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2010-2018年湖北省随州市脑膜炎奈瑟菌的菌群和分子分型特征
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作者 张雅婷 陈平 +4 位作者 李国明 杨红梅 何飞 吕静 郭芳 《中国疫苗和免疫》 北大核心 2019年第2期145-149,共5页
目的了解湖北省随州市脑膜炎奈瑟菌(Neisseria meningitidis,Nm)的菌群和分子分型特征。方法通过2010-2018年随州市健康人群带菌率调查获得Nm菌株,分别采用玻片凝集法和普通PCR进行血清分群和基因分群;选取部分菌株进行脉冲场凝胶电泳(P... 目的了解湖北省随州市脑膜炎奈瑟菌(Neisseria meningitidis,Nm)的菌群和分子分型特征。方法通过2010-2018年随州市健康人群带菌率调查获得Nm菌株,分别采用玻片凝集法和普通PCR进行血清分群和基因分群;选取部分菌株进行脉冲场凝胶电泳(Pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)分型和多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)分析。结果 2010-2018年随州市Nm带菌率为0.54%-9.88%,共获得108株Nm菌株。血清分群显示,在所有Nm菌株中B群40株、C群4株、X群1株、血清不可分群63株;基因分群显示,B群64株、C群5株、X群1株、W群1株、cnl菌株6株、基因不可分群(Non-genogroupable,NG)31株。MLST分型显示,31株Nm菌株共有20种ST型,其中14种(25株)可归入克隆群CC4821(17株)、CC198(5株)、CC32(2株)和CC41/44(1株),6种(6株)不能归入现有克隆群。PFGE分型显示,86株Nm菌株可分为47种PFGE带型,其中2018年B群和NG菌株为优势带型,其他菌株呈高度多态性。结论 2010-2018年随州市Nm带菌率呈上升态势,以B群为主要菌群、CC4821为优势克隆群。 展开更多
关键词 脑膜炎奈瑟菌 带菌率 脉冲场凝胶电泳 多位点序列分型 分子分型
化脓性感染金黄色葡萄球菌耐药性及分子流行型别分析 预览
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作者 周珊 刘家云 +4 位作者 马越云 周柯 周磊 郝晓柯 徐修礼 《检验医学》 CAS 2019年第2期140-143,共4页
目的分析2017年上半年西京医院化脓性感染金黄色葡萄球菌的耐药性及分子流行型别,为临床合理用药提供依据。方法收集2017年1—6月分离自化脓性感染患者脓性分泌物样本的金黄色葡萄球菌,采用Vitek 2 Compact全自动微生物鉴定系统进行菌... 目的分析2017年上半年西京医院化脓性感染金黄色葡萄球菌的耐药性及分子流行型别,为临床合理用药提供依据。方法收集2017年1—6月分离自化脓性感染患者脓性分泌物样本的金黄色葡萄球菌,采用Vitek 2 Compact全自动微生物鉴定系统进行菌株鉴定及药物敏感性试验,采用多位点序列分型(MLST)联合spa分型方法进行分子流行病学分型。结果共分离金黄色葡萄球菌171株,其中社区感染113株,医院感染58株。医院感染耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)分离率(62.07%)明显高于社区感染(30.97%)。分子分型结果显示,医院感染和社区感染MRSA分别以ST239-t030和ST239-t037为主。结论2017年上半年西京医院化脓性感染金黄葡萄球菌医院感染和社区感染在多个方面存在明显差异。MRSA克隆型别相对比较集中,医院感染存在院内播散现象。应加强医院感染控制力度,降低医院感染发生率。 展开更多
关键词 化脓性感染 金黄色葡萄球菌 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 多位点序列分型 spa分型 耐药性
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《中国药典》中标准菌种质控新方法的研究 预览
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作者 徐潇 石继春 +6 位作者 王春娥 梁丽 郑锐 孙文媛 龙新星 陈翠萍 叶强 《微生物学免疫学进展》 2019年第3期1-15,共15页
目的 研究《中华人民共和国药典》(简称《中国药典》)纳入的标准菌种质控新方法,并评价不同批号标准菌种的质量稳定性。方法 对脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术进行比较研究,同时整合16SrRNA基因序列分析、多位点序列分型和基质辅助激光解吸... 目的 研究《中华人民共和国药典》(简称《中国药典》)纳入的标准菌种质控新方法,并评价不同批号标准菌种的质量稳定性。方法 对脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术进行比较研究,同时整合16SrRNA基因序列分析、多位点序列分型和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱等质控新方法,进行标准菌种质控新方法的建立,并对标准菌种的质量进行评价。结果 形成了适用于《中国药典》中标准菌种的方法,并通过整合的质控新方法对不同批号的标准菌种进行评价,结果显示,菌种质量稳定,遗传信息无改变。同时,建立了标准菌种16SrRNA基因标准序列、PFGE标准指纹图谱和标准基因型。结论 标准菌种质控新方法的研究,为更加全面、深入地评价标准菌种的质量提供了依据;建立的标准菌种质量控制体系及标准菌种质控鉴定信息,为标准菌种持续的质量控制奠定了重要的参比信息基础。 展开更多
关键词 中国药典 标准菌种 质控方法 脉冲场凝胶电泳 16SrRNA基因序列分析 多位点序列分型 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱
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制药企业生产环境凝固酶阴性葡萄球菌多位点序列分型方法的建立
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作者 宋明辉 李琼琼 +2 位作者 秦峰 刘浩 杨美成 《中国医药工业杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期553-558,共6页
凝固酶阴性葡萄球菌是药品生产环境的主要污染微生物。本研究以凝固酶阴性葡萄球菌为研究对象,基于泛基因组学筛选单核苷酸多态性看家基因序列,建立与评价目标靶基因PCR扩增方法,并通过目标靶基因序列多样性分析等步骤,研发了包含femA、... 凝固酶阴性葡萄球菌是药品生产环境的主要污染微生物。本研究以凝固酶阴性葡萄球菌为研究对象,基于泛基因组学筛选单核苷酸多态性看家基因序列,建立与评价目标靶基因PCR扩增方法,并通过目标靶基因序列多样性分析等步骤,研发了包含femA、ftsZ、gap、pyrH、rpoB和tufA共6个看家基因序列且同时适用于多种常见凝固酶阴性葡萄球菌的多位点序列分型(MLST)方法。应用本研究建立的MLST 方法,可将分离自制药企业生产环境中的118株凝固酶阴性葡萄球菌(27 株表皮葡萄球菌、25株溶血葡萄球菌、23株科氏葡萄球菌、16株人葡萄球菌、14株沃氏葡萄球菌和13株头状葡萄球菌)分为73个不同的序列型,辛普森指数为0.989。本研究建立的MLST方法对多种凝固酶阴性葡萄球菌均具有良好的分型能力,为药品生产过程污染凝固酶阴性葡萄球菌的溯源调查提供了有力工具。 展开更多
关键词 凝固酶阴性葡萄球菌 多位点序列分型 微生物污染 核酸序列 制药企业
粪肠球菌临床株对泰利唑胺体外抗菌活性的研究 预览
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作者 白冰 余治健 +6 位作者 徐广健 王进 马孝煜 张朝钦 郑金鑫 邓启文 李多云 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期1009-1013,共5页
目的评价泰利唑胺体外抗粪肠球菌的活性,探讨泰利唑胺不敏感粪肠球菌的耐药机制及其多位点序列分型分布情况。方法收集2011年1月1日-2016年6月30日深圳市南山区人民医院临床分离的粪肠球菌菌株,使用自动化仪器法及微量肉汤稀释法对分离... 目的评价泰利唑胺体外抗粪肠球菌的活性,探讨泰利唑胺不敏感粪肠球菌的耐药机制及其多位点序列分型分布情况。方法收集2011年1月1日-2016年6月30日深圳市南山区人民医院临床分离的粪肠球菌菌株,使用自动化仪器法及微量肉汤稀释法对分离菌株的耐药性进行检测。应用聚合酶链式反应(PCR)方法检测恶唑烷酮类抗生素耐药基因的携带情况,并采用多位点序列分型(MLST)对分离菌株进行分型。结果共获得289株粪肠球菌,来源科室主要为外科(57.4%),标本来源主要为中段尿(126株,43.6%)。289株粪肠球菌对泰利唑胺敏感率为94.1%,对氨苄西林、呋喃西林和万古霉素有较高的敏感性(敏感率为97.9%~99.7%)。MLST结果显示,共分为47个ST型,优势ST分型为ST16和ST179,分别占29.1%(84株)和24.9%(72株),在泰利唑胺不敏感粪肠球菌中,ST16的比例高于ST179(P<0.05)。共检出泰利唑胺不敏感粪肠球菌17株,其携带optrA基因比例高于敏感株。结论泰利唑胺对粪肠球菌的抗菌活性整体优于利奈唑胺,但对携带optrA基因的粪肠球菌则未显示出良好的抗菌活性。 展开更多
关键词 粪肠球菌 泰利唑胺 体外活性 毒力因子 耐药基因 多位点序列分型
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儿科病房无乳链球菌感染的临床特点和病原菌基因多态性
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作者 张春玲 王瑜 +2 位作者 王毅超 许美芬 胡林 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2019年第5期528-530,536共4页
目的研究儿科病房无乳链球菌感染的临床表现,并对分离的无乳链球菌进行基因多态性分析。方法收集台州市中心医院新生儿室和儿科病房2017年1月至2017年12月无乳链球菌侵袭性感染病例,分析临床表现特点。采用多位点序列分型技术,对分离的... 目的研究儿科病房无乳链球菌感染的临床表现,并对分离的无乳链球菌进行基因多态性分析。方法收集台州市中心医院新生儿室和儿科病房2017年1月至2017年12月无乳链球菌侵袭性感染病例,分析临床表现特点。采用多位点序列分型技术,对分离的无乳链球菌7个管家基因进行PCR扩增及测序,并与BLAST数据库中的序列进行比对分析,明确菌株序列性(ST)。结果本次研究共纳入7例患儿,分离到7株无乳链球菌。7株无乳链球菌基因型中2株病原菌基因型为ST12,2株ST249,1株ST23,1株ST1076及未知型1株。小儿无乳链球菌感染临床表现为败血症的有4例,其中2例病原菌基因型为ST12,2例为ST249。临床表现为脑膜炎的1例,基因型为ST249。结论该院小儿无乳链球菌感染的基因型以ST12和ST249为主;临床表现以败血症和化脓性脑膜炎为主,预后不佳。 展开更多
关键词 无乳链球菌 多位点序列分型 新生儿 婴儿
上海市一例肠出血性大肠埃希菌O157∶H7感染病例的病原学分析
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作者 庄源 陈洪友 +4 位作者 陈涌 张曦 顾丽萍 余玮 陈敏 《疾病监测》 CAS 2019年第6期519-524,共6页
目的通过流行病学调查与病原菌鉴定,并结合既往相关菌株资料,对2016年6月上海市腹泻病综合监测中报告的1例肠出血性大肠埃希菌(EHEC)O157∶H7感染病例进行病原学分析。方法对患者开展流行病学调查。采集标本后进行菌株分离培养、生化鉴... 目的通过流行病学调查与病原菌鉴定,并结合既往相关菌株资料,对2016年6月上海市腹泻病综合监测中报告的1例肠出血性大肠埃希菌(EHEC)O157∶H7感染病例进行病原学分析。方法对患者开展流行病学调查。采集标本后进行菌株分离培养、生化鉴定并确定血清型;利用聚合酶链式反应(PCR)检测所携带的毒力基因;采用微量肉汤稀释法进行药敏试验;应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术进行分子分型;通过全基因组测序获取序列信息进行多位点序列分型(MLST)及单核苷酸多态性分析。结果流行病学调查未发现可疑传染源。患者样本分离出EHEC O157∶H7;携带eae、stx2基因;对进行试验的16种抗生素均敏感;菌株图谱带型与以往监测中分离菌株带型均不相同;MLST分型为ST11型,与以往分离菌株核心基因组差异较大。结论上海市较长时间无检出EHEC O157∶H7菌株的病例记录,通过对此次分离的菌株的全面检测,确定了其毒力基因、耐药性和MLST型别,并发现新的PFGE带型,其核心基因组与以往菌株呈现出一定差异,值得进一步关注。 展开更多
关键词 肠出血性大肠埃希菌 腹泻 毒力基因 脉冲场凝胶电泳 多位点序列分型 单核苷酸多态性
耐碳青霉烯肠杆菌科细菌碳青霉烯酶检测与多位点序列分型分析 预览
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作者 温伟洪 梁英健 +2 位作者 马芙蓉 李玉珍 徐令清 《检验医学》 CAS 2019年第7期577-582,共6页
目的了解耐碳青霉烯肠杆菌科细菌(CRE)的耐药机制及分子流行病学特征。方法采用全自动微生物鉴定系统鉴定菌株,并进行药物敏感性试验;采用改良碳青霉烯类灭活试验(mCIM)筛查菌株碳青霉烯酶;采用聚合酶链反应(PCR)及基因测序方法检测菌... 目的了解耐碳青霉烯肠杆菌科细菌(CRE)的耐药机制及分子流行病学特征。方法采用全自动微生物鉴定系统鉴定菌株,并进行药物敏感性试验;采用改良碳青霉烯类灭活试验(mCIM)筛查菌株碳青霉烯酶;采用聚合酶链反应(PCR)及基因测序方法检测菌株碳青霉烯酶耐药基因;采用多位点序列分型(MLST)方法对菌株进行分子分型。结果共收集到24株CRE,其中13株为肺炎克雷伯菌,11株为阴沟肠杆菌,mCIM阳性率均为100%。13株肺炎克雷伯菌中有10株携带blaKPC-2基因,1株携带blaNDM-1基因,1株携带blaNDM-4基因,1株未检出blaKPC、blaIMP、blaVIM、blaNDM及blaOXA基因;11株阴沟肠杆菌均携带blaNDM-1基因。MLST结果显示13株肺炎克雷伯菌中有12株为ST11型,1株为ST571型;11株阴沟肠杆菌均为ST93型。结论研究涉及的肺炎克雷伯菌碳青霉烯类耐药的主要机制为携带blaKPC-2基因,优势序列分型(ST)为ST11;阴沟肠杆菌碳青霉烯类耐药的主要机制为携带blaNDM-1基因,优势ST为ST93。应及时采取有效措施防止CRE的传播。 展开更多
关键词 碳青霉烯酶 多位点序列分型 耐药性 肺炎克雷伯菌 阴沟肠杆菌
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儿科住院患者耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐药性监测及分子流行病学特征
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作者 王明英 孙立颖 +2 位作者 黄磊 冯汝立 孟令震 《中国临床药理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第15期1592-1595,1632共5页
目的探讨儿科患者耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的耐药性和分子流行病学特点。方法收集2015年1月至2018年4月我院儿科临床分离的肺炎克雷伯菌,用全自动细菌鉴定仪、纸片扩散法及琼脂扩散梯度法进行鉴定及药敏试验;以改良碳青霉烯类失... 目的探讨儿科患者耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的耐药性和分子流行病学特点。方法收集2015年1月至2018年4月我院儿科临床分离的肺炎克雷伯菌,用全自动细菌鉴定仪、纸片扩散法及琼脂扩散梯度法进行鉴定及药敏试验;以改良碳青霉烯类失活法(m CIM)和乙二胺四乙酸(EDTA)碳青霉烯类失活法(e CIM)检测碳青霉烯酶;以聚合酶链反应(PCR)检测KPC、NDM、IMP、OXA-48、VIM 5种耐药基因;用多位点序列分型(MLST)对CRKP进行分子遗传学分析;用随机扩增多态性DNA技术(RAPD)分析其同源性;用WHONET 5. 6进行数据分析。结果该研究期间共分离肺炎克雷伯菌189株,其中CRKP占14. 8%(28株);CRKP对氨苄西林/舒巴坦、头孢唑啉、头孢呋辛、头孢他啶、头孢曲松、美洛培南的耐药率均为100%,对其他β内酰胺类耐药率也较高(>85%);对喹诺酮类及阿米卡星耐药率较低(<50%);替加环素对大部分CRKP有较强体外活性,耐药率仅为3. 6%。遗传学分析显示,28株CRKP均为碳青霉烯酶产生株,其中以KPC-2(15/28)为优势基因,其次为NDM-1(6/28),IMP-4 (3/28),NDM-5 (2/28),另外,2株菌同时携带KPC-和NDM-1基因。28株CRKP经MLST分出7种ST型,其中以ST11 (57. 1%,16/28),ST20(17. 9%,5/28),ST17(7. 1%,3/28)为主,ST163、ST299、ST401、ST1446各占3. 6%(1/28)。所有CRKP分为8种RAPD类型,最常见的类型为A型(18/28),值得注意的是,所有的ST11菌株都属于A型。结论近4年来,我院儿科病房中以含有KPC-2的ST11型CRKP菌株为主。菌株之间存在一定的基因多态性,某种克隆株可能存在小范围流行,这表明迫切需要加强临床意识和感染控制措施。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 碳青霉烯类耐药 药敏 多位点序列分型 同源性分析
海南地区类鼻疽伯克霍尔德菌的多位点序列分型 预览
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作者 刘琳 孙庆惠 +5 位作者 裴华 陈垂这 修皓 张楠 赫娜 夏乾峰 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期514-517,524共5页
目的研究海南省类鼻疽伯克霍尔德菌多位点序列类型(STs)多态性,了解该省与其他类鼻疽流行地区菌株间的遗传背景差异.方法选取7个管家基因位点ace、gltB、gmhD、lepA、lipA、narK、ndh进行PCR扩增、测序,与MLST数据库中的等位基因序列进... 目的研究海南省类鼻疽伯克霍尔德菌多位点序列类型(STs)多态性,了解该省与其他类鼻疽流行地区菌株间的遗传背景差异.方法选取7个管家基因位点ace、gltB、gmhD、lepA、lipA、narK、ndh进行PCR扩增、测序,与MLST数据库中的等位基因序列进行比对,确定菌株的序列型.结果18株类鼻疽伯克霍尔德菌属于12个不同的STs,其中ST50有4株,检出率占22.2%,ST58、ST232、ST1094各检出2株,发现一株新STs命名为ST1676.结论海南省类鼻疽伯克霍尔德菌具有高度遗传多样性,gmhD是7个管家基因中变异最大的等位基因,表明gmhD突变可能是该地区菌株STs多样性的原因. 展开更多
关键词 类鼻疽病 类鼻疽伯克霍尔德菌 多位点序列分型
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北京市顺义区零售鸡胴体中弯曲菌分布与分子特征研究 被引量:1
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作者 李颖 梁昊 +4 位作者 王苗 张赫 张彦春 马红梅 张茂俊 《中国食品卫生杂志》 CSCD 北大核心 2019年第4期351-355,共5页
目的研究北京市顺义区鸡胴体中弯曲菌分布和分子特征,为顺义区弯曲菌防控提供科学依据。方法采集批发市场和零售店鸡胴体60份,采用滤膜法分离培养弯曲菌,对分离菌株进行多位点序列分型分析并构建最小生成树。结果鸡胴体中弯曲菌检出率为... 目的研究北京市顺义区鸡胴体中弯曲菌分布和分子特征,为顺义区弯曲菌防控提供科学依据。方法采集批发市场和零售店鸡胴体60份,采用滤膜法分离培养弯曲菌,对分离菌株进行多位点序列分型分析并构建最小生成树。结果鸡胴体中弯曲菌检出率为75.0%(45/60),空肠弯曲菌与结肠弯曲菌占比分别为38.0%(19/50)和62.0%(31/50)。批发市场和零售店弯曲菌检出率分别为86.0%(37/43)和47.1%(8/17),差异有统计学意义(χ2=9.877,P<0.05);5~7月空肠弯曲菌检出率分别为10.0%(2/20)、40.0%(8/20)和45.0%(9/20),差异有统计学意义(χ2=6.624,P<0.05)。19株空肠弯曲菌共分为13个ST型;28株结肠弯曲菌共分为16个ST型。空肠弯曲菌耐药率前五位由高至低依次为四环素(100.0%,19/19)、萘啶酸(100.0%,19/19)、环丙沙星(94.7%,18/19)、氟苯尼考(57.9%,11/19)、庆大霉素(36.8%,7/19);结肠弯曲菌耐药率前五位由高至低依次为萘啶酸(100.0%,31/31)、环丙沙星(100.0%,31/31)、四环素(93.5%,29/31)、链霉素(93.5%,29/31)、庆大霉素(83.9%,26/31)。空肠弯曲菌和结肠弯曲菌多重耐药率分别为68.4%(13/19)和93.5%(29/31)。结论北京市顺义区市场零售鸡胴体中弯曲菌污染水平较高,结肠弯曲菌为污染的优势菌种。批发市场鸡胴体污染弯曲菌的情况比零售店严重。 展开更多
关键词 多位点序列分型 空肠弯曲菌 萘啶酸 批发市场 北京市顺义区 分子特征 结肠弯曲菌 最小生成树
基于高通道测序的肠道菌群与冠心病的相关性研究 预览
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作者 李俊艳 孙致远 袁宇 《中国全科医学》 CAS 北大核心 2019年第29期3554-3560,共7页
背景冠心病是发达国家及发展中国家最常见的死亡原因之一,肠道菌群的组成在冠心病的病理过程中起重要作用,越来越多证据表明,肠道菌群失调可导致脂质代谢紊乱、低度炎性反应、胰岛素抵抗、血压升高等,进而增加冠心病风险。目的通过检测... 背景冠心病是发达国家及发展中国家最常见的死亡原因之一,肠道菌群的组成在冠心病的病理过程中起重要作用,越来越多证据表明,肠道菌群失调可导致脂质代谢紊乱、低度炎性反应、胰岛素抵抗、血压升高等,进而增加冠心病风险。目的通过检测冠心病患者肠道菌群结构及多样性,了解其肠道菌群特点,进一步寻找冠心病危险因素,为冠心病患者提供新的诊疗方法。方法选取2016年7月-2017年6月入住新乡医学院第一附属医院心血管内科及心脏重症监护病房(CCU)的冠心病患者62例,应用Gensini评分将其分为轻度组27例,中重度组35例;同时选取同期于本院体检的30例健康者作为对照组。采集研究对象的粪便样本,提取粪便样本的DNA并对其进行细菌16S rDNA V3区的聚合酶链式反应(PCR)扩增,对最终的PCR扩增产物进行生物信息学分析。结果三组原始PE reads数目(PE_reads)、去除嵌合体后有效序列数目(Nochimera)、有效序列平均长度(AvgLen)、有效数据的GC百分比含量(GC)、Nochimera与PE_reads的百分比(Effective)比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。三组ACE、Chao1、Shannon、Simpson指数比较,差异均有统计学意义(P<0.05);其中,轻度组与中重度组ACE、Chao1、Shannon、Simpson指数均低于对照组(P<0.05)。三组拟杆菌门、变形菌门相对丰度比较,差异均有统计学意义(P<0.05),其中中重度组拟杆菌门相对丰度低于对照组,变形菌门相对丰度高于对照组(P<0.05);三组拟杆菌纲、梭菌纲相对丰度比较,差异均有统计学意义(P<0.05),其中中重度组拟杆菌纲相对丰度低于轻度组、梭菌纲相对丰度高于轻度组,轻度组拟杆菌纲相对丰度低于对照组、梭菌纲相对丰度高于对照组(P<0.05);三组拟杆菌属相对丰度比较,差异有统计学意义(P<0.05),其中中重度组相对丰度低于轻度组和对照组,轻度组相对丰度低于对照组(P<0.05)。Metastats差异分� 展开更多
关键词 冠心病 生物多样性 计算生物学 肠道菌群 多位点测序分型
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基于PubMLST数据库分析蜡样芽胞杆菌群的遗传学 预览
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作者 万经 赵炜 +2 位作者 崔颖 毛展 周帼萍 《中国酿造》 CAS 北大核心 2019年第5期164-168,共5页
以蜡样芽胞杆菌(Bacillus cereus)PubMLST数据库为数据来源,通过Phyloviz、Mega和IQ-tree软件研究蜡样芽胞杆菌群的遗传学。结果表明,筛选后得到1 329株完整的蜡样芽胞杆菌群的菌株信息,其中蜡样芽胞杆菌(B. cereus)及变种864株、苏云... 以蜡样芽胞杆菌(Bacillus cereus)PubMLST数据库为数据来源,通过Phyloviz、Mega和IQ-tree软件研究蜡样芽胞杆菌群的遗传学。结果表明,筛选后得到1 329株完整的蜡样芽胞杆菌群的菌株信息,其中蜡样芽胞杆菌(B. cereus)及变种864株、苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis)及变种345株、炭疽芽胞杆菌(Bacillus anthracis)61株、韦氏芽胞杆菌(Bacillus weihenstephanensis)、蕈状芽胞杆菌(Bacillus mycoides)、假蕈状芽胞杆菌(Bacillus pseudomycoides)分别为33、21和5株。群内占比很高的蜡样芽胞杆菌和苏云金芽胞杆菌具有丰富而复杂的遗传多样性,相互交织地散布于群内几乎所有的进化分支上,两者无法区分;炭疽芽胞杆菌在进化树上位于相对独立而保守的一个分支;韦氏芽胞杆菌与蕈状芽胞杆菌虽然在菌落形态上差异很大,但两者在系统进化树上位于同一个分支,同源性极高。 展开更多
关键词 蜡样芽胞杆菌群 PubMLST数据库 多位点序列分型 群体遗传学分析
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利用MALDI-TOF MS特异质量峰对耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌同源性的快速分型 预览
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作者 余佳佳 刘婧娴 +1 位作者 李媛睿 刘瑛 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期206-212,共7页
目的利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)筛选耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的特异质量峰,并根据特异质量峰对CRKP进行快速同源性分析。方法选取某院微生物实验室已进行多位点序列分型(MLST)的CRKP76株,52株用于方法... 目的利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)筛选耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的特异质量峰,并根据特异质量峰对CRKP进行快速同源性分析。方法选取某院微生物实验室已进行多位点序列分型(MLST)的CRKP76株,52株用于方法的建立,24株用于方法的验证。设置5个不同的特异峰挑选标准,按照不同的标准筛选各ST型特异质量峰,依据筛选的特异质量峰对CRKP进行分型,将与MLST结果符合率最高的标准确定为最佳标准。依据最佳标准筛选出的特异峰对24株CRKP进行分型,验证特异峰质量分型方法的准确性,并与质谱仪软件中的主成分分析(PCA)和核心图谱(MSP)聚类分析进行比较。结果按照标准2[(1)信噪比(S/N)≥4,(2)S/N比值≥1.5,(3)变异系数(CV)≤40%],52株CRKP中共筛选出45个特异质量峰,利用特异质量峰对29株CRKP进行分型,与MLST符合率最高,达82.8%,确定为最佳标准。按照此标准筛选出的特异质量峰对另外24株CRKP进行分型,与MLST符合率达83.3%。而PCA聚类分析与MLST的符合率仅为66.7%,MSP聚类分析与MLST一致性较差,没有明显符合ST型的分组趋势。结论利用MALDI-TOFMS筛选出不同ST型别CRKP的特异质量峰,可用于CRKP的快速同源性分析,为暴发流行的监测和医院感染的控制提供依据。 展开更多
关键词 基质辅助激光解析电离飞行时间质谱 耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌 特异质量峰 多位点序列分型 分子流行病学
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无乳链球菌中可接合性转移元件的检测及携带菌株的分子流行特征调查 预览
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作者 朱东安 周凯鑫 +1 位作者 常东 孙景勇 《中国感染与化疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期154-159,共6页
目的了解临床分离的无乳链球菌中可接合性转移元件(ICE)的分布,分析其耐药和分子流行病学特征。方法对临床分离的无乳链球菌进行纸片扩散法药敏试验,通过PCR检测ICESa2603家族和类ICESa2603家族ICE不同的整合酶基因及插入位点基因筛选... 目的了解临床分离的无乳链球菌中可接合性转移元件(ICE)的分布,分析其耐药和分子流行病学特征。方法对临床分离的无乳链球菌进行纸片扩散法药敏试验,通过PCR检测ICESa2603家族和类ICESa2603家族ICE不同的整合酶基因及插入位点基因筛选可能携带ICE的菌株;对携带ICE的菌株进行多位点序列分型(MLST),了解其分子流行特征;对部分ICE阳性菌株进行接合试验,了解ICE及相关耐药基因的转移性并通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)、MLST及药敏试验证实。结果178株无乳链球菌中检出携带ICE菌株27株(15.2%),其中ICESa2603家族14株,类ICESa2603家族19株,两类家族皆为阳性的有6株。27株携带ICE的无乳链球菌MLST结果显示:最多的为ST-12型10株(37.0%),其次为ST-27型4株(14.8%)、ST-24型3株(11.1%)、ST-19型3株(11.1%)。15株红霉素耐药ICE阳性的无乳链球菌中,10株(66.7%)检测到了ICE与红霉素耐药性的接合转移。ICE阳性的无乳链球菌对红霉素、克林霉素和四环素的耐药率明显高于ICE阴性的菌株,但对左氧氟沙星的耐药率前者明显低于后者。结论ICE在临床分离的无乳链球菌中具有较高的检出率,且可能在红霉素、四环素等耐药基因的水平传播上起着一定作用,ICE阳性菌株中的主要克隆型为ST-12型。 展开更多
关键词 无乳链球菌 可接合性转移元件 多位点序列分型 耐药性
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海口不同农贸市场艾伯特埃希菌带染状况研究
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作者 王艳燕 闫国栋 +3 位作者 林春燕 赵艺 张玲 王红 《中国卫生检验杂志》 CAS 2019年第21期2655-2658,共4页
目的了解海口市农贸市场家鑫中艾伯特埃希菌的带染情况,为艾伯特埃希菌检测方法的有效性和可行性提供证据。方法采集海口市不同农贸市场市售鸡肠、鸭肠内容物经EC肉汤增菌后,PCR对其进行eoe基因检测,阳性增菌液接种麦康凯琼脂,挑取eae... 目的了解海口市农贸市场家鑫中艾伯特埃希菌的带染情况,为艾伯特埃希菌检测方法的有效性和可行性提供证据。方法采集海口市不同农贸市场市售鸡肠、鸭肠内容物经EC肉汤增菌后,PCR对其进行eoe基因检测,阳性增菌液接种麦康凯琼脂,挑取eae阳性、不发酵乳糖菌落进行艾伯特埃希菌筛查后经三重PCR(cZpXJpP和泌h)及多位点序列分型(MLST)鉴定。结果本研究共采集了221份样品(鸡肠及其内容物133份,鸭肠及其内容物88份),从221份鸡肠、鸭肠内容物中检出11株疑似艾伯特埃希菌,经eoe基因检测、生化鉴定、MLST聚类分析,结果表明该11株菌均为不发酵乳糖、木糖,无动力,eae基因和三重PCR为阳性,MLST聚类分析与艾伯特埃希菌标准菌株具有高度亲缘性,均鉴定为艾伯特埃希菌。结论海口市地区不同农贸市场家禽中艾伯特埃希菌存在不同程度的带染,且艾伯特埃希菌检测技术有效可行,具有推广应用价值。 展开更多
关键词 艾伯特埃希菌 eoe基因 三重PCR 多位点序列分型’
基于临床定义的高毒力肺炎克雷伯杆菌感染的临床表型及其荚膜血清型和多位点序列分型
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作者 于昌萍 王术 +2 位作者 田素飞 褚云卓 陈佰义 《中华内科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期361-365,共5页
目的研究高毒力肺炎克雷伯杆菌(hvKP)感染的临床表型及其荚膜血清型和多位点序列分型。方法基于临床将无胆道基础疾病的社区获得性化脓性肝脓肿(CA-PLA)伴肝外共感染部位或血流感染患者分离到的肺炎克雷伯杆菌定义为hvKP。回顾性分析201... 目的研究高毒力肺炎克雷伯杆菌(hvKP)感染的临床表型及其荚膜血清型和多位点序列分型。方法基于临床将无胆道基础疾病的社区获得性化脓性肝脓肿(CA-PLA)伴肝外共感染部位或血流感染患者分离到的肺炎克雷伯杆菌定义为hvKP。回顾性分析2011年1月1日—2017年12月31日中国医科大学附属第一医院符合上述定义的hvKP感染的临床表型,采用全自动细菌鉴定及药敏分析系统检测hvKP体外药敏结果;聚合酶链反应(PCR)和基因测序检测hvKP荚膜血清型、多位点序列分型(MLST)。结果收集符合上述定义的hvKP感染病例140例,肝脓肿外的其他共感染疾病为血流感染98例,肺部感染53例,泌尿系感染10例,膈下脓肿3例,眼内炎3例,脾脏脓肿2例,腹膜炎、皮肤软组织感染、脊髓脓肿、结肠炎、腰大肌脓肿、肛周脓肿、心肌脓肿各1例。140例患者中伴1个肝外共感染疾病者106例,伴2个共感染疾病者32例,伴3个共感染疾病者2例。hvKP对常用抗菌药物敏感性超过80%。对复活的43株hvKP进行荚膜血清型检测,K1型占53.49%(23/43),K2型占34.88%(15/43),K54型和K57型各占2.33%(1/43),其他血清型占6.98%(3/43);未发现某种荚膜血清型在hvKP的临床表型上有分布优势规律。伴与不伴糖尿病患者hvKP荚膜血清型分型差异均无统计学意义(P>0.05)。hvKP MLST结果显示,ST23型占39.53%(17/43),ST65型占25.58%(11/43),ST86型占9.30%(4/43),ST412、ST29、ST1660、ST380、ST1364、ST700、ST2159型各占2.33%(1/43),未分型占9.30%(4/43),无疾病分布优势。结论hvKP导致的感染性疾病广泛,包括肝脓肿外多部位和血流感染;对抗菌药物保持高度敏感;其荚膜血清型分型主要为K1型和K2型;MLST以ST23型和ST65型为主。 展开更多
关键词 高毒力肺炎克雷伯杆菌 社区获得性肝脓肿 抗菌药物敏感性 荚膜血清型 多位点序列分型
某院耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌耐药基因分析 预览
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作者 周仕丹 刘春来 +6 位作者 杨润时 贾玲 李妍 曹海燕 晏辉钧 孙坚 庄志辉 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期495-504,共10页
目的研究某院耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌(CRE)在细菌耐药方面的分子流行病学特征,为CRE的防控提供依据。方法收集某院2013-2017年细菌室保存的CRE,对其进行多位点序列分型(MLST)、药敏试验、全基因序列测定,选取部分CRE中携带的碳青霉烯... 目的研究某院耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌(CRE)在细菌耐药方面的分子流行病学特征,为CRE的防控提供依据。方法收集某院2013-2017年细菌室保存的CRE,对其进行多位点序列分型(MLST)、药敏试验、全基因序列测定,选取部分CRE中携带的碳青霉烯耐药基因进行基因环境分析。结果共收集62株CRE,成功复活51株;其中耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)30株,耐碳青霉烯类大肠埃希菌(CREC)9株,耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌(CRECL)6株,耐碳青霉烯类其他肠杆菌6株。CRKP MLST主要包括3株ST147、2株ST11;CREC MLST主要包括3株ST167;CRECL MLST主要包括3株ST93、2株ST88。51株CRE对氨苄西林、头孢噻肟的耐药率最高,均为100%。耐碳青霉烯类耐药基因分布:1株携带blaKPC-2,14株携带blaIMP-4,18株携带blaNDM-1,22株携带blaNDM-5,2株携带blaNDM-9,10株携带blaOXA-1,10株携带blaOXA-10,2株携带blaOXA-23,2株携带blaOXA-66。分析blaNDM-1、blaNDM-5、blaNDM-9、blaIMP-4不同菌种的基因环境,发现几种耐药基因各自的基因环境都与已报道的基因环境相似,无明显的菌种间差异性。结论耐药基因通过水平传播能稳定存在于不同的CRE菌株中,对医院感染防控造成一定的威胁。 展开更多
关键词 耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌 Β-内酰胺酶 多位点序列分型 基因环境 医院感染
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甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌对喹红霉素敏感性分析及其分子分型特点 预览
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作者 黄震 胥志超 +9 位作者 张波 王红燕 陈重 白冰 潘伟光 李桂秋 徐广健 余治健 邓启文 李多云 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期803-807,共5页
目的了解酮内酯类抗生素喹红霉素对临床分离甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌(MSSA)的体外药物敏感性,以及MSSA不同分子分型型别与喹红霉素最低抑菌浓度(MIC)值的关系。方法收集深圳市南山医院2011-2015年不同临床标本分离的MSSA118株,用微... 目的了解酮内酯类抗生素喹红霉素对临床分离甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌(MSSA)的体外药物敏感性,以及MSSA不同分子分型型别与喹红霉素最低抑菌浓度(MIC)值的关系。方法收集深圳市南山医院2011-2015年不同临床标本分离的MSSA118株,用微量肉汤稀释法及K-B纸片法测定MSSA菌株对喹红霉素及其他9种临床常用抗金黄色葡萄球菌药物的MIC值。采用多位点序列分型(MLST)技术将其分为不同基因型,观察MSSA型别与喹红霉素对MSSA MIC值的关系。结果MSSA对常用抗革兰阳性菌药物利奈唑胺、万古霉素、呋喃妥因、替考拉宁及阿莫西林/克拉维酸均敏感;对喹红霉素中介2株,耐药21株,耐药率19.5%,对红霉素耐药率则高达60.2%。该院MSSA分为32个ST型,20株属于新的ST型,前三的ST型分别为:ST7型15株(12.7%),ST188型12株(10.2%),ST59型12株(10.2%)。结论MSSA对大环内酯类抗生素耐药形势严峻,喹红霉素较红霉素对MSSA更为强效。ST7、ST188、ST59和ST398是该院临床分离MSSA的主要MLST型别。 展开更多
关键词 甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌 酮内酯 喹红霉素 多位点序列分型
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我国2009至2016年耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌流行状况分析
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作者 张凡 李耘 甘露 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期949-954,共6页
目的调查我国2009至2016年耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的药物敏感性及分子流行状况。方法挑选2009至2016年中国细菌耐药监测研究项目收集的肺炎克雷伯菌中厄他培南耐药菌株为碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP),采用美国临床实验室标准协会... 目的调查我国2009至2016年耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的药物敏感性及分子流行状况。方法挑选2009至2016年中国细菌耐药监测研究项目收集的肺炎克雷伯菌中厄他培南耐药菌株为碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP),采用美国临床实验室标准协会(CLSI)推荐的平皿二倍稀释法检测14种抗菌药物对其最低抑菌浓度(MIC)。改良碳青霉烯灭活试验(mCIM)和EDTA改良碳青霉烯灭活试验(eCIM)法检测CRKP中碳青霉烯酶;PCR扩增检测碳青霉烯酶基因。多位点序列分析(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)检测不同菌株的同源性。结果在2502株肺炎克雷伯细菌中筛选出193株CRKP。193株CRKP除对多黏菌素E(4.0%)、替加环素(7.3%)、磷霉素(25.4%)、阿米卡星(38.3%)和米诺环素(38.9%)的耐药率低于40%,对其余9种抗菌药物耐药率均高于65%。其中143株(74.1%)检测出碳青霉烯基因,最多的分别是blaKPC-288株(45.6%)和blaNDM-140株(20.7%)。126株产KPC-2和NDM-1型碳青霉烯酶的肺炎克雷伯菌株包含33个ST型,以ST11(59.5%)为主。所有ST11菌株均产KPC-2型碳青霉烯酶。受检菌株经PFGE指纹图谱分析共得到111种克隆,其中12种含有2株或以上同克隆菌株。结论2009至2016年肺炎克雷伯菌对碳青霉烯类的耐药率不断上升,临床医护人员应采取合理措施加强对CRKP的耐药性监测,控制其在全国范围内的传播。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 卡巴配能类 抗药性 细菌 微生物敏感性试验 电泳 凝胶 脉冲场 多位点测序分型
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