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Antimalarial activity of a novel series of artemisinin-derived 1, 2, 3-triazole dimers
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作者 Kabita Gogoi Gokul Baishya +4 位作者 Biswajit Saikia Nabin Chandra Barua Chandrajit Dohutia Akalesh Kumar Verma Anil Prakash 《亚太热带医药杂志:英文版》 SCIE CAS 2019年第5期195-203,共9页
Objective: To obtain suitable artimisinin-based drug candidates with high antimalarial activity.Methods: Three different reaction schemes were used to synthesize a total of 15 artemisininbased compounds.The first synt... Objective: To obtain suitable artimisinin-based drug candidates with high antimalarial activity.Methods: Three different reaction schemes were used to synthesize a total of 15 artemisininbased compounds.The first synthetic scheme involved the synthesis of diazido aliphatic and aromatic compounds from commercially available dihalides and azido derivatives of artemisinin.The second scheme consisted of the reaction of dibromoaliphatic compounds with sodium azide in dimethylformamide which yielded the desired compounds.Artemisinin-based compounds on treatment with sodium azide and bromotrimethylsilane in dichloromethane produced the most potent compound GB-2.Another potent compound GB-1 was synthesized from artemisinin by treatment with alcohols in the presence of Aberlyst-15 in anhydrous dichloromethane.The third scheme involved the Huisgen 1,3-dipolar cycloaddition between the synthesized aliphatic and aromatic diazides and two alkyne derivatives of artemisinin to obtain the desired artemisinin dimers with average yields.Results: The best in vitro antiplasmodial activity was shown by the compound GB-2 registering IC50 value 0.066 μg/mL against chloroquine-sensitive and 0.865 μg/mL against chloroquineresistant strains of Plasmodium falciparum.It suppressed 59.0% parasitaemia in vivo of rodent malaria parasite Plasmodium berghei in Swiss albino model at 50 μg/kg body weight dosage.Molecular docking interactions of Plasmodium falciparum ATP6(PfATP6) protein revealed strong bonding of GB-2 with Thr255 residue which is likely to be the reason for excellent antimalarial activity of this compound.Conclusion: Two compounds GB-1 and GB-2 exhibited excellent in vitro antiplasmodial activity and fair in vivo antimalarial activity.Of the two, GB-2 showed better activity which could be attributed to its strong bonding interactions with Thr255 as evidenced from the molecular docking study.Study helped in identifying artemisinin analogues possessing good antimalarial properties and further research in structural alterations of 展开更多
关键词 ANTIMALARIAL activity ARTEMISININ derivatives Huisgen reaction TRIAZOLE DIMERS PLASMODIUM BERGHEI PLASMODIUM falciparum Molecular docking
计算机模拟研究肝素联合川芎嗪的协同抗血栓药理机制
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作者 刘志强 王博龙 《中国医院药学杂志》 CAS 北大核心 2019年第3期247-254,共8页
目的:基于计算机模拟研究肝素联合川芎嗪治疗血栓性疾病协同增效的分子机制。方法:在PDB数据库中寻找肝素靶蛋白,与肝素进行分子对接;利用反向分子对接服务器(DRAR-CPI)和毒性与基因比较数据库(CTD)对川芎嗪进行靶点预测和筛选;运用正... 目的:基于计算机模拟研究肝素联合川芎嗪治疗血栓性疾病协同增效的分子机制。方法:在PDB数据库中寻找肝素靶蛋白,与肝素进行分子对接;利用反向分子对接服务器(DRAR-CPI)和毒性与基因比较数据库(CTD)对川芎嗪进行靶点预测和筛选;运用正向分子对接软件AutoDock Vina探究川芎嗪与潜在抗血栓靶点亲和力;利用STRING平台构建肝素及川芎嗪抗血栓靶点的蛋白互作(PPI)网络;利用生物学信息注释数据库(KEGG)将川芎嗪及肝素的抗血栓靶点进行KEGG通路富集。结果:肝素诱导ATⅢ变构、激活,抑制凝血酶活性。而川芎嗪则能抑制凝血因子Ⅹ、凝血因子IX、凝血因子VII、酪氨酸蛋白激酶JAK2、纤溶酶原激活物抑制剂1、血浆激肽释放酶6个靶点。二者联合从上下游多重阻断凝血级联反应通路。结论:肝素联合川芎嗪能作用于多个凝血因子以及凝血酶、纤溶酶原激活物抑制剂等血栓形成关键蛋白,调节凝血纤溶系统,协同产生抗凝、溶栓类抗血栓作用。 展开更多
关键词 网络药理学 靶点 通路 肝素 川芎嗪 分子对接 反向分子对接 抗血栓
Discovery Studio软件在生物化学教学中的应用——分子的刚性对接
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作者 侯彦君 蔡开聪 《化学教育(中英文)》 CAS 北大核心 2019年第2期73-77,共5页
借助Discovery Studio(简称:DS)软件,探讨了分子对接中的刚性对接在课堂教学中的运用,促使学生对配体与受体间相互作用机制及其强弱关系有更感性的认识,进而提高课堂教学质量。同时,有利于学生在课后自行练习,深化对分子间非键作用的认识。
关键词 DISCOVERY STUDIO软件 分子对接 刚性对接 维生素H 链霉亲和素
基于分子对接技术石菖蒲中抗抑郁活性成分的筛选
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作者 刘永杰 向慧龙 +1 位作者 陈浩 徐凌云 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期2612-2619,共8页
目的用分子对接技术筛选石菖蒲中抗抑郁的活性成分。方法通过检索传统中药药理数据库(TCMSP)得到石菖蒲的所有化学成分,结合口服生物利用度,筛选出65个候选化合物,以单胺氧化酶A、多巴胺转运体、5-羟色胺转运体和组胺H1受体为抗抑郁药... 目的用分子对接技术筛选石菖蒲中抗抑郁的活性成分。方法通过检索传统中药药理数据库(TCMSP)得到石菖蒲的所有化学成分,结合口服生物利用度,筛选出65个候选化合物,以单胺氧化酶A、多巴胺转运体、5-羟色胺转运体和组胺H1受体为抗抑郁药物作用靶点,采用AutoDock Vina分子对接软件,探索候选化合物与上述靶点的亲和力以及结合方式。结果石菖蒲中有18个化合物能与上述4个靶点结合,其中有4个化合物能与4个靶点发生结合,有3个化合物能与2个靶点发生结合,其余11种化合物能与1个靶点发生相互作用。结论分子对接技术可以为石菖蒲抗抑郁活性成分的确定和分子机制研究提供参考,为发现新型抗抑郁中药单体和先导化合物提供研究方向。 展开更多
关键词 石菖蒲 抗抑郁 分子对接 活性成分 分子机制 先导化合物
基于虚拟筛选发现4-羟基喹啉类新型IDO1抑制剂
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作者 张玉萍 单长宇 +3 位作者 郭海琼 李宏伟 欧阳勤 王远强 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第16期1601-1610,共10页
目的采用药效团模型和分子对接方法对ZINC、Chembridge数据库进行虚拟筛选,并通过酶活性测试进行验证,以发现新骨架结构的IDO1抑制剂。方法通过分子对接方法靶向IDO1酶活性位点,对ZINC数据库进行虚拟筛选,得到苗头化合物,进行酶活性测试... 目的采用药效团模型和分子对接方法对ZINC、Chembridge数据库进行虚拟筛选,并通过酶活性测试进行验证,以发现新骨架结构的IDO1抑制剂。方法通过分子对接方法靶向IDO1酶活性位点,对ZINC数据库进行虚拟筛选,得到苗头化合物,进行酶活性测试,发现酶活性较好的先导化合物;随后用已进入临床研究的3个IDO1抑制剂构建药效团模型,以此模型对先导化合物类似物进行虚拟筛选,并测定化合物的抑酶活性;通过分子动力学模拟探究化合物与IDO1的结合模式。结果通过分子对接方法对超过200万个虚拟化合物进行筛选得到11个先导化合物并测酶活性,其中ZINC91657208抑酶活性较好,IC50约为77.15μmol/L,活性骨架为4-羟基喹啉。亚结构检索4-羟基喹啉的结构得到31个类似物,利用药效团虚拟筛选出10个化合物,并测酶活性,其中3个4-羟基喹啉类化合物均具有明显的抑酶活性,而Chembridge29374490为酶活性最好的IDO1抑制剂,其IC50约为37.78μmol/L。经分子动力学模拟平衡后,其骨架原子均方差偏根(root mean square deviation, RMSD)分别为1?和2.4?。结论从ZINC和Chembridge数据库中发现了新型4-羟基喹啉类IDO1抑制剂。 展开更多
关键词 IDO1抑制剂 分子对接 IDO1酶活性 药效团筛选 分子动力学模拟
基于网络药理学的黄芪治疗肾病综合征的机制研究
6
作者 杨柳 张王宁 +2 位作者 刘月涛 李爱平 秦雪梅 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1828-1837,共10页
目的运用网络药理学的方法探讨黄芪治疗肾病综合征(NS)的分子作用机制。方法通过TCMSP数据库和文献挖掘获取黄芪主要活性成分,利用Pharm Mapper服务器、GeneCards和CoolGeN数据库预测和筛选黄芪活性成分的作用靶点。采用String数据库和C... 目的运用网络药理学的方法探讨黄芪治疗肾病综合征(NS)的分子作用机制。方法通过TCMSP数据库和文献挖掘获取黄芪主要活性成分,利用Pharm Mapper服务器、GeneCards和CoolGeN数据库预测和筛选黄芪活性成分的作用靶点。采用String数据库和Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络,通过Systems Dock Web Site对成分与靶点进行分子对接验证。借助DAVID数据库对靶点进行GO分析和KEGG通路分析,采用Cytoscape软件构建成分-靶点-通路-疾病网络。结果筛选得到黄芪25个活性成分,涉及47个作用靶点。网络分析结果表明,靶点主要涉及氧化应激、足细胞凋亡和脂质代谢等生物过程,通过调节Ras、Rap1、MAPK、PI3K-Akt和AGE-RAGE等信号通路来发挥治疗NS的作用。结论黄芪中黄酮类、皂苷类等活性成分可能是其治疗NS的物质基础,其作用机制涉及抗细胞凋亡、抗氧化应激和调节脂质代谢等。 展开更多
关键词 网络药理学 黄芪 肾病综合征 分子机制 分子对接
HIV-1整合酶链转移抑制剂的3D-QSAR、分子对接和分子动力学模拟研究
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作者 刘冬琳 刘鹰翔 +2 位作者 李耿 马玉卓 曾巧玲 《化学通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期642-648,共7页
为了获得高活性、结构新颖的整合酶链转移(INST)抑制剂,本文采用Co MFA和Co MSIA两种方法对32个萘啶类INST抑制剂进行了三维定量构效关系研究,并建立了相关模型,其交叉验证系数分别为q^2=0.809和q^2=0.816,拟合验证系数分别为r^2=0.998... 为了获得高活性、结构新颖的整合酶链转移(INST)抑制剂,本文采用Co MFA和Co MSIA两种方法对32个萘啶类INST抑制剂进行了三维定量构效关系研究,并建立了相关模型,其交叉验证系数分别为q^2=0.809和q^2=0.816,拟合验证系数分别为r^2=0.998和r^2=0.981,表明所建立的模型是可靠的且具有一定的预测能力。利用分子对接探讨小分子化合物与INST蛋白的相互作用模式,结果表明,萘啶类化合物主要通过疏水作用和氢键作用与INSTIs蛋白结合。最后通过分子动力学模拟进一步验证对接结果发现,对接的结合模式与分子动力学模拟得到的结果是一致的。本研究获得的综合模型和推论可以为开发有效的HIV INSTIs提供重要的理论信息。 展开更多
关键词 整合酶链转移抑制剂 三维定量构效关系 分子对接 分子动力学模拟
立体效应对烷氧基异恶唑类Sigma-1受体抑制剂与Sigma-1受体相互作用的影响 预览
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作者 罗宏华 谢晓曦 +1 位作者 张卓琳 蒋南 《科学技术与工程》 北大核心 2019年第10期37-44,共8页
Sigma-1受体(Sigma-1 receptor,σ1R)主要参与调节细胞应激反应和细胞稳态,并与许多神经退行性疾病及肿瘤的发生发展密切相关。烷氧基异恶唑类化合物是一种新型的σ1R受体抑制剂,对σ1R具有较好的抑制活性,最优化合物与σ1R之间的结合... Sigma-1受体(Sigma-1 receptor,σ1R)主要参与调节细胞应激反应和细胞稳态,并与许多神经退行性疾病及肿瘤的发生发展密切相关。烷氧基异恶唑类化合物是一种新型的σ1R受体抑制剂,对σ1R具有较好的抑制活性,最优化合物与σ1R之间的结合常数小于1nm。为了探究立体效应对这一类抑制剂与σ1R相互作用的影响,应用分子对接、分子动力学模拟和结合自由能计算;对比研究了3个σ1R抑制剂(20、37和54)与σ1R之间的相互作用方式和结合强度。研究表明,具有较大头端疏水区和质子供体N原子区的化合物54与σ1R之间的结合强度最大,这与实验测得的结合常数一致。此外,还计算了σ1R抑制剂与σ1R之间相互作用的能量分项。结果表明,范德华相互作用对该类抑制剂与σ1R之间的相互作用起主导作用;而静电相互作用的影响较小。基于氨基酸残基的结合自由能分解及对抑制剂与σ1R结合构象的分析表明,提高头端疏水区和质子供体N原子区的立体体积,有利于提高该类抑制剂与σ1R之间的结合活性。 展开更多
关键词 Sigma-1受体 烷氧基异恶唑类抑制剂 分子对接 分子动力学模拟 结合自由能计算
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计算方法在蛋白-蛋白相互作用小分子调节剂研究发现中的应用
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作者 杨卓 《生命的化学》 CAS CSCD 2019年第3期561-567,共7页
蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interactions, PPIs)涉及各个重要的生物通路以及生理过程,作为一类新的药物靶标,近年来得到了学术界和工业界的广泛关注。经过多年的研究,人们更好地了解了PPIs界面的特点,也有小分子抑制剂成功进... 蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interactions, PPIs)涉及各个重要的生物通路以及生理过程,作为一类新的药物靶标,近年来得到了学术界和工业界的广泛关注。经过多年的研究,人们更好地了解了PPIs界面的特点,也有小分子抑制剂成功进入临床研究乃至上市,其中计算机辅助的合理设计方法功不可没。本文综述了计算方法应用在PPIs热点残基预测、PPIs小分子调节剂的虚拟筛选策略方面的一些成功案例。但以现有的计算方法研究PPIs仍有诸多挑战。针对PPIs作用特点的计算方法以及在PPIs筛选中更多地考虑蛋白柔性将是今后研究的发展方向。 展开更多
关键词 蛋白-蛋白相互作用 小分子调节剂 热点残基 虚拟筛选策略 药效团 分子对接 分子动力学 蛋白柔性
基于光谱法和计算模拟研究PFBSK与HSA的相互作用 预览
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作者 魏雨晨 易忠胜 +2 位作者 徐婕 赵赛 王海洋 《桂林理工大学学报》 CAS 北大核心 2019年第2期474-481,共8页
采用分子对接、动力学模拟和荧光光谱法研究全氟丁基磺酸钾(PFBSK)和人血清白蛋白(HSA)的相互作用机制。分子对接分析表明,PFBSK在HSA的位点Ⅱ处以氢键作用力稳定结合。动力学模拟的结果表明,PFBSK与HSA相互作用产生的复合物具有良好的... 采用分子对接、动力学模拟和荧光光谱法研究全氟丁基磺酸钾(PFBSK)和人血清白蛋白(HSA)的相互作用机制。分子对接分析表明,PFBSK在HSA的位点Ⅱ处以氢键作用力稳定结合。动力学模拟的结果表明,PFBSK与HSA相互作用产生的复合物具有良好的稳定性,并使HSA的构象发生改变。结合自由能贡献分析表明,ARG348、ARG484、ARG485、ALA449为PFBSK与HSA结合的关键氨基酸残基。荧光光谱试验显示PFBSK和HSA的结合淬灭了HSA的内源性荧光,淬灭机制为静态淬灭。根据热力学参数吉布斯自由能(ΔG<0)、焓变(ΔH<0)和熵变(ΔS<0),可推断PFBSK和HSA的相互作用力主要是氢键和范德华力,这与分子对接和结合自由能分析结论一致。 展开更多
关键词 全氟丁基磺酸钾 人血清白蛋白 分子对接 分子动力学模拟 荧光光谱法
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一种环境友好型的PAEs荧光光谱衍生分子修饰方法 预览
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作者 邱尤丽 李鱼 《光谱学与光谱分析》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1785-1791,共7页
传统的PAEs荧光检测法主要是借助与具有荧光光谱特征的牛血清蛋白反应而进行的间接荧光检测。以六种被列入环境优先控制污染物的PAEs为例,对其苯环上4号位进行分子修饰,以期获得具有高荧光光谱强度的PAEs衍生物,利于直接荧光检测,同时... 传统的PAEs荧光检测法主要是借助与具有荧光光谱特征的牛血清蛋白反应而进行的间接荧光检测。以六种被列入环境优先控制污染物的PAEs为例,对其苯环上4号位进行分子修饰,以期获得具有高荧光光谱强度的PAEs衍生物,利于直接荧光检测,同时利用分子对接的方法模拟PAEs分子与牛血清蛋白的结合,计算与牛血清蛋白结合后的PAEs分子荧光光谱强度,并将其与PAEs衍生物的荧光光谱强度进行比较,筛选荧光光谱显著增强的PAEs衍生物,为PAEs衍生物的检测提供理论支持。研究结果显示:共设计出30种PAEs衍生物,其中18种PAEs衍生物的荧光光谱强度增强显著(100%~1850%),说明PAEs衍生物直接荧光检测的强度相较于PAEs分子间接荧光检测的强度具有显著增强作用;18种PAEs衍生物的功能特性(以稳定性、绝缘性作为代表)受到的影响较小,且PAEs衍生物的环境持久性均有所降低,生物富集性无明显变化,迁移性和毒性有不同程度的降低。此外,PAEs衍生物之间、与其他具有荧光特性的物质(多环芳烃)之间不存在干扰(最小波数差大于荧光光谱检测分辨率0.30nm),占用轨道能量及最正密立根氢原子电荷数是导致PAEs衍生物具有荧光光谱特性的主要控制因素。 展开更多
关键词 邻苯二甲酸酯 荧光光谱 分子设计 分子对接
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单链抗体对Cry1A类毒素的检测方法建立及识别差异初步研究
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作者 曲婷婷 张霄 +5 位作者 董飒 刘贝贝 李盼 王耘 张存政 刘贤金 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期516-525,共10页
为建立一种针对Cry1类毒素的经济高效的检测方法,本研究以杂交瘤细胞株2D10 cDNA为模板,通过重叠延伸PCR(gene splicing by overlap extension PCR, SOE-PCR)技术构建单链抗体(single-chain variable fragment, scFv)基因,转入大肠杆菌(... 为建立一种针对Cry1类毒素的经济高效的检测方法,本研究以杂交瘤细胞株2D10 cDNA为模板,通过重叠延伸PCR(gene splicing by overlap extension PCR, SOE-PCR)技术构建单链抗体(single-chain variable fragment, scFv)基因,转入大肠杆菌(Escherichia coli) BL21 (DE3)表达并建立双抗体夹心酶联免疫吸附测定(double antibody sandwich ELISA, DAS-ELISA)检测方法,通过分子对接模拟分析影响scFv与Cry1A类毒素结合的关键因素。结果成功构建了scFv基因,表达纯化出具有较高识别活性的scFv抗体(约28 kD),所建立的DAS-ELISA方法对Cry1Ab/Cry1Ac毒素的最低检测限(limits of determination, LOD)为20 ng/mL,分子对接结果显示,毒素的三维结构决定了其结合活性,氢键和疏水作用力在scFv与毒素结合过程中起重要作用。本研究利用基因工程抗体技术构建并表达获得了scFv抗体,建立了针对Cry1Ab/Cry1Ac毒素的双抗夹心ELISA检测方法,初步分析研究了scFv与Cry1Ac/Cry1Ab和Cry1Aa的识别差异机制,为进一步改造、研究开发新型广谱scFv提供了理论依据。 展开更多
关键词 CRY1AB CRY1AC SCFV DAS-ELISA 分子对接
从蝉花虫草提取的N~6-(2-羟乙基)腺苷的降压活性及其与人血清白蛋白的相互作用
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作者 张孟丽 柴一秋 +2 位作者 方鸣 章思思 韩宝瑜 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期907-916,共10页
从蝉花虫草中提取分离了N~6-(2-羟乙基)腺苷[N~6-(2-hydroxyethyl)-adenosine,HEA],对其降压机制及其与人血清白蛋白的相互作用进行了研究,揭示了降压机制以及在体内的传输机制。研究结果表明使用水沉醇提法提取HEA,HEA的纯度达到95%以... 从蝉花虫草中提取分离了N~6-(2-羟乙基)腺苷[N~6-(2-hydroxyethyl)-adenosine,HEA],对其降压机制及其与人血清白蛋白的相互作用进行了研究,揭示了降压机制以及在体内的传输机制。研究结果表明使用水沉醇提法提取HEA,HEA的纯度达到95%以上。HEA低(2.5mg/kg)、中(5mg/kg)、高(7.5mg/kg)浓度组腹腔注射高血压大鼠体内,HEA具有显著降压效果,中浓度组表现出较稳定的降压作用,其机制可能是激活腺苷A1受体。在HEA与人血清白蛋白结合过程中,范德华力、氢键和疏水作用力是结合过程中的主要作用力,HEA在位点I与人血清白蛋白进行结合,结合过程轻微地改变人血清白蛋白的结构和微环境。分子对接结果表明,Ser-192、Lys-195、Arg-257、Ser-287和Arg-291是HEA与人血清白蛋白结合过程中重要的氨基酸残基。 展开更多
关键词 蝉花虫草 高血压 光谱分析 分子对接
吴茱萸碱与人血清白蛋白相互作用的荧光光谱研究 预览
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作者 于湛 苗瑞丹 +4 位作者 韩忠保 王瑶 刘丽艳 辛士刚 张洪波 《沈阳师范大学学报:自然科学版》 CAS 2019年第4期304-308,共5页
采用荧光光谱法,研究了在不同温度与生理pH条件下吴茱萸碱同人血清白蛋白的相互作用。研究结果表明,吴茱萸碱可有效地猝灭人血清白蛋白的荧光发射,并且其猝灭常数与溶液温度成反比,其猝灭机制为吴茱萸碱同人血清白蛋白形成了稳定的非共... 采用荧光光谱法,研究了在不同温度与生理pH条件下吴茱萸碱同人血清白蛋白的相互作用。研究结果表明,吴茱萸碱可有效地猝灭人血清白蛋白的荧光发射,并且其猝灭常数与溶液温度成反比,其猝灭机制为吴茱萸碱同人血清白蛋白形成了稳定的非共价复合物而引起的静态猝灭。复合物稳定常数大于10 4 L/mol,复合物中主客体之比为1∶1。依照Van t Hoff方程获对荧光光谱结果进行计算得了不同温度下吴茱萸碱与人血清白蛋白相互作用的热力学参数,其中ΔG、ΔH和ΔS均小于0,由此可见推动此复合物形成的主要作用力是氢键和范德华力。进一步采用了同步荧光光谱法研究了吴茱萸碱与人血清白蛋白可能的结合位点,并且通过分子对接模拟推测了复合物的结构,结果表明吴茱萸碱最可能结合在人血清白蛋白的Trp214残基附近。 展开更多
关键词 吴茱萸碱 人血清白蛋白 同步荧光光谱法 荧光猝灭法 分子对接
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分子对接技术在昆虫化学感受研究中的应用进展 预览
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作者 李敏 郭美琪 +4 位作者 相伟芳 杨艺新 王永辉 朱耿平 潘丽娜 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期121-127,共7页
分子对接是利用生物信息分析手段预测配体和受体的结构模型,模拟出配体复合物的结构并通过结合自由能来判断结合强度的一种技术。分子对接包括蛋白质和小分子的前期准备,识别结合位点,搜索配体化合物的构象,评估对接结果四部分。昆虫的... 分子对接是利用生物信息分析手段预测配体和受体的结构模型,模拟出配体复合物的结构并通过结合自由能来判断结合强度的一种技术。分子对接包括蛋白质和小分子的前期准备,识别结合位点,搜索配体化合物的构象,评估对接结果四部分。昆虫的化学感受途径主要通过化感蛋白与小分子化合物的结合,实现对化学信息素的接收。分子对接可以精确模拟昆虫化感蛋白和信息化合物的结构以及二者的结合形式,可作为研究昆虫化学感受途径的有效技术手段,从而有利于研究开发昆虫抑制剂,用于农林病虫害的防治。本文综述了分子对接技术在昆虫化学感受研究中的应用进展,并详细介绍了分子对接的相关软件,举例说明了分子对接的过程,可为该领域的相关研究提供理论支持和方法指导。 展开更多
关键词 分子对接 昆虫 化学感受基因 化学信息素 配体复合物
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天然产物Salvianolic Acid A与黄嘌呤氧化酶相互作用的酶动力学和分子对接研究 预览
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作者 张婧妍 刘亚婷 唐红进 《安徽工程大学学报》 CAS 2019年第3期1-5,60共6页
黄嘌呤氧化酶(XO)是治疗痛风及高尿酸血症的重要药物靶点之一,天然产物是药物开发的重要源泉。通过酶动力学实验和分子对接初步探讨了天然产物Salvianolic Acid A与黄嘌呤氧化酶之间的相互作用规律。结果表明,化合物Salvianolic Acid A... 黄嘌呤氧化酶(XO)是治疗痛风及高尿酸血症的重要药物靶点之一,天然产物是药物开发的重要源泉。通过酶动力学实验和分子对接初步探讨了天然产物Salvianolic Acid A与黄嘌呤氧化酶之间的相互作用规律。结果表明,化合物Salvianolic Acid A竞争性抑制黄嘌呤氧化酶,并表现出浓度依赖性,其IC50值为65.49±0.94μM;Salvianolic Acid A可逆性抑制黄嘌呤氧化酶致其快速失活。此外,分子对接分析表明,Salvianolic Acid A可结合于黄嘌呤氧化酶活性中心,疏水相互作用和氢键相互作用对于配体-黄嘌呤氧化酶复合物构象稳定性的维系发挥着重要作用。 展开更多
关键词 丹酚酸A 黄嘌呤氧化酶 酶动力学 分子对接
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基于网络毒理学探讨草乌心脏毒性
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作者 郝俊霞 高梓森 +3 位作者 高皓 毕开顺 王健 李佐静 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第19期161-169,共9页
目的:通过建立草乌活性成分-作用靶点、蛋白相互作用、靶点相应的生物功能和通路网络,以及利用分子对接技术探讨草乌心脏毒性的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库和分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,... 目的:通过建立草乌活性成分-作用靶点、蛋白相互作用、靶点相应的生物功能和通路网络,以及利用分子对接技术探讨草乌心脏毒性的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库和分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP)和毒性与基因比较数据库(Comparative Toxicogenomics Database,CTD)筛选出草乌有毒候选成分。依据反向药效团匹配(Pharm Mapper)方法预测草乌毒性候选成分的作用靶点,与从人类基因数据库(Gene Cards)中寻找到的心脏相关基因蛋白进行比对,筛选出重合的蛋白作为草乌的潜在的心脏毒性靶点。采用Cytoscape软件构建草乌毒性候选成分-作用靶点网络。通过String数据库结合Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络,用DAVID平台对靶点生物功能及涉及的通路进行分析,最后用Discover Studio软件对关键蛋白与草乌毒性候选成分的结合进行验证。结果:草乌中筛选得到6种有毒候选成分,涉及27个心脏毒性作用靶点,网络分析结果表明靶点主要是通过参与心脏磷代谢,磷酸化的监管等磷相关的代谢和调节,以及通过FKBP1A,TGFB2,INSR等靶点对心脏的代谢,发育及形态产生重要的影响,进而产生心脏毒性。结论:利用中药多成分-多靶点-多通路的特点,探究了草乌心脏毒性作用机制,并预测了其可能存在的毒性,为进一步开展草乌心脏毒性作用机制研究提供了新思路和新方法。 展开更多
关键词 网络毒理学 草乌 心脏毒性 通路分析 分子对接
基于氧化苦参碱相似化合物的UQCRB抑制剂的虚拟筛选
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作者 郑丹娜 孙砚辉 +2 位作者 伍志学 张韧 吴绍锋 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1039-1046,共8页
目的通过构建辅酶Q-细胞色素C还原酶结合蛋白(UQCRB)小分子抑制剂的药效团模型,对相似的氧化苦参碱化合物库进行虚拟筛选,寻找出UQCRB小分子抑制剂,为抗肿瘤药物的筛选奠定基础。方法使用Discovery Studio 2.5软件进行药效团模型的构建... 目的通过构建辅酶Q-细胞色素C还原酶结合蛋白(UQCRB)小分子抑制剂的药效团模型,对相似的氧化苦参碱化合物库进行虚拟筛选,寻找出UQCRB小分子抑制剂,为抗肿瘤药物的筛选奠定基础。方法使用Discovery Studio 2.5软件进行药效团模型的构建。首先使用具有活性预测能力的Hypogen算法构建出UQCRB小分子抑制剂药效团模型,再运用Ligand Profiler模块验证药效团模型,应用筛选出来的最佳药效团模型对氧化苦参碱相似化合物数据库进行虚拟筛选,再进行分子对接验证以及ADMET预测。结果应用Hypogen算法成功构建了具有最佳的活性和非活性分子识别能力的药效团模型,并筛选出了9个具有潜在活性的氧化苦参碱相似化合物。结论本研究为发现UQCRB小分子抑制剂提供了新思路。 展开更多
关键词 UQCRB抑制剂 药效团 虚拟筛选 分子对接 氧化苦参碱
佛手散治疗子宫内膜异位症的网络药理学作用机制研究
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作者 赵彬鑫 韦佳慧 +3 位作者 张成玲 张莹 徐晓玉 陈怡 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1047-1054,共8页
目的采用网络药理学方法探究佛手散治疗子宫内膜异位症的成分及作用靶点,明确其抗子宫内膜异位症的作用机制。方法运用数据库结合文献挖掘筛选出佛手散(当归、川芎)的主要活性成分,收集其靶点,同时通过疾病数据库获取子宫内膜异位症靶... 目的采用网络药理学方法探究佛手散治疗子宫内膜异位症的成分及作用靶点,明确其抗子宫内膜异位症的作用机制。方法运用数据库结合文献挖掘筛选出佛手散(当归、川芎)的主要活性成分,收集其靶点,同时通过疾病数据库获取子宫内膜异位症靶点。分析佛手散活性成分与子宫内膜异位症的共有靶点,选取共有靶点及其邻居节点构建'成分靶点-疾病靶点'核心网络,筛选出关键靶点进行GO和KEGG通路分析,将活性成分与关键靶点进行分子对接。结果筛选得到佛手散14个活性成分及其248个靶点,子宫内膜异位症共401个靶点,其中,两者共有靶点37个。对'成分靶点-疾病靶点'核心网络进行分析,预测出65个关键靶点,主要分为转录因子、信号分子、氧化还原酶、核酸结合蛋白、水解酶类蛋白等。GO分析表明,这些靶点与蛋白质、DNA及酶结合紧密相关,并涉及细胞凋亡、增殖和转录过程的正调节等多个生物过程。KEGG通路分析显示这些靶点参与PI3K-Akt、MAPK、HIF-1、Estrogen及TNF等104条信号通路调控。分子对接发现,6个佛手散活性成分与9个关键靶点对接成功,其中豆甾醇、洋川芎内酯A、β-谷甾醇与Bcl2、ESR1、EGFR、TNF等靶点具有较好的结合活性。结论该研究为佛手散治疗子宫内膜异位症的潜在作用机制提供了新的思路和线索。 展开更多
关键词 佛手散 子宫内膜异位症 网络药理学 分子对接 作用机制
S/R构型烟碱与胰蛋白酶作用机制的研究 预览
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作者 杨继 杨柳 +4 位作者 陈永宽 刘志华 汤建国 杨洪芹 李晖 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期844-853,共10页
在模拟人体生理条件下,应用稳态荧光光谱和紫外可见吸收光谱手段辅助分子对接技术,重点考察了烟碱(NIC)两种对映体与胰蛋白酶(TYP)相互作用的荧光猝灭机理、构象变化及结合模式。结果表明,S-NIC与TYP碰撞结合形成激态复合物而猝灭TYP的... 在模拟人体生理条件下,应用稳态荧光光谱和紫外可见吸收光谱手段辅助分子对接技术,重点考察了烟碱(NIC)两种对映体与胰蛋白酶(TYP)相互作用的荧光猝灭机理、构象变化及结合模式。结果表明,S-NIC与TYP碰撞结合形成激态复合物而猝灭TYP的内源性荧光,而R-NIC与TYP结合的猝灭机理为动静态结合的混合猝灭类型。R-NIC对TYP荧光猝灭的能力强于S-NIC,且结合常数(Ka)大于S-NIC,但二者在TYP活性空腔中均只有1个高亲和位点。热力学研究结果表明,S-NIC和R-NIC与TYP结合时活化能差异较大,R-NIC与TYP碰撞结合所需能量更小。同步和三维荧光光谱研究发现,NIC两种对映体均诱导了TYP的微环境和构象发生变化。分子对接结果表明,两种对映体均稳定结合于TYP分子的SER-195附近,且R-NIC与氨基酸残基SER-214形成氢键。 展开更多
关键词 烟碱对映体 胰蛋白酶 作用机理 荧光光谱 分子对接
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