期刊文献+
共找到969篇文章
< 1 2 49 >
每页显示 20 50 100
山羊IGF-1基因的骨骼肌表达特性及其SNPs与生长性状的关联分析
1
作者 李文杨 刘远 +1 位作者 吴贤锋 黄勤楼 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期2188-2197,共10页
利用分子标记辅助选择技术能够加快肉羊生长性状选育的遗传进展,并提高选种的准确性。为了解山羊(Capra hircus)类胰岛素样生长因子-1基因(insulin-like growth factor-1,IGF-1)的骨骼肌表达特征、SNPs分布及其与山羊生长性状的关联性,... 利用分子标记辅助选择技术能够加快肉羊生长性状选育的遗传进展,并提高选种的准确性。为了解山羊(Capra hircus)类胰岛素样生长因子-1基因(insulin-like growth factor-1,IGF-1)的骨骼肌表达特征、SNPs分布及其与山羊生长性状的关联性,本研究利用qRT-PCR技术分析IGF-1在福清山羊和努比亚黑山羊的咬肌、颈斜方肌、头颈半棘肌、臂三头肌、腕桡侧伸肌、背最长肌、腰大肌、股四头肌和臀股二头肌共9个骨骼肌组织中的表达水平,同时采用PCR产物直接测序和高分辨率熔解曲线(high-resolution melting,HRM)技术检测了IGF-1基因在福清山羊(n=124)、努比亚黑山羊(n=152)、简阳大耳羊(n=121)和戴云山羊(n=20)中的多态性及其与生长性状的关联性。结果表明,IGF-1基因在2个品种9个骨骼肌组织中均有表达,表达水平存在骨骼肌组织和品种的差异;该基因在福清山羊9个骨骼肌组织中的表达水平均低于努比亚黑山羊,该基因在咬肌、股四头肌的表达量在2品种间差异极显著(P<0.01),该基因在臂三头肌、颈斜方肌和背最长肌的表达量在2品种间差异显著(P<0.05)。IGF-1基因外显子序列高度保守,在福清山羊和努比亚黑山羊中均未发现突变位点。4个品种的3个SNPs位点多呈中度多态分布,PIC为0.18~0.38;3个SNPs位点多态性分布对山羊生长性状的影响存在明显的品种特异性,对简阳大耳羊和努比亚黑山羊的部分生长性状存在显著影响,而对福清山羊生长性状的影响较小。本研究结果揭示了IGF-1基因在福清山羊和努比亚黑山羊骨骼肌中的表达差异性,为进一步探索山羊的生长发育机制提供了基础数据;IGF-1基因的3个SNPs位点对山羊部分生长性状有显著影响,可以作为山羊生长性状分子标记辅助选择的候选标记。 展开更多
关键词 类胰岛素样生长因子-1基因(IGF-1) SNPS 生长性状 福清山羊 努比亚黑山羊
大口黑鲈IGFBP1基因SNPs的筛选及与生长性状的关联分析
2
作者 李锐 李胜杰 +1 位作者 白俊杰 姜鹏 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期3443-3448,共6页
本研究使用PCR技术扩增得到2 743 bp长度的大口黑鲈IGFBP1基因序列,序列含4个外显子和3个内含子,编码263个氨基酸。采用直接测序法在IGFBP1基因上筛选到4个SNPs位点,分别位于该基因核苷酸序列中的第147个、第791个、第2 436个和第2 676... 本研究使用PCR技术扩增得到2 743 bp长度的大口黑鲈IGFBP1基因序列,序列含4个外显子和3个内含子,编码263个氨基酸。采用直接测序法在IGFBP1基因上筛选到4个SNPs位点,分别位于该基因核苷酸序列中的第147个、第791个、第2 436个和第2 676个碱基,其中2个位点位于外显子上,A-141C位点发生了同义突变,C-791T发生了错义突变,随机检测同批430尾实验个体中4个位点的基因型,均符合Hardy-Weinberg定律。其中A-2436G和C-2676T位点完全连锁,组成单倍型标记H1。分析H1标记中的AB和AA基因型实验群体,显示两者在尾柄长、全长指标上存在显著差异(p<0.05)。综合分析表明,H1标记可用于大口黑鲈分子辅助育种研究。 展开更多
关键词 大口黑鲈 IGFBP1 SNPS 关联分析 生长性状
德州驴NCAPG-DCAF16基因区域多态性与生长性状的关联分析 预览
3
作者 侯浩宾 李海静 +5 位作者 杨莉 张新浩 石田培 王欣悦 赵志达 张莉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期302-313,共12页
旨在探讨NCAPG-DCAF16基因区域在德州驴群体中的遗传多态性以及与生长性状的关联性,进而得到显著相关的遗传标记,为德州驴的分子标记辅助选择提供理论基础。本研究采用DNA混池测序技术对NCAPG-DCAF16基因区域的多态性进行检测;基于DNA... 旨在探讨NCAPG-DCAF16基因区域在德州驴群体中的遗传多态性以及与生长性状的关联性,进而得到显著相关的遗传标记,为德州驴的分子标记辅助选择提供理论基础。本研究采用DNA混池测序技术对NCAPG-DCAF16基因区域的多态性进行检测;基于DNA混池测序结果,运用质谱分型技术对227头德州驴群体中的SNPs位点进行基因型检测,分析基因型与初生、3月龄、6月龄3个时期相关生长性状的关联性。结果表明:1)通过DNA混池测序发现,NCAPG基因上的SNPs位点包括第9内含子上rs1(T﹥C),第11内含子上rs2(A﹥G),第19内含子上rs4(C﹥G),第8内含子上rs5(C﹥G);DCAF16基因第2外显子发现一个同义突变,即位点rs008(A﹥G)。2)初生时期的关联分析显示,rs1位点基因型CC个体的平均尻长显著高于CT型个体(P﹤0.05);3月龄时期各基因型的表型平均值无显著差异(P﹥0.05);在6月龄阶段,基因型为TT个体的平均胸宽与CC个体相比差异极显著(P﹤0.01),TT和CT基因型个体的平均管围均显著高于CC个体(P﹤0.05)。3)rs4位点的关联分析揭示了GG基因型个体在初生时期的平均胸深显著高于GC基因型(P﹤0.05),3月龄时期各基因型之间的平均表型值无显著差异(P﹥0.05);CC基因型个体6月龄时期的平均胸宽和管围显著高于GG基因型(P﹤0.05)。4)rs008位点关联分析结果表明,各基因型之间初生时期的表型值无显著差异(P﹥0.05);AA、GA基因型个体3月龄时期的体重、体高和尻高都显著高于GG基因型(P﹤0.05);AA、GA基因型个体6月龄时期的体高和胸围都极显著高于GG基因型个体(P﹤0.01),GA基因型与GG基因型个体间的胸深、尻高的差异达到极显著水平(P﹤0.01),GA基因型个体的尻宽显著高于GG和AA基因型(P﹤0.05)。5)根据连锁不平衡分析结果,rs1、rs2、rs4和rs5的组合基因型在德州驴群体中有5种。关联分析结果揭示了TTAACCCC组合基因型个体6月龄时期的平均胸宽显著� 展开更多
关键词 德州驴 NCAPG-DCAF16区域 SNPS 生长性状 关联分析
在线阅读 免费下载
基于全基因组重测序分析阿拉善双峰驼生物学特性 预览
4
作者 王凤红 包花尓 +3 位作者 敖敦格日勒 乌云高娃 额尔敦木图 那仁巴图 《家畜生态学报》 北大核心 2019年第8期20-26,共7页
此试验旨在通过研究阿拉善双峰驼基因组遗传变异信息,找到与其生物学特性相关的候选基因,以期对阿拉善双峰驼分子特征做出评价,并为双峰驼重要经济性状的功能基因定位提供基础数据。提取12头双峰驼基因组总DNA,制备基因组文库,经Illumin... 此试验旨在通过研究阿拉善双峰驼基因组遗传变异信息,找到与其生物学特性相关的候选基因,以期对阿拉善双峰驼分子特征做出评价,并为双峰驼重要经济性状的功能基因定位提供基础数据。提取12头双峰驼基因组总DNA,制备基因组文库,经Illumina HiSeq^TM平台测序,利用生物信息学手段对重测序数据进行分析,对识别的SNPs和InDels进行注释。结果:共计得到367.98Gb序列数据,平均测序深度15×,测序得到2453332756个reads,比对到参考基因组的reads为2003009380,匹配率为81.65%;共确定了6759037SNPs和976715InDels,共计注释15037个基因。其中与耐热性相关的候选基因是HSF1、HSPA9、HSPA4;与胰岛素相关的候选基因是EEF1A1、EEF1A12、GSK3A、GSK3B、PDX1、PAX6、PPARs和IRSs;与高血压相关的候选基因是KLK和PPARs;与耐渴性相关的候选基因是NFAT5、BGT1和AQPs。此研究基本阐明了双峰驼的遗传变异信息,从基因组层面解释了双峰驼的生物学特性,为后续分析与经济性状相关的遗传学机制、功能基因的研究和保护双峰驼品种资源提供了基因组数据,并为与经济性状相关的功能基因定位提供新的思路和线索。 展开更多
关键词 阿拉善双峰驼 全基因组重测序 SNPS INDELS 生物学特性
在线阅读 下载PDF
团头鲂hepcidin基因单核苷酸多态性及与抗病性状的相关性 预览
5
作者 孙千惠 田万平 +2 位作者 罗航 王卫民 刘红 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期38-44,共7页
为了解hepcidin(铁调素)基因的多态性及其与抗病性状的相关性,以团头鲂(Megalobrama amblycephala)为研究对象,从公共数据库中获得hepcidin基因序列,对团头鲂进行嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)人工感染来区分易感和抗病个体,采用... 为了解hepcidin(铁调素)基因的多态性及其与抗病性状的相关性,以团头鲂(Megalobrama amblycephala)为研究对象,从公共数据库中获得hepcidin基因序列,对团头鲂进行嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)人工感染来区分易感和抗病个体,采用PCR扩增及测序技术筛选hepcidin基因序列中的SNP(单核苷酸多态,single nucleotide polymorphisms)位点,对SNP位点运用高分辨率熔解曲线法(high-resolution melting,HRM)进行分型,分析其多态性及与抗病性状之间的关系。结果在hepcidin基因上共筛选出2个SNP位点,其中1个位点位于内含子部分,1个位于3′非编码区。经过统计分析发现,位于3 371 bp(A/G)的这一SNP位点的基因型频率和等位基因频率在易感和抗病组间差异极显著,位于217 bp(A/G)位点的基因型频率和等位基因频率在易感组和抗病组间差异显著。据此推测hepcidin的这2个SNP位点多态性与团头鲂抗病性状相关。 展开更多
关键词 团头鲂 铁调素基因 SNPS 抗病 嗜水气单胞菌
在线阅读 免费下载
样本数量和终质量浓度对DNA混合池PCR扩增质量和测序效果的影响 预览
6
作者 徐建峰 容维中 +5 位作者 石福岳 王燕燕 董和 高博 张艳丽 李振明 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期681-685,共5页
为筛选适宜的DNA混合池法,采用两因素交叉分组设计,以混合样本数量(20、60和150个)和终质量浓度(50、100和150ng/μL)为组合因子,分析不同混合池对PCR扩增质量及SNPs检出率的影响。结果表明:在同一混合样本数量下,以终质量浓度100ng/μ... 为筛选适宜的DNA混合池法,采用两因素交叉分组设计,以混合样本数量(20、60和150个)和终质量浓度(50、100和150ng/μL)为组合因子,分析不同混合池对PCR扩增质量及SNPs检出率的影响。结果表明:在同一混合样本数量下,以终质量浓度100ng/μL建立的DNA混合池扩增的PCR产物纯度和OD260/OD280均优于50ng/μL,但对测序结果无显著影响;以终质量浓度150ng/μL建立的DNA混合池扩增的PCR产物杂带较多,不符合测序要求。在同一混合样本终质量浓度下,混合样本数越多,SNPs检出率越高。综上,从PCR扩增质量、SNPs检出率和试验成本来分析,以混合样本150个、终质量浓度100ng/μL组合建立的DNA混合池效果最好。 展开更多
关键词 DNA混合池 样本数量 终质量浓度 早胜牛 PCR扩增 SNPS
在线阅读 下载PDF
基于27-plex SNPs的四川地区四个族群遗传推断研究
7
作者 王敬方 江丽 +7 位作者 江继平 李飞 赫金 马泉 王玲 李传伟 柳雅玲 赵蕾 《中国法医学杂志》 CSCD 2019年第2期120-124,共5页
目的基于27-plex SNPs族群推断体系对四川地区汉族、藏族、羌族及彝族四个族群遗传结构及成分进行研究。方法使用27-plex SNPs试剂检验四个族群1054份样本并获取SNPs位点分型,利用主成分分析、聚类分析及系统发育树综合分析族群间遗传关... 目的基于27-plex SNPs族群推断体系对四川地区汉族、藏族、羌族及彝族四个族群遗传结构及成分进行研究。方法使用27-plex SNPs试剂检验四个族群1054份样本并获取SNPs位点分型,利用主成分分析、聚类分析及系统发育树综合分析族群间遗传关系,使用族群推断软件(DNA Ancestry Analyzer,DAA)推断样本的族群来源并统计推断结果的准确性。结果系统发育树显示四川汉族、藏族、羌族、彝族和其他东亚族群共同聚为一支;主成分分析和聚类分析结果显示四川汉族、藏族、羌族及彝族主要祖先成分均为东亚。除1例样本祖先来源不排除东亚或混合族群外,其余1053份样本均来源于东亚。结论四川地区汉族、藏族、羌族和彝族均为典型的东亚族群,藏族、彝族和羌族的遗传关系较近。使用27-plex SNPs族群推断系统对四川汉族、藏族、羌族和彝族进行遗传推断,结果可靠。 展开更多
关键词 四川 SNPS 族群来源推断 DAA族群推断软件
基于黄河鲤新品系IGF2b基因SNPs获取体系的建立及在该品系选育中的应用 预览
8
作者 谢元澄 李欣原 +4 位作者 苏胜彦 梁敬东 徐跑 贺鑫晋 Bouzoualegh Raouf 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期686-694,共9页
为了建立鲤 IGF2b (insulin-like growth factor 2)基因全基因组信息 SNPs (single nucleotide polymorphism)的获取体系,并验证该获取体系在黄河鲤新品系选育中运用的适用性,本研究首先对 10个不同鲤品种的 33个鲤个体重测序数据进行分... 为了建立鲤 IGF2b (insulin-like growth factor 2)基因全基因组信息 SNPs (single nucleotide polymorphism)的获取体系,并验证该获取体系在黄河鲤新品系选育中运用的适用性,本研究首先对 10个不同鲤品种的 33个鲤个体重测序数据进行分析,整体上了解 IGF2b 基因的单核苷酸位点及其在基因组上的分布情况。然后在基因组 DNA 水平上分段获取 IGF2b 基因的 SNPs 信息,并以不同的鲤品种验证引物的适用性,最后在黄河鲤新品系中检测其应用。研究结果:获得 8 对聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)引物进行分段克隆的结果,并通过直接测序和限制性片段长度多态性来获取相应的 SNPs。经过直接测序,本文对黄河鲤、建鲤、黄河鲤和建鲤的正反交后代进行 PCR 检测发现条带单一,目地片段正确;结合黄河鲤新品系的体重数据,本文又以 IGF2b3#引物检测到一个与体重明显相关的 SNPs,同时检测到一个与该基因表达量相关的另一个 SNPs。本研究的方法能够在该基因全基因组范围内开展鲤分子育种中 SNPs 的检测,并验证发现黄河鲤新品系 IGF2b3#引物 227 号位点处,出现的突变位点使体重降低,且有一处 SNPs 与其表达量有关。这将为其他物种、其他功能基因的多态性分子标记研究提供思路。 展开更多
关键词 黄河鲤 品系选育 IGF2b 分段克隆 SNPS 分子育种
在线阅读 下载PDF
HMGB1基因多态性与豫北地区肺结核易感性的相关性 预览
9
作者 乔瑞娟 程睿 +3 位作者 李威 彭火英 赵桂增 张晨光 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期289-294,共6页
目的探讨高迁移率族蛋白1(HMGB1)单核苷酸多态性与豫北地区肺结核患者易感性的相关性.方法选取2017年1-12月新乡医学院第一附属医院被确诊为肺结核的320例患者为结核组,该院同时期300名健康体检者为对照组.采用PCR技术和Sanger测序对结... 目的探讨高迁移率族蛋白1(HMGB1)单核苷酸多态性与豫北地区肺结核患者易感性的相关性.方法选取2017年1-12月新乡医学院第一附属医院被确诊为肺结核的320例患者为结核组,该院同时期300名健康体检者为对照组.采用PCR技术和Sanger测序对结核组和对照组的HMGB1rs1412125(-1615A/G)、rs1045411(+1177G/A)、rs2249825(+3814C/G)位点进行基因分型,通过对两组等位基因频率、基因型频率及四种遗传模型(共显性、显性、隐性和超显性)分析,研究HMGB1基因多态性与肺结核的易感性.结果所有位点的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡.两组间+1177G/A位点等位基因频率差异具有统计学意义(OR=1.485,95%CI:1.110~1.986,P=0.007),其基因型分布差异也具有统计学意义(P<0.05);+1177G/A位点的共显性模型中,与GG基因型相比,AG基因型(OR=1.447,95%CI:1.025~2.041,P=0.035)和AA基因型(OR=2.812,95%CI:0.985~8.033,P=0.045)与肺结核的易感性相关;+1177G/A位点的显性模型[(AG+AA)vsGG,OR=1.524,95%CI:1.090~2.131,P=0.014]也与肺结核的易感性相关;在+1177G/A位点的隐性模型和超显性模型中,两组间差异无统计学意义(P>0.05).在-1615A/G和+3814C/G位点两组间等位基因及基因型分布差异均无统计学意(P>0.05).结论HMGB1基因rs1045411(+1177G/A)位点多态性可能与肺结核的易感性相关,其等位基因A可能是肺结核的易感基因,携带rs1045411(+1177G/A)A等位基因可能增加患肺结核的风险. 展开更多
关键词 肺结核 HMGB1 SNPS 易感性 豫北地区
在线阅读 下载PDF
SFRP5基因遗传变异对长顺绿壳蛋鸡胸肌肌肉品质的影响
10
作者 覃媛钰 张依裕 +1 位作者 罗华伦 吴磊 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期703-711,共9页
分泌型卷曲相关蛋白5(secreted frizzled related protein 5, SFRP5)通过Wnt信号通路调节脂质代谢,改善胰岛素抵抗,维持炎症平衡,是白色脂肪组织分泌的抗炎症脂肪因子之一。为了探讨SFRP5基因多态性与长顺绿壳蛋鸡(Gallus gallus domest... 分泌型卷曲相关蛋白5(secreted frizzled related protein 5, SFRP5)通过Wnt信号通路调节脂质代谢,改善胰岛素抵抗,维持炎症平衡,是白色脂肪组织分泌的抗炎症脂肪因子之一。为了探讨SFRP5基因多态性与长顺绿壳蛋鸡(Gallus gallus domesticus)肌肉品质的关系、寻找与蛋鸡肌肉品质的相关分子标记、本研究采用直接测序法检测SFRP5基因外显子的单核苷酸多态,分析其对长顺绿壳蛋鸡胸肌肌肉品质的遗传效应。结果表明:在SFRP5基因外显子3上共检测到2个突变位点,g.23253254 G>A的优势基因型和优势等位基因为GG基因型和G等位基因,频率分别为0.569和0.756;g.23253269 T>G的优势基因型和优势等位基因为TT基因型和T等位基因,频率分别为0.681和0.812,且2个位点的突变并未引起氨基酸的变化,为同义突变。2个多态位点的多态信息含量(PIC)均处于0.25~0.5之间,属于中度多态位点,卡方(χ2)检测显示:2个突变位点的基因型分布均未偏离Hardy-Weinberg平衡。连锁不平衡分析发现,SFRP5基因的2个突变位点间均不存在强连锁不平衡。2个SNPs位点在长顺绿壳蛋鸡群体中发现了3种单倍型H1、H2和H3,其频率分别为0.569、0.187和0.244;6种双倍型H1H1、H1H2、H1H3、H2H2、H2H3和H3H3,频率分别为0.313、0.200、0.313、0.056、0.063和0.056。关联分析表明,SFRP5基因的g.23253254 G>A位点对胸肌粗脂肪含量有显著影响(P<0.05);2个SNPs位点组成的双倍型中,双倍型H3H3(AATT)对胸肌粗脂肪含量的影响达到显著水平(P<0.05),显著高于其他5种双倍型(P<0.05),揭示SFRP5基因的遗传变异能影响长顺绿壳蛋鸡胸肌脂肪沉积,g.23253254 G>A和g.23253269 T>G变异位点可能作为提高长顺绿壳蛋鸡胸肌脂肪的分子标记。本研究为进一步探明SFRP5基因变异调控家禽肌肉品质的分子机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 长顺绿壳蛋鸡 分泌型卷曲相关蛋白5基因(SFRP5) SNPS 肌肉品质 遗传相关
不同品种鸡BTN1基因序列差异分析 预览
11
作者 陈颖 郑圣晗 +5 位作者 孔令琳 朱鹏飞 吴允 郭其新 陈国宏 常国斌 《甘肃农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期11-15,共5页
【目的】BTN1基因位于MHC家族的BF/BL核心区域,研究其SNPs和InDels对提高鸡抗病性有重要意义.【方法】以NCBI中Gallus gallus BTN1基因序列为参照,利用MEGA6.06软件对26个品种鸡的BTN1基因序列比较分析,筛选出与抗病性有关的InDels、SNP... 【目的】BTN1基因位于MHC家族的BF/BL核心区域,研究其SNPs和InDels对提高鸡抗病性有重要意义.【方法】以NCBI中Gallus gallus BTN1基因序列为参照,利用MEGA6.06软件对26个品种鸡的BTN1基因序列比较分析,筛选出与抗病性有关的InDels、SNPs和氨基酸变化,并对26个品种鸡的BTN1基因序列进行聚类分析.【结果】在Exon5和Exon17上各有1个SNPs位点,且为错义突变.SNPs位点主要发生在Intron10、Intron13、Intron18、Intron22和Intron23上.‘雪山草鸡’和‘安卡红鸡’等抗病性强、适应性强的品种鸡在Exon17上发生错义突变;与抗病性较强的‘安卡红鸡’相比,‘来航鸡’在Exon5上存在一个错义突变.【结论】BTN1的Exon5和Exon17上SNPs位点对抗病性具有一定的影响,为家禽的抗病育种研究提供参考依据. 展开更多
关键词 BTN1基因 抗病性 SNPS INDELS
在线阅读 下载PDF
SlGLK2转录因子在番茄品种Heirloom果实中的功能及变异分析
12
作者 唐亚萍 杨涛 +3 位作者 帕提古丽 王柏柯 杨生保 余庆辉 《北方园艺》 CAS 北大核心 2019年第11期24-32,共9页
Goldern2-Like(SlGLK2)基因是调控未成熟果实叶绿体发育重要的转录因子。番茄(Solanum lycopersicum)未成熟果实中叶绿体对成熟果实的糖类、风味物质积累和提高番茄品质具有一定的作用。Heirloom品系作为优异的种质资源,在果实颜色、大... Goldern2-Like(SlGLK2)基因是调控未成熟果实叶绿体发育重要的转录因子。番茄(Solanum lycopersicum)未成熟果实中叶绿体对成熟果实的糖类、风味物质积累和提高番茄品质具有一定的作用。Heirloom品系作为优异的种质资源,在果实颜色、大小、形状和风味等方面有很大差异。以32个Heirloom品种为研究材料,通过表型调查研究果实表型性状,检测果实不同部位和不同发育时期叶绿素含量,筛选20个Heirloom品种克隆SlGLK2基因和启动子序列,运用荧光定量PCR分析调控果实叶绿体发育的相关基因,从而分析基因间的调控关系,以期研究SlGLK2转录因子对Heirloom品种叶绿体发育的影响。结果表明:含有SlGLK2基因的品种,未成熟果实拥有深绿色果肩,其不同发育时期绿色果实果肩的叶绿素含量明显高于果实底部。在SlGLK2基因上游非编码区和编码区共发现21个单核苷酸多态性(SNPs),经聚类分析发现,部分SNPs与未成熟果实的表型相关。果实叶绿体发育相关基因的表达分析表明TKN2、TKN4和在番茄果实的果肩部表达量明显高于果实底部,且TKN2、TKN4位于SlGLK2上游并调控SlGLK2基因的表达。 展开更多
关键词 Heirlooms SlGLK2 叶绿素 单核苷酸多态性(SNPs)
CENPA基因在不同鸡种上的序列比较分析 预览
13
作者 郑圣晗 陈颖 +1 位作者 陈国宏 常国斌 《上海农业学报》 2019年第4期75-79,共5页
为找出不同鸡种CENPA基因序列上的差异,为鸡抗病育种研究提供基础材料,利用目标区域捕获测序技术对25个鸡种的CENPA基因进行序列测定.以NCBI网站上Gallus_gallus-5.0(GCF_000002 315.4)的CENPA基因序列为参照,利用MEGA 6.06软件对25个... 为找出不同鸡种CENPA基因序列上的差异,为鸡抗病育种研究提供基础材料,利用目标区域捕获测序技术对25个鸡种的CENPA基因进行序列测定.以NCBI网站上Gallus_gallus-5.0(GCF_000002 315.4)的CENPA基因序列为参照,利用MEGA 6.06软件对25个鸡种的基因序列进行比对分析,统计SNPs位点和InDel位点,并构建系统进化树.结果表明:CENPA的外显子没有丰富的多态性,CENPA内含子的丰富多态性主要体现在Intron4上.CENPA基因在Exon3具有保守性,在鸡的进化历史中稳定遗传.25个鸡种大致可被分为4大类,表明我国的地方鸡品种资源丰富,且之间的同源性较低,可为抗病育种的研究提供丰富的样本. 展开更多
关键词 CENPA基因 SNPS INDEL 进化树
在线阅读 下载PDF
25个鸡品种DMB2基因序列比较分析 预览
14
作者 刘本帅 郑圣晗 +8 位作者 原小雅 陈颖 张莘 王统苗 陈博雯 张扬 王志秀 常国斌 陈国宏 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第8期1961-1965,共5页
[目的]DMB2(major histocompatibility complex,class Ⅱ,DM beta 2)基因是鸡MHCⅡ类的典型基因座,通过比较不同鸡品种的DMB2基因序列探究该基因对鸡的免疫反应和抗病性的作用和意义。[方法]本研究对25个不同鸡种的DMB2基因序列进行目... [目的]DMB2(major histocompatibility complex,class Ⅱ,DM beta 2)基因是鸡MHCⅡ类的典型基因座,通过比较不同鸡品种的DMB2基因序列探究该基因对鸡的免疫反应和抗病性的作用和意义。[方法]本研究对25个不同鸡种的DMB2基因序列进行目标捕获测序,以NCBI上Gallusgallus的DMB2基因序列作为参考序列,通过MEGA6软件进行序列比对分析,筛选出不同鸡种DMB2基因序列上的SNPs和Indels位点以及氨基酸的变化,并根据基因序列的差异构建系统进化树,探究不同鸡种的同源性。[结果]结果表明DMB2基因表现其遗传多态性的同时呈现出较高的保守性,外显子上突变和插入缺失较少。进化树分析显示抗病性较强的鸡种广西黄鸡、SPF-来航鸡、藏鸡、雪山草鸡的同源性较高。[结论]不同鸡种中DMB2基因呈现出较高的保守性,在进化过程中不易发生突变,该基因在鸡的免疫反应中具有重要作用。 展开更多
关键词 DMB2基因 SNPS INDELS 进化树
在线阅读 下载PDF
缢蛏α-淀粉酶基因外显子区域SNPs筛选及其与生长性状关联性 预览
15
作者 李浩 孟德龙 +3 位作者 薛宝宝 牛东红 李家乐 沈和定 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2019年第2期214-223,共10页
α-淀粉酶是广泛存在于生物体内的消化酶,主要参与生物体内碳水化合物的代谢,为生物体提供维持生命、生长发育和繁殖所需的能量。为研究α-淀粉酶基因外显子与缢蛏(Sinonovacula constricta)生长性状的相关性,实验采用PCR产物直接测序... α-淀粉酶是广泛存在于生物体内的消化酶,主要参与生物体内碳水化合物的代谢,为生物体提供维持生命、生长发育和繁殖所需的能量。为研究α-淀粉酶基因外显子与缢蛏(Sinonovacula constricta)生长性状的相关性,实验采用PCR产物直接测序法对其进行筛选比对,共获得18个候选SNPs位点,分别为:Rs-1:48G/C、Rs-2:247 C/A、Rs-3:420 A/G、Rs-4:441C/T、Rs-5:537 G/T、Rs-6:837 G/T、Rs-7:936 A/G、Rs-8:952A/C、Rs-9:1047 T/G、Rs-10:1062 C/T、Rs-11:1287C/T、Rs-12:1350 A/C、Rs-13:1362 C/T、Rs-14:1371 C/T、Rs-15:1503T/C、Rs-16:1536 T/C、Rs-17:1737T/C、Rs-18:1788 C/T。随机选取同批繁殖、同塘养殖的缢蛏快长新品种"申浙1号"群体,运用MassARRAY质谱检测方法进行SNPs位点的分型,结果显示:除Rs-13位点外,其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡(P> 0.05),Hardy-Weinberg平均值为0.581;多态信息含量平均值为0.237。基因型与生长性状的关联性分析结果表明:Rs-5:537 G/T与Rs-10:1062 C/T位点基因型个体之间部分性状存在显著性差异(P <0.05)。13个位点组成的双倍型与生长性状的关联性分析显示:双倍型S6的壳高高于S3、S5、S7(P <0.05),S6的总重大于S7(P <0.05);另外,S6各个生长性状值在所有双倍型中最高。获得的缢蛏α-淀粉酶编码区外显子与生长性状相关的SNPs标记,可为缢蛏遗传改良特征标记筛选及定制培育提供有益参考。 展开更多
关键词 缢蛏 Α-淀粉酶基因 SNPS 双倍型 生长
在线阅读 下载PDF
基于DNA条形码psbA-trnH, matK, trnL对不同地理居群野菊和药用菊的鉴定研究
16
作者 陈芙蓉 汪涛 +4 位作者 郭巧生 朱再标 杨锋 邹庆军 张亚静 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期660-665,共6页
利用DNA条形码技术通过psbA-trnH,mat K,trn L序列分析,建立一种快速鉴定野菊和药用菊的方法。提取21份样品的基因组DNA,对psbA-trnH,mat K,trn L片段进行PCR扩增,双向测序,获得其psbA-trnH,mat K,trn L序列信息;运用MEGA 7. 0对所有样... 利用DNA条形码技术通过psbA-trnH,mat K,trn L序列分析,建立一种快速鉴定野菊和药用菊的方法。提取21份样品的基因组DNA,对psbA-trnH,mat K,trn L片段进行PCR扩增,双向测序,获得其psbA-trnH,mat K,trn L序列信息;运用MEGA 7. 0对所有样品的psbA-trnH,mat K,trn L序列共63条进行比对、计算种内种间遗传距离,分析psbA-trnH+mat K+trn L组合序列SNPs分布,构建Neighbor-Joining(NJ)系统进化树。结果显示,野菊,野菊(菊花脑)和药用菊的种内种间遗传距离重合;psbA-trnH+mat K+trn L组合序列的SNPs分析显示其组合序列共有19个核苷酸多态性位点(SNPs),野菊较野菊(菊花脑)、药用菊呈现更为明显的序列多态性,psbA-trnH序列表现出较为明显的长度变异;NJ树显示药用菊与野菊、野菊(菊花脑)区别开来,其中编号为C2~C5的药用菊单独聚为一亚支,置信度为62%,编号为Z9,Z10的野菊均采自甘肃省,单独聚为一支,置信度为77%;同时也发现来自西北地域的野菊样品,其psbA-trnH和trn L序列信息变化与地域和环境之间有明显的相关,野菊与野菊(菊花脑)具有明显的分化,同时还是药用菊的进化来源。因此,将psbA-trnH+mat K+trn L组合序列作为DNA条形码能准确、快速的鉴别野菊和药用菊,为其种质资源鉴定及物种鉴别提供了重要依据。 展开更多
关键词 野菊 药用菊 DNA条形码 SNPs 鉴定
基于平均影响值的SVM在遗传数据疾病分类和特征提取中的应用 预览
17
作者 张阳阳 曹红艳 武淑琴 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2019年第3期344-347,共4页
目的探讨基于平均影响值(MIV)的支持向量机(SVM)在遗传数据疾病分类预测和变量筛选中的应用,为遗传数据的疾病分类与特征提取方面提供方法学参考。方法以GAW18(genetic analysis workshop 18)数据为例,采用基于MIV的SVM建立预测模型,并... 目的探讨基于平均影响值(MIV)的支持向量机(SVM)在遗传数据疾病分类预测和变量筛选中的应用,为遗传数据的疾病分类与特征提取方面提供方法学参考。方法以GAW18(genetic analysis workshop 18)数据为例,采用基于MIV的SVM建立预测模型,并和logistic回归模型、SVM、多层感知机和决策树分类模型进行比较分析,评价基于MIV的SVM预测分类和变量筛选效果。结果经过平均影响值的支持向量机算法处理后,六个SNPs位点(1328567172、3127394820、11658093、9123969834、1174996637、1717498492)组合的变量子集,获得78.125%的分类准确率,明显优于其他分类模型。结论基于MIV的SVM能比较有效的在实现遗传数据变量筛选的同时提高分类预测能力,避免了变量间的交互作用,为探索各种疾病发病机制和寻找易感SNPs位点提供线索,具有一定的研究和应用价值。 展开更多
关键词 支持向量机 平均影响值 单核苷酸多态性
在线阅读 下载PDF
FTO gene polymorphisms and obesity risk in Chinese population: a meta-analysis
18
作者 Ning-Ning Zhao Guan-Ping Dong +3 位作者 Wei WU Jin-Ling Wang Rahim Ullah Jun-Fen Fu 《世界儿科杂志(英文版)》 2019年第4期382-389,共8页
Background There is tremendous increase in obesity worldwide.Many factors including diet,life style,genetic,and epigenetic changes contribute to obesity.The fat mass and obesity-associated (FTO) gene polymorphisms are... Background There is tremendous increase in obesity worldwide.Many factors including diet,life style,genetic,and epigenetic changes contribute to obesity.The fat mass and obesity-associated (FTO) gene polymorphisms are strongly associated with obesity.It has been reported that FTO single-nucleotide polymorphisms (SNPs) are associated with obesity in European populations;however,it was controversial in Chinese population.The present meta-analysis study was designed to investigate the association between FTO polymorphisms and obesity risk in Chinese population.Methods The investigators searched studies using the following databases:PubMed,web of science,and Cochrane Central Register of Controlled Trials.A random-effects model was used to calculate the pooled odds ratios (ORs).The heterogeneity among the studies was measured by I2 value.Subgroup analysis was used to find out the potential factors influencing the heterogeneity.Results A total of 18 articles including 26 studies were included in the present meta-analysis.Overall,the FTO SNPs were significantly associated with obesity in Chinese population (OR 1.30;95% CI 1.19-1.42;P < 0.001) under per-allele comparison.The subgroup analysis also showed strong association between four FTO SNPs (rs9939609,rs6499640,rs8050136,and rs 1558902) and obesity risk.Furthermore,subgroup analysis stratified by children/adolescent and adult groups showed same trend.Conclusion The present meta-analysis indicated that FTO SNPs are associated with obesity risk in both children/adolescents and adults in Chinese population. 展开更多
关键词 FTO SNPS OBESITY Chinese POPULATION
中国荷斯坦牛TLR1基因SNPs快速筛查及蛋白功能预测 预览
19
作者 吴恩芸 任稳稳 +3 位作者 李耀东 刘丽霞 曹忻 张丽 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1940-1948,共9页
为探究中国荷斯坦牛Toll样受体1(TLR1)基因与中国荷斯坦牛乳房炎抗性的关联性,以中国荷斯坦牛为试验对象,构建DNA混合池,采用PCR扩增和直接测序法对中国荷斯坦牛TLR1基因进行单核苷酸多态性(SNP)检测,从而筛选出对中国荷斯坦牛免疫方面... 为探究中国荷斯坦牛Toll样受体1(TLR1)基因与中国荷斯坦牛乳房炎抗性的关联性,以中国荷斯坦牛为试验对象,构建DNA混合池,采用PCR扩增和直接测序法对中国荷斯坦牛TLR1基因进行单核苷酸多态性(SNP)检测,从而筛选出对中国荷斯坦牛免疫方面有显著影响的SNPs位点,同时应用在线软件对中国荷斯坦牛TLR1基因编码的蛋白质进行功能预测。结果表明,中国荷斯坦牛TLR1基因编码727个氨基酸,组成了一种不稳定的水溶性蛋白,蛋白质二、三级结构均以α-螺旋为主;PCR扩增后,在扩增片段处共发现8个SNPs位点,分别为A61T-TLR1、C632A-TLR1、C1408T-TLR1、C1451T-TLR1、A1461G-TLR1、A1475C-TLR1、G1550A-TLR1、G1596A-TLR1,其中A61T-TLR1、C632A-TLR1、C1408T-TLR1、A1461G-TLR1、G1596A-TLR1属错义突变,分别由原来的赖氨酸(Lys)、苯丙氨酸(Phe)、丙氨酸(Ala)、异亮氨酸(Ile)、缬氨酸(Val)突变为甲硫氨酸(Met)、亮氨酸(Leu)、缬氨酸(Val)、缬氨酸(Val)、异亮氨酸(Ile),SNPs位点的等位基因频率在突变前后均存在差异。DNA池结合直接测序技术检测到TLR1基因8个SNPs位点,可作为中国荷斯坦牛乳房炎的遗传标记进行深入研究;蛋白质功能预测结果表明,有多种与免疫相关的因子几率较高。本研究结果为中国荷斯坦牛在分子领域的抗病育种提供了理论依据。 展开更多
关键词 中国荷斯坦牛 TLR1基因 单核苷酸多态性 蛋白质功能预测
在线阅读 免费下载
不同代谢指标与脂联素基因单核苷酸多态性的相关性
20
作者 林星光 李医华 方今女 《延边大学医学学报》 CAS 2019年第2期114-117,共4页
[目的]分析延边地区朝鲜族和汉族小学生不同代谢指标与脂联素(ADIPOQ)基因单核苷酸多态性(SNPs)的相关性.[方法]自2011年8月至2013年8月间随机抽取延边地区3所小学校的1 206名小学生(朝鲜族706名,汉族500名)作为研究对象,测量体质量指数... [目的]分析延边地区朝鲜族和汉族小学生不同代谢指标与脂联素(ADIPOQ)基因单核苷酸多态性(SNPs)的相关性.[方法]自2011年8月至2013年8月间随机抽取延边地区3所小学校的1 206名小学生(朝鲜族706名,汉族500名)作为研究对象,测量体质量指数(BMI)、腰围(WC)、收缩压(SBP)和舒张压(DBP)值;检测空腹12 h血清三酰甘油(TG)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、血糖(FBG)及胰岛素(FIns)水平;提取DNA并检测ADIPOQ基因SNP rs17846872位点的基因型.[结果]朝鲜族小学生ADIPOQ基因SNP rs17846872位点GG,GT,TT型频率分别为90.1%,9.3%,0.6%,汉族小学生分别为86.0%,14.0%,0.0%,朝鲜族和汉族小学生基因型分布频率间差异有统计学意义(P=0.011);朝鲜族小学生G和T等位基因频率分别为94.8%和5.2%,汉族小学生分别为86.0%和14.0%,朝鲜族和汉族小学生等位基因分布频率间差异有统计学意义(P<0.01).ADIPOQ基因SNP rs17846872位点不同基因型朝鲜族小学生WC,DBP和TG分布特征间存在差异(P<0.05),而汉族小学生TG和HOMA-IR分布特征间存在差异(P<0.05);ADIPOQ基因SNP rs17846872位点不同等位基因朝鲜族小学生WC分布特征间存在差异(P<0.05),而汉族小学生BMI,TG和HOMA-IR分布特征间存在差异(P<0.05).[结论]延边地区朝鲜族和汉族小学生ADIPOQ基因rs17846872位点具有SNPs,基因型和等位基因频率分布特征间存在民族差异;不同代谢指标与ADIPOQ基因SNPs的相关性有所不同,亦存在民族差异. 展开更多
关键词 ADIPOQ 单核苷酸多态性 代谢指标 相关性 民族
上一页 1 2 49 下一页 到第
使用帮助 返回顶部 意见反馈