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水稻OsVQ20基因生物信息学及表达分析
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作者 骆鹰 何福林 +5 位作者 李治章 张斌 刘永昌 谭炎宁 刘小文 张超 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1731-1737,共7页
植物VQ蛋白作为植物体内一类重要的辅助调控因子,对植物生长发育、基因调控以及响应外界环境变化方面发挥重要作用。探讨激素及非生物胁迫下OsVQ20基因的表达模式,为水稻的品种改良提供理论依据。通过PlantCARE数据对OsVQ20基因启动子... 植物VQ蛋白作为植物体内一类重要的辅助调控因子,对植物生长发育、基因调控以及响应外界环境变化方面发挥重要作用。探讨激素及非生物胁迫下OsVQ20基因的表达模式,为水稻的品种改良提供理论依据。通过PlantCARE数据对OsVQ20基因启动子元件进行分析,利用水稻激素芯片及荧光定量PCR分析OsVQ20基因的表达模式。结果表明,OsVQ20基因启动子含有干旱(MBS)、低温(LTR)、脱落酸(ABRS)、生长素(AuxRR-core)等多种应答元件;OsVQ20基因的表达受油菜素内酯(BL)、茉莉酸(JA)的诱导,受生长素(IAA)、细胞分裂素(CTK)以及脱落酸(ABA)的抑制作用,在赤霉素(GA)处理下无明显变化。在非生物胁迫下,OsVQ20基因明显受干旱和盐胁迫的诱导,受低温和氧化胁迫的抑制,高温胁迫下无显著变化。该研究为进一步研究OsVQ20基因的生物学功能及水稻抗逆育种提供理论依据。 展开更多
关键词 水稻 OsVQ20基因 生物信息学分析 表达分析
肝癌中CYP27A1表达的文献计量及生物信息学分析 预览
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作者 张孟之 管连城 +4 位作者 柴艺汇 李文 高洁 秦忠 陈云志 《湖北民族学院学报:医学版》 2019年第1期6-9,共4页
目的总结肝癌与固醇-27羟化酶(CYP27A1)的关联性研究近况及发展趋势,探讨CYP27A1在肝癌中的治疗作用。方法使用Go PubMed工具搜集文献资料,展开计量分析;基于The Human Protein Atlas数据库获取CYP27A1蛋白在正常肝组织及肝癌组织中的... 目的总结肝癌与固醇-27羟化酶(CYP27A1)的关联性研究近况及发展趋势,探讨CYP27A1在肝癌中的治疗作用。方法使用Go PubMed工具搜集文献资料,展开计量分析;基于The Human Protein Atlas数据库获取CYP27A1蛋白在正常肝组织及肝癌组织中的免疫组化表达情况,并依据The Cancer Genome Atlas内RNA-Seq数据集整理绘制CYP27A1高低表达情况在肝癌患者中的生存曲线。结果文献计量分析结果显示,PubMed中共收录相关文献13篇,整理后共得出20个高频研究关键词及主要作者信息、12个顶级期刊收录情况、1份研究地域分布图;免疫组化结果显示,与正常肝组织比较,肝癌组织中的CYP27A1呈现明显的低表达趋势;生存分析结果显示,CYP27A1的高表达有助于改善肝癌患者的预后,提高生存质量。结论二者的关联性研究尚处于起步阶段,CYP27A1可能是肝癌的潜在治疗靶点。 展开更多
关键词 肝癌 CYP27A1 文献计量分析 生物信息学分析
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基于转录组的'黄花2号'水仙ARF基因家族分析
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作者 李全超 刘洋 +3 位作者 肖瑶宇 李琳 杨征帆 陈晓静 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期687-694,共8页
生长素反应因子(Auxin response factors,ARFs)在植物生长发育过程调节生长素响应基因表达中发挥着重要的作用.为了解多花水仙ARF家族,基于转录组数据,通过NR、NT、Swiss-Prot和PFAM 4个数据库、NCBI网站和在线软件SMART的注释筛选,利用... 生长素反应因子(Auxin response factors,ARFs)在植物生长发育过程调节生长素响应基因表达中发挥着重要的作用.为了解多花水仙ARF家族,基于转录组数据,通过NR、NT、Swiss-Prot和PFAM 4个数据库、NCBI网站和在线软件SMART的注释筛选,利用ExPASy-ProtParam tool、SOPMA、Prot Comp、MEME、MAGA和Heml软件进行氨基酸理化性质、蛋白二级结构、亚细胞定位、保守基序、系统进化树和小鳞茎萌发不同时期的表达模式分析.共筛选得到21个ARF家族基因,生物信息学分析12个全长基因蛋白长度在193-1 096 aa之间,预测的分子量(Mr)为20.46-122.2,等电点为5.19-7.97,全部为不稳定的亲水蛋白,亚细胞定位预测均位于细胞核中.进化树和基序分析表明,21个NtARF蛋白分为3个大组,GlassⅢ进一步被分为3个亚组,分支相近的ARF转录因子具有相同或相近的基序. NtARF8、NtARF13、NtARF15、NtARF17和NtARF21都展现较高的表达模式,可能是通过正向调节生长素的含量来促进小鳞茎的萌发.本研究表明,NtARF家族可能在多花水仙扦插繁殖过程中发挥着重要作用,结果可为将来深入研究多花水仙ARF基因家族的功能奠定基础. 展开更多
关键词 水仙 转录组测序 ARF家族 生物信息学分析 表达分析
头颈鳞状细胞癌相关致病基因的筛选和临床分析 预览
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作者 黄巧 尹时华 +1 位作者 廖行伟 翟思佳 《中国耳鼻咽喉颅底外科杂志》 CAS 2019年第4期385-392,共8页
目的筛选头颈鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),进一步探究其潜在分子机制。方法从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载HNSCC基因芯片数据集,通过GEO2R... 目的筛选头颈鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),进一步探究其潜在分子机制。方法从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载HNSCC基因芯片数据集,通过GEO2R鉴定HNSCC与正常样本间的DEGs,并对DEGs进行基因本体(gene ontology,GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析,应用Cytoscape进行蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络构建,最后通过UALCAN数据库进行生存分析。结果筛选出143个DEGs,其中上调基因50个,下调基因93个。GO分析显著富集在胶原分解代谢过程、细胞粘附及蛋白水解等生物过程,KEGG通路分析显著富集在药物代谢、核因子-κB(muclear factor-κB,NF-κB)信号通路、ECM-受体相互作用、补体和凝血级联等通路。PPI网络构建筛选出15个HNSCC相关核心基因,其中PLAU、SPP1、TIMP1被鉴定为临床相关基因。结论SPP1是抗癌治疗的良好靶标,也是指导放射治疗的标志物。PLAU和TIMP1可能是HNSCC的关键基因,有望成为分子靶向治疗的新靶点,PLAU和SPP1可能通过NF-κB信号通路调节HNSCC发展。 展开更多
关键词 头颈鳞状细胞癌 差异表达基因 生物信息学 生存分析
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TRPS1在胃癌中的表达及生物信息学分析 预览
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作者 黄梦岚 吴红 吕自力 《蛇志》 2019年第2期188-192,201共6页
目的探究转录抑制因子GATA结合基因1(TRPS1)在胃癌中的表达水平及其与表达相关基因的细胞功能及信号通路。方法通过筛选基因表达谱数据动态分析(GEPIA)、基因芯片表达谱公共数据库(GEO)数据,对TRPS1在胃癌组织中的数据进行Meta分析。采... 目的探究转录抑制因子GATA结合基因1(TRPS1)在胃癌中的表达水平及其与表达相关基因的细胞功能及信号通路。方法通过筛选基因表达谱数据动态分析(GEPIA)、基因芯片表达谱公共数据库(GEO)数据,对TRPS1在胃癌组织中的数据进行Meta分析。采用实时荧光定量PCR技术(RT-qPCR)检测TRPS1在胃癌细胞中的表达水平。应用生物信息学分析TRPS1及表达相似基因的细胞功能和信号通路。结果在公共数据库中,TRPS1在胃癌组织中均呈高表达,合并标准均差SMD为0.40(95%CI:0.04~0.76,P=0.028),敏感性分析稳定,无发表偏倚。TRPS1在胃癌细胞HGC-27和MGC-803中呈高表达(均P<0.01)。TRPS1和表达相关基因ESR1富集在多条功能通路中,与转录因子活性、序列特异性DNA结合等肿瘤相关通路密切相关;TRPS1与ESR1存在直接蛋白互作关联。结论TRPS1在胃癌中可能是一个促癌因子,在胃癌的调控机制中有重要作用。 展开更多
关键词 TRPS1 胃癌 META分析 生物信息学分析 信号通路
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高粱AGO蛋白家族基因鉴定及表达分析 预览
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作者 林俊俊 郭怀刚 +5 位作者 董洁静 杨克军 张海燕 李佐同 赵长江 徐晶宇 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1291-1302,共12页
Argonaute (AGO)蛋白是RNA介导的沉默复合物RISC的核心成分,在小RNA、Dicer-like酶等的协同下共同激发RNA沉默反应。为阐明高粱中AGO蛋白的功能,本研究采用生物信息学的方法首次在高粱全基因组水平鉴定15个SbAGOs,分别定位于高粱的7条... Argonaute (AGO)蛋白是RNA介导的沉默复合物RISC的核心成分,在小RNA、Dicer-like酶等的协同下共同激发RNA沉默反应。为阐明高粱中AGO蛋白的功能,本研究采用生物信息学的方法首次在高粱全基因组水平鉴定15个SbAGOs,分别定位于高粱的7条染色体上,根据氨基酸序列将其划分为三个亚家族。亚家族Ⅲ中SbAGO7和SbAGO3都含有3个外显子,亚家族Ⅱ中SbAGO4和SbAGO6都具有22个外显子,成员最多的亚家族Ⅰ中基因外显子数量介于19~24之间。其中,亚家族Ⅰ中SbAGO1-1和SbAGO1-3、SbAGO1-3和SbAGO1-4、SbAGO5-2和SbAGO5-4发生过基因复制事件,可能存在功能冗余现象。NCBI表达谱数据库分析发现,SbAGO1-1、SbAGO1-2、SbAGO1-3和SbAGO4在高粱不同组织器官和生长发育阶段均有较高表达,其中SbAGO1-1和SbAGO1-2、SbAGO1-3和SbAGO4表达时期和表达量基本一致,可能在调控高粱生长发育方面发挥协同作用。高温、干旱及高温与干旱复合逆境表达谱芯片数据分析发现,高温处理引起5个SbAGOs基因差异表达,干旱处理SbAGOs表达变化不明显,复合逆境引起7个SbAGOs基因差异表达;2个处理共同差异表达基因为SbAGO1-3、SbAGO1-1、SbAGO5-2和SbAGO3,表达量变化趋势相近。其中SbAGO1-1、SbAGO1-2、SbAGO1-3和SbAGO5-6下调表达,SbAGO3、SbAGO5-2、SbAGO1-4和SbAGO10上调表达。本研究结果为揭示SbAGO蛋白功能和发掘高粱的抗逆育种靶向基因资源提供了一定的理论依据。 展开更多
关键词 SbAGOs 高粱 表达分析物 生物信息学分析
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甘蔗SsCBL4基因的克隆及表达特性分析
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作者 凌秋平 吴嘉云 +4 位作者 杨湛端 周文灵 黄莹 李奇伟 曾巧英 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1351-1359,共9页
类钙调磷酸酶B亚基蛋白(calcineurin B-like, CBL)作为一种特殊的钙感受器在植物逆境胁迫响应过程中发挥重要作用。甘蔗(Saccharum spp.)是我国最主要的糖料作物和能源作物。根据甘蔗前期转录组测序结果,采用反转录PCR (reverse transcr... 类钙调磷酸酶B亚基蛋白(calcineurin B-like, CBL)作为一种特殊的钙感受器在植物逆境胁迫响应过程中发挥重要作用。甘蔗(Saccharum spp.)是我国最主要的糖料作物和能源作物。根据甘蔗前期转录组测序结果,采用反转录PCR (reverse transcription-PCR, RT-PCR)从低钾胁迫甘蔗根系中克隆得到CBL基因,命名为SsCBL4 (GenBank No. KY674 987.1)。该基因包含1个长度为636 bp的开放阅读框,可编码211个氨基酸。SsCBL4蛋白的相对分子量为23.97 903 kD,等电点为4.88,含有2个保守结构域,均与Ca2+结合相关。同时,SsCBL4具有CBL家族典型的EF-hand (elongation factor hand)结构域,并且含有N-豆蔻酰化结构域和与CBL互作激酶蛋白(CBL-interacting protein kinase, CIPK)互作的FPSF位点。同源性分析结果显示,SsCBL4与高粱(Sorghum bicolor)、玉米(Zea mays)、水稻(Oryza sativa)和小麦(Triticum aestivum)等作物的CBL4序列有较高一致性。qPCR检测结果显示,在低氮、低磷、低钾、干旱和盐胁迫下SsCBL4基因的表达均有发生改变。其中,低钾、干旱和盐胁迫条件下,该基因表达均为上调。低氮和低磷胁迫条件下,SsCBL4的表达量表现上下波动的变化趋势,在96 h表达量均达到最高点,随后显著下降;低钾处理8~48 h,SsCBL4基因相对表达量随着时间的延长逐渐下降;干旱胁迫8、24和96 h,该基因的相对表达量相对较高,96 h表达量达到最高,约为对照的20.5倍;盐胁迫24~96 h,表达量随着胁迫时间的延长相对表达量逐渐升高,96 h该基因表达量达到最高,约为对照的9.1倍。这些结果说明SsCBL4基因可能在不同逆境胁迫中发挥重要作用,该研究为深入研究SsCBL4抗逆功能和相关分子机制提供参考。 展开更多
关键词 甘蔗 类钙调磷酸酶B亚基蛋白(CBL) 基因克隆 生物信息学分析 基因表达分析
陆地棉GhACS基因家族鉴定及表达分析
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作者 李辰曦 刘凌云 +1 位作者 王松 江静 《河南大学学报:自然科学版》 CAS 2019年第3期303-310,共8页
1-氨基环丙烷-1-羧酸合酶(1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase,ACS,EC 4.4.1.14)是乙烯生物合成过程的限速酶,对乙烯在高等植物体内的代谢调控具有至关重要的作用.本文通过系统发育分析和序列比对研究,鉴定出陆地棉基因组共编... 1-氨基环丙烷-1-羧酸合酶(1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase,ACS,EC 4.4.1.14)是乙烯生物合成过程的限速酶,对乙烯在高等植物体内的代谢调控具有至关重要的作用.本文通过系统发育分析和序列比对研究,鉴定出陆地棉基因组共编码22个GhACS基因,其编码蛋白含有7个与功能密切相关的保守基序,C末端具有多个潜在的Ser磷酸化位点;GhACS基因组织表达分析显示每个GhACS在棉花不同组织不同发育阶段表现出不同的基因表达谱,这些结果为进一步探究陆地棉GhACS基因家族的功能提供了有力的依据和参考. 展开更多
关键词 陆地棉 ACS基因家族 生物信息学分析 组织表达分析
高卢蜜环菌几丁质酶基因的生物信息学分析与表达
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作者 黄靖雯 刘娟 +3 位作者 周骏辉 袁媛 杨全 黄璐琦 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1151-1155,共5页
高卢蜜环菌是一种兼性寄生真菌,在天麻栽培过程中作为天麻的唯一营养源。几丁质酶作为一种糖苷水解酶,在高卢蜜环菌的生长发育及其与天麻的共生过程中发挥重要作用。高卢蜜环菌几丁质酶基因共有22条,对这些几丁质酶基因的氨基酸序列进... 高卢蜜环菌是一种兼性寄生真菌,在天麻栽培过程中作为天麻的唯一营养源。几丁质酶作为一种糖苷水解酶,在高卢蜜环菌的生长发育及其与天麻的共生过程中发挥重要作用。高卢蜜环菌几丁质酶基因共有22条,对这些几丁质酶基因的氨基酸序列进行生物信息分析,发现有12条几丁质酶基因均含有糖苷水解酶18家族(GH18)结构域。对高卢蜜环菌、奥氏蜜环菌、天麻、酿酒酵母和哈茨木霉的几丁质酶氨基酸序列进行系统进化分析,进一步预测高卢蜜环菌中几丁质酶基因功能。利用独角金内酯类似物GR24诱导高卢蜜环菌分枝,并分析22条几丁质酶基因的表达模式,发现8条基因可能参与蜜环菌分枝、细胞壁降解和重塑等生理过程。 展开更多
关键词 蜜环菌 几丁质酶 独角金内酯 生物信息学分析 表达分析
长白落叶松过氧化氢酶LoCAT1基因克隆及表达分析 预览
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作者 白晓明 董实伟 +3 位作者 杨宇宁 宋跃 张含国 李淑娟 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期539-546,共8页
为了解长白落叶松过氧化氢酶(CAT)基因的相关信息,探究该基因在长白落叶松不同组织中及不同逆境胁迫下的表达特性,本研究根据长白落叶松转录组数据库中获得的CAT1基因全长序列设计引物,克隆得到长白落叶松CAT1基因,命名为LoCAT1。该基... 为了解长白落叶松过氧化氢酶(CAT)基因的相关信息,探究该基因在长白落叶松不同组织中及不同逆境胁迫下的表达特性,本研究根据长白落叶松转录组数据库中获得的CAT1基因全长序列设计引物,克隆得到长白落叶松CAT1基因,命名为LoCAT1。该基因完整的开放阅读框(ORF)长度为954bp,共编码317个氨基酸。系统进化树分析结果显示,LoCAT1基因与北美云杉、银杏等CAT基因亲缘关系较近。利用实时定量RT-PCR技术分析了LoCAT1基因在长白落叶松中的组织表达特异性和应对非生物胁迫的表达模式。结果表明:LoCAT1基因在长白落叶松的根、茎、叶中均有表达,其中在茎部表达量最低,在叶中相对表达量最高。在非生物胁迫下,LoCAT1基因在长白落叶松根、茎、叶中的表达均发生了变化,但表达模式不同。在NaCl处理后,根和茎中LoCAT1基因均表现为下调表达,在12h时表达量最低,而叶中LoCAT1基因表达在24h明显受抑制,随后被上调表达,胁迫96h时表达量最高。PEG6000处理后,根和茎中LoCAT1基因的表达在胁迫早期被明显抑制,随后被上调表达。而叶中LoCAT1基因的表达在所有时间点均表现为上调表达。本研究推测长白落叶松LoCAT1基因可能参与了植物响应逆境胁迫的应答。 展开更多
关键词 长白落叶松 LoCAT1 克隆 生物信息学分析 表达分析
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慈竹BeCesA1和BeCesA7基因的克隆及组织表达分析
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作者 罗丹 姜勇 +3 位作者 胡尚连 曹颖 黄艳 龙治坚 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期79-85,共7页
植物的纤维素合成酶(CesA)是纤维素合成途径的关键酶,不仅与纤维素含量相关,也与植物生长发育相关。但有关慈竹CesA基因的克隆与分析,以及GA3对慈竹CesA基因表达的影响未见报道。本研究通过慈竹转录组数据库、在线NCBI基因组数据库及毛... 植物的纤维素合成酶(CesA)是纤维素合成途径的关键酶,不仅与纤维素含量相关,也与植物生长发育相关。但有关慈竹CesA基因的克隆与分析,以及GA3对慈竹CesA基因表达的影响未见报道。本研究通过慈竹转录组数据库、在线NCBI基因组数据库及毛竹基因组数据库,同源克隆得到两个CesA基因,BeCesA1(GenBank注册号:KY435488)和BeCesA7 (GenBank注册号:KY435489),分别编码1 078和1 053个氨基酸残基。保守结构域分析及多重序列比对分析表明,慈竹BeCesA1和BeCesA7蛋白均在N端存在一个RING finger结构和两个高度可变区域。组织表达结果表明,BeCesA1和BeCesA7两个基因在竹不同组织中表达模式各不相同,但均在100 cm笋等组织中高表达,然而BeCesA7的表达量明显高于BeCesA1。在竹的发育过程中,BeCesA1基因随着笋的发育表达量逐渐降低,而BeCesA7则随着笋的发育逐渐增高。外源施加GA3后,以BeCesA1的CK未展开叶为参照,BeCesA1在茎秆中的表达量降低,而BeCesA7则在茎秆中的表达量增加。 展开更多
关键词 慈竹CesA基因 克隆 生物信息学分析 组织表达分析
沙柳SpsTAC2基因克隆、生物信息学及组织特异表达分析
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作者 袁梦如 杨杨 +3 位作者 张磊 贺玉娇 金娜 杨海峰 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期2144-2151,共8页
TAC基因隶属IGT基因家族,该基因家族主要参与植物分枝角度的调控,目前国内外针对木本植物中TAC基因的研究较少。为了获得沙柳中的TAC基因并对该序列进行初步分析,本研究用同源克隆技术在沙柳中克隆得到长度为783 bp的CDS序列并命名为Sps... TAC基因隶属IGT基因家族,该基因家族主要参与植物分枝角度的调控,目前国内外针对木本植物中TAC基因的研究较少。为了获得沙柳中的TAC基因并对该序列进行初步分析,本研究用同源克隆技术在沙柳中克隆得到长度为783 bp的CDS序列并命名为Sps TAC2基因,对其进行生物信息学及组织特异性表达分析。结果分析表明,该基因编码260个氨基酸,为亲水性蛋白,未发现跨膜结构域,无信号肽区域,亚细胞定位预测在细胞核,基因内含有IGT基因家族典型结构域。系统进化树将SpsTAC2氨基酸序列与杨、柳位于第二条染色体上的TAC-like基因所编码氨基酸序列聚为一类。RT-qPCR结果表明,该基因在成熟叶表达量最高,其次是韧皮部,在根部几乎不表达。从沙柳中成功克隆出了调控分枝角度的IGT基因家族的SpsTAC2基因,推测该基因的主要作用部位可能在成熟叶、茎中。沙柳SpsTAC2基因的研究为IGT基因家族研究及沙柳育种工作提供了理论依据。 展开更多
关键词 沙柳 分枝角度 TAC 生物信息学分析 表达分析
怀黄菊CmPAN基因的克隆与表达分析
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作者 赵喜亭 刘克 +6 位作者 朱玉婷 马孟丹 吕萌 宋灵雨 蒋丽微 王苗 李明军 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期615-623,共9页
怀菊花(Chrysanthemum morifolium)是著名的四大怀药之一,具有很高的观赏、食用及药用价值,但其花器官发育缺乏相关研究。为探究PERIANTHIA (PAN)基因在怀菊花花发育中的功能,首先利用同源克隆与cDNA末端快速扩增(rapid amplification o... 怀菊花(Chrysanthemum morifolium)是著名的四大怀药之一,具有很高的观赏、食用及药用价值,但其花器官发育缺乏相关研究。为探究PERIANTHIA (PAN)基因在怀菊花花发育中的功能,首先利用同源克隆与cDNA末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends, RACE)技术成功克隆获得怀菊花优良种质怀黄菊(Ch. morifolium cv. Huaihuang)中CmPAN的cDNA序列,全长为1 484 bp,其中CDS区为1 314bp,5’UTR和3’UTR分别为64和106 bp。预测其编码437个氨基酸,与其他植物的PAN序列具有较高同源性,且C末端具有碱性亮氨酸拉链(basic leucine zipper motif, bZIP)家族D亚族的特征区和2个谷氨酰胺丰富区,与拟南芥(Arabidopsis thaliana) AtPAN的亲缘关系最近,故命名为CmPAN (GenBank No.KX380854)。生物信息学分析显示,CmPAN蛋白质的预测分子量和等电点分别为48.265 k D和8.82;CmPAN为非分泌性蛋白,并具有核定位序列,无序化程度小于AtPAN。qRT-PCR检测结果表明,CmPAN在花与茎中的表达量高于根与叶;在花发育的现蕾期至透色期表达量较高,之后呈下降趋势;在花器官中表达水平从高至低依次为管状花瓣、管状花雄蕊、舌状花瓣、舌状花心皮、花托。上述结果提示,CmPAN可能在花发育初期发挥重要作用,并且与管状花的花瓣和雄蕊的发育密切相关。本研究为进一步探究CmPAN基因的功能提供了参考依据。 展开更多
关键词 怀黄菊 PERIANTHIA (PAN) 基因克隆 生物信息学分析 表达分析
84K杨4CL3/4CL5基因克隆及生物信息学分析 预览
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作者 孙晓莎 王遂 +1 位作者 赵曦阳 曲冠证 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期547-556,共10页
木质素是木材的重要组成成分,主要起机械支持、水分运输及防御病虫害等作用。4CL酶是控制木质素合成途径中的关键酶之一。利用PCR技术从84K杨幼叶cDNA中克隆得到Pag4CL3/4CL5基因,GenBank登录号分别为MK183033(Pag4CL3)及MK183034(Pag4C... 木质素是木材的重要组成成分,主要起机械支持、水分运输及防御病虫害等作用。4CL酶是控制木质素合成途径中的关键酶之一。利用PCR技术从84K杨幼叶cDNA中克隆得到Pag4CL3/4CL5基因,GenBank登录号分别为MK183033(Pag4CL3)及MK183034(Pag4CL5)。利用生物信息学软件,对这两个基因的功能和特征进行分析。结果发现84K杨中4CL3/4CL5蛋白与毛果杨中4CL3/4CL5蛋白相似度高达97%;此外,均含有SSGTTGLPKGV和GEICIRG两个保守基序;亚细胞定位预测显示Pag4CL3/4CL5蛋白主要定位在内质网中,推测可能是一种膜蛋白;蛋白的亲水性预测Pag4CL3/4CL5均为亲水性蛋白。通过qRT-PCR分析Pag4CL3/4CL5在不同组织部位中的表达差异,结果发现Pag4CL3在叶及茎中表达量较高,在根和顶芽中表达量较低;Pag4CL5在叶及根中表达量较高,在茎和顶芽中表达量较低,两个同源基因表达具有组织部位的差异性。Pag4CL3和Pag4CL5可能在叶中共同行使功能,Pag4CL5主要在根中行使功能,Pag4CL3主要在茎中行使功能。 展开更多
关键词 84K杨 4CL基因 克隆 生物信息学分析
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黑貉TYRP1基因的克隆及生物信息学分析 预览
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作者 郭跃跃 张宇飞 +3 位作者 王天骄 邢秀梅 徐超 赵家平 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第5期1299-1307,共9页
为探明黑貉酪氨酸酶相关蛋白1(tyrosinase-related protein 1,TYRP1)基因CDS序列并对其进行生物信息学分析,试验采集黑貉背部皮肤组织提取RNA后反转录为cDNA,根据GenBank中犬科TYRP1基因mRNA序列(登录号:NM001194966.1)设计1对特异性引... 为探明黑貉酪氨酸酶相关蛋白1(tyrosinase-related protein 1,TYRP1)基因CDS序列并对其进行生物信息学分析,试验采集黑貉背部皮肤组织提取RNA后反转录为cDNA,根据GenBank中犬科TYRP1基因mRNA序列(登录号:NM001194966.1)设计1对特异性引物,通过RT-PCR扩增TYRP1基因CDS区,将其插入到克隆载体中,对阳性菌落经PCR验证和序列测定后进行生物信息学分析。结果显示,黑貉TYRP1基因CDS序列全长为1 614 bp,编码537个氨基酸,所编码蛋白属于不稳定可溶性的亲水蛋白质。TYRP1基因与狐的遗传距离较近,说明该基因在不同物种及进化过程中具有高度保守性。TYRP1蛋白二级结构中,无规则卷曲所占比例最高,为54.0%;α-螺旋次之,为29.8%。TYRP1蛋白三级结构主要由大量无规则卷曲和α-螺旋构成,与二级结构相一致。TYRP1蛋白具有氧化还原酶活性,参与DNA修复和复制、蛋白质合成和降解,可与TYR、DCT、TP53、TRPC1等多种蛋白相互作用。本试验结果为进一步探索TYRP1基因在哺乳动物毛色遗传机制中的功能提供了理论依据。 展开更多
关键词 黑貉 TYRP1基因 克隆 生物信息学分析
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桑树bHLH转录因子家族全基因组鉴定与分析
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作者 惠甜 沈兵琪 +5 位作者 王连春 卜晓真 邓浪 包昌艳 周凡 李辰晖 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第17期5624-5637,共14页
本研究旨在鉴定桑树bHLH基因,并分析预测其理化性质和保守结构域,以期为研究bHLH转录因子在桑树的生长发育、抗逆胁迫以及信号转导过程中的作用提供参考。本研究使用桑树全基因组数据,通过生物信息学方法对桑树的b HLH转录因子进行了鉴... 本研究旨在鉴定桑树bHLH基因,并分析预测其理化性质和保守结构域,以期为研究bHLH转录因子在桑树的生长发育、抗逆胁迫以及信号转导过程中的作用提供参考。本研究使用桑树全基因组数据,通过生物信息学方法对桑树的b HLH转录因子进行了鉴定与系统分析。结果表明,在桑树全基因组中共鉴定出173个b HLH转录因子,经过系统进化分析,将其分为四个进化大组,11个亚组;bHLH转录因子间理化性质差别和跨度较大,59.1%的等电点小于7,呈弱酸性;保守结构域分析表明,bHLH转录因子有两个高度保守的结构域并含有H5-E9-R13保守序列,N端的碱性氨基酸区与DNA结合位点有关,C端的HLH区形成螺旋-环-螺旋结构并且与形成二聚体有关,共含有5种保守元件;保守元件分析表明,bHLH基因家族只含有一个HLH保守结构域结构;蛋白互作分析结果表明,相似的功能或者相近的生理过程可能由不同的蛋白控制。鉴定和分析桑树bHLH转录因子家族,既可以为桑树的抗旱、胁迫等方面的研究提供分子生物学理论基础,又可以为分子改良桑树品种提供理论依据,从而改良桑椹的果实品质,进一步提高桑椹的食用价值和药用价值。 展开更多
关键词 桑树(Morus notabilis) bHLH转录因子 生物信息学分析 全基因组鉴定 蛋白质互作
利用生物信息学方法解析自噬相关基因在人体红细胞终末分化各阶段的动态表达 预览
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作者 徐长禄 赵艳红 +8 位作者 马艺戈 王冰蕊 王鼎 郭青 佟静媛 高洁 李亚朴 刘金花 石莉红 《生物技术进展》 2019年第3期271-276,共6页
为了探究自噬相关基因在人体红细胞终末分化各阶段的表达概况,利用生物信息学方法对人体终末分化各阶段红细胞转录组测序(RNA sequencing,RNA-Seq)数据中自噬相关基因的表达进行提取并分析。结果表明,自噬相关基因在红细胞终末分化各阶... 为了探究自噬相关基因在人体红细胞终末分化各阶段的表达概况,利用生物信息学方法对人体终末分化各阶段红细胞转录组测序(RNA sequencing,RNA-Seq)数据中自噬相关基因的表达进行提取并分析。结果表明,自噬相关基因在红细胞终末分化各阶段呈现不同的表达模式;在红细胞终末分化的早期,超过50%的自噬相关基因呈现高表达状态;原始红细胞及早幼红细胞中高表达的自噬相关基因富集的生物学过程主要包括细胞自噬及其调节、蛋白质的磷酸化及囊泡的运输,而线粒体自噬相关基因主要在中幼红细胞及晚幼红细胞阶段高表达。研究发现,自噬相关基因在人体红细胞终末分化各阶段的表达呈现动态变化;不同阶段的红细胞中高表达的自噬相关基因及其富集的生物学过程均不同。 展开更多
关键词 自噬相关基因 红细胞终末分化 RNA-SEQ 红细胞成熟 生物信息学分析
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凝结芽孢杆菌中耐热木酮糖激酶基因的克隆表达及生信分析 预览
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作者 聂恬 孟未群 +2 位作者 李梦然 张玉明 倪志华 《中国酿造》 CAS 北大核心 2019年第8期142-147,共6页
该研究以凝结芽孢杆菌(Bacillus coagulans)IPE22为研究对象,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增获得木酮糖激酶基因Bc-XK,将其与载体pET-30a连接后,在大肠杆菌(Escherichia coli)BL21(DE3)中进行诱导表达。然后采用镍柱亲和层析纯化重组酶Bc-... 该研究以凝结芽孢杆菌(Bacillus coagulans)IPE22为研究对象,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增获得木酮糖激酶基因Bc-XK,将其与载体pET-30a连接后,在大肠杆菌(Escherichia coli)BL21(DE3)中进行诱导表达。然后采用镍柱亲和层析纯化重组酶Bc-XK,对基因Bc-XK及其编码的蛋白质进行生信分析。结果表明,纯化后重组酶Bc-XK的酶比活力为(20.56±3.31)U/mg,热稳定性好,在60℃保持活力180 min以上,具有很好的工业应用潜力。Bc-XK基因含有一个1 536 bp的开放阅读框,共编码511个氨基酸,其编码的蛋白质为亲水蛋白,等电点(PI)为5.46,分子质量为56.15 kDa,二级结构中α-螺旋、无规卷曲和延伸链含量丰富,3个催化位点分别为天冬氨酸-8、苏氨酸-11、天冬氨酸-239,高度保守。 展开更多
关键词 木酮糖激酶 基因 凝结芽孢杆菌 克隆 表达 纯化 生物信息学分析
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小麦细胞分裂素受体基因TaHK1的生物信息学及表达特性分析 预览
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作者 孙丽静 赵慧 +4 位作者 吕亮杰 张颖君 胡梦芸 刘茜 李辉 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2019年第4期75-82,共8页
细胞分裂素在植物发育和应对盐渍、干旱等非生物胁迫的过程中均扮演着重要的角色。为了研究小麦细胞分裂素受体基因的功能,利用已知的拟南芥细胞分裂素受体基因AHK4(At2g01830)为参考序列,使用同源克隆的方法从小麦基因组中得到同源性... 细胞分裂素在植物发育和应对盐渍、干旱等非生物胁迫的过程中均扮演着重要的角色。为了研究小麦细胞分裂素受体基因的功能,利用已知的拟南芥细胞分裂素受体基因AHK4(At2g01830)为参考序列,使用同源克隆的方法从小麦基因组中得到同源性最高的基因TRIAE_CS42_4DS_TGACv1_362760_AA1181940(EnsemblPlants),命名为TaHK1。生物信息学分析表明,TaHK1位于小麦4D染色体上,编码的蛋白由996个氨基酸组成,分子质量为109.70 ku,等电点为5.71;TaHK1蛋白二级结构由α-螺旋、无规则卷曲、延伸链和β-转角4种构象组成;亚细胞定位预测该蛋白定位于细胞膜的可能性较大,跨膜结构域预测其具有2个跨膜域;蛋白保守结构域分析发现,TaHK1具有典型的细胞分裂素受体的完整结构域,并且含有87个磷酸化位点。表达谱分析显示,TaHK1在根、茎、叶、雄蕊和小穗等各个组织有广泛表达;此外,TaHK1表达量受低磷胁迫和多种病原菌侵染诱导,而受干旱胁迫抑制,推测其在小麦生长发育、抵御干旱胁迫和病原菌侵染过程中可能发挥重要作用。 展开更多
关键词 小麦 细胞分裂素受体 TaHK1 生物信息学分析 基因表达
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PK-15细胞源EDC3分子的克隆及生物信息学分析
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作者 孙勇 李昌红 +2 位作者 袁俊 刘娟娟 温贵兰 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第9期7-12,179共7页
为了研究猪肾细胞(PK-15)中mRNA脱帽激活因子(EDC3)基因并分析其编码区序列特征,试验采用巢式PCR方法获得PK-15细胞源EDC3基因并进行克隆与测序,利用生物信息学相关在线软件检测PK-15细胞与其他宿主EDC3基因的同源性及构建系统进化树,... 为了研究猪肾细胞(PK-15)中mRNA脱帽激活因子(EDC3)基因并分析其编码区序列特征,试验采用巢式PCR方法获得PK-15细胞源EDC3基因并进行克隆与测序,利用生物信息学相关在线软件检测PK-15细胞与其他宿主EDC3基因的同源性及构建系统进化树,并对该基因编码蛋白的跨膜结构、信号肽等分子特性进行分析。结果表明:猪EDC3基因全长为1 326 bp,编码440个氨基酸,比预测片段少201 bp;与预测野猪的核苷酸序列同源性达99.0%,氨基酸序列同源性达97.5%;该基因与野猪的亲缘关系最近,处于同一分支,其次是瘤牛、绵羊;EDC3基因编码蛋白的二级结构中无规则卷曲所占比例为59.09%,α-螺旋所占比例为20.68%,该结构蛋白无信号肽与跨膜结构。 展开更多
关键词 mRNA脱帽激活子基因 猪肾细胞 克隆 生物信息学 基因序列 蛋白质
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