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黄皮叶绿体基因组测序与分析 预览
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作者 赵志常 高爱平 +1 位作者 黄建峰 罗睿雄 《安徽农业科学》 CAS 2019年第11期115-118,共4页
[目的]分析黄皮[Clausena lansium(Lour.)Skeels)]叶绿体基因组,为黄皮属不同种或品种的进化、杂交、演变,以及黄皮不同品种的鉴定等提供技术支持。[方法]使用试剂盒提取了黄皮的叶绿体DNA,通过测序、组装、注释获得了黄皮叶绿体基因组... [目的]分析黄皮[Clausena lansium(Lour.)Skeels)]叶绿体基因组,为黄皮属不同种或品种的进化、杂交、演变,以及黄皮不同品种的鉴定等提供技术支持。[方法]使用试剂盒提取了黄皮的叶绿体DNA,通过测序、组装、注释获得了黄皮叶绿体基因组。[结果]黄皮叶绿体基因组全长159283bp,其中反相重复序列区(IRs)长53998bp,大单拷贝序列区(LSC)和小单拷贝序列区(SSC)长度分别为87301、17983bp,共注释126个基因,包括编码蛋白基因89个,tRNA基因29个和rRNA基因8个。黄皮叶绿体基因组全序列GC含量38.7%。对5种芸香科果树的全长序列、SSC、LSC、IRA、IRB进行比较分析发现,假黄皮的叶绿体全长序列、LSC、IRA、IRB区域的长度较其他4种果树长,柠檬的SSC区域长度最长,黄皮的全长序列和SSC区域长度最短。黄皮叶绿体的基因数目和编码蛋白数目较其他4种果树多。对20种园艺植物的叶绿体基因组进行分析发现,同一科下面的不同属植物或同一属下面的不同种更容易聚为一类。[结论]该研究丰富了热带果树的叶绿体基因组数据库,为种质资源的合理开发利用提供了依据。 展开更多
关键词 黄皮 叶绿体基因组 测序与分析
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肇庆地区柑橘内生菌16SrDNA克隆与序列分析 预览
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作者 穆晓琨 李充璧 +1 位作者 高飞云 王珏 《安徽农业科学》 CAS 2015年第13期40-41,54共3页
[目的]研究柑橘黄龙病病原及其分化。[方法]采集肇庆周边各区县柑橘黄龙病的枝、叶共计8个黄龙病样品,利用”黄龙病内生菌的细菌通用引物对其16SrDNA片段进行PCR扩增,将其扩增产物纯化、回收、克隆后,转化大肠菌,提取质粒,进行序... [目的]研究柑橘黄龙病病原及其分化。[方法]采集肇庆周边各区县柑橘黄龙病的枝、叶共计8个黄龙病样品,利用”黄龙病内生菌的细菌通用引物对其16SrDNA片段进行PCR扩增,将其扩增产物纯化、回收、克隆后,转化大肠菌,提取质粒,进行序列测定。[结果]所克隆的序列与众多的Uncultured bacterium都有极高的相似度,其序列在同源性检测中,与其相似度最高的是Uncultured bacterium clone yf5-180,达到91.3%。[结论]表明肇庆周边黄龙病柑橘的枝、叶内生菌可以扩增出特异性16SrDNA片段,该序列属于一个新的细菌种属。 展开更多
关键词 柑橘黄龙病 内生菌 16S RDNA 基因克隆 测序 分析
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7株广西鸭源NDV分离株全基因序列测定及遗传进化分析 被引量:1
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作者 陈安莉 谢芝勋 +5 位作者 刘加波 庞耀珊 邓显文 谢志勤 谢丽基 范晴 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期1323-1328,共6页
根据GenBank公布的B1毒株(AF375823.1)全基因组序列,使用软件Primer Premier 5.0进行引物设计及引用已发表引物,经过筛选,最终用于扩增鸭源新城疫病毒(NDV)全基因组序列的引物为15对,运用RT-PCR方法获取了7株鸭源NDV毒株结果表明7... 根据GenBank公布的B1毒株(AF375823.1)全基因组序列,使用软件Primer Premier 5.0进行引物设计及引用已发表引物,经过筛选,最终用于扩增鸭源新城疫病毒(NDV)全基因组序列的引物为15对,运用RT-PCR方法获取了7株鸭源NDV毒株结果表明7株鸭源NDV毒株GX16/2008、GX17/2009、GX18/2009、GX19/2009、GX20/2010、GX21/2010和GX22/2010的全基因组序列,并对其进行了比较分析。此7株病毒的全基因组序列均由15 186个碱基组成,GenBank登录号为JX193077-JX193083。F蛋白裂解位点的氨基酸序列表明所有的分离株都是无致病性的序列。7分离株中5株氨基酸顺序为112 G-K-Q-G-R-L117,2株为112 G-R-Q-G-R-L117,绘制的进化树分析表明其中5株属于NDVs基因Ⅰ型,2株属于基因Ⅱ型。它们在全基因组核苷酸和氨基酸水平上,发现与HM125898WDK/JX株相似性较接近,而与F48E8、Mukteswar等毒株的同源性较低。 展开更多
关键词 新城疫病毒 全基因组 测定与分析
两株猪繁殖与呼吸征病毒的分离鉴定及遗传变异分析 预览 被引量:1
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作者 张超轶 吴欣伟 +7 位作者 闫明菲 张亮权 郭泗虎 黄昌力 黄震 张民泽 赵付荣 张桂红 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2012年第4期 82-86,共5页
从广东省发病猪场采集的组织和血清中分离到两株PRRSV,病料经RT-PCR检测为阳性,通过Marc-145细胞进行传代,可产生明显细胞病变,通过间接免疫荧光可检测到荧光信号,两株病毒分别命名为ZH-GD株和ZS-GD株。对两株病毒的ORF5和Nsp2高变区进... 从广东省发病猪场采集的组织和血清中分离到两株PRRSV,病料经RT-PCR检测为阳性,通过Marc-145细胞进行传代,可产生明显细胞病变,通过间接免疫荧光可检测到荧光信号,两株病毒分别命名为ZH-GD株和ZS-GD株。对两株病毒的ORF5和Nsp2高变区进行序列测定和分析,结果表明,PRRSV ZH-GD株和ZS-GD株的核苷酸序列与欧洲型代表株LV株间的相似性相对较远,与美洲株经典毒株VR-2332间的相似性分别为88.6%和88.1%,与中国经典美洲毒株CH-1a间的相似性分别为94.4%和93.0%。在Nsp2上有30个氨基酸的缺失,与JXA1、XH-GD等高致病性变异株的Nsp2缺失位置一致。分离的两株PRRSV均属于美洲型的变异株PRRSV。 展开更多
关键词 PRRSV 分离鉴定 序列测定和分析
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猪繁殖与呼吸综合征病毒变异株FS的分离鉴定与全基因组序列分析 预览 被引量:9
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作者 李嘉彬 赵孟孟 +1 位作者 李玉谷 马春全 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2012年第3期 60-64,共5页
从一例疑似高致病性猪繁殖与呼吸综合征病例中分离到一株病毒,经全基因组测序分析可知此毒株在Nsp2部位发生了30个氨基酸的缺失,GP5蛋白相对保守。本毒株与VR-2332同源性达到88.7%,与欧洲型代表株LV株的核苷酸同源性为58.5%,与国内报道... 从一例疑似高致病性猪繁殖与呼吸综合征病例中分离到一株病毒,经全基因组测序分析可知此毒株在Nsp2部位发生了30个氨基酸的缺失,GP5蛋白相对保守。本毒株与VR-2332同源性达到88.7%,与欧洲型代表株LV株的核苷酸同源性为58.5%,与国内报道的JN-HS毒株相似性最大,核苷酸同源性达到98.8%。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 分离鉴定 全基因组 序列分析
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两株犬源狂犬病病毒街毒株全基因组序列测定与分析 被引量:2
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作者 齐瑛琳 金宏丽 +6 位作者 赵丽丽 王化磊 赵平森 付玉 涂长春 杨松涛 夏咸柱 《中国病原生物学杂志》 CSCD 2011年第7期481-485,489,F0003共7页
目的对2株犬源狂犬病病毒街毒株全基因组测序,了解国内狂犬病病毒的流行和变异情况。方法采用乳鼠脑内接种方法分离2株天津地区狂犬病病毒街毒株,RT-PCR扩增病毒DNA覆盖全基因组12个相互重叠的基因片段,PCR产物平端克隆后进行全基因组... 目的对2株犬源狂犬病病毒街毒株全基因组测序,了解国内狂犬病病毒的流行和变异情况。方法采用乳鼠脑内接种方法分离2株天津地区狂犬病病毒街毒株,RT-PCR扩增病毒DNA覆盖全基因组12个相互重叠的基因片段,PCR产物平端克隆后进行全基因组核苷酸序列测定,然后对其分子变异和进化特点进行分析。进行两分离株的序列相似性、氨基酸同源性、主要功能位点的变异比较和种系发生分析。结果 TJD04和TJD05两株狂犬病病毒全基因组长均为11 924 nts,全基因组序列的组成和结构均符合弹状病毒科狂犬病病毒属的特征。病毒基因组由5个编码区组成,基因起始位点和终止位点高度保守,氨基酸编码长度未发生变异,5个编码蛋白序列较少发生变化,仅有个别主要功能位点发生变异,且大部分变异均属于无意义沉默突变。多序列相似性比较和种系发生分析显示,两株病毒均属于基因1型,N基因与全基因进化树保持一致,与中国犬源狂犬病病毒BD06同源性最高(99.6%),进化关系近,并具有较为独特的中国地域特点。结论两天津株狂犬病毒可能是自然界中固有的狂犬病病毒街毒株。 展开更多
关键词 狂犬病病毒 街毒株 全基因组 序列分析
PRRSV山东变异缺失株SX-1的全基因序列分子特征分析 被引量:1
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作者 张金强 吴家强 +3 位作者 石峰 孟斌 刘少宁 牛钟相 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期309-314,共6页
对从山东某发病猪场采集的猪繁殖与呼吸综合征疑似病料中分离到的PRRSV病毒(SX-1株),应用RTPCR方法分段扩增出PRRSV SX-1毒株的各基因片段,扩增后的产物分别克隆于pMD-18T载体鉴定后测序。序列号GQ875656。序列分析结果表明SX-1株基... 对从山东某发病猪场采集的猪繁殖与呼吸综合征疑似病料中分离到的PRRSV病毒(SX-1株),应用RTPCR方法分段扩增出PRRSV SX-1毒株的各基因片段,扩增后的产物分别克隆于pMD-18T载体鉴定后测序。序列号GQ875656。序列分析结果表明SX-1株基因组全长15 320nt(不包括poly尾),包含9个开放阅读框,5′UTR长189 nt,3′UTR长150 nt;SX-1株在分子遗传演化上属于PRRSV变异毒株,与参考毒株JXA1的核苷酸同源性为98.9%;与CH-1a和VR2332的同源性为94.8%和89.5%;而与LV的同源性仅为59.3%。基因系统发育树分析结果显示,SX-1与JXA1、GDBY1株的亲缘关系很近,与CH-1a亲缘关系较近,与VR2332、CC-1、RespPRRS/Repro MLV等毒株处于不同的分支。 展开更多
关键词 PRRSV 分离 全基因组 序列与分析
浙江地区鼬獾和犬源狂犬病病毒分离株全基因组测序与分析 被引量:2
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作者 雷永良 王晓光 +6 位作者 陶晓燕 李浩 孟胜利 陈秀英 柳付明 叶碧峰 唐青 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期45-52,共8页
测定浙江地区狂犬病病毒分离株(鼬獾和犬)全基因组序列,从分子水平对病毒进行遗传变异特征分析,了解狂犬病病毒在浙江的流行和变异情况以及目前浙江流行株的遗传学背景,以丰富中国狂犬病病毒街毒流行株的全基因组信息。脑内接种1-2日... 测定浙江地区狂犬病病毒分离株(鼬獾和犬)全基因组序列,从分子水平对病毒进行遗传变异特征分析,了解狂犬病病毒在浙江的流行和变异情况以及目前浙江流行株的遗传学背景,以丰富中国狂犬病病毒街毒流行株的全基因组信息。脑内接种1-2日乳鼠分离狂犬病病毒,RT-PCR反应测定浙江地区狂犬病病毒分离株全基因组核苷酸序列,并进行编码蛋白和序列相似性比较及种系发生分析。测序获得狂犬病病毒浙江淳安鼬獾分离株F02、F04和松阳犬分离株D01、D02全基因组核苷酸序列信息:基因组全长11 923和11 925 nts,前导序列Leader长58nts,5个ORF为:NP(1 353 nts); PP(894 nts); MP(609 nts); GP(1 575 nts); LP(6 386 nts),N-P-M-G间隔序列长2、5、5 nts; G-L基因间的伪基因Ψ长423 nts; Trailer尾长70 nts。核酸BLAST及多重序列比对分析显示浙江地区4个狂犬病病毒分离株的全基因组序列的组成和结构符合弹状病毒科狂犬病病毒属的特征; 中国毒株之间特别是浙江同种动物狂犬病病毒之间各个基因区域核苷酸与氨基酸序列相似性最高,浙江病毒全基因组序列编码蛋白氨基酸序列相似性高于核苷酸序列相似性,说明蛋白质编码基因的核苷酸变异大多属于同义突变; 浙江病毒负链RNA基因组5个基因编码氨基酸的长度没有变异,5个编码蛋白仅表现较少的序列变化; 浙江病毒与本研究选择的代表性引用街毒株或者来自街毒的减毒株的变异位点和变异类型相似,多重序列相似性的比较和种系发生分析显示所分离的狂犬病病毒浙江街毒株均属于基因1型,具有较独特的中国地域性特点,故本研究中的浙江地区分离株极有可能是自然界中固有的街毒株。 展开更多
关键词 狂犬病病毒 鼬獾 全基因组 序列分析
猪繁殖与呼吸综合征病毒BJ株、GD株全基因组序列测定与分析 预览
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作者 罗俊 刘业兵 +1 位作者 宁宜宝 陈坚 《西北农业学报》 CSCD 北大核心 2010年第1期 17-21,共5页
利用RT-PCR方法分别扩增出猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)北京分离株(BJ株)、广东分离株(GD株)各9条基因片段,并将这9个片段分别克隆于PGEM-T-easy质粒载体上进行测序,按顺序将这些序列进行拼接得到PRRSVBJ株和GD株的全基因组cDNA... 利用RT-PCR方法分别扩增出猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)北京分离株(BJ株)、广东分离株(GD株)各9条基因片段,并将这9个片段分别克隆于PGEM-T-easy质粒载体上进行测序,按顺序将这些序列进行拼接得到PRRSVBJ株和GD株的全基因组cDNA(GenBank:EU825723,EU825724)。测序结果表明,BJ株和GD株基因组全长分别为15340和15336bp,各包含9个开放式阅读框,5′UTR都含有189nt,3′端URT分别含有170nt、166nt,其中各包含20ntPoly(A)、16ntPoly(A)。基因组序列分析结果显示,BJ株和GD株与ATCCVR-2332的核苷酸同源性分别为88.9%和89.0%,与高致病性PRRSV毒株JXA1的核苷酸同源性分别为99.0%和99.4%,与PRRSV毒株HuN的核苷酸同源性分别为98.8%和98.9%。 展开更多
关键词 PRRSV 基因组 序列测定和分析
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一株类猪圆环病毒2型因子P1的全基因组序列测定与分析 预览 被引量:16
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作者 温立斌 何孔旺 杨汉春 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期411-416,共6页
【目的】确定猪体内存在与猪圆环病毒2型核苷酸序列高度同源的因子。【方法】首先利用PCR方法对来自临床表现为猪断奶后多系统衰竭综合征的猪血清所抽提的DNA进行扩增,根据获得的序列再设计引物进行反向PCR,拼接得到类猪圆环病毒2型因... 【目的】确定猪体内存在与猪圆环病毒2型核苷酸序列高度同源的因子。【方法】首先利用PCR方法对来自临床表现为猪断奶后多系统衰竭综合征的猪血清所抽提的DNA进行扩增,根据获得的序列再设计引物进行反向PCR,拼接得到类猪圆环病毒2型因子PI的全基因组序列,最后根据P1全基因组序列设计引物扩增其全基因组加以验证。【结果】首次完成了类猪圆环病毒2型因子P1的全基因组序列测定。测序结果表明P1因子为环状DNA基因组,全长648个核苷酸,包括3个开放阅读框。除5’端16个核苷酸外,P1因子与国内猪圆环病毒2型BF毒株的核苷酸同源率为98.42%。系统进化分析表明P1与猪圆环病毒有很近的亲缘关系。【结论】猪体内存在类猪圆环病毒2型因子P1。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 P1 全基因组 序列测定与分析
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禽源致病性大肠埃希菌安徽分离株I型菌毛pilA基因的序列测定与分析
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作者 张玉晴 李槿年 王评评 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2010年第7期602-605,共4页
目的探明大肠埃希菌I型菌毛pilA基因在不同宿主来源菌株间的同源性,为利用Ⅰ型菌毛基因诊断和防治大肠埃希菌病提供理论基础。方法以禽源致病性大肠埃希菌安徽分离株基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增Ⅰ型菌毛pilA基因,并进行序列测定与... 目的探明大肠埃希菌I型菌毛pilA基因在不同宿主来源菌株间的同源性,为利用Ⅰ型菌毛基因诊断和防治大肠埃希菌病提供理论基础。方法以禽源致病性大肠埃希菌安徽分离株基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增Ⅰ型菌毛pilA基因,并进行序列测定与分析。结果 13株不同血清型禽源致病性大肠埃希菌安徽分离株均携带pilA基因,彼此间该基因的核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别介于84.9%~99.7%和86.2%~99.2%。pilA基因核苷酸序列在安徽分离株与鸡源参考株、猪源参考株以及人源参考株之间的同源性分别为85.9%~99.7%、85.9%~93.9%和87.5%~100%,氨基酸序列同源性分别为83.1%~99.2%、88.5%~93.8%和90%~100%。系统发育进化树分析显示JD16、JD34、JD11、JD24、YD2、JD8和YD1禽源安徽分离株与人源参考株sPH2的亲缘关系较近,在进化树的同一分支上;GD3、YD5、GD2、YD3、YD5和YD7禽源安徽分离株与鸡源参考株PDI-386和猪源参考株107/86的亲缘关系较近,在进化树中属于同一分支;GD1禽源安徽分离株与鸡源参考株HY1-2和MS2-1的亲缘关系较近,在进化树中属于另一分支。结论大肠埃希菌I型菌毛pilA基因在不同宿主来源菌株及不同血清型菌株之间高度保守,可作为大肠埃希菌病的诊断基因和疫苗候选基因。 展开更多
关键词 禽源致病性大肠埃希菌 PILA基因 序列测定与分析
Genome Sequencing and Phylogenetic Analysis of Three Avian Influenza H9N2 Subtypes in Guangxi 预览
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作者 Zhi-xun XIE Jian-bao DONG +6 位作者 Xiao-fei TANG Jia-bo LIU Yao-shan PANG Xian-wen DENG Zhi-qin XIE Li-ji XIE Mazhar I Khan 《中国病毒学:英文版》 CAS CSCD 2009年第1期 37-44,共8页
三 H9N2 鸟的列性感冒病毒(AIV ) 孤立在 Guangxi 从鸡被孤立省。八份特定的教材在 GenBank 根据 H9N2 的序列被设计并且综合。种系发生的分析证明在 Guangxi 之间的相同的高度从广东和江苏省孤立并且孤立,建议 Guangxi 孤立从一样的... 三 H9N2 鸟的列性感冒病毒(AIV ) 孤立在 Guangxi 从鸡被孤立省。八份特定的教材在 GenBank 根据 H9N2 的序列被设计并且综合。种系发生的分析证明在 Guangxi 之间的相同的高度从广东和江苏省孤立并且孤立,建议 Guangxi 孤立从一样的来源发源。然而,三的八基因从 Guangxi 孤立不在在他们的各自的系统树系谱树的一样的潜水艇系,它建议他们是在从不同潜水艇系的 H9N2 鸟的列性感冒病毒之间的自然分类的产品。编码氨基酸 T 的 9 核苷酸 ACAGAGATA, G,我在在 Guangxi 的 NA 基因的开放解读码组在核苷酸 205 和 214 之间是不在的孤立。感染人的 AIV 紧张有,在他们的 HA 蛋白质,在位置 226 点的白氨酸。推出的氨基酸序列的分析哈蛋白质证明这些中的位置 226 个孤立包含的甘氨酸而不是白氨酸,建议这三孤立不同于从人的感染孤立的 H9N2 AIV 紧张。 展开更多
关键词 禽流感病毒 蛋白质 亮氨酸 治疗方法 预防措施
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4株H3N2亚型猪源流感病毒HA基因的序列测定与特性分析 被引量:2
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作者 李敏 向华 宣华 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第11期1424-1428,共5页
从广东省不同猪场分离到4株H3N2亚型猪源流感病毒A/Swine/Guangdong/01/2004、A/Swine/Guang-dong/02/2004、A/Swine/Guangdong/03/2004、A/Swine/Guangdong/04/2004。根据GenBank公布的H3N2亚型猪源流感病毒的HA基因... 从广东省不同猪场分离到4株H3N2亚型猪源流感病毒A/Swine/Guangdong/01/2004、A/Swine/Guang-dong/02/2004、A/Swine/Guangdong/03/2004、A/Swine/Guangdong/04/2004。根据GenBank公布的H3N2亚型猪源流感病毒的HA基因序列,设计1对引物,运用RT-PCR方法扩增四株病毒的HA基因,并进行测序和分析。同源性分析和遗传进化分析表明本实验的4株H3N2亚型SIVHA基因核苷酸序列同源性为99.8%-99.9%,在遗传进化树中均位于同一分支上。与参考毒株的比较分析表明,4个毒株与WHO推荐的2001-2004年北半球H3N2亚型流感疫苗株A/Moscow/10/99HA基因的核苷酸序列同源性最高为99.4%-99.5%,4个毒株与A/Moscow/10/99HA基因在遗传进化树中位于同一个小分支上。氨基酸序列比较发现,4个毒株HA基因裂解位点处的氨基酸序列均为PEKQTR↓G,4个毒株推导的氨基酸序列中均有11个糖基化位点,4个毒株HA蛋白226位受体结合位点(RBS)处氨基酸均为异亮氨酸(I)。4个毒株HA基因的氨基酸序列、受体结合位点以及糖基化位点均与A/Moscow/10/99相应的氨基酸序列一致。本试验的4株H3N2亚型猪源流感病毒的HA基因属于以A/Moscow/10/99为代表的近代类人H3N2亚型流感病毒,在一定程度上揭示了广东省H3N2亚型猪流感病毒HA基因进化与流行情况。 展开更多
关键词 猪流感 H3N2亚型 HA基因 序列测定与分析
3株H9N2亚型禽流感病毒广西分离株全基因组序列的测定与分析 预览 被引量:9
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作者 谢芝勋 董建宝 +4 位作者 唐小飞 刘加波 庞耀珊 邓显文 谢志勤 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期 916-922,926,共8页
目的对3株H9N2亚型禽流感病毒进行全基因序列的测定与分析。方法根据GenBank公布的H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的全基因序列,设计了8对引物,运用RT-PCR方法获取了3株H9N2亚型AIV广西地方分离株A/Chick-en/Guangxi/1/00、A/Chicken/Guan... 目的对3株H9N2亚型禽流感病毒进行全基因序列的测定与分析。方法根据GenBank公布的H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的全基因序列,设计了8对引物,运用RT-PCR方法获取了3株H9N2亚型AIV广西地方分离株A/Chick-en/Guangxi/1/00、A/Chicken/Guangxi/14/00和A/Chicken/Guangxi/17/00的全基因序列,并对所得序列进行了比较分析。结果同源性分析及遗传进化分析发现,所分离的3个毒株的各基因与A/Chicken/Guangdong/4/00和A/Chicken/Jiangsu/1/00的相应基因的核苷酸序列有着较高的同源性和较近的亲缘关系,可能起源于同一种系。所分离毒株中每个毒株的8个基因,在遗传进化树上的分支不具有统一性,说明此3个毒株可能为不同基因亚系间发生自然重排的产物。氨基酸序列比较发现,A/Chicken/Guangxi/1/00、A/Chicken/Guangxi/14/00和A/Chicken/Guangxi/17/003株AIV的na基因核苷酸序列在开放性阅读框架的187~195位均缺失了ACAGAGATA共9个核苷酸,它们所编码的氨基酸为T、E、I。3个分离株的HA蛋白第226位氨基酸均为Gln,证明它们为人类非易感性的H9N2亚型AIV。结论此3株H9N2亚型流感病毒为基因自然重排的产物,其na基因均存在缺失,且从分子水平上证明它们对人类不具有易感性。 展开更多
关键词 禽流感 H9N2亚型 全基因组 测定与分析
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三株新城疫广西分离株全基因组序列的测定与分析 预览 被引量:4
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作者 谢芝勋 唐小飞 +4 位作者 董建宝 刘加波 庞耀珊 邓显文 谢志勤 《中国病毒学》 CAS CSCD 2006年第3期 261-266,共6页
根据GenBank上所公布的新城疫病毒(NDV)的全基因组序列,设计了8对引物,运用RT-PCR方法获取了3株广西地方强毒株GX7/02、GX9/03和GX11/03的全基因组序列,并对其进行了比较分析。此3株病毒的全基因组序列均由15192个碱基组成,与G... 根据GenBank上所公布的新城疫病毒(NDV)的全基因组序列,设计了8对引物,运用RT-PCR方法获取了3株广西地方强毒株GX7/02、GX9/03和GX11/03的全基因组序列,并对其进行了比较分析。此3株病毒的全基因组序列均由15192个碱基组成,与GenBank公布的ZJ1、U.S/Largo/71、Italy/2736/00等7个毒株的全基因组序列长度相同,比LaSota、Clone-30和B1的全基因组序列多出6个核苷酸,此6个核苷酸位于np基因的非编码区内,相对与NDV毒株LaSota、Clone-30和B1序列的1647~1648nt位。通过序列的比较分析,发现GX7/02、GX9/03和GX11/03与ZJ1毒株的同源性较高,而与LaSota、Clone-30和B1等毒株的同源性较低。 展开更多
关键词 新城疫病毒(NDV) 全基因组 测定与分析
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猪繁殖与呼吸综合征病毒S1株基因组序列测定和分析 预览 被引量:2
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作者 李玉峰 姜平 +1 位作者 许家荣 蒋文明 《中国病毒学》 CSCD 2006年第5期 490-493,共4页
应用RT-PCR方法分段扩增出PRRSV上海分离株S1毒株的4条基因大片段,扩增后的产物分别克隆于pCR—XL—TOPO载体鉴定后测序,同时应用RACE方法对S1毒株的3’和5’基因末端进行了成功的扩增并克隆于pMD-18T载体进行测序,按顺序将这些序列... 应用RT-PCR方法分段扩增出PRRSV上海分离株S1毒株的4条基因大片段,扩增后的产物分别克隆于pCR—XL—TOPO载体鉴定后测序,同时应用RACE方法对S1毒株的3’和5’基因末端进行了成功的扩增并克隆于pMD-18T载体进行测序,按顺序将这些序列进行拼接得到PRRSVS1株全基因组cDNA序列。测序结果表明PRRSV S1株基因组全长15441bp,包含9个开放式阅读框,5'UTR含有189nt,3’端UTR含有181nt,其中包含30nt Poly(A)。基因组序列分析结果显示该病毒与ATCCVR-2332和BJ-4分离株的核苷酸同源性分别99.5%和99.6%。与另一国内分离株CH—1a的核苷酸同源性为90.8%。 展开更多
关键词 PRRSV 基因组 序列测定和分析
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猪繁殖和呼吸综合征病毒福建毒株ORF5的序列分析及原核表达 预览 被引量:2
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作者 郭川 吴国平 +2 位作者 郑忠辉 苏文金 曹敏杰 《厦门大学学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期 141-145,共5页
根据猪繁殖和呼吸综合征病毒(PRRSV)已发表的核苷酸序列,设计了一对特异性引物(p1/p2),用RT—PCR扩增PRRSV福建毒株FJ—1的全长糖基化囊膜蛋白基因(ORF5),将扩增产物连接到pUCm—T载体并转化大肠杆菌DH10B,筛选阳性重组质粒... 根据猪繁殖和呼吸综合征病毒(PRRSV)已发表的核苷酸序列,设计了一对特异性引物(p1/p2),用RT—PCR扩增PRRSV福建毒株FJ—1的全长糖基化囊膜蛋白基因(ORF5),将扩增产物连接到pUCm—T载体并转化大肠杆菌DH10B,筛选阳性重组质粒进行序列测定与分析.再设计另一条引物(p3)与p2从重组载体pUCm—T—ORF5中扩增出缺失了N端30个氨基酸残基的tGP5的编码序列tORF5,克隆入表达载体pGEX-4T-3后在大肠杆菌中表达.结果表明,FJ—1毒株ORF5基因为603bp,编码200个氨基酸,与北美型参考毒株VR-2332、CH—1a及欧洲型参考毒株LV的氨基酸同源性分别为87%、89%和53%,推定福建毒株FJ—1属于北美型毒株.原核表达产物经过SDS-PAGE及Western Blot分析,证实为GP5与谷胱甘肽转移酶(GST)的融合蛋白.分子量为41kDa.表达量约占菌体蛋白的15%,主要以包涵体形式存在. 展开更多
关键词 PRRSV 福建毒株 ORF5 序列分析 原核表达
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六株猪圆环病毒2型国内分离株的全基因组序列测定与分析 预览 被引量:21
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作者 王忠田 郭鑫 +2 位作者 杨汉春 查振林 陈艳红 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 2005年第1期 56-60,共5页
利用PK15细胞从临床发病猪和死亡猪淋巴结中分离到6株猪圆环病毒2型(PCV2),对其全基因组序列进行了测定和分析.结果表明,除深圳分离株(Sz)的基因组全长为1768 nt外,其余5株均为1767 nt;6个分离株之间全序列核苷酸同源性为98.08%;与欧、... 利用PK15细胞从临床发病猪和死亡猪淋巴结中分离到6株猪圆环病毒2型(PCV2),对其全基因组序列进行了测定和分析.结果表明,除深圳分离株(Sz)的基因组全长为1768 nt外,其余5株均为1767 nt;6个分离株之间全序列核苷酸同源性为98.08%;与欧、美毒株之间同源性高,介于94.4%~99.7%. 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 分离株 全基因组序列 PCV2 病猪 同源性 毒株 发病 临床 淋巴结
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禽副粘病毒-2型标准毒株与不同分离株HN基因的序列测定及分析 预览
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作者 杨爱梅 赵继勋 +2 位作者 赵西星 张国中 卜春亚 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期 424-427,共4页
提取实验室保存禽副粘病毒-2标准毒株Yucaipa株和3株分离毒株F4、F6、F8株的RNA,经RT-PCR,获得4株毒株的HN基因,同时测得F基因与HN基因之间的序列.序列分析结果表明,HN基因的ORF全长为1 743 nt,编码一个由580个氨基酸组成的蛋白.运用DNA... 提取实验室保存禽副粘病毒-2标准毒株Yucaipa株和3株分离毒株F4、F6、F8株的RNA,经RT-PCR,获得4株毒株的HN基因,同时测得F基因与HN基因之间的序列.序列分析结果表明,HN基因的ORF全长为1 743 nt,编码一个由580个氨基酸组成的蛋白.运用DNAMAN软件分析,4株毒株与GenBank上已发表毒株的HN基因的核苷酸和氨基酸之间的同源性相比,同源率分别为99.89%和99.69%.分析F基因与HN基因间序列发现两基因间序列与副粘病毒科其他病毒的基因间序列相似,含有基因起始信号和终止信号,但不含3个碱基的连接序列.通过序列分析,在分子水平上进一步证实分离于同一批进口七彩文鸟的F4、F6株是抗原性存在差异的两个毒株.毒株间的血清学关系与分子水平的核苷酸序列、氨基酸序列的比较关系一致. 展开更多
关键词 禽副粘病毒-2型标准毒株 分离株 HN基因 序列分析 致病性
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狂犬病病毒鼠源野毒株糖蛋白基因序列测定及分析 预览 被引量:1
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作者 赵云蛟 钱爱东 +1 位作者 李影 姚纪元 《吉林农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期 210-212,216,共4页
对从我国河南某地野鼠体内分离的狂犬病病毒野毒株MRV糖蛋白基因进行反转录-PCR,分别得到了1067 bp和938 bp 2个cDNA片段,对PCR所得片段进行序列测定并推导出相应的氨基酸序列.采用计算机软件分析了该毒株G基因的4个功能区中核苷酸和氨... 对从我国河南某地野鼠体内分离的狂犬病病毒野毒株MRV糖蛋白基因进行反转录-PCR,分别得到了1067 bp和938 bp 2个cDNA片段,对PCR所得片段进行序列测定并推导出相应的氨基酸序列.采用计算机软件分析了该毒株G基因的4个功能区中核苷酸和氨基酸的变异特点,在3个抗原位点上,与同一基因型中其他毒株相比,只有个别位点的变异.比较了该毒株和其他所选比较毒株之间的变异特点,G基因抗原区与CVS株的同源性可以达到98%,与ERA株的同源性达90%.讨论了G基因中与毒性相关的核苷酸和氨基酸的特点. 展开更多
关键词 狂犬病病毒 鼠源野毒株 糖蛋白基因 序列测定
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