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2017年南京市部分沙门菌感染特征及菌株脉冲场电泳鉴定 预览
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作者 葛藤 程婷婷 +4 位作者 张韶华 江晓 叶艳华 史小超 张洪英 《江苏预防医学》 CAS 2019年第1期19-22,86共5页
目的 了解2017年南京市沙门菌感染及分子流行病学特征。方法2017年4—10月收集南京市各哨点医院送检疑似细菌性感染的分离菌株,以常规方法鉴定,挑取单克隆菌落,进行脉冲场电泳分析,采用PulseNetChina系统聚类分析软件进行图谱分析;并结... 目的 了解2017年南京市沙门菌感染及分子流行病学特征。方法2017年4—10月收集南京市各哨点医院送检疑似细菌性感染的分离菌株,以常规方法鉴定,挑取单克隆菌落,进行脉冲场电泳分析,采用PulseNetChina系统聚类分析软件进行图谱分析;并结合临床指标进行描述性分析。结果分离、鉴定84株沙门菌,共计32种血清型,主要为鼠伤寒沙门菌(23株,占27.38%)。94.0%菌株分离自粪便标本,病例年龄1个月~95岁,主要为≤1岁(29.76%)、≥60岁组(17.86%);7月为感染高峰(占25.00%);临床诊断主要为感染性腹泻/急性胃肠炎(占72.62%)。不同年龄感染谱不同:鼠伤寒沙门菌感染者多为≤10岁组(95.65%),肠炎沙门菌感染者多为50~60岁组(62.50%),乙型副伤寒沙门菌感染以及斯坦利沙门菌感染者均≤1组岁,都柏林沙门菌感染者均为40~50岁组。经XbaⅠ酶切、电泳片段为30~700kD,PFGE指纹图谱带型相似度为0.35%~100.00%,同血清型相同菌株的PFGE指纹图谱带型均不同,鼠伤寒沙门菌S1相似群相似度最高为92.59%,其余种属相似群相似度均<80%。结论南京市2017年沙门菌感染多以鼠伤寒沙门菌为主,婴幼儿和老年人为高危人群,夏季为感染高峰。沙门菌血清型与PFGE指纹图谱未发现直接关联,应进一步加强监测及PFGE数据库建设。 展开更多
关键词 沙门菌 鼠伤寒沙门菌 脉冲场电泳 分子流行病学
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胃癌分子流行病学研究进展
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作者 黄莎 戴瑨 +3 位作者 高娟娟 游伟程 潘凯枫 李文庆 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期16-21,共6页
胃癌是发病率和死亡率较高的恶性肿瘤。近年来,随着分子生物学技术的发展和各种新兴组学检测技术的涌现,胃癌分子流行病学工作者广泛探讨人群危险因素暴露、癌前病变、胃癌形成等过程中的相关遗传和宿主因素以及环境-遗传交互作用,探索... 胃癌是发病率和死亡率较高的恶性肿瘤。近年来,随着分子生物学技术的发展和各种新兴组学检测技术的涌现,胃癌分子流行病学工作者广泛探讨人群危险因素暴露、癌前病变、胃癌形成等过程中的相关遗传和宿主因素以及环境-遗传交互作用,探索相关的生物学标志物,为胃癌的预防和控制提供了重要证据。本文综述了近年来胃癌分子流行病学最新研究进展,分别阐述基于候选策略下的血清和血浆标志物研究、全基因组关联研究、全外显子组测序研究、基于组织芯片技术的研究以及代谢组学和微生物组学等方面的现有研究证据,为未来胃癌分子流行病学研究工作提供借鉴和参考,促进胃癌的病因学研究和精准防控。 展开更多
关键词 胃癌 生物标志物 分子流行病学
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利用MALDI-TOF MS特异质量峰对耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌同源性的快速分型 预览
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作者 余佳佳 刘婧娴 +1 位作者 李媛睿 刘瑛 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期206-212,共7页
目的利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)筛选耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的特异质量峰,并根据特异质量峰对CRKP进行快速同源性分析。方法选取某院微生物实验室已进行多位点序列分型(MLST)的CRKP76株,52株用于方法... 目的利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)筛选耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的特异质量峰,并根据特异质量峰对CRKP进行快速同源性分析。方法选取某院微生物实验室已进行多位点序列分型(MLST)的CRKP76株,52株用于方法的建立,24株用于方法的验证。设置5个不同的特异峰挑选标准,按照不同的标准筛选各ST型特异质量峰,依据筛选的特异质量峰对CRKP进行分型,将与MLST结果符合率最高的标准确定为最佳标准。依据最佳标准筛选出的特异峰对24株CRKP进行分型,验证特异峰质量分型方法的准确性,并与质谱仪软件中的主成分分析(PCA)和核心图谱(MSP)聚类分析进行比较。结果按照标准2[(1)信噪比(S/N)≥4,(2)S/N比值≥1.5,(3)变异系数(CV)≤40%],52株CRKP中共筛选出45个特异质量峰,利用特异质量峰对29株CRKP进行分型,与MLST符合率最高,达82.8%,确定为最佳标准。按照此标准筛选出的特异质量峰对另外24株CRKP进行分型,与MLST符合率达83.3%。而PCA聚类分析与MLST的符合率仅为66.7%,MSP聚类分析与MLST一致性较差,没有明显符合ST型的分组趋势。结论利用MALDI-TOFMS筛选出不同ST型别CRKP的特异质量峰,可用于CRKP的快速同源性分析,为暴发流行的监测和医院感染的控制提供依据。 展开更多
关键词 基质辅助激光解析电离飞行时间质谱 耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌 特异质量峰 多位点序列分型 分子流行病学
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应用分子流行病学调查一起HIV-1 CRF02_AG家庭内传播
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作者 辛若雷 刘安 +4 位作者 孙丽君 李佳 张琴 卢红艳 孙伟东 《国际病毒学杂志》 2019年第1期21-25,共5页
目的通过调查一起家庭内HIV-1传播事件,阐明家庭成员HIV-1毒株传播关系。方法通过流行病学调查方法,对1例HIV-1抗体筛查有反应孕产妇及其配偶和所育婴儿进行随访和检测。运用一步法逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增HIV-1 gag基因和pol... 目的通过调查一起家庭内HIV-1传播事件,阐明家庭成员HIV-1毒株传播关系。方法通过流行病学调查方法,对1例HIV-1抗体筛查有反应孕产妇及其配偶和所育婴儿进行随访和检测。运用一步法逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增HIV-1 gag基因和pol基因片段,构建系统进化树分析其进化传播关系。结果孕产妇(EID1107M)在孕期保健期间存在HIV抗体血清阳转现象。其丈夫(EID1107F)随后确诊为HIV-1抗体阳性;其所育婴儿(EID1107I)在出生后8个月HIV-1核酸检测阳性。3个病例均感染HIV-1 CRF02_AG毒株,进化树上聚集成可靠进化簇,拓扑学结构表明"父-母-子"之间的传播关系。结论加强婚前检查和孕期保健感染性疾病筛查,对阳性孕产妇病例实施及时有效的母婴阻断,避免传染性疾病的家庭内二代传播,提高出生人口质量。 展开更多
关键词 人免疫缺陷病毒1型 家庭内 母婴传播 分子流行病学
四川省阿坝州牦牛和藏绵羊梨形虫分子流行病学调查 预览
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作者 钟维 杜雪梅 +9 位作者 郝力力 袁东波 郭莉 侯巍 鲁志平 莫茜 阳爱国 毛清方 罗小丽 土登卓玛 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2019年第1期20-22,27共4页
为调查阿坝州牦牛和藏绵羊梨形虫感染率,采用巢式PCR,对采自阿坝州5个县的200份全血样本进行检测,扩增梨形虫18S rRNA基因部分序列并克隆测序,经比对后确定虫种。结果5个县的梨形虫总阳性率为49.0%(98/200),其中红原县47.5%(19/40)、壤... 为调查阿坝州牦牛和藏绵羊梨形虫感染率,采用巢式PCR,对采自阿坝州5个县的200份全血样本进行检测,扩增梨形虫18S rRNA基因部分序列并克隆测序,经比对后确定虫种。结果5个县的梨形虫总阳性率为49.0%(98/200),其中红原县47.5%(19/40)、壤塘县67.5%(27/40)、阿坝县8.3%(2/24)、金川县8.3%(4/48)、小金县95.8%(46/48);牦牛感染的虫种全部为中华泰勒虫,总感染率为26.9%(29/108)。其中红原为35%、阿坝为8.3%、壤塘为100%、金川为8.3%,;藏绵羊感染的虫种全部为吕氏泰勒虫,总感染率为75.0%(69/92)。其中红原为60.0%、壤塘感染率为45.8%,小金县95.8%。阿坝州牦牛和藏绵羊梨形虫感染率较高,感染虫种单一,分别为中华泰勒虫和吕氏泰勒虫,地方株之间的同源性明显高于种间同源性。 展开更多
关键词 牦牛 藏绵羊 梨形虫 分子流行病学
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广西地区猪圆环病毒2型和猪圆环病毒3型基因型监测及遗传进化分析
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作者 李金凤 哈卓 +7 位作者 辛佳亮 李卓昕 张涵 郭影成 郑敏 那少龙 鲁会军 金宁一 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第5期10-15,22共7页
为了明确猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type2,PCV-2)和猪圆环病毒3型(Porcine circovirus type3,PCV-3)在广西地区的分子流行病学情况,试验通过PCR方法对2017年来自广西不同地区的80份猪肺脏样品进行PCV-2和PCV-3核酸检测,并对PCV-... 为了明确猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type2,PCV-2)和猪圆环病毒3型(Porcine circovirus type3,PCV-3)在广西地区的分子流行病学情况,试验通过PCR方法对2017年来自广西不同地区的80份猪肺脏样品进行PCV-2和PCV-3核酸检测,并对PCV-2和PCV-3的阳性样品进行ORF2基因的扩增和测序,同时利用生物信息学软件DNAStar和MEGA6.06对PCV-2和PCV-3的ORF2基因进行同源性分析和构建遗传进化树。结果表明:2017年广西地区PCV-2和PCV-3的总感染率分别为43.8%(35/80)和33.8%(27/80),PCV-2和PCV-3的共感染率为16.3%(13/80)。试验获得的19个PCV-2ORF2基因序列之间的核昔酸同源性为93.6%-99.9%,对应氨基酸同源性为93.1%~100%;19个PCV-2ORF2基因序列与国内外参考毒株ORF2基因序列的核昔酸同源性为82.8%-99.9%,对应氨基酸同源性为83.3%-99.6%。试验获得的2个PCV-3ORF2基因序列之间的核昔酸同源性为99.8%,对应氨基酸同源性为100%;2个PCV-3ORF2基因序列与国内外参考毒株ORF2基因序列的核昔酸同源性为97.7%-99.8%,对应氨基酸同源性为96.2%~100%。获得的19个PCV-2ORF-2基因序列中,12个为PCV-2b亚型,7个为PCV-2d亚型;获得的2个PCV-3ORF2基因序列为PCV-3a亚型,与丹麦和中国湖南分离得到的PCV-3亲缘关系较近。说明PCV-2和PCV-3在广西地区猪群中感染率很高,PCV-2感染主要以PCV-2b亚型为主.PCV-3之间高度保守,分布无地域性规律。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 猪圆环病毒3型 ORF2基因 遗传进化分析 同源性分析 分子流行病学
学校感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学分析
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作者 陈波 翁正军 +3 位作者 陈莫娇 陈步青 陈文先 陈劲华 《中国卫生检验杂志》 CAS 2019年第2期174-175,182共3页
目的研究学校感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学特征。方法对2017年义乌地区的学校感染性腹泻疫情中的粪便标本进行诺如病毒核酸检测,选取部分阳性标本对衣壳蛋白区基因片段进行扩增和测序,通过序列比对和进化分析确定诺如病毒的... 目的研究学校感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学特征。方法对2017年义乌地区的学校感染性腹泻疫情中的粪便标本进行诺如病毒核酸检测,选取部分阳性标本对衣壳蛋白区基因片段进行扩增和测序,通过序列比对和进化分析确定诺如病毒的基因型别。结果120份感染腹泻标本中检测到诺如病毒阳性45份,阳性率为37.5%,选取的部分阳性菌株序列分析结果显示均为GⅡ.2型。结论诺如病毒是引起学校感染性腹泻暴发疫情的重要病原菌之一,流行时间集中在2017年1月-3月,流行型别为GⅡ.2型。 展开更多
关键词 诺如病毒 学校 分子流行病学 腹泻
2013年-2017年陕西省猪伪狂犬病病毒分子流行病学调查与gE基因序列变异分析 预览
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作者 朱小甫 吴旭锦 《动物医学进展》 北大核心 2019年第2期22-27,共6页
调查2013年-2017年间陕西省猪伪狂犬病流行情况,并对流行毒株gE基因进行测序分析,为猪伪狂犬病防控提供参考。采用套式PCR,检测了陕西9个地市、556个存在繁殖障碍现象猪场的1 390份样品中PRV感染情况,通过Vero细胞传代分离到11个PRV地... 调查2013年-2017年间陕西省猪伪狂犬病流行情况,并对流行毒株gE基因进行测序分析,为猪伪狂犬病防控提供参考。采用套式PCR,检测了陕西9个地市、556个存在繁殖障碍现象猪场的1 390份样品中PRV感染情况,通过Vero细胞传代分离到11个PRV地方流行毒株,并进行了gE基因片段克隆与序列分析。2013年-2017年间陕西存在繁殖障碍的猪场中PRV感染阳性率38.1%~83.3%,样品阳性率46.5%~85.3%。11株PRV核苷酸同源性为99.2%~100%,氨基酸同源性为98.3%~100%,提示这11个PRV流行毒株高度同源。在测定的118个氨基酸位点中,有6个位点与参考序列存在一定差异,分别是T/I31→S31、Q33→L33、Q52→R52、L/R67→A67、A68→D68和T115→R/P/S115。基因进化树分析显示,11株PRV亲缘关系很近,集中分布在一个小的分支上,与我国福建流行毒株Min-A关系密切,与欧美毒株亲缘关系较远。陕西省采样猪场表现出PRV感染率高、感染强度大的特点,gE基因出现多个点突变,且变异趋势相同,形成了一个独立的进化分支。 展开更多
关键词 猪伪狂犬病病毒 分子流行病学 GE基因 变异 病毒分离
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武昌区域单中心人乳头瘤病毒感染及不同基因型的分布特征
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作者 郭思洁 田黎黎 +2 位作者 孔琪 张滢寅 张雄 《中国实用妇科与产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期123-126,共4页
目的探讨人乳头瘤病毒(HPV)在武昌地区的感染情况及分布特点,以期获得感染HPV在该地区的流行病学概况和特点。方法随机选取2013年7月至2018年6月就诊于武汉市武昌医院的有性生活史女性患者宫颈脱落细胞并进行HPV感染检测和基因分型。计... 目的探讨人乳头瘤病毒(HPV)在武昌地区的感染情况及分布特点,以期获得感染HPV在该地区的流行病学概况和特点。方法随机选取2013年7月至2018年6月就诊于武汉市武昌医院的有性生活史女性患者宫颈脱落细胞并进行HPV感染检测和基因分型。计算比较HPV在不同年龄组中的感染特点。结果 HPV感染率为18.8%。其中高危型占74.9%,低危型占15.2%。各年龄组高危型感染率均明显高于低危型感染率,高危型和低危型感染率最高的年龄段均为30岁以下年轻女性,分别为25.8%和21.0%。高危型中,感染率最高前3种基因型为HPV16(20.0%),HPV18(18.0%),HPV52(14.0%)。低危型中,感染率最高的前3种基因型为HPV11(33.0%),HPV6(32.0%)和HPV CP8304(26.0%)。HPV阳性患者中,单基因型和二重基因型HPV感染率分别为76.2%和18.0%,部分患者为五重感染。除了HPV43,其他基因型均可在多重感染的样本中检测到。结论武昌地区女性HPV的感染率为18.8%,且以高危型感染为主,主要基因型为HPV16、HPV18和HPV52。30岁以下年轻女性为高发人群。加强HPV的筛查和增强女性的自检意识具有非常重要的临床意义。 展开更多
关键词 人乳头瘤病毒 感染 基因型 分子流行病学
2016—2017年宁夏手足口病的病原构成及流行的EV-A71和CV-A16基因特征分析
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作者 李婕 马江涛 +5 位作者 刘俐 张勇 冀天娇 许文波 严冬梅 武桂珍 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2019年第1期10-15,共6页
目的了解引起2016—2017年宁夏自治区(宁夏)手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)的病原构成,分析主要病原体肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71)和柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CV-A16)的基因特征。方法分析2016... 目的了解引起2016—2017年宁夏自治区(宁夏)手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)的病原构成,分析主要病原体肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71)和柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CV-A16)的基因特征。方法分析2016—2017年宁夏HFMD的核酸检测结果,确定HFMD的病原构成;对2016—2017年宁夏上送至国家HFMD网络监测实验室的肠道病毒毒株利用RT-PCR方法扩增VP1编码区并进行基因序列测定,BLAST分析确定毒株的血清型别,同时选取EV-A71和CV-A16分离株分别构建系统进化树。结果核酸检测结果显示,2016和2017年宁夏HFMD中阳性检出率最高的病原体分别为其他肠道病毒(enterovirus,EV)(397,43.72%)和EV-A71(918,56.18%),且不同月份检测出的优势病原体有差异。2017和2016年相比HFMD的病原构成由其他EV和CV-A16为主转变成EV-A71和其他EV为主。2016—2017年宁夏上送至国家HFMD网络监测实验室的EV-A71均属于C4基因亚型的C4a进化分支,CV-A16均属于B1基因亚型的B1b进化分支。结论宁夏HFMD的病原构成中,2017年EV-A71、CV-A16和其他EV的构成与2016年相比发生了动态变化,持续开展宁夏HFMD的病原构成中EV-A71的动态变化,对指导EV-A71疫苗的使用策略、集中优势医疗资源加强救治重症病例,降低重症HFMD的病死率具有重要意义。 展开更多
关键词 手足口病 病原构成 公共卫生 分子流行病学
中国不同地区群体遗传结构差异及调整策略研究
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作者 朱猛 吕筠 +9 位作者 余灿清 靳光付 郭彧 卞铮 Robin Walters Iona Millwood 陈铮鸣 沈洪兵 胡志斌 李立明 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期20-25,共6页
目的描述中国不同地区群体遗传结构特征,探索并评价不同分析方案控制队列样本群体遗传结构混杂因素的效果。方法通过中国慢性病前瞻性研究(CKB)队列10个地区4500例样本的全基因组关联研究数据,通过主成分分析提取样本第一、二主成分,绘... 目的描述中国不同地区群体遗传结构特征,探索并评价不同分析方案控制队列样本群体遗传结构混杂因素的效果。方法通过中国慢性病前瞻性研究(CKB)队列10个地区4500例样本的全基因组关联研究数据,通过主成分分析提取样本第一、二主成分,绘制主成分二维图,并与样本地区来源相比较,分析我国不同地区样本的遗传结构特征。以CKB队列数据为基础,生成存在遗传结构差异、亲缘关系等队列样本特征的模拟数据集,探索并评价不同分析策略对膨胀因子(λ)的控制效果。结果我国不同地区人群存在显著的群体遗传结构差异,人群遗传结构主成分分布与项目地区的地理分布基本一致,第一主成分对应不同地区的纬度,第二主成分对应不同地区的经度。生成的模拟数据集,直接进行关联分析假阳性率较高(λ=1.16),即使调整遗传结构主成分或根据地区进行亚组分析仍无法有效控制λ(λ>1.05);使用混合线性模型引入亲属关系矩阵作为随机效应量后,无论是否进一步调整遗传结构主成分,λ均得到有效控制(λ=0.99).结论我国不同地区人群遗传结构存在较大差异,在分子流行病学研究中需要谨慎处理群体遗传结构造成的研究偏倚;针对大队列数据遗传结构复杂、亲缘关系广泛等特征,需要使用混合线性模型进行关联分析。 展开更多
关键词 分子流行病学 群体遗传结构 地区差异 混合线性模型
天津市监狱羁押人员中结核病患者临床分离菌株的基因型分析
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作者 谢彤 王春花 +4 位作者 赵慧 巨韩芳 穆成 王志锐 孙蕊 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2019年第3期361-363,共3页
为揭示结核分枝杆菌(MTB)北京基因型菌株中基于差异区域(RD)多态性形成的各个进化分支在天津监狱羁押人员中的流行情况,笔者收集2013年1月至2016年6月从天津市监狱羁押人员结核病患者痰标本中分离培养获得的124株MTB菌株进行基因型分析... 为揭示结核分枝杆菌(MTB)北京基因型菌株中基于差异区域(RD)多态性形成的各个进化分支在天津监狱羁押人员中的流行情况,笔者收集2013年1月至2016年6月从天津市监狱羁押人员结核病患者痰标本中分离培养获得的124株MTB菌株进行基因型分析。结果发现,124株菌株中经鉴定为北京基因型者有116株(93.5%)。116株北京基因型菌株中,96株(82.8%)为北京基因型现代株,20株(17.2%)为北京基因型古代株。基于大片段多态性分析,北京基因型MTB分为4个进化分支。20株北京基因型古代株中有7株(6.0%)为RD181(+)菌株,13株(11.2%)为RD181(-)菌株;96株北京基因型现代株中,95株(81.9%)为RD150(+)菌株,仅1株(0.9%)为RD150(-)菌株。北京基因型MTB的各个进化分支中,RD150(+)北京基因型现代株在监狱中传播流行最为广泛。结果提示需加强RD150(+)北京基因型现代株在天津监狱羁押人员中流行的监测工作。 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 基因测定 基因型 分子流行病学 囚犯
五株人冠状病毒NL63的基因型鉴定及S1domain基因特征分析
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作者 何佩 崔爱利 +5 位作者 徐瑾 高立冬 余鹏博 孙凯旋 许文波 许晓光 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期202-210,共9页
摘要:为阐明我国部分地区人冠状病毒(Human coronavirus,HCoV)NL63 基因特征,本研究对 2013 年陕西省、2018年河南省和湖南省送检的 5 株 HCoV -NL63 核酸检测阳性的呼吸道样本进行 HCoV -NL63 基因型别鉴定及 S1 do-main 基因特征分析... 摘要:为阐明我国部分地区人冠状病毒(Human coronavirus,HCoV)NL63 基因特征,本研究对 2013 年陕西省、2018年河南省和湖南省送检的 5 株 HCoV -NL63 核酸检测阳性的呼吸道样本进行 HCoV -NL63 基因型别鉴定及 S1 do-main 基因特征分析。通过对 HCoV-NL63 棘突蛋白(Spike glycoprotein,S)基因的 S1 domain 区域进行基因扩增和序列测定,同时结合 GenBank 数据库下载的 1983~2018 年其他国家 74 条 HCoV -NL63 代表株序列和 2007~2010年中国流行的 12 条 HCoV-NL63 代表株序列,构建基因亲缘性关系树,并对 S 蛋白的 S1 domain 区域进行核苷酸序列比对分析。结果提示全球 HCoV -NL63 流行株可划分为 A 和 B 两个基因型;A 基因型可进一步划分为 A0,A1,A2 和 A3 四个基因亚型,其中本研究将 GenBank 中 2008 年中国流行的 2 株 HCoV -NL63 毒株划分为新基因亚型(A3);B 基因型可进一步划分为 B0,B1 和 B2 三个基因亚型。A 和 B 基因型的 HCoV-NL63 代表株序列在地域分布上无明显差异,但 A 基因型不同基因亚型的 HCoV-NL63 序列在年代分布上呈现出一定的时间进化趋势。在我国A 和 B 基因型 HCoV-NL63 均已被检测到,但主要以 A 基因型流行为主,且主要集中在 A1 和 A2 基因亚型。不同基因型 HCoV-NL63 序列在 S1 domain 区域核苷酸和氨基酸序列上存在特征性差异。本研究通过对五株 HCoV-NL63基因型鉴定及 S1 domain 基因特征分析,初步阐明了我国部分地区流行的 HCoV-NL63 基因型/基因亚型分布情况及基因特征,丰富了我国本土流行的 HCoV-NL63 基因数据库,为我国 HCoV-NL63 分子流行病学研究及分子检测和监测技术的改进和验证提供了基础基因数据。 展开更多
关键词 人冠状病毒NL63(HCoV-NL63) 基因型 基因特征 分子流行病学
重症监护室患者血与痰标本中鲍曼不动杆菌分子流行病学与耐药特征分析 预览
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作者 任亚文 张甲龙 邢方 《临床医学研究与实践》 2019年第4期96-98,119共4页
目的分析本院重症监护室(ICU)患者血和痰标本内鲍曼不动杆菌(ABA)分子流行病学和耐药特征,为防治ABA感染提供思路。方法选取2016年2月至2018年2月在本院ICU治疗患者的血与痰标本,分离出非重复ABA46株,联合多位点序列分型(MLST)技术与脉... 目的分析本院重症监护室(ICU)患者血和痰标本内鲍曼不动杆菌(ABA)分子流行病学和耐药特征,为防治ABA感染提供思路。方法选取2016年2月至2018年2月在本院ICU治疗患者的血与痰标本,分离出非重复ABA46株,联合多位点序列分型(MLST)技术与脉冲场凝胶电泳(PFGE)对46株ABA行同源性分析,观察46株ABA不同基因分型及耐药谱情况。结果MLST结果显示46株ABA分属为9个ST型,其中主要为ST195、ST457及STn1,分别有13、13及11株;PFGE结果显示46株ABA可分成3个克隆型,A型为18株,B型为17株,C型共4株,散发非克隆7株。PFGE分型与MLST分型一致性较高,MLST中主要ST457、ST195分型对应PFGE中的A、B型;不同MLST及PFGE分型在耐药谱方面差别不大,都表征是多重耐药,同时PFGE或者MLST相同分型的菌株其耐药谱并不完全一致。结论本院ICU患者血与痰标本中ABA主要克隆分型是ST195与ST457,且不同分型ABA均表征为多重耐药,临床需加强对ICU患者感染控制,降低其传播率。 展开更多
关键词 鲍曼不动杆菌 重症监护室 耐药谱 分子流行病学
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2017年福建地区PRRSV分子检测及ORF5基因变异分析 预览
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作者 韦应芳 冀池海 +3 位作者 孙彦阔 韩晓亮 陈尧 张桂红 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期14-19,共6页
【目的】研究2017年福建地区中小规模猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)毒株的分子流行情况。【方法】从福建地区中小规模猪场收集83份疑似蓝耳阳性病料,对编码GP5蛋白的ORF5基因进行了RT-PCR检测和遗传进化分析。【结果】采集的83份... 【目的】研究2017年福建地区中小规模猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)毒株的分子流行情况。【方法】从福建地区中小规模猪场收集83份疑似蓝耳阳性病料,对编码GP5蛋白的ORF5基因进行了RT-PCR检测和遗传进化分析。【结果】采集的83份疑似蓝耳病料中阳性率为73%,测得的序列之间ORF5的核苷酸相似性达80.3%~100.0%,其中所测的各个分支毒株与其所属分支的代表毒株NADC30、GM2和JXA1的核苷酸相似性分别为92.6%~93.9%、89.8%~93.0%和93.4%~99.3%,检测到新分支中新出现的毒株与JXA1的核苷酸相似性为91.0~93.0%。GP5氨基酸比对结果显示不同亚群GP5信号肽区、诱导表位、主要中和表位及高变区等功能区发生了显著变异。【结论】福建地区出现了PRRSV新分支,使福建PRRSV变异种类更加多样化,建议加强PRRSV流行及变异的监测。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸道综合征 蓝耳病 分子流行病学 ORF5基因 遗传变异
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广州市腹泻患者Aichi病毒的检测及基因型
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作者 文羽祺 陈雪姣 +4 位作者 肖刚 何文巧 叶育华 李泳枝 陈清 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2019年第1期152-155,共4页
目的了解广州市腹泻患者粪便中Aichi病毒的携带情况,并对其进行基因分析。方法在2015年至2018年,采集南方医科大学某附属医院门诊腹泻患者的粪便样本,利用PCR技术检测粪便中Aichi病毒。采用基因测序与序列比对的方法确认阳性样本,并且... 目的了解广州市腹泻患者粪便中Aichi病毒的携带情况,并对其进行基因分析。方法在2015年至2018年,采集南方医科大学某附属医院门诊腹泻患者的粪便样本,利用PCR技术检测粪便中Aichi病毒。采用基因测序与序列比对的方法确认阳性样本,并且对阳性样本病毒序列进行基因进化分析,构建系统进化树。结果在1 002份腹泻患者粪便样本中,检测到2例Aichi病毒阳性标本,经基因分析一株病毒株为B基因型,另一株为A基因型。结论本研究首次在广东地区发现Aichi病毒,并首次在我国大陆地区检测到A基因型的Aichi病毒,但Aichi病毒总体检出率很低。 展开更多
关键词 Aichi病毒 腹泻 分子流行病学
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志贺菌属耐药性及机制的研究进展 预览
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作者 魏亚璇 周也琪 +3 位作者 刘佳琳 段思琪 丑莉莉 李明成 《国际医药卫生导报》 2019年第2期178-180,共3页
志贺菌属易引起细菌性痢疾,可出现爆发和流行,不同国家和地区有所差异。对菌痢的抗生素治疗可减少感染的持续时间和严重程度,但随着抗生素的滥用,导致志贺菌不断变异,且由于志贺菌耐药是快速的、广泛的,继而衍生出多种多重耐药菌株。本... 志贺菌属易引起细菌性痢疾,可出现爆发和流行,不同国家和地区有所差异。对菌痢的抗生素治疗可减少感染的持续时间和严重程度,但随着抗生素的滥用,导致志贺菌不断变异,且由于志贺菌耐药是快速的、广泛的,继而衍生出多种多重耐药菌株。本文基于志贺菌耐药基因的研究,对临床上应用过的以及正在应用的抗生素进行分析,旨在进一步明确志贺菌的耐药情况,并且将重点讨论志贺菌的耐药特性以及分子流行病学特征。 展开更多
关键词 志贺菌 耐药基因 分子流行病学
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云南省38对HIV-1双阳性夫妻的分子流行病学特征分析
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作者 刘家法 李健健 +4 位作者 邓雪媚 张念 杨壁珲 张米 董兴齐 《中华疾病控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期263-267,共5页
目的分析云南省38对人免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)双阳性夫妻的分子流行病学特征。方法收集云南省传染病专科医院检验科2014-2016年HIV-1抗体初筛及确证阳性的样本及实验室资料,筛选出41对双阳性夫妻,... 目的分析云南省38对人免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)双阳性夫妻的分子流行病学特征。方法收集云南省传染病专科医院检验科2014-2016年HIV-1抗体初筛及确证阳性的样本及实验室资料,筛选出41对双阳性夫妻,采用逆转录套式聚合酶链反应(reverse transcription nested polymerase chain reaction,RT-nested-PCR)扩增后测序,将序列进行比对拼接,运用合格的pol基因区序列构建系统进化树并分析亚型,并计算每对双阳夫妻间序列的基因距离差异。结果共获得38对双阳性夫妻pol基因区序列76条,主要基因亚型为CRF08_BC(45,59.2%)、CRF07_BC(18,23.7%)和CRF01_AE(7,9.2%),另外还有C(4,5.3%)和B(2,2.6%)。系统进化树分析及基因距离计算可明确有9对双阳夫妻为夫妻间传播。结论随着HIV性传播比例的逐年上升,夫妻间传播应当成为重点关注的问题,HIV感染的晚发现是造成夫妻间传播的主要因素,对于特殊人群应及早加强监测及检测,减少艾滋病夫妻间的传播的发生。 展开更多
关键词 艾滋病病毒 抗体双阳夫妻 分子流行病学
江浙部分地区牛病毒性腹泻病毒分子流行病学调查及BVDV-2型毒株分离鉴定
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作者 姚志兰 傅宏庆 +1 位作者 崔平福 宗佳丽 《扬州大学学报:农业与生命科学版》 CAS 北大核心 2019年第1期40-46,102共8页
为了解江浙地区牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的流行情况,于2016~2017年在江浙部分地区采集了145份临床腹泻犊奶牛血清样品,并对其进行RT-PCR检测,对阳性样品的5′-UTR和Npro基因进行序列与遗传进化树分析。145份血清样品中共有19份样品为BVD... 为了解江浙地区牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的流行情况,于2016~2017年在江浙部分地区采集了145份临床腹泻犊奶牛血清样品,并对其进行RT-PCR检测,对阳性样品的5′-UTR和Npro基因进行序列与遗传进化树分析。145份血清样品中共有19份样品为BVDV阳性,阳性率为13.1%,其中江苏和浙江地区的阳性率分别为14.1%和11.9%。根据阳性样品的5′-UTR和Npro基因序列进行遗传进化树分析,18份样品为BVDV-1型,包括1a(n=2)、1b(n=6)、1c(n=2)、1m (n=7)和1q(n=1)亚型;1份样品为BVDV-2型,其5′-UTR和Npro基因序列分析均显示与我国吉林分离株BVDV-2SD1301同源性最高,分别为99.0%与97.0%。同时,对BVDV-2型阳性样品进行病毒分离、RTPCR检测和IFA鉴定,证实成功分离到1株非致细胞病变型(ncp)BVDV-2病毒,命名为BVDV-2JZ21。结果表明:江浙部分地区存在较高比例的BVDV感染,且基因型多样,其中BVDV-1b与1m亚型为该地区感染的主要亚型,分别占33.3%和38.9%。此外,该地区已存在BVDV-2感染。这一研究丰富了BVDV的分子流行病学数据,也为BVDV疫苗研制提供了一定的理论基础。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒 分子流行病学 分型
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肝癌分子病理流行病学
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作者 高春 《世界华人消化杂志》 CAS 2018年第9期557-563,共7页
分子病理流行病学是在分子病理学和流行病学的基础上发展起来的一门新兴学科,由美国哈佛大学医学院Shuji Ogino教授等在2010年正式提出.肝癌分子病理流行病学研究的是肝癌危险因素、分子标志物和肝癌发生发展及预后三者之间的关系,... 分子病理流行病学是在分子病理学和流行病学的基础上发展起来的一门新兴学科,由美国哈佛大学医学院Shuji Ogino教授等在2010年正式提出.肝癌分子病理流行病学研究的是肝癌危险因素、分子标志物和肝癌发生发展及预后三者之间的关系,探索危险因素对肝癌发生发展影响的分子机制,实现对高危人群的分子分型.2型糖尿病已被确认为肝癌的危险因素之一,肝癌分子病理流行病学有助于阐明2型糖尿病对肝癌发生发展影响的分子机制.2017-12-20首届“中日肝癌分子病理流行病学专题研讨会”在北京成功举办.肝癌分子病理流行病学为我们解决肝癌的部分问题提供了机遇和挑战.有助于提升未来肝癌领域的早期预防、分子分型、早期诊断、个体化治疗、预后研究等方面的水平. 展开更多
关键词 肝癌 分子病理流行病学 分子病理学 分子流行病学 2型糖尿病
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