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一种由可可毛色二孢引起的春芋新病害
1
作者 张茜 郝媛媛 +4 位作者 吴雪雍 许俊杰 龙慧 张燕 王勇 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期276-280,共5页
可可毛色二孢(Lasiodiplodia theobromae(Pat.) Griffon&Maubl.)是由Griffon和Maublanc[1]在对Botryodiplodia theobromae进行订正的基础上而确立,Alves等[2]于2008年对这个种又进行了研究并补充了DNA序列信息。可可毛色二孢是一种... 可可毛色二孢(Lasiodiplodia theobromae(Pat.) Griffon&Maubl.)是由Griffon和Maublanc[1]在对Botryodiplodia theobromae进行订正的基础上而确立,Alves等[2]于2008年对这个种又进行了研究并补充了DNA序列信息。可可毛色二孢是一种重要的病原菌,可引起多种植物的枯萎、根腐及焦枯等病害症状[3,4]。 展开更多
关键词 LASIODIPLODIA pseudotheobromae PHYLOGENY MORPHOLOGY ornamented PLANTS
10种昆虫过氧化氢酶基因的全基因组鉴定与特征预测
2
作者 张莉娟 尹华春 +1 位作者 李勃 陈斌 《重庆师范大学学报:自然科学版》 CAS 北大核心 2019年第3期36-43,F0002共9页
【目的】在全基因组水平上鉴定10种具有代表性昆虫的过氧化氢酶(CAT)基因,并对鉴定所得CAT基因的基本特征和系统发育关系分别进行预测和分析。【方法】在NCBI数据库中下载CAT氨基酸序列作为询问序列,通过本地Blast方法在10种昆虫全基因... 【目的】在全基因组水平上鉴定10种具有代表性昆虫的过氧化氢酶(CAT)基因,并对鉴定所得CAT基因的基本特征和系统发育关系分别进行预测和分析。【方法】在NCBI数据库中下载CAT氨基酸序列作为询问序列,通过本地Blast方法在10种昆虫全基因组水平搜索和鉴定CAT基因并命名。通过生物信息学方法预测10种昆虫CAT家族基因的特征、氨基酸同源序列一致率、保守结构域等。通过MEGA-X软件用最大似然法推断10种昆虫的CAT基因的系统发育。【结果】共鉴定得到23个CAT基因,内华达古白蚁(Zootermopsis nevadensis)、东亚飞蝗(Locusta migratoria)、人虱(Pediculus humanus)、苜蓿蓟马(Frankliniella occidentalis)、茶翅蝽(Halyomorpha halys)、赤拟谷盗(Tribolium castaneum)、黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)、冈比亚按蚊(Anopheles gambiae)、家蚕(Bombyx mori)和意大利蜜蜂(Apis mellifera)基因组上分别有3,1,1,1,4,3,2,1,6和1个CAT基因,均具有全长的转录组序列,编码406~553个氨基酸,氨基酸分子量为46.0~63.7kDa,等电点为5.21~9.19。鉴定得到的CAT基因共有122个外显子,99个内含子,且外显子与内含子分布模式在物种间差异较大而种内的CAT基因结构相似。有7个CAT基因编码有信号肽,信号肽包含17~22个氨基酸残基。所有CAT基因编码的氨基酸序列的N端具有1个由17个氨基酸组成的CAT近端活性区域,而C端由9个氨基酸组成的CAT血红素配体区域所组成;其中家蚕的BmCat2基因中单独含有1个细菌胞外溶质结合区域。10种昆虫的CAT1基因具有1∶1的直系同源关系,家蚕出现特异性扩增独立形成支系,与CAT1支系互为姐妹群。【结论】研究结果提供了10个代表性昆虫CAT基因的基础信息,为进一步开展该基因的功能研究奠定了基础。 展开更多
关键词 昆虫 过氧化氢酶 全基因组鉴定 特征 系统发育
分子生物学鉴定印度进口花生中的花生豆象的探究
3
作者 伦才智 陈伟 +3 位作者 张京宣 杨娟 王勇 叶保华 《食品安全质量检测学报》 CAS 2019年第5期1197-1200,共4页
目的探究以分子生物学技术和系统进化学手段鉴定具有完整生命周期的花生豆象(印度)的方法。方法对花生豆象线粒体细胞色素C氧化酶亚基I (COI)基因进行PCR扩增,获得COI基因序列,再利用最大简约法(maximum parsimony, MP)构建花生豆象与其... 目的探究以分子生物学技术和系统进化学手段鉴定具有完整生命周期的花生豆象(印度)的方法。方法对花生豆象线粒体细胞色素C氧化酶亚基I (COI)基因进行PCR扩增,获得COI基因序列,再利用最大简约法(maximum parsimony, MP)构建花生豆象与其他14种豆象基于COI基因片段序列的分子系统进化树,分析亲缘进化关系。结果通过GenBank BLAST证明所得序列为花生豆象的COI基因序列,由GenBank获得登录号。根据系统进化树得出同一地区的四纹豆象和花生豆象亲缘关系较近。结论本研究为采用分子生物学检疫鉴定进境花生豆象奠定了基础。 展开更多
关键词 花生豆象 生命周期 细胞色素C氧化酶亚基I PCR 系统进化
云南松毛虫线粒体基因组全序列测定和分析 预览
4
作者 王瑶 孔祥波 +3 位作者 张苏芳 刘福 张真 严善春 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2019年第5期11-20,共10页
[目的]测定和分析了云南松毛虫线粒体基因组特征,从线粒体基因组水平探究鳞翅目蛾类昆虫高级阶元的系统发育关系。[方法]采用Illumina HiSeq测序方法测定了云南松毛虫线粒体全基因组序列,参考鳞翅目昆虫已知线粒体基因组的全序列对其各... [目的]测定和分析了云南松毛虫线粒体基因组特征,从线粒体基因组水平探究鳞翅目蛾类昆虫高级阶元的系统发育关系。[方法]采用Illumina HiSeq测序方法测定了云南松毛虫线粒体全基因组序列,参考鳞翅目昆虫已知线粒体基因组的全序列对其各基因进行定位和注释。采用tRNA Scan-SE 2.0在线预测云南松毛虫线粒体基因组tRNA基因的二级结构。基于线粒体全基因组的蛋白编码序列构建了鳞翅目13个科32种蛾类昆虫的系统发育树和松毛虫属近缘种间的系统发育树。[结果]结果显示云南松毛虫线粒体基因组全长15 443 bp,包括13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和一段长度为321 bp的A+T富含区,无基因重排,存在较高的A+T含量(80.0%)。13个蛋白编码基因中除了ND2和COX1,其余均以ATN做为起始密码子。9个蛋白编码基因共享相同的终止密码子TAA(ND2、ATP8、ATP6、COX3、ND5、ND4L、ND6、CYTB和ND1),其他4个基因的终止密码子都是残缺的,COX1、COX2、ND4以T为终止密码子,ND3以TA为终止密码子。22个tRNA基因中,除了tRNA^Ser(AGN)由于缺少DHU臂无法构成三叶草结构,其余T均为典型的三叶草结构。整个线粒体结构与鳞翅目中目前已得到的其他昆虫线粒体基因组结构一致。[结论]系统发育分析结果显示,云南松毛虫与思茅松毛虫是完全不同的近缘种,与其他松毛虫亲缘关系也较远,云南松毛虫与6种近缘种的系统发育关系为:(((((油松毛虫+文山松毛虫)+赤松毛虫)+落叶松毛虫)+(思茅松毛虫+云南松毛虫))+家蚕)。鳞翅目蛾类各科之间的系统发育关系为:((((((((毒蛾科+灯蛾科)+夜蛾科)+舟蛾科)+(尺蛾科+(蚕蛾科+(天蛾科+大蚕蛾科))))+枯叶蛾科)+(螟蛾科+草螟科))+卷蛾科)+蝙蝠蛾科)。 展开更多
关键词 鳞翅目 枯叶蛾科 云南松毛虫 线粒体基因组 系统发育
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真黏菌生活史研究概述
5
作者 戴丹 徐晓琪 +3 位作者 王赛禹 梁逸 李玉 张波 《菌物研究》 CAS 2019年第2期116-124,共9页
真黏菌是世界性普遍分布的一类原生动物,其生活史具有单核黏变形体和游动胞、多核原质团和具孢子的子实体等阶段。掌握真黏菌生活史的全貌是该类群生物学研究的重要方面,同时也为分类学和系统发育学研究提供理论支持。本文回顾了真黏菌... 真黏菌是世界性普遍分布的一类原生动物,其生活史具有单核黏变形体和游动胞、多核原质团和具孢子的子实体等阶段。掌握真黏菌生活史的全貌是该类群生物学研究的重要方面,同时也为分类学和系统发育学研究提供理论支持。本文回顾了真黏菌生活史的研究发展,对已报道生活史的物种进行统计分析,以加深对真黏菌生活史的科学认知,为深入研究真黏菌生活史特征等生物学问题提供理论参考。 展开更多
关键词 个体发育 原质团 系统发育 生活循环
云南中三叠世拱鱼目一新属种及早期铰齿鱼类系统发育关系再评估 预览
6
作者 徐光辉 马昕莹 +1 位作者 吴飞翔 任艺 《古脊椎动物学报》 CSCD 北大核心 2019年第3期181-204,共24页
铰齿鱼类是全骨鱼类中的一支,包括现生的雀鳝及其关系密切的化石类型。产自云贵地区中三叠世安尼期(~244 Ma)地层的拱鱼目(Kyphosichthyiformes)鱼类代表了铰齿鱼类最早的化石记录。根据最近在云南罗平关岭组二段发现的4块保存完好的鱼... 铰齿鱼类是全骨鱼类中的一支,包括现生的雀鳝及其关系密切的化石类型。产自云贵地区中三叠世安尼期(~244 Ma)地层的拱鱼目(Kyphosichthyiformes)鱼类代表了铰齿鱼类最早的化石记录。根据最近在云南罗平关岭组二段发现的4块保存完好的鱼化石,命名了拱鱼目一个新属种,优美玉带鱼(Yudaiichthys eximius gen.et sp.nov.)。新的发现为重新研究拱鱼目和其他早期铰齿鱼类的系统发育关系提供了契机。分支分析结果表明,过去定义的拱鱼科(Kyphosichthyidae)和圣乔治鱼属(Sangiorgioichthys)都是并系类群。重新厘定后的拱鱼目分为拱鱼科和腊山鱼科(Lashanichthyidae fam.nov.);其中,拱鱼科包括拱鱼属(Kyphosichthys)和富源鱼属(Fuyuanichthys);苏氏圣乔治鱼(Sangiorgioichthys sui)和羊圈圣乔治鱼(S.yangjuanensis)归入新建的腊山鱼属(Lashanichthys gen.nov.),和玉带鱼属一起组成腊山鱼科。圣乔治鱼属被移出拱鱼目,限定于产自圣乔治山地区中三叠世拉丁期地层的两个种(Sangiorgioichthys aldae和S.valmarensis);该属和更进步的铰齿鱼类(半椎鱼目和雀鳝目)构成姐妹群关系。修订后的分支图为了解铰齿鱼类解剖特征的早期演化历史提供了新的见解。 展开更多
关键词 云南罗平 三叠纪 拱鱼目 铰齿鱼类 骨骼学 系统发育
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孔子鸟目(鸟类:尾综骨类)的分类厘定 预览
7
作者 王敏 邹晶梅 周忠和 《古脊椎动物学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期1-37,共37页
孔子鸟目是早白垩世鸟类中具有角质喙和尾综骨的最原始的鸟类类群之一。在过去近20年的研究历史中,千余件孔子鸟类标本被发现,其数目多过其他中生代鸟类和非鸟类恐龙。目前,共计4个属,10个种被先后归入到孔子鸟目中,然而这些属种的分类... 孔子鸟目是早白垩世鸟类中具有角质喙和尾综骨的最原始的鸟类类群之一。在过去近20年的研究历史中,千余件孔子鸟类标本被发现,其数目多过其他中生代鸟类和非鸟类恐龙。目前,共计4个属,10个种被先后归入到孔子鸟目中,然而这些属种的分类位置是否有效尚不清楚。通过对已发表的所有孔子鸟类属种进行详细的对比研究,证实了其中多数属种的鉴定特征有误,这些特征或受保存的影响,或代表了种内和个体发育的变化,亦或广泛分布在孔子鸟类或基于鸟类中,而并不能成为这些属种建属或建种的依据。认为此前命名的孙氏孔子鸟、费氏孔子鸟、义县锦州鸟、张吉营锦州鸟和建昌孔子鸟均属于圣贤孔子鸟的同物异名;而川州孔子鸟未保存确切的鉴定特征而难以和其他孔子鸟类相区别,暂将其归入孔子鸟科未定种。至此,对所有已报道的孔子鸟目的分类厘定认为,目前孔子鸟目共包括1科、3属、4种,分别是圣贤孔子鸟、杜氏孔子鸟、横道子长城鸟和郑氏始孔子鸟,并对这些属种各自的鉴定特征进行了修正。 展开更多
关键词 白垩纪 鸟类 孔子鸟目 孔子鸟属 分类 系统发育
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山西省蘑菇属物种资源研究
8
作者 郭富宽 原渊 +1 位作者 王术荣 常明昌 《北方园艺》 CAS 北大核心 2019年第11期117-122,共6页
对山西省大部分地区蘑菇属物种资源进行较为系统的采集调查工作,并对采集的物种进行标本鉴定,共获得蘑菇属真菌标本70余份,鉴定出10种,其中7种为常见种,3种为山西省新记录种,其中2种首次在华北地区发现。该研究对3个新记录种进行了详细... 对山西省大部分地区蘑菇属物种资源进行较为系统的采集调查工作,并对采集的物种进行标本鉴定,共获得蘑菇属真菌标本70余份,鉴定出10种,其中7种为常见种,3种为山西省新记录种,其中2种首次在华北地区发现。该研究对3个新记录种进行了详细的形态学描述,可知山西省蘑菇属物种资源具有重要的研究与开发价值。 展开更多
关键词 大型真菌 担子菌门 蘑菇属 分类学 系统发育
Phylogenomic analyses reveal intractable evolutionary history of a temperate bamboo genus(Poaceae:Bambusoideae)
9
作者 Cen Guo Zhen-Hua Guo De-Zhu Li 《植物多样性:英文版》 CAS CSCD 2019年第4期213-219,共7页
Shibataea is a genus of temperate bamboos(Poaceae:Bambusoideae)endemic to China,but little is known about its phylogenetic position and interspecific relationships.To elucidate the phylogenetic relationship of the bam... Shibataea is a genus of temperate bamboos(Poaceae:Bambusoideae)endemic to China,but little is known about its phylogenetic position and interspecific relationships.To elucidate the phylogenetic relationship of the bamboo genus Shibataea,we performed genome-scale phylogenetic analysis of all seven species and one variety of the genus using double digest restriction-site associated DNA sequencing(dd RAD-seq)and whole plastid genomes generated using genome skimming.Our phylogenomic analyses based on dd RAD-seq and plastome data congruently recovered Shibataea as monophyletic.The nuclear data resolved S.hispida as the earliest diverged species,followed by S.chinensis,while the rest of Shibataea can be further divided into two clades.However,the plastid and nuclear topologies conflict significantly.By comparing the results of network analysis and topologies reconstructed from different datasets,we identify S.kumasasa as the most admixed species,which may be caused by incomplete lineage sorting(ILS)or interspecific gene flow with four sympatric species.This study highlights the power of dd RAD and plastome data in resolving complex relationships in the intractable bamboo genus. 展开更多
关键词 Shibataea ddRAD-seq Genome SKIMMING Phylogeny INCONGRUENCE
马铃薯Shaker基因家族全基因组鉴定和分析 预览
10
作者 尹欢 卓凤萍 +1 位作者 邓可宣 任茂智 《重庆科技学院学报:自然科学版》 CAS 2019年第3期104-108,116共6页
钾素营养在植物的生长发育过程中具有重要作用。Shaker家族基因参与植物对低钾环境胁迫的响应过程,可帮助植物从土壤中吸收钾素。将拟南芥Shaker蛋白质序列作为源序列,在马铃薯数据库PGSC中搜索获得22个StShaker基因;通过多序列比对和... 钾素营养在植物的生长发育过程中具有重要作用。Shaker家族基因参与植物对低钾环境胁迫的响应过程,可帮助植物从土壤中吸收钾素。将拟南芥Shaker蛋白质序列作为源序列,在马铃薯数据库PGSC中搜索获得22个StShaker基因;通过多序列比对和保守结构域分析,最终从马铃薯基因组中鉴定出9个StShaker基因。通过分析其外显子内含子结构、系统发育树、染色体分布、蛋白质序列等,发现StShaker基因能够分为5组,有4个保守的结构域,所有的StShaker基因在结构域I中都有一个核心的GYGDE基序。低钾胁迫对大多数StShaker基因在转录水平上没有显著影响,StShaker可能是受转录后水平上的调控来影响马铃薯对钾离子的吸收。 展开更多
关键词 Shaker基因家族 马铃薯 钾离子吸收 表达模式 系统发育
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向日葵Hsp70基因家族成员的全基因组鉴定与生物信息学分析
11
作者 逄洪波 潘英杰 +3 位作者 李嘉琦 李玥莹 金明 高秋 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第18期5918-5929,共12页
热激蛋白70 (heat shock protein 70, Hsp70)是细胞应对高温和其它逆境胁迫时所产生的一类分子伴侣类型应激蛋白。本研究以向日葵(Helianthus annuus)基因组数据库为基础,利用生物信息学方法对其Hsp70基因家族成员进行鉴定和分析。结果... 热激蛋白70 (heat shock protein 70, Hsp70)是细胞应对高温和其它逆境胁迫时所产生的一类分子伴侣类型应激蛋白。本研究以向日葵(Helianthus annuus)基因组数据库为基础,利用生物信息学方法对其Hsp70基因家族成员进行鉴定和分析。结果表明,向日葵共有103个Hsp70基因家族成员,根据亚细胞定位结果可分为5种不同类型,分析了不同成员编码蛋白的理化性质。系统进化分析结果显示,HaHsp70基因家族成员分为9个分支,每个分支成员的结构和功能相对保守。根据MEME软件进行保守基序分析,并鉴定了103个基因家族成员在向日葵17条染色体上的数量及分布情况,其中以15号染色体上分布最多,而11号染色体没有成员分布。转录本结构分析展示了不同基因成员内含子以及外显子的结构情况。本研究结果有助于了解向日葵Hsp70基因家族成员的情况,进而为进一步研究向日葵Hsp70基因家族成员的功能分析提供基础。 展开更多
关键词 向日葵(Helianthus annuus) HSP70 基因家族 生物信息学 系统发育
基于MLST鄱阳湖微囊藻的遗传多样性及其系统发育 预览
12
作者 柳满森 蔡芳芳 +4 位作者 王一郎 霍达 虞功亮 李守淳 李仁辉 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第7期3081-3087,共7页
为了研究鄱阳湖微囊藻的遗传多样性及其系统发育关系,基于7个管家基因(ftsZ、glnA、gltX、gyrB、pgi、recA和tpi),建立了一个多位点序列分型(MLST)方法.对来自鄱阳湖的20株微囊藻分离株进行MLST研究,并构建本地微囊藻MLST基因库.结果表... 为了研究鄱阳湖微囊藻的遗传多样性及其系统发育关系,基于7个管家基因(ftsZ、glnA、gltX、gyrB、pgi、recA和tpi),建立了一个多位点序列分型(MLST)方法.对来自鄱阳湖的20株微囊藻分离株进行MLST研究,并构建本地微囊藻MLST基因库.结果表明:这20株藻株具有20种独特的序列型(STs),揭示了微囊藻高水平的遗传多样性(H=0.986).基于7个MLST位点串联序列的系统发育分析显示,微囊藻藻株序列型可分为5个不同的组.与之前日本湖泊研究的237个STs共建的系统发育树比对表明,本研究的STs形成了独立的分枝.该结果说明不同地区的微囊藻是相对稳定的,因此可以用MLST进行明确的表征. 展开更多
关键词 水华 微囊藻 MLST 遗传多样性 鄱阳湖 系统发育
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蛰龙介亚目分类学与系统发育研究概况 预览
13
作者 隋吉星 李新正 《海洋科学》 CAS 北大核心 2019年第6期113-118,共6页
蛰龙介亚目(Terebellomorpha)营管栖生活,其形态和栖息环境多样,从海滨至深海均有分布,尤其在潮间带和近岸环境蛰龙介种类异常繁多,地域性分布明显,是海洋底栖生态系统的重要组成成分。因系统演化的复杂性和分类系统的混乱造成大量属的... 蛰龙介亚目(Terebellomorpha)营管栖生活,其形态和栖息环境多样,从海滨至深海均有分布,尤其在潮间带和近岸环境蛰龙介种类异常繁多,地域性分布明显,是海洋底栖生态系统的重要组成成分。因系统演化的复杂性和分类系统的混乱造成大量属的并系和多系现象,使得蛰龙介亚目成为多毛类研究中难度较大的类群。中国海域蛰龙介亚目尚缺乏系统分类学研究,在渤、黄、东、南各海区的分布和区系特点鲜为人知。因此,有必要进行全面系统的分类学研究,在此基础上建立分子生物学和形态学证据相互支持的、更加接近自然演化历史的分类系统。 展开更多
关键词 分类 分子数据 形态数据 系统发育 修订
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对虾鳃虱亚科(甲壳动物亚门:等足目)的分类学与动物地理学研究进展 预览
14
作者 白娟 张苗 安建梅 《海洋科学》 CAS 北大核心 2019年第6期119-124,共6页
基于对虾鳃虱亚科(Orbioninae)的形态学特征,作者比较了属间存在的差异,对该亚科的分类学研究进展进行了归纳。总结世界范围内对虾鳃虱亚科的地理分布特征,解析该亚科动物地理区系特征。迄今,对虾鳃虱亚科包括 8 属 39 种,分别为:异对... 基于对虾鳃虱亚科(Orbioninae)的形态学特征,作者比较了属间存在的差异,对该亚科的分类学研究进展进行了归纳。总结世界范围内对虾鳃虱亚科的地理分布特征,解析该亚科动物地理区系特征。迄今,对虾鳃虱亚科包括 8 属 39 种,分别为:异对虾鳃虱属(Anisorbione Bourdon, 1981, 1 种);偏对虾鳃虱属(Asymmetrorbione Boyko, 2003, 2 种);表对虾鳃虱属(Epipenaeon Nobili, 1906, 8 种);小对虾鳃虱属(Minicopenaeon Bourdon, 1981, 4 种);圆对虾鳃虱属(Orbione Bonnier, 1900, 8 种);仿偏对虾鳃虱属(Parasymmetrorbione An, Boyko & Li, 2013, 1 种);拟对虾鳃虱属(Parapenaeon Richardson, 1904, 13 种);仿拟对虾鳃虱属(Parapenaeonella Shiino, 1949, 2 种)。在中国各大海域共发现对虾鳃虱亚科物种 6 属 18种。对虾鳃虱亚科形态特征:头前板和底节板发达,体形较大。从形态特征推测的系统发育关系,作者认为对虾鳃虱亚科是寄生亚目寄生于鳃部中比较进化的类群、其地理分布范围受寄主对虾总科分布的限制、物种分布相对集中、主要分布范围于印度-西太平洋海域。根据该亚科主要属种的地理分布信息,作者推测该类群的演化是从环热带古地中海闭合开始,直到始新世。 展开更多
关键词 对虾鳃虱亚科(Orbioninae) 分类 形态特征 系统演化 动物地理
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Mitochondrial genome of Chthamalus challengeri (Crustacea: Sessilia): gene order comparison within Chthamalidae and phylogenetic consideration within Balanomorpha 预览
15
作者 Panpan Chen Jun Song +4 位作者 Xin Shen Yuefeng Cai Ka Hou Chu Yongqi Li Mei Tian 《海洋学报:英文版》 SCIE CAS CSCD 2019年第6期25-31,共7页
Acorn barnacles are important model species in researches on intertidal ecology, larval development and biofouling. At present, with the development of mitochondrial genomics, it is helpful to understand the phylogene... Acorn barnacles are important model species in researches on intertidal ecology, larval development and biofouling. At present, with the development of mitochondrial genomics, it is helpful to understand the phylogenetic relationship from the mitogenomic level. The complete mitochondrial genome of Chthamalus challengeri was presented. The genome is a circular molecule of 15 358 bp. Compared with other species in Balanomorpha, the non-coding region is longer, while the length of the genes is similar to the other species. The overall A+T content of the mitochondrial genome of C. challengeri is 70.5%. There are variations of initiation and stop codons in the known Balanomorpha mitochondrial genomes. The C. challengeri and C. antennatus within the same genus share the identical gene arrangement. However, the gene arrangement of different genera in Chthamalidae is different, as there is a translocation between two tRNA genes and an inversion involving a large gene block. In particular, both srRNA and lrRNA of the two species in Chthamalus are encoded in the heavy strand, differing from the former Balanomorpha species. The topology and gene arrangement in Chthamalidae support each other. Phylogenetic analysis indicates that the Chthamalidae is monophyletic, while the Balanidae and Archaeobalanidae are polyphyletic. 展开更多
关键词 Balanomorpha CHTHAMALUS challengeri mitochondrial genome gene REARRANGEMENT PHYLOGENY
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乐山市金口河区板厂坪蜜环菌的分离及系统发育分析 预览
16
作者 陈克保 林宜锦 +2 位作者 欧梦莹 关统伟 王绿均 《现代农业科技》 2019年第20期49-51,共3页
蜜环菌作为天麻重要共生菌,能为天麻的生长提供营养。了解区域性蜜环菌的多样性有助于选育优良的土著蜜环菌,进而提高区域性天麻的产量和质量。本文应用纯培养技术和基于ITS基因序列的系统发育分析,对金口河区板厂坪天麻种植区分离的21... 蜜环菌作为天麻重要共生菌,能为天麻的生长提供营养。了解区域性蜜环菌的多样性有助于选育优良的土著蜜环菌,进而提高区域性天麻的产量和质量。本文应用纯培养技术和基于ITS基因序列的系统发育分析,对金口河区板厂坪天麻种植区分离的21份蜜环菌进行了多样性研究。结果表明,21株蜜环菌划分为6个形态类群;系统发育分析显示分离菌株与Armillaria同源性最近,相似性都在99%以上,主要分布在Armillaria gallica、Armillaria sinapina和Armillaria mellea3个种内。 展开更多
关键词 蜜环菌 分离 系统发育 四川乐山 金口河区
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具腋生花序的异叶岩桐属一新记录种 预览
17
作者 KEENE Jeremy 《广西科学》 CAS 2019年第1期79-82,共4页
描述了产自厄瓜多尔南部和秘鲁北部的热带地区片段化生境下的异叶岩桐属Monopyle一新种。本种与异叶岩桐属其他物种的重要区别在于其具有明显凸出的红色毛被以及腋生的花序,同时本种在过去十多年前采集到的标本中很少被发现,因此需要关... 描述了产自厄瓜多尔南部和秘鲁北部的热带地区片段化生境下的异叶岩桐属Monopyle一新种。本种与异叶岩桐属其他物种的重要区别在于其具有明显凸出的红色毛被以及腋生的花序,同时本种在过去十多年前采集到的标本中很少被发现,因此需要关注他的保护问题。 展开更多
关键词 异叶岩桐属 苦苣苔科 系统发育 厄瓜多尔
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中国泡状微孢衣及相关种类的初步研究 预览
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作者 文雪梅 拉扎提·努尔太 阿不都拉·阿巴斯 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期22-27,共6页
采用传统分类学及分子生物学技术,鉴定并报道了采自中国甘肃、新疆、西藏的微孢衣属中国新记录种——泡状微孢衣(Acarospora bullata Anzi),并对该属部分种类[节微孢衣(A.nodulosa(Dufour)Hue)、垫微孢衣(A.pulvinata H.Magn.)]进行了... 采用传统分类学及分子生物学技术,鉴定并报道了采自中国甘肃、新疆、西藏的微孢衣属中国新记录种——泡状微孢衣(Acarospora bullata Anzi),并对该属部分种类[节微孢衣(A.nodulosa(Dufour)Hue)、垫微孢衣(A.pulvinata H.Magn.)]进行了分类及系统发育学研究,提供了这3个物种的详细描述、形态结构图以及ITS序列。本研究可为《中国地衣志——微孢衣科》的编写提供科学数据。 展开更多
关键词 泡状微孢衣 垫微孢衣 节微孢衣 新记录 系统发育
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Phylogeny and Homologous Recombination Occurring in Classical Swine Fever Viruses 预览
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作者 Jiang Qing-yun Gao Yu +4 位作者 Li Wei-qun Ding Fan Juergen Richt Ren Yu-dong Li Guang-xing 《东北农业大学学报:英文版》 CAS 2019年第3期57-65,共9页
Classical swine fever virus(CSFV) is the causative agent of classical swine fever, a highly contagious disease of pigs. But there is little information on the recombination in natural populations of CSFVs. Therefore, ... Classical swine fever virus(CSFV) is the causative agent of classical swine fever, a highly contagious disease of pigs. But there is little information on the recombination in natural populations of CSFVs. Therefore, a phylogenetic analysis of 62 fulllength genome CSFV strains, isolated from all over the world, was performed to detect potential recombination events, with the recombinant sequences being analyzed with the SimPlot and RDP programs. The results identified a mosaic virus, Chinese CSFV HCLV(2)(AF091507.1), which is the one naturally emerged recombinant CSFV with two recombination breakpoints at 2 484 and 2 900 bp of the genome alignment. Its two putative parental-like strains were CSFV Shimen(AF092448.2) and CSFV strain C/HVRI(AY805221.1). This work demonstrated that homologous recombination did occur in natural CSFV populations. It had significant implications for understanding the molecular epidemiology of CSFV, and revealed that recombination was an important factor for high genetic diversities of CSFV. 展开更多
关键词 CLASSICAL SWINE FEVER virus HOMOLOGOUS recombination PHYLOGENY genetic diversity
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南方灵芝ITS、EF1-α和RPB2序列多态性研究
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作者 韩玉立 王迪 +2 位作者 周洁 何晓兰 崔宝凯 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期679-685,共7页
内转录间隔区(ITS)、延伸因子1-α(EF1-α)与RNA聚合酶II第二大亚基(RPB2)是真菌系统学研究中常用的基因片段。已有研究发现,在同一个体内ITS也可能存在差异,但EF1-α和RPB2是否也存在同样的现象却鲜有报道。本研究通过克隆测序,分析了... 内转录间隔区(ITS)、延伸因子1-α(EF1-α)与RNA聚合酶II第二大亚基(RPB2)是真菌系统学研究中常用的基因片段。已有研究发现,在同一个体内ITS也可能存在差异,但EF1-α和RPB2是否也存在同样的现象却鲜有报道。本研究通过克隆测序,分析了南方灵芝Ganodermaaustrale的ITS、EF1-α和RPB2在同一个体中的序列差异,并探讨这种序列差异是否会影响分子鉴定的准确性。结果表明,在南方灵芝供试样品中,ITS、EF1-α和RPB2序列都有可能存在个体内变异,但个体内变异程度不尽相同。基于供试样品和克隆测序结果发现,ITS序列在同一个体内的变异最高可达2.3%,而RPB2序列在同一个体内的差异仅0.5%,EF1-α序列在同一个体内序列差异也可高达1.8%。ITS和EF1-α序列在同一个体内的差异可能超过了灵芝属部分物种间的差异,对于部分灵芝属物种来说直接利用克隆序列进行分子鉴定或系统发育分析可能存在一些问题。 展开更多
关键词 灵芝科 药用菌 基因组内变异 系统发育 分类
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