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邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯对罗非鱼肝脏转录组影响研究 预览
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作者 张林宝 胡莹 +2 位作者 陈海刚 贾晓平 蔡文贵 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第1期386-396,共11页
邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯(DEHP)作为生产量和使用量最多的一种邻苯二甲酸酯类化合物,其对水生生物具有多种毒性.本研究选用中国南方地区最重要的经济鱼类尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)作为实验对象,研究DEHP(50mg/kgbw)作用下... 邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯(DEHP)作为生产量和使用量最多的一种邻苯二甲酸酯类化合物,其对水生生物具有多种毒性.本研究选用中国南方地区最重要的经济鱼类尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)作为实验对象,研究DEHP(50mg/kgbw)作用下罗非鱼肝脏组织内转录组的响应特征.利用IlluminaTM HiSeq4000测序平台对DEHP处理组和对照组尼罗罗非鱼肝脏RNA样品分别进行转录组测序.对照组和DEHP暴露组分别获得30.10Mb和30.16Mb待分析数据(cleanreads),对转录组数据进行组装并去冗余后得到58,585个Unigene.将DEHP处理组和对照组的转录组数据进行比较一共获得5,008个差异表达基因,其中上调表达基因和下调表达基因分别为3,217个和1,791个.通过GO和KEGG功能分析后发现这些差异表达基因主要为机体免疫、生殖内分泌以及脂类代谢相关基因,这表明DEHP对尼罗罗非鱼肝脏毒性主要表现为免疫毒性、生殖毒性和脂类代谢紊乱.另外,实时荧光定量PCR验证结果发现转录组分析数据基本可靠.上述结果为在转录组水平筛选DEHP生物标志物,解析DEHP对罗非鱼毒性作用的分子机制提供了科学参考. 展开更多
关键词 邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯 尼罗罗非鱼 肝脏 转录组 差异表达基因
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应用生物信息学确定结直肠癌辐射抗性细胞的差异表达基因
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作者 朱长春 冯国兴 +3 位作者 董佳丽 姜勉 贺俊博 樊赛军 《国际放射医学核医学杂志》 2018年第4期340-345,351共7页
目的 基于生物信息学的方法,筛选结直肠癌辐射抗性细胞中的差异表达基因,从分子水平上初步探讨与结直肠癌抗辐射相关的潜在基因。方法 从基因芯片公共数据库(GEO)中下载耐辐射的结直肠癌细胞基因表达谱数据(GSE43206),并利用R语... 目的 基于生物信息学的方法,筛选结直肠癌辐射抗性细胞中的差异表达基因,从分子水平上初步探讨与结直肠癌抗辐射相关的潜在基因。方法 从基因芯片公共数据库(GEO)中下载耐辐射的结直肠癌细胞基因表达谱数据(GSE43206),并利用R语言中的limma包进行差异基因筛选。对差异基因中的编码基因分别进行基因本体论(GO)富集分析、京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析以及蛋白相互作用(PPI)分析,进一步筛选出PPI网络中的关键基因。通过实时荧光定量PCR实验确定5 Gy γ射线照射后人结肠癌HCT116细胞中关键基因的mRNA相对表达水平。采用Student t-test检验进行统计学分析,P〈0.05表示差异有统计学意义。结果 共筛选出101个差异基因,包含67个上调基因,34个下调基因。GO富集分析发现这些差异基因在细胞迁移、DNA复制等生物学过程中富集。KEGG通路分析证实这些差异基因主要富集在乏氧诱导因子1信号通路。通过构建PPI网络,筛选出NDRG1、PAG1、LRP1、PIM1、LDLR和PLAUR共6个与结直肠癌抗辐射相关的潜在基因。实时荧光定量PCR实验结果显示,与照射前比较,照射后人结肠癌HCT116细胞中NDRG1、PAG1、LRP1、PIM1、LDLR和NDRG1、PAG1、LRP1、PIM1、LDLR关键基因的mRNA表达量显著上升,差异均有统计学意义(t=49.981,P〈0.01;t=26.420、28.698、21.358、23.545,均P〈0.05;t=50.601,P〈0.01)。结论 利用生物信息学能够快速地筛选出与结直肠癌抗辐射相关的潜在基因,且潜在基因在结直肠癌HCT116细胞中差异表达。 展开更多
关键词 结直肠肿瘤 辐射抗性 差异表达基因 生物信息学
基于转录组测序分析内蒙古绒山羊毛囊退行期与休止期差异表达基因
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作者 苏蕊 刘燕 +7 位作者 范一星 乔贤 李晓凯 张磊 丽春 何利兵 王瑞军 李金泉 《黑龙江畜牧兽医》 北大核心 2018年第17期67-71,75共6页
为了探究内蒙古绒山羊次级毛囊(SHF)退行期到休止期以及相应时间点的初级毛囊(PHF)的差异表达基因,试验对3只内蒙古绒山羊阿尔巴斯型2周岁成年母羊的退行期和休止期的初、次级毛囊进行转录组测序,并采用生物信息学方法分析数据;在... 为了探究内蒙古绒山羊次级毛囊(SHF)退行期到休止期以及相应时间点的初级毛囊(PHF)的差异表达基因,试验对3只内蒙古绒山羊阿尔巴斯型2周岁成年母羊的退行期和休止期的初、次级毛囊进行转录组测序,并采用生物信息学方法分析数据;在检测测序质量合格的基础上,进行差异表达基因的筛选、GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果表明:在次级毛囊中,退行期(1月份)与休止期(3月份)分别对比到50 626个和50 628个转录本,其中1 199个差异表达基因中有953个上调基因和246个下调基因;初级毛囊在这两个时间点分别比对到50 629个和50 626个转录本,其中1 977个差异表达基因中有1 258个上调、719个下调;这两个时期中,共有100个差异表达基因同时比对到初级毛囊与次级毛囊中。GO功能富集结果显示,次级毛囊两个时期的差异表达基因主要富集在肌肉重建、肌丝滑动等功能上;初级毛囊两个时期差异表达基因主要富集在翻译延伸、转录拼接等功能上。 展开更多
关键词 内蒙古绒山羊 毛囊 转录组测序 退行期 休止期 差异表达基因
匍匐翦股颖接种立枯丝核菌后基因表达变化的转录组学分析 预览 被引量:1
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作者 史毅 牛奎举 马晖玲 《中国农业科学》 CSCD 北大核心 2017年第17期3323-3336,共14页
【目的】确定匍匐翦股颖(Agrostis stolonifera)接种立枯丝核菌(Rhizoctonia solani)后基因种类和表达量在转录水平的变化规律,明确草坪草病原菌侵染响应的关键基因。【方法】匍匐翦股颖生长14 d后采用麦粒培养物接种立枯丝核菌,接... 【目的】确定匍匐翦股颖(Agrostis stolonifera)接种立枯丝核菌(Rhizoctonia solani)后基因种类和表达量在转录水平的变化规律,明确草坪草病原菌侵染响应的关键基因。【方法】匍匐翦股颖生长14 d后采用麦粒培养物接种立枯丝核菌,接种3 d后选取感病叶片和未接种叶片提取RNA,进行转录组高通量测序,然后利用生物信息学分析,用Trinity组装匍匐翦股颖转录组,以组装子为参考,以|log2(fold change)|〉1,q-value〈0.005为阈值选取感病和健康匍匐翦股颖叶片转录组的差异表达基因,并用i TAK软件分析其转录因子家族及表达变化,与植物R基因库进行blast分析R蛋白分类、利用Mapman软件分析生物胁迫信号通路相关基因的表达变化。【结果】高通量测序得到125 253 092条高质量待分析reads。经Trinity从头组装后,得到466 761条转录本。过半数的转录本长度为700 bp以上,组装结果 N50=1 100 bp。使用CD-HIT选择334 212条转录本(所有转录本的71.60%)作为Unigene,平均长度573 bp,N50=791 bp。接种后植物比接种前植物基因有7 937个上调表达,1 570个下调表达。上调基因中296个,下调基因有142个都可被定义为转录因子,分布在58个转录因子家族中,其中锌指蛋白包含转录因子C2H2最多,有54个,C3H次之,为22个。差异基因中451个可定义为植物R蛋白表达基因,可分为33类,其中包含NBS-LRR结构域的抗病蛋白、LRR受体蛋白激酶、ABC-2类型的转运蛋白、U-box结构域蛋白激酶和热激蛋白这5类基因变化最显著。差异基因中大量上调表达基因可富集在病原识别、活性氧消除、信号传导、细胞凋亡、病程相关蛋白等生物胁迫相关基因类别,下调基因显著富集在植物生长发育相关类别和通路。q RT-PCR验证了随机挑选差异基因的表达量变化,均与RNA-seq分析结果一致,其中包括12个C2H2转录因子基因,10个C3H转录因子基因,以及12个R蛋白 展开更多
关键词 匍匐翦股颖 立枯丝核菌 转录组 差异表达基因 抗病机制
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利用高通量测序分析甘蔗的抗旱响应机制 被引量:4
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作者 程志远 李穆 +3 位作者 石莹 何平 何丽莲 李富生 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期2018-2028,共11页
干旱是一种重要的非生物胁迫形式,农作物产量受干旱影响巨大。甘蔗是一种重要的经济和能源作物,而目前对于甘蔗干旱响应调节过程知之甚少。本研究利用高通量测序技术,对甘蔗品种新台糖22在伸长期的抗旱机理进行研究,发现6 861个上调基因... 干旱是一种重要的非生物胁迫形式,农作物产量受干旱影响巨大。甘蔗是一种重要的经济和能源作物,而目前对于甘蔗干旱响应调节过程知之甚少。本研究利用高通量测序技术,对甘蔗品种新台糖22在伸长期的抗旱机理进行研究,发现6 861个上调基因和4 574个下调基因,并发现存在大量差异表达基因参与代谢和响应刺激等生物学过程。另外本研究还发现了一系列参与水分和氧化胁迫响应的基因,并找到许多起调节作用的转录因子和蛋白激酶,最后利用定量PCR证明测序结果的可靠性。 展开更多
关键词 高通量测序 干旱 差异表达基因 生物学过程 定量PCR
前凝血状态下激素性股骨头缺血坏死血管壁骨代谢相关基因差异表达的实验研究 被引量:1
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作者 郝廷 冯卫 +1 位作者 白锐 刘万林 《内蒙古医学院学报》 2011年第3期 186-192,共7页
目的:运用基因芯片技术,对前凝血状态下激素影响的血管壁中的骨代谢相关基因进行筛选,发现相关基因的差异表达情况,为进一步探讨前凝血状态下激素导致股骨头缺血坏死的发病机理提供新的思路。方法:选健康中国大白兔25只,分为对照组、... 目的:运用基因芯片技术,对前凝血状态下激素影响的血管壁中的骨代谢相关基因进行筛选,发现相关基因的差异表达情况,为进一步探讨前凝血状态下激素导致股骨头缺血坏死的发病机理提供新的思路。方法:选健康中国大白兔25只,分为对照组、内毒素组、模型组,利用大肠杆菌内毒素及激素诱导兔典型前凝血状态下激素性股骨头缺血坏死模型,取主要供应股骨头血供的旋股内侧动、静脉,提取组织总RNA,与含有82个兔基因的寡核苷酸基因芯片杂交,洗涤,染色和扫描,分析检测的数据。结果:在检测的82个基因中,下调的基因动脉有51个,静脉有56个,其中表达差异显著的基因动脉有7个,静脉有23个。结论:(1)激素在导致股骨头发生缺血坏死的过程中降低或增高了某些血管壁中主要的骨代谢相关基因的转录。进而影响了其在血管壁中的生物活性。所有这些可能都会影响到股骨头局部的骨代谢,从而加重或导致了股骨头坏死。(2)利用基因芯片大通量筛选的技术,在短时间内可以迅速准确的分析激素影响的血管壁中众多骨代谢相关因子及其受体的基因表达情况,为进一步研究激素性股骨头坏死机制提供了有效的手段。 展开更多
关键词 家兔 激素性股骨头缺血坏死 血管 差异表达基因
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特异性表达基因克隆的策略 预览 被引量:1
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作者 杨传平 魏志刚 杨文慧 《东北林业大学学报》 CAS 北大核心 2002年第5期 1-4,共4页
将特性表达基因克隆技术按产生的时代与所利用的技术,划分成三个阶段,并对每个阶段有代表性的技术、原理和优缺点进行了介绍,旨在为研究者选择实验方法提供理论依据.
关键词 特异性表达基因 基因克隆 生物信息学
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胸膜肺炎放线杆菌菌影疫苗免疫仔猪前后差异表达基因的鉴定与分析 预览 被引量:1
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作者 杨舒心 雷连成 +3 位作者 杜崇涛 王瑜 谢芳 韩文瑜 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期 276-280,共5页
为获得胸膜肺炎放线杆菌(APP)菌影诱导的仔猪淋巴细胞差异表达基因,本研究应用代表性差异分析技术构建APP菌影免疫前后正、反两个外周血淋巴细胞cDNA差减文库,并对文库中的差异基因进行克隆、测序和生物信息学分析。试验结果表明,正... 为获得胸膜肺炎放线杆菌(APP)菌影诱导的仔猪淋巴细胞差异表达基因,本研究应用代表性差异分析技术构建APP菌影免疫前后正、反两个外周血淋巴细胞cDNA差减文库,并对文库中的差异基因进行克隆、测序和生物信息学分析。试验结果表明,正向文库中获得11个表达丰度上调的基因,其中7个基因与已知基因具有相似性,4个为未知新基因,经进一步功能注解发现,正向文库功能基因包括免疫信号传导相关蛋白RhoE、防御相关蛋白糖基转移样酶-1、上皮膜蛋白2、白介素-17和肿瘤免疫相关的周期素依赖性蛋白激酶抑制因子3等,这些功能基因表达丰度升高,可能有助于机体建立抗APP的免疫应答。 展开更多
关键词 胸膜肺炎放线杆菌 外周血淋巴细胞 代表性差异分析 差异表达基因
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