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基于高通量测序研究草莓根际微生物群落结构和多样性 预览 被引量:1
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作者 赵帆 赵密珍 +2 位作者 王钰 关玲 庞夫花 《土壤》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期51-60,共10页
研究草莓根际土壤微生物群落组成和结构,对健康草莓土壤生态系统的构建和保持具有重要意义。以不同地区草莓根际土壤为研究样本,利用MiSeq平台Illumina第二代高通量测序技术并结合相关生物信息学分析土壤细菌16S rRNA基因V4+V5区域和真... 研究草莓根际土壤微生物群落组成和结构,对健康草莓土壤生态系统的构建和保持具有重要意义。以不同地区草莓根际土壤为研究样本,利用MiSeq平台Illumina第二代高通量测序技术并结合相关生物信息学分析土壤细菌16S rRNA基因V4+V5区域和真菌ITS1+ITS2区域的丰富度和多样性指数以及群落结构。结果表明:从15个草莓根际土壤样本中获得4554个细菌分类操作单元OTU和1298个真菌OTU,草莓根际土壤的优势细菌门为变形菌门、厚壁菌门、放线菌门、酸杆菌门和绿弯菌门,主要的优势细菌属有16种;优势真菌门为子囊菌门、接合菌门和担子菌门,主要的优势真菌属有8种。冗余分析(RDA)显示,全氮和pH对土壤微生物群落结构的影响最大,共解释了61%的群落变化,各因子的贡献率大小依次为土壤全氮>pH>有效磷>全钾>全磷>有机质>速效钾>碱解氮;相关性分析也表明,土壤理化指标均与不同优势菌门存在密切的相关关系。本研究结果加深了对草莓根际微生物群落结构和多样性的认识,为深入研究草莓根际微生物多样性及功能与环境因子之间的关系提供了借鉴。 展开更多
关键词 草莓 根际土壤 Illumina高通量测序 土壤微生物群落 土壤理化性质
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石家庄市春季景观水体nirS型反硝化细菌群落特征分析
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作者 张艺冉 李再兴 +6 位作者 孙悦 霍然 孟文茹 王凌霄 申邵恒 杨子程 周石磊 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第7期3295-3303,共9页
选取石家庄市主城区4个典型景观水体作为研究对象,在对水体水质特征分析的基础上,运用Illumina高通量测序技术对景观水体中的nir S型反硝化细菌种群结构和多样性进行测定,探究春季景观水体水质与nir S型反硝化细菌群落的相互关系.结果表... 选取石家庄市主城区4个典型景观水体作为研究对象,在对水体水质特征分析的基础上,运用Illumina高通量测序技术对景观水体中的nir S型反硝化细菌种群结构和多样性进行测定,探究春季景观水体水质与nir S型反硝化细菌群落的相互关系.结果表明,4个景观水体中氮素含量为4.43~13.83 mg·L^-1,氮素污染较严重;基于三维荧光光谱的特征指数分析,4个景观水体均呈现出较强的自生源及弱腐殖质特征;Illumina高通量测序结果表明,不同景观水体中nir S型反硝化细菌大多为变形菌门,在优势菌属上差异显著;unclassified_Bacteria(53.52%)、假单胞菌(Pseudomonas)(60.48%)和红杆菌属(Rhodobacter)(46.94%)分别为裕西、水上和长安公园水体中的优势菌属,unclassified_Bacteria(36.19%)和unclassified_Proteobacteria(23.44%)为世纪公园水体中的优势菌属;冗余分析(RDA)结果表明,裕西公园反硝化细菌主要受硝氮、总氮和溶解氧的影响,水上公园反硝化细菌受总磷的影响较大,长安公园反硝化细菌主要受氨氮和亚硝氮的影响,世纪公园反硝化受总磷、亚硝氮和氨氮的影响较大.综上表明,春季不同景观水体的水质以及nir S型反硝化细菌的群落结构差异显著,通过开展景观水体水质、反硝化群落以及影响因素的研究,有助于对城市水系的水质特征以及反硝化群落结构的认识,对基于该水质特征的高效反硝化菌剂的研发具有指导意义. 展开更多
关键词 景观水体 nirS型反硝化细菌 Illumina高通量测序 群落结构 冗余分析(RDA)
4个不同苯甲醇含量茶树品种的转录组分析
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作者 谢念祠 贺群 +2 位作者 田双红 王晓 沈程文 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期3214-3223,共10页
香气是茶叶品质决定因子之一,苯甲醇作为一种芳香族醇,参与茶叶香气物质形成。本研究选用4个苯甲醇含量不同的茶树品种,分别是‘薮北’(苯甲醇含量低)、‘湘妃翠’、‘牛皮茶’(苯甲醇含量中等)和‘铁香茗’(苯甲醇含量高),通过Illumina... 香气是茶叶品质决定因子之一,苯甲醇作为一种芳香族醇,参与茶叶香气物质形成。本研究选用4个苯甲醇含量不同的茶树品种,分别是‘薮北’(苯甲醇含量低)、‘湘妃翠’、‘牛皮茶’(苯甲醇含量中等)和‘铁香茗’(苯甲醇含量高),通过Illumina Hiseq^TM2000高通量测序技术对上述4种茶树一芽二叶的转录组进行测序,通过Blast搜索比对,共有151 198条Unigene获得了基因注释。4种茶树在新陈代谢路径中注释的基因数最多,其中次生代谢物生物合成和萜类和聚酮化合物代谢途径可能与茶树苯甲醇合成有关,通过对4种茶树样品的Unigene与NR数据库比对,发现5条可能编码茶树苯甲醇合成途径的关键酶β-葡萄糖苷酶基因,这些相关研究为分析茶树香气功能基因提供理论指导,为香气相关候选基因的发掘提供重要依据。 展开更多
关键词 茶树 Illumina高通量测序 苯甲醇 Β-葡萄糖苷酶 转录组分析
健康与感染青枯病烟株根际土壤与茎秆细菌群落结构与多样性
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作者 向立刚 周浩 +3 位作者 汪汉成 李震 陈乾丽 余知和 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1984-1999,共16页
【目的】了解健康烟株与感染青枯病烟株在根际土壤、茎杆发病部位、茎杆病健交界部位以及未发病茎杆的细菌群落结构与多样性。【方法】分别对土壤与茎杆样品中细菌的16S rRNA基因V3-V4区进行扩增,采用Illumina MiSeq测序技术对扩增片段... 【目的】了解健康烟株与感染青枯病烟株在根际土壤、茎杆发病部位、茎杆病健交界部位以及未发病茎杆的细菌群落结构与多样性。【方法】分别对土壤与茎杆样品中细菌的16S rRNA基因V3-V4区进行扩增,采用Illumina MiSeq测序技术对扩增片段进行高通量测序,然后对健康烟株与感染青枯病烟株不同部位细菌群落结构与多样性进行分析。【结果】感染青枯病烟株发病茎杆及根际土壤的细菌群落多样性高于健康烟株茎杆及其根际土壤样品,病健交界茎杆样品细菌群落多样性低于健康烟株。变形菌门(Proteobacteria)在所有样品中均为优势菌门;所有烟株根际土壤的优势菌门为拟杆菌门(Bacteroidetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和绿弯菌门(Chloroflexi);健康烟株茎杆部位的优势菌门为蓝细菌门(Cyanobacteria);感染青枯病烟株发病茎杆和病健交界茎杆部位的优势菌门为蓝细菌门(Cyanobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)。所有根际土壤样品的优势菌属为劳尔氏菌属(Ralstonia)、假单胞菌属(Pseudomonas)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、黄杆菌属(Flavobacterium)和代尔夫特菌属(Delftia),而感染青枯病烟株根际土壤的劳尔氏菌属(Ralstonia)和假单胞菌属(Pseudomonas)相对丰度显著高于健康烟株根际土壤,鞘脂单胞菌属相对丰度显著低于健康烟株根际土壤。烟株茎杆的优势菌属为劳尔氏菌属和假单胞菌属等。感染青枯病烟株病健交界茎杆中劳尔氏菌属、肠杆菌属(Enterobacter)和泛菌属(Pantoea)相对丰度显著低于健康烟株样品。【结论】健康与感染青枯病烟株茎杆样品细菌群落的丰富度和多样性明显低于相应的根际土壤样品。较健康烟株而言,感染青枯病烟株根际土壤和茎杆样品细菌群落丰富度和多样性均表现出不同程度地增加,且根际土壤细菌群落结构变化较茎杆样品明显,而病健交界茎杆样� 展开更多
关键词 Illumina高通量测序 细菌多样性 群落结构 烟草青枯病 茄科劳尔氏菌
黄山土壤细菌群落和酶活性海拔分布特征 被引量:1
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作者 姚兰 胡立煌 +2 位作者 张焕朝 方炎明 王艮梅 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第2期859-868,共10页
黄山具有保存较完整的生态系统及明显的地势高差,为研究中亚热带森林生态系统土壤微生物群落海拔分布格局提供天然场所.本研究在黄山景区670~1 870 m按每100 m的间隔采集土样,利用Illumina MiSeq高通量测序技术分析土壤细菌群落结构及... 黄山具有保存较完整的生态系统及明显的地势高差,为研究中亚热带森林生态系统土壤微生物群落海拔分布格局提供天然场所.本研究在黄山景区670~1 870 m按每100 m的间隔采集土样,利用Illumina MiSeq高通量测序技术分析土壤细菌群落结构及多样性的海拔变化特征,同时测定相关土壤理化性质和土壤酶活性.结果表明:(1)土壤全氮、碱解氮、全钾和总有机碳含量均存在显著海拔差异(P <0. 01),且总体上随着海拔升高而增加;土壤蔗糖酶活性存在显著海拔差异(P <0. 01),且总体上随海拔升高而增强,但酸性磷酸酶和脲酶活性无显著海拔分异(P> 0. 05);(2)将12个海拔梯度分为高中低3组(低海拔670~875 m;中海拔1 080~1 370 m;高海拔1 460~1 780 m),发现土壤细菌OTU数目:中海拔>低海拔>高海拔,但是高、中、低海拔的差异不明显;(3)在875~1 370 m小范围海拔内,土壤细菌群落多样性沿海拔呈单峰模式分布;而在670~1 780 m整个海拔范围内,土壤细菌群落多样性无明显海拔分布模式;(4)所有样地中,相对丰度大于3%的优势菌门共7个,优势菌目共15个;(5)相关性热图分析表明,土壤p H对不同海拔土壤细菌群落结构差异性影响最大. Pearson相关性分析和偏Mantel分析表明,细菌群落α多样性(P <0. 01)和β多样性(偏Mantel r=0. 560,P=0. 001)主要受土壤p H影响.因此,土壤p H是决定黄山不同海拔土壤细菌群落结构及多样性的主要环境因子. 展开更多
关键词 黄山 细菌群落结构 Illumina高通量测序 土壤PH 土壤酶活性
电强化SBR工艺处理苯酚废水及群落动态解析 预览
6
作者 隆楚月 崔雨晨 +1 位作者 张海雲 时胜男 《能源环境保护》 2019年第5期17-22,共6页
为了提高苯酚废水的处理效率,构建电强化SBR体系(简称E-SBR体系),考察了E-SBR体系在施加电压和去除电压后对苯酚和COD的降解效率,利用高通量测序揭示了微生物群落的动态变化规律。结果表明,E-SBR体系施加电压和去除电压后对苯酚和COD的... 为了提高苯酚废水的处理效率,构建电强化SBR体系(简称E-SBR体系),考察了E-SBR体系在施加电压和去除电压后对苯酚和COD的降解效率,利用高通量测序揭示了微生物群落的动态变化规律。结果表明,E-SBR体系施加电压和去除电压后对苯酚和COD的降解效率均显著高于单独的电极体系与单独的SBR体系之和,生物降解和电极降解间存在耦合协同效应。相比于单独SBR体系而言,E-SBR体系微生物群落的多样性和丰富度增强。Bacillus、Pseudomonas、Rhizobium以及Sphingomonas为E-SBR体系中优势菌,其含量显著高于单独SBR体系,施加电场促进了优势菌的生长并且提高了处理效率。 展开更多
关键词 苯酚 COD E-SBR体系 苯酚羟化酶 高通量测序
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羊全脂乳粉对小鼠肠道菌群的影响 预览
7
作者 刘翠 逄晓阳 +4 位作者 张维 刘鹭 张书文 安颖 吕加平 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第6期54-60,共7页
中医书籍中有多处羊乳有益肠道健康的记载,这可能与羊乳能够影响肠道菌群有关。为研究羊全脂乳粉对小鼠肠道菌群的影响,本研究收集饲喂羊全脂乳粉小鼠的盲肠内容物,采用CTAB法提取肠道菌群总DNA,经PCR扩增16srDNAV4区后,用Illumina高通... 中医书籍中有多处羊乳有益肠道健康的记载,这可能与羊乳能够影响肠道菌群有关。为研究羊全脂乳粉对小鼠肠道菌群的影响,本研究收集饲喂羊全脂乳粉小鼠的盲肠内容物,采用CTAB法提取肠道菌群总DNA,经PCR扩增16srDNAV4区后,用Illumina高通量测序技术测定小鼠肠道中菌群的分布和丰度状况,并重点分析小鼠肠道中乳杆菌属、双歧杆菌属、拟杆菌属、梭菌属的分布,并结合小鼠血液生化指标分析来研究羊全脂乳粉对小鼠肠道菌群和生理生化指标的影响。 展开更多
关键词 羊全脂乳粉 高通量测序 肠道菌群 血液生理生化指标
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连作栽培对露地草莓根际土壤真菌群落结构的影响 预览
8
作者 李星月 肖连康 +5 位作者 李其勇 曹坳程 洪杰 朱从桦 符慧娟 张鸿 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第12期2514-2519,共6页
【目的】草莓作为主要经济作物之一,在我国长期保持着大规模的种植水平,根据种植模式不同可分为设施草莓和露地草莓。由于露地草莓的常年连作栽培,连作障碍发生严重,阻碍了露地草莓生产的可持续发展。【方法】本文以“甜查理(Sweet Char... 【目的】草莓作为主要经济作物之一,在我国长期保持着大规模的种植水平,根据种植模式不同可分为设施草莓和露地草莓。由于露地草莓的常年连作栽培,连作障碍发生严重,阻碍了露地草莓生产的可持续发展。【方法】本文以“甜查理(Sweet Charlie)”为供试草莓品种,运用Illumina高通量测序技术研究非连作栽培露地草莓(S0_Fu)、连作栽培未发生连作障碍露地草莓(S1_Fu)和发生连作障碍露地草莓(S2_Fu)的根际土壤的真菌群落结构。【结果】S0_Fu的真菌种群丰度和多样性明显高于S1_Fu和S2_Fu,且发生连作障碍比未发生连作障碍的根际土真菌丰度和多样性降低效应更为明显。此外,关键的有益真菌(粘红酵母Rhodotorula glutinis、无梗囊霉Acaulosporaceae sp.)等种群大幅下降,而病原真菌数量(棒孢拟盘多毛孢Neopestalotiopsis clavispora)显著增多,这是导致露地草莓连作障碍发生的土壤微生物(真菌类)关键因子。【结论】该研究结果为今后改善连作土壤生态环境、治理露地草莓连作障碍提供了理论基础。 展开更多
关键词 露地草莓 连作障碍 根际土壤 真菌群落结构 Illumina高通量测序
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大豆不同生育期根际土壤细菌群落结构的变化 预览 被引量:1
9
作者 刘欣 李志英 +2 位作者 刘瑞瑞 李璐璐 王卫卫 《广西植物》 CSCD 北大核心 2018年第10期1363-1370,共8页
为了解大豆根际细菌群落结构多样性及根际细菌群落结构的变化,该研究以大豆苗期和成熟期的根际土壤为材料,采用Illumina高通量测序技术测定细菌16S rRNA V3+V4区序列,探究大豆不同生育期根际土壤细菌群落结构的变化。对原始数据进行拼... 为了解大豆根际细菌群落结构多样性及根际细菌群落结构的变化,该研究以大豆苗期和成熟期的根际土壤为材料,采用Illumina高通量测序技术测定细菌16S rRNA V3+V4区序列,探究大豆不同生育期根际土壤细菌群落结构的变化。对原始数据进行拼接、过滤、去除嵌合体序列和聚类分析等数据处理,并对OTU进行分类学注释。在此基础上运用ANOVA分析物种组成变化,Alpha多样性指数研究细菌多样性变化。结果表明:细菌丰富度和多样性在不同生育期有显著变化,其中成熟期土壤中的细菌丰富度和多样性指数均明显高于苗期;变形菌、放线菌、酸杆菌是大豆根际的优势菌门,其含量在不同生育期也有显著变化;假诺卡氏菌属、糖丝菌属、鞘氨醇单胞菌属是大豆根际的优势菌属,这些菌属中的部分菌群属于根际促生菌,具有潜在的促生效应。这些结果证实大豆的生育期对根际土壤细菌群落结构有重要影响。 展开更多
关键词 生育期 大豆 根际土壤 细菌群落 Illumina高通量测序
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养殖鳖的引入对稻田土壤细菌群落结构的影响 预览 被引量:2
10
作者 罗衡 赵良杰 +3 位作者 李丰 郭海松 沈竑 刘其根 《水产学报》 CSCD 北大核心 2018年第5期720-732,共13页
农业—水产复合生产体系(integrated agri-aquaculture system,IAAS)因其具有良好的生态环境效应及能生产满足市场对食品安全需求的绿色稻米而成为了农业可持续发展的主要方向之一。了解这种农水复合系统中土壤细菌群落结构特征对于... 农业—水产复合生产体系(integrated agri-aquaculture system,IAAS)因其具有良好的生态环境效应及能生产满足市场对食品安全需求的绿色稻米而成为了农业可持续发展的主要方向之一。了解这种农水复合系统中土壤细菌群落结构特征对于种养工艺的改进和生态调控的实现具有重要意义。实验采用高通量测序技术比较稻鳖共作(R-T)和稻田单作(R-M)2种模式下稻田表层和根系土壤微生物的群落结构,旨在为稻鳖种养生态学积累资料和为稻鳖综合种养的生产技术优化提供理论依据。高通量测序结果显示,两种模式下稻田表层及根系土壤中主要细菌门类为变形菌门、酸杆菌门、拟杆菌门、硝化螺旋菌门和绿弯菌门。与R-M相比,R-T表层土壤中绿弯菌门、硝化螺旋菌门和酸杆菌门的相对丰度增加,变形菌门和拟杆菌门的相对丰度减少;而其根系土壤硝化螺旋菌门、拟杆菌门和变形菌门的相对丰度增加,绿弯菌门和酸杆菌门的相对丰度减少。主要优势菌属为酸杆菌属、亚硝化单胞菌属、硝化螺旋菌属、地杆菌属、芽单胞菌属、黄单胞菌属6类。其中亚硝化单胞菌属、硝化螺旋菌属、芽单胞菌属和酸杆菌属在两种模式的表层土壤中的相对丰度存在显著差异;硝化螺旋菌属和地杆菌属在根系土壤中的相对丰度存在显著差异。引入养殖鳖(R-T)后,稻田根系和表层土壤的细菌Chao指数及Shannon指数均增加。PCA以及聚类分析结果显示,养殖鳖引入后,稻田表层土壤的细菌群落结构产生明显变化,同时也在一定程度上对水稻根系的菌群产生了影响。研究初步揭示了稻鳖共作复合生态系统优于稻田单作系统的微生物生态基础。 展开更多
关键词 稻鳖共作 稻田土壤 群落结构 16S RDNA 高通量测序
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不同连作年限草莓根际细菌和真菌多样性变化 被引量:14
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作者 赵帆 赵密珍 +1 位作者 王钰 庞夫花 《微生物学通报》 CSCD 北大核心 2017年第6期1377-1386,共10页
【目的】以不同连作年限草莓根际土壤为材料,探讨不同连作年限土壤细菌、真菌多样性的变化,以期为草莓连作障碍调控提供理论依据。【方法】将没有连作(CK)、连作1年(1Y)、连作8年(8Y)的土壤分别与珍珠岩以3:1的体积充分混匀装盆... 【目的】以不同连作年限草莓根际土壤为材料,探讨不同连作年限土壤细菌、真菌多样性的变化,以期为草莓连作障碍调控提供理论依据。【方法】将没有连作(CK)、连作1年(1Y)、连作8年(8Y)的土壤分别与珍珠岩以3:1的体积充分混匀装盆,"宁玉"草莓苗于2016年9月10日定植于盆栽土壤中,定植后50 d时(开花前)进行土壤取样,提取基因组DNA,通过PCR扩增建立文库,利用Mi Seq平台Illumina第二代高通量测序技术并结合相关生物信息学方法,分析土壤细菌16S rRNA基因V4+V5区域和真菌ITS1+ITS2区域的丰富度和多样性指数以及群落结构。【结果】从9个草莓根际土壤样本中获得3 192个细菌分类操作单元OTU和762个真菌OTU,其中,变形菌门、厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门和蓝藻门为草莓根际土壤的优势菌种,在CK、1Y、8Y草莓根际土壤中分别占细菌总数的87.86%、64.83%和61.79%;子囊菌门和担子菌门为优势真菌,在CK、1Y、8Y草莓根际土壤中分别占真菌群落的69.17%、69.06%和76.18%。从门的分类水平看,酸杆菌门、放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、绿弯菌门、蓝菌门、浮霉菌门、芽单胞菌门、变形菌门以及真菌担子菌门、接合菌门、壶菌门的比例在不同连作年限的草莓根际土壤中显著改变(P〈0.05)。属水平的分析也表明,共有29个细菌属和19个真菌属的比例发生改变(P〈0.05)。【结论】随连作年限的延长,草莓根际土壤生态系统中细菌和真菌群落各门类组成的比例会发生显著变化。 展开更多
关键词 草莓 根际土壤 Illumina高通量测序 土壤细菌 土壤真菌
祁连山中部4种典型植被类型土壤细菌群落结构差异 预览 被引量:7
12
作者 朱平 陈仁升 +4 位作者 宋耀选 韩春坛 刘光琇 陈拓 张威 《生态学报》 CSCD 北大核心 2017年第10期3505-3514,共10页
土壤微生物参与土壤生态过程,在土壤生态系统的结构和功能中发挥着重要作用。2013年7月采集了祁连山中段4种典型植被群落(垫状植被、高寒草甸、沼泽草甸和高寒灌丛)的表层土壤,分析了表层土壤微生物生物量碳氮和采用Illumina高通量... 土壤微生物参与土壤生态过程,在土壤生态系统的结构和功能中发挥着重要作用。2013年7月采集了祁连山中段4种典型植被群落(垫状植被、高寒草甸、沼泽草甸和高寒灌丛)的表层土壤,分析了表层土壤微生物生物量碳氮和采用Illumina高通量测序技术研究了土壤细菌群落结构及多样性,并结合土壤因子对土壤细菌群落结构和多样性进行了相关性分析。结果表明:(1)土壤微生物生物量碳氮的大小排序为:沼泽草甸〉高寒草甸〉高寒灌丛〉垫状植被;(2)土壤细菌群落相对丰度在5%以上的优势类群是放线菌门、酸杆菌门、α-变形菌、厚壁菌门和芽单胞菌门5大门类;(3)沼泽草甸土壤细菌α多样性(物种丰富度和系统发育多样性)显著高于其它3种植被类型(P 〈 0.05),而垫状植被土壤细菌α多样性最低;(4)冗余分析和Pearson相关性分析表明,土壤pH、土壤含水量、土壤有机碳和总氮是土壤细菌群落结构和α多样性的主要影响因子。研究结果可为祁连山高寒生态系统稳定和保护提供理论依据。 展开更多
关键词 土壤微生物量碳氮 祁连山 土壤细菌群落 Illumina高通量测序
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Illumina高通量测序技术分析中周羌稞养生酒窖泥细菌多样性 预览 被引量:2
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作者 覃荣周 王琪林 +3 位作者 任朝琴 戴先芝 刘通 曾权高 《中国酿造》 CAS 北大核心 2017年第1期138-141,共4页
以不同窖龄(5年、10年、20年和30年)的中周羌稞养生酒窖泥为研究对象,利用Illumina高通量测序技术对窖泥细菌16S rRNA V4-V5区进行测序,分析其细菌多样性。结果表明,窖泥中细菌多样性(Shannon指数)和丰富度(Chao指数)随着窖龄... 以不同窖龄(5年、10年、20年和30年)的中周羌稞养生酒窖泥为研究对象,利用Illumina高通量测序技术对窖泥细菌16S rRNA V4-V5区进行测序,分析其细菌多样性。结果表明,窖泥中细菌多样性(Shannon指数)和丰富度(Chao指数)随着窖龄的增加而显著提高(P〈0.05)。不同窖龄窖泥的细菌群落组成存在差异,盐扁菌科(Haloplasmataceae)、乳酸杆菌科(Lactobacillaceae),瘤胃球菌属(Ruminococcaceac)和梭菌属(Clostridium)为不同窖龄窖泥的共有细菌;类芽孢杆菌属(Pacmibacillus)、芽孢杆菌属(Bacillus)、消化球菌科(Peptococcaceae)、喜盐芽孢杆菌属(Haloballus)和链球菌属(Streptococcus)只出现在30年窖龄窖泥中;PCA结果分析表明,相同窖龄窖泥中的细菌具有更高的相似性,说明窖龄是影响窖泥细菌群落组成的重要因素之一。 展开更多
关键词 中周羌稞养生酒 浓香型 窖泥 细菌多样性 Illumina高通量测序技术
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油用凤丹牡丹不同种植时间根际细菌群落多样性变化 预览 被引量:2
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作者 郭丽丽 尹伟伦 +1 位作者 郭大龙 侯小改 《林业科学》 CSCD 北大核心 2017年第11期131-141,共11页
【目的】土壤微生物在林业生态系统中具有重要的功能,解析油用凤丹牡丹长期人工种植后根际土壤中细菌群落结构多样性变化情况,为揭示油用凤丹牡丹长期连作后根际病害抑制性土壤形成的机制奠定基础。【方法】试验采集种植2、4、5、10和3... 【目的】土壤微生物在林业生态系统中具有重要的功能,解析油用凤丹牡丹长期人工种植后根际土壤中细菌群落结构多样性变化情况,为揭示油用凤丹牡丹长期连作后根际病害抑制性土壤形成的机制奠定基础。【方法】试验采集种植2、4、5、10和32年生凤丹牡丹的根际土壤,应用Illumina Mi Seq高通量测序技术,分析土壤细菌16S rRNA基因V3+V4区域的丰富度和多样性指数,研究连作对凤丹牡丹根际细菌群落结构及多样性的影响。【结果】源于不同种植时间(年限)的15个根际土壤样本共获得2 366个涵盖24门、79纲、113目、117科、103属的OTUs。凤丹牡丹根际土壤中心优势菌群为:变形菌门(34%)、酸杆菌门(14%)、浮霉菌门(14%)和放线菌门(10%)等。纲层次上的优势菌群为:变形菌门的δ-变形菌纲(26%)、α-变形杆菌纲(25%)、β-变形菌纲(15%)和γ-变形菌纲(15%);酸杆菌门的酸杆菌纲(44%)和Solibacteres(14%);浮霉菌门的浮霉菌纲(27%)和Planctomycetia(60%);放线菌门的放线菌纲(25%)、酸微菌纲(18%)、嗜热油菌纲(17%)、MB-A2-108(15%)、红杆菌纲(10%)。【结论】不同种植年限凤丹牡丹土壤中细菌优势菌群组成结构变化较小,但菌群多样性呈下降趋势;不同种植年限的土壤具有特异性、高丰度和低丰度细菌种属。随种植年限延长,酸杆菌门等细菌群落逐年积累,绿菌门和纤维杆菌门等特异性菌群出现,放线菌门、变形菌门、浮霉菌门等菌群丰度逐年降低,疣微菌门等菌群消失的现象可能是造成多年连续单一种植凤丹牡丹土壤细菌选择性抑制生长以及土壤病害发生、土壤退化的重要原因之一。凤丹牡丹根际微生物对维持根际土壤微环境具有重要的生态学意义。 展开更多
关键词 凤丹牡丹 种植年限 根际土壤 Illumina高通量测序 细菌多样性
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石柱黄连根腐病根际土壤细菌微生态研究 被引量:4
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作者 宋旭红 王钰 +1 位作者 李隆云 谭均 《中国中药杂志》 CSCD 北大核心 2017年第7期1304-1311,共8页
该研究应用Illumina Hiseq 2500高通量测序平台,分析了未种植黄连土壤、黄连健株及病株根际土壤的细菌种群丰富度及多样性变化,并结合土壤养分及酶活变化检测,对黄连根腐病产生的机制进行了深入探讨。高通量测序显示,栽培黄连造成了土... 该研究应用Illumina Hiseq 2500高通量测序平台,分析了未种植黄连土壤、黄连健株及病株根际土壤的细菌种群丰富度及多样性变化,并结合土壤养分及酶活变化检测,对黄连根腐病产生的机制进行了深入探讨。高通量测序显示,栽培黄连造成了土壤细菌种群的丰富度的显著降低(P〈0.05)和细菌种群多样性的降低;罹患根腐病的黄连植株根际土壤细菌的种群丰富度要显著低于未种植和健康黄连土(P〈0.05),种群多样性要显著低于未种植黄连土样(P〈0.05),但与健株土样之间差异不显著。对土壤的养分及酶活测定结果表明,栽培黄连造成了土壤pH、有效磷、脲酶活性的显著降低,蔗糖酶活性的显著升高(P〈0.05);根腐病土样中有机碳的含量、碱解氮、过氧化氢酶和脲酶活性显著低于健康土样,速效磷和速效钾含量显著高于健康土样(P〈0.05)。综合分析表明,栽培黄连造成了土壤中细菌种群丰富度和多样性的降低;病株土样中,细菌种群丰富度的显著降低和种群多样性的降低,有可能是导致黄连根腐病产生的一个重要原因,此外,土壤有机碳和过氧化氢酶活性的显著减低,也许是导致黄连根腐病发生的一个诱因。 展开更多
关键词 黄连 根腐病 土壤酶活性 土壤养分 高通量测序 细菌
炭化苹果枝对苹果根区土壤细菌和真菌多样性的影响 预览 被引量:7
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作者 曹辉 李燕歌 +2 位作者 周春然 宁留芳 杨洪强 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第17期3413-3424,共12页
【目的】根区土壤微生物是影响根系环境的重要因素,炭化苹果枝是废弃果树枝条低氧高温热解产物,研究施用炭化苹果枝对苹果根区土壤细菌和真菌的群落结构及其多样性的影响,为炭化苹果枝的合理应用以及改善果园土壤生物学性状提供理论依... 【目的】根区土壤微生物是影响根系环境的重要因素,炭化苹果枝是废弃果树枝条低氧高温热解产物,研究施用炭化苹果枝对苹果根区土壤细菌和真菌的群落结构及其多样性的影响,为炭化苹果枝的合理应用以及改善果园土壤生物学性状提供理论依据。【方法】在春季,将长势一致的2年生‘富士’苹果幼树(砧木为平邑甜茶)移栽到含有不同质量比(0—4%)炭化苹果枝的盆栽土壤中,于移栽120 d后采集土样,提取基因组DNA,通过PCR扩增建立文库,利用Miseq平台Illumina第二代高通量测序技术并结合相关生物信息学分析土壤细菌16S r RNA基因V3+V4区域和真菌ITS1区域的丰富度和多样性指数以及群落结构。【结果】从15个苹果根区土壤样本中获得16 656个细菌分类操作单元(OTU)和435个真菌OTU,其中,变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和酸杆菌门(Acidobacteria)是优势细菌,其相对丰度共占70.68%—72.80%;担子菌门(Basidiomycota)、子囊菌门(Ascomycota)和接合菌门(Zygomycota)是优势真菌,其相对丰度共占68.00%—75.14%。群落物种丰富度指数(Chao指数和Ace指数)分析显示,1%炭化苹果枝增加了细菌的群落丰富度,其Chao指数提高了15.42%,Ace指数提高3.89%;0.5%炭化苹果枝增加了真菌的群落丰富度,其Chao指数提高了2.80%,Ace指数提高了3.61%。群落多样性指数(Shannon指数和Simpson指数)分析表明,0.5%—4%炭化苹果枝降低了土壤细菌的多样性,增加了土壤真菌的多样性;其中,细菌群落多样性Shannon指数在炭化苹果枝用量为1%时最低,真菌Shannon指数在炭化苹果枝用量为0.5%时最高。1%、2%和4%的炭化苹果枝均不同程度地降低了根区土壤变形菌门、酸杆菌门和担子菌门的相对丰度,提高了拟杆菌门和接合菌门的相对丰度;真菌担子菌门中的锈革孔菌科(Hymenochaetaceae)的相对丰度最大(数� 展开更多
关键词 炭化苹果枝 根区土壤 Illumina高通量测序 细菌 真菌
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单室微生物电解池除镍途径分析及微生物群落动态特征
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作者 赵欣 吴忆宁 +3 位作者 王岭 李伟明 靳敏 李帅 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期1794-1801,共8页
【目的】为探究UASB颗粒污泥启动的单室微生物电解池(Single-chamber microbial electrolysis cell,SMEC)对Ni(II)的去除途径和SMEC中微生物群落的动态特征。【方法】以乙酸钠为底物,采用单因子控制方法分析SMEC对Ni(II)的去除途... 【目的】为探究UASB颗粒污泥启动的单室微生物电解池(Single-chamber microbial electrolysis cell,SMEC)对Ni(II)的去除途径和SMEC中微生物群落的动态特征。【方法】以乙酸钠为底物,采用单因子控制方法分析SMEC对Ni(II)的去除途径和应用Illumina高通量测序技术解析SMEC启动过程中微生物群落的组成和结构动态学特征。【结果】结果表明,SMEC对重金属的去除主要通过吸附和微生物作用。经培养驯化功能菌群发生变化。成熟单室微生物燃料电池(Single-chamber microbial fuel cell,SMFC)阳极生物膜菌群主要是Proteobacteria(变形菌门,91.42%)中的Geobacter sp.(地杆菌属,76.25%);阴极生物膜菌群主要是Bacteroidetes(拟杆菌门,47.99%)中的Niabella sp.(布鲁氏菌属,33.01%)和Proteobacteria(45.74%)中的Ochrobactrum sp.(苍白杆菌属,10.80%)。成熟SMFC改装成的SMEC在12.5 mg-Ni(II)/L下,阳极生物膜菌群由单一优势菌Geobacter sp.转变为Geobacter sp.(41.56%)和Proteobacteria中的Azospirillum sp.(固氮螺菌属,5.97%);阴极生物膜菌群由Niabella sp.和Ochrobactrum sp.转变为Firmicutes(厚壁菌门,25.21%)中的Acetoanaerobium sp.(19.28%)、Proteobacteria(51.42%)中的Dokdonella sp.(16.48%)和Azospirillum sp.(9.49%)。【结论】本研究表明,污泥微生物经SMFC和SMEC驯化过程及Ni(II)的淘汰和选择,在电极上形成了稳定、高效产电与除镍菌群,优势菌群为Proteobacteria。 展开更多
关键词 单室微生物电解池 除镍 Illumina高通量测序 菌群结构 环境的选择性 PROTEOBACTERIA
Illumina高通量测序分析人结肠恶变组织黏膜菌群变化 被引量:3
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作者 廉婕 邰艳红 王磊 《中国热带医学》 CAS 2016年第2期101-106,110共7页
目的分析结肠腺瘤及腺癌患者的正常组织和恶变组织黏膜菌群特征,试图寻找癌变过程中黏膜菌群变化趋势。方法研究对象为广东医学院附属南山医院消化内科就诊的5例腺瘤和2例腺癌患者,肠镜下取微量的结肠黏膜组织,每例患者收集病变组织和... 目的分析结肠腺瘤及腺癌患者的正常组织和恶变组织黏膜菌群特征,试图寻找癌变过程中黏膜菌群变化趋势。方法研究对象为广东医学院附属南山医院消化内科就诊的5例腺瘤和2例腺癌患者,肠镜下取微量的结肠黏膜组织,每例患者收集病变组织和病变旁5~10 cm处的正常组织,用试剂盒提取基因组DNA,PCR扩增16S r RNAV3~V4区,对PCR产物进行二代Illumina高通量测序,通过COPE软件分析和统计样品序列数目,在0.97相似度下利用QIIME(v1.8.0)软件将序列聚类为用于物种分类的OTUs(Operational taxonomic units),进一步分析结肠正常组织和恶变组织的黏膜菌群物种丰度及结构组成特点。结果 14个样本共得到3 306个OTUs,测序深度不一;腺癌患者结肠正常组织黏膜菌群多样性指数高于恶变组织,腺瘤患者的两组指数比较没有一致规律。14个样本的共有菌门为6个,7例患者的黏膜菌群均以厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)以及变形菌门(Proteobacteria)为主,在2例腺癌患者恶变组织的黏膜菌群中,梭杆菌门(Fusobacteria)比正常组织显著增多,占30%以上,成为了优势菌门,而在5例腺瘤患者的两组黏膜菌群比较中均没有此现象。在纲和属的分类水平上,梭杆菌纲(Fusobacteriia)和梭杆菌属(Fusobacterium)仍然在腺癌患者恶变组织和正常组织中存在显著性差异,均明显增多且成为黏膜定植的优势菌。结论腺瘤到腺癌演变过程中,黏膜定植菌群的多样性变化未出现明显趋势,但根据梭杆菌的变化特点推测其可能是因癌症发生发展导致了数量的增多,而并非是结肠癌发生的病原学因子。 展开更多
关键词 结肠腺瘤 结肠腺癌 黏膜菌群 高通量测序
利用高通量测序对封存CO_2泄漏情景下土壤细菌的研究 被引量:16
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作者 田地 马欣 +4 位作者 李玉娥 查良松 伍洋 邹晓霞 刘爽 《环境科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期4096-4104,共9页
全球CO2浓度不断升高的背景下,地质封存CO2为控制大气CO2浓度上升提供了全新的思路,但封存CO2潜在的泄漏风险也对生态系统产生重大威胁.土壤微生物与土壤健康密切联系.鉴于目前地质封存CO2泄漏对土壤微生物影响的研究鲜有报道,本研究通... 全球CO2浓度不断升高的背景下,地质封存CO2为控制大气CO2浓度上升提供了全新的思路,但封存CO2潜在的泄漏风险也对生态系统产生重大威胁.土壤微生物与土壤健康密切联系.鉴于目前地质封存CO2泄漏对土壤微生物影响的研究鲜有报道,本研究通过模拟地质封存CO2泄漏情景,利用Miseq平台Illumina第二代高通量测序土壤细菌16S rRNA基因,结合相关生物信息学分析,初步探讨了封存CO2泄漏情景下农田土壤细菌群落丰富度、多样性和群落结构的变化.试验共获得15个土壤样本的43 017个OTU共486 645条读数,生物学分析结果表明,封存CO2泄漏通量和时间不同的情景下,农田土壤细菌丰富度和细菌群落多样性的变化存在差异,初步推测CO2泄漏量增大和泄漏时间持续更长的情景下,土壤细菌丰富度和多样性下降幅度较大,土壤细菌群落中优势菌群向若干细菌集中,其中土壤酸杆菌门细菌相对增多可能作为地质封存CO2泄漏对土壤生态系统影响的生物监测指标. 展开更多
关键词 地质封存CO2(CCS) CO2泄漏 土壤细菌 Illumina高通量测序
二代测序技术检测大头金蝇携带细菌的研究 被引量:1
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作者 陈健 岳巧云 +1 位作者 邱德义 刘德星 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS 2017年第2期124-130,共7页
目的研究高通量测序技术在医学媒介生物携带细菌检测中的应用,建立一种操作简便、经济高效和鉴定准确的检测方法。方法优化样本处置和细菌提取等前处理方法、优化PCR反应体系和条件;以大头金蝇为研究材料,利用Illumina高通量测序平台,... 目的研究高通量测序技术在医学媒介生物携带细菌检测中的应用,建立一种操作简便、经济高效和鉴定准确的检测方法。方法优化样本处置和细菌提取等前处理方法、优化PCR反应体系和条件;以大头金蝇为研究材料,利用Illumina高通量测序平台,以二代测序技术(NGS)检测16S r RNA的V3可变区,分别研究其体内外携带细菌的情况。结果在大头金蝇体表和体内共有95种细菌鉴定到种,235种细菌鉴定到属,体表携带15个门的细菌,而体内仅携带6个门的细菌。但是从能确定细菌种类的序列数来看,体内(376 282条)所携带细菌的数量却是体表(241 375条)的1.56倍。厚壁菌门(Phylum Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)的细菌总数在体内外被检测到的概率分别为99.83%和97.75%,检测到的细菌种类数远超传统方法。结论建立的样本收集和前处理方法、PCR扩增体系和条件有效、可行,利用Illumina高通量测序平台进行医学媒介生物携带细菌的NGS检测新方法可行并可推广。 展开更多
关键词 Illumina测序平台 V3可变区 细菌 大头金蝇
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