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我国黄曲霉遗传多样性与产毒特性
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作者 余仲东 余知和 +1 位作者 金世宇 王龙 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期842-853,共12页
黄曲霉(Aspergillus flavus)是一种广泛分布的腐生真菌,是黄曲霉毒素B(aflatoxin B,AFB)和圆弧偶氮酸(cyclopiazonic acid,CPA)的主要产生菌,也是动植物的条件致病菌。全球的玉米、花生和棉籽均不同程度地遭到黄曲霉及其毒素的污染。黄... 黄曲霉(Aspergillus flavus)是一种广泛分布的腐生真菌,是黄曲霉毒素B(aflatoxin B,AFB)和圆弧偶氮酸(cyclopiazonic acid,CPA)的主要产生菌,也是动植物的条件致病菌。全球的玉米、花生和棉籽均不同程度地遭到黄曲霉及其毒素的污染。黄曲霉菌株间在形态学、遗传学和产毒特性上变异较大,且其居群遗传结构也尚不明确。为了揭示黄曲霉居群遗传结构及其产毒素特性的规律,本研究选取了从我国26省区(包括大小兴安岭)不同环境中分离的黄曲霉88株,结合模式菌株和国际权威菌株9株,基于钙调蛋白基因(Ca M)和β-微管蛋白基因(ben A)进行多基因序列分型(multi-locus sequence typing,MLST),使用MEGA 6.0和Structure 2.3.4软件进行系统发育学分析和居群结构推导,并结合菌株的产毒特性(AFB和CPA)进行比较分析。结果显示本研究的97株黄曲霉可分为3个居群,即黄曲霉居群I、黄曲霉居群II和米曲霉居群,该97株黄曲霉共有17个序列型(sequence type,ST),其中我国的88株菌分布于15个序列型。米曲霉居群均不产AFB,黄曲霉居群Ⅰ和Ⅱ的菌株绝大多数都产AFB和CPA,其产毒特性只具有菌株特异性,与居群和序列型无关。黄曲霉菌株产毒特性与地理分布或农作物类型间存在一定关系。我国东北玉米产区、西北干旱棉花产区和南方花生产区的黄曲霉居群Ⅰ和Ⅱ菌株均产AFB和CPA,我国青海可可西里和四川阿坝地区的黄曲霉仅产CPA而不产AFB,不产AFB的米曲霉居群大部分来自我国气候和地理环境多样的华北地区,该地区也是我国农村传统酿造黄豆酱的地区。 展开更多
关键词 多样性 遗传标记 真菌毒素 直源基因 种系学
Multispecies hybridization in birds 预览
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作者 Jente Ottenburghs 《鸟类学研究:英文版》 CSCD 2019年第3期239-249,共11页
Hybridization is not always limited to two species;often multiple species are interbreeding. In birds, there are numerous examples of species that hybridize with multiple other species. The advent of genomic data prov... Hybridization is not always limited to two species;often multiple species are interbreeding. In birds, there are numerous examples of species that hybridize with multiple other species. The advent of genomic data provides the oppotunity to investigate the ecological and evolutionary consequences of multispecies hybridization. The interactions between several hybridizing species can be depicted as a network in which the interacting species are connected by edges. Such hybrid networks can be used to identify ‘hub-species’ that interbreed with multiple other species. Avian examples of such ‘hub-species’ are Common Pheasant (Phasianus colchicus), Mallard (Anas platyrhynchos) and European Herring Gull (Larus argentatus). These networks might lead to the formulation of hypotheses, such as which connections are most likely conducive to interspecific gene flow (i.e. introgression). Hybridization does not necessarily result in introgression. Numerous statistical tests are available to infer interspecific gene flow from genetic data and the majority of these tests can be applied in a multispecies setting. Specifically, model-based approaches and phylogenetic networks are promising in the detection and characterization of multispecies introgression. It remains to be determined how common multispecies introgression in birds is and how often this process fuels adaptive changes. Moreover, the impact of multispecies hybridization on the build-up of reproductive isolation and the architecture of genomic landscapes remains elusive. For example, introgression between certain species might contribute to increased divergence and reproductive isolation between those species and other related species. In the end, a multispecies perspective on hybridization in combination with network approaches will lead to important insights into the history of life on this planet. 展开更多
关键词 Adaptation ADMIXTURE Genomics INTROGRESSION Network analysis PHYLOGENETICS SPECIATION
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白粉菌交配型位点基因结构及分子系统学关系
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作者 赵磊 刘淑艳 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1457-1469,共13页
白粉菌是一类植物专性寄生真菌,广泛分布于世界各地,可引起多种植物白粉病。开展白粉菌交配型基因研究可以为全面认识白粉菌的生活史循环和系统演化提供证据。本研究以子囊菌中已报道的10种MAT基因和4种侧翼基因的氨基酸序列为种子序列... 白粉菌是一类植物专性寄生真菌,广泛分布于世界各地,可引起多种植物白粉病。开展白粉菌交配型基因研究可以为全面认识白粉菌的生活史循环和系统演化提供证据。本研究以子囊菌中已报道的10种MAT基因和4种侧翼基因的氨基酸序列为种子序列,采用生物信息学方法在21个白粉菌基因组中进行氨基酸同源性分析,探索MAT基因及其侧翼基因的种类和线性排布。结果表明,21个白粉菌基因组中有10个属于MAT1-1型,包含MAT1-1-1和MAT1-1-3两种基因;10个属于MAT1-2型,仅包含MAT1-2-1基因;在Erysiphe pulchra的基因组中同时存在MAT1-1-1、MAT1-1-3、MAT1-2-1;而4种侧翼基因SLA2、APC5、APN2和CoxVia在21个白粉菌基因组中均存在。21个菌株中有两个菌株Blumeriagraminisf.sp.hordei RACE1和Golovinomyces orontii的MAT基因和4种侧翼基因分布在同一个scaffold,其余菌株MAT基因和侧翼基因均不在同一scaffold出现。本研究分别分析了具有MAT1-1和MAT1-2的菌株中MAT基因和4种侧翼基因的排列关系,同时根据9个菌株的MAT基因注释信息,推测了其他菌株的MAT基因结构。结果表明,同属白粉菌的MAT基因结构相同,属间MAT基因结构差异明显。以从白粉菌基因组中获得的MAT1-1-1、MAT1-1-3和MAT1-2-13种MAT基因序列分别构建系统发育树,发现布氏白粉菌属Blumeria、白粉菌属Erysiphe和戈洛文白粉菌属Golovinomyces分别形成独立分枝,且白粉菌属与戈洛文白粉菌属形成姊妹群,这与前人对白粉菌系统发育关系的研究结果一致。本研究得到的白粉菌MAT基因种类、分布及其结构的相关结果为进一步实验提供了理论依据,为探究白粉菌的系统发育提供了新的思路。 展开更多
关键词 白粉菌目 交配型位点 基因结构 系统发育
A New Species of the Genus Trimeresurus from Southwest China(Squamata:Viperidae)
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作者 Zening CHEN Liang ZHANG +4 位作者 Jingsong SHI Yezhong TANG Yuhong GUO Zhaobin SONG Li DING 《亚洲两栖爬行动物研究:英文版》 SCIE CSCD 2019年第1期13-23,共11页
Species from the Trimeresurus popeiorum complex(Subgenus: Popeia) is a very complex group. T. popeiorum is the only Popeia species known from China. During the past two years, five adult Popeia specimens(4 males, 1 fe... Species from the Trimeresurus popeiorum complex(Subgenus: Popeia) is a very complex group. T. popeiorum is the only Popeia species known from China. During the past two years, five adult Popeia specimens(4 males, 1 female) were collected from Yingjiang County, Southern Yunnan, China. Molecular, morphological and ecological data show distinct differences from known species, herein we describe these specimens as a new species Trimeresurus yingjiangensis sp. nov Chen, Ding, Shi and Zhang, 2018. Morphologically, the new species distinct from other Popeia species by a combination of following characters:(1) dorsal body olive drab,without cross bands on the scales;(2) a conspicuous bicolor ventrolateral stripe present on each side of males, first row of dorsal scales firebrick with a white ellipse dot on posterior upper part in male, these strips absent in females;(3) eyes firebrick in both gender;(4) suboculars separated from 3rd upper labial by one scale on each side;(5) ventrals 164–168(n = 5);(6) MSR 21. 展开更多
关键词 Popeia morphology PHYLOGENETICS GEOGRAPHICAL isolation TRIMERESURUS yingjiangensis sp.nov.
禾谷镰孢菌过氧化物酶家族基因的表达规律分析
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作者 柳健虎 张康 +4 位作者 藏金萍 曹宏哲 张靖 邢继红 董金皋 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1090-1100,共11页
过氧化物酶作为病原真菌抗氧化防御系统的主要组分,能够清除来源于植物体产生的活性氧(reactive oxygen species, ROS),促使病原菌成功侵染宿主植物细胞,禾谷镰孢菌(Fusarium graminearum)过氧化物酶(peroxidase,POX)的相关研究尚未见... 过氧化物酶作为病原真菌抗氧化防御系统的主要组分,能够清除来源于植物体产生的活性氧(reactive oxygen species, ROS),促使病原菌成功侵染宿主植物细胞,禾谷镰孢菌(Fusarium graminearum)过氧化物酶(peroxidase,POX)的相关研究尚未见报道。本研究利用生物信息学手段搜索真菌过氧化物酶基因的数据库,获得了31个禾谷镰孢菌过氧化物酶基因,系统进化分析和保守结构域分析均将其分为18个亚家族。对过氧化物酶家族基因的表达模式进行分析,发现FgPOX (禾谷镰孢菌过氧化物酶, Fusarium graminearum peroxidase)-13、FgPOX-17、FgPOX-16、FgPOX-19等基因在菌丝和分生孢子中均具有较高表达水平,FgPOX-24、FgPOX-29在菌丝中表达水平较高,FgPOX-11、FgPOX-10、FgPOX-4、FgPOX-23在分生孢子中表达水平较高。对过氧化物酶家族基因在侵染过程中的表达规律进行分析,发现FgPOX-13在病菌侵染过程中表达水平明显升高并保持较高水平,FgPOX-17、FgPOX-28、FgPOX-30等基因在病菌侵染的早期表达水平较高,FgPOX-12、FgPOX-10、FgPOX-23等基因在病菌侵染的后期表达水平较高。进一步利用qRT-PCR技术对禾谷镰孢菌过氧化物酶家族基因在H2O2胁迫条件下表达规律进行分析,发现FgPOX-1、FgPOX-4、FgPOX-6、FgPOX-9、FgPOX-10、FgPOX-22、FgPOX-30的表达水平是正常条件下的20倍以上,FgPOX-9、FgPOX-13等随着H2O2胁迫时间的延长,表达水平明显增高,而FgPOX-1、FgPOX-21等随着H2O2胁迫时间的延长,表达水平明显降低。本研究明确了禾谷镰孢菌过氧化物酶家族基因数量、系统进化关系、保守结构域,以及在病菌不同组织、侵染过程和响应H2O2胁迫中的表达规律,为阐明禾谷镰孢菌过氧化物酶家族基因的功能提供了基础资料。 展开更多
关键词 禾谷镰孢菌 过氧化物酶家族基因 系统进化 基因表达
山东省猪瘟E^rns基因系统进化分析与表达模式的研究 预览
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作者 兰邹然 张月 +3 位作者 楚遵锋 徐淑华 田夫林 王金宝 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2019年第4期7-11,共5页
采用RT-PCR方法从山东省采集的怀疑携带猪瘟病毒(CSFV)的病料组织中扩增出全长为696bp囊膜糖蛋白ErnscDNA,其编码232个氨基酸的蛋白质,命名为SDCQ。通过构建E^rns蛋白家族系统进化树分析可知,山东省内流行的CS-FV毒株与传统强毒株和疫... 采用RT-PCR方法从山东省采集的怀疑携带猪瘟病毒(CSFV)的病料组织中扩增出全长为696bp囊膜糖蛋白ErnscDNA,其编码232个氨基酸的蛋白质,命名为SDCQ。通过构建E^rns蛋白家族系统进化树分析可知,山东省内流行的CS-FV毒株与传统强毒株和疫苗用毒株在主要抗原编码基因上存在较大差异。将阳性重组表达质粒pPIC9K/E^rns电转化GS115酵母菌,经筛选、鉴定、甲醇诱导表达,SDS-PAGE电泳分析,在培养液上清中检测到了目的蛋白E^rns,大约50kDa。Western Blot显示,E^rns是以同源二聚体的形式存在,且表达产物可以特异性识别CSFV抗体。 展开更多
关键词 猪瘟 Erns基因 进化树 表达
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ITS/CHS1靶位序列分析结合SRAP分子标记技术鉴定Nannizzia incurvata临床分离株
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作者 董碧麟 刘伟 +2 位作者 陈瑶 童中胜 李东升 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1330-1340,共11页
以转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)和几丁质合成酶1(chitinase synthase 1,CHS1)为鉴定靶位,结合种系进化分析将2007年至2016年分离自头癣或面癣患儿的12株石膏样小孢子菌复合体成员(现被归入Nannizzia菌属)鉴定到种水平,... 以转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)和几丁质合成酶1(chitinase synthase 1,CHS1)为鉴定靶位,结合种系进化分析将2007年至2016年分离自头癣或面癣患儿的12株石膏样小孢子菌复合体成员(现被归入Nannizzia菌属)鉴定到种水平,其中5株为Nannizzia gypsea(Microsporum gypseum),另7株为Nannizzia incurvata(Microsporum incurvatum)。在此基础上,通过序列相关扩增多态性(SRAP)分子标记进一步证实二者在DNA多位点存在扩增多态性。本研究证实在我国湖北地区存在Nannizzia incurvata,为我国开展Nannizzia菌属的分子流行病学研究提供了实验室依据和支持。 展开更多
关键词 种系进化 石膏样小孢子菌复合体 Nannizzia gypsea Nannizzia incurvata 序列相关扩增多态性
发生学视角下运河古村的空间解析及保护策略——以浙东运河段半浦古村为例 预览 被引量:1
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作者 许广通 何依 +1 位作者 殷楠 孙亮 《现代城市研究》 CSSCI 2018年第7期77-85,共9页
文章以运河吉村为研究对象,针对该类村落空间构成与演化过程的复杂性,以及当前保护规划呈现的当前化、表象化与零散化问题,借鉴发生学研究方法,将运河吉村历史环境视为动态建构的过程,从宗族社会与运河经济人手,对古村空间进行“... 文章以运河吉村为研究对象,针对该类村落空间构成与演化过程的复杂性,以及当前保护规划呈现的当前化、表象化与零散化问题,借鉴发生学研究方法,将运河吉村历史环境视为动态建构的过程,从宗族社会与运河经济人手,对古村空间进行“还原”与“叠合”,厘清村落演化的时间脉络与空间拓展过程,褐示两大作用的具体表现,从而充分认识运河吉村的价值特色探索具有针对性的运河吉村空问精准保护策略。 展开更多
关键词 浙东运河 半浦古村 空间解析 保护策略 发生学
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入侵植物互花米草上的蚜虫新纪录:一条蚜及其种群分化 预览
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作者 李强 李俊洁 +2 位作者 吴杨雪 张宜辉 黄晓磊 《武夷科学》 2018年第1期72-83,共12页
本研究报道了一条蚜Hysteroneura setariae在中国华南地区取食入侵植物互花米草,这是该植物上的首个蚜虫纪录,结合DNA条形码和系统发育分析,探究了互花米草上一条蚜种群的来源,并基于中国华南、印度、巴基斯坦、美国等地区样品的序列数... 本研究报道了一条蚜Hysteroneura setariae在中国华南地区取食入侵植物互花米草,这是该植物上的首个蚜虫纪录,结合DNA条形码和系统发育分析,探究了互花米草上一条蚜种群的来源,并基于中国华南、印度、巴基斯坦、美国等地区样品的序列数据,分析了一条蚜种群遗传分化格局,结果显示:华南地区互花米草上的一条蚜来自周边其他寄主植物上一条蚜种群的扩散,北美本土一条蚜种群与亚洲地区种群具有一定程度的遗传分化。 展开更多
关键词 DNA条形码 系统发育 种群遗传 生物入侵 蚜虫
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Genome-wide identification, characterization and evolution of cuticular protein genes in the malaria vector Anopheles sinensis (Diptera: Culicidae)
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作者 Bai-Qi Liu Liang Qiao +3 位作者 Qi-Yi He Yong Zhou Shuang Ren Bin Chen 《昆虫科学:英文版》 SCIE CAS CSCD 2018年第5期739-750,共12页
关键词 基因数 染色体 蛋白质 表皮 双翅目 向量 疟疾 鉴定
A new species of smooth skink (Squamata: Scincidae: Scincella) from Cambodia
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作者 Thy Neang Somaly Chan Nikolay A. Poyarkov, Jr. 《动物学研究》 CAS CSCD 2018年第3期220-240,共21页
关键词 柬埔寨 光滑 新种 mtDNA 分类地位 野生动物 种系发生 不完全性
羊吕氏泰勒虫陕西分离株的鉴定及遗传进化分析
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作者 宋军科 彭先启 +4 位作者 王雪婷 胡雄峰 于三科 林青 赵光辉 《中国兽医学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期307-310,348共5页
为了对陕西省羊血液样品中的泰勒虫(Theileria sp.)进行种类鉴定和遗传学分析,本试验利用形态学方法对采集的血液样品通过涂片和姬姆萨染色后进行显微镜观察,发现红细胞内存在大小1.0~1.5μm、原生质呈淡蓝色、染色质呈红色并... 为了对陕西省羊血液样品中的泰勒虫(Theileria sp.)进行种类鉴定和遗传学分析,本试验利用形态学方法对采集的血液样品通过涂片和姬姆萨染色后进行显微镜观察,发现红细胞内存在大小1.0~1.5μm、原生质呈淡蓝色、染色质呈红色并处于红细胞内侧边缘的多形性虫体。利用分子生物学方法,对梨形虫主要表面蛋白(major piro—plasm surface protein,MPSP)基因进行PCR扩增、序列分析以及进化树构建,发现有2份DNA样品(TL001和TL002)扩增出大小约800bp的目的条带。序列比对和种系发育树表明,分离到的2个虫株与GenBank中neileria luwenshuni(GQ281044)序列相似性分别为100%和99%,且位于同一进化支,提示本试验所分离到羊血液原虫为吕氏泰勒虫(T.luwenshuni),同时也为该地区羊泰勒虫病的防制奠定基础。 展开更多
关键词 吕氏泰勒虫 鉴定 遗传进化
一株极端嗜盐真菌的筛选及初步研究 预览 被引量:1
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作者 杜剑晖 还萍 +3 位作者 李岭卓 安爽晴 江正兵 马向东 《湖北大学学报:自然科学版》 CAS 2018年第2期189-194,共6页
利用含10%Na Cl的查氏培养基从晒干海鱼上分离到一株极端嗜盐真菌.为了对真菌进行理化鉴定,对分离菌株MF1和购买的标准菌株Phialosimplex salinarum DSM 27530在不同培养基上的培养特征、显微形态特征、耐盐性和在15%Na Cl的条件下的碳... 利用含10%Na Cl的查氏培养基从晒干海鱼上分离到一株极端嗜盐真菌.为了对真菌进行理化鉴定,对分离菌株MF1和购买的标准菌株Phialosimplex salinarum DSM 27530在不同培养基上的培养特征、显微形态特征、耐盐性和在15%Na Cl的条件下的碳源利用能力进行分析检测,发现分离菌株生长盐度范围为0%33%,最适生长盐度为15%,并能够在15%Na Cl的条件下利用淀粉、脂肪、木质素、脱脂奶粉或纤维素为唯一碳源生长,说明该菌株在该条件下产生了相应的酶系.随后,对分离菌株和标准菌株的8个位点基因序列进行克隆与测序,最后进行多基因联合系统发育分析,确定分离菌株MF1属于Phialosimplex.由于分离菌株具有极高的盐度耐受能力和在高盐环境下产生丰富酶系的特性,因此该菌株在耐盐机理和工业应用上具有潜在的研究和应用价值. 展开更多
关键词 嗜盐真菌 系统发育 鉴定
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库蠓核糖体DNA内转录间隔区1序列的测定与分析 预览
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作者 岑常活 韩晓静 +2 位作者 常琼琼 段琛 侯晓晖 《中国人兽共患病学报》 CSCD 北大核心 2018年第12期1087-1094,共8页
目的测定核糖体DNA内转录间隔区1(nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacer 1,rDNA-ITS1)序列进行库蠓种类鉴别与系统发育分析,以探究rDNA-ITS1序列在库蠓分子鉴定和系统发育研究方面的适用性。方法采用DNA扩增、纯化、克隆... 目的测定核糖体DNA内转录间隔区1(nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacer 1,rDNA-ITS1)序列进行库蠓种类鉴别与系统发育分析,以探究rDNA-ITS1序列在库蠓分子鉴定和系统发育研究方面的适用性。方法采用DNA扩增、纯化、克隆及测序的方法获得荒川库蠓Culicoides arakawai、凹缘库蠓C.holcus、连斑库蠓C.jacobsoni、印度库蠓C.indianus、霍飞库蠓C.huffi和肩宏库蠓C.humeralis等6种库蠓的rDNA-ITS1序列,基于Kimura 2-parameter公式计算种内和种间遗传距离,应用MEGA 6.06软件分析DNA序列碱基组成并以环纹埃蠓Allohelea annulata为外群构建系统发育树(邻接法和最大似然法)。结果上述6种库蠓的rDNA-ITS1序列经过Clustal W比对及人工校对和编辑后的长度为352 bp,其中T、C、A、G 4种碱基的含量分别为36.8%、13.0%、30.0%和20.1%,A+T的含量(66.8%)高于C+G的含量(33.1%);K-2p遗传距离在种内和种间具显著差异(t=32.430,P<0.05);系统发育树中不同种类库蠓各自构成单系(群),同种类不同地理种群聚为一支,其与形态学鉴定结果一致。结论本研究证实了rDNA-ITS1序列可用于进行库蠓及其近似种的分子鉴定和系统发育分析。 展开更多
关键词 库蠓 近似种 分子鉴定 系统发育 rDNA-ITS1
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Morphological characters and DNA barcoding of Syngnathus schlegeli in the coastal waters of China 预览
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作者 陈治 张岩 +2 位作者 韩志强 宋娜 高天翔 《海洋湖沼学报(英文)》 SCIE CAS CSCD 2018年第2期537-547,共11页
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铁线莲属灌木铁线莲组(毛茛科)研究进展 被引量:1
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作者 何健 刘慧杰 谢磊 《南京林业大学学报:自然科学版》 CSCD 北大核心 2018年第1期156-162,共7页
毛茛科铁线莲属的植物多数为攀援藤本,并且对环境中的水分条件有一定要求。而灌木铁线莲组却是铁线莲属内非常独特的一个类群,该组植物均为耐旱的直立灌木,对我国北方极端干旱的气候条件有着很强的适应能力。在分类学上,该组的类群界定... 毛茛科铁线莲属的植物多数为攀援藤本,并且对环境中的水分条件有一定要求。而灌木铁线莲组却是铁线莲属内非常独特的一个类群,该组植物均为耐旱的直立灌木,对我国北方极端干旱的气候条件有着很强的适应能力。在分类学上,该组的类群界定存在一定争议,大多数学者是以单一的直立灌木性状来界定该组类群,但也有学者认为应结合灌木性状以及花部特征来界定一个更加自然的类群。另外,该组植物还呈现出间断式地理分布模式,主要的类群分布在我国北方干旱戈壁地区,但在青藏高原东部也有零星分布,并且两个分布区距离较远。笔者从系统分类学、灌木习性起源与耐旱生理学响应、花器官特征、园艺引种栽培情况等方面对灌木铁线莲组植物的国内外研究进展进行了综述,并对该组植物研究目前存在的问题以及未来的研究方向提出了建议。 展开更多
关键词 灌木铁线莲组 铁线莲属分类学 系统学 灌木习性 研究进展
从保护遗传学到保护基因组学 预览
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作者 谭鑫鑫 李明 《安徽大学学报:自然科学版》 北大核心 2018年第6期22-28,共7页
遗传标记作为保护生物学的重要分析工具,其变革直接促进了保护遗传学到保护基因组学的发展.笔者基于从保护遗传学到保护基因组学发展的历程、成就和局限,总结了保护基因组学的分析策略和优势,并揭示了保护基因组学出现的必然性.同时,从... 遗传标记作为保护生物学的重要分析工具,其变革直接促进了保护遗传学到保护基因组学的发展.笔者基于从保护遗传学到保护基因组学发展的历程、成就和局限,总结了保护基因组学的分析策略和优势,并揭示了保护基因组学出现的必然性.同时,从系统发育和种群遗传结构、种群历史动态、生境适应性几方面,并结合具体的保护基因组学研究实例,探讨保护基因组学方法在濒危物种多样性保护方面的可行性,从而为保护基因组学在未来保护研究中的应用提供参考. 展开更多
关键词 保护遗传学 保护基因组学 系统发育 种群遗传结构 种群历史动态 生境适应
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基于全基因组编码区序列的烟草花叶病毒分子进化分析 预览 被引量:1
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作者 刘天波 周志成 +2 位作者 彭曙光 曾维爱 唐前君 《植物保护》 CSCD 北大核心 2017年第5期87-92,107共7页
为揭示烟草花叶病毒分子进化特征,从GenBank中下载已报道的烟草花叶病毒全基因组编码区序列,进行重组、系统发育、遗传变异、种群结构和基因漂流等分析。结果表明:突变和负选择作用是驱动烟草花叶病毒进化的主要作用力,种群结构稳定,... 为揭示烟草花叶病毒分子进化特征,从GenBank中下载已报道的烟草花叶病毒全基因组编码区序列,进行重组、系统发育、遗传变异、种群结构和基因漂流等分析。结果表明:突变和负选择作用是驱动烟草花叶病毒进化的主要作用力,种群结构稳定,处于扩张趋势中,基因变异程度低,重组在烟草花叶病毒分子进化中作用不明显。烟草花叶病毒不同分离物形成3个有一定地理相关性的种群ChinaⅠ、ChinaⅡ和Europe。欧洲分离物核苷酸序列多样性比中国的差异大,Europe和ChinaⅠ种群可能受到遗传漂变影响,Europe与ChinaⅡ、ChinaⅠ与ChinaⅡ之间存在发生基因交流的渠道。 展开更多
关键词 烟草花叶病毒 全基因组编码序列 系统发育 分子进化
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小菜蛾传染性软腐病病毒的全基因组序列及其进化分析 预览
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作者 陈大嵩 戴建青 韩诗畴 《环境昆虫学报》 CSCD 北大核心 2017年第3期618-631,共14页
传染性软腐病病毒(Iflavirus)属于小核糖核酸病毒目,是一类单股正链RNA病毒,其家族成员正在不断扩大。Iflavirus的寄主包括鳞翅目、膜翅目和半翅目的昆虫以及瓦螨,因其对一些重要的农业害虫产生致病性,因此是重要的潜在生防病毒种类... 传染性软腐病病毒(Iflavirus)属于小核糖核酸病毒目,是一类单股正链RNA病毒,其家族成员正在不断扩大。Iflavirus的寄主包括鳞翅目、膜翅目和半翅目的昆虫以及瓦螨,因其对一些重要的农业害虫产生致病性,因此是重要的潜在生防病毒种类之一。本研究利用小菜蛾转录组测序数据拼接出一条Iflavirus病毒基因组序列。通过查找ORF和序列相似性比对发现此基因组可编码一条完整的病毒多聚蛋白并与其他Iflavirus病毒同源,因此将这一新病毒命名为小菜蛾传染性软腐病病毒(Diamondback moth iflavirus),英文简称DBMIV。通过多聚蛋白序列与RNA聚合酶序列构建的进化树表明DBMIV与PNV、EOPLV和SEIV2进化关系最近。最后,利用RT-PCR扩增出DBMIV的外壳蛋白区域验证了新命名病毒在田间小菜蛾种群的感染。DBMIV的鉴定与命名为利用高通量测序数据鉴定病毒新种提供参考,为利用病毒生防重要蔬菜害虫小菜蛾提供研究思路。 展开更多
关键词 小菜蛾 传染性软腐病病毒 基因组 系统进化
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39种桉树微卫星序列的遗传多样性分析 被引量:1
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作者 刘果 张党权 +3 位作者 谢耀坚 陈鸿鹏 罗建中 吴志华 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2017年第9期3767-3779,共13页
为进一步研究桉树微卫星跨种的相似性及长度多态性,从基因组DNA遗传变异的角度探讨各个桉树种间的遗传多态性程度,本研究选用2个扩增结果稳定,微卫星完整的SSR位点进行PCR产物直接测序,从DNA序列的层次上对39种桉树进行遗传多样性分析... 为进一步研究桉树微卫星跨种的相似性及长度多态性,从基因组DNA遗传变异的角度探讨各个桉树种间的遗传多态性程度,本研究选用2个扩增结果稳定,微卫星完整的SSR位点进行PCR产物直接测序,从DNA序列的层次上对39种桉树进行遗传多样性分析和微卫星多态性分析。从SSR位点的层次上进行遗传多样性分析发现,2个SSR位点Nei's遗传多样性指数Hs平均为0.576,期望杂合度He平均为0.736,多态信息含量PIC平均为0.694,位点e SSR-GR124遗传多样性较高,位点g SSR-CA013序列相对更为保守。基于微卫星序列和侧翼保守序列的比对分析,微卫星重复次数的变化可能与属内各亚属间的分类相关性较大,微卫星序列的碱基替换可能与属间分类的相关性更大。由2个位点的综合序列进行相似性比较和系统发育树分析发现,位点e SSR-GR124和位点g SSR-CA013能够作为伞房属和桉属属间分类鉴定的依据。 展开更多
关键词 桉树 SSR分子标记 微卫星多态性 遗传多样性 亲缘关系
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