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高通量测序平台发展及在临床分子诊断中的应用与展望
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作者 童永清 李艳 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期73-76,共4页
高通量测序又称下一代测序(NGS),是一种新型的遗传学筛查和诊断技术,它的不断革新加速了人们对遗传学标志物及疾病分子机制的认识,特别是针对复杂遗传性疾病。NGS技术的发展,特别是靶向基因组测序、全基因组外显子组测序以及全基因组测... 高通量测序又称下一代测序(NGS),是一种新型的遗传学筛查和诊断技术,它的不断革新加速了人们对遗传学标志物及疾病分子机制的认识,特别是针对复杂遗传性疾病。NGS技术的发展,特别是靶向基因组测序、全基因组外显子组测序以及全基因组测序项目的出现,NGS在临床已经应用到检测单核苷酸变性以及结构重排和拷贝数变异,监测循环肿瘤DNA,并分析先前对标准生物信息学算法进行管理所挑战的基因组区域等。 展开更多
关键词 高通量核苷酸序列分析 分子诊断技术 DNA拷贝数变异 循环肿瘤DNA 基因组
新一代测序技术在肺癌个体化医疗中的应用
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作者 潘世扬 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期77-83,共7页
肺癌是全球最常见的恶性肿瘤,死亡率居癌症之首。肺癌与其他肿瘤一样,在肿瘤的发生发展过程中存在异质性。对异质性的全面了解才能实现真正意义上的个体化治疗,这也是精准医疗的精髓。近年来,新一代测序技术依托其高通量、多靶点分析的... 肺癌是全球最常见的恶性肿瘤,死亡率居癌症之首。肺癌与其他肿瘤一样,在肿瘤的发生发展过程中存在异质性。对异质性的全面了解才能实现真正意义上的个体化治疗,这也是精准医疗的精髓。近年来,新一代测序技术依托其高通量、多靶点分析的优势为精准医疗提供了新的重要技术手段,在肺癌的分子分型、靶向药物选择及预后判断中发挥着越来越重要的作用。 展开更多
关键词 肺肿瘤 高通量核苷酸序列分析 精准医学
3例植物固醇血症患儿临床表型、实验室检查、基因诊断及文献复习 预览
3
作者 曹科 罗小娟 +5 位作者 刘景 谢辉辉 刘新刚 刘四喜 李长钢 陈运生 《临床检验杂志》 CAS 2019年第6期461-466,共6页
目的观察3例植物固醇血症患儿的临床诊治特点。方法回顾性分析3例不同临床表型的植物固醇血症患儿(例1和例2,双胞胎姐妹,7岁2月龄,因频繁鼻衄、腹痛就诊;例3,男,5岁7月龄,因皮肤黄色瘤就诊)实验室检查特点,用气相色谱-质谱联用仪分析患... 目的观察3例植物固醇血症患儿的临床诊治特点。方法回顾性分析3例不同临床表型的植物固醇血症患儿(例1和例2,双胞胎姐妹,7岁2月龄,因频繁鼻衄、腹痛就诊;例3,男,5岁7月龄,因皮肤黄色瘤就诊)实验室检查特点,用气相色谱-质谱联用仪分析患儿血清植物固醇水平,二代测序分析其致病基因,Sanger测序方法对所发现的ABCG5基因变异及父母来源进行验证。结果(1)例1、2患儿中度贫血,网织红细胞升高,总胆红素和间接胆红素升高,脾脏肿大。血涂片见较多口形红细胞等异形红细胞,大/巨大血小板增多,瑞斯托霉素诱导血小板聚集试验结果降低。尿液常规检查提示有泌尿系统出血,血脂检测结果基本正常。例3患儿轻度贫血,红细胞形态大致正常,脾脏未及肿大。大/巨大血小板增多,血小板聚集试验、胆红素、尿液常规检查结果未见异常,总胆固醇和低密度脂蛋白胆固醇明显升高。(2)3例患儿血清植物固醇含量均明显升高。(3)例1、2患儿ABCG5基因检出2个杂合变异,为复合杂合变异,c.904+1G>A和c.751C>T,变异分别来自父亲和母亲;例3患儿ABCG5基因检出1个纯合变异,c.751C>T,变异来自父母。结论初诊患儿若表现为大/巨大血小板增多与溶血性贫血、口形红细胞增多或皮肤黄色瘤,血总胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇升高,需考虑植物固醇血症的可能,需尽早行血植物固醇含量和基因检测,以便及早干预和治疗,改善预后。 展开更多
关键词 植物固醇血症 贫血 溶血 黄色瘤 基因突变 高通量核苷酸测序
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家庭参与式综合管理对新生儿重症监护病房早产儿肠道菌群的影响
4
作者 欧阳志翠 高翔羽 +3 位作者 杜娟 李颖 朱杏 黑明燕 《中华儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期265-271,共7页
目的探讨家庭参与式综合管理(FICare)对新生儿重症监护病房(NICU)住院早产儿肠道菌群的影响。方法采用前瞻性、观察性研究,研究对象为2015年7月至2017年6月在中南大学湘雅三医院NICU住院的早产儿44例(其中男23例,占52%)分为FICare组和非... 目的探讨家庭参与式综合管理(FICare)对新生儿重症监护病房(NICU)住院早产儿肠道菌群的影响。方法采用前瞻性、观察性研究,研究对象为2015年7月至2017年6月在中南大学湘雅三医院NICU住院的早产儿44例(其中男23例,占52%)分为FICare组和非FICare组,同期儿童保健门诊满月体检的足月儿20名(其中男11名,占55%)作为对照组。所有新生儿均为全肠内喂养且出生后未接触肠道益生菌,收集临床数据。FICare组于在FICare超过2周且未接触抗菌药物1周时留取双份新鲜粪便,非FICare组与FICare组在相对应的时间点、对照组在新生儿4周龄时留取双份新鲜粪便,-80 ℃冰冻保存,标本统一进行高通量16 S rRNA肠道菌群高通量测序。应用Paired End Reads肠道菌群RNA读取软件对数据经过质量过滤,统计各样品操作分类单元(OTU)的丰度信息,以Shannon指数作为肠道菌群多样性的指标。采用单因素方差分析或非参数检验的Kruskal-Wallis H法及连续校正χ^2检验或似然比χ^2检验进行组间统计学比较。结果FICare组、非FICare组和对照组的男婴比例[52%(11/21)比52%(12/23)比55%(11/20)]、本院出生比例[90%(19/21)比87%(20/23)比85%(17/20)]及5 min Apgar评分<7分比例[14%(3/21)比9%(2/23)比5%(1/20)]的差异均无统计学意义(χ^2=0.041、0.000、0.120,P=0.980、1.000、0.729)。FICare组与非FICare组的出生胎龄、出生体重、中位开奶日龄、奶量达120 ml/(kg·d)中位日龄差异均无统计学意义[(29.7±1.8)比(29.9±1.7)周、(1 266±310)比(1 326±318)g、4比4日龄、13比11日龄,t=0.378、0.631,Z=0.666、1.014,P=0.707、0.531、0.505、0.310]。FICare组与非FICare组的母乳喂养率分别为86%(18/21)比35%(8/23),差异有统计学意义(t=11.780,P=0.001)。对照组、FICare组、非FICare组新生儿的肠道菌群多样性Shannon指数分别为0.72(0.27,2.66)、0.61(0.18,1.83)、0.52(0.08,1.71),差异无统计学意义(H=1.823,P=0.402)。FICare组、非FICare组和对 展开更多
关键词 重症监护病房 新生儿 婴儿 早产 高通量核苷酸测序 家庭参与 肠道菌群
基于二代测序的定制化基因panel检测骨髓增殖性肿瘤突变谱
5
作者 黄秀 邓萱 +6 位作者 许笑 张心菊 张悦晟 马玮哲 胡婷婷 唐古生 关明 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期427-434,共8页
目的利用由50个靶基因所组成的测序panel,分析骨髓增殖性肿瘤(MPN)三种主要亚型原发性血小板增多症(ET),真性红细胞增多症(PV),以及原发性骨髓纤维化(PMF)的突变谱,以便为该病的诊断和预后提供有价值的信息。方法回顾性研究方式,收集201... 目的利用由50个靶基因所组成的测序panel,分析骨髓增殖性肿瘤(MPN)三种主要亚型原发性血小板增多症(ET),真性红细胞增多症(PV),以及原发性骨髓纤维化(PMF)的突变谱,以便为该病的诊断和预后提供有价值的信息。方法回顾性研究方式,收集2010年至2017年间来自华山医院以及长海医院血液科的MPN患者标本共53例。所有患者的诊断均符合2016年WHO的诊断标准,包括ET31例(男11例,女20例,中位数年龄55岁),PV17例(男12例,女5例,中位数年龄65岁),PMF5例(男4例,女1例,中位数年龄67岁),并进行其骨髓或者血液标本DNA的二代测序。根据COSMIC,dbSNP,Clinvar等公共数据库对测序结果进行分析,绘制MPN人群的突变谱,并结合患者的临床随访资料进行解读。结果除去典型的JAK2、CALR、MPL突变,还检测出了另外11种基因的致病性突变,以及4种与赋予个体MPN疾病易感性相关的寡核苷酸多态性(SNP)位点(rs4858647,rs9376092,rs58270997,rs621940)。平均每个患者的突变基因数目为2.3个。全部患者(53例)中,基因突变频率由高到低依次为TET2(40%),EZH2(26%),ASXL1(11%),MIR662(6%),SF3B1(6%),BARD1(6%),DNMT3A(4%),KIT(2%),RUNX1(2%),TP53(2%),NRAS(2%)。结论利用靶向基因二代测序技术,能实现一次性对多例典型的BCR-ABL阴性的MPN患者进行多基因外显子测序,检测周期可缩短至两天,可以发现除了JAK2、CALR、MPL突变之外其他的致病性突变,在临床有较好的应用前景。 展开更多
关键词 骨髓增殖性疾病 突变 高通量核昔酸序列分析
循环肿瘤细胞和循环肿瘤DNA检测技术的发展与展望
6
作者 邓雅文 蔡栋昊 段朝晖 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期5-9,共5页
循环肿瘤细胞(CTCs)和循环肿瘤DNA(ctDNA)是肿瘤脱落到循环系统或其他体液中的成分,在肿瘤的发生发展、转移、治疗和预后评估中都有较好的应用。CTCs和ctDNA的检测技术快速发展,各种检测技术的敏感性和特异性均有较大的提高。目前CTCs... 循环肿瘤细胞(CTCs)和循环肿瘤DNA(ctDNA)是肿瘤脱落到循环系统或其他体液中的成分,在肿瘤的发生发展、转移、治疗和预后评估中都有较好的应用。CTCs和ctDNA的检测技术快速发展,各种检测技术的敏感性和特异性均有较大的提高。目前CTCs的检测方法主要有细胞计数法、免疫荧光标记法以及基因检测法,ctDNA的检测方法主要是基于PCR技术和以二代测序为基础的检测技术等。针对CTCs和ctDNA的检测方法和平台种类繁多,各有优缺点,需要根据研究目的灵活选用检测技术,为肿瘤的诊断和治疗提供更大的帮助。 展开更多
关键词 肿瘤细胞 循环 循环肿瘤DNA 细胞计数 高通量核苷酸序列分析
肺结核患者肺组织微生物组特征研究 预览
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作者 王宇轩 王冲 +6 位作者 董宇杰 杜伟丽 宋婧 刘子臣 李琨 刘树库 车南颖 《结核病与胸部肿瘤》 2019年第1期16-22,共7页
目的探讨肺结核患者肺部病灶坏死区、肉芽肿区和正常肺区的微生物组基本特征.方法选取2016-2017年首都医科大学附属北京胸科医院10例临床及病理确诊为肺结核患者的福尔马林周定石蜡包埋(FFPE)的组织标本.通过显微切割技术分别获得FFPE... 目的探讨肺结核患者肺部病灶坏死区、肉芽肿区和正常肺区的微生物组基本特征.方法选取2016-2017年首都医科大学附属北京胸科医院10例临床及病理确诊为肺结核患者的福尔马林周定石蜡包埋(FFPE)的组织标本.通过显微切割技术分别获得FFPE组织的坏死区、肉芽肿区和正常肺区。采用高通量测序的方法,检测其微生物组特征.结果肺结核患者肺部切除标本中主要的微生物类群(门水平,相对丰度>1%)有Proteobacteria、Actinobacteria、Firmicutes、TM7和Bacteroidetes。在门水平上,坏死区、肉芽肿区和正常肺区的微生物群落组成未见差异。在属水平上,主要有7个类群(相对丰度>1%):坏死区、肉芽肿区、正常肺区相对丰度Ochrobactrum分别为( 50.70 ±6.76)%,(56.18 土 7.50 )%、( 61.31 ±7.95 )%;Sphingomonas 分别为(7.50 ±2.07 )%、(7.69 ±1.29 )%、( 3.81 ±2.08 )%;Corynebacterium 分别为(5.39 ± 2.39 )%、(5.23 ± 1.39 )%、( 7.43 ± 3.56 )%;Brevundimonas 分别为(1.67 ± 0.42 )%、(1.75 ± 0.67 )%、( 2.09 ± 0.34 )%;Brevibacterium 分别为(2.38 ± 2.23 )%、(2.60 ± 2.60 )%,(2.29 ±0.64)%;Sphingobacterium 分别为(0.72 ± 0.31 )%、( 0.78 ± 0.26)%,( 1.20 ± 0.38 )%和Enhydrobacter 分别为(1.25 ± 1.28 )%.(0.31 ±0.19)%.(0.67 ±0.80)%..基于Bray-Curtis距离的Adonis分析结果表明,在属水平上,坏死区和正常肺区,肉芽肿区和正常肺区中微生物群落组成差异有统计学意义(F值分别为3.94和4.76,P值分别为0.005和0.002 )。Mycobacterium的相对丰度非常低,主要存在于肺结核病灶的坏死区[(0.81 ± 1.92 )%].配对样品检验结果表明Mycobacterium的相对丰度在坏死区[(0.81 ± 1.92 )%]和肉芽肿区[(0.01 ±0.01 )%]、坏死区和正常肺区[(0.01 ±0.02)%]中差异有统计学意义(Z值分别为2.10和-2.37, P值分别为0.036和0.018 ).结论结核病患者肺部自坏死区、肉芽肿区到止常肺的组织变化中,Sphingomonas. Enhydrobacterx Kocuria和Mycobacterium的相对丰度� 展开更多
关键词 结核 活组织检查 石蜡包埋 髙通量核昔酸测序 微生物组
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外泌体miRNAs在前列腺癌细胞激素非依赖转化中的差异表达分析
8
作者 雷琳 马越云 +1 位作者 叶芸 郝晓柯 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期26-30,共5页
目的研究前列腺癌细胞激素非依赖转化中外泌体小RNAs(miRNAs)的差异表达,以期进一步阐释激素非依赖前列腺癌的发生机制,为其治疗寻找新的靶点。方法选取激素依赖性前列腺癌细胞LNCaP及激素非依赖性前列腺癌细胞LNCaP-AI+F(去雄激素和氟... 目的研究前列腺癌细胞激素非依赖转化中外泌体小RNAs(miRNAs)的差异表达,以期进一步阐释激素非依赖前列腺癌的发生机制,为其治疗寻找新的靶点。方法选取激素依赖性前列腺癌细胞LNCaP及激素非依赖性前列腺癌细胞LNCaP-AI+F(去雄激素和氟他胺联合诱导)作为研究对象,采用Illumina HiSeq^TM 2500对两组细胞外泌体miRNAs进行高通量测序,实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证组间差异表达的外泌体miRNAs,t检验分析差异是否具有统计学意义。结果通过分析高通量测序结果,筛选出miR-7-5p、let-7a-5p、miR-375、miR-423-3p、miR-378a-3p和miR-92a-3p等13个在前列腺癌激素非依赖细胞外泌体中表达上调的分子,其中miR-7-5p经qRT-PCR验证上调19.52倍(t=9.857,P=0.001)。结论差异表达外泌体miRNAs可能预示激素非依赖前列腺癌的发生,并进一步调控激素非依赖前列腺癌的发展过程。 展开更多
关键词 前列腺肿瘤 外泌体 微RNAS 高通量核苷酸序列分析
应用二代测序技术检测乳腺癌易感基因BRCA1/2和TP53及PTEN胚系突变
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作者 刘畅 马寅婷 +5 位作者 卓钟灵 谢菲 孙媛媛 龙彦 王辉 赵晓涛 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期98-103,共6页
目的研究乳腺癌易感基因BRCA1、BRCA2、TP53、PTEN在中国乳腺癌患者中发生胚系突变的情况。方法本研究为探索性研究,选择2016年1月至2018年8月就诊于北京大学人民医院乳腺外科的女性乳腺癌患者128例。其中散发乳腺癌患者44例,具有遗传... 目的研究乳腺癌易感基因BRCA1、BRCA2、TP53、PTEN在中国乳腺癌患者中发生胚系突变的情况。方法本研究为探索性研究,选择2016年1月至2018年8月就诊于北京大学人民医院乳腺外科的女性乳腺癌患者128例。其中散发乳腺癌患者44例,具有遗传性乳腺癌高危因素的乳腺癌患者84例。应用二代测序技术对患者进行BRCA1、BRCA2、TP53及PTEN 4个基因的胚系突变情况进行检测。χ^2检验分析4种基因突变携带率在散发病例及具有遗传性高危因素的乳腺癌患者之间的分布。按照患者临床特点(有无家族史、是否为三阴型乳腺癌、年龄及是否为双侧乳腺癌)进行分组,其中有明确乳腺癌家族史42例,三阴型乳腺癌34例,早发性乳腺癌33例,双侧乳腺癌7例,Fisher确切概率检验比较BRCA1/2基因致病突变与遗传性高危因素乳腺癌患者临床特征之间的关系。结果128例乳腺癌患者中,检测到BRCA1/2胚系突变30例,其中致病突变13例,3例新发突变,BRCA1:c.4760C>G、BRCA2:c.4413_4414del和BRCA2:c.6482_6485del可能为中国人群特有突变。TP53突变3例,其中1例致病突变。3例突变均为早发乳腺癌。5例PTEN突变,其中3例致病突变。在84例具有遗传性高危因素的乳腺癌患者中4种易感基因突变的患者携带率40.5%(34/84),致病突变率15.4(13/84)。44例散发病例中,携带突变率为9%(4/44)。致病突变率为6.8%(3/44)。乳腺癌易感基因在具有遗传性高风险因素的乳腺癌患者携带率更高,与散发病例人群差异存在统计学意义(P<0.001)。BRCA1/2突变在具有遗传性高风险因素的乳腺癌患者各分组中差异均无统计学意义。结论乳腺癌易感基因胚系突变检测在乳腺癌风险预测、预后评价等方面具有重要意义。 展开更多
关键词 乳腺肿瘤 高通量核苷酸序列分析 基因 BRCA1 PTEN磷酸水解酶 基因 p53 疾病遗传易感性
结直肠癌患者癌组织定植菌群结构与组分变化分析
10
作者 徐蓉 孙祖俊 +2 位作者 商安全 吴军录 李冬 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期44-50,共7页
目的探讨结直肠癌患者癌组织定植菌群结构和组分变化,分析肠道定植菌群与结直肠癌发生发展的关系。方法回顾性研究。收集2016年1月至2017年10月同济大学附属同济医院院行胃肠外科手术的乙状结肠28份位置匹配的组织样本为结直肠癌组,同... 目的探讨结直肠癌患者癌组织定植菌群结构和组分变化,分析肠道定植菌群与结直肠癌发生发展的关系。方法回顾性研究。收集2016年1月至2017年10月同济大学附属同济医院院行胃肠外科手术的乙状结肠28份位置匹配的组织样本为结直肠癌组,同期收集12份健康体检者正常肠黏膜组织样本为对照组。采用Illumina Miseq测序技术进行细菌16S rRNA基因V3-V4区测序,分析并比较正常肠黏膜组织和癌组织定植菌群结构与组分差异。统计学方法采用Mann-Whitney检验。结果正常肠黏膜组织与癌组织定植菌群的结构存在显著差异。在门水平,厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)在癌组织中的丰度显著偏低(Z=-1.964,P<0.01),而变形菌门(Proteobacteria)在癌组织中的丰度则显著偏高(Z=-1.997,P<0.01);在属水平,拟杆菌属(Bacteroides)、布劳特菌属(Blautia)、普雷沃菌属(Prevotella)和普拉梭菌(Faecalibacterium)等在癌组织中的丰度明显低于正常肠黏膜组织(Z=-3.008,P<0.05);仅在正常肠黏膜组织定植且丰度排前3位是布赫纳什菌属(Buchnera)、普氏菌属(Prevotella)和普雷沃菌科(Prevotellaceae),仅在癌组织定植且丰度排前3位是卡氏菌属(Catonella)、库特菌属(Kurthia)和短单胞菌属(Brachymonas)。结论通过鉴定肠黏膜组织定植菌群结构及成分变化可能成为一种准确、低成本的CRC早期诊断指标,从而为CRC的预防和治疗指明新的途径。 展开更多
关键词 结直肠肿瘤 肠黏膜 胃肠道微生物组 高通量核苷酸序列分析 生物标记 肿瘤
基于高通量测序技术的非小细胞肺癌常见基因位点突变分析
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作者 杜鲁涛 展垚 +4 位作者 李娟 王立水 杜昭 杨丽 王传新 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期297-305,共9页
目的利用高通量测序平台研究非小细胞肺癌(NSCLC)热点基因突变情况,系统性分析突变位点的分布、类型以及频度,评估突变位点致病性。方法本研究共纳入94例NSCLC组织样本,均为2015年7月至2017年4月在山东大学齐鲁医院胸外科收集的非小细... 目的利用高通量测序平台研究非小细胞肺癌(NSCLC)热点基因突变情况,系统性分析突变位点的分布、类型以及频度,评估突变位点致病性。方法本研究共纳入94例NSCLC组织样本,均为2015年7月至2017年4月在山东大学齐鲁医院胸外科收集的非小细胞肺癌(NSCLC)石蜡包埋(FFPE)和新鲜组织样本。患者年龄在35~82岁之间,年龄中位数是61岁。男性63例,女性31例。选择22个基因:KRAS、EGFR、BRAF、PIK3CA、AKT1、ERBB2、PTEN、NRAS、STK11、MAP2K1、ALK、DDR2、CTNNB1、MET、TP53、SMAD4、FBXW7、FGFR3、NOTCH1、ERBB4、FGFR1和FGFR2。用Thermo fisher公司Ion Torrent测序平台的Ion Ampli Seq Colon and Lung Cancer Panel进行测序。Ion Torrent平台测序数据使用Ion torrent suite v4.4.2软件进行分析。结果在NSCLC常见的22个突变基因中,TP53基因突变频率最高,约占所有突变的46.9%,其次是EGFR基因(占28.1%);共检测出89种突变,包括63种热点突变(已报道的位点)和26种新发突变(未见报道的位点),其中检出频率最高的是EGFR基因的19号外显子缺失突变,其次是EGFR基因的Leu858Arg;分析EGFR基因的靶向用药位点的突变情况,结果显示EGFR的19号外显子的缺失突变检出次数最高,其次是21号外显子L858R突变;利用生物信息学软件分析了26种新发突变的致病性,结果显示除ATK1:c.47-12G>A和TP53:c.214C>G这两个位点以外,剩余的24种新发突变位点在基因保守性、氨基酸序列变化、蛋白结构影响三个方面至少有一项会对基因的功能产生重大影响。结论本研究通过NGS对NSCLC多个敏感基因的突变位点进行联合检测,更能全面覆盖基因变异情况,为筛选最适宜靶向治疗的群体提供依据。新发突变的致病性预测以及所涉及的肿瘤相关信号通路的改变,为后续为进一步研究NSCLC致病机制提供参考。 展开更多
关键词 非小细胞肺 肺肿瘤 高通量核苷酸序列分析 突变
高通量测序技术用于流产物遗传学分析的价值
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作者 郭依琳 顾茂胜 +5 位作者 王莉 屈素真 薛淑文 王海舰 玄兆伶 孔祥东 《中华围产医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期808-816,共9页
目的探讨高通量测序,即下一代测序(next-generation sequencing,NGS)技术在流产物遗传学分析和诊断中的应用价值。方法收集2017年1月至6月郑州大学第一附属医院的流产组织样本154例,分别采用NGS结合短串联重复序列(short tandem repeat,... 目的探讨高通量测序,即下一代测序(next-generation sequencing,NGS)技术在流产物遗传学分析和诊断中的应用价值。方法收集2017年1月至6月郑州大学第一附属医院的流产组织样本154例,分别采用NGS结合短串联重复序列(short tandem repeat,STR)和单核苷酸多态性芯片(single nucleotide polymorphism array,SNP-array)技术进行分析。比较2种平台的检测效果。采用χ^2检验或Fisher精确概率法对数据进行统计学分析。结果 (1)154例流产物样本中,检出染色体异常结果109例(70.7%)。109例染色体异常结果中,染色体数目异常52例(47.7%),染色体结构异常49例(45.0%),嵌合体6例(5.5%),单亲二倍体(uniparental disomy,UPD)2例(1.8%)。52例染色体数目异常样本共包括45例染色体非整倍体和7例染色体多倍体。染色体异常比例前3位依次为45,X(27.0%,14/52),22-三体(9.6%,5/52)和16-三体(7.7%,4/52)。49例染色体结构异常样本共携带67个拷贝数变异(copy number variation,CNV),其中致病性CNV13个(19.4%),临床意义不明的CNV24个(35.8%),良性CNV30个(44.8%)。在检出的致病性CNV中,2个包含微缺失/微重复综合征。(2)SNP-array技术对152例样本检测成功,2例(1.3%)因基因组DNA量<200 ng而检测失败。NGS技术对154例样本全部检测成功,且在SNP-array检测失败的2例中检出染色体异常。SNP-array和NGS技术检出的染色体异常比例差异无统计学意义[70.4%(107/152)与67.5%(104/154),χ^2=0.293,P=0.588]。(3)NGS和SNP-array技术各检出6例(均为3.9%)相同嵌合体和45例(分别为29.2%和29.6%)相同染色体非整倍体,差异均无统计学意义。SNP-array技术检出3例染色体多倍体(均为69,XXX)和UPD 2例,而NGS均未检出。但结合STR技术,NGS也成功检出了这3例染色体多倍体。(4)SNP-array检出的47例结构异常样本共携带CNV53个,NGS技术检出的49例结构异常样本共携带CNV67个。(5)当基因组长度分别为100~<500、500~<1 000和≥1 000 kb时,与SNP-array� 展开更多
关键词 流产 自然 高通量核苷酸序列分析 染色体畸变 多态性 单核苷酸
二代测序技术对活动性结核病患者的诊断价值 被引量:1
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作者 周晛 艾静文 +5 位作者 崔鹏 阮巧玲 沈瑶杰 王森 李永军 张文宏 《中国防痨杂志》 CAS 2018年第2期153-156,共4页
目的评价二代测序技术在活动性结核病患者中的诊断价值。方法前瞻性纳入2017年3月1日至2017年9月1日来华山医院就诊的临床怀疑活动性结核病的患者34例,在华山医院进行二代测序,并跟踪随访临床诊疗结局。送检标本(支气管灌洗液4例,... 目的评价二代测序技术在活动性结核病患者中的诊断价值。方法前瞻性纳入2017年3月1日至2017年9月1日来华山医院就诊的临床怀疑活动性结核病的患者34例,在华山医院进行二代测序,并跟踪随访临床诊疗结局。送检标本(支气管灌洗液4例,脑脊液18例,胸腔积液4例,脓液3例,腹腔积液、肝组织各2例,关节积液1例)均在BGISEQ-100平台上行二代测序,测序所得病原序列和病原数据库进行比对得到最终结果。二代测序结果以检测到结核分枝杆菌复合群唯一匹配序列为阳性,未检测到唯一匹配序列为阴性。以符合各类标本结核分枝杆菌培养阳性、病理诊断为结核感染、XpertMTB/RIF检测阳性及结核分枝杆菌核酸检测阳性等4项中至少1项即为确诊活动性结核病患者;临床可疑活动性结核病且抗结核药物治疗有效为临床诊断患者;有其他病原学依据或临床排除活动性结核病者为非结核感染。分析二代测序在活动性结核病诊断中的敏感度、特异度。结果确诊为活动性结核病患者9例,其中XpertMTB/RIF检测阳性6例,病理诊断为结核感染4例,培养阳性3例,结核核酸PCR检测阳性1例;临床诊断为活动性结核病患者10例,非结核感染患者15例。在确诊及临床诊断患者中,二代测序技术检测到结核分枝杆菌复合群序列11例,敏感度为57.9%(11/19),特异度为100.0%(15/15)。在确诊患者中,二代测序技术的敏感度为66.7%(6/9);在同步进行XpertMTB/RIF检测与二代测序的31例标本中,以临床诊断为金标准,两者的特异度均为100.O%(15/15),敏感度分别为37.5%(6/16)与50.0%(8/16),两者比较差异无统计学意义(McNemartest,P=0.727)。结论二代测序技术能够较为快速地检测多类标本中的结核分枝杆菌复合群,且其敏感度及特异度与XpertMTB/RIF相� 展开更多
关键词 高通量核苷酸测序 结核 诊断技术和方法 对比研究 二代测序
ABCA4基因突变与3个不同遗传性视网膜疾病家系临床表型的研究
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作者 容维宁 王晓光 盛迅伦 《中华眼科杂志》 CSCD 北大核心 2018年第10期775-781,共7页
目的研究分析ABCA4基因所致的不同类型遗传性视网膜疾病的基因型和临床表型关系。方法回顾性研究。从2016年1至9月在宁夏眼科医院就诊的遗传性视网膜疾病患者中,选择经Agilent液相捕获技术确定携带ABCA4基因突变位点的家系3个,完善相... 目的研究分析ABCA4基因所致的不同类型遗传性视网膜疾病的基因型和临床表型关系。方法回顾性研究。从2016年1至9月在宁夏眼科医院就诊的遗传性视网膜疾病患者中,选择经Agilent液相捕获技术确定携带ABCA4基因突变位点的家系3个,完善相关病史资料采集,同时对家系患者及其家系成员进行详细眼科检查,包括裸眼视力、最佳矫正视力、眼底检查、相干光断层扫描、眼底荧光造影检查和视觉电生理检查,分析临床表型和基因型之间的关系。结果3个家系均为常染色体隐性遗传家系,3个家系在ABCA4基因上共检测到致病性突变位点4个,其中1个视椎视杆细胞营养不良家系和1个视网膜色素变性(RP)家系各携带1个纯和移码突变,1个Stargardt病家系携带2个杂合突变,3个家系的患者发病年龄均小于10岁,就诊时最佳矫正视力均低于0.1,黄斑OCT提示不同程度的黄斑区萎缩,视觉电生理改变从完全正常到视椎视杆细胞功能严重下降不一。结论携带ABCA4基因突变的遗传性视网膜变性疾病的患者具有发病年龄小,病程进展快,视力损伤严重等特点,二代测序技术在遗传性视网膜疾病的诊断方面具有快速、高效等优点。 展开更多
关键词 视锥-视杆营养不良 色素性视网膜炎 黄斑变性 ATP结合匣式转运子 突变 表型 高通量核苷酸序列分析
帕金森病患者肠道菌群变化的研究
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作者 赵程 于会艳 +2 位作者 李薇 时晶 秦斌 《中华神经科杂志》 CSCD 北大核心 2018年第7期498-503,共6页
目的探究帕金森病患者肠道菌群的状况。方法选择2015年来北京医院就诊的帕金森病患者24例作为帕金森病组,同时选择14名年龄、性别匹配的健康居民作为健康对照组。采集受试者一般临床资料,采用帕金森病相关量表对所有受试者进行评估,... 目的探究帕金森病患者肠道菌群的状况。方法选择2015年来北京医院就诊的帕金森病患者24例作为帕金森病组,同时选择14名年龄、性别匹配的健康居民作为健康对照组。采集受试者一般临床资料,采用帕金森病相关量表对所有受试者进行评估,采集粪便后提取DNA并进行细菌16S rRNA高通量测序,对两组之间菌群状况进行分析。结果在门水平上,放线菌门在帕金森病组相对丰度明显高于健康对照组[分别为0.76%(0.13%,1.85%)、0.14%(0.07%,0.30%),Z=2.784,P〈0.01],而在拟杆菌门中帕金森病组的菌群相对丰度却显著降低[分别为57.28%(48.75%,64.95%)、63.78%(56.72%,68.21%),Z=-4.963,P〈0.01]。在纲水平上,芽孢杆菌纲[分别为0.52%(0.11%,2.10%)、0.13%(0.05%,0.16%),Z=2.693,P〈0.01]、革兰阴性菌纲[分别为5.04%(2.93%,14.02%)、2.87%(1.46%,4.43%),Z=2.360,P=0.018]、放线菌纲[分别为0.60%(0.10%,1.59%)、0.12%(0.04%,0.20%),Z=2.512,P=0.011]、γ-变形菌纲[分别为1.72%(0.58%,5.46%)、0.43%(0.24%,2.19%),Z=2.179,P=0.029]在帕金森病组的相对丰度明显高于健康对照组。在科水平上,韦荣球菌科[分别为3.78%(0.53%,13.82%)、0.49%(0.08%,3.14%),Z=2.754,P〈0.01]、链球菌科[分别为0.33%(0.09%,0.69%)、0.19%(0.14%,0.24%),Z=1.770,P=0.004]、肠杆菌科[分别为1.04%(0.40%,4.95%)、0.20%(0.10%,0.45%),Z=2.784,P〈0.01]、乳杆菌科[分别为0.079%(0.014%, 0.575%)、0.003%(0.002%,0.028%),Z=3.119,P〈0.01]、双歧杆菌科[分别为0.60%(0.09%,1.57%)、0.11%(0.03%,0.19%),Z=2.481,P=0.012]在帕金森病组的相对丰度均有明显增高;而巴斯德杆菌科[分别为0.009%(0.002%, 0.047%)、0.110%(0.022%,0.898%),Z=-2.545,P=0.010]在帕金森病组中相对丰度却明显低于健康对照组。结论帕� 展开更多
关键词 帕金森病 肠道菌群 高通量核苷酸测序 肠道菌群紊乱
上海地区汉族健康成年人唾液微生物菌群结构分析 预览
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作者 史聪 蔡丽婷 +3 位作者 邵方洋 郑赛巍 汪丙杰 何园 《同济大学学报:医学版》 CAS 2018年第4期29-34,共6页
目的 研究健康成年人唾液微生物群落结构. 方法 采集 37 名健康的上海地区常驻汉族居民的非刺激唾液,利用 Illumina Hisep 测序平台对微生物 16 S rDNA 的 V3~V4 高度可变区扩增产物进行测序,分析唾液微生物的群落结构. 结果 共获得 1 ... 目的 研究健康成年人唾液微生物群落结构. 方法 采集 37 名健康的上海地区常驻汉族居民的非刺激唾液,利用 Illumina Hisep 测序平台对微生物 16 S rDNA 的 V3~V4 高度可变区扩增产物进行测序,分析唾液微生物的群落结构. 结果 共获得 1 329 271 条优质序列,平均每个样本为(35 926. 24±4 718. 069)条,这些序列可归为110 个属,12 个门. 其中有 5 个优势菌门(97. 54%),以及 12 个核心菌属(79. 71%). 男性与女性两组之间的生物多样性指数及主成分分析等差异均无统计学意义(P〉0. 05). 结论 对上海地区汉族健康成年人口腔唾液微生物群落结构的分析,为进-步研究人类口腔唾液微生物群落结构提供了基础资料,且为口腔疾病的防治及诊断提供了参考. 展开更多
关键词 唾液 高通量测序 微生物群落结构 宏基因组学
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OrthoANI联合MALDI-TOF MS在胎儿弯曲菌鉴定与分型中的应用
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作者 李松 屈平华 +5 位作者 姚妍娇 陈茶 李启伟 邓光远 许振杰 陈富 《中华检验医学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第8期583-588,共6页
目的 建立新型弯曲菌—"胎儿弯曲菌龟亚种(C.fetus subsp.testudinum)"质谱超级图谱库,为临床提供新的检测平台.方法 对收集的建库菌株采用Illumina二代测序平台2000/miSeq进行高通量全基因组测序,JAVA 8运行环境,进行直系同源基因... 目的 建立新型弯曲菌—"胎儿弯曲菌龟亚种(C.fetus subsp.testudinum)"质谱超级图谱库,为临床提供新的检测平台.方法 对收集的建库菌株采用Illumina二代测序平台2000/miSeq进行高通量全基因组测序,JAVA 8运行环境,进行直系同源基因的全基因组平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,OrthoANI)分析;对收集的实验菌株、标准菌株及对照菌株进行质谱分析,建立"C.fetus subsp.testudinum"的超级图谱并验证.结果 OrthoANI分析得出:建库菌株与模式菌株C.fetus subsp.testudinum03-427的OrthoANI值为:99.30%~99.96%,而其与C.fetus subsp.venerealisNCTC10354、C.fetus subsp.fetus82-40的OrthoANI值在91.05%~92.26%.参考OrthoANI≥95%作为同一菌种的判定依据,故将建库菌株最终鉴定为"胎儿弯曲菌龟亚种".新建的超级图谱库鉴定准确率100%(与基因测序一致),可信度区间为:82.3%~99.9%,同一菌株鉴定重复性100%.结论 基于高通量测序及全基因组学分析的微生物分类新"金标准"为实验室质谱自建库提供了理想的参考价值,而建立准确、客观的"C.fetus subsp.testudinum"质谱超级参考图谱,为临床快速诊断胎儿弯曲菌感染提供了新的平台. 展开更多
关键词 胎儿弯曲杆菌 菌血症 基因组学 高通量核苷酸序列分析 光谱法 质量 基质辅助激光解吸电离 细菌分型技术
先天性常染色体隐性遗传性鱼鳞病两家系ABCAl2基因突变分析
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作者 刘婷婷 杨发灯 +4 位作者 林志淼 汪慧君 胡凌寒 钟伟龙 杨勇 《中华皮肤科杂志》 CSCD 北大核心 2018年第10期737-740,共4页
目的 检测两个先天性常染色体隐性遗传性鱼鳞病家系ABCAl2基因的突变情况。方法根据典型的临床表现,2例先证者确诊为先天性常染色体隐性遗传性鱼鳞病。提取患者及其父母的外周血DNA,使用遗传性皮肤病多基因芯片对先证者进行高通量测... 目的 检测两个先天性常染色体隐性遗传性鱼鳞病家系ABCAl2基因的突变情况。方法根据典型的临床表现,2例先证者确诊为先天性常染色体隐性遗传性鱼鳞病。提取患者及其父母的外周血DNA,使用遗传性皮肤病多基因芯片对先证者进行高通量测序,确定突变位点,再用Sanger测序法对先证者和父母的DNA进行双向验证。结果 例1发现ABCAl2基因上c.2759A〉G和c.7004A〉G两个复合杂合突变;例2发现ABCAl2基因上c.6163_6164insT和c.7406G〉A两个复合杂合突变。2例患者的父母均是其中1个突变的携带者。对这4个突变进行功能预测显示,c.2759A〉G、c.7004A〉G和c.7406G〉A三个错义突变均有可能的致病作用,另外移码突变c.6163_6164insT编码的截断蛋白也可能影响蛋白质功能。c.2759A〉G、c.6163—6164insT为新发现的突变位点。结论 ABCAl2基因复合杂合突变是两个家系先证者的致病突变。 展开更多
关键词 鳞癣 DNA突变分析 高通量核苷酸序列分析 先天性常染色体隐性遗传性鱼鳞 ABCAl2基因 遗传性皮肤病多基因芯片 复合杂合突变
高危型HPV感染与阴道菌群及子宫颈菌群关系的初步研究
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作者 张展 张岱 +5 位作者 肖冰冰 张瑞 白会会 董翰宇 毕蕙 刘朝晖 《中华妇产科杂志》 CSCD 北大核心 2018年第7期471-480,共10页
目的 了解高危型HPV感染妇女阴道菌群及子宫颈菌群的情况,探讨高危型HPV感染与阴道菌群及子宫颈菌群的关系。 方法 选取2017年9月至10月北京大学第一医院妇产科就诊的患者(对照组5例,HPV16/18组5例,HPV其他高危型组5例,子宫颈癌... 目的 了解高危型HPV感染妇女阴道菌群及子宫颈菌群的情况,探讨高危型HPV感染与阴道菌群及子宫颈菌群的关系。 方法 选取2017年9月至10月北京大学第一医院妇产科就诊的患者(对照组5例,HPV16/18组5例,HPV其他高危型组5例,子宫颈癌组3例),填写调查问卷、行阴道及子宫颈分泌物微生态检测,同时使用新一代测序技术扩增细菌16S rRNA基因V3~V4高变区行菌群分析。 结果 阴道菌群分析结果:(1)阴道菌群主要有6个菌门:厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门、变形菌门、梭菌门及软壁菌门,正常阴道菌群以厚壁菌门为主,高危型HPV感染者拟杆菌门、梭菌门增多,子宫颈癌组梭菌门显著增多;(2)正常阴道菌群在属水平以乳杆菌属为主,高危型HPV感染者乳杆菌减少,加德纳菌属、普雷沃菌属、阿托波菌属、巨球菌属及纤毛菌属增多,子宫颈癌组纤毛菌属显著增多;(3)高危型HPV感染后阴道菌群多样性增加,但4组阴道菌群Alpha多样性无显著性差异(P=0.073)。子宫颈菌群分析结果:(1)子宫颈菌群多样性高于阴道菌群;(2)高危型HPV感染者子宫颈菌群多样性明显增加,4组子宫颈菌群Alpha多样性有显著性差异(P=0.046);(3)对照组子宫颈菌群较阴道菌群变形菌门增加,HPV感染后子宫颈变形菌门明显增加;(4)衣原体感染在子宫颈癌组明显增加。 结论 子宫颈菌群多样性高于阴道菌群;高危型HPV感染者子宫颈菌群变化较阴道菌群更明显;梭菌门-纤毛菌属及衣原体与子宫颈癌相关,子宫颈变形菌门可能与高危型HPV感染相关。 展开更多
关键词 乳头状瘤病毒感染 微生物群 阴道 子宫颈 高通量核苷酸系列分析
环状RNA hsa_circ_0031739与2型糖尿病关系的初步研究
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作者 房远 王晓霞 +5 位作者 潘琦 李文卿 金军华 张恩毅 邹丽辉 肖飞 《中华检验医学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第11期863-869,共7页
目的筛选高糖处理人脐静脉内皮细胞中差异表达环状RNA,分别在细胞模型中和2型糖尿患者外周血中进行验证,为探索2型糖尿病的生物学诊断标志物奠定基础。方法以脐静脉内皮细胞作为实验模型,设置对照组(n=3)与高糖组(n=3),分别... 目的筛选高糖处理人脐静脉内皮细胞中差异表达环状RNA,分别在细胞模型中和2型糖尿患者外周血中进行验证,为探索2型糖尿病的生物学诊断标志物奠定基础。方法以脐静脉内皮细胞作为实验模型,设置对照组(n=3)与高糖组(n=3),分别使用正糖(5.5 mmol/L)及高糖(30.0 mmol/L)条件进行处理,运用高通量测序技术初步筛选差异表达环状RNA。通过PCR和实时定量PCR(q-PCR)技术,在内皮细胞模型中对差异表达环状RNA进行验证。随后,在2型糖尿患者外周血(n=32)及正常人外周血(n=28)中,进一步验证上述差异表达环状RNA。运用t-检验、相关性分析和ROC曲线,对实验结果进行分析。结果高通量测序共筛选出1 087个差异表达环状RNA,其中554个上调,533个下调。从中挑选出6个上调环状RNA在脐静脉内皮细胞模型中初步验证,发现,PCR结果及q-PCR结果与测序结果基本一致。再从中挑选出3个上调最为明显的环状RNA在外周血中进一步验证。本研究发现,环状hsa_circ_0031739在外周血样本中的差异表达也具有统计学意义(0.015±0.002 5 vs. 0.006±0.001 3,P=0.005 9〈0.05),ROC曲线下面积为0.730,并且与血糖和糖化血红蛋白水平正相关(r=0.317,P=0.013 7〈0.05;r=0.348,P=0.006 4〈0.05)。结论人脐静脉内皮细胞作为糖尿病研究中常用的细胞模型,高糖处理后存在差异表达环状RNA谱。环状RNA hsa_circ_0031739在细胞模型和2型糖尿病外周血样本中的差异表达均具有统计学意义,与血糖及糖化血红蛋白相关,具有一定的诊断意义。因此,环状RNA hsa_circ_0031739有望成为糖尿病新型生物学诊断标志物,有助于2型糖尿病的综合诊断和疾病机理研究。 展开更多
关键词 糖尿病 2型 RNA 生物标记 高通量核苷酸序列分析
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