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大花序桉群体适应性相关的SSR位点
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作者 王莉 李昌荣 +6 位作者 李发根 周长品 翁启杰 吕佳斌 陈健波 陈剑成 甘四明 《南京林业大学学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期59-66,共8页
【目的】检测大花序桉群体与环境适应性相关的基因组位点,为种质资源保护和利用提供分子生物学信息。【方法】利用84个SSR标记(包括29个基因组SSR和55个EST-SSR)分析引种到广西,来源于澳大利亚昆土兰州北部和南部各7个大花序桉群体,通过... 【目的】检测大花序桉群体与环境适应性相关的基因组位点,为种质资源保护和利用提供分子生物学信息。【方法】利用84个SSR标记(包括29个基因组SSR和55个EST-SSR)分析引种到广西,来源于澳大利亚昆土兰州北部和南部各7个大花序桉群体,通过Mantel检验确定群体间是否存在地理隔离;检测群体间分化系数(Fst)离群值的受选择位点;并基于空间分析法检测与群体气候因子显著相关的等位片段,将显著相关位点的序列与NCBI数据库比对进行功能注释。【结果】大花序桉北部与南部群体间存在地理隔离,基于19个气候因子的聚类分析将北方与南方群体分为独立的组,这表明气候因子亦驱动了群体的分化。共检测到Fst离群值的受选择SSR位点39个(46.4%),其中,LOSITAN软件检测到12个正向选择位点和17个平衡选择位点。5个Fst离群值位点的6个等位片段与1个或多个气候因子显著相关(P<0.001),其等位频率在北部与南部群体间差异明显,其中,Embra6-118 bp与最冷月最低气温(Tmcm)显著相关,位点DNA序列的功能注释为碱性螺旋-环-螺旋(basic helix-loop-helix, bHLH)转录因子bHLH155;Embra20-121 bp与最暖季度降水量(Pwq)显著相关,位点的功能注释为蔗糖转运蛋白(sucrose transporters);EUCeSSR676-168 bp与Tmcm、Pwq、年均气温(Tma)和最暖月最高气温(Tmwm)均显著相关,位点的功能注释为光系统Ⅱ稳定性/组装因子HCF136 (photosystem II stability/assembly factor HCF136);另外两个显著相关位点EUCeSSR298和EUCeSSR1009的功能未知。【结论】大花序桉北部与南部群体的显著分化受长期气候的影响,在第四纪大冰期可能存在北部和南部避难所。与气候因子显著相关的SSR位点在北部和南部群体间的等位频率差异为基于正向选择的气候适应性提供了分子证据。 展开更多
关键词 大花序桉 SSR 标记 气候因子 正向选择 群体适应性 地理隔离
草地贪夜蛾与斜纹夜蛾嗅觉味觉相关基因的比较分析 预览
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作者 黄钧鸿 张铭淇 +2 位作者 冯启理 崔勇 相辉 《环境昆虫学报》 CSCD 北大核心 2019年第5期937-946,共10页
草地贪夜蛾 Spodoptera frugiperda,近期侵入中国并迅速扩张。与其近缘物种斜纹夜蛾Spodoptera litura 不同,草地贪夜蛾主要偏好玉米、水稻、小麦等禾本科农作物,暴食危害重。此外两种害虫在交配、产卵频率等繁殖特征上也存在差异。这... 草地贪夜蛾 Spodoptera frugiperda,近期侵入中国并迅速扩张。与其近缘物种斜纹夜蛾Spodoptera litura 不同,草地贪夜蛾主要偏好玉米、水稻、小麦等禾本科农作物,暴食危害重。此外两种害虫在交配、产卵频率等繁殖特征上也存在差异。这些差异可能与嗅觉、味觉相关蛋白的分歧密切相关。本研究对两种夜蛾科害虫的嗅觉、味觉相关基因进行了系统的鉴定及系统发育分析,并对部分嗅觉结合蛋白进行了选择信号与氨基酸差异位点分析。分别在草地贪夜蛾中鉴定到261个嗅觉相关基因,数目明显大于斜纹夜蛾(179个);鉴定到233个味觉相关基因,数目略大于斜纹夜蛾(217个)。嗅觉相关基因中气味结合蛋白(OBP)基因数目差异最为明显。系统发育分析显示该基因存在夜蛾科特异的分支,且该分支中草地贪夜蛾中基因数目远高于斜纹夜蛾;发现位于I类触角结合蛋白(ABPI)分支的一类OBP成员在草地贪夜蛾中拷贝数增加,其中两个基因拷贝受到正选择,且在草地贪夜蛾中特有的氨基酸替换还可能影响蛋白质功能。本研究为草地贪夜蛾食性特征的遗传机制解析提供线索,为草地贪夜蛾的生物防治提供参考依据和基因素材。 展开更多
关键词 草地贪夜蛾 斜纹夜蛾 嗅觉相关蛋白 气味分子结合蛋白 味觉受体 正选择
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基于全基因组测序的蒙古马运动相关的正向选择基因筛选 预览
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作者 潘静 吴凯峰 +1 位作者 周欢敏 张焱如 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1985-1996,共12页
旨在从基因组水平对蒙古马运动性状涉及的相关基因进行分析。本研究利用全基因组测序技术,对蒙古马的血液进行采样和基因组测序,并且结合人、牛、小鼠等7种哺乳动物的基因组数据,对蒙古马的特有基因和正向选择基因进行筛选。分析数据得... 旨在从基因组水平对蒙古马运动性状涉及的相关基因进行分析。本研究利用全基因组测序技术,对蒙古马的血液进行采样和基因组测序,并且结合人、牛、小鼠等7种哺乳动物的基因组数据,对蒙古马的特有基因和正向选择基因进行筛选。分析数据得到已注释的蛋白编码基因19475种,并筛选出了38种蒙古马特有基因和45种正向选择基因。根据GO富集、KEGG通路富集分析和前人研究,发现包括MAPK13、CCN2、FSCN3、BTG1、TF等17种正向选择的蛋白编码基因可能参与蒙古马的运动过程。这些运动相关正向选择基因的生物学功能涉及到肌动蛋白丝结构、心肌收缩的正调节、钙离子结合、调节细胞内pH、血管生成、胶原生物合成过程的正调节等。而7种miRNAs(包括eca-miR-302c、eca-miR-8974、eca-miR-9077等)则通过与mRNA的3′UTR区域作用分别潜在靶向调控运动相关的MAPK13、LOC100057755、EHD4、MICAL3、TMBIM1和F11R。以上涉及的运动相关正向选择的蛋白编码基因可以促进人们对于蒙古马运动性状的了解,并为靶向竞技型的家畜育种提供分子理论基础。 展开更多
关键词 蒙古马 运动性状 全基因组测序 正向选择
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影视类微信公众号“独立鱼电影”正能量传播的选题特色 预览
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作者 刘兴豪 刘易诗 《城市学刊》 2019年第3期99-102,共4页
影视类微信公众号“独立鱼电影”选题具有三个方面的特色:一是选题“接地气”,具有普适性;二是选题“有故事”,具有趣味性;三是选题“有态度”,具有独立性。
关键词 微信公众号 独立鱼电影 正能量传播 选题
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鲸偶蹄目核糖核酸酶10基因的分子进化研究 被引量:2
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作者 郎大田 桑正林 《兽类学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期192-200,共9页
核糖核酸酶10由RNase10序列编码,是脊椎动物特有的生殖酶,其研究主要集中在生理功能,系统的分子进化研究相对较少。我们基于24个鲸偶蹄目代表物种的基因组开展分析,共获得26条RNase10序列。在偶蹄目的印度水牛和野猪中检测到RNase1... 核糖核酸酶10由RNase10序列编码,是脊椎动物特有的生殖酶,其研究主要集中在生理功能,系统的分子进化研究相对较少。我们基于24个鲸偶蹄目代表物种的基因组开展分析,共获得26条RNase10序列。在偶蹄目的印度水牛和野猪中检测到RNase10发生基因复制,而其它22个物种均为单个基因。系统发育分析揭示鲸目的齿鲸亚目和须鲸亚目形成单系;偶蹄目的反刍亚目最先分歧,猪次目和胼足亚目形成单系。核糖核酸酶活性的保守功能区“CKXXNTF”发生了改变,等电点显著低于RNASEA的典型成员,揭示鲸偶蹄目RNase10可能丢失了RNASEA具有的核糖核酸活性和抗菌活性。另外,选择压力分析共检测到13个正选择位点,其中2个位点在结构半胱氨酸附近。总之,我们基于基因组分析深入揭示了鲸偶蹄目RNase10的分子进化机制,解开了鲸偶蹄目RNase10的分子进化之谜,为今后开展RNase10功能研究奠定了理论基础。 展开更多
关键词 核糖核酸酶10 鲸偶蹄目 基因复制 等电点 系统发育 正选择
新城疫病毒阳性选择区域氨基酸与毒力相关性研究
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作者 汪宏才 温国元 +6 位作者 张腾飞 卢琴 罗玲 张蓉蓉 王红琳 邵华斌 罗青平 《中国家禽》 北大核心 2018年第21期26-30,共5页
为研究新城疫病毒(NDV)不同蛋白在进化过程中是否受到阳性选择,以及阳性位点附近氨基酸与病毒毒力之间的联系,通过分子生物学方法,采用Codeml模式对23株NDV开展选择压力研究。结果在F蛋白检测出2个阳性选择位点(91、20V),L蛋白... 为研究新城疫病毒(NDV)不同蛋白在进化过程中是否受到阳性选择,以及阳性位点附近氨基酸与病毒毒力之间的联系,通过分子生物学方法,采用Codeml模式对23株NDV开展选择压力研究。结果在F蛋白检测出2个阳性选择位点(91、20V),L蛋白检测出1个阳性选择位点(1686S)。对正选择压力位点附近氨基酸进一步分析显示,F蛋白信号肽区第19位氨基酸与病毒毒力呈现一定的相关性,该位点为异亮氨酸(I)的毒株多为强毒株,而弱毒株以丙氨酸(A)和缬氨酸(v)为主。研究结果为NDV毒力的快速鉴定、疫苗株的抗原性筛选等提供了参考。 展开更多
关键词 新城疫病毒 阳性选择 氨基酸位点 病毒毒力
Transcriptome assembly of Modiolus modiolus and comparative analysis with Bathymodiolus platifrons 预览
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作者 MENG Jie YANG Mei +2 位作者 XU Fei LI Xinzheng LI Li 《海洋学报:英文版》 SCIE CAS CSCD 2018年第8期38-45,共8页
瓣鳃类改编和进化的基因基础很好没被理解。甚至很少研究集中了于在沿海的 intertidal 地区和深海的环境之间的软体动物的分子的进化的机制。在我们的研究,我们首先进行了住在沿海的 intertidal 地区的 Modiolus modiolus 贻贝的 trans... 瓣鳃类改编和进化的基因基础很好没被理解。甚至很少研究集中了于在沿海的 intertidal 地区和深海的环境之间的软体动物的分子的进化的机制。在我们的研究,我们首先进行了住在沿海的 intertidal 地区的 Modiolus modiolus 贻贝的 transcritpome 集会。另外,我们进行了在 M 之间的 transcriptome 比较分析。modiolus 和 Bathymodiolus platifrons 生活在热水发泄,冷 methane/sulfide-hydrocarbon 渗出。De novo 集会干净读与 N50 价值产出 182 476 和 156 261 个抄本的一个总数 1 769 和 1 545 在 M。modiolus 和 B。platifrons。27 868 和 23 588 unigenes 的一个总数被识别,它也显示了类似去表示模式。在 10 245 通常认为的 orthologs 之中,我们在强壮的积极选择下面识别了 26 编码蛋白质的基因(Ka/Ks > 1 ) 并且出现的 12 基因节制积极选择(0.5 < Ka/Ks < 1 ) 。大多数那些基因被预言涉及压力抵抗。总的来说,我们的学习首先为 M 提供 transcriptomic 数据库。modiolus。Transcriptome 比较说明在 M 之间的染色体进化。modiolus 和 B。platifrons,并且在这上为未来研究提供一个重要基础二种。 展开更多
关键词 汇编 编码蛋白质 软体动物 基因 瓣鳃类 MET 表示模 进化
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Transcriptomic comparison to identify rapidly evolving genes in Braya humilis 预览
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作者 YuMing Wei XiaoFei Ma PengShan Zhao 《寒旱区科学:英文版》 CSCD 2018年第5期428-435,共8页
The Brassicaceae species Braya humilis shows broad adaptation to different climatic zones and latitudes.However,the molecular adaptation mechanism of B.humilis is poorly understood.In China,B.humilis is mainly distrib... The Brassicaceae species Braya humilis shows broad adaptation to different climatic zones and latitudes.However,the molecular adaptation mechanism of B.humilis is poorly understood.In China,B.humilis is mainly distributed on the Qinghai-Tibetan Plateau(QTP)and in the adjacent arid region.Previous transcriptome analysis of B.humilis has revealed that 39 salt and osmotic stress response genes are subjected to purifying selection during its speciation.To further explore the adaptation mechanism of B.humilis to an arid environment,OrthoMCL program was employed in this study and 6,268 pairs of orthologous gene pairs with high confidence were obtained between B.humilis and Arabidopsis thaliana.A comparative evolutionary analysis based on nonsynonymous to synonymous substitution ratio(Ka/Ks)was then conducted.There were 64 pairs exhibiting a Ka/Ks ratio more than 0.5 and among which,three instrumental candidate genes,T2_20487,T2_22576,and T2_13757,were identified with strong selection signatures(Ka/Ks>1).The corresponding A.thaliana orthologs are double-stranded RNA-binding domain protein,MADS-box family protein,and NADH-dehydrogenase subunit 6,which is encoded by mitochondria genome.This report not only demonstrates the adaptation contribution of fast evolving nuclear genes,but also highlights the potential adaptive value of mitochondria gene to the speciation and adaptation of B.humilis toward the extreme environment in an arid region. 展开更多
关键词 Braya humilis positive selection Ka/Ks MITOCHONDRIA gene variation NADH-dehydrogenase SUBUNIT 6
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基于特征值的阳性选择的图像边缘检测算法 预览 被引量:3
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作者 熊珍珍 叶发茂 《科技通报》 北大核心 2017年第11期182-185,279共5页
边缘是图像的基本特征之一,携带了大量图像信息。边缘检测能够提取边界有用的结构信息,因此边缘检测具有重要作用。论文提出了基于特征值的阳性选择的图像边缘检测算法。该算法基于阳性选择原理,根据特征值匹配规则,综合图像的梯度、非... 边缘是图像的基本特征之一,携带了大量图像信息。边缘检测能够提取边界有用的结构信息,因此边缘检测具有重要作用。论文提出了基于特征值的阳性选择的图像边缘检测算法。该算法基于阳性选择原理,根据特征值匹配规则,综合图像的梯度、非极大值抑制、最大梯度差三个特征值构造“自我集”,生成动态检测器对图像进行边缘检测。实验结果表明,该算法在边缘检测中可行,且对比canny和Prewitt边缘检测算法,能得到更好的图像边缘。 展开更多
关键词 特征值 边缘检测 阳性选择 动态检测器
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GCH1 plays a role in the high-altitude adaptation of Tibetans
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作者 Yong-Bo Guo Yao-Xi He +26 位作者 Chao-Ying Cui Ouzhuluobu Baimakangzhuo Duojizhuoma Dejiquzong Bianba Yi Peng Cai-juan Bai Gonggalanzi Yong-Yue Pan Qula Kangmin Cirenyangji Baimayangji Wei Guo Yangla Hui Zhang Xiao-Ming Zhang Wang-Shan Zheng Shu-Hua Xu Hua Chen Sheng-Guo Zhao Yuan Cai Shi-Ming Liu Tian-Yi Wu Xue-Bin Qi Bing Su 《动物学研究》 CAS CSCD 2017年第3期155-162,共8页
Tibetans are well adapted to high-altitude hypoxia. Previous genome-wide scans have reported many candidate genes for this adaptation, but only a few have been studied. Here we report on a hypoxia gene(GCH1, GTP-cyclo... Tibetans are well adapted to high-altitude hypoxia. Previous genome-wide scans have reported many candidate genes for this adaptation, but only a few have been studied. Here we report on a hypoxia gene(GCH1, GTP-cyclohydrolase I), involved in maintaining nitric oxide synthetase(NOS) function and normal blood pressure, that harbors many potentially adaptive variants in Tibetans. We resequenced an 80.8 kb fragment covering the entire gene region of GCH1 in 50 unrelated Tibetans. Combined with previously published data, we demonstrated many GCH1 variants showing deep divergence between highlander Tibetans and lowlander Han Chinese. Neutrality tests confirmed a signal of positive Darwinian selection on GCH1 in Tibetans. Moreover, association analysis indicated that the Tibetan version of GCH1 was significantly associated with multiple physiological traits in Tibetans, including blood nitric oxide concentration, blood oxygen saturation, and hemoglobin concentration. Taken together, we propose that GCH1 plays a role in the genetic adaptation of Tibetans to high altitude hypoxia. 展开更多
脊椎动物Delta-Protocadherin亚家族的系统进化分析
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作者 管丽红 韩亚伟 +3 位作者 朱少义 周亚茹 陈改莉 林俊堂 《基因组学与应用生物学》 CSCD 北大核心 2017年第8期3178-3186,共9页
为了研究脊椎动物δ-Pcdh亚家族的进化,本研究以11种脊椎动物的11个Pcdh基因为研究对象,进行了序列比对和系统发育关系重建,并利用PAML对δ2-Pcdh亚家族进行选择压力分析,同时对正选择位点进行了定位。研究发现,δ-Pcdh可以分为δ1-Pcdh... 为了研究脊椎动物δ-Pcdh亚家族的进化,本研究以11种脊椎动物的11个Pcdh基因为研究对象,进行了序列比对和系统发育关系重建,并利用PAML对δ2-Pcdh亚家族进行选择压力分析,同时对正选择位点进行了定位。研究发现,δ-Pcdh可以分为δ1-Pcdh(Pcdh1,Pcdh7,Pcdh9,Pcdh11和Pcdh20)和δ2-Pcdh(Pcdh8,Pcdh10,Pcdh12,Pcdh17,Pcdh18和Pcdh19)两个亚家族。其中,δ1-Pcdh亚家族中Pcdh20位于系统树的基部,Pcdh1与Pcdh7和Pcdh9与Pcdh11分别构成姐妹群;δ2-Pcdh亚家族分为两个分支,一支由Pcdh8、Pcdh12和Pcdh18构成,另一支由Pcdh10、Pcdh17和Pcdh19构成,其第一个分支的3个基因均检测到了不同程度的正选择。随后,分析了正选择位点所在的结构域,探讨了正选择位点与蛋白质功能的关系。该研究为深入了解脊椎动物δ-Pcdh亚家族的进化提供了重要参考。 展开更多
关键词 原钙黏蛋白 系统发育 正选择 脊椎动物
粗山羊草CCT基因家族进化及节律表达分析 被引量:2
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作者 李晓华 丁明亮 +6 位作者 乔玲 李刘军 杨堤贻 赵佳佳 曹勇 郑军 杨三维 《植物遗传资源学报》 CSCD 北大核心 2017年第6期1151-1158,共8页
CCT家族基因广泛参与植物花期的调控过程,粗山羊草(AegilopstauschiiCoss.)作为小麦D基因组供体,给小麦带来新的花期及适应性相关基因。研究粗山羊草CCT家族基因不仅可为小麦进化、驯化和演变规律提供参考,还有助于认识粗山羊草... CCT家族基因广泛参与植物花期的调控过程,粗山羊草(AegilopstauschiiCoss.)作为小麦D基因组供体,给小麦带来新的花期及适应性相关基因。研究粗山羊草CCT家族基因不仅可为小麦进化、驯化和演变规律提供参考,还有助于认识粗山羊草作为杂草的生态适应性。粗山羊草基因组中26个CCT基因进化分析后发现GroupA、GroupC、GroupH和GroupG中的13个AetCCT成员出现了快速进化:GroupA中有42.1%的位点存在正选择效应,表明快速进化提高了粗山羊草的适应性。基因结构分析表明CCT结构域在AetCCT家族中保守性很高,但不同基因内含子和外显子的排布差异较大.特异Motif可能是不同亚家族基因间功能差异的重要原因。AetCCT4、AetCCT7、AetCCT8、AetCCT11、AetCCT12、AetCCT16、AetCCT17、AetCCT19、AetCC72J和AetCC22的表达具有明显的“生物钟效应”,呈现出24h的节律性表达,且基本都处于快速进化的GroupA、GroupC、GroupH和GroupI。研究结果表明,这些成员可能参与花期调控等生长发育过程,在粗山羊草的适应性形成过程中发挥了作用。 展开更多
关键词 粗山羊草 CCT基因家族 正选择效应 生物钟效应
膜蕨科植物rbcL基因的适应性进化和共进化分析 预览 被引量:1
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作者 王春波 郭治友 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期145-152,共8页
膜蕨科植物是薄囊蕨类中种类最多的科,主要分布在潮湿的热带地区,拥有陆生、附生、半附生和攀生等多种生态型。为进一步了解膜蕨科植物辐射式物种分化的分子适应机制,该研究在时间框架下采用位点模型对膜蕨科植物rbc L基因的进化式样进... 膜蕨科植物是薄囊蕨类中种类最多的科,主要分布在潮湿的热带地区,拥有陆生、附生、半附生和攀生等多种生态型。为进一步了解膜蕨科植物辐射式物种分化的分子适应机制,该研究在时间框架下采用位点模型对膜蕨科植物rbc L基因的进化式样进行分析。结果表明:共鉴定出6个氨基酸正选择位点(125I、227L、231A、258F、304S和351L),其中位点304S位于环六上,对维持Rubisco功能有重要作用。此外,还计算了Rubisco大亚基内部氨基酸位点之间的共进化关系,共检测出39组(35个氨基酸)共进化位点,其中位点在α螺旋上的占46%,在β折叠上的占14%。膜蕨科植物rbc L基因这种复杂的进化式样可能与其起源较早有关。鉴于此,基于UCLD分子钟模型对膜蕨科植物的分化时间进行了估计,结果显示膜蕨科植物首次发生分歧的时间在三叠纪早期,瓶蕨属和膜蕨属的分歧时间分别发生在侏罗纪早期和白垩纪晚期,并且得出陆生生态型是其它生态型进化的基础,推测最近几次最热事件可能对物种分化的形成产生一定的作用。该研究结果对认识膜蕨科植物如何应对被子植物兴起所导致的陆地生态系统改变具重要意义。 展开更多
关键词 膜蕨科 RBC L基因 共进化 正选择位点 生态型
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啮齿目核糖酸酶5基因(RNase5)的分子进化 被引量:2
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作者 郎大田 张新军 吴银梅 《兽类学报》 CSCD 北大核心 2017年第3期300-307,共8页
RNase5是RNASEA基因超家族中的一个重要成员,是分子进化研究的理想模型之一。基于基因组水平,我们对啮齿目的3个进化枝10科17个物种开展RNase5的分子进化研究。利用TBlastN及BlastN方法鉴定每个基因组的RNase5,发现该基因在啮齿目的C... RNase5是RNASEA基因超家族中的一个重要成员,是分子进化研究的理想模型之一。基于基因组水平,我们对啮齿目的3个进化枝10科17个物种开展RNase5的分子进化研究。利用TBlastN及BlastN方法鉴定每个基因组的RNase5,发现该基因在啮齿目的Ctenohystrica所有物种发生丢失,时间是在Ctenohystrica形成之后;邻接法和最大似然法构建的系统发育树均支持RNase5在“与小家鼠相关的进化枝”的小家鼠、褐家鼠和拉布拉多自足鼠发生三次独立基因复制事件;利用PAML软件的枝模型、位点模型及枝一位点模型计算选择压力,均检测到RNase5受到强烈的正选择作用。总之,我们的研究深入系统开展了RNase5在啮齿目中的分子进化,增加了该基因研究的多样性,为进一步系统认识该基因在动物的适应性进化遗传机制奠定了基础。 展开更多
关键词 啮齿目 RNase5 分子进化 基因复制 正选择
Studying the genetic basis of speciation in high gene flow marine invertebrates
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作者 Grant H. POGSON 《动物学报:英文版》 SCIE CAS CSCD 2016年第6期643-653,共11页
关键词 海洋无脊椎动物 全基因组 物种形成 遗传基础 基础研究 单核苷酸多态性 非编码序列 SNPS
青皮苦瓜鲨烯合酶基因ORF序列的克隆和正选择分析 被引量:1
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作者 钱沽颖 马成通 +4 位作者 晁耐霞 陈奇聪 蓝秀万 孙健 吴耀生 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第8期2114-2124,共11页
为研究葫芦科植物中三萜皂苷生物合成通路中的关键酶鲨烯合酶的分子进化,克隆青皮苦瓜鲨烯合酶基因的cDNA序列,并进行正选择分析。根据葫芦科植物之间的同源性设计青皮苦瓜鲨烯合酶引物。采用3’RACE和5’RACE快速扩增技术分两步进行... 为研究葫芦科植物中三萜皂苷生物合成通路中的关键酶鲨烯合酶的分子进化,克隆青皮苦瓜鲨烯合酶基因的cDNA序列,并进行正选择分析。根据葫芦科植物之间的同源性设计青皮苦瓜鲨烯合酶引物。采用3’RACE和5’RACE快速扩增技术分两步进行巢式PCR扩增鲨烯合酶ORF序列。根据克隆出来的青皮苦瓜编码框序列以及在GenBank数据库中完整的陆生植物鲨烯合酶编码框序列信息,用贝叶斯方法和PAML4软件进行鲨烯合酶的正选择分析。青皮苦瓜鲨烯合酶基因cDNA的克隆,命名为MeSS,其cDNA序列全长为1548bp,ORF1251bp,编码417个氨基酸残基。通过正选择运算,检测到33个正选择位点,其正选择位点主要集中在第二跨膜区及其两侧。本研究成功克隆得到青皮苦瓜鲨烯合酶基因全长cDNA序列并对其正选择分析,在三萜合成通路上为鲨烯合酶的定点突变提供重要参考。 展开更多
关键词 青皮苦瓜 基因克隆 鲨烯合酶 正选择
大黄属(蓼科)植物ndhF基因的适应性进化(英文) 预览
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作者 李景剑 刘合霞 +2 位作者 毛世忠 赵博 黄仕训 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期101-106,共6页
大黄属(Rheum L.)是蓼科(Polygonaceae)中一个高度分化的大属,广泛分布在亚洲和欧洲的高山和沙漠地区,全世界约60种,其中在青藏高原及其邻近地区发现了约40种。该属种的高度分化曾被推测是第三纪末青藏高原的快速隆升以及第四纪气... 大黄属(Rheum L.)是蓼科(Polygonaceae)中一个高度分化的大属,广泛分布在亚洲和欧洲的高山和沙漠地区,全世界约60种,其中在青藏高原及其邻近地区发现了约40种。该属种的高度分化曾被推测是第三纪末青藏高原的快速隆升以及第四纪气候的反复变化所引发的适应性辐射导致。为进一步了解大黄属植物辐射式物种分化的分子适应机制,该研究选取34个形态上多样化的大黄属物种,利用系统发育分析软件,在时间框架下采用位点模型和分支模型对大黄属的叶绿体ndhF基因进行了适应性进化分析。结果表明:大黄属植物的分子进化系统树呈现短而平行的辐射式分支式样,显示出典型的物种快速辐射多样化特征;用位点模型检验ndhF基因是否存在经受正向选择(ω〉1)时,在氨基酸水平上共鉴定出3个NDHF亚基的正选择位点(188H,465H,551L),对NDHF亚基的二级结构进行分析后发现编码的188H氨基酸位于α螺旋上。大黄属植物可能通过这些结构域的适应性进化,适应青藏高原的快速隆升以及第四纪气候的反复变化而引发的陆地生态系统改变。该研究结果可为今后对该属植物的实验分析提供首选位点。 展开更多
关键词 大黄属(蓼科) ndhF基因 分支模型 位点模型 正选择位点
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辣木转录因子家族初步鉴定与分析 预览 被引量:1
18
作者 田洋 董扬 +1 位作者 盛军 段胜常 《云南农业大学学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期450-461,共12页
转录因子在转录水平上激活或抑制基因的表达,在植物生长发育、维持正常生理活动和响应内外部刺激等方面具有重要作用。随着辣木基因组组装的完成,本研究通过生物信息学的方法,对辣木中转录因子家族进行鉴定与初步分析,结果共筛选到1502... 转录因子在转录水平上激活或抑制基因的表达,在植物生长发育、维持正常生理活动和响应内外部刺激等方面具有重要作用。随着辣木基因组组装的完成,本研究通过生物信息学的方法,对辣木中转录因子家族进行鉴定与初步分析,结果共筛选到1502个转录因子,分属86个家族。同时以拟南芥为参照,鉴定了43个受正选择作用的转录因子,这些正选择基因涉及植物生长发育的各个时期,与植物抗病、环境胁迫密切相关。对辣木HSF蛋白研究表明大部分蛋白的Hsf结构域相对保守,与拟南芥HSF家族蛋白构建系统发育树,发现辣木Hsf基因的分类与进化在一定程度上具有相关性。研究结果将为辣木的生长发育及环境胁迫应答机制提供分子基础。 展开更多
关键词 转录因子 辣木 正选择 热激转录因子家族(HSF)
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一种基于肯定选择的异常检测方法 预览
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作者 范九伦 苏晗 《西安邮电大学学报》 2016年第2期12-15,81共5页
对肯定选择算法进行优化,以提高异常检测的检测率。对网络中的正常行为特征进行K均值聚类,以各类的中心作为检测器并加入成熟检测器集合;使用肯定选择方法将检测到的异常行为特征进行K均值聚类,产生新的检测器且加入到成熟检测器集合中... 对肯定选择算法进行优化,以提高异常检测的检测率。对网络中的正常行为特征进行K均值聚类,以各类的中心作为检测器并加入成熟检测器集合;使用肯定选择方法将检测到的异常行为特征进行K均值聚类,产生新的检测器且加入到成熟检测器集合中;检测器的检测顺序随着检测器与测试数据匹配次数的增加而优先,再根据二次免疫理论将成熟检测器集合中检测顺序优先的检测器加入到记忆检测器集合。分别使用优化后的方法和基于集群概率的检测方法对abalone数据集进行检测,结果显示,优化后的方法在测试数据为200时,检测率可提高1.8%,整体检测性能较优。 展开更多
关键词 人工免疫 入侵检测 肯定选择 聚类
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禾本科植物NBS-LRR型抗病基因的进化分析 被引量:3
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作者 金玲 金殿川 +2 位作者 王莉 王金鹏 张岚 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期2578-2583,共6页
运用生物信息学方法分析了禾本科植物水稻、高粱、二穗短柄草、玉米中NBS-LRR型抗病基因的进化特征,发现NBS-LRR型抗病基因在染色体上分布不均等,且大部分都位于基因簇中。NBS-LRR型抗病基因产生新基因的方式主要是串联重复,并且串联重... 运用生物信息学方法分析了禾本科植物水稻、高粱、二穗短柄草、玉米中NBS-LRR型抗病基因的进化特征,发现NBS-LRR型抗病基因在染色体上分布不均等,且大部分都位于基因簇中。NBS-LRR型抗病基因产生新基因的方式主要是串联重复,并且串联重复发生的概率与抗病基因所在基因簇的大小有关。NBS-LRR型抗病基因之间几乎不具有共线性,一方面,可能是由于抗病基因在进化的过程中发生了基因丢失造成的;另一方面,可能是由于抗病基因的进化速率较快导致基因间差异较大造成的。系统发育分析表明NBS-LRR型抗病基因在禾本科的祖先物种中就已经存在,4个物种分离之后抗病基因家族在每个物种中按照物种特异性的方式进行了扩张,其中串联重复对4个物种中抗病基因家族的扩张起到了重要的作用。 展开更多
关键词 禾本科植物 抗病基因 串联重复 基因簇 进化分析
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