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乌头属植物ITS条形码的序列及结构特征研究 预览
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作者 覃瑞 张丹丹 +4 位作者 刘虹 吴智华 张婧捷 韩迪 王靖 《西南民族大学学报:自然科学版》 CAS 2019年第2期134-145,共12页
毛茛科乌头属(Aconitum L.)植物是一类药用植物,主要分布在青藏高原等地区,其分子系统的分类对该药材道地性研究十分必要,然而目前分子学的分类鉴定依然有限.通过对9种乌头属植物进行ITS序列分析及二级结构预测,并结合公共数据库的数据... 毛茛科乌头属(Aconitum L.)植物是一类药用植物,主要分布在青藏高原等地区,其分子系统的分类对该药材道地性研究十分必要,然而目前分子学的分类鉴定依然有限.通过对9种乌头属植物进行ITS序列分析及二级结构预测,并结合公共数据库的数据,建立了一种对乌头属植物种间鉴定的分子学方法,为后续青藏高原地区道地药材研究奠定基础.形态学鉴定显示,其中6种为高乌头,1种为赣皖乌头,1种为空茎乌头,1种为"遵义"乌头(后用ZY代替).ITS序列分析与聚类揭示这几种乌头属植物之间的亲缘关系:ZY与其他几种差异较大,ITS1遗传距离均大于0.1,ITS2遗传距离小于ITS1的遗传距离,GC含量高达60.9%.ITS一级结构聚类显示ZY为乌头亚属植物,其余8种皆为牛扁亚属,二级结构上XJ与QCHS的具有较大的主环,与其他种表现出明显的差异.ITS2上具有54.5%的CBCs位点,表明在这几种乌头属植物间存在着种间杂交. 展开更多
关键词 乌头属 ITS ITS2 二级结构 CBCs
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浒苔( Ulva prolifera )核糖体基因簇单元全长序列的克隆与分析 预览
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作者 沈伟杰 缪晓翔 +4 位作者 何渊 韩红宾 王宗灵 穆新武 沈颂东 《海洋科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期487-494,共8页
核糖体基因簇单元全长序列对于藻类分子鉴定与分类具有重要意义,而浒苔(Ulvaprolifera)作为形成我国黄海绿潮的主要物种,其核糖体基因簇单元全长序列的克隆还未见研究报道。本研究通过分子克隆技术成功扩增了浒苔的核糖体基因簇单元全... 核糖体基因簇单元全长序列对于藻类分子鉴定与分类具有重要意义,而浒苔(Ulvaprolifera)作为形成我国黄海绿潮的主要物种,其核糖体基因簇单元全长序列的克隆还未见研究报道。本研究通过分子克隆技术成功扩增了浒苔的核糖体基因簇单元全长序列。浒苔核糖体基因簇单元全长序列为8948bp,其中18SrDNA1760bp,28SrDNA3259bp,ITS1205bp,5.8SrDNA160bp,ITS2176bp和IGS3388bp。对各部分序列的碱基组成进行分析后,我们发现ITS1,ITS2和IGS序列对胞嘧啶具有明显的偏好性,而18SrDNA和28SrDNA序列对鸟嘌呤具有明显的偏好性。浒苔核糖体基因簇单元全长序列的GC含量为54.12%,其中ITS1、ITS2和IGS序列的GC含量比保守序列的GC含量高,这表明内转录单元间隔区序列和基因间间隔区序列比保守序列变异率更高,进化速率更快。另外,IGS序列中发现大量简单的直接重复序列、串联重复序列、短对称序列和回文序列。浒苔核糖体基因簇单元全长序列可为其分类及分子鉴定提供有效的工具。 展开更多
关键词 浒苔 18SrDNA 28SrDNA ITS1 ITS2 5.8SrDNA IGS 核糖体基因簇
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DNA条形码在热带龙脑香科树种鉴定中的应用
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作者 胡建霖 刘志芳 +1 位作者 慈秀芹 李捷 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期350-359,共10页
龙脑香科植物是东南亚地区重要的热带木材来源树种,对其开展DNA条形码评估在林业监管及森林资源保护等方面具有非常重要的实际应用价值。通过对龙脑香科植物样品进行rbcL、matK、trnL-trnF和ITS2四个片段的扩增和测序,结合GenBank下载... 龙脑香科植物是东南亚地区重要的热带木材来源树种,对其开展DNA条形码评估在林业监管及森林资源保护等方面具有非常重要的实际应用价值。通过对龙脑香科植物样品进行rbcL、matK、trnL-trnF和ITS2四个片段的扩增和测序,结合GenBank下载的数据,共获得龙脑香科树种14属244种共计899条序列。通过比较4个片段的通用性、序列特征、种内和种间的遗传变异,基于Best Match (BM)、Best Close Match (BCM)、相似性搜索算法(BLAST)和邻接树(NJ) 4种方法评估DNA条形码对于龙脑香科树种的鉴定能力。结果表明, ITS2在龙脑香科树种中鉴定效率最高,通过优化的扩增体系能够从该科植物叶片中获得较高质量的ITS2片段;叶绿体matK片段扩增和测序效率为100%,且种内及种间遗传变异明显,鉴定成功率高于其它叶绿体片段,并据此提出ITS2和matK适合作为龙脑香科树种的DNA条形码。 展开更多
关键词 龙脑香科 DNA条形码 ITS2 MATK 热带地区
基于ITS2序列的15种淫羊藿属药用植物分类鉴定研究 预览
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作者 严福林 徐文芬 +2 位作者 孙庆文 魏升华 何顺志 《种子》 北大核心 2019年第6期43-47,共5页
为探讨内转录间隔区2(ITS2)序列及其二级结构在15种淫羊藿属(Epimedium)中的鉴定效率。利用试剂盒提取叶片总DNA,对ITS2序列进行PCR扩展与测序,计算K2P遗传距离,构建系统发育树,预测其二级结构。结果表明,ITS2序列在15种淫羊藿属植物中... 为探讨内转录间隔区2(ITS2)序列及其二级结构在15种淫羊藿属(Epimedium)中的鉴定效率。利用试剂盒提取叶片总DNA,对ITS2序列进行PCR扩展与测序,计算K2P遗传距离,构建系统发育树,预测其二级结构。结果表明,ITS2序列在15种淫羊藿属植物中的通用性好,扩增成功率与测序成功率均为100%。从K2P种间和种内遗传距离看,ITS2在淫羊藿属中的种间变异较小,部分种类种内遗传距离大于种间遗传距离,鉴定成功率约为60%。采用比对法(Blast)分析,ITS2鉴定效率为75%。由ITS2系统进化树可知,淫羊藿属与鬼臼属各为一支,易于分开。除薄叶淫羊藿、竹山淫羊藿、巫山淫羊藿外,其余种类均能较好的进行聚类;除粗毛淫羊藿、保靖淫羊藿外其余均不能与NCBI下载到的序列进行较好聚类。研究表明,15种淫羊藿属植物ITS2序列在ML系统进化树中具较好的鉴别能力,但淫羊藿属各样本种内与种间遗传较为混乱,遗传距离复杂,ITS2二级结构形态结构亦较为相似,将各种间进行区分存在一定难度,不适合单独作为该属条形码使用。 展开更多
关键词 淫羊藿属 ITS2 分类鉴定 DNA条形码
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基于ITS2序列探讨兰属的DNA条形码鉴定和系统发育关系 预览
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作者 巫伟峰 陈孝丑 +2 位作者 陈发兴 陈春 张毅智 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第8期1295-1304,共10页
兰属中许多类型具有极高的观赏和经济价值,并在兰花产业中占据重要地位。由于兰属植物复杂的演化、遗传历史,一直以来分类鉴定困难,存在诸多分类学争议。近年来,快速发展的DNA条形码技术为兰属植物的分类鉴定提供了新的思路。该研究利... 兰属中许多类型具有极高的观赏和经济价值,并在兰花产业中占据重要地位。由于兰属植物复杂的演化、遗传历史,一直以来分类鉴定困难,存在诸多分类学争议。近年来,快速发展的DNA条形码技术为兰属植物的分类鉴定提供了新的思路。该研究利用12个兰属本地样品和250条GenBank下载的兰科ITS2序列(其中81条属于兰属),通过BLAST1、遗传变异、建树法等分析评估了ITS2序列用于兰属植物分子鉴定的可行性,并基于建树结果探讨了兰属的系统发育关系。BLAST1结果显示,ITS2序列可以准确鉴定12个本地兰属样品的属、亚属划分,鉴定成功率达到100%;在组水平也具有较好的鉴定能力,鉴定成功率为92%,但在物种水平上的鉴别能力较差,鉴定成功率仅17%。参考库(GenBank下载的250条兰科ITS2序列)遗传变异分析结果显示,兰属ITS2序列具有很高的遗传多样性(变异率为74.9%),在属、亚属水平上能较好地区分,但在组或组下的物种水平,由于组内和组间变异、种内和种间变异存在较大重叠,鉴别能力较差。建树结果显示,ITS2序列可以将兰属中的建兰亚属、兰亚属和大花亚属明显区分开,建兰亚属与兰亚属亲缘较近,两者与大花亚属亲缘较远,同时还发现莲瓣兰与春兰在系统发育树中关系紧密,结果支持Du Puy&Cribb的3亚属划分,并暗示莲瓣兰可能是春兰下的一个变种或品种(支持率为69%)。综上所述,ITS2序列在兰属植物的分子鉴定上具有一定的应用价值,可作为兰属植物DNA条形码鉴定的辅助条形码。 展开更多
关键词 ITS2 兰属 DNA条形码 系统发育关系 兰科
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基于ITS2条形码鉴定酸橙类中药材 预览
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作者 黄玉龙 李顺祥 黄林芳 《山东理工大学学报:自然科学版》 CAS 2019年第4期74-78,共5页
对正品枳及其5种常见混伪品进行ITS2分析,为制药和临床上鉴别枳实和枳壳类中药材提供一种方法,也为农业上鉴定橘类种子种苗提供一种可靠方法。提取枳及其混伪品DNA,对ITS2序列扩增和双向测序,从GenBank下载其他部分序列。用DNAstar 7.1... 对正品枳及其5种常见混伪品进行ITS2分析,为制药和临床上鉴别枳实和枳壳类中药材提供一种方法,也为农业上鉴定橘类种子种苗提供一种可靠方法。提取枳及其混伪品DNA,对ITS2序列扩增和双向测序,从GenBank下载其他部分序列。用DNAstar 7.10进行序列长度统计,并计算G+C含量。用MEGA 5.0计算种内种间(K2P)遗传距离,并进行NJ树聚类分析和二级结构分析,最后通过条形码网站鉴定各物种序列。结果发现:枳及其混伪品ITS2序列长度范围为231~279bp,G+C含量范围为69.26%~72.93%;种内最大K2P遗传距离比种间最小遗传距离小;聚类树单系性良好,但二级结构区分不明显,条形码网站鉴定可得到正确物种。ITS2条形码可有效鉴别枳及其混伪品。 展开更多
关键词 DNA条形码 ITS2 酸橙
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薄荷及其近缘物种叶的形态特征及DNA条形码鉴定研究
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作者 苏畅 蔺应雪 +5 位作者 王乾 侯芳洁 张兰兰 马东来 郑玉光 郑开颜 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第15期3667-3672,共6页
目的探讨植物的形态特征及ITS2、psb A-trn H序列在薄荷及其近缘物种鉴定中的应用,为薄荷及近缘物种的鉴定提供参考。方法观察薄荷及其近缘物种叶片形状、叶缘形状、绒毛密度、腺鳞密度等形态特征并对供试材料ITS2序列、psb A-trn H序... 目的探讨植物的形态特征及ITS2、psb A-trn H序列在薄荷及其近缘物种鉴定中的应用,为薄荷及近缘物种的鉴定提供参考。方法观察薄荷及其近缘物种叶片形状、叶缘形状、绒毛密度、腺鳞密度等形态特征并对供试材料ITS2序列、psb A-trn H序列进行PCR并测序,通过对比植物形态特征、分析DNA序列、计算遗传距离、构建邻接树等方法对数据进行整理分析,并对植物进行鉴定。结果植物的形态特征结合ITS2序列、psb A-trn H序列构建的邻接树显示香水薄荷与夏香薄荷、丹参与紫苏、胡椒薄荷与美国薄荷、大叶薄荷与猫薄荷亲缘关系近,该方法能将薄荷及其近缘物种区分。结论 ITS2序列、psb A-trn H序列可作为薄荷及其近缘物种的DNA条形码,与叶的形态特征相结合鉴定效果更佳。 展开更多
关键词 薄荷 ITS2 PSBA-TRNH 叶的形态特征 DNA条形码
基于高通量测序的褐飞虱肠道微生物多样性分析 预览
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作者 王天召 王正亮 +2 位作者 朱杭锋 王紫晔 俞晓平 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期323-333,共11页
【目的】探明褐飞虱Nilaparvata lugens成虫肠道微生物群落结构和多样性。【方法】分离褐飞虱成虫完整肠道并提取总DNA,利用Illumina MiSeq(PE300)技术对其肠道细菌16S rRNA的V3-V4变异区和真菌ITS2序列进行测序,统计肠道微生物的操作... 【目的】探明褐飞虱Nilaparvata lugens成虫肠道微生物群落结构和多样性。【方法】分离褐飞虱成虫完整肠道并提取总DNA,利用Illumina MiSeq(PE300)技术对其肠道细菌16S rRNA的V3-V4变异区和真菌ITS2序列进行测序,统计肠道微生物的操作分类单元(operational taxonomic unit, OTU)数量,分析其物种组成、丰度及Alpha多样性。并通过qPCR技术验证随机挑选注释到的4种肠道菌的高通量测序数据的有效性。【结果】分别获得褐飞虱成虫肠道细菌16S rRNA和真菌ITS2优质序列32 395和24 986条,根据序列相似性进行聚类分析分别获得235和128个OTUs。其中,细菌共注释到7个门, 15个纲, 26个目, 45个科和73个属;真菌共鉴定到3个门, 9个纲, 12个目, 15个科和18个属。在门分类水平上,细菌以变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)为优势门类;真菌以子囊菌门(Ascomycota)为绝对优势菌门。在属分类水平上,细菌的优势属为不动杆菌属Acinetobacter以及紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)未确定属和毛螺菌科(Lachnospiraceae)未确定属,其丰度分别为36.37%, 17.22%和15.01%;真菌的优势属为粪壳菌纲(Sordariomycetes)未确定属,丰度为95.77%。Alpha多样性分析结果显示,褐飞虱肠道细菌(真菌)的观测物种数、Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数分别为235(128), 262.64(165.40), 3.90(0.91)和0.62(0.75)。4种肠道菌的qPCR结果显示高通量测序数据具有较高的有效性。【结论】褐飞虱成虫肠道细菌和真菌群落整体多样性比较丰富。研究结果为从共生微生物角度解析褐飞虱的环境适应性以及开发基于微生物防治的新技术等方面提供了依据。 展开更多
关键词 褐飞虱 肠道微生物 16S RRNA ITS2 高通量测序 细菌 真菌 物种多样性
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基于DNA条形码技术的民族药紫丹参及其近缘种鉴定研究
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作者 段宝忠 李巍 +4 位作者 邓海星 兰竹慧 吴中相 罗晓芳 Leslaw.Mleczko 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期1204-1211,共8页
目的 探讨DNA条形码技术在民族药紫丹参及其近缘物种鉴定中的应用,为紫丹参药材鉴定提供参考。方法 建立紫丹参及其混伪品DNA条形码参照数据库,通过比对序列、分析变异位点、计算遗传距离和构建邻接树等分析数据,并应用该数据库对市场... 目的 探讨DNA条形码技术在民族药紫丹参及其近缘物种鉴定中的应用,为紫丹参药材鉴定提供参考。方法 建立紫丹参及其混伪品DNA条形码参照数据库,通过比对序列、分析变异位点、计算遗传距离和构建邻接树等分析数据,并应用该数据库对市场药材进行鉴定。结果 DNA条形码技术可有效鉴别紫丹参及其混伪品。结论 ITS2序列可作为紫丹参及其混伪品的鉴定条形码,该技术在民族药物种基原鉴定、标准制定和市场监管等实际应用中具有重要的应用价值。 展开更多
关键词 民族药 紫丹参 DNA条形码 标准序列 ITS2
基于ITS2序列位点特异性PCR鉴别广藿香及其混伪品
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作者 吴文如 安鑫 +2 位作者 来慧丽 杨璐 付菲 《时珍国医国药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期897-900,共4页
目的建立一种简便、准确鉴别广藿香及其混伪品的方法。方法通过对GenBank数据库收录的广藿香及其混伪品的ITS2序列进行对比分析,根据差异位点设计位点特异性鉴别引物,并优化PCR条件,对广藿香新鲜植物、干燥药材、含广藿香中成药及其混... 目的建立一种简便、准确鉴别广藿香及其混伪品的方法。方法通过对GenBank数据库收录的广藿香及其混伪品的ITS2序列进行对比分析,根据差异位点设计位点特异性鉴别引物,并优化PCR条件,对广藿香新鲜植物、干燥药材、含广藿香中成药及其混伪品进行扩增和检测。结果广藿香新鲜植物、干燥药材及含广藿香中成药均扩增出162 bp条带,而广藿香的混伪品均无条带,且该方法灵敏度高,检出限可达0.3 g·L^-1。结论所建立的位点特异性PCR方法可实现广藿香的准确鉴别,具有操作简便、稳定可靠、应用范围广的优点。 展开更多
关键词 广藿香 ITS2 位点特异性PCR 分子鉴定
基于DNA条形码技术的新疆民族药材天山堇菜基原研究 预览
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作者 樊丛照 朱军 +2 位作者 赵亚琴 王果平 李晓瑾 《世界科学技术:中医药现代化》 CSCD 北大核心 2019年第3期553-558,共6页
目的:明确市售药材天山堇菜的植物基原,为药材鉴定提供方法依据。方法:使用DNA条形码ITS2序列,建立了民族药材天山堇菜及同属126份基原植物的DNA条形码ITS2序列标准数据库,分析市售18份“天山堇菜”药材的基原。结果:成功建立了堇菜属12... 目的:明确市售药材天山堇菜的植物基原,为药材鉴定提供方法依据。方法:使用DNA条形码ITS2序列,建立了民族药材天山堇菜及同属126份基原植物的DNA条形码ITS2序列标准数据库,分析市售18份“天山堇菜”药材的基原。结果:成功建立了堇菜属126份植物的ITS2序列数据库,通过此数据库对18份市售药材的鉴定结果表明,8份为天山堇菜(44.4%),3份为香堇菜(16.7%),6份为堇菜属植物(33.3%),1份为非堇菜属植物(5.6%)。结论:市售民族药材天山堇菜来源于多种植物,其中不足一半与标准中基原一致,多数为混伪品,其是否均能作为天山堇菜使用,还有必要结合用药历史考证。 展开更多
关键词 天山堇菜 ITS2 鉴定 DNA条形码
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基于DNA条形码技术对23种未知黎药进行物种鉴定
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作者 崔馨云 孙伟 +6 位作者 熊超 孟祥宵 师玉华 邬兰 程丽丽 李伟杰 郑希龙 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期283-292,共10页
该研究利用DNA条形码技术对23种未知黎药进行物种鉴定。采用试剂盒法提取了23种药材的总DNA,并利用PCR技术扩增其ITS2,psbA-trnH序列并双向测序,利用Codon Code Aligner v7. 0. 1软件对测序峰图进行正反向序列拼接,去除引物区及低质量... 该研究利用DNA条形码技术对23种未知黎药进行物种鉴定。采用试剂盒法提取了23种药材的总DNA,并利用PCR技术扩增其ITS2,psbA-trnH序列并双向测序,利用Codon Code Aligner v7. 0. 1软件对测序峰图进行正反向序列拼接,去除引物区及低质量序列获得ITS2,psbA-trnH序列,并将其输入到中药材DNA条形码数据库和NCBI Gen Bank数据库中进行检索,尝试对这23种药材进行物种鉴定。并以鉴定结果的相似度≥97%即确定到物种水平;介于97%和90%即确定为属级水平;低于90%即确定到科级水平这一原则作为鉴定标准,有17种药材可以鉴定到物种水平,5种药材可以鉴定到属级水平,1种可以确定到科级水平。由此可见DNA条形码技术可以快速、准确的鉴别无背景信息的未知药材。 展开更多
关键词 黎药 DNA条形码 ITS2 PSBA-TRNH
基于DNA条形码ITS2序列的野菊及其易混品鉴定研究 被引量:1
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作者 陈芙蓉 汪涛 +4 位作者 郭巧生 朱再标 邹庆军 贵书琪 赵舒艺 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期654-659,共6页
利用DNA条形码技术通过ITS2序列分析,建立一种快速鉴定野菊及其易混品的方法。提取22份样品的基因组DNA,对ITS2片段进行PCR扩增、双向测序,获得其ITS2序列信息;并从Gen Bank上下载同科或同属序列14条;运用MEGA7. 0对所有36条ITS2序列进... 利用DNA条形码技术通过ITS2序列分析,建立一种快速鉴定野菊及其易混品的方法。提取22份样品的基因组DNA,对ITS2片段进行PCR扩增、双向测序,获得其ITS2序列信息;并从Gen Bank上下载同科或同属序列14条;运用MEGA7. 0对所有36条ITS2序列进行比对、计算种内种间遗传距离,构建Neighbor Joining(NJ)系统进化树,并比较样本ITS2序列间的二级结构差异。结果显示,野菊、条叶旋覆花、蒲儿根、千里光的种内最大遗传距离远小于种间最小遗传距离,具有明显的条形码间距(barcoding gap),而野菊与药用菊的遗传距离重合;NJ树显示野菊、条叶旋覆花、蒲儿根、千里光单独聚为一支,且多数药用菊与部分野菊聚为一亚支;二级结构显示野菊、条叶旋覆花、蒲儿根、千里光之间的二级结构差异显著,且野菊与药用菊共用A和B 2个二级结构;同时也发现野菊是药用菊进化来源之一。因此,ITS2序列作为DNA条形码能准确、快速的鉴别野菊及其易混品,为其种质资源鉴定及临床用药安全提供了重要依据。 展开更多
关键词 野菊 DNA条形码 ITS2 二级结构 鉴定
基于ITS2序列的“藏茵陈”分子鉴别和遗传多样性研究 预览
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作者 吴波 朱小芬 +1 位作者 李风琴 葛菲 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期347-355,共9页
通过实验测定和GenBank数据库检索印度獐牙菜、川西獐牙菜、大籽獐牙菜、獐牙菜、抱茎獐牙菜、湿生萹蕾、椭圆叶花锚、喉毛花、宿根胁助花、篦齿虎耳草、唐古特虎耳草、山地虎耳草、优越虎耳草等ITS2序列,使用CodonCode Aligner V5.1和M... 通过实验测定和GenBank数据库检索印度獐牙菜、川西獐牙菜、大籽獐牙菜、獐牙菜、抱茎獐牙菜、湿生萹蕾、椭圆叶花锚、喉毛花、宿根胁助花、篦齿虎耳草、唐古特虎耳草、山地虎耳草、优越虎耳草等ITS2序列,使用CodonCode Aligner V5.1和MEGA5.5软件处理ITS2序列,对“藏茵陈”各基原物种变异进行了分析并以Neighbor-Join法构建了“藏茵陈”类各基原物种遗传多样性聚类分析图。结果表明,ITS2序列可以作为“藏茵陈”基原植物的分子鉴别和遗传多样性分析的可靠方法。 展开更多
关键词 藏茵陈 ITS2 分子鉴别
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峨嵋山区姜科药用植物ITS2序列分析
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作者 任瑶瑶 江南屏 +3 位作者 张良 宋良科 刘睿颖 谭睿 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期217-223,共7页
目的:评价以ITS2序列作为DNA条形码对峨眉山地区姜科药用植物的鉴定。方法:于四川省峨眉山地区采集姜科药用植物样本43个,提取其基因组DNA,进行转录间隔区(ITS)2序列PCR扩增、测序,从GenBank上下载40条姜科植物ITS2序列;运用MEGA6.0软... 目的:评价以ITS2序列作为DNA条形码对峨眉山地区姜科药用植物的鉴定。方法:于四川省峨眉山地区采集姜科药用植物样本43个,提取其基因组DNA,进行转录间隔区(ITS)2序列PCR扩增、测序,从GenBank上下载40条姜科植物ITS2序列;运用MEGA6.0软件对所有样本序列种间和种内遗传距离进行计算分析,构建neighbor joining(NJ)系统进化树;利用TAXONDNA软件分析序列种内、种间变异并作barcoding gap分析;从ITS2数据库中预测并比较样本ITS2序列的二级结构差异。结果:姜科样本种间最小距离大于种内最大距离,有较为明显的barcoding gap;NJ进化树中各属样本分别聚山姜属(Alpinia),姜黄属(Curcuma),舞花姜属(Globba),姜花属(Hedychium),姜属(Zingiber)五大支,种内之间于各属分支中各聚为小支;各属及各种样本ITS2二级结构存在差异明显。结论:以ITS2序列作为DNA条形码,能够对姜科药用植物进行准确、快速的识别和鉴定,准确地弄清物种之间的系统进化关系,为该属药用植物的分布、种群及种群量研究提供指导,对其质量控制、安全用药及资源保护及合理开发利用提供理论依据。 展开更多
关键词 姜科 DNA条形码 转录间隔区(ITS)2序列 二级结构 鉴定 资源调查
皮油沉香基本特征及品质分析 预览
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作者 冯剑 刘培卫 +3 位作者 杨云 欧阳冬青 刘洋洋 魏建和 《中国现代中药》 CAS 2019年第7期861-868,共8页
目的:明确皮油沉香基本特征并分析其品质特点。方法:采用感官、显微结构、DNA条形码技术、气相色谱-质谱联用及高效液相色谱法,分别对皮油沉香的外观形态特征、显微特征、基原、挥发性成分、特征图谱及沉香四醇含量进行研究。结果:皮油... 目的:明确皮油沉香基本特征并分析其品质特点。方法:采用感官、显微结构、DNA条形码技术、气相色谱-质谱联用及高效液相色谱法,分别对皮油沉香的外观形态特征、显微特征、基原、挥发性成分、特征图谱及沉香四醇含量进行研究。结果:皮油沉香基原鉴定为白木香Aquilaria sinensis(Lour.)Gilg,显微结构较为特殊,纤维众多,可观察到含树脂的韧皮部、木间韧皮部和射线等结构;皮油沉香倍半萜类成分较多,含有3种与通体香沉香、板头香沉香相同的共有成分;特征图谱与《中华人民共和国药典》规定的沉香特征图谱的特征峰一致,且沉香四醇含量均高于标准限值。结论:本文首次报道了皮油沉香形态特征、显微结构特征、物种基原及化学成分特征。 展开更多
关键词 沉香 ITS2 品质评价
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基于GenBank数据对红柴胡nrDNA序列ITS2片段的分析 预览
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作者 王鹤 杨娜 +5 位作者 徐丹丹 孙明阳 郭宏莉 关鑫 王世聪 王长宝 《安徽农业科学》 CAS 2019年第4期114-116,共3页
[目的]了解红柴胡nrDNA序列ITS2片段特征,为中药柴胡的分子鉴定提供科学依据。[方法]从GenBank中获取已公布红柴胡ITS全长序列38条和ITS2序列3条,利用MEGA6.0进行多序列比对,分析ITS2片段碱基成分、变异位点、信息位点,计算遗传距离,并... [目的]了解红柴胡nrDNA序列ITS2片段特征,为中药柴胡的分子鉴定提供科学依据。[方法]从GenBank中获取已公布红柴胡ITS全长序列38条和ITS2序列3条,利用MEGA6.0进行多序列比对,分析ITS2片段碱基成分、变异位点、信息位点,计算遗传距离,并用邻接法(NJ)构建系统聚类树。[结果]ITS2片段长度为224~230bp,共发现14个简约信息位点,最大遗传距离0.124,系统树可明显分为4组,85.37%的聚为一组。[结论]ITS2在红柴胡居群中比较保守,可作为DNAbarcoding鉴定的片段使用。 展开更多
关键词 红柴胡 ITS2 遗传距离 发育分析
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基于ITS2序列对藏药材植物的分子鉴定
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作者 郝豆豆 张勇群 +3 位作者 付苏宏 施静 张鹏飞 拉多 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期2967-2975,共9页
目的选用ITS2序列作为条形码来鉴定44种藏药材植物。方法用高盐低pH法提取藏药材植物的基因组DNA,通过PCR扩增藏药材植物的ITS2序列,共得到ITS2序列145条,分属于24科,39属,44种。在GenBank数据库中通过序列比对选取了部分藏药材的同源... 目的选用ITS2序列作为条形码来鉴定44种藏药材植物。方法用高盐低pH法提取藏药材植物的基因组DNA,通过PCR扩增藏药材植物的ITS2序列,共得到ITS2序列145条,分属于24科,39属,44种。在GenBank数据库中通过序列比对选取了部分藏药材的同源序列。将ITS2序列在Bioedit软件中进行序列比对,在MEGA软件中计算双参数(K2P)种内和种间遗传距离,并基于邻接法构建系统进化树来分析物种的系统发育关系。结果 ITS2区域有显著的种内、种间差异,基于ITS2区域的系统进化分析与形态学结果一致,并可以反映物种之间的亲缘关系。此外,藏药材的ITS2序列二级结构各有不同,为物种鉴定提供了另一种方法。结论 ITS2序列是藏药材植物鉴定和系统发育研究的非常有效的单条形码,为藏药材植物资源的利用和保护提供了科学依据。 展开更多
关键词 藏药材植物 ITS2 分子鉴定 系统发生关系 PCR
基于ITS2序列鉴别中药材钩藤及其同属近缘混伪品
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作者 姚能 胡超逸 +2 位作者 魏一丁 郑雅涵 胡志刚 《时珍国医国药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期361-364,共4页
目的应用ITS2序列鉴定多基原药材钩藤及其同属近缘混伪品,确保临床用药准确、安全。方法收集钩藤药材基原物种实验材料16份,采用改良后的CTAB法提取总DNA,通过PCR扩增、测序、序列拼接和注释后获得各自的ITS2序列并进行相似性比对验证,... 目的应用ITS2序列鉴定多基原药材钩藤及其同属近缘混伪品,确保临床用药准确、安全。方法收集钩藤药材基原物种实验材料16份,采用改良后的CTAB法提取总DNA,通过PCR扩增、测序、序列拼接和注释后获得各自的ITS2序列并进行相似性比对验证,结合NCBI下载的同属相关物种ITS2序列64条,基于MEGA 6.0进行序列分析,比较钩藤药材各基原物种的序列差异,计算种内及种间Kimura 2-Parameter(K2P)距离,以邻接(NJ)法构建系统发育树。综合应用相似性搜索法、最近距离法以及NJ树对钩藤药材及同属混伪品进行鉴定分析。结果钩藤药材各基原物种ITS2序列长度为220-221 bp,各基原物种种内最大K2P距离均小于与同属其他物种的种间最小K2P距离,系统NJ树不仅能准确将钩藤药材基原物种区分开,更能将该属在我国分布的绝大多数物种区分开。结论该研究建立了基于ITS2序列的多基原药材钩藤DNA条形码鉴定技术方法,能够成功用于钩藤药材真伪鉴定,为临床准确用药提供依据。 展开更多
关键词 钩藤 近缘混伪品 ITS2 鉴别 DNA条形码
藏药波棱瓜属药用植物DNA条形码鉴定 预览
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作者 黄思远 孙宁阳 +2 位作者 石晏丞 顾健 谭睿 《江苏农业科学》 2019年第11期66-66,67-70共5页
为评价DNA条形码候选序列对藏药波棱瓜属植物的鉴定作用,探讨波棱瓜属植物鉴定新方法,本研究采用不同产地、不同海拔波棱瓜植物的ITS2、PsbA-trnH、rbcL、matK通用引物对110份样品进行DNA提取、PCR扩增和测序,比较4条DNA序列扩增效率和... 为评价DNA条形码候选序列对藏药波棱瓜属植物的鉴定作用,探讨波棱瓜属植物鉴定新方法,本研究采用不同产地、不同海拔波棱瓜植物的ITS2、PsbA-trnH、rbcL、matK通用引物对110份样品进行DNA提取、PCR扩增和测序,比较4条DNA序列扩增效率和测序成功率;分析种内和种间变异;通过Barcodinggap分析,构建NJ系统进化树,评价各序列对西藏自治区、云南省、四川省不同海拔波棱瓜药材的辨别能力。研究结果表明,ITS2序列在所研究的波棱瓜属药用植物中的扩增效率和测序成功率均为100%,其种内种间变异、Barcodinggap与其他DNA条形码候选序列相比具有明显的优势,以ITS2序列作为DNA条形码,可对波棱瓜进行准确、快速识别和鉴定,准确地弄清楚不同地区不同海拔所生长的波棱瓜之间的进化关系,为该药用植物的质量控制、安全用药及资源合理开发利用提供理论依据。 展开更多
关键词 波棱瓜属 DNA条形码 ITS2 MATK RBCL PSBA-TRNH
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