连云港。江苏省地区流行的EV71毒株属于C4a亚型;80株EV71分离株的VP1基因核苷酸序列与3株EV71疫苗株(H07、FY23、FY7VP5)差异性分别为0.6 %~5.5%、0.8 %~5.7%和1.9 %~6.9%;EV71分离株的VP1基因氨基酸序列与H07、FY23、FY7VP5差异性分别为0~1.4%、0.3%~2.0%和0.3%~2.0%;80株EV71分离株免疫表位中的氨基酸除个别位点发生突变,并未呈现年度和地区规律性的氨基酸突变。结论2009—2018年,江苏省地区流行的EV71具有明显的时间、人群和地理分布特征。80株EV71分离株属于C4a亚型,EV71分离株与疫苗株核苷酸序列变异较大,但氨基酸同源性较高,推断存在一定的同义突变,不存在抗原漂移的风险,为EV71疫苗在江苏省的应用提供了参考。 展开更多
关键词 手足口病 EV71 流行病学 遗传特征
2013-2017年内蒙古自治区甲型H1N1流感病毒基因特征分析
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作者 跃华 初迪 +2 位作者 海岩 雷霞 王文瑞 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2019年第4期405-409,共5页
目的了解内蒙古自治区甲型H1N1流感病毒基因变异特征和规律,为评估疫苗防治效果和防控甲型H1N1流感提供科学依据。方法随机选择2013—2017年内蒙古自治区16株甲型H1N1流感病毒分离株,通过RT-PCR和测序方法获得血凝素(hemagglutinin,HA)... 目的了解内蒙古自治区甲型H1N1流感病毒基因变异特征和规律,为评估疫苗防治效果和防控甲型H1N1流感提供科学依据。方法随机选择2013—2017年内蒙古自治区16株甲型H1N1流感病毒分离株,通过RT-PCR和测序方法获得血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因组序列,运用生物信息学软件对全基因序列特征进行分析。结果相对于A/California/07/2009疫苗株,2014年起内蒙古自治区的甲型H1N1流感病毒变异较大,与疫苗株匹配效果不佳,但与A/Michigan/45/2015疫苗株匹配效果较好;部分毒株HA基因中出现D222N和D222G变异,增加了病毒结合人体下呼吸道的能力;部分毒株NA基因中出现E119K和H275Y变异,提示病毒对NA抑制剂出现耐药。结论随着时间推移,甲型H1N1流感病毒已逐渐发生变异,WHO推荐疫苗相对滞后。人群中出现毒力增强株和耐药株,需加强流感病毒基因监测以及时发现新变异株,为流感防控提供依据。 展开更多
关键词 甲型H1N1流感病毒 全基因组 基因特征
布列因-兴凯地区铀成矿特征及其对我国铀矿找矿的启示 预览
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作者 周永恒 吴大天 +2 位作者 吴涛涛 刘金龙 柴璐 《科技通报》 2019年第4期44-53,共10页
布列因-兴凯地区地跨中俄边境两侧,区内已发现有火山岩型、交代岩型、砂岩型铀矿床十余处,铀矿化及矿化点近百处,但基本分布于俄罗斯境内,中俄两侧找铀成果差异巨大。布列因-兴凯地区铀源丰富,成矿地质背景相似,中生代以来火山活动频繁... 布列因-兴凯地区地跨中俄边境两侧,区内已发现有火山岩型、交代岩型、砂岩型铀矿床十余处,铀矿化及矿化点近百处,但基本分布于俄罗斯境内,中俄两侧找铀成果差异巨大。布列因-兴凯地区铀源丰富,成矿地质背景相似,中生代以来火山活动频繁,共同经受中生代的岩浆活化作用改造,中新生代盆地发育,具有相似的铀成矿地质背景特征,中俄两侧铀成矿作用具有可对比性。本文从分析俄罗斯的铀成矿特征出发,总结其铀成矿作用特征与规律,对比中国境内的成矿地质背景环境特征,分析中国境内有潜力的铀找矿潜力区,为我国境内布列因-兴凯地区的铀矿找矿工作提供参考。 展开更多
关键词 铀矿床 成因类型 火山岩型 交代岩型 成矿特征
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2009-2017年江苏省手足口病病原谱及柯萨奇A16型的分子流行病学研究 预览
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作者 嵇红 鲍倡俊 +3 位作者 祁贤 霍翔 胡建利 樊欢 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期113-119,共7页
目的描述2009-2017年江苏省手足口病(HFMD)病原谱及柯萨奇A16型(CVA16)的流行病学、基因变异及遗传进化特征。方法对2009-2017年江苏省手足口病发病资料和病原学检测情况进行统计分析,选取120株CVA16病毒分离株进行VP1区全长基因序列测... 目的描述2009-2017年江苏省手足口病(HFMD)病原谱及柯萨奇A16型(CVA16)的流行病学、基因变异及遗传进化特征。方法对2009-2017年江苏省手足口病发病资料和病原学检测情况进行统计分析,选取120株CVA16病毒分离株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸及氨基酸序列进行同源性比较及系统进化分析。结果2009-2017年江苏省共报告手足口病1013771例。其中,手足口病肠道病毒阳性病例37389例,主要病原构成为EV71(39.85%)和CVA16(30.13%);重症病例中,以EV71为主要病原,CVA16及其他肠道病毒引起的重症病例较少。CVA16在每年的3~7月和9~11月出现流行高峰,主要感染1~4岁年龄段儿童,男性比例高于女性。江苏省地区流行的CVA16毒株属于B1a亚型和B1b亚型,其中B1b亚型为优势流行基因亚型。120株CVA16病毒分离株VP1区核苷酸及编码氨基酸序列同源性分别为87.5%~100%、97%~100%。结论2009-2017年,江苏省地区流行的CVA16具有明显的时间、人群分布特征;120株CVA16分离株属于B1a亚型和B1b亚型。CVA16分离株核苷酸序列变异较大,但氨基酸同源性较高,推断存在一定的同义突变。 展开更多
关键词 手足口病 柯萨奇病毒A组16型 流行病学 遗传特征
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郴州市某煤系地层滑坡成因机制及滑动过程分析 预览
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作者 张可能 李斌 +2 位作者 戚玉禄 张云毅 左文贵 《国土资源导刊》 2019年第1期30-35,共6页
本文以郴州市龙家背滑坡为研究对象,分析该滑坡的成因过程及机理。经勘察研究发现,此滑坡属推移式与牵引式复合型的岩土混合滑坡,破坏模式为典型的拉裂-蠕滑缓动型变形破坏模式。郴州独特的煤系地层是滑坡产生的主要内因,通过 UU试验分... 本文以郴州市龙家背滑坡为研究对象,分析该滑坡的成因过程及机理。经勘察研究发现,此滑坡属推移式与牵引式复合型的岩土混合滑坡,破坏模式为典型的拉裂-蠕滑缓动型变形破坏模式。郴州独特的煤系地层是滑坡产生的主要内因,通过 UU试验分析二叠系上统龙潭组页岩煤系地层特殊岩土力学性质,总结其力学参数随含水率的升高显著下降的变化规律,并分析对比滑带土室内试验结果,发现经地下水软化后的滑带的含水率约为 35%,强度较干燥状态下降约 71.4%;坡脚切方施工是最终形成复合式滑坡的触发因素,运用改进毕肖普法计算挖方前后坡脚土体的稳定性,坡体稳定性系数由1.13下降至0.93,坡体失稳滑动。郴州市山岭地区独特的煤系地层,加之春秋多暴雨的特殊气候条件,在工程建设中极易触发产生滑坡等次生灾害。本文依托此龙家背滑坡,分析其破坏过程及成因机理,为今后城市建设中的灾害防治提供参考和理论支持。 展开更多
关键词 滑坡 煤系地层 成因机制 发育特征 切坡
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新型鸭呼肠孤病毒QY株σB蛋白基因特征、二级结构预测及其细胞抗原表位分析 预览
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作者 吴阳开 范文胜 +4 位作者 张雪莲 李智丽 郭锦玥 李文锋 黄淑坚 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第10期2851-2859,共9页
本研究旨在对新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)QY株σB蛋白的遗传变异规律和结构及功能进行分析。从GenBank数据库中获取QY株和25株参考株的σB蛋白编码序列,通过Mega 6.0软件进行序列比对分析和系统进化树构建;使用Datamonkey软件进行选择压力分... 本研究旨在对新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)QY株σB蛋白的遗传变异规律和结构及功能进行分析。从GenBank数据库中获取QY株和25株参考株的σB蛋白编码序列,通过Mega 6.0软件进行序列比对分析和系统进化树构建;使用Datamonkey软件进行选择压力分析;运用生物信息学软件预测QY株σB蛋白二级结构功能及B细胞和T细胞抗原表位。相似性分析结果显示,NDRV QY株与国内其他地区分离的鸭呼肠孤病毒(DRV)氨基酸相似性达到94.9%~98.9%,与禽呼肠孤病毒(ARV)及番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的相似性仅为66.5%~68.4%和67.6%~68.4%;选择压力分析显示,σB蛋白承受净化选择压力,但存在一个正向选择位点;σB蛋白属于亲水蛋白,不具有信号肽和跨膜区,含有潜在的O-糖基化位点;结构预测分析显示,σB蛋白具有α-螺旋、β-折叠、β-转角及无规则卷曲等丰富的二级结构;表位分析显示,σB蛋白含有潜在的B细胞和T细胞抗原表位。本研究成功进行了QY株σB蛋白的基因特征和结构功能预测及其细胞表位分析,为深入了解该蛋白的免疫学特性及研发NDRV新型疫苗奠定了基础。 展开更多
关键词 新型鸭呼肠孤病毒(NDRV) σB蛋白 基因特征 二级结构 抗原表位
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2018年绥芬河口岸鼠类携带巴尔通体调查和基因特征分析
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作者 曹晓梅 王颖 +3 位作者 王婕敏 高艳菲 王怀远 张晓龙 《中华卫生杀虫药械》 CAS 2019年第5期467-470,共4页
目的调查黑龙江省绥芬河口岸巴尔通体在鼠种中的分布情况及基因特征。方法2018 年7 月,在绥芬河口岸附近林区、田地、边境哨所等不同的生境,采用弓形夹法和5 m 夹夜法捕获鼠类。记录样本的生理特征,进行种类鉴定。无菌条件下解剖,取脾... 目的调查黑龙江省绥芬河口岸巴尔通体在鼠种中的分布情况及基因特征。方法2018 年7 月,在绥芬河口岸附近林区、田地、边境哨所等不同的生境,采用弓形夹法和5 m 夹夜法捕获鼠类。记录样本的生理特征,进行种类鉴定。无菌条件下解剖,取脾脏和肝脏检测巴尔通体感染情况。采用聚合酶链式反应( PCR)方法检测巴尔通体遗传标志物枸橼酸合成酶基因( gltA),通过阳性序列比对进行巴尔通体分子种类鉴定。结果在绥芬河口岸捕获鼠类3 科5 属6 种77 只,共检出巴尔通体核酸阳性样本36 份,感染率为46. 75%。感染鼠种为黑线姬鼠、大林姬鼠、花鼠、东方田鼠、大仓鼠;巴尔通体共有4 个株型,包括格拉汉姆巴尔通体Bartonella grahamii、Bartonella taylorii、Bartonella phoceensis 及Bartonella elizabethae,提示绥芬河口岸鼠种群中存在巴尔通体分子种类多样性的特征。结论黑龙江省绥芬河口岸鼠类存在巴尔通体感染,且携带人类致病性的巴尔通体,对人类健康存在威胁,应加强口岸地区的鼠类携带巴尔通体的监测与防控。 展开更多
关键词 绥芬河口岸 巴尔通体 基因特征
羊口疮病毒OV-HLJ05株及其VEGF毒力因子的遗传特征
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作者 于永忠 段旭阳 +6 位作者 刘圆圆 赵蕊 李岩 马金柱 宋佰芬 连正兴 崔玉东 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期622-632,共11页
羊口疮在我国呈区域流行态势,各地分离株基因型混杂不清,严重制约该病的区域性防控。本研究针对黑龙江大庆地区某小型私营羊场出现的疑似羊口疮病例,采集发病的波尔山羊痂皮病料,通过病毒的分离、电镜形态学观察、本体动物回归试验、血... 羊口疮在我国呈区域流行态势,各地分离株基因型混杂不清,严重制约该病的区域性防控。本研究针对黑龙江大庆地区某小型私营羊场出现的疑似羊口疮病例,采集发病的波尔山羊痂皮病料,通过病毒的分离、电镜形态学观察、本体动物回归试验、血清学检测和分子生物学鉴定,获得一株羊口疮病毒(Orf virus,ORFV),命名为OVHLJ05株。进而,病毒分子遗传学研究发现,OV-HLJ05在其主要的囊膜蛋白编码基因F1L上,与近年来国内众多分离株相差不大;同源性达95%~98.5%。而在其毒力因子编码基因VEGF方面,OV-HLJ05与9个国内外代表毒株相比,则出现了较大分歧。OV-HLJ05株与OV-SA00(USA)、OV-GO(China)和OV-SJ1(China)等3个毒株亲缘关系密切;同源性分别是93.2%、91.9%和87.2%。而与NZ2(New Zealand)、IA82(USA)、B029(Germany)、D1701(Germany)OV-YX(China)和OV-NA-1-11(China)距离较远。但是,VEGF分子同源建模及其功能性结构域VHD分析表明,各毒株毒力因子仅在Loop3处差别明显,Loop3多态性是否决定ORFV毒力的多样性有待于进一步比较研究。本研究结果说明ORFV不同基因型在我国南北分布的复杂性,这为羊口疮分子流行病学和羊口疮的区域防控研究提供了参考。 展开更多
关键词 羊传染性脓疱(orf) 羊口疮病毒(ORFV) 分离鉴定 F1L基因 VEGF基因 遗传特征
藏绵羊PPARα基因遗传变异特征及组织表达分析
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作者 张亚强 刘秀 +4 位作者 李少斌 王继卿 胡江 郝志云 罗玉柱 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期1519-1524,共6页
PPARα(Peroxisome proliferator activated receptorsα)基因参与调控线粒体脂肪酸β氧化,在能量代谢中具有重要作用,是动物高原低氧适应的主要候选基因之一。本研究采用PCR-SSCP和测序方法检测2个品种(藏绵羊,湖羊) PPARα基因P1区核... PPARα(Peroxisome proliferator activated receptorsα)基因参与调控线粒体脂肪酸β氧化,在能量代谢中具有重要作用,是动物高原低氧适应的主要候选基因之一。本研究采用PCR-SSCP和测序方法检测2个品种(藏绵羊,湖羊) PPARα基因P1区核苷酸变异及遗传特征。采用实时荧光定量PCR (quantitative real-time PCR, qRT-PCR)检测藏羊与湖羊心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、骨骼肌6个组织的相对表达量。检测表明:在扩增区域发现2个SNPs (c.515-22A>G, c.515-10C>T)对应的等位基因A、B。基因频率在2个群体间具有统计学意义(p<0.01),藏绵羊的优势基因型为AB,湖羊优势基因型为AA。推测AB基因型个体可能更有利于藏绵羊适应高原低氧环境,可作为藏绵羊低氧适应选育的分子标记。PPARα基因在2个绵羊的6个组织中均有不同程度的表达且具有品种间差异性。PPARα基因在藏绵羊心脏的表达量极显著的低于其余5个组织(p<0.01),而2个品种间,藏绵羊各组织的表达量均低于湖羊,其中在心脏、肝脏、肺脏3个组织表达量极显著的低于湖羊(p<0.01)。本研究可丰富绵羊基因组学内容,为藏绵羊低氧适应研究提供基础数据。 展开更多
关键词 PPARα基因 遗传特征 组织表达 适应性
一株H9N2亚型猪流感病毒的遗传进化和致病性分析 预览
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作者 孙王杨吉 刘源 +2 位作者 刘子拓 范佳文 石火英 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期449-454,461共7页
本研究从有流感症状的病猪中分离到一株H9N2亚型猪流感病毒(SIV),命名为A/swine/Jiangsu/1/2015(SW/JS/1/15)。为探究其遗传特征和生物学特性,本研究采用RT-PCR技术扩增其全部基因节段后测序并进行遗传分析,并研究了其对鸡和豚鼠的致病... 本研究从有流感症状的病猪中分离到一株H9N2亚型猪流感病毒(SIV),命名为A/swine/Jiangsu/1/2015(SW/JS/1/15)。为探究其遗传特征和生物学特性,本研究采用RT-PCR技术扩增其全部基因节段后测序并进行遗传分析,并研究了其对鸡和豚鼠的致病特性。遗传进化分析显示,分离病毒SW/JS/1/15株是由BJ/94系、DK1系、G1系和F/98系4个分支病毒重组而成,8个基因节段均属于G57基因型。分离株HA蛋白裂解位点为PSRSSR*GL,符合低致病性流感病毒的特征。HA蛋白有9个潜在糖基化位点,其中218位糖基化位点缺失,145位与313位各新增一个糖基化位点。与疫苗株SH/F/98、SD/6/96、GD/SS/94相比,分离病毒HA抗原位点发生了G^90E、S^127R、S^145N、D^153G、N^167S、A^168N、A^198T、T^200R、N^201D、和Q^235M(H9numbering)突变;NA蛋白发生6个氨基酸突变:K^367R、K/E^368N、D^369N、D^401E、K^143N和T^434P。同时NA蛋白颈部缺失aa63~aa65。分离病毒的8个基因节段与2株禽源H9N2病毒的相应基因高度同源,其6个内部基因与两株人源H7N9病毒的内部基因高度同源。致病性试验结果显示分离病毒可以感染鸡和豚鼠,但不能在豚鼠群内水平传播,且可能作为H7N9等新型流感病毒内部基因供体,同时表明猪可以感染禽流感病毒(AIV),且可能是AIV获得感染哺乳动物能力的过渡宿主。本研究为H9N2亚型SIV的致病性以及遗传特征的研究提供科学依据。 展开更多
关键词 猪流感病毒 H9N2 遗传进化分析 致病性分析
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江西钨矿床主要成因类型及找矿潜力分析 预览
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作者 李天宇 《世界有色金属》 2019年第7期266-267,共2页
在江西省地区,矿产资源丰富,特别是钨矿,钨矿种类更是多种多样,其中的岩浆热液石英脉型、岩体型以及云英岩型等具有自身独特的地质特征,并分析其各自的地质特征进行针对性的找矿,使得行动更具方向性和有预测其资源的潜力。现在在该省一... 在江西省地区,矿产资源丰富,特别是钨矿,钨矿种类更是多种多样,其中的岩浆热液石英脉型、岩体型以及云英岩型等具有自身独特的地质特征,并分析其各自的地质特征进行针对性的找矿,使得行动更具方向性和有预测其资源的潜力。现在在该省一共明确了13个具有潜力的钨矿地区,并且运用含矿地质体积法对找寻江西省各种各类的钨矿资源的潜力进行了预测,并且希望能加强对该地深入探索的能力。 展开更多
关键词 成因类型 地质特征 找矿潜力
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重穗型变异材料爪哇稻22的生理性状和遗传特性
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作者 游慧 向珣朝 +3 位作者 杨博文 黎怀成 许亮 龙跃腾 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期961-971,共11页
重穗型是超级稻(Oryza sativa)育种的主要目标之一,能使单株各产量因子达到最优配置,是实现单位面积高产的基础。重穗型变异材料爪哇稻22 (Oryza sativa ssp. javanica)是由香大粒(Oryza sativa ssp. javanica)自然变异产生,其生理性状... 重穗型是超级稻(Oryza sativa)育种的主要目标之一,能使单株各产量因子达到最优配置,是实现单位面积高产的基础。重穗型变异材料爪哇稻22 (Oryza sativa ssp. javanica)是由香大粒(Oryza sativa ssp. javanica)自然变异产生,其生理性状和遗传特性的研究有助于明确其利用价值。本研究对爪哇稻22与其野生型香大粒的主要生理性状以及外观和蒸煮食味品质差异进行了比较,用20对典型的籼粳分型SSR标记鉴定其籼粳遗传特性,进行聚类分析并构建SSR指纹图谱,用分子标记Wx M1进行糯性鉴定。结果显示,爪哇稻22单穗重为7.70 g,为重穗型变异材料;与香大粒相比,虽然爪哇稻22的千粒重极显著降低(P<0.01),但其他生理性状显著改善,特别是实粒数、结实率和单穗重极显著提高(P<0.01),外观品质和蒸煮食味品质均有所改善,品质较好。籼粳遗传分析表明,爪哇稻22含粳型特异标记8对,含籼型特异标记12对;爪哇稻22为籼粳混合偏籼型,而其野生型香大粒为籼粳混合偏粳型。聚类分析结果显示,爪哇稻22与荆糯6号(Oryza sativa ssp. indica)同属一群,遗传相似系数为0.63;而其野生型与京糯8号(Oryza sativa ssp. japonica)同属一群,遗传相似系数为0.81。分子标记糯性鉴定显示,爪哇稻22蜡质基因第2外显子有23 bp插入,为wxwx基因型,是典型糯稻,其表观直链淀粉含量仅1.42%,比其野生型香大粒(3.80%)更低。比较变异材料和野生型的DNA指纹图谱可知,爪哇稻22发生了多位点变异。重穗型变异体爪哇稻22具有优良的生理性状,其遗传背景为籼粳混合偏籼特性,因此可作为优异种质用于超级稻选育和籼粳交的桥梁亲本。本研究结果在超级稻育种上具有一定的理论意义。 展开更多
关键词 重穗型 生理性状 遗传特性 聚类分析 DNA指纹图谱
2017年国内大型鸡场分离的H9N2禽流感病毒的遗传进化和分子特征分析
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作者 孙王杨吉 朱睿 +1 位作者 张建军 石火英 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1513-1525,共13页
H9N2禽流感病毒自1994年在广东首次报道暴发以来,已在国内广泛地流行,给养禽业带来了极大的损失,甚至威胁着人类的健康。为了解2017年国内H9N2亚型禽流感病毒的遗传进化和分子特征变化,本研究从江苏、安徽、山东等地区的大型鸡场中分离... H9N2禽流感病毒自1994年在广东首次报道暴发以来,已在国内广泛地流行,给养禽业带来了极大的损失,甚至威胁着人类的健康。为了解2017年国内H9N2亚型禽流感病毒的遗传进化和分子特征变化,本研究从江苏、安徽、山东等地区的大型鸡场中分离到了10株H9N2亚型禽流感病毒。对10株分离株的基因分析表明,所有分离株均属于在2013年后占主导地位的G57型,由BJ/94系的HA、NA和NS基因,DK1系的PB2基因,F/98系的PB1,PA和NP基因以及G1/97系的M基因的四重组病毒组成,并且分离株的EID50显著低于早期分离的H9N2禽流感病毒。10株分离株中有7株受体结合位点的198位发生了A到T,或者A到V的替换,并发生糖基化位点在218位的缺失,313位的增加。与近5年已经发表的流行株HA蛋白比较,所有分离株的抗原位点均发生了S127R、S183N、D216E、T220I、Q235M、S283R突变,NA基因在61~63位缺失NIT;表明分离株的抗原发生了变异。而分离株内部基因PB2上的K318R突变,PB1上的L13P突变,PA上的K356R突变、Q/T/S400P突变,NS上的E227K突变,NP上的D34S、K398Q突变,M1上的V15I突变以及M2上的I28V、L55F突变,使分离株更易感染哺乳动物,说明必需要继续加强H9N2禽流感病毒的监测,密切关注其对人类可能造成的影响。特别是10株分离株中首次出现的NA基因的E433D突变和PB2基因的E627V突变是否会给H9N2禽流感病毒增加新的生物学特性还有待进一步研究。 展开更多
关键词 H9N2亚型 禽流感病毒 遗传进化 分子特征分析
2008-2018年辽宁省肠道病毒71型流行特征与VP1区基因特征分析
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作者 于伟 王伶 +4 位作者 雷露 张倩 毛玲玲 姚文清 杨佐森 《公共卫生与预防医学》 2019年第4期37-41,共5页
目的了解辽宁省的肠道病毒71型的流行特征并对VP1区基因特征进行分析。方法用2008—2018年辽宁省14个市送检的手足口病患者的阳性标本,通过细胞培养法分离肠道病毒,提取病毒RNA,用RT-PCR法对肠道病毒VP1区基因扩增和序列测定。利用BLAS... 目的了解辽宁省的肠道病毒71型的流行特征并对VP1区基因特征进行分析。方法用2008—2018年辽宁省14个市送检的手足口病患者的阳性标本,通过细胞培养法分离肠道病毒,提取病毒RNA,用RT-PCR法对肠道病毒VP1区基因扩增和序列测定。利用BLAST对测序结果比对后确定病毒基因型别。对鉴定为EV71的分离株进行VP1区同源性分析,并构建系统进化树。结果辽宁省在2008—2018年间实验室总计收到阳性标本24749份,其中最多的是其它肠道病毒(43.77%);其次是CA16(32.67%);EV71(23.2%)。随机原则选取66株EV71毒株,核苷酸同源性为94.80%~99.80%,氨基酸的同源性为98.50%~100.00%;与C4a参考株的同源性最高,核苷酸的同源性为94.00%~98.00%,氨基酸的同源性为98.50%~100.00%;系统进化树分析表明,辽宁省EV71分离株为C4a基因亚型。结论EV71是引起辽宁省手足口病的重要病原体,是引起重症及死亡病例的优势病原;EV71分离株为C4a基因亚型,并且在辽宁省内有多个传播链共同流行。 展开更多
关键词 手足口病 肠道病毒71型 基因特征
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