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川崎病相关甲基化基因及其作用 预览
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作者 孙婷 张连红 文放放 《广西医学》 CAS 2019年第2期216-220,共5页
目的采用整合生物信息学方法分析川崎病相关甲基化基因及其作用。方法从基因表达综合数据库下载川崎病DNA甲基化数据集GSE84624和基因表达数据集GSE68004。分别利用R软件中的IMA包和Limma包对数据集进行数据预处理及差异基因筛选,获得... 目的采用整合生物信息学方法分析川崎病相关甲基化基因及其作用。方法从基因表达综合数据库下载川崎病DNA甲基化数据集GSE84624和基因表达数据集GSE68004。分别利用R软件中的IMA包和Limma包对数据集进行数据预处理及差异基因筛选,获得差异甲基化基因(DMG)和差异表达基因(DEG),取两者交集得到甲基化差异表达基因(mDEG)。使用DAVID在线工具对mDEG进行生物学功能及信号通路富集分析,并采用STRING数据库和CytoScape软件构建及完善其蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络。结果在GSE84264数据集中共筛选出2402个差异甲基化位点,对应1393个DMG,其中高甲基化者35个,低甲基化者1358个。在GSE68004数据集中共筛选出1362个DEG,其中高表达者943个,低表达者419个。取交集后得到191个mDEG,其中4个为高甲基化低表达,187个为低甲基化高表达。mDEG主要涉及的生物学功能包括炎症反应、凝血作用、固有免疫应答、脂多糖刺激反应性等,主要涉及的信号通路包括血小板活化、破骨细胞分化、趋化因子信号途径等。PPI网络包含95个mDEG及170对相互作用关系,其中丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)及PH结构域和富含亮氨酸重复蛋白磷酸酶(PHLPP1)为网络中的核心基因。结论川崎病相关的甲基化基因多呈低甲基化状态,主要参与炎症反应、固有免疫反应、凝血作用和趋化因子信号途径,MAPK14和PHLPP1是其中重要的甲基化修饰基因。 展开更多
关键词 川崎病 差异甲基化基因 差异表达基因 甲基化差异表达基因 生物信息学
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脓毒症患者中性粒细胞差异表达基因及信号通路的生物信息学分析
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作者 何诚成 张迎春 +7 位作者 段勇 余江 罗波 江南 梁雨 曾静媛 郑小莉 鲜玉军 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期481-490,共10页
目的寻找脓毒症患者中性粒细胞中发生差异变化的致病相关基因及关键通路。方法从基因表达汇编(GEO)数据库下载GSE6535、GSE49755、GSE49756、GSE49757,其中包含143个实验组样本及65个对照组样本的基因芯片数据。采用R软件的相关程序包... 目的寻找脓毒症患者中性粒细胞中发生差异变化的致病相关基因及关键通路。方法从基因表达汇编(GEO)数据库下载GSE6535、GSE49755、GSE49756、GSE49757,其中包含143个实验组样本及65个对照组样本的基因芯片数据。采用R软件的相关程序包筛选鉴定出中性粒细胞差异表达基因(DEG)。通过两两交集,得到共93个DEG,进一步用DAVID、STRING及Cytoscape里的ReactomeFIPlugIn和Cytohubba应用程序等多种方法进行基因功能和通路富集分析、PPI网络分析和关键基因分析。结果确定中性粒细胞最重要的关键DEG,包括Toll样受体2(TLR2)、原癌基因SRC、基质金属蛋白酶9(MMP9)、白细胞介素1受体2(IL1R2)、抑制蛋白β1(ARRB1)、白细胞介素1受体相关激酶3(IRAK3)、白细胞介素18受体1(IL18R1)、白细胞介素18受体相关蛋白(IL18RAP)、丝氨酸/苏氨酸激酶17b(STK17B);发现了一些涉及脓毒症患者致病相关的通路以及免疫相关的生物学过程。结论这些基因可能通过多种信号通路引起脓毒症的发生发展。 展开更多
关键词 脓毒症 中性粒细胞 差异表达基因 关键基因 蛋白相互作用网络 功能富集分析
春性甘蓝型油菜sBnTCP2基因的克隆及表达分析
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作者 李潘 许唱唱 罗玉秀 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1752-1756,共5页
克隆春性甘蓝型油菜相对于蕾期在苗期特异性表达的基因,并对其在各个发育时期以及各组织中的表达模式进行研究。用cDNA-AFLP技术筛选苗期特异性表达的基因片段,根据差异片段设计引物,用RACE技术扩增差异基因两端序列,再根据两端序列设... 克隆春性甘蓝型油菜相对于蕾期在苗期特异性表达的基因,并对其在各个发育时期以及各组织中的表达模式进行研究。用cDNA-AFLP技术筛选苗期特异性表达的基因片段,根据差异片段设计引物,用RACE技术扩增差异基因两端序列,再根据两端序列设计引物,进行全长cDNA克隆;用RT-qPCR法进行基因表达分析。结果获得了一个昼夜节律基因的CDS全长序列1 077 bp,该基因编码是一个由359个氨基酸残基组成的蛋白,暂命名为sBnTCP2。与油菜基因组序列比对结果显示,sBnTCP2基因位于C1染色体上。生物信息学分析显示,sBnTCP2的编码序列与电子预测的甘蓝型油菜TCP2 (XM013815648.2)基因的编码序列相似度达99%,其CDS区的第52处、第53处、第54处3个碱基(AAC)缺失。sBnTCP2在油菜不同发育时的各组织中都有表达,但在苗期叶片中表达量最高。sBnTCP2在春性特早熟甘蓝型油菜发育中可能起到重要的调节作用。 展开更多
关键词 春性甘蓝型油菜 差异表达基因 CDNA-AFLP TCP2基因
基于高通量芯片和生物信息学筛选系统性红斑狼疮核心基因及通路 预览
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作者 朱晴 蔡昕添 +1 位作者 洪静 李南方 《新疆医学》 2019年第7期665-670,共6页
目的通过生物信息学方法探究系统性红斑狼疮患者的外周血细胞差异表达基因及相关信号通路,寻找潜在的SLE特异性分子标志物。方法利用GEO数据库旗下的GEO2R分析工具分析基因芯片GSE65391并筛选差异基因(differentially expressed genes, ... 目的通过生物信息学方法探究系统性红斑狼疮患者的外周血细胞差异表达基因及相关信号通路,寻找潜在的SLE特异性分子标志物。方法利用GEO数据库旗下的GEO2R分析工具分析基因芯片GSE65391并筛选差异基因(differentially expressed genes, DEGs),利用DAVID数据库分析DEGs获得其GO富集分析和KEGG信号通路分析的结果。利用STRING数据库构建蛋白互作网络,再将结果导入Cytoscape软件中筛选核心基因并绘制蛋白互作网络图。结果筛选获得了47个差异基因,其中表达上调的基因46个,表达下调的基因1个。GO富集分析表明DEGs主要参与了病毒防御反应过程、I型干扰素信号通路和病毒基因组复制的负调控等生物学过程。KEGG信号通路富集分析主要包括了甲型流感病毒感染、麻疹病毒感染和EB疱疹病毒感染等信号通路。筛选获得了3个核心基因为IFI44L、IFIT3和RSAD2。结论通过生物信息学分析获得SLE的DEGs、核心基因、生物学过程和信号通路等信息,为探究SLE的发病机制、发现诊断标志物和探索药物治疗靶点提供理论依据与新的方向。 展开更多
关键词 系统性红斑狼疮 生物信息学 差异表达基因 核心基因
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急性早期前体T淋巴细胞白血病核心基因的筛选及其调控网络分析
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作者 伦永志 孙杰 于增国 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期673-684,共12页
目的:筛选急性早期前体T淋巴细胞白血病(ETP ALL)核心基因并分析其与上游互作miRNA、lncRNA和参与通路的相互作用,探讨ETP ALL发生发展过程中的调控机制并寻找可用于临床诊疗的分子靶点。方法:利用基因表达公共数据库(Gene Expression O... 目的:筛选急性早期前体T淋巴细胞白血病(ETP ALL)核心基因并分析其与上游互作miRNA、lncRNA和参与通路的相互作用,探讨ETP ALL发生发展过程中的调控机制并寻找可用于临床诊疗的分子靶点。方法:利用基因表达公共数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)和癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库的2者交集,筛选ETP ALL差异表达基因集(differentially expressed genes,DEG)分别进行功能富集和相互作用的分析;再利用网络模块划分方法筛选DEG核心基因,并利用mirDIP、star Base在线工具对核心基因上游miRNA、lncRNA进行预测。结果:获得高可信度的差异表达基因424个,基因本体(gene ontology,GO)功能富集于转录调控、信号通路及蛋白功能活化等生物学活性,KEGG通路富集于造血、缺氧应激反应、转录失调、免疫等功能;通过两者相互关联分析。获得7个核心基因,并先后预测到7个miRNA和19个lncRNA符合筛选标准,最后构建出1个lncRNA-miRNA-mRNA-pathway调控网络。结论:基于数据挖掘方法筛选获得ETP ALL中的差异表达基因集,通过共表达分析寻找到其中的核心基因,并对核心基因上游miRNA,lncRNA进行预测,为ETP ALL的早期诊断和合理治疗提供了理论依据,有助于寻找新的区别于经典T-ALL的ETP ALL肿瘤标志物。 展开更多
关键词 急性早期前体T淋巴细胞白血病 差异表达基因集 核心基因 miRNA lncRNA
花椒窄吉丁雌、雄成虫触角差异表达基因的初步筛选
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作者 巩雪芳 谢寿安 +6 位作者 杨平 胡洪焰 郭莉 车显荣 陈迪 王延来 吕淑杰 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1233-1245,共13页
花椒窄吉丁(Agrilus zanthoxylumi)是我国北方花椒(Zanthoxylum bungeanum)产区一种重要的毁灭性的蛀干害虫,该昆虫主要通过触角的灵敏性和特异性识别挥发性气味分子,触角对其生存和繁衍起着重要作用。为了筛选出花椒窄吉丁雌、雄成虫... 花椒窄吉丁(Agrilus zanthoxylumi)是我国北方花椒(Zanthoxylum bungeanum)产区一种重要的毁灭性的蛀干害虫,该昆虫主要通过触角的灵敏性和特异性识别挥发性气味分子,触角对其生存和繁衍起着重要作用。为了筛选出花椒窄吉丁雌、雄成虫触角中差异表达的基因,初步解析花椒窄吉丁触角中与信息素结合功能相关的候选差异基因,本研究选取雌、雄成虫触角为研究对象进行了转录组测序,在获得转录组测序数据后,借助生物信息学软件对其进行分析,筛选出了花椒窄吉丁成虫触角中雌、雄两性间差异表达的基因,并进行相关差异表达基因的功能富集统计。花椒窄吉丁雌、雄成虫触角转录组数据共获得36 209个unigenes,共检测到726个基因有显著表达差异,其中459个基因上调,267个基因下调。通过基因本体(Gene Ontology, GO)富集分析发现,差异基因显著富集于结合功能、催化活性、细胞进程、代谢过程、细胞组分、细胞器。共有472条差异基因在KEGG数据库中得到了注释,对其进行Pathway富集分析表明,共参与到165条代谢途径中,表达上调共394个,表达下调共78个基因。本研究首次利用转录组测序技术对花椒窄吉丁成虫触角活性成分富集的遗传基础进行了分析,在组学层面上分析探讨了成虫触角差异表达的基因,对于揭示基因功能、了解基因间相互关系,进一步完善触角感受外界气味物质的机理起着至关重要的作用,同时也为害虫生物防控技术提供基础资料。 展开更多
关键词 花椒窄吉丁 转录组 差异表达基因 候选基因 蛋白互作 KEGG通路
口腔鳞状细胞癌淋巴转移关键基因的筛选与鉴定
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作者 陈英 罗丽 +1 位作者 钟雅静 曾钦 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期1149-1155,共7页
目的筛选口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)发生淋巴转移的关键基因,并对其进行生物信息学分析及鉴定。方法从基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载OSCC表达谱芯片GSE2280,利用在线工具GEO2R对表达差异... 目的筛选口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)发生淋巴转移的关键基因,并对其进行生物信息学分析及鉴定。方法从基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载OSCC表达谱芯片GSE2280,利用在线工具GEO2R对表达差异基因(differentially expressed genes,DEGs)进行筛选。基于DAVID数据库对DEGs进行GO分析及KEGG通路分析,运用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络。使用CytoHubba插件鉴定枢纽基因,并使用肿瘤基因图谱数据库(the cancer genome atlas,TCGA)在口腔肿瘤病例中进行枢纽基因突变的生存分析比较。结果在OSCC发生淋巴转移与未发生淋巴转移的患者中共筛选出131个DEGs,其中74个上调基因,57个下调基因。上调基因GO功能主要富集在消化降解(GO:0007586)、中间丝细胞骨架(GO:0045111)、受损的DNA结合(GO:0003684),主要参与胰腺分泌(hsa04972)和代谢途径(hsa01100),下调基因GO功能富集在细胞外基质组成(GO:0030198)、胶原三聚体(GO:0005581)和细胞外基质结构成分(GO:0005201),主要参与细胞外基质受体相互作用(hsa04512)及蛋白质消化吸收(hsa04974)。关键的枢纽基因包括:DHCR24、ALDH3A1、COL5A1、HSPG2、APOE、TP63、VCAN。枢纽基因分析结果显示:TP63突变的患者出现生存率降低的趋势(P=0.717),VCAN突变的患者呈现生存率升高的趋势(P=0.568),但生存率差异均无统计学意义。结论 DHCR24、ALDH3A1、COL5A1、HSPG2、APOE、TP63、VCAN关键基因在OSCC淋巴转移中具有潜在的基础和临床研究价值。 展开更多
关键词 口腔鳞状细胞癌 淋巴转移 差异表达基因 生物信息学
高血压合并心力衰竭相关基因的筛选、分析及验证
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作者 万珍伶 陈军 +4 位作者 白煜佳 詹琼 腾中华 屠燕 曾庆春 《临床心血管病杂志》 CAS 北大核心 2019年第7期665-670,共6页
目的:筛选、分析高血压合并心力衰竭(心衰)的差异基因并通过实验验证。方法:从GEO数据库中搜索并下载与高血压合并心衰相关的mRNA芯片数据集GSE2116和GSE19210,使用R语言软件分析差异基因并筛选得到二者芯片共同的差异基因。通过Metasc... 目的:筛选、分析高血压合并心力衰竭(心衰)的差异基因并通过实验验证。方法:从GEO数据库中搜索并下载与高血压合并心衰相关的mRNA芯片数据集GSE2116和GSE19210,使用R语言软件分析差异基因并筛选得到二者芯片共同的差异基因。通过Metascape对差异基因进行富集分析,运用STRING工具构建差异基因的蛋白互作网络,并使用Cytoscape分析其中的关键基因。最后构建高血压合并心衰的模型大鼠,并通过qRT-PCR检测关键基因在模型大鼠左心室组织的表达情况。结果:从芯片中筛选得到50个表达上调和32个表达下调的共同差异基因,功能分析显示其主要富集于炎症反应、氧化应激反应、PI3K/Akt信号通路和Toll样受体通路。构建蛋白互作网络并从中分析筛选得到10个关键的差异基因,qRT-PCR的结果表明除Lbp外其余9个关键基因的表达情况与芯片结果一致。结论:本实验应用生物信息学分析的方法筛选出高血压合并心衰相关的差异基因,并对其进行了功能分析和实验验证,为寻找与高血压合并心衰发生发展及治疗相关靶点的研究提供了新的思路。 展开更多
关键词 高血压 心力衰竭 差异基因 生物信息学
骨肉瘤基因表达谱芯片的生物信息学分析 预览
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作者 冯晓飞 马遥 +4 位作者 赵舒煊 沈伟 刘正 袁文华 周海宇 《华中科技大学学报:医学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期281-286,共6页
目的 应用生物信息学的方法对骨肉瘤(osteosarcoma,OS)基因表达谱芯片进行分析,从分子水平探讨OS的发病机制。方法从GEO数据库下载OS基因芯片数据集的原始数据,应用生物信息学方法筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEG... 目的 应用生物信息学的方法对骨肉瘤(osteosarcoma,OS)基因表达谱芯片进行分析,从分子水平探讨OS的发病机制。方法从GEO数据库下载OS基因芯片数据集的原始数据,应用生物信息学方法筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并利用R语言enrichplot软件包对差异基因进行基因本体论(Gene ontology,GO)及通路富集(KEGG)分析,通过STRING在线软件、Cytoscape及其插件cytoHubba、Network Analyzer对OS的显著差异基因进行蛋白质-蛋白质相互作用网络分析(PPI分析),寻找关键(Hub)基因。结果共筛选出408个DEGs,其中包括274个上调基因和134个下调基因。对其进行生物信息学分析发现,SPP1、HLA-DPA1、MAFB、PRAME、RPS11、FOSL1、S100A2、PPID、DHRS2等基因及PI3K-Akt信号通路、趋化因子信号通路、Toll样受体信号通路、p53信号通路在OS的发生发展中起着重要作用。通过STRING分析发现,包括GINS2、RFC3、TRIP13等在内的10个基因处于核心节点位置。结论 CDC6、FEN1、OIP5、GINS2和RFC3可能在OS的发生发展中起重要作用,为研究OS的发病机制提供了新线索。 展开更多
关键词 骨肉瘤 分子机制 差异表达基因 生物信息学
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基于TCGA数据库乳腺癌不同病理阶段基因表达图谱建立
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作者 张燚铭 马世良 《中华肿瘤防治杂志》 CAS 北大核心 2019年第16期1169-1179,共11页
目的早期诊断和精准靶向治疗是提高乳腺癌治愈率、降低死亡率的有效途径.本研究旨在通过生物信息学方法,分析癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中人类乳腺癌不同临床病理分期的癌组织与癌旁组织基因之间的差异,获得... 目的早期诊断和精准靶向治疗是提高乳腺癌治愈率、降低死亡率的有效途径.本研究旨在通过生物信息学方法,分析癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中人类乳腺癌不同临床病理分期的癌组织与癌旁组织基因之间的差异,获得不同临床病理分期相关特异性标志基因,为乳腺癌不同临床病理分期的分子诊断及靶向治疗方案的确定提供参考.方法 TCGA数据库中IlluminaHiSeq_RNASeqV2平台下临床样本数据集中的722个乳腺癌转移基因组数据,对临床病理分期Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ阶段的癌组织与癌旁组织基因之间的差异表达进行分析,以基因差异表达绝对值相差5倍作为候选标准进行分析,选择其中|log2 FC|≥2.5且P≤0.05的基因进行差异表达基因分析,获得差异表达基因谱.将得到的差异表达基因进一步通过Enrichr与Kobas网站工具分别进行基因本体(gene ontology,GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,确定差异表达基因的功能及作用通路.利用Targetscan和Mirwalk等工具构建与靶基因相关联的miRNA,建立临床病理分期各阶段关联表达的miRNA图谱.Cytoscape软件建立乳腺癌临床病理分期的基因表达与相应miRNA相关性图谱.结果共获得乳腺癌癌组织和癌旁组织差异表达基因112个,其中癌组织高表达的基因有34个,癌旁组织高表达基因有78个.各阶段的特异性差异表达基因Ⅰ期5个、Ⅱ期4个、Ⅲ期2个和Ⅳ期13个,其中各阶段上调基因Ⅰ期4个、Ⅱ期0、Ⅲ期0和Ⅳ期4个,下调基因Ⅰ期1个、Ⅱ期4个、Ⅲ期2个和Ⅳ期9个.GO富集分析显示,各阶段特异性差异表达基因主要包括与癌细胞外基质组织、细胞周期的调控基因、蛋白质磷酸化调控、细胞增殖的调节、染色体功能、细胞膜完整性、金属内肽酶活性、蛋白激酶结合性、半胱氨酸型内肽酶抑制活性及细 展开更多
关键词 乳腺癌 差异表达基因 KEGG通路富集 GO功能富集 共表达网络 乳腺癌综合平台
MAPK13基因表达在非小细胞肺癌临床预后中的作用 预览
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作者 栗霞 柳晓琳 彭伟 《广西医科大学学报》 CAS 2019年第2期213-216,共4页
目的:使用生物信息学来确定与非小细胞肺癌(NSCLC)发展相关的潜在关键基因及其涉及的信号通路,探讨所得关键基因表达水平在NSCLC临床预后中的作用。方法:从GEO数据库中获取NSCLC基因芯片数据并使用R语言分析筛选差异表达基因;通过DAVID... 目的:使用生物信息学来确定与非小细胞肺癌(NSCLC)发展相关的潜在关键基因及其涉及的信号通路,探讨所得关键基因表达水平在NSCLC临床预后中的作用。方法:从GEO数据库中获取NSCLC基因芯片数据并使用R语言分析筛选差异表达基因;通过DAVID数据库进行差异基因的KEGG通路富集分析,通过STRING数据库及Cytoscape软件构建差异表达基因的蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)并筛选关键基因。通过Kaplan Meier plotter在线数据库对NSCLC患者进行生存分析。结果:共筛选出61个差异表达基因;差异表达基因主要富集在癌症相关的信号通路;PPI网络分析表明,丝裂原活化蛋白激酶13(MAPK13)基因是重要的关键基因;Kaplan Meier plotter分析显示,MAPK13基因表达水平与NSCLC患者预后明显相关,MAPK13基因表达水平越高生存率越高(HR=0.8,95%CI:0.70~0.91,P<0.05)。结论:MAPK13基因在NSCLC的发生发展中可能起着重要作用,是潜在的预后分子标志物。 展开更多
关键词 生物信息学分析 差异表达基因 非小细胞肺癌 预后
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基于转录组分析筛选凡纳滨对虾低温胁迫下的差异表达基因 预览
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作者 董丽君 孟宪红 +3 位作者 孔杰 罗坤 栾生 史晓丽 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期161-171,共11页
凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)是中国主要的对虾养殖品种之一,对低温的耐受性较差,低于18℃就会停止摄食。为了探究凡纳滨对虾耐低温性状相关基因,选用凡纳滨对虾低温胁迫组(18℃)和常温组(24℃)肝胰腺组织为实验材料,进行Illumina ... 凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)是中国主要的对虾养殖品种之一,对低温的耐受性较差,低于18℃就会停止摄食。为了探究凡纳滨对虾耐低温性状相关基因,选用凡纳滨对虾低温胁迫组(18℃)和常温组(24℃)肝胰腺组织为实验材料,进行Illumina HiSeq 2500测序,对测序原始数据进行拼接、注释,以及筛选分析低温胁迫下的差异表达基因。结果显示,测序共获得50921条基因(unigene),平均长度为828bp,N50为1589bp,其中28.13%为已知基因。基因差异表达分析共筛选得到243个低温胁迫相关基因,其中89个上调表达,154个下调表达。功能富集分析发现,差异表达基因多富集在生物结合和催化过程、过氧化物酶、溶酶体、精氨酸和脯氨酸的代谢以及氨基酸的生物合成途径中。进一步根据Q-值共筛选出10个差异表达最显著的基因,其中ATP结合盒B亚家族6转运蛋白基因(ATP-binding cassette sub-family B member 6,ABCB6)、C型凝集素基因(C type lectin)、谷氨酰胺合成酶基因(glutamine synthetase,GS)在低温胁迫下均呈下调表达,推测可能参与了凡纳滨对虾低温应答反应。利用Real time RT-PCR验证转录组数据,结果证明基于转录组测序筛选低温胁迫下的差异表达基因是可行的。本研究为揭示凡纳滨对虾耐低温分子调控机制提供了基础数据和理论依据。 展开更多
关键词 凡纳滨对虾 转录组 低温胁迫 差异表达基因
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羟氯喹与贝伐单抗协同抑制HUVEC细胞生长的作用及机制 预览
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作者 宣自学 杨慧 +7 位作者 叶强 张夙 石佳娜 王维 张国兵 邵燕飞 王如意 方晴霞 《中国药理学通报》 CSCD 北大核心 2019年第11期1575-1582,共8页
目的 研究羟氯喹与贝伐单抗协同抑制HUVEC细胞生长的作用及机制。方法 利用RTCA实验、流式凋亡检测、Matrigel血管状结构形成实验,分别研究羟氯喹与贝伐单抗联用对HUVEC细胞增殖、凋亡及体外血管状结果形成的影响;Western blot检测LC3、... 目的 研究羟氯喹与贝伐单抗协同抑制HUVEC细胞生长的作用及机制。方法 利用RTCA实验、流式凋亡检测、Matrigel血管状结构形成实验,分别研究羟氯喹与贝伐单抗联用对HUVEC细胞增殖、凋亡及体外血管状结果形成的影响;Western blot检测LC3、p62蛋白的表达;mCherry-EGFP-LC3双荧光标记观察自噬流,电镜观察自噬体和线粒体变化,以及利用转录组测序(RNA-seq)揭示羟氯喹与贝伐单抗联用的调控分子机制。结果 与单药组相比,羟氯喹和贝伐单抗联合能够协同抑制HUVEC细胞增殖,促进HUVEC细胞凋亡,抑制HUVEC细胞血管状结构形成;羟氯喹能够抑制HUVEC细胞自噬;转录组测序结果显示,羟氯喹与贝伐单抗联用影响69个差异表达基因,可能主要通过调控RICTOR、PIK3CA等“hub”基因,发挥协同抑制HUVEC细胞的作用。结论 羟氯喹和贝伐单抗联用协同抑制HUVEC细胞,其机制不仅与羟氯喹抑制细胞自噬有关,而且与RICTOR、PIK3CA等“hub”基因调控相关。 展开更多
关键词 羟氯喹 贝伐单抗 HUVEC 自噬 RNA测序 差异表达基因
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口腔鳞状细胞癌患者血浆lncRNAs差异表达谱的初步研究 预览
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作者 王璇 贾洪诚 孙正 《中华老年口腔医学杂志》 2019年第2期80-86,共7页
目的:筛选与口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),探讨OSCC相关lncRNAs在OSCC的发生、发展中的潜在作用机制。方法:选取OSCC TNM Ⅲ/Ⅳ期患者和健康对照组各3例,应用Arr... 目的:筛选与口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),探讨OSCC相关lncRNAs在OSCC的发生、发展中的潜在作用机制。方法:选取OSCC TNM Ⅲ/Ⅳ期患者和健康对照组各3例,应用Arraystar人类lncRNA芯片(v4. 0)进行mRNA和lncRNA表达谱研究,对差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行GO和KEGG分析。结果:共有6606个lncRNAs表达有差异,其中上调3511个,下调3095个;有4196个mRNAs表达有差异,其中上调1766个,下调2430个。GO和KEGG分析显示DEGs功能涉及到肿瘤细胞的生长、分化、代谢、凋亡、信号传导等整个细胞周期过程,和肿瘤的增殖、迁移、侵袭等生物学行为密切相关。结论:筛选出了OSCC相关的差异表达lncRNAs,生物信息学分析提示它们参与了OSCC的发生、发展过程,是OSCC潜在的诊断和预后标志物,其作用机制还需要进一步验证。 展开更多
关键词 口腔鳞状细胞癌 长链非编码RNA 差异表达基因 lncRNA芯片
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紫花苜蓿细胞质雄性不育系相关microRNA的鉴定 预览
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作者 郭强 王英哲 +2 位作者 陈晶晶 周仂 徐博 《草地学报》 CSCD 北大核心 2019年第5期1138-1146,共9页
紫花苜蓿(Medicago sativa L.)是一种多年生豆科苜蓿属牧草,利用紫花苜蓿细胞质雄性不育系育种有着重要意义,相关microRNA的鉴定工作是研究其分子机制的重要内容。本试验以培育的紫花苜蓿细胞质雄性不育系MSGN1A及其同型保持系MSGN1B的... 紫花苜蓿(Medicago sativa L.)是一种多年生豆科苜蓿属牧草,利用紫花苜蓿细胞质雄性不育系育种有着重要意义,相关microRNA的鉴定工作是研究其分子机制的重要内容。本试验以培育的紫花苜蓿细胞质雄性不育系MSGN1A及其同型保持系MSGN1B的花蕾为试验材料,采用small RNA测序技术对MSGN1A及MSGN1B在花药发育阶段的鉴定差异表达microRNA以及差异表达microRNA靶基因功能进行注释。结果表明:共计检测到1 478个miRNA,其中known miRNA 1 351个,novel miRNA 127个;筛选出差异表达miRNA 130个,包括90个上调表达的miRNA和40个下调表达的miRNA;差异表达micro RNA靶基因主要涉及的通路有:“代谢过程”、“细胞过程”、“信号生物过程”、“植物激素信号传导”、“氧化磷酸化”和“淀粉蔗糖代谢”等。差异表达microRNA靶基因的功能主要是调控花药的发育,其次是调控花期以及信号传导,而差异表达microRNA靶向的转录因子中多为控制花期、花药发育和信号传导等过程的因子,对不育系的败育起到一定的影响。 展开更多
关键词 紫花苜蓿 细胞质雄性不育 差异表达microRNA microRNA靶基因
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AtDREB1A基因过量表达对马铃薯生长及抗非生物胁迫基因表达的影响 预览
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作者 贾小霞 齐恩芳 +4 位作者 刘石 文国宏 马胜 李建武 黄伟 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1166-1175,共10页
为明确AtDREB1A基因过量表达对马铃薯生长及基因表达的影响,以马铃薯品种陇薯3号(L3)及其AtDREB1A转基因株系T2为材料,采用盆栽试验,在马铃薯盛花期将盆土含水量控制为田间最大持水量(FWC)的45%~50%,观察转基因前后植株表型,并研究叶片... 为明确AtDREB1A基因过量表达对马铃薯生长及基因表达的影响,以马铃薯品种陇薯3号(L3)及其AtDREB1A转基因株系T2为材料,采用盆栽试验,在马铃薯盛花期将盆土含水量控制为田间最大持水量(FWC)的45%~50%,观察转基因前后植株表型,并研究叶片MDA含量、RWC、SOD和POD活性及其基因表达的差异。结果表明,正常浇水条件下2个株系各指标差异不大。胁迫20d后,转基因植株T2的表型明显好于对照L3,且RWC显著高于L3;各株系叶片的MDA含量、SOD和POD活性均明显上升,但转基因植株MDA含量上升幅度较对照小,抗氧化保护酶SOD、POD活性升高幅度较对照大,说明转基因植株细胞膜损伤和膜脂过氧化程度较轻,植株的耐旱性明显提高。转录组测序及生物信息学分析发现,转基因材料T2相对于L3的差异表达基因共430个,其中上调表达基因287个,下调表达基因143个。功能注释和显著性富集结果表明,差异表达基因富集涉及GO功能分类体系中生物过程、细胞组分和分子功能3个大类别,且大部分集中在细胞内和膜上,主要涉及信号传导、氧化还原、生物调解、应激反应、发育过程、系统免疫过程、核酸和蛋白结合转录因子活性、转运活性及催化活性。其中抗非生物胁迫相关蛋白PPR、HSP、P450、MLO等家族的大量基因表达量发生较大变化,说明这些基因在转AtDREB1A基因马铃薯抵御干旱过程中发挥着非常重要的作用。本研究为进一步解析AtDREB1A基因提高马铃薯抗旱性的调控网络奠定了基础。 展开更多
关键词 马铃薯 AtDREB1A基因 非生物胁迫 差异表达基因 干旱
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口虾蛄青岛和舟山群体比较转录组研究 预览
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作者 张阳 娄方瑞 韩志强 《浙江海洋大学学报:自然科学版》 CAS 北大核心 2019年第3期195-204,共10页
随着环境的变化,很多生物正经历着其祖先从未经历过的多重环境胁迫,为了研究不同地理群体对环境适应机制的差异性,采集了青岛和舟山的口虾蛄样品进行转录组测序和分析,比较不同群体间转录组差异。2个群体的口虾蛄经高通量测序后共获得60... 随着环境的变化,很多生物正经历着其祖先从未经历过的多重环境胁迫,为了研究不同地理群体对环境适应机制的差异性,采集了青岛和舟山的口虾蛄样品进行转录组测序和分析,比较不同群体间转录组差异。2个群体的口虾蛄经高通量测序后共获得60223条Unigene,青岛群体获得121606条Unigene,舟山群体获得157584条Unigene。2个群体口虾蛄的差异表达基因为11391个。其中上调基因为6477个,下调基因为4914个。对差异表达基因进行GO功能分析和Pathway富集分析,得到61个不同的GO功能分类和257个代谢通路。其中包含2个GO功能显著性富集分类和40个显著性富集代谢通路。GO显著富集表现在氧化还原酶活性和酰基Coa脱氢酶活性两个生物功能,显著性富集代谢通路主要表现在生理生化代谢途径和信号传导途径。结果表明2个群体的口虾蛄对环境的适应性存在较大差异,为全球环境变化风险评估提供基础。 展开更多
关键词 口虾蛄 转录组 基因注释 功能分类 差异表达基因
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基于RNA-Seq技术分析植物激素信号途径在水稻幼苗中对低温胁迫的应答规律
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作者 胡潇婕 毛东海 《农业现代化研究》 CSCD 北大核心 2019年第5期878-890,共13页
水稻对低温敏感,幼苗时期的低温胁迫会影响水稻的生长,甚至致死,从而导致减产。植物激素在植物低温胁迫响应过程中发挥着重要作用。在本研究中,我们以籼稻品种特青和粳稻品种02428为试验材料,在不同低温处理时间下(10℃处理0、3或24 h)... 水稻对低温敏感,幼苗时期的低温胁迫会影响水稻的生长,甚至致死,从而导致减产。植物激素在植物低温胁迫响应过程中发挥着重要作用。在本研究中,我们以籼稻品种特青和粳稻品种02428为试验材料,在不同低温处理时间下(10℃处理0、3或24 h),运用RNA-Seq技术开展水稻苗期低温应答转录组分析。结果表明:粳稻02428的耐低温性显著强于籼稻特青,低温处理后,在两个品种中均检测到大量差异表达基因。在差异表达基因的KEGG通路分析中,植物激素信号通路是低温胁迫下差异表达基因最显著富集的通路,说明植物激素通路在水稻苗期耐低温中具有重要作用。我们通过对生长素、细胞分裂素等8种激素信号途径中差异表达基因的数量及其表达量进行分析,解析了各激素信号通路中的关键基因在低温胁迫下表达量的变化趋势,最终发现在水稻苗期耐低温中可能起正调控作用的激素是乙烯、脱落酸和茉莉酸,负调控耐低温的是细胞分裂素和赤霉素。本研究为深入了解植物激素参与水稻苗期耐低温调控的机制提供了方向与依据。 展开更多
关键词 水稻 低温胁迫 转录组 差异表达基因 植物激素
头颈部鳞癌转录因子调控网络及潜在靶点研究
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作者 张智颖 潘宗富 《中国药师》 CAS 2019年第9期1577-1583,共7页
目的:研究头颈部鳞癌(HNSCC)的转录因子调控网络及潜在关键靶点。方法:利用基因表达综合数据库(GEO)联合GEO2R在线工具分析HNSCC与正常黏膜组织的基因表达差异;利用Clue GO进行差异基因功能注释及通路相互作用网络构建;基于相互作用基因... 目的:研究头颈部鳞癌(HNSCC)的转录因子调控网络及潜在关键靶点。方法:利用基因表达综合数据库(GEO)联合GEO2R在线工具分析HNSCC与正常黏膜组织的基因表达差异;利用Clue GO进行差异基因功能注释及通路相互作用网络构建;基于相互作用基因/蛋白检索工具(STRING)数据库及Cytoscape软件构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,分析其关键网络节点和基因簇,并利用iRegulon插件进行转录因子调控网络构建并筛选关键转录因子;利用Kaplan-Meier Plotter分析关键转录因子与HNSCC患者预后相关性。结果:和正常黏膜组织相比,HNSCC组织共有168个基因(66个上调,102个下调)发生显著变化。这些差异基因与细胞外基质分解、胞外基质重塑、IL-17信号通路、胶原代谢过程、胞外基质-受体相互作用、细胞基质黏附的调控以及平滑肌细胞迁移调控等重要信号相关。蛋白-蛋白相互作用网络分析共筛选出两个关键基因簇。其中degree值排名前五网络节点MMP9,COL1A1,COL3A1,COL1A2,SPP1均聚集于基因簇2,且与胞外基质重塑或胞外基质-受体相互作用有关,但在HNSCC中的作用研究甚少。进一步针对上调及下调差异基因的转录因子调控网络分析共筛选出14个转录因子,其中仅有4个转录因子在HNSCC研究中有报道。Kaplan-Meier Plotter分析显示6个转录因子与HNSCC患者预后显著相关,另外4个转录因子与预后的相关性与患者性别相关。结论:本研究综合多种生物信息学手段揭示HNSCC发生发展的潜在转录因子调控网络,挖掘该网络中的关键基因簇及节点,并预测其与患者预后相关性,为HNSCC的发病机制及潜在治疗靶点发现提供理论依据。 展开更多
关键词 头颈部鳞癌 生物信息学 差异基因 转录因子 蛋白-蛋白相互作用网络
黄牡丹花瓣转录组分析及不同开放阶段差异基因筛选
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作者 周琳 史倩倩 +2 位作者 齐宇 缪崑 王雁 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第15期4936-4943,共8页
为揭示黄牡丹花色形成过程中类黄酮生物合成相关基因的表达情况,本研究以云南野生黄牡丹为材料,采用Solexa测序技术对不同开放阶段的花瓣总RNA等量混合的样品进行转录组测序,经组装共得到88 330个Unigene,平均长度为603 bp。在此基础上... 为揭示黄牡丹花色形成过程中类黄酮生物合成相关基因的表达情况,本研究以云南野生黄牡丹为材料,采用Solexa测序技术对不同开放阶段的花瓣总RNA等量混合的样品进行转录组测序,经组装共得到88 330个Unigene,平均长度为603 bp。在此基础上,对“硬蕾期”、“初开期”和“盛开期”的花瓣建立差异表达谱,共获得7 790个表达差异基因。挑选GO功能显著性富集和Pathway显著性富集分析中富集在类黄酮生物合成代谢通路的差异基因Pl-CHS1、Pl-CHI1、Pl-THC2’GT和Pl-5GT1进行qRT-PCR表达模式验证。结果表明,随着花朵的开放和着色,Pl-CHS1的表达量逐渐上升;而Pl-CHI1和Pl-5GT1的表达量迅速降低;与“硬蕾期”相比,Pl-THC2’GT的表达量在“初开期”迅速上升,并且其高水平表达持续保持到花朵盛开。该结果与表达谱分析结果相一致。本研究为深入开展黄牡丹花色形成相关基因的克隆和功能验证提供了丰富的信息,并为揭示牡丹黄色花形成分子机制提供了帮助。 展开更多
关键词 黄牡丹(Paeonia lutea) 转录组 花朵开放 差异表达基因
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