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犬弓首蛔虫MUC-1基因的克隆及序列分析 认领
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作者 江艾耘 李芳 +1 位作者 陈绍基 周荣琼 《西南大学学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期81-87,共7页
为研究犬弓首蛔虫(Toxocara canis,T.canis)黏蛋白1基因(Tc-MUC-1)的分子特征,该试验根据犬弓首蛔虫基因组数据库中的Tc-MUC-1基因序列设计引物,通过PCR技术克隆Tc-MUC-1全长基因,并进行多重序列比对和种系发育进化树分析.结果发现该基... 为研究犬弓首蛔虫(Toxocara canis,T.canis)黏蛋白1基因(Tc-MUC-1)的分子特征,该试验根据犬弓首蛔虫基因组数据库中的Tc-MUC-1基因序列设计引物,通过PCR技术克隆Tc-MUC-1全长基因,并进行多重序列比对和种系发育进化树分析.结果发现该基因全长为531 bp,编码176个氨基酸.功能结构域分析发现Tc-MUC-1蛋白包含1个由11个STSSSSA重复序列构成的Mucin结构域和2个ShKT结构域;GO分析显示具有蛋白质结合和金属离子结合功能;多重序列比对发现Tc-MUC-1与T.canis的其余4个黏蛋白(Tc-MUC-2-Tc-MUC-5)均含有2个由36个氨基酸组成的ShKT结构域;种系发育进化树分析显示Tc-MUC-1与双胃线虫(Pristionchus pacificus;GenBank No.PDM76930)和秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans;GenBank No.NP491509)进化关系较近. 展开更多
关键词 犬弓首蛔虫 MUC-1基因 克隆 序列分析
大刺鳅mstn基因克隆及表达分析 认领
2
作者 钟东明 赖星星 +1 位作者 张明清 舒琥 《广东海洋大学学报》 CAS 2020年第3期14-21,共8页
【目的】了解大刺鳅(Mastacembelus armatus)肌肉生长抑制素(myostatin)基因mstn的序列及其在生长发育中的调控功能。【方法】利用RACE方法克隆大刺鳅mstn全长cDNA序列,采用荧光定量PCR分析其在不同组织和胚胎发育阶段的表达情况。【结... 【目的】了解大刺鳅(Mastacembelus armatus)肌肉生长抑制素(myostatin)基因mstn的序列及其在生长发育中的调控功能。【方法】利用RACE方法克隆大刺鳅mstn全长cDNA序列,采用荧光定量PCR分析其在不同组织和胚胎发育阶段的表达情况。【结果与结论】大刺鳅mstn cDNA序列全长2690 bp,包含200 bp 5′非编码区、1359 bp 3′非编码区和1131 bp开放阅读框,编码376个氨基酸。前22个氨基酸残基为信号肽,第37~254位氨基酸残基为TGF-β前肽域,第282~376位是TGF-β结构域,具蛋白酶水解位点RARR和C端生物活性区的9个保守半胱氨酸残基。系统发育分析表明,大刺鳅MSTN氨基酸序列与合鳃目、鲈形目鱼类同源性较高,与哺乳动物、鸟类、爬行类、两栖类同源性较低。实时定量PCR分析表明,大刺鳅mstn基因在各组织中均有表达,肌肉中表达量最高,眼、脑次之,鳃表达量最低;大刺鳅胚胎发育的各阶段mstn基因均有表达,囊胚期表达量最高,其次为多细胞期,出膜期表达量最低。 展开更多
关键词 大刺鳅 MSTN 基因 克隆 表达
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欧李DAM5基因的克隆及表达分析 认领
3
作者 杨依维 汪泽文 +3 位作者 王鹏飞 穆霄鹏 张建成 杜俊杰 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期28-34,共7页
休眠相关MADS-box(DAM)基因在植物芽休眠诱导过程中发挥重要作用。该研究以欧李‘农大4号’不同阶段的芽为材料,利用PCR技术,克隆获得ChDAM基因。ChDAM基因全长705 bp,编码234个氨基酸。多序列比对与结构域分析发现,ChDAM基因编码的蛋... 休眠相关MADS-box(DAM)基因在植物芽休眠诱导过程中发挥重要作用。该研究以欧李‘农大4号’不同阶段的芽为材料,利用PCR技术,克隆获得ChDAM基因。ChDAM基因全长705 bp,编码234个氨基酸。多序列比对与结构域分析发现,ChDAM基因编码的蛋白具有典型的MADS-box结构域和K-box结构域,其氨基酸序列与桃的DAM5蛋白相似性较高。启动子分析发现,ChDAM5基因的表达可能会受到低温和脱落酸的调控。实时荧光定量PCR分析发现,ChDAM5基因的表达随着休眠诱导进程逐渐升高。研究推测,ChDAM基因在诱导欧李芽休眠中发挥关键作用,为后续深入的代谢途径研究奠定了基础。 展开更多
关键词 欧李 休眠相关MADS-box基因 休眠 克隆 表达分析
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离体百合鳞茎发育及淀粉合成酶基因LohGBSSI的克隆与表达 认领
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作者 闵芮涵 孙敏译 +2 位作者 吴昀 李世琦 夏宜平 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期201-208,共8页
【目的】淀粉是百合Lilium spp.鳞茎的主要组成成分,淀粉代谢对于百合鳞茎发育至关重要,对其开展深入研究有助于解决鳞茎繁育慢等产业化难题。【方法】以主栽品种东方百合‘索邦’Lilium‘Sorbonne’离体鳞茎为材料,在观测不同发育时期... 【目的】淀粉是百合Lilium spp.鳞茎的主要组成成分,淀粉代谢对于百合鳞茎发育至关重要,对其开展深入研究有助于解决鳞茎繁育慢等产业化难题。【方法】以主栽品种东方百合‘索邦’Lilium‘Sorbonne’离体鳞茎为材料,在观测不同发育时期形态和淀粉积累的基础上,利用cDNA末端快速扩增技术(RACE),克隆淀粉合成代谢关键酶颗粒结合型淀粉合成酶基因LohGBSSI,并对其开展不同组织及发育期基因表达谱分析。【结果】①根据形态及源-库转换,离体百合鳞茎形成和发育过程可分为小鳞茎膨大初期(0~15 d),小鳞茎快速膨大期(15~55 d)及小鳞茎膨大后期(55~75 d)。②‘索邦’颗粒结合型淀粉合成酶基因LohGBSSI(GenBank登录号:MF101407.1)全长1913 bp,开放阅读框(ORF)长为1665 bp,编码554个氨基酸。氨基酸序列与兰州百合Lilium davidii var.unicolor GBSSI同源性较高(92%),推测该基因可能属于GBSSI基因家族。③LohGBSSI基因在鳞茎和叶中表达显著高于茎段和根,表明直链淀粉合成的最主要部位为源-库关键器官;不同发育时期鳞茎内LohGBSSI的表达在15 d时最高,暗示鳞茎形成初期需淀粉快速合成以便形态建成。【结论】为后续解析淀粉合成关键酶基因GBSS在鳞茎发育中的功能奠定了基础,也为百合进行淀粉相关基因修饰提供了依据。 展开更多
关键词 植物学 东方百合 鳞茎发育 GBSS 克隆 表达差异性
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罗非鱼干扰素诱导蛋白35基因克隆及表达分析 认领
5
作者 黄瑜 马嘉霖 +4 位作者 周棉鑫 陈敏琪 蔡佳 简纪常 汤菊芬 《广东海洋大学学报》 CAS 2020年第2期13-19,共7页
【目的】研究尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)干扰素诱导蛋白35(interferon induced protein 35,ifi35)在免疫反应中的作用。【方法】克隆获得罗非鱼ifi35基因开放阅读框序列(GenBank登录号:XM_003442606;On-ifi35),采用实时荧光定量... 【目的】研究尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)干扰素诱导蛋白35(interferon induced protein 35,ifi35)在免疫反应中的作用。【方法】克隆获得罗非鱼ifi35基因开放阅读框序列(GenBank登录号:XM_003442606;On-ifi35),采用实时荧光定量PCR技术检测On-ifi35在健康罗非鱼不同组织中的分布,以及不同刺激物刺激后的表达。【结果与结论】On-ifi35基因编码区为1125 bp,编码374个氨基酸,理论分子质量为42.79 ku,等电点为5.01。On-ifi35含有1个LZD结构域和2个Nmi/IFP 35 domain(NID)。多序列比对发现On-ifi35与其它物种的ifi35氨基酸序列同源性介于35.23%~93.32%之间,且与斑马拟丽鱼同源性最高。系统进化分析发现,On-ifi35与斑马拟丽鱼的ifi35聚为一支。实时荧光定量PCR分析显示,On-ifi35在健康罗非鱼各组织中均有表达,其中在脾脏组织中表达量最高,其次是胸腺、肝脏、心脏、肌肉、肠道、体肾、脑、鳃、头肾,在皮肤中表达量最低。经无乳链球菌和PolyI:C刺激后,On-ifi35表达量在脾脏、肠道、体肾和头肾中均发生显著性变化且呈现出显著的时序性。 展开更多
关键词 尼罗罗非鱼 ifi35 基因 克隆 表达
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意大利蜜蜂甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因amGAPDH2的cDNA克隆与序列分析 认领
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作者 欧阳霞辉 徐文凯 +3 位作者 刘丽霞 臧荣鑫 罗前 罗鹏辉 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期568-574,共7页
应用RT-PCR技术克隆了意大利蜜蜂(Apis mellifera)甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因amGAPDH2,利用MEGA5.1、DNAMAN、PredictProtein和I-TASSER等软件对该基因进化关系以及其所对应的蛋白的同源性、理化性质和结构进行了预测和分析。从意大利蜜蜂... 应用RT-PCR技术克隆了意大利蜜蜂(Apis mellifera)甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因amGAPDH2,利用MEGA5.1、DNAMAN、PredictProtein和I-TASSER等软件对该基因进化关系以及其所对应的蛋白的同源性、理化性质和结构进行了预测和分析。从意大利蜜蜂cDNA文库中克隆得到了长1188 bp的amGAPDH2序列,GenBank登录号为MH152402。该序列具有完整的开放阅读框(ORF,114~1115 bp),其编码333个氨基酸。该基因编码的氨基酸序列与其它昆虫的GAPDH有较高的序列相似性(80%以上),系统进化分析表明amGAPDH2与中华蜜蜂、小蜜蜂的序列相似性最高。利用ProtParam等软件对amGAPDH2编码的蛋白质分析结果显示,amGAPDH2属于不稳定、亲水性蛋白;二级结构属于混合型,Helix占25.53%、Strand占24.62%、Loop占49.85%;am GAPDH2具有两个保守结构域:一个是N端的NAD(P)结合结构域,另一个是C端的催化结构域Gp_dh_C。该研究为后期amGAPDH2基因的生理功能研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 意大利蜜蜂 甘油醛-3-磷酸脱氢酶 基因克隆
小鼠睾丸特异表达新基因LRRC34的分子克隆技术研究 认领
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作者 徐帅 郝琴 +1 位作者 陈宏波 向阳 《生物化工》 2020年第1期38-41,共4页
目的:以小鼠睾丸组织cDNA文库为模板,利用RT-PCR技术成功地克隆出了一个在小鼠睾丸组织中特异性高表达的与生精细胞凋亡相关的新基因LRRC34。方法:经生物信息学分析,该基因定位于小鼠3号染色体的3A和3B之间,并且含有11个外显子,10个内... 目的:以小鼠睾丸组织cDNA文库为模板,利用RT-PCR技术成功地克隆出了一个在小鼠睾丸组织中特异性高表达的与生精细胞凋亡相关的新基因LRRC34。方法:经生物信息学分析,该基因定位于小鼠3号染色体的3A和3B之间,并且含有11个外显子,10个内含子。其cDNA全长序列为1840 bp,开放阅读框为1248 bp,编码一个含有415个氨基酸残基的蛋白质。结果:多组织RT-PCR结果表明,该基因仅在小鼠睾丸组织中特异性表达,因此推测其可能在睾丸发育和精子形成的过程中起重要作用。结论:本基因的克隆为后续LRRC34基因功能的研究奠定了良好的基础,为男性生殖方面相关疾病提供了一定的理论依据。 展开更多
关键词 小鼠 克隆 LRRC34基因 生物信息学
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屯昌猪PDK4基因克隆及其组织表达分析 认领
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作者 孙瑞萍 王峰 +6 位作者 晁哲 刘海隆 邢漫萍 刘圈炜 黄丽丽 郑心力 魏立民 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第6期978-985,共8页
为获得屯昌猪丙酮酸脱氢酶激酶4(pyruvate dehydrogenase kinase 4,PDK4)基因的编码序列(coding sequence,CDS)并分析其分子结构特征,研究屯昌猪、杜洛克猪及其杂交F1代不同组织中的PDK4基因表达水平,本研究以Genbank上公布的猪PDK4基... 为获得屯昌猪丙酮酸脱氢酶激酶4(pyruvate dehydrogenase kinase 4,PDK4)基因的编码序列(coding sequence,CDS)并分析其分子结构特征,研究屯昌猪、杜洛克猪及其杂交F1代不同组织中的PDK4基因表达水平,本研究以Genbank上公布的猪PDK4基因序列(登录号:NM_001159306)为参考设计引物,通过RT-PCR扩增、测序、拼接获得屯昌猪PDK4基因CDS区。结果显示:屯昌猪PDK4基因CDS区长度1224 bp,相对分子质量为46170.24 u,既没有跨膜结构也不存在信号肽,属于非分泌型蛋白,主要在线粒体中发挥作用,预测存在2个潜在的糖基化位点和33个磷酸化位点,α螺旋区域在预测的二级结构中占比最大。实时荧光定量PCR检测结果显示,PDK4基因在屯昌猪背最长肌中表达量最高,且极显著高于杜洛克猪及其杂交F1代猪。 展开更多
关键词 屯昌猪 PDK4基因 克隆 组织表达 杜洛克猪 实时荧光定量PCR
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水体磷代谢转化中磷酸激酶基因研究进展 认领
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作者 丁一 《价值工程》 2020年第2期270-271,共2页
水体富营养化,藻类爆发是我国湖库亟待解决的主要水质问题之一,作为藻类生长的主要营养盐和制约因素,磷是水体富营养化的限制性诱因。在磷的代谢转化过程中,多聚磷酸盐(Poly-P)可将众多无机磷酸盐单体聚合。磷酸激酶(PPK)与Poly-P代谢... 水体富营养化,藻类爆发是我国湖库亟待解决的主要水质问题之一,作为藻类生长的主要营养盐和制约因素,磷是水体富营养化的限制性诱因。在磷的代谢转化过程中,多聚磷酸盐(Poly-P)可将众多无机磷酸盐单体聚合。磷酸激酶(PPK)与Poly-P代谢密切相关。因此,对磷酸激酶基因PPK进行研究十分必要。 展开更多
关键词 磷酸激酶基因 缺失 克隆 除磷 环境因素
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日本荚蒾ITS序列的克隆与分析 认领
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作者 应梦豪 马佳莹 +6 位作者 邬张颖 戴晨宇 徐丽娜 杨如棉 朱欣 李彦蓉 蒋明 《贵州农业科学》 CAS 2020年第4期104-109,共6页
为日本荚蒾的分子鉴定及遗传多样性研究提供参考,在克隆日本荚蒾rDNA ITS全长的基础上,利用生物信息学手段明确其序列特征和系统发育关系。结果表明:日本荚蒾的ITS全长为617bp,ITS1、ITS2和5.8S序列长度分别为226bp、227bp和164bp;荚蒾... 为日本荚蒾的分子鉴定及遗传多样性研究提供参考,在克隆日本荚蒾rDNA ITS全长的基础上,利用生物信息学手段明确其序列特征和系统发育关系。结果表明:日本荚蒾的ITS全长为617bp,ITS1、ITS2和5.8S序列长度分别为226bp、227bp和164bp;荚蒾属18种植物的ITS全长为607~617bp,其中ITS1为224~230bp,ITS2为219~227bp;ITS1和ITS2的变异位点各有86个和74个,其中信息位点分别为41个和29个;荚蒾属植物的平均遗传距离为0.062,日本荚蒾和宜昌荚蒾之间的遗传距离最小,在系统发育树上处于同一分支,支持率达99%。 展开更多
关键词 日本荚蒾 内转录间隔区 克隆 序列分析
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琥珀蚕热激蛋白基因Hsp90的克隆和高低温胁迫下的表达分析 认领
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作者 刘增虎 钟健 +3 位作者 杨伟克 李琼艳 陈安利 董占鹏 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期59-66,共8页
热激蛋白(heat shock protein,HSP)是生物体应对不良环境胁迫的关键蛋白,HSP90是热激蛋白家族中的重要成员。琥珀蚕(Antheraea assamensis)是一种半驯养的经济昆虫,在生长过程中常受到高低温等不利环境条件的冲击。从琥珀蚕中克隆得到Aa... 热激蛋白(heat shock protein,HSP)是生物体应对不良环境胁迫的关键蛋白,HSP90是热激蛋白家族中的重要成员。琥珀蚕(Antheraea assamensis)是一种半驯养的经济昆虫,在生长过程中常受到高低温等不利环境条件的冲击。从琥珀蚕中克隆得到AaHsp90基因的全长cDNA序列(GenBank登录号:MK1656641),该序列长2482 bp,包括126 bp的5′非编码区(5′UTR)和202 bp的3′非编码区(3′UTR),开放阅读框为2154 bp,编码717个氨基酸,预测蛋白质分子质量为824 kD,等电点为500。AaHSP90氨基酸序列含有HSP90家族的5个特征序列及C末端的胞质保守基序MEEVD,氨基酸序列同源比对结果表明其与天蚕和柞蚕的同源序列相似度分别达到981%和990%。实时荧光定量PCR结果表明,该基因mRNA在琥珀蚕卵、幼虫期各龄及5龄第4天不同组织中均有表达;相对于对照组,在高温胁迫条件下其表达量显著上调,低温刺激条件下其表达则受到抑制。研究表明AaHsp90基因在琥珀蚕对环境温度适应中起重要作用。 展开更多
关键词 琥珀蚕 热激蛋白90 克隆 表达 实时荧光定量PCR 温度胁迫
砂藓(Racomitrium canescens)抗旱相关基因RcAOS2的克隆及表达分析 认领
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作者 沙伟 秦瑞峰 +3 位作者 孟灵军 信雨萌 马天意 张梅娟 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期1131-1137,共7页
丙二烯氧化物合酶(allene oxide synthase, AOS)是茉莉酸合成途径中关键酶,在茉莉酸合成中具有重要的作用。本研究在砂藓(Racomitrium canescens)干旱胁迫转录组数据中发现一个干旱胁迫下表达量上调的AOS基因,将其命名为RcAOS2,我们对Rc... 丙二烯氧化物合酶(allene oxide synthase, AOS)是茉莉酸合成途径中关键酶,在茉莉酸合成中具有重要的作用。本研究在砂藓(Racomitrium canescens)干旱胁迫转录组数据中发现一个干旱胁迫下表达量上调的AOS基因,将其命名为RcAOS2,我们对RcAOS2的开放阅读框进行了克隆及相关的生物信息学预测分析,并对RcAOS2在砂藓快速脱水和复水过程中的表达量变化进行了检测。结果显示,该基因cDNA全长1 474 bp,开放阅读框长516 bp。RcAOS2编码蛋白质的相对分子质量为4.36 kD,等电点为5.11,不稳定系数为55.02,为不稳定蛋白质;脂肪系数为19.19;RcAOS2蛋白质疏水性较强,属于疏水性蛋白质,存在信号肽,不属于跨膜蛋白质。系统进化分析表明,RcAOS2蛋白质与其他物种AOS蛋白质亲缘关系较远,是具有AOS序列特征的新类型。实时荧光定量PCR分析结果表明RcAOS2基因在砂藓干旱和复水过程中呈现差异性表达,推测RcAOS2可能参与砂藓的干旱胁迫响应和复水回复过程。本研究成果为进一步研究砂藓抗旱基因功能提供理论基础和备选基因资源。 展开更多
关键词 砂藓 RcAOS2 干旱 克隆 表达分析
新西兰兔Nrf2基因的克隆、序列分析及组织表达 认领
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作者 胡波 魏后军 +6 位作者 范志宇 仇汝龙 陈萌萌 宋艳华 朱伟峰 徐为中 王芳 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期1053-1058,共6页
为分析Nrf2基因在新西兰兔不同组织的表达差异情况,本试验根据GenBank公布的穴兔Nrf2基因序列设计了特异性引物,从兔肝脏中扩增出Nrf2基因并进行了生物信息学分析,同时采用实时荧光定量PCR技术研究了Nrf2基因在新西兰兔各组织中的表达... 为分析Nrf2基因在新西兰兔不同组织的表达差异情况,本试验根据GenBank公布的穴兔Nrf2基因序列设计了特异性引物,从兔肝脏中扩增出Nrf2基因并进行了生物信息学分析,同时采用实时荧光定量PCR技术研究了Nrf2基因在新西兰兔各组织中的表达差异。结果显示,扩增出的新西兰兔Nrf2基因长度为1 758 bp,编码585个氨基酸。序列比对结果显示,新西兰兔与穴兔、人、牛、鼠、斑马鱼等各种属动物Nrf2基因的核苷酸一致性为50.70%~99.83%。进化树分析表明Nrf2在物种间具有较高的保守性。实时荧光定量PCR结果显示,Nrf2基因在新西兰兔的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏和脑中均有表达,且肾脏中表达量最高,脾脏中表达量最低。本试验克隆了新西兰兔Nrf2基因,并研究了其mRNA在兔各组织中的表达情况,为开展兔Nrf2/ARE信号通路的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 Nrf2基因 克隆 序列分析 表达 新西兰兔
番鸭ERBB4基因组织表达、克隆及序列分析 认领
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作者 周璇 杨胜林 +3 位作者 杨世皓 罗林丽 祝永才 张芸 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第6期1637-1647,共11页
试验旨在检测受体酪氨酸蛋白激酶4(receptor tyrosine protein kinase 4,ERBB4)基因在番鸭不同生理状况下脑组织中的相对表达水平,分析其生物信息学功能,探究ERBB4基因是否影响鸭的攻击行为。运用实时荧光定量PCR方法对番鸭的纹状体、... 试验旨在检测受体酪氨酸蛋白激酶4(receptor tyrosine protein kinase 4,ERBB4)基因在番鸭不同生理状况下脑组织中的相对表达水平,分析其生物信息学功能,探究ERBB4基因是否影响鸭的攻击行为。运用实时荧光定量PCR方法对番鸭的纹状体、下丘脑中ERBB4基因的相对表达量进行检测,通过RT-PCR扩增并克隆ERBB4基因CDS核心区后测序,分析其同源性及遗传进化关系,并结合生物信息学分析工具预测ERBB4蛋白的理化特性、亚细胞定位、信号肽、二级结构、三级结构等。结果显示,ERBB4基因在番鸭两个脑组织中都有一定的表达,在攻击行为番鸭脑组织中的表达量高于正常组,在纹状体中的表达量略高于下丘脑。ERBB4基因核苷酸与氨基酸序列同源性比对显示,ERBB4基因在不同物种间具有一定的遗传多样性,与绿头鸭亲缘关系最近。ERBB4蛋白为亲水性稳定蛋白,氨基酸序列的N端不存在信号肽,存在5个富含呋喃样半胱氨酸(FU)结构域和1个酪氨酸激酶(TyrKc)蛋白结构域,亚细胞定位于细胞质;空间结构以右手α-螺旋和无规则卷曲为主。综上,ERBB4基因可能在番鸭神经系统中发挥重要作用,本研究结果为进一步深入探讨ERBB4基因在番鸭攻击行为中的作用机制提供了参考资料。 展开更多
关键词 番鸭 ERBB4基因 克隆 组织表达 生物信息学分析
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马蓝色氨酸合成酶基因的克隆、序列及表达分析 认领
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作者 公培民 宁书菊 +5 位作者 叶齐 马晓莉 赵璇璇 沈继伟 胡永乐 魏道智 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期873-881,共9页
通过对马蓝转录组数据分析,从马蓝叶片cDNA中克隆得到了色氨酸合成酶基因完整的编码序列(CDS),长度为807 bp,命名为BcTSA(GenBank登录号:MG857654),可编码269个氨基酸,并对其蛋白质理化性质、结构域、跨膜区、信号肽、磷酸化位点、糖基... 通过对马蓝转录组数据分析,从马蓝叶片cDNA中克隆得到了色氨酸合成酶基因完整的编码序列(CDS),长度为807 bp,命名为BcTSA(GenBank登录号:MG857654),可编码269个氨基酸,并对其蛋白质理化性质、结构域、跨膜区、信号肽、磷酸化位点、糖基化位点、编码蛋白的二、三级结构、亚细胞定位进行了分析。蛋白序列多重比对结果显示与其他植物的TSA蛋白序列具有一定的同源性,并通过qRT-PCR法检测BcTSA基因在不同器官的表达与外源激素茉莉酸甲酯(MeJA)、脱落酸(ABA)、水杨酸(SA)诱导表达情况。推测其编码的蛋白为亲水蛋白,相对分子质量为28.9 kD,理论等电点(pI)为5.65,无跨膜区;亚细胞定位分析结果显示,BcTSA定位在叶绿体中的可能性大,没有信号肽;有18个磷酸化位点,存在6个潜在的糖基化位点,二级结构主要由α-螺旋构成;BcTSA氨基酸序列与其它15种物种氨基酸序列的保守区域达到81.35%的相似性;BcTSA基因在马蓝不同组织中均有表达,在叶中的表达量最高,根中最低;另外,发现BcTSA基因响应外源诱导子对代谢的调控。BcTSA基因的克隆与序列分析,有助于研究BcTSA基因的功能,对提高马蓝有效成分的含量具有重要意义。 展开更多
关键词 马蓝(Baphicacanthus cusia) 色氨酸合成酶 克隆 表达分析
昆明犬IGF-1基因CDS区克隆、生物信息学分析及组织表达研究 认领
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作者 韦云芳 李飞翔 +5 位作者 马卫国 徐陶 李居东 陈方良 万九生 陈超 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第6期1659-1667,共9页
试验旨在系统研究昆明犬胰岛素样生长因子1(insulin-like growth factor-1,IGF-1)基因的结构和功能,揭示该基因的组织表达规律,为探讨工作犬体型及生长发育性状提供基本数据。以昆明犬为试验材料,运用分子克隆技术扩增IGF-1基因CDS区,... 试验旨在系统研究昆明犬胰岛素样生长因子1(insulin-like growth factor-1,IGF-1)基因的结构和功能,揭示该基因的组织表达规律,为探讨工作犬体型及生长发育性状提供基本数据。以昆明犬为试验材料,运用分子克隆技术扩增IGF-1基因CDS区,应用生物信息学方法进行序列同源性比对并构建系统进化树;获得对应的氨基酸序列并分析蛋白理化特性及蛋白亚细胞结构、亲疏水性和磷酸化位点,利用SOPMA和SWISS-MODEL软件预测蛋白二级结构并构建蛋白质三级结构模型;同时利用实时荧光定量方法检测该基因在昆明犬各组织的表达情况。结果显示,昆明犬IGF-1基因CDS区长462 bp,编码153个氨基酸,其核苷酸序列与家犬的同源性较高(100%),与小鼠和鸡的同源性较低(82.6%和81.2%)。IGF-1蛋白分子质量和理论等电点分别为16.97 ku和9.36,属亲水性分泌型蛋白,无跨膜结构,存在信号肽区域(第1-48位氨基酸);亚细胞定位分析表明,IGF-1蛋白主要分布于细胞核(56.5%)及线粒体(17.4%)中;磷酸化位点分析发现,IGF-1蛋白存在15个磷酸化位点;该蛋白的二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。组织表达显示,IGF-1基因在昆明犬不同组织中均有表达,尤其在脾脏、肝脏及肾脏中呈现高表达。本试验结果为今后深入研究IGF-1基因功能提供了理论参考,并为深入探讨IGF-1基因对昆明犬生长发育性状研究提供一定的基础资料。 展开更多
关键词 昆明犬 IGF-1基因 克隆 组织表达 生物信息学分析
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砂藓(Racomitrium canescens)RcRab基因的克隆及生物信息学分析 认领
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作者 刘博 沙伟 +4 位作者 周伯 马天意 柴媛媛 孙苗龙 张梅娟 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期898-904,共7页
本研究以砂藓(Racomitrium canescens)为材料,从砂藓干旱处理转录组数据库中筛选获得小G结合蛋白基因Rab的mRNA序列,通过RT-PCR法扩增,得到RcRab基因的CDS序列,并对其进行了生物信息学分析。结果表明,该基因c DNA全长为1171 bp,包含636... 本研究以砂藓(Racomitrium canescens)为材料,从砂藓干旱处理转录组数据库中筛选获得小G结合蛋白基因Rab的mRNA序列,通过RT-PCR法扩增,得到RcRab基因的CDS序列,并对其进行了生物信息学分析。结果表明,该基因c DNA全长为1171 bp,包含636 bp的开放阅读框,编码211个氨基酸。预测该基因有Rab家族的保守结构域-G结构域。RcRab蛋白分子质量为23.29 kD,理论等电点为5.76,具有亲水性,不属于跨膜蛋白且不存在信号肽。进化树分析表明,RcRab蛋白质与小立碗藓(Physcomitrella patens)Rab蛋白质亲缘关系最近。本研究可为进一步探索RcRab基因在苔藓植物中的抗旱机制提供数据基础。 展开更多
关键词 砂藓 RcRab基因 克隆 生物信息学分析
鳜Follistatin基因cDNA的克隆及其胚胎发育表达分析 认领
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作者 胡姜丽 徐蕾 +4 位作者 许艺兰 刘晶洁 孙悦 谢炎东 宾石玉 《广西师范大学学报:自然科学版》 CAS 北大核心 2020年第4期124-131,共8页
为探讨鳜Siniperca chuatsi卵泡抑素(Follistatin,FST)基因在胚胎发育时期的表达状况,本文采用qRT-PCR、3′RACE和5′RACE技术从鳜胚胎组织中克隆得到鳜FST基因的全长cDNA序列(GenBank登陆号:KM077175.1)为1271 bp。生物信息学分析表明,... 为探讨鳜Siniperca chuatsi卵泡抑素(Follistatin,FST)基因在胚胎发育时期的表达状况,本文采用qRT-PCR、3′RACE和5′RACE技术从鳜胚胎组织中克隆得到鳜FST基因的全长cDNA序列(GenBank登陆号:KM077175.1)为1271 bp。生物信息学分析表明,鳜FST基因编码区为960 bp,编码319个氨基酸。同时,对鳜FST氨基酸序列与其他物种的同源性以及系统进化特征进行了分析。qRT-PCT定量分析证实,FST在鳜胚胎发育早期的受精期和卵裂期开始低量表达,之后从囊胚期表达开始显著性增加,在神经胚期达到最高表达,随后FST表达保持较低表达水平。 展开更多
关键词 FST基因 克隆 胚胎发育 表达分析
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家蝇几丁质酶基因8(MDCht8)的cDNA克隆及功能初探 认领
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作者 吴沁怡 国果 +3 位作者 赵文静 苏佩佩 杨隆兵 修江帆 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2020年第2期168-173,共6页
目的从家蝇的EST测序数据库中筛选获得家蝇几丁质酶基因8(MDCht8),对其进行分子特性分析,探讨Cht8基因在家蝇不同组织和发育时期的时空表达模式及其在家蝇免疫防御中的功能。方法克隆MDCht8基因,借助MEGA 5.0软件采用邻接法构建系统进化... 目的从家蝇的EST测序数据库中筛选获得家蝇几丁质酶基因8(MDCht8),对其进行分子特性分析,探讨Cht8基因在家蝇不同组织和发育时期的时空表达模式及其在家蝇免疫防御中的功能。方法克隆MDCht8基因,借助MEGA 5.0软件采用邻接法构建系统进化树;采用实时荧光定量PCR检测MDCht8基因时空表达模式及微生物诱导后不同时间点(3、6、12、18、24、36、48h)MDCht8基因表达水平的变化。结果 MDCht8基因的ORF框全长1 512bp,编码一个含503个氨基酸的蛋白多肽,理论相对分子质量约为56.801 7×10^3,进化树分析显示该蛋白与果蝇Cht8遗传距离较近。时空表达模式分析显示,MDCht8基因在2龄幼虫和3龄幼虫内表达量较高,家蝇3龄幼虫的各主要组织中以唾液腺和中肠中的表达水平较高。经白色念珠菌和大肠埃希菌诱导后,家蝇MDCht8基因出现明显上调,金黄色葡萄球菌诱导后未表现出明显上调。成功克隆了MDCht8基因,PCR扩增片段为1 512bp,与预期相符。结论初步揭示了MDCht8基因在家蝇不同虫期,不同组织表达量不同,提示几丁质酶基因在家蝇生长发育过程中具有重要作用;MDCht8基因在家蝇幼虫受到病原微生物攻击后表达上调,且攻击后的不同时间点表达量不同,提示MDCht8基因编码的几丁质酶参与家蝇的免疫防御过程。 展开更多
关键词 家蝇 几丁质酶 克隆 分子特性 时空表达
解淀粉芽孢杆菌β-N-乙酰氨基葡萄糖苷酶基因的克隆表达及其酶学表征 认领
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作者 陈宝莉 秦臻 赵黎明 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第8期123-129,共7页
从解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens YX-01)中克隆得到一个新型β-N-乙酰氨基葡萄糖苷酶基因(BaNagase),并成功在大肠杆菌中异源表达。BaNagase编码616个氨基酸,与B.subtilis来源的β-N-乙酰氨基葡萄糖苷酶(AIY91451.1)氨基... 从解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens YX-01)中克隆得到一个新型β-N-乙酰氨基葡萄糖苷酶基因(BaNagase),并成功在大肠杆菌中异源表达。BaNagase编码616个氨基酸,与B.subtilis来源的β-N-乙酰氨基葡萄糖苷酶(AIY91451.1)氨基酸序列相似性最高,为76.97%。通过对比分析,BaNagase属于糖苷水解酶3家族。纯化获得的BaNagase比活力为16.42 U/mg,最适温度65℃,最适pH 6.0,且在低于55℃条件下能保持高于70%的酶活力。BaNagase展现出高的热稳定性和严格的底物特异性,为其高效制备N-乙酰氨基葡萄糖提供了理论支持。 展开更多
关键词 β-N-乙酰氨基葡萄糖苷酶 解淀粉芽孢杆菌 克隆 酶学性质 糖苷水解酶3家族
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