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甘蓝型油菜的花期与生育期QTL定位 预览
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作者 俎峰 赵凯琴 +5 位作者 张云云 田正书 刘亚俊 奚俊玉 束正齐 符明联 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期500-505,共6页
【目的】对甘蓝型油菜花期和生育期QTL进行定位,为精细定位和克隆早花基因及开展分子标记辅助早熟油菜品种选育提供理论依据。【方法】以极早熟甘蓝型油菜G28、甘蓝型油菜H008及以二者为亲本构建的175个F1DH株系为材料,利用甘蓝型油菜60... 【目的】对甘蓝型油菜花期和生育期QTL进行定位,为精细定位和克隆早花基因及开展分子标记辅助早熟油菜品种选育提供理论依据。【方法】以极早熟甘蓝型油菜G28、甘蓝型油菜H008及以二者为亲本构建的175个F1DH株系为材料,利用甘蓝型油菜60KSNP芯片分型技术绘制高密度遗传连锁图谱,并采用完备复合区间作图法对2016─2017年度丽江和临沧2个生长环境下甘蓝型油菜的花期(FT)和生育期(MT)田间调查数据进行QTL扫描分析。【结果】F1DH株系花期与生育期具有较明显的超亲现象,表明双亲材料控制花期和生育期的位点不同。F1DH株系在丽江生长环境下花期与生育期相关系数为0.63,在临沧生长环境下二者相关系数为0.79,即花期与生育期呈较高的正相关。利用SNP芯片构建的高密度遗传连锁图谱共包含19条连锁群,7601个SNPs位点,总长3838.2cM。在丽江和临沧2个生长环境下共检测到6个花期QTL和5个生育期QTL,分布于A02、A07、C02、C03、C06、C07和C09连锁群上,可分别解释2.96%~17.40%和4.98%~11.82%的遗传变异。花期QTLqFTA02-1和qFTC03-2在2生长个环境下均可检测到,加性效应值相反,其中qFTA02-1具有最高的LOD值(20.43)、贡献率(17.40%)和加性效应值(3.27d),且与生育期QTLqMTA02-1置信区间重叠,是最主要的花期主效QTL;qFTC03-2为次要的花期主效QTL。在qFTA02-1置信区间内发现2个拟南芥花期调控关键基因FLC和FY的油菜同源基因拷贝BnaA02g00370D和BnaA02g01670D。【结论】花期主效QTLqFTA02-1和qFTC03-2可用于分子标记辅助选育早熟油菜品种。BnaA02g00370D和BnaA02g01670D可能为qFTA02-1置信区间内控制甘蓝型油菜花期性状的目标基因。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 花期 生育期 QTL定位 SNP芯片
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利用SNP芯片解析油菜杂交种丰油10号的遗传基础
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作者 蔡东芳 张书芬 +7 位作者 王建平 曹金华 文雁成 张书法 何俊平 赵磊 王东国 朱家成 《作物杂志》 CAS 北大核心 2019年第3期80-85,共6页
为解析高产稳产油菜品种丰油10号的分子遗传学基础,利用油菜60K SNP芯片对丰油10号及包括其2个亲本在内的20份骨干亲本系进行了基因型分析。结果表明:20份骨干亲本系间的遗传距离变幅为0.123~0.463,平均为0.348。丰油10号母本22A和父本P... 为解析高产稳产油菜品种丰油10号的分子遗传学基础,利用油菜60K SNP芯片对丰油10号及包括其2个亲本在内的20份骨干亲本系进行了基因型分析。结果表明:20份骨干亲本系间的遗传距离变幅为0.123~0.463,平均为0.348。丰油10号母本22A和父本P087-2间遗传距离为0.375,高于平均遗传距离。聚类分析将20份骨干亲本系划分为4个类群,其中母本22A归在类群Ⅰ,父本P087-2归在类群Ⅳ。基因组比较发现杂交种丰油10号与母本22A的相似性比例为64.77%,与父本P087-2的相似性比例为62.89%,其中有30.78%的基因组杂合区段来源于双亲不同基因型间的组合。同时发现丰油10号与父母本在19条染色体上的多态性比例存在比较大的差异。该研究为后续油菜品种的选育提供理论指导。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 SNP芯片 遗传距离 遗传基础
牛SNP芯片分型检出率和分型错误率对基因型填充准确率的影响 预览
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作者 李智 何俊 +4 位作者 蒋隽 Richard G.Tait Jr. Stewart Bauck 过伟 吴晓林 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期644-652,共9页
SNP芯片已被广泛应用于动植物的遗传研究和生产实践,其基因分型的准确性至关重要。但在实际应用中,常有一定数量的基因型因缺失而需要去估计(填充)。此外,由于各种原因,又常常需要在不同芯片的基因型之间相互填充彼此没有的SNP基因型,... SNP芯片已被广泛应用于动植物的遗传研究和生产实践,其基因分型的准确性至关重要。但在实际应用中,常有一定数量的基因型因缺失而需要去估计(填充)。此外,由于各种原因,又常常需要在不同芯片的基因型之间相互填充彼此没有的SNP基因型,或从低密度SNP填充到高密度SNP基因型。因此,基因型填充准确率直接影响后续数据分析的准确性和可靠性。为深入了解基因型填充准确率的影响因素,本研究利用20 116头美国荷斯坦牛的50K SNP芯片基因分型数据,在SNP分型检出率与错误率存在相关和没有相关两种情形下,分别评估了上述两个因素对下游基因型填充准确率的影响。当两者不相关时,模拟的SNP分型检出率从100%降低到50%,SNP分型错误率由0%提升到50%。当两者存在相关时,基因分型的检出率和错误率之间的关系是基于一个实际数据中这两个变量之间的线性回归方程来确定,即模拟的SNP分型检出率从100%降低到50%,SNP分型错误率从0%升高到13.35%。最后,采用5折交叉验证的方法评估基因型填充的准确率。结果表明,当原始数据的SNP分型检出率与错误率彼此独立发生时,基因型填充的错误率受原始SNP分型检出率影响不大(P>0.05),却随着原始SNP分型错误率的升高而显著提高(P<0.01)。当原始数据的SNP分型检出率与错误率存在负相关时,基因型填充的错误率随着原始SNP分型检出率的降低而显著提高(P<0.01)。在这两种情形下,建议SNP分型检出率应在90%以上,基因型填充准确率才能不低于98%。该结果可为提升实际的SNP分型和下游数据分析的质控提供参考依据。 展开更多
关键词 SNP芯片 基因型分型 填充准确率 检出率 错误率
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SNP芯片检测胎儿额外小标记染色体的研究 预览
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作者 郑芳秀 史烨 +3 位作者 王晶 张峰 张晓青 虞斌 《中国现代医学杂志》 CAS 2019年第9期58-61,共4页
目的总结应用SNP芯片技术对胎儿额外小标记染色体(sSMC)进行鉴定的经验,为产前遗传咨询提供参考。方法应用传统G显带技术对2例胎儿羊水细胞及其父母外周血进行染色体核型分析,进一步用SNP芯片技术明确胎儿sSMC的来源。结果1号胎儿羊水... 目的总结应用SNP芯片技术对胎儿额外小标记染色体(sSMC)进行鉴定的经验,为产前遗传咨询提供参考。方法应用传统G显带技术对2例胎儿羊水细胞及其父母外周血进行染色体核型分析,进一步用SNP芯片技术明确胎儿sSMC的来源。结果1号胎儿羊水染色体核型为45,X[74]/46,X,+mar[31],芯片扫描结果为Xp22.33~p11.22和Xq27.3~q28区域均缺失,缺失大小分别为52.7和8.6Mb。2号胎儿羊水染色体核型为47,XX,+mar,芯片结果为46,XX,其父亲外周血染色体核型为47,XY,+mar,临床表型正常。结论SNP芯片可以确定sSMC的来源,可作为传统核型分析的补充,为产前诊断和遗传咨询提供帮助。 展开更多
关键词 产前诊断 额外小标记染色体/染色体 SNP芯片
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基于SNP芯片的云上黑山羊遗传结构分析 预览 被引量:1
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作者 兰蓉 朱兰 +4 位作者 杨红远 王鹏 邵庆勇 江炎庭 洪琼花 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第2期480-488,共9页
为从分子水平对云上黑山羊遗传结构做出评价,本研究以云上黑山羊核心群母羊108只(来自7个育种核心场、10个群体)、育种素材云岭黑山羊和努比山羊各11和14只、对照组波尔山羊10只为试验动物,用Illumina公司Iselect Goat60k芯片技术在全... 为从分子水平对云上黑山羊遗传结构做出评价,本研究以云上黑山羊核心群母羊108只(来自7个育种核心场、10个群体)、育种素材云岭黑山羊和努比山羊各11和14只、对照组波尔山羊10只为试验动物,用Illumina公司Iselect Goat60k芯片技术在全基因组范围内进行单核苷酸多态性(SNP)分析,并运用GenAlEx 6.5、Cervus 3.0、SNPRelate、Plink 1.07、Mega 4.0进行遗传多样性参数统计计算、主成分分析和系统进化树构建。试验获得143个样本在48 116个SNPs位点上的分型结果,其中波尔山羊10个样本单独聚集,与云上黑山羊、努比山羊、云岭黑山羊存在较大的遗传距离,较小的遗传一致度和较小的基因流,在聚类进化树中显示为一个独立分支,这些结果与波尔山羊实际遗传背景完全一致,显示出它在本研究中的对照组作用,同时证明本研究方法可行、结果可靠;云上黑山羊108个样本具有高度一致性,在聚类系统树中这些样本聚为一个大簇,而努比山羊(14个)和云岭黑山羊(11个)的样本各自聚为一簇;UPGMA进化树显示,云上黑山羊与努比山羊关系较近,与云岭黑山羊关系稍远,这与云上黑山羊育种导血方案结果相一致。云上黑山羊新品种在基因组水平上可与其育种素材明显区分,在基因组层面已具备独立品种特点。 展开更多
关键词 云上黑山羊 SNP芯片 遗传结构 系统进化树
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烟草黄绿叶突变体的遗传分析与基因定位
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作者 孙明铭 蒋彩虹 +6 位作者 罗朝鹏 杨军 张剑锋 蒲文宣 刘万峰 杨爱国 程立锐 《植物遗传资源学报》 CSCD 北大核心 2018年第5期942-950,共9页
以G117为父本、RG13为母本,杂交获得F1群体。系谱法常规选择过程中,在F3株系内发现黄绿自然隐性突变株。该突变体的叶色在旺长期前呈现正常绿色,进入旺长期后,叶色逐渐发黄,叶脉呈乳白色,与正常烟株差别明显。遗传分析表明该突变体性状... 以G117为父本、RG13为母本,杂交获得F1群体。系谱法常规选择过程中,在F3株系内发现黄绿自然隐性突变株。该突变体的叶色在旺长期前呈现正常绿色,进入旺长期后,叶色逐渐发黄,叶脉呈乳白色,与正常烟株差别明显。遗传分析表明该突变体性状受1对隐性基因控制。从来源于一个连续自交单株的分离群体中分别选取10份隐性纯合烟株和10份显性烟株,利用430K烟草高密度SNP芯片进行基因型分析,快速确定了与目标性状相关联的标记。进而利用该分离群体验证相关分子标记,将该基因定位在烟草第5号染色体M7和M18之间,并与M7标记共分离。相关研究为进一步克隆该基因奠定了基础,同时也为烟草其他重要性状的定位提供了一种有效、快速的方法。 展开更多
关键词 烟草 突变体 SNP芯片 基因定位
基于SNP芯片分析的蓝塘猪遗传群体结构 预览 被引量:1
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作者 王晨 马宁 +6 位作者 郭春和 袁仁强 曾检华 宋德清 张惠文 陈瑶生 刘小红 《广东农业科学》 CAS 2018年第6期110-115,174共7页
为了保护和利用蓝塘猪种质资源,采用Illumina CAUPorince 50K SNP芯片对139头蓝塘猪进行遗传群体结构分析。结果显示,SNP芯片基因型分型的平均检出率高达98.24%,表明该芯片适合应用于中国地方猪。蓝塘猪的平均遗传距离值为0.3326±0... 为了保护和利用蓝塘猪种质资源,采用Illumina CAUPorince 50K SNP芯片对139头蓝塘猪进行遗传群体结构分析。结果显示,SNP芯片基因型分型的平均检出率高达98.24%,表明该芯片适合应用于中国地方猪。蓝塘猪的平均遗传距离值为0.3326±0.0339,主成分分析和G矩阵结果表明部分种猪之间亲缘关系较近。139头蓝塘猪种猪可以分成5个家系,分别为家系A、B、C、D和E,其中家系A、B、C和D均有种公猪。蓝塘猪的Y染色体共有两种单倍型,其中家系A和B属于单倍型A,家系C和D属于单倍型B。在蓝塘猪中共检测到1 680个ROH片段,10~20 Mb长度的ROH数量最多、占44.52%,平均每个蓝塘猪的ROH数量为12.09(±5.90)个,平均总长度为246.90(±170.93)Mb。通过SNP芯片,从遗传水平反映了一个蓝塘猪种群的群体结构,为地方猪种的保种、开发与利用提供了有力工具。 展开更多
关键词 蓝塘猪 SNP芯片 群体结构 ROH 近交
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小麦高密度遗传图谱构建及抗旱相关生理性状的遗传解析
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作者 李龙 彭智 +4 位作者 毛新国 王景一 昌小平 柳玉平 景蕊莲 《植物遗传资源学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期531-538,共8页
生理调控是小麦应对干旱胁迫的主要途径,解析小麦抗旱相关生理性状的遗传基础,发掘利用分子标记将为小麦抗旱性的高效改良提供有力支撑。本研究以加倍单倍体(DH)群体(旱选10号×鲁麦14)的150个株系为材料,利用小麦660KSNP芯... 生理调控是小麦应对干旱胁迫的主要途径,解析小麦抗旱相关生理性状的遗传基础,发掘利用分子标记将为小麦抗旱性的高效改良提供有力支撑。本研究以加倍单倍体(DH)群体(旱选10号×鲁麦14)的150个株系为材料,利用小麦660KSNP芯片及SSR标记构建高密度遗传图谱,解析不同水分环境下孕穗期及灌浆中期小麦冠层温度(CT)、叶绿素含量(SPAD value)和植被覆盖指数(NDVI)的遗传基础。遗传图谱覆盖小麦21条染色体,分为30个连锁群,总长度4082.44cM,标记间平均距离为2.20cM。共检测到抗旱相关生理性状QTL86个.分布于除3D以外的20条染色体上。冠层温度、叶绿素含量和植被覆盖指数的QTL数目分别为30、40和34个;17个QTL具有一因多效性.其中4个QTL与冠层温度和植被覆盖指数相关,8个QTL与冠层温度和叶绿素含量相关,7个QTL与叶绿素含量和植被覆盖指数相关。位于4D染色体的QprS2与3种性状均相关。本研究为小麦抗旱基因挖掘及分子育种提供了参考信息和技术支撑。 展开更多
关键词 普通小麦 660K SNP芯片 遗传解析 抗旱性 生理性状
鸡基因组育种和保种用SNP芯片研发及应用 被引量:2
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作者 刘冉冉 赵桂苹 文杰 《中国家禽》 北大核心 2018年第15期1-6,共6页
全基因组SNP变异检测是开展基因组育种(Genomic selection)和准确度量群体遗传多样性的基础。继国外开发出60 K和600 K鸡SNP芯片后,中国农业科学院北京畜牧兽医研究所等单位,针对国产化鸡育种和地方种质资源保护的现状和需求,自主研... 全基因组SNP变异检测是开展基因组育种(Genomic selection)和准确度量群体遗传多样性的基础。继国外开发出60 K和600 K鸡SNP芯片后,中国农业科学院北京畜牧兽医研究所等单位,针对国产化鸡育种和地方种质资源保护的现状和需求,自主研发出了"京芯一号"55 K SNP芯片等高性价比的检测芯片。芯片特点包括:(1)包含中国地方鸡种特有遗传变异信息,兼顾国外商业化鸡种基因组信息;(2)整合大量的功能基因相关SNP位点;(3)在基因组上均匀分布;(4)密度适中,性价比高等。应用实践证明,鸡基因组SNP芯片在基因组选择育种、种质资源多样性分析、亲缘关系鉴定、基因组关联研究、基因定位等方面可发挥重要作用。文章以"京芯一号"55 K SNP芯片为重点,对鸡全基因组SNP芯片研发和应用的最新进展进行了综述。 展开更多
关键词 SNP芯片 分子标记 全基因组选择 保种
基因组选择在羊育种中的应用研究进展 预览
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作者 张统雨 魏霞 +3 位作者 张勤 杜立新 王立贤 赵福平 《畜牧兽医学报》 CSCD 北大核心 2018年第12期2535-2542,共8页
基因组选择(genomic selection,GS)已经作为新一代畜禽遗传评估方法应用于奶牛育种中,并取得了显著成效。随着羊参考基因组的不断完善,以及不同密度SNP芯片的推出和商业化推广,新西兰、澳大利亚、法国等相继将基因组选择应用到羊育种中... 基因组选择(genomic selection,GS)已经作为新一代畜禽遗传评估方法应用于奶牛育种中,并取得了显著成效。随着羊参考基因组的不断完善,以及不同密度SNP芯片的推出和商业化推广,新西兰、澳大利亚、法国等相继将基因组选择应用到羊育种中,揭开了羊育种的新时代。本研究总结了国内外羊基因组选择的研究现状、影响因素、优势以及存在问题和展望,以期为中国羊开展基因组选择育种提供参考。 展开更多
关键词 基因组选择 基因组估计育种值 SNP芯片 育种
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小麦籽粒阿魏酰阿拉伯木聚糖含量QTL定位 被引量:1
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作者 吕文娟 刘金栋 +4 位作者 白璐 曲延英 任毅 闻伟鄂 耿洪伟 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2018年第5期1530-1538,共9页
阿拉伯木聚糖(arabinoxylan,AX)是小麦中重要的膳食纤维组分,对面制品加工品质和营养品质有重要影响。阿魏酰阿拉伯木聚糖(ferulic acid arabiaxylan,FAX)含量是决定小麦AX质量的关键因素。挖掘小麦中FAX含量相关的QTL位点及紧密连... 阿拉伯木聚糖(arabinoxylan,AX)是小麦中重要的膳食纤维组分,对面制品加工品质和营养品质有重要影响。阿魏酰阿拉伯木聚糖(ferulic acid arabiaxylan,FAX)含量是决定小麦AX质量的关键因素。挖掘小麦中FAX含量相关的QTL位点及紧密连锁标记,可为FAX基因的克隆及功能标记开发提供参考。本研究选用小麦藁城8901/周麦16重组自交系(recombinant inbred line,RIL)群体结合90K SNP芯片,应用复合区间作图法(composite interval mapping,CIM),对小麦籽粒FAX含量进行QTL定位。在小麦全基因组范围内共检测到5个在多个环境下稳定存在的QTL,位于2AS、2BS、2DL、3AS和6AS染色体,分别命名为QFax.xjau-2AS、QFax.xjau-2BS、QFax.xjau-2DL、QFax.xjau-3AS和QFax.xjau-6AS.2,单个QTL可解释6.2%~18.2%的表型变异。其中QFax.xjau-3AS解释表型变异最大(18.2%)。QFax.xjau-2AS、QFax.xjau-3AS和QFax.xjau-6AS的优异等位基因来源于周麦16,QFax.xjau-2BS和QFax.xjau-2DL的优异等位基因来源于藁城8901。本研究发现的5个与FAX含量相关的稳定QTL,其紧密连锁标记可以用于高FAX含量MAS育种,为小麦FAX含量遗传解析提供参考。 展开更多
关键词 普通小麦 阿魏酰阿拉伯木聚糖含量 90K SNP芯片 复合区间作图法(CIM) QTL定位
全基因组选择技术在肉牛育种中的应用 预览
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作者 成海建 姜富贵 +4 位作者 张清峰 苏文政 刘方圆 孔淑慧 宋恩亮 《中国牛业科学》 2018年第6期68-72,共5页
近年来先进的基因组测序和基因分型技术促进了肉牛育种方法的革新。从过去低通量、耗时的限制性片段多态标记(RFLP)到如今高通量、高密度的单核昔酸多态性(SNP)标记,基因检测效率大幅提高。随着肉牛基因组序列图谱及SNP图谱的完成,基于... 近年来先进的基因组测序和基因分型技术促进了肉牛育种方法的革新。从过去低通量、耗时的限制性片段多态标记(RFLP)到如今高通量、高密度的单核昔酸多态性(SNP)标记,基因检测效率大幅提高。随着肉牛基因组序列图谱及SNP图谱的完成,基于高密度SNP标记的牛全基因组选择成了牛育种的新热点。本文通过综述高密度SNP芯片分型技术,基因组选择技术在不同国及不同肉牛品种中的应用情况.旨在表明新型遗传技术的发展必将促进肉牛遗传评估方法的改进。 展开更多
关键词 全基因组选择 SNP芯片 肉牛
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广东省现有5个地方猪种基于SNP芯片的遗传多样性分析 预览
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作者 黄树文 张哲 +3 位作者 陈赞谋 袁晓龙 李加琪 张豪 《中国畜牧杂志》 北大核心 2018年第6期33-37,共5页
本研究以广东省现有的5个地方猪品种为对象,利用SNP芯片进行SNP分型,对比欧洲野猪、亚洲野猪以及4个西方商业猪种,对广东省现有地方猪品种的遗传多样性、遗传距离以及群体结构进行分析。结果表明:两广小耳花猪、大花白猪和蓝塘猪的遗... 本研究以广东省现有的5个地方猪品种为对象,利用SNP芯片进行SNP分型,对比欧洲野猪、亚洲野猪以及4个西方商业猪种,对广东省现有地方猪品种的遗传多样性、遗传距离以及群体结构进行分析。结果表明:两广小耳花猪、大花白猪和蓝塘猪的遗传多样性低于西方商业猪种以及粤东黑猪和梅花猪;广东省地方猪与亚洲野猪遗传距离较近,与西方猪种遗传距离较远;作为大花白猪一个类群的梅花猪与大花白猪遗传距离较远,主成分分析以及Structure分析表明梅花猪与大花白猪遗传差异较大,梅花猪具有独特的遗传结构并存在西方猪血液的渗入;粤东黑猪与西方猪种遗传距离较近,粤东黑猪也存在西方猪种血液的渗入。综上所述,两广小耳花猪、大花白猪和蓝塘猪的遗传多样性较低,梅花猪和粤东黑猪存在西方猪种血液的渗入。 展开更多
关键词 地方猪 SNP芯片 遗传多样性 遗传距离 群体遗传结构
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SNP芯片数据估计动物个体基因组品种构成的方法及应用 预览 被引量:1
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作者 何俊 钱长嵩 +2 位作者 Richard G.Tait Jr. Stewart Bauck 吴晓林 《遗传》 CSCD 北大核心 2018年第4期305-314,共10页
自然和人工选择、地理隔离和遗传漂移等原因使动物基因组中许多位点的等位基因频率在群体间会产生差异。源于不同品种(祖先)杂交(交配)的动物个体,其基因组与这些品种(祖先)的基因频率(基因型)会存在一定的相关性。因此采用合适的统计... 自然和人工选择、地理隔离和遗传漂移等原因使动物基因组中许多位点的等位基因频率在群体间会产生差异。源于不同品种(祖先)杂交(交配)的动物个体,其基因组与这些品种(祖先)的基因频率(基因型)会存在一定的相关性。因此采用合适的统计模型和分析方法,可以估计出每个品种(祖先)对于个体基因组的遗传贡献比例,又称为个体的基因组品种构成(genomic breed composition,GBC)。本文介绍了利用SNP芯片数据估计动物个体GBC的原理、方法及步骤,并且通过对198头待鉴定的日本红毛和牛GBC的评估,演示了用回归模型和混合分布模型估计动物个体GBC的具体步骤,其中包括SNP子集的筛选、参考群体中动物个体选择以及待测定动物GBC的计算。参考动物群体选自日本红毛和牛(Akaushi)、安格斯牛(Angus)、海福特牛(Hereford)、荷斯坦牛(Holstein)和娟珊牛(Jersey)5个品种共36 574头,每个个体有40K或50K芯片数据。本文在现有商用SNP芯片基础上筛选用于品种鉴定和估计动物个体GBC的SNP子集,是对现有SNP芯片功能的拓展和深入开发利用。此外,在基因组选择中如何利用SNP基因型估计动物个体GBC的结果,提高纯种和杂种动物的预测准确度,也是值得深入研究的领域。 展开更多
关键词 基因组品种构成 回归模型 混合分布模型 基因组预测 SNP芯片
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国内虹鳟代表性养殖群体的高通量SNP芯片检测及遗传分析 预览 被引量:1
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作者 赵紫霞 许建 +6 位作者 白庆利 杨世勇 蒋立坤 陈葆华 Palti Yniv Gao Guangtu 徐鹏 《中国水产科学》 CSCD 北大核心 2018年第3期485-493,共9页
本研究旨在对国内虹鳟(Oncorhynchus mykiss)代表性养殖群体开展全基因组水平的遗传评估。利用57K单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,检测了来自不同地域的6个虹鳟养殖群体样本共计48尾,包括黑龙江虹鳟、黑... 本研究旨在对国内虹鳟(Oncorhynchus mykiss)代表性养殖群体开展全基因组水平的遗传评估。利用57K单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,检测了来自不同地域的6个虹鳟养殖群体样本共计48尾,包括黑龙江虹鳟、黑龙江金鳟、四川虹鳟、四川金鳟、北京虹鳟和北京金鳟,共获得有效SNP位点50201个,在中国虹鳟中的多态比例达到97.7%,表明该芯片虽然基于美国和挪威虹鳟群体设计,但对中国群体同样具有良好的适用性。各群体最小等位基因频率均值为0.240~0.267,与国外主流养殖群体相近,黑龙江虹鳟、四川虹鳟和北京虹鳟群体内遗传多样性丰富,多态位点比例为83.6%~84.9%,与国外主流养殖群体相近,而黑龙江金鳟、四川金鳟和北京金鳟,多态位点比例相对较低,在60.2%~76.9%范围内。应用6个中国虹鳟群体和2个美国虹鳟群体数据开展系统发育分析、主成分分析和群体遗传结构STRUCTURE分析,结果显示8个群体可分为3个祖源类群,其中3个金鳟群体为遗传联系较紧密的一个类群,黑龙江虹鳟和北京虹鳟为一个类群,而四川虹鳟与2个美国虹鳟群体为一个类群,部分中国养殖群体中有显著离群个体存在,表明群体遗传背景不均一。本研究表明,高密度SNP芯片在我国虹鳟养殖群体遗传分析中具有广泛的应用前景,能够为种质资源评估、本土化良种培育、制种和引种工作提供基因组水平的参考信息。 展开更多
关键词 虹鳟 SNP芯片 遗传多态性 群体结构
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基于SNP芯片技术对猪性状的应用及其研究进展 预览
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作者 宋志芳 石岗 赵海燕 《猪业科学》 2018年第4期116-117,共2页
SNP具有分布广、数量多,易检测和便于分型等优点,在动植物分子育种方面已经得到广泛应用,并不断出现新的分析检测方法。相对全基因组重测序的成本而言,SNP芯片检测的成本较低,使得利用SNP芯片技术在全基因组范围内寻找与人类疾病和动植... SNP具有分布广、数量多,易检测和便于分型等优点,在动植物分子育种方面已经得到广泛应用,并不断出现新的分析检测方法。相对全基因组重测序的成本而言,SNP芯片检测的成本较低,使得利用SNP芯片技术在全基因组范围内寻找与人类疾病和动植物性状相关的SNPs成为可能。利用SNP芯片技术结合全基因组关联分析(GWAS),已经检测到了与猪性状显著相关的SNPs位点和候选基因,为未来猪的分子育种提供理论依据。该文主要就SNP芯片技术的特点、原理和方法以及在猪性状方面的应用加以综述。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 SNP芯片 基因分型 全基因组关联分析
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普通小麦籽粒过氧化物酶活性全基因组关联分析 预览 被引量:1
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作者 时佳 翟胜男 +7 位作者 刘金栋 魏景欣 白璐 高文伟 闻伟锷 何中虎 夏先春 耿洪伟 《中国农业科学》 CSCD 北大核心 2017年第21期4212-4227,共16页
【目的】小麦籽粒过氧化物酶(peroxidase,POD)活性对面制品加工品质有重要影响,发掘控制籽粒POD活性重要位点,并筛选其候选基因,为小麦品质的改良奠定基础。【方法】以151份黄淮冬麦区和82份北部冬麦区品种(系)为材料,分别利用来自... 【目的】小麦籽粒过氧化物酶(peroxidase,POD)活性对面制品加工品质有重要影响,发掘控制籽粒POD活性重要位点,并筛选其候选基因,为小麦品质的改良奠定基础。【方法】以151份黄淮冬麦区和82份北部冬麦区品种(系)为材料,分别利用来自于小麦90 K SNP芯片的18 189和18 417个高质量SNP标记,对POD活性进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)。【结果】供试材料中POD活性表现出广泛的表型变异和多样性,黄淮麦区材料的POD活性变异系数为15.4%—21.8%,遗传力为0.79,北部麦区材料的POD活性变异系数为15.0%—19.9%,遗传力为0.82。相关性分析表明,不同环境之间材料的POD活性表现出显著的相关性,黄淮麦区相关系数为0.46—0.89(P〈0.0001),北部麦区相关系数为0.50—0.87(P〈0.0001)。多态性信息含量PIC值为0.09—0.38,最小等位基因频率MAF值为0.05—0.5。群体结构分析表明,黄淮麦区与北部麦区2个自然群体结构简单,均可分为3个亚群。GWAS分析结果表明,在黄淮冬麦区材料中共检测到20个与POD活性显著关联的位点(P〈0.001),分布在1A、2A、2B、2D、3A、3B、3D、4A、4B、5A、5B、6A、6D和7A染色体上,单个位点可解释7.8%—13.3%的表型变异。在北部冬麦区材料中共检测到20个与POD活性显著关联(P〈0.001)的位点,分布在1A、1B、1D、2A、2B、2D、3A、3B、4B、6A、6B、7A、7B和7D染色体上,单个位点可解释14.4%—23.2%的表型变异。加性回归分析表明,随着优异等位基因数量的增多,小麦籽粒POD活性越高。在发现的所有POD活性相关位点中,2个位点在黄淮麦区和北部麦区材料中均能检测到且稳定遗传,可将其转换为STARP(semi-thermal asymmetric reverse PCR)或CAPS标记,以应用于分子标记辅助育种。获得3个与POD活性有关的候选基因,分别编码磷酸甘露糖变位酶(PMM-D1)、辣根过氧化物酶(PER40)和烷基氢 展开更多
关键词 普通小麦 POD活性 90 K SNP芯片 群体结构 候选基因
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河南小麦品种穗粒数性状的动态变化及全基因组关联分析 被引量:2
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作者 顾晶晶 余慷 +5 位作者 陈树林 朱保磊 王冬至 张爱民 刘冬成 詹克慧 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2017年第10期4143-4158,共16页
穗粒数是小麦产量构成的重要因子,研究小麦穗粒数及其相关性状的变化规律与遗传机制对于高产育种具有指导意义。以198份河南种植或审定的小麦品种(系)为材料,在4个环境下鉴定穗粒数相关性状表现,选用660K SNP芯片检测材料的基因型并... 穗粒数是小麦产量构成的重要因子,研究小麦穗粒数及其相关性状的变化规律与遗传机制对于高产育种具有指导意义。以198份河南种植或审定的小麦品种(系)为材料,在4个环境下鉴定穗粒数相关性状表现,选用660K SNP芯片检测材料的基因型并进行全基因组关联分析。发现穗粒数存在着广泛的变异,穗粒数、穗长、总小穗数、可育小穗数和不育小穗数的广义遗传力分别为77.43%、87.54%、85.45%、79.70%和68.08%,2002年以前、2003-2008年、2009-2014年和2015年以来育成品种的平均穗粒数分别为35.71个、36.85个、37.40个和37.98个,随着育种时期的推进总小穗数和可育小穗数也表现出逐渐提高的趋势。共发现41个和穗粒数等性状相关联的位点,分布在除了1D、3A、3D、4B和4D的16条染色体上,单个关联位点的表型变异贡献率(R2)范围为6.19%~20.83%,其中10个位点至少在2个环境中稳定表达。对关联位点进一步分析发掘了多个与穗粒数性状相关的优异等位变异,如7A上AX-109368219(A)能增加穗粒数1.86粒,2A上AX-111674224(C)能提高总小穗数0.96个,2D上AX-111582877(G)能提高可育小穗数0.73个。研究揭示近五十年河南小麦穗粒数性状的动态变化及其规律,获得了多个和穗粒数等性状关联位点及等位变异,为小麦产量性状的遗传改良及分子设计育种提供了技术支持和基因资源。 展开更多
关键词 河南小麦 穗粒数 SNP芯片 全基因组关联分析
利用犬170K高密度SNP芯片检测16个中国地方犬种全基因组拷贝数变异 预览
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作者 刘晨龙 杨前勇 +2 位作者 陈浩 黄晓畅 陈从英 《畜牧兽医学报》 CSCD 北大核心 2017年第6期1017-1027,共11页
旨在解析中国地方犬全基因组拷贝数变异(CNV)分布情况,为分析CNV对犬表型变异的影响提供前期基础。本研究采集了16个来自中国不同地方犬品种和9头罗威纳犬共计185头犬的血液样品,使用血液DNA提取试剂盒提取DNA,利用犬170KSNP芯片和... 旨在解析中国地方犬全基因组拷贝数变异(CNV)分布情况,为分析CNV对犬表型变异的影响提供前期基础。本研究采集了16个来自中国不同地方犬品种和9头罗威纳犬共计185头犬的血液样品,使用血液DNA提取试剂盒提取DNA,利用犬170KSNP芯片和PennCNV软件对中国地方犬进行全基因组范围内的CNV分析。参照Illumina芯片标准操作流程进行芯片扫描和基因分型。将质控后的SNP参考PennCNV软件使用说明书,设定分析参数进行CNV检测分析。从分析结果中随机挑选8个CNV区间(CNVRs)使用实时定量PCR进行验证。利用BioMart以及DAVID软件进行基因和功能注释分析。结果表明,在185个个体中共发现了477个CNV,这些CNV随机分布在38条常染色体上,合并后可以得到220个CNVR,总长度约占犬整个基因组序列的1.250A,平均长度为142.24kb。在220个CNVR中,115个为缺失,74个为重复,31个为缺失/重复CNVR。此外,笔者发现53个CNVR为潜在的中国地方犬品种特异性CNVR。在基因和功能注释中,本研究共发现162个基因位于所检测到的CNVR内,这些基因主要富集的功能类别是嗅觉受体活动,嗅觉的感知,对化学刺激物的感知,感官知觉和神经系统过程。这些结果解析了中国地方犬基因组结构变异分布情况,将有助于进一步研究CNV与犬表型变异的关联性。 展开更多
关键词 SNP芯片 拷贝数变异 基因组 拷贝数变异基因
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应用SNP标记分析24份烟草品种的遗传多样性 预览 被引量:4
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作者 张剑锋 罗朝鹏 +7 位作者 何声宝 金静静 李泽锋 许亚龙 谢小东 魏攀 王燃 杨军 《烟草科技》 CSCD 北大核心 2017年第11期1-8,共8页
为了阐明我国烟草主栽品种的遗传基础,利用烟草高密度SNP芯片技术对24份烟草品种进行全基因组扫描,并分析其遗传多样性。在筛选获得的纯合SNP位点中,多态性位点达到103 133个,基本覆盖烟草基因组。品种间遗传相似系数介于0.308 6-0.997 ... 为了阐明我国烟草主栽品种的遗传基础,利用烟草高密度SNP芯片技术对24份烟草品种进行全基因组扫描,并分析其遗传多样性。在筛选获得的纯合SNP位点中,多态性位点达到103 133个,基本覆盖烟草基因组。品种间遗传相似系数介于0.308 6-0.997 7之间。聚类分析结果,将24个品种划分为不同类群,反映出这些烟草品种间的亲缘关系远近。结果显示,SNP芯片能够在全基因组水平上获得不同烟草品种间的多态性信息,可用于品种间的遗传多样性分析。烟草主栽品种间的亲缘关系较近,在育种中迫切需要引入新的种质资源,以拓宽遗传背景。 展开更多
关键词 烟草 品种 SNP芯片 遗传多样性 聚类分析
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