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水稻温敏核不育系HD9802S不育基因的SSR标记定位 预览
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作者 陈喜红 温权州 +3 位作者 甘丹阳 许守桐 邓婕红 居超明 《湖北大学学报:自然科学版》 CAS 2019年第3期234-240,共7页
使用分子标记辅助选择可以获得目标性状的个体从而提高育种效率.以HD9802S/(HD9802S/R287) BC1群体为材料,利用BC1群体中随机选择的32个高度不育单株和32个高度可育单株,以及涵盖水稻12条染色体的22个SSR标记,通过连锁分析进行染色体定... 使用分子标记辅助选择可以获得目标性状的个体从而提高育种效率.以HD9802S/(HD9802S/R287) BC1群体为材料,利用BC1群体中随机选择的32个高度不育单株和32个高度可育单株,以及涵盖水稻12条染色体的22个SSR标记,通过连锁分析进行染色体定位,将温敏核不育基因(HDtms)定位于第2号染色体上;利用软件QTL Ici Mapping 3. 0进行染色体分群,HDtms被划分到第2号染色体上.在第2号染色体上覆盖筛选得到10个SSR标记,以回交群体中428个单株为材料绘制连锁图谱,图谱全长112. 21 cM,平均图距为11. 21 cM,HDtms在标记RM5897与RM12783之间.在此区间内筛选到与HDtms连锁紧密的SSR标记.其中RM12747是得到筛选率最高的分子标记,为90. 135%,且在HD9802S与R287间具有多态性.说明对温敏不育性的分子标记辅助选择可初步使用该分子标记. 展开更多
关键词 水稻 温敏核不育基因 SSR标记 标记定位
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美国花生种质资源果腐病抗性分子标记的筛选及分析
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作者 刘阳杰 何美敬 +4 位作者 崔顺立 杨鑫雷 穆国俊 Charles Y CHEN 刘立峰 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期743-751,共9页
花生(Arachis hypogaea)果腐病(pod rot)是一种由真菌引起的严重病害,直接影响花生的产量及品质。抗病育种是该病害防治最经济、有效的途径,而抗性相关分子标记的筛选和利用又是提高选择效率和加快育种进程的重要手段。本研究以引进的7... 花生(Arachis hypogaea)果腐病(pod rot)是一种由真菌引起的严重病害,直接影响花生的产量及品质。抗病育种是该病害防治最经济、有效的途径,而抗性相关分子标记的筛选和利用又是提高选择效率和加快育种进程的重要手段。本研究以引进的77份美国花生种质资源为材料,利用12对SSR标记和48对插入缺失(insertion-deletion, InDel)标记,通过Pearson相关分析和多元线性逐步回归筛选与花生果腐病抗性相关的标记,并利用构建的分离群体对相关标记进行了验证。结果表明,美国种质资源遗传多样性丰富,具有不同抗性级别的材料。利用12对SSR引物对77份美国种质资源进行扩增,共获得103条多态性条带,多态性比率在20%~100%,平均79.23%。从受害指数进行相关和多元线性回归分析,获得了4个与花生果腐病抗性显著相关的SSR标记,分别为3A8、GM1760、PM163和14H6。分离群体验证结果表明获得的4对SSR标记可用于花生果腐病抗性分子标记的深入研究。15对InDel标记在材料中具有多态性,通过果腐病抗性-标记相关性分析获得了2对InDel标记,分别是InDel-004和InDel-020。花生果腐病抗性相关分子标记的获得为分子辅助选择育种及抗病相关基因的挖掘提供了重要参考。 展开更多
关键词 花生 果腐病 SSR标记 INDEL标记
紫苏SSR标记筛选及遗传关系分析
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作者 温贺 王仙萍 +4 位作者 杨森 徐静 商志伟 王涛 沈奇 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期2285-2290,共6页
为开发适宜于紫苏的SSR标记,对紫苏遗传多样性及种群划分进行研究,本研究采用已报道的紫苏及近源种中的66对SSR引物对不同来源的42份紫苏材料进行扩增。结果表明:15对引物在42份材料中具有多态性,共扩增获得54个条带,平均每对引物扩增条... 为开发适宜于紫苏的SSR标记,对紫苏遗传多样性及种群划分进行研究,本研究采用已报道的紫苏及近源种中的66对SSR引物对不同来源的42份紫苏材料进行扩增。结果表明:15对引物在42份材料中具有多态性,共扩增获得54个条带,平均每对引物扩增条带3.6个,51个条带具有多态性,占扩增总条带的94.4%。使用UPGMA方法进行聚类分析,在SM=0.67处,供试紫苏分为2个主要聚类群。类群Ⅰ为紫苏原变种(Perilla frutescens var. frutescents),类群Ⅱ为回回苏变种(Perilla frutescens var. crispa),类群Ⅰ又可进一步划分为5个亚类群,各亚类群间表型具有一定的特征差异。本研究可为紫苏种质亲缘关系及资源鉴定研究提供参考依据。 展开更多
关键词 紫苏 SSR标记 标记筛选 遗传多样性
利用SSR和SRAP标记分析油菜骨干亲本的遗传多样性 预览
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作者 臧珊 张云霄 +1 位作者 郭媛 胡胜武 《西北农林科技大学学报:自然科学版》 CSCD 北大核心 2019年第5期7-14,共8页
【目的】分析甘蓝型油菜骨干亲本的遗传多样性,揭示参试材料的遗传差异。【方法】利用筛选到的8对SSR引物和12对SRAP引物,对30份甘蓝型油菜骨干亲本材料及1份芥菜型油菜和1份白菜型油菜材料进行遗传多样性分析,结合聚类分析、主成分分... 【目的】分析甘蓝型油菜骨干亲本的遗传多样性,揭示参试材料的遗传差异。【方法】利用筛选到的8对SSR引物和12对SRAP引物,对30份甘蓝型油菜骨干亲本材料及1份芥菜型油菜和1份白菜型油菜材料进行遗传多样性分析,结合聚类分析、主成分分析、群体结构分析以及分子方差分析揭示参试材料之间的遗传多样性。【结果】在参试材料中,8对SSR引物共扩增出49条多态性条带,多态性比率为96.08%,平均每对引物扩增6.1条,平均多态性信息含量(PIC)为0.43,遗传距离均值0.34;12对SRAP引物共扩增出77条多态性条带,多态性比率为98.72%,平均每对引物扩增6.4条,PIC为0.59,遗传距离均值0.46。UPGMA聚类分析表明,在遗传相似系数0.65处,大部分参试材料被分为两大类,第Ⅰ类包括19份材料,其中14份为恢复系,5份为保持系;第Ⅱ类包括9份材料,均为保持系。主成分分析、群体结构分析的结果与聚类分析结果基本一致。分子方差分析结果显示,参试甘蓝型油菜群体内变异系数为95.46%,群体间变异系数仅为4.54%。保持系与恢复系材料间差异为2.03%。【结论】参试甘蓝型油菜骨干亲本间存在一定的遗传差异,恢复系和保持系群体内部遗传变异大于群体间的遗传变异。 展开更多
关键词 油菜 骨干亲本 遗传多样性 SSR标记 SRAP标记
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黑龙江省建三江地区主栽粳稻DNA指纹图谱构建研究 预览
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作者 陈羽红 李志江 张东杰 《黑龙江八一农垦大学学报》 2019年第1期14-20,共7页
利用农业行业标准(NY/T1433-2007)推荐的12对引物,采用简单重复系列(Simple Sequence Repeats,SSR)标记和毛细管电泳方法,对黑龙江省建三江地区的12个主栽粳稻品种进行检测,构建DNA指纹图谱和品种的分子身份证。12对引物在12份品种中共... 利用农业行业标准(NY/T1433-2007)推荐的12对引物,采用简单重复系列(Simple Sequence Repeats,SSR)标记和毛细管电泳方法,对黑龙江省建三江地区的12个主栽粳稻品种进行检测,构建DNA指纹图谱和品种的分子身份证。12对引物在12份品种中共检测到30个等位基因,每对引物检测到的等位基因数平均值为2.5个。根据引物在水稻品种中的扩增和毛细管电泳测定的结果,采用0/1矩阵构建由30位数字组成的DNA指纹图谱。分子身份证包括品种本身信息及SSR指纹信息,通过软件生成水稻品种身份证条形码和二维码,为水稻品种的鉴定及溯源管理提供技术支撑。 展开更多
关键词 粳稻 SSR标记 分子身份证 指纹图谱
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基于SSR标记的柱花草种质资源遗传多样性与群体结构分析 预览
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作者 卞华 申晴 +3 位作者 韦海燕 蒋亚君 丁西朋 白昌军 《草业科学》 CAS CSCD 2019年第3期729-743,共15页
种质资源遗传多样性和群体结构分析为复杂性状关联分析提供基础。本研究通过SSR分子标记技术,对68份柱花草(Stylosanthes spp.)种质资源的遗传多样性与群体结构进行分析。结果表明,30个多态性SSR标记在68份柱花草种质中共检测到146个等... 种质资源遗传多样性和群体结构分析为复杂性状关联分析提供基础。本研究通过SSR分子标记技术,对68份柱花草(Stylosanthes spp.)种质资源的遗传多样性与群体结构进行分析。结果表明,30个多态性SSR标记在68份柱花草种质中共检测到146个等位基因,平均为4.867个,每个SSR标记的Shannon信息指数(I)和多态性信息含量(PIC)分别为0.676~1.690和0.363~0.764,平均为1.195和0.577。根据SSR标记数据进行遗传多样性分析,可将68份柱花草种质资源分为6类,群体结构分析中在ΔK达到最大时,K=6,因此将68份柱花草材料划分为6个群体,与遗传多样性分析结果基本一致。本研究将为柱花草遗传背景研究、种质资源评价和优良种质筛选提供依据。 展开更多
关键词 柱花草 种质资源 SSR标记 遗传多样性 群体结构
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分子标记技术在宜机收玉米品种选育中应用策略
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作者 王瑞英 杨美丽 +4 位作者 王静 王志红 郭华 秦贵文 王帮太 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期917-922,共6页
推广玉米全程机械化操作,关键在于由机械收穗向机械收粒转型,是节约成本、增加效益的有效手段。选育宜机收品种主要应从抗倒性强、成熟期一致、穗位整齐、籽粒成熟后脱水速率快、苞叶宜脱离等性状进行入手。本研究从宜机收品种特征特性... 推广玉米全程机械化操作,关键在于由机械收穗向机械收粒转型,是节约成本、增加效益的有效手段。选育宜机收品种主要应从抗倒性强、成熟期一致、穗位整齐、籽粒成熟后脱水速率快、苞叶宜脱离等性状进行入手。本研究从宜机收品种特征特性分析,收集整理分子标记技术在相关性状方面研究成果,提出分子标记检测在宜机收品种选育中起到的作用。针对宜机收品种特征相关性状研究规律,提出了分子标记检测在玉米宜机收品种改良选育方向。研究结果为快速进行玉米宜机收品种选育提供综合的参考依据。 展开更多
关键词 玉米 宜机收 QTL SSR标记
基于SSR标记的80份烟草种质指纹图谱的构建及遗传多样性分析
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作者 陈芳 徐世晓 +5 位作者 李晓辉 刘超 周建飞 王袁 田培 杨铁钊 《作物杂志》 CAS 北大核心 2019年第1期22-31,共10页
利用均匀分布于烟草24个连锁群上的48个SSR标记对80份烟草材料进行分析。结果显示,48个SSR标记共扩增出211个等位基因,平均每个标记4.396个,Shannon′s信息指数I为1.034,多态信息含量值为0.229~0.905,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和... 利用均匀分布于烟草24个连锁群上的48个SSR标记对80份烟草材料进行分析。结果显示,48个SSR标记共扩增出211个等位基因,平均每个标记4.396个,Shannon′s信息指数I为1.034,多态信息含量值为0.229~0.905,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和Nei′s多样性指数(H)平均值分别为0.320、0.572、0.431。聚类结果表明,在遗传距离为0.68时可以将80份烟草种质分为2个类群。5个烟草居群间的遗传一致度在0.643~0.765范围内,遗传距离分布在0.268~0.442。筛选4对核心引物构建了不同烟草种质资源的数字指纹图谱,可将这80份烟草种质资源全部区分开。本研究在分子水平上为筛选优质烟草种质资源、挖掘重要基因以及拓宽烟草育种遗传基础等工作提供科学依据。 展开更多
关键词 烟草 SSR标记 指纹图谱 遗传多样性 种质资源
基于NY/T 1433—2014推荐SSR标记检测不同世代恢复系配制杂交种的纯度研究
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作者 王慧 张从合 +7 位作者 陈金节 黄艳玲 申广勒 严志 王林 周桂香 张云虎 庞战士 《杂交水稻》 CSCD 北大核心 2019年第2期59-62,共4页
采用田间性状稳定的不同世代恢复系YR179(F8、F9和F10代)、YR092(F8和F9代)和YR018(F8和F9代)及其与稳定不育系03S配制的杂交种为材料,利用《水稻品种鉴定技术规程SSR标记法》(NY/T 1433—2014)中推荐的48对SSR引物检测各世代恢复系的... 采用田间性状稳定的不同世代恢复系YR179(F8、F9和F10代)、YR092(F8和F9代)和YR018(F8和F9代)及其与稳定不育系03S配制的杂交种为材料,利用《水稻品种鉴定技术规程SSR标记法》(NY/T 1433—2014)中推荐的48对SSR引物检测各世代恢复系的纯合位点数,通过室内分子鉴定与田间植株性状鉴定的一一对应检测,研究不同世代恢复系所配杂交种种子室内分子鉴定纯度结果与田间种植鉴定纯度结果的吻合度,并对各杂株类型进行一一对应分析。结果表明,当YR179、YR092和YR018分别选育至F10、F9和F9代时,全部48个位点均已完全纯合,此时,其对应杂交种室内分子鉴定纯度与田间种植鉴定纯度吻合率分别为99.4%、99.4%和100%,且各杂株类型的室内与田间鉴定结果也基本一致。说明当恢复系完全纯合时,可用室内SSR分子标记鉴定替代田间种植鉴定来鉴定其杂交种的纯度。 展开更多
关键词 杂交水稻 恢复系 SSR标记 纯度 鉴定
楸树SSR标记在滇楸中的可转移性与应用 预览
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作者 彭婵 陈慧玲 +2 位作者 张新叶 樊孝萍 麻文俊 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期50-55,共6页
利用开发的13对楸树SSR引物,对其在近缘物种滇楸中的可转移性与应用进行研究。将13对楸树SSR引物对75份滇楸无性系进行PCR扩增,所使用的引物对滇楸的扩增成功率与引物多态性比例均为100%,表明楸树SSR标记对近缘种滇楸具有较高的可转移... 利用开发的13对楸树SSR引物,对其在近缘物种滇楸中的可转移性与应用进行研究。将13对楸树SSR引物对75份滇楸无性系进行PCR扩增,所使用的引物对滇楸的扩增成功率与引物多态性比例均为100%,表明楸树SSR标记对近缘种滇楸具有较高的可转移性和多态性。共检测到76个多态位点,平均有效等位基因数(N e)为2.364 4个,平均期望杂合度(H e)为0.550 2,Nei’s基因多样性指数(H)为0.013 2~0.833 5,平均值0.446 8,结果显示滇楸无性系中遗传差异处于中间水平,各无性系之间亲缘关系较近。UPGMA聚类将75个无性系划分为5个类群,类群中地域性聚集不明显、亚群地域性聚集较明显。 展开更多
关键词 滇楸 SSR标记 可转移性 遗传多样性
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甘蓝型双低油菜杂交种丰油10号纯度的SSR鉴定
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作者 何俊平 张书芬 +7 位作者 王建平 蔡东芳 曹金华 文雁成 胡坤 赵磊 王东国 朱家成 《作物杂志》 CAS 北大核心 2019年第1期75-80,共6页
品种纯度影响品种的一致性和稳定性,是品种鉴定的一项重要指标。为建立甘蓝型油菜杂交种丰油10号的SSR标记纯度鉴定方法,以丰油10号及其亲本为材料,利用SSR荧光标记与毛细管电泳相结合的方法,在128对SSR引物中筛选出2对可用于丰油10号... 品种纯度影响品种的一致性和稳定性,是品种鉴定的一项重要指标。为建立甘蓝型油菜杂交种丰油10号的SSR标记纯度鉴定方法,以丰油10号及其亲本为材料,利用SSR荧光标记与毛细管电泳相结合的方法,在128对SSR引物中筛选出2对可用于丰油10号纯度鉴定的引物。2对SSR引物对丰油10号的纯度鉴定结果为85.64%,与田间表型纯度鉴定的结果 87.18%相比,纯度值非常接近,说明筛选的SSR标记可用于丰油10号杂交种纯度鉴定。 展开更多
关键词 杂交种 纯度鉴定 SSR标记 丰油10号 甘蓝型油菜
基于转录组测序的葛根SSR标记研究与利用 预览
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作者 肖亮 尚小红 +3 位作者 曹升 谢向誉 曾文丹 严华兵 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期59-67,共9页
该研究以‘桂粉葛1号’为材料,通过转录组测序的方法测得8.9Gb clean reads,组装成137629个转录本,最终得到83811个Unigene序列。进化树分析表明,葛根和苜蓿、花生聚为一支。用MISA软件在83811个序列中检测到25452个简单重复序列(SSR)位... 该研究以‘桂粉葛1号’为材料,通过转录组测序的方法测得8.9Gb clean reads,组装成137629个转录本,最终得到83811个Unigene序列。进化树分析表明,葛根和苜蓿、花生聚为一支。用MISA软件在83811个序列中检测到25452个简单重复序列(SSR)位点,三核苷酸重复的SSR数量最多,其次是二核苷酸重复。三核苷酸重复中,(AAG)n是最普遍的重复单元(27.87%)。共设计了229对SSR引物,其中28对引物可以产生清晰的条带和丰富的多态性,被用于检测44份葛根资源的遗传多样性。在44个葛根资源的基因组DNA中共扩增出90个片段,其中89个条带有多态性,平均等位基因数为3.1786。多态性信息量范围为0.0830~0.7742(平均数为0.4557)。聚类分析显示遗传相似性系数范围为0.2667~1.0000。这些结果提示所检测的葛根资源在DNA分子水平存在着丰富的遗传多样性。当阈值为0.58时,44个资源可以划分为2个类群,且44份资源的类群划分与地理来源之间没有直接关系,但这些标记将是葛根遗传多样性研究可用的基因组资源。 展开更多
关键词 SSR标记 资源收集 遗传多样性
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基于SSR标记的高原粳稻品种遗传多样性分析
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作者 陈于敏 世荣 +6 位作者 刘吉新 陈远伟 陈玲 张其钢 郑晔 刘慰华 赵国珍 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期4102-4111,共10页
利用中国农业行业标准(NY/T 1433-2014)推荐的48对SSR引物,对81个高原常规粳稻推广品种进行遗传多样性分析。结果表明:37对SSR引物在81个品种间具有多态性,共检测到139个等位基因(分子量变异范围为89~288 bp),每对引物检测到的等位基因... 利用中国农业行业标准(NY/T 1433-2014)推荐的48对SSR引物,对81个高原常规粳稻推广品种进行遗传多样性分析。结果表明:37对SSR引物在81个品种间具有多态性,共检测到139个等位基因(分子量变异范围为89~288 bp),每对引物检测到的等位基因数(Na)为2~10个,平均3.76个。Nei基因多样性指数(He)为0.025~0.769,平均为0.438。SSR多态信息量(PIC)分布范围为0.024~0.727,平均为0.416。遗传相似系数变幅为0.42~1.0,平均为0.65。2007-2016年育成的品种遗传多样性低于2007年前育成的品种,两个时期育成的品种有15个SSR位点的等位基因存在差异。聚类分析表明,遗传相似系数为0.62时,81个品种划分为4个类群,其中第Ⅰ类、第Ⅱ类和第Ⅲ类分别包括4个、5个和12个品种,第Ⅳ类包括60个品种,占供试品种数的74.1%。表明大多数品种间遗传距离近,遗传基础较窄。在今后的水稻育种中,应加强有利基因发掘、引进和创新利用,以拓宽高原粳稻的遗传基础。 展开更多
关键词 SSR标记 高原粳稻 推广品种 遗传多样性
南酸枣转录组SSR序列特征分析及其分子标记开发 预览
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作者 谷振军 杨春霞 +2 位作者 丁伟 李康琴 黄宝祥 《南方林业科学》 2019年第3期12-15,共4页
为了开发南酸枣植物的微卫星分子标记,本研究基于Illumina-HiSeq2000测序平台对南酸枣叶片和果实的转录组进行高通量测序。利用MISA软件对获得的转录组数据库进行搜索与分析,共鉴别出15168个SSR位点,SSR位点的发生频率为25.52%,平均分... 为了开发南酸枣植物的微卫星分子标记,本研究基于Illumina-HiSeq2000测序平台对南酸枣叶片和果实的转录组进行高通量测序。利用MISA软件对获得的转录组数据库进行搜索与分析,共鉴别出15168个SSR位点,SSR位点的发生频率为25.52%,平均分布距离3.98kb,以单核苷酸重复类型相对比例最高,占总数的62.32%,二核苷酸重复类型和三核苷酸重复类型分别占18.74%和17.47%。利用GenScript在线软件设计出150对SSR引物,以不同来源南酸枣4个无性系DNA样品对150对SSR引物进行扩增效率检验,发现有115对引物可扩增出清晰条带,其中25对引物具有多态性。本研究结果表明,利用高通量测序技术开发南酸枣SSR分子标记是一种简单而高效的途径,可为南酸枣的居群遗传多样性、遗传结构以及种质资源鉴定研究奠定基础。 展开更多
关键词 南酸枣 转录组 高通量测序 SSR标记
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玉米抗南方锈病基因的QTL定位
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作者 陈文娟 路璐 +5 位作者 李万昌 张小杰 孙素丽 朱振东 王晓鸣 段灿星 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期521-529,共9页
为发掘新的抗南方锈病基因资源,本研究以感病自交系黄早四为母本、抗病自交系W456为父本,构建F2群体并开展抗病基因定位研究。采用人工接种鉴定的方法对两个亲本、F1、F2群体及对照材料进行表型鉴定和遗传分析。利用均匀覆盖10条染色体... 为发掘新的抗南方锈病基因资源,本研究以感病自交系黄早四为母本、抗病自交系W456为父本,构建F2群体并开展抗病基因定位研究。采用人工接种鉴定的方法对两个亲本、F1、F2群体及对照材料进行表型鉴定和遗传分析。利用均匀覆盖10条染色体的200个SSR标记,分析240个F2单株的基因型并构建含有200个SSR位点的遗传连锁图,连锁图总长度3331 cM,标记间平均距离16.6 cM。使用QTL IciMapping V4.1软件中的完备区间作图法对抗病QTL进行分析,共检测到6个控制南方锈病的QTL:qSCR3、qSCR7、qSCR8-1、qSCR8-2、qSCR9和qSCR10,邻近标记分别为umc2105和umc1729、umc1066和bnlg2271、umc1904和umc1984、umc1984和bnlg1651、umc1957和bnlg1401、umc2034和umc1291,分别位于3、7、8、9和10号染色体上,其中8号染色体上有两个位点,标记区间长度在5~19 cM之间。单个QTL的表型贡献率在2.61%~24.19%之间,可以解释表型总变异的62.3%,其中3个QTL贡献率大于10%,位于10号染色体上的qSCR10贡献率最大,可解释表型变异的24.19%。通过对目标区间标记加密,将该位点的定位区间进一步缩小到2.51 cM内,与两侧标记的距离分别是2.15 cM和0.36 cM。初步定位得到10号染色体上存在抗南方锈病的主效QTL,可为抗病品种的培育提供参考。 展开更多
关键词 玉米 南方锈病 抗性 SSR标记 QTL定位
谷子SSR标记与光周期敏感性的关联分析 预览
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作者 贾小平 张博 +3 位作者 李剑峰 袁玺垒 陆平 戴凌峰 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期89-96,共8页
对光周期敏感是导致谷子生态适应性狭窄、生产上缺少跨区大品种的重要原因,鉴定谷子光周期敏感性相关联QTL位点是进一步揭示敏感形成遗传机制的基础。首先在长日照地区(河南省洛阳市)和短日照地区(海南省乐东县)对45份谷子品种进行抽穗... 对光周期敏感是导致谷子生态适应性狭窄、生产上缺少跨区大品种的重要原因,鉴定谷子光周期敏感性相关联QTL位点是进一步揭示敏感形成遗传机制的基础。首先在长日照地区(河南省洛阳市)和短日照地区(海南省乐东县)对45份谷子品种进行抽穗期表型性状调查,并根据两地的抽穗期差异计算出光周期敏感值,最后进行SSR标记与光周期敏感性的关联分析。结果表明,40个SSR标记在45个谷子品种中共检测到150个等位基因,平均每个引物有3. 75个等位基因,其中引物b200和b124的等位基因数目最多,均为6个。利用SSR标记对45份谷子材料进行群体遗传结构分析得到最佳K值为3,即将其划分为3个亚群:其中第1亚群有5个品种,第2亚群有16个品种,第3亚群有21个品种,而剩下的3个品种则不能划分到任何一组,成为混合群。连锁不平衡分析表明,40个SSR标记间不存在明显的连锁不平衡结构。SSR标记与光周期敏感性的关联分析检测到b200(SSR8)和b127(SSR35) 2个位点与光周期敏感性关联(P <0. 05)。 展开更多
关键词 谷子 光周期敏感性 SSR标记 关联分析
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利用SSR标记和SNP芯片对小麦EMS突变体进行真实性鉴定 预览
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作者 耿皆飞 王娜 +5 位作者 蒋宏宝 刘录祥 许喜堂 魏红升 王成社 谢彦周 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期1-6,共6页
为鉴定EMS突变的真实性,本研究利用SSR标记和90 K SNP芯片对小麦品系H261及其EMS突变体进行检测。SSR检测结果表明,H261与LF2010和LF2099的差异SSR标记为0个,但与LF2100的差异SSR标记为10个,多态性比例为47.62%。SNP芯片分析结果表明,H... 为鉴定EMS突变的真实性,本研究利用SSR标记和90 K SNP芯片对小麦品系H261及其EMS突变体进行检测。SSR检测结果表明,H261与LF2010和LF2099的差异SSR标记为0个,但与LF2100的差异SSR标记为10个,多态性比例为47.62%。SNP芯片分析结果表明,H261与LF2010和LF2099之间的差异位点分别为66和12个,分别占总数的0.080 9%和0.014 7%,2个突变体与H261的纯合差异SNP数目均为0;而H261与LF2100之间的差异位点为2 846个,占总数的3.487 9%,二者之间纯合差异SNP为784,占总数的0.960 8%。综上所述,LF2010和LF2099突变体与亲本H261的遗传背景高度一致,是H261经过EMS诱变的后代,而LF2100是天然异交或机械混杂产生的假突变体。本研究结果为更好地发挥小麦突变体在遗传改良和功能基因组研究奠定了一定的理论基础。 展开更多
关键词 普通小麦 90K基因芯片 SSR标记 突变体 真实性鉴定
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基于基因组重测序数据高效筛选梨SSR标记多态性引物 预览
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作者 蒋爽 骆军 +1 位作者 王晓庆 施春晖 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期129-136,共8页
【目的】基于重测序数据开发一种快速筛选样品间SSR标记多态性的方法。【方法】通过基因组重测序技术对2个砂梨品种’早生新水’和’秋水’、1个西洋梨栽培品种’早红考密斯’以及3个梨属野生种豆梨、川梨和杜梨进行重测序,对已报道的44... 【目的】基于重测序数据开发一种快速筛选样品间SSR标记多态性的方法。【方法】通过基因组重测序技术对2个砂梨品种’早生新水’和’秋水’、1个西洋梨栽培品种’早红考密斯’以及3个梨属野生种豆梨、川梨和杜梨进行重测序,对已报道的446对梨SSR引物和新开发16对引物进行多态性测试,使用Magicblast匹配测序产生的Reads到上述SSR位点序列,获得SSR两侧保守序列之间的长度,筛选出多态性的引物。使用荧光PCR对部分筛选出的多态性引物进行验证。【结果】单个SSR位点在不同样品间获得匹配的平均Reads数能够超过16条,每个样品均获得了220个以上位点的信息,380对引物在不同样品间能够获得多态性的片段。精确分析了梨LG3早熟候选区域29个SSR位点在’早生新水’和’秋水’中的扩增情况,共鉴定出9个多态性表现好的位点。荧光PCR验证结果显示,通过预备筛选的引物表现出良好的多态性。【结论】本研究的方法一次能够筛选多对SSR引物,在常规PCR前可以预先获得不同引物的多态性信息,从而提高引物筛选效率。本方法不仅能应用于梨重测序数据快速筛选SSR引物,对其他动植物上的类似研究同样适用。 展开更多
关键词 重测序 SSR标记 多态性
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黄瓜心皮数基因CsCLAVATA3近等基因系的构建及遗传评价 预览
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作者 张亚楠 李森 +4 位作者 崔虎亮 侯非凡 赵宇 邢国明 亢秀萍 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期66-73,共8页
以综合性状优良的3心皮栽培黄瓜(Cucumis sativus L.,2n=14)‘津春4号’(JC4)和‘长春密刺’(CCMC)为受体亲本,以5心皮基因黄瓜‘True Lemon’(TL)为供体亲本,通过多代回交和自交,结合SSR标记辅助选择构建了以JC4和CCMC为遗传背景的黄... 以综合性状优良的3心皮栽培黄瓜(Cucumis sativus L.,2n=14)‘津春4号’(JC4)和‘长春密刺’(CCMC)为受体亲本,以5心皮基因黄瓜‘True Lemon’(TL)为供体亲本,通过多代回交和自交,结合SSR标记辅助选择构建了以JC4和CCMC为遗传背景的黄瓜心皮数基因CsCLAVATA3回交渗入系,并对中选单株及每条染色体的遗传背景恢复率进行评价。结果表明:在轮回亲本JC4的BC1、BC2、BC3回交群体中,平均遗传背景恢复率分别为73.9%、89.8%、98.8%;在轮回亲本CCMC的BC1、BC2、BC3回交群体中,平均遗传背景恢复率分别为71.1%、88.3%、98.1%,由此可见,JT(JC4×TL)群体比CT(CCMC×TL)群体的背景恢复率相对较高,通过回交世代的增加,后代恢复为轮回亲本的比率也显著增加,并且都高于理论值,说明采用分子标记辅助选择策略在黄瓜多心皮品种筛选中十分有效。该研究已完成了构建黄瓜心皮数基因回交渗入系的前期大部分工作,这为后期渗入系的纯化奠定了坚实基础。 展开更多
关键词 黄瓜 SSR标记 遗传背景恢复率 遗传评价
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基于RNA-Seq SSR标记的沙棘种质遗传多样性和群体结构分析
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作者 李贺 阮成江 +3 位作者 王莉 李景滨 郭海 田兴军 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期1567-1574,共8页
沙棘是中国重要的生态经济植物,遗传多样性分析对于其种质资源的评价与保存十分重要。现以80个沙棘品种/品系为试材,利用17对多态性的RNA-Seq SSR引物,研究其遗传多样性和群体遗传结构。17对SSR引物共扩增出50条谱带,其中多态性谱带41条... 沙棘是中国重要的生态经济植物,遗传多样性分析对于其种质资源的评价与保存十分重要。现以80个沙棘品种/品系为试材,利用17对多态性的RNA-Seq SSR引物,研究其遗传多样性和群体遗传结构。17对SSR引物共扩增出50条谱带,其中多态性谱带41条,每个位点条带数在2~5之间;多样性指数(PIC)介于0.150 7~0.588 6,平均0.271 0。利用PowerMarker 3.25和UPGMA方法进行聚类分析。结果显示,供试材料可分为两大类群,蒙古沙棘(ssp. mongolica)和杂交品种/品系聚为一个类群,中国沙棘(ssp. sinensis)构成另外一个类群。群体遗传结构分析中所有种质也被分成两个类群,杂交品种/品系介于中国沙棘和蒙古沙棘之间,与中国沙棘聚为一个类群。这些结果表明,沙棘的遗传多样性与它们的来源和遗传背景相符,可为沙棘种质资源保存和分子标记辅助育种提供理论依据。 展开更多
关键词 沙棘 SSR标记 遗传多样性 群体结构
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