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西南地区HPV-6和HPV-11E6/E7基因多态性分析 预览
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作者 万秋伶 丁显平 +1 位作者 高鹏 方莅媛 《成都医学院学报》 CAS 2019年第2期153-157,共5页
目的研究西南地区人乳头瘤病毒6型(HPV-6)和11型(HPV-11)E6/E7基因多态性,为低危型HPV的防治提供分子水平。方法对HPV-6和HPV-11阳性标本扩增其目的基因,测序并对比Genenbank参考序列,对变异初步分析;PAML4.8软件作用于E6/E7基因的选择... 目的研究西南地区人乳头瘤病毒6型(HPV-6)和11型(HPV-11)E6/E7基因多态性,为低危型HPV的防治提供分子水平。方法对HPV-6和HPV-11阳性标本扩增其目的基因,测序并对比Genenbank参考序列,对变异初步分析;PAML4.8软件作用于E6/E7基因的选择压力。结果HPV-6E6/E7基因共12个突变位点,其中有3个是首次发现的突变位点,5/12为非同义突变;HPV-11E6/E7中,共计5个单核苷酸突变,具有2/5非同义和3/5同义突变。选择压力结果显示,只有HPV-6E7基因有3个正向选择位点,分别是4R^**,34E^**和52F^**。结论HPV-6E6和E7序列在分析的群组中高度保守,表示HPV-6在进化的过程中,形成了有利于生存的分离株。HPV-11突变未发现正向选择位点,表明选择的变异对HPV-11来说适应环境较困难。 展开更多
关键词 人乳头瘤病毒6型 人乳头瘤病毒11型 基因多态性 低危型 选择压力
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苹果NBS-encoding基因对斑点落叶病菌侵染的表达响应 预览
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作者 童月霞 胡晓璇 +1 位作者 程宗明 仲岩 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期253-260,共8页
[目的]本文旨在分析苹果差异表达NBS-encoding基因的特征,挖掘在苹果斑点落叶病菌侵染过程中的潜在响应基因。[方法]通过苹果斑点落叶病菌侵染‘红星’后的RNA-seq数据筛选出差异表达的NBS-encoding基因,并利用ProtParam、Pfam、SMART... [目的]本文旨在分析苹果差异表达NBS-encoding基因的特征,挖掘在苹果斑点落叶病菌侵染过程中的潜在响应基因。[方法]通过苹果斑点落叶病菌侵染‘红星’后的RNA-seq数据筛选出差异表达的NBS-encoding基因,并利用ProtParam、Pfam、SMART等网站分析了其理化性质;利用Rstudio软件构建表达热图并分析其表达模式;利用FastTree2软件构建苹果NBS-encoding基因家族的系统进化树,并利用MEGA6.0软件计算差异表达的NBS-encoding基因所在系统进化支的Ka/Ks值,研究NBS-encoding基因在进化过程中受到的选择压力;利用Cytoscape3.0软件构建共表达网络图,分析NBS-encoding基因之间的关联性。[结果]共筛选得到了19个差异表达NBS-encoding基因。表达模式分析表明,有3个基因(登录号为MDP0000259862、MDP0000304378和MDP0000292810)可能在响应苹果斑点落叶病的过程中起了关键作用。19个差异表达基因分布在系统进化树的15个进化支中,其中进化支10、12、14、15的平均Ka/Ks值均大于1,说明这些进化支中的基因受到正选择压力的作用,尤其是登录号为MDP0000210357、MDP0000751628、MDP0000147704和MDP0000372663的基因;而其余15个NBS-encoding基因的平均Ka/Ks值均小于1,说明它们受到纯化选择的作用。此外,有16个基因处于同一个共表达网络中,登录号为MDP0000210357、MDP0000240537和MDP0000291205的基因扮演着重要的角色。[结论]19个苹果NBS-encoding基因参与苹果斑点落叶病菌侵染后的响应过程,其中登录号为MDP0000259862、MDP0000304378、MDP0000292810、MDP0000210357、MDP0000240537和MDP0000291205的基因可作为候选基因进行苹果抗病品种选育。 展开更多
关键词 苹果斑点落叶病 NBS-encoding基因 表达模式 选择压力 共表达网络
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柯萨奇病毒A组2型分离毒株序列及遗传进化分析 预览
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作者 姚学君 张雪峰 +3 位作者 姜仁杰 管书慧 刘秀兰 沈进进 《江苏预防医学》 CAS 2019年第2期153-155,共3页
目的研究柯萨奇病毒A组2型(CVA2)分离株基因特征和遗传进化规律。方法利用分子信息学软件对GenBank核苷酸数据库收录CVA2分离株进行全长VP1区基因序列分析,构建系统进化树,测算分离毒株核苷酸和氨基酸同源性,计算核苷酸分子进化速率。采... 目的研究柯萨奇病毒A组2型(CVA2)分离株基因特征和遗传进化规律。方法利用分子信息学软件对GenBank核苷酸数据库收录CVA2分离株进行全长VP1区基因序列分析,构建系统进化树,测算分离毒株核苷酸和氨基酸同源性,计算核苷酸分子进化速率。采用Datamonkey在线软件预测正向选择位点,用Bioedit软件计算氨基酸置换熵值。结果共纳入CVA2分离株108株,主要为基因型D分离株;与原型株Fleetwood相比,各基因型分离株核苷酸和氨基酸同源性为79.3%~83.0%和94.6%~97.3%;基因型D分离株核苷酸进化速率为4×10^-3位点/年;选用SLAC模型发现1个正向选择位点,氨基酸置换熵值分析合计6个熵值大于0.6的位点。结论CVA2分离株VP1区未出现明显的基因变异,与原型株亲缘性关系较远,需加强对CVA2分离毒株的实验室和分子流行特征监测。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒A组2型 遗传进化 选择压力 氨基酸置换熵值
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北热带石灰岩地区5种常见鸟类的巢特征和巢材组成 预览
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作者 谢乔 余丽江 +1 位作者 陆舟 蒋爱伍 《野生动物学报》 北大核心 2019年第1期98-102,共5页
2017年4~6月根据系统搜寻法和对亲鸟衔草叼虫等行为的观察,在弄岗搜寻鸟巢。幼鸟离巢后,将巢取回。对取回的黑枕王鹟(n=8)、黄腹山鹪莺(n=4)、长尾缝叶莺(n=5)、黄腹花蜜鸟(n=4)和凤头鹀(n=5)共计26巢的结构特征和巢材组分进行分析,发现... 2017年4~6月根据系统搜寻法和对亲鸟衔草叼虫等行为的观察,在弄岗搜寻鸟巢。幼鸟离巢后,将巢取回。对取回的黑枕王鹟(n=8)、黄腹山鹪莺(n=4)、长尾缝叶莺(n=5)、黄腹花蜜鸟(n=4)和凤头鹀(n=5)共计26巢的结构特征和巢材组分进行分析,发现:凤头鹀巢内外直径和巢杯容积均极显著大于另外4种(P<0.01)。另4种中,黑枕王鹟体型稍大,但巢大小无明显差异。体型越大的鸟筑的巢越大,但巢类型和巢材属性也会影响巢大小。巢材选择是筑巢中的重要环节,鸟类根据利弊权衡和所处环境调整巢材种类,在弄岗,雨水是鸟类利用巢材的主要选择压力。 展开更多
关键词 鸟类 筑巢 巢材 繁殖投入 选择压力
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大麦黄条点花叶病毒的分布及其分离物的遗传多样性 预览 被引量:1
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作者 杨菲 张爱红 +4 位作者 孟凡思 霍良占 李希望 邸垫平 苗洪芹 《中国农业科学》 CSCD 北大核心 2018年第2期279-289,共11页
【目的】明确大麦黄条点花叶病毒(Barley yellow striate mosaic virus,BYSMV)在中国北方小麦主产区的分布及其种群遗传多样性,为病害流行预警和防控提供理论依据。【方法】2008—2016年,在河北、山东、江苏、安徽、河南、陕西和山西... 【目的】明确大麦黄条点花叶病毒(Barley yellow striate mosaic virus,BYSMV)在中国北方小麦主产区的分布及其种群遗传多样性,为病害流行预警和防控提供理论依据。【方法】2008—2016年,在河北、山东、江苏、安徽、河南、陕西和山西等7个省66个县/市/区田间,采集了864份疑似病毒病症状的植物样品。提取样品总RNA,利用一步法三重RT-PCR技术检测样品中的BYSMV、水稻黑条矮缩病毒(Rice black-streaked dwarf virus,RBSDV)和北方禾谷花叶病毒(Northern cereal mosaic virus,NCMV)。利用RT-PCR扩增获得BYSMV的L和N基因片段,克隆并测定核苷酸序列,应用MEGA、Dna SP和PAML等软件分析BYSMV分离物的系统进化和遗传多样性特征。【结果】从48个县/市/区采集的336份样品中检测到BYSMV,检出率为38.89%,该病毒主要分布于陕西、河北、山西和山东,另外,河南及安徽北部亦有分布,江苏徐州和邳州仅局部发生。基于BYSMV的L、N基因序列构建的系统发育树均可将分离物划分为2个亚组,亚组I中的分离物其来源涉及全部7个省份,而亚组II中的分离物仅来自陕西和山西2个省,基于L基因序列系统发育分析表明亚组II分离物与伊朗的分离物亲缘关系较近,BYSMV的遗传分化与分离物的地理来源相关,而与寄主植物、发生时间无明显相关性。运用RDP程序包的7个软件进行基因重组分析显示没有支持重组的证据。选择压力分析显示,亚组内和亚组间的ω(d N/d S)值(0.02—0.19)远小于1,表明群体正承受净化选择。L和N基因的单倍型多样性(Hd)值(0.90909和0.99524)均大于0.5、核苷酸多样性(π)值(0.01324和0.01224)均高于0.005,表明中国BYSMV群体遗传多样性丰富。基于L和N基因片段的遗传分化研究显示,东部和西部群体的遗传分化系数(FST)值(0.32201和0.37326)均大于0.25,且统计检验差异显著,表明东部和西部的BYSMV群体严重� 展开更多
关键词 大麦黄条点花叶病毒 系统发生 遗传多样性 选择压力 遗传分化
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番木瓜环斑病毒山东分离物的全基因组序列分析 被引量:1
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作者 黄显德 王玉 +3 位作者 闫志勇 田延平 古勤生 李向东 《植物病理学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期285-288,共4页
番木瓜环斑病毒(Papayaringspotvirus,PRSV)属于马铃薯Y病毒科(Potyviridae)马铃薯Y病毒属(Potyvirus)。根据寄主范围可划分为P和W2个株系,其中P株系侵染番木瓜(CaricapapayaL.)和葫芦科(Cucurbitaceae)作物,而W株系只侵... 番木瓜环斑病毒(Papayaringspotvirus,PRSV)属于马铃薯Y病毒科(Potyviridae)马铃薯Y病毒属(Potyvirus)。根据寄主范围可划分为P和W2个株系,其中P株系侵染番木瓜(CaricapapayaL.)和葫芦科(Cucurbitaceae)作物,而W株系只侵染葫芦科作物,两者血清学反应密切相关。PRSV可引起植株叶片褪绿、花叶、卷曲等症状,在果实表面形成环斑。 展开更多
关键词 番木瓜环斑病毒 序列分析 全基因组 马铃薯Y病毒属 分离物 葫芦科作物 山东 血清学反应
脊椎动物酪氨酸激酶基因家族差异进化研究
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作者 刘当云 谷迅 《基因组学与应用生物学》 CSCD 北大核心 2018年第8期3339-3353,共15页
酪氨酸激酶(PTKs)基因家族是后生动物信号网络的核心组分,在细胞通讯、细胞粘附、细胞增殖和分化过程中起着关键作用,与人类许多疾病的发展密切相关。根据结构的不同,PTKs可分为两类:胞质型酪氨酸激酶(CTKs)和受体型酪氨酸激酶(R... 酪氨酸激酶(PTKs)基因家族是后生动物信号网络的核心组分,在细胞通讯、细胞粘附、细胞增殖和分化过程中起着关键作用,与人类许多疾病的发展密切相关。根据结构的不同,PTKs可分为两类:胞质型酪氨酸激酶(CTKs)和受体型酪氨酸激酶(RTKs)。通过多角度进化分析,我们发现在脊椎动物进化过程中RTKs比CTKs经历了纯化选择压力的放松,拥有更复杂的谱系,发生了更显著的规模扩张和成员基因间的功能分化,组织表达分化更明显,催化更特异的底物发生磷酸化,参与更特异的细胞生化过程和作用通路,这些共同说明RTKs比CTKs功能上更加特化。我们推测RTKs和CTKs倍增后的差异进化和它们不同的亚细胞定位有关:CTKs位于胞质中,受到细胞内严格稳态环境更强烈的纯化选择,进化保守;而RTKs结合在膜上,细胞外基质中生长因子变化的浓度梯度、多样化的分泌型配体分子等因素可能提供选择优势,驱动RTKs发生微弱的加速进化和更显著的功能分化以适应脊椎动物体细胞胞外环境中的小幅变化。 展开更多
关键词 胞质酪氨酸激酶 受体酪氨酸激酶 基因倍增 差异进化 选择压力
江浙沪地区乙肝病毒B、C基因型S基因突变及选择压力分析
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作者 陈海江 崔大伟 +1 位作者 余景璐 陈瑜 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2017年第7期771-775,781共6页
目的系统分析江浙沪三地的乙肝病毒B、C基因型S基因突变和选择压力情况,以期为乙型肝炎的防治提供理论依据。方法采用NCBI数据库提供的乙肝病毒序列,分为B、C基因型两组,分析突变情况,同时采用Datamonkey进行选择压力分析和Bioedit进行... 目的系统分析江浙沪三地的乙肝病毒B、C基因型S基因突变和选择压力情况,以期为乙型肝炎的防治提供理论依据。方法采用NCBI数据库提供的乙肝病毒序列,分为B、C基因型两组,分析突变情况,同时采用Datamonkey进行选择压力分析和Bioedit进行氨基酸置换熵值分析。结果S基因226个氨基酸位点突变分析中,产生突变有位点122个,位点突变率C基因型(45.58%)高于B基因型(30.09%)(χ^2=11.523,P=0.001);总突变率C基因型(1.36%)高于B基因型(0.80%)(χ^2=46.642,P=0.000);α决定簇突变率C基因型(2.40%)高于B基因型(0.96%)(χ^2=20.524,P=0.000)。B基因型α决定簇突变率高于总突变率(χ^2=0.735,P=0.391);C基因型α决定簇突变率高于总突变率(χ^2=44.467,P=0.000)。B基因型氨基酸突变最多的位点为200、213、161和21位点,C基因型氨基酸突变最多的位点为126、68、3、53和194位点。两个基因型dN/dS均值均小于1。B基因型没有发现正向选择位点,发现8个负向选择位点。C基因型发现7个正向选择位点,17个负向选择位点。B基因型仅发现一个易突变位点(200位),C基因型也仅发现一个易突变位点(126位),大多数氨基酸位点熵值〈0.4。结论江浙沪地区S基因突变率水平较低,其中C基因型位点突变率、α决定簇突变率和总突变率高于B基因型,α决定簇突变率高于总突变率。C基因型经历外界环境免疫选择压力和自身进化压力双重影响,自身进化压力强于外界环境免疫选择压力;而B基因型主要遭受自身进化压力。尤其要格外关注C基因型的进化进程。 展开更多
关键词 乙肝病毒 S基因 α决定簇突 选择压力 氨基酸置换熵值
考虑运输时间的柔性作业车间调度问题研究 预览 被引量:4
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作者 杨立熙 余慧慧 《武汉理工大学学报:信息与管理工程版》 CAS 2017年第1期104-109,共6页
在实际加工生产中,工序间的运输时间占整个加工时间的比例很大.为了更合理地研究柔性作业车间调度问题,将运输时间作为独立影响因子考虑到模型中.针对模型的特殊性与传统遗传算法易早熟的缺陷,运用小生境的思想和自适应距离变量划分种... 在实际加工生产中,工序间的运输时间占整个加工时间的比例很大.为了更合理地研究柔性作业车间调度问题,将运输时间作为独立影响因子考虑到模型中.针对模型的特殊性与传统遗传算法易早熟的缺陷,运用小生境的思想和自适应距离变量划分种群并协同进化,进而平衡种群选择压力,避免算法过早收敛至局部最优.同时提出最短工作时间方法优化初始种群,改善算法的求解效率.运用Matlab对国际上通用的算例进行实验并与经典遗传算法对比,结果表明,新提出的算法能够获得更优的调度方案. 展开更多
关键词 柔性作业车间调度 运输时间 遗传算法 小生境 选择压力
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上海市柯萨奇病毒A6型流行株基因进化与选择压力分析
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作者 张晓玲 俞慧菊 +1 位作者 宋志刚 王蔚 《国际病毒学杂志》 2017年第6期365-370,共6页
目的 对上海市柯萨奇病毒A6型(CVA6)流行株的基因进化和选择压力进行分析,为今后手足口病的防治提供理论依据.方法 选取美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库中的CVA6参考序列,与2011-2015年上海地区CVA6流行株的VP1基因序列进行比... 目的 对上海市柯萨奇病毒A6型(CVA6)流行株的基因进化和选择压力进行分析,为今后手足口病的防治提供理论依据.方法 选取美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库中的CVA6参考序列,与2011-2015年上海地区CVA6流行株的VP1基因序列进行比对,采用MEGA软件构建进化树;扩增2014-2015年上海地区CVA6流行株的全长基因序列,采用Bioedit软件计算氨基酸置换熵值,用Datamonkey在线软件预测正向选择位点.结果 基于VP1基因序列的进化树显示2011-2015年上海地区的CVA6流行株为D3、D6和D7亚型,2014年后为D7亚型.氨基酸置换熵值计算共获得39个熵值>0.6的位点.选取FEL和IFEL模型分析分别发现3个和4个正向选择位点,VP1的595位和3D区的1 999位为分析获得的共同氨基酸变异位点.结论 2014-2015年,上海地区流行的CVA6属于D7亚型,VP1区未出现显著的基因变异,应继续保持对上海地区CVA6的基因进化趋势研究并密切关注基因变异情况. 展开更多
关键词 柯萨奇病毒A6型 基因进化 选择压力
植物盐超敏感基因(SOS1)的演化分析与选择压力检测 被引量:2
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作者 杨平 周峰 +3 位作者 张边江 王立科 钱保俐 陈全战 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2016年第8期2098-2105,共8页
以植物盐超敏感基因(Salt Overly Sensitive 1,SOS1)为研究对象,通过探讨SOS1基因在演化过程中所受到的选择压力,为植物逆境生长适应性的研究提供依据。通过生物信息学分析方法,从NCBI等网站获取完整的植物SOS1基因编码区核酸序列和蛋... 以植物盐超敏感基因(Salt Overly Sensitive 1,SOS1)为研究对象,通过探讨SOS1基因在演化过程中所受到的选择压力,为植物逆境生长适应性的研究提供依据。通过生物信息学分析方法,从NCBI等网站获取完整的植物SOS1基因编码区核酸序列和蛋白质氨基酸序列,并利用MEGA和Mrbayes软件构建演化关系树;用PAML等软件剖析了61条SOS1基因序列受到生物选择压力,并计算了相关系数。系统进化树揭示了植物SOS1基因能被划分为3个分支,分别为SOS1单子叶植物分支,SOS1双子叶植物类群分支,SOS1苔藓植物分支。利用PAML软件对植物SOS1基因序列位点进行正选择位点分析,发现:(1)M8模型检测出39个正选择位点,22个位点达到显著水平,其中17个达到极显著水平;(2)净化选择对SOS1基因起主导作用。 展开更多
关键词 SOS1基因 选择压力 适应性演化 净化选择
人感染新型H10N8禽流感病毒基因特征检测分析
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作者 杨鹏飞 燕清丽 +6 位作者 甄维 张敏会 刘纯成 时玉军 李军鹰 姚海波 何南江 《中国公共卫生》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期907-912,共6页
目的 了解新型H10N8禽流感病毒基因进化特征,分析血凝素(HA)及神经氨酸酶(NA)关键氨基酸位点变异。方法 2013年12月江西省发现首例人感染新型H10N8禽流感病毒病例,分析其病毒基因核苷酸及氨基酸变异。结果 新型H10N8禽流感病毒[(A/... 目的 了解新型H10N8禽流感病毒基因进化特征,分析血凝素(HA)及神经氨酸酶(NA)关键氨基酸位点变异。方法 2013年12月江西省发现首例人感染新型H10N8禽流感病毒病例,分析其病毒基因核苷酸及氨基酸变异。结果 新型H10N8禽流感病毒[(A/Jiangxi-Donghu/346/2013(H10N8),JX346)]HA基因与A/duck/Hunan/S11205/2012(H10N3)同源性为97.0%,NA基因与A/mallard/Korea/1041/2010(H10N8)的同源性为98.8%,6个内部基因与江西分离的H9N2病毒同源性≥99.0%;JX346的HA的氨基酸裂解位点为PELIQGR↓G,存在5个糖基化位点,在其130环处存在突变为A135T、K137R和S138A;NA存在7个糖基化位点,其抗原决定簇有3个氨基酸位点变异,S199A、A331S和K431N;HA有2个正向选择位点(119N,261I),NA有1个正向选择位点(263V)。结论 新型H10N8禽流感病毒可能由H10N3、H10N8及H9N2禽流感病毒重排产生的一种低致病性禽流感病毒,其关键氨基酸位点的突变可能是人易感染的原因。 展开更多
关键词 新型H10N8禽流感病毒 基因特征 分子进化 选择压力
植物中3-磷酸甘油脱氢酶基因家族的物种特异性进化分析
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作者 郎小强 魏从翀 +4 位作者 秦世尚 曹瑜 徐辉 乔代蓉 曹毅 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期75-84,共10页
3-磷酸甘油脱氢酶(GPDH)是一种在磷酸甘油酯的代谢过程中起重要调节作用的关键酶,研究植物中3-磷酸甘油脱氢酶基因家族的进化历史及其多样性对进一步探索其作用机制具有重要意义.以20个已报道的GPDH基因作为查询序列,与19种代表性的... 3-磷酸甘油脱氢酶(GPDH)是一种在磷酸甘油酯的代谢过程中起重要调节作用的关键酶,研究植物中3-磷酸甘油脱氢酶基因家族的进化历史及其多样性对进一步探索其作用机制具有重要意义.以20个已报道的GPDH基因作为查询序列,与19种代表性的植物物种的基因组分别进行BLASTP和t BLASTN比对以及隐马尔科夫模型搜索,获得基因家族新成员,构建系统发育树,并对其进行基因结构、蛋白模体、功能差异性以及适应性进化分析.预测得到了75个新的GPDH基因家族成员,系统发育分析表明,植物中的GPDH基因属于3个单系类群(命名为族群I、族群II和族群III),并且在进化过程中主要分为两个进化枝,说明GPDH基因家族源自两个GPDH祖先基因;功能差异性分析表明,氨基酸特异性位点的选择性约束作用于不同族群的GPDH基因上,并且导致了不同族群多样化之后的特异性进化,同时,在族群I/III和族群II/III中也发现了Type-II功能差异性,表明氨基酸的理化性质也发生了本质的改变;适应性进化分析以及ka/ks比值分析表明,GPDH基因家族在物种特异性复制之后的进化过程中受到了纯化选择作用.因此,GPDH基因家族在其进化过程中受到不同的选择压力而出现了不同的进化方向,形成了多样化的族群.此外,对该基因家族进行的系统的分子进化探索为植物中GPDH基因家族的进一步生物化学和遗传方面的研究以及基因组分析提供了数据基础,在GPDH基因家族分析中的结果与发现也为研究其他基因家族提供了有力的帮助. 展开更多
关键词 3-磷酸甘油脱氢酶 系统发育分析 功能差异性分析 选择压力 适应性进化分析
体外传代选择对鼠衣原体质粒缺失株培养特性的影响 预览
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作者 陈超群 任林 +3 位作者 陆春雪 李忠玉 钟光明 吴移谋 《中南医学科学杂志》 CAS 2016年第4期384-389,共6页
目的探讨传代选择对鼠衣原体质粒缺失株CMUT3菌株培养特性的影响及其相应机制。方法采用“无辅助感染”和“辅助感染”交替方式体外传代培养CMUT3菌株,而后观察传代菌株和亲代感染细胞时的吸附效率以及对离心因素的依赖性.并利用下一... 目的探讨传代选择对鼠衣原体质粒缺失株CMUT3菌株培养特性的影响及其相应机制。方法采用“无辅助感染”和“辅助感染”交替方式体外传代培养CMUT3菌株,而后观察传代菌株和亲代感染细胞时的吸附效率以及对离心因素的依赖性.并利用下一代测序技术对传代菌株CMUT3G40和亲代CMUT3G0进行全基因组测序分析。结果传代菌株CMUT3G40在感染HeLa细胞时对离心因素依赖性降低,吸附试验表明CMUT3G40菌株对细胞的吸附能力增强;比较基因组学分析结果表明CMUT3GdO菌株与亲代CMUT3G0在tc0237基因存在差异,TC0237Q117E错义突变出现于CMUT3G40菌株基因组(CMUT3G40,99.7%;CMUT3GO,0%)。结论通过体外传代培养CMUT3菌株可获得吸附能力增强的菌株,该表型与传代选择所致的TC0237Q117E密切相关。 展开更多
关键词 鼠衣原体 质粒 体外传代 选择压力 下一代测序
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禽白血病病毒基因选择压力分析
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作者 汪宏才 罗青平 +7 位作者 温国元 张腾飞 卢琴 王红琳 罗玲 张蓉蓉 艾地云 邵华斌 《中国家禽》 北大核心 2016年第20期16-19,共4页
以禽白血病病毒(ALV)A、B、E和J四个亚群的部分毒株为研究对象,基于env、gag和pol编码基因的核苷酸序列,运用DAMBE、Mega和Paml等生物学软件,对ALV分子演化过程中所承受的选择压力进行检测分析,发现env gag、poz基因承受的选择压... 以禽白血病病毒(ALV)A、B、E和J四个亚群的部分毒株为研究对象,基于env、gag和pol编码基因的核苷酸序列,运用DAMBE、Mega和Paml等生物学软件,对ALV分子演化过程中所承受的选择压力进行检测分析,发现env gag、poz基因承受的选择压力总体趋势为净化选择压力,而env、gag和pol蛋白检测出正选择位点数量分别为19个、8个和5个,说明env蛋白存在较大的正选择压力,进一步证明了erty基因具有高度变异的特点。 展开更多
关键词 禽白血病 Paml 选择压力
Unc5基因家族多样性进化的研究 预览
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作者 李信 徐翌钦 +1 位作者 郑煜芳 钟扬 《生命科学研究》 CAS CSCD 2016年第4期301-308,共8页
Uncoordinated-5(Unc5)基因家族属于经典的轴突导向基因家族。为了探讨Unc5的进化和分化规律,首先通过序列比对和蛋白质结构预测鉴定了Unc5基因家族成员的起源和分布,再利用PAML和DIVERGE软件分析了各基因亚型的进化选择压力和功能歧... Uncoordinated-5(Unc5)基因家族属于经典的轴突导向基因家族。为了探讨Unc5的进化和分化规律,首先通过序列比对和蛋白质结构预测鉴定了Unc5基因家族成员的起源和分布,再利用PAML和DIVERGE软件分析了各基因亚型的进化选择压力和功能歧化。结果表明,Unc5基因家族在脊椎动物中受到了不同程度的选择压力,其中Unc5C基因型受到了纯化选择作用,而Unc5A、Unc5B和Unc5D基因型受到了正选择作用,并且在这3个基因型中分别检测到了8个、1个和6个正选择位点。此外,DIVERGE软件检测出38个I型功能歧化位点和97个Ⅱ型功能歧化位点。这些正选择位点和功能分歧位点为进一步研究Unc5蛋白的结构和功能提供了参考和依据。 展开更多
关键词 神经系统发育 Unc5轴突导向基因家族 多样性进化 功能分化 选择压力 生物信息
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瓯江彩鲤酪氨酸酶(TYR)基因的选择压力分析 被引量:1
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作者 古珍珍 杨新鑫 +5 位作者 胡建尊 项松平 王剑 王军 徐志彬 王成辉 《上海海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期329-336,共8页
酪氨酸酶是生物体黑色素合成的关键限速酶,黑色斑纹是瓯江彩鲤(Cyprinus carpio var.color)体色的主要特点之一。以瓯江彩鲤的5种体色选育系F5为材料,探讨酪氨酸酶基因5个外显子及其在不同体色间的变异特性和承受选择压力的敏感性。... 酪氨酸酶是生物体黑色素合成的关键限速酶,黑色斑纹是瓯江彩鲤(Cyprinus carpio var.color)体色的主要特点之一。以瓯江彩鲤的5种体色选育系F5为材料,探讨酪氨酸酶基因5个外显子及其在不同体色间的变异特性和承受选择压力的敏感性。结果发现:酪氨酸酶基因外显子1和外显子5的核苷酸变异率最高,选择性位点最多,易承受到选择压力;5个外显子的非同义替换率(d_N)与同义替换率(d_S)的比值(ω值)均小于1(0.10-0.67),表明它们均受到净化选择压力;不同体色瓯江彩鲤的酪氨酸酶基因也均受到净化选择压力(ω=0.12~0.23)。应用PAML软件中的M2a和M8两种模型检测显示:无黑斑体色瓯江彩鲤所受正向选择压力位点数高于有黑斑体色,但不存在显著差异(P〉0.05);酪氨酸酶基因中的部分氨基酸位点较易受正向选择压力。研究结果表明:瓯江彩鲤酪氨酸酶基因较保守,主要受净化选择作用,当前的人工选育未对酪氨酸酶基因造成显著的选择压力。 展开更多
关键词 瓯江彩鲤 酪氨酸酶基因 选择压力 遗传变异
蛋白质结构限制性对HIV-1耐药相关基因分子进化规律的影响研究
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作者 关琪 韩晓旭 +6 位作者 赵彬 张旻 沈书旭 王亚男 姜拥军 耿文清 尚红 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期401-407,共7页
目的:通过对65名HIV治疗队列中发生耐药的感染者进行较系统的前瞻性队列研究,阐明我国抗病毒治疗过程中,HIV RT蛋白耐药进化的结构限制性以及HIV耐药的发生规律。方法从2003年开始,每半年1次,连续4年对队列感染者进行随访采集静脉血样... 目的:通过对65名HIV治疗队列中发生耐药的感染者进行较系统的前瞻性队列研究,阐明我国抗病毒治疗过程中,HIV RT蛋白耐药进化的结构限制性以及HIV耐药的发生规律。方法从2003年开始,每半年1次,连续4年对队列感染者进行随访采集静脉血样,提取病毒RNA后对RT基因进行RT-PCR扩增和测序。将所获得的序列进行系统进化、耐药位点变异和蛋白质结构分析。结果 RT酶中大部分的氨基酸位点都是保守的,而序列的变异仅发生在12.44%的位点之上。非核苷类逆转录酶抑制剂( NNRTI)高水平耐药位点多位于RT蛋白的内部,而中等水平耐药位点多位于蛋白质的表面。核苷类逆转录酶抑制剂( NRTI)高水平耐药位点均位于RT蛋白的表面,而低水平耐药位点均位于RT蛋白的内部。结论 NNRTI和NRTI类耐药突变位点在RT蛋白中截然相反的分布特征,可以为针对RT靶点的抗病毒药物的设计和开发起到一定的指导作用。 展开更多
关键词 人类免疫缺陷病毒1型 选择压力 适宜性 结构限制
冬虫夏草菌3个细胞核蛋白编码基因的分子进化 被引量:2
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作者 张姝 张永杰 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期1549-1560,共12页
【目的】分析3个细胞核蛋白编码基因(csp1、MAT1-1-1和MAT1-2-1)在不同冬虫夏草菌株间的分子进化。【方法】从125个冬虫夏草样品中分别扩增csp1、MAT1-1-1和MAT1-2-1基因序列,比较外显子和内含子间以及2个交配型基因间的序列变异程度... 【目的】分析3个细胞核蛋白编码基因(csp1、MAT1-1-1和MAT1-2-1)在不同冬虫夏草菌株间的分子进化。【方法】从125个冬虫夏草样品中分别扩增csp1、MAT1-1-1和MAT1-2-1基因序列,比较外显子和内含子间以及2个交配型基因间的序列变异程度,比较基于不同基因或基因区域所构建的系统发育树拓扑结构的差异,分析3个基因承受的选择压力和DNA重组情况。【结果】3个蛋白编码基因外显子区的长度在不同菌株间高度保守,具有4.5%-5.7%的变异位点;内含子区的长度在不同菌株间相同或不同,具有1.8%-22%的变异位点。对于2个交配型基因,MAT1-1-1的碱基变异率低于MAT1-2-1。基于外显子与内含子构建的系统发育树的拓扑结构,以及基于2个交配型基因外显子构建的系统发育树的拓扑结构都存在明显差异。3个蛋白编码基因都经历着净化选择作用。基因内部的不同DNA位点间有重组,但3个基因片段之间没有明显的重组发生。【结论】由于冬虫夏草菌不同基因以及基因的不同区域表现出进化上的差异,所以在开展冬虫夏草菌进化相关的研究时,应该联合使用多个不同的基因片段。 展开更多
关键词 冬虫夏草菌 丝氨酸蛋白酶基因 交配型基因 分子进化 选择压力 重组
野生花生全基因组抗病相关 LOX 基因的生物信息学分析 预览 被引量:2
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作者 宋辉 赵术珍 +4 位作者 侯蕾 乔善良 赵传志 李爱芹 王兴军 《山东农业科学》 2015年第10期1-7,共7页
脂肪氧合酶(lipoxygenases,LOX)是生物体内一种重要的双加氧酶,其在植物发育以及响应生物和非生物胁迫时发挥重要作用。本研究从 Arachis duranensis 和 Arachis ipaёnsis 两个野生花生基因组中各鉴定出18个 LOX 基因,分别命名为 ... 脂肪氧合酶(lipoxygenases,LOX)是生物体内一种重要的双加氧酶,其在植物发育以及响应生物和非生物胁迫时发挥重要作用。本研究从 Arachis duranensis 和 Arachis ipaёnsis 两个野生花生基因组中各鉴定出18个 LOX 基因,分别命名为 AdLOX1~18和 AiLOX1~18。在 AdLOX5、AdLOX7、AiLOX8和 AiLOX18基因的CDS 序列中发现提前终止翻译的终止密码子,而 AiLOX9基因的 CDS 序列过短,推测这些基因可能是假基因。染色体定位结果显示,AdLOX 和 AiLOX 基因主要分布在2、3、6、8、9和10号染色体上,且其直系同源基因分布在两套染色体相同或相近的位置。通过分析 AdLOX 和 AiLOX 基因与已知功能 LOX 基因的亲缘关系发现,Ad-LOX6、AdLOX9、AdLOX11、AdLOX12、AdLOX17、AiLOX1、AiLOX4、AiLOX6、AiLOX16和 AiLOX17基因可能参与花生的抗病过程,启动子分析结果也支持这一结论。基因选择压力研究表明,AdLOX 和 AiLOX 基因在进化历程中受到纯化选择。 展开更多
关键词 野生花生 LOX 基因家族 抗病 系统发育 选择压力
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