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Genome-wide profiling of RNA editing sites in sheep 预览
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作者 Yuanyuan Zhang Deping Han +6 位作者 Xianggui Dong Jiankui Wang Jianfei Chen Yanzhu Yao Hesham Y.A.Darwish Wansheng Liu Xuemei Deng 《畜牧与生物技术杂志:英文版》 SCIE CAS CSCD 2019年第2期274-282,共9页
Background: The widely observed RNA-DNA differences(RDDs) have been found to be due to nucleotide alteration by RNA editing. Canonical RNA editing(i.e., A-to-I and C-to-U editing) mediated by the adenosine deaminases ... Background: The widely observed RNA-DNA differences(RDDs) have been found to be due to nucleotide alteration by RNA editing. Canonical RNA editing(i.e., A-to-I and C-to-U editing) mediated by the adenosine deaminases acting on RNA(ADAR) family and apolipoprotein B mRNA editing catalytic polypeptide-like(APOBEC)family during the transcriptional process is considered common and essential for the development of an individual.To date, an increasing number of RNA editing sites have been reported in human, rodents, and some farm animals;however, genome-wide detection of RNA editing events in sheep has not been reported. The aim of this study was to identify RNA editing events in sheep by comparing the RNA-seq and DNA-seq data from three biological replicates of the kidney and spleen tissues.Results: A total of 607 and 994 common edited sites within the three biological replicates were identified in the ovine kidney and spleen, respectively. Many of the RDDs were specific to an individual. The RNA editing-related genes identified in the present study might be evolved for specific biological functions in sheep, such as structural constituent of the cytoskeleton and microtubule-based processes. Furthermore, the edited sites found in the ovine BLCAP and NEIL1 genes are in line with those in previous reports on the porcine and human homologs, suggesting the existence of evolutionarily conserved RNA editing sites and they may play an important role in the structure and function of genes.Conclusions: Our study is the first to investigate RNA editing events in sheep. We screened out 607 and 994 RNA editing sites in three biological replicates of the ovine kidney and spleen and annotated 164 and 247 genes in the kidney and spleen, respectively. The gene function and conservation analysis of these RNA editing-related genes suggest that RNA editing is associated with important gene function in sheep. The putative functionally important RNA editing sites reported in the present study will help future studies on the relationship be 展开更多
关键词 DNA RESEQUENCING RNA-DNA differences RNA EDITING RNA-seq SHEEP
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混合型装配线的平准化重排序 预览
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作者 CRESSON Guillaume 王幼真 +1 位作者 李延辉 孙辉 《科技创新导报》 2019年第1期121-126,共6页
针对混合型产品装配过程中使用线性缓冲区进行平准化重排序的问题进行了研究。建立了问题的数学规划模型,提出了用于近似求解的启发式规则和遗传算法,并通过数值实验对算法性能进行了测试。结果表明这两种算法均可实现有效重排,而其中... 针对混合型产品装配过程中使用线性缓冲区进行平准化重排序的问题进行了研究。建立了问题的数学规划模型,提出了用于近似求解的启发式规则和遗传算法,并通过数值实验对算法性能进行了测试。结果表明这两种算法均可实现有效重排,而其中遗传算法的重排效果更好。 展开更多
关键词 混合型装配线 重排序 线性缓冲区 平准化 遗传算法
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猪的全基因组测序研究进展 预览
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作者 肖瑜 马海明 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2019年第5期15-20,共6页
猪具有独特的生物学特征,在畜牧业生产和医学研究中占有重要地位。全基因组测序即de novo测序和全基因组重测序为解释猪的生物学特性和促进猪的分子育种发挥了重要作用。本文重点阐述全基因组测序在猪基因组学研究中的应用,分析全基因... 猪具有独特的生物学特征,在畜牧业生产和医学研究中占有重要地位。全基因组测序即de novo测序和全基因组重测序为解释猪的生物学特性和促进猪的分子育种发挥了重要作用。本文重点阐述全基因组测序在猪基因组学研究中的应用,分析全基因组测序技术及其在猪的全基因组测序工作中的优势和不足,并对未来猪的分子遗传育种研究工作进行展望。 展开更多
关键词 基因组 DE novo测序 重测序
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Whole-Genome Resequencing of a Worldwide Collection of Rapeseed Accessions Reveals the Genetic Basis of Ecotype Divergence
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作者 Dezhi Wu Zhe Liang +23 位作者 Tao Yan Ying Xu Lijie Xuan Juan Tang Gang Zhou Ulrike Lohwasser Shuijin Hua Haoyi Wang Xiaoyang Chen Qian Wang Le Zhu Antony Maodzeka Nazim Hussain Zhilan Li Xuming Li Imran Haider Shamsi Ghulam Jilani Linde Wu Hongkun Zheng Guoping Zhang Boulos Chalhoub Lisha Shen Hao Yu Lixi Jiang 《分子植物:英文版》 SCIE CAS CSCD 2019年第1期30-43,共14页
Rapeseed (Brassica napus),an important oilseed crop,has adapted to diverse climate zones and latitudes by forming three main ecotype groups,namely winter,semiwinter,and spring types. However,genetic variations underly... Rapeseed (Brassica napus),an important oilseed crop,has adapted to diverse climate zones and latitudes by forming three main ecotype groups,namely winter,semiwinter,and spring types. However,genetic variations underlying the divergence of these ecotypes are largely unknown. Here,we report the global pattern of genetic polymorphisms in rapeseed determined by resequencing a worldwide collection of 991 germplasm accessions.A total of 5.56 and 5.53 million singlenucleotide polymorphisms (SNPs)as Well as 1.86 and 1.92 million InDels were identified by mapping reads to the reference genomes of "Darmor-bzh"and "Tapidor,"respectively.We generated a map of allelic drift paths that shows splits and mixtures of the main populations,and revealed an asymmetric evolution of the two subgenomes of B.napus by calculating the genetic diversity and linkage disequilibrium parameters.Selective-sweep analysis revealed genetic changes in genes orthologous to those regulating various aspects of plant development and response to stresses.A genome-wide association study identified SNPs in the promoter regions of FLOWERING LOCUS T and FLOWERING LOCUS C orthologs that corresponded to the different rapeseed ecotype groups. Our study provides important insights into the genomic footprints of rapeseed evolution and flowering-time divergence among three ecotype groups,and will facilitate screening of molecular markers for accelerating rapeseed breeding. 展开更多
关键词 Brassica napus genome RESEQUENCING selective SWEEP ECOTYPE DIVERGENCE GWAS floweringtime trait
利用Samtools挖掘山羊生产繁殖相关Indels标记
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作者 薛蕾 赵永聚 +2 位作者 管代禄 张继攀 徐恢仲 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期349-356,共8页
随着研究的深入,从最初认为单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是导致遗传和表型多样性的主要原因,逐渐意识到插入/缺失(insertion/deletion,Indel)的普遍存在,并且与山羊生产繁殖性状密切相关。随着山羊参考基因组序... 随着研究的深入,从最初认为单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是导致遗传和表型多样性的主要原因,逐渐意识到插入/缺失(insertion/deletion,Indel)的普遍存在,并且与山羊生产繁殖性状密切相关。随着山羊参考基因组序列的公布及测序成本的降低,为大规模开发山羊Indels标记提供了可能。本研究就12个山羊个体(大足黑山羊,DBG,n=6;内蒙古绒山羊,IMCG,n=6)全基因组重测序结果,利用Samtools筛选群体间的差异In-dels。结果表明,12个山羊个体获得192.747GB基因组数据,平均每个个体检测到高质量的Indels位点为334 151个;比较基因组获得2个群体特有的Indels分别为110和100个,注释基因38和30个。其中大足黑山群体特有su-fu、sycp2位点和内蒙古绒山羊群体特有kdm4c位点可能是山羊生长繁殖相关候选Indel标记,为进一步精细解析山羊生产繁殖性状遗传机理奠定基础。 展开更多
关键词 山羊 重测序 全基因组 插入/缺失(Indel) Samtools
桑叶葡萄叶绿体基因组及其特征分析
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作者 杨亚蒙 焦健 +4 位作者 樊秀彩 张颖 姜建福 李民 刘崇怀 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期635-648,共14页
桑叶葡萄(Vitis ficifolia)是中国重要的葡萄属野生资源。以桑叶葡萄’九里沟桑4号’为试验材料,利用Illumina HiSeq PE150测序平台完成了其全基因组重测序,并组装了其叶绿体基因组。注释结果表明,桑叶葡萄叶绿体基因组全长160 751 bp,... 桑叶葡萄(Vitis ficifolia)是中国重要的葡萄属野生资源。以桑叶葡萄’九里沟桑4号’为试验材料,利用Illumina HiSeq PE150测序平台完成了其全基因组重测序,并组装了其叶绿体基因组。注释结果表明,桑叶葡萄叶绿体基因组全长160 751 bp,呈典型的四分体结构,其大单拷贝区(large single copy,LSC)、反向重复序列(inverted repeat,IR)和小单拷贝区(small single copy, SSC)的长度分别为88 971、26 355和19 070 bp。注释共得到133个基因,包含88个蛋白编码基因,8个rRNA基因,37个tRNA基因。在桑叶葡萄中共搜索到84个SSR位点,其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸和五核苷酸重复基序个数分别为55、8、9、9和3个。用MEGA软件,通过邻接法对包括5个葡萄种类的32个种的叶绿体基因组序列进行聚类分析,结果表明,桑叶葡萄与山葡萄(Vitis amurensis)、欧亚种’黑比诺’(V.vinifera’Pinot Noir’)、夏葡萄(V.aestivalis)以及圆叶葡萄(V.rotundifolia)具有较近的亲缘关系。 展开更多
关键词 桑叶葡萄 叶绿体基因组 重测序 聚类分析
玉米开花期相关的Indeterminate domain(IDD)蛋白家族基因的鉴定 预览
7
作者 李云富 王静贤 +2 位作者 杜艳芳 邹华文 张祖新 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期499-507,共9页
开花期是影响玉米产量的重要因子之一。Indeterminate1(ID1)编码玉米Indeterminate domain(IDD)家族蛋白,是玉米开花期的重要调控因子。然而,其他玉米IDD蛋白家族基因及其生物学功能有待深入研究。本文利用生物信息学技术在玉米基因组... 开花期是影响玉米产量的重要因子之一。Indeterminate1(ID1)编码玉米Indeterminate domain(IDD)家族蛋白,是玉米开花期的重要调控因子。然而,其他玉米IDD蛋白家族基因及其生物学功能有待深入研究。本文利用生物信息学技术在玉米基因组中鉴定并分离了37个IDD家族基因,记作ZmIDD。表达分析发现这些ZmIDD基因在8个玉米组织中显示出多种表达模式。为进一步探讨ZmIDD基因在调控玉米开花期上的作用,检测了37个ZmIDD在172个自交系中的遗传多样性,发现35个ZmIDD基因在自交系间具有多态性,平均每个基因具有37.8个多态性位点。关联分析鉴定到包含ID1在内的7个ZmIDD基因在多个环境下与开花期性状显著关联。对Zm00001d020683基因2 kb的启动子区和600 bp编码区重测序,共鉴定到64个多态性位点。候选基因关联分析鉴定到2个启动子区的插入缺失(In/Del)位点与开花期显著关联,其中2个位点分别插入3 bp和2 bp的单倍型为一种提早开花的基因型。研究结果为玉米开花期相关基因的分离和利用研究提供了候选基因和选择靶点。 展开更多
关键词 玉米(Zea mays L.) 开花期 IDD 蛋白家族 关联分析 重测序
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不同光周期条件下谷子株高的全基因组关联分析 预览
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作者 贾小平 张博 +3 位作者 全建章 李剑峰 王永芳 袁玺垒 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2019年第4期16-23,共8页
为揭示控制株高的遗传机理,为开展理想株型标记辅助选择育种奠定基础,在海南、洛阳、吉林3个不同种植区光周期条件下调查了98份谷子材料的株高,并对98份谷子材料进行基因组重测序,开展单核苷酸多态性(SNP)位点标记与株高的全基因组关联... 为揭示控制株高的遗传机理,为开展理想株型标记辅助选择育种奠定基础,在海南、洛阳、吉林3个不同种植区光周期条件下调查了98份谷子材料的株高,并对98份谷子材料进行基因组重测序,开展单核苷酸多态性(SNP)位点标记与株高的全基因组关联分析。结果表明:不同光周期条件下谷子株高的变异在58.5~169.3cm,广义遗传力为0.501,且随着日照时间的延长,谷子株高呈递增的趋势。基因组重测序获得了4482208个高质量的SNP位点,主成分分析将98份谷子材料分为3个亚群,连锁不平衡(LD)分析发现谷子基因组LD衰减距离为47.5kb。全基因组关联分析获得10703个与株高关联的SNP位点(P<0.0001),这些位点多在海南种植区短日照条件下检测到,且集中于1号染色体上,只有1号染色体上3个关联SNP位点(SNP13861443、SNP14872616、SNP18601830)能在海南、洛阳2个种植区光周期条件下稳定检测到,说明谷子1号染色体存在海南、洛阳种植区短日照和中日照条件下控制株高的数量性状位点(QTL)。在关联SNP位点候选区域发现3个候选基因,推定为成蛋白的基因(LOC101783280)在外显子区检测到一个SNP位点(SNP14876527),推测该基因可能为控制谷子株高的主要候选基因。 展开更多
关键词 谷子 光周期 重测序 株高 全基因组关联分析
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以下游释放顺序为导向的汽车总装车间重排序 预览
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作者 李延辉 孙辉 《电子机械工程》 2018年第2期50-55,共6页
为解决带线性缓冲区的汽车总装车间平准化重排序问题,以最小化产品实际生产率与理想生产率的偏差为目标,建立了整数规划模型。基于以下游车辆释放顺序为导向的思路,提出了求解该问题的3种重排序方法,即分组重排序、滚动重排序和基于蚁... 为解决带线性缓冲区的汽车总装车间平准化重排序问题,以最小化产品实际生产率与理想生产率的偏差为目标,建立了整数规划模型。基于以下游车辆释放顺序为导向的思路,提出了求解该问题的3种重排序方法,即分组重排序、滚动重排序和基于蚁群优化算法的重排序。最后采用不同的参数组合设计算例,对所提方法的性能进行验证。结果表明,滚动重排序的性能优于分组重排序,而基于蚁群优化算法的重排序方法表现最佳。 展开更多
关键词 汽车混流装配线 线性缓冲区 重排序 整数规划 蚁群优化
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群体遗传变异鉴定工具系统比较 预览
10
作者 李泽锋 卢鹏 +3 位作者 张剑锋 张慧 许亚龙 金静静 《烟草科技》 CSCD 北大核心 2018年第1期8-14,共7页
针对不同大小的数据集,为选出最适合的群体遗传变异鉴定工具,对常用的samtools、gatk、freebayes和sambamba软件进行了比较。利用不同的变异鉴定工具对3个不同大小基因组(拟南芥、水稻和人)的重测序数据和烟草1号连锁群进行了变异提... 针对不同大小的数据集,为选出最适合的群体遗传变异鉴定工具,对常用的samtools、gatk、freebayes和sambamba软件进行了比较。利用不同的变异鉴定工具对3个不同大小基因组(拟南芥、水稻和人)的重测序数据和烟草1号连锁群进行了变异提取。单样本数据和多样本数据的比较结果都表明,samtools和sambamba软件倾向于寻找比较全面的变异,而gatk和freebayes软件倾向于寻找准确率较高的变异。在速度方面,sambamba软件明显快于其他软件,gatk软件在多样本数据分析方面具有一定的速度优势。在内存消耗方面,gatk软件明显大于其他软件。 展开更多
关键词 下一代测序 重测序 群体遗传变异 系统比较
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Development and validation of InDel markers for identification of QTL underlying flowering time in soybean 预览
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作者 Jialin Wang Lingping Kong +15 位作者 Kanchao Yu Fengge Zhang Xinyi Shi Yanping Wang Haiyang Nan Xiaohui Zhao Sijia Lu Dong Cao Xiaoming Li Chao Fang Feifei Wang Tong Su Shichen Li Xiaohui Yuan Baohui Liu Fanjiang Kong 《作物学报:英文版》 CAS CSCD 2018年第2期126-135,共10页
Soybean[Glycine max(L.)Merrill]is a major plant source of protein and oil.An accurate and well-saturated molecular linkage map is a prerequisite for forward genetic studies of gene functionand formodern breeding forma... Soybean[Glycine max(L.)Merrill]is a major plant source of protein and oil.An accurate and well-saturated molecular linkage map is a prerequisite for forward genetic studies of gene functionand formodern breeding formanyuseful agronomic traits.Next-generation sequence data available in public databases provides valuable information and offers new insights for rapid and efficient development ofmolecularmarkers.In this study,weattempted to showthe feasibility and facility of using genomic resequencing data as raw material for identifying putative InDelmarkers.First,weidentified 17,613 InDel sitesamong 56 soybean accessionsand obtained 12,619 primer pairs.Second,we constructed a genetic map with a random subset of 2841 primer pairs and aligned 300 polymorphic markers with the 20 consensus linkage groups(LG).The total genetic distancewas 2347.3 cM and the number ofmappedmarkers per LG ranged from 10 to 23with an average of 15markers.The largest and smallest genetic distances between adjacent markers were 52.3 cM and 0.1 cM,respectively.Finally,we validated the genetic map constructed by newly developed InDelmarkers by QTL analysis of days to flowering(DTF)under different environments.One major QTL(qDTF4)and four minor QTL(qDTF20,qDTF13,qDTF12,and qDTF11)on 5 LGs were detected.These results demonstrate the utility of the InDel markers developed in this work for map-based cloning and molecular breeding in soybean. 展开更多
关键词 SOYBEAN RESEQUENCING data INDEL MARKERS Genetic map QTL analysis
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Specific genetic variation in two non-motile substrains of the model cyanobacterium Synechocystis sp.PCC 6803 预览
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作者 陈军 史文军 +2 位作者 李文军 陈高 秦松 《海洋湖沼学报(英文)》 SCIE CAS CSCD 2018年第6期2322-2332,共11页
Synechocystis sp.PCC 6803 is a model organism widely used in cyanobacterium biology and biotechnology.To know the genetic background of substrains of S-ynechoc^stis sp.PCC 6803 is important for further research and ap... Synechocystis sp.PCC 6803 is a model organism widely used in cyanobacterium biology and biotechnology.To know the genetic background of substrains of S-ynechoc^stis sp.PCC 6803 is important for further research and application.In this study,we reported the genome sequences of two non-motile wild-type substrains of Synechocystis sp.PCC 6803 using whole genome resequencing.55/56 putative single nucleotide polymorphisms(SNPs)and 8/9 Indels(insertion and deletion)were identified.Among these,47 SNPs were found in both the GT-AR and GT-CH strains,and 8 were unique to GT-AR and 9 were unique to GT-CH.All of these variations were annotated in metabolism pathway referred to KEGG database.Meanwhile,the deletion in slr0332 gene was detected in these two strains,which attributed to the non-motile phenotype of them and suggested that the insertion in spkA gene was not essential for non-motile phenotype.These resequencing data provide the genetic background information of these two strains and highlighted the microevolution over decades of laboratory cultivation. 展开更多
关键词 SYNECHOCYSTIS SP.PCC 6803 GENOME RESEQUENCING non-motile genetic background
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黄瓜嫩果皮色基因QTL定位分析
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作者 窦文文 沈镝 +3 位作者 麦尔旦·努尔阿伍提 董洪霞 邱杨 李锡香 《植物遗传资源学报》 CSCD 北大核心 2018年第6期1138-1142,共5页
以黄瓜(Cucumis sativus L.)嫩果皮绿色自交系1613(P1)和嫩果皮白色自交系JD7(P2)为试验材料构建重组自交系(RIL)群体(142个株系),对各株系嫩果皮色进行表型鉴定,利用重测序技术对各自交系进行基因分型,结合表型和基因型数据... 以黄瓜(Cucumis sativus L.)嫩果皮绿色自交系1613(P1)和嫩果皮白色自交系JD7(P2)为试验材料构建重组自交系(RIL)群体(142个株系),对各株系嫩果皮色进行表型鉴定,利用重测序技术对各自交系进行基因分型,结合表型和基因型数据进行QTL定位研究。结果表明F1黄瓜嫩果皮颜色表现为绿色,并将控制嫩果皮颜色的基因定位到黄瓜第3号染色体上,在3号染色体35511129~39711114区段内定位到成簇分布的3个位点,它们在连锁图谱上的位置分别为1. 01 c M、3. 31 c M和6. 01 c M处,与两翼标记的连锁距离分别为1. 01 c M/0. 09 c M,0. 21 c M/0. 29 c M,0. 11 c M/0. 19 c M。通过生物信息学分析预测出16个候选基因,其中Csa3G904080、Csa3G904100、Csa3G903500和Csa3G902950极有可能是调控黄瓜果实颜色的关键基因。 展开更多
关键词 黄瓜 RIL 嫩果皮色 重测序 QTL定位
新生儿无乳链球菌分离株全基因组重测序分析
14
作者 李旭明 丁卉 +3 位作者 晏路标 曾玉 杨艳 陈亚军 《基因组学与应用生物学》 CSCD 北大核心 2018年第5期2187-2193,共7页
无乳链球菌是新生儿细菌感染的主要病原菌之一,严重危害新生儿的健康。目前,国内鲜有从基因组的角度对无乳链球菌进行深入研究。本研究对一株新生儿无乳链球菌分离株SA1507进行了全基因组重测序和生物信息学分析。与参考基因组进行比对,... 无乳链球菌是新生儿细菌感染的主要病原菌之一,严重危害新生儿的健康。目前,国内鲜有从基因组的角度对无乳链球菌进行深入研究。本研究对一株新生儿无乳链球菌分离株SA1507进行了全基因组重测序和生物信息学分析。与参考基因组进行比对,SA1507存在大量的变异位点,比对发现SNP 8 850个,大多数位于外显子区域;Indel 253个,大多数位于基因上游。对SNP和Indel进行COG聚类分析和KEGG通路分析,分别得到2 272个COG功能条目和1 363个KEGG通路条目。测序与分析将为进一步研究无乳链球菌的变异,感染和耐药性等奠定基础。 展开更多
关键词 无乳链球菌 全基因组 重测序 变异 注释
基于烟草基因组重测序数据的SNP提取软件组合比较 预览
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作者 余世洲 曹培健 +5 位作者 李泽锋 林世锋 张洁 郭玉双 余婧 任学良 《烟草科技》 CSCD 北大核心 2017年第10期1-7,共7页
为选择一个适合大规模烟草基因组重测序数据分析的软件组合,对常用的基因组重测序软件之间的差异进行了比较。分别采用3种过滤测序原始数据的软件(NGS QC Toolkit、Trimmomatic和ngs Sho RT)对烟草品种K326的全基因组测序数据进行过滤... 为选择一个适合大规模烟草基因组重测序数据分析的软件组合,对常用的基因组重测序软件之间的差异进行了比较。分别采用3种过滤测序原始数据的软件(NGS QC Toolkit、Trimmomatic和ngs Sho RT)对烟草品种K326的全基因组测序数据进行过滤,然后用两种比对软件(BWA和Bowtie2)将过滤后的数据比对到红花大金元的参考基因组上,随后将比对结果用SAMtools软件进行变异提取,同时把BWA软件的比对结果用GATK软件进行变异提取,共有9个软件组合。比较9个软件组合的分析结果发现:不同软件组合的分析结果具有明显差异,各个组合结果的可信概率范围为55%~71%,其中Trimmomatic_BWA_SAMtools软件组合与其他组合相比,分析耗时较短、操作简便、准确度较高,适合测序深度较高的大规模全基因组重测序数据的前期处理。 展开更多
关键词 普通烟草 SNP提取软件 基因组 重测序
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烤烟烟碱含量的全基因组关联分析 预览 被引量:2
16
作者 孙鑫 文柳璎 +3 位作者 尹鹏嘉 罗成刚 樊文强 任民 《中国烟草学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第1期102-110,共9页
烟碱是烟草属特有的一类生物碱,为加深对烟碱遗传调控机制的解析,充分挖掘高烟碱优异等位。本研究选取219份烤烟品种开展了RAD重测序研究,获得了384,904个高质量SNP位点的群体分型数据。同时在四川西昌和山东诸城2个试验点,于2012—201... 烟碱是烟草属特有的一类生物碱,为加深对烟碱遗传调控机制的解析,充分挖掘高烟碱优异等位。本研究选取219份烤烟品种开展了RAD重测序研究,获得了384,904个高质量SNP位点的群体分型数据。同时在四川西昌和山东诸城2个试验点,于2012—2015年相同栽培管理条件下对供试品种的烟叶烟碱含量进行了表型鉴定。利用全基因组关联分析的策略,共发掘到2个与烟碱含量显著关联的SNP位点,分别位于1号染色体的69,912,063bp处和2号染色体的81,115,794bp处。基于上述SNP位点预测到2个候选基因,并将目标SNP位点转化3对可通过PCR检测的功能标记。通过以上研究,加深了烟碱遗传调控机制的解析,为高烟碱优异等位基因型的发掘和高烟碱新品种的分子标记辅助选择提供了可用的标记和基因资源。 展开更多
关键词 烟草 烟碱 全基因组关联分析 重测序 单核苷酸多态性
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基于测序技术的畜禽基因组学研究进展 预览 被引量:5
17
作者 梁素芸 周正奎 侯水生 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期276-292,共17页
人类通过数千年的驯化和近代以来有计划性的育种,形成了当今多样化的畜禽品种,从而提供丰富的动物源性蛋白满足人类需求。在过去的100年里,数量遗传学应用于动物育种领域引发了畜禽育种技术的革命,但畜禽机体遗传发育体系相当复杂,一些... 人类通过数千年的驯化和近代以来有计划性的育种,形成了当今多样化的畜禽品种,从而提供丰富的动物源性蛋白满足人类需求。在过去的100年里,数量遗传学应用于动物育种领域引发了畜禽育种技术的革命,但畜禽机体遗传发育体系相当复杂,一些性状仍然难以通过基于系谱的育种值进行高效选育,遗传潜能尚未充分发掘。人类基因组计划带来的理念和技术极大促进了畜禽基因组学的发展,使得人们可以从全基因组水平精准定位功能变异,挖掘功能元件的生物学意义,为畜禽分子设计育种提供重要的理论基础。本文对近10年来猪(Sus scrofa)、牛(Bos taurus)、牦牛(Bos grunniens)、山羊(Capra hircus)、绵羊(Ovis aries)、鸡(Gallus gallus)、鸭(Anas platyrhynchos)和鹅(Anser cygnoides)等主要畜禽的基因组学研究进展进行综述,分别从参考基因组构建和群体基因组学分析两个方面进行论述,并对畜禽基因组未来的研究工作进行了展望。 展开更多
关键词 畜禽 参考基因组 重测序
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准序化供货模式下的混装线重排序 预览
18
作者 李军 孙辉 《计算机工程与科学》 CSCD 北大核心 2016年第3期595-602,共8页
准序化供货是在准时制的基础上对零部件进行排序供货,其顺利实施需要依靠稳定的生产序列与零部件交付的可靠性。针对零部件交付过程中的意外事件,研究了受到意外事件影响时的工件重排序问题。首先以最小化所有工件在各工作站的超载时间... 准序化供货是在准时制的基础上对零部件进行排序供货,其顺利实施需要依靠稳定的生产序列与零部件交付的可靠性。针对零部件交付过程中的意外事件,研究了受到意外事件影响时的工件重排序问题。首先以最小化所有工件在各工作站的超载时间与空闲时间总成本为目标,建立了问题的数学模型,并提出了三种贪婪规则和一种模拟退火算法。接着设计了算例来验证算法的性能。实验结果表明,四种算法均可在较短的时间内起到重排序的效果,其中模拟退火算法效果最好,也优于文献中的局部搜索算法。最后讨论了影响算例运行结果的因素。 展开更多
关键词 准序化 意外事件 重排序 模拟退火
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动物基因组学重测序的应用研究进展 预览 被引量:12
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作者 汪文强 赵生国 +3 位作者 马利青 郭继军 马月辉 赵倩君 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期1947-1953,共7页
随着第二代测序技术的研发和应用,基因组学的研究不断出新,为其带来了更新的科研方法和解决方案。基因组测序可以更深地了解一个物种的分子进化、基因组成和基因调控等特点,特别基因组重测序技术的发展和应用,将基因组学的研究推向了多... 随着第二代测序技术的研发和应用,基因组学的研究不断出新,为其带来了更新的科研方法和解决方案。基因组测序可以更深地了解一个物种的分子进化、基因组成和基因调控等特点,特别基因组重测序技术的发展和应用,将基因组学的研究推向了多领域、多样化、多功能的新阶段。现已从变异检测、性状定位、遗传图谱构建、群体进化分析等方面取得丰硕成果。文章阐述了动物基因组重测序学领域中全基因组测序技术和简化基因组测序技术的应用现状和发展趋势。 展开更多
关键词 重测序 群体进化 变异检测 性状定位 遗传图谱
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玉米DCL1基因鉴定及其自然等位变异分析 被引量:1
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作者 徐东东 赵永平 +2 位作者 王建海 周强 谢传晓 《玉米科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期17-25,共9页
根据生物信息学分析,同源性克隆分离玉米DCL1候选基因,鉴定该基因组织与逆境响应等表达特征,并分析其自然等位变异。结果表明,目标候选基因全长7408bp,与拟南芥和水稻DCL1基因氨基酸序列高度保守,相似度分别为91%和77%。mRNA定... 根据生物信息学分析,同源性克隆分离玉米DCL1候选基因,鉴定该基因组织与逆境响应等表达特征,并分析其自然等位变异。结果表明,目标候选基因全长7408bp,与拟南芥和水稻DCL1基因氨基酸序列高度保守,相似度分别为91%和77%。mRNA定量PCR分析表明,该基因在幼叶和吐丝期雌穗中表达丰度分别是幼茎的75.35倍和16.21倍;高盐、脱水、ABA、低氮、低磷胁迫处理条件下,幼苗中高盐和ABA处理呈下调表达,低氮和低磷处理呈显著上调表达,脱水处理无显著变化。核苷酸与氨基酸序列的保守性、组织与逆境响应差异表达特征均与拟南芥和水稻等相似。87份玉米自交系10x全基因重测序数据分析结果表明,该基因遗传变异丰富,共83个位点存在自然变异,但外显子区域和主要的功能结构域序列相对保守,约2/3的自然变异集中在内含子区域,外显子区域的27个自然变异位点只有8个位点在16个材料存在氨基酸差异。 展开更多
关键词 玉米 DCL1基因 基因结构 功能域 重测序 自然等位变异
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